SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing PfGW456L13_3317 FitnessBrowser__pseudo13_GW456_L13:PfGW456L13_3317 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 5 hits to proteins with known functional sites (download)

2q1dX 2-keto-3-deoxy-d-arabinonate dehydratase complexed with magnesium and 2,5-dioxopentanoate (see paper)
29% identity, 54% coverage: 133:309/330 of query aligns to 100:271/281 of 2q1dX

query
sites
2q1dX
G
 
A
V
 
V
Q
 
R
P
 
P
E
|
E
W
 
I
F
 
F
Y
 
F
K
 
K
G
 
A
D
 
T
G
 
P
G
 
N
I
 
R
V
 
C
V
 
V
R
 
G
P
 
H
G
 
G
Q
 
E
P
 
A
F
 
I
P
 
A
L
 
V
P
 
R
P
 
S
F
 
D
A
 
S
E
 
E
D
 
W
A
 
T
G
 
L
E
 
P
E
|
E
P
 
P
E
|
E
I
 
L
A
 
A
G
 
-
L
 
-
Y
 
V
V
 
V
I
 
L
G
 
D
H
 
S
D
 
N
G
 
G
K
 
K
P
 
I
Y
 
-
R
 
-
L
 
L
G
 
G
F
 
Y
A
 
T
V
 
I
G
 
M
N
 
D
E
x
D
F
 
V
S
 
S
D
 
A
H
 
R
V
 
D
M
 
L
E
|
E
R
 
A
K
 
E
N
 
N
Y
 
P
L
 
L
Y
 
Y
L
|
L
A
 
P
H
 
Q
S
 
S
K
 
K
L
 
I
R
 
Y
S
 
A
-
 
G
-
 
C
C
 
C
S
 
A
Y
 
F
G
 
G
P
 
P
E
 
V
L
 
I
R
 
V
V
 
T
G
 
S
E
 
D
-
 
E
-
 
I
-
 
K
L
 
N
P
 
P
Q
 
Y
H
 
S
L
 
L
A
 
D
G
 
I
T
 
T
S
 
L
R
 
K
I
 
I
L
 
V
R
 
R
D
 
E
G
 
G
E
 
R
V
 
V
L
 
-
W
 
-
Q
 
-
N
 
-
E
 
-
F
 
F
L
 
F
S
 
E
G
 
G
E
 
S
A
 
V
N
 
N
M
 
T
C
 
N
H
 
K
S
 
M
L
 
R
A
 
R
N
 
K
L
 
I
E
 
E
F
 
-
H
 
E
H
 
Q
F
 
I
K
 
Q
Y
 
Y
S
 
L
Q
 
I
F
 
R
L
 
D
R
 
N
P
 
P
-
 
I
G
 
P
D
 
D
V
 
G
H
 
T
I
 
I
H
 
L
F
 
T
F
 
T
G
|
G
T
|
T
A
 
A
T
 
I
L
 
V
S
 
P
F
 
G
A
 
R
D
 
D
-
 
K
G
 
G
I
 
L
R
 
K
T
 
D
Q
 
E
P
 
-
G
 
-
D
 
D
V
 
I
F
 
V
E
 
E
I
 
I
T
 
T
Q
 
I
A
 
S
E
 
N
F
 
I
G
 
G
A
 
T

Sites not aligning to the query:

3bqbX Hexagonal kristal form of 2-keto-3-deoxyarabinonate dehydratase (see paper)
29% identity, 54% coverage: 133:309/330 of query aligns to 110:281/291 of 3bqbX

query
sites
3bqbX
G
 
A
V
 
V
Q
 
R
P
 
P
E
 
E
W
 
I
F
 
F
Y
 
F
K
 
K
G
 
A
D
 
T
G
 
P
G
 
N
I
 
R
V
 
C
V
 
V
R
 
G
P
 
H
G
 
G
Q
 
E
P
 
A
F
 
I
P
 
A
L
 
V
P
 
R
P
 
S
F
 
D
A
 
S
E
 
E
D
 
W
A
 
T
G
 
L
E
 
P
E
 
E
P
 
P
E
|
E
I
 
L
A
 
A
G
 
-
L
 
-
Y
 
V
V
 
V
I
 
L
G
 
D
H
 
S
D
 
N
G
 
G
K
 
K
P
 
I
Y
 
-
R
 
-
L
 
L
G
 
G
F
 
Y
A
 
T
V
 
I
G
 
M
N
 
D
E
x
D
F
 
V
S
 
S
D
 
A
H
 
R
V
 
D
M
 
L
E
 
E
R
 
A
K
 
E
N
 
N
Y
 
P
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
A
 
P
H
 
Q
S
 
S
K
 
K
L
 
I
R
 
Y
S
 
A
-
 
G
-
 
C
C
 
C
S
 
A
Y
 
F
G
 
G
P
 
P
E
 
V
L
 
I
R
 
V
V
 
T
G
 
S
E
 
D
-
 
E
-
 
I
-
 
K
L
 
N
P
 
P
Q
 
Y
H
 
S
L
 
L
A
 
D
G
 
I
T
 
T
S
 
L
R
 
K
I
 
I
L
 
V
R
 
R
D
 
E
G
 
G
E
 
R
V
 
V
L
 
-
W
 
-
Q
 
-
N
 
-
E
 
-
F
 
F
L
 
F
S
 
E
G
 
G
E
 
S
A
 
V
N
 
N
M
 
T
C
 
N
H
 
K
S
 
M
L
 
R
A
 
R
N
 
K
L
 
I
E
 
E
F
 
-
H
 
E
H
 
Q
F
 
I
K
 
Q
Y
 
Y
S
 
L
Q
 
I
F
 
R
L
 
D
R
 
N
P
 
P
-
 
I
G
 
P
D
 
D
V
 
G
H
 
T
I
 
I
H
 
L
F
 
T
F
 
T
G
 
G
T
 
T
A
 
A
T
 
I
L
 
V
S
 
P
F
 
G
A
 
R
D
 
D
-
 
K
G
 
G
I
 
L
R
 
K
T
 
D
Q
 
E
P
 
-
G
 
-
D
 
D
V
 
I
F
 
V
E
 
E
I
 
I
T
 
T
Q
 
I
A
 
S
E
 
N
F
 
I
G
 
G
A
 
T

2q1cX 2-keto-3-deoxy-d-arabinonate dehydratase complexed with calcium and 2- oxobutyrate (see paper)
29% identity, 54% coverage: 133:309/330 of query aligns to 110:281/291 of 2q1cX

query
sites
2q1cX
G
 
A
V
 
V
Q
 
R
P
 
P
E
 
E
W
 
I
F
 
F
Y
 
F
K
 
K
G
 
A
D
 
T
G
 
P
G
 
N
I
 
R
V
 
C
V
 
V
R
 
G
P
 
H
G
 
G
Q
 
E
P
 
A
F
 
I
P
 
A
L
 
V
P
 
R
P
 
S
F
 
D
A
 
S
E
 
E
D
 
W
A
 
T
G
 
L
E
 
P
E
|
E
P
 
P
E
|
E
I
 
L
A
 
A
G
 
-
L
 
-
Y
 
V
V
 
V
I
 
L
G
 
D
H
 
S
D
 
N
G
 
G
K
 
K
P
 
I
Y
 
-
R
 
-
L
 
L
G
 
G
F
 
Y
A
 
T
V
 
I
G
 
M
N
 
D
E
x
D
F
 
V
S
 
S
D
 
A
H
 
R
V
 
D
M
 
L
E
 
E
R
 
A
K
 
E
N
 
N
Y
 
P
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
A
 
P
H
 
Q
S
 
S
K
 
K
L
 
I
R
 
Y
S
 
A
-
 
G
-
 
C
C
 
C
S
 
A
Y
 
F
G
 
G
P
 
P
E
 
V
L
 
I
R
 
V
V
 
T
G
 
S
E
 
D
-
 
E
-
 
I
-
 
K
L
 
N
P
 
P
Q
 
Y
H
 
S
L
 
L
A
 
D
G
 
I
T
 
T
S
 
L
R
 
K
I
 
I
L
 
V
R
 
R
D
 
E
G
 
G
E
 
R
V
 
V
L
 
-
W
 
-
Q
 
-
N
 
-
E
 
-
F
 
F
L
 
F
S
 
E
G
 
G
E
 
S
A
 
V
N
 
N
M
 
T
C
 
N
H
 
K
S
 
M
L
 
R
A
 
R
N
 
K
L
 
I
E
 
E
F
 
-
H
 
E
H
 
Q
F
 
I
K
 
Q
Y
 
Y
S
 
L
Q
 
I
F
 
R
L
 
D
R
 
N
P
 
P
-
 
I
G
 
P
D
 
D
V
 
G
H
 
T
I
 
I
H
 
L
F
 
T
F
 
T
G
 
G
T
|
T
A
 
A
T
 
I
L
 
V
S
 
P
F
 
G
A
 
R
D
 
D
-
 
K
G
 
G
I
 
L
R
 
K
T
 
D
Q
 
E
P
 
-
G
 
-
D
 
D
V
 
I
F
 
V
E
 
E
I
 
I
T
 
T
Q
 
I
A
 
S
E
 
N
F
 
I
G
 
G
A
 
T

Sites not aligning to the query:

2q1aX 2-keto-3-deoxy-d-arabinonate dehydratase complexed with magnesium and 2-oxobutyrate (see paper)
29% identity, 54% coverage: 133:309/330 of query aligns to 110:281/291 of 2q1aX

query
sites
2q1aX
G
 
A
V
 
V
Q
 
R
P
 
P
E
 
E
W
 
I
F
 
F
Y
 
F
K
 
K
G
 
A
D
 
T
G
 
P
G
 
N
I
 
R
V
 
C
V
 
V
R
 
G
P
 
H
G
 
G
Q
 
E
P
 
A
F
 
I
P
 
A
L
 
V
P
 
R
P
 
S
F
 
D
A
 
S
E
 
E
D
 
W
A
 
T
G
 
L
E
 
P
E
|
E
P
 
P
E
|
E
I
 
L
A
 
A
G
 
-
L
 
-
Y
 
V
V
 
V
I
 
L
G
 
D
H
 
S
D
 
N
G
 
G
K
 
K
P
 
I
Y
 
-
R
 
-
L
 
L
G
 
G
F
 
Y
A
 
T
V
 
I
G
 
M
N
 
D
E
x
D
F
 
V
S
 
S
D
 
A
H
 
R
V
 
D
M
 
L
E
 
E
R
 
A
K
 
E
N
 
N
Y
 
P
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
A
 
P
H
 
Q
S
 
S
K
 
K
L
 
I
R
 
Y
S
 
A
-
 
G
-
 
C
C
 
C
S
 
A
Y
 
F
G
 
G
P
 
P
E
 
V
L
 
I
R
 
V
V
 
T
G
 
S
E
 
D
-
 
E
-
 
I
-
 
K
L
 
N
P
 
P
Q
 
Y
H
 
S
L
 
L
A
 
D
G
 
I
T
 
T
S
 
L
R
 
K
I
 
I
L
 
V
R
 
R
D
 
E
G
 
G
E
 
R
V
 
V
L
 
-
W
 
-
Q
 
-
N
 
-
E
 
-
F
 
F
L
 
F
S
 
E
G
 
G
E
 
S
A
 
V
N
 
N
M
 
T
C
 
N
H
 
K
S
 
M
L
 
R
A
 
R
N
 
K
L
 
I
E
 
E
F
 
-
H
 
E
H
 
Q
F
 
I
K
 
Q
Y
 
Y
S
 
L
Q
 
I
F
 
R
L
 
D
R
 
N
P
 
P
-
 
I
G
 
P
D
 
D
V
 
G
H
 
T
I
 
I
H
 
L
F
 
T
F
 
T
G
|
G
T
|
T
A
 
A
T
 
I
L
 
V
S
 
P
F
 
G
A
 
R
D
 
D
-
 
K
G
 
G
I
 
L
R
 
K
T
 
D
Q
 
E
P
 
-
G
 
-
D
 
D
V
 
I
F
 
V
E
 
E
I
 
I
T
 
T
Q
 
I
A
 
S
E
 
N
F
 
I
G
 
G
A
 
T

Sites not aligning to the query:

Q97UA0 2-dehydro-3-deoxy-D-arabinonate dehydratase; 2-keto-3-deoxy-D-arabinonate dehydratase; KdaD; EC 4.2.1.141 from Saccharolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (Sulfolobus solfataricus) (see paper)
29% identity, 54% coverage: 133:309/330 of query aligns to 115:286/298 of Q97UA0

query
sites
Q97UA0
G
 
A
V
 
V
Q
 
R
P
 
P
E
 
E
W
 
I
F
 
F
Y
 
F
K
 
K
G
 
A
D
 
T
G
 
P
G
 
N
I
 
R
V
 
C
V
 
V
R
 
G
P
 
H
G
 
G
Q
 
E
P
 
A
F
 
I
P
 
A
L
 
V
P
 
R
P
 
S
F
 
D
A
 
S
E
 
E
D
 
W
A
 
T
G
 
L
E
 
P
E
|
E
P
 
P
E
|
E
I
 
L
A
 
A
G
 
-
L
 
-
Y
 
V
V
 
V
I
 
L
G
 
D
H
 
S
D
 
N
G
 
G
K
 
K
P
 
I
Y
 
-
R
 
-
L
 
L
G
 
G
F
 
Y
A
 
T
V
 
I
G
 
M
N
 
D
E
x
D
F
 
V
S
 
S
D
 
A
H
 
R
V
 
D
M
 
L
E
 
E
R
 
A
K
 
E
N
 
N
Y
 
P
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
A
 
P
H
 
Q
S
 
S
K
|
K
L
 
I
R
 
Y
S
 
A
-
 
G
-
 
C
C
 
C
S
 
A
Y
 
F
G
 
G
P
 
P
E
 
V
L
 
I
R
 
V
V
 
T
G
 
S
E
 
D
-
 
E
-
 
I
-
 
K
L
 
N
P
 
P
Q
 
Y
H
 
S
L
 
L
A
 
D
G
 
I
T
 
T
S
 
L
R
 
K
I
 
I
L
 
V
R
 
R
D
 
E
G
 
G
E
 
R
V
 
V
L
 
-
W
 
-
Q
 
-
N
 
-
E
 
-
F
 
F
L
 
F
S
 
E
G
 
G
E
 
S
A
 
V
N
 
N
M
 
T
C
 
N
H
 
K
S
 
M
L
 
R
A
 
R
N
 
K
L
 
I
E
 
E
F
 
-
H
 
E
H
 
Q
F
 
I
K
 
Q
Y
 
Y
S
 
L
Q
 
I
F
 
R
L
 
D
R
 
N
P
 
P
-
 
I
G
 
P
D
 
D
V
 
G
H
 
T
I
 
I
H
 
L
F
 
T
F
 
T
G
 
G
T
|
T
A
 
A
T
 
I
L
 
V
S
 
P
F
 
G
A
 
R
D
 
D
-
 
K
G
 
G
I
 
L
R
 
K
T
 
D
Q
 
E
P
 
-
G
 
-
D
 
D
V
 
I
F
 
V
E
 
E
I
 
I
T
 
T
Q
 
I
A
 
S
E
 
N
F
 
I
G
 
G
A
 
T

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>PfGW456L13_3317 FitnessBrowser__pseudo13_GW456_L13:PfGW456L13_3317
MRLVQFELSNGERRVGVVEAGLVREVQDTRTVRDLALAAIEASASLEQQVQSLGLGISHD
YAELLTQRRILPPLDHADPAHMLVSGTGLTHLGSASARDKMHQQSGDETAMTDTMRIFKW
GVEGGKPAVDEAGVQPEWFYKGDGGIVVRPGQPFPLPPFAEDAGEEPEIAGLYVIGHDGK
PYRLGFAVGNEFSDHVMERKNYLYLAHSKLRSCSYGPELRVGELPQHLAGTSRILRDGEV
LWQNEFLSGEANMCHSLANLEFHHFKYSQFLRPGDVHIHFFGTATLSFADGIRTQPGDVF
EITQAEFGAPLINGIAPVAAAFEPGTVGTL

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory