SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing PfGW456L13_3543 FitnessBrowser__pseudo13_GW456_L13:PfGW456L13_3543 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1lvlA The refined structure of pseudomonas putida lipoamide dehydrogenase complexed with NAD+ at 2.45 angstroms resolution (see paper)
77% identity, 100% coverage: 2:460/460 of query aligns to 2:458/458 of 1lvlA

query
sites
1lvlA
Q
 
Q
T
 
T
L
 
I
N
 
Q
T
 
T
T
 
T
L
 
L
L
 
L
I
 
I
I
|
I
G
|
G
G
 
G
G
 
G
P
|
P
G
 
G
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
T
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
I
P
 
P
T
 
T
I
 
V
L
 
L
V
 
V
E
|
E
G
|
G
Q
 
Q
S
 
A
L
|
L
G
 
G
G
|
G
T
|
T
C
|
C
L
 
L
N
 
N
I
 
I
G
|
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
S
|
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
I
 
I
H
 
H
V
 
V
A
 
A
E
 
E
Q
 
Q
F
 
F
H
 
H
Q
 
Q
T
 
A
Q
 
S
H
 
R
H
 
F
S
 
T
Q
 
E
H
 
P
S
 
S
A
 
P
L
 
L
G
 
G
I
 
I
S
 
S
V
 
V
S
 
A
A
x
S
P
|
P
T
 
R
L
 
L
D
 
D
I
 
I
G
 
G
K
 
Q
S
 
S
V
 
V
E
 
A
W
 
W
K
 
K
D
 
D
G
 
G
I
 
I
V
 
V
D
 
D
R
 
R
L
 
L
T
 
T
T
 
T
G
 
G
V
 
V
A
 
A
A
 
A
L
 
L
L
 
L
K
 
K
K
 
K
N
 
H
K
 
G
V
 
V
Q
 
K
V
 
V
V
 
V
Q
 
H
G
 
G
W
|
W
A
|
A
K
 
K
V
 
V
V
 
L
D
 
D
G
 
G
K
 
K
T
 
Q
V
 
V
E
 
E
V
 
V
G
 
D
D
 
G
T
 
Q
R
 
R
I
 
I
Q
 
Q
C
 
C
E
 
E
H
 
H
L
 
L
V
 
L
L
 
L
A
|
A
T
|
T
G
|
G
S
 
S
K
 
S
S
 
S
V
 
V
N
 
E
L
 
L
P
 
P
M
 
M
L
 
L
P
 
P
I
 
L
G
 
G
G
 
G
P
 
P
I
 
V
I
 
I
S
 
S
S
 
S
T
 
T
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
A
P
 
P
T
 
K
S
 
A
V
 
L
P
 
P
K
 
Q
R
 
H
L
 
L
I
 
V
V
 
V
V
|
V
G
|
G
G
 
G
G
 
G
Y
|
Y
I
|
I
G
 
G
L
 
L
E
|
E
L
 
L
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
K
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
V
 
V
S
 
S
V
 
V
V
 
V
E
|
E
A
 
A
Q
 
R
E
 
E
R
 
R
I
 
I
L
 
L
P
 
P
A
 
T
Y
 
Y
D
 
D
A
 
S
E
 
E
L
 
L
T
 
T
Q
 
A
P
 
P
V
 
V
H
 
A
D
 
E
E
 
S
L
 
L
K
 
K
K
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
I
K
 
A
L
 
L
Y
 
H
L
 
L
K
 
G
H
 
H
S
 
S
V
 
V
Q
 
E
G
 
G
F
 
Y
D
 
E
S
 
-
S
 
-
N
 
N
N
 
G
T
 
C
L
 
L
Q
 
L
V
 
A
L
 
N
A
 
D
P
 
G
N
 
K
G
 
G
E
 
G
T
 
Q
L
 
L
N
 
R
L
 
L
E
 
E
T
 
A
D
 
D
Q
 
R
V
 
V
L
 
L
V
 
V
A
|
A
V
|
V
G
|
G
R
|
R
K
 
R
P
 
P
N
x
R
T
 
T
Q
 
K
G
 
G
W
 
F
N
 
N
L
 
L
E
 
E
A
 
C
L
 
L
N
 
D
L
 
L
D
 
K
M
 
M
N
 
N
G
 
G
S
 
A
S
 
A
I
 
I
K
 
A
I
 
I
D
 
D
N
 
E
R
 
R
C
 
C
Q
 
Q
T
 
T
S
 
S
M
 
M
R
 
H
N
 
N
V
 
V
Y
 
W
A
 
A
I
 
I
G
 
G
D
|
D
L
 
V
S
 
A
G
 
G
E
|
E
P
 
P
M
|
M
L
|
L
A
|
A
H
|
H
R
 
R
A
 
A
M
|
M
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
E
 
E
M
 
M
V
 
V
A
 
A
E
 
E
L
 
I
I
 
I
S
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
A
R
 
R
E
 
R
F
 
F
N
 
E
P
 
P
T
 
A
A
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
A
V
 
V
C
 
C
F
 
F
T
 
T
D
 
D
P
 
P
E
 
E
L
 
V
V
 
V
V
 
V
V
 
V
G
 
G
K
 
K
T
 
T
P
 
P
D
 
E
E
 
Q
A
 
A
K
 
S
A
 
Q
A
 
Q
G
 
G
W
 
L
D
 
D
C
 
C
I
 
I
V
 
V
S
 
A
S
 
Q
F
 
F
P
 
P
F
 
F
A
 
A
A
 
A
N
 
N
G
 
G
R
 
R
A
 
A
M
 
M
T
 
S
L
 
L
E
 
E
S
 
S
K
 
K
S
 
S
G
 
G
F
 
F
V
 
V
R
 
R
V
 
V
V
 
V
A
 
A
R
 
R
R
 
R
D
 
D
N
 
N
H
 
H
V
 
L
I
 
I
V
 
L
G
 
G
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
V
 
V
G
 
G
V
 
V
G
 
A
V
 
V
S
 
S
E
 
E
L
 
L
S
 
S
T
 
T
A
 
A
F
 
F
A
 
A
Q
 
Q
S
 
S
L
 
L
E
 
E
M
 
M
G
 
G
A
 
A
R
 
C
L
 
L
E
 
E
D
 
D
I
 
V
G
 
A
G
 
G
T
 
T
I
 
I
H
|
H
A
 
A
H
|
H
P
 
P
T
 
T
L
 
L
G
 
G
E
|
E
A
 
A
V
 
V
Q
 
Q
E
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
L
G
 
G
H
 
H
A
 
A
L
 
L
H
 
H
L
 
I

P09063 Dihydrolipoyl dehydrogenase; Dihydrolipoamide dehydrogenase; E3 component of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex; LPD-Val; EC 1.8.1.4 from Pseudomonas putida (Arthrobacter siderocapsulatus) (see paper)
77% identity, 100% coverage: 2:460/460 of query aligns to 3:459/459 of P09063

query
sites
P09063
Q
 
Q
T
 
T
L
 
I
N
 
Q
T
 
T
T
 
T
L
 
L
L
 
L
I
 
I
I
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
P
 
P
G
 
G
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
T
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
I
P
 
P
T
 
T
I
 
V
L
 
L
V
 
V
E
|
E
G
|
G
Q
|
Q
S
x
A
L
|
L
G
|
G
G
|
G
T
|
T
C
|
C
L
 
L
N
 
N
I
 
I
G
 
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
S
 
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
I
 
I
H
 
H
V
 
V
A
 
A
E
 
E
Q
 
Q
F
 
F
H
 
H
Q
 
Q
T
 
A
Q
 
S
H
 
R
H
 
F
S
 
T
Q
 
E
H
 
P
S
 
S
A
 
P
L
 
L
G
 
G
I
 
I
S
 
S
V
 
V
S
 
A
A
 
S
P
 
P
T
 
R
L
 
L
D
 
D
I
 
I
G
 
G
K
 
Q
S
 
S
V
 
V
E
 
A
W
 
W
K
 
K
D
 
D
G
 
G
I
 
I
V
 
V
D
 
D
R
 
R
L
 
L
T
 
T
T
 
T
G
 
G
V
 
V
A
 
A
A
 
A
L
 
L
L
 
L
K
 
K
K
 
K
N
 
H
K
 
G
V
 
V
Q
 
K
V
 
V
V
 
V
Q
 
H
G
 
G
W
 
W
A
|
A
K
 
K
V
 
V
V
 
L
D
 
D
G
 
G
K
 
K
T
 
Q
V
 
V
E
 
E
V
 
V
G
 
D
D
 
G
T
 
Q
R
 
R
I
 
I
Q
 
Q
C
 
C
E
 
E
H
 
H
L
 
L
V
 
L
L
 
L
A
|
A
T
 
T
G
 
G
S
 
S
K
 
S
S
 
S
V
 
V
N
 
E
L
 
L
P
 
P
M
 
M
L
 
L
P
 
P
I
 
L
G
 
G
G
 
G
P
 
P
I
 
V
I
 
I
S
 
S
S
 
S
T
 
T
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
A
P
 
P
T
 
K
S
 
A
V
 
L
P
 
P
K
 
Q
R
 
H
L
 
L
I
 
V
V
 
V
V
 
V
G
|
G
G
|
G
G
|
G
Y
|
Y
I
|
I
G
 
G
L
 
L
E
 
E
L
 
L
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
K
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
V
 
V
S
 
S
V
 
V
V
 
V
E
|
E
A
 
A
Q
 
R
E
 
E
R
 
R
I
 
I
L
 
L
P
 
P
A
 
T
Y
 
Y
D
 
D
A
 
S
E
 
E
L
 
L
T
 
T
Q
 
A
P
 
P
V
 
V
H
 
A
D
 
E
E
 
S
L
 
L
K
 
K
K
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
I
K
 
A
L
 
L
Y
 
H
L
 
L
K
 
G
H
 
H
S
 
S
V
|
V
Q
 
E
G
 
G
F
 
Y
D
 
E
S
 
-
S
 
-
N
 
N
N
 
G
T
 
C
L
 
L
Q
 
L
V
 
A
L
 
N
A
 
D
P
 
G
N
 
K
G
 
G
E
 
G
T
 
Q
L
 
L
N
 
R
L
 
L
E
 
E
T
 
A
D
 
D
Q
 
R
V
 
V
L
 
L
V
 
V
A
|
A
V
|
V
G
|
G
R
|
R
K
 
R
P
 
P
N
 
R
T
 
T
Q
 
K
G
 
G
W
 
F
N
 
N
L
 
L
E
 
E
A
 
C
L
 
L
N
 
D
L
 
L
D
 
K
M
 
M
N
 
N
G
 
G
S
 
A
S
 
A
I
 
I
K
 
A
I
 
I
D
 
D
N
 
E
R
 
R
C
 
C
Q
 
Q
T
 
T
S
 
S
M
 
M
R
 
H
N
 
N
V
 
V
Y
 
W
A
 
A
I
 
I
G
 
G
D
|
D
L
 
V
S
 
A
G
 
G
E
 
E
P
 
P
M
|
M
L
 
L
A
|
A
H
 
H
R
 
R
A
 
A
M
 
M
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
E
 
E
M
 
M
V
 
V
A
 
A
E
 
E
L
 
I
I
 
I
S
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
A
R
 
R
E
 
R
F
 
F
N
 
E
P
 
P
T
 
A
A
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
A
V
 
V
C
 
C
F
 
F
T
 
T
D
 
D
P
 
P
E
 
E
L
 
V
V
 
V
V
 
V
V
 
V
G
 
G
K
 
K
T
 
T
P
 
P
D
 
E
E
 
Q
A
 
A
K
 
S
A
 
Q
A
 
Q
G
 
G
W
 
L
D
 
D
C
 
C
I
 
I
V
 
V
S
 
A
S
 
Q
F
 
F
P
 
P
F
 
F
A
 
A
A
 
A
N
 
N
G
 
G
R
 
R
A
 
A
M
 
M
T
 
S
L
 
L
E
 
E
S
 
S
K
 
K
S
 
S
G
 
G
F
 
F
V
 
V
R
 
R
V
 
V
V
 
V
A
 
A
R
 
R
R
 
R
D
 
D
N
 
N
H
 
H
V
 
L
I
 
I
V
 
L
G
 
G
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
V
 
V
G
 
G
V
 
V
G
 
A
V
 
V
S
 
S
E
 
E
L
 
L
S
 
S
T
 
T
A
 
A
F
 
F
A
 
A
Q
 
Q
S
 
S
L
 
L
E
 
E
M
 
M
G
 
G
A
 
A
R
 
C
L
 
L
E
 
E
D
 
D
I
 
V
G
 
A
G
 
G
T
 
T
I
 
I
H
 
H
A
 
A
H
 
H
P
 
P
T
 
T
L
 
L
G
 
G
E
 
E
A
 
A
V
 
V
Q
 
Q
E
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
L
G
 
G
H
 
H
A
 
A
L
 
L
H
 
H
L
 
I

6cmzA 2.3 angstrom resolution crystal structure of dihydrolipoamide dehydrogenase from burkholderia cenocepacia in complex with fad and NAD
70% identity, 99% coverage: 5:460/460 of query aligns to 4:462/462 of 6cmzA

query
sites
6cmzA
N
 
H
T
 
T
T
 
T
L
 
L
L
 
L
I
 
V
I
 
I
G
|
G
G
 
G
G
|
G
P
|
P
G
 
G
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
T
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
I
P
 
P
T
 
T
I
 
V
L
 
L
V
 
V
E
|
E
G
x
R
Q
 
D
S
 
R
L
 
L
G
 
G
G
|
G
T
|
T
C
|
C
L
 
L
N
 
N
I
 
I
G
|
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
S
|
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
I
 
I
H
 
H
V
 
V
A
 
A
E
 
D
Q
 
A
F
 
F
H
 
E
Q
 
Q
T
 
A
Q
 
C
H
 
G
H
 
H
S
 
A
Q
 
G
H
 
E
S
 
G
A
 
A
L
 
L
G
 
G
I
 
I
S
 
R
V
 
V
S
 
R
A
 
A
P
 
P
T
 
E
L
 
I
D
 
D
I
 
I
G
 
A
K
 
K
S
 
S
V
 
V
E
 
A
W
 
W
K
 
K
D
 
D
G
 
G
I
 
I
V
 
V
D
 
D
R
 
R
L
 
L
T
 
T
T
 
R
G
 
G
V
 
V
A
 
G
A
 
A
L
 
L
L
 
L
K
 
K
K
 
K
N
 
S
K
 
G
V
 
V
Q
 
R
V
 
V
V
 
L
Q
 
H
G
 
G
W
x
E
A
|
A
K
 
R
V
 
V
V
 
I
D
 
D
G
 
G
K
 
K
T
 
T
V
 
V
E
 
E
V
 
V
G
 
V
D
 
S
T
 
A
-
 
G
-
 
H
-
 
A
-
 
V
R
 
R
I
 
I
Q
 
G
C
 
C
E
 
E
H
 
H
L
 
L
V
 
L
L
 
L
A
 
A
T
|
T
G
|
G
S
 
S
K
 
E
S
 
P
V
 
V
N
 
E
L
|
L
P
|
P
M
 
S
L
 
M
P
 
P
I
 
F
G
 
G
G
 
G
P
 
H
I
 
V
I
 
V
S
 
S
S
 
S
T
 
T
E
 
D
A
 
A
L
 
L
A
 
S
P
 
P
T
 
A
S
 
T
V
 
L
P
 
P
K
 
K
R
 
R
L
 
L
I
 
V
V
 
V
V
|
V
G
|
G
G
 
A
G
 
G
Y
|
Y
I
|
I
G
 
G
L
 
L
E
|
E
L
 
L
G
 
G
I
 
I
A
 
V
Y
 
Y
R
 
R
K
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
V
E
 
D
V
 
V
S
 
S
V
 
V
V
 
V
E
|
E
A
 
A
Q
 
A
E
 
E
R
 
R
I
 
V
L
 
L
P
 
P
A
 
A
Y
 
Y
D
 
D
A
 
A
E
 
E
L
 
L
T
 
V
Q
 
R
P
 
P
V
 
V
H
 
A
D
 
D
E
 
S
L
 
L
K
 
A
K
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
R
L
 
L
Y
 
W
L
 
L
K
 
G
H
 
H
S
 
K
V
 
V
Q
 
L
G
 
G
F
 
L
D
 
D
S
 
K
S
 
-
N
 
H
N
 
G
T
 
A
L
 
V
Q
 
R
V
 
V
L
 
Q
A
 
A
P
 
A
N
 
D
G
 
G
E
 
A
T
 
E
L
 
Q
N
 
T
L
 
L
E
 
P
T
 
A
D
 
D
Q
 
R
V
 
V
L
 
L
V
 
V
A
 
A
V
|
V
G
 
G
R
|
R
K
 
R
P
 
P
N
x
R
T
 
V
Q
 
D
G
 
G
W
x
F
N
 
G
L
 
L
E
 
E
A
 
T
L
 
L
N
 
M
L
 
L
D
 
D
M
 
R
N
 
N
G
 
G
S
x
R
S
 
A
I
 
L
K
 
R
I
 
I
D
 
D
N
 
D
R
 
T
C
 
C
Q
 
R
T
 
T
S
 
S
M
 
M
R
 
R
N
 
N
V
 
V
Y
 
W
A
 
A
I
 
I
G
|
G
D
|
D
L
 
V
S
 
A
G
 
G
E
 
E
P
 
P
M
|
M
L
|
L
A
|
A
H
|
H
R
 
R
A
 
A
M
 
M
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
E
 
E
M
 
M
V
 
V
A
 
A
E
 
E
L
 
L
I
 
I
S
 
A
G
 
G
K
 
R
T
 
R
R
 
R
E
 
Q
F
 
F
N
 
M
P
 
P
T
 
A
A
 
A
I
 
I
A
 
P
A
 
A
V
 
V
C
 
C
F
 
F
T
 
T
D
 
D
P
 
P
E
 
E
L
 
I
V
 
V
V
 
T
V
 
A
G
 
G
K
 
W
T
 
S
P
 
P
D
 
D
E
 
D
A
 
A
K
 
H
A
 
A
A
 
A
G
 
G
W
 
V
D
 
D
C
 
C
I
 
L
V
 
S
S
 
A
S
 
S
F
 
F
P
 
P
F
 
F
A
 
A
A
 
A
N
 
N
G
 
G
R
 
R
A
 
A
M
 
M
T
 
T
L
 
L
E
 
Q
S
 
A
K
 
T
S
 
D
G
 
G
F
 
F
V
 
V
R
 
R
V
 
V
V
 
V
A
 
A
R
 
R
R
 
R
D
 
D
N
 
N
H
 
H
V
 
L
I
 
I
V
 
V
G
 
G
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
V
 
V
G
 
G
V
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
S
E
 
E
L
 
L
S
 
A
T
 
A
A
 
A
F
 
F
A
 
S
Q
 
Q
S
 
S
L
 
L
E
 
E
M
 
M
G
 
G
A
 
A
R
 
R
L
 
L
E
 
E
D
 
D
I
 
I
G
 
G
G
 
G
T
 
T
I
 
I
H
 
H
A
 
A
H
|
H
P
 
P
T
 
T
L
 
L
G
 
G
E
|
E
A
 
A
V
 
L
Q
 
Q
E
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
L
G
 
G
H
 
H
A
 
A
L
 
L
H
 
H
L
 
V

6cmzB 2.3 angstrom resolution crystal structure of dihydrolipoamide dehydrogenase from burkholderia cenocepacia in complex with fad and NAD
70% identity, 98% coverage: 5:457/460 of query aligns to 4:459/459 of 6cmzB

query
sites
6cmzB
N
 
H
T
 
T
T
 
T
L
 
L
L
 
L
I
 
V
I
 
I
G
|
G
G
 
G
G
|
G
P
|
P
G
 
G
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
T
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
I
P
 
P
T
 
T
I
 
V
L
 
L
V
 
V
E
|
E
G
x
R
Q
 
D
S
 
R
L
 
L
G
 
G
G
 
G
T
|
T
C
|
C
L
 
L
N
 
N
I
 
I
G
|
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
S
|
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
I
 
I
H
 
H
V
 
V
A
 
A
E
 
D
Q
 
A
F
 
F
H
 
E
Q
 
Q
T
 
A
Q
 
C
H
 
G
H
 
H
S
 
A
Q
 
G
H
 
E
S
 
G
A
 
A
L
 
L
G
 
G
I
 
I
S
 
R
V
 
V
S
 
R
A
 
A
P
 
P
T
 
E
L
 
I
D
 
D
I
 
I
G
 
A
K
 
K
S
 
S
V
 
V
E
 
A
W
 
W
K
 
K
D
 
D
G
 
G
I
 
I
V
 
V
D
 
D
R
 
R
L
 
L
T
 
T
T
 
R
G
 
G
V
 
V
A
 
G
A
 
A
L
 
L
L
 
L
K
 
K
K
 
K
N
 
S
K
 
G
V
 
V
Q
 
R
V
 
V
V
 
L
Q
 
H
G
 
G
W
x
E
A
|
A
K
 
R
V
 
V
V
 
I
D
 
D
G
 
G
K
 
K
T
 
T
V
 
V
E
 
E
V
 
V
G
 
V
D
 
S
T
 
A
-
 
G
-
 
H
-
 
A
-
 
V
R
 
R
I
 
I
Q
 
G
C
 
C
E
 
E
H
 
H
L
 
L
V
 
L
L
 
L
A
 
A
T
|
T
G
|
G
S
 
S
K
 
E
S
 
P
V
|
V
N
 
E
L
|
L
P
 
P
M
 
S
L
 
M
P
 
P
I
 
F
G
 
G
G
 
G
P
 
H
I
 
V
I
 
V
S
 
S
S
|
S
T
 
T
E
 
D
A
 
A
L
 
L
A
 
S
P
 
P
T
 
A
S
 
T
V
 
L
P
 
P
K
 
K
R
 
R
L
 
L
I
 
V
V
 
V
V
 
V
G
|
G
G
 
A
G
|
G
Y
|
Y
I
|
I
G
 
G
L
 
L
E
|
E
L
 
L
G
 
G
I
 
I
A
 
V
Y
 
Y
R
 
R
K
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
V
E
 
D
V
 
V
S
 
S
V
 
V
V
 
V
E
 
E
A
|
A
Q
 
A
E
 
E
R
 
R
I
 
V
L
 
L
P
 
P
A
 
A
Y
 
Y
D
 
D
A
 
A
E
 
E
L
 
L
T
 
V
Q
 
R
P
 
P
V
 
V
H
 
A
D
 
D
E
 
S
L
 
L
K
 
A
K
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
R
L
 
L
Y
 
W
L
 
L
K
 
G
H
 
H
S
 
K
V
 
V
Q
 
L
G
 
G
F
 
L
D
 
D
S
 
K
S
 
-
N
 
H
N
 
G
T
 
A
L
 
V
Q
 
R
V
 
V
L
 
Q
A
 
A
P
 
A
N
 
D
G
 
G
E
 
A
T
 
E
L
 
Q
N
 
T
L
 
L
E
 
P
T
 
A
D
 
D
Q
 
R
V
 
V
L
 
L
V
 
V
A
 
A
V
|
V
G
|
G
R
|
R
K
 
R
P
 
P
N
 
R
T
 
V
Q
 
D
G
 
G
W
x
F
N
 
G
L
 
L
E
 
E
A
 
T
L
 
L
N
 
M
L
 
L
D
 
D
M
 
R
N
 
N
G
 
G
S
 
R
S
 
A
I
 
L
K
 
R
I
 
I
D
 
D
N
 
D
R
 
T
C
 
C
Q
 
R
T
 
T
S
 
S
M
 
M
R
 
R
N
 
N
V
 
V
Y
 
W
A
 
A
I
 
I
G
|
G
D
|
D
L
 
V
S
 
A
G
 
G
E
 
E
P
 
P
M
|
M
L
|
L
A
|
A
H
|
H
R
 
R
A
 
A
M
 
M
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
E
 
E
M
 
M
V
 
V
A
 
A
E
 
E
L
 
L
I
 
I
S
 
A
G
 
G
K
 
R
T
 
R
R
 
R
E
 
Q
F
 
F
N
 
M
P
 
P
T
 
A
A
 
A
I
 
I
A
 
P
A
 
A
V
 
V
C
 
C
F
 
F
T
 
T
D
 
D
P
 
P
E
 
E
L
 
I
V
 
V
V
 
T
V
 
A
G
 
G
K
 
W
T
 
S
P
 
P
D
 
D
E
 
D
A
 
A
K
 
H
A
 
A
A
 
A
G
 
G
W
 
V
D
 
D
C
 
C
I
 
L
V
 
S
S
 
A
S
 
S
F
 
F
P
 
P
F
 
F
A
 
A
A
 
A
N
 
N
G
 
G
R
 
R
A
 
A
M
 
M
T
 
T
L
 
L
E
 
Q
S
 
A
K
 
T
S
 
D
G
 
G
F
 
F
V
 
V
R
 
R
V
 
V
V
 
V
A
 
A
R
 
R
R
 
R
D
 
D
N
 
N
H
 
H
V
 
L
I
 
I
V
 
V
G
 
G
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
V
 
V
G
 
G
V
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
S
E
 
E
L
 
L
S
 
A
T
 
A
A
 
A
F
 
F
A
 
S
Q
 
Q
S
 
S
L
 
L
E
 
E
M
 
M
G
 
G
A
 
A
R
 
R
L
 
L
E
 
E
D
 
D
I
 
I
G
 
G
G
 
G
T
 
T
I
 
I
H
 
H
A
 
A
H
|
H
P
 
P
T
 
T
L
 
L
G
 
G
E
|
E
A
 
A
V
 
L
Q
 
Q
E
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
L
G
 
G
H
 
H
A
 
A

P11959 Dihydrolipoyl dehydrogenase; Dihydrolipoamide dehydrogenase; E3 component of pyruvate complex; EC 1.8.1.4 from Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus) (see paper)
43% identity, 99% coverage: 4:460/460 of query aligns to 8:467/470 of P11959

query
sites
P11959
L
 
I
N
 
E
T
 
T
T
 
E
L
 
T
L
 
L
I
 
V
I
 
V
G
 
G
G
 
A
G
 
G
P
 
P
G
 
G
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
T
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
A
G
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
Q
P
 
K
T
 
V
I
 
T
L
 
I
V
 
V
E
|
E
G
x
K
Q
x
G
S
x
N
L
|
L
G
|
G
G
|
G
T
x
V
C
|
C
L
 
L
N
 
N
I
 
V
G
 
G
C
 
C
I
 
I
P
 
P
S
 
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
I
 
I
H
 
S
V
 
A
A
 
S
E
 
H
Q
 
R
F
 
Y
H
 
E
Q
 
Q
T
 
A
Q
 
K
H
 
H
H
 
S
S
 
E
Q
 
E
H
 
-
S
 
-
A
 
-
L
 
M
G
 
G
I
 
I
S
 
K
V
 
A
S
 
E
A
 
N
P
 
V
T
 
T
L
 
I
D
 
D
I
 
F
G
 
A
K
 
K
S
 
V
V
 
Q
E
 
E
W
 
W
K
 
K
D
 
A
G
 
S
I
 
V
V
 
V
D
 
K
R
 
K
L
 
L
T
 
T
T
 
G
G
 
G
V
 
V
A
 
E
A
 
G
L
 
L
L
 
L
K
 
K
K
 
G
N
 
N
K
 
K
V
 
V
Q
 
E
V
 
I
V
 
V
Q
 
K
G
 
G
W
 
E
A
 
A
K
 
Y
V
 
F
V
 
V
D
 
D
G
 
A
K
 
N
T
 
T
V
 
V
E
 
R
V
 
V
-
 
V
-
 
N
G
 
G
D
 
D
T
 
S
-
 
A
-
 
Q
R
 
T
I
 
Y
Q
 
T
C
 
F
E
 
K
H
 
N
L
 
A
V
 
I
L
 
I
A
 
A
T
 
T
G
 
G
S
 
S
K
 
R
S
 
P
V
 
I
N
 
E
L
 
L
P
 
P
M
 
N
L
 
F
P
 
K
I
 
F
G
 
S
G
 
N
P
 
R
I
 
I
I
 
L
S
 
D
S
 
S
T
 
T
E
 
G
A
 
A
L
 
L
A
 
N
P
 
L
T
 
G
S
 
E
V
 
V
P
 
P
K
 
K
R
 
S
L
 
L
I
 
V
V
 
V
V
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
Y
 
Y
I
 
I
G
 
G
L
 
I
E
 
E
L
 
L
G
 
G
I
 
T
A
 
A
Y
 
Y
R
 
A
K
 
N
L
 
F
G
 
G
A
 
T
E
 
K
V
 
V
S
 
T
V
 
I
V
 
L
E
 
E
A
 
G
Q
 
A
E
 
G
R
 
E
I
 
I
L
 
L
P
 
S
A
 
G
Y
 
F
D
 
E
A
 
K
E
 
Q
L
 
M
T
 
A
Q
 
A
P
 
I
V
 
I
H
 
K
D
 
K
E
 
R
L
 
L
K
 
K
K
 
K
L
 
K
G
 
G
V
 
V
K
 
E
L
 
V
Y
 
V
L
 
T
K
 
N
H
 
A
S
 
L
V
 
A
Q
 
K
G
 
G
F
 
A
D
 
E
S
 
E
S
 
R
N
 
E
N
 
D
T
 
G
L
 
V
Q
 
T
V
 
V
-
 
T
L
 
Y
A
 
E
P
 
A
N
 
N
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
K
N
 
T
L
 
I
E
 
D
T
 
A
D
 
D
Q
 
Y
V
 
V
L
 
L
V
 
V
A
 
T
V
 
V
G
 
G
R
 
R
K
 
R
P
 
P
N
 
N
T
 
T
Q
 
D
G
 
E
W
 
L
N
 
G
L
 
L
E
 
E
A
 
Q
L
 
I
N
 
G
L
 
I
D
 
K
M
 
M
-
 
T
N
 
N
G
 
R
S
 
G
S
 
L
I
 
I
K
 
E
I
 
V
D
 
D
N
 
Q
R
 
Q
C
 
C
Q
 
R
T
 
T
S
 
S
M
 
V
R
 
P
N
 
N
V
 
I
Y
 
F
A
 
A
I
 
I
G
 
G
D
|
D
L
 
I
S
 
V
G
 
P
E
 
G
P
 
P
M
 
A
L
 
L
A
|
A
H
 
H
R
 
K
A
 
A
M
 
S
A
 
Y
Q
 
E
G
 
G
E
 
K
M
 
V
V
 
A
A
 
A
E
 
E
L
 
A
I
 
I
S
 
A
G
 
G
K
 
H
T
 
P
R
 
S
E
 
A
F
 
V
N
 
D
P
 
Y
T
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
P
A
 
A
V
 
V
C
 
V
F
 
F
T
 
S
D
 
D
P
 
P
E
 
E
L
 
C
V
 
A
V
 
S
V
 
V
G
 
G
K
 
Y
T
 
F
P
 
E
D
 
Q
E
 
Q
A
 
A
K
 
K
A
 
D
A
 
E
G
 
G
W
 
I
D
 
D
C
 
V
I
 
I
V
 
A
S
 
A
S
 
K
F
 
F
P
 
P
F
 
F
A
 
A
A
 
A
N
 
N
G
 
G
R
 
R
A
 
A
M
 
L
T
 
A
L
 
L
E
 
N
S
 
D
K
 
T
S
 
D
G
 
G
F
 
F
V
 
L
R
 
K
V
 
L
V
 
V
A
 
V
R
 
R
R
 
K
D
 
E
N
 
D
H
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
I
G
 
G
W
 
A
Q
 
Q
A
 
I
V
 
I
G
 
G
V
 
P
G
 
N
V
 
A
S
 
S
E
 
D
L
 
M
S
 
I
T
 
A
A
 
E
F
 
L
A
 
G
Q
 
L
S
 
A
L
 
I
E
 
E
M
 
A
G
 
G
A
 
M
R
 
T
L
 
A
E
 
E
D
 
D
I
 
I
G
 
A
G
 
L
T
 
T
I
 
I
H
 
H
A
 
A
H
 
H
P
 
P
T
 
T
L
 
L
G
 
G
E
 
E
A
 
I
V
 
A
Q
 
M
E
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
E
R
 
V
A
 
A
L
 
L
G
 
G
H
 
T
A
 
P
L
 
I
H
 
H
L
 
I

1ebdA Dihydrolipoamide dehydrogenase complexed with the binding domain of the dihydrolipoamide acetylase (see paper)
43% identity, 98% coverage: 4:454/460 of query aligns to 2:455/455 of 1ebdA

query
sites
1ebdA
L
 
I
N
 
E
T
 
T
T
 
E
L
 
T
L
 
L
I
 
V
I
 
V
G
|
G
G
 
A
G
|
G
P
|
P
G
 
G
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
T
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
A
G
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
Q
P
 
K
T
 
V
I
 
T
L
 
I
V
|
V
E
|
E
G
x
K
Q
 
G
S
 
N
L
|
L
G
 
G
G
|
G
T
x
V
C
|
C
L
 
L
N
 
N
I
 
V
G
|
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
S
|
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
I
 
I
H
 
S
V
 
A
A
 
S
E
 
H
Q
 
R
F
 
Y
H
 
E
Q
 
Q
T
 
A
Q
 
K
H
 
H
H
 
S
S
 
E
Q
 
E
H
 
-
S
 
-
A
 
-
L
 
M
G
 
G
I
 
I
S
 
K
V
 
A
S
 
E
A
x
N
P
x
V
T
 
T
L
 
I
D
 
D
I
 
F
G
 
A
K
 
K
S
 
V
V
 
Q
E
 
E
W
 
W
K
 
K
D
 
A
G
 
S
I
 
V
V
 
V
D
 
K
R
 
K
L
 
L
T
 
T
T
 
G
G
 
G
V
 
V
A
 
E
A
 
G
L
 
L
L
 
L
K
 
K
K
 
G
N
 
N
K
 
K
V
 
V
Q
 
E
V
 
I
V
 
V
Q
 
K
G
 
G
W
x
E
A
|
A
K
 
Y
V
 
F
V
 
V
D
 
D
G
 
A
K
 
N
T
 
T
V
 
V
E
 
R
V
 
V
-
 
V
-
 
N
G
 
G
D
 
D
T
 
S
-
 
A
-
 
Q
R
 
T
I
 
Y
Q
 
T
C
 
F
E
 
K
H
 
N
L
 
A
V
 
I
L
 
I
A
 
A
T
|
T
G
|
G
S
 
S
K
 
R
S
 
P
V
 
I
N
 
E
L
 
L
P
 
P
M
 
N
L
 
F
P
 
K
I
 
F
G
 
S
G
 
N
P
 
R
I
 
I
I
 
L
S
 
D
S
 
S
T
 
T
E
 
G
A
 
A
L
 
L
A
 
N
P
 
L
T
 
G
S
 
E
V
 
V
P
 
P
K
 
K
R
 
S
L
 
L
I
 
V
V
 
V
V
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
Y
|
Y
I
|
I
G
 
G
L
 
I
E
|
E
L
 
L
G
 
G
I
 
T
A
 
A
Y
 
Y
R
 
A
K
 
N
L
 
F
G
 
G
A
 
T
E
 
K
V
 
V
S
 
T
V
 
I
V
 
L
E
 
E
A
 
G
Q
 
A
E
 
G
R
 
E
I
 
I
L
 
L
P
 
S
A
 
G
Y
 
F
D
 
E
A
 
K
E
 
Q
L
 
M
T
 
A
Q
 
A
P
 
I
V
 
I
H
 
K
D
 
K
E
 
R
L
 
L
K
 
K
K
 
K
L
 
K
G
 
G
V
 
V
K
 
E
L
 
V
Y
 
V
L
 
T
K
 
N
H
 
A
S
 
L
V
 
A
Q
 
K
G
 
G
F
 
A
D
 
E
S
 
E
S
 
R
N
 
E
N
 
D
T
 
G
L
 
V
Q
 
T
V
 
V
-
 
T
L
 
Y
A
 
E
P
 
A
N
 
N
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
K
N
 
T
L
 
I
E
 
D
T
 
A
D
 
D
Q
 
Y
V
 
V
L
 
L
V
 
V
A
 
T
V
 
V
G
 
G
R
|
R
K
 
R
P
 
P
N
 
N
T
 
T
Q
 
D
G
 
E
W
 
L
N
 
G
L
 
L
E
 
E
A
 
Q
L
 
I
N
 
G
L
 
I
D
 
K
M
 
M
-
 
T
N
 
N
G
 
R
S
 
G
S
 
L
I
 
I
K
 
E
I
 
V
D
 
D
N
 
Q
R
 
Q
C
 
C
Q
 
R
T
 
T
S
 
S
M
 
V
R
 
P
N
 
N
V
 
I
Y
 
F
A
 
A
I
 
I
G
 
G
D
|
D
L
 
I
S
 
V
G
 
P
E
 
G
P
 
P
M
x
A
L
|
L
A
|
A
H
 
H
R
 
K
A
 
A
M
x
S
A
 
Y
Q
 
E
G
 
G
E
 
K
M
 
V
V
 
A
A
 
A
E
 
E
L
 
A
I
 
I
S
 
A
G
 
G
K
 
H
T
 
P
R
 
S
E
 
A
F
 
V
N
 
D
P
 
Y
T
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
P
A
 
A
V
 
V
C
 
V
F
 
F
T
 
S
D
 
D
P
 
P
E
 
E
L
 
C
V
 
A
V
 
S
V
 
V
G
 
G
K
 
Y
T
 
F
P
 
E
D
 
Q
E
 
Q
A
 
A
K
 
K
A
 
D
A
 
E
G
 
G
W
 
I
D
 
D
C
 
V
I
 
I
V
 
A
S
 
A
S
 
K
F
 
F
P
 
P
F
 
F
A
 
A
A
 
A
N
 
N
G
 
G
R
 
R
A
 
A
M
 
L
T
 
A
L
 
L
E
 
N
S
 
D
K
 
T
S
 
D
G
 
G
F
 
F
V
 
L
R
 
K
V
 
L
V
 
V
A
 
V
R
 
R
R
 
K
D
 
E
N
 
D
H
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
I
G
 
G
W
 
A
Q
 
Q
A
 
I
V
 
I
G
 
G
V
 
P
G
 
N
V
 
A
S
 
S
E
 
D
L
 
M
S
 
I
T
 
A
A
 
E
F
 
L
A
 
G
Q
 
L
S
 
A
L
 
I
E
 
E
M
 
A
G
 
G
A
 
M
R
 
T
L
 
A
E
 
E
D
 
D
I
 
I
G
 
A
G
 
L
T
 
T
I
 
I
H
|
H
A
 
A
H
|
H
P
 
P
T
 
T
L
 
L
G
 
G
E
|
E
A
 
I
V
 
A
Q
 
M
E
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
E
R
 
V
A
 
A
L
 
L

3urhB Crystal structure of a dihydrolipoamide dehydrogenase from sinorhizobium meliloti 1021
42% identity, 98% coverage: 8:459/460 of query aligns to 3:465/465 of 3urhB

query
sites
3urhB
L
 
L
L
 
I
I
 
V
I
|
I
G
|
G
G
 
S
G
|
G
P
|
P
G
|
G
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
T
 
C
A
 
A
I
 
I
R
 
K
A
 
A
G
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
M
P
 
K
T
 
V
I
 
A
L
 
V
V
 
V
E
|
E
G
x
K
Q
 
R
S
 
S
-
 
T
L
x
Y
G
 
G
G
|
G
T
|
T
C
|
C
L
 
L
N
 
N
I
 
V
G
|
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
S
|
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
I
 
L
H
 
H
V
 
A
A
 
S
E
 
E
Q
 
M
F
 
F
H
 
H
Q
 
Q
T
 
A
Q
 
Q
H
 
H
H
 
G
S
 
L
Q
 
E
H
 
-
S
 
-
A
 
A
L
 
L
G
 
G
I
 
V
S
 
E
V
 
V
S
 
A
A
 
N
P
 
P
T
 
K
L
 
L
D
 
N
I
 
L
G
 
Q
K
 
K
S
 
M
V
 
M
E
 
A
W
 
H
K
 
K
D
 
D
G
 
A
I
 
T
V
 
V
D
 
K
R
 
S
L
 
N
T
 
V
T
 
D
G
 
G
V
 
V
A
 
S
A
 
F
L
 
L
L
 
F
K
 
K
K
 
K
N
 
N
K
 
K
V
 
I
Q
 
D
V
 
G
V
 
F
Q
 
Q
G
 
G
W
x
T
A
x
G
K
 
K
V
 
V
V
 
L
D
 
G
G
 
Q
K
 
G
T
 
K
V
 
V
E
 
S
V
 
V
G
 
T
D
 
N
T
 
E
R
 
K
-
 
G
-
 
E
-
 
E
-
 
Q
-
 
V
I
 
L
Q
 
E
C
 
A
E
 
K
H
 
N
L
 
V
V
 
V
L
 
I
A
|
A
T
|
T
G
|
G
S
 
S
K
 
D
S
 
V
V
 
A
N
 
G
L
 
I
P
 
P
M
 
G
L
 
V
P
 
E
I
 
V
G
 
A
-
 
F
-
 
D
-
 
E
G
 
K
P
 
T
I
 
I
I
 
V
S
 
S
S
 
S
T
 
T
E
 
G
A
 
A
L
 
L
A
 
A
P
 
L
T
 
E
S
 
K
V
 
V
P
 
P
K
 
A
R
 
S
L
 
M
I
 
I
V
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
Y
x
V
I
|
I
G
 
G
L
 
L
E
|
E
L
 
L
G
 
G
I
 
S
A
 
V
Y
 
W
R
 
A
K
 
R
L
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
K
V
 
V
S
 
T
V
 
V
V
 
V
E
 
E
A
 
F
Q
 
L
E
 
D
R
 
T
I
 
I
L
 
L
P
 
G
A
 
G
Y
 
M
D
 
D
A
 
G
E
 
E
L
 
V
T
 
A
Q
 
K
P
 
Q
V
 
L
H
 
Q
D
 
R
E
 
M
L
 
L
K
 
T
K
 
K
L
 
Q
G
 
G
V
 
I
K
 
D
L
 
F
Y
 
K
L
 
L
K
 
G
H
 
A
S
 
K
V
 
V
Q
 
T
G
 
G
F
 
A
D
 
V
S
 
K
S
 
S
N
 
G
N
 
D
T
 
G
L
 
A
Q
 
K
V
 
V
L
 
T
-
 
F
-
 
E
-
 
P
A
 
V
P
 
K
N
 
G
G
 
G
E
 
E
T
 
A
L
 
T
N
 
T
L
 
L
E
 
D
T
 
A
D
 
E
Q
 
V
V
 
V
L
 
L
V
 
I
A
 
A
V
 
T
G
 
G
R
|
R
K
 
K
P
 
P
N
 
S
T
 
T
Q
 
D
G
 
G
W
 
L
N
 
G
L
 
L
E
 
A
-
 
K
-
 
A
A
 
G
L
 
V
N
 
V
L
 
L
D
 
D
M
 
S
N
 
R
G
 
G
S
 
R
S
 
-
I
 
V
K
 
E
I
 
I
D
 
D
N
 
R
R
 
H
C
 
F
Q
 
Q
T
 
T
S
 
S
M
 
I
R
 
A
N
 
G
V
 
V
Y
 
Y
A
 
A
I
 
I
G
|
G
D
|
D
L
 
V
S
 
V
G
 
R
E
 
G
P
 
P
M
|
M
L
|
L
A
|
A
H
|
H
R
 
K
A
 
A
M
 
E
A
 
D
Q
 
E
G
 
G
E
 
V
M
 
A
V
 
V
A
 
A
E
 
E
L
 
I
I
 
I
S
 
A
G
 
G
K
 
Q
T
 
A
R
 
G
E
 
H
F
 
V
N
 
N
P
 
Y
T
 
D
A
 
V
I
 
I
A
 
P
A
 
G
V
 
V
C
 
V
F
 
Y
T
 
T
D
 
Q
P
 
P
E
 
E
L
 
V
V
 
A
V
 
S
V
 
V
G
 
G
K
 
K
T
 
T
P
 
E
D
 
E
E
 
E
A
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
A
G
 
G
W
 
V
D
 
A
C
 
Y
I
 
K
V
 
I
S
 
G
S
 
K
F
 
F
P
 
P
F
 
F
A
 
T
A
 
A
N
 
N
G
 
G
R
 
R
A
 
A
M
 
R
T
 
A
L
 
M
E
 
L
S
 
Q
K
 
T
S
 
D
G
 
G
F
 
F
V
 
V
R
 
K
V
 
I
V
 
L
A
 
A
R
 
D
R
 
K
D
 
E
N
 
T
H
 
D
V
 
R
I
 
V
V
 
L
G
 
G
W
 
G
Q
 
H
A
 
I
V
 
I
G
 
G
V
 
F
G
 
G
V
 
A
S
 
G
E
 
E
L
 
M
S
 
I
T
 
H
A
 
E
F
 
I
A
 
A
Q
 
V
S
 
L
L
 
M
E
 
E
M
 
F
G
 
G
A
 
G
R
 
S
L
 
S
E
 
E
D
 
D
I
 
L
G
 
G
G
 
R
T
 
T
I
 
C
H
|
H
A
 
A
H
|
H
P
 
P
T
 
T
L
 
M
G
 
S
E
|
E
A
 
A
V
 
V
Q
 
K
E
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
S
A
 
T
L
 
F
G
 
F
H
 
K
A
 
P
L
 
I
H
 
H

2eq6A Crystal structure of lipoamide dehydrogenase from thermus thermophilus hb8
43% identity, 100% coverage: 1:460/460 of query aligns to 1:458/460 of 2eq6A

query
sites
2eq6A
M
 
M
Q
 
K
T
 
T
L
 
Y
N
 
D
T
 
-
T
 
-
L
 
L
L
 
I
I
 
V
I
|
I
G
|
G
G
 
T
G
|
G
P
|
P
G
|
G
G
 
G
Y
 
Y
V
 
H
T
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
A
G
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
L
P
 
K
T
 
V
I
 
L
L
 
A
V
 
V
E
|
E
G
x
A
Q
 
G
S
 
E
L
x
V
G
 
G
G
|
G
T
x
V
C
|
C
L
 
L
N
 
N
I
 
V
G
|
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
S
x
T
K
|
K
A
 
A
L
 
L
I
 
L
H
 
H
V
 
A
A
 
A
E
 
E
Q
 
T
F
 
L
H
 
H
Q
 
-
T
 
-
Q
 
-
H
 
H
H
 
L
S
 
K
Q
 
V
H
 
A
S
 
E
A
 
G
L
 
F
G
 
G
I
 
L
S
 
K
V
 
-
S
 
A
A
 
K
P
 
P
T
 
E
L
 
L
D
 
D
I
 
L
G
 
K
K
 
K
S
 
L
V
 
G
E
 
G
W
 
W
K
 
R
D
 
D
G
 
Q
I
 
V
V
 
V
D
 
K
R
 
K
L
 
L
T
 
T
T
 
G
G
 
G
V
 
V
A
 
G
A
 
T
L
 
L
L
 
L
K
 
K
K
 
G
N
 
N
K
 
G
V
 
V
Q
 
E
V
 
L
V
 
L
Q
 
R
G
 
G
W
x
F
A
|
A
K
 
R
V
 
L
V
 
V
D
 
G
G
 
P
K
 
K
T
 
E
V
 
V
E
 
E
V
 
V
G
 
G
D
 
G
T
 
E
R
 
R
I
 
Y
Q
 
G
C
 
A
E
 
K
H
 
S
L
 
L
V
 
I
L
 
L
A
|
A
T
|
T
G
|
G
S
 
S
K
 
E
S
 
P
V
 
L
N
 
E
L
 
L
P
 
K
M
 
G
L
 
F
P
 
P
I
 
F
G
 
G
G
 
E
P
 
D
I
 
V
I
 
W
S
 
D
S
|
S
T
 
T
E
 
R
A
 
A
L
 
L
-
 
K
A
 
V
P
 
E
T
 
E
S
 
G
V
 
L
P
 
P
K
 
K
R
 
R
L
 
L
I
 
L
V
 
V
V
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
Y
x
A
I
 
V
G
 
G
L
 
L
E
|
E
L
 
L
G
 
G
I
 
Q
A
 
V
Y
 
Y
R
 
R
K
 
R
L
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
E
V
 
V
S
 
T
V
 
L
V
 
I
E
 
E
A
 
Y
Q
 
M
E
 
P
R
 
E
I
 
I
L
 
L
P
 
P
A
 
Q
Y
 
G
D
 
D
A
 
P
E
 
E
L
 
T
T
 
A
Q
 
A
P
 
L
V
 
L
H
 
R
D
 
R
E
 
A
L
 
L
K
 
E
K
 
K
L
 
E
G
 
G
V
 
I
K
 
R
L
 
V
Y
 
R
L
 
T
K
 
K
H
 
T
S
 
K
V
 
A
Q
 
V
G
 
G
F
 
Y
D
 
E
S
 
K
S
 
K
N
 
K
N
 
D
T
 
G
L
 
L
Q
 
H
V
 
V
L
 
R
-
 
L
-
 
E
-
 
P
A
 
A
P
 
E
N
 
G
G
 
G
E
 
E
T
 
G
L
 
E
N
 
E
L
 
V
E
 
V
T
 
V
D
 
D
Q
 
K
V
 
V
L
 
L
V
 
V
A
 
A
V
 
V
G
 
G
R
 
R
K
 
K
P
 
P
N
x
R
T
 
T
Q
 
E
G
 
G
W
 
L
N
 
G
L
 
L
E
 
E
-
 
K
-
 
A
A
 
G
L
 
V
N
 
K
L
 
V
D
 
D
M
 
E
N
 
R
G
 
G
S
 
F
S
 
-
I
 
I
K
 
R
I
 
V
D
 
N
N
 
A
R
 
R
C
 
M
Q
 
E
T
 
T
S
 
S
M
 
V
R
 
P
N
 
G
V
 
V
Y
 
Y
A
 
A
I
 
I
G
 
G
D
|
D
L
 
A
S
 
A
G
 
R
E
 
P
P
 
P
M
x
L
L
|
L
A
|
A
H
|
H
R
 
K
A
 
A
M
 
M
A
 
R
Q
 
E
G
 
G
E
 
L
M
 
I
V
 
A
A
 
A
E
 
E
L
 
N
I
 
A
S
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
D
R
 
S
E
 
A
F
 
F
N
 
D
P
 
-
T
 
Y
A
 
Q
I
 
V
A
 
P
A
 
S
V
 
V
C
 
V
F
x
Y
T
 
T
D
 
S
P
 
P
E
 
E
L
 
W
V
 
A
V
 
G
V
 
V
G
 
G
K
 
L
T
 
T
P
 
E
D
 
E
E
 
E
A
 
A
K
 
K
A
 
R
A
 
A
G
 
G
W
 
Y
D
 
K
C
 
V
I
 
K
V
 
V
S
 
G
S
 
K
F
 
F
P
 
P
F
 
L
A
 
A
A
 
A
N
 
S
G
 
G
R
 
R
A
 
A
M
 
L
T
 
T
L
 
L
E
 
G
S
 
G
K
 
A
S
 
E
G
 
G
F
 
M
V
 
V
R
 
K
V
 
V
V
 
V
A
 
G
R
 
D
R
 
E
D
 
E
N
 
T
H
 
D
V
 
L
I
 
L
V
 
L
G
 
G
W
 
V
Q
 
F
A
 
I
V
 
V
G
 
G
V
 
P
G
 
Q
V
 
A
S
 
G
E
 
E
L
 
L
S
 
I
T
 
A
A
 
E
F
 
A
A
 
A
Q
 
L
S
 
A
L
 
L
E
 
E
M
 
M
G
 
G
A
 
A
R
 
T
L
 
L
E
 
T
D
 
D
I
 
L
G
 
A
G
 
L
T
 
T
I
 
V
H
|
H
A
 
P
H
|
H
P
 
P
T
 
T
L
 
L
G
 
S
E
|
E
A
 
S
V
 
L
Q
 
M
E
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
E
R
 
A
A
 
F
L
 
H
G
 
K
H
 
Q
A
 
A
L
 
I
H
 
H
L
 
I

Sites not aligning to the query:

6uziC Crystal structure of dihydrolipoyl dehydrogenase from elizabethkingia anophelis nuhp1
40% identity, 98% coverage: 10:460/460 of query aligns to 11:470/470 of 6uziC

query
sites
6uziC
I
 
V
I
|
I
G
|
G
G
 
S
G
|
G
P
|
P
G
|
G
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
T
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
C
G
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
F
P
 
K
T
 
T
I
 
V
L
 
I
V
 
I
E
|
E
G
x
K
Q
 
Y
S
 
S
-
 
T
L
 
L
G
 
G
G
|
G
T
|
T
C
|
C
L
 
L
N
 
N
I
 
V
G
|
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
S
|
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
I
 
L
H
 
D
V
 
S
A
 
S
E
 
E
Q
 
H
F
 
F
H
 
E
Q
 
N
T
 
A
Q
 
K
H
 
H
H
 
-
S
 
-
Q
 
T
H
 
F
S
 
A
A
 
T
L
 
H
G
 
G
I
 
I
S
 
L
V
 
I
S
 
D
A
 
E
P
 
P
T
 
K
L
 
V
D
 
D
I
 
I
G
 
A
K
 
Q
S
 
M
V
 
I
E
 
S
W
 
R
K
 
K
D
 
N
G
 
D
I
 
V
V
 
V
D
 
D
R
 
Q
L
 
T
T
 
T
T
 
K
G
 
G
V
 
I
A
 
N
A
 
F
L
 
L
L
 
M
K
 
D
K
 
K
N
 
N
K
 
K
V
 
I
Q
 
T
V
 
V
V
 
L
Q
 
Q
G
 
G
W
x
V
A
x
G
K
 
S
V
 
F
V
 
E
D
 
S
G
 
A
K
 
T
T
 
Q
V
 
I
E
 
K
V
 
V
G
 
T
D
 
K
T
 
A
R
 
D
-
 
G
-
 
S
-
 
S
-
 
E
-
 
V
I
 
I
Q
 
E
C
 
A
E
 
K
H
 
N
L
 
T
V
 
I
L
 
I
A
 
A
T
|
T
G
|
G
S
 
S
K
 
K
S
 
P
V
 
S
N
 
S
L
 
L
P
 
P
M
 
F
L
 
I
P
 
T
I
 
L
G
 
D
G
 
K
P
 
E
-
 
R
I
 
V
I
 
I
S
 
T
S
 
S
T
 
T
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
N
P
 
L
T
 
K
S
 
E
V
 
V
P
 
P
K
 
K
R
 
H
L
 
L
I
 
I
V
 
V
V
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
Y
x
V
I
|
I
G
 
G
L
 
L
E
|
E
L
 
L
G
 
G
I
 
S
A
 
V
Y
 
Y
R
 
L
K
 
R
L
 
L
G
 
G
A
 
S
E
 
D
V
 
V
S
 
T
V
 
V
V
 
V
E
 
E
A
 
Y
Q
 
L
E
 
D
R
 
K
I
 
I
L
 
I
P
 
P
A
 
G
Y
 
M
D
 
D
A
 
G
E
 
T
L
 
L
T
 
S
Q
 
K
P
 
E
V
 
L
H
 
Q
D
 
K
E
 
T
L
 
L
K
 
K
K
 
K
L
 
Q
G
 
G
V
 
M
K
 
K
L
 
F
Y
 
M
L
 
L
K
 
S
H
 
T
S
 
A
V
 
V
Q
 
S
G
 
G
F
 
V
D
 
E
S
 
R
S
 
N
N
 
G
N
 
D
T
 
T
L
 
V
Q
 
K
V
 
V
L
 
T
A
 
A
P
 
K
N
 
D
-
 
K
-
 
K
G
 
G
E
 
E
T
 
D
L
 
V
N
 
V
L
 
V
E
 
E
T
 
G
D
 
D
Q
 
Y
V
 
C
L
 
L
V
 
V
A
 
S
V
 
V
G
 
G
R
|
R
K
 
R
P
 
P
N
 
Y
T
 
T
Q
 
D
G
 
G
W
 
L
N
 
G
L
 
L
E
 
E
-
 
K
-
 
A
A
 
G
L
 
V
N
 
E
L
 
L
D
 
D
M
 
E
N
 
R
G
 
G
S
 
R
S
 
-
I
 
V
K
 
K
I
 
T
D
 
N
N
 
D
R
 
H
C
 
L
Q
 
Q
T
 
T
S
 
N
M
 
V
R
 
P
N
 
N
V
 
I
Y
 
Y
A
 
A
I
 
I
G
 
G
D
|
D
L
 
V
S
 
V
G
 
K
E
 
G
P
 
A
M
|
M
L
|
L
A
|
A
H
 
H
R
 
K
A
 
A
M
 
E
A
 
E
Q
 
E
G
 
G
E
 
V
M
 
F
V
 
V
A
 
A
E
 
E
L
 
T
I
 
L
S
 
A
G
 
G
K
 
E
T
 
K
R
 
P
E
 
H
F
 
V
N
 
N
P
 
Y
T
 
N
A
 
L
I
 
I
A
 
P
A
 
G
V
 
V
C
 
V
F
 
Y
T
 
T
D
 
W
P
 
P
E
 
E
L
 
V
V
 
A
V
 
G
V
 
V
G
 
G
K
 
K
T
 
T
P
 
E
D
 
E
E
 
Q
A
 
L
K
 
K
A
 
E
A
 
A
G
 
G
W
 
V
D
 
A
C
 
Y
I
 
K
V
 
T
S
 
G
S
 
S
F
 
F
P
 
P
F
 
M
A
 
R
A
 
A
N
 
L
G
 
G
R
 
R
A
 
S
M
 
R
T
 
A
L
 
S
E
 
M
S
 
D
K
 
T
S
 
D
G
 
G
F
 
V
V
 
I
R
 
K
V
 
I
V
 
L
A
 
A
R
 
D
R
 
E
D
 
K
N
 
T
H
 
D
V
 
E
I
 
I
V
 
L
G
 
G
W
 
V
Q
 
H
A
 
M
V
 
I
G
 
G
V
 
A
G
 
R
V
 
A
S
 
A
E
 
D
L
 
M
S
 
I
T
 
A
A
 
E
F
 
A
A
 
V
Q
 
V
S
 
A
L
 
M
E
 
E
M
 
F
G
 
R
A
 
A
R
 
S
L
 
A
E
 
E
D
 
D
I
 
I
G
 
A
G
 
R
T
 
I
I
 
S
H
 
H
A
 
A
H
|
H
P
 
P
T
 
T
L
 
Y
G
 
T
E
|
E
A
 
A
V
 
I
Q
 
K
E
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
D
A
 
A
L
 
T
G
 
G
-
 
K
H
 
R
A
 
A
L
 
I
H
 
H
L
 
M

3ladA Refined crystal structure of lipoamide dehydrogenase from azotobacter vinelandii at 2.2 angstroms resolution. A comparison with the structure of glutathione reductase (see paper)
41% identity, 98% coverage: 8:460/460 of query aligns to 6:471/472 of 3ladA

query
sites
3ladA
L
 
V
L
 
I
I
 
V
I
|
I
G
|
G
G
 
A
G
|
G
P
|
P
G
 
G
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
T
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
K
A
 
S
G
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
I