SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Pf6N2E2_5061 FitnessBrowser__pseudo6_N2E2:Pf6N2E2_5061 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3jyqA Quinate dehydrogenase from corynebacterium glutamicum in complex with shikimate and nadh (see paper)
51% identity, 98% coverage: 5:283/285 of query aligns to 1:282/282 of 3jyqA

query
sites
3jyqA
N
 
N
I
 
D
T
 
S
V
 
I
L
 
L
A
 
L
G
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
Q
G
 
G
I
 
L
Q
 
D
A
 
L
S
|
S
R
 
R
T
 
T
P
 
P
A
 
A
L
 
M
H
 
H
E
 
E
H
 
A
E
 
E
G
 
G
D
 
L
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
M
 
R
R
 
A
Y
 
T
L
 
V
Y
 
Y
R
 
R
L
 
R
I
 
I
D
 
D
L
 
T
D
 
L
A
 
G
L
 
S
K
 
R
L
 
A
D
 
S
S
 
G
G
 
Q
A
 
D
L
 
L
P
 
K
D
 
T
L
 
L
L
 
L
K
 
D
A
 
A
A
 
A
E
 
L
R
 
Y
M
 
L
S
 
G
F
 
F
T
 
N
G
 
G
L
 
L
N
|
N
I
 
I
T
|
T
F
 
H
P
 
P
C
 
Y
K
 
K
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
I
 
L
P
 
P
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
L
 
V
S
 
S
P
 
E
E
 
Q
A
 
A
R
 
T
G
 
Q
I
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
V
 
V
V
 
V
L
 
I
K
 
D
-
 
A
D
 
T
G
 
G
K
 
H
R
 
T
I
 
T
G
 
G
H
 
H
N
 
N
T
 
T
D
|
D
C
 
V
L
 
S
G
 
G
F
 
F
A
 
G
E
 
R
G
 
G
F
 
M
R
 
E
R
 
E
G
 
G
L
 
L
G
 
P
D
 
N
V
 
A
A
 
K
R
 
L
R
 
D
R
 
S
V
 
V
V
 
V
Q
 
Q
M
x
V
G
 
G
A
 
A
G
|
G
G
|
G
A
x
V
G
 
G
A
 
N
A
 
A
V
 
V
A
 
A
H
 
Y
A
 
A
L
 
L
L
 
V
A
 
T
E
 
H
G
 
G
V
 
V
Q
 
Q
T
 
K
L
 
L
S
 
Q
I
 
V
F
 
A
D
|
D
V
x
L
E
 
D
V
 
T
S
 
S
R
|
R
A
 
A
E
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
A
N
 
D
N
 
V
L
 
I
N
 
N
Q
 
N
H
 
-
F
 
-
G
 
A
V
 
V
G
 
G
R
 
R
-
 
E
A
 
A
R
 
V
A
 
V
G
 
G
H
 
V
D
 
D
-
 
A
-
 
R
-
 
G
L
 
I
S
 
E
A
 
D
A
 
V
M
 
I
A
 
A
E
 
A
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
V
V
 
V
N
 
N
T
 
A
T
|
T
P
|
P
M
 
M
G
 
G
M
|
M
A
 
P
K
 
A
L
 
H
P
 
P
G
 
G
M
 
T
P
 
A
V
 
F
P
 
D
V
 
V
E
 
S
L
 
C
L
 
L
H
 
T
G
 
K
Q
 
D
L
 
H
W
 
W
V
 
V
A
 
G
E
 
D
I
x
V
V
 
V
Y
 
Y
F
 
M
P
 
P
L
 
I
E
 
E
T
 
T
E
 
E
L
 
L
L
 
L
R
 
K
N
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
G
 
G
C
 
C
R
 
E
T
 
T
L
 
L
D
 
D
G
 
G
G
 
T
N
 
R
M
 
M
A
|
A
V
 
I
F
 
H
Q
|
Q
A
 
A
V
 
V
K
 
D
A
 
A
F
 
F
E
 
R
L
 
L
F
 
F
S
 
T
G
 
G
V
 
L
A
 
E
P
 
P
D
 
D
A
 
V
Q
 
S
R
 
R
M
 
M
L
 
R
E
 
E
H
 
T
F
 
F
Q
 
L
A
 
S
M
 
L

3jypA Quinate dehydrogenase from corynebacterium glutamicum in complex with quinate and nadh (see paper)
51% identity, 98% coverage: 5:283/285 of query aligns to 1:282/282 of 3jypA

query
sites
3jypA
N
 
N
I
 
D
T
 
S
V
 
I
L
 
L
A
 
L
G
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
Q
G
 
G
I
 
L
Q
 
D
A
 
L
S
|
S
R
 
R
T
|
T
P
 
P
A
 
A
L
 
M
H
 
H
E
 
E
H
 
A
E
 
E
G
 
G
D
 
L
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
M
 
R
R
 
A
Y
 
T
L
 
V
Y
 
Y
R
 
R
L
 
R
I
 
I
D
 
D
L
 
T
D
 
L
A
 
G
L
 
S
K
 
R
L
 
A
D
 
S
S
 
G
G
 
Q
A
 
D
L
 
L
P
 
K
D
 
T
L
 
L
L
 
L
K
 
D
A
 
A
A
 
A
E
 
L
R
 
Y
M
 
L
S
 
G
F
 
F
T
 
N
G
 
G
L
 
L
N
|
N
I
 
I
T
|
T
F
 
H
P
 
P
C
 
Y
K
|
K
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
I
 
L
P
 
P
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
L
 
V
S
 
S
P
 
E
E
 
Q
A
 
A
R
 
T
G
 
Q
I
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
V
 
V
V
 
V
L
 
I
K
 
D
-
 
A
D
 
T
G
 
G
K
 
H
R
 
T
I
 
T
G
 
G
H
 
H
N
 
N
T
 
T
D
|
D
C
 
V
L
 
S
G
 
G
F
 
F
A
 
G
E
 
R
G
 
G
F
 
M
R
 
E
R
 
E
G
 
G
L
 
L
G
 
P
D
 
N
V
 
A
A
 
K
R
 
L
R
 
D
R
 
S
V
 
V
V
 
V
Q
 
Q
M
x
V
G
 
G
A
 
A
G
|
G
G
 
G
A
x
V
G
 
G
A
 
N
A
 
A
V
 
V
A
 
A
H
 
Y
A
 
A
L
 
L
L
 
V
A
 
T
E
 
H
G
 
G
V
 
V
Q
 
Q
T
 
K
L
 
L
S
 
Q
I
 
V
F
 
A
D
|
D
V
x
L
E
 
D
V
 
T
S
 
S
R
|
R
A
 
A
E
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
A
N
 
D
N
 
V
L
 
I
N
 
N
Q
 
N
H
 
-
F
 
-
G
 
A
V
 
V
G
 
G
R
 
R
-
 
E
A
 
A
R
 
V
A
 
V
G
 
G
H
 
V
D
 
D
-
 
A
-
 
R
-
 
G
L
 
I
S
 
E
A
 
D
A
 
V
M
 
I
A
 
A
E
 
A
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
V
V
 
V
N
 
N
T
 
A
T
|
T
P
|
P
M
 
M
G
 
G
M
|
M
A
 
P
K
 
A
L
 
H
P
 
P
G
 
G
M
 
T
P
x
A
V
 
F
P
 
D
V
 
V
E
 
S
L
 
C
L
 
L
H
 
T
G
 
K
Q
 
D
L
 
H
W
 
W
V
 
V
A
 
G
E
 
D
I
x
V
V
 
V
Y
|
Y
F
 
M
P
 
P
L
 
I
E
 
E
T
 
T
E
 
E
L
 
L
L
 
L
R
 
K
N
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
G
 
G
C
 
C
R
 
E
T
 
T
L
 
L
D
 
D
G
 
G
G
 
T
N
 
R
M
 
M
A
|
A
V
 
I
F
 
H
Q
|
Q
A
 
A
V
 
V
K
 
D
A
 
A
F
 
F
E
 
R
L
 
L
F
 
F
S
 
T
G
 
G
V
 
L
A
 
E
P
 
P
D
 
D
A
 
V
Q
 
S
R
 
R
M
 
M
L
 
R
E
 
E
H
 
T
F
 
F
Q
 
L
A
 
S
M
 
L

3jyoA Quinate dehydrogenase from corynebacterium glutamicum in complex with NAD (see paper)
51% identity, 98% coverage: 5:283/285 of query aligns to 1:282/282 of 3jyoA

query
sites
3jyoA
N
 
N
I
 
D
T
 
S
V
 
I
L
 
L
A
 
L
G
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
Q
G
 
G
I
 
L
Q
 
D
A
 
L
S
 
S
R
 
R
T
 
T
P
 
P
A
 
A
L
 
M
H
 
H
E
 
E
H
 
A
E
 
E
G
 
G
D
 
L
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
M
 
R
R
 
A
Y
 
T
L
 
V
Y
 
Y
R
 
R
L
 
R
I
 
I
D
 
D
L
 
T
D
 
L
A
 
G
L
 
S
K
 
R
L
 
A
D
 
S
S
 
G
G
 
Q
A
 
D
L
 
L
P
 
K
D
 
T
L
 
L
L
 
L
K
 
D
A
 
A
A
 
A
E
 
L
R
 
Y
M
 
L
S
 
G
F
 
F
T
 
N
G
 
G
L
 
L
N
 
N
I
 
I
T
 
T
F
 
H
P
 
P
C
 
Y
K
 
K
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
I
 
L
P
 
P
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
L
 
V
S
 
S
P
 
E
E
 
Q
A
 
A
R
 
T
G
 
Q
I
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
V
 
V
V
 
V
L
 
I
K
 
D
-
 
A
D
 
T
G
 
G
K
 
H
R
 
T
I
 
T
G
 
G
H
 
H
N
 
N
T
 
T
D
 
D
C
 
V
L
 
S
G
 
G
F
 
F
A
 
G
E
 
R
G
 
G
F
 
M
R
 
E
R
 
E
G
 
G
L
 
L
G
 
P
D
 
N
V
 
A
A
 
K
R
 
L
R
 
D
R
 
S
V
 
V
V
 
V
Q
 
Q
M
x
V
G
 
G
A
 
A
G
|
G
G
 
G
A
x
V
G
 
G
A
 
N
A
 
A
V
 
V
A
 
A
H
 
Y
A
 
A
L
 
L
L
 
V
A
 
T
E
 
H
G
 
G
V
 
V
Q
 
Q
T
 
K
L
 
L
S
 
Q
I
 
V
F
 
A
D
|
D
V
x
L
E
 
D
V
 
T
S
 
S
R
|
R
A
 
A
E
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
A
N
 
D
N
 
V
L
 
I
N
 
N
Q
 
N
H
 
-
F
 
-
G
 
A
V
 
V
G
 
G
R
 
R
-
 
E
A
 
A
R
 
V
A
 
V
G
 
G
H
 
V
D
 
D
-
 
A
-
 
R
-
 
G
L
 
I
S
 
E
A
 
D
A
 
V
M
 
I
A
 
A
E
 
A
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
V
V
 
V
N
 
N
T
 
A
T
|
T
P
|
P
M
 
M
G
 
G
M
|
M
A
 
P
K
 
A
L
 
H
P
 
P
G
 
G
M
 
T
P
 
A
V
 
F
P
 
D
V
 
V
E
 
S
L
 
C
L
 
L
H
 
T
G
 
K
Q
 
D
L
 
H
W
 
W
V
 
V
A
 
G
E
 
D
I
x
V
V
 
V
Y
|
Y
F
 
M
P
 
P
L
 
I
E
 
E
T
 
T
E
 
E
L
 
L
L
 
L
R
 
K
N
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
G
 
G
C
 
C
R
 
E
T
 
T
L
 
L
D
 
D
G
 
G
G
 
T
N
 
R
M
 
M
A
|
A
V
 
I
F
 
H
Q
 
Q
A
 
A
V
 
V
K
 
D
A
 
A
F
 
F
E
 
R
L
 
L
F
 
F
S
 
T
G
 
G
V
 
L
A
 
E
P
 
P
D
 
D
A
 
V
Q
 
S
R
 
R
M
 
M
L
 
R
E
 
E
H
 
T
F
 
F
Q
 
L
A
 
S
M
 
L

Q9X5C9 Quinate/shikimate dehydrogenase (NAD(+)); QSDH; EC 1.1.1.-; EC 1.1.1.24 from Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (see paper)
51% identity, 98% coverage: 5:283/285 of query aligns to 2:283/283 of Q9X5C9

query
sites
Q9X5C9
N
 
N
I
 
D
T
 
S
V
 
I
L
 
L
A
 
L
G
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
Q
G
 
G
I
 
L
Q
 
D
A
 
L
S
|
S
R
|
R
T
|
T
P
 
P
A
 
A
L
 
M
H
 
H
E
 
E
H
 
A
E
 
E
G
 
G
D
 
L
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
M
 
R
R
 
A
Y
 
T
L
 
V
Y
 
Y
R
 
R
L
 
R
I
 
I
D
 
D
L
 
T
D
 
L
A
 
G
L
 
S
K
 
R
L
 
A
D
 
S
S
 
G
G
 
Q
A
 
D
L
 
L
P
 
K
D
 
T
L
 
L
L
 
L
K
 
D
A
 
A
A
 
A
E
 
L
R
 
Y
M
 
L
S
 
G
F
 
F
T
 
N
G
 
G
L
 
L
N
 
N
I
 
I
T
|
T
F
 
H
P
 
P
C
 
Y
K
|
K
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
I
 
L
P
 
P
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
L
 
V
S
 
S
P
 
E
E
 
Q
A
 
A
R
 
T
G
 
Q
I
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
V
 
V
V
 
V
L
 
I
K
 
D
-
 
A
D
 
T
G
 
G
K
 
H
R
 
T
I
 
T
G
 
G
H
 
H
N
 
N
T
 
T
D
|
D
C
 
V
L
 
S
G
 
G
F
 
F
A
 
G
E
 
R
G
 
G
F
 
M
R
 
E
R
 
E
G
 
G
L
 
L
G
 
P
D
 
N
V
 
A
A
 
K
R
 
L
R
 
D
R
 
S
V
 
V
V
 
V
Q
 
Q
M
 
V
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
|
G
A
x
V
G
 
G
A
 
N
A
 
A
V
 
V
A
 
A
H
 
Y
A
 
A
L
 
L
L
 
V
A
 
T
E
 
H
G
 
G
V
 
V
Q
 
Q
T
 
K
L
 
L
S
 
Q
I
 
V
F
 
A
D
|
D
V
 
L
E
 
D
V
 
T
S
 
S
R
|
R
A
 
A
E
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
A
N
 
D
N
 
V
L
 
I
N
 
N
Q
 
N
H
 
-
F
 
-
G
 
A
V
 
V
G
 
G
R
 
R
-
 
E
A
 
A
R
 
V
A
 
V
G
 
G
H
 
V
D
 
D
-
 
A
-
 
R
-
 
G
L
 
I
S
 
E
A
 
D
A
 
V
M
 
I
A
 
A
E
 
A
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
V
V
 
V
N
 
N
T
 
A
T
 
T
P
|
P
M
|
M
G
|
G
M
|
M
A
 
P
K
 
A
L
 
H
P
 
P
G
 
G
M
 
T
P
x
A
V
 
F
P
 
D
V
 
V
E
 
S
L
 
C
L
 
L
H
 
T
G
 
K
Q
 
D
L
 
H
W
 
W
V
 
V
A
 
G
E
 
D
I
x
V
V
 
V
Y
 
Y
F
 
M
P
 
P
L
 
I
E
 
E
T
 
T
E
 
E
L
 
L
L
 
L
R
 
K
N
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
G
 
G
C
 
C
R
 
E
T
 
T
L
 
L
D
 
D
G
|
G
G
 
T
N
 
R
M
 
M
A
 
A
V
 
I
F
 
H
Q
|
Q
A
 
A
V
 
V
K
 
D
A
 
A
F
 
F
E
 
R
L
 
L
F
 
F
S
 
T
G
 
G
V
 
L
A
 
E
P
 
P
D
 
D
A
 
V
Q
 
S
R
 
R
M
 
M
L
 
R
E
 
E
H
 
T
F
 
F
Q
 
L
A
 
S
M
 
L

Q5HNV1 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Staphylococcus epidermidis (strain ATCC 35984 / RP62A) (see paper)
30% identity, 93% coverage: 12:276/285 of query aligns to 5:257/269 of Q5HNV1

query
sites
Q5HNV1
L
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
N
G
 
P
I
 
I
Q
 
S
A
 
H
S
|
S
R
x
L
T
x
S
P
 
P
A
 
L
L
 
M
H
 
H
E
 
H
H
 
A
E
 
N
G
 
F
D
 
Q
A
 
S
Q
 
L
G
 
N
M
 
L
R
 
E
Y
 
N
L
 
T
Y
 
Y
R
 
-
L
 
-
I
 
-
D
 
-
L
 
-
D
 
E
A
 
A
L
 
I
K
 
N
L
 
V
D
 
P
S
 
V
G
 
N
A
 
Q
L
 
F
P
 
Q
D
 
D
L
 
I
L
 
K
K
 
K
A
 
I
A
 
I
E
 
S
R
 
E
M
 
K
S
 
S
F
 
I
T
 
D
G
 
G
L
 
F
N
 
N
I
 
V
T
|
T
F
 
I
P
 
P
C
 
H
K
 
K
Q
 
E
A
 
R
I
 
I
I
 
I
P
 
P
L
 
Y
L
 
L
D
 
D
E
 
D
L
 
I
S
 
N
P
 
E
E
 
Q
A
 
A
R
 
K
G
 
S
I
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
V
 
V
V
 
L
L
 
V
K
 
K
D
 
D
G
 
G
K
 
K
R
 
W
I
 
I
G
 
G
H
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
C
 
G
L
 
I
G
 
G
F
 
Y
A
 
V
E
 
N
G
 
G
F
 
L
R
 
K
R
 
Q
G
 
I
L
 
Y
G
 
E
D
 
G
V
 
I
A
 
E
R
 
D
R
 
A
R
 
Y
V
 
I
V
 
L
Q
 
I
M
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
S
A
 
K
A
 
G
V
 
I
A
 
A
H
 
N
A
 
E
L
 
L
L
 
Y
A
 
K
E
 
I
G
 
V
V
 
R
Q
 
P
T
 
T
L
 
L
S
 
T
I
 
V
F
 
A
D
 
N
V
 
R
E
 
T
V
 
M
S
 
S
R
 
R
A
 
F
E
 
N
A
 
N
L
 
W
A
 
S
N
 
L
N
 
N
L
 
I
N
 
N
Q
 
K
H
 
-
F
 
I
G
 
N
V
 
L
G
 
S
R
 
H
A
 
A
R
 
E
A
 
S
G
 
H
H
 
L
D
 
D
L
 
-
S
 
-
A
 
-
A
 
-
M
 
-
A
 
-
E
 
E
A
 
F
D
 
D
G
 
I
L
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
T
T
 
T
P
 
P
M
 
A
G
 
G
M
 
M
A
 
N
K
 
G
L
 
N
P
 
T
G
 
D
M
 
S
P
 
V
V
 
I
P
 
S
V
 
L
E
 
N
L
 
R
L
 
L
H
 
A
G
 
S
Q
 
H
L
 
T
W
 
L
V
 
V
A
 
S
E
 
D
I
 
I
V
 
V
Y
|
Y
F
 
N
P
 
P
L
 
Y
E
 
K
T
 
T
E
 
P
L
 
I
L
 
L
R
 
I
N
 
E
A
 
A
R
 
E
A
 
Q
L
 
R
G
 
G
C
 
N
R
 
P
T
 
I
L
 
Y
D
 
N
G
 
G
G
 
L
N
 
D
M
 
M
A
 
F
V
 
V
F
 
H
Q
|
Q
A
 
G
V
 
A
K
 
E
A
 
S
F
 
F
E
 
K
L
 
I
F
 
W
S
 
T
G
 
N
V
 
L
A
 
E
P
 
P
D
 
D
A
 
I
Q
 
K
R
 
A
M
 
M

Q58484 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (Methanococcus jannaschii) (see paper)
34% identity, 95% coverage: 7:276/285 of query aligns to 6:272/282 of Q58484

query
sites
Q58484
T
 
T
V
 
K
L
 
V
A
 
I
G
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
H
G
 
P
I
 
V
Q
 
E
A
 
H
S
 
S
R
 
F
T
 
S
P
 
P
A
 
I
L
 
M
H
 
H
E
 
N
H
 
A
E
 
A
G
 
F
D
 
K
A
 
D
Q
 
K
G
 
G
M
 
L
R
 
N
Y
 
Y
L
 
V
Y
 
Y
R
 
V
L
 
A
I
 
F
D
 
D
L
 
V
D
 
-
A
 
-
L
 
-
K
 
-
L
 
-
D
 
-
S
 
-
G
 
-
A
 
-
L
 
L
P
 
P
D
 
E
L
 
N
L
 
L
K
 
K
-
 
Y
-
 
V
-
 
I
-
 
D
A
 
G
A
 
A
E
 
K
R
 
A
M
 
L
S
 
G
F
 
I
T
 
V
G
 
G
L
 
F
N
 
N
I
 
V
T
 
T
F
 
I
P
 
P
C
 
H
K
 
K
Q
 
I
A
 
E
I
 
I
I
 
M
P
 
K
L
 
Y
L
 
L
D
 
D
E
 
E
L
 
I
S
 
D
P
 
K
E
 
D
A
 
A
R
 
Q
G
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
V
 
I
V
 
K
L
 
I
K
 
E
D
 
D
G
 
G
K
 
K
R
 
A
I
 
I
G
 
G
H
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
 
D
C
 
G
L
 
I
G
 
G
F
 
A
A
 
R
E
 
M
G
 
A
F
 
L
R
 
E
R
 
E
G
 
E
L
 
I
G
 
G
D
 
R
V
 
V
A
 
K
R
 
D
R
 
K
R
 
N
V
 
I
V
 
V
Q
 
I
M
 
Y
G
|
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
G
 
A
A
 
R
A
 
A
V
 
V
A
 
A
H
 
F
A
 
E
L
 
L
L
 
A
A
 
K
E
 
D
G
 
-
V
 
-
Q
 
N
T
 
N
L
 
I
S
 
I
I
 
I
F
 
A
D
x
N
V
x
R
E
x
T
V
|
V
S
x
E
R
x
K
A
 
A
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
A
N
 
K
-
 
E
-
 
I
-
 
A
-
 
E
N
 
K
L
 
L
N
 
N
Q
 
K
H
 
K
F
 
F
G
 
G
V
 
E
G
 
E
R
 
V
A
 
K
R
 
F
A
 
S
G
 
G
H
 
L
D
 
D
L
 
V
S
 
D
A
 
-
A
 
-
M
 
L
A
 
D
E
 
G
A
 
V
D
 
D
G
 
I
L
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
A
T
|
T
P
 
P
M
 
I
G
 
G
M
|
M
A
 
-
K
 
-
L
 
Y
P
 
P
G
 
N
M
 
I
P
 
D
V
 
V
-
 
E
P
 
P
V
 
I
-
 
V
-
 
K
-
 
A
E
 
E
L
 
K
L
 
L
H
 
R
G
 
E
Q
 
D
L
 
M
W
 
V
V
 
V
A
 
M
E
 
D
I
x
L
V
 
I
Y
 
Y
F
 
N
P
 
P
L
 
L
E
 
E
T
 
T
E
 
V
L
 
L
L
 
L
R
 
K
N
 
E
A
 
A
R
 
K
A
 
K
L
 
V
G
 
N
C
 
A
R
 
K
T
 
T
L
 
I
D
 
N
G
 
G
G
 
L
N
 
G
M
 
M
A
 
L
V
 
I
F
 
Y
Q
 
Q
A
 
G
V
 
A
K
 
V
A
 
A
F
 
F
E
 
K
L
 
I
F
 
W
S
 
T
G
 
G
V
 
V
A
 
E
P
 
P
D
 
N
A
 
I
Q
 
E
R
 
V
M
 
M

1nvtB Crystal structure of shikimate dehydrogenase (aroe or mj1084) in complex with NADP+ (see paper)
34% identity, 95% coverage: 7:276/285 of query aligns to 11:277/287 of 1nvtB

query
sites
1nvtB
T
 
T
V
 
K
L
 
V
A
 
I
G
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
H
G
 
P
I
 
V
Q
x
E
A
x
H
S
 
S
R
 
F
T
 
S
P
 
P
A
 
I
L
 
M
H
 
H
E
 
N
H
 
A
E
 
A
G
 
F
D
 
K
A
 
D
Q
 
K
G
 
G
M
 
L
R
 
N
Y
 
Y
L
 
V
Y
 
Y
R
 
V
L
 
A
I
 
F
D
 
D
L
 
V
D
 
-
A
 
-
L
 
-
K
 
-
L
 
-
D
 
-
S
 
-
G
 
-
A
 
-
L
 
L
P
 
P
D
 
E
L
 
N
L
 
L
K
 
K
-
 
Y
-
 
V
-
 
I
-
 
D
A
 
G
A
 
A
E
 
K
R
 
A
M
 
L
S
 
G
F
 
I
T
 
V
G
 
G
L
 
F
N
 
N
I
 
V
T
 
T
F
x
I
P
 
P
C
 
H
K
|
K
Q
 
I
A
 
E
I
 
I
I
 
M
P
 
K
L
 
Y
L
 
L
D
 
D
E
 
E
L
 
I
S
 
D
P
 
K
E
 
D
A
 
A
R
 
Q
G
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
V
 
I
V
 
K
L
 
I
K
 
E
D
 
D
G
 
G
K
 
K
R
 
A
I
 
I
G
 
G
H
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
C
 
G
L
 
I
G
 
G
F
 
A
A
 
R
E
 
M
G
 
A
F
 
L
R
 
E
R
 
E
G
 
E
L
 
I
G
 
G
D
 
R
V
 
V
A
 
K
R
 
D
R
 
K
R
 
N
V
 
I
V
 
V
Q
 
I
M
 
Y
G
|
G
A
 
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
G
 
A
A
 
R
A
 
A
V
 
V
A
 
A
H
 
F
A
 
E
L
 
L
L
 
A
A
 
K
E
 
D
G
 
-
V
 
-
Q
 
N
T
 
N
L
 
I
S
 
I
I
 
I
F
 
A
D
x
N
V
x
R
E
x
T
V
 
V
S
 
E
R
x
K
A
 
A
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
A
N
 
K
-
 
E
-
 
I
-
 
A
-
 
E
N
 
K
L
 
L
N
 
N
Q
 
K
H
 
K
F
 
F
G
 
G
V
 
E
G
 
E
R
 
V
A
 
K
R
 
F
A
 
S
G
 
G
H
 
L
D
 
D
L
 
V
S
 
D
A
 
-
A
 
-
M
 
L
A
 
D
E
 
G
A
 
V
D
 
D
G
 
I
L
 
I
V
 
I
N
 
N
T
x
A
T
|
T
P
|
P
M
x
I
G
 
G
M
|
M
A
 
-
K
 
-
L
 
Y
P
 
P
G
 
N
M
 
I
P
 
D
V
 
V
-
 
E
P
 
P
V
 
I
-
 
V
-
 
K
-
 
A
E
 
E
L
 
K
L
 
L
H
 
R
G
 
E
Q
 
D
L
 
M
W
 
V
V
 
V
A
 
M
E
 
D
I
x
L
V
 
I
Y
|
Y
F
 
N
P
 
P
L
 
L
E
 
E
T
 
T
E
 
V
L
 
L
L
 
L
R
 
K
N
 
E
A
 
A
R
 
K
A
 
K
L
 
V
G
 
N
C
 
A
R
 
K
T
 
T
L
 
I
D
 
N
G
 
G
G
 
L
N
 
G
M
|
M
A
x
L
V
 
I
F
 
Y
Q
 
Q
A
 
G
V
 
A
K
 
V
A
 
A
F
 
F
E
 
K
L
 
I
F
 
W
S
 
T
G
 
G
V
 
V
A
 
E
P
 
P
D
 
N
A
 
I
Q
 
E
R
 
V
M
 
M

1nvtA Crystal structure of shikimate dehydrogenase (aroe or mj1084) in complex with NADP+ (see paper)
34% identity, 95% coverage: 7:276/285 of query aligns to 11:277/287 of 1nvtA

query
sites
1nvtA
T
 
T
V
 
K
L
 
V
A
 
I
G
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
H
G
 
P
I
 
V
Q
 
E
A
 
H
S
 
S
R
 
F
T
 
S
P
 
P
A
 
I
L
 
M
H
 
H
E
 
N
H
 
A
E
 
A
G
 
F
D
 
K
A
 
D
Q
 
K
G
 
G
M
 
L
R
 
N
Y
 
Y
L
 
V
Y
 
Y
R
 
V
L
 
A
I
 
F
D
 
D
L
 
V
D
 
-
A
 
-
L
 
-
K
 
-
L
 
-
D
 
-
S
 
-
G
 
-
A
 
-
L
 
L
P
 
P
D
 
E
L
 
N
L
 
L
K
 
K
-
 
Y
-
 
V
-
 
I
-
 
D
A
 
G
A
 
A
E
 
K
R
 
A
M
 
L
S
 
G
F
 
I
T
 
V
G
 
G
L
 
F
N
 
N
I
 
V
T
 
T
F
 
I
P
 
P
C
 
H
K
|
K
Q
 
I
A
 
E
I
 
I
I
 
M
P
 
K
L
 
Y
L
 
L
D
 
D
E
 
E
L
 
I
S
 
D
P
 
K
E
 
D
A
 
A
R
 
Q
G
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
V
 
I
V
 
K
L
 
I
K
 
E
D
 
D
G
 
G
K
 
K
R
 
A
I
 
I
G
 
G
H
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
C
 
G
L
 
I
G
 
G
F
 
A
A
 
R
E
 
M
G
 
A
F
 
L
R
 
E
R
 
E
G
 
E
L
 
I
G
 
G
D
 
R
V
 
V
A
 
K
R
 
D
R
 
K
R
 
N
V
 
I
V
 
V
Q
 
I
M
 
Y
G
|
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
|
A
G
 
A
A
 
R
A
 
A
V
 
V
A
 
A
H
 
F
A
 
E
L
 
L
L
 
A
A
 
K
E
 
D
G
 
-
V
 
-
Q
 
N
T
 
N
L
 
I
S
 
I
I
 
I
F
 
A
D
x
N
V
x
R
E
x
T
V
 
V
S
 
E
R
x
K
A
 
A
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
A
N
 
K
-
 
E
-
 
I
-
 
A
-
 
E
N
 
K
L
 
L
N
 
N
Q
 
K
H
 
K
F
 
F
G
 
G
V
 
E
G
 
E
R
 
V
A
 
K
R
 
F
A
 
S
G
 
G
H
 
L
D
 
D
L
 
V
S
 
D
A
 
-
A
 
-
M
 
L
A
 
D
E
 
G
A
 
V
D
 
D
G
 
I
L
 
I
V
 
I
N
 
N
T
x
A
T
|
T
P
|
P
M
x
I
G
 
G
M
|
M
A
 
-
K
 
-
L
 
Y
P
 
P
G
 
N
M
 
I
P
 
D
V
 
V
-
 
E
P
 
P
V
 
I
-
 
V
-
 
K
-
 
A
E
 
E
L
 
K
L
 
L
H
 
R
G
 
E
Q
 
D
L
 
M
W
 
V
V
 
V
A
 
M
E
 
D
I
x
L
V
 
I
Y
|
Y
F
 
N
P
 
P
L
 
L
E
 
E
T
 
T
E
 
V
L
 
L
L
 
L
R
 
K
N
 
E
A
 
A
R
 
K
A
 
K
L
 
V
G
 
N
C
 
A
R
 
K
T
 
T
L
 
I
D
 
N
G
|
G
G
 
L
N
 
G
M
|
M
A
x
L
V
 
I
F
 
Y
Q
 
Q
A
 
G
V
 
A
K
 
V
A
 
A
F
 
F
E
 
K
L
 
I
F
 
W
S
 
T
G
 
G
V
 
V
A
 
E
P
 
P
D
 
N
A
 
I
Q
 
E
R
 
V
M
 
M

3dooA Crystal structure of shikimate dehydrogenase from staphylococcus epidermidis complexed with shikimate (see paper)
29% identity, 93% coverage: 12:276/285 of query aligns to 5:248/258 of 3dooA

query
sites
3dooA
L
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
N
G
 
P
I
 
I
Q
 
S
A
 
H
S
|
S
R
 
L
T
x
S
P
 
P
A
 
L
L
 
M
H
 
H
E
 
H
H
 
A
E
 
N
G
 
F
D
 
Q
A
 
S
Q
 
L
G
 
N
M
 
L
R
 
E
Y
 
N
L
 
T
Y
 
Y
R
 
-
L
 
-
I
 
-
D
 
-
L
 
-
D
 
E
A
 
A
L
 
I
K
 
N
L
 
V
D
 
P
S
 
V
G
 
N
A
 
Q
L
 
F
P
 
Q
D
 
D
L
 
I
L
 
K
K
 
K
A
 
I
A
 
I
E
 
S
R
 
E
M
 
K
S
 
S
F
 
I
T
 
D
G
 
G
L
 
F
N
|
N
I
 
V
T
|
T
F
 
I
P
 
P
C
 
H
K
|
K
Q
 
E
A
 
R
I
 
I
I
 
I
P
 
P
L
 
Y
L
 
L
D
 
D
E
 
D
L
 
I
S
 
N
P
 
E
E
 
Q
A
 
A
R
 
K
G
 
S
I
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
V
 
V
V
 
L
L
 
V
K
 
K
D
 
D
G
 
G
K
 
K
R
 
W
I
 
I
G
 
G
H
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
C
 
G
L
 
I
G
 
G
F
 
Y
A
 
V
E
 
N
G
 
G
F
 
L
R
 
K
R
 
Q
G
 
I
L
 
Y
G
 
E
D
 
G
V
 
I
A
 
E
R
 
D
R
 
A
R
 
Y
V
 
I
V
 
L
Q
 
I
M
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
S
A
 
K
A
 
G
V
 
I
A
 
A
H
 
N
A
 
E
L
 
L
L
 
Y
A
 
K
E
 
I
G
 
V
V
 
R
Q
 
P
T
 
T
L
 
L
S
 
T
I
 
V
F
 
A
D
 
N
V
 
R
E
 
T
V
 
M
S
 
S
R
 
R
A
 
F
E
 
N
A
 
N
L
 
W
A
 
S
N
 
L
N
 
N
L
 
I
N
 
N
Q
 
K
H
 
-
F
 
I
G
 
N
V
 
L
G
 
S
R
 
H
A
 
A
R
 
E
A
 
S
G
 
H
H
 
L
D
 
D
L
 
-
S
 
-
A
 
-
A
 
-
M
 
-
A
 
-
E
 
E
A
 
F
D
 
D
G
 
I
L
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
T
T
 
T
P
 
P
M
 
V
G
 
-
M
 
-
A
 
-
K
 
-
L
 
-
P
 
-
G
 
-
M
 
-
P
 
-
V
 
I
P
 
S
V
 
L
E
 
N
L
 
R
L
 
L
H
 
A
G
 
S
Q
 
H
L
 
T
W
 
L
V
 
V
A
 
S
E
 
D
I
 
I
V
 
V
Y
 
Y
F
 
N
P
 
P
L
 
Y
E
 
K
T
 
T
E
 
P
L
 
I
L
 
L
R
 
I
N
 
E
A
 
A
R
 
E
A
 
Q
L
 
R
G
 
G
C
 
N
R
 
P
T
 
I
L
 
Y
D
 
N
G
 
G
G
 
L
N
 
D
M
 
M
A
x
F
V
 
V
F
 
H
Q
|
Q
A
 
G
V
 
A
K
 
E
A
 
S
F
 
F
E
 
K
L
 
I
F
 
W
S
 
T
G
 
N
V
 
L
A
 
E
P
 
P
D
 
D
A
 
I
Q
 
K
R
 
A
M
 
M

3tozA 2.2 angstrom crystal structure of shikimate 5-dehydrogenase from listeria monocytogenes in complex with NAD.
32% identity, 92% coverage: 7:267/285 of query aligns to 13:277/291 of 3tozA

query
sites
3tozA
T
 
T
V
 
E
L
 
L
A
 
I
G
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
A
A
 
T
G
 
P
I
 
I
Q
 
R
A
 
H
S
 
S
R
 
L
T
 
S
P
 
P
A
 
T
L
 
M
H
 
H
E
 
N
H
 
E
E
 
A
G
 
F
D
 
A
A
 
K
Q
 
L
G
 
G
M
 
L
R
 
D
Y
 
Y
L
 
V
Y
 
Y
R
 
L
L
 
-
I
 
-
D
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
A
L
 
F
K
 
E
L
 
V
D
 
G
S
 
D
G
 
K
A
 
E
L
 
L
P
 
K
D
 
D
L
 
V
L
 
V
K
 
Q
A
 
G
A
 
F
E
 
R
R
 
A
M
 
M
S
 
N
F
 
L
T
 
R
G
 
G
L
 
W
N
 
N
I
 
V
T
 
S
F
 
M
P
 
P
C
 
N
K
 
K
Q
 
T
A
 
N
I
 
I
I
 
H
P
 
K
L
 
Y
L
 
L
D
 
D
E
 
K
L
 
L
S
 
S
P
 
P
E
 
A
A
 
A
R
 
E
G
 
L
I
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
V
 
V
V
 
V
L
 
N
K
 
D
D
 
D
G
 
G
K
 
V
R
 
L
I
 
T
G
 
G
H
 
H
N
 
I
T
 
T
D
 
D
C
 
G
L
 
T
G
 
G
F
 
Y
A
 
M
E
 
R
G
 
A
F
 
L
R
 
K
R
 
E
G
 
A
L
 
G
G
 
H
D
 
D
V
 
I
A
 
I
R
 
G
R
 
K
R
 
K
V
 
M
V
 
T
Q
 
I
M
 
C
G
|
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
G
 
A
A
 
T
A
 
A
V
 
I
A
 
C
H
 
I
A
 
Q
L
 
A
L
 
A
A
 
L
E
 
D
G
 
G
V
 
V
Q
 
K
T
 
E
L
 
I
S
 
S
I
 
I
F
 
F
-
x
N
-
x
R
-
 
K
D
|
D
V
 
D
E
x
F
V
 
Y
S
 
A
R
 
N
A
 
A
E
 
E
A
 
K
L
 
T
A
 
V
N
 
E
N
 
K
L
 
I
N
 
N
-
 
S
-
 
K
-
 
T
-
 
D
-
 
C
-
 
K
-
 
A
Q
 
Q
H
 
L
F
 
F
G
 
D
V
 
I
G
 
-
R
 
-
A
 
-
R
 
E
A
 
D
G
 
H
H
 
E
D
 
Q
L
 
L
S
 
R
A
 
K
A
 
E
M
 
I
A
 
A
E
 
E
A
 
S
D
 
V
G
 
I
L
 
F
V
 
T
N
 
N
T
 
A
T
|
T
P
x
G
M
x
V
G
 
G
M
|
M
A
 
K
K
 
P
L
x
F
P
 
E
G
 
G
M
 
E
P
 
T
V
 
L
-
 
L
-
 
P
P
 
S
V
 
A
E
 
D
L
 
M
L
 
L
H
 
R
G
 
P
Q
 
E
L
 
L
W
 
I
V
 
V
A
 
S
E
 
D
I
x
V
V
 
V
Y
|
Y
F
 
K
P
 
P
L
 
T
E
 
K
T
 
T
E
 
R
L
 
L
L
 
L
R
 
E
N
 
I
A
 
A
R
 
E
A
 
E
L
 
Q
G
 
G
C
 
C
R
 
Q
T
 
T
L
 
L
D
 
N
G
|
G
G
 
L
N
 
G
M
|
M
A
x
M
V
 
L
F
 
W
Q
 
Q
A
 
G
V
 
A
K
 
K
A
 
A
F
 
F
E
 
E
L
 
I
F
 
W
S
 
T

Q8Y9N5 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Listeria monocytogenes serovar 1/2a (strain ATCC BAA-679 / EGD-e)
32% identity, 92% coverage: 7:267/285 of query aligns to 13:277/291 of Q8Y9N5

query
sites
Q8Y9N5
T
 
T
V
 
E
L
 
L
A
 
I
G
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
A
A
 
T
G
 
P
I
 
I
Q
 
R
A
 
H
S
|
S
R
x
L
T
x
S
P
 
P
A
 
T
L
 
M
H
 
H
E
 
N
H
 
E
E
 
A
G
 
F
D
 
A
A
 
K
Q
 
L
G
 
G
M
 
L
R
 
D
Y
 
Y
L
 
V
Y
 
Y
R
 
L
L
 
-
I
 
-
D
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
A
L
 
F
K
 
E
L
 
V
D
 
G
S
 
D
G
 
K
A
 
E
L
 
L
P
 
K
D
 
D
L
 
V
L
 
V
K
 
Q
A
 
G
A
 
F
E
 
R
R
 
A
M
 
M
S
 
N
F
 
L
T
 
R
G
 
G
L
 
W
N
 
N
I
 
V
T
 
S
F
 
M
P
 
P
C
 
N
K
 
K
Q
 
T
A
 
N
I
 
I
I
 
H
P
 
K
L
 
Y
L
 
L
D
 
D
E
 
K
L
 
L
S
 
S
P
 
P
E
 
A
A
 
A
R
 
E
G
 
L
I
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
V
 
V
V
 
V
L
 
N
K
 
D
D
 
D
G
 
G
K
 
V
R
 
L
I
 
T
G
 
G
H
 
H
N
 
I
T
 
T
D
 
D
C
 
G
L
 
T
G
 
G
F
 
Y
A
 
M
E
 
R
G
 
A
F
 
L
R
 
K
R
 
E
G
 
A
L
 
G
G
 
H
D
 
D
V
 
I
A
 
I
R
 
G
R
 
K
R
 
K
V
 
M
V
 
T
Q
 
I
M
 
C
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
A
A
 
T
A
 
A
V
 
I
A
 
C
H
 
I
A
 
Q
L
 
A
L
 
A
A
 
L
E
 
D
G
 
G
V
 
V
Q
 
K
T
 
E
L
 
I
S
 
S
I
 
I
F
 
F
-
x
N
-
x
R
-
x
K
D
|
D
V
 
D
E
 
F
V
 
Y
S
 
A
R
 
N
A
 
A
E
 
E
A
 
K
L
 
T
A
 
V
N
 
E
N
 
K
L
 
I
N
 
N
-
 
S
-
 
K
-
 
T
-
 
D
-
 
C
-
 
K
-
 
A
Q
 
Q
H
 
L
F
 
F
G
 
D
V
 
I
G
 
-
R
 
-
A
 
-
R
 
E
A
 
D
G
 
H
H
 
E
D
 
Q
L
 
L
S
 
R
A
 
K
A
 
E
M
 
I
A
 
A
E
 
E
A
 
S
D
 
V
G
 
I
L
 
F
V
 
T
N
 
N
T
 
A
T
 
T
P
 
G
M
 
V
G
 
G
M
|
M
A
 
K
K
 
P
L
 
F
P
 
E
G
 
G
M
 
E
P
 
T
V
 
L
-
 
L
-
 
P
P
 
S
V
 
A
E
 
D
L
 
M
L
 
L
H
 
R
G
 
P
Q
 
E
L
 
L
W
 
I
V
 
V
A
 
S
E
 
D
I
 
V
V
 
V
Y
 
Y
F
 
K
P
 
P
L
 
T
E
 
K
T
 
T
E
 
R
L
 
L
L
 
L
R
 
E
N
 
I
A
 
A
R
 
E
A
 
E
L
 
Q
G
 
G
C
 
C
R
 
Q
T
 
T
L
 
L
D
 
N
G
 
G
G
 
L
N
 
G
M
 
M
A
 
M
V
 
L
F
 
W
Q
 
Q
A
 
G
V
 
A
K
 
K
A
 
A
F
 
F
E
 
E
L
 
I
F
 
W
S
 
T

3tnlA 1.45 angstrom crystal structure of shikimate 5-dehydrogenase from listeria monocytogenes in complex with shikimate and NAD.
32% identity, 92% coverage: 7:267/285 of query aligns to 10:274/288 of 3tnlA

query
sites
3tnlA
T
 
T
V
 
E
L
 
L
A
 
I
G
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
A
A
 
T
G
 
P
I
 
I
Q
 
R
A
 
H
S
|
S
R
 
L
T
x
S
P
 
P
A
 
T
L
 
M
H
 
H
E
 
N
H
 
E
E
 
A
G
 
F
D
 
A
A
 
K
Q
 
L
G
 
G
M
 
L
R
 
D
Y
 
Y
L
 
V
Y
 
Y
R
 
L
L
 
-
I
 
-
D
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
A
L
 
F
K
 
E
L
 
V
D
 
G
S
 
D
G
 
K
A
 
E
L
 
L
P
 
K
D
 
D
L
 
V
L
 
V
K
 
Q
A
 
G
A
 
F
E
 
R
R
 
A
M
 
M
S
 
N
F
 
L
T
 
R
G
 
G
L
 
W
N
|
N
I
 
V
T
x
S
F
x
M
P
 
P
C
 
N
K
|
K
Q
 
T
A
 
N
I
 
I
I
 
H
P
 
K
L
 
Y
L
 
L
D
 
D
E
 
K
L
 
L
S
 
S
P
 
P
E
 
A
A
 
A
R
 
E
G
 
L
I
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
V
 
V
V
 
V
L
 
N
K
 
D
D
 
D
G
 
G
K
 
V
R
 
L
I
 
T
G
 
G
H
 
H
N
 
I
T
 
T
D
|
D
C
 
G
L
 
T
G
 
G
F
 
Y
A
 
M
E
 
R
G
 
A
F
 
L
R
 
K
R
 
E
G
 
A
L
 
G
G
 
H
D
 
D
V
 
I
A
 
I
R
 
G
R
 
K
R
 
K
V
 
M
V
 
T
Q
 
I
M
 
C
G
|
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
G
 
A
A
 
T
A
 
A
V
 
I
A
 
C
H
 
I
A
 
Q
L
 
A
L
 
A
A
 
L
E
 
D
G
 
G
V
 
V
Q
 
K
T
 
E
L
 
I
S
 
S
I
 
I
F
 
F
-
x
N
-
x
R
-
 
K
D
|
D
V
 
D
E
x
F
V
 
Y
S
 
A
R
 
N
A
 
A
E
 
E
A
 
K
L
 
T
A
 
V
N
 
E
N
 
K
L
 
I
N
 
N
-
 
S
-
 
K
-
 
T
-
 
D
-
 
C
-
 
K
-
 
A
Q
 
Q
H
 
L
F
 
F
G
 
D
V
 
I
G
 
-
R
 
-
A
 
-
R
 
E
A
 
D
G
 
H
H
 
E
D
 
Q
L
 
L
S
 
R
A
 
K
A
 
E
M
 
I
A
 
A
E
 
E
A
 
S
D
 
V
G
 
I
L
 
F
V
 
T
N
 
N
T
 
A
T
|
T
P
 
G
M
x
V
G
 
G
M
|
M
A
 
K
K
 
P
L
x
F
P
 
E
G
 
G
M
 
E
P
 
T
V
 
L
-
 
L
-
 
P
P
 
S
V
 
A
E
 
D
L
 
M
L
 
L
H
 
R
G
 
P
Q
 
E
L
 
L
W
 
I
V
 
V
A
 
S
E
 
D
I
x
V
V
 
V
Y
|
Y
F
 
K
P
 
P
L
 
T
E
 
K
T
 
T
E
 
R
L
 
L
L
 
L
R
 
E
N
 
I
A
 
A
R
 
E
A
 
E
L
 
Q
G
 
G
C
 
C
R
 
Q
T
 
T
L
 
L
D
 
N
G
 
G
G
 
L
N
 
G
M
|
M
A
x
M
V
 
L
F
 
W
Q
|
Q
A
 
G
V
 
A
K
 
K
A
 
A
F
 
F
E
 
E
L
 
I
F
 
W
S
 
T

1npdB X-ray structure of shikimate dehydrogenase complexed with NAD+ from e.Coli (ydib) northeast structural genomics research consortium (nesg) target er24 (see paper)
30% identity, 91% coverage: 9:268/285 of query aligns to 9:272/288 of 1npdB

query
sites
1npdB
L
 
L
A
 
I
G
 
G
L
 
L
I
 
M
G
 
A
A
 
Y
G
 
P
I
 
I
Q
 
R
A
 
H
S
 
S
R
 
L
T
 
S
P
 
P
A
 
E
L
 
M
H
 
Q
E
 
N
H
 
K
E
 
A
G
 
L
D
 
E
A
 
K
Q
 
A
G
 
G
M
 
L
R
 
P
Y
 
F
L
 
T
Y
 
Y
R
 
M
L
 
-
I
 
-
D
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
A
L
 
F
K
 
E
L
 
V
D
 
D
S
 
N
G
 
D
A
 
S
L
 
F
P
 
P
D
 
G
L
 
A
L
 
I
K
 
E
A
 
G
A
 
L
E
 
K
R
 
A
M
 
L
S
 
K
F
 
M
T
 
R
G
 
G
L
 
T
N
 
G
I
 
V
T
 
S
F
 
M
P
 
P
C
 
N
K
 
K
Q
 
Q
A
 
L
I
 
A
I
 
C
P
 
E
L
 
Y
L
 
V
D
 
D
E
 
E
L
 
L
S
 
T
P
 
P
E
 
A
A
 
A
R
 
K
G
 
L
I
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
I
N
 
N
T
 
T
V
 
I
V
 
V
L
 
N
K
 
D
D
 
D
G
 
G
K
 
Y
R
 
L
I
 
R
G
 
G
H
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
 
D
C
 
G
L
 
T
G
 
G
F
 
H
A
 
I
E
 
R
G
 
A
F
 
I
R
 
K
R
 
E
G
 
S
L
 
G
G
 
F
D
 
D
V
 
I
A
 
K
R
 
G
R
 
K
R
 
T
V
 
M
V
 
V
Q
 
L
M
 
L
G
 
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
G
 
S
A
 
T
A
 
A
V
 
I
A
 
G
H
 
A
A
 
Q
L
 
G
L
 
A
A
 
I
E
 
E
G
 
G
V
 
L
Q
 
K
T
 
E
L
 
I
S
 
K
I
 
L
F
 
F
-
x
N
-
x
R
-
 
R
D
|
D
V
 
E
E
x
F
V
 
F
S
 
D
R
 
K
A
 
A
E
 
L
A
 
A
L
 
F
A
 
A
N
 
Q
N
 
R
L
 
V
N
 
N
Q
 
E
H
 
N
-
 
T
-
 
D
-
 
C
-
 
V
F
 
V
G
 
T
V
 
V
G
 
T
R
 
D
A
 
L
R
 
A
A
 
D
G
 
Q
H
 
Q
D
 
A
L
 
F
S
 
A
A
 
E
A
 
A
M
 
L
A
 
A
E
 
S
A
 
A
D
 
D
G
 
I
L
 
L
V
 
T
N
 
N
T
 
G
T
|
T
P
x
K
M
x
V
G
 
G
M
|
M
A
 
K
K
 
P
L
 
L
P
 
E
G
 
N
M
 
E
P
 
S
V
 
L
-
 
V
-
 
N
P
 
D
V
 
I
E
 
S
L
 
L
L
 
L
H
 
H
G
 
P
Q
 
G
L
 
L
W
 
L
V
 
V
A
 
T
E
 
E
I
x
C
V
 
V
Y
 
Y
F
 
N
P
 
P
L
 
H
E
 
M
T
 
T
E
 
K
L
 
L
L
 
L
R
 
Q
N
 
Q
A
 
A
R
 
Q
A
 
Q
L
 
A
G
 
G
C
 
C
R
 
K
T
 
T
L
 
I
D
 
D
G
 
G
G
 
Y
N
 
G
M
|
M
A
x
L
V
 
L
F
 
W
Q
 
Q
A
 
G
V
 
A
K
 
E
A
 
Q
F
 
F
E
 
T
L
 
L
F
 
W
S
 
T
G
 
G

P0A6D5 Quinate/shikimate dehydrogenase; NAD-dependent shikimate 5-dehydrogenase; EC 1.1.1.282 from Escherichia coli (strain K12) (see 4 papers)
30% identity, 91% coverage: 9:268/285 of query aligns to 9:272/288 of P0A6D5

query
sites
P0A6D5
L
 
L
A
 
I
G
 
G
L
 
L
I
 
M
G
 
A
A
 
Y
G
 
P
I
 
I
Q
 
R
A
 
H
S
 
S
R
 
L
T
x
S
P
 
P
A
 
E
L
 
M
H
 
Q
E
 
N
H
 
K
E
 
A
G
 
L
D
 
E
A
 
K
Q
 
A
G
 
G
M
 
L
R
 
P
Y
 
F
L
 
T
Y
|
Y
R
 
M
L
 
-
I
 
-
D
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
A
L
 
F
K
 
E
L
 
V
D
 
D
S
 
N
G
 
D
A
 
S
L
 
F
P
 
P
D
 
G
L
 
A
L
 
I
K
 
E
A
 
G
A
 
L
E
 
K
R
 
A
M
 
L
S
 
K
F
 
M
T
 
R
G
 
G
L
 
T
N
 
G
I
 
V
T
x
S
F
 
M
P
 
P
C
 
N
K
|
K
Q
 
Q
A
 
L
I
 
A
I
 
C
P
 
E
L
 
Y
L
 
V
D
 
D
E
 
E
L
 
L
S
 
T
P
 
P
E
 
A
A
 
A
R
 
K
G
 
L
I
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
I
N
|
N
T
 
T
V
 
I
V
 
V
L
 
N
K
 
D
D
 
D
G
 
G
K
 
Y
R
 
L
I
 
R
G
 
G
H
 
Y
N
 
N
T
|
T
D
|
D
C
 
G
L
 
T
G
 
G
F
 
H
A
 
I
E
 
R
G
 
A
F
 
I
R
 
K
R
 
E
G
 
S
L
 
G
G
 
F
D
 
D
V
 
I
A
 
K
R
 
G
R
 
K
R
 
T
V
 
M
V
 
V
Q
 
L
M
 
L
G
 
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
G
 
S
A
 
T
A
 
A
V
 
I
A
 
G
H
 
A
A
 
Q
L
 
G
L
 
A
A
 
I
E
 
E
G
 
G
V
 
L
Q
 
K
T
 
E
L
 
I
S
 
K
I
 
L
F
 
F
-
x
N
-
x
R
-
x
R
D
|
D
V
 
E
E
 
F
V
 
F
S
 
D
R
 
K
A
 
A
E
 
L
A
 
A
L
 
F
A
 
A
N
 
Q
N
 
R
L
 
V
N
 
N
Q
 
E
H
 
N
-
 
T
-
 
D
-
 
C
-
 
V
F
 
V
G
 
T
V
 
V
G
 
T
R
 
D
A
 
L
R
 
A
A
 
D
G
 
Q
H
 
Q
D
 
A
L
 
F
S
 
A
A
 
E
A
 
A
M
 
L
A
 
A
E
 
S
A
 
A
D
 
D
G
 
I
L
 
L
V
 
T
N
 
N
T
 
G
T
 
T
P
x
K
M
 
V
G
 
G
M
 
M
A
 
K
K
 
P
L
 
L
P
 
E
G
 
N
M
 
E
P
 
S
V
 
L
-
 
V
-
 
N
P
 
D
V
 
I
E
 
S
L
 
L
L
 
L
H
 
H
G
 
P
Q
 
G
L
 
L
W
 
L
V
 
V
A
 
T
E
 
E
I
x
C
V
|
V
Y
|
Y
F
x
N
P
 
P
L
 
H
E
 
M
T
 
T
E
 
K
L
 
L
L
 
L
R
 
Q
N
 
Q
A
 
A
R
 
Q
A
 
Q
L
 
A
G
 
G
C
 
C
R
 
K
T
 
T
L
 
I
D
 
D
G
|
G
G
 
Y
N
 
G
M
 
M
A
 
L
V
 
L
F
 
W
Q
|
Q
A
 
G
V
 
A
K
 
E
A
 
Q
F
 
F
E
 
T
L
 
L
F
 
W
S
 
T
G
 
G

Sites not aligning to the query:

2hk9A Crystal structure of shikimate dehydrogenase from aquifex aeolicus in complex with shikimate and NADP+ at 2.2 angstrom resolution (see paper)
31% identity, 92% coverage: 7:268/285 of query aligns to 6:252/269 of 2hk9A

query
sites
2hk9A
T
 
T
V
 
Q
L
 
L
A
 
Y
G
 
G
L
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
F
G
 
P
I
 
V
Q
 
K
A
 
H
S
|
S
R
 
L
T
x
S
P
 
P
A
 
V
L
 
F
H
 
Q
E
 
N
H
 
A
E
 
-
G
 
-
D
 
-
A
 
-
Q
 
-
G
 
-
M
 
-
R
 
-
Y
 
-
L
 
L
Y
 
I
R
 
R
L
 
Y
I
 
A
D
 
G
L
 
L
D
 
N
A
 
A
L
 
V
K
 
Y
L
 
L
D
 
A
S
 
F
G
 
E
A
 
I
L
 
N
P
 
P
D
 
E
L
 
E
L
 
L
K
 
K
A
 
K
A
 
A
-
 
F
-
 
E
-
 
G
-
 
F
E
 
K
R
 
A
M
 
L
S
 
K
F
 
V
T
 
K
G
 
G
L
 
I
N
|
N
I
 
V
T
 
T
F
x
V
P
 
P
C
 
F
K
|
K
Q
 
E
A
 
E
I
 
I
I
 
I
P
 
P
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Y
L
 
V
S
 
E
P
 
D
E
 
T
A
 
A
R
 
K
G
 
E
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
V
 
V
V
 
K
L
 
F
K
 
E
D
 
N
G
 
G
K
 
K
R
 
A
I
 
Y
G
 
G
H
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
C
 
W
L
 
I
G
 
G
F
 
F
A
 
L
E
 
K
G
 
S
F
 
L
R
 
K
R
 
S
G
 
L
L
 
I
G
 
P
D
 
E
V
 
V
A
 
K
R
 
E
R
 
K
R
 
S
V
 
I
V
 
L
Q
 
V
M
 
L
G
 
G
A
 
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
G
 
S
A
 
R
A
 
A
V
 
V
A
 
I
H
 
Y
A
 
A
L
 
L
L
 
V
A
 
K
E
 
E
G
 
G
V
 
A
Q
 
K
T
 
V
L
 
F
S
 
L
I
 
W
F
 
-
D
 
-
V
 
-
E
 
-
V
 
-
S
x
N
R
|
R
A
x
T
E
 
K
A
 
E
L
 
K
A
 
A
N
 
I
N
 
K
L
 
L
N
 
A
Q
 
Q
H
 
K
F
 
F
G
 
P
V
 
L
G
 
E
R
 
V
A
 
V
R
 
N
A
 
S
G
 
P
H
 
E
D
 
E
L
 
V
S
 
-
A
 
-
A
 
-
M
 
I
A
 
D
E
 
K
A
 
V
D
 
Q
G
 
V
L
 
I
V
 
V
N
 
N
T
 
T
T
|
T
P
x
S
M
x
V
G
 
G
M
 
L
A
 
K
K
 
D
L
 
E
P
 
D
G
 
P
M
 
E
P
 
I
V
 
F
P
 
N
V
 
Y
E
 
D
L
 
L
L
 
I
H
 
K
G
 
K
Q
 
D
L
 
H
W
 
V
V
 
V
A
 
V
E
 
D
I
 
I
V
 
I
Y
|
Y
F
 
-
P
 
-
L
 
K
E
 
E
T
 
T
E
 
K
L
 
L
L
 
L
R
 
K
N
 
K
A
 
A
R
 
K
A
 
E
L
 
K
G
 
G
C
 
A
R
 
K
T
 
L
L
 
L
D
 
D
G
 
G
G
 
L
N
 
P
M
 
M
A
x
L
V
 
L
F
 
W
Q
|
Q
A
 
G
V
 
I
K
 
E
A
 
A
F
 
F
E
 
K
L
 
I
F
 
W
S
 
N
G
 
G

2hk9B Crystal structure of shikimate dehydrogenase from aquifex aeolicus in complex with shikimate and NADP+ at 2.2 angstrom resolution (see paper)
31% identity, 92% coverage: 7:268/285 of query aligns to 6:252/267 of 2hk9B

query
sites
2hk9B
T
 
T
V
 
Q
L
 
L
A
 
Y
G
 
G
L
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
F
G
 
P
I
 
V
Q
 
K
A
 
H
S
|
S
R
 
L
T
x
S
P
 
P
A
 
V
L
 
F
H
 
Q
E
 
N
H
 
A
E
 
-
G
 
-
D
 
-
A
 
-
Q
 
-
G
 
-
M
 
-
R
 
-
Y
 
-
L
 
L
Y
 
I
R
 
R
L
 
Y
I
 
A
D
 
G
L
 
L
D
 
N
A
 
A
L
 
V
K
 
Y
L
 
L
D
 
A
S
 
F
G
 
E
A
 
I
L
 
N
P
 
P
D
 
E
L
 
E
L
 
L
K
 
K
A
 
K
A
 
A
-
 
F
-
 
E
-
 
G
-
 
F
E
 
K
R
 
A
M
 
L
S
 
K
F
 
V
T
 
K
G
 
G
L
 
I
N
|
N
I
 
V
T
|
T
F
x
V
P
 
P
C
 
F
K
|
K
Q
 
E
A
 
E
I
 
I
I
 
I
P
 
P
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Y
L
 
V
S
 
E
P
 
D
E
 
T
A
 
A
R
 
K
G
 
E
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
V
 
V
V
 
K
L
 
F
K
 
E
D
 
N
G
 
G
K
 
K
R
 
A
I
 
Y
G
 
G
H
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
C
 
W
L
 
I
G
 
G
F
 
F
A
 
L
E
 
K
G
 
S
F
 
L
R
 
K
R
 
S
G
 
L
L
 
I
G
 
P
D
 
E
V
 
V
A
 
K
R
 
E
R
 
K
R
 
S
V
 
I
V
 
L
Q
 
V
M
 
L
G
|
G
A
 
A
G
 
G
G
|
G
A
|
A
G
 
S
A
 
R
A
 
A
V
 
V
A
 
I
H
 
Y
A
 
A
L
 
L
L
 
V