SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Pf6N2E2_5969 FitnessBrowser__pseudo6_N2E2:Pf6N2E2_5969 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P04983 Ribose import ATP-binding protein RbsA; EC 7.5.2.7 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
45% identity, 95% coverage: 16:504/514 of query aligns to 5:492/501 of P04983

query
sites
P04983
L
 
L
R
 
Q
F
 
L
N
 
K
G
 
G
I
 
I
G
 
D
K
 
K
S
 
A
F
 
F
P
 
P
G
 
G
V
 
V
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
A
 
S
N
 
G
I
 
A
S
 
A
F
 
L
V
 
N
A
 
V
H
 
Y
P
 
P
G
 
G
Q
 
R
V
 
V
H
 
M
A
 
A
L
 
L
M
 
V
G
 
G
E
 
E
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
|
K
S
 
S
T
 
T
L
 
M
L
 
M
K
 
K
I
 
V
L
 
L
G
 
T
G
 
G
A
 
I
Y
 
Y
I
 
T
P
 
R
S
 
D
S
 
A
G
 
G
D
 
T
L
 
L
-
 
L
Q
 
W
I
 
L
G
 
G
E
 
K
Q
 
E
T
 
T
M
 
-
A
 
T
F
 
F
K
 
T
G
 
G
T
 
P
A
 
K
D
 
S
S
 
S
I
 
Q
A
 
E
S
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
G
V
 
I
I
 
I
H
 
H
Q
 
Q
E
 
E
L
 
L
H
 
N
L
 
L
V
 
I
P
 
P
E
 
Q
M
 
L
T
 
T
V
 
I
A
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
I
F
 
F
L
 
L
G
 
G
-
 
R
H
 
E
L
 
F
P
 
V
A
 
N
R
 
R
F
 
F
G
 
G
L
 
K
V
 
I
N
 
D
R
 
W
G
 
K
V
 
T
L
 
M
R
 
Y
Q
 
A
Q
 
E
A
 
A
L
 
D
T
 
K
L
 
L
L
 
L
K
 
A
G
 
K
L
 
L
A
 
N
D
 
L
E
 
R
I
 
F
D
 
K
P
 
S
Q
 
D
E
 
K
K
 
L
V
 
V
G
 
G
R
 
D
L
 
L
S
 
S
L
 
I
G
 
G
Q
 
D
R
 
Q
Q
 
Q
L
 
M
V
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
K
 
K
A
 
V
L
 
L
S
 
S
R
 
F
G
 
E
A
 
S
H
 
K
V
 
V
I
 
I
A
 
I
F
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
S
 
D
S
 
A
L
 
L
S
 
T
A
 
D
R
 
T
E
 
E
I
 
T
D
 
E
R
 
S
L
 
L
M
 
F
A
 
R
I
 
V
I
 
I
G
 
R
R
 
E
L
 
L
R
 
K
D
 
S
E
 
Q
G
 
G
K
 
R
V
 
G
V
 
I
L
 
V
Y
 
Y
V
 
I
S
 
S
H
 
H
R
 
R
M
 
M
E
 
K
E
 
E
V
 
I
F
 
F
R
 
E
I
 
I
C
 
C
N
 
D
A
 
D
V
 
V
T
 
T
V
 
V
F
 
F
K
 
R
D
 
D
G
 
G
R
 
Q
Y
 
F
V
 
I
R
 
A
T
 
E
F
 
R
E
 
E
N
 
-
M
 
V
S
 
A
E
 
S
L
 
L
T
 
T
H
 
E
D
 
D
Q
 
S
L
 
L
V
 
I
T
 
E
C
 
M
M
 
M
V
 
V
G
 
G
R
 
R
D
 
K
I
 
L
Q
 
E
D
 
D
I
 
Q
Y
 
Y
D
 
P
Y
 
H
R
 
L
P
 
D
R
 
K
E
 
A
R
 
P
G
 
G
D
 
D
V
 
I
A
 
R
L
 
L
Q
 
K
V
 
V
K
 
D
G
 
N
L
 
L
L
 
C
G
 
G
P
 
P
G
 
G
L
 
V
H
 
N
E
 
D
P
 
-
V
 
V
S
 
S
F
 
F
Q
 
T
V
 
L
H
 
R
K
 
K
G
 
G
E
 
E
I
 
I
L
 
L
G
 
G
L
 
V
F
 
S
G
 
G
L
 
L
V
 
M
G
 
G
A
 
A
G
 
G
R
 
R
T
 
T
E
 
E
L
 
L
L
 
M
R
 
K
L
 
V
L
 
L
S
 
Y
G
 
G
L
 
A
E
 
L
R
 
P
Q
 
R
R
 
T
E
 
S
G
 
G
S
 
Y
L
 
V
V
 
T
L
 
L
H
 
D
D
 
G
K
 
H
E
 
E
L
 
V
K
 
V
L
 
T
R
 
R
S
 
S
P
 
P
R
 
Q
D
 
D
A
 
G
I
 
L
A
 
A
A
 
N
G
 
G
V
 
I
L
 
V
L
 
Y
C
 
I
P
 
S
E
 
E
D
 
D
R
 
R
K
 
K
K
 
R
E
 
D
G
 
G
I
 
L
I
 
V
P
 
L
L
 
G
G
 
M
S
 
S
V
 
V
G
 
K
E
 
E
N
 
N
I
 
M
N
 
S
I
 
L
S
 
T
A
 
A
R
 
L
P
 
R
S
 
Y
H
 
F
S
 
S
T
 
R
L
 
A
G
 
G
C
 
G
L
 
S
L
 
L
R
 
K
G
 
H
D
 
A
W
 
D
E
 
E
R
 
Q
G
 
Q
N
 
A
A
 
V
D
 
S
K
 
D
Q
 
F
I
 
I
K
 
R
S
 
L
L
 
F
K
 
N
V
 
V
K
 
K
T
 
T
P
 
P
T
 
S
A
 
M
G
 
E
Q
 
Q
K
 
A
I
 
I
M
 
G
Y
 
L
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
N
 
N
Q
 
Q
Q
 
Q
K
 
K
A
 
V
I
 
A
L
 
I
G
 
A
R
 
R
W
 
G
L
 
L
S
 
M
M
 
T
P
 
R
M
 
P
K
 
K
V
 
V
L
 
L
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
R
 
R
G
 
G
I
 
V
D
 
D
I
 
V
G
 
G
A
 
A
K
 
K
A
 
K
E
 
E
I
 
I
Y
 
Y
Q
 
Q
I
 
L
I
 
I
H
 
N
N
 
Q
L
 
F
A
 
K
A
 
A
D
 
D
G
 
G
I
 
L
A
 
S
V
 
I
I
 
I
V
 
L
V
 
V
S
 
S
S
 
S
D
 
E
L
 
M
M
 
P
E
 
E
V
 
V
M
 
L
G
 
G
I
 
M
S
 
S
D
 
D
R
 
R
I
 
I
L
 
I
V
 
V
L
 
M
C
 
H
E
 
E
G
 
G
A
 
H
M
 
L
R
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
F
S
 
T
R
 
R
D
 
E
Q
 
Q
A
 
A
N
 
T
E
 
Q
S
 
E
N
 
V
L
 
L
L
 
M
Q
 
A
L
 
A
A
 
A
L
 
V

7arlD Lolcde in complex with lipoprotein and adp (see paper)
33% identity, 39% coverage: 31:228/514 of query aligns to 22:219/222 of 7arlD

query
sites
7arlD
L
 
L
A
 
H
N
 
N
I
 
V
S
 
S
F
 
F
V
 
S
A
 
V
H
 
G
P
 
E
G
 
G
Q
 
E
V
 
M
H
 
M
A
 
A
L
 
I
M
 
V
G
 
G
E
 
S
N
 
S
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
K
 
H
I
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
L
Y
 
D
I
 
T
P
 
P
S
 
T
S
 
S
G
 
G
D
 
D
L
 
V
Q
 
I
I
 
F
G
 
N
E
 
G
Q
 
Q
T
 
P
M
 
M
A
 
S
F
 
K
K
 
L
G
 
S
T
 
S
A
 
A
D
 
A
S
 
K
I
 
A
A
 
E
-
 
L
-
 
R
-
 
N
S
 
Q
G
 
K
V
 
L
A
 
G
V
 
F
I
 
I
H
 
Y
Q
 
Q
E
 
F
L
 
H
H
 
H
L
 
L
V
 
L
P
 
P
E
 
D
M
 
F
T
 
T
V
 
A
A
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
V
F
 
-
L
 
-
G
 
-
H
 
A
L
 
M
P
 
P
A
 
L
R
 
L
F
 
I
G
 
G
L
 
K
V
 
K
N
 
K
R
 
P
G
 
A
V
 
E
L
 
I
R
 
N
Q
 
S
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
T
 
E
L
 
M
L
 
L
K
 
K
G
 
A
L
 
V
A
 
G
D
 
L
E
 
D
I
 
H
D
 
R
P
 
A
Q
 
N
E
 
H
K
 
R
V
 
P
G
 
S
R
 
E
L
 
L
S
 
S
L
 
G
G
 
G
Q
 
E
R
 
R
Q
 
Q
L
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
K
 
R
A
 
A
L
 
L
S
 
V
R
 
N
G
 
N
A
 
P
H
 
R
V
 
L
I
 
V
A
 
L
F
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
S
 
G
S
 
N
L
 
L
S
 
D
A
 
A
R
 
R
E
 
N
I
 
A
D
 
D
R
 
S
L
 
I
M
 
F
A
 
Q
I
 
L
I
 
L
G
 
G
R
 
E
L
 
L
-
 
N
R
 
R
D
 
L
E
 
Q
G
 
G
K
 
T
V
 
A
V
 
F
L
 
L
Y
 
V
V
 
V
S
 
T
H
 
H
R
 
D
M
 
L
E
 
Q
E
 
L
V
 
A
F
 
K
R
 
R
I
 
M
C
 
S
N
 
R
A
 
Q
V
 
L
T
 
E
V
 
M
F
 
-
K
 
R
D
 
D
G
 
G
R
 
R

P75957 Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD; EC 7.6.2.- from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
33% identity, 39% coverage: 31:228/514 of query aligns to 25:222/233 of P75957

query
sites
P75957
L
 
L
A
 
H
N
 
N
I
 
V
S
 
S
F
 
F
V
 
S
A
 
V
H
 
G
P
 
E
G
 
G
Q
 
E
V
 
M
H
 
M
A
 
A
L
 
I
M
 
V
G
|
G
E
 
S
N
 
S
G
 
G
A
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
K
 
H
I
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
L
Y
 
D
I
 
T
P
 
P
S
 
T
S
 
S
G
 
G
D
 
D
L
 
V
Q
 
I
I
 
F
G
 
N
E
 
G
Q
 
Q
T
 
P
M
 
M
A
 
S
F
 
K
K
 
L
G
 
S
T
 
S
A
 
A
D
 
A
S
 
K
I
 
A
A
 
E
-
 
L
-
 
R
-
 
N
S
 
Q
G
 
K
V
 
L
A
 
G
V
 
F
I
 
I
H
 
Y
Q
 
Q
E
 
F
L
 
H
H
 
H
L
 
L
V
 
L
P
 
P
E
 
D
M
 
F
T
 
T
V
 
A
A
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
V
F
 
-
L
 
-
G
 
-
H
 
A
L
 
M
P
 
P
A
 
L
R
 
L
F
 
I
G
 
G
L
 
K
V
 
K
N
 
K
R
 
P
G
 
A
V
 
E
L
 
I
R
 
N
Q
 
S
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
T
 
E
L
 
M
L
 
L
K
 
K
G
 
A
L
 
V
A
 
G
D
 
L
E
 
D
I
 
H
D
 
R
P
 
A
Q
 
N
E
 
H
K
 
R
V
 
P
G
 
S
R
 
E
L
 
L
S
 
S
L
 
G
G
 
G
Q
 
E
R
 
R
Q
 
Q
L
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
K
 
R
A
 
A
L
 
L
S
 
V
R
 
N
G
 
N
A
 
P
H
 
R
V
 
L
I
 
V
A
 
L
F
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
S
 
G
S
 
N
L
 
L
S
 
D
A
 
A
R
 
R
E
 
N
I
 
A
D
 
D
R
 
S
L
 
I
M
 
F
A
 
Q
I
 
L
I
 
L
G
 
G
R
 
E
L
 
L
-
 
N
R
 
R
D
 
L
E
 
Q
G
 
G
K
 
T
V
 
A
V
 
F
L
 
L
Y
 
V
V
 
V
S
 
T
H
 
H
R
 
D
M
 
L
E
 
Q
E
 
L
V
 
A
F
 
K
R
 
R
I
 
M
C
 
S
N
 
R
A
 
Q
V
 
L
T
 
E
V
 
M
F
 
-
K
 
R
D
 
D
G
 
G
R
 
R

7mdyC Lolcde nucleotide-bound
33% identity, 39% coverage: 31:228/514 of query aligns to 22:219/226 of 7mdyC

query
sites
7mdyC
L
 
L
A
 
H
N
 
N
I
 
V
S
 
S
F
 
F
V
 
S
A
 
V
H
 
G
P
 
E
G
 
G
Q
 
E
V
 
M
H
 
M
A
 
A
L
 
I
M
 
V
G
 
G
E
 
S
N
 
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
K
 
H
I
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
L
Y
 
D
I
 
T
P
 
P
S
 
T
S
 
S
G
 
G
D
 
D
L
 
V
Q
 
I
I
 
F
G
 
N
E
 
G
Q
 
Q
T
 
P
M
 
M
A
 
S
F
 
K
K
 
L
G
 
S
T
 
S
A
 
A
D
 
A
S
 
K
I
 
A
A
 
E
-
 
L
-
 
R
-
 
N
S
 
Q
G
 
K
V
 
L
A
 
G
V
 
F
I
 
I
H
 
Y
Q
|
Q
E
 
F
L
 
H
H
 
H
L
 
L
V
 
L
P
 
P
E
 
D
M
 
F
T
 
T
V
 
A
A
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
V
F
 
-
L
 
-
G
 
-
H
 
A
L
 
M
P
 
P
A
 
L
R
 
L
F
 
I
G
 
G
L
 
K
V
 
K
N
 
K
R
 
P
G
 
A
V
 
E
L
 
I
R
 
N
Q
 
S
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
T
 
E
L
 
M
L
 
L
K
 
K
G
 
A
L
 
V
A
 
G
D
 
L
E
 
D
I
 
H
D
 
R
P
 
A
Q
 
N
E
x
H
K
 
R
V
 
P
G
 
S
R
x
E
L
 
L
S
|
S
L
x
G
G
|
G
Q
 
E
R
 
R
Q
 
Q
L
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
K
 
R
A
 
A
L
 
L
S
 
V
R
 
N
G
 
N
A
 
P
H
 
R
V
 
L
I
 
V
A
 
L
F
 
A
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
S
 
G
S
x
N
L
 
L
S
 
D
A
 
A
R
 
R
E
 
N
I
 
A
D
 
D
R
 
S
L
 
I
M
 
F
A
 
Q
I
 
L
I
 
L
G
 
G
R
 
E
L
 
L
-
 
N
R
 
R
D
 
L
E
 
Q
G
 
G
K
 
T
V
 
A
V
 
F
L
 
L
Y
 
V
V
 
V
S
 
T
H
|
H
R
 
D
M
 
L
E
 
Q
E
 
L
V
 
A
F
 
K
R
 
R
I
 
M
C
 
S
N
 
R
A
 
Q
V
 
L
T
 
E
V
 
M
F
 
-
K
 
R
D
 
D
G
 
G
R
 
R

Sites not aligning to the query:

7v8iD Lolcd(e171q)e with bound amppnp in nanodiscs (see paper)
33% identity, 39% coverage: 31:228/514 of query aligns to 24:221/229 of 7v8iD

query
sites
7v8iD
L
 
L
A
 
H
N
 
N
I
 
V
S
 
S
F
 
F
V
 
S
A
 
V
H
 
G
P
 
E
G
 
G
Q
 
E
V
 
M
H
 
M
A
 
A
L
 
I
M
 
V
G
 
G
E
 
S
N
x
S
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
K
 
H
I
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
L
Y
 
D
I
 
T
P
 
P
S
 
T
S
 
S
G
 
G
D
 
D
L
 
V
Q
 
I
I
 
F
G
 
N
E
 
G
Q
 
Q
T
 
P
M
 
M
A
 
S
F
 
K
K
 
L
G
 
S
T
 
S
A
 
A
D
 
A
S
 
K
I
 
A
A
 
E
-
 
L
-
 
R
-
 
N
S
 
Q
G
 
K
V
 
L
A
 
G
V
 
F
I
 
I
H
 
Y
Q
|
Q
E
 
F
L
 
H
H
 
H
L
 
L
V
 
L
P
 
P
E
 
D
M
 
F
T
 
T
V
 
A
A
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
V
F
 
-
L
 
-
G
 
-
H
 
A
L
 
M
P
 
P
A
 
L
R
 
L
F
 
I
G
 
G
L
 
K
V
 
K
N
 
K
R
 
P
G
 
A
V
 
E
L
 
I
R
 
N
Q
 
S
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
T
 
E
L
 
M
L
 
L
K
 
K
G
 
A
L
 
V
A
 
G
D
 
L
E
 
D
I
 
H
D
x
R
P
 
A
Q
 
N
E
x
H
K
 
R
V
 
P
G
 
S
R
x
E
L
 
L
S
|
S
L
 
G
G
|
G
Q
x
E
R
 
R
Q
 
Q
L
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
K
 
R
A
 
A
L
 
L
S
 
V
R
 
N
G
 
N
A
 
P
H
 
R
V
 
L
I
 
V
A
 
L
F
 
A
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
T
S
 
G
S
 
N
L
 
L
S
 
D
A
 
A
R
 
R
E
 
N
I
 
A
D
 
D
R
 
S
L
 
I
M
 
F
A
 
Q
I
 
L
I
 
L
G
 
G
R
 
E
L
 
L
-
 
N
R
 
R
D
 
L
E
 
Q
G
 
G
K
 
T
V
 
A
V
 
F
L
 
L
Y
 
V
V
 
V
S
 
T
H
|
H
R
 
D
M
 
L
E
 
Q
E
 
L
V
 
A
F
 
K
R
 
R
I
 
M
C
 
S
N
 
R
A
 
Q
V
 
L
T
 
E
V
 
M
F
 
-
K
 
R
D
 
D
G
 
G
R
 
R

Sites not aligning to the query:

P75831 Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB; EC 7.6.2.- from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
34% identity, 42% coverage: 16:231/514 of query aligns to 5:223/648 of P75831

query
sites
P75831
L
 
L
R
 
E
F
 
L
N
 
K
G
 
D
I
 
I
G
 
R
K
 
R
S
 
S
F
 
Y
P
 
P
G
 
A
-
 
G
-
 
D
-
 
E
-
 
Q
V
 
V
Q
 
E
A
 
V
L
 
L
A
 
K
N
 
G
I
 
I
S
 
S
F
 
L
V
 
D
A
 
I
H
 
Y
P
 
A
G
 
G
Q
 
E
V
 
M
H
 
V
A
 
A
L
 
I
M
 
V
G
 
G
E
 
A
N
 
S
G
 
G
A
 
S
G
 
G
K
|
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
M
K
 
N
I
 
I
L
 
L
G
 
G
G
 
C
A
 
L
Y
 
D
I
 
K
P
 
A
S
 
T
S
 
S
G
 
G
D
 
T
L
 
Y
Q
 
R
I
 
V
G
 
A
E
 
G
Q
 
Q
T
 
D
M
 
V
A
 
A
F
 
-
K
 
T
G
 
L
T
 
D
A
 
A
D
 
D
S
 
A
I
 
L
A
 
A
-
 
Q
-
 
L
-
 
R
-
 
R
S
 
E
G
 
H
V
 
F
A
 
G
V
 
F
I
 
I
H
 
F
Q
 
Q
E
 
R
L
 
Y
H
 
H
L
 
L
V
 
L
P
 
S
E
 
H
M
 
L
T
 
T
V
 
A
A
 
E
E
 
Q
N
 
N
L
 
V
F
 
-
L
 
-
G
 
-
H
 
E
L
 
V
P
 
P
A
 
A
R
 
V
F
 
Y
G
 
A
L
 
G
V
 
L
N
 
E
R
 
R
G
 
K
-
 
Q
-
 
R
V
 
L
L
 
L
R
 
R
Q
 
A
Q
 
Q
A
 
E
L
 
L
T
 
L
L
 
Q
L
 
R
K
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
E
D
 
D
E
 
R
I
 
T
D
 
E
P
 
Y
Q
 
Y
E
 
P
K
 
-
V
 
-
G
 
A
R
 
Q
L
 
L
S
 
S
L
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
L
 
R
V
 
V
E
 
S
I
 
I
A
 
A
K
 
R
A
 
A
L
 
L
S
 
M
R
 
N
G
 
G
A
 
G
H
 
Q
V
 
V
I
 
I
A
 
L
F
 
A
D
|
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
S
 
G
S
 
A
L
 
L
S
 
D
A
 
S
R
 
H
E
 
S
I
 
G
D
 
E
R
 
E
L
 
V
M
 
M
A
 
A
I
 
I
I
 
L
G
 
H
R
 
Q
L
 
L
R
 
R
D
 
D
E
 
R
G
 
G
K
 
H
V
 
T
V
 
V
L
 
I
Y
 
I
V
 
V
S
 
T
H
 
H
R
 
D
M
 
-
E
 
P
E
 
Q
V
 
V
F
 
A
R
 
A
I
 
Q
C
 
A
N
 
E
A
 
R
V
 
V
T
 
I
V
 
E
F
 
I
K
 
R
D
 
D
G
 
G
R
 
E
Y
 
I
V
 
V
R
 
R

4ymuJ Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines and atps (see paper)
30% identity, 41% coverage: 19:230/514 of query aligns to 5:215/240 of 4ymuJ

query
sites
4ymuJ
N
 
N
G
 
D
I
 
V
G
 
Y
K
 
K
S
 
N
F
|
F
P
 
G
G
 
S
V
 
L
Q
 
E
A
x
V
L
 
L
A
 
K
N
 
G
I
 
V
S
 
T
F
 
L
V
 
K
A
 
V
H
 
N
P
 
K
G
 
G
Q
 
E
V
 
V
H
 
V
A
 
V
L
 
I
M
 
I
G
 
G
E
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
K
 
R
I
 
C
L
 
I
G
 
N
G
 
L
A
 
L
Y
 
E
I
 
E
P
 
P
S
 
T
S
 
K
G
 
G
D
 
E
L
 
V
Q
 
F
I
 
I
-
 
D
G
 
G
E
 
V
Q
 
K
T
 
I
M
 
N
A
 
N
F
 
G
K
 
K
G
 
V
T
 
N
A
 
I
D
 
N
S
 
K
I
 
V
A
 
R
S
 
Q
G
 
K
V
 
V
A
 
G
V
 
M
I
 
V
H
 
F
Q
 
Q
E
 
H
L
 
F
H
 
N
L
 
L
V
 
F
P
 
P
E
 
H
M
 
L
T
 
T
V
 
A
A
 
I
E
 
E
N
 
N
L
 
I
F
 
T
L
 
L
G
 
A
H
 
-
L
 
-
P
 
P
A
 
V
R
 
K
F
 
V
G
 
K
L
 
K
V
 
M
N
 
N
R
 
K
G
 
K
V
 
E
L
 
A
R
 
E
Q
 
E
Q
 
L
A
 
A
L
 
V
T
 
D
L
 
L
L
 
L
K
 
A
-
 
K
-
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
L
D
 
D
E
 
K
I
 
K
D
 
D
P
 
-
Q
 
Q
E
 
Y
K
 
P
V
 
I
G
 
-
R
 
K
L
 
L
S
 
S
L
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
K
Q
 
Q
L
 
R
V
 
L
E
 
A
I
 
I
A
 
A
K
 
R
A
 
A
L
 
L
S
 
A
R
 
M
G
 
Q
A
 
P
H
 
E
V
 
V
I
 
M
A
 
L
F
 
F
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
S
 
S
S
 
A
L
 
L
S
 
D
A
 
P
R
 
E
E
 
M
I
 
V
D
 
K
R
 
E
L
 
V
M
 
L
A
 
N
I
 
V
I
 
M
G
 
K
R
 
Q
L
 
L
R
 
A
D
 
N
E
 
E
G
 
G
K
 
M
V
 
T
V
 
M
L
 
V
Y
 
V
V
 
V
S
 
T
H
|
H
R
 
E
M
 
M
E
 
G
E
 
F
V
 
A
F
 
R
R
 
E
I
 
V
C
 
G
N
 
D
A
 
R
V
 
V
T
 
I
V
 
F
F
 
M
K
 
D
D
 
D
G
 
G
R
 
V
Y
 
I
V
 
V

2awnB Crystal structure of the adp-mg-bound e. Coli malk (crystallized with atp-mg) (see paper)
31% identity, 46% coverage: 14:250/514 of query aligns to 1:234/374 of 2awnB

query
sites
2awnB
G
 
A
S
 
S
L
 
V
R
 
Q
F
 
L
N
 
Q
G
 
N
I
 
V
G
 
T
K
 
K
S
 
A
F
x
W
P
 
G
G
 
E
V
 
V
Q
 
V
A
x
V
L
 
S
A
 
K
N
 
D
I
 
I
S
 
N
F
 
L
V
 
D
A
 
I
H
 
H
P
 
E
G
 
G
Q
 
E
V
 
F
H
 
V
A
 
V
L
 
F
M
 
V
G
 
G
E
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
K
 
R
I
 
M
L
 
I
G
 
A
G
 
G
A
 
L
Y
 
E
I
 
T
P
 
I
S
 
T
S
 
S
G
 
G
D
 
D
L
 
L
Q
 
F
I
 
I
G
 
G
E
 
E
Q
 
K
T
 
R
M
 
M
A
 
N
F
 
D
K
 
T
G
 
P
T
 
P
A
 
A
D
 
E
S
 
-
I
 
-
A
 
-
S
 
R
G
 
G
V
 
V
A
 
G
V
 
M
I
 
V
H
 
F
Q
 
Q
E
 
S
L
 
Y
H
 
A
L
 
L
V
 
Y
P
 
P
E
 
H
M
 
L
T
 
S
V
 
V
A
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
M
F
 
S
L
 
F
G
 
G
H
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
L
R
 
K
F
 
L
G
 
A
L
 
G
V
 
A
N
 
K
R
 
K
G
 
E
V
 
V
L
 
I
R
 
N
Q
 
Q
-
 
R
-
 
V
-
 
N
Q
 
Q
A
 
V
L
 
A
T
 
E
L
 
V
L
 
L
K
 
Q
G
 
-
L
 
L
A
 
A
D
 
H
E
 
L
I
 
L
D
 
D
P
 
R
Q
 
K
E
 
P
K
 
K
V
 
A
G
 
-
R
 
-
L
 
L
S
 
S
L
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
L
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
G
K
 
R
A
 
T
L
 
L
S
 
V
R
 
A
G
 
E
A
 
P
H
 
S
V
 
V
I
 
F
A
 
L
F
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
L
S
 
S
S
 
N
L
 
L
S
 
D
A
 
A
R
 
A
E
 
L
I
 
R
D
 
V
R
 
Q
L
 
M
M
 
R
A
 
I
I
 
E
I
 
I
G
 
S
R
 
R
L
 
L
R
 
H
D
 
K
E
 
R
-
 
L
G
 
G
K
 
R
V
 
T
V
 
M
L
 
I
Y
 
Y
V
 
V
S
 
T
H
 
H
R
 
D
M
 
Q
E
 
V
E
 
E
V
 
A
F
 
M
R
 
T
I
 
L
C
 
A
N
 
D
A
 
K
V
 
I
T
 
V
V
 
V
F
 
L
K
 
D
D
 
A
G
 
G
R
 
R
Y
 
V
V
 
A
R
 
Q
T
 
V
F
 
G
E
 
K
N
 
P
M
 
L
S
 
-
E
 
E
L
 
L
T
 
Y
H
 
H
-
 
Y
-
 
P
-
 
A
D
 
D
Q
 
R
L
 
F
V
 
V
T
 
A
C
 
G
M
 
F
V
 
I
G
 
G

3puyA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to amp-pnp after crystal soaking of the pretranslocation state (see paper)
31% identity, 46% coverage: 14:250/514 of query aligns to 1:234/371 of 3puyA

query
sites
3puyA
G
 
A
S
 
S
L
 
V
R
 
Q
F
 
L
N
 
Q
G
 
N
I
 
V
G
 
T
K
 
K
S
 
A
F
x
W
P
 
G
G
 
E
V
 
V
Q
 
V
A
 
V
L
 
S
A
 
K
N
 
D
I
 
I
S
 
N
F
 
L
V
 
D
A
 
I
H
 
H
P
 
E
G
 
G
Q
 
E
V
 
F
H
 
V
A
 
V
L
 
F
M
 
V
G
 
G
E
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
K
 
R
I
 
M
L
 
I
G
 
A
G
 
G
A
 
L
Y
 
E
I
 
T
P
 
I
S
 
T
S
 
S
G
 
G
D
 
D
L
 
L
Q
 
F
I
 
I
G
 
G
E
 
E
Q
 
K
T
 
R
M
 
M
A
 
N
F
 
D
K
 
T
G
 
P
T
 
P
A
 
A
D
 
E
S
 
-
I
 
-
A
 
-
S
 
R
G
 
G
V
 
V
A
 
G
V
 
M
I
 
V
H
 
F
Q
|
Q
E
 
S
L
 
Y
H
 
A
L
 
L
V
 
Y
P
 
P
E
 
H
M
 
L
T
 
S
V
 
V
A
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
M
F
 
S
L
 
F
G
 
G
-
 
L
-
 
K
H
 
L
L
 
A
P
 
G
A
 
A
R
 
K
F
 
K
G
 
E
L
 
V
V
 
I
N
 
N
R
 
Q
G
 
R
V
 
V
L
 
-
R
 
-
Q
 
N
Q
 
Q
A
 
V
L
 
A
T
 
E
L
 
V
L
 
L
K
 
Q
G
 
-
L
 
L
A
 
A
D
 
H
E
 
L
I
 
L
D
 
D
P
x
R
Q
 
K
E
 
P
K
 
K
V
x
A
G
 
-
R
 
-
L
 
L
S
|
S
L
 
G
G
|
G
Q
|
Q
R
 
R
Q
 
Q
L
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
G
K
 
R
A
 
T
L
 
L
S
 
V
R
 
A
G
 
E
A
 
P
H
 
S
V
 
V
I
 
F
A
 
L
F
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
L
S
 
S
S
 
N
L
 
L
S
 
D
A
 
A
R
 
A
E
 
L
I
 
R
D
 
V
R
 
Q
L
 
M
M
 
R
A
 
I
I
 
E
I
 
I
G
 
S
R
 
R
L
 
L
R
 
H
D
 
K
E
 
R
-
 
L
G
 
G
K
 
R
V
 
T
V
 
M
L
 
I
Y
 
Y
V
 
V
S
 
T
H
|
H
R
 
D
M
 
Q
E
 
V
E
 
E
V
 
A
F
 
M
R
 
T
I
 
L
C
 
A
N
 
D
A
 
K
V
 
I
T
 
V
V
 
V
F
 
L
K
 
D
D
 
A
G
 
G
R
 
R
Y
 
V
V
 
A
R
 
Q
T
 
V
F
 
G
E
 
K
N
 
P
M
 
L
S
 
-
E
 
E
L
 
L
T
 
Y
H
 
H
-
 
Y
-
 
P
-
 
A
D
 
D
Q
 
R
L
 
F
V
 
V
T
 
A
C
 
G
M
 
F
V
 
I
G
 
G

3puxA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to adp-bef3 (see paper)
31% identity, 46% coverage: 14:250/514 of query aligns to 1:234/371 of 3puxA

query
sites
3puxA
G
 
A
S
 
S
L
 
V
R
 
Q
F
 
L
N
 
Q
G
 
N
I
 
V
G
 
T
K
 
K
S
 
A
F
x
W
P
 
G
G
 
E
V
 
V
Q
 
V
A
 
V
L
 
S
A
 
K
N
 
D
I
 
I
S
 
N
F
 
L
V
 
D
A
 
I
H
 
H
P
 
E
G
 
G
Q
 
E
V
 
F
H
 
V
A
 
V
L
 
F
M
 
V
G
 
G
E
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
K
 
R
I
 
M
L
 
I
G
 
A
G
 
G
A
 
L
Y
 
E
I
 
T
P
 
I
S
 
T
S
 
S
G
 
G
D
 
D
L
 
L
Q
 
F
I
 
I
G
 
G
E
 
E
Q
 
K
T
 
R
M
 
M
A
 
N
F
 
D
K
 
T
G
 
P
T
 
P
A
 
A
D
 
E
S
 
-
I
 
-
A
 
-
S
 
R
G
 
G
V
 
V
A
 
G
V
 
M
I
 
V
H
 
F
Q
|
Q
E
 
S
L
 
Y
H
 
A
L
 
L
V
 
Y
P
 
P
E
 
H
M
 
L
T
 
S
V
 
V
A
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
M
F
 
S
L
 
F
G
 
G
-
 
L
-
 
K
H
 
L
L
 
A
P
 
G
A
 
A
R
 
K
F
 
K
G
 
E
L
 
V
V
 
I
N
 
N
R
 
Q
G
 
R
V
 
V
L
 
-
R
 
-
Q
 
N
Q
 
Q
A
 
V
L
 
A
T
 
E
L
 
V
L
 
L
K
 
Q
G
 
-
L
 
L
A
 
A
D
 
H
E
 
L
I
 
L
D
 
D
P
x
R
Q
 
K
E
 
P
K
 
K
V
 
A
G
 
-
R
 
-
L
 
L
S
|
S
L
 
G
G
|
G
Q
|
Q
R
 
R
Q
 
Q
L
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
G
K
 
R
A
 
T
L
 
L
S
 
V
R
 
A
G
 
E
A
 
P
H
 
S
V
 
V
I
 
F
A
 
L
F
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
L
S
 
S
S
 
N
L
 
L
S
 
D
A
 
A
R
 
A
E
 
L
I
 
R
D
 
V
R
 
Q
L
 
M
M
 
R
A
 
I
I
 
E
I
 
I
G
 
S
R
 
R
L
 
L
R
 
H
D
 
K
E
 
R
-
 
L
G
 
G
K
 
R
V
 
T
V
 
M
L
 
I
Y
 
Y
V
 
V
S
 
T
H
|
H
R
 
D
M
 
Q
E
 
V
E
 
E
V
 
A
F
 
M
R
 
T
I
 
L
C
 
A
N
 
D
A
 
K
V
 
I
T
 
V
V
 
V
F
 
L
K
 
D
D
 
A
G
 
G
R
 
R
Y
 
V
V
 
A
R
 
Q
T
 
V
F
 
G
E
 
K
N
 
P
M
 
L
S
 
-
E
 
E
L
 
L
T
 
Y
H
 
H
-
 
Y
-
 
P
-
 
A
D
 
D
Q
 
R
L
 
F
V
 
V
T
 
A
C
 
G
M
 
F
V
 
I
G
 
G

3puwA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to adp-alf4 (see paper)
31% identity, 46% coverage: 14:250/514 of query aligns to 1:234/371 of 3puwA

query
sites
3puwA
G
 
A
S
 
S
L
 
V
R
 
Q
F
 
L
N
 
Q
G
 
N
I
 
V
G
 
T
K
 
K
S
 
A
F
x
W
P
 
G
G
 
E
V
 
V
Q
 
V
A
x
V
L
 
S
A
 
K
N
 
D
I
 
I
S
 
N
F
 
L
V
 
D
A
 
I
H
 
H
P
 
E
G
 
G
Q
 
E
V
 
F
H
 
V
A
 
V
L
 
F
M
 
V
G
 
G
E
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
K
 
R
I
 
M
L
 
I
G
 
A
G
 
G
A
 
L
Y
 
E
I
 
T
P
 
I
S
 
T
S
 
S
G
 
G
D
 
D
L
 
L
Q
 
F
I
 
I
G
 
G
E
 
E
Q
 
K
T
 
R
M
 
M
A
 
N
F
 
D
K
 
T
G
 
P
T
 
P
A
 
A
D
 
E
S
 
-
I
 
-
A
 
-
S
 
R
G
 
G
V
 
V
A
 
G
V
 
M
I
 
V
H
 
F
Q
|
Q
E
 
S
L
 
Y
H
 
A
L
 
L
V
 
Y
P
 
P
E
 
H
M
 
L
T
 
S
V
 
V
A
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
M
F
 
S
L
 
F
G
 
G
-
 
L
-
 
K
H
 
L
L
 
A
P
 
G
A
 
A
R
 
K
F
 
K
G
 
E
L
 
V
V
 
I
N
 
N
R
 
Q
G
 
R
V
 
V
L
 
-
R
 
-
Q
 
N
Q
 
Q
A
 
V
L
 
A
T
 
E
L
 
V
L
 
L
K
 
Q
G
 
-
L
 
L
A
 
A
D
 
H
E
 
L
I
 
L
D
 
D
P
x
R
Q
 
K
E
 
P
K
 
K
V
x
A
G
 
-
R
 
-
L
 
L
S
|
S
L
x
G
G
|
G
Q
|
Q
R
 
R
Q
 
Q
L
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
G
K
 
R
A
 
T
L
 
L
S
 
V
R
 
A
G
 
E
A
 
P
H
 
S
V
 
V
I
 
F
A
 
L
F
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
L
S
 
S
S
 
N
L
 
L
S
 
D
A
 
A
R
 
A
E
 
L
I
 
R
D
 
V
R
 
Q
L
 
M
M
 
R
A
 
I
I
 
E
I
 
I
G
 
S
R
 
R
L
 
L
R
 
H
D
 
K
E
 
R
-
 
L
G
 
G
K
 
R
V
 
T
V
 
M
L
 
I
Y
 
Y
V
 
V
S
 
T
H
|
H
R
 
D
M
 
Q
E
 
V
E
 
E
V
 
A
F
 
M
R
 
T
I
 
L
C
 
A
N
 
D
A
 
K
V
 
I
T
 
V
V
 
V
F
 
L
K
 
D
D
 
A
G
 
G
R
 
R
Y
 
V
V
 
A
R
 
Q
T
 
V
F
 
G
E
 
K
N
 
P
M
 
L
S
 
-
E
 
E
L
 
L
T
 
Y
H
 
H
-
 
Y
-
 
P
-
 
A
D
 
D
Q
 
R
L
 
F
V
 
V
T
 
A
C
 
G
M
 
F
V
 
I
G
 
G

3puvA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to adp-vo4 (see paper)
31% identity, 46% coverage: 14:250/514 of query aligns to 1:234/371 of 3puvA

query
sites
3puvA
G
 
A
S
 
S
L
 
V
R
 
Q
F
 
L
N
 
Q
G
 
N
I
 
V
G
 
T
K
 
K
S
 
A
F
x
W
P
 
G
G
 
E
V
 
V
Q
 
V
A
x
V
L
 
S
A
 
K
N
 
D
I
 
I
S
 
N
F
 
L
V
 
D
A
 
I
H
 
H
P
 
E
G
 
G
Q
 
E
V
 
F
H
 
V
A
 
V
L
 
F
M
 
V
G
 
G
E
 
P
N
 
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
K
 
R
I
 
M
L
 
I
G
 
A
G
 
G
A
 
L
Y
 
E
I
 
T
P
 
I
S
 
T
S
 
S
G
 
G
D
 
D
L
 
L
Q
 
F
I
 
I
G
 
G
E
 
E
Q
 
K
T
 
R
M
 
M
A
 
N
F
 
D
K
 
T
G
 
P
T
 
P
A
 
A
D
 
E
S
 
-
I
 
-
A
 
-
S
 
R
G
 
G
V
 
V
A
 
G
V
 
M
I
 
V
H
 
F
Q
|
Q
E
 
S
L
 
Y
H
 
A
L
 
L
V
 
Y
P
 
P
E
 
H
M
 
L
T
 
S
V
 
V
A
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
M
F
 
S
L
 
F
G
 
G
-
 
L
-
 
K
H
 
L
L
 
A
P
 
G
A
 
A
R
 
K
F
 
K
G
 
E
L
 
V
V
 
I
N
 
N
R
 
Q
G
 
R
V
 
V
L
 
-
R
 
-
Q
 
N
Q
 
Q
A
 
V
L
 
A
T
 
E
L
 
V
L
 
L
K
 
Q
G
 
-
L
 
L
A
 
A
D
 
H
E
 
L
I
 
L
D
 
D
P
x
R
Q
 
K
E
 
P
K
 
K
V
x
A
G
 
-
R
 
-
L
 
L
S
|
S
L
 
G
G
 
G
Q
|
Q
R
 
R
Q
 
Q
L
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
G
K
 
R
A
 
T
L
 
L
S
 
V
R
 
A
G
 
E
A
 
P
H
 
S
V
 
V
I
 
F
A
 
L
F
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
L
S
 
S
S
 
N
L
 
L
S
 
D
A
 
A
R
 
A
E
 
L
I
 
R
D
 
V
R
 
Q
L
 
M
M
 
R
A
 
I
I
 
E
I
 
I
G
 
S
R
 
R
L
 
L
R
 
H
D
 
K
E
 
R
-
 
L
G
 
G
K
 
R
V
 
T
V
 
M
L
 
I
Y
 
Y
V
 
V
S
 
T
H
 
H
R
 
D
M
 
Q
E
 
V
E
 
E
V
 
A
F
 
M
R
 
T
I
 
L
C
 
A
N
 
D
A
 
K
V
 
I
T
 
V
V
 
V
F
 
L
K
 
D
D
 
A
G
 
G
R
 
R
Y
 
V
V
 
A
R
 
Q
T
 
V
F
 
G
E
 
K
N
 
P
M
 
L
S
 
-
E
 
E
L
 
L
T
 
Y
H
 
H
-
 
Y
-
 
P
-
 
A
D
 
D
Q
 
R
L
 
F
V
 
V
T
 
A
C
 
G
M
 
F
V
 
I
G
 
G

P68187 Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK; EC 7.5.2.1 from Escherichia coli (strain K12) (see 5 papers)
31% identity, 46% coverage: 14:250/514 of query aligns to 2:235/371 of P68187

query
sites
P68187
G
 
A
S
 
S
L
 
V
R
 
Q
F
 
L
N
 
Q
G
 
N
I
 
V
G
 
T
K
 
K
S
 
A
F
 
W
P
 
G
G
 
E
V
 
V
Q
 
V
A
 
V
L
 
S
A
 
K
N
 
D
I
 
I
S
 
N
F
 
L
V
 
D
A
 
I
H
 
H
P
 
E
G
 
G
Q
 
E
V
 
F
H
 
V
A
 
V
L
 
F
M
 
V
G
 
G
E
 
P
N
 
S
G
 
G
A
 
C
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
K
 
R
I
 
M
L
 
I
G
 
A
G
 
G
A
 
L
Y
 
E
I
 
T
P
 
I
S
 
T
S
 
S
G
 
G
D
 
D
L
 
L
Q
 
F
I
 
I
G
 
G
E
 
E
Q
 
K
T
 
R
M
 
M
A
 
N
F
 
D
K
 
T
G
 
P
T
 
P
A
 
A
D
 
E
S
 
-
I
 
-
A
 
-
S
 
R
G
 
G
V
 
V
A
 
G
V
 
M
I
 
V
H
 
F
Q
 
Q
E
 
S
L
 
Y
H
x
A
L
 
L
V
 
Y
P
 
P
E
 
H
M
 
L
T
 
S
V
 
V
A
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
M
F
 
S
L
 
F
G
 
G
H
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
L
R
 
K
F
 
L
G
 
A
L
 
G
V
 
A
N
x
K
R
 
K
G
 
E
V
 
V
L
 
I
R
 
N
Q
 
Q
-
 
R
-
x
V
-
 
N
Q
 
Q
A
x
V
L
 
A
T
x
E
L
 
V
L
 
L
K
 
Q
G
 
-
L
 
L
A
|
A
D
 
H
E
 
L
I
 
L
D
 
D
P
 
R
Q
 
K
E
 
P
K
 
K
V
 
A
G
 
-
R
 
-
L
 
L
S
 
S
L
 
G
G
|
G
Q
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
L
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
G
K
 
R
A
 
T
L
 
L
S
 
V
R
 
A
G
 
E
A
 
P
H
 
S
V
 
V
I
 
F
A
 
L
F
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
P
T
 
L
S
 
S
S
 
N
L
 
L
S
 
D
A
 
A
R
 
A
E
 
L
I
 
R
D
 
V
R
 
Q
L
 
M
M
 
R
A
 
I
I
 
E
I
 
I
G
 
S
R
 
R
L
 
L
R
 
H
D
 
K
E
 
R
-
 
L
G
 
G
K
 
R
V
 
T
V
 
M
L
 
I
Y
 
Y
V
 
V
S
 
T
H
 
H
R
 
D
M
 
Q
E
 
V
E
 
E
V
 
A
F
 
M
R
 
T
I
 
L
C
 
A
N
 
D
A
 
K
V
 
I
T
 
V
V
 
V
F
 
L
K
 
D
D
 
A
G
 
G
R
 
R
Y
 
V
V
 
A
R
 
Q
T
 
V
F
 
G
E
 
K
N
 
P
M
 
L
S
 
-
E
 
E
L
 
L
T
 
Y
H
 
H
-
 
Y
-
 
P
-
 
A
D
 
D
Q
x
R
L
 
F
V
 
V
T
 
A
C
 
G
M
 
F
V
 
I
G
 
G

Sites not aligning to the query:

1q12A Crystal structure of the atp-bound e. Coli malk (see paper)
31% identity, 46% coverage: 16:250/514 of query aligns to 1:232/367 of 1q12A

query
sites
1q12A
L
 
V
R
 
Q
F
 
L
N
 
Q
G
 
N
I
 
V
G
 
T
K
 
K
S
 
A
F
x
W
P
 
G
G
 
E
V
 
V
Q
 
V
A
 
V
L
 
S
A
 
K
N
 
D
I
 
I
S
 
N
F
 
L
V
 
D
A
 
I
H
 
H
P
 
E
G
 
G
Q
 
E
V
 
F
H
 
V
A
 
V
L
 
F
M
 
V
G
 
G
E
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
K
 
R
I
 
M
L
 
I
G
 
A
G
 
G
A
 
L
Y
 
E
I
 
T
P
 
I
S
 
T
S
 
S
G
 
G
D
 
D
L
 
L
Q
 
F
I
 
I
G
 
G
E
 
E
Q
 
K
T
 
R
M
 
M
A
 
N
F
 
D
K
 
T
G
 
P
T
 
P
A
 
A
D
 
E
S
 
-
I
 
-
A
 
-
S
 
R
G
 
G
V
 
V
A
 
G
V
 
M
I
 
V
H
 
F
Q
 
Q
E
 
S
L
 
Y
H
 
A
L
 
L
V
 
Y
P
 
P
E
 
H
M
 
L
T
 
S
V
 
V
A
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
M
F
 
S
L
 
F
G
 
G
H
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
L
R
 
K
F
 
L
G
 
A
L
 
G
V
 
A
N
 
K
R
 
K
G
 
E
V
 
V
L
 
I
R
 
N
Q
 
Q
-
 
R
-
 
V
-
 
N
Q
 
Q
A
 
V
L
 
A
T
 
E
L
 
V
L
 
L
K
 
Q
G
 
-
L
 
L
A
 
A
D
 
H
E
 
L
I
 
L
D
 
D
P
x
R
Q
 
K
E
 
P
K
 
K
V
x
A
G
 
-
R
 
-
L
 
L
S
|
S
L
 
G
G
|
G
Q
|
Q
R
 
R
Q
 
Q
L
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
G
K
 
R
A
 
T
L
 
L
S
 
V
R
 
A
G
 
E
A
 
P
H
 
S
V
 
V
I
 
F
A
 
L
F
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
L
S
 
S
S
 
N
L
 
L
S
 
D
A
 
A
R
 
A
E
 
L
I
 
R
D
 
V
R
 
Q
L
 
M
M
 
R
A
 
I
I
 
E
I
 
I
G
 
S
R
 
R
L
 
L
R
 
H
D
 
K
E
 
R
-
 
L
G
 
G
K
 
R
V
 
T
V
 
M
L
 
I
Y
 
Y
V
 
V
S
 
T
H
 
H
R
 
D
M
 
Q
E
 
V
E
 
E
V
 
A
F
 
M
R
 
T
I
 
L
C
 
A
N
 
D
A
 
K
V
 
I
T
 
V
V
 
V
F
 
L
K
 
D
D
 
A
G
 
G
R
 
R
Y
 
V
V
 
A
R
 
Q
T
 
V
F
 
G
E
 
K
N
 
P
M
 
L
S
 
-
E
 
E
L
 
L
T
 
Y
H
 
H
-
 
Y
-
 
P
-
 
A
D
 
D
Q
 
R
L
 
F
V
 
V
T
 
A
C
 
G
M
 
F
V
 
I
G
 
G

P19566 Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK; EC 7.5.2.1 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see paper)
29% identity, 46% coverage: 14:250/514 of query aligns to 2:235/369 of P19566

query
sites
P19566
G
 
A
S
 
S
L
 
V
R
 
Q
F
 
L
N
 
R
G
 
N
I
 
V
G
 
T
K
 
K
S
 
A
F
 
W
P
 
G
G
 
D
V
 
V
Q
 
V
A
 
V
L
 
S
A
 
K
N
 
D
I
 
I
S
 
N
F
 
L
V
 
D
A
 
I
H
 
H
P
 
D
G
 
G
Q
 
E
V
 
F
H
 
V
A
 
V
L
 
F
M
 
V
G
 
G
E
 
P
N
 
S
G
 
G
A
 
C
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
K
 
R
I
 
M
L
 
I
G
 
A
G
 
G
A
 
L
Y
 
E
I
 
T
P
 
I
S
 
T
S
 
S
G
 
G
D
 
D
L
 
L
Q
 
F
I
 
I
G
 
G
E
 
E
Q
 
T
T
 
R
M
 
M
A
 
N
F
 
D
K
 
I
G
 
P
T
 
P
A
 
A
D
 
E
S
 
-
I
 
-
A
 
-
S
 
R
G
 
G
V
 
V
A
 
G
V
 
M
I
 
V
H
 
F
Q
 
Q
E
 
S
L
 
Y
H
 
A
L
|
L
V
 
Y
P
 
P
E
 
H
M
 
L
T
 
S
V
 
V
A
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
M
F
 
S
L
 
F
G
 
G
H
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
L
R
 
K
F
 
L
G
 
A
L
 
G
V
 
A
N
 
K
R
 
K
G
 
E
V
 
V
L
 
M
R
 
N
Q
 
Q
Q
 
R
A
 
V
L
 
N
T
 
Q
L
 
V
L
 
A
K
 
E
G
 
V
L
 
L
A
 
Q
D
 
L
E
 
A
I
 
H
D
 
L
P
 
L
Q
 
E
E
 
R
K
 
K
V
 
P
G
 
K
R
 
A
L
 
L
S
 
S
L
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
L
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
G
K
 
R
A
 
T
L
 
L
S
 
V
R
 
A
G
 
E
A
 
P
H
 
R
V
 
V
I
 
F
A
 
L
F
 
L
D
 
D
E
 
E
P
|
P
T
 
L
S
 
S
S
 
N
L
 
L
S
x
D
A
 
A
R
 
A
E
 
L
I
 
R
D
 
V
R
 
Q
L
 
M
M
 
R
A
 
I
I
 
E
I
 
I
G
 
S
R
 
R
L
 
L
R
 
H
D
 
K
E
 
R
-
 
L
G
 
G
K
 
R
V
 
T
V
 
M
L
 
I
Y
 
Y
V
 
V
S
 
T
H
 
H
R
 
D
M
 
Q
E
 
V
E
 
E
V
 
A
F
 
M
R
 
T
I
 
L
C
 
A
N
 
D
A
 
K
V
 
I
T
 
V
V
 
V
F
 
L
K
 
D
D
 
A
G
 
G
R
 
R
Y
 
V
V
 
A
R
 
Q
T
 
V
F
 
G
E
 
K
N
 
P
M
 
L
S
 
-
E
 
E
L
 
L
T
 
Y
H
 
H
-
 
Y
-
 
P
-
 
A
D
 
D
Q
 
R
L
 
F
V
 
V
T
 
A
C
 
G
M
 
F
V
 
I
G
 
G

Sites not aligning to the query:

Q5M244 Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2; ECF transporter A component EcfA2; EC 3.6.3.- from Streptococcus thermophilus (strain ATCC BAA-250 / LMG 18311) (see paper)
30% identity, 42% coverage: 29:244/514 of query aligns to 21:244/280 of Q5M244

query
sites
Q5M244
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
F
N
 
D
I
 
M
S
 
T
F
 
V
V
 
T
A
 
I
H
 
K
P
 
D
G
 
G
Q
 
S
V
 
Y
H
 
T
A
 
A
L
 
F
M
 
I
G
 
G
E
 
H
N
 
T
G
 
G
A
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
I
L
 
M
K
 
Q
I
 
L
L
 
L
G
 
N
G
 
G
A
 
L
Y
 
Y
I
 
L
P
 
P
S
 
T
S
 
S
G
 
G
D
 
Q
L
 
V
Q
 
K
I
 
V
G
 
D
E
 
D
Q
 
T
T
 
I
M
 
I
A
 
N
F
 
S
K
 
Q
G
 
S
T
 
K
A
 
N
D
 
K
S
 
E
I
 
I
A
 
K
S
 
P
-
 
I
-
 
R
-
 
K
-
 
K
-
 
V
G
 
G
V
 
L
A
 
V
V
 
F
I
 
Q
H
 
F
Q
 
P
E
 
E
L
 
S
H
x
Q
L
 
L
V
 
F
P
 
A
E
 
E
M
 
-
T
 
T
V
 
V
A
 
L
E
 
E
N
 
D
L
 
I
F
 
A
L
 
F
G
 
G
H
 
-
L
 
-
P
 
P
A
 
Q
R
 
N
F
 
F
G
 
G
L
 
-
V
 
V
N
 
S
R
 
K
G
 
E
V
 
E
L
 
A
R
 
E
Q
 
Q
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
T
 
E
L
 
S
L
 
L
K
 
R
-
 
L
-
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
S
D
 
D
E
 
E
I
 
L
D
 
R
P
 
D
Q
 
Q
E
 
N
K
 
P
V
 
F
G
 
D
R
 
-
L
 
L
S
 
S
L
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
M
Q
 
R
L
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
K
 
G
A
 
I
L
 
L
S
 
A
R
 
M
G
 
Q
A
 
P
H
 
D
V
 
I
I
 
L
A
 
V
F
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
S
 
A
S
 
G
L
 
L
S
 
D
A
 
P
R
 
Q
E
 
G
I
 
R
D
 
K
R
 
E
L
 
L
M
 
M
A
 
S
I
 
L
I
 
F
G
 
K
R
 
Q
L
 
L
R
 
H
D
 
L
E
 
S
G
 
G
K
 
I
V
 
T
V
 
I
L
 
V
Y
 
L
V
 
V
S
 
T
H
 
H
R
 
L
M
 
M
E
 
D
E
 
D
V
 
V
F
 
A
R
 
D
I
 
Y
C
 
A
N
 
T
A
 
A
V
 
V
T
 
N
V
 
V
F
 
M
K
 
E
D
 
K
G
 
G
R
 
R
Y
 
L
V
 
V
R
 
L
T
 
S
-
 
G
-
 
T
-
 
P
-
 
K
-
 
D
-
 
V
F
 
F
E
 
Q
N
 
K
M
 
V
S
 
A
E
 
F
L
 
L
T
 
K
H
 
E
D
 
K
Q
 
Q
L
 
L

5lilA Structure of aggregatibacter actinomycetemcomitans macb bound to atpys (p21) (see paper)
31% identity, 42% coverage: 28:245/514 of query aligns to 20:245/615 of 5lilA

query
sites
5lilA
V
 
V
Q
 
H
A
x
V
L
 
L
A
 
K
N
 
D
I
 
I
S
 
S
F
 
L
V
 
S
A
 
I
H
 
E
P
 
R
G
 
G
Q
 
D
V
 
F
H
 
V
A
 
A
L
 
I
M
 
M
G
 
G
E
 
Q
N
x
S
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
M
K
 
N
I
 
I
L
 
I
G
 
G
G
 
C
A
 
L
Y
 
D
I
 
T
P
 
A
S
 
T
S
 
G
G
 
G
D
 
S
L
 
S
Q
 
K
I
 
I
-
 
D
G
 
G
E
 
K
Q
 
E
T
 
T
M
 
I
A
 
E
F
 
L
K
 
T
G
 
N
T
 
D
-
 
Q
-
 
L
A
 
S
D
 
D
S
 
L
I
 
R
A
 
S
S
 
Q
G
 
K
V
 
F
A
 
G
V
 
F
I
 
I
H
 
F
Q
|
Q
E
 
R
L
 
Y
H
 
N
L
 
L
V
 
L
P
 
S
E
 
S
M
 
L
T
 
T
V
 
A
A
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
V
F
 
-
L
 
-
G
 
-
H
 
A
L
 
L
P
 
P
A
 
A
R
 
I
F
 
Y
G
 
A
L
 
G
V
 
M
N
 
P
R
 
Q
G
 
S
V
 
Q
L
 
R
R
 
L
Q
 
E
Q
 
R
A
 
A
L
 
K
T
 
Q
L
 
L
L
 
L
K
 
E
-
 
K
-
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
G
D
 
D
E
x
K
I
 
-
D
 
-
P
 
W
Q
 
Q
E
 
N
K
 
K
V
 
P
G
 
N
R
x
Q
L
 
L
S
|
S
L
 
G
G
|
G
Q
|
Q
R
 
Q
Q
 
Q
L
 
R
V
 
V
E
 
S
I
 
I
A
 
A
K
 
R
A
 
A
L
 
L
S
 
M
R
 
N
G
 
G
A
 
G
H
 
E
V
 
I
I
 
I
A
 
L
F
 
A
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
T
S
 
G
S
 
A
L
 
L
S
 
D
A
 
S
R
 
H
E
 
S
I
 
G
D
 
E
R
 
N
L
 
V
M
 
M
A
 
E
I
 
I
I
 
L
G
 
R
R
 
Q
L
 
L
R
 
H
D
 
E
E
 
E
G
 
G
K
 
H
V
 
T
V
 
I
L
 
I
Y
 
M
V
 
V
S
 
T
H
 
H
R
 
D
M
 
-
E
 
K
E
 
H
V
 
I
F
 
A
R
 
A
I
 
S
C
 
A
N
 
N
A
 
R
V
 
I
T
 
I
V
 
E
F
 
I
K
 
K
D
 
D
G
 
G
-
 
E
-
 
I
-
 
I
-
 
S
-
 
D
-
 
T
-
 
Q
-
 
K
R
 
R
Y
 
Q
V
 
V
R
 
K
T
 
S
-
 
A
F
 
V
E
 
K
N
 
N
M
 
P
S
 
S
E
 
V
L
 
F
T
 
S
H
 
K
D
 
D
Q
 
Q
L
 
L
V
 
M

Sites not aligning to the query:

5lj7A Structure of aggregatibacter actinomycetemcomitans macb bound to atp (p21) (see paper)
31% identity, 42% coverage: 28:245/514 of query aligns to 20:245/592 of 5lj7A

query
sites
5lj7A
V
 
V
Q
 
H
A
x
V
L
 
L
A
 
K
N
 
D
I
 
I
S
 
S
F
 
L
V
 
S
A
 
I
H
 
E
P
 
R
G
 
G
Q
 
D
V
 
F
H
 
V
A
 
A
L
 
I
M
 
M
G
 
G
E
 
Q
N
x
S
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
M
K
 
N
I
 
I
L
 
I
G
 
G
G
 
C
A
 
L
Y
 
D
I
 
T
P
 
A
S
 
T
S
 
G
G
 
G
D
 
S
L
 
S
Q
 
K
I
 
I
-
 
D
G
 
G
E
 
K
Q
 
E
T
 
T
M
 
I
A
 
E
F
 
L
K
 
T
G
 
N
T
 
D
-
 
Q
-
 
L
A
 
S
D
 
D
S
 
L
I
 
R
A
 
S
S
 
Q
G
 
K
V
 
F
A
 
G
V
 
F
I
 
I
H
 
F
Q
|
Q
E
 
R
L
 
Y
H
 
N
L
 
L
V
 
L
P
 
S
E
 
S
M
 
L
T
 
T
V
 
A
A
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
V
F
 
-
L
 
-
G
 
-
H
 
A
L
 
L
P
 
P
A
 
A
R
 
I
F
 
Y
G
 
A
L
 
G
V
 
M
N
 
P
R
 
Q
G
 
S
V
 
Q
L
 
R
R
 
L
Q
 
E
Q
 
R
A
 
A
L
 
K
T
 
Q
L
 
L
L
 
L
K
 
E
-
 
K
-
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
G
D
 
D
E
x
K
I
 
-
D
 
-
P
 
W
Q
 
Q
E
 
N
K
 
K
V
 
P
G
 
N
R
x
Q
L
 
L
S
|
S
L
 
G
G
|
G
Q
|
Q
R
 
Q
Q
 
Q
L
 
R
V
 
V
E
 
S
I
 
I
A
 
A
K
 
R
A
 
A
L
 
L
S
 
M
R
 
N
G
 
G
A
 
G
H
 
E
V
 
I
I
 
I
A
 
L
F
 
A
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
T
S
 
G
S
 
A
L
 
L
S
 
D
A
 
S
R
 
H
E
 
S
I
 
G
D
 
E
R
 
N
L
 
V
M
 
M
A
 
E
I
 
I
I
 
L
G
 
R
R
 
Q
L
 
L
R
 
H
D
 
E
E
 
E
G
 
G
K
 
H
V
 
T
V
 
I
L
 
I
Y
 
M
V
 
V
S
 
T
H
 
H
R
 
D
M
 
-
E
 
K
E
 
H
V
 
I
F
 
A
R
 
A
I
 
S
C
 
A
N
 
N
A
 
R
V
 
I
T
 
I
V
 
E
F
 
I
K
 
K
D
 
D
G
 
G
-
 
E
-
 
I
-
 
I
-
 
S
-
 
D
-
 
T
-
 
Q
-
 
K
R
 
R
Y
 
Q
V
 
V
R
 
K
T
 
S
-
 
A
F
 
V
E
 
K
N
 
N
M
 
P
S
 
S
E
 
V
L
 
F
T
 
S
H
 
K
D
 
D
Q
 
Q
L
 
L
V
 
M

5ws4A Crystal structure of tripartite-type abc transporter macb from acinetobacter baumannii (see paper)
31% identity, 38% coverage: 16:212/514 of query aligns to 5:205/650 of 5ws4A

query
sites
5ws4A
L
 
L
R
 
E
F
 
V
N
 
S
G
 
N
I
 
L
G
 
V
K
 
R
S