SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing RR42_RS10060 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS10060 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

6laaA Crystal structure of full-length cyp116b46 from tepidiphilus thermophilus (see paper)
29% identity, 83% coverage: 54:333/339 of query aligns to 487:750/753 of 6laaA

query
sites
6laaA
R
|
R
S
x
Q
Y
|
Y
S
|
S
L
 
L
S
 
C
S
 
S
S
 
D
P
 
P
E
 
E
A
 
N
G
 
R
G
 
D
L
 
A
P
 
W
V
 
R
V
 
V
T
 
A
V
 
V
K
x
Q
R
 
R
I
 
D
P
 
P
G
 
A
G
x
S
R
|
R
A
 
G
-
x
G
S
|
S
G
 
R
W
 
W
F
 
I
H
 
H
A
 
E
H
 
E
V
 
V
D
 
R
A
 
P
G
 
G
T
 
M
R
 
L
L
 
L
E
 
R
V
 
V
S
 
R
A
 
G
P
 
P
T
 
R
G
 
N
R
 
S
F
 
F
V
 
R
C
 
L
E
 
D
D
 
E
M
 
H
G
 
A
A
 
P
P
 
R
L
 
Y
F
 
L
F
 
F
C
 
L
A
 
A
A
 
G
G
 
G
S
x
I
G
 
G
I
 
I
T
 
T
P
 
P
V
 
I
L
 
M
S
 
T
M
 
M
I
 
A
R
 
A
S
 
R
A
 
A
L
 
-
A
 
K
S
 
E
T
 
L
S
 
G
S
 
T
A
 
D
M
 
Y
T
 
E
L
 
L
Y
 
H
Y
 
Y
A
 
S
N
 
V
R
 
R
D
 
S
A
 
R
A
 
T
S
 
S
T
 
L
I
 
I
F
 
F
A
 
V
A
 
D
Q
 
E
I
 
L
A
 
R
K
 
Q
L
 
I
S
 
-
R
 
-
D
 
-
H
 
H
S
 
G
D
 
D
R
 
R
L
 
L
A
 
H
V
 
V
H
 
Y
L
 
V
H
 
S
H
 
E
D
 
E
D
 
G
T
 
V
D
 
-
G
 
-
F
 
-
P
 
-
E
 
-
R
 
R
G
 
N
K
 
D
I
 
L
A
 
A
A
 
A
L
 
L
L
 
I
S
 
R
-
 
R
A
 
A
V
 
S
P
 
A
H
 
G
C
 
T
Q
 
Q
L
 
I
Y
 
Y
L
 
A
C
 
C
G
 
G
P
 
P
G
 
Q
P
 
R
F
 
M
M
 
L
Q
 
D
T
 
T
V
 
L
L
 
E
E
 
R
A
 
L
A
 
I
E
 
E
V
 
-
A
 
-
G
 
N
M
 
R
G
 
P
P
 
E
G
 
V
C
 
T
V
 
L
H
 
R
L
 
V
E
|
E
R
 
H
F
|
F
D
 
F
A
 
G
A
 
E
A
 
P
Q
 
S
E
 
H
P
 
L
E
 
D
V
 
P
A
 
A
S
 
K
A
 
E
A
 
R
P
 
P
M
 
F
P
 
-
A
 
-
Q
 
-
A
 
-
C
 
-
D
 
-
A
 
-
T
 
Q
V
 
V
T
 
V
L
 
L
G
 
R
G
 
N
A
 
S
L
 
G
H
 
L
V
 
T
V
 
V
R
 
E
V
 
V
A
 
P
S
 
A
G
 
D
Q
 
K
S
 
T
L
 
L
L
 
L
Q
 
E
A
 
V
A
 
L
L
 
R
A
 
A
C
 
Y
G
 
N
V
 
I
D
 
E
A
 
V
P
 
Q
Y
x
S
A
 
D
C
|
C
E
|
E
E
 
E
G
|
G
Y
 
L
C
|
C
G
|
G
S
 
T
C
|
C
A
 
E
A
 
V
K
 
S
C
 
V
V
 
V
D
 
E
G
 
G
A
 
E
V
 
V
V
 
D
H
 
H
A
 
R
R
 
D
N
 
S
D
 
V
V
 
L
F
 
T
S
 
R
A
 
A
D
 
E
E
 
R
L
 
R
A
 
E
A
 
N
G
 
R
W
 
R
I
 
M
L
 
M
T
 
C
C
|
C
Q
 
C
A
 
S
R
 
R
P
 
A
R
 
K
Q
 
T
E
 
E
R
 
R
P
 
L
V
 
V

Sites not aligning to the query:

P33164 Phthalate dioxygenase reductase; PDR; EC 1.-.-.- from Burkholderia cepacia (Pseudomonas cepacia) (see paper)
29% identity, 87% coverage: 35:328/339 of query aligns to 40:314/322 of P33164

query
sites
P33164
Y
 
F
R
 
E
A
 
A
G
 
G
Q
 
A
H
 
N
L
 
L
T
 
T
F
 
V
R
 
A
V
 
V
N
 
P
V
 
N
D
 
G
G
 
S
K
 
R
T
 
-
L
 
-
L
 
-
R
|
R
S
x
T
Y
 
Y
S
 
S
L
 
L
S
 
C
S
 
N
S
 
D
P
 
S
E
 
Q
A
 
E
G
 
R
G
 
N
L
 
R
P
 
Y
V
 
V
V
 
I
T
x
A
V
|
V
K
|
K
R
 
R
I
 
D
P
 
S
G
 
N
G
 
G
R
|
R
A
x
G
-
x
G
S
|
S
G
 
I
W
 
S
F
 
F
H
 
I
A
 
D
H
 
D
V
 
T
D
 
S
A
 
E
G
 
G
T
 
D
R
 
A
L
 
V
E
 
E
V
 
V
S
 
S
A
 
L
P
 
P
T
 
R
G
 
N
R
 
E
F
 
F
V
 
P
C
 
L
E
 
D
D
 
K
M
 
R
G
 
A
A
 
K
P
 
S
L
 
F
F
 
I
F
 
L
C
 
V
A
 
A
A
 
G
G
 
G
S
 
I
G
 
G
I
 
I
T
|
T
P
 
P
V
 
M
L
 
L
S
 
S
M
 
M
I
 
A
R
 
R
S
 
Q
A
 
L
L
 
R
A
 
A
S
 
E
T
 
G
S
 
L
S
 
R
A
 
S
M
 
F
T
 
R
L
 
L
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
L
N
 
T
R
 
R
D
 
D
A
 
P
A
 
E
S
 
G
T
 
T
I
 
A
F
 
F
A
 
-
A
 
-
Q
 
-
I
 
F
A
 
D
K
 
E
L
 
L
S
 
T
R
 
S
D
 
D
H
 
E
S
 
W
D
 
-
R
 
R
L
 
S
A
 
D
V
 
V
H
 
K
L
 
I
H
 
H
H
 
H
D
 
D
D
 
H
T
 
G
D
 
D
G
 
P
F
 
T
P
 
K
E
 
A
R
 
F
G
 
D
K
 
F
I
 
W
A
 
S
A
 
V
L
 
F
L
 
E
S
 
K
A
 
S
V
 
K
P
 
P
H
 
A
C
 
Q
Q
 
H
L
 
V
Y
 
Y
L
 
C
C
 
C
G
 
G
P
 
P
G
 
Q
P
 
A
F
 
L
M
 
M
Q
 
D
T
 
T
V
 
V
L
 
-
E
 
-
A
 
-
A
 
R
E
 
D
V
 
M
A
 
T
G
 
G
M
 
H
G
 
W
P
 
P
-
 
S
G
 
G
C
 
T
V
 
V
H
 
H
L
 
F
E
 
E
R
 
S
F
|
F
D
 
-
A
 
-
A
 
G
A
 
A
Q
 
T
E
 
N
P
 
T
E
 
N
V
 
A
A
 
R
S
 
E
A
 
N
A
 
T
P
 
P
M
 
F
P
 
-
A
 
-
Q
 
-
A
 
-
C
 
-
D
 
-
A
 
-
T
 
T
V
 
V
T
 
R
L
 
L
G
 
S
G
 
R
A
 
S
L
 
G
H
 
T
V
 
S
V
 
F
R
 
E
V
 
I
A
 
P
S
 
A
G
 
N
Q
 
R
S
 
S
L
 
I
L
 
L
Q
 
E
A
 
V
A
 
L
L
 
R
A
 
D
C
 
A
G
 
N
V
 
V
D
 
R
A
 
V
P
 
P
Y
 
S
A
 
S
C
|
C
E
 
E
E
x
S
G
 
G
Y
 
T
C
|
C
G
 
G
S
 
S
C
|
C
A
 
K
A
 
T
K
 
A
C
 
L
V
 
C
D
 
S
G
 
G
A
 
E
V
 
A
V
 
D
H
 
H
A
 
-
R
 
-
N
 
R
D
 
D
V
 
M
F
 
V
S
 
L
A
 
R
D
 
D
E
 
D
L
 
E
A
 
K
A
 
G
G
 
T
W
 
Q
I
 
I
L
 
M
T
 
V
C
|
C
Q
 
V
A
 
S
R
 
R
P
 
A
R
 
K

2piaA Phthalate dioxygenase reductase: a modular structure for electron transfer from pyridine nucleotides to [2fe-2s] (see paper)
29% identity, 87% coverage: 35:328/339 of query aligns to 39:313/321 of 2piaA

query
sites
2piaA
Y
 
F
R
 
E
A
 
A
G
 
G
Q
 
A
H
x
N
L
 
L
T
 
T
F
 
V
R
 
A
V
 
V
N
 
P
V
 
N
D
 
G
G
 
S
K
 
R
T
 
-
L
 
-
L
 
-
R
|
R
S
x
T
Y
|
Y
S
|
S
L
 
L
S
 
C
S
 
N
S
 
D
P
 
S
E
 
Q
A
 
E
G
 
R
G
 
N
L
 
R
P
 
Y
V
 
V
V
 
I
T
x
A
V
|
V
K
 
K
R
 
R
I
 
D
P
 
S
G
 
N
G
|
G
R
|
R
A
 
G
-
x
G
S
|
S
G
 
I
W
 
S
F
 
F
H
 
I
A
 
D
H
 
D
V
 
T
D
 
S
A
 
E
G
 
G
T
 
D
R
 
A
L
 
V
E
 
E
V
 
V
S
 
S
A
 
L
P
 
P
T
 
R
G
 
N
R
 
E
F
 
F
V
 
P
C
 
L
E
 
D
D
 
K
M
 
R
G
 
A
A
 
K
P
 
S
L
 
F
F
 
I
F
 
L
C
 
V
A
 
A
A
 
G
G
 
G
S
x
I
G
 
G
I
 
I
T
|
T
P
 
P
V
 
M
L
 
L
S
 
S
M
 
M
I
 
A
R
 
R
S
 
Q
A
 
L
L
 
R
A
 
A
S
 
E
T
 
G
S
 
L
S
 
R
A
 
S
M
 
F
T
 
R
L
 
L
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
L
N
 
T
R
 
R
D
 
D
A
 
P
A
 
E
S
 
G
T
 
T
I
 
A
F
 
F
A
 
-
A
 
-
Q
 
-
I
 
F
A
 
D
K
 
E
L
 
L
S
 
T
R
 
S
D
 
D
H
 
E
S
 
W
D
 
-
R
 
R
L
 
S
A
 
D
V
 
V
H
 
K
L
 
I
H
 
H
H
 
H
D
 
D
D
 
H
T
 
G
D
 
D
G
 
P
F
 
T
P
 
K
E
 
A
R
 
F
G
 
D
K
 
F
I
 
W
A
 
S
A
 
V
L
 
F
L
 
E
S
 
K
A
 
S
V
 
K
P
 
P
H
 
A
C
 
Q
Q
 
H
L
 
V
Y
 
Y
L
 
C
C
 
C
G
 
G
P
 
P
G
 
Q
P
 
A
F
 
L
M
 
M
Q
 
D
T
 
T
V
 
V
L
 
-
E
 
-
A
 
-
A
 
R
E
 
D
V
 
M
A
 
T
G
 
G
M
 
H
G
 
W
P
 
P
-
 
S
G
 
G
C
 
T
V
 
V
H
 
H
L
 
F
E
|
E
R
 
S
F
|
F
D
 
-
A
 
-
A
 
G
A
 
A
Q
 
T
E
 
N
P
 
T
E
 
N
V
 
A
A
 
R
S
 
E
A
 
N
A
 
T
P
 
P
M
 
F
P
 
-
A
 
-
Q
 
-
A
 
-
C
 
-
D
 
-
A
 
-
T
 
T
V
 
V
T
 
R
L
 
L
G
 
S
G
 
R
A
 
S
L
 
G
H
 
T
V
 
S
V
 
F
R
 
E
V
 
I
A
 
P
S
 
A
G
 
N
Q
 
R
S
 
S
L
 
I
L
 
L
Q
 
E
A
 
V
A
 
L
L
 
R
A
 
D
C
 
A
G
 
N
V
 
V
D
 
R
A
 
V
P
 
P
Y
x
S
A
 
S
C
|
C
E
|
E
E
 
S
G
|
G
Y
 
T
C
|
C
G
|
G
S
 
S
C
|
C
A
 
K
A
 
T
K
 
A
C
 
L
V
 
C
D
 
S
G
 
G
A
 
E
V
 
A
V
 
D
H
 
H
A
 
-
R
 
-
N
 
R
D
 
D
V
 
M
F
 
V
S
 
L
A
 
R
D
 
D
E
 
D
L
 
E
A
 
K
A
 
G
G
 
T
W
 
Q
I
 
I
L
 
M
T
 
V
C
|
C
Q
 
V
A
 
S
R
 
R
P
 
A
R
 
K

6kbhA Crystal structure of an intact type iv self-sufficient cytochrome p450 monooxygenase
30% identity, 86% coverage: 35:326/339 of query aligns to 484:755/765 of 6kbhA

query
sites
6kbhA
Y
 
W
R
 
S
A
 
A
G
 
G
Q
 
S
H
 
H
L
 
-
T
 
-
F
 
-
R
 
-
V
 
I
N
 
D
V
 
V
D
 
D
G
 
C
K
 
G
T
 
A
L
 
V
L
 
S
R
|
R
S
x
Q
Y
|
Y
S
|
S
L
 
L
S
 
C
S
 
G
S
 
D
P
 
P
E
 
H
A
 
D
G
 
R
G
 
T
L
 
T
P
 
F
V
 
Q
V
 
V
T
x
A
V
 
V
K
x
L
R
 
H
I
 
D
P
 
R
G
 
E
G
x
S
R
|
R
A
 
G
-
x
G
S
|
S
G
 
R
W
 
W
F
 
I
H
 
H
A
 
T
H
 
E
V
 
L
D
 
A
A
 
V
G
 
G
T
 
A
R
 
T
L
 
L
E
 
R
V
 
V
S
 
R
A
 
G
P
 
P
T
 
R
G
 
N
R
 
H
F
 
F
V
 
K
C
 
L
E
 
D
D
 
P
M
 
D
G
 
A
A
 
K
P
 
R
L
 
Y
F
 
V
F
 
F
C
 
V
A
 
A
A
 
G
G
 
G
S
x
I
G
 
G
I
 
I
T
|
T
P
 
P
V
 
V
L
 
I
S
 
A
M
 
M
I
 
A
R
 
D
S
 
Q
A
 
V
L
 
K
A
 
A
S
 
A
T
 
G
S
 
G
S
 
D
A
 
-
M
 
Y
T
 
E
L
 
I
Y
 
H
Y
 
Y
A
 
A
N
 
G
R
 
R
D
 
S
A
 
R
A
 
T
S
 
S
T
 
M
I
 
A
F
 
F
A
 
-
A
 
-
Q
 
-
I
 
L
A
 
D
K
 
R
L
 
L
S
 
A
R
 
R
D
 
D
H
 
H
S
 
G
D
 
E
R
 
S
L
 
V
A
 
R
V
 
V
H
 
Y
L
 
P
H
 
G
H
 
D
D
 
E
D
 
G
T
 
V
D
 
-
G
 
-
F
 
-
P
 
-
E
 
-
R
 
R
G
 
M
K
 
D
I
 
L
A
 
P
A
 
S
L
 
L
L
 
F
S
 
-
A
 
A
V
 
D
P
 
P
H
 
E
-
 
D
-
 
G
C
 
T
Q
 
Q
L
 
V
Y
 
Y
L
 
S
C
 
C
G
 
G
P
 
P
G
 
E
P
 
R
F
 
L
M
 
L
Q
 
S
T
 
A
V
 
L
L
 
S
E
 
E
A
 
A
A
 
-
E
 
-
V
 
T
A
 
A
G
 
H
M
 
W
G
 
P
P
 
D
G
 
D
C
 
T
V
 
L
H
 
H
L
 
V
E
|
E
R
 
H
F
|
F
D
 
S
A
 
S
A
 
T
A
 
L
Q
 
E
E
 
E
P
 
L
E
 
D
V
 
-
A
 
-
S
 
-
A
 
-
A
 
-
P
 
-
M
 
-
P
 
P
A
 
S
Q
 
K
A
 
E
C
 
H
D
 
G
A
 
F
T
 
D
V
 
V
T
 
V
L
 
L
G
 
K
G
 
D
A
 
S
L
 
G
H
 
I
V
 
T
V
 
V
R
 
P
V
 
V
A
 
A
S
 
A
G
 
D
Q
 
Q
S
 
T
L
 
V
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
A
 
L
L
 
R
A
 
A
C
 
A
G
 
N
V
 
I
D
 
D
A
 
A
P
 
Q
Y
 
S
A
 
D
C
|
C
E
|
E
E
 
E
G
|
G
Y
x
I
C
|
C
G
|
G
S
 
A
C
|
C
A
 
E
A
 
V
K
 
P
C
 
V
V
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
E
V
 
V
V
 
D
H
 
H
A
 
-
R
 
R
N
 
D
D
 
L
V
 
V
F
 
L
S
 
T
A
 
K
D
 
T
E
 
E
L
 
R
A
 
A
A
 
A
G
 
G
W
 
K
-
 
T
I
 
M
L
 
M
T
 
T
C
|
C
Q
 
C
A
 
S
R
 
R

Sites not aligning to the query:

7ylrA Structure of a bacteria protein
29% identity, 88% coverage: 35:333/339 of query aligns to 36:324/326 of 7ylrA

query
sites
7ylrA
Y
 
F
R
 
A
A
 
A
G
 
G
Q
 
A
H
 
H
L
 
I
T
 
R
F
 
V
R
 
Q
V
 
V
N
 
S
V
 
L
-
 
P
D
 
D
G
 
G
K
 
R
T
 
T
L
 
D
L
 
W
R
|
R
S
x
H
Y
|
Y
S
|
S
L
 
L
-
 
I
-
 
N
-
 
F
S
 
A
S
 
T
S
 
A
P
 
R
E
 
N
A
 
A
G
 
T
G
 
N
L
 
A
P
 
P
-
 
T
-
 
E
-
 
Y
V
 
V
V
 
I
T
x
A
V
|
V
K
x
R
R
 
K
I
 
E
P
 
A
G
 
E
G
|
G
R
|
R
A
 
G
S
x
G
G
x
S
W
 
R
F
 
F
-
 
M
H
 
H
A
 
E
H
 
G
V
 
L
D
 
N
A
 
E
G
 
G
T
 
D
R
 
T
L
 
L
E
 
A
V
 
I
S
 
E
A
 
A
P
 
P
T
 
K
G
 
N
R
 
D
F
 
F
V
 
P
C
 
L
E
 
H
D
 
T
M
 
G
G
 
P
A
 
G
P
 
G
L
 
S
F
 
V
F
 
L
C
 
V
A
 
A
A
 
G
G
 
G
S
 
I
G
 
G
I
 
V
T
|
T
P
 
P
V
 
L
L
 
A
S
 
T
M
 
M
I
 
A
R
 
A
S
 
R
A
 
R
L
 
R
A
 
A
S
 
E
T
 
-
S
 
G
S
 
A
A
 
P
M
 
V
T
 
R
L
 
M
Y
 
H
Y
 
Y
A
 
A
N
 
G
R
 
R
D
 
S
A
 
R
A
 
E
S
 
L
T
 
M
I
 
A
F
 
F
A
 
L
A
 
P
Q
 
E
I
 
L
A
 
Q
K
 
A
L
 
L
S
 
L
R
 
G
D
 
D
H
 
D
S
 
-
D
 
-
R
 
-
L
 
-
A
 
-
V
 
L
H
 
R
L
 
V
H
 
H
H
 
A
D
 
D
D
 
A
T
 
E
D
 
A
G
 
G
F
 
A
P
 
P
E
 
L
R
 
-
G
 
-
K
 
D
I
 
I
A
 
D
A
 
A
L
 
L
L
 
L
S
 
D
A
 
G
V
 
V
P
 
P
H
 
A
C
 
G
-
 
D
Q
 
R
L
 
L
Y
 
Y
L
 
V
C
 
C
G
 
G
P
 
P
G
 
K
P
 
V
F
 
M
M
 
L
Q
 
D
T
 
A
V
 
V
L
 
L
E
 
A
A
 
R
A
 
T
E
 
Q
V
 
A
A
 
R
G
 
G
M
 
W
G
 
E
P
 
H
G
 
D
C
 
R
V
 
V
H
 
H
L
 
F
E
|
E
R
 
L
F
|
F
D
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
-
Q
 
T
E
|
E
P
 
P
E
 
V
V
 
A
A
 
E
S
 
G
A
 
D
A
 
Q
P
 
P
M
 
F
P
 
-
A
 
-
Q
 
-
A
 
-
C
 
-
D
 
-
A
 
-
T
 
E
V
 
V
T
 
E
L
 
L
G
 
A
G
 
Q
A
 
S
L
 
G
H
 
Q
V
 
R
V
 
F
R
 
T
V
 
V
A
 
P
S
 
A
G
 
G
Q
 
Q
S
 
S
L
 
I
L
 
L
Q
 
D
A
 
C
A
 
L
L
 
I
A
 
E
C
 
H
G
 
G
V
 
C
D
 
D
A
 
P
P
 
M
Y
 
F
A
 
D
C
|
C
E
x
K
E
x
R
G
|
G
Y
 
E
C
|
C
G
|
G
S
 
V
C
|
C
A
 
A
A
 
V
K
 
P
C
 
V
V
 
L
D
 
E
G
 
G
A
 
E
V
 
I
V
 
D
H
 
H
A
 
-
R
 
R
N
 
D
D
 
Y
V
 
V
F
 
L
S
 
T
A
 
A
D
 
R
E
 
E
L
 
K
A
 
A
A
 
Q
G
 
G
W
 
N
I
 
V
L
 
M
-
 
Q
T
 
I
C
|
C
Q
 
I
A
 
S
R
 
R
P
 
A
R
 
K
Q
 
G
E
 
A
R
 
R
P
 
L
V
 
V

P0DPQ8 Aromatic O-demethylase, reductase subunit; NADH--hemoprotein reductase; EC 1.6.2.- from Amycolatopsis sp. (strain ATCC 39116 / 75iv2) (see paper)
29% identity, 67% coverage: 7:233/339 of query aligns to 104:334/334 of P0DPQ8

query
sites
P0DPQ8
T
 
T
V
 
V
A
 
L
Q
 
E
I
 
V
T
 
A
W
 
D
E
 
I
T
 
A
E
 
R
D
 
D
A
 
T
R
 
R
S
 
R
Y
 
V
A
 
L
L
 
L
L
 
-
V
 
-
P
 
-
D
 
-
A
 
G
L
 
L
Q
 
A
Q
 
E
S
 
P
F
 
L
V
 
A
Y
 
F
R
 
E
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
H
 
Y
L
 
V
T
 
-
F
 
-
R
 
E
V
 
L
N
 
V
V
 
V
D
 
P
G
 
G
K
 
S
T
 
G
L
 
A
L
 
R
R
|
R
S
x
Q
Y
|
Y
S
|
S
L
 
L
S
 
A
S
 
N
S
 
T
P
 
A
E
 
D
A
 
E
G
 
D
G
 
K
L
 
V
P
 
L
V
 
E
V
 
L
T
x
H
V
|
V
K
x
R
R
 
R
I
 
V
P
 
P
G
 
G
G
 
G
R
x
V
A
|
A
S
x
T
-
 
D
G
 
G
W
 
W
F
 
L
H
 
F
A
 
D
H
 
G
V
 
L
D
 
A
A
 
A
G
 
G
T
 
D
R
 
R
L
 
V
E
 
E
V
 
A
S
 
T
A
 
G
P
 
P
T
 
L
G
 
G
R
 
D
F
 
F
V
 
H
C
 
L
-
 
P
-
 
P
-
 
P
-
 
D
E
 
E
D
 
D
M
 
D
G
 
G
A
 
G
P
 
P
L
 
M
F
 
V
F
 
L
C
 
I
A
 
G
A
 
G
G
 
G
S
x
T
G
 
G
I
 
L
T
 
A
P
 
P
V
 
L
L
 
V
S
 
G
M
 
I
I
 
A
R
 
R
S
 
T
A
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
R
-
 
H
T
 
P
S
 
S
S
 
R
A
 
E
M
 
V
T
 
L
L
 
L
Y
 
Y
Y
 
H
A
 
G
N
 
V
R
 
R
D
 
G
A
 
A
A
 
A
S
 
D
T
 
L
I
 
Y
F
 
D
A
 
L
A
 
G
Q
 
R
I
 
F
A
 
A
K
 
E
L
 
I
S
 
A
R
 
E
D
 
E
H
 
H
S
 
P
D
 
G
R
 
F
L
 
R
A
 
F
V
 
V
H
 
P
L
 
V
H
 
L
H
 
S
D
 
D
D
 
E
T
 
P
D
 
D
-
 
P
-
 
A
-
 
Y
-
 
R
-
 
G
G
 
G
F
 
F
P
 
P
E
 
-
R
 
-
G
 
-
K
 
-
I
 
T
A
 
D
A
 
A
L
 
F
L
 
V
S
 
E
A
 
D
V
 
V
P
 
P
H
 
S
C
 
G
Q
 
R
-
 
G
-
 
W
-
 
S
L
 
G
Y
 
W
L
 
L
C
 
C
G
 
G
P
 
P
G
 
P
P
 
A
F
 
M
M
 
V
Q
 
E
T
 
A
V
 
G
L
 
V
E
 
K
A
 
A
A
 
F
E
 
K
V
 
R
A
 
R
G
 
R
M
 
M
G
 
S
P
 
P
G
 
R
C
 
R
V
 
I
H
 
H
L
 
R
E
 
E
R
 
K
F
|
F
D
 
T
A
 
P
A
 
A
A
x
S

Sites not aligning to the query:

5ogxA Crystal structure of amycolatopsis cytochrome p450 reductase gcob. (see paper)
29% identity, 67% coverage: 7:233/339 of query aligns to 103:333/333 of 5ogxA

query
sites
5ogxA
T
 
T
V
 
V
A
 
L
Q
 
E
I
 
V
T
 
A
W
 
D
E
 
I
T
 
A
E
 
R
D
 
D
A
 
T
R
 
R
S
 
R
Y
 
V
A
 
L
L
 
L
L
 
-
V
 
-
P
 
-
D
 
-
A
 
G
L
 
L
Q
 
A
Q
 
E
S
 
P
F
 
L
V
 
A
Y
 
F
R
 
E
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
H
x
Y
L
 
V
T
 
-
F
 
-
R
 
E
V
 
L
N
 
V
V
 
V
D
 
P
G
 
G
K
 
S
T
 
G
L
 
A
L
 
R
R
|
R
S
x
Q
Y
|
Y
S
|
S
L
 
L
S
 
A
S
 
N
S
 
T
P
 
A
E
 
D
A
 
E
G
 
D
G
 
K
L
 
V
P
 
L
V
 
E
V
 
L
T
x
H
V
|
V
K
 
R
R
 
R
I
x
V
P
 
P
G
 
G
G
|
G
R
x
V
A
|
A
S
x
T
-
 
D
G
 
G
W
 
W
F
 
L
H
 
F
A
 
D
H
 
G
V
 
L
D
 
A
A
 
A
G
 
G
T
 
D
R
 
R
L
 
V
E
 
E
V
 
A
S
 
T
A
 
G
P
 
P
T
 
L
G
 
G
R
 
D
F
 
F
V
 
H
C
 
L
-
 
P
-
 
P
-
 
P
-
 
D
E
 
E
D
 
D
M
 
D
G
 
G
A
 
G
P
 
P
L
 
M
F
 
V
F
 
L
C
 
I
A
 
G
A
 
G
G
 
G
S
x
T
G
 
G
I
 
L
T
 
A
P
 
P
V
 
L
L
 
V
S
 
G
M
 
I
I
 
A
R
 
R
S
 
T
A
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
R
-
 
H
T
 
P
S
 
S
S
 
R
A
 
E
M
 
V
T
 
L
L
 
L
Y
 
Y
Y
 
H
A
 
G
N
 
V
R
 
R
D
 
G
A
 
A
A
 
A
S
 
D
T
 
L
I
 
Y
F
 
D
A
 
L
A
 
G
Q
 
R
I
 
F
A
 
A
K
 
E
L
 
I
S
 
A
R
 
E
D
 
E
H
 
H
S
 
P
D
 
G
R
 
F
L
 
R
A
 
F
V
 
V
H
 
P
L
 
V
H
 
L
H
 
S
D
 
D
D
 
E
T
 
P
D
 
D
-
 
P
-
 
A
-
 
Y
-
 
R
-
 
G
G
 
G
F
 
F
P
 
P
E
 
-
R
 
-
G
 
-
K
 
-
I
 
T
A
 
D
A
 
A
L
 
F
L
 
V
S
 
E
A
 
D
V
 
V
P
 
P
H
 
S
C
 
G
Q
 
R
-
 
G
-
 
W
-
 
S
L
 
G
Y
 
W
L
 
L
C
 
C
G
 
G
P
 
P
G
 
P
P
 
A
F
 
M
M
 
V
Q
 
E
T
 
A
V
 
G
L
 
V
E
 
K
A
 
A
A
 
F
E
 
K
V
 
R
A
 
R
G
 
R
M
 
M
G
 
S
P
 
P
G
 
R
C
 
R
V
 
I
H
 
H
L
 
R
E
 
E
R
 
K
F
|
F
D
 
T
A
x
P
A
 
A
A
x
S

Sites not aligning to the query:

1gvhA The x-ray structure of ferric escherichia coli flavohemoglobin reveals an unespected geometry of the distal heme pocket (see paper)
29% identity, 64% coverage: 13:229/339 of query aligns to 149:390/396 of 1gvhA

query
sites
1gvhA
W
 
W
E
 
E
-
 
G
T
 
T
E
 
R
D
 
D
A
 
F
R
 
R
S
 
I
Y
 
V
A
 
A
L
 
K
L
 
T
V
 
P
P
 
R
D
 
S
A
 
A
L
 
L
Q
 
I
Q
 
T
S
 
S
F
 
F
V
 
E
-
 
L
-
 
E
-
 
P
-
 
V
-
 
D
-
 
G
-
 
G
-
 
A
-
 
V
-
 
A
-
 
E
Y
 
Y
R
 
R
A
 
P
G
 
G
Q
 
Q
H
x
Y
L
 
L
T
 
G
F
 
V
R
 
W
V
 
L
N
 
K
V
 
P
D
 
E
G
 
G
-
 
F
-
 
P
K
 
H
T
 
Q
L
 
E
L
 
I
R
|
R
S
x
Q
Y
|
Y
S
|
S
L
 
L
S
 
T
S
 
R
S
 
K
P
 
P
E
 
D
A
 
G
G
 
K
G
 
G
L
 
Y
P
 
-
V
 
R
V
 
I
T
x
A
V
|
V
K
 
K
R
 
R
I
x
E
P
 
E
G
 
G
G
|
G
R
x
Q
A
x
V
S
|
S
G
 
N
W
 
W
F
 
L
H
 
H
A
 
N
H
 
H
V
 
A
D
 
N
A
 
V
G
 
G
T
 
D
R
 
V
L
 
V
E
 
K
V
 
L
S
 
V
A
 
A
P
 
P
T
 
A
G
 
G
R
 
D
F
 
F
-
 
F
-
 
M
-
 
A
V
 
V
C
 
A
E
 
D
D
 
D
M
 
-
G
 
-
A
 
T
P
 
P
L
 
V
F
 
T
F
 
L
C
 
I
A
 
S
A
 
A
G
 
G
S
x
V
G
 
G
I
 
Q
T
|
T
P
 
P
V
 
M
L
 
L
S
 
A
M
 
M
I
 
L
R
 
D
S
 
T
-
 
L
A
 
A
L
 
K
A
 
A
S
 
G
T
 
H
S
 
T
S
 
A
A
 
Q
M
 
V
T
 
N
L
 
W
Y
 
F
Y
 
H
A
 
A
N
 
A
R
 
E
D
 
N
A
 
G
A
 
D
S
 
V
T
 
H
I
 
A
F
 
F
A
 
A
A
 
D
Q
 
E
I
 
V
A
 
K
K
 
E
L
 
L
S
 
G
R
 
Q
D
 
S
H
 
L
S
 
P
D
 
-
R
 
R
L
 
F
A
 
T
V
 
A
H
 
H
L
 
T
H
 
W
H
 
Y
D
 
R
-
 
Q
-
 
P
-
 
S
-
 
E
-
 
A
-
 
D
-
 
R
-
 
A
-
 
K
-
 
G
-
 
Q
-
 
F
D
 
D
T
 
S
D
 
E
G
 
G
F
 
L
P
 
M
E
 
D
R
 
L
G
 
S
K
 
K
I
 
L
A
 
E
A
 
G
L
 
A
L
 
F
S
 
S
A
 
D
V
 
-
P
 
P
H
 
T
C
 
M
Q
 
Q
L
 
F
Y
 
Y
L
 
L
C
 
C
G
 
G
P
 
P
G
 
V
P
 
G
F
 
F
M
 
M
Q
 
Q
T
 
F
V
 
T
L
 
A
E
 
K
A
 
Q
A
 
L
E
 
V
V
 
D
A
 
L
G
 
G
M
 
V
G
 
K
P
 
Q
G
 
E
C
 
N
V
 
I
H
 
H
L
 
Y
E
|
E
R
 
C
F
|
F

Sites not aligning to the query:

P24232 Flavohemoprotein; Flavohemoglobin; HMP; Hemoglobin-like protein; Nitric oxide dioxygenase; NO oxygenase; NOD; EC 1.14.12.17 from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
29% identity, 64% coverage: 13:229/339 of query aligns to 149:390/396 of P24232

query
sites
P24232
W
 
W
E
 
E
-
 
G
T
 
T
E
 
R
D
 
D
A
 
F
R
 
R
S
 
I
Y
 
V
A
 
A
L
 
K
L
 
T
V
 
P
P
 
R
D
 
S
A
 
A
L
 
L
Q
 
I
Q
 
T
S
 
S
F
 
F
V
 
E
-
 
L
-
 
E
-
 
P
-
 
V
-
 
D
-
 
G
-
 
G
-
 
A
-
 
V
-
 
A
-
 
E
Y
 
Y
R
 
R
A
 
P
G
 
G
Q
 
Q
H
 
Y
L
 
L
T
 
G
F
 
V
R
 
W
V
 
L
N
 
K
V
 
P
D
 
E
G
 
G
-
 
F
-
 
P
K
 
H
T
 
Q
L
 
E
L
 
I
R
 
R
S
 
Q
Y
 
Y
S
 
S
L
 
L
S
 
T
S
 
R
S
 
K
P
 
P
E
 
D
A
 
G
G
 
K
G
 
G
L
 
Y
P
 
-
V
 
R
V
 
I
T
 
A
V
 
V
K
 
K
R
 
R
I
 
E
P
 
E
G
 
G
G
 
G
R
 
Q
A
 
V
S
 
S
G
 
N
W
 
W
F
 
L
H
 
H
A
 
N
H
 
H
V
 
A
D
 
N
A
 
V
G
 
G
T
 
D
R
 
V
L
 
V
E
 
K
V
 
L
S
 
V
A
 
A
P
 
P
T
 
A
G
 
G
R
 
D
F
 
F
-
 
F
-
 
M
-
 
A
V
 
V
C
 
A
E
 
D
D
 
D
M
 
-
G
 
-
A
 
T
P
 
P
L
 
V
F
 
T
F
 
L
C
 
I
A
 
S
A
 
A
G
 
G
S
 
V
G
 
G
I
 
Q
T
 
T
P
 
P
V
 
M
L
 
L
S
 
A
M
 
M
I
 
L
R
 
D
S
 
T
-
 
L
A
 
A
L
 
K
A
 
A
S
 
G
T
 
H
S
 
T
S
 
A
A
 
Q
M
 
V
T
 
N
L
 
W
Y
 
F
Y
 
H
A
 
A
N
 
A
R
 
E
D
 
N
A
 
G
A
 
D
S
 
V
T
 
H
I
 
A
F
 
F
A
 
A
A
 
D
Q
 
E
I
 
V
A
 
K
K
 
E
L
 
L
S
 
G
R
 
Q
D
 
S
H
 
L
S
 
P
D
 
-
R
 
R
L
 
F
A
 
T
V
 
A
H
 
H
L
 
T
H
 
W
H
 
Y
D
 
R
-
 
Q
-
 
P
-
 
S
-
 
E
-
 
A
-
 
D
-
 
R
-
 
A
-
 
K
-
 
G
-
 
Q
-
 
F
D
 
D
T
 
S
D
 
E
G
 
G
F
 
L
P
 
M
E
 
D
R
 
L
G
 
S
K
 
K
I
 
L
A
 
E
A
 
G
L
 
A
L
 
F
S
 
S
A
 
D
V
 
-
P
 
P
H
 
T
C
 
M
Q
 
Q
L
 
F
Y
 
Y
L
 
L
C
 
C
G
 
G
P
 
P
G
 
V
P
 
G
F
 
F
M
 
M
Q
 
Q
T
 
F
V
 
T
L
 
A
E
 
K
A
 
Q
A
 
L
E
 
V
V
 
D
A
 
L
G
 
G
M
 
V
G
 
K
P
 
Q
G
 
E
C
 
N
V
 
I
H
 
H
L
 
Y
E
 
E
R
 
C
F
 
F

Sites not aligning to the query:

4eh1A Crystal structure of the flavohem-like-fad/NAD binding domain of nitric oxide dioxygenase from vibrio cholerae o1 biovar el tor
27% identity, 58% coverage: 35:229/339 of query aligns to 34:235/237 of 4eh1A

query
sites
4eh1A
Y
 
Y
R
 
Q
A
 
P
G
 
G
Q
 
Q
H
x
Y
L
 
I
T
 
G
F
 
I
R
 
E
V
 
V
N
 
T
V
 
P
D
 
E
G
 
G
K
 
S
T
 
D
L
 
Y
-
 
R
-
 
E
L
 
I
R
|
R
S
x
Q
Y
|
Y
S
|
S
L
 
L
S
 
S
S
 
H
S
 
A
P
 
S
E
 
N
A
 
-
G
 
G
G
 
R
L
 
E
P
 
Y
V
 
R
V
 
I
T
x
S
V
|
V
K
 
K
R
 
R
-
x
E
-
 
G
-
 
V
-
 
G
-
 
S
I
 
D
P
x
N
G
 
P
G
|
G
R
x
L
A
x
V
S
|
S
G
 
H
W
 
Y
F
 
L
H
 
H
A
 
N
H
 
N
V
 
V
D
 
K
A
 
V
G
 
G
T
 
D
R
 
S
L
 
V
E
 
K
V
 
L
S
 
Y
A
 
A
P
 
P
T
 
A
G
 
G
R
 
D
F
 
F
V
 
F
C
 
Y
E
 
V
D
 
E
M
 
R
G
 
E
A
 
R
P
 
P
L
 
V
F
 
V
F
 
L
C
 
I
A
 
S
A
 
A
G
 
G
S
 
V
G
 
G
I
 
A
T
|
T
P
 
P
V
 
M
L
 
Q
S
 
A
M
 
I
I
 
L
R
 
H
S
 
T
A
 
L
L
 
A
A
 
K
S
 
Q
T
 
N
S
 
K
S
 
S
A
 
G
M
 
V
T
 
T
L
 
Y
Y
 
L
Y
 
Y
A
 
A
N
 
C
R
 
N
D
 
S
A
 
A
A
 
K
S
 
E
T
 
H
I
 
T
F
 
F
A
 
A
A
 
Q
Q
 
E
I
 
T
A
 
A
K
 
Q
L
 
L
S
 
I
R
 
A
D
 
Q
H
 
Q
S
 
G
D
 
W
R
 
M
L
 
Q
A
 
Q
V
 
V
H
 
W
L
 
Y
H
 
R
H
 
D
D
 
E
D
 
S
T
 
A
D
 
D
G
 
D
F
 
V
P
 
L
E
 
Q
-
 
G
R
 
E
G
 
M
K
 
Q
I
 
L
A
 
A
A
 
E
L
 
L
L
 
I
S
 
L
A
 
P
V
 
I
P
 
E
H
 
D
C
 
G
Q
 
D
L
 
F
Y
 
Y
L
 
L
C
 
C
G
 
G
P
 
P
G
 
I
P
 
G
F
 
F
M
 
M
Q
 
Q
T
 
Y
V
 
V
L
 
V
E
 
K
A
 
Q
A
 
L
E
 
L
V
 
A
A
 
L
G
 
G
M
 
V
G
 
D
P
 
K
G
 
A
C
 
R
V
 
I
H
 
H
L
 
Y
E
|
E
R
 
V
F
|
F

1krhA X-ray structure of benzoate dioxygenase reductase (see paper)
25% identity, 66% coverage: 7:231/339 of query aligns to 111:336/337 of 1krhA

query
sites
1krhA
T
 
T
V
 
L
A
 
A
Q
 
R
I
 
V
T
 
E
W
 
N
E
 
L
T
 
S
E
 
D
D
 
S
A
 
T
R
 
I
S
 
T
Y
 
F
A
 
D
L
 
I
L
 
Q
V
 
L
P
 
D
D
 
D
A
 
G
L
 
-
Q
 
Q
Q
 
P
S
 
D
F
 
I
V
 
H
Y
 
F
R
 
L
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
H
x
Y
L
 
V
T
 
N
F
 
-
R
 
-
V
 
V
N
 
T
V
 
L
D
 
P
G
 
G
K
 
T
T
 
T
L
 
E
L
 
T
R
|
R
S
|
S
Y
|
Y
S
|
S
L
 
F
S
 
S
S
 
S
S
 
Q
P
 
P
E
 
-
A
 
G
G
 
N
G
 
R
L
 
L
P
 
T
V
 
G
V
 
F
T
x
V
V
|
V
K
 
R
R
 
N
I
 
V
P
 
P
G
 
Q
G
|
G
R
x
K
A
x
M
S
|
S
G
 
E
W
 
Y
F
 
L
H
 
S
A
 
V
H
 
Q
V
 
A
D
 
K
A
 
A
G
 
G
T
 
D
R
 
K
L
 
M
E
 
S
V
 
F
S
 
T
A
 
G
P
 
P
T
 
F
G
 
G
R
 
S
F
 
F
V
 
Y
C
 
L
E
 
R
D
 
D
M
 
V
G
 
K
A
 
R
P
 
P
L
 
V
F
 
L
F
 
M
C
 
L
A
 
A
A
 
G
G
 
G
S
x
T
G
 
G
I
 
I
T
 
A
P
 
P
V
 
F
L
 
L
S
 
S
M
 
M
-
 
L
-
 
Q
-
 
V
-
 
L
-
 
E
-
 
Q
-
 
K
-
 
G
-
 
S
-
 
E
-
 
H
-
 
P
I
 
V
R
 
R
S
 
L
A
 
V
L
 
F
A
 
G
S
 
V
T
 
T
S
 
Q
S
 
D
A
 
C
M
 
D
T
 
L
L
 
V
Y
 
A
Y
 
L
A
 
E
N
 
Q
R
 
L
D
 
D
A
 
A
A
 
L
S
 
Q
T
 
Q
I
 
K
-
 
L
-
 
P
-
 
W
-
 
F
-
 
E
F
 
Y
A
 
R
A
 
T
Q
 
V
I
 
V
A
 
A
K
 
H
L
 
A
S
 
E
R
 
S
D
 
Q
H
 
H
S
 
E
D
 
R
R
 
K
L
 
G
A
 
Y
V
 
V
-
 
T
-
 
G
H
 
H
L
 
I
H
 
E
H
 
Y
D
 
D
D
 
W
T
 
L
D
 
N
G
 
G
F
 
-
P
 
-
E
 
-
R
 
-
G
 
G
K
 
E
I
 
V
A
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
-
S
 
-
A
 
-
V
 
-
P
 
-
H
 
-
C
 
-
Q
 
D
L
 
V
Y
 
Y
L
 
L
C
|
C
G
 
G
P
 
P
G
 
V
P
 
P
F
 
M
M
 
V
Q
 
E
T
 
A
V
 
V
L
 
R
E
 
S
A
 
W
A
 
L
E
 
D
V
 
T
A
 
Q
G
 
G
M
 
I
G
 
Q
P
 
P
G
 
A
C
 
N
V
 
F
H
 
L
L
 
F
E
|
E
R
 
K
F
|
F
D
x
S
A
|
A

Sites not aligning to the query:

1tvcA Fad and nadh binding domain of methane monooxygenase reductase from methylococcus capsulatus (bath) (see paper)
27% identity, 65% coverage: 8:229/339 of query aligns to 15:244/250 of 1tvcA

query
sites
1tvcA
V
 
V
A
 
V
Q
 
G
I
 
L
T
 
N
W
 
W
E
 
V
T
 
S
E
 
S
D
x
N
A
 
T
R
 
V
S
 
Q
Y
 
F
A
 
L
L
 
L
L
 
Q
V
 
K
-
 
R
P
 
P
D
 
D
A
 
E
L
 
C
Q
 
G
Q
 
N
S
 
R
F
 
G
V
 
V
-
 
K
Y
 
F
R
 
E
A
 
P
G
 
G
Q
 
Q
H
x
F
L
 
M
T
 
D
F
 
-
R
 
-
V
 
L
N
 
T
V
 
I
D
 
P
G
 
G
K
 
T
T
 
D
L
 
V
L
 
S
R
|
R
S
|
S
Y
|
Y
S
|
S
L
 
P
S
 
A
S
 
N
S
 
L
P
 
P
E
 
N
A
 
P
G
 
E
G
 
G
L
 
R
P
 
L
V
 
E
V
 
F
T
x
L
V
x
I
K
x
R
R
 
V
I
x
L
P
 
P
G
 
E
G
 
G
R
 
R
A
x
F
S
 
S
G
 
D
W
 
Y
F
 
L
H
 
R
A
 
N
H
 
D
V
 
A
D
 
R
A
 
V
G
 
G
T
 
Q
R
 
V
L
 
L
E
 
S
V
 
V
S
 
K
A
 
G
P
 
P
T
 
L
G
 
G
R
 
V
F
 
F
V
 
G
C
 
L
E
 
K
D
 
E
M
 
R
G
 
G
-
 
M
A
 
A
P
 
P
L
 
R
F
 
Y
F
 
F
C
 
V
A
 
A
A
 
G
G
 
G
S
 
T
G
|
G
I
 
L
T
 
A
P
 
P
V
 
V
L
 
V
S
 
S
M
 
M
I
 
V
R
 
R
S
 
Q
A
 
M
L
 
Q
A
 
E
S
 
W
T
 
T
S
 
A
S
 
P
A
 
N
M
 
E
T
 
T
-
 
R
L
 
I
Y
 
Y
Y
 
F
A
 
G
N
 
V
R
x
N
D
 
T
A
 
E
A
 
P
S
x
E
T
 
L
I
 
F
F
 
Y
A
 
I
A
 
D
Q
 
E
I
 
L
A
 
K
K
 
S
L
 
L
S
 
E
R
 
R
D
 
S
H
 
M
S
 
R
D
 
N
R
 
-
L
 
L
A
 
T
V
 
V
H
 
K
-
 
A
-
 
C
L
 
V
H
 
W
H
 
H
D
 
P
D
x
S
T
x
G
D
 
D
G
 
W
F
 
E
P
 
G
E
 
E
R
 
Q
G
 
G
K
 
S
-
 
P
I
 
I
A
 
D
A
 
A
L
 
L
L
 
R
-
 
E
-
 
D
-
 
L
-
 
E
S
 
S
A
 
S
V
 
D
P
 
A
H
 
N
C
 
P
Q
 
D
L
 
I
Y
 
Y
L
|
L
C
 
C
G
 
G
P
 
P
G
 
P
P
 
G
F
 
M
M
 
I
Q
 
D
T
 
A
V
 
A
L
 
C
E
 
E
A
 
L
A
 
V
E
 
R
V
 
S
A
 
R
G
 
G
M
 
I
G
 
P
P
 
G
G
 
E
C
 
Q
V
 
V
H
 
F
L
 
F
E
|
E
R
 
K
F
|
F

Sites not aligning to the query:

7c3bC Ferredoxin reductase in carbazole 1,9a-dioxygenase (fad apo form) (see paper)
25% identity, 53% coverage: 52:229/339 of query aligns to 151:333/334 of 7c3bC

query
sites
7c3bC
L
 
V
L
 
V
R
 
R
S
 
A
Y
 
Y
S
 
S
L
 
M
S
 
A
S
 
N
S
 
S
P
 
M
E
 
N
A
 
P
G
 
D
G
 
G
L
 
F
P
 
W
V
 
E
V
 
F
T
 
Y
V
 
I
K
 
K
R
 
R
I
 
V
P
 
P
G
 
T
G
 
G
R
 
R
A
 
F
S
 
S
G
 
P
W
 
W
F
 
L
H
 
F
A
 
E
H
 
N
V
 
R
D
 
K
A
 
V
G
 
G
T
 
A
R
 
R
L
 
L
E
 
F
V
 
L
S
 
T
A
 
G
P
 
P
T
 
M
G
 
G
-
 
T
R
 
S
F
 
F
V
 
F
C
 
R
E
 
P
D
 
G
M
 
T
G
 
G
A
 
R
P
 
K
L
 
S
F
 
L
F
 
C
C
 
I
A
 
G
A
 
G
G
 
G
S
 
A
G
 
G
I
 
L
T
 
S
P
 
Y
V
 
A
L
 
A
S
 
A
M
 
I
I
 
A
R
 
R
S
 
A
A
 
S
L
 
I
A
 
R
S
 
E
T
 
T
S
 
D
S
 
K
A
 
P
M
 
V
T
 
K
L
 
L
Y
 
F
Y
 
Y
A
 
G
N
 
S
R
 
R
D
 
T
A
 
P
A
 
R
S
 
D
T
 
-
I
 
-
F
 
-
A
 
A
A
 
V
Q
 
R
I
 
W
A
 
I
K
 
D
L
 
I
S
 
D
R
 
I
D
 
D
H
 
E
S
 
D
D
 
K
R
 
L
L
 
E
A
 
V
V
 
V
H
 
Q
L
 
A
H
 
V
H
 
T
D
 
E
D
 
D
T
 
T
D
 
D
-
 
S
-
 
L
-
 
W
-
 
Q
-
 
G
-
 
P
-
 
I
G
 
G
F
 
F
P
 
I
E
 
H
R
 
Q
G
 
V
K
 
V
I
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
L
L
 
L
S
 
E
A
 
T
V
 
L
P
 
P
H
 
E
C
 
Y
Q
 
E
L
 
I
Y
 
Y
L
 
L
C
 
A
G
 
G
P
 
P
G
 
P
P
 
P
F
 
M
M
 
V
Q
 
D
T
 
A
V
 
T
L
 
V
E
 
R
A
 
M
A
 
L
E
 
L
V
 
G
A
 
K
G
 
G
M
 
V
G
 
P
P
 
R
G
 
D
C
 
Q
V
 
I
H
 
H
L
 
F
E
 
D
R
 
A
F
 
F

Sites not aligning to the query:

7c3aA Ferredoxin reductase in carbazole 1,9a-dioxygenase (see paper)
25% identity, 53% coverage: 52:229/339 of query aligns to 150:320/321 of 7c3aA

query
sites
7c3aA
L
 
V
L
 
V
R
|
R
S
x
A
Y
|
Y
S
|
S
L
 
M
S
 
A
S
 
N
S
 
S
P
 
M
E
 
N
A
 
P
G
 
D
G
 
G
L
 
F
P
 
W
V
 
E
V
 
F
T
x
Y
V
x
I
K
 
K
R
 
R
I
 
V
P
 
P
G
 
T
G
|
G
R
|
R
A
x
F
S
|
S
G
 
P
W
 
W
F
 
L
H
 
F
A
 
E
H
 
N
V
 
R
D
 
K
A
 
V
G
 
G
T
 
A
R
 
R
L
 
L
E
 
F
V
 
L
S
 
T
A
 
G
P
 
P
T
 
M
G
 
G
-
 
T
R
 
S
F
 
F
V
 
F
C
 
R
E
 
P
D
 
G
M
 
T
G
 
G
A
 
R
P
 
K
L
 
S
F
 
L
F
 
C
C
 
I
A
 
G
A
 
G
G
 
G
S
x
A
G
 
G
I
 
L
T
 
S
P
 
Y
V
 
A
L
 
A
S
 
A
M
 
I
I
 
A
R
 
R
S
 
A
A
 
S
L
 
I
A
 
R
S
 
E
T
 
T
S
 
D
S
 
K
A
 
P
M
 
V
T
 
K
L
 
L
Y
 
F
Y
 
Y
A
 
G
N
 
S
R
 
R
D
 
T
A
 
P
A
 
R
S
 
D
T
 
A
I
 
V
F
 
R
A
 
W
A
 
I
Q
 
D
I
 
I
A
 
-
K
 
D
L
 
I
S
 
D
R
 
E
D
 
D
H
 
K
S
 
L
D
 
E
R
 
V
L
 
V
-
 
Q
A
 
A
V
 
V
H
 
T
L
 
F
H
 
I
H
 
H
D
 
Q
D
 
V
T
 
V
D
 
D
G
 
-
F
 
-
P
 
-
E
 
-
R
 
-
G
 
-
K
 
-
I
 
-
A
 
A
A
 
A
L
 
L
L
 
L
S
 
E
A
 
T
V
 
L
P
 
P
H
 
E
C
 
Y
Q
 
E
L
 
I
Y
 
Y
L
 
L
C
 
A
G
 
G
P
 
P
G
 
P
P
 
P
F
 
M
M
 
V
Q
 
D
T
 
A
V
 
T
L
 
V
E
 
R
A
 
M
A
 
L
E
 
L
V
 
G
A
 
K
G
 
G
M
 
V
G
 
P
P
 
R
G
 
D
C
 
Q
V
 
I
H
 
H
L
 
F
E
 
D
R
 
A
F
|
F

Sites not aligning to the query:

3ab5A Crystal structure of the 2fe 2s ferredoxin from cyanidioschyzon merolae
39% identity, 20% coverage: 262:330/339 of query aligns to 17:85/97 of 3ab5A

query
sites
3ab5A
V
 
I
R
 
Q
V
 
C
A
 
A
S
 
G
G
 
D
Q
 
Q
S
 
Y
L
 
I
L
 
L
Q
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
E
A
 
E
C
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
L
P
 
P
Y
|
Y
A
 
S
C
|
C
E
x
R
E
 
A
G
|
G
Y
 
A
C
|
C
G
 
S
S
 
T
C
|
C
A
 
A
A
 
G
K
 
K
C
 
L
V
 
V
D
 
K
G
 
G
A
 
S
V
 
V
V
 
D
H
 
Q
A
 
S
R
 
D
N
 
Q
D
 
S
V
 
F
F
 
L
S
 
D
A
 
E
D
 
D
E
 
Q
L
 
I
A
 
S
A
 
K
G
 
G
W
 
F
I
 
I
L
 
L
T
 
T
C
|
C
Q
 
V
A
 
A
R
 
Y
P
 
P
R
 
T
Q
 
S
E
 
D

1rfkB Crystal structure of 2fe2s ferredoxin from thermophilic cyanobacterium mastigocladus laminosus (see paper)
36% identity, 20% coverage: 262:330/339 of query aligns to 18:86/97 of 1rfkB

query
sites
1rfkB
V
 
I
R
 
E
V
 
V
A
 
P
S
 
D
G
 
D
Q
 
Q
S
 
Y
L
 
I
L
 
L
Q
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
E
A
 
E
C
 
A
G
 
G
V
 
I
D
 
D
A
 
L
P
 
P
Y
|
Y
A
 
S
C
|
C
E
x
R
E
 
A
G
|
G
Y
 
A
C
|
C
G
 
S
S
 
T
C
|
C
A
 
A
A
 
G
K
 
K
C
 
L
V
 
I
D
 
S
G
 
G
A
 
T
V
 
V
V
 
D
H
 
Q
A
 
S
R
 
D
N
 
Q
D
 
S
V
 
F
F
 
L
S
 
D
A
 
D
D
 
D
E
 
Q
L
 
I
A
 
E
A
 
A
G
 
G
W
 
Y
I
 
V
L
 
L
T
 
T
C
|
C
Q
 
V
A
 
A
R
 
Y
P
 
P
R
 
T
Q
 
S
E
 
D

7s3dX Structure of photosystem i with bound ferredoxin from synechococcus sp. Pcc 7335 acclimated to far-red light (see paper)
36% identity, 20% coverage: 262:330/339 of query aligns to 17:85/97 of 7s3dX

query
sites
7s3dX
V
 
I
R
 
E
V
 
V
A
 
A
S
 
D
G
 
D
Q
 
E
S
 
Y
L
 
I
L
 
L
Q
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
E
A
 
E
C
 
Q
G
 
G
V
 
I
D
 
D
A
 
L
P
 
P
Y
|
Y
A
x
S
C
|
C
E
x
R
E
 
A
G
|
G
Y
 
A
C
|
C
G
 
S
S
 
T
C
|
C
A
 
A
A
 
G
K
 
K
C
 
L
V
 
T
D
 
E
G
 
G
A
 
T
V
 
V
V
 
D
H
 
Q
A
 
S
R
 
D
N
 
Q
D
 
S
V
 
F
F
 
L
S
 
D
A
 
D
D
 
D
E
 
Q
L
 
I
A
 
E
A
 
A
G
 
G
W
 
Y
I
 
V
L
 
L
T
 
T
C
|
C
Q
 
V
A
 
A
R
 
Y
P
 
P
R
 
T
Q
 
S
E
 
D

P0A3C7 Ferredoxin-1; Ferredoxin I from Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (see paper)
37% identity, 21% coverage: 257:327/339 of query aligns to 14:84/99 of P0A3C7

query
sites
P0A3C7
G
 
G
A
 
T
L
 
K
H
 
H
V
 
E
V
 
I
R
 
E
V
 
V
A
 
P
S
 
D
G
 
D
Q
 
E
S
 
Y
L
 
I
L
 
L
Q
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
E
A
 
E
C
 
Q
G
 
G
V
 
Y
D
 
D
A
 
L
P
 
P
Y
 
F
A
 
S
C
 
C
E
x
R
E
 
A
G
 
G
Y
 
A
C
 
C
G
 
S
S
x
T
C
 
C
A
 
A
A
 
G
K
 
K
C
 
L
V
 
V
D
 
S
G
 
G
A
 
T
V
 
V
V
 
D
H
 
Q
A
 
S
R
 
D
N
 
Q
D
 
S
V
x
F
F
 
L
S
 
D
A
x
D
D
|
D
E
 
Q
L
 
I
A
 
E
A
 
A
G
 
G
W
 
Y
I
 
V
L
 
L
T
 
T
C
 
C
Q
 
V
A
 
A
R
 
Y
P
 
P

Sites not aligning to the query:

1ewyC Anabaena pcc7119 ferredoxin:ferredoxin-NADP+-reductase complex (see paper)
37% identity, 21% coverage: 257:327/339 of query aligns to 13:83/98 of 1ewyC

query
sites
1ewyC
G
 
G
A
 
T
L
 
K
H
 
H
V
 
E
V
 
I
R
 
E
V
 
V
A
 
P
S
 
D
G
 
D
Q
 
E
S
 
Y
L
 
I
L
 
L
Q
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
E
A
 
E
C
 
Q
G
 
G
V
 
Y
D
 
D
A
 
L
P
 
P
Y
x
F
A
x
S
C
|
C
E
x
R
E
 
A
G
|
G
Y
x
A
C
|
C
G
 
S
S
 
T
C
|
C
A
 
A
A
 
G
K
 
K
C
 
L
V
 
V
D
 
S
G
 
G
A
 
T
V
 
V
V
 
D
H
 
Q
A
 
S
R
 
D
N
 
Q
D
x
S
V
 
F
F
 
L
S
 
D
A
 
D
D
 
D
E
 
Q
L
 
I
A
 
E
A
 
A
G
 
G
W
 
Y
I
 
V
L
|
L
T
 
T
C
|
C
Q
 
V
A
 
A
R
 
Y
P
 
P

1czpA Anabaena pcc7119 [2fe-2s] ferredoxin in the reduced and oxixized state at 1.17 a (see paper)
37% identity, 21% coverage: 257:327/339 of query aligns to 13:83/98 of 1czpA

query
sites
1czpA
G
 
G
A
 
T
L
 
K
H
 
H
V
 
E
V
 
I
R
 
E
V
 
V
A
 
P
S
 
D
G
 
D
Q
 
E
S
 
Y
L
 
I
L
 
L
Q
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
E
A
 
E
C
 
Q
G
 
G
V
 
Y
D
 
D
A
 
L
P
 
P
Y
x
F
A
 
S
C
|
C
E
x
R
E
 
A
G
|
G
Y
 
A
C
|
C
G
 
S
S
 
T
C
|
C
A
 
A
A
 
G
K
 
K
C
 
L
V
 
V
D
 
S
G
 
G
A
 
T
V
 
V
V
 
D
H
 
Q
A
 
S
R
 
D
N
 
Q
D
 
S
V
 
F
F
 
L
S
 
D
A
 
D
D
 
D
E
 
Q
L
 
I
A
 
E
A
 
A
G
 
G
W
 
Y
I
 
V
L
 
L
T
 
T
C
|
C
Q
 
V
A
 
A
R
 
Y
P
 
P

Query Sequence

>RR42_RS10060 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS10060
MQFHNLTVAQITWETEDARSYALLVPDALQQSFVYRAGQHLTFRVNVDGKTLLRSYSLSS
SPEAGGLPVVTVKRIPGGRASGWFHAHVDAGTRLEVSAPTGRFVCEDMGAPLFFCAAGSG
ITPVLSMIRSALASTSSAMTLYYANRDAASTIFAAQIAKLSRDHSDRLAVHLHHDDTDGF
PERGKIAALLSAVPHCQLYLCGPGPFMQTVLEAAEVAGMGPGCVHLERFDAAAQEPEVAS
AAPMPAQACDATVTLGGALHVVRVASGQSLLQAALACGVDAPYACEEGYCGSCAAKCVDG
AVVHARNDVFSADELAAGWILTCQARPRQERPVAITFDV

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory