SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing RR42_RS03370 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS03370 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
35% identity, 85% coverage: 41:315/325 of query aligns to 1:273/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
K
 
K
K
 
T
V
 
I
G
 
G
V
 
L
T
 
V
L
 
I
G
 
S
S
 
T
L
 
L
G
 
N
N
|
N
P
 
P
Y
x
F
F
|
F
V
 
V
A
 
T
L
 
L
A
 
K
H
 
N
G
 
G
A
 
A
E
 
E
A
 
E
A
 
K
A
 
A
K
 
K
K
 
E
I
 
L
N
 
G
P
 
-
D
 
-
A
 
Y
K
 
K
V
 
I
T
 
I
V
 
V
L
 
E
S
 
D
A
 
S
D
 
Q
Y
 
N
D
 
D
L
 
S
N
 
S
K
 
K
Q
 
E
F
 
L
S
 
S
H
 
N
I
 
V
D
 
E
S
 
D
F
 
L
I
 
I
V
 
Q
S
 
Q
K
 
K
V
 
V
D
 
D
L
 
V
I
 
L
L
 
L
I
 
I
N
 
N
A
 
P
A
 
V
D
 
D
A
 
S
R
 
D
A
 
A
I
 
V
E
 
V
P
 
T
A
 
A
V
 
I
R
 
K
K
 
E
A
 
A
R
 
N
K
 
S
A
 
K
G
 
N
I
 
I
V
 
P
V
 
V
V
 
I
A
 
T
V
 
I
D
|
D
V
x
R
A
 
S
A
 
A
A
 
N
G
 
G
A
 
G
D
 
D
A
 
V
T
 
V
-
 
C
-
 
H
V
 
I
Q
 
A
T
 
S
D
 
D
N
 
N
T
 
V
R
 
K
A
 
G
G
 
G
E
 
E
L
 
M
A
 
A
C
 
A
A
 
E
F
 
F
L
 
I
A
 
A
G
 
K
R
 
A
L
 
L
G
 
K
G
 
G
R
 
K
G
 
G
N
 
N
L
 
V
I
 
V
I
 
E
Q
 
L
N
 
E
G
 
G
-
 
I
P
 
P
P
 
G
V
 
A
S
 
S
A
|
A
V
 
A
L
 
R
D
 
D
R
|
R
V
 
G
K
 
K
G
 
G
C
 
F
K
 
D
M
 
E
V
 
A
L
 
I
G
 
A
K
 
K
H
 
Y
P
 
P
G
 
D
I
 
I
H
 
K
V
 
I
L
 
V
S
 
A
D
 
K
D
 
-
Q
 
Q
D
 
A
G
 
A
K
 
D
G
x
F
S
 
D
R
 
R
E
 
S
G
 
K
G
 
G
L
 
L
N
 
S
V
 
V
M
 
M
Q
 
E
L
 
N
Y
 
I
L
 
L
T
 
Q
R
 
A
F
 
Q
P
 
P
K
 
K
I
 
I
D
 
D
A
 
A
V
 
V
F
 
F
T
 
A
I
 
Q
N
|
N
D
 
D
P
 
E
Q
 
M
A
 
A
V
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
I
L
 
K
A
 
A
A
 
I
R
 
E
Q
 
A
L
 
A
N
 
N
R
 
R
G
 
Q
G
 
G
I
 
I
L
 
I
I
 
V
A
 
V
S
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
A
 
T
P
 
E
D
 
D
I
 
A
E
 
L
A
 
K
A
 
A
L
 
I
K
 
K
A
 
E
N
 
G
T
 
K
L
 
M
V
 
A
Q
 
-
A
 
A
S
 
T
A
 
I
S
 
A
Q
|
Q
D
 
Q
P
 
P
W
 
A
A
 
L
I
 
M
A
 
G
R
 
S
T
 
L
A
 
G
V
 
V
E
 
E
I
 
M
G
 
A
V
 
D
G
 
K
L
 
Y
M
 
L
H
 
K
G
 
G
Q
 
E
A
 
K
P
 
I
A
 
P
N
 
N
R
 
-
T
 
-
V
 
-
L
 
F
L
 
I
P
 
P
P
 
A
T
 
E
-
 
L
-
 
K
L
 
L
V
 
I
T
 
T
R
 
K
A
 
E
N
 
N
V
 
V

7e7mC Crystal structure analysis of the streptococcus agalactiae ribose binding protein rbsb
31% identity, 86% coverage: 42:321/325 of query aligns to 10:284/284 of 7e7mC

query
sites
7e7mC
K
 
K
V
 
L
G
 
G
V
 
V
T
 
S
L
 
I
G
 
S
S
 
T
L
 
T
G
 
N
N
|
N
P
 
P
Y
|
Y
F
|
F
V
 
V
A
 
A
L
 
M
A
 
K
H
 
D
G
 
G
A
 
I
E
 
D
A
 
K
A
 
Y
A
 
A
K
 
S
K
 
-
I
 
-
N
 
N
P
 
K
D
 
K
A
 
I
K
 
S
V
 
I
T
 
K
V
 
V
L
 
A
S
 
D
A
 
A
D
 
Q
Y
 
D
D
 
D
L
 
A
N
 
A
K
 
R
Q
 
Q
F
 
A
S
 
D
H
 
D
I
 
V
D
 
Q
S
 
N
F
 
F
I
 
I
V
 
S
S
 
Q
K
 
N
V
 
V
D
 
D
L
 
A
I
 
I
L
 
L
I
 
I
N
 
N
A
 
P
A
 
V
D
 
D
A
 
S
R
 
K
A
 
A
I
 
I
E
 
V
P
 
T
A
 
A
V
 
I
R
 
K
K
 
S
A
 
A
R
 
N
K
 
N
A
 
A
G
 
N
I
 
I
V
 
P
V
 
V
V
 
I
A
 
L
V
 
M
D
|
D
V
x
R
A
 
G
A
 
S
A
 
E
G
 
G
A
 
G
D
 
K
-
 
V
-
 
L
A
 
T
T
 
T
V
 
V
Q
 
A
T
 
S
D
 
D
N
 
N
T
 
V
R
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
K
L
 
M
A
 
A
C
 
A
A
 
D
F
 
Y
L
 
A
A
 
V
G
 
K
R
 
K
L
 
L
G
 
G
G
 
K
R
 
K
G
 
A
N
 
K
L
 
A
I
 
F
I
 
E
Q
 
L
N
 
S
G
 
G
P
 
V
P
 
P
-
 
G
V
 
A
S
 
S
A
 
A
V
 
T
L
 
V
D
 
D
R
|
R
V
 
G
K
 
K
G
 
G
C
 
F
K
 
H
M
 
S
V
 
V
L
 
A
G
 
-
K
 
-
H
 
K
P
 
S
G
 
K
I
 
L
H
 
D
V
 
M
L
 
L
S
 
S
D
 
-
D
 
S
Q
 
Q
D
 
S
G
 
A
K
 
N
G
x
F
S
 
D
R
 
R
E
 
A
G
 
K
G
 
A
L
 
L
N
 
N
V
 
T
M
 
T
Q
 
Q
L
 
N
Y
 
M
L
 
I
T
 
Q
R
 
G
F
 
H
P
 
K
K
 
D
I
 
V
D
 
Q
A
 
I
V
 
I
F
 
F
T
 
A
I
 
Q
N
|
N
D
 
D
P
 
E
Q
 
M
A
 
A
V
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
A
L
 
Q
A
 
A
A
 
V
R
 
K
Q
 
S
L
 
A
N
 
G
R
 
L
G
 
Q
G
 
N
I
 
V
L
 
L
I
 
I
A
 
V
S
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
A
 
Q
P
 
P
D
 
D
I
 
A
E
 
H
A
 
D
A
 
A
L
 
I
K
 
K
A
 
K
N
 
G
T
 
D
L
 
-
V
 
I
Q
 
S
A
 
A
S
 
T
A
 
I
S
 
A
Q
|
Q
D
 
Q
P
 
P
W
 
A
A
 
K
I
 
M
A
 
G
R
 
E
T
 
I
A
 
A
V
 
I
E
 
Q
I
 
A
G
 
A
V
 
I
G
 
D
L
 
Y
M
 
Y
H
 
K
G
 
G
Q
 
K
A
 
K
P
 
V
A
 
E
N
 
K
R
 
E
T
 
T
V
 
I
L
 
-
L
 
S
P
 
P
P
 
I
T
 
Y
L
 
L
V
 
V
T
 
T
R
 
K
A
 
D
N
 
N
V
 
V
N
 
E
E
 
K
Y
 
Y
K
 
-
G
 
N
W
 
W

A0QYB5 D-threitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
31% identity, 95% coverage: 8:316/325 of query aligns to 7:308/349 of A0QYB5

query
sites
A0QYB5
A
 
A
L
 
F
A
 
A
T
 
I
A
 
A
A
 
S
L
 
A
S
 
T
L
 
A
L
 
L
C
 
G
T
 
L
G
 
G
A
 
L
A
 
T
A
 
A
Q
 
C
S
 
G
A
 
A
P
 
G
D
 
D
A
 
P
A
 
A
P
 
-
A
 
-
S
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
A
Q
 
N
R
 
S
P
 
D
L
 
T
K
 
T
K
 
R
V
 
I
G
 
G
V
 
V
T
 
T
L
 
V
G
x
Y
S
 
D
L
 
M
G
 
-
N
 
S
P
 
S
Y
 
F
F
 
I
V
 
T
A
 
A
L
 
G
A
 
K
H
 
E
G
 
G
A
 
M
E
 
D
A
 
A
A
 
Y
A
 
A
K
 
K
K
 
D
I
 
N
N
 
N
P
 
-
D
 
-
A
 
I
K
 
E
V
 
L
T
 
I
V
 
W
L
 
N
S
 
S
A
 
A
D
 
N
Y
 
L
D
 
D
L
 
V
N
 
S
K
 
T
Q
 
Q
F
 
A
S
 
S
H
 
Q
I
 
V
D
 
D
S
 
S
F
 
M
I
 
I
V
 
N
S
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
A
I
 
I
L
 
I
I
 
V
N
 
V
A
 
P
A
 
V
D
 
Q
A
 
A
R
 
D
A
 
S
I
 
L
E
 
A
P
 
P
A
 
Q
V
 
V
R
 
A
K
 
S
A
 
A
R
 
K
K
 
A
A
 
K
G
 
G
I
 
I
V
 
P
V
 
L
V
 
V
A
 
P
V
 
V
D
x
N
V
 
A
A
 
A
A
 
L
A
 
D
G
 
S
A
 
K
D
 
D
-
 
I
-
 
A
A
 
G
T
 
N
V
 
V
Q
 
Q
T
 
P
D
 
D
N
 
D
T
 
V
R
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
A
L
 
Q
A
 
E
C
 
M
A
 
Q
F
 
M
L
 
M
A
 
A
G
 
D
R
 
R
L
 
L
G
 
G
G
 
G
R
 
K
G
 
G
N
 
N
L
 
I
I
 
V
I
 
I
Q
 
L
N
 
Q
G
 
G
P
 
P
-
 
L
P
 
G
V
 
Q
S
 
S
A
 
G
V
 
E
L
 
L
D
 
D
R
|
R
V
 
S
K
 
K
G
 
G
C
 
I
K
 
E
M
 
Q
V
 
V
L
 
L
G
 
A
K
 
K
H
 
Y
P
 
P
G
 
D
I
 
I
H
 
K
V
 
V
L
 
L
S
 
A
D
 
K
D
 
D
Q
 
T
D
 
-
G
 
A
K
 
N
G
 
W
S
 
K
R
 
R
E
 
D
G
 
E
G
 
A
L
 
V
N
 
N
V
 
K
M
 
M
Q
 
K
L
 
N
Y
 
W
L
 
I
T
 
S
R
 
G
F
 
F
-
 
G
P
 
P
K
 
Q
I
 
I
D
 
D
A
 
G
V
 
V
F
 
V
T
 
A
I
 
Q
N
|
N
D
 
D
P
 
D
Q
 
M
A
 
G
V
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
L
L
 
Q
A
 
A
A
 
L
R
 
K
Q
 
E
L
 
S
N
 
G
R
 
R
G
 
T
G
 
G
I
 
V
L
 
P
I
 
I
A
 
V
S
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
A
 
I
P
 
E
D
 
D
I
 
G
E
 
L
A
 
N
A
 
A
L
 
V
K
 
K
A
 
S
N
 
G
T
 
D
L
 
F
V
 
I
Q
 
G
A
 
T
S
 
S
A
 
-
S
 
-
Q
 
-
D
 
-
P
 
-
W
 
-
A
 
-
I
 
L
A
x
Q
R
 
N
T
 
G
A
 
T
V
 
V
E
 
E
I
 
L
G
 
A
V
 
A
G
 
G
L
 
L
-
 
A
-
 
V
-
 
A
-
 
N
-
 
R
M
 
L
H
 
A
G
 
K
Q
 
G
A
 
E
P
 
P
A
 
V
N
 
N
R
 
K
T
 
E
V
 
P
L
 
V
L
 
Y
P
 
I
P
 
M
T
 
P
L
 
A
V
 
I
T
 
T
R
 
K
A
 
D
N
 
N
V
 
V
N
 
D

4rsmA Crystal structure of carbohydrate transporter msmeg_3599 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510970, in complex with d-threitol (see paper)
32% identity, 85% coverage: 42:316/325 of query aligns to 4:276/315 of 4rsmA

query
sites
4rsmA
K
 
R
V
 
I
G
 
G
V
 
V
T
 
T
L
 
V
G
x
Y
S
 
D
L
 
M
G
 
-
N
 
S
P
 
S
Y
 
F
F
 
I
V
 
T
A
 
A
L
 
G
A
 
K
H
 
E
G
 
G
A
 
M
E
 
D
A
 
A
A
 
Y
A
 
A
K
 
K
K
 
D
I
 
N
N
 
N
P
 
-
D
 
-
A
 
I
K
 
E
V
 
L
T
 
I
V
 
W
L
 
N
S
 
S
A
 
A
D
 
N
Y
 
L
D
 
D
L
 
V
N
 
S
K
 
T
Q
 
Q
F
 
A
S
 
S
H
 
Q
I
 
V
D
 
D
S
 
S
F
 
M
I
 
I
V
 
N
S
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
A
I
 
I
L
 
I
I
 
V
N
 
V
A
 
P
A
 
V
D
 
Q
A
 
A
R
 
D
A
 
S
I
 
L
E
 
A
P
 
P
A
 
Q
V
 
V
R
 
A
K
 
S
A
 
A
R
 
K
K
 
A
A
 
K
G
 
G
I
 
I
V
 
P
V
 
L
V
 
V
A
 
P
V
 
V
D
x
N
V
 
A
A
 
A
A
 
L
A
 
D
G
 
S
A
 
K
D
 
D
-
 
I
-
 
A
A
 
G
T
 
N
V
 
V
Q
 
Q
T
 
P
D
 
D
N
 
D
T
 
V
R
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
A
L
 
Q
A
 
E
C
 
M
A
 
Q
F
 
M
L
 
M
A
 
A
G
 
D
R
 
R
L
 
L
G
 
G
G
 
G
R
 
K
G
 
G
N
 
N
L
 
I
I
 
V
I
 
I
Q
 
L
N
 
Q
G
 
G
P
 
P
-
 
L
P
 
G
V
 
Q
S
 
S
A
 
G
V
 
E
L
 
L
D
 
D
R
|
R
V
 
S
K
 
K
G
 
G
C
 
I
K
 
E
M
 
Q
V
 
V
L
 
L
G
 
A
K
 
K
H
 
Y
P
 
P
G
 
D
I
 
I
H
 
K
V
 
V
L
 
L
S
 
A
D
 
K
D
 
D
Q
 
T
D
 
-
G
 
A
K
 
N
G
x
W
S
 
K
R
 
R
E
 
D
G
 
E
G
 
A
L
 
V
N
 
N
V
 
K
M
 
M
Q
 
K
L
 
N
Y
 
W
L
 
I
T
 
S
R
 
G
F
 
F
-
 
G
P
 
P
K
 
Q
I
 
I
D
 
D
A
 
G
V
 
V
F
 
V
T
 
A
I
 
Q
N
|
N
D
 
D
P
 
D
Q
 
M
A
 
G
V
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
L
L
 
Q
A
 
A
A
 
L
R
 
K
Q
 
E
L
 
S
N
 
G
R
 
R
G
 
T
G
 
G
I
 
V
L
 
P
I
 
I
A
 
V
S
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
A
 
I
P
 
E
D
 
D
I
 
G
E
 
L
A
 
N
A
 
A
L
 
V
K
 
K
A
 
S
N
 
G
T
 
D
L
 
F
V
 
I
Q
 
G
A
 
T
S
 
S
A
 
-
S
 
-
Q
 
-
D
 
-
P
 
-
W
 
-
A
 
-
I
 
L
A
x
Q
R
 
N
T
 
G
A
 
T
V
 
V
E
 
E
I
 
L
G
 
A
V
 
A
G
 
G
L
 
L
-
 
A
-
 
V
-
 
A
-
 
N
-
 
R
M
 
L
H
 
A
G
 
K
Q
 
G
A
 
E
P
 
P
A
 
V
N
 
N
R
 
K
T
 
E
V
 
P
L
 
V
L
 
Y
P
 
I
P
 
M
T
 
P
L
 
A
V
 
I
T
 
T
R
 
K
A
 
D
N
 
N
V
 
V
N
 
D

2fn8A Thermotoga maritima ribose binding protein ribose bound form (see paper)
29% identity, 86% coverage: 42:321/325 of query aligns to 3:289/292 of 2fn8A

query
sites
2fn8A
K
 
K
V
 
M
G
 
A
V
 
I
T
 
V
L
 
I
G
 
S
S
 
T
L
 
L
G
 
N
N
|
N
P
 
P
Y
x
W
F
|
F
V
 
V
A
 
V
L
 
L
A
 
A
H
 
E
G
 
T
A
 
A
E
 
K
A
 
Q
A
 
R
A
 
A
K
 
E
K
 
Q
I
 
L
N
 
G
P
 
Y
D
 
E
A
 
A
K
 
-
V
 
-
T
 
T
V
 
I
L
 
F
S
 
D
A
 
S
D
 
Q
Y
 
N
D
 
D
L
 
T
N
 
A
K
 
K
Q
 
E
F
 
S
S
 
A
H
 
H
I
 
F
D
 
D
S
 
A
F
 
I
I
 
I
V
 
A
S
 
A
K
 
G
V
 
Y
D
 
D
L
 
A
I
 
I
L
 
I
I
 
F
N
 
N
A
 
P
A
 
T
D
 
D
A
 
A
R
 
D
A
 
G
I
 
S
E
 
I
P
 
A
A
 
N
V
 
V
R
 
K
K
 
R
A
 
A
R
 
K
K
 
E
A
 
A
G
 
G
I
 
I
V
 
P
V
 
V
V
 
F
A
 
C
V
 
V
D
|
D
-
x
R
-
 
G
V
 
I
A
 
N
A
 
A
A
 
R
G
 
G
-
 
L
A
 
A
D
 
V
A
 
A
T
 
Q
V
 
I
Q
 
Y
T
 
S
D
 
D
N
 
N
T
 
Y
R
 
Y
A
 
G
G
 
G
E
 
V
L
 
L
A
 
M
C
 
G
A
 
E
F
 
Y
L
 
F
A
 
V
G
 
K
R
 
F
L
 
L
G
 
K
G
 
E
R
 
K
-
 
Y
-
 
P
-
 
D
-
 
A
-
 
K
-
 
E
-
 
I
-
 
P
-
 
Y
G
 
A
N
 
E
L
 
L
I
 
L
-
 
G
I
 
I
Q
 
L
N
 
S
G
 
A
P
 
Q
P
 
P
V
 
T
S
 
-
A
 
-
V
 
-
L
 
W
D
 
D
R
|
R
V
 
S
K
 
N
G
 
G
C
 
F
K
 
H
M
 
S
V
 
V
L
 
V
G
 
D
K
 
Q
H
 
Y
P
 
P
G
 
E
I
 
F
H
 
K
V
 
M
L
 
V
S
 
A
D
 
Q
D
 
-
Q
 
Q
D
 
S
G
 
A
K
 
E
G
x
F
S
 
D
R
 
R
E
 
D
G
 
T
G
 
A
L
 
Y
N
 
K
V
 
V
M
 
T
Q
 
E
L
 
Q
Y
 
I
L
 
L
T
 
Q
R
 
A
F
 
H
P
 
P
K
 
E
I
 
I
D
 
K
A
 
A
V
 
I
F
 
W
T
 
C
I
 
G
N
|
N
D
 
D
P
 
A
Q
 
M
A
 
A
V
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
M
L
 
K
A
 
A
A
 
C
R
 
E
Q
 
A
L
 
A
N
 
G
R
 
R
G
 
T
G
 
D
I
 
I
L
 
Y
I
 
I
A
 
F
S
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
A
 
A
P
 
E
D
 
D
I
 
V
E
 
I
A
 
N
A
 
A
L
 
I
K
 
K
A
 
E
N
 
G
T
 
K
L
 
Q
V
 
I
Q
 
V
A
 
A
S
 
T
A
 
I
S
 
M
Q
|
Q
D
 
F
P
 
P
W
 
K
A
 
L
I
 
M
A
 
A
R
 
R
T
 
L
A
 
A
V
 
V
E
 
E
I
 
W
G
 
A
V
 
D
G
 
Q
L
 
Y
M
 
L
H
 
R
G
 
G
Q
 
E
A
 
R
P
 
S
A
 
F
N
 
P
R
 
E
T
 
I
V
 
V
L
 
P
L
 
V
P
 
T
P
 
V
T
 
E
L
 
L
V
 
V
T
 
T
R
 
R
A
 
E
N
 
N
V
 
I
N
 
D
E
 
K
Y
 
Y
K
 
T
G
 
A
W
 
Y

A0QYB3 Xylitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
32% identity, 79% coverage: 35:292/325 of query aligns to 29:279/349 of A0QYB3

query
sites
A0QYB3
A
 
A
A
 
A
Q
 
N
R
 
S
P
 
D
L
 
T
K
 
K
K
 
R
V
 
I
G
 
G
V
 
V
T
 
T
L
 
V
G
x
Y
S
 
D
L
 
M
G
 
-
N
 
S
P
 
S
Y
 
F
F
 
I
V
 
T
A
 
E
L
 
G
A
 
K
H
 
E
G
 
G
A
 
M
E
 
D
A
 
T
A
 
Y
A
 
A
K
 
K
K
 
A
I
 
N
N
 
N
P
 
-
D
 
-
A
 
I
K
 
E
V
 
L
T
 
V
V
 
W
L
 
N
S
 
S
A
 
A
D
 
N
Y
 
N
D
 
D
L
 
V
N
 
S
K
 
T
Q
 
Q
F
 
A
S
 
S
H
 
Q
I
 
V
D
 
D
S
 
S
F
 
L
I
 
I
V
 
N
S
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
A
I
 
I
L
 
I
I
 
V
N
 
V
A
 
P
A
 
V
D
 
Q
A
 
A
R
 
D
A
 
S
I
 
L
E
 
G
P
 
P
A
 
Q
V
 
V
R
 
A
K
 
S
A
 
A
R
 
K
K
 
S
A
 
K
G
 
G
I
 
I
V
 
P
V
 
L
V
 
L
A
 
A
V
 
V
D
x
N
V
 
A
A
 
A
A
 
L
A
 
E
G
 
T
A
 
P
D
 
D
-
 
L
-
 
A
A
 
G
T
 
N
V
 
V
Q
 
Q
T
 
P
D
 
D
N
 
D
T
 
V
R
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
A
L
 
Q
A
 
E
C
 
M
A
 
Q
F
 
M
L
 
M
A
 
A
G
 
D
R
 
R
L
 
L
G
 
G
G
 
G
R
 
K
G
 
G
N
 
N
L
 
I
I
 
V
I
 
I
Q
 
L
N
 
Q
G
 
G
P
 
P
-
 
L
P
 
G
V
 
G
S
 
S
A
 
G
V
 
E
L
 
I
D
 
N
R
|
R
V
 
G
K
 
K
G
 
G
C
 
I
K
 
D
M
 
Q
V
 
V
L
 
L
G
 
A
K
 
K
H
 
Y
P
 
P
G
 
D
I
 
I
H
 
K
V
 
V
L
 
L
S
 
A
D
 
K
D
 
D
Q
 
T
D
 
-
G
 
A
K
 
N
G
 
W
S
 
K
R
 
R
E
 
D
G
 
E
G
 
A
L
 
V
N
 
N
V
 
K
M
 
M
Q
 
K
L
 
N
Y
 
W
L
 
I
T
 
S
R
 
S
F
 
F
-
 
G
P
 
P
K
 
Q
I
 
I
D
 
D
A
 
G
V
 
V
F
 
V
T
 
A
I
 
Q
N
|
N
D
 
D
P
 
D
Q
 
M
A
 
G
V
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
L
L
 
Q
A
 
A
A
 
L
R
 
K
Q
 
E
L
 
A
N
 
G
R
 
R
G
 
T
G
 
G
I
 
V
L
 
P
I
 
I
A
 
V
S
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
A
 
I
P
 
E
D
 
D
I
 
G
E
 
L
A
 
N
A
 
A
L
 
V
K
 
K
A
 
S
N
 
G
T
 
D
L
 
F
V
 
I
Q
 
G
A
 
T
S
 
S
A
 
-
S
 
-
Q
 
-
D
 
-
P
 
-
W
 
-
A
 
-
I
 
L
A
x
Q
R
 
N
T
 
G
A
 
T
V
 
V
E
 
E
I
 
L
G
 
S
V
 
A
G
 
G
L
 
L

4rs3A Crystal structure of carbohydrate transporter a0qyb3 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510969, in complex with xylitol (see paper)
31% identity, 85% coverage: 41:316/325 of query aligns to 2:275/315 of 4rs3A

query
sites
4rs3A
K
 
K
K
 
R
V
 
I
G
 
G
V
 
V
T
 
T
L
 
V
G
x
Y
S
 
D
L
 
M
G
 
-
N
 
S
P
 
S
Y
 
F
F
 
I
V
 
T
A
x
E
L
 
G
A
 
K
H
 
E
G
 
G
A
 
M
E
 
D
A
 
T
A
 
Y
A
 
A
K
 
K
K
 
A
I
 
N
N
 
N
P
 
-
D
 
-
A
 
I
K
 
E
V
 
L
T
 
V
V
 
W
L
 
N
S
 
S
A
 
A
D
 
N
Y
 
N
D
 
D
L
 
V
N
 
S
K
 
T
Q
 
Q
F
 
A
S
 
S
H
 
Q
I
 
V
D
 
D
S
 
S
F
 
L
I
 
I
V
 
N
S
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
A
I
 
I
L
 
I
I
 
V
N
 
V
A
 
P
A
 
V
D
 
Q
A
 
A
R
 
D
A
 
S
I
 
L
E
 
G
P
 
P
A
 
Q
V
 
V
R
 
A
K
 
S
A
 
A
R
 
K
K
 
S
A
 
K
G
 
G
I
 
I
V
 
P
V
 
L
V
 
L
A
 
A
V
 
V
D
x
N
V
 
A
A
 
A
A
 
L
A
 
E
G
 
T
A
 
P
D
 
D
-
 
L
-
 
A
A
 
G
T
 
N
V
 
V
Q
 
Q
T
 
P
D
 
D
N
 
D
T
 
V
R
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
A
L
 
Q
A
 
E
C
 
M
A
 
Q
F
 
M
L
 
M
A
 
A
G
 
D
R
 
R
L
 
L
G
 
G
G
 
G
R
 
K
G
 
G
N
 
N
L
 
I
I
 
V
I
 
I
Q
 
L
N
 
Q
G
 
G
P
 
P
-
 
L
P
 
G
V
 
G
S
 
S
A
 
G
V
 
E
L
 
I
D
 
N
R
|
R
V
 
G
K
 
K
G
 
G
C
 
I
K
 
D
M
 
Q
V
 
V
L
 
L
G
 
A
K
 
K
H
 
Y
P
 
P
G
 
D
I
 
I
H
 
K
V
 
V
L
 
L
S
 
A
D
 
K
D
 
D
Q
 
T
D
 
-
G
 
A
K
 
N
G
x
W
S
 
K
R
 
R
E
 
D
G
 
E
G
 
A
L
 
V
N
 
N
V
 
K
M
 
M
Q
 
K
L
 
N
Y
 
W
L
 
I
T
 
S
R
 
S
F
 
F
-
 
G
P
 
P
K
 
Q
I
 
I
D
 
D
A
 
G
V
 
V
F
 
V
T
 
A
I
 
Q
N
|
N
D
 
D
P
 
D
Q
 
M
A
 
G
V
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
L
L
 
Q
A
 
A
A
 
L
R
 
K
Q
 
E
L
 
A
N
 
G
R
 
R
G
 
T
G
 
G
I
 
V
L
 
P
I
 
I
A
 
V
S
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
A
 
I
P
x
E
D
 
D
I
 
G
E
 
L
A
 
N
A
 
A
L
 
V
K
 
K
A
 
S
N
 
G
T
 
D
L
 
F
V
 
I
Q
 
G
A
 
T
S
 
S
A
 
-
S
 
-
Q
 
-
D
 
-
P
 
-
W
 
-
A
 
-
I
 
L
A
x
Q
R
 
N
T
 
G
A
 
T
V
 
V
E
 
E
I
 
L
G
 
S
V
 
A
G
 
G
-
 
L
-
 
A
-
 
V
-
 
A
-
 
D
-
 
A
L
 
L
M
 
V
H
 
K
G
 
G
Q
 
E
A
 
D
P
 
V
A
 
K
N
 
T
R
 
D
T
 
P
V
 
V
L
 
Y
L
 
V
P
 
M
P
 
P
T
 
A
L
 
-
V
 
I
T
 
T
R
 
K
A
 
D
N
 
N
V
 
V
N
 
D

5hkoA Crystal structure of abc transporter solute binding protein msmeg_3598 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510969, in complex with l-sorbitol
33% identity, 72% coverage: 41:273/325 of query aligns to 2:234/314 of 5hkoA

query
sites
5hkoA
K
 
K
K
 
R
V
 
I
G
 
G
V
 
V
T
 
T
L
x
V
G
x
Y
S
 
D
L
 
M
G
 
-
N
 
S
P
 
S
Y
 
F
F
 
I
V
 
T
A
x
E
L
 
G
A
 
K
H
 
E
G
 
G
A
 
M
E
 
D
A
 
T
A
 
Y
A
 
A
K
 
K
K
 
A
I
 
N
N
 
N
P
 
-
D
 
-
A
 
I
K
 
E
V
 
L
T
 
V
V
 
W
L
 
N
S
 
S
A
 
A
D
 
N
Y
 
N
D
|
D
L
 
V
N
x
S
K
 
T
Q
 
Q
F
 
A
S
 
S
H
 
Q
I
 
V
D
 
D
S
 
S
F
 
L
I
 
I
V
 
N
S
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
A
I
 
I
L
 
I
I
 
V
N
 
V
A
 
P
A
 
V
D
 
Q
A
 
A
R
 
D
A
 
S
I
 
L
E
 
G
P
 
P
A
 
Q
V
 
V
R
 
A
K
 
S
A
 
A
R
 
K
K
 
S
A
 
K
G
 
G
I
 
I
V
 
P
V
 
L
V
 
L
A
 
A
V
 
V
D
x
N
V
x
A
A
 
A
A
 
L
A
 
E
G
 
T
A
 
P
D
 
D
-
 
L
-
 
A
A
 
G
T
 
N
V
 
V
Q
 
Q
T
 
P
D
 
D
N
 
D
T
 
V
R
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
A
L
 
Q
A
 
E
C
 
M
A
 
Q
F
 
M
L
 
M
A
 
A
G
 
D
R
 
R
L
 
L
G
 
G
G
 
G
R
 
K
G
 
G
N
 
N
L
 
I
I
 
V
I
 
I
Q
 
L
N
 
Q
G
 
G
P
 
P
-
 
L
P
 
G
V
 
G
S
 
S
A
 
G
V
 
E
L
 
I
D
 
N
R
|
R
V
 
G
K
 
K
G
 
G
C
 
I
K
 
D
M
 
Q
V
 
V
L
 
L
G
 
A
K
 
K
H
 
Y
P
 
P
G
 
D
I
 
I
H
 
K
V
 
V
L
 
L
S
 
A
D
 
K
D
 
D
Q
 
T
D
 
-
G
 
A
K
 
N
G
x
W
S
 
K
R
 
R
E
 
D
G
 
E
G
 
A
L
 
V
N
 
N
V
 
K
M
 
M
Q
 
K
L
 
N
Y
 
W
L
 
I
T
 
S
R
 
S
F
 
F
-
 
G
P
 
P
K
 
Q
I
 
I
D
 
D
A
 
G
V
 
V
F
 
V
T
 
A
I
 
Q
N
|
N
D
 
D
P
 
D
Q
 
M
A
 
G
V
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
L
L
 
Q
A
 
A
A
 
L
R
 
K
Q
 
E
L
 
A
N
 
G
R
 
R
G
 
T
G
 
G
I
 
V
L
 
P
I
 
I
A
 
V
S
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
A
 
I
P
x
E
D
 
D
I
 
G
E
 
L
A
 
N
A
 
A
L
 
V
K
 
K
A
 
S
N
 
G
T
 
D
L
 
F
V
 
I
Q
 
G
A
 
T
S
 
S

Sites not aligning to the query:

1dbpA Identical mutations at corresponding positions in two homologous proteins with non-identical effects (see paper)
30% identity, 78% coverage: 43:296/325 of query aligns to 4:255/271 of 1dbpA

query
sites
1dbpA
V
 
I
G
 
A
V
 
L
T
 
V
L
 
V
G
 
S
S
 
T
L
 
L
G
 
N
N
|
N
P
 
P
Y
x
F
F
 
F
V
 
V
A
 
S
L
 
L
A
 
K
H
 
D
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
A
 
K
A
 
E
A
 
A
K
 
D
K
 
K
I
 
L
N
 
G
P
 
Y
D
 
N
A
 
-
K
 
-
V
 
L
T
 
V
V
 
V
L
 
L
S
 
D
A
 
S
D
 
Q
Y
 
N
D
 
N
L
 
P
N
 
A
K
 
K
Q
 
E
F
 
L
S
 
A
H
 
N
I
 
V
D
 
Q
S
 
D
F
 
L
I
 
T
V
 
V
S
 
R
K
 
G
V
 
T
D
 
K
L
 
I
I
 
L
L
 
L
I
 
I
N
 
N
A
 
P
A
 
T
D
 
D
A
 
S
R
 
D
A
 
A
I
 
V
E
 
D
P
 
N
A
 
A
V
 
V
R
 
K
K
 
M
A
 
A
R
 
N
K
 
Q
A
 
A
G
 
N
I
 
I
V
 
P
V
 
V
V
 
I
A
 
T
V
 
L
D
|
D
V
x
R
A
 
Q
A
 
A
A
 
T
G
 
K
A
 
G
D
 
E
-
 
V
-
 
V
A
 
S
T
 
H
V
 
I
Q
 
A
T
 
S
D
 
D
N
 
N
T
 
V
R
 
L
A
 
G
G
 
G
E
 
K
L
 
I
A
 
A
C
 
G
A
 
D
F
 
Y
L
 
I
A
 
A
G
 
K
R
 
K
L
 
A
G
 
G
G
 
E
R
 
G
G
 
A
N
 
K
L
 
V
I
 
I
-
 
E
I
 
L
Q
 
Q
N
 
G
G
 
I
P
 
A
P
 
G
V
 
T
S
 
S
A
 
A
V
 
A
L
 
R
D
 
E
R
|
R
V
 
G
K
 
E
G
 
G
C
 
F
K
 
Q
M
 
Q
V
 
A
L
 
V
G
 
A
K
 
A
H
 
H
P
 
K
G
 
-
I
 
F
H
 
N
V
 
V
L
 
L
S
 
A
D
 
S
D
 
-
Q
 
Q
D
 
P
G
 
A
K
 
D
G
x
F
S
 
D
R
 
R
E
 
I
G
 
K
G
 
G
L
 
L
N
 
N
V
 
V
M
 
M
Q
 
Q
L
 
N
Y
 
L
L
 
L
T
 
T
R
 
A
F
 
H
P
 
P
K
 
D
I
 
V
D
 
Q
A
 
A
V
 
V
F
 
F
T
 
A
I
 
Q
N
|
N
D
 
D
P
 
E
Q
 
M
A
 
A
V
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
L
L
 
R
A
 
A
A
 
L
R
 
Q
Q
 
T
L
 
A
N
 
G
R
 
K
G
 
S
G
 
D
I
 
V
L
 
M
I
 
V
A
 
V
S
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
A
 
T
P
 
P
D
 
D
I
 
G
E
 
E
A
 
K
A
 
A
L
 
V
K
 
N
A
 
D
N
 
G
T
 
K
L
 
L
V
 
A
Q
 
-
A
 
A
S
 
T
A
 
I
S
 
A
Q
 
Q
D
 
L
P
 
P
W
 
D
A
 
Q
I
 
I
A
 
G
R
 
A
T
 
K
A
 
G
V
 
V
E
 
E
I
 
T
G
 
A
V
 
D
G
 
K
L
 
V
M
 
L
H
 
K
G
 
G
Q
 
E

5dteB Crystal structure of an abc transporter periplasmic solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z(asuc_0081, target efi-511065) with bound d-allose
31% identity, 67% coverage: 42:258/325 of query aligns to 4:229/287 of 5dteB

query
sites
5dteB
K
 
Q
V
 
I
G
 
A
V
 
L
T
 
L
L
 
M
G
x
K
S
 
T
L
 
L
G
 
S
N
|
N
P
 
E
Y
|
Y
F
 
F
V
 
I
A
 
S
L
 
M
A
 
R
H
 
Q
G
 
G
A
 
A
E
 
E
A
 
E
A
 
T
A
 
A
K
 
K
K
 
Q
I
 
K
N
 
D
P
 
I
D
 
D
A
 
L
K
 
I
V
 
V
T
 
Q
V
 
V
L
 
A
S
 
E
A
 
K
D
 
E
Y
 
D
D
 
S
L
 
T
N
 
E
K
 
Q
Q
 
L
F
 
V
S
 
G
H
 
L
I
 
V
D
 
E
S
 
N
F
 
M
I
 
I
V
 
A
S
 
K
K
 
K
V
 
V
D
 
D
L
 
A
I
 
I
L
 
I
I
 
V
N
 
T
A
 
P
A
 
N
D
 
D
A
 
S
R
 
I
A
 
A
I
 
F
E
 
I
P
 
P
A
 
A
V
 
F
R
 
Q
K
 
K
A
 
A
R
 
E
K
 
K
A
 
A
G
 
G
I
 
I
V
 
P
V
 
I
V
 
I
A
 
D
V
 
L
D
|
D
V
 
V
A
 
R
-
 
L
-
 
D
A
 
A
A
 
K
G
 
A
A
 
A
D
 
E
A
 
A
T
 
A
-
 
G
-
 
L
-
 
K
-
 
F
-
 
N
-
 
Y
V
 
V
Q
 
G
T
 
V
D
 
D
N
 
N
T
 
F
R
 
N
A
 
G
G
 
G
E
 
Y
L
 
L
A
 
E
C
 
A
A
 
K
F
 
N
L
 
L
A
 
A
G
 
E
R
 
A
L
 
I
G
 
G
G
 
K
R
 
K
G
 
G
N
 
N
L
 
V
I
 
A
I
 
I
Q
 
L
N
 
E
G
 
G
-
 
I
P
 
P
P
 
G
V
 
V
S
 
D
A
x
N
V
 
G
L
 
E
D
 
Q
R
|
R
V
 
K
K
 
G
G
 
G
C
 
A
K
 
L
M
 
K
V
 
A
L
 
F
G
 
A
K
 
E
H
 
Y
P
 
P
G
 
D
I
 
I
H
 
K
V
 
I
L
 
V
S
 
A
D
 
S
D
 
-
Q
 
Q
D
 
S
G
 
A
K
 
N
G
x
W
S
 
E
R
 
T
E
 
E
G
 
Q
G
 
A
L
 
L
N
 
N
V
 
V
M
 
T
Q
 
T
L
 
N
Y
 
I
L
 
L
T
 
T
R
 
A
F
 
N
P
 
P
K
 
N
I
 
I
D
 
N
A
 
G
V
 
I
F
 
F
T
 
A
I
 
A
N
 
N
D
 
D
P
 
N
Q
 
M
A
 
A
V
 
I
G
 
G
A
 
A
D
 
V
L
 
T
A
 
A
A
 
V
R
 
E
Q
 
N
L
 
A
N
 
G
R
 
L
G
 
A
G
 
G
-
 
K
I
 
V
L
 
L
I
 
V
A
 
S
S
 
G
V
 
Y
D
|
D
G
 
G
A
 
I
P
 
P

Sites not aligning to the query:

4zjpA Structure of an abc-transporter solute binding protein (sbp_ipr025997) from actinobacillus succinogenes (asuc_0197, target efi-511067) with bound beta-d-ribopyranose
30% identity, 78% coverage: 43:296/325 of query aligns to 5:255/270 of 4zjpA

query
sites
4zjpA
V
 
I
G
 
A
V
 
L
T
 
T
L
 
V
G
 
S
S
 
T
L
 
L
G
 
D
N
|
N
P
 
P
Y
x
F
F
|
F
V
 
V
A
 
S
L
 
L
A
 
K
H
 
D
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
A
 
K
A
 
K
A
 
A
K
 
T
K
 
E
I
 
L
N
 
G
P
 
-
D
 
-
A
 
Y
K
 
K
V
 
L
T
 
V
V
 
V
L
 
L
S
 
D
A
 
S
D
 
Q
Y
 
N
D
 
D
L
 
P
N
 
S
K
 
K
Q
 
E
F
 
L
S
 
S
H
 
N
I
 
V
D
 
E
S
 
D
F
 
L
I
 
T
V
 
V
S
 
R
K
 
G
V
 
A
D
 
K
L
 
V
I
 
L
L
 
L
I
 
I
N
 
N
A
 
P
A
 
T
D
 
D
A
 
S
R
 
A
A
 
A
I
 
V
E
 
S
P
 
N
A
 
A
V
 
V
R
 
A
K
 
I
A
 
A
R
 
N
K
 
R
A
 
N
G
 
K
I
 
I
V
 
P
V
 
V
V
 
I
A
 
T
V
 
L
D
|
D
V
x
R
A
 
G
A
 
A
A
 
A
G
 
K
A
 
G
D
 
E
-
 
V
-
 
V
A
 
S
T
 
H
V
 
I
Q
 
A
T
 
S
D
 
D
N
 
N
T
 
V
R
 
A
A
 
G
G
 
G
E
 
K
L
 
M
A
 
A
C
 
G
A
 
D
F
 
F
L
 
I
A
 
A
G
 
Q
R
 
K
L
 
L
G
 
G
G
 
D
R
 
G
G
 
A
N
 
K
L
 
V
I
 
I
I
 
Q
Q
 
L
N
 
E
G
 
G
-
 
L
P
 
A
P
 
G
V
 
T
S
 
S
A
 
A
V
 
A
L
 
R
D
 
E
R
|
R
V
 
G
K
 
E
G
 
G
C
 
F
K
 
K
M
 
Q
V
 
A
L
 
I
G
 
E
K
 
A
H
 
H
P
 
K
G
 
-
I
 
F
H
 
D
V
 
V
L
 
L
S
 
A
D
 
-
D
 
S
Q
 
Q
D
 
P
G
 
A
K
 
D
G
x
F
S
 
D
R
 
R
E
 
T
G
 
K
G
 
G
L
 
L
N
 
N
V
 
V
M
 
T
Q
 
E
L
 
N
Y
 
L
L
 
L
T
 
A
R
 
S
F
 
K
P
 
G
K
 
S
I
 
V
D
 
Q
A
 
A
V
 
I
F
 
F
T
 
A
I
 
Q
N
|
N
D
 
D
P
 
E
Q
 
M
A
 
A
V
 
L
G
 
G
A
 
-
D
 
-
L
 
-
A
 
A
A
 
L
R
 
R
Q
 
A
L
 
I
N
 
S
R
 
A
G
 
A
G
 
G
-
 
K
-
 
K
I
 
V
L
 
L
I
 
V
A
 
V
S
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
A
 
T
P
 
E
D
 
D
I
 
G
E
 
V
A
 
K
A
 
A
L
 
V
K
 
K
A
 
S
N
 
G
T
 
K
L
 
L
V
 
A
Q
 
-
A
 
A
S
 
T
A
 
V
S
 
A
Q
|
Q
D
 
Q
P
 
P
W
 
E
A
 
L
I
 
I
A
 
G
R
 
S
T
 
L
A
 
G
V
 
V
E
 
E
I
 
T
G
 
A
V
 
D
G
 
K
L
 
I
M
 
L
H
 
K
G
 
G
Q
 
E

2h3hA Crystal structure of the liganded form of thermotoga maritima glucose binding protein (see paper)
27% identity, 84% coverage: 45:318/325 of query aligns to 2:292/313 of 2h3hA

query
sites
2h3hA
V
 
L
T
 
T
L
 
I
G
 
G
S
 
V
L
 
I
G
 
G
-
x
K
-
 
S
-
 
V
N
 
H
P
 
P
Y
 
Y
F
 
W
V
 
S
A
 
Q
L
 
V
A
 
E
H
 
Q
G
 
G
A
 
V
E
 
K
A
 
A
A
 
A
A
 
G
K
 
K
K
 
A
I
 
L
N
 
G
P
 
V
D
 
D
A
 
T
K
 
K
V
 
F
T
 
F
V
 
V
L
 
P
S
 
Q
A
 
K
D
 
E
Y
 
-
D
 
D
L
 
I
N
 
N
K
 
A
Q
 
Q
F
 
L
S
 
Q
H
 
M
I
 
L
D
 
E
S
 
S
F
 
F
I
 
I
V
 
A
S
 
E
K
 
G
V
 
V
D
 
N
L
 
G
I
 
I
L
 
A
I
 
I
N
 
A
A
 
P
A
 
S
D
 
D
A
 
P
R
 
T
A
 
A
I
 
V
E
 
I
P
 
P
A
 
T
V
 
I
R
 
K
K
 
K
A
 
A
R
 
L
K
 
E
A
 
M
G
 
G
I
 
I
V
 
P
V
 
V
V
 
V
A
 
T
V
 
L
D
|
D
V
 
T
A
 
D
A
 
S
-
 
P
-
 
D
A
 
S
G
 
G
A
 
R
D
 
Y
A
 
V
T
 
Y
V
 
I
Q
 
G
T
 
T
D
 
D
N
 
N
T
 
Y
R
 
Q
A
 
A
G
 
G
E
 
Y
L
 
T
A
 
A
C
 
G
A
 
L
F
 
I
L
 
M
A
 
K
G
 
E
R
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
G
R
 
K
G
 
G
N
 
K
L
 
V
I
 
V
I
 
I
Q
 
G
N
 
T
G
 
G
P
 
S
P
 
L
V
 
T
S
 
A
A
 
M
-
x
N
V
 
S
L
 
L
D
 
Q
R
|
R
V
 
I
K
 
Q
G
 
G
C
 
F
K
 
K
M
 
D
V
 
A
L
 
I
-
 
K
-
 
D
G
 
S
K
 
E
H
 
I
P
 
E
G
 
I
I
 
V
H
 
D
V
 
I
L
 
L
S
 
N
D
 
D
D
 
E
Q
x
E
D
 
D
G
 
G
K
 
A
G
 
R
S
 
A
R
 
-
E
 
-
G
 
-
G
 
-
L
 
V
N
 
S
V
 
L
M
 
A
Q
 
E
L
 
A
Y
 
A
L
 
L
T
 
N
R
 
A
F
 
H
P
 
P
K
 
D
I
 
L
D
 
D
A
 
A
V
 
F
F
 
F
T
 
G
I
 
V
N
x
Y
D
x
A
P
 
Y
Q
 
N
A
 
G
V
 
P
G
 
A
A
 
Q
D
 
A
L
 
L
A
 
V
A
 
V
R
 
K
Q
 
N
L
 
A
N
 
G
R
 
K
-
 
V
G
 
G
G
 
K
I
 
V
L
 
K
I
 
I
A
 
V
S
 
C
V
 
F
D
|
D
G
 
T
A
 
T
P
 
P
D
 
D
I
 
I
E
 
L
A
 
Q
A
 
Y
L
 
V
K
 
K
A
 
E
N
 
G
T
 
-
L
 
V
V
 
I
Q
 
Q
A
 
A
S
 
T
A
 
M
S
 
G
Q
|
Q
D
 
R
P
 
P
W
 
Y
A
 
M
I
 
M
A
 
G
R
 
Y
T
 
L
A
 
S
V
 
V
E
 
T
I
 
V
G
 
-
V
 
L
G
 
Y
L
 
L
M
 
M
H
 
N
G
 
K
Q
 
I
A
 
G
P
 
V
A
 
Q
N
 
N
R
 
T
T
 
L
V
 
M
L
 
M
L
 
L
P
 
P
P
 
K
T
 
V
-
 
K
-
 
V
-
 
D
-
 
G
-
 
K
-
 
V
-
 
D
-
 
Y
-
 
V
-
 
I
-
 
D
-
 
T
-
 
G
-
 
V
-
 
D
L
 
V
V
 
V
T
 
T
R
 
P
A
 
E
N
 
N
V
 
L
N
 
D
E
 
E
Y
 
Y

4yo7A Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from bacillus halodurans c-125 (bh2323, target efi- 511484) with bound myo-inositol
27% identity, 86% coverage: 41:319/325 of query aligns to 7:284/287 of 4yo7A

query
sites
4yo7A
K
 
K
K
 
V
V
 
I
G
 
G
V
 
V
T
 
S
L
 
I
G
 
S
S
 
N
L
 
L
G
x
D
N
 
E
P
 
-
Y
 
-
F
 
F
V
 
L
A
 
T
L
 
Y
A
 
M
H
 
Q
G
 
D
A
 
A
E
 
M
A
 
K
A
 
E
A
 
E
K
 
A
K
 
A
I
 
N
N
 
Y
P
 
P
D
 
D
A
 
F
K
 
E
V
 
F
T
 
I
V
 
F
L
 
S
S
 
D
A
 
A
D
 
Q
Y
 
N
D
 
D
L
 
S
N
 
T
K
 
Q
Q
 
Q
F
 
M
S
 
A
H
 
Q
I
 
V
D
 
E
S
 
N
F
 
F
I
 
I
V
 
S
S
 
R
K
 
N
V
 
V
D
 
D
L
 
A
I
 
I
L
 
I
I
 
V
N
 
N
A
 
P
A
 
V
D
 
D
A
 
T
R
 
T
A
 
S
I
 
A
E
 
V
P
 
D
A
 
I
V
 
V
R
 
N
K
 
M
A
 
V
R
 
N
K
 
D
A
 
A
G
 
G
I
 
I
V
 
P
V
 
I
V
 
I
A
 
I
V
 
A
D
x
N
V
x
R
A
 
T
A
 
F
A
 
D
G
 
G
A
 
V
D
 
D
-
 
Q
-
 
A
-
 
T
A
 
A
T
 
F
V
 
V
Q
 
G
T
 
S
D
 
E
N
 
S
T
 
I
R
 
Q
A
 
S
G
 
G
E
 
L
L
 
L
A
 
Q
C
 
M
A
 
E
F
 
E
L
 
V
A
 
A
G
 
K
R
 
L
L
 
L
G
 
N
G
 
N
R
 
E
G
 
G
N
 
N
L
 
I
I
 
A
I
 
I
Q
 
M
N
 
D
G
 
G
P
 
E
-
 
L
P
 
G
V
 
H
S
 
E
A
 
A
V
 
Q
L
 
I
D
 
M
R
|
R
V
 
T
K
 
E
G
 
G
C
 
N
K
 
K
M
 
Q
V
 
I
L
 
I
G
 
E
K
 
E
H
 
H
P
 
D
G
 
G
I
 
L
H
 
E
V
 
V
L
 
V
S
 
L
D
 
Q
D
 
G
Q
 
T
D
 
-
G
 
A
K
 
K
G
 
F
S
 
D
R
 
R
E
 
S
G
 
E
G
 
G
L
 
M
N
 
R
V
 
L
M
 
M
Q
 
E
L
 
N
Y
 
W
L
 
L
T
 
N
R
 
S
F
 
G
P
 
T
K
 
E
I
 
I
D
 
D
A
 
A
V
 
V
F
 
V
T
 
A
I
 
N
N
|
N
D
 
D
P
 
E
Q
 
M
A
 
A
V
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
I
L
 
L
A
 
A
A
 
L
R
 
E
Q
 
A
L
 
V
N
 
G
R
 
K
-
x
L
G
 
D
G
 
D
I
x
V
L
 
I
I
 
V
A
 
A
S
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
A
A
 
T
P
 
P
D
 
A
I
 
A
E
 
L
A
 
E
A
 
A
L
 
M
K
 
K
A
 
E
N
 
G
T
 
K
L
 
L
V
 
-
Q
 
D
A
 
V
S
 
T
A
 
V
S
 
F
Q
|
Q
D
 
D
P
 
A
W
 
K
A
 
G
I
 
Q
A
 
G
R
 
A
T
 
T
A
 
S
V
 
V
E
 
K
I
 
V
G
 
A
V
 
V
G
 
Q
L
 
A
M
 
A
H
 
N
G
 
G
Q
 
E
A
 
D
P
 
V
A
 
E
N
 
D
R
 
-
T
 
-
V
 
A
L
 
M
L
 
I
P
 
P
P
 
Y
T
 
E
L
 
L
V
 
V
T
 
T
R
 
P
A
 
E
N
 
N
V
 
V
N
 
E
E
 
E
Y
 
Y
K
 
E

3c6qC Apo and ligand-bound form of a thermophilic glucose/xylose binding protein
27% identity, 84% coverage: 45:318/325 of query aligns to 2:292/305 of 3c6qC

query
sites
3c6qC
V
 
L
T
 
T
L
 
I
G
 
G
S
 
V
L
 
I
G
 
G
-
x
K
-
 
S
-
 
V
N
 
H
P
 
P
Y
 
Y
F
x
W
V
 
S
A
 
Q
L
 
V
A
 
E
H
 
Q
G
 
G
A
 
V
E
 
K
A
 
A
A
 
A
A
 
G
K
 
K
K
 
A
I
 
L
N
 
G
P
 
V
D
 
D
A
 
T
K
 
K
V
 
F
T
 
F
V
 
V
L
 
-
S
 
P
A
 
Q
D
 
K
Y
 
C
D
 
D
L
 
I
N
 
N
K
 
A
Q
 
Q
F
 
L
S
 
Q
H
 
M
I
 
L
D
 
E
S
 
S
F
 
F
I
 
I
V
 
A
S
 
E
K
 
G
V
 
V
D
 
N
L
 
G
I
 
I
L
 
A
I
 
I
N
 
A
A
 
P
A
 
S
D
 
D
A
 
P
R
 
T
A
 
A
I
 
V
E
 
I
P
 
P
A
 
T
V
 
I
R
 
K
K
 
K
A
 
A
R
 
L
K
 
E
A
 
M
G
 
G
I
 
I
V
 
P
V
 
V
V
 
V
A
 
T
V
 
L
D
|
D
V
 
T
A
 
D
A
 
S
-
 
P
-
 
D
A
 
S
G
 
G
A
 
R
D
 
Y
A
 
V
T
 
Y
V
 
I
Q
 
G
T
 
T
D
 
D
N
 
N
T
 
Y
R
 
Q
A
 
A
G
 
G
E
 
Y
L
 
T
A
 
A
C
 
G
A
 
L
F
 
I
L
 
M
A
 
K
G
 
E
R
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
G
R
 
K
G
 
G
N
 
K
L
 
V
I
 
V
I
 
I
Q
 
G
N
 
T
G
 
G
P
 
S
P
 
L
V
 
T
S
 
A
A
 
M
-
x
N
V
 
S
L
 
L
D
 
Q
R
|
R
V
 
I
K
 
Q
G
 
G
C
 
F
K
 
K
M
 
D
V
 
A
L
 
I
-
 
K
-
 
D
G
 
S
K
 
E
H
 
I
P
 
E
G
 
I
I
 
V
H
 
D
V
 
I
L
 
L
S
 
N
D
 
D
D
 
C
Q
x
E
D
 
D
G
 
G
K
 
A
G
 
R
S
 
A
R
 
-
E
 
-
G
 
-
G
 
-
L
 
V
N
 
S
V
 
L
M
 
A
Q
 
E
L
 
A
Y
 
A
L
 
L
T
 
N
R
 
A
F
 
H
P
 
P
K
 
D
I
 
L
D
 
D
A
 
A
V
 
F
F
 
F
T
 
G
I
 
V
N
x
Y
D
x
A
P
 
Y
Q
 
N
A
 
G
V
 
P
G
 
A
A
 
Q
D
 
A
L
 
L
A
 
V
A
 
V
R
 
K
Q
 
N
L
 
A
N
 
G
R
 
K
-
 
V
G
 
G
G
 
K
I
 
V
L
 
K
I
 
I
A
 
V
S
 
C
V
 
F
D
|
D
G
 
T
A
 
T
P
 
P
D
 
D
I
 
I
E
 
L
A
 
Q
A
 
Y
L
 
V
K
 
K
A
 
E
N
 
G
T
 
-
L
 
V
V
 
I
Q
 
Q
A
 
A
S
 
T
A
 
M
S
 
G
Q
|
Q
D
 
R
P
 
P
W
 
Y
A
 
M
I
 
M
A
 
G
R
 
Y
T
 
L
A
 
S
V
 
V
E
 
T
I
 
V
G
 
-
V
 
L
G
 
Y
L
 
L
M
 
M
H
 
N
G
 
K
Q
 
I
A
 
G
P
 
V
A
 
Q
N
 
N
R
 
T
T
 
L
V
 
M
L
 
M
L
 
L
P
 
P
P
 
K
T
 
V
-
 
K
-
 
V
-
 
D
-
 
G
-
 
K
-
 
V
-
 
D
-
 
Y
-
 
V
-
 
I
-
 
D
-
 
T
-
 
G
-
 
V
-
 
D
L
 
V
V
 
V
T
 
T
R
 
P
A
 
E
N
 
N
V
 
L
N
 
D
E
 
E
Y
 
Y

4ry9B Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein veis_2079 from verminephrobacter eiseniae ef01-2, target efi-511009, a complex with d-talitol
27% identity, 85% coverage: 42:318/325 of query aligns to 4:290/297 of 4ry9B

query
sites
4ry9B
K
 
K
V
 
I
G
 
G
V
 
V
T
 
S
L
 
M
G
x
K
S
 
T
L
 
L
G
 
S
N
 
A
P
 
P
Y
|
Y
F
|
F
V
 
A
A
 
A
L
 
Q
A
 
M
H
 
E
G
 
A
A
 
A
E
 
K
A
 
A
A
 
R
A
 
G
K
 
K
K
 
E
I
 
L
N
 
G
P
 
Y
D
 
E
A
 
V
K
 
L
V
 
A
T
 
T
V
 
-
L
 
-
S
 
D
A
 
A
D
 
Q
Y
 
G
D
 
K
L
 
L
N
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
F
 
I
S
 
S
H
 
D
I
 
V
D
 
E
S
 
D
F
 
L
I
 
V
V
 
T
S
 
R
K
 
G
V
 
V
D
 
K
L
 
L
I
 
L
L
 
I
I
 
I
N
 
N
A
 
P
A
 
A
D
|
D
A
x
S
R
 
E
A
 
G
I
 
L
E
 
V
P
 
N
A
 
A
V
 
V
R
 
N
K
 
N
A
 
A
R
 
S
K
 
A
A
 
N
G
 
G
I
 
V
V
 
K
V
 
V
V
 
V
A
 
V
V
 
I
D
|
D
V
x
S
A
x
T
A
 
L
-
 
N
-
 
P
-
 
R
A
 
A
G
 
N
A
 
F
D
 
V
A
 
T
T
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
T
 
S
D
 
S
N
 
N
T
 
S
R
 
I
A
 
N
G
 
G
E
 
A
L
 
L
A
 
V
C
 
G
A
 
H
F
 
W
L
 
V
A
 
I
G
 
E
R
 
E
L
 
V
G
 
G
G
 
N
R
 
K
G
 
S
N
 
L
L
 
K
I
 
I
I
 
A
-
 
L
-
 
L
-
 
S
-
 
G
Q
 
E
N
 
K
G
 
G
P
x
N
P
|
P
V
 
V
S
 
G
-
 
Q
-
 
E
-
x
R
-
 
R
-
 
L
A
 
G
V
 
V
L
 
L
D
 
S
R
 
G
V
 
I
K
 
I
G
 
E
C
 
A
K
 
Q
M
 
L
V
 
R
L
 
K
G
 
F
K
 
G
H
 
K
P
 
A
G
 
D
I
 
L
H
 
T
V
 
V
L
 
V
S
 
G
D
 
Q
D
 
G
Q
 
W
D
 
-
G
 
G
K
 
H
G
x
W
S
 
N
R
 
D
E
 
E
G
 
G
G
 
G
L
 
L
N
 
K
V
 
A
M
 
M
Q
 
E
L
 
D
Y
 
L
L
 
L
T
 
V
R
 
A
F
 
N
P
 
K
K
 
D
I
 
I
D
 
N
A
 
M
V
 
V
F
 
L
T
 
G
I
 
E
N
|
N
D
 
D
P
 
S
Q
 
M
A
 
V
V
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
R
L
 
R
A
 
A
A
 
I
R
 
E
Q
 
S
L
 
A
N
 
G
R
 
R
G
 
T
G
 
G
I
 
I
L
 
L
I
 
L
A
 
V
S
 
A
V
 
A
D
 
A
G
x
D
A
 
A
P
 
Q
D
 
K
I
 
E
E
 
A
A
 
L
A
 
A
L
 
L
K
 
I
A
 
K
N
 
Q
T
 
G
L
 
K
V
 
Y
Q
 
G
A
 
V
S
 
T
A
 
G
S
 
L
Q
 
N
D
 
D
P
 
P
W
 
A
A
 
L
I
 
V
A
 
A
R
 
R
T
 
T
A
 
A
V
 
I
E
 
D
I
 
L
G
 
G
V
 
V
G
 
K
L
 
V
M
 
V
H
 
K
G
 
G
Q
 
E
A
 
V
P
 
K
-
 
D
A
 
V
N
 
P
R
 
K
T
 
Q
V
 
T
L
 
L
L
 
T
P
 
T
P
 
P
T
 
A
L
 
A
V
 
I
T
 
T
R
 
K
A
 
G
N
 
N
V
 
V
N
 
D
E
 
K
Y
 
F

4ry9A Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein veis_2079 from verminephrobacter eiseniae ef01-2, target efi-511009, a complex with d-talitol
27% identity, 85% coverage: 42:318/325 of query aligns to 4:290/297 of 4ry9A

query
sites
4ry9A
K
 
K
V
 
I
G
 
G
V
 
V
T
 
S
L
 
M
G
x
K
S
 
T
L
 
L
G
 
S
N
 
A
P
 
P
Y
|
Y
F
|
F
V
 
A
A
 
A
L
 
Q
A
 
M
H
 
E
G
 
A
A
 
A
E
 
K
A
 
A
A
 
R
A
 
G
K
 
K
K
 
E
I
 
L
N
 
G
P
 
Y
D
 
E
A
 
V
K
 
L
V
 
A
T
 
T
V
 
-
L
 
-
S
 
D
A
 
A
D
 
Q
Y
 
G
D
 
K
L
 
L
N
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
F
 
I
S
 
S
H
 
D
I
 
V
D
 
E
S
 
D
F
 
L
I
 
V
V
 
T
S
 
R
K
 
G
V
 
V
D
 
K
L
 
L
I
 
L
L
 
I
I
 
I
N
 
N
A
 
P
A
 
A
D
 
D
A
 
S
R
 
E
A
 
G
I
 
L
E
 
V
P
 
N
A
 
A
V
 
V
R
 
N
K
 
N
A
 
A
R
 
S
K
 
A
A
 
N
G
 
G
I
 
V
V
 
K
V
 
V
V
 
V
A
 
V
V
 
I
D
|
D
V
x
S
A
 
T
A
 
L
-
 
N
-
 
P
-
 
R
A
 
A
G
 
N
A
 
F
D
 
V
A
 
T
T
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
T
 
S
D
 
S
N
 
N
T
 
S
R
 
I
A
 
N
G
 
G
E
 
A
L
 
L
A
 
V
C
 
G
A
 
H
F
 
W
L
 
V
A
 
I
G
 
E
R
 
E
L
 
V
G
 
G
G
 
N
R
 
K
G
 
S
N
 
L
L
 
K
I
 
I
I
 
A
-
 
L
-
 
L
-
 
S
-
 
G
Q
 
E
N
 
K
G
 
G
P
x
N
P
 
P
V
 
V
S
 
G
-
 
Q
-
 
E
-
x
R
-
 
R
-
 
L
A
 
G
V
 
V
L
 
L
D
 
S
R
 
G
V
 
I
K
 
I
G
 
E
C
 
A
K
 
Q
M
 
L
V
 
R
L
 
K
G
 
F
K
 
G
H
 
K
P
 
A
G
 
D
I
 
L
H
 
T
V
 
V
L
 
V
S
 
G
D
 
Q
D
 
G
Q
 
W
D
 
-
G
 
G
K
 
H
G
x
W
S
 
N
R
 
D
E
 
E
G
 
G
G
 
G
L
 
L
N
 
K
V
 
A
M
 
M
Q
 
E
L
 
D
Y
 
L
L
 
L
T
 
V
R
 
A
F
 
N
P
 
K
K
 
D
I
 
I
D
 
N
A
 
M
V
 
V
F
 
L
T
 
G
I
 
E
N
|
N
D
 
D
P
 
S
Q
 
M
A
 
V
V
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
R
L
 
R
A
 
A
A
 
I
R
 
E
Q
 
S
L
 
A
N
 
G
R
 
R
G
 
T
G
 
G
I
 
I
L
 
L
I
 
L
A
 
V
S
 
A
V
 
A
D
 
A
G
x
D
A
 
A
P
 
Q
D
 
K
I
 
E
E
 
A
A
 
L
A
 
A
L
 
L
K
 
I
A
 
K
N
 
Q
T
 
G
L
 
K
V
 
Y
Q
 
G
A
 
V
S
 
T
A
 
G
S
 
L
Q
 
N
D
 
D
P
 
P
W
 
A
A
 
L
I
 
V
A
 
A
R
 
R
T
 
T
A
 
A
V
 
I
E
 
D
I
 
L
G
 
G
V
 
V
G
 
K
L
 
V
M
 
V
H
 
K
G
 
G
Q
 
E
A
 
V
P
 
K
-
 
D
A
 
V
N
 
P
R
 
K
T
 
Q
V
 
T
L
 
L
L
 
T
P
 
T
P
 
P
T
 
A
L
 
A
V
 
I
T
 
T
R
 
K
A
 
G
N
 
N
V
 
V
N
 
D
E
 
K
Y
 
F

4irxA Crystal structure of caulobacter myo-inositol binding protein bound to myo-inositol (see paper)
29% identity, 85% coverage: 42:317/325 of query aligns to 10:289/296 of 4irxA

query
sites
4irxA
K
 
E
V
 
V
G
 
V
V
 
V
T
 
S
L
 
F
G
 
N
S
 
D
L
 
L
G
 
S
N
x
Q
P
 
P
Y
x
F
F
 
F
V
 
V
A
 
A
L
 
M
A
 
R
H
 
R
G
 
E
A
 
L
E
 
E
A
 
D
A
 
E
A
 
A
K
 
A
K
 
K
I
 
L
N
 
G
P
 
-
D
 
-
A
 
V
K
 
K
V
 
V
T
 
Q
V
 
V
L
 
L
S
 
D
A
 
A
D
 
Q
Y
 
N
D
 
N
L
 
S
N
 
S
K
 
K
Q
 
Q
F
 
I
S
 
S
H
 
D
I
 
L
D
 
Q
S
 
A
F
 
A
I
 
A
V
 
V
S
 
Q
K
 
G
V
 
A
D
 
K
L
 
V
I
 
V
L
 
I
I
 
V
N
 
A
A
 
P
A
 
T
D
 
D
A
 
S
R
 
K
A
 
A
I
 
L
E
 
A
P
 
G
A
 
A
V
 
A
R
 
D
K
 
D
A
 
L
R
 
V
K
 
E
A
 
Q
G
 
G
I
 
V
V
 
A
V
 
V
V
 
I
A
 
S
V
 
V
D
|
D
V
x
R
A
 
N
A
 
I
A
 
A
G
 
G
A
 
G
D
 
K
A
 
T
T
 
A
V
 
V
Q
 
P
-
 
H
-
 
V
-
 
G
T
 
A
D
 
D
N
 
N
T
 
V
R
 
A
A
 
G
G
 
G
E
 
R
L
 
A
A
 
M
C
 
A
A
 
D
F
 
W
L
 
V
A
 
V
G
 
K
R
 
T
L
 
Y
-
 
P
G
 
A
G
 
G
R
 
A
G
 
R
N
 
V
L
 
V
I
 
V
I
 
I
Q
 
T
N
|
N
G
x
D
P
 
P
P
 
G
V
 
S
S
 
S
A
x
S
V
 
S
L
 
I
D
 
E
R
|
R
V
 
V
K
 
K
G
 
G
C
 
V
K
 
H
M
 
D
V
 
G
L
 
L
G
 
A
K
 
A
-
 
G
H
 
G
P
 
P
G
 
A
I
 
F
H
 
K
V
 
I
L
 
V
S
 
T
D
 
-
D
 
E
Q
 
Q
D
 
T
G
 
A
K
 
N
G
x
S
S
 
K
R
 
R
E
 
D
G
 
Q
G
 
A
L
 
L
N
 
T
V
 
V
M
 
T
Q
 
Q
L
 
N
Y
 
I
L
 
L
T
 
T
-
 
S
-
 
M
R
 
R
F
 
D
P
 
T
K
 
P
I
 
P
D
 
D
A
 
V
V
 
I
F
 
L
T
 
C
I
 
L
N
|
N
D
 
D
P
 
D
Q
 
M
A
 
A
V
 
M
G
 
G
A
 
A
D
 
L
L
 
E
A
 
A
A
 
V
R
 
R
Q
 
A
-
 
A
-
 
G
L
 
L
N
 
D
R
 
S
G
 
A
G
 
K
I
 
V
L
 
K
I
 
V
A
 
I
S
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
A
A
 
I
P
 
P
D
 
E
I
 
A
E
 
L
A
 
A
A
 
R
L
 
I
K
 
K
A
 
A
N
 
G
T
 
E
L
 
M
V
 
V
Q
 
-
A
 
A
S
 
T
A
 
V
S
 
E
Q
|
Q
D
 
N
P
 
P
W
 
G
A
 
L
I
 
Q
A
 
I
R
 
R
T
 
T
A
 
A
V
 
L
E
 
R
I
 
Q
G
 
A
V
 
V
G
 
D
L
 
K
M
 
I
H
 
K
G
 
S
Q
 
G
A
 
A
P
 
-
A
 
A
N
 
L
R
 
K
T
 
S
V
 
V
L
 
S
L
 
L
P
 
K
P
 
P
T
 
V
L
 
L
V
 
I
T
 
T
R
 
S
A
 
G
N
 
N
V
 
L
N
 
T
E
 
E

5ibqA Crystal structure of an abc solute binding protein from rhizobium etli cfn 42 (rhe_pf00037,target efi-511357) in complex with alpha-d-apiose
27% identity, 83% coverage: 52:322/325 of query aligns to 14:285/287 of 5ibqA

query
sites
5ibqA
N
|
N
P
 
P
Y
x
F
F
 
F
V
 
K
A
 
A
L
 
E
A
 
A
H
 
V
G
 
G
A
 
A
E
 
E
A
 
A
A
 
K
A
 
A
K
 
K
K
 
E
I
 
L
N
 
G
P
 
Y
D
 
E
A
 
-
K
 
-
V
 
T
T
 
L
V
 
V
L
 
M
S
 
T
A
 
H
D
 
D
Y
 
D
D
 
D
L
 
A
N
 
N
K
 
K
Q
 
Q
F
 
S
S
 
E
H
 
M
I
 
I
D
 
D
S
 
T
F
 
A
I
 
I
V
 
G
S
 
R
K
 
G
V
 
A
D
 
K
L
 
A
I
 
I
L
 
I
I
 
L
N
 
D
A
 
N
A
 
A
D
 
G
A
 
A
R
 
D
A
 
A
I
 
S
E
 
V
P
 
A
A
 
A
V
 
V
R
 
K
K
 
K
A
 
A
R
 
K
K
 
D
A
 
A
G
 
G
I
 
I
V
 
P
V
 
S
V
 
F
A
 
L
V
 
I
D
|
D
-
x
R
-
 
E
V
 
I
A
 
N
A
 
A
A
 
T
G
 
G
-
 
V
A
 
A
D
 
V
A
 
A
T
 
Q
V
 
I
Q
 
V
T
 
S
D
 
N
N
 
N
T
 
Y
R
 
Q
A
 
G
G
 
A
E
 
Q
L
 
L
A
 
G
C
 
A
A
 
Q
F
 
E
L
 
F
A
 
V
G
 
K
R
 
L
L
 
M
G
 
G
G
 
E
R
 
K
G
 
G
N
 
N
L
 
Y
I
 
V
-
 
E
-
 
L
I
 
V
Q
 
G
N
 
K
G
 
E
P
 
S
P
x
D
V
 
T
S
x
N
A
 
A
V
 
G
L
 
I
D
 
-
R
|
R
V
 
S
K
 
Q
G
 
G
C
 
Y
K
 
H
M
x
D
V
 
V
L
 
I
G
x
D
K
x
D
H
 
Y
P
 
P
G
 
E
I
 
M
H
 
K
V
 
S
L
 
V
S
 
A
D
 
-
D
 
K
Q
 
Q
D
 
S
G
 
A
K
 
N
G
x
W
S
 
S
R
 
Q
E
 
T
G
 
E
G
 
A
L
 
Y
N
 
S
V
 
K
M
 
M
Q
 
E
L
 
T
Y
 
I
L
 
L
T
 
Q
R
 
A
F
 
N
P
 
P
K
 
D
I
 
I
D
 
K
A
 
G
V
 
V
F
 
I
T
 
S
I
 
G
N
|
N
D
 
D
P
 
T
Q
 
M
A
 
A
V
 
M
G
 
G
A
 
A
D
 
I
L
 
A
A
 
A
A
 
L
R
 
Q
Q
 
A
L
 
A
N
 
G
R
 
R
G
 
K
G
 
D
I
 
V
L
 
I
I
 
V
A
 
V
S
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
A
 
S
P
 
N
D
 
D
I
 
V
E
 
R
A
 
D
A
 
S
L
 
I
K
 
K
A
 
S
N
 
G
T
 
G
L
 
-
V
 
I
Q
 
K
A
 
A
S
 
T
A
 
V
S
 
L
Q
 
Q
D
 
P
P
 
A
W
 
Y
A
 
A
I
 
Q
A
 
A
R
 
Q
T
 
L
A
 
A
V
 
V
E
 
E
I
 
Q
G
 
A
V
 
D
G
 
A
L
 
Y
M
 
I
H
 
K
G
 
N
Q
 
K
-
 
T
A
 
T
P
 
P
A
 
K
N
 
E
R
 
E
T
 
K
V
 
Q
L
 
L
L
 
M
P
 
D
P
 
C
T
 
V
L
 
L
V
 
I
T
 
N
R
 
A
A
 
D
N
 
N
V
 
A
N
 
G
E
 
K
Y
 
L
K
 
E
G
 
T
W
 
F
A
 
A

4ry0A Crystal structure of ribose transporter solute binding protein rhe_pf00037 from rhizobium etli cfn 42, target efi-511357, in complex with d-ribose
27% identity, 83% coverage: 52:322/325 of query aligns to 14:285/287 of 4ry0A

query
sites
4ry0A
N
|
N
P
 
P
Y
 
F
F
|
F
V
 
K
A
 
A
L
 
E
A
 
A
H
 
V
G
 
G
A
 
A
E
 
E
A
 
A
A
 
K
A
 
A
K
 
K
K
 
E
I
 
L
N
 
G
P
 
Y
D
 
E
A
 
-
K
 
-
V
 
T
T
 
L
V
 
V
L
 
M
S
 
T
A
 
H
D
 
D
Y
 
D
D
 
D
L
 
A
N
 
N
K
 
K
Q
 
Q
F
 
S
S
 
E
H
 
M
I
 
I
D
 
D
S
 
T
F
 
A
I
 
I
V
 
G
S
 
R
K
 
G
V
 
A
D
 
K
L
 
A
I
 
I
L
 
I
I
 
L
N
 
D
A
 
N
A
 
A
D
 
G
A
 
A
R
 
D
A
 
A
I
 
S
E
 
V
P
 
A
A
 
A
V
 
V
R
 
K
K
 
K
A
 
A
R
 
K
K
 
D
A
 
A
G
 
G
I
 
I
V
 
P
V
 
S
V
 
F
A
 
L
V
 
I
D
|
D
-
x
R
-
 
E
V
 
I
A
 
N
A
 
A
A
 
T
G
 
G
-
 
V
A
 
A
D
 
V
A
 
A
T
 
Q
V
 
I
Q
 
V
T
 
S
D
 
N
N
 
N
T
 
Y
R
 
Q
A
 
G
G
 
A
E
 
Q
L
 
L
A
 
G
C
 
A
A
 
Q
F
 
E
L
 
F
A
 
V
G
 
K
R
 
L
L
 
M
G
 
G
G
 
E
R
 
K
G
 
G
N
 
N
L
 
Y
I
 
V
-
 
E
-
 
L
I
 
V
Q
 
G
N
 
K
G
 
E
P
 
S
P
x
D
V
 
T
S
 
N
A
 
A
V
 
G
L
 
I
D
 
-
R
|
R
V
 
S
K
 
Q
G
 
G
C
 
Y
K
 
H
M
x
D
V
 
V
L
 
I
G
x
D
K
x
D
H
 
Y
P
 
P
G
 
E
I
 
M
H
 
K
V
 
S
L
 
V
S
 
A
D
 
-
D
 
K
Q
 
Q
D
 
S
G
 
A
K
 
N
G
x
W
S
 
S
R
 
Q
E
 
T
G
 
E
G
 
A
L
 
Y
N
 
S
V
 
K
M
 
M
Q
 
E
L
 
T
Y
 
I
L
 
L
T
 
Q
R
 
A
F
 
N
P
 
P
K
 
D
I
 
I
D
 
K
A
 
G
V
 
V
F
 
I
T
 
S
I
 
G
N
|
N
D
 
D
P
 
T
Q
 
M
A
 
A
V
 
M
G
 
G
A
 
A
D
 
I
L
 
A
A
 
A
A
 
L
R
 
Q
Q
 
A
L
 
A
N
 
G
R
 
R
G
 
K
G
 
D
I
 
V
L
 
I
I
 
V
A
 
V
S
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
A
 
S
P
 
N
D
 
D
I
 
V
E
 
R
A
 
D
A
 
S
L
 
I
K
 
K
A
 
S
N
 
G
T
 
G
L
 
-
V
 
I
Q
 
K
A
 
A
S
 
T
A
 
V
S
 
L
Q
|
Q
D
 
P
P
 
A
W
 
Y
A
 
A
I
 
Q
A
 
A
R
 
Q
T
 
L
A
 
A
V
 
V
E
 
E
I
 
Q
G
 
A
V
 
D
G
 
A
L
 
Y
M
 
I
H
 
K
G
 
N
Q
 
K
-
 
T
A
 
T
P
 
P
A
 
K
N
 
E
R
 
E
T
 
K
V
 
Q
L
 
L
L
 
M
P
 
D
P
 
C
T
 
V
L
 
L
V
 
I
T
 
N
R
 
A
A
 
D
N
 
N
V
 
A
N
 
G
E
 
K
Y
 
L
K
 
E
G
 
T
W
 
F
A
 
A

5hqjA Crystal structure of abc transporter solute binding protein b1g1h7 from burkholderia graminis c4d1m, target efi-511179, in complex with d-arabinose
26% identity, 82% coverage: 53:318/325 of query aligns to 18:287/289 of 5hqjA

query
sites
5hqjA
P
 
P
Y
x
F
F
 
F
V
 
D
A
 
D
L
 
C
A
 
N
H
 
K
G
 
G
A
 
A
E
 
K
A
 
T
A
 
A
A
 
A
K
 
D
K
 
K
I
 
A
N
 
G
P
 
V
D
 
K
A
 
Y
K
 
Q
V
 
-
T
 
W
V
 
V
L
 
V
S
 
P
A
 
Q
D
 
N
Y
 
T
D
 
Q
L
 
G
N
 
S
K
 
T
Q
 
Q
F
 
V
S
 
Q
H
 
I
I
 
I
D
 
E
S
 
D
F
 
L
I
 
I
V
 
S
S
 
R
K
 
H
V
 
V
D
 
D
L
 
G
I
 
I
L
 
A
I
 
I
N
 
S
A
 
V
A
 
N
D
 
E
A
 
P
R
 
K
A
 
S
I
 
V
E
 
E
P
 
S
A
 
V
V
 
M
R
 
K
K
 
R
A
 
A
R
 
E
K
 
Q
A
 
S
G
 
G
I
 
I
V
 
K
V
 
V
V
 
L
A
 
T
V
 
Y
D
|
D
V
 
S
A
 
D
A
 
S
-
 
P
-
 
K
A
 
S
G
 
G
A
 
R
D
 
S
A
 
M
T
 
Y
V
 
I
Q
 
G
T
 
T
D
 
N
N
 
N
T
 
E
R
 
Q
A
 
A
G
 
G
E
 
A
L
 
T
A
 
M
C
 
A
A
 
E
F
 
T
L
 
M
A
 
G
G
 
K
R
 
A
L
 
L
G
 
N
G
 
G
R
 
Q
G
 
G
N
 
E
L
 
V
I
 
A
I
 
I
Q
 
I
N
 
T
G
 
G
P
 
Q
P
 
L
V
 
G
S
 
A
A
 
V
V
x
N
L
 
L
-
 
N
D
 
E
R
|
R
V
 
I
K
 
A
G
 
G
C
 
I
K
 
K
M
 
K
V
 
G
L
 
L
G
 
A
K
 
K
H
 
Y
P
 
P
G
 
G
I
 
I
H
 
K
V
 
V
L
 
V
S
 
-
D
 
E
D
 
T
Q
 
Q
D
 
G
G
 
T
K
 
D
G
 
D
S
 
D
R
 
L
E
 
A
G
 
R
G
 
G
L
 
V
N
 
S
V
 
V
M
 
V
Q
 
E
L
 
T
Y
 
T
L
 
L
T
 
R
R
 
A
F
 
H
P
 
P
K
 
N
I
 
L
D
 
K
A
 
G
V
 
I
F
 
F
T
 
G
I
 
V
N
x
S
D
x
Q
P
 
-
Q
 
-
A
 
-
V
 
V
G
 
G
A
 
G
D
 
P
L
 
A
A
 
V
A
 
A
R
 
K
Q
 
V
L
 
L
N
 
N
-
 
T
-
 
R
-
 
E
-
 
F
-
 
G
-
 
A
-
 
M
R
 
K
G
 
G
G
 
K
I
 
L
L
 
E
I
 
V
A
 
L
S
 
A
V
 
F
D
|
D
G
 
D
A
 
L
P
 
P
D
 
D
I
 
T
E
 
L
A
 
K
A
 
G
L
 
L
K
 
K
A
 
-
N
 
D
T
 
G
L
 
Y
V
 
I
Q
 
Q
A
 
G
S
 
I
A
 
M
S
 
V
Q
|
Q
D
 
R
P
 
P
W
 
V
A
 
T
I
 
M
A
 
G
R
 
S
T
 
L
A
 
A
V
 
V
E
 
D
I
 
H
G
 
L
V
 
V
G
 
A
L
 
Q
M
 
I
H
 
Q
G
 
G
Q
 
Q
A
 
E
P
 
G
A
 
Q
N
 
P
R
 
K
T
 
D
V
 
I
L
 
D
L
 
T
P
 
G
P
 
V
T
 
T
L
 
V
V
 
V
T
 
T
R
 
K
A
 
D
N
 
N
V
 
M
N
 
T
E
 
S
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>RR42_RS03370 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS03370
MFKQYLAALATAALSLLCTGAAAQSAPDAAPASAAAQRPLKKVGVTLGSLGNPYFVALAH
GAEAAAKKINPDAKVTVLSADYDLNKQFSHIDSFIVSKVDLILINAADARAIEPAVRKAR
KAGIVVVAVDVAAAGADATVQTDNTRAGELACAFLAGRLGGRGNLIIQNGPPVSAVLDRV
KGCKMVLGKHPGIHVLSDDQDGKGSREGGLNVMQLYLTRFPKIDAVFTINDPQAVGADLA
ARQLNRGGILIASVDGAPDIEAALKANTLVQASASQDPWAIARTAVEIGVGLMHGQAPAN
RTVLLPPTLVTRANVNEYKGWAAPR

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory