SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing RR42_RS09075 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS09075 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 10 hits to proteins with known functional sites (download)

7cyxA Crystal strcuture of glycine oxidase from bacillus cereus atcc 14579 (see paper)
23% identity, 98% coverage: 3:426/432 of query aligns to 4:360/363 of 7cyxA

query
sites
7cyxA
V
 
V
I
 
A
V
 
I
I
|
I
G
|
G
A
 
G
G
|
G
V
|
V
I
|
I
G
 
G
V
 
S
C
 
S
S
 
V
A
 
A
W
 
H
Y
 
F
L
 
L
R
 
A
E
 
E
A
 
R
G
 
G
F
 
H
D
 
K
V
 
V
T
 
A
V
 
I
V
|
V
E
|
E
R
x
K
R
 
Q
A
 
S
A
 
I
P
 
-
A
 
A
Q
 
S
E
|
E
S
x
A
S
|
S
F
 
K
G
 
A
N
x
A
A
 
A
G
|
G
V
x
L
I
 
L
A
 
G
P
 
V
G
 
A
Y
 
Y
V
 
N
T
 
P
P
 
L
W
 
F
A
 
E
A
 
L
P
 
-
G
 
-
M
 
-
P
 
-
G
 
A
K
 
R
V
 
E
L
 
S
R
 
R
N
 
A
L
 
I
F
 
F
A
 
P
S
 
Q
T
 
L
S
 
A
P
 
A
V
 
V
L
 
L
F
 
R
R
 
E
P
 
K
S
 
T
A
 
G
D
 
V
P
 
D
A
 
I
M
 
G
W
 
Y
R
 
E
W
 
-
I
 
-
A
 
-
R
 
-
W
 
-
L
 
-
G
 
-
E
 
E
C
 
K
T
 
G
L
 
I
E
 
Y
R
 
R
Y
 
I
R
 
A
L
 
Q
N
 
N
K
 
E
L
 
D
R
 
E
M
 
K
Q
 
E
R
 
R
L
 
I
A
 
-
F
 
-
Y
 
-
S
 
-
R
 
-
Q
 
-
C
 
-
L
 
L
H
 
H
A
 
I
L
 
M
R
 
-
G
 
-
Q
 
-
L
 
-
Q
 
-
I
 
-
D
 
D
Y
 
W
E
 
Q
Q
 
Q
S
 
K
Q
 
T
G
 
G
Y
 
E
L
 
D
Q
 
S
L
 
Y
F
 
F
R
 
L
T
 
T
Q
 
-
R
 
-
D
 
-
R
 
-
D
 
-
L
 
-
A
 
-
E
 
-
P
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
-
R
 
-
E
 
-
H
 
-
K
 
-
V
 
-
A
 
-
H
 
-
R
 
-
L
 
-
V
 
-
D
 
-
A
 
G
D
 
D
G
 
H
C
 
V
R
 
R
R
 
E
I
 
K
E
 
E
P
 
P
G
 
Y
L
 
L
T
 
S
T
 
E
D
 
S
T
 
-
P
 
-
L
 
I
A
 
I
G
 
G
G
 
A
L
 
V
H
 
Y
L
 
Y
P
 
P
E
 
K
D
 
D
E
 
G
S
 
H
G
 
V
N
 
I
C
 
A
P
 
P
M
 
E
F
 
L
V
 
T
R
 
K
R
 
A
L
 
F
R
 
A
V
 
H
L
 
S
A
 
A
E
 
A
A
 
I
A
 
S
G
 
G
V
 
A
R
 
D
F
 
I
V
 
Y
M
 
E
D
 
Q
S
 
T
D
 
E
A
x
V
S
 
F
A
 
D
L
 
I
R
 
R
P
 
-
L
 
-
P
 
-
G
 
-
G
 
-
K
 
-
L
 
-
S
 
-
L
 
-
D
 
-
L
 
I
R
 
E
S
 
N
T
 
N
A
 
K
A
 
V
G
 
T
D
 
G
A
 
V
R
 
I
S
 
T
A
 
S
R
 
E
G
 
G
V
 
I
R
 
-
E
 
-
T
 
-
L
 
V
T
 
T
A
 
C
D
 
E
R
 
K
V
 
V
L
 
V
V
 
I
S
 
A
A
x
G
G
|
G
I
 
S
A
x
W
S
 
S
A
 
T
A
 
K
L
 
L
L
 
L
R
 
S
P
 
Y
L
 
F
G
 
H
L
 
R
R
 
D
I
 
W
P
 
G
L
 
T
Y
 
Y
P
 
P
V
 
V
K
 
K
G
 
G
Y
 
E
S
 
V
A
 
V
T
 
A
V
 
V
H
 
R
V
 
S
S
 
R
D
 
K
E
 
Q
L
 
L
-
 
L
Q
 
K
A
 
A
P
 
P
L
 
I
G
 
-
A
 
-
L
 
-
M
 
F
D
 
Q
E
 
E
S
 
R
Y
 
F
K
 
Y
V
 
I
A
 
T
I
 
P
T
 
K
R
 
R
M
 
-
G
 
G
N
 
G
R
 
R
L
 
Y
R
 
V
I
 
I
A
 
G
G
 
A
T
 
T
A
 
M
E
 
K
L
 
P
G
 
H
S
 
T
R
 
F
K
 
N
L
 
K
D
 
T
L
 
V
R
 
Q
P
 
P
A
 
E
A
 
S
I
 
I
N
 
T
T
 
S
L
 
I
L
 
L
K
 
E
V
 
R
A
 
A
R
 
Y
D
 
T
W
 
I
F
 
L
P
 
P
V
 
A
A
 
L
G
 
K
H
 
E
Y
 
A
G
 
E
T
 
W
A
 
E
T
 
S
L
 
T
W
 
W
A
 
A
G
|
G
A
 
L
R
|
R
P
|
P
M
 
Q
L
 
S
P
 
N
D
 
H
G
 
E
P
 
A
P
 
P
L
 
Y
I
 
M
G
 
G
A
 
E
-
 
H
T
 
E
A
 
E
V
 
I
P
 
K
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
L
 
A
N
 
C
L
 
T
G
 
G
H
 
H
G
x
Y
S
x
R
T
x
N
G
|
G
W
x
I
A
 
L
M
 
L
A
 
S
C
 
P
G
 
I
S
 
S
G
 
G
R
 
Q
I
 
Y
A
 
M
A
 
A
D
 
D
L
 
L
I
 
I
A
 
E
G
 
G
N
 
K
R
 
Q
P
 
E
G
 
N
I
 
H
D
 
L
L
 
L
D
 
D
G
 
S
L
 
L
T
 
L
P
 
S
D
 
R
R
 
R

S5FMM4 Glycine oxidase; GO; BliGO; EC 1.4.3.19 from Bacillus licheniformis (see paper)
29% identity, 37% coverage: 254:413/432 of query aligns to 192:349/369 of S5FMM4

query
sites
S5FMM4
T
 
T
L
 
A
T
 
E
A
 
A
D
 
E
R
 
H
V
 
A
L
 
V
V
 
I
S
 
A
A
x
S
G
 
G
I
 
V
A
 
W
S
 
S
A
 
G
A
 
A
L
 
L
L
 
F
R
 
K
P
 
Q
L
 
I
G
 
G
L
 
L
R
 
D
I
 
K
P
 
R
L
 
F
Y
 
Y
P
 
P
V
 
V
K
 
K
G
 
G
Y
 
E
S
 
C
A
 
L
T
 
S
V
 
V
H
 
-
V
 
W
S
 
N
D
 
D
E
 
G
L
 
I
Q
 
S
A
 
L
P
 
T
L
 
R
G
 
T
A
 
L
L
 
Y
M
 
H
D
 
D
E
 
H
S
 
C
Y
 
Y
K
 
-
V
 
-
A
 
I
I
 
V
T
 
P
R
 
R
M
 
H
G
 
S
N
 
G
R
 
R
L
 
L
R
 
V
I
 
V
A
 
G
G
 
A
T
 
T
A
 
M
E
 
K
L
 
P
G
 
G
S
 
D
R
 
W
K
 
N
L
 
E
D
 
Q
L
 
P
R
 
E
P
 
L
A
 
G
A
 
G
I
 
I
N
 
E
T
 
E
L
 
L
L
 
I
K
 
R
V
 
K
A
 
A
R
 
K
D
 
S
W
 
M
F
 
L
P
 
P
V
 
G
A
 
I
G
 
E
H
 
S
Y
 
M
G
 
K
T
 
I
A
 
D
T
 
Q
L
 
C
W
 
W
A
 
A
G
 
G
A
 
L
R
 
R
P
 
P
M
 
E
L
 
T
P
 
G
D
 
D
G
 
G
P
 
N
P
 
P
L
 
Y
I
 
I
G
 
G
A
 
R
T
 
H
A
 
P
V
 
E
P
 
N
G
 
D
-
 
R
L
 
I
Y
 
L
L
 
F
N
 
A
L
 
A
G
 
G
H
 
H
G
 
F
S
 
R
T
 
N
G
 
G
W
x
I
A
 
L
M
 
L
A
 
A
C
 
P
G
 
A
S
 
T
G
 
G
R
 
E
I
 
M
A
x
M
A
 
A
D
 
D
L
 
M
I
 
I
A
 
L
G
 
G
N
 
N

Sites not aligning to the query:

4yshB Crystal structure of glycine oxidase from geobacillus kaustophilus
27% identity, 45% coverage: 235:427/432 of query aligns to 179:368/368 of 4yshB

query
sites
4yshB
L
 
F
D
 
D
L
 
I
R
 
R
S
 
S
T
 
D
A
 
S
A
 
S
G
 
G
D
 
H
A
 
V
R
 
L
S
 
D
A
 
T
R
 
T
G
 
G
V
 
-
R
 
-
E
 
G
T
 
T
L
 
F
T
 
A
A
 
A
D
 
E
R
 
A
V
 
V
L
 
V
V
 
I
S
 
A
A
x
S
G
 
G
I
 
A
A
x
W
S
 
A
A
 
A
A
 
R
L
 
L
L
 
G
R
 
A
P
 
R
L
 
V
G
 
G
L
 
L
R
 
S
I
 
L
P
 
S
L
 
V
Y
 
Y
P
 
P
V
 
V
K
 
K
G
 
G
Y
 
E
S
 
C
A
 
V
T
 
M
V
 
V
H
 
-
V
 
-
S
 
-
D
 
-
E
 
-
L
 
-
Q
 
R
A
 
A
P
 
P
L
 
V
G
 
P
A
 
L
L
 
L
M
 
Q
D
 
T
E
 
T
S
 
V
Y
 
F
K
 
A
-
 
K
-
 
N
-
x
G
-
 
C
V
x
Y
A
 
I
I
 
V
T
 
P
R
 
K
M
 
S
G
 
G
N
 
N
R
 
R
L
 
L
R
 
L
I
|
I
A
 
G
G
x
A
T
 
T
A
 
S
E
 
T
L
 
P
G
 
G
S
 
T
R
 
F
K
 
D
L
 
R
D
 
R
L
 
V
R
 
S
P
 
A
A
 
G
A
 
G
I
 
V
N
 
M
T
 
N
L
|
L
L
 
L
K
 
H
V
 
R
A
 
A
R
 
A
D
 
H
W
 
L
F
 
V
P
 
P
V
 
D
A
 
I
G
 
E
H
 
Q
Y
 
A
G
 
E
T
 
W
A
 
V
T
 
A
L
 
S
W
 
W
A
 
S
G
|
G
A
 
I
R
|
R
P
 
P
M
 
Q
L
 
T
P
 
E
D
 
D
G
 
G
P
 
L
P
 
P
L
 
Y
I
 
L
G
 
G
A
 
E
T
 
H
-
 
P
A
 
E
V
 
R
P
 
R
G
 
G
L
 
L
Y
 
F
L
 
V
N
 
A
L
 
A
G
 
G
H
|
H
G
 
Y
S
x
R
T
x
N
G
|
G
W
x
I
A
x
L
M
 
L
A
 
S
C
 
P
G
 
L
S
 
T
G
 
G
R
 
L
I
 
L
A
 
V
A
 
A
D
 
D
L
 
L
I
 
V
A
 
E
G
 
R
N
 
K
R
 
E
P
 
T
G
 
A
I
 
F
D
 
D
L
 
L
D
 
A
G
 
P
L
 
F
T
 
S
P
 
L
D
 
T
R
 
R
Y
 
H

Sites not aligning to the query:

Q5L2C2 Glycine oxidase; GO; GOX; GOXK; EC 1.4.3.19 from Geobacillus kaustophilus (strain HTA426)
27% identity, 45% coverage: 235:427/432 of query aligns to 181:370/377 of Q5L2C2

query
sites
Q5L2C2
L
 
F
D
 
D
L
 
I
R
 
R
S
 
S
T
 
D
A
 
S
A
 
S
G
 
G
D
 
H
A
 
V
R
 
L
S
 
D
A
 
T
R
 
T
G
 
G
V
 
-
R
 
-
E
 
G
T
 
T
L
 
F
T
 
A
A
 
A
D
 
E
R
 
A
V
 
V
L
 
V
V
 
I
S
 
A
A
 
S
G
 
G
I
 
A
A
 
W
S
 
A
A
 
A
A
 
R
L
 
L
L
 
G
R
 
A
P
 
R
L
 
V
G
 
G
L
 
L
R
 
S
I
 
L
P
 
S
L
 
V
Y
 
Y
P
 
P
V
 
V
K
 
K
G
 
G
Y
 
E
S
 
C
A
 
V
T
 
M
V
 
V
H
 
-
V
 
-
S
 
-
D
 
-
E
 
-
L
 
-
Q
 
R
A
 
A
P
 
P
L
 
V
G
 
P
A
 
L
L
 
L
M
 
Q
D
 
T
E
 
T
S
 
V
Y
 
F
K
 
A
-
 
K
-
 
N
-
 
G
-
 
C
V
 
Y
A
 
I
I
 
V
T
 
P
R
 
K
M
 
S
G
 
G
N
 
N
R
 
R
L
 
L
R
 
L
I
 
I
A
 
G
G
 
A
T
 
T
A
 
S
E
 
T
L
 
P
G
 
G
S
 
T
R
 
F
K
 
D
L
 
R
D
 
R
L
 
V
R
 
S
P
 
A
A
 
G
A
 
G
I
 
V
N
 
M
T
 
N
L
 
L
L
 
L
K
 
H
V
 
R
A
 
A
R
 
A
D
 
H
W
 
L
F
 
V
P
 
P
V
 
D
A
 
I
G
 
E
H
 
Q
Y
 
A
G
 
E
T
 
W
A
 
V
T
 
A
L
 
S
W
 
W
A
 
S
G
 
G
A
 
I
R
|
R
P
 
P
M
 
Q
L
 
T
P
 
E
D
 
D
G
 
G
P
 
L
P
 
P
L
 
Y
I
 
L
G
 
G
A
 
E
T
 
H
-
 
P
A
 
E
V
 
R
P
 
R
G
 
G
L
 
L
Y
 
F
L
 
V
N
 
A
L
 
A
G
 
G
H
|
H
G
x
Y
S
x
R
T
x
N
G
|
G
W
x
I
A
x
L
M
 
L
A
 
S
C
 
P
G
 
L
S
 
T
G
 
G
R
 
L
I
 
L
A
 
V
A
 
A
D
 
D
L
 
L
I
 
V
A
 
E
G
 
R
N
 
K
R
 
E
P
 
T
G
 
A
I
 
F
D
 
D
L
 
L
D
 
A
G
 
P
L
 
F
T
 
S
P
 
L
D
 
T
R
 
R
Y
 
H

Sites not aligning to the query:

4yshA Crystal structure of glycine oxidase from geobacillus kaustophilus
27% identity, 45% coverage: 235:427/432 of query aligns to 179:368/370 of 4yshA

query
sites
4yshA
L
 
F
D
 
D
L
 
I
R
 
R
S
 
S
T
 
D
A
 
S
A
 
S
G
 
G
D
 
H
A
 
V
R
 
L
S
 
D
A
 
T
R
 
T
G
 
G
V
 
-
R
 
-
E
 
G
T
 
T
L
 
F
T
 
A
A
 
A
D
 
E
R
 
A
V
 
V
L
 
V
V
 
I
S
 
A
A
x
S
G
|
G
I
 
A
A
x
W
S
 
A
A
 
A
A
 
R
L
 
L
L
 
G
R
 
A
P
 
R
L
 
V
G
 
G
L
 
L
R
 
S
I
 
L
P
 
S
L
 
V
Y
 
Y
P
 
P
V
 
V
K
 
K
G
 
G
Y
 
E
S
 
C
A
 
V
T
 
M
V
 
V
H
 
-
V
 
-
S
 
-
D
 
-
E
 
-
L
 
-
Q
 
R
A
 
A
P
 
P
L
 
V
G
 
P
A
 
L
L
 
L
M
 
Q
D
 
T
E
 
T
S
 
V
Y
 
F
K
 
A
-
 
K
-
 
N
-
 
G
-
 
C
V
 
Y
A
 
I
I
 
V
T
 
P
R
 
K
M
 
S
G
 
G
N
 
N
R
 
R
L
 
L
R
 
L
I
|
I
A
 
G
G
 
A
T
 
T
A
 
S
E
 
T
L
 
P
G
 
G
S
 
T
R
 
F
K
 
D
L
 
R
D
 
R
L
 
V
R
 
S
P
 
A
A
 
G
A
 
G
I
 
V
N
 
M
T
 
N
L
|
L
L
 
L
K
 
H
V
 
R
A
 
A
R
 
A
D
 
H
W
 
L
F
 
V
P
 
P
V
 
D
A
 
I
G
 
E
H
 
Q
Y
 
A
G
 
E
T
 
W
A
 
V
T
 
A
L
 
S
W
 
W
A
 
S
G
|
G
A
 
I
R
|
R
P
 
P
M
 
Q
L
 
T
P
 
E
D
 
D
G
 
G
P
 
L
P
 
P
L
 
Y
I
 
L
G
 
G
A
 
E
T
 
H
-
 
P
A
 
E
V
 
R
P
 
R
G
 
G
L
 
L
Y
 
F
L
 
V
N
 
A
L
 
A
G
 
G
H
|
H
G
 
Y
S
x
R
T
x
N
G
|
G
W
x
I
A
x
L
M
 
L
A
 
S
C
 
P
G
 
L
S
 
T
G
 
G
R
 
L
I
 
L
A
 
V
A
 
A
D
 
D
L
 
L
I
 
V
A
 
E
G
 
R
N
 
K
R
 
E
P
 
T
G
 
A
I
 
F
D
 
D
L
 
L
D
 
A
G
 
P
L
 
F
T
 
S
P
 
L
D
 
T
R
 
R
Y
 
H

Sites not aligning to the query:

O31616 Glycine oxidase; GO; EC 1.4.3.19 from Bacillus subtilis (strain 168) (see 3 papers)
26% identity, 38% coverage: 257:418/432 of query aligns to 195:354/369 of O31616

query
sites
O31616
A
 
A
D
 
N
R
 
H
V
 
V
L
 
V
V
 
V
S
 
A
A
 
S
G
 
G
I
 
V
A
 
W
S
 
S
A
 
G
A
 
M
L
 
F
L
 
F
R
 
K
P
 
Q
L
 
L
G
 
G
L
 
L
R
 
N
I
 
N
P
 
A
L
 
F
Y
 
L
P
 
P
V
 
V
K
 
K
G
 
G
Y
 
E
S
 
C
A
 
L
T
 
S
V
 
V
H
 
W
V
 
N
S
 
D
D
 
D
E
 
-
L
 
-
Q
 
-
A
 
I
P
 
P
L
 
L
G
 
T
A
 
K
L
 
T
M
 
L
D
 
Y
E
 
H
S
 
D
Y
x
H
K
 
C
V
 
Y
A
 
I
I
 
V
T
 
P
R
 
R
M
 
K
G
 
S
N
 
G
R
 
R
L
 
L
R
 
V
I
 
V
A
 
G
G
 
A
T
 
T
A
 
M
E
 
K
L
 
P
G
 
G
S
 
D
R
 
W
K
 
S
L
 
E
D
 
T
L
 
P
R
 
D
P
 
L
A
 
G
A
 
G
I
 
L
N
 
E
T
 
S
L
 
V
L
 
M
K
 
K
V
 
K
A
 
A
R
 
K
D
 
T
W
 
M
F
 
L
P
 
P
V
 
A
A
 
I
G
 
Q
H
 
N
Y
 
M
G
 
K
T
 
V
A
 
D
T
 
R
L
 
F
W
 
W
A
 
A
G
 
G
A
 
L
R
|
R
P
 
P
M
 
G
L
 
T
P
 
K
D
 
D
G
 
G
P
 
K
P
 
P
L
 
Y
I
 
I
G
 
G
A
 
R
T
 
H
A
 
P
V
 
E
P
 
D
G
 
S
-
 
R
L
 
I
Y
 
L
L
 
F
N
 
A
L
 
A
G
 
G
H
|
H
G
x
F
S
x
R
T
x
N
G
|
G
W
x
I
A
x
L
M
 
L
A
 
A
C
 
P
G
 
A
S
 
T
G
 
G
R
 
A
I
 
L
A
 
I
A
 
S
D
 
D
L
 
L
I
 
I
A
 
M
G
 
N
N
 
K
R
 
E
P
 
V
G
 
N
I
 
Q
D
 
D

Sites not aligning to the query:

1ng3A Complex of thio (glycine oxidase) with acetyl-glycine (see paper)
26% identity, 38% coverage: 257:418/432 of query aligns to 195:354/364 of 1ng3A

query
sites
1ng3A
A
 
A
D
 
N
R
 
H
V
 
V
L
 
V
V
 
V
S
 
A
A
x
S
G
|
G
I
 
V
A
x
W
S
 
S
A
 
G
A
 
M
L
x
F
L
 
F
R
 
K
P
 
Q
L
 
L
G
 
G
L
 
L
R
 
N
I
 
N
P
 
A
L
 
F
Y
 
L
P
 
P
V
 
V
K
 
K
G
 
G
Y
 
E
S
 
C
A
 
L
T
 
S
V
 
V
H
 
W
V
 
N
S
 
D
D
 
D
E
 
-
L
 
-
Q
 
-
A
 
I
P
 
P
L
 
L
G
 
T
A
 
K
L
 
T
M
 
L
D
 
Y
E
 
H
S
 
D
Y
 
H
K
 
C
V
x
Y
A
 
I
I
 
V
T
 
P
R
 
R
M
 
K
G
 
S
N
 
G
R
|
R
L
 
L
R
 
V
I
 
V
A
 
G
G
 
A
T
 
T
A
 
M
E
 
K
L
 
P
G
 
G
S
 
D
R
 
W
K
 
S
L
 
E
D
 
T
L
 
P
R
 
D
P
 
L
A
 
G
A
 
G
I
 
L
N
 
E
T
 
S
L
 
V
L
 
M
K
 
K
V
 
K
A
 
A
R
 
K
D
 
T
W
 
M
F
 
L
P
 
P
V
 
P
A
 
I
G
 
Q
H
 
N
Y
 
M
G
 
K
T
 
V
A
 
D
T
 
R
L
 
F
W
 
W
A
 
A
G
|
G
A
 
L
R
|
R
P
 
P
M
 
G
L
 
T
P
 
K
D
 
D
G
 
G
P
 
K
P
 
P
L
 
Y
I
 
I
G
 
G
A
 
R
T
 
H
A
 
P
V
 
E
P
 
D
G
 
S
-
 
R
L
 
I
Y
 
L
L
 
F
N
 
A
L
 
A
G
 
G
H
|
H
G
 
F
S
x
R
T
x
N
G
|
G
W
x
I
A
 
L
M
 
L
A
 
A
C
 
P
G
 
A
S
 
T
G
 
G
R
 
A
I
 
L
A
 
I
A
 
S
D
 
D
L
 
L
I
 
I
A
 
M
G
 
N
N
 
K
R
 
E
P
 
V
G
 
N
I
 
Q
D
 
D

Sites not aligning to the query:

3if9A Crystal structure of glycine oxidase g51s/a54r/h244a mutant in complex with inhibitor glycolate (see paper)
26% identity, 38% coverage: 257:418/432 of query aligns to 195:354/364 of 3if9A

query
sites
3if9A
A
 
A
D
 
N
R
 
H
V
 
V
L
 
V
V
 
V
S
 
A
A
x
S
G
|
G
I
 
V
A
x
W
S
 
S
A
 
G
A
 
M
L
x
F
L
 
F
R
 
K
P
 
Q
L
 
L
G
 
G
L
 
L
R
 
N
I
 
N
P
 
A
L
 
F
Y
 
L
P
 
P
V
 
V
K
 
K
G
 
G
Y
 
E
S
 
C
A
 
L
T
 
S
V
 
V
H
 
W
V
 
N
S
 
D
D
 
D
E
 
-
L
 
-
Q
 
-
A
 
I
P
 
P
L
 
L
G
 
T
A
 
K
L
 
T
M
 
L
D
 
Y
E
 
H
S
 
D
Y
 
A
K
 
C
V
x
Y
A
 
I
I
 
V
T
 
P
R
 
R
M
 
K
G
 
S
N
 
G
R
 
R
L
 
L
R
 
V
I
 
V
A
 
G
G
 
A
T
 
T
A
 
M
E
 
K
L
 
P
G
 
G
S
 
D
R
 
W
K
 
S
L
 
E
D
 
T
L
 
P
R
 
D
P
 
L
A
 
G
A
 
G
I
 
L
N
 
E
T
 
S
L
 
V
L
 
M
K
 
K
V
 
K
A
 
A
R
 
K
D
 
T
W
 
M
F
 
L
P
 
P
V
 
A
A
 
I
G
 
Q
H
 
N
Y
 
M
G
 
K
T
 
V
A
 
D
T
 
R
L
 
F
W
 
W
A
 
A
G
|
G
A
 
L
R
|
R
P
 
P
M
 
G
L
 
T
P
 
K
D
 
D
G
 
G
P
 
K
P
 
P
L
 
Y
I
 
I
G
 
G
A
 
R
T
 
H
A
 
P
V
 
E
P
 
D
G
 
S
-
 
R
L
 
I
Y
 
L
L
 
F
N
 
A
L
 
A
G
 
G
H
|
H
G
x
F
S
x
R
T
x
N
G
|
G
W
x
I
A
 
L
M
 
L
A
 
A
C
 
P
G
 
A
S
 
T
G
 
G
R
 
A
I
 
L
A
 
I
A
 
S
D
 
D
L
 
L
I
 
I
A
 
M
G
 
N
N
 
K
R
 
E
P
 
V
G
 
N
I
 
Q
D
 
D

Sites not aligning to the query:

5i39A High resolution structure of l-amino acid deaminase from proteus vulgaris with the deletion of the specific insertion sequence (see paper)
27% identity, 56% coverage: 177:418/432 of query aligns to 154:374/383 of 5i39A

query
sites
5i39A
G
 
G
L
 
A
T
 
T
T
 
T
D
 
D
T
 
W
P
 
K
L
 
I
A
 
A
G
 
G
G
 
F
L
 
-
H
 
-
L
 
-
P
 
-
E
 
E
D
 
E
E
 
D
S
 
S
G
 
G
N
 
S
C
 
F
P
 
D
M
 
P
F
 
E
V
 
V
R
 
A
R
 
T
L
 
F
R
 
-
V
 
V
L
 
M
A
 
A
E
 
E
A
 
Y
A
 
A
-
 
K
-
 
K
-
 
M
G
 
G
V
 
V
R
 
R
F
 
I
V
 
Y
M
 
T
D
 
Q
S
 
C
D
x
A
A
|
A
S
 
R
A
 
G
L
 
L
R
 
E
P
 
T
L
 
Q
P
 
A
G
 
G
G
 
-
K
 
-
L
 
-
S
 
-
L
 
-
D
 
-
L
 
-
R
 
-
S
 
-
T
 
-
A
 
V
A
 
I
G
 
S
D
 
D
A
 
V
R
 
V
S
 
T
A
 
E
R
 
K
G
 
G
V
 
A
R
 
I
E
 
K
T
 
T
L
 
-
T
 
-
A
 
-
D
 
S
R
 
Q
V
 
V
L
 
V
V
 
V
S
 
A
A
x
G
G
|
G
I
 
V
A
x
W
S
 
S
A
 
R
A
 
L
L
 
F
L
 
M
R
 
Q
P
 
N
L
 
L
G
 
N
L
 
V
R
 
D
I
 
V
P
 
P
L
 
T
Y
 
L
P
 
P
V
 
-
K
 
-
G
 
A
Y
 
Y
S
x
Q
A
 
S
T
x
Q
V
 
Q
H
 
L
V
 
I
S
 
S
D
 
G
E
 
S
L
 
P
Q
 
T
A
 
A
P
 
P
L
 
G
G
 
G
A
 
-
L
 
-
M
 
-
D
 
-
E
 
-
S
 
-
Y
 
-
K
 
N
V
 
V
A
 
A
I
 
L
T
x
P
R
 
G
-
 
G
M
 
I
G
 
F
N
 
F
R
 
R
L
 
E
R
 
Q
I
 
A
A
 
D
G
 
G
T
 
T
A
 
Y
E
 
A
L
 
T
G
 
S
S
 
P
R
 
R
K
 
V
L
 
I
D
 
V
L
 
A
R
 
L
P
 
P
-
 
D
-
 
L
A
 
P
A
 
E
I
 
L
N
 
N
T
 
A
L
 
S
L
 
L
K
 
E
V
 
K
A
 
L
R
 
K
D
 
A
W
 
E
F
 
F
P
 
P
V
 
A
A
 
F
G
 
K
H
 
E
Y
 
S
G
 
K
T
 
L
A
 
I
T
 
D
L
 
Q
W
 
W
A
 
S
G
|
G
A
 
A
R
x
M
P
 
A
M
 
I
L
 
A
P
 
P
D
 
D
G
 
E
P
 
N
P
 
P
L
 
I
I
 
I
G
 
S
A
 
E
T
 
V
A
 
K
-
 
E
V
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
Y
 
V
L
 
I
N
 
N
L
 
T
G
 
-
H
 
-
G
 
-
S
 
A
T
|
T
G
|
G
W
|
W
A
x
G
M
|
M
A
x
T
C
 
E
G
 
S
-
 
P
-
 
V
S
 
S
G
 
A
R
 
E
I
 
L
A
 
T
A
 
A
D
 
D
L
 
L
I
 
L
A
 
L
G
 
G
N
 
K
R
 
K
P
 
P
G
 
V
I
 
L
D
 
D

Sites not aligning to the query:

6pxsA Crystal structure of iminodiacetate oxidase (idaa) from chelativorans sp. Bnc1 (see paper)
24% identity, 98% coverage: 1:424/432 of query aligns to 1:365/370 of 6pxsA

query
sites
6pxsA
M
 
M
H
 
R
V
 
V
I
 
L
V
 
I
I
 
I
G
|
G
A
 
A
G
|
G
V
x
I
I
 
L
G
 
G
V
 
A
C
 
S
S
 
A
A
 
A
W
 
Y
Y
 
H
L
 
L
R
 
A
E
 
R
A
 
L
G
 
G
F
 
A
D
 
Q
V
 
V
T
 
E
V
 
I
V
 
I
E
x
D
R
 
-
R
 
-
A
 
-
A
 
-
P
 
-
A
 
-
Q
 
-
E
 
Q
S
x
N
S
x
H
F
 
P
G
 
G
N
x
K
A
|
A
G
x
T
V
 
L
I
x
A
A
x
G
P
x
A
G
|
G
Y
x
V
V
 
V
T
 
C
P
 
P
W
 
W
A
 
A
A
 
T
P
 
-
G
 
-
M
 
-
P
 
-
G
 
-
K
 
-
V
 
-
L
 
-
R
 
-
N
 
-
L
 
-
F
 
-
A
 
-
S
 
-
T
 
-
S
 
-
P
 
-
V
 
-
L
 
-
F
 
-
R
 
-
P
 
-
S
 
E
A
 
A
D
 
D
P
 
D
A
 
P
M
 
D
W
 
W
R
 
-
W
 
-
I
 
-
A
 
-
R
 
-
W
 
-
L
 
-
G
 
-
E
 
-
C
 
-
T
 
-
L
 
-
E
 
-
R
 
-
Y
 
-
R
 
-
L
 
-
N
 
-
K
 
Y
L
 
L
R
 
L
M
 
Y
Q
 
A
R
 
R
L
 
G
A
 
A
F
 
R
Y
 
Y
S
 
Y
R
 
G
Q
 
T
C
 
L
L
 
I
H
 
E
A
 
E
L
 
L
R
 
R
G
 
G
Q
 
Q
L
 
G
Q
 
E
I
 
T
D
 
E
Y
 
L
E
 
G
Q
 
Y
S
 
S
Q
 
R
-
 
V
G
 
G
Y
 
A
L
 
L
Q
 
V
L
 
L
F
 
A
R
 
E
T
 
D
Q
 
R
R
 
A
D
 
R
R
 
L
D
 
D
L
 
T
A
 
I
E
 
E
P
 
G
A
 
R
L
 
I
A
 
S
L
 
-
L
 
-
R
 
R
E
 
R
H
 
I
K
 
K
V
 
D
A
 
A
H
 
P
-
 
E
-
 
A
-
 
G
-
 
T
-
 
V
R
 
R
L
 
R
V
 
L
D
 
G
A
 
A
D
 
G
G
 
E
C
 
A
R
 
K
R
 
R
I
 
L
E
 
F
P
 
P
G
 
P
L
 
L
T
 
R
T
 
D
D
 
D
T
 
L
P
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
G
 
-
L
 
-
H
 
-
L
 
-
P
 
-
E
 
-
D
 
-
E
 
E
S
 
A
G
 
I
N
 
H
C
 
I
P
 
P
M
 
G
F
 
G
V
 
A
R
 
R
R
 
V
L
 
D
R
 
G
V
 
R
L
 
L
A
 
L
E
 
A
A
 
A
A
 
S
G
 
M
V
 
L
R
 
R
F
 
V
V
 
A
M
 
I
D
 
S
S
 
S
D
 
G
A
 
A
S
 
T
A
 
-
L
 
-
R
 
-
P
 
-
L
 
L
P
 
R
G
 
N
G
 
D
K
x
Y
L
 
V
S
 
S
L
 
L
D
 
R
L
 
L
R
 
N
S
 
D
T
 
-
A
 
-
A
 
-
G
 
G
D
 
R
A
 
A
R
 
E
S
 
C
A
 
L
R
 
G
G
 
S
V
 
D
R
 
G
E
 
R
T
 
P
L
 
I
T
 
P
A
 
A
D
 
D
R
 
E
V
 
I
L
 
I
V
 
V
S
 
T
A
|
A
G
 
G
I
 
A
A
x
W
S
 
A
A
 
A
A
 
Q
L
x
I
L
 
L
R
 
A
P
 
L
L
 
L
G
 
G
L
 
L
R
 
R
I
 
H
P
 
P
L
 
V
Y
 
V
P
 
P
V
 
Q
K
 
K
G
 
G
Y
 
Q
S
 
I
A
 
I
T
 
H
V
 
L
H
 
H
V
 
L
S
 
P
D
 
G
E
 
V
L
 
A
Q
 
T
A
 
S
-
 
G
-
 
W
P
 
P
L
 
V
G
 
V
A
 
L
L
 
P
M
 
M
D
 
N
E
 
S
S
 
Y
Y
|
Y
K
 
M
V
 
L
A
 
A
I
 
F
T
 
D
R
 
D
M
 
-
G
 
-
N
 
S
R
 
R
L
 
V
R
 
V
I
 
V
A
 
G
G
 
A
T
 
T
A
 
R
E
 
E
L
 
D
G
 
G
S
 
S
R
 
-
K
 
G
L
 
F
D
 
D
L
 
Y
R
 
R
P
 
V
A
 
T
A
 
A
I
 
R
N
 
G
T
 
Q
L
 
-
L
 
L
K
 
E
V
 
V
A
 
L
R
 
Q
D
 
A
W
 
G
F
 
L
P
 
G
V
 
I
A
 
A
G
 
P
H
 
G
Y
 
L
G
 
A
T
 
D
A
 
A
T
 
T
-
 
H
-
 
I
-
 
E
L
 
T
W
 
R
A
 
V
G
|
G
A
 
F
R
|
R
P
 
P
M
 
A
L
 
G
P
 
S
D
 
A
G
 
M
P
 
R
P
 
P
L
 
I
I
 
L
G
 
G
-
 
R
A
 
V
T
 
P
A
 
Q
V
 
I
P
 
A
G
 
G
L
 
L
Y
 
T
L
 
I
N
 
G
L
 
N
G
 
G
H
 
L
G
|
G
S
x
A
T
x
S
G
|
G
W
x
L
A
x
T
M
 
V
A
 
G
C
 
P
G
 
F
S
 
A
G
 
G
R
 
H
I
 
L
A
 
L
A
 
A
D
 
G
L
 
V
I
 
V
A
 
M
G
 
G
N
 
E
R
 
P
P
 
A
G
 
E
I
 
V
D
 
P
L
 
L
D
 
E
G
 
R
L
 
Y
T
 
S
P
 
P

Query Sequence

>RR42_RS09075 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS09075
MHVIVIGAGVIGVCSAWYLREAGFDVTVVERRAAPAQESSFGNAGVIAPGYVTPWAAPGM
PGKVLRNLFASTSPVLFRPSADPAMWRWIARWLGECTLERYRLNKLRMQRLAFYSRQCLH
ALRGQLQIDYEQSQGYLQLFRTQRDRDLAEPALALLREHKVAHRLVDADGCRRIEPGLTT
DTPLAGGLHLPEDESGNCPMFVRRLRVLAEAAGVRFVMDSDASALRPLPGGKLSLDLRST
AAGDARSARGVRETLTADRVLVSAGIASAALLRPLGLRIPLYPVKGYSATVHVSDELQAP
LGALMDESYKVAITRMGNRLRIAGTAELGSRKLDLRPAAINTLLKVARDWFPVAGHYGTA
TLWAGARPMLPDGPPLIGATAVPGLYLNLGHGSTGWAMACGSGRIAADLIAGNRPGIDLD
GLTPDRYGLGPR

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory