SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing RR42_RS00265 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS00265 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4ymuJ Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines and atps (see paper)
55% identity, 89% coverage: 8:222/242 of query aligns to 5:219/240 of 4ymuJ

query
sites
4ymuJ
D
 
N
K
 
D
V
 
V
S
 
Y
K
 
K
S
 
N
F
|
F
G
 
G
Q
 
S
V
 
L
E
 
E
I
x
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
V
 
V
S
 
T
F
 
L
S
 
K
V
 
V
R
 
N
A
 
K
G
 
G
E
 
E
V
 
V
V
 
V
A
 
V
L
 
I
I
 
I
G
 
G
R
 
P
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
A
 
L
L
 
L
R
 
R
C
 
C
I
 
I
N
 
N
G
 
L
L
 
L
E
 
E
R
 
E
V
 
P
N
 
T
G
 
K
G
 
G
A
 
E
L
 
V
H
 
F
V
 
I
C
 
D
G
 
G
R
 
V
A
 
K
M
 
I
H
 
N
E
 
N
D
 
G
N
 
K
V
 
V
P
 
N
L
 
I
G
 
N
E
 
K
L
 
V
R
 
R
K
 
Q
E
 
K
V
 
V
G
 
G
I
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
H
Y
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
F
P
 
P
H
 
H
L
 
L
T
 
T
V
 
A
E
 
I
E
 
E
N
 
N
V
 
I
M
 
T
L
 
L
A
 
A
P
 
P
R
 
V
K
 
K
V
 
V
K
 
K
G
 
K
V
 
M
G
 
N
K
 
K
K
 
K
E
 
E
A
 
A
R
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
A
M
 
V
H
 
D
V
 
L
L
 
L
K
 
A
Q
 
K
V
 
V
G
 
G
M
 
L
E
 
L
E
 
D
R
 
K
A
 
K
G
 
D
Y
 
Q
Y
 
Y
P
 
P
E
 
I
Q
 
K
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
L
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
M
R
 
Q
P
 
P
R
 
E
L
 
V
M
 
M
L
 
L
F
 
F
D
 
D
E
|
E
V
 
P
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
L
 
M
T
 
V
G
 
K
E
 
E
V
 
V
L
 
L
K
 
N
V
 
V
I
 
M
E
 
K
R
 
Q
L
 
L
A
 
A
E
 
N
K
 
E
G
 
G
M
 
M
T
 
T
M
 
M
V
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
|
H
E
 
E
M
 
M
A
 
G
F
 
F
A
 
A
R
 
R
S
 
E
V
 
V
A
 
G
D
 
D
Q
 
R
I
 
V
M
 
I
F
 
F
M
 
M
H
 
D
Q
 
D
G
 
G
I
 
V
V
 
I
W
 
V
E
 
E
G
 
E
G
 
G
S
 
T

3c4jA Abc protein artp in complex with atp-gamma-s
51% identity, 97% coverage: 4:238/242 of query aligns to 3:238/242 of 3c4jA

query
sites
3c4jA
I
 
M
V
 
I
R
 
D
F
 
V
D
 
H
K
 
Q
V
 
L
S
 
K
K
 
K
S
 
S
F
|
F
G
 
G
Q
 
S
V
 
L
E
 
E
I
x
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
N
F
 
V
S
 
H
V
 
I
R
 
R
A
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
V
V
 
V
A
 
V
L
 
V
I
 
I
G
 
G
R
 
P
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
A
 
F
L
 
L
R
 
R
C
 
C
I
 
L
N
 
N
G
 
L
L
 
L
E
 
E
R
 
D
V
 
F
N
 
D
G
 
E
G
 
G
A
 
E
L
 
I
H
 
I
V
 
I
C
 
D
G
 
G
R
 
I
A
 
N
M
 
L
H
 
K
E
 
A
D
 
K
N
 
D
V
 
T
P
 
N
L
 
L
G
 
N
E
 
K
L
 
V
R
 
R
K
 
E
E
 
E
V
 
V
G
 
G
I
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
R
Y
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
F
P
 
P
H
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
N
N
 
N
V
 
I
M
 
T
L
 
L
A
 
A
P
 
P
R
 
M
K
 
K
V
 
V
K
 
R
G
 
K
V
 
W
G
 
P
K
 
R
K
 
E
E
 
K
A
 
A
R
 
E
E
 
A
L
 
K
A
 
A
M
 
M
H
 
E
V
 
L
L
 
L
K
 
D
Q
 
K
V
 
V
G
 
G
M
 
L
E
 
K
E
 
D
R
 
K
A
 
A
G
 
H
Y
 
A
Y
 
Y
P
 
P
E
 
D
Q
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
M
R
 
E
P
 
P
R
 
K
L
 
I
M
 
M
L
 
L
F
 
F
D
 
D
E
 
E
V
 
P
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
L
 
M
T
 
V
G
 
G
E
 
E
V
 
V
L
 
L
K
 
S
V
 
V
I
 
M
E
 
K
R
 
Q
L
 
L
A
 
A
E
 
N
K
 
E
G
 
G
M
 
M
T
 
T
M
 
M
V
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
A
 
G
F
 
F
A
 
A
R
 
R
S
 
E
V
 
V
A
 
G
D
 
D
Q
 
R
I
 
V
M
 
L
F
 
F
M
 
M
H
 
D
Q
 
G
G
 
G
-
 
Y
I
 
I
V
 
I
W
 
E
E
 
E
G
 
G
G
 
K
S
 
P
G
 
E
K
 
D
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
R
P
 
P
S
 
Q
T
 
H
P
 
E
E
 
R
L
 
T
K
 
K
Q
 
A
F
 
F
V
 
L

3c41J Abc protein artp in complex with amp-pnp/mg2+
51% identity, 97% coverage: 4:238/242 of query aligns to 3:238/242 of 3c41J

query
sites
3c41J
I
 
M
V
 
I
R
 
D
F
 
V
D
 
H
K
 
Q
V
 
L
S
 
K
K
 
K
S
 
S
F
|
F
G
 
G
Q
 
S
V
 
L
E
 
E
I
x
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
N
F
 
V
S
 
H
V
 
I
R
 
R
A
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
V
V
 
V
A
 
V
L
 
V
I
 
I
G
 
G
R
 
P
S
|
S
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
A
 
F
L
 
L
R
 
R
C
 
C
I
 
L
N
 
N
G
 
L
L
 
L
E
 
E
R
 
D
V
 
F
N
 
D
G
 
E
G
 
G
A
 
E
L
 
I
H
 
I
V
 
I
C
 
D
G
 
G
R
 
I
A
 
N
M
 
L
H
 
K
E
 
A
D
 
K
N
 
D
V
 
T
P
 
N
L
 
L
G
 
N
E
 
K
L
 
V
R
 
R
K
 
E
E
 
E
V
 
V
G
 
G
I
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
R
Y
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
F
P
 
P
H
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
N
N
 
N
V
 
I
M
 
T
L
 
L
A
 
A
P
 
P
R
 
M
K
 
K
V
 
V
K
 
R
G
 
K
V
 
W
G
 
P
K
 
R
K
 
E
E
 
K
A
 
A
R
 
E
E
 
A
L
 
K
A
 
A
M
 
M
H
 
E
V
 
L
L
 
L
K
 
D
Q
 
K
V
 
V
G
 
G
M
 
L
E
 
K
E
 
D
R
 
K
A
 
A
G
 
H
Y
 
A
Y
 
Y
P
 
P
E
 
D
Q
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
M
R
 
E
P
 
P
R
 
K
L
 
I
M
 
M
L
 
L
F
 
F
D
|
D
E
 
E
V
 
P
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
L
 
M
T
 
V
G
 
G
E
 
E
V
 
V
L
 
L
K
 
S
V
 
V
I
 
M
E
 
K
R
 
Q
L
 
L
A
 
A
E
 
N
K
 
E
G
 
G
M
 
M
T
 
T
M
 
M
V
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
A
 
G
F
 
F
A
 
A
R
 
R
S
 
E
V
 
V
A
 
G
D
 
D
Q
 
R
I
 
V
M
 
L
F
 
F
M
 
M
H
 
D
Q
 
G
G
 
G
-
 
Y
I
 
I
V
 
I
W
 
E
E
 
E
G
 
G
G
 
K
S
 
P
G
 
E
K
 
D
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
R
P
 
P
S
 
Q
T
 
H
P
 
E
E
 
R
L
 
T
K
 
K
Q
 
A
F
 
F
V
 
L

2olkA Abc protein artp in complex with adp-beta-s
51% identity, 97% coverage: 4:238/242 of query aligns to 3:238/242 of 2olkA

query
sites
2olkA
I
 
M
V
 
I
R
 
D
F
 
V
D
 
H
K
 
Q
V
 
L
S
 
K
K
 
K
S
 
S
F
|
F
G
 
G
Q
 
S
V
 
L
E
 
E
I
x
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
N
F
 
V
S
 
H
V
 
I
R
 
R
A
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
V
V
 
V
A
 
V
L
 
V
I
 
I
G
 
G
R
 
P
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
A
 
F
L
 
L
R
 
R
C
 
C
I
 
L
N
 
N
G
 
L
L
 
L
E
 
E
R
 
D
V
 
F
N
 
D
G
 
E
G
 
G
A
 
E
L
 
I
H
 
I
V
 
I
C
 
D
G
 
G
R
 
I
A
 
N
M
 
L
H
 
K
E
 
A
D
 
K
N
 
D
V
 
T
P
 
N
L
 
L
G
 
N
E
 
K
L
 
V
R
 
R
K
 
E
E
 
E
V
 
V
G
 
G
I
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
R
Y
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
F
P
 
P
H
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
N
N
 
N
V
 
I
M
 
T
L
 
L
A
 
A
P
 
P
R
 
M
K
 
K
V
 
V
K
 
R
G
 
K
V
 
W
G
 
P
K
 
R
K
 
E
E
 
K
A
 
A
R
 
E
E
 
A
L
 
K
A
 
A
M
 
M
H
 
E
V
 
L
L
 
L
K
 
D
Q
 
K
V
 
V
G
 
G
M
 
L
E
 
K
E
 
D
R
 
K
A
 
A
G
 
H
Y
 
A
Y
 
Y
P
 
P
E
 
D
Q
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
M
R
 
E
P
 
P
R
 
K
L
 
I
M
 
M
L
 
L
F
 
F
D
 
D
E
 
E
V
 
P
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
L
 
M
T
 
V
G
 
G
E
 
E
V
 
V
L
 
L
K
 
S
V
 
V
I
 
M
E
 
K
R
 
Q
L
 
L
A
 
A
E
 
N
K
 
E
G
 
G
M
 
M
T
 
T
M
 
M
V
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
A
 
G
F
 
F
A
 
A
R
 
R
S
 
E
V
 
V
A
 
G
D
 
D
Q
 
R
I
 
V
M
 
L
F
 
F
M
 
M
H
 
D
Q
 
G
G
 
G
-
 
Y
I
 
I
V
 
I
W
 
E
E
 
E
G
 
G
G
 
K
S
 
P
G
 
E
K
 
D
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
R
P
 
P
S
 
Q
T
 
H
P
 
E
E
 
R
L
 
T
K
 
K
Q
 
A
F
 
F
V
 
L

2oljA Abc protein artp in complex with adp/mg2+
51% identity, 97% coverage: 4:238/242 of query aligns to 3:238/242 of 2oljA

query
sites
2oljA
I
 
M
V
 
I
R
 
D
F
 
V
D
 
H
K
 
Q
V
 
L
S
 
K
K
 
K
S
 
S
F
|
F
G
 
G
Q
 
S
V
 
L
E
 
E
I
x
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
N
F
 
V
S
 
H
V
 
I
R
 
R
A
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
V
V
 
V
A
 
V
L
 
V
I
 
I
G
 
G
R
 
P
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
A
 
F
L
 
L
R
 
R
C
 
C
I
 
L
N
 
N
G
 
L
L
 
L
E
 
E
R
 
D
V
 
F
N
 
D
G
 
E
G
 
G
A
 
E
L
 
I
H
 
I
V
 
I
C
 
D
G
 
G
R
 
I
A
 
N
M
 
L
H
 
K
E
 
A
D
 
K
N
 
D
V
 
T
P
 
N
L
 
L
G
 
N
E
 
K
L
 
V
R
 
R
K
 
E
E
 
E
V
 
V
G
 
G
I
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
R
Y
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
F
P
 
P
H
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
N
N
 
N
V
 
I
M
 
T
L
 
L
A
 
A
P
 
P
R
 
M
K
 
K
V
 
V
K
 
R
G
 
K
V
 
W
G
 
P
K
 
R
K
 
E
E
 
K
A
 
A
R
 
E
E
 
A
L
 
K
A
 
A
M
 
M
H
 
E
V
 
L
L
 
L
K
 
D
Q
 
K
V
 
V
G
 
G
M
 
L
E
 
K
E
 
D
R
 
K
A
 
A
G
 
H
Y
 
A
Y
 
Y
P
 
P
E
 
D
Q
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
M
R
 
E
P
 
P
R
 
K
L
 
I
M
 
M
L
 
L
F
 
F
D
 
D
E
 
E
V
 
P
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
L
 
M
T
 
V
G
 
G
E
 
E
V
 
V
L
 
L
K
 
S
V
 
V
I
 
M
E
 
K
R
 
Q
L
 
L
A
 
A
E
 
N
K
 
E
G
 
G
M
 
M
T
 
T
M
 
M
V
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
A
 
G
F
 
F
A
 
A
R
 
R
S
 
E
V
 
V
A
 
G
D
 
D
Q
 
R
I
 
V
M
 
L
F
 
F
M
 
M
H
 
D
Q
 
G
G
 
G
-
 
Y
I
 
I
V
 
I
W
 
E
E
 
E
G
 
G
G
 
K
S
 
P
G
 
E
K
 
D
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
R
P
 
P
S
 
Q
T
 
H
P
 
E
E
 
R
L
 
T
K
 
K
Q
 
A
F
 
F
V
 
L

4u00A Crystal structure of ttha1159 in complex with adp (see paper)
52% identity, 97% coverage: 4:238/242 of query aligns to 2:236/241 of 4u00A

query
sites
4u00A
I
 
I
V
 
I
R
 
R
F
 
I
D
 
R
K
 
N
V
 
L
S
 
H
K
 
K
S
 
W
F
|
F
G
 
G
Q
 
P
V
 
L
E
 
H
I
x
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
H
F
 
L
S
 
E
V
 
V
R
 
A
A
 
P
G
 
G
E
 
E
V
 
K
V
 
L
A
 
V
L
 
I
I
 
I
G
 
G
R
 
P
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
A
 
L
L
 
I
R
 
R
C
 
T
I
 
I
N
 
N
G
 
R
L
 
L
E
 
E
R
 
D
V
 
F
N
 
Q
G
 
E
G
 
G
A
 
E
L
 
V
H
 
V
V
 
V
C
 
D
G
 
G
R
 
L
A
 
S
M
 
V
H
 
K
E
 
D
D
 
D
N
 
R
V
 
A
P
 
-
L
 
L
G
 
R
E
 
E
L
 
I
R
 
R
K
 
R
E
 
E
V
 
V
G
 
G
I
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
Q
Y
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
F
P
 
P
H
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
E
N
 
N
V
 
V
M
 
T
L
 
L
A
 
A
P
 
P
R
 
M
K
 
R
V
 
V
K
 
R
G
 
R
V
 
W
G
 
P
K
 
R
K
 
E
E
 
K
A
 
A
R
 
E
E
 
K
L
 
K
A
 
A
M
 
L
H
 
E
V
 
L
L
 
L
K
 
E
Q
 
R
V
 
V
G
 
G
M
 
I
E
 
L
E
 
D
R
 
Q
A
 
A
G
 
R
Y
 
K
Y
 
Y
P
 
P
E
 
A
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
M
R
 
E
P
 
P
R
 
K
L
 
I
M
 
M
L
 
L
F
 
F
D
 
D
E
 
E
V
 
P
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
L
 
M
T
 
V
G
 
G
E
 
E
V
 
V
L
 
L
K
 
D
V
 
V
I
 
M
E
 
R
R
 
D
L
 
L
A
 
A
E
 
Q
K
 
G
G
 
G
M
 
M
T
 
T
M
 
M
V
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
A
 
G
F
 
F
A
 
A
R
 
R
S
 
E
V
 
V
A
 
A
D
 
D
Q
 
R
I
 
V
M
 
V
F
 
F
M
 
M
H
 
D
Q
 
G
G
 
G
-
 
Q
I
 
I
V
 
V
W
 
E
E
 
E
G
 
G
G
 
R
S
 
P
G
 
E
K
 
E
L
 
I
L
 
F
D
 
T
E
 
R
P
 
P
S
 
K
T
 
E
P
 
E
E
 
R
L
 
T
K
 
R
Q
 
S
F
 
F
V
 
L

1b0uA Atp-binding subunit of the histidine permease from salmonella typhimurium (see paper)
52% identity, 96% coverage: 10:242/242 of query aligns to 8:253/258 of 1b0uA

query
sites
1b0uA
V
 
L
S
 
H
K
 
K
S
 
R
F
x
Y
G
 
G
Q
 
G
V
x
H
E
 
E
I
 
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
V
 
V
S
 
S
F
 
L
S
 
Q
V
 
A
R
 
R
A
 
A
G
 
G
E
 
D
V
 
V
V
 
I
A
 
S
L
 
I
I
 
I
G
 
G
R
 
S
S
|
S
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
A
 
F
L
 
L
R
 
R
C
 
C
I
 
I
N
 
N
G
 
F
L
 
L
E
 
E
R
 
K
V
 
P
N
 
S
G
 
E
G
 
G
A
 
A
L
 
I
H
 
I
V
 
V
C
 
N
G
 
G
R
 
Q
A
 
N
M
 
I
H
 
N
-
 
L
-
 
V
-
 
R
-
 
D
-
 
K
-
 
D
-
 
G
-
 
Q
-
 
L
-
 
K
-
 
V
E
 
A
D
 
D
N
 
K
V
 
N
P
 
Q
L
 
L
G
 
R
E
 
L
L
 
L
R
 
R
K
 
T
E
 
R
V
 
L
G
 
T
I
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
H
Y
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
W
P
 
S
H
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
E
N
 
N
V
 
V
M
 
M
L
 
E
A
 
A
P
 
P
R
 
I
K
 
Q
V
 
V
K
 
L
G
 
G
V
 
L
G
 
S
K
 
K
K
 
H
E
 
D
A
 
A
R
 
R
E
 
E
L
 
R
A
 
A
M
 
L
H
 
K
V
 
Y
L
 
L
K
 
A
Q
 
K
V
 
V
G
 
G
M
 
I
E
 
D
E
 
E
R
 
R
A
 
A
-
 
Q
G
 
G
Y
 
K
Y
 
Y
P
 
P
E
 
V
Q
 
H
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
S
I
 
I
A
 
A
R
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
M
R
 
E
P
 
P
R
 
D
L
 
V
M
 
L
L
 
L
F
 
F
D
 
D
E
 
E
V
 
P
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
L
 
L
T
 
V
G
 
G
E
 
E
V
 
V
L
 
L
K
 
R
V
 
I
I
 
M
E
 
Q
R
 
Q
L
 
L
A
 
A
E
 
E
K
 
E
G
 
G
M
 
K
T
 
T
M
 
M
V
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
A
 
G
F
 
F
A
 
A
R
 
R
S
 
H
V
 
V
A
 
S
D
 
S
Q
 
H
I
 
V
M
 
I
F
 
F
M
 
L
H
 
H
Q
 
Q
G
 
G
-
 
K
I
 
I
V
 
E
W
 
E
E
 
E
G
 
G
G
 
D
S
 
P
G
 
E
K
 
Q
L
 
V
L
 
F
D
 
G
E
 
N
P
 
P
S
 
Q
T
 
S
P
 
P
E
 
R
L
 
L
K
 
Q
Q
 
Q
F
 
F
V
 
L
G
 
K
N
 
G
G
 
S
L
 
L

P02915 Histidine/lysine/arginine/ornithine transport ATP-binding protein HisP; EC 7.4.2.1 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see paper)
52% identity, 96% coverage: 10:242/242 of query aligns to 12:257/258 of P02915

query
sites
P02915
V
 
L
S
 
H
K
 
K
S
 
R
F
 
Y
G
 
G
Q
 
G
V
 
H
E
 
E
I
 
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
V
 
V
S
 
S
F
 
L
S
 
Q
V
 
A
R
 
R
A
 
A
G
 
G
E
 
D
V
 
V
V
 
I
A
 
S
L
 
I
I
 
I
G
 
G
R
 
S
S
|
S
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
A
 
F
L
 
L
R
 
R
C
 
C
I
 
I
N
 
N
G
 
F
L
 
L
E
 
E
R
 
K
V
 
P
N
 
S
G
 
E
G
 
G
A
 
A
L
 
I
H
 
I
V
 
V
C
 
N
G
 
G
R
 
Q
A
 
N
M
 
I
H
 
N
-
 
L
-
 
V
-
 
R
-
 
D
-
 
K
-
 
D
-
 
G
-
 
Q
-
 
L
-
 
K
-
 
V
E
 
A
D
 
D
N
 
K
V
 
N
P
 
Q
L
 
L
G
 
R
E
 
L
L
 
L
R
 
R
K
 
T
E
 
R
V
 
L
G
 
T
I
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
H
Y
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
W
P
 
S
H
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
E
N
 
N
V
 
V
M
 
M
L
 
E
A
 
A
P
 
P
R
 
I
K
 
Q
V
 
V
K
 
L
G
 
G
V
 
L
G
 
S
K
 
K
K
 
H
E
 
D
A
 
A
R
 
R
E
 
E
L
 
R
A
 
A
M
 
L
H
 
K
V
 
Y
L
 
L
K
 
A
Q
 
K
V
 
V
G
 
G
M
 
I
E
 
D
E
 
E
R
 
R
A
 
A
-
 
Q
G
 
G
Y
 
K
Y
 
Y
P
 
P
E
 
V
Q
 
H
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
S
I
 
I
A
 
A
R
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
M
R
 
E
P
 
P
R
 
D
L
 
V
M
 
L
L
 
L
F
 
F
D
 
D
E
 
E
V
 
P
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
L
 
L
T
 
V
G
 
G
E
 
E
V
 
V
L
 
L
K
 
R
V
 
I
I
 
M
E
 
Q
R
 
Q
L
 
L
A
 
A
E
 
E
K
 
E
G
 
G
M
 
K
T
 
T
M
 
M
V
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
A
 
G
F
 
F
A
 
A
R
 
R
S
 
H
V
 
V
A
 
S
D
 
S
Q
 
H
I
 
V
M
 
I
F
 
F
M
 
L
H
 
H
Q
 
Q
G
 
G
-
 
K
I
 
I
V
 
E
W
 
E
E
 
E
G
 
G
G
 
D
S
 
P
G
 
E
K
 
Q
L
 
V
L
 
F
D
 
G
E
 
N
P
 
P
S
 
Q
T
 
S
P
 
P
E
 
R
L
 
L
K
 
Q
Q
 
Q
F
 
F
V
 
L
G
 
K
N
 
G
G
 
S
L
 
L

P30750 Methionine import ATP-binding protein MetN; EC 7.4.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
35% identity, 99% coverage: 4:242/242 of query aligns to 1:245/343 of P30750

query
sites
P30750
I
 
M
V
 
I
R
 
K
F
 
L
D
 
S
K
 
N
V
 
I
S
 
T
K
 
K
S
 
V
F
 
F
G
 
H
Q
 
Q
-
 
G
-
 
T
-
 
R
-
 
T
V
 
I
E
 
Q
I
 
A
L
 
L
K
 
N
G
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
L
S
 
H
V
 
V
R
 
P
A
 
A
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
V
 
Y
A
 
G
L
 
V
I
 
I
G
 
G
R
 
A
S
|
S
G
|
G
S
x
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
A
 
L
L
 
I
R
 
R
C
 
C
I
 
V
N
 
N
G
 
L
L
 
L
E
 
E
R
 
R
V
 
P
N
 
T
G
 
E
G
 
G
A
 
S
L
 
V
H
 
L
V
 
V
C
 
D
G
 
G
R
 
Q
A
 
E
M
 
L
H
 
T
E
 
T
-
 
L
D
 
S
N
 
E
V
 
S
P
 
E
L
 
L
G
 
T
E
 
K
L
 
A
R
 
R
K
 
R
E
 
Q
V
 
I
G
 
G
I
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
S
 
H
Y
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
L
P
 
S
H
 
S
L
 
R
T
 
T
V
 
V
E
 
F
E
 
G
N
 
N
V
 
V
M
 
A
L
 
L
A
 
-
P
 
P
R
 
L
K
 
E
V
 
L
K
 
D
G
 
N
V
 
T
G
 
P
K
 
K
K
 
D
E
 
E
A
 
V
R
 
K
E
 
R
L
 
R
A
 
V
M
 
T
H
 
E
V
 
L
L
 
L
K
 
S
Q
 
L
V
 
V
G
 
G
M
 
L
E
 
G
E
 
D
R
 
K
A
 
H
G
 
D
Y
 
S
Y
 
Y
P
 
P
E
 
S
Q
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
S
R
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
V
M
 
L
L
 
L
F
 
C
D
 
D
E
|
E
V
 
A
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
A
L
 
T
T
 
T
G
 
R
E
 
S
V
 
I
L
 
L
K
 
E
V
 
L
I
 
L
E
 
K
R
 
D
L
 
I
A
 
N
E
 
R
K
 
R
-
 
L
G
 
G
M
 
L
T
 
T
M
 
I
V
 
L
L
 
L
V
 
I
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
A
 
D
F
 
V
A
 
V
R
 
K
S
 
R
V
 
I
A
 
C
D
 
D
Q
 
C
I
 
V
M
 
A
F
 
V
M
 
I
H
 
S
Q
 
N
G
 
G
-
 
E
I
 
L
V
 
I
W
 
E
E
 
Q
G
 
D
G
 
T
S
 
V
G
 
S
K
 
E
L
 
V
L
 
F
D
 
S
E
 
H
P
 
P
S
 
K
T
 
T
P
 
P
E
 
L
L
 
A
K
 
Q
Q
 
K
F
 
F
V
 
I
G
 
Q
N
 
S
G
 
T
L
 
L

Sites not aligning to the query:

3tuzC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 semet soak crystal form (see paper)
35% identity, 99% coverage: 4:242/242 of query aligns to 2:246/344 of 3tuzC

query
sites
3tuzC
I
 
M
V
 
I
R
 
K
F
 
L
D
 
S
K
 
N
V
 
I
S
 
T
K
 
K
S
 
V
F
|
F
G
 
H
Q
|
Q
-
 
G
-
 
T
-
 
R
-
 
T
V
 
I
E
 
Q
I
 
A
L
 
L
K
 
N
G
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
L
S
 
H
V
 
V
R
 
P
A
 
A
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
V
 
Y
A
 
G
L
 
V
I
 
I
G
 
G
R
 
A
S
 
S
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
A
 
L
L
 
I
R
 
R
C
 
C
I
 
V
N
 
N
G
 
L
L
 
L
E
 
E
R
 
R
V
 
P
N
 
T
G
 
E
G
 
G
A
 
S
L
 
V
H
 
L
V
 
V
C
 
D
G
 
G
R
 
Q
A
 
E
M
 
L
H
 
T
E
 
T
-
 
L
D
 
S
N
 
E
V
 
S
P
 
E
L
 
L
G
 
T
E
 
K
L
 
A
R
 
R
K
 
R
E
 
Q
V
 
I
G
 
G
I
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
S
 
H
Y
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
L
P
 
S
H
 
S
L
 
R
T
 
T
V
 
V
E
 
F
E
 
G
N
 
N
V
 
V
M
 
A
L
 
L
A
 
-
P
 
P
R
 
L
K
 
E
V
 
L
K
 
D
G
 
N
V
 
T
G
 
P
K
 
K
K
 
D
E
 
E
A
 
V
R
 
K
E
 
R
L
 
R
A
 
V
M
 
T
H
 
E
V
 
L
L
 
L
K
 
S
Q
 
L
V
 
V
G
 
G
M
 
L
E
 
G
E
 
D
R
 
K
A
 
H
G
 
D
Y
 
S
Y
 
Y
P
 
P
E
 
S
Q
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
S
R
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
V
M
 
L
L
 
L
F
 
C
D
 
D
E
 
Q
V
 
A
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
A
L
 
T
T
 
T
G
 
R
E
 
S
V
 
I
L
 
L
K
 
E
V
 
L
I
 
L
E
 
K
R
 
D
L
 
I
A
 
N
E
 
R
K
 
R
-
 
L
G
 
G
M
 
L
T
 
T
M
 
I
V
 
L
L
 
L
V
 
I
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
A
 
D
F
 
V
A
 
V
R
 
K
S
 
R
V
 
I
A
 
C
D
 
D
Q
 
C
I
 
V
M
 
A
F
 
V
M
 
I
H
 
S
Q
 
N
G
 
G
-
 
E
I
 
L
V
 
I
W
 
E
E
 
Q
G
 
D
G
 
T
S
 
V
G
 
S
K
 
E
L
 
V
L
 
F
D
 
S
E
 
H
P
 
P
S
 
K
T
 
T
P
 
P
E
 
L
L
 
A
K
 
Q
Q
 
K
F
 
F
V
 
I
G
 
Q
N
 
S
G
 
T
L
 
L

Sites not aligning to the query:

3tuiC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 native crystal form (see paper)
35% identity, 99% coverage: 4:242/242 of query aligns to 2:246/344 of 3tuiC

query
sites
3tuiC
I
 
M
V
 
I
R
 
K
F
 
L
D
 
S
K
 
N
V
 
I
S
 
T
K
 
K
S
 
V
F
|
F
G
 
H
Q
 
Q
-
 
G
-
 
T
-
 
R
-
 
T
V
 
I
E
 
Q
I
 
A
L
 
L
K
 
N
G
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
L
S
 
H
V
 
V
R
 
P
A
 
A
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
V
 
Y
A
 
G
L
 
V
I
 
I
G
 
G
R
 
A
S
 
S
G
|
G
S
x
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
A
 
L
L
 
I
R
 
R
C
 
C
I
 
V
N
 
N
G
 
L
L
 
L
E
 
E
R
 
R
V
 
P
N
 
T
G
 
E
G
 
G
A
 
S
L
 
V
H
 
L
V
 
V
C
 
D
G
 
G
R
 
Q
A
 
E
M
 
L
H
 
T
E
 
T
-
 
L
D
 
S
N
 
E
V
 
S
P
 
E
L
 
L
G
 
T
E
 
K
L
 
A
R
 
R
K
 
R
E
 
Q
V
 
I
G
 
G
I
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
S
 
H
Y
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
L
P
 
S
H
 
S
L
 
R
T
 
T
V
 
V
E
 
F
E
 
G
N
 
N
V
 
V
M
 
A
L
 
L
A
 
-
P
 
P
R
 
L
K
 
E
V
 
L
K
 
D
G
 
N
V
 
T
G
 
P
K
 
K
K
 
D
E
 
E
A
 
V
R
 
K
E
 
R
L
 
R
A
 
V
M
 
T
H
 
E
V
 
L
L
 
L
K
 
S
Q
 
L
V
 
V
G
 
G
M
 
L
E
 
G
E
 
D
R
 
K
A
 
H
G
 
D
Y
 
S
Y
 
Y
P
 
P
E
 
S
Q
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
S
R
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
V
M
 
L
L
 
L
F
 
C
D
 
D
E
 
Q
V
 
A
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
A
L
 
T
T
 
T
G
 
R
E
 
S
V
 
I
L
 
L
K
 
E
V
 
L
I
 
L
E
 
K
R
 
D
L
 
I
A
 
N
E
 
R
K
 
R
-
 
L
G
 
G
M
 
L
T
 
T
M
 
I
V
 
L
L
 
L
V
 
I
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
A
 
D
F
 
V
A
 
V
R
 
K
S
 
R
V
 
I
A
 
C
D
 
D
Q
 
C
I
 
V
M
 
A
F
 
V
M
 
I
H
 
S
Q
 
N
G
 
G
-
 
E
I
 
L
V
 
I
W
 
E
E
 
Q
G
 
D
G
 
T
S
 
V
G
 
S
K
 
E
L
 
V
L
 
F
D
 
S
E
 
H
P
 
P
S
 
K
T
 
T
P
 
P
E
 
L
L
 
A
K
 
Q
Q
 
K
F
 
F
V
 
I
G
 
Q
N
 
S
G
 
T
L
 
L

6cvlD Crystal structure of the escherichia coli atpgs-bound metni methionine abc transporter in complex with its metq binding protein (see paper)
35% identity, 99% coverage: 4:242/242 of query aligns to 2:246/344 of 6cvlD

query
sites
6cvlD
I
 
M
V
 
I
R
 
K
F
 
L
D
 
S
K
 
N
V
 
I
S
 
T
K
 
K
S
 
V
F
|
F
G
 
H
Q
|
Q
-
 
G
-
 
T
-
 
R
-
 
T
V
x
I
E
 
Q
I
 
A
L
 
L
K
 
N
G
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
L
S
 
H
V
 
V
R
 
P
A
 
A
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
V
 
Y
A
 
G
L
 
V
I
 
I
G
 
G
R
 
A
S
|
S
G
|
G
S
x
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
A
 
L
L
 
I
R
 
R
C
 
C
I
 
V
N
 
N
G
 
L
L
 
L
E
 
E
R
 
R
V
 
P
N
 
T
G
 
E
G
 
G
A
 
S
L
 
V
H
 
L
V
 
V
C
 
D
G
 
G
R
 
Q
A
 
E
M
 
L
H
 
T
E
 
T
-
 
L
D
 
S
N
 
E
V
 
S
P
 
E
L
 
L
G
 
T
E
 
K
L
 
A
R
 
R
K
 
R
E
 
Q
V
 
I
G
 
G
I
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
S
 
H
Y
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
L
P
 
S
H
 
S
L
 
R
T
 
T
V
 
V
E
 
F
E
 
G
N
 
N
V
 
V
M
 
A
L
 
L
A
 
-
P
 
P
R
 
L
K
 
E
V
 
L
K
 
D
G
 
N
V
 
T
G
 
P
K
 
K
K
 
D
E
 
E
A
 
V
R
 
K
E
 
R
L
 
R
A
 
V
M
 
T
H
 
E
V
 
L
L
 
L
K
 
S
Q
 
L
V
 
V
G
 
G
M
 
L
E
 
G
E
 
D
R
 
K
A
 
H
G
 
D
Y
 
S
Y
 
Y
P
 
P
E
 
S
Q
x
N
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
|
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
S
R
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
V
M
 
L
L
 
L
F
 
C
D
 
D
E
 
Q
V
 
A
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
A
L
 
T
T
 
T
G
 
R
E
 
S
V
 
I
L
 
L
K
 
E
V
 
L
I
 
L
E
 
K
R
 
D
L
 
I
A
 
N
E
 
R
K
 
R
-
 
L
G
 
G
M
 
L
T
 
T
M
 
I
V
 
L
L
 
L
V
 
I
T
 
T
H
|
H
E
 
E
M
 
M
A
 
D
F
 
V
A
 
V
R
 
K
S
 
R
V
 
I
A
 
C
D
 
D
Q
 
C
I
 
V
M
 
A
F
 
V
M
 
I
H
 
S
Q
 
N
G
 
G
-
 
E
I
 
L
V
 
I
W
 
E
E
 
Q
G
 
D
G
 
T
S
 
V
G
 
S
K
 
E
L
 
V
L
 
F
D
 
S
E
 
H
P
 
P
S
 
K
T
 
T
P
 
P
E
 
L
L
 
A
K
 
Q
Q
 
K
F
 
F
V
 
I
G
 
Q
N
 
S
G
 
T
L
 
L

P75831 Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB; EC 7.6.2.- from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
43% identity, 76% coverage: 16:198/242 of query aligns to 20:203/648 of P75831

query
sites
P75831
Q
 
Q
V
 
V
E
 
E
I
 
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
S
F
 
L
S
 
D
V
 
I
R
 
Y
A
 
A
G
 
G
E
 
E
V
 
M
V
 
V
A
 
A
L
 
I
I
 
V
G
 
G
R
 
A
S
 
S
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
|
K
S
 
S
T
 
T
A
 
L
L
 
M
R
 
N
C
 
I
I
 
L
N
 
G
G
 
C
L
 
L
E
 
D
R
 
K
V
 
A
N
 
T
G
 
S
G
 
G
A
 
T
L
 
Y
H
 
R
V
 
V
C
 
A
G
 
G
R
 
Q
A
 
D
M
 
V
H
 
A
E
 
T
-
 
L
D
 
D
N
 
A
V
 
D
P
 
A
L
 
L
G
 
A
E
 
Q
L
 
L
R
 
R
K
 
R
E
 
E
-
 
H
V
 
F
G
 
G
I
 
F
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
S
 
R
Y
 
Y
N
 
H
L
 
L
F
 
L
P
 
S
H
 
H
L
 
L
T
 
T
V
 
A
E
 
E
E
 
Q
N
 
N
V
 
V
M
 
E
L
 
V
A
 
-
P
 
P
R
 
A
K
 
V
V
 
Y
K
 
A
G
 
G
V
 
L
G
 
E
K
 
R
K
 
K
E
 
Q
A
 
R
R
 
L
E
 
L
L
 
R
A
 
A
M
 
Q
H
 
E
V
 
L
L
 
L
K
 
Q
Q
 
R
V
 
L
G
 
G
M
 
L
E
 
E
E
 
D
R
 
R
A
 
T
G
 
E
Y
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
E
 
A
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
S
I
 
I
A
 
A
R
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
M
M
 
N
R
 
G
P
 
G
R
 
Q
L
 
V
M
 
I
L
 
L
F
 
A
D
|
D
E
 
E
V
 
P
T
 
T
S
 
G
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
S
E
 
H
L
 
S
T
 
G
G
 
E
E
 
E
V
 
V
L
 
M
K
 
A
V
 
I
I
 
L
E
 
H
R
 
Q
L
 
L
A
 
R
E
 
D
K
 
R
G
 
G
M
 
H
T
 
T
M
 
V
V
 
I
L
 
I
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
D

P69874 Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA; EC 7.6.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
37% identity, 98% coverage: 4:239/242 of query aligns to 17:249/378 of P69874

query
sites
P69874
I
 
L
V
 
V
R
 
Q
F
 
L
D
 
A
K
 
G
V
 
I
S
 
R
K
 
K
S
x
C
F
|
F
G
 
D
Q
 
G
V
 
K
E
 
E
I
 
V
L
 
I
K
 
P
G
 
Q
V
 
L
S
 
D
F
 
L
S
 
T
V
 
I
R
 
N
A
 
N
G
 
G
E
 
E
V
x
F
V
 
L
A
 
T
L
 
L
I
 
L
G
 
G
R
 
P
S
 
S
G
 
G
S
x
C
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
A
 
V
L
|
L
R
 
R
C
 
L
I
 
I
N
 
A
G
 
G
L
 
L
E
 
E
R
 
T
V
 
V
N
 
D
G
 
S
G
 
G
A
 
R
L
 
I
H
 
M
V
x
L
C
 
D
G
 
-
R
 
-
A
 
-
M
 
-
H
 
N
E
 
E
D
 
D
N
 
I
V
 
T
P
 
H
L
 
V
G
 
P
E
 
A
L
 
E
R
 
N
K
 
R
E
 
Y
V
 
V
G
 
N
I
 
T
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
S
Y
 
Y
N
 
A
L
 
L
F
 
F
P
 
P
H
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
F
E
 
E
N
 
N
V
 
V
M
 
A
L
 
F
A
 
G
P
 
L
R
 
R
K
 
-
V
 
M
K
 
Q
G
 
K
V
 
T
G
 
P
K
 
A
K
 
A
E
 
E
A
 
I
R
 
T
E
 
P
L
 
R
A
 
V
M
 
M
H
 
E
V
 
A
L
 
L
K
 
R
Q
 
M
V
|
V
G
 
Q
M
 
L
E
 
E
E
 
T
R
 
F
A
 
A
G
 
Q
Y
 
R
Y
 
K
P
 
P
E
 
H
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
S
 
A
L
 
V
A
 
V
M
 
N
R
 
K
P
 
P
R
 
R
L
 
L
M
 
L
L
 
L
F
 
L
D
|
D
E
 
E
V
 
S
T
 
L
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
Y
E
 
K
L
 
L
T
 
R
G
 
K
E
 
Q
V
 
M
L
 
Q
K
 
N
V
 
E
I
 
L
E
 
K
R
 
A
L
 
L
A
 
Q
E
 
R
K
 
K
-
 
L
G
 
G
M
 
I
T
 
T
M
 
F
V
 
V
L
 
F
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
D
M
 
Q
A
 
E
F
 
E
A
 
A
R
 
L
S
 
T
V
 
M
A
 
S
D
 
D
Q
 
R
I
 
I
M
 
V
F
 
V
M
 
M
H
 
R
Q
 
D
G
 
G
I
 
R
V
 
I
W
 
E
E
 
Q
G
 
D
G
 
G
S
 
T
G
 
P
K
 
R
-
 
E
L
 
I
L
 
Y
D
 
E
E
 
E
P
 
P
S
 
K
T
 
N
P
 
L
E
 
F
L
 
V
K
 
A
Q
 
G
F
 
F
V
 
I
G
 
G

Sites not aligning to the query:

6z4wA Ftse structure from streptococcus pneumoniae in complex with adp (space group p 1) (see paper)
36% identity, 87% coverage: 8:217/242 of query aligns to 8:217/230 of 6z4wA

query
sites
6z4wA
D
 
D
K
 
V
V
 
V
S
 
K
K
 
K
S
x
Y
F
 
D
G
 
N
Q
 
G
V
x
T
E
 
T
I
x
A
L
 
L
K
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
S
F
 
V
S
 
S
V
 
V
R
 
Q
A
 
P
G
 
G
E
 
E
V
 
F
V
 
A
A
 
Y
L
 
I
I
 
V
G
 
G
R
 
P
S
 
S
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
A
 
F
L
 
I
R
 
R
C
 
S
I
 
L
N
 
Y
G
 
R
L
 
E
E
 
V
R
 
K
V
 
I
N
 
D
G
 
K
G
 
G
A
 
S
L
 
L
H
 
S
V
 
V
C
 
A
G
 
G
R
 
F
A
 
N
M
 
L
-
 
V
-
 
K
-
 
I
H
 
K
E
 
K
D
 
K
N
 
D
V
 
V
P
 
P
L
 
L
G
 
-
E
 
-
L
 
L
R
 
R
K
 
R
E
 
S
V
 
V
G
 
G
I
 
V
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
D
Y
 
Y
N
 
K
L
 
L
F
 
L
P
 
P
H
 
K
L
 
K
T
 
T
V
 
V
E
 
Y
E
 
E
N
 
N
V
 
I
M
 
A
L
 
Y
A
 
A
P
 
-
R
 
M
K
 
E
V
 
V
K
 
I
G
 
G
V
 
E
G
 
N
K
 
R
K
 
R
E
 
N
A
 
I
R
 
K
E
 
R
L
 
R
A
 
V
M
 
M
H
 
E
V
 
V
L
 
L
K
 
D
Q
 
L
V
 
V
G
 
G
M
 
L
E
 
K
E
 
H
R
 
K
A
 
V
G
 
R
Y
 
S
Y
 
F
P
 
P
E
 
N
Q
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
I
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
S
 
A
L
 
I
A
 
V
M
 
N
R
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
V
M
 
L
L
 
I
F
 
A
D
 
D
E
 
E
V
 
P
T
 
T
S
 
G
A
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
D
L
 
N
T
 
S
G
 
W
E
 
E
V
 
I
L
 
M
K
 
N
V
 
L
I
 
L
E
 
E
R
 
R
L
 
I
A
 
N
E
 
L
K
 
Q
G
 
G
M
 
T
T
 
T
M
 
I
V
 
L
L
 
M
V
 
A
T
 
T
H
 
H
E
 
N
M
 
S
A
 
Q
F
 
I
A
 
V
R
 
N
S
 
T
V
 
L
A
 
R
D
 
H
Q
 
R
I
 
V
M
 
I
F
 
A
M
 
I
H
 
E
Q
 
N
G
 
G
I
 
R
V
 
V

6z67B Ftse structure of streptococcus pneumoniae in complex with amppnp at 2.4 a resolution (see paper)
36% identity, 87% coverage: 8:217/242 of query aligns to 8:217/229 of 6z67B

query
sites
6z67B
D
 
D
K
 
V
V
 
V
S
 
K
K
 
K
S
x
Y
F
 
D
G
 
N
Q
x
G
V
 
T
E
 
T
I
x
A
L
 
L
K
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
S
F
 
V
S
 
S
V
 
V
R
 
Q
A
 
P
G
 
G
E
 
E
V
 
F
V
 
A
A
 
Y
L
 
I
I
 
V
G
 
G
R
 
P
S
|
S
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
A
 
F
L
 
I
R
 
R
C
 
S
I
 
L
N
 
Y
G
 
R
L
 
E
E
 
V
R
 
K
V
 
I
N
 
D
G
 
K
G
 
G
A
 
S
L
 
L
H
 
S
V
 
V
C
 
A
G
 
G
R
 
F
A
 
N
M
 
L
-
 
V
-
 
K
-
 
I
H
 
K
E
 
K
D
 
K
N
 
D
V
 
V
P
 
P
L
 
L
G
 
-
E
 
-
L
 
L
R
 
R
K
 
R
E
 
S
V
 
V
G
 
G
I
 
V
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
D
Y
 
Y
N
 
K
L
 
L
F
 
L
P
 
P
H
 
K
L
 
K
T
 
T
V
 
V
E
 
Y
E
 
E
N
 
N
V
 
I
M
 
A
L
 
Y
A
 
A
P
 
-
R
 
M
K
 
E
V
 
V
K
 
I
G
 
G
V
 
E
G
 
N
K
 
R
K
 
R
E
 
N
A
 
I
R
 
K
E
 
R
L
 
R
A
 
V
M
 
M
H
 
E
V
 
V
L
 
L
K
 
D
Q
 
L
V
 
V
G
 
G
M
 
L
E
 
K
E
 
H
R
 
K
A
 
V
G
 
R
Y
 
S
Y
 
F
P
 
P
E
 
N
Q
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
I
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
S
 
A
L
 
I
A
 
V
M
 
N
R
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
V
M
 
L
L
 
I
F
 
A
D
 
D
E
 
E
V
 
P
T
 
T
S
 
G
A
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
D
L
 
N
T
 
S
G
 
W
E
 
E
V
 
I
L
 
M
K
 
N
V
 
L
I
 
L
E
 
E
R
 
R
L
 
I
A
 
N
E
 
L
K
 
Q
G
 
G
M
 
T
T
 
T
M
 
I
V
 
L
L
 
M
V
 
A
T
 
T
H
 
H
E
 
N
M
 
S
A
 
Q
F
 
I
A
 
V
R
 
N
S
 
T
V
 
L
A
 
R
D
 
H
Q
 
R
I
 
V
M
 
I
F
 
A
M
 
I
H
 
E
Q
 
N
G
 
G
I
 
R
V
 
V

1g291 Malk (see paper)
34% identity, 98% coverage: 5:240/242 of query aligns to 4:242/372 of 1g291

query
sites
1g291
V
 
V
R
 
R
F
 
L
D
 
V
K
 
D
V
 
V
S
 
W
K
 
K
S
 
V
F
 
F
G
 
G
Q
 
E
V
 
V
E
 
T
I
 
A
L
 
V
K
 
R
G
 
E
V
 
M
S
 
S
F
 
L
S
 
E
V
 
V
R
 
K
A
 
D
G
 
G
E
 
E
V
 
F
V
 
M
A
 
I
L
 
L
I
 
L
G
 
G
R
 
P
S
|
S
G
|
G
S
x
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
A
 
T
L
 
L
R
 
R
C
 
M
I
 
I
N
 
A
G
 
G
L
 
L
E
 
E
R
 
E
V
 
P
N
 
S
G
 
R
G
 
G
A
 
Q
L
 
I
H
 
Y
V
 
I
C
 
G
G
 
D
R
 
K
-
 
L
-
 
V
A
 
A
M
x
D
H
 
P
E
|
E
D
x
K
N
 
G
V
 
I
P
 
F
L
 
V
G
 
P
E
 
P
L
x
K
R
x
D
K
 
R
E
 
D
V
 
I
G
 
A
I
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
S
Y
 
Y
N
 
A
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
H
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
V
 
I
M
 
A
L
 
F
A
 
-
P
 
P
R
 
L
K
 
K
V
 
L
K
 
R
G
 
K
V
 
V
G
 
P
K
 
R
K
 
Q
E
 
E
A
 
I
R
 
D
E
 
Q
L
 
R
A
 
V
M
 
R
H
 
E
V
 
V
L
 
A
K
 
E
Q
 
L
V
 
L
G
 
G
M
 
L
E
 
T
E
 
E
R
 
L
A
 
L
G
 
N
Y
 
R
Y
 
K
P
 
P
E
 
R
Q
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
L
A
 
G
R
 
R
S
 
A
L
 
I
A
 
V
M
 
R
R
 
K
P
 
P
R
 
Q
L
 
V
M
 
F
L
 
L
F
 
M
D
 
D
E
 
E
V
 
P
T
 
L
S
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
A
E
 
K
L
 
L
T
 
R
G
 
V
E
 
R
V
 
M
L
 
R
K
 
A
V
 
E
I
 
L
E
 
K
R
 
K
L
 
L
A
 
Q
E
 
R
K
 
Q
-
 
L
G
 
G
M
 
V
T
 
T
M
 
T
V
 
I
L
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
D
M
 
Q
A
 
V
F
 
E
A
 
A
R
 
M
S
 
T
V
 
M
A
 
G
D
 
D
Q
 
R
I
 
I
M
 
A
F
 
V
M
 
M
H
 
N
Q
 
R
G
 
G
I
 
V
V
 
L
W
 
Q
E
 
Q
G
 
V
G
 
G
S
 
S
-
 
P
G
 
D
K
 
E
L
 
V
L
 
Y
D
 
D
E
 
K
P
 
P
S
 
A
T
 
N
P
 
T
E
 
F
L
 
V
K
 
A
Q
 
G
F
 
F
V
 
I
G
 
G
N
 
S

Sites not aligning to the query:

8g4cB Bceabs atpgs high res tm (see paper)
35% identity, 89% coverage: 4:218/242 of query aligns to 3:222/248 of 8g4cB

query
sites
8g4cB
I
 
I
V
 
L
R
 
E
F
 
A
D
 
N
K
 
K
V
 
I
S
 
R
K
 
K
S
 
S
F
x
Y
G
 
G
-
 
N
-
 
K
-
 
L
-
 
N
Q
 
K
V
 
Q
E
 
E
I
 
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
D
F
 
I
S
 
H
V
 
I
R
 
E
A
 
K
G
 
G
E
 
E
V
 
F
V
 
V
A
 
S
L
 
I
I
 
M
G
 
G
R
 
A
S
|
S
G
 
G
S
|
S
G
 
G
K
 
K
S
x
T
T
 
T
A
 
L
L
 
L
R
 
N
C
 
V
I
 
L
N
 
S
G
 
S
L
 
I
E
 
D
R
 
Q
V
 
V
N
 
S
G
 
H
G
 
G
A
 
T
L
 
I
H
 
H
V
 
I
C
 
N
G
 
G
R
 
N
-
 
D
-
 
M
-
 
T
A
 
A
M
 
M
H
 
K
E
 
E
D
 
K
N
 
Q
V
 
-
P
 
-
L
 
L
G
 
A
E
 
E
L
 
F
R
 
R
K
 
K
E
 
Q
-
 
H
V
 
L
G
 
G
I
 
F
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
S
 
D
Y
 
Y
N
 
N
L
 
L
F
 
L
P
 
D
H
 
T
L
 
L
T
 
T
V
 
V
E
 
K
E
 
E
N
 
N
V
 
I
M
 
L
L
 
L
A
 
-
P
 
P
R
 
L
K
 
S
V
 
I
K
 
T
G
 
K
V
 
L
G
 
S
K
 
K
K
 
K
E
 
E
A
 
A
R
 
N
E
 
R
L
 
K
A
 
F
M
 
E
H
 
E
V
 
V
L
 
A
K
 
K
Q
 
E
V
 
L
G
 
G
M
 
I
E
 
Y
E
 
E
R
 
L
A
 
R
G
 
D
Y
 
K
Y
 
Y
P
 
P
E
 
N
Q
 
E
L
 
I
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
T
A
 
S
I
 
A
A
 
G
R
 
R
S
 
A
L
 
F
A
 
I
M
 
H
R
 
D
P
 
P
R
 
S
L
 
I
M
 
I
L
 
F
F
 
A
D
|
D
E
 
E
V
 
P
T
 
T
S
 
G
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
S
E
 
K
L
 
S
T
 
A
G
 
S
E
 
D
V
 
L
L
 
L
K
 
N
V
 
K
I
 
L
E
 
S
R
 
Q
L
 
L
A
 
N
E
 
Q
K
 
K
-
 
R
G
 
N
M
 
A
T
 
T
M
 
I
V
 
I
L
 
M
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
D
M
 
-
A
 
P
F
 
V
A
 
A
R
 
A
S
 
S
V
 
Y
A
 
C
D
 
G
Q
 
R
I
 
V
M
 
I
F
 
F
M
 
I
H
 
K
Q
 
D
G
 
G
I
 
Q
V
 
M
W
 
Y

8tzjA Cryo-em structure of vibrio cholerae ftse/ftsx complex (see paper)
38% identity, 83% coverage: 4:204/242 of query aligns to 2:203/220 of 8tzjA

query
sites
8tzjA
I
 
V
V
 
I
R
 
R
F
 
F
D
 
Q
K
 
Q
V
 
V
S
 
S
K
 
K
S
 
A
F
x
Y
-
 
R
G
 
G
Q
 
G
V
x
R
E
 
Q
I
x
A
L
 
L
K
 
Q
G
 
K
V
 
V
S
 
D
F
 
F
S
 
H
V
 
L
R
 
R
A
 
R
G
 
G
E
 
E
V
 
M
V
 
A
A
 
F
L
 
L
I
 
G
G
 
G
R
 
H
S
 
S
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
 
T
A
 
L
L
 
L
R
 
K
C
 
L
I
 
I
N
 
C
G
 
A
L
 
I
E
 
E
R
 
R
V
 
P
N
 
T
G
 
D
G
 
G
A
 
K
L
 
I
H
 
S
V
 
F
C
 
N
G
 
G
R
 
H
A
 
D
M
 
I
H
 
T
E
 
R
-
 
I
D
 
P
N
 
N
V
 
K
P
 
D
L
 
I
G
 
P
E
 
F
L
 
L
R
 
R
K
 
R
E
 
N
V
 
I
G
 
G
I
 
I
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
D
Y
 
H
N
 
R
L
 
L
F
 
L
P
 
M
H
 
D
L
 
R
T
 
S
V
 
I
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
V
 
V
M
 
A
L
 
L
A
 
-
P
 
P
R
 
M
K
 
R
V
 
I
K
 
E
G
 
S
V
 
I
G
 
S
K
 
E
K
 
N
E
 
E
A
 
I
R
 
K
E
 
R
L
 
R
A
 
V
M
 
S
H
 
A
V
 
A
L
 
L
K
 
D
Q
 
K
V
 
T
G
 
G
M
 
L
E
 
L
E
 
D
R
 
K
A
 
A
G
 
R
Y
 
C
Y
 
L
P
 
P
E
 
S
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
G
I
 
I
A
 
A
R
 
R
S
 
A
L
 
V
A
 
V
M
 
N
R
 
R
P
 
P
R
 
T
L
 
L
M
 
L
L
 
L
F
 
A
D
 
D
E
 
E
V
 
P
T
 
T
S
 
G
A
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
L
 
L
T
 
S
G
 
S
E
 
R
V
 
V
L
 
L
K
 
R
V
 
L
I
 
F
E
 
E
R
 
E
L
 
F
A
 
N
E
 
R
K
 
A
G
 
G
M
 
V
T
 
T
M
 
I
V
 
L
L
 
L
V
 
A
T
 
T
H
 
H
E
 
D
M
 
I
A
 
H
F
 
L
A
 
V
R
 
N
S
 
S

7tchB Bceab e169q variant atp-bound conformation (see paper)
35% identity, 89% coverage: 4:218/242 of query aligns to 2:221/245 of 7tchB

query
sites
7tchB
I
 
I
V
 
L
R
 
E
F
 
A
D
 
N
K
 
K
V
 
I
S
 
R
K
 
K
S
 
S
F
x
Y
G
 
G
-
 
N
-
 
K
-
 
L
-
 
N
Q
 
K
V
x
Q
E
 
E
I
x
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
D
F
 
I
S
 
H
V
 
I
R
 
E
A
 
K
G
 
G
E
 
E
V
 
F
V
 
V
A
 
S
L
 
I
I
 
M
G
 
G
R
 
A
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
 
G
K
|
K
S
x
T
T
 
T
A
 
L
L
 
L
R
 
N
C
 
V
I
 
L
N
 
S
G
 
S
L
 
I
E
 
D
R
 
Q
V
 
V
N
 
S
G
 
H
G
 
G
A
 
T
L
 
I
H
 
H
V
 
I
C
 
N
G
 
G
R
 
N
-
 
D
-
 
M
-
 
T
A
 
A
M
 
M
H
 
K
E
 
E
D
 
K
N
 
Q
V
 
-
P
 
-
L
 
L
G
 
A
E
 
E
L
 
F
R
 
R
K
 
K
E
 
Q
-
 
H
V
 
L
G
 
G
I
 
F
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
S
 
D
Y
 
Y
N
 
N
L
 
L
F
 
L
P
 
D
H
 
T
L
 
L
T
 
T
V
 
V
E
 
K
E
 
E
N
 
N
V
 
I
M
 
L
L
 
L
A
 
-
P
 
P
R
 
L
K
 
S
V
 
I
K
 
T
G
 
K
V
 
L
G
 
S
K
 
K
K
 
K
E
 
E
A
 
A
R
 
N
E
 
R
L
 
K
A
 
F
M
 
E
H
 
E
V
 
V
L
 
A
K
 
K
Q
 
E
V
 
L
G
 
G
M
 
I
E
 
Y
E
 
E
R
 
L
A
 
R
G
 
D
Y
 
K
Y
 
Y
P
 
P
E
 
N
Q
x
E
L
 
I
S
 
S
G
|
G
G
|
G
Q
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
T
A
 
S
I
 
A
A
 
G
R
 
R
S
 
A
L
 
F
A
 
I
M
 
H
R
 
D
P
 
P
R
 
S
L
 
I
M
 
I
L
 
F
F
 
A
D
 
D
E
 
Q
V
 
P
T
 
T
S
 
G
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
S
E
 
K
L
 
S
T
 
A
G
 
S
E
 
D
V
 
L
L
 
L
K
 
N
V
 
K
I
 
L
E
 
S
R
 
Q
L
 
L
A
 
N
E
 
Q
K
 
K
-
 
R
G
 
N
M
 
A
T
 
T
M
 
I
V
 
I
L
 
M
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
D
M
 
-
A
 
P
F
 
V
A
 
A
R
 
A
S
 
S
V
 
Y
A
 
C
D
 
G
Q
 
R
I
 
V
M
 
I
F
 
F
M
 
I
H
 
K
Q
 
D
G
 
G
I
 
Q
V
 
M
W
 
Y

Query Sequence

>RR42_RS00265 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS00265
MEDIVRFDKVSKSFGQVEILKGVSFSVRAGEVVALIGRSGSGKSTALRCINGLERVNGGA
LHVCGRAMHEDNVPLGELRKEVGIVFQSYNLFPHLTVEENVMLAPRKVKGVGKKEARELA
MHVLKQVGMEERAGYYPEQLSGGQQQRVAIARSLAMRPRLMLFDEVTSALDPELTGEVLK
VIERLAEKGMTMVLVTHEMAFARSVADQIMFMHQGIVWEGGSGKLLDEPSTPELKQFVGN
GL

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory