SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing RR42_RS04230 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS04230 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

Q9X1K9 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; EC 4.3.3.7 from Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8) (see paper)
31% identity, 88% coverage: 11:275/302 of query aligns to 2:273/294 of Q9X1K9

query
sites
Q9X1K9
F
 
F
S
 
R
G
 
G
I
 
V
W
 
G
L
 
T
P
 
A
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
F
A
 
K
D
 
N
G
 
G
S
 
E
V
 
L
D
 
D
F
 
L
P
 
E
A
 
S
L
 
Y
A
 
E
R
 
R
L
 
L
V
 
V
A
 
R
H
 
Y
Y
 
Q
A
 
L
G
 
E
S
 
N
G
 
G
I
 
V
A
 
N
G
 
A
I
 
L
V
 
I
V
 
V
C
 
L
G
 
G
S
 
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
A
 
S
A
 
P
A
 
T
L
 
V
D
 
N
E
 
E
A
 
D
E
 
E
Q
 
R
L
 
E
A
 
K
V
 
L
L
 
V
D
 
S
T
 
R
V
 
T
L
 
L
A
 
E
S
 
I
A
 
V
-
 
D
G
 
G
S
 
K
L
 
I
P
 
P
V
 
V
M
 
I
M
 
V
G
 
G
V
 
A
A
 
G
G
 
T
S
 
N
Q
 
S
V
 
T
K
 
E
Q
 
K
V
 
T
Q
 
L
A
 
K
R
 
L
V
 
V
R
 
K
R
 
Q
L
 
A
A
 
E
G
 
K
L
 
L
P
 
G
L
 
A
A
 
N
G
 
G
L
 
V
L
 
L
A
 
V
P
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
V
 
N
R
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
A
 
E
G
 
G
L
 
L
L
 
Y
D
 
Q
Y
 
H
F
 
Y
R
 
K
T
 
Y
L
 
I
A
 
S
D
 
E
S
 
R
A
 
T
A
 
D
A
 
L
P
 
G
L
 
I
V
 
V
L
 
V
Y
 
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
Y
 
G
R
 
R
T
 
T
G
 
G
V
 
V
K
 
N
L
 
V
E
 
L
T
 
P
E
 
E
T
 
T
I
 
A
L
 
A
A
 
R
L
 
I
A
 
A
A
 
A
H
 
D
-
 
L
P
 
K
N
 
N
I
 
V
R
 
V
A
 
G
I
 
I
K
 
K
D
 
E
C
 
A
G
 
N
G
 
P
D
|
D
Y
x
I
H
x
D
G
 
Q
T
 
I
Q
 
D
A
 
R
V
 
T
I
 
V
-
 
S
-
 
L
-
 
T
-
 
K
-
 
Q
A
 
A
D
 
R
A
 
S
R
 
D
L
 
F
S
 
M
V
 
V
L
 
W
A
 
S
G
 
G
E
 
N
D
 
D
H
 
D
Q
 
R
L
 
T
L
 
F
G
 
Y
T
 
L
L
 
L
C
 
C
L
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
D
G
 
G
A
 
V
I
 
I
I
 
S
A
 
V
S
 
V
A
 
S
H
 
N
L
 
V
Y
 
A
P
 
P
A
 
K
L
 
Q
F
 
M
V
 
V
A
 
E
L
 
L
A
 
C
Q
 
A
A
 
E
V
 
Y
A
 
F
G
 
S
Q
 
G
R
 
N
L
 
L
E
 
E
H
 
K
A
 
S
R
 
R
R
 
E
L
 
V
F
 
H
H
 
R
A
 
K
V
 
L
M
 
R
P
 
P
V
 
L
I
 
M
K
 
K
L
 
A
L
 
L
F
 
F
A
 
V
E
 
E
P
 
T
N
 
N
P
 
P
G
 
I
P
 
P
L
 
V
K
 
K
A
 
A
M
 
A
L
 
L
A
 
N
R
 
L
E
 
M
G
 
G
W
 
F
T
 
I
R
 
E
N
 
N
E
 
E
L
 
L
R
 
R
A
 
L
P
 
P
M
 
L

1o5kA Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase (tm1521) from thermotoga maritima at 1.80 a resolution
31% identity, 88% coverage: 11:275/302 of query aligns to 3:274/295 of 1o5kA

query
sites
1o5kA
F
 
F
S
 
R
G
 
G
I
 
V
W
 
G
L
 
T
P
 
A
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
F
A
 
K
D
 
N
G
 
G
S
 
E
V
 
L
D
 
D
F
 
L
P
 
E
A
 
S
L
 
Y
A
 
E
R
 
R
L
 
L
V
 
V
A
 
R
H
 
Y
Y
 
Q
A
 
L
G
 
E
S
 
N
G
 
G
I
 
V
A
 
N
G
 
A
I
 
L
V
 
I
V
 
V
C
 
L
G
 
G
S
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
A
 
S
A
 
P
A
 
T
L
 
V
D
 
N
E
 
E
A
 
D
E
 
E
Q
 
R
L
 
E
A
 
K
V
 
L
L
 
V
D
 
S
T
 
R
V
 
T
L
 
L
A
x
E
S
 
I
A
 
V
-
x
D
G
 
G
S
 
K
L
 
I
P
 
P
V
 
V
M
 
I
M
 
V
G
 
G
V
 
A
A
 
G
G
 
T
S
 
N
Q
 
S
V
 
T
K
 
E
Q
 
K
V
 
T
Q
 
L
A
 
K
R
 
L
V
 
V
R
 
K
R
 
Q
L
 
A
A
 
E
G
 
K
L
 
L
P
 
G
L
 
A
A
 
N
G
 
G
L
 
V
L
 
L
A
 
V
P
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
V
 
N
R
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
A
 
E
G
 
G
L
 
L
L
 
Y
D
 
Q
Y
 
H
F
 
Y
R
 
K
T
 
Y
L
 
I
A
 
S
D
 
E
S
 
R
A
 
T
A
 
D
A
 
L
P
 
G
L
 
I
V
 
V
L
 
V
Y
|
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
Y
 
G
R
|
R
T
 
T
G
 
G
V
 
V
K
 
N
L
 
V
E
 
L
T
 
P
E
 
E
T
 
T
I
 
A
L
 
A
A
 
R
L
 
I
A
 
A
A
 
A
H
 
D
-
 
L
P
 
K
N
 
N
I
 
V
R
 
V
A
 
G
I
 
I
K
|
K
D
 
E
C
 
A
G
 
N
G
 
P
D
 
D
Y
 
I
H
 
D
G
 
Q
T
 
I
Q
 
D
A
 
R
V
 
T
I
 
V
-
 
S
-
 
L
-
 
T
-
 
K
-
 
Q
A
 
A
D
 
R
A
 
S
R
 
D
L
 
F
S
 
M
V
 
V
L
 
W
A
 
S
G
 
G
E
 
N
D
 
D
H
 
D
Q
 
R
L
 
T
L
 
F
G
 
Y
T
 
L
L
 
L
C
 
C
L
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
D
G
 
G
A
 
V
I
|
I
I
 
S
A
 
V
S
 
V
A
 
S
H
 
N
L
 
V
Y
 
A
P
 
P
A
 
K
L
 
Q
F
 
M
V
 
V
A
 
E
L
 
L
A
 
C
Q
 
A
A
 
E
V
 
Y
A
 
F
G
 
S
Q
 
G
R
 
N
L
 
L
E
 
E
H
 
K
A
 
S
R
 
R
R
 
E
L
 
V
F
 
H
H
 
R
A
 
K
V
 
L
M
 
R
P
 
P
V
 
L
I
 
M
K
 
K
L
 
A
L
 
L
F
 
F
A
 
V
E
 
E
P
 
T
N
 
N
P
 
P
G
 
I
P
 
P
L
 
V
K
 
K
A
 
A
M
 
A
L
 
L
A
 
N
R
 
L
E
 
M
G
 
G
W
 
F
T
 
I
R
 
E
N
 
N
E
 
E
L
 
L
R
 
R
A
 
L
P
 
P
M
 
L

Q07607 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; Protein MosA; EC 4.3.3.7 from Rhizobium meliloti (Ensifer meliloti) (Sinorhizobium meliloti) (see paper)
31% identity, 94% coverage: 11:294/302 of query aligns to 2:289/292 of Q07607

query
sites
Q07607
F
 
F
S
 
E
G
 
G
I
 
S
W
 
I
L
 
T
P
 
A
L
 
L
V
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
F
A
 
A
D
 
D
G
 
D
S
 
R
V
 
I
D
 
D
F
 
E
P
 
V
A
 
A
L
 
L
A
 
H
R
 
D
L
 
L
V
 
V
A
 
E
H
 
W
Y
 
Q
A
 
I
G
 
E
S
 
E
G
 
G
I
 
S
A
 
F
G
 
G
I
 
L
V
 
V
V
 
P
C
 
C
G
 
G
S
 
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
A
 
S
A
 
P
A
 
T
L
 
L
D
 
S
E
 
K
A
 
S
E
 
E
Q
 
H
L
 
E
A
 
Q
V
 
V
L
 
V
D
 
E
T
 
I
V
 
T
L
 
I
A
 
K
S
 
T
A
 
A
-
 
N
G
 
G
S
 
R
L
 
V
P
 
P
V
 
V
M
 
I
M
 
A
G
 
G
V
 
A
A
 
G
G
 
S
S
 
N
Q
 
S
V
 
T
K
 
A
Q
 
E
V
 
A
Q
 
I
A
 
A
R
 
F
V
 
V
R
 
R
R
 
H
L
 
A
A
 
Q
G
 
N
L
 
A
P
 
G
L
 
A
A
 
D
G
 
G
L
 
V
L
 
L
A
 
I
P
 
V
A
 
S
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
V
 
N
R
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
A
 
E
G
 
G
L
 
I
L
 
Y
D
 
Q
Y
 
H
F
 
F
R
 
K
T
 
A
L
 
I
A
 
D
D
 
A
S
 
A
A
 
S
A
 
T
A
 
I
P
 
P
L
 
I
V
 
I
L
 
V
Y
 
Y
D
 
N
I
 
I
P
 
P
Y
 
G
R
 
R
T
 
S
G
 
A
V
 
I
K
 
E
L
 
I
E
 
H
T
 
V
E
 
E
T
 
T
I
 
L
L
 
A
A
 
R
L
 
I
A
 
F
A
 
E
H
 
D
-
 
C
P
 
P
N
 
N
I
 
V
R
 
K
A
 
G
I
 
V
K
|
K
D
 
D
C
 
A
G
 
T
G
 
G
D
 
N
Y
 
L
-
 
L
-
 
R
H
 
P
G
 
S
T
 
L
Q
 
E
A
 
R
V
 
M
I
 
A
A
 
C
D
 
G
A
 
E
R
 
D
L
 
F
S
 
N
V
 
L
L
 
L
A
 
T
G
 
G
E
 
E
D
 
D
H
 
G
Q
 
T
L
 
A
L
 
L
G
 
G
T
 
Y
L
 
M
C
 
A
L
 
H
G
 
G
G
 
G
A
 
H
G
 
G
A
 
C
I
 
I
I
 
S
A
 
V
S
 
T
A
 
A
H
 
N
L
 
V
Y
 
A
P
 
P
A
 
A
L
 
L
F
 
C
V
 
A
A
 
D
L
 
F
A
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
V
 
C
A
 
L
G
 
N
Q
 
G
R
 
D
L
 
F
E
 
A
H
 
A
A
 
A
R
 
L
R
 
K
L
 
L
F
 
Q
H
 
D
A
 
R
V
 
L
M
 
M
P
 
P
V
 
L
I
 
H
K
 
R
L
 
A
L
 
L
F
 
F
A
 
L
E
 
E
P
 
T
N
 
N
P
 
P
G
 
A
P
 
G
L
 
A
K
 
K
A
 
Y
M
 
A
L
 
L
A
 
Q
R
 
R
E
 
L
G
 
G
W
 
R
T
 
M
R
 
R
N
 
G
E
 
D
L
 
L
R
 
R
A
 
L
P
 
P
M
 
L
K
 
V
S
 
T
A
 
I
G
 
S
A
 
P
A
 
S
L
 
F
E
 
Q
A
 
E
A
 
E
L
 
I
A
 
D
Q
 
D
A
 
A
C
 
M
E
 
R
R
 
H
L
 
A
G
 
G

5ktlA Dihydrodipicolinate synthase from the industrial and evolutionarily important cyanobacteria anabaena variabilis. (see paper)
32% identity, 95% coverage: 11:296/302 of query aligns to 5:295/295 of 5ktlA

query
sites
5ktlA
F
 
F
S
 
G
G
 
T
I
 
V
W
 
L
L
 
T
P
 
A
L
 
M
V
 
I
T
 
T
P
 
P
F
 
F
-
 
K
A
 
A
D
 
D
G
 
G
S
 
S
V
 
V
D
 
N
F
 
Y
P
 
A
A
 
V
L
 
A
A
 
A
R
 
E
L
 
L
V
 
A
A
 
A
H
 
H
Y
 
L
A
 
V
G
 
D
S
 
N
G
 
G
I
 
T
A
 
D
G
 
T
I
 
L
V
 
V
V
 
V
C
 
C
G
 
G
S
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
A
x
S
A
 
P
A
 
T
L
|
L
D
 
S
E
 
W
A
 
D
E
 
E
Q
x
E
L
 
Y
A
 
N
V
 
L
L
 
F
D
 
V
T
x
E
V
 
V
L
 
L
A
x
Q
S
 
T
-
 
V
A
 
A
G
 
G
S
 
K
L
 
A
P
 
K
V
 
V
M
 
I
M
 
A
G
 
G
V
 
C
A
 
G
G
 
S
S
 
N
Q
 
S
V
 
T
K
 
K
Q
 
E
V
 
A
Q
 
I
A
 
A
R
 
A
V
 
T
R
 
Q
R
 
K
L
 
A
A
 
A
G
 
K
L
 
I
P
 
G
L
 
V
A
 
H
G
 
G
L
 
T
L
 
L
A
 
Q
P
 
V
A
 
V
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
V
 
N
R
 
K
P
 
P
S
 
P
Q
 
Q
A
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
Y
D
 
Q
Y
 
H
F
 
F
R
 
Q
T
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
Q
S
 
A
A
 
C
A
 
P
A
 
D
-
 
L
P
 
P
L
 
L
V
 
L
L
 
L
Y
|
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
Y
 
G
R
|
R
T
 
T
G
 
G
V
 
Q
K
 
N
L
 
L
E
 
S
T
 
P
E
 
E
T
 
T
I
 
V
L
 
V
A
 
R
L
 
L
A
 
A
A
 
E
H
 
I
P
 
D
N
 
N
I
 
I
R
 
I
A
 
G
I
 
V
K
|
K
D
 
E
C
 
A
G
 
S
G
 
G
-
 
N
-
 
L
D
 
D
Y
 
Q
H
 
A
G
 
G
T
 
E
Q
 
I
A
 
R
V
 
R
I
 
S
A
 
T
D
 
P
A
 
K
R
 
E
L
 
F
S
 
Q
V
 
I
L
 
Y
A
 
A
G
 
G
E
 
D
D
 
D
H
 
S
Q
 
L
L
 
T
L
 
L
G
 
P
T
 
L
L
 
L
C
 
A
L
 
I
G
 
G
G
 
A
A
 
K
G
 
G
A
 
V
I
x
V
I
 
S
A
 
V
S
 
A
A
 
S
H
 
H
L
 
L
Y
 
V
P
 
G
A
 
N
L
 
Q
F
 
L
V
 
Q
A
 
Q
L
 
M
A
 
I
Q
 
Q
A
 
A
V
 
F
A
 
N
G
 
S
Q
 
G
R
 
Q
L
 
V
E
 
T
H
 
V
A
 
A
R
 
S
R
 
D
L
 
I
F
 
H
H
 
L
A
 
R
V
 
L
M
 
L
P
 
P
V
 
L
I
 
F
K
 
K
L
 
A
L
 
L
F
 
F
A
 
I
E
 
T
P
 
T
N
 
N
P
 
P
G
 
I
P
 
P
L
 
I
K
 
K
A
 
Q
M
 
A
L
 
L
A
 
K
R
 
L
E
 
Q
G
 
G
W
 
W
T
 
E
R
 
V
N
 
G
E
 
S
L
 
T
R
 
R
A
 
P
P
 
P
M
 
L
K
 
S
S
 
D
A
 
A
G
 
D
A
 
A
A
 
E
L
 
V
E
 
S
A
 
Q
A
 
K
L
 
L
A
 
E
Q
 
A
A
 
V
C
 
M
E
 
K
R
 
H
L
 
L
G
 
N
A
 
L
V
 
I

4dxvA Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii complexed with mg and cl ions at 1.80 a resolution
30% identity, 85% coverage: 18:275/302 of query aligns to 9:270/291 of 4dxvA

query
sites
4dxvA
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
-
 
M
F
 
L
A
 
K
D
 
D
G
 
G
S
 
G
V
 
V
D
 
D
F
 
W
P
 
K
A
 
S
L
 
L
A
 
E
R
 
K
L
 
L
V
 
V
A
 
E
H
 
W
Y
 
H
A
 
I
G
 
E
S
 
Q
G
 
G
I
 
T
A
 
N
G
 
S
I
 
I
V
 
V
V
 
A
C
 
V
G
 
G
S
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
A
 
A
A
 
S
A
 
T
L
 
L
D
 
S
E
 
M
A
 
E
E
 
E
Q
 
H
L
 
T
A
 
Q
V
 
V
L
 
I
D
 
K
T
 
E
V
 
I
L
 
I
A
 
R
S
 
V
A
 
A
G
 
N
S
 
K
-
 
R
L
 
I
P
 
P
V
 
I
M
 
I
M
 
A
G
 
G
V
 
T
A
 
G
G
 
A
S
 
N
Q
 
S
V
 
T
K
 
R
Q
 
E
V
 
A
Q
 
I
A
 
E
R
 
L
V
 
T
R
 
K
R
 
A
L
 
A
A
 
K
G
 
D
L
 
L
P
 
G
L
 
A
A
 
D
G
 
A
L
 
A
L
 
L
A
 
L
P
 
V
A
x
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
V
 
N
R
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
A
 
E
G
 
G
L
 
L
L
 
Y
D
 
Q
Y
 
H
F
 
Y
R
 
K
T
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
E
S
 
A
A
 
V
A
 
E
A
 
L
P
 
P
L
 
L
V
 
I
L
 
L
Y
|
Y
D
x
N
I
x
V
P
|
P
Y
 
G
R
|
R
T
|
T
G
 
G
V
 
V
K
 
D
L
 
L
E
 
S
T
 
N
E
 
D
T
 
T
I
 
A
L
 
V
A
 
R
L
 
L
A
 
A
A
 
E
H
 
I
P
 
P
N
 
N
I
 
I
R
 
V
A
 
G
I
 
I
K
|
K
D
 
D
C
 
A
G
 
T
G
 
G
D
 
D
Y
 
V
H
 
P
G
 
R
T
 
G
Q
 
K
A
 
A
V
 
L
I
 
I
A
 
D
-
 
A
-
 
L
D
 
N
A
 
G
R
 
K
L
 
M
S
 
A
V
 
V
L
 
Y
A
 
S
G
 
G
E
 
D
D
 
D
H
 
E
Q
 
T
L
 
A
L
 
W
G
 
E
T
 
L
L
 
M
C
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
A
A
 
D
G
 
G
A
 
N
I
|
I
I
 
S
A
 
V
S
 
T
A
 
A
H
 
N
L
 
I
Y
 
A
P
 
P
A
 
K
L
 
A
F
 
M
V
 
S
A
 
E
L
 
V
A
 
C
Q
 
A
A
 
V
V
 
A
A
 
I
G
 
A
Q
 
K
R
 
D
L
 
E
E
 
Q
H
 
Q
A
 
A
R
 
K
R
 
T
L
 
L
F
 
N
H
 
N
A
 
K
V
 
I
M
 
A
P
 
N
V
 
L
I
 
H
K
 
N
L
 
I
L
 
L
F
 
F
A
 
C
E
 
E
P
 
S
N
 
N
P
 
P
G
 
I
P
 
P
L
 
V
K
 
K
A
 
W
M
 
A
L
 
L
A
 
H
R
 
E
E
 
M
G
 
G
W
 
L
T
 
I
R
 
D
N
 
T
E
 
G
L
 
I
R
 
R
A
 
L
P
 
P
M
 
L

3u8gA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with oxalic acid at 1.80 a resolution
30% identity, 85% coverage: 18:275/302 of query aligns to 9:270/291 of 3u8gA

query
sites
3u8gA
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
-
 
M
F
 
L
A
 
K
D
 
D
G
 
G
S
 
G
V
 
V
D
 
D
F
 
W
P
 
K
A
 
S
L
 
L
A
 
E
R
 
K
L
 
L
V
 
V
A
 
E
H
 
W
Y
 
H
A
 
I
G
 
E
S
 
Q
G
 
G
I
 
T
A
 
N
G
 
S
I
 
I
V
 
V
V
 
A
C
 
V
G
|
G
S
x
T
T
|
T
G
 
G
E
 
E
A
 
A
A
 
S
A
 
T
L
 
L
D
 
S
E
 
M
A
 
E
E
 
E
Q
 
H
L
 
T
A
 
Q
V
 
V
L
 
I
D
 
K
T
 
E
V
 
I
L
 
I
A
 
R
S
 
V
A
 
A
G
 
N
S
 
K
-
 
R
L
 
I
P
 
P
V
 
I
M
 
I
M
 
A
G
 
G
V
 
T
A
 
G
G
 
A
S
 
N
Q
 
S
V
 
T
K
 
R
Q
 
E
V
 
A
Q
 
I
A
 
E
R
 
L
V
 
T
R
 
K
R
 
A
L
 
A
A
 
K
G
 
D
L
 
L
P
 
G
L
 
A
A
 
D
G
 
A
L
 
A
L
|
L
A
 
L
P
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
V
 
N
R
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
A
 
E
G
 
G
L
 
L
L
 
Y
D
 
Q
Y
 
H
F
 
Y
R
 
K
T
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
E
S
 
A
A
 
V
A
 
E
A
 
L
P
 
P
L
 
L
V
 
I
L
 
L
Y
|
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
Y
 
G
R
|
R
T
 
T
G
 
G
V
 
V
K
 
D
L
 
L
E
 
S
T
 
N
E
 
D
T
 
T
I
 
A
L
 
V
A
 
R
L
 
L
A
 
A
A
 
E
H
 
I
P
 
P
N
 
N
I
 
I
R
 
V
A
 
G
I
 
I
K
|
K
D
 
D
C
 
A
G
 
T
G
 
G
D
 
D
Y
 
V
H
 
P
G
 
R
T
 
G
Q
 
K
A
 
A
V
 
L
I
 
I
A
 
D
-
 
A
-
 
L
D
 
N
A
 
G
R
 
K
L
 
M
S
 
A
V
 
V
L
 
Y
A
 
S
G
 
G
E
 
D
D
 
D
H
 
E
Q
 
T
L
 
A
L
 
W
G
 
E
T
 
L
L
 
M
C
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
A
A
 
D
G
 
G
A
 
N
I
|
I
I
 
S
A
 
V
S
 
T
A
 
A
H
 
N
L
 
I
Y
 
A
P
 
P
A
 
K
L
 
A
F
 
M
V
 
S
A
 
E
L
 
V
A
 
C
Q
 
A
A
 
V
V
 
A
A
 
I
G
 
A
Q
 
K
R
 
D
L
 
E
E
 
Q
H
 
Q
A
 
A
R
 
K
R
 
T
L
 
L
F
 
N
H
 
N
A
 
K
V
 
I
M
 
A
P
 
N
V
 
L
I
 
H
K
 
N
L
 
I
L
 
L
F
 
F
A
 
C
E
 
E
P
 
S
N
 
N
P
 
P
G
 
I
P
 
P
L
 
V
K
 
K
A
 
W
M
 
A
L
 
L
A
 
H
R
 
E
E
 
M
G
 
G
W
 
L
T
 
I
R
 
D
N
 
T
E
 
G
L
 
I
R
 
R
A
 
L
P
 
P
M
 
L

Sites not aligning to the query:

3tdfA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with 2-ketobutanoic acid at 1.99 a resolution
30% identity, 85% coverage: 18:275/302 of query aligns to 9:270/291 of 3tdfA

query
sites
3tdfA
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
-
 
M
F
 
L
A
 
K
D
 
D
G
 
G
S
 
G
V
 
V
D
 
D
F
 
W
P
 
K
A
 
S
L
 
L
A
 
E
R
 
K
L
 
L
V
 
V
A
 
E
H
 
W
Y
 
H
A
 
I
G
 
E
S
 
Q
G
 
G
I
 
T
A
 
N
G
 
S
I
 
I
V
 
V
V
 
A
C
 
V
G
 
G
S
x
T
T
|
T
G
 
G
E
 
E
A
 
A
A
 
S
A
 
T
L
 
L
D
 
S
E
 
M
A
 
E
E
 
E
Q
 
H
L
 
T
A
 
Q
V
 
V
L
 
I
D
 
K
T
 
E
V
 
I
L
 
I
A
 
R
S
 
V
A
 
A
G
 
N
S
 
K
-
 
R
L
 
I
P
 
P
V
 
I
M
 
I
M
 
A
G
 
G
V
 
T
A
 
G
G
 
A
S
 
N
Q
 
S
V
 
T
K
 
R
Q
 
E
V
 
A
Q
 
I
A
 
E
R
 
L
V
 
T
R
 
K
R
 
A
L
 
A
A
 
K
G
 
D
L
 
L
P
 
G
L
 
A
A
 
D
G
 
A
L
 
A
L
 
L
A
 
L
P
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
V
 
N
R
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
A
 
E
G
 
G
L
 
L
L
 
Y
D
 
Q
Y
 
H
F
 
Y
R
 
K
T
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
E
S
 
A
A
 
V
A
 
E
A
 
L
P
 
P
L
 
L
V
 
I
L
 
L
Y
|
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
Y
 
G
R
|
R
T
 
T
G
 
G
V
 
V
K
 
D
L
 
L
E
 
S
T
 
N
E
 
D
T
 
T
I
 
A
L
 
V
A
 
R
L
 
L
A
 
A
A
 
E
H
 
I
P
 
P
N
 
N
I
 
I
R
 
V
A
 
G
I
 
I
K
|
K
D
 
D
C
 
A
G
 
T
G
 
G
D
 
D
Y
 
V
H
 
P
G
 
R
T
 
G
Q
 
K
A
 
A
V
 
L
I
 
I
A
 
D
-
 
A
-
 
L
D
 
N
A
 
G
R
 
K
L
 
M
S
 
A
V
 
V
L
 
Y
A
 
S
G
 
G
E
 
D
D
 
D
H
 
E
Q
 
T
L
 
A
L
 
W
G
 
E
T
 
L
L
 
M
C
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
A
A
 
D
G
 
G
A
 
N
I
|
I
I
 
S
A
 
V
S
 
T
A
 
A
H
 
N
L
 
I
Y
 
A
P
 
P
A
 
K
L
 
A
F
 
M
V
 
S
A
 
E
L
 
V
A
 
C
Q
 
A
A
 
V
V
 
A
A
 
I
G
 
A
Q
 
K
R
 
D
L
 
E
E
 
Q
H
 
Q
A
 
A
R
 
K
R
 
T
L
 
L
F
 
N
H
 
N
A
 
K
V
 
I
M
 
A
P
 
N
V
 
L
I
 
H
K
 
N
L
 
I
L
 
L
F
 
F
A
 
C
E
 
E
P
 
S
N
 
N
P
 
P
G
 
I
P
 
P
L
 
V
K
 
K
A
 
W
M
 
A
L
 
L
A
 
H
R
 
E
E
 
M
G
 
G
W
 
L
T
 
I
R
 
D
N
 
T
E
 
G
L
 
I
R
 
R
A
 
L
P
 
P
M
 
L

Sites not aligning to the query:

3tceA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with 5-hydroxylysine at 2.6 a resolution
30% identity, 85% coverage: 18:275/302 of query aligns to 9:270/291 of 3tceA

query
sites
3tceA
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
-
 
M
F
 
L
A
 
K
D
 
D
G
 
G
S
 
G
V
 
V
D
 
D
F
 
W
P
 
K
A
 
S
L
 
L
A
 
E
R
 
K
L
 
L
V
 
V
A
 
E
H
 
W
Y
 
H
A
 
I
G
 
E
S
 
Q
G
 
G
I
 
T
A
 
N
G
 
S
I
 
I
V
 
V
V
 
A
C
 
V
G
 
G
S
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
A
 
A
A
x
S
A
 
T
L
|
L
D
 
S
E
 
M
A
 
E
E
 
E
Q
x
H
L
 
T
A
 
Q
V
 
V
L
 
I
D
 
K
T
 
E
V
 
I
L
 
I
A
 
R
S
 
V
A
 
A
G
 
N
S
 
K
-
 
R
L
 
I
P
 
P
V
 
I
M
 
I
M
 
A
G
 
G
V
 
T
A
 
G
G
 
A
S
 
N
Q
 
S
V
 
T
K
 
R
Q
 
E
V
 
A
Q
 
I
A
 
E
R
 
L
V
 
T
R
 
K
R
 
A
L
 
A
A
 
K
G
 
D
L
 
L
P
 
G
L
 
A
A
 
D
G
 
A
L
 
A
L
 
L
A
 
L
P
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
|
Y
Y
|
Y
V
 
N
R
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
A
 
E
G
 
G
L
 
L
L
 
Y
D
 
Q
Y
 
H
F
 
Y
R
 
K
T
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
E
S
 
A
A
 
V
A
 
E
A
 
L
P
 
P
L
 
L
V
 
I
L
 
L
Y
|
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
Y
 
G
R
|
R
T
 
T
G
 
G
V
 
V
K
 
D
L
 
L
E
 
S
T
 
N
E
 
D
T
 
T
I
 
A
L
 
V
A
 
R
L
 
L
A
 
A
A
 
E
H
 
I
P
 
P
N
 
N
I
 
I
R
 
V
A
 
G
I
 
I
K
|
K
D
 
D
C
 
A
G
 
T
G
 
G
D
 
D
Y
 
V
H
 
P
G
 
R
T
 
G
Q
 
K
A
 
A
V
 
L
I
 
I
A
 
D
-
 
A
-
 
L
D
 
N
A
 
G
R
 
K
L
 
M
S
 
A
V
 
V
L
 
Y
A
 
S
G
 
G
E
 
D
D
 
D
H
 
E
Q
 
T
L
 
A
L
 
W
G
 
E
T
 
L
L
 
M
C
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
A
A
 
D
G
 
G
A
 
N
I
|
I
I
 
S
A
 
V
S
 
T
A
 
A
H
 
N
L
 
I
Y
 
A
P
 
P
A
 
K
L
 
A
F
 
M
V
 
S
A
 
E
L
 
V
A
 
C
Q
 
A
A
 
V
V
 
A
A
 
I
G
 
A
Q
 
K
R
 
D
L
 
E
E
 
Q
H
 
Q
A
 
A
R
 
K
R
 
T
L
 
L
F
 
N
H
 
N
A
 
K
V
 
I
M
 
A
P
 
N
V
 
L
I
 
H
K
 
N
L
 
I
L
 
L
F
 
F
A
 
C
E
 
E
P
 
S
N
 
N
P
 
P
G
 
I
P
 
P
L
 
V
K
 
K
A
 
W
M
 
A
L
 
L
A
 
H
R
 
E
E
 
M
G
 
G
W
 
L
T
 
I
R
 
D
N
 
T
E
 
G
L
 
I
R
 
R
A
 
L
P
 
P
M
 
L

3rk8A Crystal structure of the chloride inhibited dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii complexed with pyruvate at 1.8 a resolution
30% identity, 85% coverage: 18:275/302 of query aligns to 9:270/291 of 3rk8A

query
sites
3rk8A
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
-
 
M
F
 
L
A
 
K
D
 
D
G
 
G
S
 
G
V
 
V
D
 
D
F
 
W
P
 
K
A
 
S
L
 
L
A
 
E
R
 
K
L
 
L
V
 
V
A
 
E
H
 
W
Y
 
H
A
 
I
G
 
E
S
 
Q
G
 
G
I
 
T
A
 
N
G
 
S
I
 
I
V
 
V
V
 
A
C
 
V
G
 
G
S
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
A
 
A
A
 
S
A
 
T
L
 
L
D
 
S
E
 
M
A
 
E
E
 
E
Q
 
H
L
 
T
A
 
Q
V
 
V
L
 
I
D
 
K
T
 
E
V
 
I
L
 
I
A
 
R
S
 
V
A
 
A
G
 
N
S
 
K
-
 
R
L
 
I
P
 
P
V
 
I
M
 
I
M
 
A
G
 
G
V
 
T
A
 
G
G
 
A
S
 
N
Q
 
S
V
 
T
K
 
R
Q
 
E
V
 
A
Q
 
I
A
 
E
R
 
L
V
 
T
R
 
K
R
 
A
L
 
A
A
 
K
G
 
D
L
 
L
P
 
G
L
 
A
A
 
D
G
 
A
L
 
A
L
 
L
A
 
L
P
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
V
 
N
R
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
A
 
E
G
 
G
L
 
L
L
 
Y
D
 
Q
Y
 
H
F
 
Y
R
 
K
T
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
E
S
 
A
A
 
V
A
 
E
A
 
L
P
 
P
L
 
L
V
 
I
L
 
L
Y
|
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
Y
 
G
R
|
R
T
 
T
G
 
G
V
 
V
K
 
D
L
 
L
E
 
S
T
 
N
E
 
D
T
 
T
I
 
A
L
 
V
A
 
R
L
 
L
A
 
A
A
 
E
H
 
I
P
 
P
N
 
N
I
 
I
R
 
V
A
 
G
I
 
I
K
|
K
D
 
D
C
 
A
G
 
T
G
 
G
D
 
D
Y
 
V
H
 
P
G
 
R
T
 
G
Q
 
K
A
 
A
V
 
L
I
 
I
A
 
D
-
 
A
-
 
L
D
 
N
A
 
G
R
 
K
L
 
M
S
 
A
V
 
V
L
 
Y
A
 
S
G
|
G
E
 
D
D
 
D
H
 
E
Q
 
T
L
 
A
L
 
W
G
 
E
T
 
L
L
 
M
C
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
A
A
 
D
G
 
G
A
 
N
I
|
I
I
 
S
A
 
V
S
 
T
A
 
A
H
 
N
L
 
I
Y
 
A
P
 
P
A
 
K
L
 
A
F
 
M
V
 
S
A
 
E
L
 
V
A
 
C
Q
 
A
A
 
V
V
 
A
A
 
I
G
 
A
Q
 
K
R
 
D
L
 
E
E
 
Q
H
 
Q
A
 
A
R
 
K
R
 
T
L
 
L
F
 
N
H
 
N
A
 
K
V
 
I
M
 
A
P
 
N
V
 
L
I
 
H
K
 
N
L
 
I
L
 
L
F
|
F
A
 
C
E
 
E
P
 
S
N
 
N
P
 
P
G
 
I
P
 
P
L
 
V
K
 
K
A
 
W
M
 
A
L
 
L
A
 
H
R
 
E
E
 
M
G
 
G
W
 
L
T
 
I
R
 
D
N
 
T
E
 
G
L
 
I
R
 
R
A
 
L
P
 
P
M
 
L

3pueB Crystal structure of the complex of dhydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with lysine at 2.6a resolution
30% identity, 85% coverage: 18:275/302 of query aligns to 9:270/291 of 3pueB

query
sites
3pueB
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
-
 
M
F
 
L
A
 
K
D
 
D
G
 
G
S
 
G
V
 
V
D
 
D
F
 
W
P
 
K
A
 
S
L
 
L
A
 
E
R
 
K
L
 
L
V
 
V
A
 
E
H
 
W
Y
 
H
A
 
I
G
 
E
S
 
Q
G
 
G
I
 
T
A
 
N
G
 
S
I
 
I
V
 
V
V
 
A
C
 
V
G
 
G
S
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
A
 
A
A
 
S
A
 
T
L
 
L
D
 
S
E
 
M
A
 
E
E
 
E
Q
 
H
L
 
T
A
 
Q
V
 
V
L
 
I
D
 
K
T
 
E
V
 
I
L
 
I
A
 
R
S
 
V
A
 
A
G
 
N
S
 
K
-
 
R
L
 
I
P
 
P
V
 
I
M
 
I
M
 
A
G
 
G
V
 
T
A
 
G
G
 
A
S
 
N
Q
 
S
V
 
T
K
 
R
Q
 
E
V
 
A
Q
 
I
A
 
E
R
 
L
V
 
T
R
 
K
R
 
A
L
 
A
A
 
K
G
 
D
L
 
L
P
 
G
L
 
A
A
 
D
G
 
A
L
 
A
L
 
L
A
 
L
P
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
V
 
N
R
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
A
 
E
G
 
G
L
 
L
L
 
Y
D
 
Q
Y
 
H
F
 
Y
R
 
K
T
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
E
S
 
A
A
 
V
A
 
E
A
 
L
P
 
P
L
 
L
V
 
I
L
 
L
Y
|
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
Y
 
G
R
|
R
T
 
T
G
 
G
V
 
V
K
 
D
L
 
L
E
 
S
T
 
N
E
 
D
T
 
T
I
 
A
L
 
V
A
 
R
L
 
L
A
 
A
A
 
E
H
 
I
P
 
P
N
 
N
I
 
I
R
 
V
A
 
G
I
 
I
K
|
K
D
 
D
C
 
A
G
 
T
G
 
G
D
 
D
Y
 
V
H
 
P
G
 
R
T
 
G
Q
 
K
A
 
A
V
 
L
I
 
I
A
 
D
-
 
A
-
 
L
D
 
N
A
 
G
R
 
K
L
 
M
S
 
A
V
 
V
L
 
Y
A
 
S
G
 
G
E
 
D
D
 
D
H
 
E
Q
 
T
L
 
A
L
 
W
G
 
E
T
 
L
L
 
M
C
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
A
A
 
D
G
 
G
A
 
N
I
|
I
I
 
S
A
 
V
S
 
T
A
 
A
H
 
N
L
 
I
Y
 
A
P
 
P
A
 
K
L
 
A
F
 
M
V
 
S
A
 
E
L
 
V
A
 
C
Q
 
A
A
 
V
V
 
A
A
 
I
G
 
A
Q
 
K
R
 
D
L
 
E
E
 
Q
H
 
Q
A
 
A
R
 
K
R
 
T
L
 
L
F
 
N
H
 
N
A
 
K
V
 
I
M
 
A
P
 
N
V
 
L
I
 
H
K
 
N
L
 
I
L
 
L
F
|
F
A
 
C
E
 
E
P
 
S
N
|
N
P
 
P
G
 
I
P
 
P
L
 
V
K
 
K
A
 
W
M
 
A
L
 
L
A
 
H
R
 
E
E
 
M
G
 
G
W
 
L
T
 
I
R
 
D
N
 
T
E
 
G
L
 
I
R
 
R
A
 
L
P
 
P
M
 
L

7kg2A Dihydrodipicolinate synthase (dhdps) from c.Jejuni, h59k mutant with pyruvate bound in the active site and l-histidine bound at the allosteric site
30% identity, 88% coverage: 13:277/302 of query aligns to 6:275/296 of 7kg2A

query
sites
7kg2A
G
 
G
I
 
A
W
 
M
L
 
T
P
 
A
L
 
L
V
 
I
T
 
T
P
 
P
F
 
F
A
 
K
D
 
N
G
 
G
S
 
K
V
 
V
D
 
D
F
 
E
P
 
Q
A
 
S
L
 
Y
A
 
A
R
 
R
L
 
L
V
 
I
A
 
K
H
 
R
Y
 
Q
A
 
I
G
 
E
S
 
N
G
 
G
I
 
I
A
 
D
G
 
A
I
 
V
V
 
V
V
 
P
C
 
V
G
 
G
S
 
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
A
x
S
A
|
A
A
 
T
L
|
L
D
 
T
E
 
H
A
 
E
E
 
E
Q
x
K
L
 
R
A
 
T
V
 
C
L
 
I
D
 
E
T
 
I
V
 
A
L
 
V
A
 
E
S
 
T
A
 
C
-
 
K
G
 
G
S
 
T
L
 
K
P
 
V
V
 
K
M
 
V
M
 
L
G
 
A
V
 
G
A
 
A
G
 
G
S
 
S
Q
x
N
V
 
A
K
 
T
Q
 
H
V
x
E
Q
 
A
A
 
V
R
 
G
V
 
L
R
 
A
R
 
K
L
 
F
A
 
A
G
 
K
L
 
E
P
 
H
L
 
G
A
 
A
-
 
D
G
 
G
L
 
I
L
 
L
A
 
S
P
 
V
A
 
A
P
 
P
Y
|
Y
Y
 
Y
V
 
N
R
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
A
 
Q
G
 
G
L
 
L
L
 
Y
D
 
E
Y
 
H
F
 
Y
R
 
K
T
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
Q
S
 
S
A
 
V
A
 
D
A
 
I
P
 
P
L
 
V
V
 
L
L
 
L
Y
 
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
Y
 
G
R
 
R
T
 
T
G
 
G
V
 
C
K
 
E
L
 
I
E
 
S
T
 
T
E
 
D
T
 
T
I
 
I
L
 
I
A
 
K
L
 
L
A
 
F
A
 
R
H
 
D
-
 
C
P
 
E
N
 
N
I
 
I
R
 
Y
A
 
G
I
 
V
K
 
K
D
 
E
C
 
A
G
 
S
G
 
G
D
 
N
Y
 
I
H
 
D
G
 
K
T
 
C
Q
 
V
A
 
D
V
 
L
I
 
L
A
 
A
-
 
H
D
 
E
A
 
P
R
 
R
L
 
M
S
 
M
V
 
L
L
 
I
A
 
S
G
 
G
E
 
E
D
 
D
H
 
A
Q
 
I
L
 
N
L
 
Y
G
 
P
T
 
I
L
 
L
C
 
S
L
 
N
G
 
G
G
 
G
A
 
K
G
 
G
A
 
V
I
 
I
I
 
S
A
 
V
S
 
T
A
 
S
H
 
N
L
 
L
Y
 
L
P
 
P
A
 
D
L
 
M
F
 
I
V
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
T
Q
 
H
A
 
F
V
 
A
A
 
L
G
 
D
Q
 
E
R
 
N
L
 
Y
E
 
K
H
 
E
A
 
A
R
 
K
R
 
K
L
 
I
F
 
N
H
 
D
A
 
E
V
 
L
M
 
Y
P
 
N
V
 
I
I
 
N
K
 
K
L
 
I
L
 
L
F
 
F
A
 
C
E
 
E
P
 
S
N
 
N
P
 
P
G
 
I
P
 
P
L
 
I
K
 
K
A
 
T
M
 
A
L
 
M
A
 
Y
R
 
L
E
 
A
G
 
G
W
 
L
T
 
I
R
 
E
N
 
S
-
 
L
E
 
E
L
 
F
R
 
R
A
 
L
P
 
P
M
 
L
K
 
C
S
 
S

4m19A Dihydrodipicolinate synthase from c. Jejuni with pyruvate bound to the active site and lysine bound to allosteric site (see paper)
30% identity, 88% coverage: 13:277/302 of query aligns to 6:275/296 of 4m19A

query
sites
4m19A
G
 
G
I
 
A
W
 
M
L
 
T
P
 
A
L
 
L
V
 
I
T
 
T
P
 
P
F
 
F
A
 
K
D
 
N
G
 
G
S
 
K
V
 
V
D
 
D
F
 
E
P
 
Q
A
 
S
L
 
Y
A
 
A
R
 
R
L
 
L
V
 
I
A
 
K
H
 
R
Y
 
Q
A
 
I
G
 
E
S
 
N
G
 
G
I
 
I
A
 
D
G
 
A
I
 
V
V
 
V
V
 
P
C
 
V
G
 
G
S
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
A
x
S
A
|
A
A
 
T
L
|
L
D
 
T
E
x
H
A
 
E
E
 
E
Q
x
H
L
 
R
A
 
T
V
 
C
L
 
I
D
 
E
T
 
I
V
 
A
L
 
V
A
 
E
S
 
T
A
 
C
-
 
K
G
 
G
S
 
T
L
 
K
P
 
V
V
 
K
M
 
V
M
 
L
G
 
A
V
 
G
A
 
A
G
 
G
S
 
S
Q
x
N
V
 
A
K
 
T
Q
 
H
V
x
E
Q
 
A
A
 
V
R
 
G
V
 
L
R
 
A
R
 
K
L
 
F
A
 
A
G
 
K
L
 
E
P
 
H
L
 
G
A
 
A
-
 
D
G
 
G
L
 
I
L
 
L
A
 
S
P
 
V
A
 
A
P
 
P
Y
|
Y
Y
|
Y
V
 
N
R
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
A
 
Q
G
 
G
L
 
L
L
 
Y
D
 
E
Y
 
H
F
 
Y
R
 
K
T
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
Q
S
 
S
A
 
V
A
 
D
A
 
I
P
 
P
L
 
V
V
 
L
L
 
L
Y
|
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
Y
 
G
R
|
R
T
 
T
G
 
G
V
 
C
K
 
E
L
 
I
E
 
S
T
 
T
E
 
D
T
 
T
I
 
I
L
 
I
A
 
K
L
 
L
A
 
F
A
 
R
H
 
D
-
 
C
P
 
E
N
 
N
I
 
I
R
 
Y
A
 
G
I
 
V
K
|
K
D
 
E
C
 
A
G
 
S
G
 
G
D
 
N
Y
 
I
H
 
D
G
 
K
T
 
C
Q
 
V
A
 
D
V
 
L
I
 
L
A
 
A
-
 
H
D
 
E
A
 
P
R
 
R
L
 
M
S
 
M
V
 
L
L
 
I
A
 
S
G
 
G
E
 
E
D
 
D
H
 
A
Q
 
I
L
 
N
L
 
Y
G
 
P
T
 
I
L
 
L
C
 
S
L
 
N
G
 
G
G
 
G
A
 
K
G
 
G
A
 
V
I
|
I
I
 
S
A
 
V
S
 
T
A
 
S
H
 
N
L
 
L
Y
 
L
P
 
P
A
 
D
L
 
M
F
 
I
V
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
T
Q
 
H
A
 
F
V
 
A
A
 
L
G
 
D
Q
 
E
R
 
N
L
 
Y
E
 
K
H
 
E
A
 
A
R
 
K
R
 
K
L
 
I
F
 
N
H
 
D
A
 
E
V
 
L
M
 
Y
P
 
N
V
 
I
I
 
N
K
 
K
L
 
I
L
 
L
F
 
F
A
 
C
E
 
E
P
 
S
N
 
N
P
 
P
G
 
I
P
 
P
L
 
I
K
 
K
A
 
T
M
 
A
L
 
M
A
 
Y
R
 
L
E
 
A
G
 
G
W
 
L
T
 
I
R
 
E
N
 
S
-
 
L
E
 
E
L
 
F
R
 
R
A
 
L
P
 
P
M
 
L
K
 
C
S
 
S

6u01B Dihydrodipicolinate synthase (dhdps) from c.Jejuni, n84d mutant with pyruvate bound in the active site (see paper)
30% identity, 88% coverage: 13:277/302 of query aligns to 6:275/296 of 6u01B

query
sites
6u01B
G
 
G
I
 
A
W
 
M
L
 
T
P
 
A
L
 
L
V
 
I
T
 
T
P
 
P
F
 
F
A
 
K
D
 
N
G
 
G
S
 
K
V
 
V
D
 
D
F
 
E
P
 
Q
A
 
S
L
 
Y
A
 
A
R
 
R
L
 
L
V
 
I
A
 
K
H
 
R
Y
 
Q
A
 
I
G
 
E
S
 
N
G
 
G
I
 
I
A
 
D
G
 
A
I
 
V
V
 
V
V
 
P
C
 
V
G
 
G
S
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
A
 
S
A
 
A
A
 
T
L
 
L
D
 
T
E
 
H
A
 
E
E
 
E
Q
 
H
L
 
R
A
 
T
V
 
C
L
 
I
D
 
E
T
 
I
V
 
A
L
 
V
A
 
E
S
 
T
A
 
C
-
 
K
G
 
G
S
 
T
L
 
K
P
 
V
V
 
K
M
 
V
M
 
L
G
 
A
V
 
G
A
 
A
G
 
G
S
 
S
Q
 
D
V
 
A
K
 
T
Q
 
H
V
 
E
Q
 
A
A
 
V
R
 
G
V
 
L
R
 
A
R
 
K
L
 
F
A
 
A
G
 
K
L
 
E
P
 
H
L
 
G
A
 
A
-
 
D
G
 
G
L
 
I
L
 
L
A
 
S
P
 
V
A
 
A
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
V
 
N
R
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
A
 
Q
G
 
G
L
 
L
L
 
Y
D
 
E
Y
 
H
F
 
Y
R
 
K
T
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
Q
S
 
S
A
 
V
A
 
D
A
 
I
P
 
P
L
 
V
V
 
L
L
 
L
Y
|
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
Y
 
G
R
|
R
T
 
T
G
 
G
V
 
C
K
 
E
L
 
I
E
 
S
T
 
T
E
 
D
T
 
T
I
 
I
L
 
I
A
 
K
L
 
L
A
 
F
A
 
R
H
 
D
-
 
C
P
 
E
N
 
N
I
 
I
R
 
Y
A
 
G
I
 
V
K
|
K
D
 
E
C
 
A
G
 
S
G
 
G
D
 
N
Y
 
I
H
 
D
G
 
K
T
 
C
Q
 
V
A
 
D
V
 
L
I
 
L
A
 
A
-
 
H
D
 
E
A
 
P
R
 
R
L
 
M
S
 
M
V
 
L
L
 
I
A
x
S
G
 
G
E
|
E
D
|
D
H
 
A
Q
 
I
L
x
N
L
 
Y
G
 
P
T
 
I
L
 
L
C
 
S
L
 
N
G
 
G
G
 
G
A
 
K
G
 
G
A
 
V
I
|
I
I
 
S
A
 
V
S
 
T
A
 
S
H
 
N
L
 
L
Y
 
L
P
 
P
A
 
D
L
 
M
F
 
I
V
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
T
Q
 
H
A
 
F
V
 
A
A
 
L
G
 
D
Q
 
E
R
 
N
L
 
Y
E
 
K
H
 
E
A
 
A
R
 
K
R
 
K
L
 
I
F
 
N
H
 
D
A
 
E
V
 
L
M
 
Y
P
 
N
V
 
I
I
 
N
K
 
K
L
 
I
L
 
L
F
 
F
A
 
C
E
 
E
P
 
S
N
 
N
P
 
P
G
 
I
P
 
P
L
 
I
K
 
K
A
 
T
M
 
A
L
 
M
A
 
Y
R
 
L
E
 
A
G
 
G
W
 
L
T
 
I
R
 
E
N
 
S
-
 
L
E
 
E
L
 
F
R
 
R
A
 
L
P
 
P
M
 
L
K
 
C
S
 
S

7kkdB Dihydrodipicolinate synthase (dhdps) from c.Jejuni, n84a mutant with pyruvate bound in the active site and r,r-bislysine bound at the allosteric site
30% identity, 88% coverage: 13:277/302 of query aligns to 16:285/306 of 7kkdB

query
sites
7kkdB
G
 
G
I
 
A
W
 
M
L
 
T
P
 
A
L
 
L
V
 
I
T
 
T
P
 
P
F
 
F
A
 
K
D
 
N
G
 
G
S
 
K
V
 
V
D
 
D
F
 
E
P
 
Q
A
 
S
L
 
Y
A
 
A
R
 
R
L
 
L
V
 
I
A
 
K
H
 
R
Y
 
Q
A
 
I
G
 
E
S
 
N
G
 
G
I
 
I
A
 
D
G
 
A
I
 
V
V
 
V
V
 
P
C
 
V
G
 
G
S
 
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
A
x
S
A
 
A
A
 
T
L
|
L
D
 
T
E
 
H
A
 
E
E
 
E
Q
x
H
L
 
R
A
 
T
V
 
C
L
 
I
D
 
E
T
 
I
V
 
A
L
 
V
A
 
E
S
 
T
A
 
C
-
 
K
G
 
G
S
 
T
L
 
K
P
 
V
V
 
K
M
 
V
M
 
L
G
 
A
V
 
G
A
 
A
G
 
G
S
 
S
Q
 
A
V
 
A
K
 
T
Q
 
H
V
x
E
Q
 
A
A
 
V
R
 
G
V
 
L
R
 
A
R
 
K
L
 
F
A
 
A
G
 
K
L
 
E
P
 
H
L
 
G
A
 
A
-
 
D
G
 
G
L
 
I
L
 
L
A
 
S
P
 
V
A
 
A
P
 
P
Y
|
Y
Y
 
Y
V
 
N
R
 
K
P
 
P
S
 
T
Q
 
Q
A
 
Q
G
 
G
L
 
L
L
 
Y
D
 
E
Y
 
H
F
 
Y
R
 
K
T
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
Q
S
 
S
A
 
V
A
 
D
A
 
I
P
 
P
L
 
V
V
 
L
L
 
L
Y
 
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
Y
 
G
R
 
R
T
 
T
G
 
G
V
 
C
K
 
E
L
 
I
E
 
S
T
 
T
E
 
D
T
 
T
I
 
I
L
 
I
A
 
K
L
 
L
A
 
F
A
 
R
H
 
D
-
 
C
P
 
E
N
 
N
I
 
I
R
 
Y
A
 
G
I
 
V
K
 
K
D
 
E
C
 
A
G
 
S
G
 
G
D
 
N
Y
 
I
H
 
D
G
 
K
T
 
C
Q
 
V
A
 
D
V
 
L
I
 
L
A
 
A
-
 
H
D
 
E
A
 
P
R
 
R
L
 
M
S
 
M
V
 
L
L
 
I
A
 
S
G
 
G
E
 
E
D
 
D
H
 
A
Q
 
I
L
 
N
L
 
Y
G
 
P
T
 
I
L
 
L
C
 
S
L
 
N
G
 
G
G
 
G
A
 
K
G
 
G
A
 
V
I
 
I
I
 
S
A
 
V
S
 
T
A
 
S
H
 
N
L
 
L
Y
 
L
P
 
P
A
 
D
L
 
M
F
 
I
V
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
T
Q
 
H
A
 
F
V
 
A
A
 
L
G
 
D
Q
 
E
R
 
N
L
 
Y
E
 
K
H
 
E
A
 
A
R
 
K
R
 
K
L
 
I
F
 
N
H
 
D
A
 
E
V
 
L
M
 
Y
P
 
N
V
 
I
I
 
N
K
 
K
L
 
I
L
 
L
F
 
F
A
 
C
E
 
E
P
 
S
N
 
N
P
 
P
G
 
I
P
 
P
L
 
I
K
 
K
A
 
T
M
 
A
L
 
M
A
 
Y
R
 
L
E
 
A
G
 
G
W
 
L
T
 
I
R
 
E
N
 
S
-
 
L
E
 
E
L
 
F
R
 
R
A
 
L
P
 
P
M
 
L
K
 
C
S
 
S

5t25A Kinetic, spectral and structural characterization of the slow binding inhibitor acetopyruvate with dihydrodipicolinate synthase from escherichia coli.
32% identity, 92% coverage: 11:289/302 of query aligns to 3:290/293 of 5t25A

query
sites
5t25A
F
 
F
S
 
T
G
 
G
I
 
S
W
 
I
L
 
V
P
 
A
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
M
A
 
D
D
 
E
-
 
K
G
 
G
S
 
N
V
 
V
D
 
C
F
 
R
P
 
A
A
 
S
L
 
L
A
 
K
R
 
K
L
 
L
V
 
I
A
 
D
H
 
Y
Y
 
H
A
 
V
G
 
A
S
 
S
G
 
G
I
 
T
A
 
S
G
 
A
I
 
I
V
 
V
V
 
S
C
 
V
G
 
G
S
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
A
 
S
A
|
A
A
 
T
L
|
L
D
 
N
E
x
H
A
 
D
E
 
E
Q
 
H
L
 
A
A
 
D
V
 
V
L
 
V
D
 
M
T
 
M
V
 
T
L
 
L
A
 
D
S
 
L
A
 
A
-
 
D
G
 
G
S
 
R
L
 
I
P
 
P
V
 
V
M
 
I
M
 
A
G
 
G
V
 
T
A
 
G
G
 
A
S
x
N
Q
 
A
V
 
T
K
 
A
Q
x
E
V
 
A
Q
 
I
A
 
S
R
 
L
V
 
T
R
 
Q
R
 
R
L
 
F
A
 
N
G
 
D
L
 
S
P
 
G
L
 
I
A
 
V
G
 
G
L
 
C
L
 
L
A
 
T
P
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
|
Y
Y
|
Y
V
 
N
R
 
R
P
 
P
S
 
S
Q
 
Q
A
 
E
G
 
G
L
 
L
L
 
Y
D
 
Q
Y
 
H
F
 
F
R
 
K
T
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
E
S
 
H
A
 
T
A
 
D
A
 
L
P
 
P
L
 
Q
V
 
I
L
 
L
Y
|
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
Y
 
S
R
|
R
T
 
T
G
 
G
V
 
C
K
 
D
L
 
L
E
 
L
T
 
P
E
 
E
T
 
T
I
 
V
L
 
G
A
 
R
L
 
L
A
 
A
A
 
K
H
 
V
P
 
K
N
 
N
I
 
I
R
 
I
A
 
G
I
 
I
K
|
K
D
 
E
C
 
A
G
 
T
G
 
G
D
 
N
-
 
L
-
 
T
-
 
R
Y
 
V
H
 
N
G
 
Q
T
 
I
Q
 
K
A
 
E
V
 
L
I
 
V
A
 
S
D
 
D
A
 
-
R
 
D
L
 
F
S
 
V
V
 
L
L
 
L
A
 
S
G
 
G
E
 
D
D
 
D
H
 
A
Q
 
S
L
 
A
L
 
L
G
 
D
T
 
F
L
 
M
C
 
Q
L
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
H
G
 
G
A
 
V
I
|
I
I
 
S
A
 
V
S
 
T
A
 
A
H
 
N
L
 
V
Y
 
A
P
 
A
A
 
R
L
 
D
F
 
M
V
 
A
A
 
Q
L
 
M
A
 
C
Q
 
K
A
 
L
V
 
A
A
 
A
G
 
E
Q
 
G
R
 
H
L
 
F
E
 
A
H
 
E
A
 
A
R
 
R
R
 
V
L
 
I
F
 
N
H
 
Q
A
 
R
V
 
L
M
 
M
P
 
P
V
 
L
I
 
H
K
 
N
L
 
K
L
 
L
F
 
F
A
 
V
E
 
E
P
 
P
N
 
N
P
 
P
G
 
I
P
 
P
L
 
V
K
 
K
A
 
W
M
 
A
L
 
C
A
 
K
R
 
E
E
 
L
G
 
G
W
 
L
T
 
V
-
 
A
R
 
T
N
 
D
E
 
T
L
 
L
R
 
R
A
 
L
P
 
P
M
 
M
-
 
T
-
 
P
-
 
I
-
 
T
K
 
D
S
 
S
A
 
G
G
 
R
A
 
E
A
 
T
L
 
V
E
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
K
Q
 
H
A
 
A

2atsA Dihydrodipicolinate synthase co-crystallised with (s)-lysine
32% identity, 92% coverage: 11:289/302 of query aligns to 2:289/292 of 2atsA

query
sites
2atsA
F
 
F
S
 
T
G
 
G
I
 
S
W
 
I
L
 
V
P
 
A
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
M
A
 
D
D
 
E
-
 
K
G
 
G
S
 
N
V
 
V
D
 
C
F
 
R
P
 
A
A
 
S
L
 
L
A
 
K
R
 
K
L
 
L
V
 
I
A
 
D
H
 
Y
Y
 
H
A
 
V
G
 
A
S
 
S
G
 
G
I
 
T
A
 
S
G
 
A
I
 
I
V
 
V
V
 
S
C
 
V
G
 
G
S
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
A
 
S
A
|
A
A
 
T
L
|
L
D
 
N
E
x
H
A
 
D
E
 
E
Q
x
H
L
 
A
A
 
D
V
 
V
L
 
V
D
 
M
T
 
M
V
 
T
L
 
L
A
 
D
S
 
L
A
 
A
-
 
D
G
 
G
S
 
R
L
 
I
P
 
P
V
 
V
M
 
I
M
 
A
G
 
G
V
 
T
A
 
G
G
 
A
S
x
N
Q
 
A
V
 
T
K
 
A
Q
x
E
V
 
A
Q
 
I
A
 
S
R
 
L
V
 
T
R
 
Q
R
 
R
L
 
F
A
 
N
G
 
D
L
 
S
P
 
G
L
 
I
A
 
V
G
 
G
L
 
C
L
 
L
A
 
T
P
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
|
Y
Y
|
Y
V
 
N
R
 
R
P
 
P
S
 
S
Q
 
Q
A
 
E
G
 
G
L
 
L
L
 
Y
D
 
Q
Y
 
H
F
 
F
R
 
K
T
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
E
S
 
H
A
 
T
A
 
D
A
 
L
P
 
P
L
 
Q
V
 
I
L
 
L
Y
|
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
Y
 
S
R
|
R
T
 
T
G
 
G
V
 
C
K
 
D
L
 
L
E
 
L
T
 
P
E
 
E
T
 
T
I
 
V
L
 
G
A
 
R
L
 
L
A
 
A
A
 
K
H
 
V
P
 
K
N
 
N
I
 
I
R
 
I
A
 
G
I
 
I
K
|
K
D
 
E
C
 
A
G
 
T
G
 
G
D
 
N
-
 
L
-
 
T
-
 
R
Y
 
V
H
 
N
G
 
Q
T
 
I
Q
 
K
A
 
E
V
 
L
I
 
V
A
 
S
D
 
D
A
 
-
R
 
D
L
 
F
S
 
V
V
 
L
L
 
L
A
 
S
G
 
G
E
 
D
D
 
D
H
 
A
Q
 
S
L
 
A
L
 
L
G
 
D
T
 
F
L
 
M
C
 
Q
L
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
H
G
 
G
A
 
V
I
|
I
I
 
S
A
 
V
S
 
T
A
 
A
H
 
N
L
 
V
Y
 
A
P
 
A
A
 
R
L
 
D
F
 
M
V
 
A
A
 
Q
L
 
M
A
 
C
Q
 
K
A
 
L
V
 
A
A
 
A
G
 
E
Q
 
G
R
 
H
L
 
F
E
 
A
H
 
E
A
 
A
R
 
R
R
 
V
L
 
I
F
 
N
H
 
Q
A
 
R
V
 
L
M
 
M
P
 
P
V
 
L
I
 
H
K
 
N
L
 
K
L
 
L
F
 
F
A
 
V
E
 
E
P
 
P
N
 
N
P
 
P
G
 
I
P
 
P
L
 
V
K
 
K
A
 
W
M
 
A
L
 
C
A
 
K
R
 
E
E
 
L
G
 
G
W
 
L
T
 
V
-
 
A
R
 
T
N
 
D
E
 
T
L
 
L
R
 
R
A
 
L
P
 
P
M
 
M
-
 
T
-
 
P
-
 
I
-
 
T
K
 
D
S
 
S
A
 
G
G
 
R
A
 
E
A
 
T
L
 
V
E
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
K
Q
 
H
A
 
A

P0A6L2 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; EC 4.3.3.7 from Escherichia coli (strain K12) (see 7 papers)
32% identity, 92% coverage: 11:289/302 of query aligns to 2:289/292 of P0A6L2

query
sites
P0A6L2
F
 
F
S
 
T
G
 
G
I
 
S
W
 
I
L
 
V
P
 
A
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
M
A
 
D
D
 
E
-
 
K
G
 
G
S
 
N
V
 
V
D
 
C
F
 
R
P
 
A
A
 
S
L
 
L
A
 
K
R
 
K
L
 
L
V
 
I
A
 
D
H
 
Y
Y
 
H
A
 
V
G
 
A
S
 
S
G
 
G
I
 
T
A
 
S
G
 
A
I
 
I
V
 
V
V
 
S
C
 
V
G
 
G
S
x
T
T
|
T
G
 
G
E
 
E
A
 
S
A
 
A
A
 
T
L
 
L
D
 
N
E
 
H
A
 
D
E
 
E
Q
 
H
L
 
A
A
 
D
V
 
V
L
 
V
D
 
M
T
 
M
V
 
T
L
 
L
A
 
D
S
 
L
A
 
A
-
 
D
G
 
G
S
 
R
L
 
I
P
 
P
V
 
V
M
 
I
M
 
A
G
 
G
V
 
T
A
 
G
G
 
A
S
 
N
Q
 
A
V
 
T
K
 
A
Q
 
E
V
 
A
Q
 
I
A
 
S
R
 
L
V
 
T
R
 
Q
R
 
R
L
 
F
A
 
N
G
 
D
L
 
S
P
 
G
L
 
I
A
 
V
G
 
G
L
 
C
L
 
L
A
 
T
P
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
V
 
N
R
 
R
P
 
P
S
 
S
Q
 
Q
A
 
E
G
 
G
L
 
L
L
 
Y
D
 
Q
Y
 
H
F
 
F
R
 
K
T
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
E
S
 
H
A
 
T
A
 
D
A
 
L
P
 
P
L
 
Q
V
 
I
L
 
L
Y
|
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
Y
 
S
R
|
R
T
 
T
G
 
G
V
 
C
K
 
D
L
 
L
E
 
L
T
 
P
E
 
E
T
 
T
I
 
V
L
 
G
A
 
R
L
 
L
A
 
A
A
 
K
H
 
V
P
 
K
N
 
N
I
 
I
R
 
I
A
 
G
I
 
I
K
|
K
D
 
E
C
 
A
G
 
T
G
 
G
D
 
N
-
 
L
-
 
T
-
 
R
Y
 
V
H
 
N
G
 
Q
T
 
I
Q
 
K
A
 
E
V
 
L
I
 
V
A
 
S
D
 
D
A
 
-
R
 
D
L
 
F
S
 
V
V
 
L
L
 
L
A
 
S
G
 
G
E
 
D
D
 
D
H
 
A
Q
 
S
L
 
A
L
 
L
G
 
D
T
 
F
L
 
M
C
 
Q
L
|
L
G
 
G
G
 
G
A
 
H
G
 
G
A
 
V
I
|
I
I
 
S
A
 
V
S
 
T
A
 
A
H
 
N
L
 
V
Y
 
A
P
 
A
A
 
R
L
 
D
F
 
M
V
 
A
A
 
Q
L
 
M
A
 
C
Q
 
K
A
 
L
V
 
A
A
 
A
G
 
E
Q
 
G
R
 
H
L
 
F
E
 
A
H
 
E
A
 
A
R
 
R
R
 
V
L
 
I
F
 
N
H
 
Q
A
 
R
V
 
L
M
 
M
P
 
P
V
 
L
I
 
H
K
 
N
L
 
K
L
 
L
F
 
F
A
 
V
E
 
E
P
 
P
N
 
N
P
 
P
G
 
I
P
 
P
L
 
V
K
 
K
A
 
W
M
 
A
L
 
C
A
 
K
R
 
E
E
 
L
G
 
G
W
 
L
T
 
V
-
 
A
R
 
T
N
 
D
E
 
T
L
 
L
R
 
R
A
 
L
P
 
P
M
 
M
-
 
T
-
 
P
-
 
I
-
 
T
K
 
D
S
 
S
A
 
G
G
 
R
A
 
E
A
 
T
L
 
V
E
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
K
Q
 
H
A
 
A

1xxxA Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase (dapa, rv2753c) from mycobacterium tuberculosis (see paper)
36% identity, 76% coverage: 18:248/302 of query aligns to 15:247/296 of 1xxxA

query
sites
1xxxA
L
 
M
V
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
F
A
 
S
-
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
V
 
L
D
 
D
F
 
T
P
 
A
A
 
T
L
 
A
A
 
A
R
 
R
L
 
L
V
 
A
A
 
N
H
 
H
Y
 
L
A
 
V
G
 
D
S
 
Q
G
 
G
I
 
C
A
 
D
G
 
G
I
 
L
V
 
V
V
 
V
C
 
S
G
 
G
S
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
A
 
S
A
 
P
A
 
T
L
 
T
D
 
T
E
 
D
A
 
G
E
 
E
Q
 
K
L
 
I
A
 
E
V
 
L
L
 
L
D
 
R
T
 
A
V
 
V
L
 
L
A
 
E
S
 
A
A
 
V
G
 
G
S
 
D
L
 
R
P
 
A
V
 
R
M
 
V
M
 
I
G
 
A
V
 
G
A
 
A
G
 
G
S
 
T
Q
 
Y
V
 
D
K
 
T
Q
 
A
V
 
H
Q
 
S
A
 
I
R
 
R
V
 
L
R
 
A
R
 
K
L
 
A
A
 
C
G
 
A
L
 
A
P
 
E
L
 
G
A
 
A
-
 
H
G
 
G
L
 
L
L
 
L
A
 
V
P
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
V
 
S
R
 
K
P
 
P
S
 
P
Q
 
Q
A
 
R
G
 
G
L
 
L
L
 
Q
D
 
A
Y
 
H
F
 
F
R
 
T
T
 
A
L
 
V
A
 
A
D
 
D
S
 
A
A
 
T
A
 
E
A
 
L
P
 
P
L
 
M
V
 
L
L
 
L
Y
|
Y
D
 
D
I
 
I
P
 
P
Y
 
G
R
|
R
T
 
S
G
 
A
V
 
V
K
 
P
L
 
I
E
 
E
T
 
P
E
 
D
T
 
T
I
 
I
L
 
R
A
 
A
L
 
L
A
|
A
A
 
S
H
|
H
P
 
P
N
 
N
I
|
I
R
 
V
A
 
G
I
 
V
K
|
K
D
 
D
C
 
A
G
 
K
G
 
A
D
 
D
Y
 
L
H
 
H
G
 
S
T
 
G
Q
 
A
A
 
Q
V
 
I
I
 
M
A
 
A
D
 
D
A
 
T
R
 
G
L
 
L
S
 
A
V
 
Y
L
 
Y
A
 
S
G
 
G
E
 
D
D
 
D
H
 
A
Q
 
L
L
 
N
L
 
L
G
 
P
T
 
W
L
 
L
C
 
A
L
 
M
G
 
G
G
 
A
A
 
T
G
 
G
A
 
F
I
|
I
I
 
S
A
 
V
S
 
I
A
 
A
H
 
H
L
 
L
Y
 
A
P
 
A
A
 
G
L
 
Q
F
 
L
V
 
R
A
 
E
L
 
L
A
 
L
Q
 
S
A
 
A
V
 
F
A
 
G
G
 
S
Q
 
G
R
 
D
L
 
I
E
 
A
H
 
T
A
 
A
R
 
R
R
 
K
L
 
I
F
 
N
H
 
I
A
 
A
V
 
V
M
 
A
P
 
P
V
 
L
I
 
C
K
 
N
L
 
A
L
 
M

5j5dA Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from mycobacterium tuberculosis in complex with alpha-ketopimelic acid (see paper)
36% identity, 76% coverage: 18:248/302 of query aligns to 16:248/297 of 5j5dA

query
sites
5j5dA
L
 
M
V
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
F
A
 
S
-
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
V
 
L
D
 
D
F
 
T
P
 
A
A
 
T
L
 
A
A
 
A
R
 
R
L
 
L
V
 
A
A
 
N
H
 
H
Y
 
L
A
 
V
G
 
D
S
 
Q
G
 
G
I
 
C
A
 
D
G
 
G
I
 
L
V
 
V
V
 
V
C
 
S
G
 
G
S
x
T
T
|
T
G
 
G
E
 
E
A
 
S
A
 
P
A
 
T
L
 
T
D
 
T
E
 
D
A
 
G
E
 
E
Q
 
K
L
 
I
A
 
E
V
 
L
L
 
L
D
 
R
T
 
A
V
 
V
L
 
L
A
 
E
S
 
A
A
 
V
G
 
G
S
 
D
L
 
R
P
 
A
V
 
R
M
 
V
M
 
I
G
 
A
V
 
G
A
 
A
G
 
G
S
 
T
Q
 
Y
V
 
D
K
 
T
Q
 
A
V
 
H
Q
 
S
A
 
I
R
 
R
V
 
L
R
 
A
R
 
K
L
 
A
A
 
C
G
 
A
L
 
A
P
 
E
L
 
G
A
 
A
-
 
H
G
 
G
L
 
L
L
 
L
A
 
V
P
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
V
 
S
R
 
K
P
 
P
S
 
P
Q
 
Q
A
 
R
G
 
G
L
 
L
L
 
Q
D
 
A
Y
 
H
F
 
F
R
 
T
T
 
A
L
 
V
A
 
A
D
 
D
S
 
A
A
 
T
A
 
E
A
 
L
P
 
P
L
 
M
V
 
L
L
 
L
Y
|
Y
D
 
D
I
 
I
P
 
P
Y
 
G
R
|
R
T
 
S
G
 
A
V
 
V
K
 
P
L
 
I
E
 
E
T
 
P
E
 
D
T
 
T
I
 
I
L
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
S
H
 
H
P
 
P
N
 
N
I
 
I
R
 
V
A
 
G
I
 
V
K
|
K
D
 
D
C
 
A
G
 
K
G
 
A
D
 
D
Y
 
L
H
 
H
G
 
S
T
 
G
Q
 
A
A
 
Q
V
 
I
I
 
M
A
 
A
D
 
D
A
 
T
R
 
G
L
 
L
S
 
A
V
 
Y
L
 
Y
A
 
S
G
|
G
E
 
D
D
 
D
H
 
A
Q
 
L
L
 
N
L
 
L
G
 
P
T
 
W
L
 
L
C
 
A
L
 
M
G
 
G
G
 
A
A
 
T
G
 
G
A
 
F
I
|
I
I
 
S
A
 
V
S
 
I
A
 
A
H
 
H
L
 
L
Y
 
A
P
 
A
A
 
G
L
 
Q
F
 
L
V
 
R
A
 
E
L
 
L
A
 
L
Q
 
S
A
 
A
V
 
F
A
 
G
G
 
S
Q
 
G
R
 
D
L
 
I
E
 
A
H
 
T
A
 
A
R
 
R
R
 
K
L
 
I
F
 
N
H
 
I
A
 
A
V
 
V
M
 
A
P
 
P
V
 
L
I
 
C
K
 
N
L
 
A
L
 
M

Sites not aligning to the query:

P9WP25 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; EC 4.3.3.7 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see paper)
36% identity, 76% coverage: 18:248/302 of query aligns to 19:251/300 of P9WP25

query
sites
P9WP25
L
 
M
V
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
F
A
 
S
-
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
V
 
L
D
 
D
F
 
T
P
 
A
A
 
T
L
 
A
A
 
A
R
 
R
L
 
L
V
 
A
A
 
N
H
 
H
Y
 
L
A
 
V
G
 
D
S
 
Q
G
 
G
I
 
C
A
 
D
G
 
G
I
 
L
V
 
V
V
 
V
C
 
S
G
 
G
S
 
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
A
 
S
A
 
P
A
 
T
L
 
T
D
 
T
E
 
D
A
 
G
E
 
E
Q
 
K
L
 
I
A
 
E
V
 
L
L
 
L
D
 
R
T
 
A
V
 
V
L
 
L
A
 
E
S
 
A
A
 
V
G
 
G
S
 
D
L
 
R
P
 
A
V
 
R
M
 
V
M
 
I
G
 
A
V
 
G
A
 
A
G
 
G
S
 
T
Q
 
Y
V
 
D
K
 
T
Q
 
A
V
 
H
Q
 
S
A
 
I
R
 
R
V
 
L
R
 
A
R
 
K
L
 
A
A
 
C
G
 
A
L
 
A
P
 
E
L
 
G
A
 
A
-
 
H
G
 
G
L
 
L
L
 
L
A
 
V
P
 
V
A
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
V
 
S
R
 
K
P
 
P
S
 
P
Q
 
Q
A
 
R
G
 
G
L
 
L
L
 
Q
D
 
A
Y
 
H
F
 
F
R
 
T
T
 
A
L
 
V
A
 
A
D
 
D
S
 
A
A
 
T
A
 
E
A
 
L
P
 
P
L
 
M
V
 
L
L
 
L
Y
 
Y
D
 
D
I
 
I
P
 
P
Y
 
G
R
 
R
T
 
S
G
 
A
V
 
V
K
 
P
L
 
I
E
 
E
T
 
P
E
 
D
T
 
T
I
 
I
L
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
S
H
 
H
P
 
P
N
 
N
I
 
I
R
 
V
A
 
G
I
 
V
K
|
K
D
 
D
C
 
A
G
 
K
G
 
A
D
 
D
Y
 
L
H
 
H
G
 
S
T
 
G
Q
 
A
A
 
Q
V
 
I
I
 
M
A
 
A
D
 
D
A
 
T
R
 
G
L
 
L
S
 
A
V
 
Y
L
 
Y
A
 
S
G
 
G
E
 
D
D
 
D
H
 
A
Q
 
L
L
 
N
L
 
L
G
 
P
T
 
W
L
 
L
C
x
A
L
 
M
G
 
G
G
 
A
A
 
T
G
 
G
A
 
F
I
 
I
I
 
S
A
 
V
S
 
I
A
 
A
H
 
H
L
 
L
Y
 
A
P
 
A
A
 
G
L
 
Q
F
 
L
V
 
R
A
 
E
L
 
L
A
 
L
Q
 
S
A
 
A
V
 
F
A
 
G
G
 
S
Q
 
G
R
 
D
L
 
I
E
 
A
H
 
T
A
 
A
R
 
R
R
 
K
L
 
I
F
 
N
H
 
I
A
 
A
V
 
V
M
 
A
P
 
P
V
 
L
I
 
C
K
 
N
L
 
A
L
 
M

Query Sequence

>RR42_RS04230 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS04230
MQAVDQVQQAFSGIWLPLVTPFADGSVDFPALARLVAHYAGSGIAGIVVCGSTGEAAALD
EAEQLAVLDTVLASAGSLPVMMGVAGSQVKQVQARVRRLAGLPLAGLLAPAPYYVRPSQA
GLLDYFRTLADSAAAPLVLYDIPYRTGVKLETETILALAAHPNIRAIKDCGGDYHGTQAV
IADARLSVLAGEDHQLLGTLCLGGAGAIIASAHLYPALFVALAQAVAGQRLEHARRLFHA
VMPVIKLLFAEPNPGPLKAMLAREGWTRNELRAPMKSAGAALEAALAQACERLGAVVPEL
LG

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory