SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Pf6N2E2_4513 FitnessBrowser__pseudo6_N2E2:Pf6N2E2_4513 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 16 hits to proteins with known functional sites (download)

Q9I6J1 Putrescine-binding periplasmic protein SpuD from Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (see paper)
77% identity, 97% coverage: 11:375/375 of query aligns to 2:367/367 of Q9I6J1

query
sites
Q9I6J1
M
 
M
K
 
K
I
 
R
A
 
F
G
 
G
K
 
K
T
 
T
L
 
L
L
 
L
A
 
A
M
 
L
S
 
T
L
 
L
M
 
A
G
 
G
V
 
S
M
 
V
A
 
A
G
 
G
A
 
M
V
 
A
Q
 
Q
A
 
A
-
 
A
D
 
D
D
 
N
K
 
K
V
 
V
L
 
L
H
 
H
V
 
V
Y
 
Y
N
 
N
W
 
W
S
|
S
D
|
D
Y
 
Y
I
 
I
A
 
A
P
 
P
D
 
D
T
 
T
V
 
L
A
 
E
K
 
K
F
 
F
E
 
T
K
 
K
E
 
E
S
 
T
G
 
G
I
 
I
K
 
K
V
 
V
V
 
V
Y
 
Y
D
 
D
V
 
V
F
 
Y
D
 
D
S
 
S
N
 
N
E
 
E
T
 
V
L
 
L
E
 
E
A
 
A
K
 
K
L
 
L
L
 
L
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
S
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
I
 
V
V
 
V
V
 
V
P
 
P
S
 
S
N
 
N
N
 
S
F
 
F
L
 
L
A
 
A
K
 
K
Q
 
Q
I
 
I
K
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
V
Y
 
Y
Q
 
Q
K
 
K
L
 
L
D
 
D
K
 
K
S
 
S
K
 
K
L
 
L
P
 
P
N
 
N
W
 
W
K
 
K
N
 
N
L
 
L
N
 
N
T
 
K
D
 
D
L
 
L
L
 
M
K
 
H
A
 
T
V
 
L
S
 
E
V
 
V
S
 
S
D
 
D
P
 
P
G
 
G
N
 
N
E
 
E
H
 
H
A
 
A
F
 
I
P
 
P
Y
 
Y
M
 
M
W
 
W
G
 
G
S
 
T
I
 
I
G
 
G
I
 
I
G
 
G
F
 
Y
N
 
N
P
 
P
E
 
D
K
 
K
V
 
V
K
 
K
A
 
A
A
 
A
L
 
F
G
 
G
A
 
D
D
 
N
A
 
A
P
 
P
T
 
V
N
 
D
S
 
S
W
 
W
D
 
D
L
 
L
L
 
V
F
 
F
K
 
K
P
 
P
E
 
E
N
 
N
A
 
I
A
 
Q
K
 
K
L
 
L
K
 
K
A
 
Q
C
|
C
G
 
G
I
 
V
S
 
S
F
 
F
L
 
L
D
 
D
S
 
S
P
 
P
T
 
T
E
 
E
M
 
I
I
 
L
P
 
P
V
 
A
A
 
A
L
 
L
H
 
H
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
P
 
K
T
 
P
D
 
D
S
 
T
Q
 
D
D
 
N
K
 
P
K
 
K
Q
 
E
L
 
L
A
 
K
E
 
A
A
 
A
E
 
E
A
 
E
L
 
L
F
 
F
L
 
L
K
 
K
I
 
I
R
 
R
P
 
P
S
 
Y
I
 
V
G
 
T
Y
 
Y
F
 
F
H
 
H
S
 
S
S
 
S
K
 
K
Y
 
Y
I
 
I
S
 
S
D
 
D
L
 
L
A
 
A
N
 
N
G
 
G
N
 
N
I
 
I
C
|
C
V
 
V
A
 
A
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
S
 
S
G
 
G
D
|
D
I
 
I
Y
 
Y
Q
 
Q
A
 
A
K
 
K
S
 
S
R
 
R
A
 
A
A
 
E
E
 
E
A
 
A
G
 
K
G
 
N
K
 
K
V
 
V
K
 
T
V
 
V
S
 
K
Y
 
Y
N
 
N
I
 
I
P
 
P
K
 
K
E
 
E
G
 
G
A
 
A
G
 
G
S
 
S
F
|
F
F
 
F
D
|
D
M
 
M
V
 
V
A
 
A
I
 
I
P
 
P
K
 
K
D
 
D
A
 
A
E
 
E
N
 
N
V
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
A
Y
 
L
K
 
A
F
 
F
M
 
V
T
 
N
F
 
F
L
 
L
Q
 
M
K
 
K
P
 
P
E
 
E
I
 
I
M
 
M
A
 
A
E
 
E
I
 
I
T
 
T
D
 
D
T
 
V
V
 
V
S
 
Q
F
 
F
P
 
P
N
 
N
G
 
G
N
 
N
A
 
A
A
 
A
S
 
A
T
 
T
P
 
P
L
 
L
V
 
V
S
 
S
K
 
E
E
 
A
I
 
I
T
 
R
S
 
N
D
 
D
P
 
P
G
 
G
I
 
I
Y
 
Y
P
 
P
P
 
S
A
 
E
D
 
E
V
 
V
Q
 
M
A
 
K
K
 
K
L
 
L
Y
 
Y
A
 
T
I
 
F
A
 
P
D
 
D
L
 
L
P
 
P
A
 
A
A
 
K
T
 
T
Q
 
Q
R
 
R
I
 
A
L
 
M
T
 
T
R
 
R
S
 
S
W
 
W
T
 
T
K
 
K
I
 
I
K
 
K
S
 
S
G
 
G
K
 
K

3ttmA Crystal structure of spud in complex with putrescine (see paper)
78% identity, 91% coverage: 34:374/375 of query aligns to 1:341/341 of 3ttmA

query
sites
3ttmA
D
 
D
D
 
N
K
 
K
V
 
V
L
 
L
H
 
H
V
 
V
Y
 
Y
N
 
N
W
|
W
S
|
S
D
|
D
Y
|
Y
I
 
I
A
 
A
P
 
P
D
 
D
T
 
T
V
 
L
A
 
E
K
 
K
F
 
F
E
 
T
K
 
K
E
 
E
S
 
T
G
 
G
I
 
I
K
 
K
V
 
V
V
 
V
Y
 
Y
D
 
D
V
 
V
F
 
Y
D
 
D
S
 
S
N
 
N
E
 
E
T
 
V
L
 
L
E
 
E
A
 
A
K
 
K
L
 
L
L
 
L
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
S
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
I
 
V
V
 
V
V
 
V
P
 
P
S
 
S
N
 
N
N
 
S
F
 
F
L
 
L
A
 
A
K
 
K
Q
 
Q
I
 
I
K
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
V
Y
 
Y
Q
 
Q
K
 
K
L
 
L
D
 
D
K
 
K
S
 
S
K
 
K
L
 
L
P
 
P
N
 
N
W
 
W
K
 
K
N
 
N
L
 
L
N
 
N
T
 
K
D
 
D
L
 
L
L
 
M
K
 
H
A
 
T
V
 
L
S
 
E
V
 
V
S
 
S
D
 
D
P
 
P
G
 
G
N
 
N
E
 
E
H
 
H
A
 
A
F
 
I
P
 
P
Y
 
Y
M
 
M
W
 
W
G
 
G
S
 
T
I
 
I
G
 
G
I
 
I
G
 
G
F
 
Y
N
 
N
P
 
P
E
 
D
K
 
K
V
 
V
K
 
K
A
 
A
A
 
A
L
 
F
G
 
G
A
 
D
D
 
N
A
 
A
P
 
P
T
 
V
N
 
D
S
 
S
W
 
W
D
 
D
L
 
L
L
 
V
F
 
F
K
 
K
P
 
P
E
 
E
N
 
N
A
 
I
A
 
Q
K
 
K
L
 
L
K
 
K
A
 
Q
C
 
C
G
 
G
I
 
V
S
 
S
F
 
F
L
 
L
D
 
D
S
 
S
P
 
P
T
 
T
E
 
E
M
 
I
I
 
L
P
 
P
V
 
A
A
 
A
L
 
L
H
 
H
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
P
 
K
T
 
P
D
 
D
S
 
T
Q
 
D
D
 
N
K
 
P
K
 
K
Q
 
E
L
 
L
A
 
K
E
 
A
A
 
A
E
 
E
A
 
E
L
 
L
F
 
F
L
 
L
K
 
K
I
 
I
R
 
R
P
 
P
S
 
Y
I
 
V
G
 
T
Y
 
Y
F
 
F
H
 
H
S
 
S
S
 
S
K
 
K
Y
 
Y
I
 
I
S
 
S
D
 
D
L
 
L
A
 
A
N
 
N
G
 
G
N
 
N
I
 
I
C
 
C
V
 
V
A
 
A
V
 
I
G
 
G
Y
|
Y
S
 
S
G
 
G
D
|
D
I
 
I
Y
 
Y
Q
 
Q
A
 
A
K
 
K
S
 
S
R
 
R
A
 
A
A
 
E
E
 
E
A
 
A
G
 
K
G
 
N
K
 
K
V
 
V
K
 
T
V
 
V
S
 
K
Y
 
Y
N
 
N
I
 
I
P
 
P
K
 
K
E
 
E
G
 
G
A
 
A
G
 
G
S
 
S
F
|
F
F
 
F
D
|
D
M
 
M
V
 
V
A
 
A
I
 
I
P
 
P
K
 
K
D
 
D
A
 
A
E
 
E
N
 
N
V
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
A
Y
 
L
K
 
A
F
 
F
M
 
V
T
 
N
F
 
F
L
 
L
Q
 
M
K
 
K
P
 
P
E
 
E
I
 
I
M
 
M
A
 
A
E
 
E
I
 
I
T
 
T
D
 
D
T
 
V
V
 
V
S
 
Q
F
|
F
P
 
P
N
 
N
G
 
G
N
 
N
A
 
A
A
 
A
S
 
A
T
 
T
P
 
P
L
 
L
V
 
V
S
 
S
K
 
E
E
 
A
I
 
I
T
 
R
S
 
N
D
 
D
P
 
P
G
 
G
I
 
I
Y
 
Y
P
 
P
P
 
S
A
 
E
D
 
E
V
 
V
Q
 
M
A
 
K
K
 
K
L
 
L
Y
 
Y
A
 
T
I
 
F
A
 
P
D
 
D
L
 
L
P
 
P
A
 
A
A
 
K
T
 
T
Q
 
Q
R
 
R
I
 
A
L
 
M
T
 
T
R
 
R
S
 
S
W
 
W
T
 
T
K
 
K
I
 
I
K
 
K
S
 
S
G
 
G

P31133 Putrescine-binding periplasmic protein PotF from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
56% identity, 100% coverage: 1:375/375 of query aligns to 1:370/370 of P31133

query
sites
P31133
M
|
M
K
x
T
A
|
A
L
|
L
G
x
N
M
x
K
K
|
K
T
x
W
L
|
L
G
x
S
M
x
G
K
x
L
I
x
V
A
|
A
G
|
G
K
 
-
T
 
-
L
 
-
L
 
-
A
 
-
M
 
-
S
x
A
L
|
L
M
|
M
G
x
A
V
|
V
M
x
S
A
x
V
G
|
G
A
x
T
V
x
L
Q
x
A
A
 
A
D
 
E
D
 
Q
K
 
K
V
 
T
L
 
L
H
 
H
V
 
I
Y
 
Y
N
 
N
W
 
W
S
|
S
D
 
D
Y
 
Y
I
 
I
A
 
A
P
 
P
D
 
D
T
 
T
V
 
V
A
 
A
K
 
N
F
 
F
E
 
E
K
 
K
E
 
E
S
 
T
G
 
G
I
 
I
K
 
K
V
 
V
V
 
V
Y
 
Y
D
 
D
V
 
V
F
 
F
D
 
D
S
 
S
N
 
N
E
 
E
T
 
V
L
 
L
E
 
E
A
 
G
K
 
K
L
 
L
L
 
M
A
 
A
G
 
G
K
 
S
S
 
T
G
 
G
Y
 
F
D
 
D
I
 
L
V
 
V
V
 
V
P
 
P
S
 
S
N
 
A
N
 
S
F
 
F
L
 
L
A
 
E
K
 
R
Q
 
Q
I
 
L
K
 
T
A
 
A
G
 
G
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
K
 
P
L
 
L
D
 
D
K
 
K
S
 
S
K
 
K
L
 
L
P
 
P
N
 
E
W
 
W
K
 
K
N
 
N
L
 
L
N
 
D
T
 
P
D
 
E
L
 
L
L
 
L
K
 
K
A
 
L
V
 
V
S
 
A
V
 
K
S
 
H
D
 
D
P
 
P
G
 
D
N
 
N
E
 
K
H
 
F
A
 
A
F
 
M
P
 
P
Y
 
Y
M
 
M
W
 
W
G
 
A
S
 
T
I
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
F
 
Y
N
 
N
P
 
V
E
 
D
K
 
K
V
 
V
K
 
K
A
 
A
A
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
E
D
 
N
A
 
A
P
 
P
T
 
V
N
 
D
S
 
S
W
 
W
D
 
D
L
 
L
L
 
I
F
 
L
K
 
K
P
 
P
E
 
E
N
 
N
A
 
L
A
 
E
K
 
K
L
 
L
K
 
K
A
 
S
C
|
C
G
 
G
I
 
V
S
 
S
F
 
F
L
 
L
D
 
D
S
 
A
P
 
P
T
 
E
E
 
E
M
 
V
I
 
F
P
 
A
V
 
T
A
 
V
L
 
L
H
 
N
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
Y
 
K
-
 
D
P
 
P
T
 
N
D
 
S
S
 
T
Q
 
K
D
 
A
K
 
D
K
 
D
Q
 
Y
L
 
T
A
 
G
E
 
P
A
 
A
E
 
T
A
 
D
L
 
L
F
 
L
L
 
L
K
 
K
I
 
L
R
 
R
P
 
P
S
 
N
I
 
I
G
 
R
Y
 
Y
F
 
F
H
 
H
S
 
S
S
 
S
K
 
Q
Y
 
Y
I
 
I
S
 
N
D
 
D
L
 
L
A
 
A
N
 
N
G
 
G
N
 
D
I
 
I
C
|
C
V
 
V
A
 
A
V
 
I
G
 
G
Y
 
W
S
 
A
G
 
G
D
|
D
I
 
V
Y
 
W
Q
 
Q
A
 
A
K
 
S
S
 
N
R
 
R
A
 
A
A
 
K
E
 
E
A
 
A
G
 
K
G
 
N
K
 
G
V
 
V
K
 
N
V
 
V
S
 
S
Y
 
F
N
 
S
I
 
I
P
 
P
K
 
K
E
 
E
G
 
G
A
 
A
G
 
M
S
 
A
F
 
F
F
 
F
D
|
D
M
 
V
V
 
F
A
 
A
I
 
M
P
 
P
K
 
A
D
 
D
A
 
A
E
 
K
N
 
N
V
 
K
E
 
D
G
 
E
A
 
A
Y
 
Y
K
 
Q
F
 
F
M
 
L
T
 
N
F
 
Y
L
 
L
Q
 
L
K
 
R
P
 
P
E
 
D
I
 
V
M
 
V
A
 
A
E
 
H
I
 
I
T
 
S
D
 
D
T
 
H
V
 
V
S
 
F
F
 
Y
P
 
A
N
 
N
G
 
A
N
 
N
A
 
K
A
 
A
S
 
A
T
 
T
P
 
P
L
 
L
V
 
V
S
 
S
K
 
A
E
 
E
I
 
V
T
 
R
S
 
E
D
 
N
P
 
P
G
 
G
I
 
I
Y
 
Y
P
 
P
P
 
P
A
 
A
D
 
D
V
 
V
Q
 
R
A
 
A
K
 
K
L
 
L
Y
 
F
A
 
T
I
 
L
A
 
K
D
 
V
L
 
Q
P
 
D
A
 
P
A
 
K
T
 
I
Q
 
D
R
 
R
I
 
V
L
 
R
T
 
T
R
 
R
S
 
A
W
 
W
T
 
T
K
 
K
I
 
V
K
 
K
S
 
S
G
 
G
K
 
K

Q9I6J0 Spermidine-binding periplasmic protein SpuE from Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (see paper)
58% identity, 96% coverage: 15:375/375 of query aligns to 6:365/365 of Q9I6J0

query
sites
Q9I6J0
G
 
G
K
 
K
T
 
T
L
 
L
L
 
L
A
 
V
M
 
A
S
 
A
L
 
L
M
 
A
G
 
T
V
 
A
M
 
I
A
 
A
G
 
G
A
 
P
V
 
V
Q
 
Q
A
 
A
D
 
E
D
 
K
K
 
K
V
 
S
L
 
L
H
 
H
V
 
I
Y
 
Y
N
 
N
W
 
W
S
x
T
D
 
D
Y
 
Y
I
 
I
A
 
A
P
 
P
D
 
T
T
 
T
V
 
L
A
 
K
K
 
D
F
 
F
E
 
T
K
 
K
E
 
E
S
 
S
G
 
G
I
 
I
K
 
D
V
 
V
V
 
S
Y
 
Y
D
 
D
V
 
V
F
 
F
D
 
D
S
 
S
N
 
N
E
 
E
T
 
T
L
 
L
E
 
E
A
 
G
K
 
K
L
 
L
L
 
V
A
 
S
G
 
G
K
 
H
S
 
S
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
I
 
I
V
 
V
V
 
V
P
 
P
S
 
S
N
 
N
N
 
N
F
 
F
L
 
L
A
 
G
K
 
K
Q
 
Q
I
 
I
K
 
Q
A
 
A
G
 
G
V
 
A
Y
 
F
Q
 
Q
K
 
K
L
 
L
D
 
D
K
 
K
S
 
S
K
 
K
L
 
L
P
 
P
N
 
N
W
 
W
K
 
K
N
 
N
L
 
L
N
 
D
T
 
P
D
 
A
L
 
L
L
 
L
K
 
K
A
 
Q
V
 
L
S
 
E
V
 
V
S
 
S
D
 
D
P
 
P
G
 
G
N
 
N
E
 
Q
H
 
Y
A
 
A
F
 
V
P
 
P
Y
 
Y
M
 
L
W
 
W
G
 
G
S
 
T
I
 
N
G
 
G
I
 
I
G
 
G
F
 
Y
N
 
N
P
 
V
E
 
A
K
 
K
V
 
V
K
 
K
A
 
E
A
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
-
D
 
D
A
 
Q
P
 
P
T
 
I
N
 
D
S
 
S
W
 
W
D
 
A
L
 
I
L
 
L
F
 
F
K
 
E
P
 
P
E
 
E
N
 
N
A
 
M
A
 
K
K
 
K
L
 
L
K
 
A
A
 
K
C
 
C
G
 
G
I
 
V
S
 
A
F
 
F
L
 
M
D
 
D
S
 
S
P
 
G
T
 
D
E
|
E
M
 
M
I
 
L
P
 
P
V
 
A
A
 
A
L
 
L
H
 
N
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
Y
 
L
P
 
D
T
 
P
D
 
N
S
 
T
Q
 
H
D
 
D
K
 
P
K
 
K
Q
 
D
L
 
Y
A
 
K
E
 
K
A
 
A
E
 
E
A
 
E
L
 
V
F
 
L
L
 
T
K
 
K
I
 
V
R
 
R
P
 
P
S
 
Y
I
 
V
G
 
S
Y
 
Y
F
 
F
H
 
H
S
 
S
S
 
S
K
 
K
Y
 
Y
I
 
I
S
 
S
D
 
D
L
 
L
A
 
A
N
 
N
G
 
G
N
 
N
I
 
I
C
 
C
V
 
V
A
 
A
V
 
F
G
 
G
Y
 
Y
S
 
S
G
 
G
D
|
D
I
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
A
 
A
K
 
A
S
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
E
E
 
E
A
 
A
G
 
G
G
 
K
K
 
G
V
 
I
K
 
D
V
 
I
S
 
Q
Y
 
Y
N
 
V
I
 
I
P
 
P
K
 
K
E
 
E
G
 
G
A
 
A
G
x
N
S
 
L
F
x
W
F
 
F
D
 
D
M
 
L
V
 
M
A
 
A
I
 
I
P
 
P
K
 
A
D
 
D
A
 
A
E
 
K
N
 
A
V
 
A
E
 
D
G
 
N
A
 
A
Y
 
Y
K
 
A
F
 
F
M
 
I
T
 
D
F
 
Y
L
 
L
Q
 
L
K
 
R
P
 
P
E
 
E
I
 
V
M
 
I
A
 
A
E
 
K
I
 
V
T
 
S
D
 
D
T
 
Y
V
 
V
S
 
G
F
 
Y
P
 
A
N
 
N
G
 
A
N
 
I
A
 
P
A
 
G
S
 
A
T
 
R
P
 
P
L
 
L
V
 
M
S
 
D
K
 
K
E
 
S
I
 
V
T
 
S
S
 
D
D
 
S
P
 
E
G
 
E
I
 
V
Y
 
Y
P
 
P
P
 
P
A
 
Q
D
 
A
V
 
V
Q
 
L
A
 
D
K
 
K
L
 
L
Y
 
Y
A
 
V
I
 
S
A
 
A
D
 
V
L
 
L
P
 
P
A
 
A
A
 
K
T
 
V
Q
 
L
R
 
R
I
 
L
L
 
Q
T
 
T
R
 
R
S
 
T
W
 
W
T
 
T
K
 
R
I
 
I
K
 
K
S
 
T
G
 
G
K
 
K

6ye7A E.Coli's putrescine receptor potf complexed with cadaverine (see paper)
59% identity, 90% coverage: 36:374/375 of query aligns to 2:341/341 of 6ye7A

query
sites
6ye7A
K
 
K
V
 
T
L
 
L
H
 
H
V
 
I
Y
 
Y
N
 
N
W
|
W
S
|
S
D
 
D
Y
|
Y
I
 
I
A
 
A
P
 
P
D
 
D
T
 
T
V
 
V
A
 
A
K
 
N
F
 
F
E
 
E
K
 
K
E
 
E
S
 
T
G
 
G
I
 
I
K
 
K
V
 
V
V
 
V
Y
 
Y
D
 
D
V
 
V
F
 
F
D
 
D
S
 
S
N
 
N
E
 
E
T
 
V
L
 
L
E
 
E
A
 
G
K
 
K
L
 
L
L
 
M
A
 
A
G
 
G
K
 
S
S
 
T
G
 
G
Y
 
F
D
 
D
I
 
L
V
 
V
V
 
V
P
 
P
S
 
S
N
 
A
N
 
S
F
 
F
L
 
L
A
 
E
K
 
R
Q
 
Q
I
 
L
K
 
T
A
 
A
G
 
G
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
K
 
P
L
 
L
D
 
D
K
 
K
S
 
S
K
 
K
L
 
L
P
 
P
N
 
E
W
 
W
K
 
K
N
 
N
L
 
L
N
 
D
T
 
P
D
 
E
L
 
L
L
 
L
K
 
K
A
 
L
V
 
V
S
 
A
V
 
K
S
 
H
D
 
D
P
 
P
G
 
D
N
 
N
E
 
K
H
 
F
A
 
A
F
 
M
P
 
P
Y
 
Y
M
 
M
W
 
W
G
 
A
S
 
T
I
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
F
 
Y
N
 
N
P
 
V
E
 
D
K
 
K
V
 
V
K
 
K
A
 
A
A
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
E
D
 
N
A
 
A
P
 
P
T
 
V
N
 
D
S
 
S
W
 
W
D
 
D
L
 
L
L
 
I
F
 
L
K
 
K
P
 
P
E
 
E
N
 
N
A
 
L
A
 
E
K
 
K
L
 
L
K
 
K
A
 
S
C
 
C
G
 
G
I
 
V
S
 
S
F
 
F
L
 
L
D
 
D
S
 
A
P
 
P
T
 
E
E
 
E
M
 
V
I
 
F
P
 
A
V
 
T
A
 
V
L
 
L
H
 
N
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
Y
 
K
-
 
D
P
 
P
T
 
N
D
 
S
S
 
T
Q
 
K
D
 
A
K
 
D
K
 
D
Q
 
Y
L
 
T
A
 
G
E
 
P
A
 
A
E
 
T
A
 
D
L
 
L
F
 
L
L
 
L
K
 
K
I
 
L
R
 
R
P
 
P
S
 
N
I
 
I
G
 
R
Y
 
Y
F
 
F
H
 
H
S
 
S
S
 
S
K
 
Q
Y
 
Y
I
 
I
S
 
N
D
 
D
L
 
L
A
 
A
N
 
N
G
 
G
N
 
D
I
 
I
C
 
C
V
 
V
A
 
A
V
 
I
G
 
G
Y
x
W
S
 
A
G
 
G
D
|
D
I
 
V
Y
 
W
Q
 
Q
A
 
A
K
 
S
S
 
N
R
 
R
A
 
A
A
 
K
E
 
E
A
 
A
G
 
K
G
 
N
K
 
G
V
 
V
K
 
N
V
 
V
S
 
S
Y
 
F
N
 
S
I
 
I
P
 
P
K
 
K
E
 
E
G
 
G
A
 
A
G
 
M
S
 
A
F
|
F
F
 
F
D
|
D
M
 
V
V
 
F
A
 
A
I
 
M
P
 
P
K
 
A
D
 
D
A
 
A
E
 
K
N
 
N
V
 
K
E
 
D
G
 
E
A
 
A
Y
 
Y
K
 
Q
F
 
F
M
 
L
T
 
N
F
 
Y
L
 
L
Q
 
L
K
 
R
P
 
P
E
 
D
I
 
V
M
 
V
A
 
A
E
 
H
I
 
I
T
 
S
D
 
D
T
 
H
V
 
V
S
 
F
F
x
Y
P
 
A
N
 
N
G
 
A
N
 
N
A
 
K
A
 
A
S
 
A
T
 
T
P
 
P
L
 
L
V
 
V
S
 
S
K
 
A
E
 
E
I
 
V
T
 
R
S
 
E
D
 
N
P
 
P
G
 
G
I
 
I
Y
 
Y
P
 
P
P
 
P
A
 
A
D
 
D
V
 
V
Q
 
R
A
 
A
K
 
K
L
 
L
Y
 
F
A
 
T
I
 
L
A
 
K
D
 
V
L
 
Q
P
 
D
A
 
P
A
 
K
T
 
I
Q
 
D
R
 
R
I
 
V
L
 
R
T
 
T
R
 
R
S
 
A
W
 
W
T
 
T
K
 
K
I
 
V
K
 
K
S
 
S
G
 
G

6ye6A E.Coli's putrescine receptor potf complexed with agmatine (see paper)
59% identity, 90% coverage: 36:374/375 of query aligns to 2:341/341 of 6ye6A

query
sites
6ye6A
K
 
K
V
 
T
L
 
L
H
 
H
V
 
I
Y
 
Y
N
 
N
W
|
W
S
|
S
D
 
D
Y
|
Y
I
 
I
A
 
A
P
 
P
D
 
D
T
 
T
V
 
V
A
 
A
K
 
N
F
 
F
E
|
E
K
 
K
E
 
E
S
x
T
G
 
G
I
 
I
K
|
K
V
 
V
V
 
V
Y
 
Y
D
 
D
V
 
V
F
 
F
D
 
D
S
 
S
N
 
N
E
 
E
T
 
V
L
 
L
E
 
E
A
 
G
K
 
K
L
 
L
L
 
M
A
 
A
G
 
G
K
 
S
S
 
T
G
 
G
Y
 
F
D
 
D
I
 
L
V
 
V
V
 
V
P
 
P
S
 
S
N
 
A
N
 
S
F
 
F
L
 
L
A
 
E
K
 
R
Q
 
Q
I
 
L
K
 
T
A
 
A
G
 
G
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
K
 
P
L
 
L
D
 
D
K
 
K
S
 
S
K
 
K
L
 
L
P
 
P
N
 
E
W
 
W
K
 
K
N
 
N
L
 
L
N
x
D
T
 
P
D
 
E
L
 
L
L
 
L
K
 
K
A
x
L
V
 
V
S
 
A
V
 
K
S
 
H
D
 
D
P
 
P
G
 
D
N
 
N
E
 
K
H
 
F
A
 
A
F
 
M
P
 
P
Y
 
Y
M
 
M
W
|
W
G
 
A
S
 
T
I
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
F
 
Y
N
 
N
P
 
V
E
 
D
K
 
K
V
 
V
K
 
K
A
 
A
A
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
E
D
 
N
A
 
A
P
 
P
T
 
V
N
 
D
S
 
S
W
 
W
D
 
D
L
 
L
L
 
I
F
 
L
K
 
K
P
 
P
E
 
E
N
 
N
A
 
L
A
 
E
K
 
K
L
 
L
K
 
K
A
 
S
C
 
C
G
 
G
I
 
V
S
 
S
F
 
F
L
 
L
D
 
D
S
 
A
P
 
P
T
 
E
E
|
E
M
 
V
I
 
F
P
 
A
V
 
T
A
 
V
L
 
L
H
 
N
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
Y
 
K
-
 
D
P
 
P
T
 
N
D
 
S
S
 
T
Q
x
K
D
x
A
K
x
D
K
 
D
Q
 
Y
L
 
T
A
 
G
E
 
P
A
 
A
E
 
T
A
 
D
L
 
L
F
 
L
L
 
L
K
 
K
I
 
L
R
 
R
P
 
P
S
 
N
I
 
I
G
 
R
Y
 
Y
F
 
F
H
 
H
S
 
S
S
 
S
K
 
Q
Y
 
Y
I
 
I
S
 
N
D
 
D
L
 
L
A
 
A
N
 
N
G
 
G
N
 
D
I
 
I
C
 
C
V
 
V
A
 
A
V
 
I
G
 
G
Y
x
W
S
 
A
G
 
G
D
|
D
I
 
V
Y
 
W
Q
 
Q
A
 
A
K
 
S
S
 
N
R
 
R
A
 
A
A
 
K
E
 
E
A
 
A
G
 
K
G
 
N
K
 
G
V
 
V
K
 
N
V
 
V
S
 
S
Y
x
F
N
x
S
I
|
I
P
 
P
K
 
K
E
 
E
G
 
G
A
 
A
G
 
M
S
 
A
F
|
F
F
 
F
D
|
D
M
 
V
V
 
F
A
 
A
I
 
M
P
 
P
K
 
A
D
 
D
A
 
A
E
 
K
N
 
N
V
 
K
E
 
D
G
 
E
A
 
A
Y
 
Y
K
x
Q
F
 
F
M
 
L
T
 
N
F
 
Y
L
 
L
Q
 
L
K
x
R
P
 
P
E
 
D
I
 
V
M
 
V
A
 
A
E
 
H
I
 
I
T
 
S
D
 
D
T
 
H
V
 
V
S
 
F
F
x
Y
P
 
A
N
|
N
G
 
A
N
 
N
A
x
K
A
 
A
S
 
A
T
 
T
P
 
P
L
 
L
V
 
V
S
 
S
K
 
A
E
 
E
I
 
V
T
 
R
S
 
E
D
 
N
P
 
P
G
 
G
I
 
I
Y
|
Y
P
 
P
P
 
P
A
 
A
D
 
D
V
 
V
Q
 
R
A
 
A
K
 
K
L
 
L
Y
 
F
A
 
T
I
 
L
A
 
K
D
 
V
L
 
Q
P
 
D
A
 
P
A
x
K
T
 
I
Q
 
D
R
 
R
I
 
V
L
 
R
T
 
T
R
 
R
S
 
A
W
 
W
T
 
T
K
 
K
I
 
V
K
 
K
S
 
S
G
 
G

6ye0B E.Coli's putrescine receptor potf complexed with putrescine (see paper)
59% identity, 90% coverage: 36:374/375 of query aligns to 2:341/341 of 6ye0B

query
sites
6ye0B
K
 
K
V
 
T
L
 
L
H
 
H
V
 
I
Y
 
Y
N
 
N
W
|
W
S
|
S
D
 
D
Y
|
Y
I
 
I
A
 
A
P
 
P
D
 
D
T
 
T
V
 
V
A
 
A
K
 
N
F
 
F
E
 
E
K
 
K
E
 
E
S
 
T
G
 
G
I
 
I
K
 
K
V
 
V
V
 
V
Y
 
Y
D
 
D
V
 
V
F
|
F
D
|
D
S
 
S
N
 
N
E
 
E
T
 
V
L
 
L
E
 
E
A
 
G
K
 
K
L
 
L
L
 
M
A
 
A
G
 
G
K
 
S
S
 
T
G
 
G
Y
 
F
D
 
D
I
 
L
V
 
V
V
 
V
P
 
P
S
 
S
N
 
A
N
 
S
F
 
F
L
 
L
A
 
E
K
 
R
Q
 
Q
I
 
L
K
 
T
A
 
A
G
 
G
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
K
 
P
L
 
L
D
 
D
K
 
K
S
 
S
K
 
K
L
 
L
P
 
P
N
 
E
W
 
W
K
 
K
N
 
N
L
 
L
N
 
D
T
 
P
D
 
E
L
 
L
L
 
L
K
 
K
A
x
L
V
 
V
S
 
A
V
 
K
S
 
H
D
 
D
P
 
P
G
 
D
N
 
N
E
 
K
H
 
F
A
 
A
F
 
M
P
 
P
Y
 
Y
M
 
M
W
 
W
G
 
A
S
 
T
I
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
F
 
Y
N
 
N
P
 
V
E
 
D
K
 
K
V
 
V
K
 
K
A
 
A
A
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
E
D
 
N
A
 
A
P
 
P
T
 
V
N
 
D
S
 
S
W
 
W
D
 
D
L
 
L
L
 
I
F
 
L
K
 
K
P
 
P
E
 
E
N
 
N
A
 
L
A
 
E
K
 
K
L
 
L
K
 
K
A
 
S
C
 
C
G
 
G
I
 
V
S
 
S
F
 
F
L
 
L
D
 
D
S
 
A
P
 
P
T
 
E
E
 
E
M
 
V
I
 
F
P
 
A
V
 
T
A
 
V
L
 
L
H
 
N
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
Y
 
K
-
 
D
P
 
P
T
 
N
D
 
S
S
 
T
Q
 
K
D
 
A
K
 
D
K
 
D
Q
 
Y
L
 
T
A
 
G
E
 
P
A
 
A
E
 
T
A
 
D
L
 
L
F
 
L
L
 
L
K
 
K
I
 
L
R
 
R
P
 
P
S
 
N
I
 
I
G
 
R
Y
 
Y
F
 
F
H
 
H
S
 
S
S
 
S
K
 
Q
Y
 
Y
I
 
I
S
 
N
D
 
D
L
 
L
A
 
A
N
 
N
G
 
G
N
 
D
I
 
I
C
 
C
V
 
V
A
 
A
V
 
I
G
 
G
Y
x
W
S
 
A
G
 
G
D
|
D
I
 
V
Y
 
W
Q
 
Q
A
 
A
K
 
S
S
 
N
R
 
R
A
 
A
A
 
K
E
 
E
A
 
A
G
 
K
G
 
N
K
 
G
V
 
V
K
 
N
V
 
V
S
 
S
Y
 
F
N
 
S
I
 
I
P
 
P
K
 
K
E
 
E
G
 
G
A
 
A
G
 
M
S
 
A
F
|
F
F
 
F
D
|
D
M
 
V
V
 
F
A
 
A
I
 
M
P
 
P
K
 
A
D
 
D
A
 
A
E
 
K
N
 
N
V
 
K
E
 
D
G
 
E
A
 
A
Y
 
Y
K
 
Q
F
 
F
M
 
L
T
 
N
F
 
Y
L
 
L
Q
 
L
K
 
R
P
 
P
E
 
D
I
 
V
M
 
V
A
 
A
E
 
H
I
 
I
T
 
S
D
 
D
T
 
H
V
 
V
S
 
F
F
x
Y
P
 
A
N
 
N
G
 
A
N
 
N
A
 
K
A
 
A
S
 
A
T
 
T
P
 
P
L
 
L
V
 
V
S
 
S
K
 
A
E
 
E
I
 
V
T
 
R
S
 
E
D
 
N
P
 
P
G
 
G
I
 
I
Y
 
Y
P
 
P
P
 
P
A
 
A
D
 
D
V
 
V
Q
x
R
A
 
A
K
 
K
L
 
L
Y
 
F
A
 
T
I
 
L
A
 
K
D
 
V
L
 
Q
P
 
D
A
 
P
A
 
K
T
 
I
Q
 
D
R
 
R
I
 
V
L
 
R
T
 
T
R
 
R
S
 
A
W
 
W
T
 
T
K
 
K
I
 
V
K
 
K
S
 
S
G
 
G

1a99A Putrescine receptor (potf) from e. Coli (see paper)
59% identity, 90% coverage: 36:374/375 of query aligns to 2:341/341 of 1a99A

query
sites
1a99A
K
 
K
V
 
T
L
 
L
H
 
H
V
 
I
Y
 
Y
N
 
N
W
|
W
S
|
S
D
 
D
Y
|
Y
I
 
I
A
 
A
P
 
P
D
 
D
T
 
T
V
 
V
A
 
A
K
 
N
F
 
F
E
 
E
K
 
K
E
 
E
S
 
T
G
 
G
I
 
I
K
 
K
V
 
V
V
 
V
Y
 
Y
D
 
D
V
 
V
F
 
F
D
 
D
S
 
S
N
 
N
E
 
E
T
 
V
L
 
L
E
 
E
A
 
G
K
 
K
L
 
L
L
 
M
A
 
A
G
 
G
K
 
S
S
 
T
G
 
G
Y
 
F
D
 
D
I
 
L
V
 
V
V
 
V
P
 
P
S
 
S
N
 
A
N
 
S
F
 
F
L
 
L
A
 
E
K
 
R
Q
 
Q
I
 
L
K
 
T
A
 
A
G
 
G
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
K
 
P
L
 
L
D
 
D
K
 
K
S
 
S
K
 
K
L
 
L
P
 
P
N
 
E
W
 
W
K
 
K
N
 
N
L
 
L
N
 
D
T
 
P
D
 
E
L
 
L
L
 
L
K
 
K
A
 
L
V
 
V
S
 
A
V
 
K
S
 
H
D
 
D
P
 
P
G
 
D
N
 
N
E
 
K
H
 
F
A
 
A
F
 
M
P
 
P
Y
 
Y
M
 
M
W
 
W
G
 
A
S
 
T
I
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
F
 
Y
N
 
N
P
 
V
E
 
D
K
 
K
V
 
V
K
 
K
A
 
A
A
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
E
D
 
N
A
 
A
P
 
P
T
 
V
N
 
D
S
 
S
W
 
W
D
 
D
L
 
L
L
 
I
F
 
L
K
 
K
P
 
P
E
 
E
N
 
N
A
 
L
A
 
E
K
 
K
L
 
L
K
 
K
A
 
S
C
 
C
G
 
G
I
 
V
S
 
S
F
 
F
L
 
L
D
 
D
S
 
A
P
 
P
T
 
E
E
 
E
M
 
V
I
 
F
P
 
A
V
 
T
A
 
V
L
 
L
H
 
N
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
Y
 
K
-
 
D
P
 
P
T
 
N
D
 
S
S
 
T
Q
 
K
D
 
A
K
 
D
K
 
D
Q
 
Y
L
 
T
A
 
G
E
 
P
A
 
A
E
 
T
A
 
D
L
 
L
F
 
L
L
 
L
K
 
K
I
 
L
R
 
R
P
 
P
S
 
N
I
 
I
G
 
R
Y
 
Y
F
 
F
H
 
H
S
 
S
S
 
S
K
 
Q
Y
 
Y
I
 
I
S
 
N
D
 
D
L
 
L
A
 
A
N
 
N
G
 
G
N
 
D
I
 
I
C
 
C
V
 
V
A
 
A
V
 
I
G
 
G
Y
x
W
S
 
A
G
 
G
D
|
D
I
 
V
Y
 
W
Q
 
Q
A
 
A
K
 
S
S
 
N
R
 
R
A
 
A
A
 
K
E
 
E
A
 
A
G
 
K
G
 
N
K
 
G
V
 
V
K
 
N
V
 
V
S
 
S
Y
 
F
N
 
S
I
 
I
P
 
P
K
 
K
E
 
E
G
 
G
A
 
A
G
 
M
S
 
A
F
|
F
F
 
F
D
|
D
M
 
V
V
 
F
A
 
A
I
 
M
P
 
P
K
 
A
D
 
D
A
 
A
E
 
K
N
 
N
V
 
K
E
 
D
G
 
E
A
 
A
Y
 
Y
K
 
Q
F
 
F
M
 
L
T
 
N
F
 
Y
L
 
L
Q
 
L
K
 
R
P
 
P
E
 
D
I
 
V
M
 
V
A
 
A
E
 
H
I
 
I
T
 
S
D
 
D
T
 
H
V
 
V
S
 
F
F
x
Y
P
 
A
N
 
N
G
 
A
N
 
N
A
 
K
A
 
A
S
 
A
T
 
T
P
 
P
L
 
L
V
 
V
S
 
S
K
 
A
E
 
E
I
 
V
T
 
R
S
 
E
D
 
N
P
 
P
G
 
G
I
 
I
Y
 
Y
P
 
P
P
 
P
A
 
A
D
 
D
V
 
V
Q
 
R
A
 
A
K
 
K
L
 
L
Y
 
F
A
 
T
I
 
L
A
 
K
D
 
V
L
 
Q
P
 
D
A
 
P
A
 
K
T
 
I
Q
 
D
R
 
R
I
 
V
L
 
R
T
 
T
R
 
R
S
 
A
W
 
W
T
 
T
K
 
K
I
 
V
K
 
K
S
 
S
G
 
G

7oyxB E.Coli's putrescine receptor variant potf/d (4jdf) with mutations e39d y87s f88y s247d in complex with spermidine (see paper)
58% identity, 91% coverage: 36:375/375 of query aligns to 2:342/347 of 7oyxB

query
sites
7oyxB
K
|
K
V
x
T
L
 
L
H
 
H
V
 
I
Y
 
Y
N
 
N
W
|
W
S
x
T
D
|
D
Y
|
Y
I
 
I
A
 
A
P
 
P
D
 
D
T
 
T
V
 
V
A
 
A
K
 
N
F
 
F
E
 
E
K
 
K
E
 
E
S
 
T
G
 
G
I
 
I
K
 
K
V
 
V
V
 
V
Y
 
Y
D
 
D
V
|
V
F
 
F
D
 
D
S
 
S
N
 
N
E
 
E
T
 
V
L
 
L
E
 
E
A
 
G
K
 
K
L
 
L
L
 
M
A
 
A
G
 
G
K
 
S
S
 
T
G
 
G
Y
 
F
D
 
D
I
 
L
V
 
V
V
 
V
P
 
P
S
|
S
N
 
A
N
 
S
F
 
Y
L
 
L
A
 
E
K
 
R
Q
 
Q
I
 
L
K
 
T
A
|
A
G
|
G
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
K
 
P
L
 
L
D
 
D
K
 
K
S
 
S
K
 
K
L
 
L
P
 
P
N
 
E
W
 
W
K
 
K
N
 
N
L
 
L
N
 
D
T
 
P
D
 
E
L
 
L
L
 
L
K
 
K
A
 
L
V
 
V
S
 
A
V
x
K
S
 
H
D
 
D
P
 
P
G
 
D
N
 
N
E
 
K
H
 
F
A
 
A
F
 
M
P
 
P
Y
 
Y
M
 
M
W
|
W
G
 
A
S
 
T
I
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
F
 
Y
N
 
N
P
 
V
E
 
D
K
 
K
V
 
V
K
 
K
A
 
A
A
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
E
D
 
N
A
 
A
P
 
P
T
 
V
N
 
D
S
 
S
W
 
W
D
 
D
L
 
L
L
 
I
F
 
L
K
 
K
P
 
P
E
 
E
N
 
N
A
 
L
A
 
E
K
 
K
L
 
L
K
 
K
A
 
S
C
 
C
G
 
G
I
 
V
S
 
S
F
 
F
L
 
L
D
 
D
S
 
D
P
 
P
T
 
E
E
|
E
M
 
V
I
 
F
P
 
A
V
 
T
A
 
V
L
 
L
H
 
N
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
Y
 
K
-
 
D
P
 
P
T
 
N
D
 
S
S
 
T
Q
 
K
D
 
A
K
 
D
K
 
D
Q
 
Y
L
 
T
A
 
G
E
 
P
A
 
A
E
 
T
A
 
D
L
 
L
F
 
L
L
 
L
K
 
K
I
 
L
R
 
R
P
 
P
S
 
N
I
 
I
G
 
R
Y
 
Y
F
 
F
H
 
H
S
 
S
S
 
S
K
 
Q
Y
 
Y
I
 
I
S
 
N
D
 
D
L
 
L
A
 
A
N
 
N
G
 
G
N
 
D
I
 
I
C
 
C
V
 
V
A
 
A
V
 
I
G
 
G
Y
x
W
S
 
A
G
 
G
D
|
D
I
 
V
Y
 
W
Q
 
Q
A
 
A
K
 
S
S
 
N
R
 
R
A
 
A
A
 
K
E
 
E
A
 
A
G
 
K
G
 
N
K
 
G
V
 
V
K
 
N
V
 
V
S
 
S
Y
 
F
N
 
S
I
 
I
P
 
P
K
 
K
E
 
E
G
 
G
A
 
A
G
 
M
S
 
A
F
x
W
F
 
F
D
|
D
M
 
V
V
 
F
A
 
A
I
 
M
P
 
P
K
 
A
D
 
D
A
 
A
E
x
K
N
|
N
V
 
K
E
 
D
G
 
E
A
 
A
Y
 
Y
K
 
Q
F
 
F
M
 
L
T
 
N
F
 
Y
L
 
L
Q
 
L
K
 
R
P
 
P
E
 
D
I
 
V
M
 
V
A
 
A
E
 
H
I
 
I
T
 
S
D
 
D
T
 
H
V
 
V
S
 
F
F
x
Y
P
 
A
N
 
N
G
 
A
N
 
N
A
 
K
A
 
A
S
 
A
T
 
T
P
 
P
L
 
L
V
 
V
S
 
S
K
x
A
E
|
E
I
 
V
T
 
R
S
 
E
D
 
N
P
 
P
G
 
G
I
 
I
Y
 
Y
P
 
P
P
 
P
A
 
A
D
 
D
V
 
V
Q
x
R
A
 
A
K
 
K
L
 
L
Y
 
F
A
 
T
I
 
Q
A
 
K
D
x
V
L
 
Q
P
 
D
A
 
P
A
 
K
T
 
I
Q
 
D
R
 
R
I
 
V
L
 
R
T
 
T
R
 
R
S
 
A
W
 
W
T
 
T
K
 
K
I
 
V
K
 
K
S
 
S
G
 
G
K
 
K

7oywA E.Coli's putrescine receptor variant potf/d (4jdf) with mutations e39d f88l s247d in complex with spermidine (see paper)
58% identity, 91% coverage: 36:375/375 of query aligns to 2:342/348 of 7oywA

query
sites
7oywA
K
 
K
V
 
T
L
 
L
H
 
H
V
 
I
Y
 
Y
N
 
N
W
|
W
S
x
T
D
 
D
Y
|
Y
I
 
I
A
 
A
P
 
P
D
 
D
T
 
T
V
 
V
A
 
A
K
 
N
F
 
F
E
 
E
K
 
K
E
 
E
S
 
T
G
 
G
I
 
I
K
 
K
V
 
V
V
 
V
Y
 
Y
D
 
D
V
 
V
F
 
F
D
 
D
S
 
S
N
 
N
E
 
E
T
 
V
L
 
L
E
 
E
A
 
G
K
 
K
L
 
L
L
 
M
A
 
A
G
 
G
K
 
S
S
 
T
G
 
G
Y
 
F
D
 
D
I
 
L
V
 
V
V
 
V
P
 
P
S
|
S
N
 
A
N
 
Y
F
 
L
L
 
L
A
 
E
K
 
R
Q
 
Q
I
 
L
K
 
T
A
 
A
G
 
G
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
K
 
P
L
 
L
D
 
D
K
 
K
S
 
S
K
 
K
L
 
L
P
 
P
N
 
E
W
 
W
K
 
K
N
 
N
L
 
L
N
 
D
T
 
P
D
 
E
L
 
L
L
 
L
K
 
K
A
 
L
V
 
V
S
 
A
V
 
K
S
 
H
D
 
D
P
 
P
G
 
D
N
 
N
E
 
K
H
 
F
A
 
A
F
 
M
P
 
P
Y
 
Y
M
 
M
W
 
W
G
 
A
S
 
T
I
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
F
 
Y
N
 
N
P
 
V
E
 
D
K
 
K
V
 
V
K
 
K
A
 
A
A
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
E
D
 
N
A
 
A
P
 
P
T
 
V
N
 
D
S
 
S
W
 
W
D
 
D
L
 
L
L
 
I
F
 
L
K
 
K
P
 
P
E
 
E
N
 
N
A
 
L
A
 
E
K
 
K
L
 
L
K
 
K
A
 
S
C
 
C
G
 
G
I
 
V
S
 
S
F
 
F
L
 
L
D
 
D
S
 
D
P
 
P
T
 
E
E
|
E
M
 
V
I
 
F
P
 
A
V
 
T
A
 
V
L
 
L
H
 
N
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
Y
 
K
-
 
D
P
 
P
T
 
N
D
 
S
S
 
T
Q
 
K
D
 
A
K
 
D
K
 
D
Q
 
Y
L
 
T
A
 
G
E
 
P
A
 
A
E
 
T
A
 
D
L
 
L
F
 
L
L
 
L
K
 
K
I
 
L
R
 
R
P
 
P
S
 
N
I
 
I
G
 
R
Y
 
Y
F
 
F
H
 
H
S
 
S
S
 
S
K
 
Q
Y
 
Y
I
 
I
S
 
N
D
 
D
L
 
L
A
 
A
N
 
N
G
 
G
N
 
D
I
 
I
C
 
C
V
 
V
A
 
A
V
 
I
G
 
G
Y
x
W
S
 
A
G
 
G
D
|
D
I
 
V
Y
 
W
Q
 
Q
A
 
A
K
 
S
S
 
N
R
 
R
A
 
A
A
 
K
E
 
E
A
 
A
G
 
K
G
 
N
K
 
G
V
 
V
K
 
N
V
 
V
S
 
S
Y
 
F
N
 
S
I
 
I
P
 
P
K
 
K
E
 
E
G
 
G
A
 
A
G
 
M
S
 
A
F
x
W
F
 
F
D
|
D
M
 
V
V
 
F
A
 
A
I
 
M
P
 
P
K
 
A
D
 
D
A
 
A
E
 
K
N
 
N
V
 
K
E
 
D
G
 
E
A
 
A
Y
 
Y
K
 
Q
F
 
F
M
 
L
T
 
N
F
 
Y
L
 
L
Q
 
L
K
 
R
P
 
P
E
 
D
I
 
V
M
 
V
A
 
A
E
 
H
I
 
I
T
 
S
D
 
D
T
 
H
V
 
V
S
 
F
F
x
Y
P
 
A
N
 
N
G
 
A
N
 
N
A
 
K
A
 
A
S
 
A
T
 
T
P
 
P
L
 
L
V
 
V
S
 
S
K
 
A
E
 
E
I
 
V
T
 
R
S
 
E
D
 
N
P
 
P
G
 
G
I
 
I
Y
 
Y
P
 
P
P
|
P
A
|
A
D
 
D
V
 
V
Q
x
R
A
 
A
K
 
K
L
 
L
Y
 
F
A
 
T
I
 
Q
A
 
K
D
 
V
L
 
Q
P
 
D
A
 
P
A
 
K
T
 
I
Q
 
D
R
 
R
I
 
V
L
 
R
T
 
T
R
 
R
S
 
A
W
 
W
T
 
T
K
 
K
I
 
V
K
 
K
S
 
S
G
 
G
K
 
K

7oyvA E.Coli's putrescine receptor variant potf/d (4jdf) with mutations e39d f88a s247d in complex with spermidine (see paper)
58% identity, 90% coverage: 36:374/375 of query aligns to 2:341/341 of 7oyvA

query
sites
7oyvA
K
|
K
V
x
T
L
 
L
H
 
H
V
 
I
Y
 
Y
N
 
N
W
|
W
S
x
T
D
 
D
Y
|
Y
I
 
I
A
 
A
P
 
P
D
 
D
T
 
T
V
 
V
A
 
A
K
 
N
F
 
F
E
|
E
K
|
K
E
 
E
S
 
T
G
 
G
I
 
I
K
|
K
V
 
V
V
 
V
Y
 
Y
D
 
D
V
 
V
F
 
F
D
 
D
S
 
S
N
 
N
E
 
E
T
 
V
L
 
L
E
 
E
A
 
G
K
 
K
L
 
L
L
 
M
A
 
A
G
 
G
K
 
S
S
 
T
G
 
G
Y
 
F
D
 
D
I
 
L
V
 
V
V
 
V
P
 
P
S
|
S
N
 
A
N
 
Y
F
 
A
L
 
L
A
 
E
K
 
R
Q
 
Q
I
 
L
K
 
T
A
 
A
G
 
G
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
K
 
P
L
 
L
D
 
D
K
 
K
S
 
S
K
 
K
L
 
L
P
 
P
N
 
E
W
 
W
K
 
K
N
 
N
L
 
L
N
 
D
T
 
P
D
 
E
L
 
L
L
 
L
K
 
K
A
 
L
V
 
V
S
 
A
V
 
K
S
 
H
D
 
D
P
 
P
G
 
D
N
 
N
E
 
K
H
 
F
A
 
A
F
 
M
P
 
P
Y
 
Y
M
 
M
W
 
W
G
 
A
S
 
T
I
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
F
 
Y
N
 
N
P
 
V
E
 
D
K
 
K
V
 
V
K
 
K
A
 
A
A
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
E
D
 
N
A
 
A
P
 
P
T
 
V
N
 
D
S
 
S
W
 
W
D
 
D
L
 
L
L
 
I
F
 
L
K
 
K
P
 
P
E
 
E
N
 
N
A
 
L
A
 
E
K
 
K
L
 
L
K
 
K
A
 
S
C
 
C
G
 
G
I
 
V
S
 
S
F
 
F
L
 
L
D
 
D
S
 
D
P
 
P
T
 
E
E
|
E
M
 
V
I
 
F
P
 
A
V
 
T
A
 
V
L
 
L
H
 
N
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
Y
 
K
-
 
D
P
 
P
T
 
N
D
 
S
S
 
T
Q
 
K
D
 
A
K
 
D
K
 
D
Q
 
Y
L
 
T
A
 
G
E
 
P
A
 
A
E
 
T
A
 
D
L
 
L
F
 
L
L
 
L
K
 
K
I
 
L
R
 
R
P
 
P
S
 
N
I
 
I
G
 
R
Y
 
Y
F
 
F
H
 
H
S
 
S
S
 
S
K
 
Q
Y
 
Y
I
 
I
S
 
N
D
 
D
L
 
L
A
 
A
N
 
N
G
 
G
N
 
D
I
 
I
C
 
C
V
 
V
A
 
A
V
 
I
G
 
G
Y
x
W
S
 
A
G
 
G
D
|
D
I
 
V
Y
 
W
Q
 
Q
A
 
A
K
 
S
S
 
N
R
 
R
A
 
A
A
 
K
E
 
E
A
 
A
G
 
K
G
 
N
K
 
G
V
 
V
K
 
N
V
 
V
S
 
S
Y
 
F
N
 
S
I
 
I
P
 
P
K
 
K
E
 
E
G
 
G
A
 
A
G
 
M
S
 
A
F
x
W
F
 
F
D
|
D
M
 
V
V
 
F
A
 
A
I
 
M
P
 
P
K
 
A
D
 
D
A
 
A
E
 
K
N
|
N
V
 
K
E
 
D
G
 
E
A
 
A
Y
 
Y
K
 
Q
F
 
F
M
 
L
T
 
N
F
 
Y
L
 
L
Q
 
L
K
 
R
P
 
P
E
 
D
I
 
V
M
 
V
A
 
A
E
 
H
I
 
I
T
 
S
D
 
D
T
 
H
V
 
V
S
 
F
F
x
Y
P
 
A
N
 
N
G
 
A
N
 
N
A
 
K
A
 
A
S
 
A
T
 
T
P
 
P
L
 
L
V
 
V
S
 
S
K
 
A
E
 
E
I
 
V
T
 
R
S
 
E
D
 
N
P
 
P
G
 
G
I
 
I
Y
 
Y
P
 
P
P
|
P
A
|
A
D
 
D
V
 
V
Q
x
R
A
 
A
K
 
K
L
 
L
Y
 
F
A
 
T
I
 
Q
A
 
K
D
 
V
L
 
Q
P
 
D
A
 
P
A
 
K
T
 
I
Q
 
D
R
 
R
I
 
V
L
 
R
T
 
T
R
 
R
S
 
A
W
 
W
T
 
T
K
 
K
I
 
V
K
 
K
S
 
S
G
 
G

Sites not aligning to the query:

3ttnA Crystal structures of polyamine receptors spud and spue from pseudomonas aeruginosa (see paper)
58% identity, 89% coverage: 38:372/375 of query aligns to 2:335/335 of 3ttnA

query
sites
3ttnA
L
 
L
H
 
H
V
 
I
Y
 
Y
N
 
N
W
|
W
S
x
T
D
 
D
Y
|
Y
I
 
I
A
 
A
P
 
P
D
 
T
T
 
T
V
 
L
A
 
K
K
 
D
F
 
F
E
 
T
K
 
K
E
 
E
S
 
S
G
 
G
I
 
I
K
 
D
V
 
V
V
 
S
Y
 
Y
D
 
D
V
 
V
F
 
F
D
 
D
S
 
S
N
 
N
E
 
E
T
 
T
L
 
L
E
 
E
A
 
G
K
 
K
L
 
L
L
 
V
A
 
S
G
 
G
K
 
H
S
 
S
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
I
 
I
V
 
V
V
 
V
P
 
P
S
|
S
N
 
N
N
 
N
F
 
F
L
 
L
A
 
G
K
 
K
Q
 
Q
I
 
I
K
 
Q
A
 
A
G
 
G
V
 
A
Y
 
F
Q
 
Q
K
 
K
L
 
L
D
 
D
K
 
K
S
 
S
K
 
K
L
 
L
P
 
P
N
 
N
W
 
W
K
 
K
N
 
N
L
 
L
N
 
D
T
 
P
D
 
A
L
 
L
L
 
L
K
 
K
A
 
Q
V
 
L
S
 
E
V
 
V
S
 
S
D
 
D
P
 
P
G
 
G
N
 
N
E
 
Q
H
 
Y
A
 
A
F
 
V
P
 
P
Y
 
Y
M
 
L
W
 
W
G
 
G
S
 
T
I
 
N
G
 
G
I
 
I
G
 
G
F
 
Y
N
 
N
P
 
V
E
 
A
K
 
K
V
 
V
K
 
K
A
 
E
A
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
-
D
 
D
A
 
Q
P
 
P
T
 
I
N
 
D
S
 
S
W
 
W
D
 
A
L
 
I
L
 
L
F
 
F
K
 
E
P
 
P
E
 
E
N
 
N
A
 
M
A
 
K
K
 
K
L
 
L
K
 
A
A
 
K
C
 
C
G
 
G
I
 
V
S
 
A
F
 
F
L
 
M
D
 
D
S
 
S
P
 
G
T
 
D
E
|
E
M
 
M
I
 
L
P
 
P
V
 
A
A
 
A
L
 
L
H
 
N
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
Y
 
L
P
 
D
T
 
P
D
 
N
S
 
T
Q
 
H
D
 
D
K
 
P
K
 
K
Q
 
D
L
 
Y
A
 
K
E
 
K
A
 
A
E
 
E
A
 
E
L
 
V
F
 
L
L
 
T
K
 
K
I
 
V
R
 
R
P
 
P
S
 
Y
I
 
V
G
 
S
Y
 
Y
F
 
F
H
 
H
S
 
S
S
 
S
K
 
K
Y
 
Y
I
 
I
S
 
S
D
 
D
L
 
L
A
 
A
N
 
N
G
 
G
N
 
N
I
 
I
C
 
C
V
 
V
A
 
A
V
 
F
G
 
G
Y
|
Y
S
 
S
G
 
G
D
|
D
I
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
A
 
A
K
 
A
S
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
E
E
 
E
A
 
A
G
 
G
G
 
K
K
 
G
V
 
I
K
 
D
V
 
I
S
 
Q
Y
 
Y
N
 
V
I
 
I
P
 
P
K
 
K
E
 
E
G
 
G
A
 
A
G
 
N
S
 
L
F
x
W
F
 
F
D
|
D
M
 
L
V
 
M
A
 
A
I
 
I
P
 
P
K
 
A
D
 
D
A
 
A
E
 
K
N
 
A
V
 
A
E
 
D
G
 
N
A
 
A
Y
 
Y
K
 
A
F
 
F
M
 
I
T
 
D
F
 
Y
L
 
L
Q
 
L
K
 
R
P
 
P
E
 
E
I
 
V
M
 
I
A
 
A
E
 
K
I
 
V
T
 
S
D
 
D
T
 
Y
V
 
V
S
 
G
F
 
Y
P
 
A
N
 
N
G
 
A
N
 
I
A
 
P
A
 
G
S
 
A
T
 
R
P
 
P
L
 
L
V
 
M
S
 
D
K
 
K
E
 
S
I
 
V
T
 
S
S
 
D
D
 
S
P
 
E
G
 
E
I
 
V
Y
 
Y
P
 
P
P
 
P
A
 
Q
D
 
A
V
 
V
Q
 
L
A
 
D
K
 
K
L
 
L
Y
 
Y
A
 
V
I
 
S
A
 
A
D
 
V
L
 
L
P
 
P
A
 
A
A
 
K
T
 
V
Q
 
L
R
 
R
I
 
L
L
 
Q
T
 
T
R
 
R
S
 
T
W
 
W
T
 
T
K
 
R
I
 
I
K
 
K

P0AFK9 Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein; SPBP from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
34% identity, 93% coverage: 27:375/375 of query aligns to 18:348/348 of P0AFK9

query
sites
P0AFK9
M
|
M
A
x
S
G
x
A
A
|
A
V
x
H
Q
x
A
A
 
D
D
 
D
D
 
N
K
 
N
V
 
T
L
 
L
H
 
Y
V
 
F
Y
 
Y
N
 
N
W
 
W
S
 
T
D
x
E
Y
 
Y
I
 
V
A
 
P
P
 
P
D
 
G
T
 
L
V
 
L
A
 
E
K
 
Q
F
 
F
E
 
T
K
 
K
E
 
E
S
 
T
G
 
G
I
 
I
K
 
K
V
 
V
V
 
I
Y
 
Y
D
 
S
V
 
T
F
 
Y
D
 
E
S
 
S
N
 
N
E
 
E
T
 
T
L
 
M
E
 
Y
A
 
A
K
 
K
L
 
L
L
 
K
A
 
T
G
 
Y
K
 
K
S
 
D
G
 
G
-
 
A
Y
 
Y
D
 
D
I
 
L
V
 
V
V
 
V
P
 
P
S
 
S
N
 
T
N
x
Y
F
 
Y
L
 
V
A
 
D
K
 
K
Q
 
M
I
 
R
K
 
K
A
 
E
G
 
G
V
 
M
Y
 
I
Q
 
Q
K
 
K
L
 
I
D
 
D
K
 
K
S
 
S
K
 
K
L
 
L
P
 
T
N
 
N
W
 
F
K
 
S
N
 
N
L
 
L
N
 
D
T
 
P
D
 
D
L
 
M
L
 
L
K
 
N
A
 
-
V
 
-
S
 
K
V
 
P
S
 
F
D
 
D
P
 
P
G
 
N
N
 
N
E
 
D
H
 
Y
A
 
S
F
 
I
P
 
P
Y
 
Y
M
 
I
W
 
W
G
 
G
S
 
A
I
 
T
G
 
A
I
 
I
G
 
G
F
 
V
N
 
N
P
 
G
E
 
D
K
 
A
V
 
V
K
 
D
A
 
P
A
 
K
L
 
-
G
 
-
A
 
-
D
 
-
A
 
-
P
 
S
T
 
V
N
 
T
S
 
S
W
 
W
D
 
A
L
 
D
L
 
L
F
 
W
K
 
K
P
 
P
E
 
E
N
 
Y
A
 
K
A
 
G
K
 
S
L
 
L
K
 
-
A
 
-
C
 
-
G
 
-
I
 
-
S
 
L
F
 
L
L
 
T
D
 
D
S
x
D
P
x
A
T
x
R
E
|
E
M
 
V
I
 
F
P
 
Q
V
 
M
A
 
A
L
 
L
H
 
R
Y
 
K
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
P
 
S
T
 
G
D
 
N
S
 
T
Q
 
T
D
 
D
K
 
P
K
 
K
Q
 
E
L
 
I
A
 
E
E
 
A
A
 
A
E
 
Y
A
 
N
L
 
E
F
 
L
L
 
K
K
 
K
I
 
L
R
 
M
P
 
P
S
 
N
I
 
V
G
 
A
Y
 
A
F
 
F
H
 
N
S
 
S
S
 
D
K
 
N
Y
 
P
I
 
A
S
 
N
D
 
P
L
 
Y
A
 
M
N
 
E
G
 
G
N
 
E
I
 
V
C
 
N
V
 
L
A
 
G
V
 
M
G
 
I
Y
 
W
S
 
N
G
 
G
D
 
S
I
 
A
Y
 
F
Q
 
V
A
 
A
K
 
R
S
 
-
R
 
-
A
 
-
A
 
-
E
 
Q
A
 
A
G
 
G
G
 
T
K
 
P
V
 
I
K
 
D
V
 
V
S
 
V
Y
 
W
N
 
-
I
 
-
P
 
P
K
 
K
E
 
E
G
 
G
A
 
G
G
 
I
S
 
F
F
 
W