SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Pf6N2E2_4777 5-aminopentanamidase (EC 3.5.1.30) to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4izuA The e41q mutant of the amidase from nesterenkonia sp. An1 showing the result of michael addition of acrylamide at the active site cysteine
36% identity, 98% coverage: 1:258/264 of query aligns to 2:250/254 of 4izuA

query
sites
4izuA
M
 
M
R
 
R
V
 
I
A
 
A
L
 
L
Y
 
M
Q
 
Q
C
 
H
P
 
T
P
 
A
L
 
R
P
 
P
L
 
L
D
 
D
P
 
P
A
x
Q
G
 
H
N
 
N
L
 
L
H
 
D
R
 
L
L
 
I
H
 
D
Q
 
D
V
 
A
A
 
A
L
 
A
E
 
R
A
 
A
-
 
S
-
 
E
R
 
Q
G
 
G
A
 
A
D
 
Q
V
 
L
L
 
L
V
 
L
L
 
T
P
 
P
E
x
Q
M
 
L
F
 
F
M
 
G
T
 
F
G
 
G
Y
|
Y
N
 
V
I
 
P
G
 
S
V
 
Q
D
 
I
A
x
C
V
 
A
N
 
Q
V
 
V
L
 
S
A
 
A
E
 
E
V
 
Q
Y
 
V
N
 
D
G
 
A
E
x
A
W
 
R
A
 
S
Q
x
R
Q
 
-
I
 
L
A
 
R
R
 
G
I
 
I
A
 
A
K
 
R
A
 
D
A
 
R
G
 
G
L
 
I
A
 
A
I
 
L
V
 
V
Y
 
W
G
 
S
Y
 
L
P
 
P
E
 
G
R
 
P
G
 
E
E
 
G
D
x
P
G
x
E
Q
 
Q
I
 
R
Y
 
G
N
 
I
A
 
T
V
 
A
Q
 
E
L
 
L
I
 
A
D
 
D
A
 
E
Q
 
H
G
 
G
E
 
E
R
 
V
L
 
L
A
 
A
N
 
S
Y
 
Y
R
 
Q
K
|
K
S
 
V
H
 
Q
L
 
L
F
x
Y
G
 
G
D
 
P
L
 
E
D
 
E
H
 
K
A
 
A
M
 
A
F
 
F
S
 
V
A
 
P
G
 
G
D
 
E
A
 
Q
A
 
P
L
 
P
P
 
P
I
 
V
V
 
L
E
 
S
L
 
W
N
 
G
G
 
G
W
 
R
K
 
Q
L
 
L
G
 
S
L
 
L
L
 
L
I
 
V
C
|
C
Y
|
Y
D
 
D
L
 
V
E
 
E
F
 
F
P
 
P
E
 
E
N
 
M
A
 
V
R
 
R
R
 
A
L
 
A
A
 
A
L
 
A
A
 
R
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
L
 
L
I
 
V
L
 
L
V
 
V
P
 
P
T
 
T
A
 
A
N
 
L
M
 
A
Q
 
G
P
 
D
Y
 
E
E
 
T
F
 
S
I
 
V
A
 
P
D
 
G
V
 
I
T
 
L
V
 
L
R
 
P
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
V
E
 
E
N
 
N
Q
 
G
C
 
I
F
 
T
V
 
L
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
N
 
N
Y
 
H
C
 
C
G
 
G
H
 
P
E
 
E
G
 
G
E
 
G
L
 
L
Q
 
V
Y
 
F
C
 
D
G
 
G
Q
 
G
S
 
S
S
 
V
I
 
V
A
 
V
A
 
G
P
 
P
N
 
A
G
 
G
S
 
Q
R
 
P
P
 
L
A
 
G
L
 
E
A
 
L
G
 
G
L
 
V
D
 
E
E
 
P
A
 
G
L
 
L
I
 
L
V
 
V
A
 
V
E
 
D
L
 
L
D
 
-
R
 
-
Q
 
-
L
 
-
M
 
-
D
 
-
D
 
-
S
 
-
R
 
-
A
 
-
A
 
P
Y
 
A
N
 
D
Y
 
Y
L
 
L
H
 
Q
D
 
D
R
 
R
R
 
R
P
 
A
E
 
E
L
 
L
Y
 
H

4iztA The e41q mutant of the amidase from nesterenkonia sp. An1 showing covalent addition of the acetamide moiety of fluoroacetamide at the active site cysteine
36% identity, 98% coverage: 1:258/264 of query aligns to 10:259/263 of 4iztA

query
sites
4iztA
M
 
M
R
 
R
V
 
I
A
 
A
L
 
L
Y
 
M
Q
 
Q
C
 
H
P
 
T
P
 
A
L
 
R
P
 
P
L
 
L
D
 
D
P
 
P
A
 
Q
G
 
H
N
 
N
L
 
L
H
 
D
R
 
L
L
 
I
H
 
D
Q
 
D
V
 
A
A
 
A
L
 
A
E
 
R
A
 
A
-
 
S
-
 
E
R
 
Q
G
 
G
A
 
A
D
 
Q
V
 
L
L
 
L
V
 
L
L
 
T
P
 
P
E
 
Q
M
 
L
F
 
F
M
 
G
T
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
V
I
 
P
G
 
S
V
 
Q
D
 
I
A
 
C
V
 
A
N
 
Q
V
 
V
L
 
S
A
 
A
E
 
E
V
 
Q
Y
 
V
N
 
D
G
 
A
E
 
A
W
 
R
A
 
S
Q
 
R
Q
 
-
I
 
L
A
 
R
R
 
G
I
 
I
A
 
A
K
 
R
A
 
D
A
 
R
G
 
G
L
 
I
A
 
A
I
 
L
V
 
V
Y
 
W
G
 
S
Y
 
L
P
 
P
E
 
G
R
 
P
G
 
E
E
 
G
D
 
P
G
 
E
Q
 
Q
I
 
R
Y
 
G
N
 
I
A
 
T
V
 
A
Q
 
E
L
 
L
I
 
A
D
 
D
A
 
E
Q
 
H
G
 
G
E
 
E
R
 
V
L
 
L
A
 
A
N
 
S
Y
 
Y
R
 
Q
K
 
K
S
 
V
H
 
Q
L
 
L
F
x
Y
G
 
G
D
 
P
L
 
E
D
 
E
H
 
K
A
 
A
M
 
A
F
 
F
S
 
V
A
 
P
G
 
G
D
 
E
A
 
Q
A
 
P
L
 
P
P
 
P
I
 
V
V
 
L
E
 
S
L
 
W
N
 
G
G
 
G
W
 
R
K
 
Q
L
 
L
G
 
S
L
 
L
L
 
L
I
 
V
C
 
C
Y
 
Y
D
 
D
L
 
V
E
|
E
F
 
F
P
 
P
E
 
E
N
 
M
A
 
V
R
 
R
R
 
A
L
 
A
A
 
A
L
 
A
A
 
R
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
L
 
L
I
 
V
L
 
L
V
 
V
P
 
P
T
 
T
A
|
A
N
x
L
M
 
A
Q
 
G
P
 
D
Y
 
E
E
 
T
F
 
S
I
 
V
A
 
P
D
 
G
V
 
I
T
 
L
V
 
L
R
 
P
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
V
E
 
E
N
 
N
Q
 
G
C
 
I
F
 
T
V
 
L
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
N
 
N
Y
 
H
C
 
C
G
 
G
H
 
P
E
 
E
G
 
G
E
 
G
L
 
L
Q
 
V
Y
 
F
C
 
D
G
 
G
Q
 
G
S
 
S
S
 
V
I
 
V
A
 
V
A
 
G
P
 
P
N
 
A
G
 
G
S
 
Q
R
 
P
P
 
L
A
 
G
L
 
E
A
 
L
G
 
G
L
 
V
D
 
E
E
 
P
A
 
G
L
 
L
I
 
L
V
 
V
A
 
V
E
 
D
L
 
L
D
 
P
R
 
D
Q
 
-
L
 
-
M
 
-
D
 
-
D
 
-
S
 
-
R
 
-
A
 
-
A
 
-
Y
 
A
N
 
D
Y
 
Y
L
 
L
H
 
Q
D
 
D
R
 
R
R
 
R
P
 
A
E
 
E
L
 
L
Y
 
H

5nycA A c145a mutant of nesterenkonia an1 amidase bound to propionitrile
36% identity, 98% coverage: 1:258/264 of query aligns to 9:257/261 of 5nycA

query
sites
5nycA
M
 
M
R
 
R
V
 
I
A
 
A
L
 
L
Y
 
M
Q
 
Q
C
 
H
P
 
T
P
 
A
L
 
R
P
 
P
L
 
L
D
 
D
P
 
P
A
 
Q
G
 
H
N
 
N
L
 
L
H
 
D
R
 
L
L
 
I
H
 
D
Q
 
D
V
 
A
A
 
A
L
 
A
E
 
R
A
 
A
-
 
S
-
 
E
R
 
Q
G
 
G
A
 
A
D
 
Q
V
 
L
L
 
L
V
 
L
L
 
T
P
 
P
E
 
E
M
 
L
F
 
F
M
 
G
T
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
V
I
 
P
G
 
S
V
 
Q
D
 
I
A
 
C
V
 
A
N
 
Q
V
 
V
L
 
S
A
 
A
E
 
E
V
 
Q
Y
 
V
N
 
D
G
 
A
E
x
A
W
 
R
A
 
S
Q
x
R
Q
 
-
I
 
L
A
 
R
R
 
G
I
 
I
A
 
A
K
 
R
A
 
D
A
 
R
G
 
G
L
 
I
A
 
A
I
 
L
V
 
V
Y
 
W
G
 
S
Y
 
L
P
 
P
E
 
G
R
 
P
G
 
E
E
 
G
D
 
P
G
 
E
Q
 
Q
I
 
R
Y
 
G
N
 
I
A
 
T
V
 
A
Q
 
E
L
 
L
I
 
A
D
 
D
A
 
E
Q
 
H
G
 
G
E
 
E
R
 
V
L
 
L
A
 
A
N
 
S
Y
 
Y
R
 
Q
K
 
K
S
 
V
H
 
Q
L
 
L
F
x
Y
G
 
G
D
 
P
L
 
E
D
 
E
H
 
K
A
 
A
M
 
A
F
 
F
S
 
V
A
 
P
G
 
G
D
 
E
A
 
Q
A
 
P
L
 
P
P
 
P
I
 
V
V
 
L
E
 
S
L
 
W
N
 
G
G
 
G
W
 
R
K
 
Q
L
 
L
G
 
S
L
 
L
L
 
L
I
 
V
C
x
A
Y
|
Y
D
 
D
L
 
V
E
|
E
F
 
F
P
 
P
E
 
E
N
 
M
A
 
V
R
 
R
R
 
A
L
 
A
A
 
A
L
 
A
A
 
R
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
L
 
L
I
 
V
L
 
L
V
 
V
P
 
P
T
 
T
A
|
A
N
x
L
M
 
A
Q
 
G
P
 
D
Y
 
E
E
 
T
F
 
S
I
 
V
A
 
P
D
 
G
V
 
I
T
 
L
V
 
L
R
 
P
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
V
E
 
E
N
 
N
Q
 
G
C
 
I
F
 
T
V
 
L
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
N
 
N
Y
 
H
C
 
C
G
 
G
H
 
P
E
 
E
G
 
G
E
 
G
L
 
L
Q
 
V
Y
 
F
C
 
D
G
 
G
Q
 
G
S
 
S
S
 
V
I
 
V
A
 
V
A
 
G
P
 
P
N
 
A
G
 
G
S
 
Q
R
 
P
P
 
L
A
 
G
L
 
E
A
 
L
G
 
G
L
 
V
D
 
E
E
 
P
A
 
G
L
 
L
I
 
L
V
 
V
A
 
V
E
 
D
L
 
L
D
 
-
R
 
-
Q
 
-
L
 
-
M
 
-
D
 
-
D
 
-
S
 
-
R
 
-
A
 
-
A
 
P
Y
 
A
N
 
D
Y
 
Y
L
 
L
H
 
Q
D
 
D
R
 
R
R
 
R
P
 
A
E
 
E
L
 
L
Y
 
H

4izsA The c145a mutant of the amidase from nesterenkonia sp. An1 in complex with butyramide
36% identity, 98% coverage: 1:258/264 of query aligns to 9:257/261 of 4izsA

query
sites
4izsA
M
 
M
R
 
R
V
 
I
A
 
A
L
 
L
Y
 
M
Q
 
Q
C
 
H
P
 
T
P
 
A
L
 
R
P
 
P
L
 
L
D
 
D
P
 
P
A
 
Q
G
 
H
N
 
N
L
 
L
H
 
D
R
 
L
L
 
I
H
 
D
Q
 
D
V
 
A
A
 
A
L
 
A
E
 
R
A
 
A
-
 
S
-
 
E
R
 
Q
G
 
G
A
 
A
D
 
Q
V
 
L
L
 
L
V
 
L
L
 
T
P
 
P
E
|
E
M
 
L
F
 
F
M
 
G
T
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
V
I
 
P
G
 
S
V
 
Q
D
 
I
A
 
C
V
 
A
N
 
Q
V
 
V
L
 
S
A
 
A
E
 
E
V
 
Q
Y
 
V
N
 
D
G
 
A
E
 
A
W
 
R
A
 
S
Q
 
R
Q
 
-
I
 
L
A
 
R
R
 
G
I
 
I
A
 
A
K
 
R
A
 
D
A
 
R
G
 
G
L
 
I
A
 
A
I
 
L
V
 
V
Y
 
W
G
 
S
Y
 
L
P
 
P
E
 
G
R
 
P
G
 
E
E
 
G
D
 
P
G
 
E
Q
 
Q
I
 
R
Y
 
G
N
 
I
A
 
T
V
 
A
Q
 
E
L
 
L
I
 
A
D
 
D
A
 
E
Q
 
H
G
 
G
E
 
E
R
 
V
L
 
L
A
 
A
N
 
S
Y
 
Y
R
 
Q
K
|
K
S
 
V
H
 
Q
L
 
L
F
x
Y
G
 
G
D
 
P
L
 
E
D
x
E
H
 
K
A
 
A
M
 
A
F
 
F
S
 
V
A
 
P
G
 
G
D
 
E
A
 
Q
A
 
P
L
 
P
P
 
P
I
 
V
V
 
L
E
 
S
L
 
W
N
 
G
G
 
G
W
 
R
K
 
Q
L
 
L
G
 
S
L
 
L
L
 
L
I
 
V
C
x
A
Y
|
Y
D
 
D
L
 
V
E
|
E
F
 
F
P
 
P
E
 
E
N
 
M
A
 
V
R
 
R
R
 
A
L
 
A
A
 
A
L
 
A
A
 
R
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
L
 
L
I
 
V
L
 
L
V
 
V
P
 
P
T
 
T
A
|
A
N
 
L
M
 
A
Q
 
G
P
 
D
Y
 
E
E
 
T
F
 
S
I
 
V
A
 
P
D
 
G
V
 
I
T
 
L
V
 
L
R
 
P
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
V
E
 
E
N
 
N
Q
 
G
C
 
I
F
 
T
V
 
L
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
N
 
N
Y
 
H
C
 
C
G
 
G
H
 
P
E
 
E
G
 
G
E
 
G
L
 
L
Q
 
V
Y
 
F
C
 
D
G
 
G
Q
 
G
S
 
S
S
 
V
I
 
V
A
 
V
A
 
G
P
 
P
N
 
A
G
 
G
S
 
Q
R
 
P
P
 
L
A
 
G
L
 
E
A
 
L
G
 
G
L
 
V
D
 
E
E
 
P
A
 
G
L
 
L
I
 
L
V
 
V
A
 
V
E
 
D
L
 
L
D
 
-
R
 
-
Q
 
-
L
 
-
M
 
-
D
 
-
D
 
-
S
 
-
R
 
-
A
 
-
A
 
P
Y
 
A
N
 
D
Y
 
Y
L
 
L
H
 
Q
D
 
D
R
 
R
R
 
R
P
 
A
E
 
E
L
 
L
Y
 
H

5nybA A c145a mutant of nesterenkonia an1 amidase bound to adipamide
36% identity, 98% coverage: 1:258/264 of query aligns to 9:258/262 of 5nybA

query
sites
5nybA
M
 
M
R
 
R
V
 
I
A
 
A
L
 
L
Y
 
M
Q
 
Q
C
 
H
P
 
T
P
 
A
L
 
R
P
 
P
L
 
L
D
 
D
P
 
P
A
 
Q
G
 
H
N
 
N
L
 
L
H
 
D
R
 
L
L
 
I
H
 
D
Q
 
D
V
 
A
A
 
A
L
 
A
E
 
R
A
 
A
-
 
S
-
 
E
R
 
Q
G
 
G
A
 
A
D
 
Q
V
 
L
L
 
L
V
 
L
L
 
T
P
 
P
E
|
E
M
 
L
F
 
F
M
 
G
T
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
V
I
 
P
G
 
S
V
 
Q
D
 
I
A
 
C
V
 
A
N
 
Q
V
 
V
L
 
S
A
 
A
E
 
E
V
 
Q
Y
 
V
N
 
D
G
 
A
E
 
A
W
 
R
A
 
S
Q
 
R
Q
 
-
I
 
L
A
 
R
R
 
G
I
 
I
A
 
A
K
 
R
A
 
D
A
 
R
G
 
G
L
 
I
A
 
A
I
 
L
V
 
V
Y
 
W
G
 
S
Y
 
L
P
 
P
E
 
G
R
 
P
G
 
E
E
 
G
D
 
P
G
 
E
Q
 
Q
I
 
R
Y
 
G
N
 
I
A
 
T
V
 
A
Q
 
E
L
 
L
I
 
A
D
 
D
A
 
E
Q
 
H
G
 
G
E
 
E
R
 
V
L
 
L
A
 
A
N
 
S
Y
 
Y
R
 
Q
K
|
K
S
 
V
H
 
Q
L
 
L
F
x
Y
G
 
G
D
 
P
L
 
E
D
x
E
H
 
K
A
 
A
M
 
A
F
 
F
S
 
V
A
 
P
G
 
G
D
 
E
A
 
Q
A
 
P
L
 
P
P
 
P
I
 
V
V
 
L
E
 
S
L
 
W
N
 
G
G
 
G
W
 
R
K
 
Q
L
 
L
G
 
S
L
 
L
L
 
L
I
 
V
C
x
A
Y
|
Y
D
 
D
L
 
V
E
|
E
F
 
F
P
 
P
E
 
E
N
 
M
A
 
V
R
 
R
R
 
A
L
 
A
A
 
A
L
 
A
A
 
R
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
L
 
L
I
 
V
L
 
L
V
 
V
P
 
P
T
 
T
A
|
A
N
 
L
M
 
A
Q
 
G
P
 
D
Y
 
E
E
 
T
F
 
S
I
 
V
A
 
P
D
 
G
V
 
I
T
 
L
V
 
L
R
 
P
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
V
E
 
E
N
 
N
Q
 
G
C
 
I
F
 
T
V
 
L
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
N
 
N
Y
 
H
C
 
C
G
 
G
H
 
P
E
 
E
G
 
G
E
 
G
L
 
L
Q
 
V
Y
 
F
C
 
D
G
 
G
Q
 
G
S
 
S
S
 
V
I
 
V
A
 
V
A
 
G
P
 
P
N
 
A
G
 
G
S
 
Q
R
 
P
P
 
L
A
 
G
L
 
E
A
 
L
G
 
G
L
 
V
D
 
E
E
 
P
A
 
G
L
 
L
I
 
L
V
 
V
A
 
V
E
 
D
L
 
L
D
 
P
R
 
D
Q
 
A
L
 
-
M
 
-
D
 
-
D
 
-
S
 
-
R
 
-
A
 
-
A
 
-
Y
 
-
N
 
D
Y
 
Y
L
 
L
H
 
Q
D
 
D
R
 
R
R
 
R
P
 
A
E
 
E
L
 
L
Y
 
H

5ny7A A c145a mutant of nesterenkonia an1 amidase bound to nicotinamide
36% identity, 98% coverage: 1:258/264 of query aligns to 9:258/262 of 5ny7A

query
sites
5ny7A
M
 
M
R
 
R
V
 
I
A
 
A
L
 
L
Y
 
M
Q
 
Q
C
 
H
P
 
T
P
 
A
L
 
R
P
 
P
L
 
L
D
 
D
P
 
P
A
 
Q
G
 
H
N
 
N
L
 
L
H
 
D
R
 
L
L
 
I
H
 
D
Q
 
D
V
 
A
A
 
A
L
 
A
E
 
R
A
 
A
-
 
S
-
 
E
R
 
Q
G
 
G
A
 
A
D
 
Q
V
 
L
L
 
L
V
 
L
L
 
T
P
 
P
E
 
E
M
 
L
F
 
F
M
 
G
T
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
V
I
 
P
G
 
S
V
 
Q
D
 
I
A
 
C
V
 
A
N
 
Q
V
 
V
L
 
S
A
 
A
E
 
E
V
 
Q
Y
 
V
N
 
D
G
 
A
E
 
A
W
x
R
A
 
S
Q
 
R
Q
 
-
I
 
L
A
 
R
R
 
G
I
 
I
A
 
A
K
 
R
A
 
D
A
 
R
G
 
G
L
 
I
A
 
A
I
 
L
V
 
V
Y
 
W
G
 
S
Y
 
L
P
 
P
E
 
G
R
x
P
G
 
E
E
 
G
D
 
P
G
 
E
Q
 
Q
I
 
R
Y
 
G
N
 
I
A
x
T
V
 
A
Q
x
E
L
 
L
I
 
A
D
 
D
A
 
E
Q
 
H
G
 
G
E
 
E
R
 
V
L
 
L
A
 
A
N
x
S
Y
 
Y
R
 
Q
K
|
K
S
 
V
H
 
Q
L
 
L
F
x
Y
G
 
G
D
 
P
L
 
E
D
 
E
H
 
K
A
 
A
M
 
A
F
 
F
S
 
V
A
 
P
G
 
G
D
 
E
A
 
Q
A
 
P
L
 
P
P
 
P
I
 
V
V
 
L
E
 
S
L
 
W
N
 
G
G
 
G
W
 
R
K
 
Q
L
 
L
G
 
S
L
 
L
L
 
L
I
 
V
C
x
A
Y
|
Y
D
 
D
L
 
V
E
|
E
F
 
F
P
 
P
E
 
E
N
 
M
A
 
V
R
 
R
R
 
A
L
 
A
A
 
A
L
 
A
A
 
R
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
L
 
L
I
 
V
L
 
L
V
 
V
P
 
P
T
 
T
A
|
A
N
x
L
M
 
A
Q
 
G
P
 
D
Y
 
E
E
 
T
F
 
S
I
 
V
A
 
P
D
 
G
V
 
I
T
 
L
V
 
L
R
 
P
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
V
E
 
E
N
 
N
Q
 
G
C
 
I
F
 
T
V
 
L
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
N
 
N
Y
 
H
C
 
C
G
 
G
H
 
P
E
 
E
G
 
G
E
 
G
L
 
L
Q
 
V
Y
 
F
C
 
D
G
 
G
Q
 
G
S
 
S
S
 
V
I
 
V
A
 
V
A
 
G
P
 
P
N
 
A
G
 
G
S
 
Q
R
 
P
P
 
L
A
 
G
L
 
E
A
 
L
G
 
G
L
 
V
D
 
E
E
 
P
A
 
G
L
 
L
I
 
L
V
 
V
A
 
V
E
 
D
L
 
L
D
 
P
R
 
D
Q
 
A
L
 
-
M
 
-
D
 
-
D
 
-
S
 
-
R
 
-
A
 
-
A
 
-
Y
 
-
N
 
D
Y
 
Y
L
 
L
H
 
Q
D
 
D
R
 
R
R
 
R
P
 
A
E
 
E
L
 
L
Y
 
H

Sites not aligning to the query:

3klcB Crystal structure of hyperthermophilic nitrilase (see paper)
33% identity, 98% coverage: 1:258/264 of query aligns to 1:259/261 of 3klcB

query
sites
3klcB
M
 
V
R
 
K
V
 
V
A
 
A
L
 
Y
Y
 
V
Q
 
Q
C
 
M
P
 
N
P
 
P
L
 
Q
P
 
I
L
 
L
D
 
E
P
 
P
A
 
D
G
 
K
N
 
N
L
 
Y
H
 
S
R
 
K
L
 
A
H
 
E
Q
 
K
V
 
L
A
 
I
L
 
K
E
 
E
A
 
A
-
 
S
-
 
K
R
 
Q
G
 
G
A
 
A
D
 
Q
V
 
L
L
 
V
V
 
V
L
 
L
P
 
P
E
|
E
M
 
L
F
 
F
M
 
D
T
 
T
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
I
 
F
G
 
E
V
 
T
-
 
R
-
 
E
D
 
E
A
 
V
V
 
F
N
 
E
V
 
I
L
 
A
A
 
Q
E
 
K
V
 
I
Y
 
P
N
 
E
G
 
G
E
 
E
W
 
T
A
 
T
Q
 
T
Q
 
F
I
 
L
A
 
M
R
 
D
I
 
V
A
 
A
K
 
R
A
 
D
A
 
T
G
 
G
L
 
V
A
 
Y
I
 
I
V
 
V
Y
 
A
G
 
G
Y
 
T
P
 
A
E
 
E
R
 
K
G
 
-
E
 
-
D
 
D
G
 
G
Q
 
D
I
 
V
-
 
L
Y
 
Y
N
|
N
A
 
S
V
 
A
Q
 
V
L
 
V
I
 
V
D
 
G
A
 
P
Q
 
R
G
 
G
E
 
-
R
x
F
L
 
I
A
 
G
N
x
K
Y
 
Y
R
 
R
K
|
K
S
 
I
H
 
H
L
 
L
F
 
F
G
 
Y
D
 
R
L
 
-
D
x
E
H
 
K
A
 
F
M
 
F
F
 
F
S
 
E
A
 
P
G
 
G
D
 
D
A
 
L
A
 
G
L
 
F
P
 
R
I
 
V
V
 
F
E
 
D
L
 
L
N
 
G
G
 
F
W
 
M
K
 
K
L
 
V
G
 
G
L
 
V
L
 
M
I
 
I
C
|
C
Y
 
F
D
 
D
L
 
W
E
 
F
F
 
F
P
 
P
E
|
E
N
 
S
A
 
A
R
 
R
R
 
T
L
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
K
G
 
G
A
 
A
E
 
D
L
 
V
I
 
I
L
 
A
V
 
H
P
 
P
T
 
A
A
x
N
N
x
L
M
 
V
Q
x
M
P
 
P
Y
 
Y
E
 
-
F
 
-
I
 
-
A
 
A
D
 
P
V
 
R
T
 
A
V
 
M
R
 
P
A
 
I
R
 
R
A
 
A
I
 
L
E
 
E
N
 
N
Q
 
K
C
 
V
F
 
Y
V
 
T
A
 
V
Y
 
T
A
 
A
N
 
D
Y
 
R
C
 
V
G
 
G
H
 
E
E
 
E
G
 
R
E
 
G
L
 
L
Q
 
K
Y
 
F
C
 
I
G
 
G
Q
 
K
S
 
S
S
 
L
I
 
I
A
 
A
A
 
S
P
 
P
N
 
K
G
 
A
S
 
E
R
 
V
P
 
L
A
 
S
L
 
M
A
 
A
G
 
S
-
 
E
L
 
T
D
 
E
E
 
E
A
 
E
L
 
V
I
 
G
V
 
V
A
 
A
E
 
E
L
 
I
D
 
D
R
 
L
Q
 
S
L
 
L
M
 
V
D
 
R
D
 
N
S
 
K
R
 
R
A
 
I
-
 
N
-
 
D
A
 
L
Y
 
N
N
 
D
Y
 
I
L
 
F
H
 
K
D
 
D
R
|
R
R
 
R
P
x
E
E
 
E
L
 
Y
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

3klcA Crystal structure of hyperthermophilic nitrilase (see paper)
33% identity, 98% coverage: 1:258/264 of query aligns to 1:259/261 of 3klcA

query
sites
3klcA
M
 
V
R
 
K
V
 
V
A
 
A
L
 
Y
Y
 
V
Q
 
Q
C
 
M
P
 
N
P
 
P
L
 
Q
P
 
I
L
 
L
D
x
E
P
 
P
A
x
D
G
x
K
N
 
N
L
 
Y
H
 
S
R
 
K
L
 
A
H
 
E
Q
 
K
V
 
L
A
 
I
L
 
K
E
 
E
A
 
A
-
 
S
-
 
K
R
 
Q
G
 
G
A
 
A
D
 
Q
V
 
L
L
 
V
V
 
V
L
 
L
P
 
P
E
|
E
M
 
L
F
 
F
M
 
D
T
 
T
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
I
 
F
G
 
E
V
 
T
-
 
R
-
 
E
D
 
E
A
 
V
V
 
F
N
 
E
V
 
I
L
 
A
A
 
Q
E
 
K
V
 
I
Y
 
P
N
 
E
G
 
G
E
 
E
W
 
T
A
 
T
Q
 
T
Q
 
F
I
 
L
A
 
M
R
 
D
I
 
V
A
 
A
K
 
R
A
 
D
A
 
T
G
 
G
L
 
V
A
 
Y
I
 
I
V
 
V
Y
 
A
G
 
G
Y
 
T
P
 
A
E
 
E
R
 
K
G
 
-
E
 
-
D
 
D
G
 
G
Q
 
D
I
 
V
-
 
L
Y
 
Y
N
|
N
A
 
S
V
 
A
Q
 
V
L
 
V
I
 
V
D
x
G
A
x
P
Q
x
R
G
 
G
E
 
-
R
x
F
L
x
I
A
x
G
N
x
K
Y
 
Y
R
 
R
K
|
K
S
 
I
H
 
H
L
 
L
F
 
F
G
 
Y
D
 
R
L
 
-
D
x
E
H
 
K
A
 
F
M
 
F
F
 
F
S
 
E
A
 
P
G
 
G
D
 
D
A
 
L
A
 
G
L
 
F
P
 
R
I
 
V
V
 
F
E
 
D
L
 
L
N
 
G
G
 
F
W
 
M
K
 
K
L
 
V
G
 
G
L
 
V
L
 
M
I
 
I
C
|
C
Y
 
F
D
 
D
L
 
W
E
 
F
F
 
F
P
 
P
E
 
E
N
 
S
A
 
A
R
 
R
R
 
T
L
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
K
G
 
G
A
 
A
E
 
D
L
 
V
I
 
I
L
 
A
V
 
H
P
 
P
T
 
A
A
x
N
N
x
L
M
 
V
Q
x
M
P
 
P
Y
 
Y
E
 
-
F
 
-
I
 
-
A
 
A
D
 
P
V
 
R
T
 
A
V
 
M
R
 
P
A
 
I
R
 
R
A
 
A
I
 
L
E
 
E
N
 
N
Q
 
K
C
 
V
F
 
Y
V
 
T
A
 
V
Y
 
T
A
 
A
N
 
D
Y
 
R
C
 
V
G
 
G
H
 
E
E
 
E
G
 
R
E
 
G
L
 
L
Q
 
K
Y
 
F
C
 
I
G
 
G
Q
 
K
S
 
S
S
 
L
I
 
I
A
 
A
A
 
S
P
 
P
N
 
K
G
 
A
S
 
E
R
 
V
P
 
L
A
 
S
L
 
M
A
 
A
G
 
S
-
 
E
L
 
T
D
 
E
E
 
E
A
 
E
L
 
V
I
 
G
V
 
V
A
 
A
E
 
E
L
 
I
D
 
D
R
 
L
Q
 
S
L
 
L
M
 
V
D
 
R
D
 
N
S
 
K
R
 
R
A
 
I
-
 
N
-
 
D
A
 
L
Y
 
N
N
 
D
Y
 
I
L
 
F
H
 
K
D
 
D
R
 
R
R
 
R
P
 
E
E
 
E
L
 
Y
Y
 
Y

Q9UYV8 Nitrilase; PaNit; EC 3.5.5.1 from Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (see paper)
33% identity, 98% coverage: 1:258/264 of query aligns to 2:260/262 of Q9UYV8

query
sites
Q9UYV8
M
 
V
R
 
K
V
 
V
A
 
A
L
 
Y
Y
 
V
Q
 
Q
C
 
M
P
 
N
P
 
P
L
 
Q
P
 
I
L
 
L
D
 
E
P
 
P
A
 
D
G
 
K
N
 
N
L
 
Y
H
 
S
R
 
K
L
 
A
H
 
E
Q
 
K
V
 
L
A
 
I
L
 
K
E
 
E
A
 
A
-
 
S
-
 
K
R
 
Q
G
 
G
A
 
A
D
 
Q
V
 
L
L
 
V
V
 
V
L
 
L
P
 
P
E
 
E
M
 
L
F
 
F
M
 
D
T
 
T
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
I
 
F
G
 
E
V
 
T
-
 
R
-
 
E
D
 
E
A
 
V
V
 
F
N
 
E
V
 
I
L
 
A
A
 
Q
E
 
K
V
 
I
Y
 
P
N
 
E
G
 
G
E
 
E
W
 
T
A
 
T
Q
 
T
Q
 
F
I
 
L
A
 
M
R
 
D
I
 
V
A
 
A
K
 
R
A
 
D
A
 
T
G
 
G
L
 
V
A
 
Y
I
 
I
V
 
V
Y
 
A
G
 
G
Y
 
T
P
 
A
E
 
E
R
 
K
G
 
-
E
 
-
D
 
D
G
 
G
Q
 
D
I
 
V
-
 
L
Y
 
Y
N
 
N
A
 
S
V
 
A
Q
 
V
L
 
V
I
 
V
D
 
G
A
 
P
Q
 
R
G
 
G
E
 
-
R
 
F
L
 
I
A
 
G
N
 
K
Y
 
Y
R
 
R
K
 
K
S
 
I
H
 
H
L
 
L
F
 
F
G
 
Y
D
 
R
L
 
-
D
 
E
H
 
K
A
 
F
M
 
F
F
 
F
S
 
E
A
 
P
G
 
G
D
 
D
A
 
L
A
 
G
L
 
F
P
 
R
I
 
V
V
 
F
E
 
D
L
 
L
N
 
G
G
 
F
W
 
M
K
 
K
L
 
V
G
 
G
L
 
V
L
 
M
I
 
I
C
|
C
Y
 
F
D
 
D
L
 
W
E
 
F
F
 
F
P
 
P
E
 
E
N
 
S
A
 
A
R
 
R
R
 
T
L
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
K
G
 
G
A
 
A
E
 
D
L
 
V
I
 
I
L
 
A
V
 
H
P
 
P
T
 
A
A
 
N
N
 
L
M
 
V
Q
 
M
P
 
P
Y
 
Y
E
 
-
F
 
-
I
 
-
A
 
A
D
 
P
V
 
R
T
 
A
V
 
M
R
 
P
A
 
I
R
 
R
A
 
A
I
 
L
E
 
E
N
 
N
Q
 
K
C
 
V
F
 
Y
V
 
T
A
 
V
Y
 
T
A
 
A
N
 
D
Y
 
R
C
 
V
G
 
G
H
 
E
E
 
E
G
 
R
E
 
G
L
 
L
Q
 
K
Y
 
F
C
 
I
G
 
G
Q
 
K
S
 
S
S
 
L
I
 
I
A
 
A
A
 
S
P
 
P
N
 
K
G
 
A
S
 
E
R
 
V
P
 
L
A
 
S
L
 
M
A
 
A
G
 
S
-
 
E
L
 
T
D
 
E
E
 
E
A
 
E
L
 
V
I
 
G
V
 
V
A
 
A
E
 
E
L
 
I
D
 
D
R
 
L
Q
 
Y
L
 
L
M
 
V
D
 
R
D
 
N
S
 
K
R
 
R
A
 
I
-
 
N
-
 
D
A
 
L
Y
 
N
N
 
D
Y
 
I
L
 
F
H
 
K
D
 
D
R
 
R
R
 
R
P
 
E
E
 
E
L
 
Y
Y
 
Y

7ovgA The c146a variant of an amidase from pyrococcus horikoshii with bound acetamide (see paper)
32% identity, 98% coverage: 1:258/264 of query aligns to 3:261/263 of 7ovgA

query
sites
7ovgA
M
 
V
R
 
K
V
 
V
A
 
G
L
 
Y
Y
 
I
Q
 
Q
C
 
M
P
 
E
P
 
P
L
 
K
P
 
I
L
 
L
D
 
E
P
 
L
A
 
D
G
 
K
N
 
N
L
 
Y
H
 
S
R
 
K
L
 
A
H
 
E
Q
 
K
V
 
L
A
 
I
L
 
K
E
 
E
A
 
A
-
 
S
-
 
K
R
 
E
G
 
G
A
 
A
D
 
K
V
 
L
L
 
V
V
 
V
L
 
L
P
 
P
E
|
E
M
 
L
F
 
F
M
 
D
T
 
T
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
I
 
F
G
 
E
V
 
S
-
 
R
-
 
E
D
 
E
A
 
V
V
 
F
N
 
D
V
 
V
L
 
A
A
 
Q
E
 
Q
V
 
I
Y
 
P
N
 
E
G
 
G
E
 
E
W
 
T
A
 
T
Q
 
T
Q
 
F
I
 
L
A
 
M
R
 
E
I
 
L
A
 
A
K
 
R
A
 
E
A
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
Y
I
 
I
V
 
V
Y
 
A
G
 
G
Y
 
T
P
 
A
E
 
E
R
 
K
G
 
S
E
 
G
D
 
N
G
 
-
Q
 
Y
I
 
L
Y
 
Y
N
 
N
A
 
S
V
 
A
Q
 
V
L
 
V
I
 
V
D
 
G
A
 
P
Q
 
R
G
 
G
E
 
-
R
 
Y
L
 
I
A
 
G
N
 
K
Y
 
Y
R
 
R
K
|
K
S
 
I
H
 
H
L
 
L
F
|
F
G
 
Y
D
 
R
L
 
-
D
 
E
H
 
K
A
 
V
M
 
F
F
 
F
S
 
E
A
 
P
G
 
G
D
 
D
A
 
L
A
 
G
L
 
F
P
 
K
I
 
V
V
 
F
E
 
D
L
 
I
N
 
G
G
 
F
W
 
A
K
 
K
L
 
V
G
 
G
L
 
V
L
 
M
I
 
I
C
x
A
Y
x
F
D
 
D
L
 
W
E
 
F
F
 
F
P
 
P
E
 
E
N
 
S
A
 
A
R
 
R
R
 
T
L
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
K
G
 
G
A
 
A
E
 
E
L
 
I
I
 
I
L
 
A
V
 
H
P
 
P
T
 
A
A
x
N
N
 
L
M
 
V
Q
 
M
P
 
P
Y
 
Y
E
 
-
F
 
-
I
 
-
A
 
A
D
 
P
V
 
R
T
 
A
V
 
M
R
 
P
A
 
I
R
 
R
A
 
A
I
 
L
E
 
E
N
 
N
Q
 
R
C
 
V
F
 
Y
V
 
T
A
 
I
Y
 
T
A
 
A
N
 
D
Y
 
R
C
 
V
G
 
G
H
 
E
E
 
E
G
 
R
E
 
G
L
 
L
Q
 
K
Y
 
F
C
 
I
G
 
G
Q
 
K
S
 
S
S
 
L
I
 
I
A
 
A
A
 
S
P
 
P
N
 
K
G
 
A
S
 
E
R
 
V
P
 
L
A
 
S
L
 
I
A
 
A
G
 
S
-
 
E
L
 
T
D
 
E
E
 
E
A
 
E
L
 
I
I
 
G
V
 
V
A
 
V
E
 
E
L
 
I
D
 
D
R
 
L
Q
 
N
L
 
L
M
 
A
D
 
R
D
 
N
S
 
K
R
 
R
A
 
L
-
 
N
-
 
D
A
 
M
Y
 
N
N
 
D
Y
 
I
L
 
F
H
 
K
D
 
D
R
 
R
R
 
R
P
 
E
E
 
E
L
 
Y
Y
 
Y

6ypaB The c146a variant of an amidase from pyrococcus horikoshii with bound glutaramide
32% identity, 98% coverage: 1:258/264 of query aligns to 9:267/269 of 6ypaB

query
sites
6ypaB
M
 
V
R
 
K
V
 
V
A
 
G
L
 
Y
Y
 
I
Q
 
Q
C
 
M
P
 
E
P
 
P
L
 
K
P
 
I
L
 
L
D
 
E
P
 
L
A
 
D
G
 
K
N
 
N
L
 
Y
H
 
S
R
 
K
L
 
A
H
 
E
Q
 
K
V
 
L
A
 
I
L
 
K
E
 
E
A
 
A
-
 
S
-
 
K
R
 
E
G
 
G
A
 
A
D
 
K
V
 
L
L
 
V
V
 
V
L
 
L
P
 
P
E
|
E
M
 
L
F
 
F
M
 
D
T
 
T
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
I
 
F
G
 
E
V
 
S
-
 
R
-
 
E
D
 
E
A
 
V
V
 
F
N
 
D
V
 
V
L
 
A
A
 
Q
E
 
Q
V
 
I
Y
 
P
N
 
E
G
 
G
E
 
E
W
 
T
A
 
T
Q
 
T
Q
 
F
I
 
L
A
 
M
R
 
E
I
 
L
A
 
A
K
 
R
A
 
E
A
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
Y
I
 
I
V
 
V
Y
 
A
G
 
G
Y
 
T
P
 
A
E
 
E
R
 
K
G
 
S
E
 
G
D
 
N
G
 
-
Q
 
Y
I
 
L
Y
 
Y
N
 
N
A
 
S
V
 
A
Q
 
V
L
 
V
I
 
V
D
 
G
A
 
P
Q
 
R
G
 
G
E
 
-
R
 
Y
L
 
I
A
 
G
N
 
K
Y
 
Y
R
 
R
K
|
K
S
 
I
H
 
H
L
 
L
F
|
F
G
 
Y
D
 
R
L
 
-
D
x
E
H
 
K
A
 
V
M
 
F
F
 
F
S
 
E
A
 
P
G
 
G
D
 
D
A
 
L
A
 
G
L
 
F
P
 
K
I
 
V
V
 
F
E
 
D
L
 
I
N
 
G
G
 
F
W
 
A
K
 
K
L
 
V
G
 
G
L
 
V
L
 
M
I
 
I
C
x
A
Y
x
F
D
 
D
L
x
W
E
 
F
F
 
F
P
 
P
E
 
E
N
 
S
A
 
A
R
 
R
R
 
T
L
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
K
G
 
G
A
 
A
E
 
E
L
 
I
I
 
I
L
 
A
V
 
H
P
 
P
T
 
A
A
x
N
N
x
L
M
x
V
Q
x
M
P
 
P
Y
 
Y
E
 
-
F
 
-
I
 
-
A
 
A
D
 
P
V
 
R
T
 
A
V
 
M
R
 
P
A
 
I
R
 
R
A
 
A
I
 
L
E
 
E
N
 
N
Q
 
R
C
 
V
F
 
Y
V
 
T
A
 
I
Y
 
T
A
 
A
N
 
D
Y
 
R
C
 
V
G
 
G
H
 
E
E
 
E
G
 
R
E
 
G
L
 
L
Q
 
K
Y
 
F
C
 
I
G
 
G
Q
 
K
S
 
S
S
 
L
I
 
I
A
 
A
A
 
S
P
 
P
N
 
K
G
 
A
S
 
E
R
 
V
P
 
L
A
 
S
L
 
I
A
 
A
G
 
S
-
 
E
L
 
T
D
 
E
E
 
E
A
 
E
L
 
I
I
 
G
V
 
V
A
 
V
E
 
E
L
 
I
D
 
D
R
 
L
Q
 
N
L
 
L
M
 
A
D
 
R
D
 
N
S
 
K
R
 
R
A
 
L
-
 
N
-
 
D
A
 
M
Y
 
N
N
 
D
Y
 
I
L
 
F
H
 
K
D
 
D
R
 
R
R
 
R
P
 
E
E
 
E
L
 
Y
Y
 
Y

5h8jB Crystal structure of medicago truncatula n-carbamoylputrescine amidohydrolase (mtcpa) in complex with cadaverine (see paper)
28% identity, 89% coverage: 26:261/264 of query aligns to 31:287/297 of 5h8jB

query
sites
5h8jB
A
 
A
L
 
A
E
 
H
A
 
K
R
 
Q
G
 
G
A
 
A
D
 
N
V
 
I
L
 
V
V
 
L
L
 
I
P
 
Q
E
|
E
M
 
L
F
 
F
M
 
E
T
 
G
G
 
Y
Y
 
Y
N
 
F
I
 
C
G
 
Q
V
 
A
-
 
Q
-
 
R
-
 
E
D
 
D
A
 
F
V
 
I
N
 
Q
V
 
R
L
 
A
A
 
K
E
 
P
V
 
Y
Y
 
K
N
 
D
G
 
H
E
 
P
W
 
T
A
 
I
Q
 
M
Q
 
R
I
 
L
A
 
Q
R
 
K
I
 
L
A
 
A
K
 
K
A
 
E
A
 
L
G
 
G
L
 
V
A
 
V
I
 
I
V
 
P
Y
 
V
G
 
S
Y
 
F
P
 
F
E
 
E
R
 
E
G
 
A
E
 
N
D
 
N
G
 
A
Q
 
H
I
 
-
Y
 
Y
N
|
N
A
 
S
V
 
I
Q
 
A
L
 
I
I
 
I
D
 
D
A
 
A
Q
 
D
G
 
G
E
 
T
R
 
D
L
 
L
A
 
G
N
 
I
Y
 
Y
R
 
R
K
|
K
S
 
S
H
 
H
L
 
I
F
 
P
-
 
D
-
 
G
-
 
P
G
 
G
D
x
Y
L
 
E
D
 
E
H
 
K
A
 
F
M
 
Y
F
 
F
S
 
N
A
 
P
G
 
G
D
 
D
A
 
T
A
 
G
L
 
F
P
 
K
I
 
V
V
 
F
E
 
Q
L
 
T
N
 
K
G
 
Y
W
 
A
K
 
K
L
 
I
G
 
G
L
 
V
L
 
A
I
 
I
C
|
C
Y
 
W
D
 
D
L
 
Q
E
 
W
F
 
F
P
 
P
E
 
E
N
 
A
A
 
A
R
 
R
R
 
A
L
 
M
A
 
A
L
 
L
A
 
Q
G
 
G
A
 
A
E
 
E
L
 
I
I
 
L
L
 
F
V
 
Y
P
 
P
T
 
T
A
|
A
-
 
I
N
 
G
M
 
S
Q
x
E
P
 
P
Y
 
H
E
 
D
F
 
Q
I
 
S
A
 
I
D
 
D
V
 
S
-
 
R
-
 
D
-
 
H
-
 
W
-
 
K
-
 
R
T
 
V
V
 
M
R
 
Q
A
 
G
R
 
H
A
 
A
I
 
G
E
 
A
N
 
N
Q
 
L
C
 
V
F
 
P
V
 
L
A
 
V
Y
 
A
A
 
S
N
 
N
Y
 
R
C
 
I
G
 
G
H
 
N
E
 
E
-
 
I
-
 
I
-
 
E
-
 
T
-
 
E
-
 
H
-
 
G
-
 
K
G
 
S
E
 
E
L
 
I
Q
 
K
Y
 
F
C
 
Y
G
 
G
Q
 
N
S
 
S
S
 
F
I
 
I
A
 
A
A
 
G
P
 
P
N
 
T
G
 
G
S
 
E
R
 
I
P
 
V
A
 
S
L
 
I
A
 
A
-
 
D
G
 
D
L
 
K
D
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
V
I
 
L
V
 
I
A
 
A
E
 
E
L
 
F
D
 
N
R
 
L
Q
 
D
L
 
K
M
 
I
D
 
K
D
 
S
S
 
M
R
 
R
A
 
H
A
 
C
Y
 
W
N
 
G
Y
 
V
L
 
F
H
 
R
D
 
D
R
 
R
R
 
R
P
 
P
E
 
D
L
 
L
Y
 
Y
D
 
K
D
 
V
L
 
L

5h8iC Crystal structure of medicago truncatula n-carbamoylputrescine amidohydrolase (mtcpa) in complex with n-(dihydroxymethyl)putrescine (see paper)
28% identity, 89% coverage: 26:261/264 of query aligns to 35:291/301 of 5h8iC

query
sites
5h8iC
A
 
A
L
 
A
E
 
H
A
 
K
R
 
Q
G
 
G
A
 
A
D
 
N
V
 
I
L
 
V
V
 
L
L
 
I
P
 
Q
E
|
E
M
 
L
F
 
F
M
 
E
T
 
G
G
 
Y
Y
 
Y
N
 
F
I
 
C
G
 
Q
V
 
A
-
 
Q
-
 
R
-
 
E
D
 
D
A
 
F
V
 
I
N
 
Q
V
 
R
L
 
A
A
 
K
E
 
P
V
 
Y
Y
 
K
N
 
D
G
 
H
E
 
P
W
 
T
A
 
I
Q
 
M
Q
 
R
I
 
L
A
 
Q
R
 
K
I
 
L
A
 
A
K
 
K
A
 
E
A
 
L
G
 
G
L
 
V
A
 
V
I
 
I
V
 
P
Y
 
V
G
 
S
Y
 
F
P
 
F
E
 
E
R
 
E
G
 
A
E
 
N
D
 
N
G
 
A
Q
 
H
I
 
-
Y
 
Y
N
|
N
A
 
S
V
 
I
Q
 
A
L
 
I
I
 
I
D
 
D
A
 
A
Q
 
D
G
 
G
E
 
T
R
 
D
L
 
L
A
 
G
N
 
I
Y
 
Y
R
 
R
K
|
K
S
 
S
H
 
H
L
 
I
F
x
P
-
 
D
-
 
G
-
 
P
G
 
G
D
x
Y
L
 
E
D
x
E
H
 
K
A
 
F
M
 
Y
F
 
F
S
 
N
A
 
P
G
 
G
D
 
D
A
 
T
A
 
G
L
 
F
P
 
K
I
 
V
V
 
F
E
 
Q
L
 
T
N
 
K
G
 
Y
W
 
A
K
 
K
L
 
I
G
 
G
L
 
V
L
 
A
I
 
I
C
|
C
Y
x
W
D
 
D
L
 
Q
E
 
W
F
 
F
P
 
P
E
 
E
N
 
A
A
 
A
R
 
R
R
 
A
L
 
M
A
 
A
L
 
L
A
 
Q
G
 
G
A
 
A
E
 
E
L
 
I
I
 
L
L
 
F
V
 
Y
P
 
P
T
 
T
A
|
A
-
 
I
N
 
G
M
 
S
Q
x
E
P
 
P
Y
 
H
E
 
D
F
 
Q
I
 
S
A
 
I
D
 
D
V
 
S
-
 
R
-
 
D
-
 
H
-
 
W
-
 
K
-
 
R
T
 
V
V
 
M
R
 
Q
A
 
G
R
 
H
A
 
A
I
 
G
E
 
A
N
 
N
Q
 
L
C
 
V
F
 
P
V
 
L
A
 
V
Y
 
A
A
 
S
N
 
N
Y
 
R
C
 
I
G
 
G
H
 
N
E
 
E
-
 
I
-
 
I
-
 
E
-
 
T
-
 
E
-
 
H
-
 
G
-
 
K
G
 
S
E
 
E
L
 
I
Q
 
K
Y
 
F
C
 
Y
G
 
G
Q
 
N
S
 
S
S
 
F
I
 
I
A
 
A
A
 
G
P
 
P
N
 
T
G
 
G
S
 
E
R
 
I
P
 
V
A
 
S
L
 
I
A
 
A
-
 
D
G
 
D
L
 
K
D
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
V
I
 
L
V
 
I
A
 
A
E
 
E
L
 
F
D
 
N
R
 
L
Q
 
D
L
 
K
M
 
I
D
 
K
D
 
S
S
 
M
R
 
R
A
 
H
A
 
C
Y
 
W
N
 
G
Y
 
V
L
 
F
H
 
R
D
 
D
R
 
R
R
 
R
P
 
P
E
 
D
L
 
L
Y
 
Y
D
 
K
D
 
V
L
 
L

Q9NQR4 Omega-amidase NIT2; Nitrilase homolog 2; EC 3.5.1.3 from Homo sapiens (Human) (see 2 papers)
29% identity, 91% coverage: 18:258/264 of query aligns to 20:269/276 of Q9NQR4

query
sites
Q9NQR4
N
 
N
L
 
V
H
 
T
R
 
R
L
 
A
H
 
C
Q
 
S
V
 
F
A
 
I
L
 
R
E
 
E
A
 
A
-
 
A
-
 
T
R
 
Q
G
 
G
A
 
A
D
 
K
V
 
I
L
 
V
V
 
S
L
 
L
P
 
P
E
|
E
M
 
C
F
 
F
M
 
N
T
 
S
G
 
P
Y
 
Y
N
 
-
I
 
-
G
 
G
V
 
A
D
 
K
A
 
Y
V
 
F
N
 
P
V
 
E
L
 
Y
A
 
A
E
 
E
V
 
K
Y
 
I
N
 
P
G
 
G
E
 
E
W
 
S
A
 
T
Q
 
Q
Q
 
K
I
 
L
A
 
S
R
 
E
I
 
V
A
 
A
K
 
K
A
 
E
A
 
C
G
 
S
L
 
I
A
 
Y
I
 
L
V
 
I
Y
 
G
G
 
G
Y
 
S
P
 
I
E
 
P
R
 
E
G
 
E
E
 
D
D
 
A
G
 
G
Q
 
K
I
 
L
Y
 
Y
N
 
N
A
 
T
V
 
C
Q
 
A
L
 
V
I
 
F
D
 
G
A
 
P
Q
 
D
G
 
G
E
 
T
R
 
L
L
 
L
A
 
A
N
 
K
Y
 
Y
R
 
R
K
|
K
S
 
I
H
 
H
L
 
L
F
|
F
G
 
-
D
|
D
L
x
I
D
|
D
-
x
V
-
x
P
-
x
G
-
x
K
-
x
I
-
x
T
-
x
F
-
x
Q
-
x
E
H
 
S
A
 
K
M
 
T
F
 
L
S
 
S
A
 
P
G
 
G
D
 
D
A
 
-
A
 
S
L
 
F
P
 
S
I
 
T
V
 
F
E
 
D
L
 
T
N
 
P
G
 
Y
W
 
C
K
 
R
L
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
G
I
 
I
C
|
C
Y
 
Y
D
 
D
L
 
M
E
 
R
F
 
F
P
 
A
E
 
E
N
 
L
A
 
A
R
 
Q
R
 
I
L
 
Y
A
 
A
L
 
Q
A
 
R
G
 
G
A
 
C
E
 
Q
L
 
L
I
 
L
L
 
V
V
 
Y
P
 
P
T
 
G
A
 
A
-
 
F
N
 
N
M
 
L
Q
 
T
P
 
T
Y
 
G
E
 
P
F
 
A
I
 
H
A
 
W
D
 
E
V
 
L
T
 
L
V
 
Q
R
 
R
A
 
S
R
 
R
A
 
A
I
 
V
E
 
D
N
 
N
Q
 
Q
C
 
V
F
 
Y
V
 
V
A
 
A
Y
 
T
A
 
A
N
 
S
Y
 
-
C
 
P
G
 
A
H
 
R
E
 
D
G
 
D
E
 
K
L
 
A
Q
 
S
Y
 
Y
C
 
V
-
 
A
-
 
W
G
 
G
Q
 
H
S
 
S
S
 
T
I
 
V
A
 
V
A
 
N
P
 
P
N
 
W
G
 
G
S
 
E
R
x
V
P
 
L
A
 
A
L
 
K
A
 
A
G
 
G
L
 
T
D
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
I
I
 
V
V
 
Y
A
 
S
E
 
D
L
 
I
D
 
D
R
 
L
Q
 
K
L
 
K
M
 
L
D
 
A
D
 
E
S
 
I
R
 
R
A
 
Q
A
 
Q
Y
 
I
N
 
P
Y
 
V
L
 
F
H
 
R
D
 
Q
R
 
K
R
 
R
P
 
S
E
 
D
L
 
L
Y
 
Y

5h8lB Crystal structure of medicago truncatula n-carbamoylputrescine amidohydrolase (mtcpa) c158s mutant in complex with putrescine (see paper)
28% identity, 89% coverage: 26:261/264 of query aligns to 32:288/298 of 5h8lB

query
sites
5h8lB
A
 
A
L
 
A
E
 
H
A
 
K
R
 
Q
G
 
G
A
 
A
D
 
N
V
 
I
L
 
V
V
 
L
L
 
I
P
 
Q
E
|
E
M
 
L
F
 
F
M
 
E
T
 
G
G
 
Y
Y
 
Y
N
 
F
I
 
C
G
 
Q
V
 
A
-
 
Q
-
 
R
-
 
E
D
 
D
A
 
F
V
 
I
N
 
Q
V
 
R
L
 
A
A
 
K
E
 
P
V
 
Y
Y
 
K
N
 
D
G
 
H
E
 
P
W
 
T
A
 
I
Q
 
M
Q
 
R
I
 
L
A
 
Q
R
 
K
I
 
L
A
 
A
K
 
K
A
 
E
A
 
L
G
 
G
L
 
V
A
 
V
I
 
I
V
 
P
Y
 
V
G
 
S
Y
 
F
P
 
F
E
 
E
R
 
E
G
 
A
E
 
N
D
 
N
G
 
A
Q
 
H
I
 
-
Y
 
Y
N
|
N
A
 
S
V
 
I
Q
 
A
L
 
I
I
 
I
D
 
D
A
 
A
Q
 
D
G
 
G
E
 
T
R
 
D
L
 
L
A
 
G
N
 
I
Y
 
Y
R
 
R
K
|
K
S
 
S
H
 
H
L
 
I
F
 
P
-
 
D
-
 
G
-
 
P
G
 
G
D
x
Y
L
 
E
D
x
E
H
 
K
A
 
F
M
 
Y
F
 
F
S
 
N
A
 
P
G
 
G
D
 
D
A
 
T
A
 
G
L
 
F
P
 
K
I
 
V
V
 
F
E
 
Q
L
 
T
N
 
K
G
 
Y
W
 
A
K
 
K
L
 
I
G
 
G
L
 
V
L
 
A
I
 
I
C
x
S
Y
 
W
D
 
D
L
 
Q
E
 
W
F
 
F
P
 
P
E
 
E
N
 
A
A
 
A
R
 
R
R
 
A
L
 
M
A
 
A
L
 
L
A
 
Q
G
 
G
A
 
A
E
 
E
L
 
I
I
 
L
L
 
F
V
 
Y
P
 
P
T
 
T
A
|
A
-
 
I
N
 
G
M
 
S
Q
x
E
P
 
P
Y
 
H
E
 
D
F
 
Q
I
 
S
A
 
I
D
 
D
V
 
S
-
 
R
-
 
D
-
 
H
-
 
W
-
 
K
-
 
R
T
 
V
V
 
M
R
 
Q
A
 
G
R
 
H
A
 
A
I
 
G
E
 
A
N
 
N
Q
 
L
C
 
V
F
 
P
V
 
L
A
 
V
Y
 
A
A
 
S
N
 
N
Y
 
R
C
 
I
G
 
G
H
 
N
E
 
E
-
 
I
-
 
I
-
 
E
-
 
T
-
 
E
-
 
H
-
 
G
-
 
K
G
 
S
E
 
E
L
 
I
Q
 
K
Y
 
F
C
 
Y
G
 
G
Q
 
N
S
 
S
S
 
F
I
 
I
A
 
A
A
 
G
P
 
P
N
 
T
G
 
G
S
 
E
R
 
I
P
 
V
A
 
S
L
 
I
A
 
A
-
 
D
G
 
D
L
 
K
D
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
V
I
 
L
V
 
I
A
 
A
E
 
E
L
 
F
D
 
N
R
 
L
Q
 
D
L
 
K
M
 
I
D
 
K
D
 
S
S
 
M
R
 
R
A
 
H
A
 
C
Y
 
W
N
 
G
Y
 
V
L
 
F
H
 
R
D
 
D
R
 
R
R
 
R
P
 
P
E
 
D
L
 
L
Y
 
Y
D
 
K
D
 
V
L
 
L

Q44185 N-carbamoyl-D-amino acid hydrolase; D-N-alpha-carbamilase; EC 3.5.1.77 from Rhizobium radiobacter (Agrobacterium tumefaciens) (Agrobacterium radiobacter) (see paper)
27% identity, 87% coverage: 29:258/264 of query aligns to 37:298/304 of Q44185

query
sites
Q44185
A
 
S
R
 
R
G
 
G
A
 
V
D
 
N
V
 
F
L
 
I
V
 
V
L
 
F
P
 
P
E
 
E
M
 
L
F
 
A
M
 
L
T
 
T
G
 
T
Y
 
F
N
 
F
I
 
P
G
 
R
V
 
W
D
 
H
A
 
F
V
 
T
N
 
D
V
 
E
-
 
A
-
 
E
L
 
L
A
 
D
E
 
S
V
 
F
Y
 
Y
N
 
E
G
 
T
E
 
E
W
 
M
A
 
P
Q
 
G
Q
 
P
I
 
V
A
 
V
R
 
R
-
 
P
-
 
L
-
 
F
-
 
E
I
 
T
A
 
A
K
 
A
A
 
E
A
 
L
G
 
G
L
 
I
A
 
G
I
 
F
V
 
N
Y
 
L
G
 
G
Y
 
Y
P
 
A
E
 
E
R
 
L
G
 
V
E
 
V
D
 
E
G
 
G
Q
 
G
I
 
V
-
 
K
-
 
R
-
 
R
Y
 
F
N
 
N
A
 
T
V
 
S
Q
 
I
L
 
L
I
 
V
D
 
D
A
 
K
Q
 
S
G
 
G
E
 
K
R
 
I
L
 
V
A
 
G
N
 
K
Y
 
Y
R
 
R
K
 
K
S
 
I
H
|
H
L
 
L
-
 
P
-
 
G
-
 
H
-
 
K
-
 
E
-
 
Y
-
 
E
-
 
A
-
 
Y
-
 
R
-
 
P
F
 
F
G
 
Q
D
x
H
L
 
L
D
 
E
H
 
K
A
 
R
M
 
Y
F
 
F
S
 
E
A
 
P
G
 
G
D
 
D
A
 
L
A
 
G
L
 
F
P
 
P
I
 
V
V
 
Y
E
 
D
L
 
V
N
 
D
G
 
A
W
 
A
K
 
K
L
 
M
G
 
G
L
 
M
L
 
F
I
 
I
C
 
C
Y
 
N
D
 
D
L
 
R
E
 
R
F
 
W
P
 
P
E
 
E
N
 
T
A
 
W
R
 
R
R
 
V
L
 
M
A
 
G
L
 
L
A
 
K
G
 
G
A
 
A
E
 
E
L
 
I
I
 
I
L
 
C
-
 
G
-
 
G
-
 
Y
-
 
N
V
 
T
P
 
P
T
 
T
A
 
H
N
 
N
M
 
P
-
 
P
-
 
V
-
 
P
-
 
Q
-
 
H
-
 
D
Q
 
H
P
 
L
Y
 
T
E
 
S
F
 
F
I
x
H
A
 
H
D
 
L
V
 
L
T
 
S
V
 
M
R
 
Q
A
 
A
R
 
G
A
 
S
I
 
Y
E
 
Q
N
 
N
Q
 
G
C
 
A
F
 
W
V
 
S
A
 
A
Y
 
A
A
 
A
N
 
G
Y
 
K
C
 
V
G
 
G
H
 
M
E
 
E
G
 
E
E
 
G
L
 
C
Q
 
M
Y
 
L
C
 
L
G
 
G
Q
 
H
S
 
S
S
 
C
I
 
I
A
 
V
A
 
A
P
 
P
N
 
T
G
 
G
S
 
E
R
 
I
P
 
V
A
 
A
L
 
L
-
 
T
A
 
T
G
 
T
L
 
L
D
 
E
E
 
D
A
 
E
L
 
V
I
 
I
V
 
T
A
 
A
E
 
A
L
 
V
D
 
D
R
 
L
Q
 
D
L
 
R
M
 
C
D
 
R
D
 
E
S
 
L
R
 
R
A
 
E
-
 
H
A
 
I
Y
 
F
N
 
N
Y
 
F
L
 
K
H
 
A
D
 
H
R
 
R
R
 
Q
P
 
P
E
 
Q
L
 
H
Y
 
Y

8hpcC Crystal structure of c171a mutant of n-carbamyl-d-amino acid amidohydrolase complexed with n-carbamyl-d-hydroxyphenylglycine
28% identity, 87% coverage: 29:258/264 of query aligns to 36:297/303 of 8hpcC

query
sites
8hpcC
A
 
S
R
 
R
G
 
G
A
 
A
D
 
N
V
 
F
L
 
I
V
 
V
L
 
F
P
 
P
E
|
E
M
 
L
F
 
A
M
 
L
T
 
T
G
 
T
Y
 
F
N
 
F
I
 
P
G
 
R
V
 
W
D
 
H
A
 
F
V
 
T
N
 
D
V
 
E
-
 
A
-
 
E
L
 
L
A
 
D
E
 
S
V
 
F
Y
 
Y
N
 
E
G
 
T
E
 
E
W
 
M
A
 
P
Q
 
G
Q
 
P
I
 
V
A
 
V
R
 
R
-
 
P
-
 
L
I
 
F
A
 
E
K
 
K
A
 
A
A
 
A
G
 
E
L
 
L
A
 
G
I
 
I
V
 
G
Y
 
F
-
 
N
-
 
L
G
 
G
Y
 
Y
P
 
A
E
 
E
R
 
L
G
 
V
E
 
V
D
 
E
G
 
G
Q
 
G
I
 
V
-
 
K
-
 
R
-
 
R
Y
 
F
N
 
N
A
 
T
V
 
S
Q
 
I
L
 
L
I
 
V
D
 
D
A
 
K
Q
 
S
G
 
G
E
 
K
R
 
I
L
 
V
A
 
G
N
 
K
Y
 
Y
R
 
R
K
|
K
S
 
I
H
 
H
L
 
L
-
x
P
-
 
G
-
 
H
-
 
K
-
 
E
-
 
Y
-
 
E
-
 
A
-
 
Y
-
 
R
-
 
P
F
 
F
G
 
Q
D
x
H
L
 
L
D
x
E
H
 
K
A
 
R
M
 
Y
F
 
F
S
 
E
A
 
P
G
 
G
D
 
D
A
 
L
A
 
G
L
 
F
P
 
P
I
 
V
V
 
Y
E
 
D
L
 
V
N
 
D
G
 
A
W
 
A
K
 
K
L
 
M
G
 
G
L
 
M
L
 
F
I
 
I
C
x
A
Y
x
N
D
 
D
L
 
R
E
x
R
F
 
W
P
 
P
E
 
E
N
 
A
A
 
W
R
 
R
R
 
V
L
 
M
A
 
G
L
 
L
A
 
R
G
 
G
A
 
A
E
 
E
L
 
I
I
 
I
L
 
C
-
 
G
-
 
G
-
 
Y
-
x
N
V
 
T
P
 
P
T
 
T
A
 
H
N
|
N
M
 
P
-
 
P
-
 
V
-
 
P
-
 
Q
-
 
H
-
 
D
Q
 
H
P
 
L
Y
 
T
E
 
S
F
 
F
I
 
H
A
 
H
D
 
L
V
 
L
T
 
S
V
 
M
R
 
Q
A
 
A
R
 
G
A
 
S
I
 
Y
E
 
Q
N
 
N
Q
 
G
C
 
A
F
 
W
V
 
S
A
 
A
Y
 
A
A
 
A
N
 
G
Y
 
K
C
 
V
G
 
G
H
 
M
E
 
E
G
 
E
E
 
N
L
 
C
Q
 
M
Y
 
L
C
 
L
G
 
G
Q
 
H
S
 
S
S
 
C
I
 
I
A
 
V
A
 
A
P
 
P
N
 
T
G
 
G
S
 
E
R
 
I
P
 
V
A
 
A
L
 
L
-
 
T
A
 
T
G
 
T
L
 
L
D
 
E
E
 
D
A
 
E
L
 
V
I
 
I
V
 
T
A
 
A
E
 
A
L
 
V
D
 
D
R
 
L
Q
 
D
L
 
R
M
 
C
D
 
R
D
 
E
S
 
L
R
 
R
A
 
E
-
 
H
A
 
I
Y
 
F
N
 
N
Y
 
F
L
 
K
H
 
Q
D
 
H
R
 
R
R
 
Q
P
 
P
E
 
Q
L
 
H
Y
 
Y

1uf8A Crystal structure of c171a/v236a mutant of n-carbamyl-d-amino acid amidohydrolase complexed with n-carbamyl-d-phenylalanine
28% identity, 87% coverage: 29:258/264 of query aligns to 36:297/303 of 1uf8A

query
sites
1uf8A
A
 
S
R
 
R
G
 
G
A
 
A
D
 
N
V
 
F
L
 
I
V
 
V
L
 
F
P
 
P
E
|
E
M
 
L
F
 
A
M
 
L
T
 
T
G
 
T
Y
 
F
N
 
F
I
 
P
G
 
R
V
 
W
D
 
H
A
 
F
V
 
T
N
 
D
V
 
E
-
 
A
-
 
E
L
 
L
A
 
D
E
 
S
V
 
F
Y
 
Y
N
 
E
G
 
T
E
 
E
W
 
M
A
 
P
Q
 
G
Q
 
P
I
 
V
A
 
V
R
 
R
-
 
P
-
 
L
I
 
F
A
 
E
K
 
K
A
 
A
A
 
A
G
 
E
L
 
L
A
 
G
I
 
I
V
 
G
Y
 
F
-
 
N
-
 
L
G
 
G
Y
 
Y
P
 
A
E
 
E
R
 
L
G
 
V
E
 
V
D
 
E
G
 
G
Q
 
G
I
 
V
-
 
K
-
 
R
-
 
R
Y
 
F
N
|
N
A
 
T
V
 
S
Q
 
I
L
 
L
I
 
V
D
 
D
A
 
K
Q
 
S
G
 
G
E
 
K
R
 
I
L
 
V
A
 
G
N
 
K
Y
 
Y
R
 
R
K
|
K
S
 
I
H
 
H
L
 
L
-
 
P
-
 
G
-
 
H
-
 
K
-
 
E
-
 
Y
-
 
E
-
 
A
-
 
Y
-
 
R
-
 
P
F
 
F
G
 
Q
D
x
H
L
 
L
D
x
E
H
 
K
A
 
R
M
 
Y
F
 
F
S
 
E
A
 
P
G
 
G
D
 
D
A
 
L
A
 
G
L
 
F
P
 
P
I
 
V
V
 
Y
E
 
D
L
 
V
N
 
D
G
 
A
W
 
A
K
 
K
L
 
M
G
 
G
L
 
M
L
 
F
I
 
I
C
x
A
Y
x
N
D
 
D
L
x
R
E
x
R
F
 
W
P
 
P
E
 
E
N
 
A
A
 
W
R
 
R
R
 
V
L
 
M
A
 
G
L
 
L
A
 
R
G
 
G
A
 
A
E
 
E
L
 
I
I
 
I
L
 
C
-
 
G
-
 
G
-
 
Y
-
x
N
V
 
T
P
 
P
T
 
T
A
 
H
N
 
N
M
 
P
-
 
P
-
 
V
-
 
P
-
 
Q
-
 
H
-
 
D
Q
 
H
P
 
L
Y
 
T
E
 
S
F
 
F
I
 
H
A
 
H
D
 
L
V
 
L
T
 
S
V
 
M
R
 
Q
A
 
A
R
 
G
A
 
S
I
 
Y
E
 
Q
N
 
N
Q
 
G
C
 
A
F
 
W
V
 
S
A
 
A
Y
 
A
A
 
A
N
 
G
Y
 
K
C
 
A
G
 
G
H
 
M
E
 
E
G
 
E
E
 
N
L
 
C
Q
 
M
Y
 
L
C
 
L
G
 
G
Q
 
H
S
 
S
S
 
C
I
 
I
A
 
V
A
 
A
P
 
P
N
 
T
G
 
G
S
 
E
R
 
I
P
 
V
A
 
A
L
 
L
-
 
T
A
 
T
G
 
T
L
 
L
D
 
E
E
 
D
A
 
E
L
 
V
I
 
I
V
 
T
A
 
A
E
 
A
L
 
V
D
 
D
R
 
L
Q
 
D
L
 
R
M
 
C
D
 
R
D
 
E
S
 
L
R
 
R
A
 
E
-
 
H
A
 
I
Y
 
F
N
 
N
Y
 
F
L
 
K
H
 
Q
D
 
H
R
 
R
R
 
Q
P
 
P
E
 
Q
L
 
H
Y
 
Y

1uf7A Crystal structure of c171a/v236a mutant of n-carbamyl-d-amino acid amidohydrolase complexed with n-carbamyl-d-valine
28% identity, 87% coverage: 29:258/264 of query aligns to 36:297/303 of 1uf7A

query
sites
1uf7A
A
 
S
R
 
R
G
 
G
A
 
A
D
 
N
V
 
F
L
 
I
V
 
V
L
 
F
P
 
P
E
|
E
M
 
L
F
 
A
M
 
L
T
 
T
G
 
T
Y
 
F
N
 
F
I
 
P
G
 
R
V
 
W
D
 
H
A
 
F
V
 
T
N
 
D
V
 
E
-
 
A
-
 
E
L
 
L
A
 
D
E
 
S
V
 
F
Y
 
Y
N
 
E
G
 
T
E
 
E
W
 
M
A
 
P
Q
 
G
Q
 
P
I
 
V
A
 
V
R
 
R
-
 
P
-
 
L
I
 
F
A
 
E
K
 
K
A
 
A
A
 
A
G
 
E
L
 
L
A
 
G
I
 
I
V
 
G
Y
 
F
-
 
N
-
 
L
G
 
G
Y
 
Y
P
 
A
E
 
E
R
 
L
G
 
V
E
 
V
D
 
E
G
 
G
Q
 
G
I
 
V
-
 
K
-
 
R
-
 
R
Y
 
F
N
|
N
A
 
T
V
 
S
Q
 
I
L
 
L
I
 
V
D
 
D
A
 
K
Q
 
S
G
 
G
E
 
K
R
 
I
L
 
V
A
 
G
N
 
K
Y
 
Y
R
 
R
K
|
K
S
 
I
H
 
H
L
 
L
-
x
P
-
 
G
-
 
H
-
 
K
-
 
E
-
 
Y
-
 
E
-
 
A
-
 
Y
-
 
R
-
 
P
F
 
F
G
 
Q
D
 
H
L
 
L
D
x
E
H
 
K
A
 
R
M
 
Y
F
 
F
S
 
E
A
 
P
G
 
G
D
 
D
A
 
L
A
 
G
L
 
F
P
 
P
I
 
V
V
 
Y
E
 
D
L
 
V
N
 
D
G
 
A
W
 
A
K
 
K
L
 
M
G
 
G
L
 
M
L
 
F
I
 
I
C
x
A
Y
x
N
D
 
D
L
 
R
E
x
R
F
 
W
P
 
P
E
 
E
N
 
A
A
 
W
R
 
R
R
 
V
L
 
M
A
 
G
L
 
L
A
 
R
G
 
G
A
 
A
E
 
E
L
 
I
I
 
I
L
 
C
-
 
G
-
 
G
-
 
Y
-
x
N
V
 
T
P
 
P
T
 
T
A
 
H
N
 
N
M
 
P
-
 
P
-
 
V
-
 
P
-
 
Q
-
 
H
-
 
D
Q
 
H
P
 
L
Y
 
T
E
 
S
F
 
F
I
 
H
A
 
H
D
 
L
V
 
L
T
 
S
V
 
M
R
 
Q
A
 
A
R
 
G
A
 
S
I
 
Y
E
 
Q
N
 
N
Q
 
G
C
 
A
F
 
W
V
 
S
A
 
A
Y
 
A
A
 
A
N
 
G
Y
 
K
C
 
A
G
 
G
H
 
M
E
 
E
G
 
E
E
 
N
L
 
C
Q
 
M
Y
 
L
C
 
L
G
 
G
Q
 
H
S
 
S
S
 
C
I
 
I
A
 
V
A
 
A
P
 
P
N
 
T
G
 
G
S
 
E
R
 
I
P
 
V
A
 
A
L
 
L
-
 
T
A
 
T
G
 
T
L
 
L
D
 
E
E
 
D
A
 
E
L
 
V
I
 
I
V
 
T
A
 
A
E
 
A
L
 
V
D
 
D
R
 
L
Q
 
D
L
 
R
M
 
C
D
 
R
D
 
E
S
 
L
R
 
R
A
 
E
-
 
H
A
 
I
Y
 
F
N
 
N
Y
 
F
L
 
K
H
 
Q
D
 
H
R
 
R
R
 
Q
P
 
P
E
 
Q
L
 
H
Y
 
Y

1uf5A Crystal structure of c171a/v236a mutant of n-carbamyl-d-amino acid amidohydrolase complexed with n-carbamyl-d-methionine
28% identity, 87% coverage: 29:258/264 of query aligns to 36:297/303 of 1uf5A

query
sites
1uf5A
A
 
S
R
 
R
G
 
G
A
 
A
D
 
N
V
 
F
L
 
I
V
 
V
L
 
F
P
 
P
E
|
E
M
 
L
F
 
A
M
 
L
T
 
T
G
 
T
Y
 
F
N
 
F
I
 
P
G
 
R
V
 
W
D
 
H
A
 
F
V
 
T
N
 
D
V
 
E
-
 
A
-
 
E
L
 
L
A
 
D
E
 
S
V
 
F
Y
 
Y
N
 
E
G
 
T
E
 
E
W
 
M
A
 
P
Q
 
G
Q
 
P
I
 
V
A
 
V
R
 
R
-
 
P
-
 
L
I
 
F
A
 
E
K
 
K
A
 
A
A
 
A
G
 
E
L
 
L
A
 
G
I
 
I
V
 
G
Y
 
F
-
 
N
-
 
L
G
 
G
Y
 
Y
P
 
A
E
 
E
R
 
L
G
 
V
E
 
V
D
 
E
G
 
G
Q
 
G
I
 
V
-
 
K
-
 
R
-
 
R
Y
 
F
N
|
N
A
 
T
V
 
S
Q
 
I
L
 
L
I
 
V
D
 
D
A
 
K
Q
 
S
G
 
G
E
 
K
R
 
I
L
 
V
A
 
G
N
 
K
Y
 
Y
R
 
R
K
|
K
S
 
I
H
 
H
L
 
L
-
x
P
-
 
G
-
 
H
-
 
K
-
 
E
-
 
Y
-
 
E
-
 
A
-
 
Y
-
 
R
-
 
P
F
 
F
G
 
Q
D
 
H
L
 
L
D
x
E
H
 
K
A
 
R
M
 
Y
F
 
F
S
 
E
A
 
P
G
 
G
D
 
D
A
 
L
A
 
G
L
 
F
P
 
P
I
 
V
V
 
Y
E
 
D
L
 
V
N
 
D
G
 
A
W
 
A
K
 
K
L
 
M
G
 
G
L
 
M
L
 
F
I
 
I
C
x
A
Y
x
N
D
 
D
L
 
R
E
x
R
F
 
W
P
 
P
E
 
E
N
 
A
A
 
W
R
 
R
R
 
V
L
 
M
A
 
G
L
 
L
A
 
R
G
 
G
A
 
A
E
 
E
L
 
I
I
 
I
L
 
C
-
 
G
-
 
G
-
 
Y
-
x
N
V
x
T
P
 
P
T
 
T
A
 
H
N
 
N
M
 
P
-
 
P
-
 
V
-
 
P
-
 
Q
-
 
H
-
 
D
Q
 
H
P
 
L
Y
 
T
E
 
S
F
 
F
I
 
H
A
 
H
D
 
L
V
 
L
T
 
S
V
 
M
R
 
Q
A
 
A
R
 
G
A
 
S
I
 
Y
E
 
Q
N
 
N
Q
 
G
C
 
A
F
 
W
V
 
S
A
 
A
Y
 
A
A
 
A
N
 
G
Y
 
K
C
 
A
G
 
G
H
 
M
E
 
E
G
 
E
E
 
N
L
 
C
Q
 
M
Y
 
L
C
 
L
G
 
G
Q
 
H
S
 
S
S
 
C
I
 
I
A
 
V
A
 
A
P
 
P
N
 
T
G
 
G
S
 
E
R
 
I
P
 
V
A
 
A
L
 
L
-
 
T
A
 
T
G
 
T
L
 
L
D
 
E
E
 
D
A
 
E
L
 
V
I
 
I
V
 
T
A
 
A
E
 
A
L
 
V
D
 
D
R
 
L
Q
 
D
L
 
R
M
 
C
D
 
R
D
 
E
S
 
L
R
 
R
A
 
E
-
 
H
A
 
I
Y
 
F
N
 
N
Y
 
F
L
 
K
H
 
Q
D
 
H
R
 
R
R
 
Q
P
 
P
E
 
Q
L
 
H
Y
 
Y

Query Sequence

>Pf6N2E2_4777 5-aminopentanamidase (EC 3.5.1.30)
MRVALYQCPPLPLDPAGNLHRLHQVALEARGADVLVLPEMFMTGYNIGVDAVNVLAEVYN
GEWAQQIARIAKAAGLAIVYGYPERGEDGQIYNAVQLIDAQGERLANYRKSHLFGDLDHA
MFSAGDAALPIVELNGWKLGLLICYDLEFPENARRLALAGAELILVPTANMQPYEFIADV
TVRARAIENQCFVAYANYCGHEGELQYCGQSSIAAPNGSRPALAGLDEALIVAELDRQLM
DDSRAAYNYLHDRRPELYDDLHKH

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory