SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing PfGW456L13_3817 FitnessBrowser__pseudo13_GW456_L13:PfGW456L13_3817 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1krhA X-ray structure of benzoate dioxygenase reductase (see paper)
56% identity, 99% coverage: 2:335/337 of query aligns to 2:337/337 of 1krhA

query
sites
1krhA
T
 
N
H
 
H
S
 
Q
I
 
V
A
 
A
F
 
L
N
 
Q
F
 
F
E
 
E
D
 
D
G
 
G
V
 
V
T
 
T
R
 
R
F
 
F
I
 
I
D
 
C
A
 
I
N
 
A
V
 
Q
G
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
L
A
 
S
D
 
D
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
Q
G
 
Q
I
 
I
N
 
N
I
 
I
P
 
P
L
x
M
D
|
D
C
|
C
R
|
R
D
 
E
G
|
G
A
x
E
C
|
C
G
|
G
T
 
T
C
|
C
K
 
R
C
 
A
F
 
F
A
 
C
E
 
E
A
 
S
G
 
G
T
 
N
Y
 
Y
D
 
D
L
 
M
G
 
P
E
 
E
E
 
D
-
 
N
Y
 
Y
I
 
I
E
 
E
D
 
D
A
 
A
L
 
L
S
 
T
P
 
P
E
 
E
E
 
E
A
 
A
E
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
F
 
Y
V
 
V
L
 
L
T
 
A
C
|
C
Q
 
Q
M
 
C
R
 
R
A
 
P
Q
 
T
S
 
S
D
 
D
C
 
A
V
 
V
V
 
F
R
 
Q
V
 
I
P
 
Q
T
 
A
S
 
S
S
 
S
E
 
E
V
 
V
C
 
C
R
 
K
T
 
T
R
 
K
Q
 
I
A
 
H
S
 
H
Y
 
F
D
 
E
A
 
G
T
 
T
I
 
L
S
 
A
A
 
R
V
 
V
R
 
E
Q
 
N
L
 
L
S
 
S
D
 
D
S
 
S
T
 
T
I
 
I
A
 
T
L
 
F
S
 
D
I
 
I
K
 
Q
-
 
L
G
 
D
E
 
D
S
 
G
L
 
Q
S
 
P
K
 
D
L
 
I
A
 
H
F
 
F
L
 
L
P
 
A
G
 
G
Q
 
Q
Y
|
Y
V
 
V
N
 
N
L
 
V
G
 
T
I
 
L
P
 
P
G
 
G
S
 
T
E
 
T
Q
 
E
T
 
T
R
|
R
A
x
S
Y
|
Y
S
|
S
F
 
F
S
 
S
S
 
S
L
 
Q
Q
 
P
R
 
G
D
 
N
G
 
R
E
 
L
V
 
T
S
 
G
F
 
F
L
x
V
I
x
V
R
|
R
N
 
N
V
|
V
P
 
P
G
 
Q
G
|
G
L
x
K
M
|
M
S
|
S
S
 
E
F
 
Y
L
 
L
T
 
S
G
 
V
M
 
Q
A
 
A
K
 
K
A
 
A
G
 
G
D
 
D
C
 
K
M
 
M
S
 
S
L
 
F
A
 
T
G
 
G
P
 
P
L
 
F
G
 
G
S
 
S
F
 
F
Y
 
Y
L
 
L
R
 
R
D
 
D
I
 
V
R
 
K
R
 
R
P
 
P
L
 
V
L
 
L
L
 
M
L
 
L
A
 
A
G
 
G
G
 
G
T
|
T
G
 
G
L
 
I
A
 
A
P
 
P
F
 
F
T
 
L
A
 
S
M
 
M
L
 
L
E
 
Q
K
 
V
I
 
L
A
 
E
E
 
Q
Q
 
K
G
 
G
S
 
S
D
 
E
H
 
H
P
 
P
L
 
V
H
 
R
L
 
L
I
 
V
Y
 
F
G
 
G
V
 
V
T
 
T
H
 
Q
D
 
D
F
 
C
D
 
D
L
 
L
V
 
V
E
 
A
L
 
L
D
 
E
R
 
Q
L
 
L
E
 
D
A
 
A
F
 
L
A
 
Q
A
 
Q
R
 
K
I
 
L
P
 
P
N
 
W
F
 
F
T
 
E
F
 
Y
S
 
R
A
 
T
C
 
V
V
 
V
A
 
A
S
 
H
P
 
A
E
 
E
S
 
S
Q
 
Q
H
 
H
P
 
E
L
 
R
K
 
K
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
T
 
T
Q
 
G
H
 
H
I
 
I
E
 
E
P
 
Y
R
 
D
H
 
W
L
 
L
N
 
N
D
 
G
G
 
G
D
 
E
V
 
V
D
 
D
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
C
|
C
G
 
G
P
 
P
P
 
V
P
 
P
M
 
M
V
 
V
E
 
E
A
 
A
V
 
V
S
 
R
R
 
S
Y
 
W
I
 
L
G
 
D
E
 
T
Q
 
Q
G
 
G
I
 
I
K
 
Q
P
 
P
A
 
A
N
 
N
F
 
F
Y
 
L
Y
 
F
E
|
E
K
|
K
F
|
F
A
x
S
A
|
A
S
x
N

P0DPQ8 Aromatic O-demethylase, reductase subunit; NADH--hemoprotein reductase; EC 1.6.2.- from Amycolatopsis sp. (strain ATCC 39116 / 75iv2) (see paper)
32% identity, 96% coverage: 15:336/337 of query aligns to 10:334/334 of P0DPQ8

query
sites
P0DPQ8
R
 
R
F
 
R
I
 
V
D
 
D
A
 
C
N
 
E
V
 
P
G
 
G
E
 
Q
T
 
T
V
 
L
A
 
L
D
 
E
A
 
A
A
 
F
Y
 
L
R
 
R
Q
 
G
G
 
G
I
 
V
N
 
W
I
 
M
P
 
P
L
 
N
D
 
S
C
|
C
R
 
N
D
 
Q
G
 
G
A
 
T
C
|
C
G
 
G
T
 
T
C
|
C
K
 
K
C
 
L
F
 
Q
A
 
V
E
 
L
A
 
S
G
 
G
T
 
E
Y
 
V
D
 
D
L
 
H
G
 
G
E
 
G
E
 
A
Y
 
-
I
 
P
E
 
E
D
 
D
A
 
T
L
 
L
S
 
S
P
 
A
E
 
E
E
 
E
A
 
R
E
 
A
Q
 
S
G
 
G
F
 
L
V
 
A
L
 
L
T
 
A
C
|
C
Q
 
Q
M
 
A
R
 
R
A
 
P
Q
 
L
S
 
A
D
 
D
C
 
T
V
 
E
V
 
V
R
 
R
V
 
-
P
 
-
T
 
S
S
 
T
S
 
A
E
 
D
V
 
A
C
 
G
R
 
R
T
 
V
R
 
T
Q
 
H
A
 
P
S
 
L
Y
 
R
D
 
D
-
 
L
-
 
T
A
 
A
T
 
T
I
 
V
S
 
L
A
 
E
V
 
V
R
 
A
Q
 
D
L
 
I
S
 
A
D
 
R
S
 
D
T
 
T
-
 
R
-
 
R
I
 
V
A
 
L
L
 
L
S
 
G
I
 
L
K
 
A
G
 
-
E
 
-
S
 
-
L
 
-
S
 
E
K
 
P
L
 
L
A
 
A
F
 
F
L
 
E
P
 
A
G
 
G
Q
 
Q
Y
 
Y
V
 
V
N
 
E
L
 
L
G
 
V
I
 
V
P
 
P
G
 
G
S
 
S
E
 
G
Q
 
A
T
 
R
R
|
R
A
x
Q
Y
|
Y
S
|
S
F
 
L
S
 
A
S
 
N
L
 
T
Q
 
A
R
 
D
D
 
E
G
 
D
E
 
K
V
 
V
S
 
L
F
 
E
L
 
L
-
x
H
I
x
V
R
|
R
N
 
R
V
 
V
P
 
P
G
 
G
G
 
G
L
x
V
M
x
A
S
x
T
S
 
D
-
 
G
-
 
W
F
 
L
L
 
F
T
 
D
G
 
G
M
 
L
A
 
A
K
 
-
A
 
A
G
 
G
D
 
D
C
 
R
M
 
V
S
 
E
L
 
A
A
 
T
G
 
G
P
 
P
L
 
L
G
 
G
S
 
D
F
 
F
Y
 
H
L
 
L
-
 
P
-
 
P
-
 
P
-
 
D
R
 
E
D
 
D
I
 
D
R
 
G
R
 
G
P
 
P
L
 
M
L
 
V
L
 
L
L
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
T
|
T
G
 
G
L
 
L
A
 
A
P
 
P
F
 
L
T
 
V
A
 
G
M
 
I
L
 
A
E
 
R
K
 
T
I
 
A
A
 
L
E
 
A
Q
 
R
G
 
H
S
 
P
D
 
S
H
 
R
P
 
E
L
 
V
H
 
L
L
 
L
I
 
Y
Y
 
H
G
 
G
V
 
V
T
 
R
H
 
G
D
 
A
F
 
A
D
 
D
L
 
L
V
 
Y
E
 
D
L
 
L
D
 
G
R
 
R
L
 
F
E
 
A
A
 
E
F
 
I
A
 
A
A
 
E
R
 
E
I
 
H
P
 
P
N
 
G
F
 
F
T
 
R
F
 
F
S
 
V
A
 
P
C
 
V
V
 
L
A
 
S
S
 
D
P
 
E
E
 
P
S
 
D
Q
 
P
H
 
A
P
 
Y
L
 
R
K
 
G
G
 
G
Y
 
F
V
 
P
T
 
T
Q
 
D
H
 
A
I
 
F
E
 
V
P
 
E
R
 
D
H
 
V
L
 
P
N
 
S
D
 
G
G
 
R
D
 
G
V
 
W
D
 
S
V
 
G
Y
 
W
L
 
L
C
 
C
G
 
G
P
 
P
P
 
P
P
 
A
M
 
M
V
 
V
E
 
E
A
 
A
V
 
G
S
 
V
R
 
K
Y
 
A
I
 
F
G
 
K
E
 
R
Q
 
R
G
 
R
I
 
M
K
 
S
P
 
P
A
 
R
N
 
R
F
 
I
Y
 
H
Y
 
R
E
 
E
K
 
K
F
|
F
A
 
T
A
 
P
S
 
A
A
x
S

5ogxA Crystal structure of amycolatopsis cytochrome p450 reductase gcob. (see paper)
32% identity, 96% coverage: 15:336/337 of query aligns to 9:333/333 of 5ogxA

query
sites
5ogxA
R
 
R
F
 
R
I
 
V
D
 
D
A
 
C
N
 
E
V
 
P
G
 
G
E
 
Q
T
 
T
V
 
L
A
 
L
D
 
E
A
 
A
A
 
F
Y
 
L
R
 
R
Q
 
G
G
 
G
I
 
V
N
 
W
I
 
M
P
 
P
L
x
N
D
x
S
C
|
C
R
x
N
D
 
Q
G
|
G
A
 
T
C
|
C
G
|
G
T
 
T
C
|
C
K
 
K
C
 
L
F
 
Q
A
 
V
E
 
L
A
 
S
G
 
G
T
 
E
Y
 
V
D
 
D
L
 
H
G
 
G
E
 
G
E
 
A
Y
 
-
I
 
P
E
 
E
D
 
D
A
 
T
L
 
L
S
 
S
P
 
A
E
 
E
E
 
E
A
 
R
E
 
A
Q
 
S
G
 
G
F
 
L
V
 
A
L
 
L
T
 
A
C
|
C
Q
 
Q
M
 
A
R
 
R
A
 
P
Q
 
L
S
 
A
D
 
D
C
 
T
V
 
E
V
 
V
R
 
R
V
 
-
P
 
-
T
 
S
S
 
T
S
 
A
E
 
D
V
 
A
C
 
G
R
 
R
T
 
V
R
 
T
Q
 
H
A
 
P
S
 
L
Y
 
R
D
 
D
-
 
L
-
 
T
A
 
A
T
 
T
I
 
V
S
 
L
A
 
E
V
 
V
R
 
A
Q
 
D
L
 
I
S
 
A
D
 
R
S
 
D
T
 
T
-
 
R
-
 
R
I
 
V
A
 
L
L
 
L
S
 
G
I
 
L
K
 
A
G
 
-
E
 
-
S
 
-
L
 
-
S
 
E
K
 
P
L
 
L
A
 
A
F
 
F
L
 
E
P
 
A
G
 
G
Q
 
Q
Y
|
Y
V
 
V
N
 
E
L
 
L
G
 
V
I
 
V
P
 
P
G
 
G
S
 
S
E
 
G
Q
 
A
T
 
R
R
|
R
A
x
Q
Y
|
Y
S
|
S
F
 
L
S
 
A
S
 
N
L
 
T
Q
 
A
R
 
D
D
 
E
G
 
D
E
 
K
V
 
V
S
 
L
F
 
E
L
 
L
-
x
H
I
x
V
R
|
R
N
 
R
V
|
V
P
 
P
G
 
G
G
|
G
L
x
V
M
x
A
S
x
T
S
 
D
-
 
G
-
 
W
F
 
L
L
 
F
T
 
D
G
 
G
M
 
L
A
 
A
K
 
-
A
 
A
G
 
G
D
 
D
C
 
R
M
 
V
S
 
E
L
 
A
A
 
T
G
 
G
P
 
P
L
 
L
G
 
G
S
 
D
F
 
F
Y
 
H
L
 
L
-
 
P
-
 
P
-
 
P
-
 
D
R
 
E
D
 
D
I
 
D
R
 
G
R
 
G
P
 
P
L
 
M
L
 
V
L
 
L
L
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
T
|
T
G
 
G
L
 
L
A
 
A
P
 
P
F
 
L
T
 
V
A
 
G
M
 
I
L
 
A
E
 
R
K
 
T
I
 
A
A
 
L
E
 
A
Q
 
R
G
 
H
S
 
P
D
 
S
H
 
R
P
 
E
L
 
V
H
 
L
L
 
L
I
 
Y
Y
 
H
G
 
G
V
 
V
T
 
R
H
 
G
D
 
A
F
 
A
D
 
D
L
 
L
V
 
Y
E
 
D
L
 
L
D
 
G
R
 
R
L
 
F
E
 
A
A
 
E
F
 
I
A
 
A
A
 
E
R
 
E
I
 
H
P
 
P
N
 
G
F
 
F
T
 
R
F
 
F
S
 
V
A
 
P
C
 
V
V
 
L
A
 
S
S
 
D
P
 
E
E
 
P
S
 
D
Q
 
P
H
 
A
P
 
Y
L
 
R
K
 
G
G
 
G
Y
 
F
V
 
P
T
 
T
Q
 
D
H
 
A
I
 
F
E
 
V
P
 
E
R
 
D
H
 
V
L
 
P
N
 
S
D
 
G
G
 
R
D
 
G
V
 
W
D
 
S
V
 
G
Y
 
W
L
 
L
C
 
C
G
 
G
P
 
P
P
 
P
P
 
A
M
 
M
V
 
V
E
 
E
A
 
A
V
 
G
S
 
V
R
 
K
Y
 
A
I
 
F
G
 
K
E
 
R
Q
 
R
G
 
R
I
 
M
K
 
S
P
 
P
A
 
R
N
 
R
F
 
I
Y
 
H
Y
 
R
E
|
E
K
|
K
F
|
F
A
x
T
A
x
P
S
 
A
A
x
S

1tvcA Fad and nadh binding domain of methane monooxygenase reductase from methylococcus capsulatus (bath) (see paper)
31% identity, 69% coverage: 105:337/337 of query aligns to 9:249/250 of 1tvcA

query
sites
1tvcA
A
 
G
S
 
S
Y
 
F
D
 
E
A
 
A
T
 
E
I
 
V
S
 
V
A
 
G
V
 
L
R
 
N
Q
 
W
L
 
V
S
 
S
D
 
S
S
x
N
T
 
T
I
 
V
A
 
Q
L
 
F
S
 
L
I
 
L
K
 
Q
G
 
K
E
 
R
-
 
P
-
 
D
-
 
E
-
 
C
S
 
G
L
 
N
S
 
R
K
 
G
L
 
V
A
 
K
F
 
F
L
 
E
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
Y
x
F
V
 
M
N
 
D
L
 
L
G
 
T
I
 
I
P
 
P
G
 
G
S
 
T
E
 
D
Q
 
V
T
 
S
R
|
R
A
x
S
Y
|
Y
S
|
S
F
 
P
S
 
A
S
 
N
L
 
L
Q
 
P
R
 
N
-
 
P
D
 
E
G
 
G
E
 
R
V
 
L
S
 
E
F
 
F
L
|
L
I
|
I
R
|
R
N
x
V
V
x
L
P
 
P
G
 
E
G
 
G
L
x
R
M
x
F
S
 
S
S
 
D
F
 
Y
L
 
L
T
 
R
G
 
N
M
 
D
A
 
A
K
 
R
A
 
V
G
 
G
D
 
Q
C
 
V
M
 
L
S
 
S
L
 
V
A
 
K
G
 
G
P
 
P
L
 
L
G
 
G
S
x
V
F
 
F
Y
 
G
L
 
L
R
 
K
D
 
E
I
 
R
-
 
G
R
 
M
R
 
A
P
 
P
L
 
R
L
 
Y
L
 
F
L
 
V
A
 
A
G
 
G
G
 
G
T
 
T
G
|
G
L
 
L
A
 
A
P
 
P
F
 
V
T
 
V
A
 
S
M
 
M
L
 
V
E
 
R
K
 
Q
I
 
M
A
 
Q
E
 
E
Q
 
W
G
 
T
S
 
A
D
 
P
H
 
N
P
 
E
L
 
T
H
 
R
L
 
I
I
 
Y
Y
 
F
G
 
G
V
 
V
T
x
N
H
 
T
D
 
E
F
 
P
D
x
E
L
 
L
V
 
F
E
 
Y
L
 
I
D
 
D
R
 
E
L
 
L
E
 
K
A
 
S
F
 
L
A
 
E
A
 
R
R
 
S
I
 
M
P
 
R
N
 
N
F
 
L
T
 
T
F
 
V
S
 
K
A
 
A
C
 
C
V
 
V
A
 
W
S
 
H
P
 
P
-
x
S
-
x
G
-
 
D
-
 
W
-
 
E
-
 
G
E
 
E
S
 
Q
Q
 
G
H
 
S
P
 
P
L
 
I
K
 
D
G
 
A
Y
 
-
V
 
L
T
 
R
Q
 
E
H
 
D
I
 
L
E
 
E
P
 
S
R
 
-
H
 
-
L
 
-
N
 
S
D
 
D
G
 
A
D
 
N
V
 
P
D
 
D
V
 
I
Y
 
Y
L
|
L
C
 
C
G
 
G
P
 
P
P
 
P
P
 
G
M
 
M
V
 
I
E
 
D
A
 
A
V
 
A
S
 
C
R
 
E
Y
 
L
I
 
V
G
 
R
E
 
S
Q
 
R
G
 
G
I
 
I
K
 
P
P
 
G
A
 
E
N
 
Q
F
 
V
Y
 
F
Y
 
F
E
|
E
K
 
K
F
|
F
A
x
L
A
 
P
S
 
S
A
 
G
A
 
A

4wqmA Structure of the toluene 4-monooxygenase nadh oxidoreductase t4mof, k270s k271s variant (see paper)
27% identity, 93% coverage: 6:317/337 of query aligns to 1:309/326 of 4wqmA

query
sites
4wqmA
A
 
S
F
 
F
N
 
N
F
 
I
E
 
Q
-
 
S
D
 
D
G
 
D
V
 
L
T
 
L
R
 
H
F
 
H
I
 
F
D
 
E
A
 
A
N
 
D
V
 
S
G
 
N
E
 
D
T
 
T
V
 
L
A
 
L
D
 
S
A
 
A
A
 
A
Y
 
L
R
 
R
Q
 
A
G
 
E
I
 
L
N
 
V
I
 
F
P
 
P
L
x
Y
D
 
E
C
|
C
R
x
N
D
x
S
G
|
G
A
x
G
C
|
C
G
|
G
T
 
A
C
|
C
K
 
K
C
 
I
-
 
E
F
 
L
A
 
L
E
 
E
A
 
G
G
 
E
T
 
V
Y
 
S
D
 
N
L
 
L
G
x
W
E
 
P
E
 
D
Y
 
-
I
 
-
E
 
A
D
 
P
A
 
G
L
 
L
S
 
A
P
 
A
E
 
R
E
 
E
A
 
L
E
 
R
Q
 
K
G
 
N
F
 
R
V
 
F
L
|
L
T
 
A
C
|
C
Q
 
Q
M
 
C
R
 
K
A
 
P
Q
 
L
S
 
S
D
 
D
C
 
L
V
 
K
V
 
I
R
 
K
V
 
V
P
 
I
T
 
N
S
 
R
S
 
A
E
 
E
V
 
G
C
 
R
R
 
A
T
 
S
R
 
H
Q
 
P
A
 
P
S
 
K
-
 
R
Y
 
F
D
 
S
A
 
T
T
 
R
I
 
V
S
 
V
A
 
S
V
 
K
R
 
R
Q
 
F
L
 
L
S
 
S
D
 
D
S
 
E
T
 
M
I
 
F
A
 
E
L
 
L
S
 
R
I
 
L
K
 
E
G
 
A
E
 
E
S
 
-
L
 
-
S
 
Q
K
 
K
L
 
V
A
 
V
F
 
F
L
 
S
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
Y
|
Y
V
 
F
N
 
M
L
 
V
G
 
D
I
 
V
P
 
P
G
 
-
S
 
E
E
 
L
Q
 
G
T
 
T
R
|
R
A
|
A
Y
|
Y
S
|
S
F
 
A
S
 
A
S
 
N
L
 
P
Q
 
V
R
 
D
D
 
G
G
 
N
E
 
T
V
 
L
S
 
T
F
 
L
L
x
I
I
x
V
R
x
K
N
 
A
V
 
V
P
 
P
G
 
N
G
|
G
L
x
K
M
x
V
S
|
S
S
 
C
F
 
A
L
 
L
T
 
A
G
 
N
M
 
-
A
 
-
K
 
E
A
 
T
G
 
I
D
 
E
C
 
T
M
 
L
S
 
Q
L
 
L
A
 
D
G
 
G
P
 
P
L
 
Y
G
 
G
S
 
L
F
 
S
Y
 
V
L
 
L
R
 
K
D
 
T
I
 
A
R
 
D
R
 
E
P
 
T
L
 
Q
-
 
S
L
 
V
L
 
F
L
 
I
A
 
A
G
 
G
G
 
G
T
x
S
G
 
G
L
 
I
A
 
A
P
 
P
F
 
M
T
 
V
A
 
S
M
 
M
L
 
V
E
 
N
K
 
T
I
 
L
A
 
I
E
 
A
Q
 
Q
G
 
G
S
 
Y
D
 
E
H
 
K
P
 
P
L
 
I
H
 
T
L
 
V
I
 
F
Y
 
Y
G
 
G
V
 
S
T
 
R
H
 
L
D
 
E
F
 
A
D
 
E
L
 
L
V
 
E
E
 
A
L
 
A
D
 
E
R
 
T
L
 
L
E
 
F
A
 
G
F
 
W
A
 
K
A
 
E
R
 
N
I
 
L
P
 
K
N
 
L
F
 
I
T
 
N
F
 
V
-
 
S
S
 
S
A
 
S
C
 
V
V
 
V
A
 
G
S
 
N
P
 
S
E
 
E
S
 
S
Q
 
S
H
 
Y
P
 
P
L
 
-
K
 
T
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
T
 
H
Q
 
E
H
 
I
I
 
I
E
 
P
P
 
E
R
 
Y
H
 
M
L
 
E
N
 
G
D
 
L
G
 
L
D
 
G
V
 
A
D
 
E
V
 
F
Y
 
Y
L
 
L
C
 
C
G
 
G
P
 
P
P
 
P
P
 
Q
M
 
M
V
 
I
E
 
N
A
 
S
V
 
V
S
 
Q
R
 
K
Y
 
L
I
 
L

Sites not aligning to the query:

Q03304 Toluene-4-monooxygenase system, ferredoxin--NAD(+) reductase component; T4MO; Ferredoxin--NAD(+) reductase; Toluene-4-monooxygenase systme, electron transfer component; EC 1.18.1.3 from Pseudomonas mendocina (see paper)
27% identity, 92% coverage: 7:317/337 of query aligns to 2:309/326 of Q03304

query
sites
Q03304
F
 
F
N
 
N
F
 
I
E
 
Q
-
 
S
D
 
D
G
 
D
V
 
L
T
 
L
R
 
H
F
 
H
I
 
F
D
 
E
A
 
A
N
 
D
V
 
S
G
 
N
E
 
D
T
 
T
V
 
L
A
 
L
D
 
S
A
 
A
A
 
A
Y
 
L
R
 
R
Q
 
A
G
 
E
I
 
L
N
 
V
I
 
F
P
 
P
L
 
Y
D
 
E
C
|
C
R
 
N
D
 
S
G
 
G
A
 
G
C
|
C
G
 
G
T
 
A
C
|
C
K
 
K
C
 
I
-
 
E
F
 
L
A
 
L
E
 
E
A
 
G
G
 
E
T
 
V
Y
 
S
D
 
N
L
 
L
G
 
W
E
 
P
E
 
D
Y
 
-
I
 
-
E
 
A
D
 
P
A
 
G
L
 
L
S
 
A
P
 
A
E
 
R
E
 
E
A
 
L
E
 
R
Q
 
K
G
 
N
F
 
R
V
 
F
L
 
L
T
 
A
C
|
C
Q
 
Q
M
 
C
R
 
K
A
 
P
Q
 
L
S
 
S
D
 
D
C
 
L
V
 
K
V
 
I
R
 
K
V
 
V
P
 
I
T
 
N
S
 
R
S
 
A
E
 
E
V
 
G
C
 
R
R
 
A
T
 
S
R
 
H
Q
 
P
A
 
P
S
 
K
-
 
R
Y
 
F
D
 
S
A
 
T
T
 
R
I
 
V
S
 
V
A
 
S
V
 
K
R
 
R
Q
 
F
L
 
L
S
 
S
D
 
D
S
 
E
T
 
M
I
 
F
A
 
E
L
 
L
S
 
R
I
 
L
K
 
E
G
 
A
E
 
E
S
 
-
L
 
-
S
 
Q
K
 
K
L
 
V
A
 
V
F
 
F
L
 
S
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
Y
 
Y
V
 
F
N
 
M
L
 
V
G
 
D
I
 
V
P
 
P
G
 
-
S
 
E
E
 
L
Q
 
G
T
 
T
R
|
R
A
|
A
Y
|
Y
S
|
S
F
 
A
S
 
A
S
 
N
L
 
P
Q
 
V
R
 
D
D
 
G
G
 
N
E
 
T
V
 
L
S
 
T
F
 
L
L
x
I
I
x
V
R
x
K
N
 
A
V
 
V
P
 
P
G
 
N
G
 
G
L
x
K
M
x
V
S
|
S
S
 
C
F
 
A
L
 
L
T
 
A
G
 
N
M
 
-
A
 
-
K
 
E
A
 
T
G
 
I
D
 
E
C
 
T
M
 
L
S
 
Q
L
 
L
A
 
D
G
 
G
P
 
P
L
 
Y
G
 
G
S
 
L
F
 
S
Y
 
V
L
 
L
R
 
K
D
 
T
I
 
A
R
 
D
R
 
E
P
 
T
L
 
Q
-
 
S
L
 
V
L
 
F
L
 
I
A
 
A
G
 
G
G
 
G
T
 
S
G
 
G
L
 
I
A
 
A
P
 
P
F
 
M
T
 
V
A
 
S
M
 
M
L
 
V
E
 
N
K
 
T
I
 
L
A
 
I
E
 
A
Q
 
Q
G
 
G
S
 
Y
D
 
E
H
 
K
P
 
P
L
 
I
H
 
T
L
 
V
I
 
F
Y
 
Y
G
 
G
V
 
S
T
 
R
H
 
L
D
 
E
F
 
A
D
 
E
L
 
L
V
 
E
E
 
A
L
 
A
D
 
E
R
 
T
L
 
L
E
 
F
A
 
G
F
 
W
A
 
K
A
 
E
R
 
N
I
 
L
P
 
K
N
 
L
F
 
I
T
 
N
F
 
V
-
 
S
S
 
S
A
 
S
C
 
V
V
 
V
A
 
G
S
 
N
P
 
S
E
 
E
S
 
K
Q
 
K
H
 
Y
P
 
P
L
 
-
K
 
T
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
T
 
H
Q
 
E
H
 
I
I
 
I
E
 
P
P
 
E
R
 
Y
H
 
M
L
 
E
N
 
G
D
 
L
G
 
L
D
 
G
V
 
A
D
 
E
V
 
F
Y
 
Y
L
 
L
C
 
C
G
 
G
P
 
P
P
 
P
P
 
Q
M
 
M
V
 
I
E
 
N
A
 
S
V
 
V
S
 
Q
R
 
K
Y
 
L
I
 
L

7c3bC Ferredoxin reductase in carbazole 1,9a-dioxygenase (fad apo form) (see paper)
29% identity, 91% coverage: 28:332/337 of query aligns to 28:333/334 of 7c3bC

query
sites
7c3bC
A
 
S
A
 
A
Y
 
L
R
 
A
Q
 
N
G
 
G
I
 
I
N
 
G
I
 
L
P
 
P
L
x
Y
D
x
E
C
|
C
R
x
A
D
 
S
G
|
G
A
x
G
C
|
C
G
|
G
T
 
V
C
|
C
K
 
K
C
 
F
F
 
E
A
 
L
E
 
L
A
 
E
G
 
G
T
 
T
Y
 
V
D
 
-
L
 
-
G
 
-
E
 
Q
E
 
S
Y
 
M
I
 
W
E
 
P
D
 
D
A
 
A
-
 
P
-
 
G
L
 
L
S
 
S
P
 
S
E
 
R
E
 
D
A
 
R
E
 
E
Q
 
K
G
 
G
F
 
N
V
 
R
-
 
H
L
|
L
T
 
A
C
|
C
Q
 
Q
M
 
C
R
 
I
A
 
A
Q
 
L
S
 
S
D
 
D
C
 
L
V
 
R
V
 
I
R
 
K
V
 
V
P
 
A
T
 
V
S
 
Q
S
 
D
E
 
K
-
 
Y
V
 
I
C
 
P
R
 
A
T
 
I
R
 
P
Q
 
I
A
 
S
S
 
K
Y
 
M
D
 
E
A
 
A
T
 
E
I
 
V
S
 
V
A
 
A
V
 
V
R
 
R
Q
 
A
L
 
L
S
 
T
D
 
H
S
 
D
T
 
L
I
 
L
A
 
S
L
 
V
S
 
K
I
 
L
K
 
R
G
 
T
E
 
D
S
 
V
L
 
P
S
 
A
K
 
N
L
 
-
A
 
-
F
 
F
L
 
L
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
Y
 
F
V
 
C
N
 
L
L
 
I
-
 
E
-
 
A
-
 
E
G
 
Q
I
 
L
P
 
P
G
 
G
S
 
V
E
 
-
Q
 
-
T
 
V
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
S
 
S
F
 
M
S
 
A
-
 
N
S
 
S
L
 
M
Q
 
N
R
 
P
D
 
D
G
 
G
E
 
F
V
 
W
S
 
E
F
 
F
L
 
Y
I
 
I
R
 
K
N
 
R
V
 
V
P
 
P
G
 
T
G
 
G
L
 
R
M
 
F
S
 
S
S
 
P
F
 
W
L
 
L
T
 
F
G
 
E
M
 
N
A
 
R
K
 
K
A
 
V
G
 
G
D
 
A
C
 
R
M
 
L
S
 
F
L
 
L
A
 
T
G
 
G
P
 
P
L
 
M
G
 
G
-
 
T
S
 
S
F
 
F
Y
 
F
L
 
R
R
 
P
D
 
G
I
 
T
R
 
G
R
 
R
P
 
K
L
 
S
L
 
L
L
 
C
L
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
T
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
S
P
 
Y
F
 
A
T
 
A
A
 
A
M
 
I
L
 
A
E
 
R
K
 
A
I
 
S
A
 
I
E
 
R
Q
 
E
G
 
-
S
 
T
D
 
D
H
 
K
P
 
P
L
 
V
H
 
K
L
 
L
I
 
F
Y
 
Y
G
 
G
V
 
S
T
 
R
H
 
T
D
 
P
F
 
R
D
 
D
L
 
A
V
 
V
E
 
R
L
 
W
-
 
I
-
 
D
-
 
I
-
 
D
-
 
I
-
 
D
-
 
E
D
 
D
R
 
K
L
 
L
E
 
E
A
 
V
F
 
V
A
 
Q
A
 
A
R
 
V
I
 
T
P
 
E
N
 
D
F
 
-
T
 
-
F
 
-
S
 
-
A
 
-
C
 
-
V
 
-
A
 
T
S
 
D
P
 
S
E
 
L
S
 
W
Q
 
Q
H
 
G
P
 
P
L
 
I
K
 
-
G
 
G
Y
 
F
V
 
I
T
 
H
Q
 
Q
H
 
V
I
 
V
E
 
D
P
 
A
R
 
A
H
 
L
L
 
L
N
 
E
D
 
T
-
 
L
G
 
P
D
 
E
V
 
Y
D
 
E
V
 
I
Y
 
Y
L
 
L
C
 
A
G
 
G
P
 
P
P
 
P
P
 
P
M
 
M
V
 
V
E
 
D
A
 
A
V
 
T
S
 
V
R
 
R
Y
 
M
I
 
L
G
 
L
E
 
G
Q
 
K
G
 
G
I
 
V
K
 
P
P
 
R
A
 
D
N
 
Q
F
 
I
Y
 
H
Y
 
F
E
 
D
K
 
A
F
 
F

7c3aA Ferredoxin reductase in carbazole 1,9a-dioxygenase (see paper)
29% identity, 91% coverage: 28:332/337 of query aligns to 27:320/321 of 7c3aA

query
sites
7c3aA
A
 
S
A
 
A
Y
 
L
R
 
A
Q
 
N
G
 
G
I
 
I
N
 
G
I
 
L
P
 
P
L
x
Y
D
x
E
C
|
C
R
x
A
D
x
S
G
|
G
A
x
G
C
|
C
G
|
G
T
 
V
C
|
C
K
 
K
C
 
F
F
 
E
A
 
L
E
 
L
A
 
E
G
 
G
T
 
T
Y
 
V
D
 
-
L
 
-
G
 
-
E
 
Q
E
 
S
Y
 
M
I
x
W
E
 
P
D
 
D
A
 
A
-
 
P
-
 
G
L
 
L
S
 
S
P
 
S
E
 
R
E
 
D
A
 
R
E
 
E
Q
 
K
G
 
G
F
 
N
V
 
R
-
 
H
L
 
L
T
 
A
C
|
C
Q
 
Q
M
 
C
R
 
I
A
 
A
Q
 
L
S
 
S
D
 
D
C
 
L
V
 
R
V
 
I
R
 
K
V
 
V
P
 
A
T
 
V
S
 
Q
S
 
D
E
 
K
-
 
Y
V
 
I
C
 
P
R
 
A
T
 
I
R
 
P
Q
 
I
A
 
S
S
 
K
Y
 
M
D
 
E
A
 
A
T
 
E
I
 
V
S
 
V
A
 
A
V
 
V
R
 
R
Q
 
A
L
 
L
S
 
T
D
 
H
S
 
D
T
 
L
I
 
L
A
 
S
L
 
V
S
 
K
I
 
L
K
 
R
G
 
T
E
 
D
S
 
V
L
 
P
S
 
A
K
 
N
L
 
-
A
 
-
F
 
F
L
 
L
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
Y
x
F
V
 
C
N
 
L
L
 
I
-
 
E
-
 
A
-
 
E
G
 
Q
I
 
L
P
 
P
G
|
G
S
 
V
E
 
-
Q
 
-
T
 
V
R
|
R
A
|
A
Y
|
Y
S
|
S
F
 
M
-
 
A
S
 
N
S
 
S
L
 
M
Q
 
N
R
 
P
D
 
D
G
 
G
E
 
F
V
 
W
S
 
E
F
 
F
L
x
Y
I
|
I
R
x
K
N
 
R
V
 
V
P
 
P
G
 
T
G
|
G
L
x
R
M
x
F
S
|
S
S
 
P
F
 
W
L
 
L
T
 
F
G
 
E
M
 
N
A
 
R
K
 
K
A
 
V
G
 
G
D
 
A
C
 
R
M
 
L
S
 
F
L
 
L
A
 
T
G
 
G
P
 
P
L
 
M
G
 
G
-
 
T
S
 
S
F
 
F
Y
 
F
L
 
R
R
 
P
D
 
G
I
 
T
R
 
G
R
 
R
P
 
K
L
 
S
L
 
L
L
 
C
L
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
T
x
A
G
 
G
L
 
L
A
x
S
P
 
Y
F
 
A
T
 
A
A
 
A
M
 
I
L
 
A
E
 
R
K
 
A
I
 
S
A
 
I
E
 
R
Q
 
E
G
 
-
S
 
T
D
 
D
H
 
K
P
 
P
L
 
V
H
 
K
L
 
L
I
 
F
Y
 
Y
G
 
G
V
 
S
T
 
R
H
 
T
D
 
P
F
 
R
D
 
D
L
 
A
V
 
V
E
 
R
L
 
W
-
 
I
-
 
D
-
 
I
-
 
D
-
 
I
-
 
D
-
 
E
D
 
D
R
 
K
L
 
L
E
 
E
A
 
V
F
 
V
A
 
Q
A
 
A
R
 
-
I
 
-
P
 
-
N
 
-
F
 
V
T
 
T
F
 
F
S
 
I
A
 
H
C
 
Q
V
 
V
A
 
V
S
 
D
P
 
A
E
 
A
S
 
L
Q
 
L
H
 
E
P
 
T
L
 
L
K
 
P
G
 
E
Y
 
Y
V
 
-
T
 
-
Q
 
-
H
 
-
I
 
-
E
 
-
P
 
-
R
 
-
H
 
-
L
 
-
N
 
-
D
 
-
G
 
-
D
 
-
V
 
-
D
 
E
V
 
I
Y
 
Y
L
 
L
C
 
A
G
 
G
P
 
P
P
 
P
P
 
P
M
 
M
V
 
V
E
 
D
A
 
A
V
 
T
S
 
V
R
 
R
Y
 
M
I
 
L
G
 
L
E
 
G
Q
 
K
G
 
G
I
 
V
K
 
P
P
 
R
A
 
D
N
 
Q
F
 
I
Y
 
H
Y
 
F
E
 
D
K
x
A
F
|
F

Sites not aligning to the query:

7romA Crystal structure of saccharomyces cerevisiae nadh-cytochrome b5 reductase 1 (cbr1) fragment (residues 28-284) bound to fad
32% identity, 55% coverage: 139:323/337 of query aligns to 45:240/255 of 7romA

query
sites
7romA
G
 
G
Q
 
Q
Y
 
H
V
 
I
N
 
V
L
 
I
-
 
K
-
 
A
G
 
N
I
 
I
P
 
N
G
 
G
S
 
K
E
 
D
Q
 
I
T
 
T
R
|
R
A
x
S
Y
|
Y
S
x
T
F
 
P
S
 
T
S
 
S
L
 
L
Q
 
D
R
 
G
D
 
D
-
 
T
-
 
K
G
 
G
E
 
N
V
 
F
S
 
E
F
 
L
L
|
L
I
x
V
R
x
K
N
 
S
V
x
Y
P
 
P
G
x
T
G
|
G
L
x
N
M
x
V
S
|
S
S
 
K
F
 
M
L
 
I
T
 
-
G
 
G
M
 
E
A
 
L
K
 
K
A
 
I
G
 
G
D
 
D
C
 
S
M
 
I
S
 
Q
L
 
I
A
 
K
G
 
G
P
 
P
L
 
R
G
 
G
S
 
N
F
 
Y
-
 
H
Y
 
Y
L
 
E
R
 
R
D
 
N
I
 
C
R
 
R
R
 
S
P
 
H
L
 
L
L
 
G
L
 
M
L
 
I
A
 
A
G
 
G
G
 
G
T
|
T
G
 
G
L
 
I
A
|
A
P
|
P
F
 
M
T
 
Y
A
 
Q
M
 
I
L
 
M
E
 
K
K
 
A
I
 
I
A
 
A
E
 
M
Q
 
D
G
 
P
S
 
H
D
 
D
H
 
T
-
 
T
P
 
K
L
 
V
H
 
S
L
 
L
I
 
V
Y
 
F
G
 
G
V
 
N
T
 
V
H
 
H
D
 
E
F
 
E
D
 
D
L
 
I
V
 
L
E
 
L
L
 
K
D
 
K
R
 
E
L
 
L
E
 
E
A
 
A
F
 
L
A
 
V
A
 
A
R
 
M
I
 
K
P
 
P
N
 
S
-
 
Q
F
 
F
T
 
K
F
 
I
S
 
V
A
 
Y
C
 
Y
V
 
L
A
 
D
S
 
S
P
 
P
E
 
D
S
 
R
Q
 
E
H
 
D
P
 
W
L
 
T
K
 
G
G
 
G
-
 
V
-
 
G
Y
 
Y
V
 
I
T
 
T
Q
 
K
H
 
D
I
 
V
E
 
I
P
 
K
R
 
E
H
 
H
L
 
L
N
 
P
D
 
A
G
 
A
D
 
T
V
 
M
D
 
D
-
 
N
-
 
V
-
 
Q
V
 
I
Y
 
L
L
 
I
C
 
C
G
 
G
P
 
P
P
 
P
P
 
A
M
 
M
V
 
V
E
 
A
A
 
S
V
 
V
S
 
R
R
 
R
Y
 
S
I
 
T
G
 
V
E
 
D
Q
 
L
G
 
G
I
 
F
K
 
R

Sites not aligning to the query:

7c3bB Ferredoxin reductase in carbazole 1,9a-dioxygenase (fad apo form) (see paper)
27% identity, 91% coverage: 28:332/337 of query aligns to 27:305/306 of 7c3bB

query
sites
7c3bB
A
 
S
A
 
A
Y
 
L
R
 
A
Q
 
N
G
 
G
I
 
I
N
 
G
I
 
L
P
 
P
L
x
Y
D
 
E
C
|
C
R
x
A
D
 
S
G
|
G
A
x
G
C
|
C
G
|
G
T
 
V
C
|
C
K
 
K
C
 
F
F
 
E
A
 
L
E
 
L
A
 
E
G
 
G
T
 
T
Y
 
V
D
 
-
L
 
-
G
 
-
E
 
Q
E
 
S
Y
 
M
I
 
W
E
 
P
D
 
D
A
 
A
-
 
P
-
 
G
L
 
L
S
 
S
P
 
S
E
 
R
E
 
D
A
 
R
E
 
E
Q
 
K
G
 
G
F
 
N
V
 
R
-
 
H
L
 
L
T
 
A
C
|
C
Q
 
Q
M
 
C
R
 
I
A
 
A
Q
 
L
S
 
S
D
 
D
C
 
L
V
 
R
V
 
I
R
 
K
V
 
V
P
 
A
T
 
V
S
 
Q
S
 
D
E
 
K
-
 
Y
V
 
I
C
 
P
R
 
A
T
 
I
R
 
P
Q
 
I
A
 
S
S
 
K
Y
 
M
D
 
E
A
 
A
T
 
E
I
 
V
S
 
V
A
 
A
V
 
V
R
 
R
Q
 
A
L
 
L
S
 
T
D
 
H
S
 
D
T
 
L
I
 
L
A
 
S
L
 
V
S
 
K
I
 
L
K
 
R
G
 
T
E
 
D
S
 
V
L
 
P
S
 
A
K
 
N
L
 
-
A
 
-
F
 
F
L
 
L
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
Y
 
F
V
 
C
N
 
L
L
 
I
-
 
E
-
 
A
-
 
E
G
 
Q
I
 
L
P
 
P
G
 
G
S
 
V
E
 
-
Q
 
-
T
 
V
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
S
 
S
F
 
M
-
 
A
S
 
N
S
 
S
L
 
M
Q
 
N
R
 
P
D
 
D
G
 
G
E
 
F
V
 
W
S
 
E
F
 
F
L
 
Y
I
 
I
R
 
K
N
 
R
V
 
V
P
 
P
G
 
-
G
 
-
L
 
-
M
 
F
S
 
S
S
 
P
F
 
W
L
 
L
T
 
F
G
 
E
M
 
N
A
 
R
K
 
K
A
 
V
G
 
G
D
 
A
C
 
R
M
 
L
S
 
F
L
 
L
A
 
T
G
 
G
P
 
P
L
 
M
G
 
G
-
 
T
S
 
S
F
 
F
Y
 
F
L
 
R
R
 
P
D
 
G
I
 
T
R
 
G
R
 
R
P
 
K
L
 
S
L
 
L
L
 
C
L
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
T
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
S
P
 
Y
F
 
A
T
 
A
A
 
A
M
 
I
L
 
A
E
 
R
K
 
A
I
 
S
A
 
I
E
 
R
Q
 
E
G
 
T
S
 
D
D
 
-
H
 
-
P
 
-
L
 
V
H
 
K
L
 
L
I
 
F
Y
 
Y
G
 
G
V
 
-
T
 
-
H
 
-
D
 
-
F
 
-
D
 
-
L
 
-
V
 
-
E
 
-
L
 
-
D
 
-
R
 
-
L
 
-
E
 
-
A
 
-
F
 
-
A
 
-
A
 
S
R
 
R
I
 
T
P
 
P
N
 
W
F
 
I
T
 
D
F
 
I
S
 
D
A
 
E
C
 
V
V
 
V
A
 
Q
S
 
A
P
 
-
E
 
-
S
 
-
Q
 
-
H
 
-
P
 
-
L
 
V
K
 
T
G
 
E
Y
 
F
V
 
I
T
 
H
Q
 
Q
H
 
V
I
 
V
E
 
D
P
 
A
R
 
A
H
 
L
L
 
L
N
 
E
D
 
T
-
 
L
G
 
P
D
 
E
V
 
Y
D
 
E
V
 
I
Y
 
Y
L
 
L
C
 
A
G
 
G
P
 
P
P
 
P
P
 
P
M
 
M
V
 
V
E
 
D
A
 
A
V
 
T
S
 
V
R
 
R
Y
 
M
I
 
L
G
 
L
E
 
G
Q
 
K
G
 
G
I
 
V
K
 
P
P
 
R
A
 
D
N
 
Q
F
 
I
Y
 
H
Y
 
F
E
 
D
K
 
A
F
 
F

7qu5A X-ray structure of fad domain of nqrf of pseudomonas aeruginosa (see paper)
26% identity, 54% coverage: 153:334/337 of query aligns to 83:280/280 of 7qu5A

query
sites
7qu5A
R
|
R
A
|
A
Y
|
Y
S
|
S
F
 
M
S
 
A
S
 
N
L
 
Y
-
 
P
Q
 
E
R
 
E
D
 
Q
G
 
G
E
 
V
V
 
V
S
 
K
F
 
F
L
x
N
I
|
I
R
|
R
-
x
I
-
x
A
-
x
S
-
x
P
-
 
P
-
x
P
-
 
G
-
 
S
N
 
D
V
x
L
P
|
P
G
x
P
G
|
G
L
x
Q
M
|
M
S
|
S
S
 
S
F
 
W
L
 
V
T
 
F
G
 
N
M
 
L
A
 
-
K
 
K
A
 
P
G
 
G
D
 
D
C
 
K
M
 
V
S
 
T
L
 
V
A
 
Y
G
 
G
P
 
P
L
 
F
G
 
G
S
 
E
F
 
F
Y
 
F
L
 
A
R
 
K
D
 
D
I
 
T
R
 
E
R
 
A
P
 
E
L
 
M
L
 
V
L
 
F
L
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
T
x
A
G
 
G
L
 
M
A
 
A
P
 
P
F
 
M
T
 
R
A
 
S
-
 
H
M
 
I
L
 
F
E
 
D
K
 
Q
I
 
L
A
 
R
E
 
R
Q
 
L
G
 
K
S
 
S
D
 
N
H
 
R
P
 
K
L
 
I
H
 
S
L
 
F
I
 
W
Y
 
Y
G
 
G
V
 
A
T
 
R
H
 
S
D
 
L
F
 
R
D
 
E
L
 
A
V
 
F
E
 
Y
L
 
T
D
 
E
R
 
E
L
 
Y
E
x
D
A
 
Q
F
 
L
A
 
Q
A
 
A
R
 
E
I
 
N
P
 
P
N
 
N
F
 
F
T
 
Q
F
x
W
S
x
H
A
x
L
C
 
A
V
 
L
A
 
S
S
 
D
P
 
P
E
 
Q
S
 
P
Q
 
E
H
 
D
P
 
N
-
 
W
-
 
T
-
 
G
L
 
L
K
 
T
G
 
G
Y
 
F
V
 
I
T
 
H
Q
 
N
H
 
V
I
 
L
E
 
F
P
 
E
R
 
N
H
 
Y
L
 
L
N
 
K
D
 
D
G
 
H
-
 
P
-
 
A
-
 
P
-
 
E
D
 
D
V
 
C
D
 
E
V
 
F
Y
 
Y
L
 
M
C
 
C
G
 
G
P
 
P
P
 
P
P
 
M
M
 
M
V
 
N
E
 
A
A
 
A
V
 
V
S
 
I
R
 
K
Y
 
M
I
 
L
G
 
T
E
 
D
Q
 
L
G
 
G
I
 
V
K
 
E
P
 
R
A
 
E
N
 
N
F
 
I
Y
 
L
Y
 
L
E
 
D
K
 
D
F
|
F
A
 
G
A
 
G

Sites not aligning to the query:

7qu3A X-ray structure of fad domain of nqrf of pseudomonas aeruginosa (see paper)
26% identity, 54% coverage: 153:333/337 of query aligns to 83:279/279 of 7qu3A

query
sites
7qu3A
R
|
R
A
|
A
Y
|
Y
S
|
S
F
 
M
S
 
A
S
 
N
L
 
Y
-
 
P
Q
 
E
R
 
E
D
 
Q
G
 
G
E
 
V
V
 
V
S
 
K
F
 
F
L
x
N
I
|
I
R
|
R
-
 
I
-
x
A
-
x
S
-
x
P
-
 
P
-
 
P
-
 
G
-
 
S
N
 
D
V
x
L
P
|
P
G
x
P
G
|
G
L
x
Q
M
|
M
S
|
S
S
 
S
F
 
W
L
 
V
T
 
F
G
 
N
M
 
L
A
 
-
K
 
K
A
 
P
G
 
G
D
 
D
C
 
K
M
 
V
S
 
T
L
 
V
A
 
Y
G
 
G
P
 
P
L
 
F
G
 
G
S
 
E
F
 
F
Y
 
F
L
 
A
R
 
K
D
 
D
I
 
T
R
 
E
R
 
A
P
 
E
L
 
M
L
 
V
L
 
F
L
 
I
A
 
G
G
 
G
G
|
G
T
x
A
G
 
G
L
 
M
A
 
A
P
 
P
F
 
M
T
 
R
A
 
S
-
 
H
M
 
I
L
 
F
E
 
D
K
 
Q
I
 
L
A
 
R
E
 
R
Q
 
L
G
 
K
S
 
S
D
 
N
H
 
R
P
 
K
L
 
I
H
 
S
L
 
F
I
 
W
Y
 
Y
G
|
G
V
x
A
T
 
R
H
 
S
D
 
L
F
 
R
D
 
E
L
 
A
V
 
F
E
 
Y
L
 
T
D
 
E
R
 
E
L
 
Y
E
 
D
A
 
Q
F
 
L
A
 
Q
A
 
A
R
 
E
I
 
N
P
 
P
N
 
N
F
 
F
T
 
Q
F
 
W
S
 
H
A
 
L
C
 
A
V
 
L
A
x
S
S
 
D
P
 
P
E
 
Q
S
 
P
Q
 
E
H
 
D
P
 
N
-
 
W
-
 
T
-
 
G
L
 
L
K
 
T
G
 
G
Y
x
F
V
x
I
T
x
H
Q
 
N
H
 
V
I
 
L
E
 
F
P
 
E
R
 
N
H
 
Y
L
 
L
N
 
K
D
 
D
G
 
H
-
 
P
-
 
A
-
 
P
-
 
E
D
 
D
V
 
C
D
 
E
V
 
F
Y
 
Y
L
 
M
C
 
C
G
 
G
P
|
P
P
 
P
P
x
M
M
|
M
V
 
N
E
 
A
A
 
A
V
 
V
S
 
I
R
 
K
Y
 
M
I
 
L
G
 
T
E
 
D
Q
 
L
G
 
G
I
 
V
K
 
E
P
 
R
A
 
E
N
 
N
F
 
I
Y
 
L
Y
 
L
E
 
D
K
 
D
F
|
F
A
 
G

Sites not aligning to the query:

8a1yF Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F
21% identity, 80% coverage: 66:334/337 of query aligns to 96:408/408 of 8a1yF

query
sites
8a1yF
D
 
D
A
 
H
L
 
I
S
 
S
P
 
K
E
 
G
E
 
E
A
 
A
E
 
R
Q
 
E
G
 
G
F
 
E
V
 
R
L
 
L
T
 
A
C
|
C
Q
 
Q
M
 
V
R
 
A
A
 
V
Q
 
K
S
 
A
D
 
D
C
 
M
V
 
D
V
 
L
R
 
E
V
 
L
P
 
P
T
 
E
S
 
E
S
 
I
E
 
F
V
 
G
C
 
V
R
 
K
T
 
K
R
 
W
Q
 
E
A
 
C
S
 
T
Y
 
V
D
 
I
A
 
S
T
 
N
I
 
D
S
 
N
A
 
K
V
 
A
R
 
T
Q
 
F
L
 
I
S
 
K
D
 
E
S
 
L
T
 
K
I
 
L
A
 
A
L
 
I
S
 
P
I
 
-
K
 
D
G
 
G
E
 
E
S
 
S
L
 
V
S
 
P
K
 
-
L
 
-
A
 
-
F
 
F
L
 
R
P
 
A
G
 
G
Q
 
G
Y
 
Y
V
 
I
N
 
Q
L
 
I
G
 
E
I
 
A
P
 
P
G
 
A
S
 
H
E
 
H
Q
 
V
T
 
K
-
 
Y
-
 
A
-
 
D
-
 
F
-
 
D
-
 
V
-
 
P
-
 
E
-
 
K
-
 
Y
-
 
R
-
 
G
-
 
D
-
 
W
-
 
D
-
 
K
-
 
F
-
 
N
-
 
L
-
 
F
-
 
R
-
 
Y
-
 
E
-
 
S
-
 
K
-
 
V
-
 
D
-
 
E
-
 
P
-
 
I
-
 
I
R
|
R
A
|
A
Y
|
Y
S
|
S
F
 
M
S
 
A
S
 
N
L
 
Y
Q
 
P
R
 
E
D
 
-
G
 
-
E
 
E
V
 
F
S
 
G
F
 
I
L
 
I
I
 
M
R
 
L
N
|
N
V
|
V
-
x
R
-
 
I
-
x
A
-
x
T
-
x
P
-
 
P
-
 
P
-
 
N
-
 
N
-
 
P
-
 
N
-
x
V
P
|
P
G
x
P
G
|
G
L
x
Q
M
|
M
S
|
S
S
 
S
F
 
Y
L
 
I
T
 
W
G
 
S
M
 
L
A
 
-
K
 
K
A
 
A
G
 
G
D
 
D
C
 
K
M
 
C
S
 
T
L
 
I
A
 
S
G
 
G
P
 
P
L
 
F
G
 
G
S
 
E
F
 
F
Y
 
F
L
 
A
R
 
K
D
 
D
I
 
T
R
 
D
R
 
A
P
 
E
L
 
M
L
 
V
L
 
F
L
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
T
x
A
G
 
G
L
 
M
A
 
A
P
 
P
F
 
M
T
 
R
A
 
S
-
 
H
M
 
I
L
 
F
E
 
D
K
 
Q
I
 
L
A
 
K
E
 
R
Q
 
L
G
 
K
S
 
S
D
 
K
H
 
R
P
 
K
L
 
M
H
 
S
L
 
Y
I
 
W
Y
 
Y
G
 
G
V
 
A
T
 
R
H
 
S
D
 
K
F
 
R
D
 
E
L
 
M
V
 
F
E
 
Y
L
 
V
D
 
E
R
 
D
L
 
F
E
 
D
A
 
G
F
 
L
A
 
A
A
 
A
R
 
E
I
 
N
P
 
D
N
 
N
F
 
F
T
 
V
F
 
W
S
 
H
A
 
C
C
 
A
V
 
L
A
 
S
S
 
D
P
 
P
E
 
Q
S
 
P
Q
 
E
H
 
D
P
 
N
L
 
W
K
 
T
G
 
G
Y
 
Y
-
 
T
-
 
G
-
 
F
V
 
I
T
 
H
Q
 
N
H
 
V
I
 
L
E
 
Y
P
 
E
R
 
N
H
 
Y
L
 
L
N
 
K
D
 
D
G
 
H
-
 
E
-
 
A
-
 
P
-
 
E
D
 
D
V
 
C
D
 
E
V
 
Y
Y
 
Y
L
 
M
C
 
C
G
 
G
P
 
P
P
 
P
P
 
M
M
 
M
V
 
N
E
 
A
A
 
A
V
 
V
S
 
I
R
 
N
Y
 
M
I
 
L
G
 
K
E
 
N
Q
 
L
G
 
G
I
 
V
K
 
E
P
 
E
A
 
E
N
 
N
F
 
I
Y
 
L
Y
 
L
E
 
D
K
 
D
F
|
F
A
 
G
A
 
G

Sites not aligning to the query:

A5F5Y4 Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F; Na(+)-NQR subunit F; Na(+)-translocating NQR subunit F; NQR complex subunit F; NQR-1 subunit F; EC 7.2.1.1 from Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395) (see paper)
21% identity, 80% coverage: 66:334/337 of query aligns to 96:408/408 of A5F5Y4

query
sites
A5F5Y4
D
 
D
A
 
H
L
 
I
S
 
S
P
 
K
E
 
G
E
 
E
A
 
A
E
 
R
Q
 
E
G
 
G
F
 
E
V
 
R
L
 
L
T
 
A
C
|
C
Q
 
Q
M
 
V
R
 
A
A
 
V
Q
 
K
S
 
A
D
 
D
C
 
M
V
 
D
V
 
L
R
 
E
V
 
L
P
 
P
T
 
E
S
 
E
S
 
I
E
 
F
V
 
G
C
 
V
R
 
K
T
 
K
R
 
W
Q
 
E
A
 
C
S
 
T
Y
 
V
D
 
I
A
 
S
T
 
N
I
 
D
S
 
N
A
 
K
V
 
A
R
 
T
Q
 
F
L
 
I
S
 
K
D
 
E
S
 
L
T
 
K
I
 
L
A
 
A
L
 
I
S
 
P
I
 
-
K
 
D
G
 
G
E
 
E
S
 
S
L
 
V
S
 
P
K
 
-
L
 
-
A
 
-
F
 
F
L
 
R
P
 
A
G
 
G
Q
 
G
Y
 
Y
V
 
I
N
 
Q
L
 
I
G
 
E
I
 
A
P
 
P
G
 
A
S
 
H
E
 
H
Q
 
V
T
 
K
-
 
Y
-
 
A
-
 
D
-
 
F
-
 
D
-
 
V
-
 
P
-
 
E
-
 
K
-
 
Y
-
 
R
-
 
G
-
 
D
-
 
W
-
 
D
-
 
K
-
 
F
-
 
N
-
 
L
-
 
F
-
 
R
-
 
Y
-
 
E
-
 
S
-
 
K
-
 
V
-
 
D
-
 
E
-
 
P
-
 
I
-
 
I
R
|
R
A
 
A
Y
|
Y
S
 
S
F
 
M
S
 
A
S
 
N
L
 
Y
Q
 
P
R
 
E
D
 
-
G
 
-
E
 
E
V
 
F
S
 
G
F
 
I
L
 
I
I
 
M
R
 
L
N
 
N
V
 
V
-
 
R
-
 
I
-
 
A
-
 
T
-
 
P
-
 
P
-
 
P
-
 
N
-
 
N
-
 
P
-
 
N
-
 
V
P
 
P
G
 
P
G
 
G
L
 
Q
M
 
M
S
|
S
S
 
S
F
 
Y
L
 
I
T
 
W
G
 
S
M
 
L
A
 
-
K
 
K
A
 
A
G
 
G
D
 
D
C
 
K
M
 
C
S
 
T
L
 
I
A
 
S
G
 
G
P
 
P
L
 
F
G
 
G
S
 
E
F
 
F
Y
 
F
L
 
A
R
 
K
D
 
D
I
 
T
R
 
D
R
 
A
P
 
E
L
 
M
L
 
V
L
 
F
L
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
T
 
A
G
 
G
L
 
M
A
 
A
P
 
P
F
 
M
T
 
R
A
 
S
-
 
H
M
 
I
L
 
F
E
 
D
K
 
Q
I
 
L
A
 
K
E
 
R
Q
 
L
G
 
K
S
 
S
D
 
K
H
 
R
P
 
K
L
 
M
H
 
S
L
 
Y
I
 
W
Y
 
Y
G
 
G
V
 
A
T
 
R
H
 
S
D
 
K
F
 
R
D
 
E
L
 
M
V
 
F
E
 
Y
L
 
V
D
 
E
R
 
D
L
 
F
E
 
D
A
 
G
F
 
L
A
 
A
A
 
A
R
 
E
I
 
N
P
 
D
N
 
N
F
 
F
T
 
V
F
 
W
S
 
H
A
 
C
C
 
A
V
 
L
A
 
S
S
 
D
P
 
P
E
 
Q
S
 
P
Q
 
E
H
 
D
P
 
N
L
 
W
K
 
T
G
 
G
Y
 
Y
-
 
T
-
 
G
-
 
F
V
 
I
T
 
H
Q
 
N
H
 
V
I
 
L
E
 
Y
P
 
E
R
 
N
H
 
Y
L
 
L
N
 
K
D
 
D
G
 
H
-
 
E
-
 
A
-
 
P
-
 
E
D
 
D
V
 
C
D
 
E
V
 
Y
Y
 
Y
L
 
M
C
 
C
G
 
G
P
 
P
P
 
P
P
 
M
M
 
M
V
 
N
E
 
A
A
 
A
V
 
V
S
 
I
R
 
N
Y
 
M
I
 
L
G
 
K
E
 
N
Q
 
L
G
 
G
I
 
V
K
 
E
P
 
E
A
 
E
N
 
N
F
 
I
Y
 
L
Y
 
L
E
 
D
K
 
D
F
 
F
A
 
G
A
 
G

Sites not aligning to the query:

4u9uA Crystal structure of nqrf fad-binding domain from vibrio cholerae (see paper)
25% identity, 47% coverage: 176:334/337 of query aligns to 114:279/279 of 4u9uA

query
sites
4u9uA
G
|
G
L
x
Q
M
|
M
S
|
S
S
 
S
F
 
Y
L
 
I
T
 
W
G
 
S
M
 
L
A
 
-
K
 
K
A
 
A
G
 
G
D
 
D
C
 
K
M
 
C
S
 
T
L
 
I
A
 
S
G
 
G
P
 
P
L
 
F
G
 
G
S
 
E
F
 
F
Y
 
F
L
 
A
R
 
K
D
 
D
I
 
T
R
 
D
R
 
A
P
 
E
L
 
M
L
 
V
L
 
F
L
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
T
x
A
G
 
G
L
 
M
A
 
A
P
 
P
F
 
M
T
 
R
A
 
S
-
 
H
M
 
I
L
 
F
E
 
D
K
 
Q
I
 
L
A
 
K
E
 
R
Q
 
L
G
 
K
S
 
S
D
 
K
H
 
R
P
 
K
L
 
M
H
 
S
L
 
Y
I
 
W
Y
 
Y
G
 
G
V
 
A
T
 
R
H
 
S
D
 
K
F
x
R
D
 
E
L
x
M
V
 
F
E
 
Y
L
 
V
D
 
E
R
 
D
L
 
F
E
 
D
A
 
G
F
 
L
A
|
A
A
 
A
R
 
E
I
x
N
P
x
D
N
 
N
F
|
F
T
 
V
F
 
W
S
 
H
A
 
C
C
 
A
V
 
L
A
 
S
S
 
D
P
 
P
E
 
Q
S
 
P
Q
 
E
H
 
D
P
 
N
L
 
W
K
 
T
G
 
G
Y
 
Y
-
 
T
-
 
G
-
 
F
V
 
I
T
 
H
Q
 
N
H
 
V
I
 
L
E
 
Y
P
 
E
R
 
N
H
 
Y
L
 
L
N
 
K
D
 
D
G
 
H
-
 
E
-
 
A
-
 
P
-
 
E
D
 
D
V
 
C
D
 
E
V
 
Y
Y
 
Y
L
 
M
C
 
C
G
 
G