SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing PfGW456L13_2532 FitnessBrowser__pseudo13_GW456_L13:PfGW456L13_2532 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 5 hits to proteins with known functional sites (download)

Q0S7Q0 Cholesterol ring-cleaving hydrolase IpdB subunit; (3E)-2-(2-carboxylatoethyl)-3-methyl-6-oxocyclohex-1-ene-1-carboxyl-CoA hydrolase beta subunit; COCHEA-CoA hydrolase beta subunit; EC 4.1.99.- from Rhodococcus jostii (strain RHA1) (see paper)
41% identity, 95% coverage: 2:250/262 of query aligns to 4:247/253 of Q0S7Q0

query
sites
Q0S7Q0
S
 
T
T
 
I
T
 
T
D
 
E
Y
 
V
S
 
T
L
 
R
A
 
A
E
 
E
L
 
Y
M
 
C
I
 
A
C
 
I
A
 
A
A
 
C
S
 
A
E
 
D
A
 
I
W
 
F
R
 
S
E
 
G
D
 
A
G
 
G
E
 
E
V
 
I
L
 
M
A
 
A
S
 
S
G
 
P
I
 
M
G
 
A
V
 
T
I
 
L
P
 
P
R
 
L
L
 
I
A
 
G
A
 
A
S
 
R
L
 
L
A
 
A
M
 
R
L
 
L
T
 
T
S
 
T
N
 
E
P
 
P
Q
 
D
L
 
L
L
 
L
M
 
I
T
 
T
D
 
D
S
 
G
E
|
E
A
 
A
Y
 
L
M
 
I
V
 
F
A
 
A
E
 
D
P
 
T
V
 
P
P
 
A
L
 
V
G
 
G
A
 
A
R
 
K
K
 
A
G
 
P
Y
 
I
E
 
E
P
 
-
K
 
-
R
 
-
D
 
-
S
 
G
W
 
W
M
 
M
G
 
P
F
 
F
S
 
R
R
 
K
I
 
V
F
 
F
D
 
D
N
 
V
V
 
V
W
 
A
G
 
S
G
 
G
K
 
R
R
|
R
H
 
H
A
 
V
L
 
V
V
 
M
G
 
G
P
 
A
T
 
N
Q
 
Q
I
 
I
D
 
D
R
 
R
F
 
H
G
 
G
Q
 
N
A
 
Q
N
 
N
I
 
L
S
 
S
C
 
A
I
 
F
G
 
G
D
 
P
Y
 
L
A
 
Q
K
 
Q
P
 
P
K
 
T
A
 
R
Q
 
Q
M
 
M
L
 
F
G
 
G
V
 
V
R
|
R
G
 
G
F
 
A
P
 
P
G
 
G
N
 
N
S
 
T
I
 
I
S
 
N
H
 
H
A
 
P
N
 
T
S
 
S
F
 
Y
C
 
W
V
 
V
P
 
G
S
 
K
H
 
H
N
 
T
R
 
S
R
 
R
L
 
V
F
 
F
V
 
C
E
 
D
G
 
-
E
 
T
V
 
V
D
 
D
M
 
I
V
 
V
A
 
S
S
 
G
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
-
 
D
-
 
Q
-
 
I
-
 
D
-
 
P
-
 
E
N
 
N
P
 
P
A
 
A
R
 
Y
L
 
R
A
 
F
R
 
H
G
 
-
W
 
-
S
 
-
L
 
-
N
 
-
D
 
-
I
 
-
D
 
H
I
 
L
R
 
H
L
 
R
I
 
V
I
 
V
T
 
S
D
 
N
L
 
L
C
 
G
V
 
V
L
 
F
D
 
D
F
 
F
Q
 
G
G
 
G
P
 
P
Q
 
D
R
 
H
Q
 
T
M
 
F
R
 
R
I
 
A
R
 
L
S
 
S
L
 
L
H
 
H
P
 
P
G
 
G
V
 
V
T
 
T
A
 
A
A
 
D
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
A
D
 
D
N
 
N
T
 
T
G
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
V
H
 
A
V
 
G
P
 
L
D
 
A
D
 
D
C
 
A
P
 
G
T
 
V
T
 
T
A
 
R
A
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
D
E
 
E
Q
 
E
L
 
L
Q
 
R
L
 
L
I
 
I
Q
 
R
R
 
E
-
 
V
L
 
L
D
 
D
P
 
P
H
 
R
N
 
S
L
 
L
R
 
R

6cojB Crystal structure of rhodococcus jostii rha1 ipdab e105a cochea-coa complex (see paper)
41% identity, 94% coverage: 4:250/262 of query aligns to 1:242/248 of 6cojB

query
sites
6cojB
T
 
T
D
 
E
Y
 
V
S
 
T
L
 
R
A
 
A
E
 
E
L
 
Y
M
 
C
I
 
A
C
 
I
A
 
A
A
 
C
S
 
A
E
 
D
A
 
I
W
 
F
R
 
S
E
 
G
D
 
A
G
 
G
E
 
E
V
 
I
L
 
M
A
 
A
S
 
S
G
 
P
I
x
M
G
 
A
V
 
T
I
 
L
P
 
P
R
 
L
L
 
I
A
 
G
A
 
A
S
 
R
L
 
L
A
 
A
M
 
R
L
 
L
T
 
T
S
 
T
N
 
E
P
 
P
Q
 
D
L
 
L
L
 
L
M
 
I
T
 
T
D
 
D
S
 
G
E
 
E
A
 
A
Y
 
L
M
 
I
V
 
F
A
 
A
E
 
D
P
 
T
V
 
P
P
 
A
L
 
V
G
 
G
A
 
A
R
 
K
K
 
A
G
 
P
Y
 
I
E
 
E
P
 
-
K
 
-
R
 
-
D
 
-
S
 
G
W
 
W
M
 
M
G
 
P
F
 
F
S
 
R
R
 
K
I
 
V
F
|
F
D
 
D
N
 
V
V
 
V
W
 
A
G
 
S
G
 
G
K
 
R
R
|
R
H
 
H
A
 
V
L
 
V
V
x
M
G
|
G
P
x
A
T
x
N
Q
 
Q
I
 
I
D
 
D
R
 
R
F
 
H
G
 
G
Q
 
N
A
 
Q
N
 
N
I
x
L
S
 
S
C
 
A
I
x
F
G
 
G
D
 
P
Y
 
L
A
 
Q
K
 
Q
P
 
P
K
x
T
A
x
R
Q
 
Q
M
 
M
L
 
F
G
 
G
V
 
V
R
|
R
G
 
G
F
 
A
P
 
P
G
 
G
N
|
N
S
 
T
I
 
I
S
 
N
H
 
H
A
 
P
N
 
T
S
 
S
F
 
Y
C
 
W
V
 
V
P
 
G
S
 
K
H
 
H
N
 
T
R
 
S
R
|
R
L
 
V
F
 
F
V
 
C
E
 
D
G
 
-
E
 
T
V
 
V
D
 
D
M
 
I
V
 
V
A
 
S
S
 
G
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
-
 
D
-
 
Q
-
 
I
-
 
D
-
 
P
-
 
E
N
 
N
P
 
P
A
 
A
R
 
Y
L
 
R
A
 
F
R
 
H
G
 
-
W
 
-
S
 
-
L
 
-
N
 
-
D
 
-
I
 
-
D
 
H
I
 
L
R
 
H
L
 
R
I
 
V
I
 
V
T
 
S
D
 
N
L
 
L
C
 
G
V
 
V
L
 
F
D
 
D
F
 
F
Q
 
G
G
 
G
P
 
P
Q
 
D
R
 
H
Q
 
T
M
 
F
R
 
R
I
 
A
R
 
L
S
 
S
L
 
L
H
 
H
P
 
P
G
 
G
V
 
V
T
 
T
A
 
A
A
 
D
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
A
D
 
D
N
 
N
T
 
T
G
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
V
H
 
A
V
 
G
P
 
L
D
 
A
D
 
D
C
 
A
P
 
G
T
 
V
T
 
T
A
 
R
A
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
D
E
 
E
Q
 
E
L
 
L
Q
 
R
L
 
L
I
 
I
Q
 
R
R
 
E
-
 
V
L
 
L
D
 
D
P
 
P
H
 
R
N
 
S
L
 
L
R
 
R

5mzyB Crystal structure of the decarboxylase aiba/aibb in complex with a possible transition state analog (see paper)
24% identity, 95% coverage: 2:250/262 of query aligns to 1:238/244 of 5mzyB

query
sites
5mzyB
S
 
A
T
 
T
T
 
L
D
 
D
Y
 
I
S
 
T
L
 
P
A
 
A
E
 
E
L
 
T
M
 
V
I
 
V
C
 
S
A
 
L
A
 
L
S
 
A
E
 
R
A
 
Q
W
 
I
R
 
-
E
 
D
D
 
D
G
 
G
E
 
G
V
 
V
L
 
V
A
 
A
S
 
T
G
|
G
I
x
V
G
 
A
V
 
S
-
 
P
I
 
L
P
 
A
R
 
I
L
 
L
A
 
A
A
 
I
S
 
A
L
 
V
A
 
A
M
 
R
L
 
A
T
 
T
S
 
H
N
 
A
P
 
P
Q
 
D
L
 
L
L
 
T
M
 
Y
T
 
L
D
 
A
S
 
C
E
 
V
A
 
G
Y
 
S
M
 
L
-
 
D
-
 
P
-
 
E
V
 
I
A
 
P
E
 
T
P
 
L
V
 
L
P
 
P
L
 
S
G
 
S
A
 
E
R
 
D
K
 
L
G
 
G
Y
 
Y
E
 
L
P
 
D
K
 
G
R
 
R
D
 
S
S
 
A
W
 
E
M
 
I
G
 
T
F
 
I
S
 
P
R
 
D
I
 
L
F
|
F
D
 
D
N
 
H
V
 
A
W
 
R
G
 
R
G
 
G
K
 
R
R
 
V
H
 
D
A
 
T
L
 
V
V
 
F
-
 
F
G
 
G
P
 
A
T
 
A
Q
 
E
I
 
V
D
 
D
R
 
A
F
 
E
G
 
G
Q
 
R
A
 
T
N
 
N
I
 
M
S
 
T
C
 
A
I
 
S
G
 
G
D
 
S
Y
 
L
A
 
D
K
 
K
P
 
P
K
 
R
A
 
T
Q
 
K
M
 
F
L
 
P
G
 
G
V
 
V
R
x
A
G
|
G
F
 
A
P
 
A
G
 
T
-
 
L
N
 
R
S
 
Q
I
 
W
S
 
V
H
 
R
A
 
R
N
 
P
S
 
V
F
 
L
C
 
L
V
 
V
P
 
P
S
 
R
H
 
Q
N
 
S
R
 
R
R
 
R
L
 
N
F
 
L
V
 
V
E
 
P
G
 
-
E
 
E
V
 
V
D
 
Q
M
 
V
V
 
A
A
 
T
S
 
T
V
 
-
G
 
-
Y
 
R
N
 
D
P
 
P
A
 
R
R
 
R
L
 
P
A
 
V
R
 
-
G
 
-
W
 
-
S
 
-
L
 
-
N
 
-
D
 
-
I
 
-
D
 
-
I
 
-
R
 
-
L
 
T
I
 
L
I
 
I
T
 
S
D
 
D
L
 
L
C
 
G
V
 
V
L
 
F
D
 
E
F
 
L
Q
 
G
G
 
A
P
 
S
Q
 
G
R
 
A
Q
 
R
M
 
L
R
 
L
I
 
A
R
 
R
S
 
-
L
 
-
H
 
H
P
 
P
G
 
W
V
 
A
T
 
S
A
 
A
A
 
A
Q
 
H
V
 
I
Q
 
A
D
 
E
N
 
R
T
 
T
G
 
G
F
 
F
E
 
A
L
 
F
H
 
Q
V
 
V
P
 
S
D
 
E
D
 
A
C
 
L
P
 
S
T
 
V
T
 
T
A
 
S
A
 
L
P
 
P
T
 
D
A
 
A
E
 
R
Q
 
T
L
 
V
Q
 
A
L
 
A
I
 
I
Q
 
R
R
 
A
L
 
I
D
 
D
P
 
P
H
 
H
N
 
G
L
 
Y
R
 
R

5mzzB Crystal structure of the decarboxylase aiba/aibb in complex with 3- methylglutaconate (see paper)
25% identity, 87% coverage: 22:250/262 of query aligns to 17:235/241 of 5mzzB

query
sites
5mzzB
E
 
D
D
 
D
G
 
G
E
 
G
V
 
V
L
 
V
A
 
A
S
 
T
G
|
G
I
x
V
G
 
A
V
 
S
-
 
P
I
 
L
P
 
A
R
 
I
L
 
L
A
 
A
A
 
I
S
 
A
L
 
V
A
 
A
M
 
R
L
 
A
T
 
T
S
 
H
N
 
A
P
 
P
Q
 
D
L
 
L
L
 
T
M
 
Y
T
 
L
D
 
A
S
 
C
E
 
V
A
 
G
Y
 
S
M
 
L
-
 
D
-
 
P
-
 
E
V
 
I
A
 
P
E
 
T
P
 
L
V
 
L
P
 
P
L
 
S
G
 
S
A
 
E
R
 
D
K
 
L
G
 
G
Y
 
Y
E
 
L
P
 
D
K
 
G
R
 
R
D
 
S
S
 
A
W
 
E
M
 
I
G
 
T
F
 
I
S
 
P
R
 
D
I
 
L
F
 
F
D
 
D
N
 
H
V
 
A
W
 
R
G
 
R
G
 
G
K
 
R
R
 
V
H
 
D
A
 
T
L
 
V
V
 
F
-
 
F
G
 
G
P
 
A
T
 
A
Q
 
E
I
 
V
D
 
D
R
 
A
F
 
E
G
 
G
Q
 
R
A
 
T
N
 
N
I
 
M
S
 
T
C
 
A
I
 
S
G
 
G
D
 
S
Y
 
L
A
 
D
K
 
K
P
 
P
K
 
R
A
 
T
Q
 
K
M
 
F
L
 
P
G
 
G
V
 
V
R
x
A
G
|
G
F
 
A
P
 
A
G
 
T
-
 
L
N
 
R
S
 
Q
I
 
W
S
 
V
H
 
R
A
 
R
N
 
P
S
 
V
F
 
L
C
 
L
V
 
V
P
 
P
S
 
R
H
 
Q
N
 
S
R
 
R
R
 
R
L
 
N
F
 
L
V
 
V
E
 
P
G
 
-
E
 
E
V
 
V
D
 
Q
M
 
V
V
 
A
A
 
T
S
 
T
V
 
-
G
 
-
Y
 
R
N
 
D
P
 
P
A
 
R
R
 
R
L
 
P
A
 
V
R
 
-
G
 
-
W
 
-
S
 
-
L
 
-
N
 
-
D
 
-
I
 
-
D
 
-
I
 
-
R
 
-
L
 
T
I
 
L
I
 
I
T
 
S
D
 
D
L
 
L
C
 
G
V
 
V
L
 
F
D
 
E
F
 
L
Q
 
G
G
 
A
P
 
S
Q
 
G
R
 
A
Q
 
R
M
 
L
R
 
L
I
 
A
R
 
R
S
 
-
L
 
-
H
 
H
P
 
P
G
 
W
V
 
A
T
 
S
A
 
A
A
 
A
Q
 
H
V
 
I
Q
 
A
D
 
E
N
 
R
T
 
T
G
 
G
F
 
F
E
 
A
L
 
F
H
 
Q
V
 
V
P
 
S
D
 
E
D
 
A
C
 
L
P
 
S
T
 
V
T
 
T
A
 
S
A
 
L
P
 
P
T
 
D
A
 
A
E
 
R
Q
 
T
L
 
V
Q
 
A
L
 
A
I
 
I
Q
 
R
R
 
A
L
 
I
D
 
D
P
 
P
H
 
H
N
 
G
L
 
Y
R
 
R

5mzxB Crystal structure of the decarboxylase aiba/aibb in complex with 4'- diphospho pantetheine (see paper)
25% identity, 87% coverage: 22:250/262 of query aligns to 17:235/241 of 5mzxB

query
sites
5mzxB
E
 
D
D
 
D
G
 
G
E
 
G
V
 
V
L
 
V
A
 
A
S
 
T
G
 
G
I
 
V
G
 
A
V
 
S
-
 
P
I
 
L
P
 
A
R
 
I
L
 
L
A
 
A
A
 
I
S
 
A
L
 
V
A
 
A
M
 
R
L
 
A
T
 
T
S
 
H
N
 
A
P
 
P
Q
 
D
L
 
L
L
 
T
M
 
Y
T
 
L
D
 
A
S
 
C
E
 
V
A
 
G
Y
 
S
M
 
L
-
 
D
-
 
P
-
 
E
V
 
I
A
 
P
E
 
T
P
 
L
V
 
L
P
 
P
L
 
S
G
 
S
A
 
E
R
 
D
K
 
L
G
 
G
Y
 
Y
E
 
L
P
 
D
K
 
G
R
 
R
D
 
S
S
 
A
W
 
E
M
 
I
G
 
T
F
 
I
S
 
P
R
 
D
I
 
L
F
 
F
D
 
D
N
 
H
V
 
A
W
 
R
G
 
R
G
 
G
K
 
R
R
 
V
H
 
D
A
 
T
L
 
V
V
 
F
-
x
F
G
|
G
P
x
A
T
 
A
Q
 
E
I
 
V
D
 
D
R
 
A
F
 
E
G
 
G
Q
 
R
A
 
T
N
 
N
I
 
M
S
 
T
C
 
A
I
 
S
G
 
G
D
 
S
Y
 
L
A
 
D
K
 
K
P
 
P
K
 
R
A
 
T
Q
 
K
M
 
F
L
x
P
G
 
G
V
 
V
R
 
A
G
 
G
F
 
A
P
 
A
G
 
T
-
 
L
N
 
R
S
 
Q
I
 
W
S
 
V
H
 
R
A
 
R
N
 
P
S
 
V
F
 
L
C
 
L
V
 
V
P
 
P
S
 
R
H
 
Q
N
 
S
R
 
R
R
 
R
L
 
N
F
 
L
V
 
V
E
 
P
G
 
-
E
 
E
V
 
V
D
 
Q
M
 
V
V
 
A
A
 
T
S
 
T
V
 
-
G
 
-
Y
 
R
N
 
D
P
 
P
A
 
R
R
 
R
L
 
P
A
 
V
R
 
-
G
 
-
W
 
-
S
 
-
L
 
-
N
 
-
D
 
-
I
 
-
D
 
-
I
 
-
R
 
-
L
 
T
I
 
L
I
 
I
T
 
S
D
 
D
L
 
L
C
 
G
V
 
V
L
 
F
D
 
E
F
 
L
Q
 
G
G
 
A
P
 
S
Q
 
G
R
 
A
Q
 
R
M
 
L
R
 
L
I
 
A
R
 
R
S
 
-
L
 
-
H
 
H
P
 
P
G
 
W
V
 
A
T
 
S
A
 
A
A
 
A
Q
 
H
V
 
I
Q
 
A
D
 
E
N
 
R
T
 
T
G
 
G
F
 
F
E
 
A
L
 
F
H
 
Q
V
 
V
P
 
S
D
 
E
D
 
A
C
 
L
P
 
S
T
 
V
T
 
T
A
 
S
A
 
L
P
 
P
T
 
D
A
 
A
E
 
R
Q
 
T
L
 
V
Q
 
A
L
 
A
I
 
I
Q
 
R
R
 
A
L
 
I
D
 
D
P
 
P
H
 
H
N
 
G
L
 
Y
R
 
R

Query Sequence

>PfGW456L13_2532 FitnessBrowser__pseudo13_GW456_L13:PfGW456L13_2532
MSTTDYSLAELMICAASEAWREDGEVLASGIGVIPRLAASLAMLTSNPQLLMTDSEAYMV
AEPVPLGARKGYEPKRDSWMGFSRIFDNVWGGKRHALVGPTQIDRFGQANISCIGDYAKP
KAQMLGVRGFPGNSISHANSFCVPSHNRRLFVEGEVDMVASVGYNPARLARGWSLNDIDI
RLIITDLCVLDFQGPQRQMRIRSLHPGVTAAQVQDNTGFELHVPDDCPTTAAPTAEQLQL
IQRLDPHNLRALQLKDNPPGQR

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory