SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing PfGW456L13_809 FitnessBrowser__pseudo13_GW456_L13:PfGW456L13_809 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 3 hits to proteins with known functional sites (download)

5i39A High resolution structure of l-amino acid deaminase from proteus vulgaris with the deletion of the specific insertion sequence (see paper)
23% identity, 83% coverage: 36:396/435 of query aligns to 25:370/383 of 5i39A

query
sites
5i39A
A
 
A
D
 
D
V
 
V
C
 
V
V
 
V
V
|
V
G
|
G
G
 
A
G
|
G
F
x
I
S
x
L
G
 
G
L
 
I
N
 
M
T
 
T
A
 
A
L
 
I
E
 
N
L
 
L
A
 
V
E
 
E
R
 
R
G
 
G
L
 
L
S
 
S
V
 
V
V
 
V
L
 
I
L
x
V
E
|
E
A
x
K
H
 
G
R
 
N
I
 
I
G
 
A
W
 
G
G
x
E
A
x
Q
S
|
S
G
 
S
R
|
R
N
x
F
G
x
Y
G
|
G
Q
|
Q
L
x
A
I
 
I
R
 
S
G
 
Y
V
 
K
G
 
M
H
 
P
G
 
D
L
 
E
D
 
T
Q
 
F
F
 
L
T
 
L
N
 
H
V
 
H
I
 
L
G
 
G
V
 
K
E
 
H
G
 
R
V
 
W
R
 
R
Q
 
E
M
 
M
K
 
N
L
 
A
-
 
K
M
 
V
G
 
G
L
 
I
E
 
D
A
 
T
V
 
T
E
 
Y
I
 
R
V
 
T
R
 
Q
Q
 
G
R
 
R
V
 
V
E
 
E
H
 
-
F
 
-
Q
 
-
I
 
V
P
 
P
C
 
L
D
 
D
L
 
E
T
 
E
W
 
-
G
 
-
Y
 
-
C
 
-
D
 
D
L
 
L
A
 
V
N
 
N
K
 
V
P
 
R
R
 
K
D
 
W
L
 
I
E
 
D
G
 
-
F
 
-
A
 
-
E
 
-
D
 
-
A
 
-
E
 
E
E
 
R
L
 
S
R
 
K
S
 
N
L
 
V
G
 
G
Y
 
S
R
 
D
-
 
I
-
 
P
Y
 
F
E
 
K
T
 
T
R
 
R
L
 
I
L
 
I
Q
 
E
A
 
G
N
 
A
E
 
E
M
 
L
H
 
N
T
 
Q
V
 
R
V
 
L
-
 
R
-
 
G
G
 
A
S
 
T
T
 
T
R
 
D
Y
 
W
V
 
K
G
 
I
G
 
A
L
 
G
I
 
F
D
 
E
M
 
E
G
 
D
S
 
S
G
 
G
H
 
S
L
 
F
H
 
D
P
 
P
L
 
E
N
 
V
L
 
A
A
 
T
L
 
F
G
 
V
E
 
M
A
 
A
S
 
E
A
 
Y
A
 
A
Q
 
K
R
 
K
L
 
M
G
 
G
V
 
V
Q
 
R
L
 
I
F
 
Y
E
 
T
H
 
Q
S
 
C
A
|
A
V
x
A
T
 
R
R
 
G
I
 
L
D
 
E
Y
 
T
-
 
Q
-
 
A
G
 
G
P
 
V
E
 
I
I
 
S
K
 
D
V
 
V
H
 
V
A
 
T
A
 
E
E
 
K
G
 
G
S
 
A
V
 
I
R
 
K
A
 
T
K
 
S
T
 
Q
L
 
V
V
 
V
L
 
V
G
x
A
-
x
G
-
x
G
-
 
V
-
x
W
C
 
S
N
 
R
A
 
L
Y
x
F
L
 
M
N
 
Q
D
 
N
L
 
L
N
 
N
P
 
V
E
 
D
L
 
V
S
 
P
G
 
-
K
 
-
V
 
T
L
 
L
P
 
P
A
 
A
G
 
-
S
 
-
Y
 
-
I
 
-
I
 
-
A
 
-
T
 
-
E
 
-
P
 
-
L
 
-
S
 
-
E
 
-
E
 
Y
Q
|
Q
A
 
S
H
x
Q
A
 
Q
L
 
L
L
 
I
P
 
S
Q
 
G
N
 
S
M
 
P
A
 
T
V
 
A
C
 
P
D
 
G
Q
 
G
R
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
D
x
P
-
 
G
-
 
G
-
 
I
Y
 
F
Y
 
F
R
 
R
L
 
E
S
 
Q
A
 
A
D
 
D
R
 
G
R
 
T
L
 
Y
L
 
A
F
 
T
G
 
S
G
 
P
A
 
R
C
 
V
H
 
I
Y
 
V
S
 
A
G
 
L
R
 
P
D
 
D
P
 
L
K
 
P
D
 
E
I
 
L
A
 
N
A
 
A
Y
 
S
M
 
L
R
 
E
P
 
-
K
 
K
M
 
L
L
 
K
E
 
A
V
 
E
F
 
F
P
 
P
Q
 
A
L
 
F
S
 
K
A
 
E
V
 
S
K
 
K
I
 
L
D
 
I
Y
 
D
Q
 
Q
W
 
W
G
 
S
G
|
G
M
x
A
I
x
M
G
 
A
I
 
I
G
 
A
A
 
P
N
 
D
R
 
E
L
 
N
P
 
P
Q
 
I
I
 
I
G
 
S
R
 
E
L
 
V
K
 
K
D
 
E
Q
 
Y
P
 
P
N
 
G
V
 
L
Y
 
V
Y
 
I
A
 
N
Q
 
T
A
 
A
Y
 
-
S
x
T
G
|
G
H
x
W
G
|
G
V
x
M
N
x
T
A
 
E
T
 
S
H
 
P
L
 
V
A
 
S
G
 
A
K
 
E
L
 
L
L
 
T
A
 
A
E
 
D
A
 
L
I
 
L
S
 
L
G
 
G
Q
 
K
H
 
K

1y56B Crystal structure of l-proline dehydrogenase from p.Horikoshii (see paper)
23% identity, 79% coverage: 51:393/435 of query aligns to 20:352/374 of 1y56B

query
sites
1y56B
A
 
A
L
 
H
E
 
E
L
 
L
A
 
A
E
 
K
R
 
R
G
 
G
L
 
E
S
 
E
V
 
V
V
 
T
L
 
V
L
x
I
E
|
E
A
x
K
H
 
R
R
 
F
I
 
I
G
 
G
W
x
S
G
|
G
A
x
S
S
x
T
G
x
F
R
|
R
N
x
C
G
|
G
G
 
-
Q
 
-
L
 
-
I
 
-
R
x
T
G
|
G
V
 
I
G
 
R
H
 
Q
G
 
Q
L
 
F
D
 
N
Q
 
D
F
 
E
T
 
A
N
 
N
V
 
-
I
 
-
G
 
-
V
 
-
E
 
-
G
 
-
V
 
V
R
 
R
Q
 
V
M
 
M
K
 
K
L
 
-
M
 
-
G
 
-
L
 
-
E
 
R
A
 
S
V
 
V
E
 
E
I
 
L
V
 
W
R
 
K
Q
 
K
R
 
Y
V
 
S
E
 
E
H
 
E
F
 
Y
Q
 
G
I
 
F
P
 
S
C
 
F
D
 
K
L
 
Q
T
 
T
W
 
-
G
 
G
Y
 
Y
C
 
L
D
 
F
L
 
L
A
 
L
N
 
Y
K
 
D
P
 
D
R
 
E
D
 
E
L
 
V
E
 
K
G
 
T
F
 
F
A
 
K
E
 
R
D
 
N
A
 
I
E
 
E
E
 
I
L
 
Q
R
 
N
S
 
K
L
 
F
G
 
G
Y
 
-
R
 
-
Y
 
V
E
 
P
T
 
T
R
 
K
L
 
L
L
 
I
-
 
T
-
 
P
-
 
E
Q
 
E
A
 
A
N
 
K
E
 
E
M
 
I
H
 
V
T
 
P
V
 
L
V
 
L
G
 
D
S
 
I
T
 
S
R
 
E
Y
 
V
V
 
I
G
 
A
G
 
A
L
 
S
I
 
W
D
 
N
M
 
P
G
 
T
S
 
D
G
 
G
H
 
K
L
 
A
H
 
D
P
 
P
L
 
F
N
 
E
L
 
A
A
 
T
L
 
T
G
 
A
E
 
F
A
 
A
S
 
V
A
 
K
A
 
A
Q
 
K
R
 
E
L
 
Y
G
 
G
V
 
A
Q
 
K
L
 
L
F
 
L
E
 
E
H
 
Y
S
 
T
A
x
E
V
|
V
T
 
K
-
 
G
R
 
F
I
 
L
D
 
I
Y
 
E
G
 
N
P
 
N
E
 
E
I
 
I
K
 
K
-
 
G
V
 
V
H
 
K
A
 
T
A
 
N
E
 
K
G
 
G
S
 
I
V
 
I
R
 
K
A
 
T
K
 
G
T
 
I
L
 
V
V
 
V
L
 
N
G
x
A
C
x
T
N
|
N
A
 
A
Y
x
W
L
 
A
N
 
N
D
 
L
L
x
I
N
 
N
P
 
A
E
 
M
L
 
A
S
 
G
G
 
I
K
 
K
V
 
T
-
 
K
L
 
I
P
 
P
A
 
I
G
 
E
S
 
P
Y
 
Y
-
 
K
-
x
H
-
 
Q
I
 
A
I
 
V
A
x
I
T
 
T
E
 
Q
P
 
P
-
 
I
-
 
K
-
 
R
-
 
G
-
 
T
-
 
I
-
 
N
-
x
P
-
 
M
-
 
V
L
 
I
S
 
S
E
 
F
E
 
K
Q
 
Y
A
 
G
H
 
H
A
 
A
L
x
Y
L
 
L
P
 
T
Q
 
Q
N
 
T
M
 
F
-
 
H
-
 
G
-
 
G
-
 
I
A
x
I
V
 
G
C
 
G
D
 
I
Q
 
G
R
 
Y
V
 
E
A
 
I
L
 
G
D
 
P
Y
 
T
Y
 
Y
R
 
D
L
 
L
S
 
T
A
 
P
D
 
T
R
 
Y
R
 
E
L
 
F
L
 
L
F
 
-
G
 
-
G
 
-
A
 
-
C
 
-
H
 
-
Y
 
-
S
 
-
G
 
-
R
 
-
D
 
-
P
 
-
K
 
R
D
 
E
I
 
V
A
 
S
A
 
Y
Y
 
Y
M
 
-
R
 
-
P
 
-
K
 
-
M
 
F
L
 
T
E
 
K
V
 
I
F
 
I
P
 
P
Q
 
A
L
 
L
S
 
K
A
 
N
V
 
L
K
 
L
I
 
I
D
 
L
Y
x
R
Q
 
T
W
|
W
G
 
A
G
|
G
M
x
Y
I
x
Y
G
 
A
I
 
K
G
 
T
A
 
P
N
 
D
R
 
S
L
 
N
P
 
P
Q
 
A
I
 
I
G
 
G
R
 
R
L
 
I
K
 
E
D
 
E
Q
 
L
P
 
N
N
 
D
V
 
Y
Y
 
Y
Y
 
I
A
 
A
Q
 
A
A
 
G
Y
x
F
S
 
S
G
|
G
H
|
H
G
|
G
V
x
F
N
x
M
A
 
M
T
 
A
H
 
P
L
 
A
A
 
V
G
 
G
K
 
E
L
 
M
L
 
V
A
 
A
E
 
E
A
 
L
I
 
I
S
 
T

Sites not aligning to the query:

5hxwA L-amino acid deaminase from proteus vulgaris (see paper)
22% identity, 83% coverage: 36:396/435 of query aligns to 17:420/433 of 5hxwA

query
sites
5hxwA
A
 
A
D
 
D
V
 
V
C
 
V
V
 
V
V
|
V
G
|
G
G
x
A
G
|
G
F
x
I
S
x
L
G
 
G
L
 
I
N
 
M
T
 
T
A
 
A
L
 
I
E
 
N
L
 
L
A
 
V
E
 
E
R
 
R
G
 
G
L
 
L
S
 
S
V
 
V
V
 
V
L
 
I
L
x
V
E
|
E
A
x
K
H
 
G
R
 
N
I
 
I
G
 
A
W
 
G
G
x
E
A
x
Q
S
|
S
G
 
S
R
|
R
N
x
F
G
x
Y
G
|
G
Q
|
Q
L
x
A
I
 
I
R
 
S
G
 
Y
V
 
K
G
 
M
H
 
P
G
 
D
L
 
E
D
 
T
Q
 
F
F
 
L
T
 
L
N
 
H
V
 
H
I
 
L
G
 
G
V
 
K
E
 
H
G
 
R
V
 
W
R
 
R
Q
 
E
M
 
M
K
 
N
L
 
A
-
 
K
M
 
V
G
 
G
L
 
I
E
 
D
A
 
T
V
 
T
E
 
Y
I
 
R
V
 
T
R
 
Q
Q
 
G
R
 
R
V
 
V
E
 
E
H
 
-
F
 
-
Q
 
-
I
 
V
P
 
P
C
 
L
D
 
D
L
 
E
T
 
E
W
 
-
G
 
-
Y
 
-
C
 
-
D
 
D
L
 
L
A
 
V
N
 
N
K
 
V
P
 
R
R
 
K
D
 
W
L
 
I
E
 
D
G
 
-
F
 
-
A
 
-
E
 
-
D
 
-
A
 
-
E
 
E
E
 
R
L
 
S
R
 
K
S
 
N
L
 
V
G
 
G
Y
 
S
R
 
D
-
 
I
-
 
P
Y
 
F
E
 
K
T
 
T
R
 
R
L
 
I
L
 
I
Q
 
E
A
 
G
N
 
A
E
 
E
M
 
L
H
 
N
T
 
Q
V
 
R
V
 
L
-
 
R
-
 
G
G
 
A
S
 
T
T
 
T
R
 
D
Y
 
W
V
 
K
G
 
I
G
 
A
L
 
G
I
 
F
D
 
E
M
 
E
G
 
D
S
 
S
G
 
G
H
 
S
L
x
F
H
 
D
P
 
P
L
 
E
N
 
V
L
 
A
A
 
T
L
 
F
G
 
V
E
 
M
A
 
A
S
 
E
A
 
Y
A
 
A
Q
 
K
R
 
K
L
 
M
G
 
G
V
 
V
Q
 
R
L
 
I
F
 
Y
E
 
T
H
 
Q
S
 
C
A
|
A
V
x
A
T
 
R
R
 
G
I
 
L
D
 
E
Y
 
T
-
 
Q
-
 
A
G
 
G
P
 
V
E
 
I
I
 
S
K
 
D
V
 
V
H
 
V
A
 
T
A
 
E
E
 
K
G
 
G
S
 
A
V
 
I
R
 
K
A
 
T
K
 
S
T
 
Q
L
 
V
V
 
V
L
 
V
G
x
A
-
x
G
-
x
G
-
 
V
-
x
W
C
 
S
N
 
R
A
 
L
Y
 
F
L
 
M
N
 
Q
D
 
N
L
 
L
N
 
N
P
 
V
E
 
D
L
 
V
S
 
P
G
 
-
K
 
-
V
 
T
L
|
L
P
 
P
A
 
A
-
 
Y
-
x
Q
G
 
S
S
x
Q
Y
 
Q
I
 
L
I
 
I
A
 
S
T
 
G
E
 
S
P
 
P
L
 
T
S
 
A
-
 
P
-
 
G
-
 
G
-
 
N
-
 
V
-
 
A
-
 
L
-
 
P
-
 
G
-
 
G
-
 
I
-
 
F
-
 
F
E
 
R
E
 
E
Q
 
Q
A
 
A
-
 
D
-
 
G
-
 
T
H
 
Y
A
 
A
L
 
T
L
 
S
P
 
P
Q
 
R
N
 
V
M
x
I
A
 
V
V
x
A
C
 
P
D
 
V
Q
x
V
R
 
K
V
 
E
A
 
S
L
x
F
D
 
T
Y
 
Y
-
x
G
Y
 
Y
R
 
K
-
x
Y
-
 
L
-
 
P
-
 
L
-
 
L
-
 
A
-
 
L
-
 
P
-
 
D
-
x
F
-
 
P
-
x
V
-
 
H
L
x
I
S
 
S
A
x
L
D
x
N
R
x
E
R
 
Q
L
|
L
L
x
I
-
 
N
-
 
S
F
|
F
G
x
M
G
x
Q
A
x
S
C
 
T
H
 
H
Y
 
W
S
 
N
G
 
L
R
 
D
D
 
E
P
 
V
K
 
S
D
 
P
I
x
F
A
 
E
A
 
Q
Y
 
F
M
 
R
R
 
N
-
 
M
-
 
T
-
 
A
-
 
L
P
 
P
K
 
D
M
 
L
L
 
P
E
 
E
V
 
L
-
 
N
-
 
A
-
 
S
-
 
L
-
 
E
-
 
K
-
 
L
-
 
K
-
 
A
-
 
E
F
 
F
P
 
P
Q
 
A
L
 
F
S
 
K
A
 
E
V
 
S
K
 
K
I
 
L
D
 
I
Y
 
D
Q
 
Q
W
 
W
G
 
S
G
|
G
M
x
A
I
x
M
G
 
A
I
|
I
G
 
A
A
 
P
N
 
D
R
x
E
L
 
N
P
 
P
Q
 
I
I
 
I
G
 
S
R
 
E
L
 
V
K
 
K
D
 
E
Q
 
Y
P
 
P
N
 
G
V
 
L
Y
 
V
Y
 
I
A
 
N
Q
 
T
A
 
A
Y
 
-
S
x
T
G
|
G
H
x
W
G
|
G
V
x
M
N
x
T
A
 
E
T
 
S
H
 
P
L
 
V
A
 
S
G
 
A
K
 
E
L
 
L
L
 
T
A
 
A
E
 
D
A
 
L
I
 
L
S
 
L
G
 
G
Q
 
K
H
 
K

Query Sequence

>PfGW456L13_809 FitnessBrowser__pseudo13_GW456_L13:PfGW456L13_809
MNARAQQPAMNHTASYYAASSLPQPELPALKGEVLADVCVVGGGFSGLNTALELAERGLS
VVLLEAHRIGWGASGRNGGQLIRGVGHGLDQFTNVIGVEGVRQMKLMGLEAVEIVRQRVE
HFQIPCDLTWGYCDLANKPRDLEGFAEDAEELRSLGYRYETRLLQANEMHTVVGSTRYVG
GLIDMGSGHLHPLNLALGEASAAQRLGVQLFEHSAVTRIDYGPEIKVHAAEGSVRAKTLV
LGCNAYLNDLNPELSGKVLPAGSYIIATEPLSEEQAHALLPQNMAVCDQRVALDYYRLSA
DRRLLFGGACHYSGRDPKDIAAYMRPKMLEVFPQLSAVKIDYQWGGMIGIGANRLPQIGR
LKDQPNVYYAQAYSGHGVNATHLAGKLLAEAISGQHSGGFDLFAKVPHITFPGGKHLRSP
LLALGMLWHRFKELV

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory