SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing RR42_RS06570 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS06570 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

5yssB Crystal structure of aminocaproic acid cyclase in complex with NAD (+) (see paper)
70% identity, 100% coverage: 2:258/258 of query aligns to 2:255/255 of 5yssB

query
sites
5yssB
L
 
L
K
 
T
G
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
A
L
 
L
V
 
V
T
 
T
G
|
G
S
 
S
T
|
T
S
|
S
G
|
G
I
|
I
G
 
G
L
 
L
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
A
 
V
L
 
L
A
 
A
A
 
Q
Q
 
A
G
 
G
A
 
A
N
 
T
I
 
L
I
 
I
V
 
L
N
 
N
G
|
G
F
|
F
G
 
G
D
 
D
A
 
V
E
 
D
A
 
A
A
 
A
K
 
K
R
 
D
E
 
A
I
 
V
A
 
A
Q
 
Q
A
 
Y
G
 
G
A
 
K
G
 
-
I
 
-
R
 
T
V
 
P
G
 
G
Y
 
Y
H
 
H
G
 
G
A
 
A
D
 
D
M
x
L
S
 
S
K
 
D
S
 
E
A
 
A
E
 
Q
I
 
I
E
 
A
D
 
D
M
 
M
M
 
M
R
 
R
Y
 
Y
A
 
A
D
 
E
A
 
S
E
 
E
F
 
F
G
 
G
G
 
G
A
 
V
D
 
D
I
 
I
L
 
L
V
 
I
N
 
N
N
|
N
A
 
A
G
|
G
I
|
I
Q
 
Q
H
 
H
V
 
V
A
 
S
N
 
P
I
 
I
E
 
E
D
 
T
F
 
F
P
 
P
P
 
V
E
 
D
R
 
K
W
 
W
D
 
N
A
 
A
I
 
I
I
 
I
A
 
A
I
 
I
N
 
N
L
 
L
T
 
S
S
 
S
A
 
V
F
 
F
H
 
H
T
 
T
T
 
T
R
 
R
L
 
L
A
 
A
L
 
L
P
 
P
G
 
G
M
 
M
K
 
R
R
 
A
K
 
R
D
 
N
W
 
W
G
 
G
R
 
R
I
 
I
I
 
I
N
 
N
I
 
I
A
|
A
S
 
S
A
 
V
H
 
H
G
 
G
L
 
L
V
 
V
A
 
A
S
 
S
A
 
K
Q
 
E
K
 
K
S
 
S
A
 
A
Y
|
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
K
|
K
H
 
H
G
 
G
I
 
V
V
 
V
G
 
G
L
 
L
T
 
T
K
 
K
V
 
T
T
 
I
A
 
A
L
 
L
E
 
E
T
 
T
A
 
A
Q
 
Q
T
 
T
G
 
E
V
 
I
T
 
T
A
 
C
N
 
N
A
 
A
I
 
L
C
 
C
P
|
P
G
|
G
W
 
W
V
|
V
L
 
L
T
|
T
P
 
P
L
 
L
V
 
V
Q
 
Q
K
 
Q
Q
 
Q
V
 
I
E
 
D
A
 
K
R
 
R
A
 
I
Q
 
A
K
 
E
D
 
G
G
 
A
I
 
E
P
 
P
V
 
-
E
 
E
Q
 
A
A
 
A
K
 
R
H
 
D
E
 
A
L
 
L
V
 
L
I
 
A
E
 
E
K
 
K
Q
 
Q
P
 
P
S
 
S
G
 
R
Q
 
E
F
 
F
V
 
V
T
 
T
P
 
P
D
 
E
E
 
Q
L
 
L
G
 
G
A
 
N
L
 
L
A
 
A
V
 
L
F
 
F
L
 
L
A
 
C
S
 
S
D
 
D
A
 
G
A
 
A
R
 
A
Q
 
Q
V
 
V
R
 
R
G
 
G
V
 
V
A
 
A
W
 
W
N
 
N
M
 
M
D
 
D
G
 
G
G
 
G
W
 
W
V
 
V
A
 
A
Q
 
Q

2q2qD Structure of d-3-hydroxybutyrate dehydrogenase from pseudomonas putida (see paper)
67% identity, 100% coverage: 2:258/258 of query aligns to 2:255/255 of 2q2qD

query
sites
2q2qD
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
A
L
 
L
V
 
V
T
 
T
G
|
G
S
 
S
T
|
T
S
|
S
G
|
G
I
|
I
G
 
G
L
 
L
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
A
 
V
L
 
L
A
 
A
A
 
R
Q
 
A
G
 
G
A
 
A
N
 
N
I
 
I
I
 
V
V
 
L
N
 
N
G
 
G
F
|
F
G
 
G
D
 
D
A
 
P
E
 
A
A
 
P
A
 
A
K
 
L
R
 
A
E
 
E
I
 
I
A
 
A
Q
 
R
A
 
H
G
 
G
A
 
-
G
 
-
I
 
V
R
 
K
V
 
A
G
 
V
Y
 
H
H
 
H
G
 
P
A
 
A
D
|
D
M
x
L
S
 
S
K
 
D
S
 
V
A
 
A
E
 
Q
I
 
I
E
 
E
D
 
A
M
 
L
M
 
F
R
 
A
Y
 
L
A
 
A
D
 
E
A
 
R
E
 
E
F
 
F
G
 
G
G
 
G
A
 
V
D
 
D
I
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
N
N
|
N
A
 
A
G
|
G
I
 
I
Q
 
Q
H
 
H
V
 
V
A
 
A
N
 
P
I
 
V
E
 
E
D
 
Q
F
 
F
P
 
P
P
 
L
E
 
E
R
 
S
W
 
W
D
 
D
A
 
K
I
 
I
I
 
I
A
 
A
I
x
L
N
 
N
L
 
L
T
 
S
S
 
A
A
 
V
F
 
F
H
 
H
T
 
G
T
 
T
R
 
R
L
 
L
A
 
A
L
 
L
P
 
P
G
 
G
M
 
M
K
 
R
R
 
A
K
 
R
D
 
N
W
 
W
G
 
G
R
 
R
I
 
I
I
 
I
N
 
N
I
|
I
A
 
A
S
|
S
A
 
V
H
 
H
G
 
G
L
 
L
V
 
V
A
 
G
S
 
S
A
 
T
Q
 
G
K
 
K
S
 
A
A
 
A
Y
|
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
K
|
K
H
 
H
G
 
G
I
 
V
V
 
V
G
 
G
L
 
L
T
 
T
K
 
K
V
 
V
T
 
V
A
 
G
L
 
L
E
 
E
T
 
T
A
 
A
Q
 
T
T
 
S
G
 
N
V
 
V
T
 
T
A
 
C
N
 
N
A
 
A
I
 
I
C
 
C
P
|
P
G
|
G
W
|
W
V
|
V
L
 
L
T
|
T
P
 
P
L
|
L
V
|
V
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
V
 
I
E
 
D
A
 
D
R
|
R
A
 
A
Q
 
A
K
 
N
D
 
G
G
 
G
I
 
D
P
 
P
V
 
L
E
 
-
Q
 
Q
A
 
A
K
 
Q
H
 
H
E
 
D
L
 
L
V
 
L
I
 
A
E
 
E
K
 
K
Q
 
Q
P
 
P
S
 
S
G
 
L
Q
 
A
F
 
F
V
 
V
T
 
T
P
 
P
D
 
E
E
 
H
L
 
L
G
 
G
A
 
E
L
 
L
A
 
V
V
 
L
F
 
F
L
 
L
A
 
C
S
 
S
D
 
E
A
 
A
A
 
G
R
 
S
Q
 
Q
V
 
V
R
 
R
G
 
G
V
 
A
A
 
A
W
 
W
N
 
N
M
 
V
D
 
D
G
 
G
G
 
G
W
 
W
V
 
L
A
 
A
Q
 
Q

2ztlA Closed conformation of d-3-hydroxybutyrate dehydrogenase complexed with NAD+ and l-3-hydroxybutyrate (see paper)
65% identity, 100% coverage: 1:258/258 of query aligns to 1:260/260 of 2ztlA

query
sites
2ztlA
M
 
M
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
V
A
 
A
L
 
V
V
 
V
T
 
T
G
|
G
S
 
S
T
 
T
S
 
S
G
|
G
I
|
I
G
 
G
L
 
L
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
T
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
A
 
A
N
 
D
I
 
I
I
 
V
V
 
L
N
 
N
G
 
G
F
|
F
G
 
G
D
 
D
A
 
A
E
 
-
A
 
-
A
 
A
K
 
E
R
 
I
E
 
E
I
 
K
A
 
V
Q
 
R
A
 
A
G
 
G
A
 
L
-
 
A
-
 
A
-
 
Q
-
 
H
G
 
G
I
 
V
R
 
K
V
 
V
G
 
L
Y
 
Y
H
 
D
G
 
G
A
 
A
D
 
D
M
x
L
S
 
S
K
 
K
S
 
G
A
 
E
E
 
A
I
 
V
E
 
R
D
 
G
M
 
L
M
 
V
R
 
D
Y
 
N
A
 
A
D
 
V
A
 
R
E
 
Q
F
 
M
G
 
G
G
 
R
A
 
I
D
 
D
I
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
N
N
|
N
A
|
A
G
|
G
I
 
I
Q
|
Q
H
 
H
V
 
T
A
 
A
N
 
L
I
 
I
E
 
E
D
 
D
F
 
F
P
 
P
P
 
T
E
 
E
R
 
K
W
 
W
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
L
A
 
A
I
x
L
N
|
N
L
 
L
T
 
S
S
 
A
A
 
V
F
 
F
H
 
H
T
 
G
T
 
T
R
 
A
L
 
A
A
 
A
L
 
L
P
 
P
G
 
H
M
 
M
K
 
K
R
 
K
K
 
Q
D
 
G
W
 
F
G
 
G
R
 
R
I
 
I
I
 
I
N
 
N
I
 
I
A
 
A
S
|
S
A
 
A
H
|
H
G
 
G
L
 
L
V
 
V
A
 
A
S
 
S
A
 
A
Q
 
N
K
|
K
S
 
S
A
 
A
Y
|
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
K
|
K
H
 
H
G
 
G
I
 
V
V
 
V
G
 
G
L
 
F
T
 
T
K
 
K
V
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
T
 
T
A
 
A
Q
 
G
T
 
Q
G
 
G
V
 
I
T
 
T
A
 
A
N
 
N
A
 
A
I
 
I
C
 
C
P
|
P
G
 
G
W
|
W
V
|
V
L
 
R
T
|
T
P
 
P
L
 
L
V
|
V
Q
 
E
K
 
K
Q
|
Q
V
 
I
E
 
S
A
 
A
R
x
L
A
 
A
Q
 
E
K
 
K
D
 
N
G
 
G
I
 
V
P
 
D
V
 
Q
E
 
E
Q
 
T
A
 
A
K
 
A
H
 
R
E
 
E
L
 
L
V
 
L
I
 
S
E
 
E
K
 
K
Q
 
Q
P
 
P
S
 
S
G
 
L
Q
 
Q
F
 
F
V
 
V
T
 
T
P
 
P
D
 
E
E
 
Q
L
 
L
G
 
G
A
 
G
L
 
T
A
 
A
V
 
V
F
 
F
L
 
L
A
 
A
S
 
S
D
 
D
A
 
A
A
 
A
R
 
A
Q
 
Q
V
 
I
R
 
T
G
 
G
V
 
T
A
 
T
W
 
V
N
 
S
M
 
V
D
 
D
G
 
G
G
 
G
W
 
W
V
 
T
A
 
A
Q
 
R

1wmbA Crystal structure of NAD dependent d-3-hydroxybutylate dehydrogenase (see paper)
65% identity, 100% coverage: 1:258/258 of query aligns to 1:260/260 of 1wmbA

query
sites
1wmbA
M
 
M
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
V
A
 
A
L
 
V
V
 
V
T
 
T
G
 
G
S
 
S
T
 
T
S
 
S
G
|
G
I
 
I
G
 
G
L
 
L
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
T
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
A
 
A
N
 
D
I
 
I
I
 
V
V
 
L
N
 
N
G
 
G
F
 
F
G
 
G
D
 
D
A
 
A
E
 
-
A
 
-
A
 
A
K
 
E
R
 
I
E
 
E
I
 
K
A
 
V
Q
 
R
A
 
A
G
 
G
A
 
L
-
 
A
-
 
A
-
 
Q
-
 
H
G
 
G
I
 
V
R
 
K
V
 
V
G
 
L
Y
 
Y
H
 
D
G
 
G
A
 
A
D
 
D
M
 
L
S
 
S
K
 
K
S
 
G
A
 
E
E
 
A
I
 
V
E
 
R
D
 
G
M
 
L
M
 
V
R
 
D
Y
 
N
A
 
A
D
 
V
A
 
R
E
 
Q
F
 
M
G
 
G
G
 
R
A
 
I
D
 
D
I
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
N
N
 
N
A
 
A
G
 
G
I
 
I
Q
 
Q
H
 
H
V
 
T
A
 
A
N
 
L
I
 
I
E
 
E
D
 
D
F
 
F
P
 
P
P
 
T
E
 
E
R
 
K
W
 
W
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
L
A
 
A
I
 
L
N
|
N
L
 
L
T
 
S
S
 
A
A
 
V
F
 
F
H
 
H
T
 
G
T
 
T
R
 
A
L
 
A
A
 
A
L
 
L
P
 
P
G
 
H
M
 
M
K
 
K
R
 
K
K
 
Q
D
 
G
W
 
F
G
 
G
R
 
R
I
 
I
I
 
I
N
 
N
I
 
I
A
 
A
S
|
S
A
 
A
H
 
H
G
 
G
L
 
L
V
 
V
A
 
A
S
 
S
A
 
A
Q
 
N
K
 
K
S
 
S
A
 
A
Y
|
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
K
|
K
H
 
H
G
 
G
I
 
V
V
 
V
G
 
G
L
 
F
T
 
T
K
 
K
V
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
T
 
T
A
 
A
Q
 
G
T
 
Q
G
 
G
V
 
I
T
 
T
A
 
A
N
 
N
A
 
A
I
 
I
C
 
C
P
 
P
G
 
G
W
 
W
V
 
V
L
 
R
T
 
T
P
 
P
L
 
L
V
 
V
Q
 
E
K
 
K
Q
 
Q
V
 
I
E
 
S
A
 
A
R
x
L
A
 
A
Q
 
E
K
 
K
D
 
N
G
 
G
I
 
V
P
 
D
V
 
Q
E
 
E
Q
 
T
A
 
A
K
 
A
H
 
R
E
 
E
L
 
L
V
 
L
I
 
S
E
 
E
K
 
K
Q
 
Q
P
 
P
S
 
S
G
 
L
Q
 
Q
F
 
F
V
 
V
T
 
T
P
 
P
D
 
E
E
 
Q
L
 
L
G
 
G
A
 
G
L
 
T
A
 
A
V
 
V
F
 
F
L
 
L
A
 
A
S
 
S
D
 
D
A
 
A
A
 
A
R
 
A
Q
 
Q
V
 
I
R
 
T
G
 
G
V
 
T
A
 
T
W
 
V
N
 
S
M
 
V
D
 
D
G
 
G
G
 
G
W
|
W
V
 
T
A
 
A
Q
 
R

5b4tA Crystal structure of d-3-hydroxybutyrate dehydrogenase from alcaligenes faecalis complexed with NAD+ and a substrate d-3- hydroxybutyrate (see paper)
60% identity, 100% coverage: 1:258/258 of query aligns to 1:260/260 of 5b4tA

query
sites
5b4tA
M
 
M
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
K
A
 
A
L
 
V
V
 
V
T
 
T
G
|
G
S
 
S
T
|
T
S
 
S
G
|
G
I
|
I
G
 
G
L
 
L
G
 
A
I
 
M
A
 
A
Q
 
T
A
 
E
L
 
L
A
 
A
A
 
K
Q
 
A
G
 
G
A
 
A
N
 
D
I
 
V
I
 
V
V
 
I
N
 
N
G
 
G
F
|
F
G
 
G
D
 
Q
A
 
P
E
 
E
A
 
D
A
 
I
K
 
E
R
 
R
E
 
E
I
 
R
A
 
S
-
 
T
-
 
L
Q
 
E
A
 
S
G
 
K
A
 
F
G
 
G
I
 
V
R
 
K
V
 
A
G
 
Y
Y
 
Y
H
 
L
G
 
N
A
 
A
D
|
D
M
x
L
S
 
S
K
 
D
S
 
A
A
 
Q
E
 
A
I
 
T
E
 
R
D
 
D
M
 
F
M
 
I
R
 
A
Y
 
K
A
 
A
D
 
A
A
 
E
E
 
A
F
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
L
D
 
D
I
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
N
N
|
N
A
 
A
G
|
G
I
 
I
Q
|
Q
H
 
H
V
 
T
A
 
A
N
 
P
I
 
I
E
 
E
D
 
E
F
 
F
P
 
P
P
 
V
E
 
D
R
 
K
W
 
W
D
 
N
A
 
A
I
 
I
I
 
I
A
 
A
I
x
L
N
|
N
L
 
L
T
 
S
S
 
A
A
 
V
F
 
F
H
 
H
T
 
G
T
 
T
R
 
A
L
 
A
A
 
A
L
 
L
P
 
P
G
 
I
M
 
M
K
 
Q
R
 
K
K
 
Q
D
 
G
W
 
W
G
 
G
R
 
R
I
 
I
I
 
I
N
 
N
I
|
I
A
 
A
S
|
S
A
 
A
H
|
H
G
 
G
L
 
L
V
 
V
A
 
A
S
 
S
A
 
V
Q
 
N
K
|
K
S
 
S
A
 
A
Y
|
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
K
|
K
H
 
H
G
 
G
I
 
V
V
 
V
G
 
G
L
 
L
T
 
T
K
 
K
V
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
T
 
N
A
 
A
Q
 
G
T
 
K
G
 
G
V
 
I
T
 
T
A
 
C
N
 
N
A
 
A
I
 
I
C
 
C
P
|
P
G
|
G
W
|
W
V
|
V
L
 
R
T
|
T
P
 
P
L
|
L
V
|
V
Q
 
E
K
 
K
Q
|
Q
V
 
I
E
 
E
A
 
A
R
x
I
A
 
S
Q
 
Q
K
 
Q
D
 
K
G
 
G
I
 
I
P
 
D
V
 
I
E
 
E
Q
 
A
A
 
A
K
 
A
H
 
R
E
 
E
L
 
L
V
 
L
I
 
A
E
 
E
K
 
K
Q
 
Q
P
 
P
S
 
S
G
 
L
Q
 
Q
F
 
F
V
 
V
T
 
T
P
 
P
D
 
E
E
 
Q
L
 
L
G
 
G
A
 
G
L
 
A
A
 
A
V
 
V
F
 
F
L
 
L
A
 
S
S
 
S
D
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
D
Q
 
Q
V
 
M
R
 
T
G
 
G
V
 
T
A
 
T
W
 
L
N
 
S
M
 
L
D
 
D
G
 
G
G
 
G
W
 
W
V
 
T
A
 
A
Q
 
R

3w8dA Crystal structure of d-3-hydroxybutyrate dehydrogenase from alcaligenes faecalis complexed with NAD+ and an inhibitor methylmalonate
60% identity, 100% coverage: 1:258/258 of query aligns to 1:260/260 of 3w8dA

query
sites
3w8dA
M
 
M
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
K
A
 
A
L
 
V
V
 
V
T
 
T
G
|
G
S
 
S
T
|
T
S
|
S
G
|
G
I
|
I
G
 
G
L
 
L
G
 
A
I
 
M
A
 
A
Q
 
T
A
 
E
L
 
L
A
 
A
A
 
K
Q
 
A
G
 
G
A
 
A
N
 
D
I
 
V
I
 
V
V
 
I
N
 
N
G
 
G
F
|
F
G
 
G
D
 
Q
A
 
P
E
 
E
A
 
D
A
 
I
K
 
E
R
 
R
E
 
E
I
 
R
A
 
S
-
 
T
-
 
L
Q
 
E
A
 
S
G
 
K
A
 
F
G
 
G
I
 
V
R
 
K
V
 
A
G
 
Y
Y
 
Y
H
 
L
G
 
N
A
|
A
D
|
D
M
x
L
S
 
S
K
 
D
S
 
A
A
 
Q
E
 
A
I
 
T
E
 
R
D
 
D
M
 
F
M
 
I
R
 
A
Y
 
K
A
 
A
D
 
A
A
 
E
E
 
A
F
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
L
D
 
D
I
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
N
N
|
N
A
|
A
G
|
G
I
 
I
Q
|
Q
H
 
H
V
 
T
A
 
A
N
 
P
I
 
I
E
 
E
D
 
E
F
 
F
P
 
P
P
 
V
E
 
D
R
 
K
W
 
W
D
 
N
A
 
A
I
 
I
I
 
I
A
 
A
I
x
L
N
|
N
L
 
L
T
 
S
S
 
A
A
 
V
F
 
F
H
 
H
T
 
G
T
 
T
R
 
A
L
 
A
A
 
A
L
 
L
P
 
P
G
 
I
M
 
M
K
 
Q
R
 
K
K
 
Q
D
 
G
W
 
W
G
 
G
R
 
R
I
 
I
I
 
I
N
 
N
I
 
I
A
 
A
S
|
S
A
 
A
H
|
H
G
 
G
L
 
L
V
 
V
A
 
A
S
 
S
A
 
V
Q
 
N
K
|
K
S
 
S
A
 
A
Y
|
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
K
|
K
H
 
H
G
 
G
I
 
V
V
 
V
G
 
G
L
 
L
T
 
T
K
 
K
V
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
T
 
N
A
 
A
Q
 
G
T
 
K
G
 
G
V
 
I
T
 
T
A
 
C
N
 
N
A
 
A
I
 
I
C
 
C
P
|
P
G
|
G
W
|
W
V
|
V
L
 
R
T
|
T
P
 
P
L
|
L
V
|
V
Q
 
E
K
 
K
Q
|
Q
V
 
I
E
 
E
A
 
A
R
x
I
A
 
S
Q
 
Q
K
 
Q
D
 
K
G
 
G
I
 
I
P
 
D
V
 
I
E
 
E
Q
 
A
A
 
A
K
 
A
H
 
R
E
 
E
L
 
L
V
 
L
I
 
A
E
 
E
K
 
K
Q
 
Q
P
 
P
S
 
S
G
 
L
Q
 
Q
F
 
F
V
 
V
T
 
T
P
 
P
D
 
E
E
 
Q
L
 
L
G
 
G
A
 
G
L
 
A
A
 
A
V
 
V
F
 
F
L
 
L
A
 
S
S
 
S
D
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
D
Q
 
Q
V
 
M
R
 
T
G
 
G
V
 
T
A
 
T
W
 
L
N
 
S
M
 
L
D
 
D
G
 
G
G
 
G
W
|
W
V
 
T
A
 
A
Q
 
R

3vdrA Crystal structure of d-3-hydroxybutyrate dehydrogenase, prepared in the presence of the substrate d-3-hydroxybutyrate and NAD(+) (see paper)
60% identity, 100% coverage: 1:258/258 of query aligns to 1:260/260 of 3vdrA

query
sites
3vdrA
M
 
M
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
K
A
 
A
L
 
V
V
 
V
T
 
T
G
|
G
S
 
S
T
|
T
S
 
S
G
|
G
I
|
I
G
 
G
L
 
L
G
 
A
I
 
M
A
 
A
Q
 
T
A
 
E
L
 
L
A
 
A
A
 
K
Q
 
A
G
 
G
A
 
A
N
 
D
I
 
V
I
 
V
V
 
I
N
 
N
G
 
G
F
|
F
G
 
G
D
 
Q
A
 
P
E
 
E
A
 
D
A
 
I
K
 
E
R
 
R
E
 
E
I
 
R
A
 
S
-
 
T
-
 
L
Q
 
E
A
 
S
G
 
K
A
 
F
G
 
G
I
 
V
R
 
K
V
 
A
G
 
Y
Y
 
Y
H
 
L
G
 
N
A
 
A
D
|
D
M
x
L
S
 
S
K
 
D
S
 
A
A
 
Q
E
 
A
I
 
T
E
 
R
D
 
D
M
 
F
M
 
I
R
 
A
Y
 
K
A
 
A
D
 
A
A
 
E
E
 
A
F
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
L
D
 
D
I
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
N
N
|
N
A
|
A
G
|
G
I
 
I
Q
|
Q
H
 
H
V
 
T
A
 
A
N
 
P
I
 
I
E
 
E
D
 
E
F
 
F
P
 
P
P
 
V
E
 
D
R
 
K
W
 
W
D
 
N
A
 
A
I
 
I
I
 
I
A
 
A
I
x
L
N
|
N
L
 
L
T
 
S
S
 
A
A
 
V
F
 
F
H
 
H
T
 
G
T
 
T
R
 
A
L
 
A
A
 
A
L
 
L
P
 
P
G
 
I
M
 
M
K
 
Q
R
 
K
K
 
Q
D
 
G
W
 
W
G
 
G
R
 
R
I
 
I
I
 
I
N
 
N
I
 
I
A
 
A
S
|
S
A
 
A
H
|
H
G
 
G
L
 
L
V
 
V
A
 
A
S
 
S
A
 
V
Q
 
N
K
|
K
S
 
S
A
 
A
Y
|
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
K
|
K
H
 
H
G
 
G
I
 
V
V
 
V
G
 
G
L
 
L
T
 
T
K
 
K
V
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
T
 
N
A
 
A
Q
 
G
T
 
K
G
 
G
V
 
I
T
 
T
A
 
C
N
 
N
A
 
A
I
 
I
C
 
C
P
 
P
G
|
G
W
|
W
V
|
V
L
 
R
T
|
T
P
 
P
L
|
L
V
|
V
Q
 
E
K
 
K
Q
|
Q
V
 
I
E
 
E
A
 
A
R
x
I
A
 
S
Q
 
Q
K
 
Q
D
 
K
G
 
G
I
 
I
P
 
D
V
 
I
E
 
E
Q
 
A
A
 
A
K
 
A
H
 
R
E
 
E
L
 
L
V
 
L
I
 
A
E
 
E
K
 
K
Q
 
Q
P
 
P
S
 
S
G
 
L
Q
 
Q
F
 
F
V
 
V
T
 
T
P
 
P
D
 
E
E
 
Q
L
 
L
G
 
G
A
 
G
L
 
A
A
 
A
V
 
V
F
 
F
L
 
L
A
 
S
S
 
S
D
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
D
Q
 
Q
V
 
M
R
 
T
G
 
G
V
 
T
A
 
T
W
 
L
N
 
S
M
 
L
D
 
D
G
 
G
G
 
G
W
|
W
V
 
T
A
 
A
Q
 
R

3vdqA Crystal structure of alcaligenes faecalis d-3-hydroxybutyrate dehydrogenase in complex with NAD(+) and acetate (see paper)
60% identity, 100% coverage: 1:258/258 of query aligns to 1:260/260 of 3vdqA

query
sites
3vdqA
M
 
M
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
K
A
 
A
L
 
V
V
 
V
T
 
T
G
|
G
S
 
S
T
 
T
S
|
S
G
|
G
I
|
I
G
 
G
L
 
L
G
 
A
I
 
M
A
 
A
Q
 
T
A
 
E
L
 
L
A
 
A
A
 
K
Q
 
A
G
 
G
A
 
A
N
 
D
I
 
V
I
 
V
V
 
I
N
 
N
G
 
G
F
|
F
G
 
G
D
 
Q
A
 
P
E
 
E
A
 
D
A
 
I
K
 
E
R
 
R
E
 
E
I
 
R
A
 
S
-
 
T
-
 
L
Q
 
E
A
 
S
G
 
K
A
 
F
G
 
G
I
 
V
R
 
K
V
 
A
G
 
Y
Y
 
Y
H
 
L
G
 
N
A
 
A
D
|
D
M
x
L
S
 
S
K
 
D
S
 
A
A
 
Q
E
 
A
I
 
T
E
 
R
D
 
D
M
 
F
M
 
I
R
 
A
Y
 
K
A
 
A
D
 
A
A
 
E
E
 
A
F
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
L
D
 
D
I
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
N
N
|
N
A
|
A
G
|
G
I
 
I
Q
|
Q
H
 
H
V
 
T
A
 
A
N
 
P
I
 
I
E
 
E
D
 
E
F
 
F
P
 
P
P
 
V
E
 
D
R
 
K
W
 
W
D
 
N
A
 
A
I
 
I
I
 
I
A
 
A
I
x
L
N
|
N
L
 
L
T
 
S
S
 
A
A
 
V
F
 
F
H
 
H
T
 
G
T
 
T
R
 
A
L
 
A
A
 
A
L
 
L
P
 
P
G
 
I
M
 
M
K
 
Q
R
 
K
K
 
Q
D
 
G
W
 
W
G
 
G
R
 
R
I
 
I
I
 
I
N
 
N
I
|
I
A
 
A
S
|
S
A
 
A
H
|
H
G
 
G
L
 
L
V
 
V
A
 
A
S
 
S
A
 
V
Q
 
N
K
|
K
S
 
S
A
 
A
Y
|
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
K
|
K
H
 
H
G
 
G
I
 
V
V
 
V
G
 
G
L
 
L
T
 
T
K
 
K
V
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
T
 
N
A
 
A
Q
 
G
T
 
K
G
 
G
V
 
I
T
 
T
A
 
C
N
 
N
A
 
A
I
 
I
C
 
C
P
|
P
G
|
G
W
|
W
V
|
V
L
 
R
T
|
T
P
 
P
L
|
L
V
|
V
Q
 
E
K
 
K
Q
|
Q
V
 
I
E
 
E
A
 
A
R
x
I
A
 
S
Q
 
Q
K
 
Q
D
 
K
G
 
G
I
 
I
P
 
D
V
 
I
E
 
E
Q
 
A
A
 
A
K
 
A
H
 
R
E
 
E
L
 
L
V
 
L
I
 
A
E
 
E
K
 
K
Q
 
Q
P
 
P
S
 
S
G
 
L
Q
 
Q
F
 
F
V
 
V
T
 
T
P
 
P
D
 
E
E
 
Q
L
 
L
G
 
G
A
 
G
L
 
A
A
 
A
V
 
V
F
 
F
L
 
L
A
 
S
S
 
S
D
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
D
Q
 
Q
V
 
M
R
 
T
G
 
G
V
 
T
A
 
T
W
 
L
N
 
S
M
 
L
D
 
D
G
 
G
G
 
G
W
 
W
V
 
T
A
 
A
Q
 
R

1x1tA Crystal structure of d-3-hydroxybutyrate dehydrogenase from pseudomonas fragi complexed with NAD+ (see paper)
60% identity, 100% coverage: 1:258/258 of query aligns to 1:236/236 of 1x1tA

query
sites
1x1tA
M
 
M
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
V
A
 
A
L
 
V
V
 
V
T
 
T
G
|
G
S
 
S
T
|
T
S
|
S
G
|
G
I
|
I
G
 
G
L
 
L
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
T
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
A
 
A
N
 
D
I
 
I
I
 
V
V
 
L
N
 
N
G
|
G
F
|
F
G
 
G
D
 
D
A
 
A
E
 
-
A
 
-
A
 
A
K
 
E
R
 
I
E
 
E
I
 
K
A
 
V
Q
 
R
A
 
A
G
 
G
A
 
L
-
 
A
-
 
A
-
 
Q
-
 
H
G
 
G
I
 
V
R
 
K
V
 
V
G
 
L
Y
 
Y
H
 
D
G
 
G
A
 
A
D
|
D
M
x
L
S
 
S
K
 
K
S
 
G
A
 
E
E
 
A
I
 
V
E
 
R
D
 
G
M
 
L
M
 
V
R
 
D
Y
 
N
A
 
A
D
 
V
A
 
R
E
 
Q
F
 
M
G
 
G
G
 
R
A
 
I
D
 
D
I
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
N
N
|
N
A
 
A
G
|
G
I
 
I
Q
 
Q
H
 
H
V
 
T
A
 
A
N
 
L
I
 
I
E
 
E
D
 
D
F
 
F
P
 
P
P
 
T
E
 
E
R
 
K
W
 
W
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
L
A
 
A
I
x
L
N
|
N
L
 
L
T
 
S
S
 
A
A
 
V
F
 
F
H
 
H
T
 
G
T
 
T
R
 
A
L
 
A
A
 
A
L
 
L
P
 
P
G
 
H
M
 
M
K
 
K
R
 
K
K
 
Q
D
 
G
W
 
F
G
 
G
R
 
R
I
 
I
I
 
I
N
 
N
I
 
I
A
 
A
S
|
S
A
 
A
H
|
H
G
 
G
L
 
L
V
 
V
A
 
A
S
 
S
A
 
A
Q
 
N
K
 
K
S
 
S
A
 
A
Y
|
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
K
|
K
H
 
H
G
 
G
I
 
V
V
 
V
G
 
G
L
 
F
T
 
T
K
 
K
V
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
T
 
T
A
 
A
Q
 
G
T
 
Q
G
 
G
V
 
I
T
 
T
A
 
A
N
 
N
A
 
A
I
 
I
C
 
C
P
|
P
G
 
G
W
|
W
V
|
V
L
 
R
T
|
T
P
 
-
L
 
-
V
 
-
Q
 
-
K
 
-
Q
 
-
V
 
-
E
 
-
A
 
-
R
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
-
I
 
-
P
 
-
V
 
-
E
 
-
Q
 
-
A
 
-
K
 
-
H
 
-
E
 
-
L
 
L
V
 
L
I
 
S
E
 
E
K
 
K
Q
 
Q
P
 
P
S
 
S
G
 
L
Q
 
Q
F
 
F
V
 
V
T
 
T
P
 
P
D
 
E
E
 
Q
L
 
L
G
 
G
A
 
G
L
 
T
A
 
A
V
 
V
F
 
F
L
 
L
A
 
A
S
 
S
D
 
D
A
 
A
A
 
A
R
 
A
Q
 
Q
V
 
I
R
 
T
G
 
G
V
 
T
A
 
T
W
 
V
N
 
S
M
 
V
D
 
D
G
 
G
G
 
G
W
|
W
V
 
T
A
 
A
Q
 
R

6zzsD Crystal structure of (r)-3-hydroxybutyrate dehydrogenase from acinetobacter baumannii complexed with NAD+ and 3-oxovalerate (see paper)
39% identity, 100% coverage: 1:258/258 of query aligns to 4:261/261 of 6zzsD

query
sites
6zzsD
M
 
L
L
 
L
K
 
D
G
 
G
K
 
K
T
 
V
A
 
A
L
 
F
V
 
I
T
 
T
G
|
G
S
 
S
T
 
A
S
|
S
G
|
G
I
|
I
G
 
G
L
 
L
G
 
E
I
 
I
A
 
A
Q
 
K
A
 
K
L
 
F
A
 
A
A
 
Q
Q
 
E
G
 
G
A
 
A
N
 
K
I
 
V
I
 
V
V
 
I
N
 
S
G
x
D
F
x
M
G
 
N
D
 
A
A
 
E
E
 
K
A
 
C
A
 
Q
K
 
E
R
 
T
E
 
A
I
 
N
A
 
S
Q
 
L
A
 
K
G
 
E
A
 
Q
G
 
G
I
 
F
R
 
D
V
 
A
G
 
L
Y
 
S
H
 
A
G
 
P
A
 
C
D
|
D
M
x
V
S
 
T
K
 
D
S
 
E
A
 
D
E
 
A
I
 
Y
E
 
K
D
 
Q
M
 
A
M
 
I
R
 
E
Y
 
L
A
 
T
D
 
Q
A
 
K
E
 
T
F
 
F
G
 
G
G
 
T
A
 
V
D
 
D
I
 
I
L
 
L
V
 
I
N
 
N
N
|
N
A
|
A
G
|
G
I
 
F
Q
|
Q
H
 
H
V
 
V
A
 
A
N
 
P
I
 
I
E
 
E
D
 
E
F
 
F
P
 
P
P
 
T
E
 
A
R
 
V
W
 
F
D
 
Q
A
 
K
I
 
L
I
 
V
A
 
Q
I
 
V
N
 
M
L
 
L
T
 
T
S
 
G
A
 
A
F
 
F
H
 
I
T
 
G
T
 
I
R
 
K
L
 
H
A
 
V
L
 
L
P
 
P
G
 
I
M
 
M
K
 
K
R
 
A
K
 
Q
D
 
K
W
 
Y
G
 
G
R
 
R
I
 
I
I
 
I
N
 
N
I
x
M
A
|
A
S
|
S
A
 
I
H
x
N
G
 
G
L
 
L
V
 
I
A
 
G
S
 
F
A
 
A
Q
 
G
K
|
K
S
 
A
A
 
G
Y
|
Y
V
 
N
A
 
S
A
 
A
K
|
K
H
 
H
G
 
G
I
 
V
V
 
I
G
 
G
L
 
L
T
 
T
K
 
K
V
 
V
T
 
A
A
 
A
L
 
L
E
 
E
T
 
C
A
 
A
Q
 
R
T
 
D
G
 
G
V
 
I
T
 
T
A
 
V
N
 
N
A
 
A
I
 
L
C
 
C
P
|
P
G
|
G
W
 
Y
V
|
V
L
 
D
T
|
T
P
 
P
L
|
L
V
 
V
Q
 
R
K
 
G
Q
|
Q
V
 
I
E
 
A
A
 
D
R
 
L
A
 
A
Q
 
K
K
 
T
D
 
R
G
 
N
I
 
V
P
 
S
V
 
L
E
 
D
Q
 
S
A
 
A
K
 
L
H
 
E
E
 
D
L
 
V
V
 
I
I
 
L
E
 
A
K
 
M
Q
 
V
P
 
P
S
 
Q
G
 
K
Q
 
R
F
 
L
V
 
L
T
 
S
P
 
V
D
 
E
E
 
E
L
 
I
G
 
A
A
 
D
L
 
Y
A
 
A
V
 
I
F
 
F
L
 
L
A
 
A
S
 
S
D
 
S
A
 
K
A
 
A
R
 
G
Q
 
G
V
 
V
R
 
T
G
 
G
V
 
Q
A
 
A
W
 
V
N
 
V
M
 
M
D
 
D
G
 
G
G
 
G
W
 
Y
V
 
T
A
 
A
Q
 
Q

6zzqA Crystal structure of (r)-3-hydroxybutyrate dehydrogenase from acinetobacter baumannii complexed with NAD+ and acetoacetate (see paper)
39% identity, 100% coverage: 1:258/258 of query aligns to 3:260/260 of 6zzqA

query
sites
6zzqA
M
 
L
L
 
L
K
 
D
G
 
G
K
 
K
T
 
V
A
 
A
L
 
F
V
 
I
T
 
T
G
|
G
S
 
S
T
 
A
S
|
S
G
|
G
I
|
I
G
 
G
L
 
L
G
 
E
I
 
I
A
 
A
Q
 
K
A
 
K
L
 
F
A
 
A
A
 
Q
Q
 
E
G
 
G
A
 
A
N
 
K
I
 
V
I
 
V
V
 
I
N
 
S
G
x
D
F
x
M
G
 
N
D
 
A
A
 
E
E
 
K
A
 
C
A
 
Q
K
 
E
R
 
T
E
 
A
I
 
N
A
 
S
Q
 
L
A
 
K
G
 
E
A
 
Q
G
 
G
I
 
F
R
 
D
V
 
A
G
 
L
Y
 
S
H
 
A
G
 
P
A
 
C
D
|
D
M
x
V
S
 
T
K
 
D
S
 
E
A
 
D
E
 
A
I
 
Y
E
 
K
D
 
Q
M
 
A
M
 
I
R
 
E
Y
 
L
A
 
T
D
 
Q
A
 
K
E
 
T
F
 
F
G
 
G
G
 
T
A
 
V
D
 
D
I
 
I
L
 
L
V
 
I
N
 
N
N
|
N
A
|
A
G
|
G
I
 
F
Q
|
Q
H
 
H
V
 
V
A
 
A
N
 
P
I
 
I
E
 
E
D
 
E
F
 
F
P
 
P
P
 
T
E
 
A
R
 
V
W
 
F
D
 
Q
A
 
K
I
 
L
I
 
V
A
 
Q
I
 
V
N
 
M
L
 
L
T
 
T
S
 
G
A
 
A
F
 
F
H
 
I
T
 
G
T
 
I
R
 
K
L
 
H
A
 
V
L
 
L
P
 
P
G
 
I
M
 
M
K
 
K
R
 
A
K
 
Q
D
 
K
W
 
Y
G
 
G
R
 
R
I
 
I
I
 
I
N
 
N
I
x
M
A
|
A
S
|
S
A
 
I
H
 
N
G
 
G
L
 
L
V
 
I
A
 
G
S
 
F
A
 
A
Q
 
G
K
|
K
S
 
A
A
 
G
Y
|
Y
V
 
N
A
 
S
A
 
A
K
|
K
H
 
H
G
 
G
I
 
V
V
 
I
G
 
G
L
 
L
T
 
T
K
 
K
V
 
V
T
 
A
A
 
A
L
 
L
E
 
E
T
 
C
A
 
A
Q
 
R
T
 
D
G
 
G
V
 
I
T
 
T
A
 
V
N
 
N
A
 
A
I
 
L
C
 
C
P
 
P
G
 
G
W
x
Y
V
|
V
L
 
D
T
|
T
P
 
P
L
 
L
V
 
V
Q
 
R
K
 
G
Q
|
Q
V
 
I
E
 
A
A
 
D
R
 
L
A
 
A
Q
 
K
K
 
T
D
 
R
G
 
N
I
 
V
P
 
S
V
 
L
E
 
D
Q
 
S
A
 
A
K
 
L
H
 
E
E
 
D
L
 
V
V
 
I
I
 
L
E
 
A
K
 
M
Q
 
V
P
 
P
S
 
Q
G
 
K
Q
 
R
F
 
L
V
 
L
T
 
S
P
 
V
D
 
E
E
 
E
L
 
I
G
 
A
A
 
D
L
 
Y
A
 
A
V
 
I
F
 
F
L
 
L
A
 
A
S
 
S
D
 
S
A
 
K
A
 
A
R
 
G
Q
 
G
V
 
V
R
 
T
G
 
G
V
 
Q
A
 
A
W
 
V
N
 
V
M
 
M
D
 
D
G
 
G
G
 
G
W
 
Y
V
 
T
A
 
A
Q
 
Q

3sjuA Hedamycin polyketide ketoreductase bound to NADPH (see paper)
38% identity, 97% coverage: 5:254/258 of query aligns to 1:251/255 of 3sjuA

query
sites
3sjuA
K
 
Q
T
 
T
A
 
A
L
 
F
V
 
V
T
 
T
G
|
G
S
 
V
T
 
S
S
|
S
G
|
G
I
 
I
G
 
G
L
 
L
G
 
A
I
 
V
A
 
A
Q
 
R
A
 
T
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
R
G
 
G
A
 
I
N
 
A
I
 
V
I
 
-
V
 
-
N
 
-
G
 
-
F
 
Y
G
 
G
D
 
C
A
|
A
E
x
R
A
x
D
A
 
A
K
 
K
R
 
-
E
 
N
I
 
V
A
 
S
Q
 
A
A
 
A
G
 
V
A
 
D
G
 
G
I
 
L
R
 
R
V
 
A
G
 
A
Y
 
G
H
 
H
-
 
D
-
 
V
-
 
D
-
 
G
-
 
S
G
 
S
A
x
C
D
|
D
M
x
V
S
 
T
K
 
S
S
 
T
A
 
D
E
 
E
I
 
V
E
 
H
D
 
A
M
 
A
M
 
V
R
 
A
Y
 
A
A
 
A
D
 
V
A
 
E
E
 
R
F
 
F
G
 
G
G
 
P
A
 
I
D
 
G
I
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
N
N
x
S
A
|
A
G
|
G
I
 
R
Q
 
N
H
 
G
V
 
G
A
 
G
N
 
E
I
 
T
E
 
A
D
 
D
F
 
L
P
 
D
P
 
D
E
 
A
R
 
L
W
 
W
D
 
A
A
 
D
I
 
V
I
 
L
A
 
D
I
 
T
N
 
N
L
 
L
T
 
T
S
 
G
A
 
V
F
 
F
H
 
R
T
 
V
T
 
T
R
 
R
L
 
E
A
 
V
L
 
L
P
 
R
-
 
A
-
 
G
G
 
G
M
 
M
K
 
R
R
 
E
K
 
A
D
 
G
W
 
W
G
 
G
R
 
R
I
 
I
I
 
V
N
 
N
I
|
I
A
 
A
S
|
S
A
 
T
H
 
G
G
 
G
L
 
K
V
 
Q
A
 
G
S
 
V
A
 
M
Q
 
Y
K
 
A
S
 
A
A
 
P
Y
|
Y
V
 
T
A
 
A
A
 
S
K
|
K
H
 
H
G
 
G
I
 
V
V
 
V
G
 
G
L
 
F
T
 
T
K
 
K
V
 
S
T
 
V
A
 
G
L
 
F
E
 
E
T
 
L
A
 
A
Q
 
K
T
 
T
G
 
G
V
 
I
T
 
T
A
 
V
N
 
N
A
 
A
I
 
V
C
 
C
P
|
P
G
|
G
W
x
Y
V
|
V
L
 
E
T
|
T
P
 
P
L
x
M
V
 
A
Q
 
E
K
 
R
Q
 
V
V
 
R
E
 
E
A
 
G
R
x
Y
A
 
A
Q
 
R
K
 
H
D
 
W
G
 
G
I
 
V
P
 
-
V
 
T
E
 
E
Q
 
Q
A
 
E
K
 
V
H
 
H
E
 
E
L
 
R
V
 
F
I
 
N
E
 
A
K
 
K
Q
 
I
P
 
P
S
 
L
G
 
G
Q
 
R
F
 
Y
V
 
S
T
 
T
P
 
P
D
 
E
E
 
E
L
 
V
G
 
A
A
 
G
L
 
L
A
 
V
V
 
G
F
 
Y
L
 
L
A
 
V
S
 
T
D
 
D
A
 
A
A
 
A
R
 
A
Q
 
S
V
 
I
R
 
T
G
 
A
V
 
Q
A
 
A
W
 
L
N
 
N
M
 
V
D
 
C
G
 
G
G
 
G

4jroC Crystal structure of 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein]reductase (fabg) from listeria monocytogenes in complex with NADP+
37% identity, 99% coverage: 2:256/258 of query aligns to 3:246/247 of 4jroC

query
sites
4jroC
L
 
L
K
 
Q
G
 
G
K
 
K
T
 
V
A
 
A
L
 
V
V
 
V
T
 
T
G
|
G
S
 
G
T
x
S
S
x
R
G
|
G
I
|
I
G
 
G
L
 
R
G
 
D
I
 
I
A
 
A
Q
 
I
A
 
N
L
 
L
A
 
A
A
 
K
Q
 
E
G
 
G
A
 
A
N
 
N
I
 
I
I
 
F
V
 
F
N
|
N
G
x
Y
F
x
N
G
|
G
D
x
S
A
 
P
E
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
E
R
 
-
E
 
E
I
 
T
A
 
A
Q
 
K
-
 
L
-
 
V
A
 
A
G
 
E
A
 
H
G
 
G
I
 
V
R
 
E
V
 
V
G
 
E
Y
 
A
H
 
M
G
 
K
A
 
A
D
x
N
M
x
V
S
 
A
K
 
I
S
 
A
A
 
E
E
 
D
I
 
V
E
 
D
D
 
A
M
 
F
M
 
F
R
 
K
Y
 
Q
A
 
A
D
 
I
A
 
E
E
 
R
F
 
F
G
 
G
G
 
R
A
 
V
D
 
D
I
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
N
N
|
N
A
|
A
G
 
G
I
|
I
Q
 
T
H
 
R
V
 
D
A
 
N
N
 
L
I
 
L
E
 
M
D
 
R
F
 
M
P
 
K
P
 
E
E
 
D
R
 
E
W
 
W
D
 
D
A
 
D
I
 
V
I
 
I
A
 
N
I
|
I
N
 
N
L
 
L
T
 
K
S
 
G
A
 
T
F
 
F
H
 
L
T
 
C
T
 
T
R
 
K
L
 
A
A
 
V
L
 
S
P
 
R
G
 
T
M
 
M
K
 
M
R
 
K
K
 
Q
D
 
R
W
 
A
G
 
G
R
 
K
I
 
I
I
 
I
N
 
N
I
 
M
A
 
A
S
|
S
A
 
V
H
 
V
G
 
G
L
 
L
V
 
I
A
 
G
S
 
N
A
 
A
Q
 
G
K
x
Q
S
 
A
A
 
N
Y
|
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
S
K
|
K
H
 
A
G
 
G
I
 
V
V
 
I
G
 
G
L
 
L
T
 
T
K
 
K
V
 
T
T
 
T
A
 
A
L
 
R
E
 
E
T
 
L
A
 
A
Q
 
P
T
 
R
G
 
G
V
 
I
T
 
N
A
 
V
N
 
N
A
 
A
I
 
V
C
 
A
P
|
P
G
 
G
W
 
F
V
x
I
L
 
T
T
|
T
P
 
D
L
 
M
V
 
T
Q
 
D
K
 
K
Q
 
-
V
 
-
E
 
-
A
 
-
R
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
-
I
 
-
P
 
-
V
 
L
E
 
D
Q
 
E
A
 
K
K
 
T
H
 
K
E
 
E
L
 
A
V
 
M
I
 
L
E
 
A
K
 
Q
Q
 
I
P
 
P
S
 
L
G
 
G
Q
 
A
F
 
Y
V
 
G
T
 
T
P
 
T
D
 
E
E
 
D
L
 
I
G
 
A
A
 
N
L
 
A
A
 
V
V
 
L
F
 
F
L
 
L
A
 
A
S
 
S
D
 
D
A
 
A
A
 
S
R
 
K
Q
 
Y
V
 
I
R
 
T
G
 
G
V
 
Q
A
 
T
W
 
L
N
 
S
M
 
V
D
 
D
G
 
G
G
 
G
W
 
M
V
 
V

6zzpA Crystal structure of (r)-3-hydroxybutyrate dehydrogenase from psychrobacter arcticus complexed with NAD+ and 3-oxovalerate (see paper)
39% identity, 98% coverage: 2:255/258 of query aligns to 8:262/265 of 6zzpA

query
sites
6zzpA
L
 
L
K
 
T
G
 
G
K
 
K
T
 
V
A
 
A
L
 
L
V
 
V
T
 
T
G
|
G
S
 
A
T
 
A
S
|
S
G
|
G
I
|
I
G
 
G
L
 
R
G
 
D
I
 
I
A
 
A
Q
 
E
A
 
T
L
 
Y
A
 
A
A
 
K
Q
 
A
G
 
G
A
 
A
N
 
A
I
 
V
I
 
-
V
 
-
N
 
-
G
 
G
F
 
I
G
 
A
D
|
D
-
x
I
-
 
N
A
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
Q
R
 
K
E
 
T
I
 
V
-
 
D
A
 
A
Q
 
I
A
 
E
G
 
A
A
 
A
G
 
G
I
 
G
R
 
R
V
 
A
G
 
L
Y
 
A
H
 
I
G
 
A
A
x
M
D
|
D
M
x
V
S
 
T
K
 
S
S
 
E
A
 
A
E
 
A
I
 
V
E
 
N
D
 
D
M
 
G
M
 
V
R
 
Q
Y
 
R
A
 
L
D
 
V
A
 
D
E
 
T
F
 
F
G
 
G
G
 
G
A
 
I
D
 
D
I
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
S
N
|
N
A
|
A
G
|
G
I
 
I
Q
|
Q
H
 
I
V
 
I
A
 
D
N
 
P
I
 
I
E
 
H
D
 
K
F
 
M
P
 
A
P
 
F
E
 
E
R
 
D
W
 
W
D
 
K
A
 
K
I
 
M
I
 
L
A
 
A
I
 
I
N
 
H
L
 
L
T
 
D
S
 
G
A
 
A
F
 
F
H
 
L
T
 
T
T
 
T
R
 
K
L
 
A
A
 
A
L
 
I
P
 
Q
G
 
H
M
 
M
K
 
Y
R
 
K
K
 
D
D
 
D
W
 
K
G
 
G
-
 
G
R
 
T
I
 
V
I
 
I
N
 
Y
I
x
M
A
 
G
S
|
S
A
 
V
H
|
H
G
 
S
L
 
H
V
 
E
A
 
A
S
 
S
A
 
L
Q
 
F
K
|
K
S
 
A
A
 
P
Y
|
Y
V
 
V
A
 
T
A
 
A
K
|
K
H
 
H
G
 
G
I
 
L
V
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
C
K
 
R
V
 
V
T
 
L
A
 
A
L
 
K
E
 
E
T
 
G
A
 
A
Q
 
V
T
 
H
G
 
N
V
 
V
T
 
R
A
 
S
N
 
H
A
 
V
I
 
I
C
 
C
P
|
P
G
 
G
W
x
F
V
|
V
L
 
K
T
|
T
P
 
P
L
|
L
V
|
V
Q
 
E
K
 
K
Q
|
Q
V
 
I
E
 
P
A
 
Q
R
 
Q
A
 
A
Q
 
A
K
 
E
D
 
K
G
 
G
I
 
I
P
 
S
V
 
E
E
 
E
Q
 
S
A
 
V
K
 
V
H
 
N
E
 
D
L
 
I
V
 
M
I
 
L
E
 
V
K
 
N
Q
 
T
P
 
V
S
 
D
G
 
K
Q
 
E
F
 
F
V
 
T
T
 
T
P
 
V
D
 
D
E
 
D
L
 
I
G
 
A
A
 
Q
L
 
L
A
 
A
V
 
L
F
 
F
L
 
L
A
 
A
S
 
A
D
 
F
A
 
P
A
 
T
R
 
N
Q
 
V
V
 
F
R
 
T
G
 
G
V
 
Q
A
 
S
W
 
I
N
 
V
M
 
A
D
 
S
G
 
H
G
 
G
W
 
W

6zzoC Crystal structure of (r)-3-hydroxybutyrate dehydrogenase from psychrobacter arcticus complexed with NAD+ and acetoacetate (see paper)
39% identity, 98% coverage: 2:255/258 of query aligns to 8:262/265 of 6zzoC

query
sites
6zzoC
L
 
L
K
 
T
G
 
G
K
 
K
T
 
V
A
 
A
L
 
L
V
 
V
T
 
T
G
|
G
S
 
A
T
 
A
S
|
S
G
|
G
I
|
I
G
 
G
L
 
R
G
 
D
I
 
I
A
 
A
Q
 
E
A
 
T
L
 
Y
A
 
A
A
 
K
Q
 
A
G
 
G
A
 
A
N
 
A
I
 
V
I
 
-
V
 
-
N
 
-
G
 
G
F
 
I
G
 
A
D
|
D
-
x
I
-
 
N
A
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
Q
R
 
K
E
 
T
I
 
V
-
 
D
A
 
A
Q
 
I
A
 
E
G
 
A
A
 
A
G
 
G
I
 
G
R
 
R
V
 
A
G
 
L
Y
 
A
H
 
I
G
 
A
A
x
M
D
|
D
M
x
V
S
 
T
K
 
S
S
 
E
A
 
A
E
 
A
I
 
V
E
 
N
D
 
D
M
 
G
M
 
V
R
 
Q
Y
 
R
A
 
L
D
 
V
A
 
D
E
 
T
F
 
F
G
 
G
G
 
G
A
 
I
D
 
D
I
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
S
N
|
N
A
|
A
G
|
G
I
 
I
Q
|
Q
H
 
I
V
 
I
A
 
D
N
 
P
I
 
I
E
 
H
D
 
K
F
 
M
P
 
A
P
 
F
E
 
E
R
 
D
W
 
W
D
 
K
A
 
K
I
 
M
I
 
L
A
 
A
I
 
I
N
 
H
L
 
L
T
 
D
S
 
G
A
 
A
F
 
F
H
 
L
T
 
T
T
 
T
R
 
K
L
 
A
A
 
A
L
 
I
P
 
Q
G
 
H
M
 
M
K
 
Y
R
 
K
K
 
D
D
 
D
W
 
K
G
 
G
-
 
G
R
 
T
I
 
V
I
 
I
N
 
Y
I
x
M
A
 
G
S
 
S
A
 
V
H
|
H
G
 
S
L
 
H
V
 
E
A
 
A
S
 
S
A
 
L
Q
 
F
K
|
K
S
 
A
A
 
P
Y
|
Y
V
 
V
A
 
T
A
 
A
K
|
K
H
 
H
G
 
G
I
 
L
V
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
C
K
 
R
V
 
V
T
 
L
A
 
A
L
 
K
E
 
E
T
 
G
A
 
A
Q
 
V
T
 
H
G
 
N
V
 
V
T
 
R
A
 
S
N
 
H
A
 
V
I
 
I
C
 
C
P
|
P
G
 
G
W
x
F
V
|
V
L
 
K
T
|
T
P
 
P
L
|
L
V
|
V
Q
 
E
K
 
K
Q
|
Q
V
 
I
E
 
P
A
 
Q
R
 
Q
A
 
A
Q
 
A
K
 
E
D
 
K
G
 
G
I
 
I
P
 
S
V
 
E
E
 
E
Q
 
S
A
 
V
K
 
V
H
 
N
E
 
D
L
 
I
V
 
M
I
 
L
E
 
V
K
 
N
Q
 
T
P
 
V
S
 
D
G
 
K
Q
 
E
F
 
F
V
 
T
T
 
T
P
 
V
D
 
D
E
 
D
L
 
I
G
 
A
A
 
Q
L
 
L
A
 
A
V
 
L
F
 
F
L
 
L
A
 
A
S
 
A
D
 
F
A
 
P
A
 
T
R
 
N
Q
 
V
V
 
F
R
 
T
G
 
G
V
 
Q
A
 
S
W
 
I
N
 
V
M
 
A
D
 
S
G
 
H
G
 
G
W
 
W

7tzpG Crystal structure of putataive short-chain dehydrogenase/reductase (fabg) from klebsiella pneumoniae subsp. Pneumoniae ntuh-k2044 in complex with nadh (see paper)
37% identity, 99% coverage: 2:256/258 of query aligns to 6:246/247 of 7tzpG

query
sites
7tzpG
L
 
L
K
 
A
G
 
S
K
 
K
T
 
T
A
 
A
L
 
I
V
 
V
T
 
T
G
|
G
S
 
A
T
 
A
S
x
R
G
|
G
I
|
I
G
 
G
L
 
F
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
A
 
V
L
 
L
A
 
A
A
 
R
Q
 
E
G
 
G
A
 
A
N
 
R
I
 
V
I
 
I
V
 
I
-
 
A
-
x
D
-
x
R
N
 
D
G
 
A
F
 
H
G
 
G
D
 
E
A
 
A
E
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
S
-
 
L
R
 
R
E
 
E
I
 
-
A
 
-
Q
 
-
A
 
-
G
 
-
A
 
S
G
 
G
I
 
A
R
 
Q
V
 
A
G
 
L
Y
 
F
H
 
I
G
 
S
A
x
C
D
 
N
M
x
I
S
 
A
K
 
E
S
 
K
A
 
T
E
 
Q
I
 
V
E
 
E
D
 
A
M
 
L
M
 
F
R
 
S
Y
 
Q
A
 
A
D
 
E
A
 
E
E
 
A
F
 
F
G
 
G
G
 
P
A
 
V
D
 
D
I
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
N
N
|
N
A
 
A
G
|
G
I
|
I
Q
 
N
H
 
R
V
 
D
A
 
A
N
 
M
I
 
L
E
 
H
D
 
K
F
 
L
P
 
T
P
 
E
E
 
A
R
 
D
W
 
W
D
 
D
A
 
T
I
 
V
I
 
I
A
 
D
I
x
V
N
 
N
L
 
L
T
 
K
S
 
G
A
 
T
F
 
F
H
 
L
T
 
C
T
 
M
R
 
Q
L
 
Q
A
 
A
L
 
A
P
 
I
G
 
R
M
 
M
K
 
R
R
 
E
K
 
R
D
 
G
W
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
I
I
 
I
N
 
N
I
 
I
A
 
A
S
 
S
A
 
A
H
 
S
G
 
W
L
 
L
V
 
-
A
 
G
S
 
N
A
 
V
Q
 
G
K
 
Q
S
 
T
A
 
N
Y
|
Y
V
 
S
A
 
A
A
 
S
K
|
K
H
 
A
G
 
G
I
 
V
V
 
V
G
 
G
L
 
M
T
 
T
K
 
K
V
 
T
T
 
A
A
 
C
L
 
R
E
 
E
T
 
L
A
 
A
Q
 
K
T
 
K
G
 
G
V
 
V
T
 
T
A
 
V
N
 
N
A
 
A
I
 
I
C
 
C
P
 
P
G
 
G
W
 
F
V
x
I
L
 
D
T
|
T
P
 
D
L
 
M
V
x
T
Q
 
R
K
 
-
Q
 
-
V
 
-
E
 
-
A
 
-
R
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
G
I
 
V
P
 
P
V
 
-
E
 
-
Q
 
E
A
 
N
K
 
V
H
 
W
E
 
Q
L
 
I
V
 
M
I
 
V
E
 
S
K
 
K
Q
 
I
P
 
P
S
 
A
G
 
G
Q
 
Y
F
 
A
V
 
G
T
 
E
P
 
A
D
 
K
E
 
D
L
 
V
G
 
G
A
 
E
L
 
C
A
 
V
V
 
A
F
 
F
L
 
L
A
 
A
S
 
S
D
 
D
A
 
G
A
 
A
R
 
R
Q
 
Y
V
 
I
R
 
N
G
 
G
V
 
E
A
 
V
W
 
I
N
 
N
M
 
V
D
 
G
G
 
G
G
 
G
W
 
M
V
 
V

6ixmC Crystal structure of the ketone reductase chkred20 from the genome of chryseobacterium sp. Ca49 complexed with NAD (see paper)
33% identity, 100% coverage: 1:257/258 of query aligns to 2:247/248 of 6ixmC

query
sites
6ixmC
M
 
I
L
 
L
K
 
D
G
 
N
K
 
K
T
 
V
A
 
A
L
 
L
V
 
V
T
 
T
G
|
G
S
 
A
T
 
G
S
|
S
G
|
G
I
|
I
G
 
G
L
 
L
G
 
A
I
 
V
A
 
A
Q
 
H
A
 
S
L
 
Y
A
 
A
A
 
K
Q
 
E
G
 
G
A
 
A
N
 
K
I
 
V
I
 
I
V
 
V
N
 
S
G
x
D
F
x
I
G
 
N
D
 
E
A
 
D
E
 
H
A
 
G
A
 
N
K
 
K
R
 
A
E
 
V
I
 
E
A
 
D
Q
 
I
A
 
K
G
 
A
A
 
Q
G
 
G
I
 
G
R
 
E
V
 
A
G
 
S
Y
 
F
H
 
V
G
 
K
A
|
A
D
|
D
M
x
T
S
 
S
K
 
N
S
 
P
A
 
E
E
 
E
I
 
V
E
 
E
D
 
A
M
 
L
M
 
V
R
 
K
Y
 
R
A
 
T
D
 
V
A
 
E
E
 
I
F
 
Y
G
 
G
G
 
R
A
 
L
D
 
D
I
 
I
L
 
A
V
 
C
N
 
N
N
|
N
A
|
A
G
 
G
I
 
I
-
 
G
-
 
G
-
 
E
Q
 
Q
H
 
A
V
 
L
A
 
A
N
 
G
I
 
-
E
 
-
D
 
D
F
 
Y
P
 
G
P
 
L
E
 
D
R
 
S
W
 
W
D
 
R
A
 
K
I
 
V
I
 
L
A
 
S
I
 
I
N
 
N
L
 
L
T
 
D
S
 
G
A
 
V
F
 
F
H
 
Y
T
 
G
T
 
C
R
 
K
L
 
Y
A
 
E
L
 
L
P
 
E
G
 
Q
M
 
M
K
 
E
R
 
K
K
 
N
D
 
G
W
 
G
G
 
G
R
 
V
I
 
I
I
 
V
N
 
N
I
x
M
A
 
A
S
|
S
A
 
I
H
 
H
G
 
G
L
 
I
V
 
V
A
 
A
S
 
A
A
 
P
Q
 
L
K
 
S
S
 
S
A
 
A
Y
|
Y
V
 
T
A
 
S
A
 
A
K
|
K
H
 
H
G
 
A
I
 
V
V
 
V
G
 
G
L
 
L
T
 
T
K
 
K
V
 
N
T
 
I
A
 
G
L
 
A
E
 
E
T
 
Y
A
 
G
Q
 
Q
T
 
K
G
 
N
V
 
I
T
 
R
A
 
C
N
 
N
A
 
A
I
 
V
C
 
G
P
|
P
G
x
A
W
x
Y
V
x
I
L
 
E
T
 
T
P
 
P
L
|
L
V
 
L
Q
 
E
K
 
S
Q
 
-
V
 
-
E
 
-
A
 
-
R
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
-
I
 
-
P
 
-
V
 
L
E
 
T
Q
 
K
A
 
E
K
 
M
H
 
K
E
 
E
L
 
A
V
 
L
I
 
I
E
 
S
K
 
K
Q
 
H
P
 
P
S
 
M
G
 
G
Q
 
R
F
 
L
V
 
G
T
 
K
P
 
P
D
 
E
E
 
E
L
 
V
G
 
A
A
 
E
L
 
L
A
 
V
V
 
L
F
 
F
L
 
L
A
 
S
S
 
S
D
 
E
A
 
K
A
 
S
R
 
S
Q
 
F
V
 
M
R
 
T
G
 
G
V
 
G
A
 
Y
W
 
Y
N
 
L
M
 
V
D
 
D
G
 
G
G
 
G
W
 
Y
V
 
T
A
 
A

4i08A Crystal structure of beta-ketoacyl-acyl carrier protein reductase (fabg) from vibrio cholerae in complex with NADPH (see paper)
35% identity, 98% coverage: 2:255/258 of query aligns to 6:240/243 of 4i08A

query
sites
4i08A
L
 
L
K
 
E
G
 
G
K
 
K
T
 
V
A
 
A
L
 
L
V
 
V
T
 
T
G
|
G
S
 
A
T
x
S
S
x
R
G
|
G
I
|
I
G
 
G
L
 
K
G
 
A
I
 
I
A
 
A
Q
 
E
A
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
E
Q
 
R
G
 
G
A
 
A
N
 
K
I
 
V
I
 
I
V
 
-
N
 
-
G
 
G
F
 
T
G
 
A
D
x
T
A
 
S
E
 
E
A
 
S
A
 
G
K
 
A
R
 
Q
E
 
A
I
 
I
A
 
S
Q
 
D
A
 
-
G
 
-
A
 
-
G
 
-
I
 
-
R
 
Y
V
 
L
G
 
G
Y
 
D
H
 
N
G
 
G
A
 
K
D
 
G
M
 
M
-
 
A
-
 
L
-
x
N
-
x
V
S
 
T
K
 
N
S
 
P
A
 
E
E
 
S
I
 
I
E
 
E
D
 
A
M
 
V
M
 
L
R
 
K
Y
 
A
A
 
I
D
 
T
A
 
D
E
 
E
F
 
F
G
 
G
G
 
G
A
 
V
D
 
D
I
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
N
N
|
N
A
|
A
G
 
G
I
 
I
Q
 
T
H
 
R
V
 
D
A
 
N
N
 
L
I
 
L
E
 
M
D
 
R
F
 
M
P
 
K
P
 
E
E
 
E
R
 
E
W
 
W
D
 
S
A
 
D
I
 
I
I
 
M
A
 
E
I
 
T
N
|
N
L
 
L
T
 
T
S
 
S
A
 
I
F
 
F
H
 
R
T
 
L
T
 
S
R
 
K
L
 
A
A
 
V
L
 
L
P
 
R
G
 
G
M
 
M
K
 
M
R
 
K
K
 
K
D
 
R
W
 
Q
G
 
G
R
 
R
I
 
I
I
 
I
N
 
N
I
 
V
A
x
G
S
|
S
A
 
V
H
 
V
G
 
G
L
 
T
V
 
M
A
 
G
S
 
N
A
 
A
Q
 
G
K
x
Q
S
 
A
A
 
N
Y
|
Y
V
 
A
A
 
A
A
 
A
K
|
K
H
 
A
G
 
G
I
 
V
V
 
I
G
 
G
L
 
F
T
 
T
K
 
K
V
 
S
T
 
M
A
 
A
L
 
R
E
 
E
T
 
V
A
 
A
Q
 
S
T
 
R
G
 
G
V
 
V
T
 
T
A
 
V
N
 
N
A
 
T
I
 
V
C
 
A
P
|
P
G
|
G
W
 
F
V
 
I
L
 
E
T
|
T
P
 
D
L
 
M
V
 
N
Q
 
D
K
 
E
Q
 
Q
V
 
R
E
 
T
A
 
A
R
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
-
I
 
-
P
 
-
V
 
-
E
 
-
Q
 
-
A
 
-
K
 
-
H
 
-
E
 
-
L
 
-
V
 
T
I
 
L
E
 
A
K
 
Q
Q
 
V
P
 
P
S
 
A
G
 
G
Q
 
R
F
 
L
V
 
G
T
 
D
P
 
P
D
 
R
E
 
E
L
 
I
G
 
A
A
 
S
L
 
A
A
 
V
V
 
A
F
 
F
L
 
L
A
 
A
S
 
S
D
 
P
A
 
E
A
 
A
R
 
A
Q
 
Y
V
 
I
R
 
T
G
 
G
V
 
E
A
 
T
W
 
L
N
 
H
M
 
V
D
 
N
G
 
G
G
 
G
W
 
M

3op4A Crystal structure of putative 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase from vibrio cholerae o1 biovar eltor str. N16961 in complex with NADP+ (see paper)
34% identity, 98% coverage: 2:255/258 of query aligns to 6:244/247 of 3op4A

query
sites
3op4A
L
 
L
K
 
E
G
 
G
K
 
K
T
 
V
A
 
A
L
 
L
V
 
V
T
 
T
G
|
G
S
 
A
T
x
S
S
x
R
G
 
G
I
|
I
G
 
G
L
 
K
G
 
A
I
 
I
A
 
A
Q
 
E
A
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
E
Q
 
R
G
 
G
A
 
A
N
 
K
I
 
V
I
 
I
V
 
-
N
 
-
G
 
G
F
 
T
G
 
A
D
x
T
A
 
S
E
 
E
A
 
S
A
 
G
K
 
A
R
 
Q
E
 
A
I
 
I
A
 
S
Q
 
D
A
 
-
G
 
-
A
 
-
G
 
-
I
 
-
R
 
Y
V
 
L
G
 
G
Y
 
D
H
 
N
G
 
G
A
 
K
D
 
G
M
 
M
-
 
A
-
 
L
-
x
N
-
x
V
S
 
T
K
 
N
S
 
P
A
 
E
E
 
S
I
 
I
E
 
E
D
 
A
M
 
V
M
 
L
R
 
K
Y
 
A
A
 
I
D
 
T
A
 
D
E
 
E
F
 
F
G
 
G
G
 
G
A
 
V
D
 
D
I
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
N
N
|
N
A
|
A
G
 
G
I
|
I
Q
 
T
H
 
R
V
 
D
A
 
N
N
 
L
I
 
L
E
 
M
D
 
R
F
 
M
P
 
K
P
 
E
E
 
E
R
 
E
W
 
W
D
 
S
A
 
D
I
 
I
I
 
M
A
 
E
I
 
T
N
 
N
L
 
L
T
 
T
S
 
S
A
 
I
F
 
F
H
 
R
T
 
L
T
 
S
R
 
K
L
 
A
A
 
V
L
 
L
P
 
R
G
 
G
M
 
M
K
 
M
R
 
K
K
 
K
D
 
R
W
 
Q
G
 
G
R
 
R
I
 
I
I
 
I
N
 
N
I
x
V
A
 
G
S
|
S
A
 
V
H
 
V
G
 
G
L
 
T
V
 
M
A
 
G
S
 
N
A
 
A
Q
 
G
K
 
Q
S
 
A
A
 
N
Y
|
Y
V
 
A
A
 
A
A
 
A
K
|
K
H
 
A
G
 
G
I
 
V
V
 
I
G
 
G
L
 
F
T
 
T
K
 
K
V
 
S
T
 
M
A
 
A
L
 
R
E
 
E
T
 
V
A
 
A
Q
 
S
T
 
R
G
 
G
V
 
V
T
 
T
A
 
V
N
 
N
A
 
T
I
 
V
C
 
A
P
|
P
G
|
G
W
 
F
V
x
I
L
 
E
T
|
T
P
 
D
L
x
M
V
 
T
Q
 
K
K
 
-
Q
 
-
V
 
-
E
 
-
A
 
-
R
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
-
I
 
-
P
 
A
V
 
L
E
 
N
Q
 
D
A
 
E
K
 
Q
H
 
R
E
 
T
L
 
A
V
 
T
I
 
L
E
 
A
K
 
Q
Q
 
V
P
 
P
S
 
A
G
 
G
Q
 
R
F
 
L
V
 
G
T
 
D
P
 
P
D
 
R
E
 
E
L
 
I
G
 
A
A
 
S
L
 
A
A
 
V
V
 
A
F
 
F
L
 
L
A
 
A
S
 
S
D
 
P
A
 
E
A
 
A
R
 
A
Q
 
Y
V
 
I
R
 
T
G
 
G
V
 
E
A
 
T
W
 
L
N
 
H
M
 
V
D
 
N
G
 
G
G
 
G
W
 
M

8dt1C Crystal structure of a putative d-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase from burkholderia cenocepacia j2315 in complex with NAD
37% identity, 100% coverage: 2:258/258 of query aligns to 2:259/259 of 8dt1C

query
sites
8dt1C
L
 
L
K
 
N
G
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
A
L
 
V
V
 
V
T
 
T
G
|
G
S
 
A
T
 
A
S
|
S
G
|
G
I
|
I
G
 
G
L
 
K
G
 
E
I
 
I
A
 
A
Q
 
L
A
 
E
L
 
L
A
 
A
A
 
K
Q
 
A
G
 
G
A
 
A
N
 
A
I
 
V
I
 
A
V
 
I
N
 
A
G
x
D
F
x
L
G
 
N
D
 
Q
-
 
D
-
 
G
A
 
A
E
 
N
A
 
A
A
 
V
K
 
A
R
 
D
E
 
E
I
 
I
A
 
N
Q
 
K
A
 
A
G
 
G
A
 
-
G
 
G
I
 
K
R
 
A
V
 
I
G
 
G
Y
 
V
H
 
-
G
 
A
A
x
M
D
 
D
M
x
V
S
 
T
K
 
N
S
 
E
A
 
E
E
 
A
I
 
V
E
 
N
D
 
T
M
 
G
M
 
I
R
 
D
Y
 
K
A
 
V
D
 
A
A
 
E
E
 
A
F
 
F
G
 
G
G
 
S
A
 
V
D
 
D
I
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
S
N
|
N
A
|
A
G
 
G
I
 
I
Q
 
Q
H
 
I
V
 
V
A
 
N
N
 
P
I
 
I
E
 
E
D
 
N
F
 
Y
P
 
S
P
 
F
E
 
A
R
 
D
W
 
W
D
 
K
A
 
K
I
 
M
I
 
Q
A
 
A
I
 
I
N
 
H
L
 
V
T
 
D
S
 
G
A
 
A
F
 
F
H
 
L
T
 
T
T
 
T
R
 
K
L
 
A
A
 
A
L
 
L
P
 
K
G
 
H
M
 
M
K
 
Y
R
 
K
K
 
D
D
 
D
W
 
R
G
 
G
-
 
G
R
 
V
I
 
V
I
 
I
N
 
Y
I
x
M
A
 
G
S
 
S
A
 
V
H
 
H
G
 
S
L
 
H
V
 
E
A
 
A
S
 
S
A
 
P
Q
 
L
K
 
K
S
 
S
A
 
A
Y
|
Y
V
 
V
A
 
T
A
 
A
K
|
K
H
 
H
G
 
G
I
 
L
V
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
A
K
 
R
V
 
V
T
 
L
A
 
A
L
 
K
E
 
E
T
 
G
A
 
A
Q
 
K
T
 
H
G
 
N
V
 
V
T
 
R
A
 
S
N
 
H
A
 
V
I
 
V
C
 
C
P
|
P
G
|
G
W
x
F
V
|
V
L
 
R
T
|
T
P
 
P
L
 
L
V
 
V
Q
 
D
K
 
K
Q
 
Q
V
 
I
E
 
P
A
 
E
R
 
Q
A
 
A
Q
 
K
K
 
E
D
 
L
G
 
G
I
 
I
P
 
S
V
 
E
E
 
E
Q
 
E
A
 
V
K
 
I
H
 
K
E
 
K
L
 
V
V
 
M
I
 
L
E
 
G
K
 
N
Q
 
T
P
 
V
S
 
D
G
 
G
Q
 
V
F
 
F
V
 
T
T
 
T
P
 
V
D
 
Q
E
 
D
L
 
V
G
 
A
A
 
Q
L
 
T
A
 
V
V
 
L
F
 
F
L
 
L
A
 
S
S
 
A
D
 
F
A
 
P
A
 
S
R
 
A
Q
 
A
V
 
L
R
 
T
G
 
G
V
 
Q
A
 
S
W
 
F
N
 
I
M
 
V
D
 
S
G
 
H
G
 
G
W
 
W
V
 
F
A
 
M
Q
 
Q

Query Sequence

>RR42_RS06570 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS06570
MLKGKTALVTGSTSGIGLGIAQALAAQGANIIVNGFGDAEAAKREIAQAGAGIRVGYHGA
DMSKSAEIEDMMRYADAEFGGADILVNNAGIQHVANIEDFPPERWDAIIAINLTSAFHTT
RLALPGMKRKDWGRIINIASAHGLVASAQKSAYVAAKHGIVGLTKVTALETAQTGVTANA
ICPGWVLTPLVQKQVEARAQKDGIPVEQAKHELVIEKQPSGQFVTPDELGALAVFLASDA
ARQVRGVAWNMDGGWVAQ

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory