SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing RR42_RS03780 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS03780 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 13 hits to proteins with known functional sites (download)

P30178 Hydroxycarboxylate dehydrogenase B; 2-oxoglutarate reductase; Hydroxyphenylpyruvate reductase; Phenylpyruvate reductase; EC 1.1.1.-; EC 1.1.1.237 from Escherichia coli (strain K12)
34% identity, 98% coverage: 2:344/349 of query aligns to 6:347/361 of P30178

query
sites
P30178
K
 
R
I
 
F
T
 
D
L
 
A
Q
 
Q
S
 
T
A
 
L
T
 
H
R
 
S
L
 
F
A
 
I
R
 
Q
D
 
A
L
 
V
L
 
F
A
 
R
A
 
Q
Q
 
M
G
 
G
V
 
S
P
 
E
T
 
E
D
 
Q
I
 
E
A
 
A
N
 
K
D
 
L
V
 
V
A
 
A
E
 
D
H
 
H
L
 
L
V
 
I
E
 
A
A
 
A
D
 
N
R
 
L
C
 
A
G
 
G
Y
 
H
T
 
D
S
 
S
H
|
H
G
 
G
L
 
I
S
 
G
I
 
M
L
 
I
P
 
P
N
 
S
Y
 
Y
Q
 
V
R
 
R
S
 
S
L
 
W
A
 
S
T
 
Q
G
 
G
N
 
H
V
 
L
N
 
Q
P
 
I
A
 
N
G
 
H
R
 
H
A
 
A
E
 
K
C
 
T
V
 
V
L
 
K
D
 
E
R
 
A
D
 
G
S
 
A
L
 
A
L
 
V
V
 
T
F
 
L
D
 
D
G
 
G
N
 
D
G
 
R
G
 
A
F
 
F
G
 
G
Q
 
Q
H
 
V
V
 
A
G
 
A
K
 
H
C
 
E
V
 
A
I
 
M
E
 
A
T
 
L
A
 
G
I
 
I
E
 
E
R
 
K
V
 
A
R
 
H
Q
 
Q
H
 
H
G
 
G
H
 
I
C
 
A
I
 
A
V
 
V
T
 
A
L
 
L
R
 
H
R
 
N
S
 
S
H
 
H
H
 
H
L
 
I
G
|
G
R
|
R
M
x
I
G
 
G
H
 
Y
Y
 
W
G
 
A
E
 
E
M
 
Q
V
 
C
A
 
A
K
 
A
E
 
A
R
 
G
F
 
F
V
 
V
L
 
S
L
 
I
S
 
H
F
 
F
T
 
V
N
 
S
V
 
V
I
 
V
N
 
G
R
 
-
S
 
I
P
 
P
V
 
M
V
 
V
A
 
A
P
 
P
Y
 
F
G
 
H
G
 
G
R
 
R
T
 
D
A
 
S
R
 
R
L
 
F
T
 
G
T
 
T
N
 
N
P
 
P
L
 
F
C
 
C
F
 
V
A
 
V
G
 
F
P
 
P
M
 
R
P
 
K
N
 
D
G
 
N
R
 
F
P
 
-
P
 
P
L
 
L
V
x
L
V
x
L
D
|
D
I
x
Y
A
|
A
T
 
T
S
 
S
A
 
A
I
 
I
A
 
A
I
 
F
N
 
G
K
 
K
A
 
T
R
 
R
V
 
V
L
 
A
A
 
W
E
 
H
K
 
K
G
 
G
E
 
V
P
 
P
A
 
V
P
 
P
E
 
P
N
 
G
S
 
C
I
 
L
I
 
I
D
 
D
G
 
V
D
 
N
G
 
G
N
 
V
P
 
P
T
 
T
T
 
T
D
 
N
A
 
P
G
 
A
A
 
V
M
 
M
F
 
Q
S
 
E
E
 
S
H
 
P
P
 
L
G
 
G
A
 
S
L
 
L
L
 
L
P
 
T
F
 
F
G
 
A
G
 
E
H
|
H
K
 
K
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
L
 
L
G
 
A
V
 
A
V
 
M
A
 
C
E
 
E
L
 
I
L
 
L
A
 
G
G
 
G
V
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
G
 
K
T
 
T
I
 
T
Q
 
H
P
 
Q
E
 
E
N
 
T
P
 
L
R
 
Q
G
 
T
G
 
S
-
 
P
-
 
D
V
 
A
A
 
I
T
 
L
N
|
N
N
 
C
M
 
M
F
 
T
A
 
T
V
 
I
L
 
I
M
 
I
N
 
N
P
 
P
E
 
E
L
 
L
D
 
-
L
 
F
G
 
G
L
 
A
S
 
P
W
 
D
Q
 
C
G
 
N
A
 
A
E
 
Q
V
 
T
E
 
E
A
 
A
F
 
F
V
 
A
N
 
E
Y
 
W
L
 
V
H
 
K
D
 
A
T
 
S
P
 
P
P
 
H
A
 
D
P
 
D
G
 
D
F
 
-
D
 
K
N
 
P
V
 
I
Q
 
L
Y
 
L
P
 
P
G
|
G
E
|
E
F
x
W
E
|
E
A
 
V
-
 
N
A
 
T
N
 
R
R
 
R
A
 
E
L
 
R
T
 
Q
T
 
K
T
 
Q
H
 
G
L
 
I
E
 
P
V
 
L
N
 
D
P
 
A
A
 
G
I
 
S
W
 
W
R
 
Q
N
 
A
L
 
I
E
 
C
T
 
D
L
 
A
A
 
A
K
 
R
E
 
Q
L
 
I
G
 
G
V
 
M

2g8yA The structure of a putative malate/lactate dehydrogenase from e. Coli.
34% identity, 98% coverage: 2:344/349 of query aligns to 4:345/359 of 2g8yA

query
sites
2g8yA
K
 
R
I
 
F
T
 
D
L
 
A
Q
 
Q
S
 
T
A
 
L
T
 
H
R
 
S
L
 
F
A
 
I
R
 
Q
D
 
A
L
 
V
L
 
F
A
 
R
A
 
Q
Q
 
M
G
 
G
V
 
S
P
 
E
T
 
E
D
 
Q
I
 
E
A
 
A
N
 
K
D
 
L
V
 
V
A
 
A
E
 
D
H
 
H
L
 
L
V
 
I
E
 
A
A
 
A
D
 
N
R
 
L
C
 
A
G
 
G
Y
x
H
T
 
D
S
 
S
H
|
H
G
 
G
L
 
I
S
 
G
I
 
M
L
 
F
P
 
P
N
 
S
Y
 
Y
Q
 
V
R
 
R
S
 
S
L
 
W
A
 
S
T
 
Q
G
 
G
N
 
H
V
 
L
N
 
Q
P
 
I
A
 
N
G
 
H
R
 
H
A
 
A
E
 
K
C
 
T
V
 
V
L
 
K
D
 
E
R
 
A
D
 
G
S
 
A
L
 
A
L
 
V
V
 
T
F
 
L
D
 
D
G
 
G
N
 
D
G
 
R
G
 
A
F
 
F
G
 
G
Q
 
Q
H
 
V
V
 
A
G
 
A
K
 
H
C
 
E
V
 
A
I
 
M
E
 
A
T
 
L
A
 
G
I
 
I
E
 
E
R
 
K
V
 
A
R
 
H
Q
 
Q
H
 
H
G
 
G
H
 
I
C
 
A
I
 
A
V
 
V
T
 
A
L
 
L
R
 
H
R
 
N
S
 
S
H
 
H
H
 
H
L
 
I
G
|
G
R
 
R
M
x
I
G
 
G
H
 
Y
Y
 
W
G
 
A
E
 
E
M
 
Q
V
 
C
A
 
A
K
 
A
E
 
A
R
 
G
F
 
F
V
 
V
L
 
S
L
 
I
S
 
H
F
 
F
T
 
V
N
 
S
V
 
V
I
 
V
N
 
G
R
 
-
S
 
I
P
 
P
V
 
M
V
 
V
A
 
A
P
 
P
Y
 
F
G
 
H
G
 
G
R
 
R
T
 
D
A
 
S
R
 
R
L
 
F
T
 
G
T
|
T
N
 
N
P
|
P
L
 
F
C
 
C
F
 
V
A
 
V
G
 
F
P
 
P
M
 
R
P
 
K
N
 
D
G
 
N
R
 
F
P
 
-
P
 
P
L
 
L
V
x
L
V
x
L
D
|
D
I
x
Y
A
|
A
T
 
T
S
 
S
A
 
A
I
 
I
A
 
A
I
 
F
N
 
G
K
 
K
A
 
T
R
 
R
V
 
V
L
 
A
A
 
W
E
 
H
K
 
K
G
 
G
E
 
V
P
 
P
A
 
V
P
 
P
E
 
P
N
 
G
S
 
C
I
 
L
I
 
I
D
 
D
G
 
V
D
 
N
G
 
G
N
 
V
P
 
P
T
 
T
T
 
T
D
 
N
A
 
P
G
 
A
A
 
V
M
 
M
F
 
Q
S
 
E
E
 
S
H
 
P
P
 
L
G
 
G
A
 
S
L
 
L
L
 
L
P
 
T
F
 
F
G
 
A
G
 
E
H
|
H
K
 
K
G
 
G
Y
|
Y
A
 
A
L
 
L
G
 
A
V
 
A
V
 
M
A
 
C
E
 
E
L
 
I
L
 
L
A
 
G
G
 
G
V
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
G
 
K
T
 
T
I
 
T
Q
 
H
P
 
Q
E
 
E
N
 
T
P
 
L
R
 
Q
G
 
T
G
 
S
-
 
P
-
 
D
V
 
A
A
 
I
T
 
L
N
|
N
N
 
C
M
 
M
F
 
T
A
 
T
V
 
I
L
 
I
M
 
I
N
 
N
P
 
P
E
 
E
L
 
L
D
 
-
L
 
F
G
 
G
L
 
A
S
 
P
W
 
D
Q
 
C
G
 
N
A
 
A
E
 
Q
V
 
T
E
 
E
A
 
A
F
 
F
V
 
A
N
 
E
Y
 
W
L
 
V
H
 
K
D
 
A
T
 
S
P
 
P
P
 
H
A
 
D
P
 
D
G
 
D
F
 
-
D
 
K
N
 
P
V
 
I
Q
 
L
Y
 
L
P
 
P
G
|
G
E
 
E
F
 
W
E
|
E
A
 
V
-
 
N
A
 
T
N
 
R
R
 
R
A
 
E
L
 
R
T
 
Q
T
 
K
T
 
Q
H
 
G
L
 
I
E
 
P
V
 
L
N
 
D
P
 
A
A
 
G
I
 
S
W
 
W
R
 
Q
N
 
A
L
 
I
E
 
C
T
 
D
L
 
A
A
 
A
K
 
R
E
 
Q
L
 
I
G
 
G
V
 
M

2x06A Sulfolactate dehydrogenase from methanocaldococcus jannaschii (see paper)
31% identity, 99% coverage: 1:346/349 of query aligns to 1:339/344 of 2x06A

query
sites
2x06A
M
 
M
K
 
I
I
 
L
T
 
K
L
 
P
Q
 
E
S
 
N
A
 
E
T
 
K
R
 
K
L
 
L
A
 
I
R
 
I
D
 
D
L
 
V
L
 
L
A
 
K
A
 
K
Q
 
F
G
 
G
V
 
V
P
 
P
T
 
E
D
 
E
I
 
D
A
 
A
N
 
K
D
 
I
V
 
T
A
 
A
E
 
D
H
 
V
L
 
F
V
 
V
E
 
D
A
 
A
D
 
D
R
 
L
C
 
K
G
 
G
Y
x
F
T
 
T
S
 
S
H
|
H
G
 
G
L
 
I
S
 
G
I
 
R
L
 
F
P
 
P
N
 
Q
Y
 
Y
Q
 
I
R
 
T
S
 
A
L
 
L
A
 
K
T
 
L
G
 
G
N
 
N
V
 
I
N
 
N
P
 
P
A
 
K
G
 
P
R
 
D
A
 
I
E
 
K
C
 
I
V
 
V
L
 
K
D
 
E
R
 
S
D
 
P
S
 
A
L
 
T
L
 
A
V
 
V
F
 
I
D
 
D
G
 
G
N
 
D
G
 
L
G
 
G
F
 
L
G
 
G
Q
 
Q
H
 
V
V
 
V
G
 
G
K
 
K
C
 
K
V
 
A
I
 
M
E
 
E
T
 
L
A
 
A
I
 
I
E
 
K
R
 
K
V
 
A
R
 
K
Q
 
N
H
 
V
G
 
G
H
 
V
C
 
G
I
 
V
V
 
V
T
 
A
L
 
T
R
 
R
R
 
N
S
 
A
H
 
N
H
|
H
L
x
F
G
|
G
R
x
I
M
x
A
G
 
G
H
 
Y
Y
 
Y
G
 
S
E
 
E
M
 
L
V
 
A
A
 
M
K
 
N
E
 
Q
R
 
D
F
 
M
V
 
I
L
 
G
L
 
I
S
 
T
F
 
I
T
 
T
N
 
N
V
 
T
I
 
-
N
 
-
R
 
-
S
 
E
P
 
P
V
 
A
V
 
M
A
 
A
P
 
P
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
R
 
K
T
 
E
A
 
K
R
 
I
L
 
L
T
 
G
T
|
T
N
 
N
P
|
P
L
 
I
C
 
A
F
 
I
A
 
A
G
 
-
P
 
-
M
 
F
P
 
K
N
 
G
G
 
N
R
 
K
P
 
Y
P
 
K
L
 
F
V
 
S
V
 
L
D
|
D
I
x
M
A
|
A
T
 
T
S
 
A
A
 
S
I
 
I
A
 
A
I
 
R
N
 
G
K
 
K
A
 
I
R
 
L
V
 
E
L
 
A
A
 
L
E
 
R
K
 
K
G
 
K
E
 
I
P
 
K
A
 
I
P
 
P
E
 
E
N
 
G
S
 
C
I
 
A
I
 
V
D
 
D
G
 
K
D
 
D
G
 
G
N
 
K
P
 
P
T
 
T
T
 
T
D
 
D
A
 
P
G
 
A
A
 
K
M
 
A
F
 
L
S
 
E
E
 
-
H
 
-
P
 
-
G
 
G
A
 
C
L
 
I
L
 
L
P
 
P
F
 
F
G
 
G
G
 
G
H
 
P
K
 
K
G
 
G
Y
 
Y
A
 
G
L
 
L
G
 
A
V
 
L
V
 
A
A
 
I
E
 
E
L
 
M
L
 
L
A
 
S
G
 
A
V
 
I
L
 
-
S
 
-
G
 
G
G
 
G
G
 
A
T
 
E
I
 
V
Q
 
G
P
 
T
E
 
K
-
 
V
-
 
K
-
 
G
-
 
T
-
 
A
N
 
N
P
 
P
R
 
E
G
 
E
G
 
R
V
 
C
A
 
T
T
 
K
N
 
G
N
 
D
M
 
L
F
 
F
A
 
-
V
 
I
L
 
A
M
 
I
N
 
N
P
 
P
E
 
E
L
 
F
D
 
F
L
 
M
G
 
G
L
 
K
S
 
E
W
 
E
Q
 
F
G
 
K
A
 
R
E
 
K
V
 
V
E
 
D
A
 
E
F
 
L
V
 
L
N
 
D
Y
 
E
L
 
I
H
 
K
D
 
N
T
 
S
P
 
E
P
 
P
A
 
A
P
 
E
G
 
G
F
 
F
D
 
E
N
 
-
V
 
I
Q
x
L
Y
 
I
P
 
P
G
 
G
E
 
E
F
x
I
E
|
E
A
 
E
A
 
R
N
 
N
R
 
K
A
 
M
L
 
K
T
 
R
T
 
K
T
 
D
H
 
G
L
 
F
E
 
E
V
 
I
N
 
D
P
 
K
A
 
N
I
 
L
W
 
Y
R
 
N
N
 
Q
L
 
L
E
 
K
T
 
E
L
 
I
A
 
C
K
 
N
E
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
L
A
 
N
L
 
I

1vbiA Crystal structure of type 2 malate/lactate dehydrogenase from thermus thermophilus hb8
38% identity, 91% coverage: 1:318/349 of query aligns to 1:311/340 of 1vbiA

query
sites
1vbiA
M
 
M
K
 
R
I
 
W
T
 
R
L
 
A
Q
 
D
S
 
F
A
 
L
T
 
S
R
 
A
L
 
W
A
 
A
R
 
E
D
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
R
A
 
K
Q
 
A
G
 
G
V
 
A
P
 
D
T
 
E
D
 
P
I
 
S
A
 
A
N
 
K
D
 
A
V
 
V
A
 
A
E
 
W
H
 
A
L
 
L
V
 
V
E
 
E
A
 
A
D
 
D
R
 
L
C
 
R
G
 
G
Y
 
V
T
 
G
S
 
S
H
|
H
G
 
G
L
 
L
S
 
L
I
 
R
L
 
L
P
 
P
N
 
V
Y
 
Y
Q
 
V
R
 
R
S
 
R
L
 
L
A
 
E
T
 
A
G
 
G
N
 
L
V
 
V
N
 
N
P
 
P
A
 
S
G
 
P
R
 
T
A
 
L
E
 
-
C
 
P
V
 
L
L
 
E
D
 
E
R
 
R
D
 
G
S
 
P
L
 
V
L
 
A
V
 
L
F
 
L
D
 
D
G
 
G
N
 
E
G
 
H
G
 
G
F
 
F
G
 
G
Q
 
P
H
 
R
V
 
V
G
 
A
K
 
L
C
 
K
V
 
A
I
 
V
E
 
E
T
 
A
A
 
A
I
 
Q
E
 
S
R
 
L
V
 
A
R
 
R
Q
 
R
H
 
H
G
 
G
H
 
L
C
 
G
I
 
A
V
 
V
T
 
G
L
 
V
R
 
R
R
 
R
S
 
S
H
 
T
H
|
H
L
 
F
G
|
G
R
 
M
M
x
A
G
 
G
H
 
L
Y
 
Y
G
 
A
E
 
E
M
 
K
V
 
L
A
 
A
K
 
R
E
 
E
R
 
G
F
 
F
V
 
V
L
 
A
L
 
W
S
 
V
F
 
T
T
 
T
N
 
N
V
 
A
I
 
-
N
 
-
R
 
-
S
 
E
P
 
P
V
 
D
V
 
V
A
 
V
P
 
P
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
R
 
R
T
 
E
A
 
K
R
 
A
L
 
L
T
 
G
T
|
T
N
 
N
P
|
P
L
 
L
C
 
A
F
 
F
A
 
A
G
 
A
P
 
P
M
 
A
P
 
P
N
 
Q
G
 
G
R
 
I
P
 
-
P
 
-
L
 
L
V
 
V
V
x
A
D
|
D
I
x
L
A
|
A
T
 
T
S
 
S
A
 
E
I
 
S
A
 
A
I
 
M
N
 
G
K
 
K
A
 
V
R
 
F
V
 
L
L
 
A
A
 
R
E
 
E
K
 
K
G
 
G
E
 
E
P
 
R
A
 
I
P
 
P
E
 
P
N
 
S
S
 
W
I
 
G
I
 
V
D
 
D
G
 
R
D
 
E
G
 
G
N
 
S
P
 
P
T
 
T
T
 
D
D
 
D
A
 
P
G
 
H
A
 
R
M
 
V
F
 
Y
S
 
-
E
 
-
H
 
-
P
 
-
G
 
-
A
 
A
L
 
L
L
 
R
P
 
P
F
 
L
G
 
G
G
 
G
H
 
P
K
 
K
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
L
 
L
G
 
A
V
 
L
V
 
L
A
 
V
E
 
E
L
 
V
L
 
L
A
 
S
G
 
G
V
 
V
L
 
L
S
 
T
G
 
G
G
 
A
G
 
G
T
 
V
I
 
A
-
 
H
-
 
G
-
 
I
-
 
G
-
 
R
-
 
M
-
 
Y
-
 
D
Q
 
E
P
 
W
E
 
D
N
 
R
P
 
P
R
 
Q
G
 
-
G
 
-
V
 
-
A
 
-
T
 
D
N
 
V
N
 
G
M
 
H
F
 
F
A
 
L
V
 
L
L
 
A
M
 
L
N
 
D
P
 
P
E
 
G
L
 
R
D
 
F
L
 
V
G
 
G
L
 
K
S
 
E
W
 
A
Q
 
F
G
 
L
A
 
E
E
 
R
V
 
M
E
 
G
A
 
A
F
 
L
V
 
W
N
 
Q
Y
 
A
L
 
L
H
 
K
D
 
A
T
 
T
P
 
P
P
 
P
A
 
A
P
 
P
G
 
G
F
 
H
D
 
E
N
 
E
V
 
V
Q
x
F
Y
 
L
P
|
P
G
 
G
E
 
E
F
x
L
E
|
E
A
 
A
A
 
R
N
 
R
R
 
R

Q4U331 Delta(1)-pyrroline-2-carboxylate/Delta(1)-piperideine-2-carboxylate reductase; Pyr2C/Pip2C reductase; N-methyl-L-amino acid dehydrogenase; EC 1.5.1.21; EC 1.4.1.17 from Pseudomonas syringae pv. tomato (see paper)
31% identity, 94% coverage: 11:339/349 of query aligns to 21:341/343 of Q4U331

query
sites
Q4U331
L
 
L
A
 
L
R
 
R
D
 
R
L
 
I
L
 
F
A
 
V
A
 
V
Q
 
H
G
 
G
V
 
T
P
 
S
T
 
P
D
 
E
I
 
V
A
 
A
N
 
D
D
 
V
V
 
L
A
 
A
E
 
E
H
 
N
L
 
C
V
 
A
E
 
S
A
 
A
D
 
Q
R
 
R
C
 
D
G
 
G
Y
 
S
T
 
H
S
 
S
H
 
H
G
 
G
L
 
I
S
 
F
I
 
R
L
 
I
P
 
P
N
 
G
Y
 
Y
Q
 
L
R
 
S
S
 
S
L
 
L
A
 
A
T
 
S
G
 
G
N
 
W
V
 
V
N
 
D
P
 
-
A
 
-
G
 
G
R
 
K
A
 
A
E
 
V
C
 
P
V
 
V
L
 
V
D
 
E
R
 
D
-
 
V
-
 
G
D
 
A
S
 
A
L
 
F
L
 
V
V
 
R
F
 
V
D
 
D
G
 
A
N
 
C
G
 
N
G
 
G
F
 
F
G
 
A
Q
 
Q
H
 
P
V
 
A
G
 
L
K
 
A
C
 
A
V
 
A
I
 
R
E
 
S
T
 
L
A
 
L
I
 
I
E
 
D
R
 
K
V
 
A
R
 
R
Q
 
S
H
 
A
G
 
G
H
 
V
C
 
A
I
 
I
V
 
L
T
 
A
L
 
I
R
 
R
R
 
G
S
 
S
H
 
H
H
|
H
L
x
F
G
x
A
R
x
A
M
x
L
G
 
W
H
 
P
Y
 
D
G
 
V
E
 
E
M
 
P
V
 
F
A
 
A
K
 
E
E
 
Q
R
 
G
F
 
L
V
 
V
L
 
A
L
 
L
S
 
S
F
 
M
T
 
V
N
 
N
V
 
S
I
 
M
N
 
T
R
 
-
S
 
-
P
 
-
V
 
C
V
 
V
A
 
V
P
 
P
Y
 
H
G
 
G
G
 
A
R
 
R
T
 
Q
A
 
P
R
 
L
L
 
F
T
 
G
T
 
T
N
 
N
P
 
P
L
 
I
C
 
A
F
 
F
A
 
G
G
 
A
P
 
P
M
 
R
P
 
A
N
 
G
G
 
G
R
 
E
P
 
P
P
 
-
L
 
I
V
 
V
V
 
F
D
|
D
I
x
L
A
|
A
T
 
T
S
 
S
A
 
A
I
 
I
A
 
A
I
 
H
N
 
G
K
 
D
A
 
V
R
 
Q
V
 
I
L
 
A
A
 
A
E
 
R
K
 
E
G
 
G
E
 
R
P
 
L
A
 
L
P
 
P
E
 
A
N
 
G
S
 
M
I
 
G
I
 
V
D
 
D
G
 
R
D
 
D
G
 
G
N
 
L
P
 
P
T
 
T
T
 
Q
D
 
E
A
 
P
G
 
R
A
 
A
M
 
I
F
 
L
S
 
D
E
 
G
H
 
-
P
 
-
G
 
G
A
 
A
L
 
L
L
 
L
P
 
P
F
 
F
G
 
G
G
 
G
H
|
H
K
|
K
G
 
G
Y
 
S
A
 
A
L
 
L
G
 
S
V
 
M
V
 
M
A
 
V
E
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
A
G
 
A
V
 
G
L
 
L
S
 
T
G
 
G
G
 
G
G
 
N
T
 
F
I
 
S
-
 
F
-
 
E
-
 
F
-
 
D
Q
 
W
P
 
S
E
 
K
N
 
H
P
 
P
R
 
G
G
 
A
G
 
Q
V
 
T
A
 
P
T
 
W
N
 
T
N
 
G
M
 
Q
F
 
L
A
 
L
V
 
I
L
 
V
M
 
I
N
 
D
P
 
P
E
 
D
L
 
K
D
 
G
L
 
A
G
 
G
L
 
Q
S
 
H
W
 
F
Q
 
-
G
 
A
A
 
Q
E
 
R
V
 
S
E
 
E
A
 
E
F
 
L
V
 
V
N
 
R
Y
 
Q
L
 
L
H
 
H
D
 
-
T
 
-
P
 
-
P
 
-
A
 
-
P
 
-
G
 
G
F
 
V
D
 
G
N
 
Q
V
 
E
Q
x
R
Y
x
L
P
|
P
G
|
G
E
x
D
F
x
R
E
x
R
A
 
Y
A
 
L
N
 
E
R
 
R
A
 
A
L
 
R
T
 
S
T
 
M
T
 
A
H
 
H
-
 
G
L
 
I
E
 
V
V
 
I
N
 
A
P
 
Q
A
 
A
I
 
D
W
 
L
R
 
E
N
 
R
L
 
L
E
 
Q
T
 
E
L
 
L
A
 
A

2cwhA Crystal structure of delta1-piperideine-2-carboxylate reductase from pseudomonas syringae complexed with NADPH and pyrrole-2-carboxylate (see paper)
31% identity, 94% coverage: 11:339/349 of query aligns to 12:332/332 of 2cwhA

query
sites
2cwhA
L
 
L
A
 
L
R
 
R
D
 
R
L
 
I
L
 
F
A
 
V
A
 
V
Q
 
H
G
 
G
V
 
T
P
 
S
T
 
P
D
 
E
I
 
V
A
 
A
N
 
D
D
 
V
V
 
L
A
 
A
E
 
E
H
 
N
L
 
C
V
 
A
E
 
S
A
 
A
D
 
Q
R
 
R
C
 
D
G
 
G
Y
 
S
T
 
H
S
 
S
H
|
H
G
 
G
L
 
I
S
 
F
I
x
R
L
 
I
P
 
P
N
 
G
Y
 
Y
Q
 
L
R
 
S
S
 
S
L
 
L
A
 
A
T
 
S
G
 
G
N
 
W
V
 
V
N
 
D
P
 
-
A
 
-
G
 
G
R
 
K
A
 
A
E
 
V
C
 
P
V
 
V
L
 
V
D
 
E
R
 
D
-
 
V
-
 
G
D
 
A
S
 
A
L
 
F
L
 
V
V
 
R
F
 
V
D
 
D
G
 
A
N
 
C
G
 
N
G
 
G
F
 
F
G
 
A
Q
 
Q
H
 
P
V
 
A
G
 
L
K
 
A
C
 
A
V
 
A
I
 
R
E
 
S
T
 
L
A
 
L
I
 
I
E
 
D
R
 
K
V
 
A
R
 
R
Q
 
S
H
 
A
G
 
G
H
 
V
C
 
A
I
 
I
V
 
L
T
 
A
L
 
I
R
 
R
R
 
G
S
 
S
H
 
H
H
 
H
L
 
F
G
x
A
R
x
A
M
x
L
G
 
W
H
 
P
Y
 
D
G
 
V
E
 
E
M
 
P
V
 
F
A
 
A
K
 
E
E
 
Q
R
 
G
F
 
L
V
 
V
L
 
A
L
 
L
S
 
S
F
 
M
T
 
V
N
 
N
V
 
S
I
x
M
N
 
T
R
 
-
S
 
-
P
 
-
V
 
C
V
 
V
A
 
V
P
 
P
Y
x
H
G
 
G
G
 
A
R
 
R
T
 
Q
A
 
P
R
 
L
L
 
F
T
 
G
T
|
T
N
 
N
P
|
P
L
 
I
C
 
A
F
 
F
A
 
G
G
 
A
P
 
P
M
 
R
P
 
A
N
 
G
G
 
G
R
 
E
P
 
P
P
 
-
L
 
I
V
 
V
V
x
F
D
|
D
I
x
L
A
|
A
T
 
T
S
 
S
A
 
A
I
 
I
A
 
A
I
x
H
N
x
G
K
 
D
A
 
V
R
 
Q
V
 
I
L
 
A
A
 
A
E
 
R
K
 
E
G
 
G
E
 
R
P
 
L
A
 
L
P
 
P
E
 
A
N
 
G
S
 
M
I
 
G
I
 
V
D
 
D
G
 
R
D
 
D
G
 
G
N
 
L
P
 
P
T
 
T
T
 
Q
D
 
E
A
 
P
G
 
R
A
 
A
M
 
I
F
 
L
S
 
D
E
 
G
H
 
-
P
 
-
G
 
G
A
 
A
L
 
L
L
 
L
P
 
P
F
 
F
G
 
G
G
 
G
H
|
H
K
|
K
G
 
G
Y
 
S
A
 
A
L
 
L
G
 
S
V
 
M
V
 
M
A
 
V
E
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
A
G
 
A
V
 
G
L
 
L
S
 
T
G
 
G
G
 
G
G
 
N
T
 
F
I
 
S
-
 
F
-
 
E
-
 
F
-
 
D
Q
 
W
P
 
S
E
 
K
N
 
H
P
 
P
R
 
G
G
 
A
G
 
Q
V
 
T
A
 
P
T
 
W
N
 
T
N
 
G
M
 
Q
F
 
L
A
 
L
V
 
I
L
 
V
M
 
I
N
 
D
P
 
P
E
 
D
L
 
K
D
 
G
L
 
A
G
 
G
L
 
Q
S
 
H
W
 
F
Q
 
-
G
 
A
A
 
Q
E
 
R
V
 
S
E
 
E
A
 
E
F
 
L
V
 
V
N
 
R
Y
 
Q
L
 
L
H
 
H
D
 
-
T
 
-
P
 
-
P
 
-
A
 
-
P
 
-
G
 
G
F
 
V
D
 
G
N
 
Q
V
 
E
Q
x
R
Y
 
L
P
 
P
G
|
G
E
 
D
F
x
R
E
x
R
A
 
Y
A
 
L
N
 
E
R
 
R
A
 
A
L
 
R
T
 
S
T
 
M
T
 
A
H
 
H
-
 
G
L
 
I
E
 
V
V
 
I
N
 
A
P
 
Q
A
 
A
I
 
D
W
 
L
R
 
E
N
 
R
L
 
L
E
 
Q
T
 
E
L
 
L
A
 
A

2cwfB Crystal structure of delta1-piperideine-2-carboxylate reductase from pseudomonas syringae complexed with NADPH (see paper)
31% identity, 94% coverage: 11:339/349 of query aligns to 15:335/337 of 2cwfB

query
sites
2cwfB
L
 
L
A
 
L
R
 
R
D
 
R
L
 
I
L
 
F
A
 
V
A
 
V
Q
 
H
G
 
G
V
 
T
P
 
S
T
 
P
D
 
E
I
 
V
A
 
A
N
 
D
D
 
V
V
 
L
A
 
A
E
 
E
H
 
N
L
 
C
V
 
A
E
 
S
A
 
A
D
 
Q
R
 
R
C
 
D
G
 
G
Y
 
S
T
 
H
S
 
S
H
|
H
G
 
G
L
 
I
S
 
F
I
 
R
L
 
I
P
 
P
N
 
G
Y
 
Y
Q
 
L
R
 
S
S
 
S
L
 
L
A
 
A
T
 
S
G
 
G
N
 
W
V
 
V
N
 
D
P
 
-
A
 
-
G
 
G
R
 
K
A
 
A
E
 
V
C
 
P
V
 
V
L
 
V
D
 
E
R
 
D
-
 
V
-
 
G
D
 
A
S
 
A
L
 
F
L
 
V
V
 
R
F
 
V
D
 
D
G
 
A
N
 
C
G
 
N
G
 
G
F
 
F
G
 
A
Q
 
Q
H
 
P
V
 
A
G
 
L
K
 
A
C
 
A
V
 
A
I
 
R
E
 
S
T
 
L
A
 
L
I
 
I
E
 
D
R
 
K
V
 
A
R
 
R
Q
 
S
H
 
A
G
 
G
H
 
V
C
 
A
I
 
I
V
 
L
T
 
A
L
 
I
R
 
R
R
 
G
S
 
S
H
 
H
H
|
H
L
 
F
G
x
A
R
x
A
M
x
L
G
 
W
H
 
P
Y
 
D
G
 
V
E
 
E
M
 
P
V
 
F
A
 
A
K
 
E
E
 
Q
R
 
G
F
 
L
V
 
V
L
 
A
L
 
L
S
 
S
F
 
M
T
 
V
N
 
N
V
 
S
I
 
M
N
 
T
R
 
-
S
 
-
P
 
-
V
 
C
V
 
V
A
 
V
P
 
P
Y
 
H
G
 
G
G
 
A
R
 
R
T
 
Q
A
 
P
R
 
L
L
 
F
T
 
G
T
|
T
N
 
N
P
|
P
L
 
I
C
 
A
F
 
F
A
 
G
G
 
A
P
 
P
M
 
R
P
 
A
N
 
G
G
 
G
R
 
E
P
 
P
P
 
-
L
 
I
V
 
V
V
x
F
D
|
D
I
x
L
A
|
A
T
 
T
S
 
S
A
 
A
I
 
I
A
 
A
I
 
H
N
 
G
K
 
D
A
 
V
R
 
Q
V
 
I
L
 
A
A
 
A
E
 
R
K
 
E
G
 
G
E
 
R
P
 
L
A
 
L
P
 
P
E
 
A
N
 
G
S
 
M
I
 
G
I
 
V
D
 
D
G
 
R
D
 
D
G
 
G
N
 
L
P
 
P
T
 
T
T
 
Q
D
 
E
A
 
P
G
 
R
A
 
A
M
 
I
F
 
L
S
 
D
E
 
G
H
 
-
P
 
-
G
 
G
A
 
A
L
 
L
L
 
L
P
 
P
F
 
F
G
 
G
G
 
G
H
|
H
K
|
K
G
 
G
Y
 
S
A
 
A
L
 
L
G
 
S
V
 
M
V
 
M
A
 
V
E
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
A
G
 
A
V
 
G
L
 
L
S
 
T
G
 
G
G
 
G
G
 
N
T
 
F
I
 
S
-
 
F
-
 
E
-
 
F
-
 
D
Q
 
W
P
 
S
E
 
K
N
 
H
P
 
P
R
 
G
G
 
A
G
 
Q
V
 
T
A
 
P
T
 
W
N
 
T
N
 
G
M
 
Q
F
 
L
A
 
L
V
 
I
L
 
V
M
 
I
N
 
D
P
 
P
E
 
D
L
 
K
D
 
G
L
 
A
G
 
G
L
 
Q
S
 
H
W
 
F
Q
 
-
G
 
A
A
 
Q
E
 
R
V
 
S
E
 
E
A
 
E
F
 
L
V
 
V
N
 
R
Y
 
Q
L
 
L
H
 
H
D
 
-
T
 
-
P
 
-
P
 
-
A
 
-
P
 
-
G
 
G
F
 
V
D
 
G
N
 
Q
V
 
E
Q
x
R
Y
 
L
P
 
P
G
|
G
E
 
D
F
x
R
E
x
R
A
 
Y
A
 
L
N
 
E
R
 
R
A
 
A
L
 
R
T
 
S
T
 
M
T
 
A
H
 
H
-
 
G
L
 
I
E
 
V
V
 
I
N
 
A
P
 
Q
A
 
A
I
 
D
W
 
L
R
 
E
N
 
R
L
 
L
E
 
Q
T
 
E
L
 
L
A
 
A

1v9nA Structure of malate dehydrogenase from pyrococcus horikoshii ot3
30% identity, 95% coverage: 15:344/349 of query aligns to 26:345/348 of 1v9nA

query
sites
1v9nA
L
 
V
L
 
L
A
 
T
A
 
K
Q
 
L
G
 
G
V
 
V
P
 
P
T
 
E
D
 
E
I
 
D
A
 
A
N
 
K
D
 
I
V
 
V
A
 
A
E
 
D
H
 
N
L
 
L
V
 
V
E
 
M
A
 
A
D
 
D
R
 
L
C
 
R
G
 
G
Y
 
V
T
 
E
S
 
S
H
|
H
G
 
G
L
 
V
S
 
Q
I
 
R
L
 
L
P
 
K
N
 
R
Y
 
Y
Q
 
V
R
 
D
S
 
G
L
 
I
A
 
I
T
 
S
G
 
G
N
 
G
V
 
V
N
 
N
P
 
L
A
 
H
G
 
P
R
 
K
A
 
I
E
 
R
C
 
V
V
 
I
L
 
R
D
 
E
R
 
G
D
 
P
S
 
S
L
 
Y
L
 
A
V
 
L
F
 
I
D
 
D
G
 
G
N
 
D
G
 
E
G
 
G
F
 
L
G
 
G
Q
 
Q
H
 
V
V
 
V
G
 
G
K
 
Y
C
 
R
V
 
S
I
 
M
E
 
K
T
 
L
A
 
A
I
 
I
E
 
K
R
 
K
V
 
A
R
 
K
Q
 
D
H
 
T
G
 
G
H
 
I
C
 
G
I
 
I
V
 
V
T
 
I
L
 
A
R
 
R
R
 
N
S
 
S
H
 
N
H
|
H
L
 
Y
G
|
G
R
x
I
M
x
A
G
 
G
H
 
Y
Y
 
Y
G
 
A
E
 
L
M
 
M
V
 
A
A
 
A
K
 
E
E
 
E
R
 
G
F
 
M
V
 
I
L
 
G
L
 
I
S
 
S
F
 
M
T
 
T
N
 
-
V
 
-
I
 
-
N
 
N
R
 
S
S
 
R
P
 
P
V
 
L
V
 
V
A
 
A
P
 
P
Y
 
T
G
 
G
G
 
G
R
 
I
T
 
E
A
 
R
R
 
I
L
 
L
T
 
G
T
|
T
N
 
N
P
|
P
L
 
I
C
 
A
F
 
L
A
 
A
G
 
A
P
 
P
M
 
T
P
 
K
N
 
D
G
 
-
R
 
-
P
 
K
P
 
P
L
 
F
V
 
L
V
x
L
D
|
D
I
x
M
A
|
A
T
 
T
S
 
S
A
 
V
I
 
V
A
x
P
I
 
I
N
 
G
K
 
K
A
 
L
R
 
-
V
 
-
L
 
-
A
 
-
E
 
-
K
 
-
G
 
-
E
 
-
P
 
-
A
 
-
P
 
-
E
 
-
N
 
E
S
 
W
I
 
A
I
 
I
D
 
N
G
 
R
D
 
E
G
 
G
N
 
N
P
 
I
T
 
T
T
 
T
D
 
K
A
 
V
G
 
E
A
 
E
M
 
V
F
 
F
S
 
N
-
 
G
-
 
G
-
 
A
-
 
L
-
 
L
E
 
P
H
 
L
P
 
G
G
 
G
A
 
F
L
 
G
L
 
E
P
 
L
F
 
L
G
 
G
G
 
G
H
 
H
K
 
K
G
 
G
Y
 
Y
A
 
G
L
 
L
G
 
S
V
 
L
V
 
M
A
 
V
E
 
D
L
 
I
L
 
L
A
 
S
G
 
G
V
 
I
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
-
 
T
-
 
W
-
 
S
G
 
K
T
 
Y
I
 
V
Q
 
K
P
 
N
E
 
T
N
 
S
P
 
E
R
 
K
G
 
G
G
 
S
V
 
N
A
 
V
T
 
C
N
 
H
N
 
-
M
 
-
F
 
F
A
 
F
V
 
M
L
 
V
M
 
I
N
 
D
P
 
I
E
 
E
L
 
H
D
 
F
L
 
I
G
 
P
L
 
L
S
 
E
W
 
E
Q
 
F
G
 
K
A
 
E
E
 
K
V
 
I
E
 
S
A
 
Q
F
 
M
V
 
I
N
 
E
Y
 
E
L
 
I
H
 
K
D
 
S
T
 
S
P
 
R
P
 
K
A
 
H
P
 
P
G
 
E
F
 
F
D
 
E
N
 
R
V
 
I
Q
x
W
Y
 
I
P
x
H
G
|
G
E
 
E
F
 
-
E
 
-
A
 
-
A
x
K
N
x
G
R
 
F
A
 
L
L
 
T
T
 
M
T
 
E
T
 
T
H
 
R
L
 
L
E
 
K
V
 
L
N
 
G
P
 
I
A
 
P
I
 
I
W
 
Y
R
 
R
N
 
K
-
 
V
-
 
L
-
 
E
-
 
E
L
 
L
E
 
N
T
 
E
L
 
I
A
 
A
K
 
K
E
 
R
L
 
V
G
 
G
V
 
V

Sites not aligning to the query:

1s20G A novel NAD binding protein revealed by the crystal structure of e. Coli 2,3-diketogulonate reductase (yiak) northeast structural genomics consortium target er82 (see paper)
25% identity, 97% coverage: 1:338/349 of query aligns to 1:332/335 of 1s20G

query
sites
1s20G
M
 
M
K
 
K
I
 
V
T
 
T
L
 
F
Q
 
E
S
 
Q
A
 
L
T
 
K
R
 
A
L
 
A
A
 
F
R
 
N
D
 
R
L
 
V
L
 
L
A
 
I
A
 
S
Q
 
R
G
 
G
V
 
V
P
 
D
T
 
S
D
 
E
I
 
T
A
 
A
N
 
D
D
 
A
V
 
C
A
 
A
E
 
E
H
 
M
L
 
F
V
 
A
E
 
R
A
 
T
D
 
T
R
 
E
C
 
S
G
 
G
Y
 
V
T
 
Y
S
 
S
H
|
H
G
 
G
L
 
V
S
 
N
I
 
R
L
 
F
P
 
P
N
 
R
Y
 
F
Q
 
I
R
 
Q
S
 
Q
L
 
L
A
 
E
T
 
N
G
 
G
N
 
D
V
 
I
N
 
I
P
 
P
A
 
D
G
 
A
R
 
Q
A
 
P
E
 
K
C
 
R
V
 
I
L
 
T
D
 
S
R
 
L
D
 
G
S
 
A
L
 
I
L
 
E
V
 
Q
F
 
W
D
 
D
G
 
A
N
 
Q
G
 
R
G
 
S
F
 
I
G
 
G
Q
 
N
H
 
L
V
 
T
G
 
A
K
 
K
C
 
K
V
 
M
I
 
M
E
 
D
T
 
R
A
 
A
I
 
I
E
 
E
R
 
L
V
 
A
R
 
A
Q
 
D
H
 
H
G
 
G
H
 
I
C
 
G
I
 
L
V
 
V
T
 
A
L
 
L
R
 
R
R
 
N
S
 
A
H
 
N
H
|
H
L
 
W
G
 
M
R
 
R
M
 
G
G
 
G
H
 
S
Y
 
Y
G
 
G
E
 
W
M
 
Q
V
 
A
A
 
A
K
 
E
E
 
K
R
 
G
F
 
Y
V
 
I
L
 
G
L
 
I
S
 
C
F
 
W
T
 
T
N
 
N
V
 
S
I
 
I
N
 
-
R
 
-
S
 
-
P
 
A
V
 
V
V
 
M
A
 
P
P
 
P
Y
x
W
G
 
G
G
 
A
R
 
K
T
 
E
A
 
C
R
 
R
L
 
I
T
 
G
T
|
T
N
 
N
P
|
P
L
 
L
C
 
I
F
 
V
A
 
A
G
 
I
P
 
P
M
 
-
P
 
-
N
 
-
G
 
S
R
 
T
P
 
P
P
 
I
L
 
T
V
 
M
V
 
V
D
|
D
I
x
M
A
x
S
T
 
M
S
 
S
A
 
M
I
 
F
A
 
S
I
 
Y
N
 
G
K
 
M
A
 
L
R
 
E
V
 
V
L
 
N
A
 
R
E
 
L
K
 
A
G
 
G
E
 
R
P
 
Q
A
 
L
P
 
P
E
 
V
N
 
D
S
 
G
I
 
G
I
 
F
D
 
D
G
 
D
D
 
E
G
 
G
N
 
N
P
 
L
T
 
T
T
 
K
D
 
E
A
 
P
G
 
G
A
 
V
M
 
I
F
 
-
S
 
-
E
 
E
H
 
K
P
 
N
G
 
R
A
 
R
L
 
I
L
 
L
P
 
P
F
 
M
G
 
G
G
 
Y
H
x
W
K
|
K
G
 
G
Y
 
S
A
 
G
L
 
M
G
 
S
V
 
I
V
 
V
A
 
L
E
 
D
L
 
M
L
 
I
A
 
A
G
 
T
V
 
L
L
 
L
S
 
S
G
 
D
G
 
G
G
 
A
T
 
S
I
 
V
-
 
A
-
 
E
-
 
V
-
 
T
Q
 
Q
P
 
D
E
 
N
N
 
S
P
 
D
R
 
E
G
 
Y
G
 
G
V
 
I
A
 
S
T
 
-
N
 
-
N
 
Q
M
 
I
F
 
F
A
 
I
V
 
A
L
 
I
M
 
E
N
 
V
P
 
D
E
 
K
L
 
L
D
 
I
L
 
D
G
 
G
L
 
P
S
 
T
W
 
-
Q
 
R
G
 
D
A
 
A
E
 
K
V
 
L
E
 
Q
A
 
R
F
 
I
V
 
M
N
 
D
Y
 
Y
L
 
V
H
 
T
D
 
S
T
 
A
P
 
E
P
 
R
A
 
A
P
 
D
G
 
E
F
 
N
D
 
Q
N
 
A
V
 
I
Q
x
R
Y
 
L
P
 
P
G
|
G
-
 
H
E
|
E
F
 
F
E
 
T
A
 
T
A
 
L
N
 
L
R
 
A
A
 
E
L
 
N
T
 
R
T
 
R
T
 
N
H
 
G
L
 
I
E
 
T
V
 
V
N
 
D
P
 
D
A
 
S
I
 
V
W
 
W
R
 
A
N
 
K
L
 
I
E
 
Q
T
 
A
L
 
L

4fjuA Crystal structure of ureidoglycolate dehydrogenase in ternary complex with nadh and glyoxylate (see paper)
30% identity, 96% coverage: 1:335/349 of query aligns to 1:331/338 of 4fjuA

query
sites
4fjuA
M
 
M
K
 
K
I
 
I
T
 
S
L
 
R
Q
 
E
S
 
T
A
 
L
T
 
H
R
 
Q
L
 
L
A
 
I
R
 
E
D
 
N
L
 
K
L
 
L
A
 
C
A
 
Q
Q
 
A
G
 
G
V
 
L
P
 
K
T
 
R
D
 
E
I
 
H
A
 
A
N
 
A
D
 
T
V
 
V
A
 
A
E
 
E
H
 
V
L
 
L
V
 
V
E
 
Y
A
 
A
D
 
D
R
 
A
C
 
R
G
 
G
Y
x
I
T
 
H
S
 
S
H
|
H
G
 
G
L
 
A
S
 
V
I
x
R
L
 
V
P
 
E
N
 
Y
Y
 
Y
Q
 
A
R
 
E
S
 
R
L
 
I
A
 
S
T
 
K
G
 
G
N
 
G
V
 
T
N
 
N
-
 
R
-
 
E
P
 
P
A
 
E
G
 
F
R
 
R
A
 
L
E
 
E
C
 
E
V
 
T
L
 
G
D
 
P
R
 
C
D
 
S
S
 
A
L
 
I
L
 
L
V
 
H
F
 
A
D
 
D
G
 
N
N
 
A
G
 
A
G
 
-
F
 
-
G
 
G
Q
 
Q
H
 
V
V
 
A
G
 
A
K
 
K
C
 
M
V
 
G
I
 
M
E
 
E
T
 
H
A
 
A
I
 
I
E
 
K
R
 
T
V
 
A
R
 
Q
Q
 
Q
H
 
N
G
 
G
H
 
V
C
 
A
I
 
V
V
 
V
T
 
G
L
 
I
R
 
S
R
 
R
S
 
M
H
 
G
H
|
H
L
 
S
G
|
G
R
 
A
M
x
I
G
 
S
H
 
Y
Y
 
F
G
 
V
E
 
Q
M
 
Q
V
 
A
A
 
A
K
 
R
E
 
A
R
 
G
F
 
F
V
 
I
L
 
G
L
 
I
S
 
S
F
 
-
T
 
-
N
 
-
V
 
M
I
 
C
N
 
Q
R
x
S
S
x
D
P
 
P
V
 
M
V
 
V
A
 
V
P
 
P
Y
x
F
G
 
G
G
 
G
R
 
A
T
 
E
A
 
I
R
 
Y
L
 
Y
T
 
G
T
|
T
N
 
N
P
|
P
L
 
L
C
 
A
F
 
F
A
 
A
G
 
A
P
 
P
M
 
-
P
 
G
N
 
E
G
 
G
R
 
D
P
 
E
P
 
I
L
 
L
V
 
T
V
x
F
D
|
D
I
x
M
A
|
A
T
 
T
S
 
T
A
 
V
I
 
Q
A
 
A
I
 
W
N
 
G
K
 
K
A
 
V
R
 
L
V
 
D
L
 
A
A
 
R
E
 
S
K
 
R
G
 
N
E
 
M
P
 
S
A
 
I
P
 
P
E
 
D
N
 
T
S
 
W
I
 
A
I
 
V
D
 
D
G
 
K
D
 
N
G
 
G
N
 
V
P
 
P
T
 
T
T
 
T
D
 
D
A
 
P
G
 
-
A
 
-
M
 
-
F
 
F
S
 
A
E
 
V
H
 
H
P
 
-
G
 
-
A
 
A
L
 
L
L
 
L
P
 
P
F
 
A
G
 
A
G
 
G
H
x
P
K
|
K
G
 
G
Y
 
Y
A
 
G
L
 
L
G
 
M
V
 
M
V
 
M
A
 
I
E
 
D
L
 
V
L
 
L
A
 
S
G
 
G
V
 
V
L
 
L
S
 
L
G
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
F
G
 
G
G
 
R
T
 
Q
I
 
V
Q
 
S
P
 
S
E
 
M
N
 
Y
P
 
D
R
 
D
G
 
L
G
 
H
V
 
A
A
 
G
T
 
R
N
 
N
-
 
L
N
 
G
M
 
Q
F
 
L
A
 
H
V
 
I
L
 
V
M
 
I
N
 
N
P
 
P
E
 
N
L
 
F
D
 
F
L
 
S
G
 
S
L
 
S
S
 
E
W
 
L
Q
 
F
G
 
R
A
 
Q
E
 
H
V
 
L
E
 
S
A
 
Q
F
 
T
V
 
M
N
 
R
Y
 
E
L
 
L
H
 
N
D
 
A
T
 
I
P
 
T
P
 
P
A
 
A
P
 
P
G
 
G
F
 
F
D
 
N
N
 
Q
V
 
V
Q
x
Y
Y
 
Y
P
 
P
G
|
G
E
 
Q
F
x
D
E
x
Q
-
 
D
A
 
I
A
 
K
N
 
Q
R
 
R
A
 
K
L
 
A
T
 
A
T
 
V
T
 
E
H
 
G
L
 
I
E
 
E
V
 
I
N
 
V
P
 
D
A
 
D
I
 
I
W
 
Y
R
 
Q
N
 
Y
L
 
L

P77555 Ureidoglycolate dehydrogenase (NAD(+)); EC 1.1.1.350 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
30% identity, 96% coverage: 1:335/349 of query aligns to 1:331/349 of P77555

query
sites
P77555
M
 
M
K
 
K
I
 
I
T
 
S
L
 
R
Q
 
E
S
 
T
A
 
L
T
 
H
R
 
Q
L
 
L
A
 
I
R
 
E
D
 
N
L
 
K
L
 
L
A
 
C
A
 
Q
Q
 
A
G
 
G
V
 
L
P
 
K
T
 
R
D
 
E
I
 
H
A
 
A
N
 
A
D
 
T
V
 
V
A
 
A
E
 
E
H
 
V
L
 
L
V
 
V
E
 
Y
A
 
A
D
 
D
R
 
A
C
 
R
G
 
G
Y
 
I
T
 
H
S
|
S
H
|
H
G
 
G
L
 
A
S
 
V
I
x
R
L
 
V
P
 
E
N
 
Y
Y
|
Y
Q
 
A
R
 
E
S
 
R
L
 
I
A
 
S
T
 
K
G
 
G
N
 
G
V
 
T
N
 
N
-
 
R
-
 
E
P
 
P
A
 
E
G
 
F
R
 
R
A
 
L
E
 
E
C
 
E
V
 
T
L
 
G
D
 
P
R
 
C
D
 
S
S
 
A
L
 
I
L
 
L
V
 
H
F
 
A
D
 
D
G
 
N
N
 
A
G
 
A
G
 
-
F
 
-
G
 
G
Q
 
Q
H
 
V
V
 
A
G
 
A
K
 
K
C
 
M
V
 
G
I
 
M
E
 
E
T
 
H
A
 
A
I
 
I
E
 
K
R
 
T
V
 
A
R
 
Q
Q
 
Q
H
 
N
G
 
G
H
 
V
C
 
A
I
 
V
V
 
V
T
 
G
L
 
I
R
 
S
R
 
R
S
 
M
H
 
G
H
|
H
L
 
S
G
 
G
R
 
A
M
 
I
G
 
S
H
 
Y
Y
 
F
G
 
V
E
 
Q
M
 
Q
V
 
A
A
 
A
K
 
R
E
 
A
R
 
G
F
 
F
V
 
I
L
 
G
L
 
I
S
 
S
F
 
-
T
 
-
N
 
-
V
 
M
I
 
C
N
 
Q
R
x
S
S
x
D
P
 
P
V
 
M
V
 
V
A
 
V
P
 
P
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
R
 
A
T
 
E
A
 
I
R
 
Y
L
 
Y
T
 
G
T
 
T
N
 
N
P
 
P
L
 
L
C
 
A
F
 
F
A
 
A
G
 
A
P
 
P
M
 
-
P
 
G
N
 
E
G
 
G
R
 
D
P
 
E
P
 
I
L
 
L
V
 
T
V
 
F
D
 
D
I
 
M
A
 
A
T
 
T
S
 
T
A
 
V
I
 
Q
A
 
A
I
 
W
N
 
G
K
 
K
A
 
V
R
 
L
V
 
D
L
 
A
A
 
R
E
 
S
K
 
R
G
 
N
E
 
M
P
 
S
A
 
I
P
 
P
E
 
D
N
 
T
S
 
W
I
 
A
I
 
V
D
 
D
G
 
K
D
 
N
G
 
G
N
 
V
P
 
P
T
 
T
T
 
T
D
 
D
A
 
P
G
 
-
A
 
-
M
 
-
F
 
F
S
 
A
E
 
V
H
 
H
P
 
-
G
 
-
A
 
A
L
 
L
L
 
L
P
 
P
F
 
A
G
 
A
G
 
G
H
 
P
K
 
K
G
 
G
Y
 
Y
A
 
G
L
 
L
G
 
M
V
 
M
V
 
M
A
 
I
E
 
D
L
 
V
L
 
L
A
 
S
G
 
G
V
 
V
L
 
L
S
 
L
G
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
F
G
 
G
G
 
R
T
 
Q
I
 
V
Q
 
S
P
 
S
E
x
M
N
 
Y
P
 
D
R
 
D
G
 
L
G
 
H
V
 
A
A
 
G
T
x
R
N
 
N
-
 
L
N
 
G
M
 
Q
F
 
L
A
 
H
V
 
I
L
 
V
M
 
I
N
 
N
P
 
P
E
 
N
L
 
F
D
 
F
L
 
S
G
 
S
L
 
S
S
 
E
W
 
L
Q
 
F
G
 
R
A
 
Q
E
 
H
V
 
L
E
 
S
A
 
Q
F
 
T
V
 
M
N
 
R
Y
 
E
L
 
L
H
 
N
D
 
A
T
 
I
P
 
T
P
 
P
A
 
A
P
 
P
G
 
G
F
 
F
D
 
N
N
 
Q
V
 
V
Q
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
E
 
Q
F
 
D
E
 
Q
-
 
D
A
 
I
A
 
K
N
 
Q
R
 
R
A
 
K
L
 
A
T
 
A
T
 
V
T
 
E
H
 
G
L
 
I
E
 
E
V
 
I
N
 
V
P
 
D
A
 
D
I
 
I
W
 
Y
R
 
Q
N
 
Y
L
 
L

3i0pA Crystal structure of malate dehydrogenase from entamoeba histolytica
26% identity, 89% coverage: 3:314/349 of query aligns to 5:326/361 of 3i0pA

query
sites
3i0pA
I
 
V
T
 
S
L
 
I
Q
 
D
S
 
T
A
 
I
T
 
K
R
 
E
L
 
F
A
 
M
R
 
Y
D
 
Q
L
 
V
L
 
L
A
 
L
A
 
K
Q
 
V
G
 
G
V
 
S
P
 
D
T
 
E
D
 
E
I
 
N
A
 
A
N
 
R
D
 
M
V
 
V
A
 
R
E
 
D
H
 
T
L
 
L
V
 
I
E
 
A
A
 
A
D
 
D
R
 
L
C
 
R
G
 
G
Y
x
M
T
 
D
S
 
T
H
|
H
G
 
G
L
 
I
S
 
Q
I
 
R
L
 
F
P
 
K
N
 
T
-
 
V
Y
 
Y
Q
 
I
R
 
D
S
 
R
L
 
I
A
 
K
T
 
K
G
 
G
N
 
M
V
 
I
N
 
N
P
 
P
A
 
T
G
 
A
R
 
K
A
 
P
E
 
S
C
 
I
V
 
I
L
 
R
D
 
E
R
 
T
D
 
S
S
 
T
L
 
T
L
 
C
V
 
V
F
 
L
D
 
D
G
 
G
N
 
N
G
 
N
G
 
G
F
 
F
G
 
G
Q
 
H
H
 
V
V
 
N
G
 
G
K
 
T
C
 
I
V
 
G
I
 
M
E
 
K
T
 
M
A
 
A
I
 
I
E
 
E
R
 
K
V
 
A
R
 
K
Q
 
K
H
 
Y
G
 
G
H
 
M
C
 
G
I
 
M
V
 
V
T
 
V
L
 
V
R
 
R
R
 
N
S
 
S
H
 
T
H
|
H
L
 
F
G
 
G
R
x
I
M
x
A
G
 
G
H
 
Y
Y
 
Y
G
 
S
E
 
L
M
 
L
V
 
A
A
 
A
K
 
Q
E
 
E
R
 
G
F
 
C
V
 
I
L
 
G
L
 
I
S
 
C
F
 
G
T
 
T
N
 
N
V
 
A
I
 
-
N
 
-
R
 
R
S
 
S
P
 
S
V
 
V
V
 
A
A
 
A
P
 
T
Y
 
F
G
 
G
G
 
D
R
 
E
T
 
P
A
 
I
R
 
-
L
 
L
T
 
G
T
|
T
N
 
N
P
|
P
L
 
L
C
 
A
F
 
I
A
 
G
G
 
I
P
 
P
M
 
S
P
 
D
N
 
E
G
 
A
R
 
F
P
 
-
P
 
P
L
 
Y
V
 
C
V
x
F
D
|
D
I
x
G
A
|
A
T
 
T
S
 
S
A
 
I
I
 
S
A
x
P
I
 
T
N
 
G
K
x
R
A
 
F
R
 
E
V
 
K
L
 
Y
A
 
V
E
 
R
K
 
M
G
 
G
E
 
K
P
 
T
A
 
V
P
 
D
E
 
K
N
 
S
S
 
W
I
 
A
I
 
S
D
 
M
G
 
K
D
 
G
G
 
G
N
 
K
P
 
P
T
 
I
T
 
E
D
 
D
A
 
P
G
 
K
A
 
E
M
 
L
F
 
L
S
 
E
E
 
N
H
 
Y
P
 
P
-
 
K
-
 
G
-
 
K
G
 
A
A
 
Y
L
 
L
L
 
H
P
 
P
F
 
L
G
 
G
G
 
G
-
 
S
-
 
D
-
 
E
-
 
V
-
 
S
-
 
G
-
 
S
H
 
H
K
 
K
G
 
G
Y
 
Y
A
 
C
L
 
L
G
 
S
V
 
E
V
 
F
A
 
V
E
 
E
L
 
I
L
 
M
A
 
S
G
 
S
V
 
C
L
 
L
S
 
S
G
 
I
G
 
A
G
 
N
T
 
F
-
 
L
-
 
N
-
 
H
I
 
I
Q
 
E
P
 
E
E
 
E
N
 
K
P
 
E
R
 
K
G
 
S
G
 
G
V
 
K
A
 
F
T
 
S
N
 
L
N
 
G
M
 
H
F
 
F
A
 
F
V
 
I
L
 
A
M
 
I
N
 
N
P
 
V
E
 
E
L
 
C
D
 
F
L
 
R
G
 
D
L
 
L
S
 
N
W
 
E
Q
 
F
G
 
K
A
 
K
E
 
N
V
 
V
E
 
G
A
 
D
F
 
I
V
 
N
N
 
R
Y
 
T
L
 
L
H
 
R
D
 
N
T
 
T
P
 
D
P
 
K
A
 
L
P
 
P
G
 
G
F
 
H
D
 
D
N
 
R
V
 
I
Q
x
Y
Y
 
T
P
x
A
G
|
G
E
 
E
F
x
K
E
|
E

1z2iA Crystal structure of agrobacterium tumefaciens malate dehydrogenase, new york structural genomics consortium
26% identity, 98% coverage: 5:347/349 of query aligns to 6:347/350 of 1z2iA

query
sites
1z2iA
L
 
L
Q
 
D
S
 
E
A
 
L
T
 
E
R
 
R
L
 
F
A
 
C
R
 
R
D
 
A
L
 
V
L
 
F
A
 
L
A
 
A
Q
 
V
G
 
G
V
 
T
P
 
D
T
 
E
D
 
E
I
 
T
A
 
A
N
 
D
D
 
A
V
 
A
A
 
T
E
 
R
H
 
A
L
 
M
V
 
M
E
 
H
A
 
G
D
 
T
R
 
R
C
 
L
G
 
G
Y
x
V
T
 
D
S
 
S
H
|
H
G
 
G
L
 
V
S
 
R
I
 
L
L
 
L
P
 
A
N
 
H
Y
 
Y
Q
 
V
R
 
T
S
 
A
L
 
L
A
 
E
T
 
G
G
 
G
N
 
R
V
 
L
N
 
N
P
 
R
A
 
R
G
 
P
R
 
Q
A
 
I
E
 
S
C
 
R
V
 
V
L
 
S
D
 
G
R
 
F
D
 
G
S
 
A
L
 
V
L
 
E
V
 
T
F
 
I
D
 
D
G
 
A
N
 
D
G
 
H
G
 
A
F
 
H
G
 
G
Q
 
A
H
 
R
V
 
A
G
 
T
K
 
Y
C
 
A
V
 
A
I
 
M
E
 
E
T
 
N
A
 
A
I
 
M
E
 
A
R
 
L
V
 
A
R
 
E
Q
 
K
H
 
F
G
 
G
H
 
I
C
 
G
I
 
A
V
 
V
T
 
A
L
 
I
R
 
R
R
 
N
S
 
S
H
 
S
H
|
H
L
x
F
G
|
G
R
x
P
M
x
A
G
 
G
H
 
A
Y
 
Y
G
 
A
E
 
L
M
 
E
V
 
A
A
 
A
K
 
R
E
 
Q
R
 
G
F
 
Y
V
 
I
L
 
G
L
 
L
S
 
A
F
 
F
T
 
C
N
 
-
V
 
-
I
 
-
N
 
N
R
 
S
S
 
D
P
 
S
V
 
F
V
 
V
A
 
R
P
 
L
Y
 
H
G
 
D
G
 
G
R
 
A
T
 
M
A
 
R
R
 
F
L
 
H
T
 
G
T
|
T
N
 
N
P
|
P
L
 
I
C
 
A
F
 
V
A
 
G
G
 
V
P
 
P
M
 
A
P
 
A
N
 
D
G
 
D
R
 
M
P
 
P
P
 
W
L
 
L
V
 
-
V
 
L
D
|
D
I
x
M
A
|
A
T
 
T
S
 
S
A
 
A
I
 
V
A
x
P
I
 
Y
N
 
N
K
 
R
A
 
V
R
 
L
V
 
L
L
 
Y
A
 
R
E
 
S
K
 
L
G
 
G
E
 
Q
P
 
Q
A
 
L
P
 
P
E
 
Q
N
 
G
S
 
V
I
 
A
I
 
S
D
 
D
G
 
G
D
 
D
G
 
G
N
 
V
P
 
D
T
 
T
T
 
R
D
 
D
A
 
P
G
 
N
A
 
A
M
 
V
F
 
-
S
 
-
E
 
-
H
 
-
P
 
-
G
 
E
A
 
M
L
 
L
L
 
A
P
 
P
F
 
V
G
 
G
G
 
G
H
 
E
-
 
F
-
 
G
-
x
F
K
|
K
G
 
G
Y
 
A
A
 
A
L
 
L
G
 
A
V
 
G
V
 
V
A
 
V
E
 
E
L
 
I
L
 
F
A
 
S
G
 
A
V
 
V
L
 
L
S
 
T
G
 
G
G
 
M
G
 
R
T
 
L
I
 
S
Q
 
F
P
 
D
E
 
L
N
 
A
P
 
P
R
 
M
G
 
G
G
 
G
V
 
P
A
 
D
T
 
F
N
 
S
N
 
T
-
 
P
-
 
R
-
 
G
-
 
L
-
 
G
M
 
A
F
 
F
A
 
V
V
 
L
L
 
A
M
 
L
N
 
K
P
 
P
E
 
E
L
 
A
D
 
F
L
 
L
G
 
E
L
 
R
S
 
D
W
 
V
Q
 
F
G
 
D
A
 
E
E
 
S
V
 
M
E
 
K
A
 
R
F
 
Y
V
 
L
N
 
E
Y
 
V
L
 
L
H
 
R
D
 
G
T
 
S
P
 
P
P
 
A
A
 
R
P
 
E
G
 
D
F
 
C