SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing RR42_RS10620 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS10620 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 3 hits to proteins with known functional sites (download)

A9CEQ7 D-galactarolactone isomerase; GLI; Galactaro delta-lactone isomerase; EC 5.4.1.4 from Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (Agrobacterium tumefaciens (strain C58)) (see paper)
31% identity, 83% coverage: 42:271/276 of query aligns to 53:284/292 of A9CEQ7

query
sites
A9CEQ7
Y
 
Y
Q
 
R
E
 
R
V
 
L
Q
 
M
A
 
Q
T
 
W
L
 
L
G
 
G
L
 
I
S
 
D
R
 
R
A
 
V
V
 
I
V
 
I
V
 
T
Q
 
Q
P
 
G
T
 
N
G
 
A
Y
 
H
G
 
Q
F
 
R
D
 
D
N
 
N
R
 
G
C
 
N
T
 
T
L
 
L
A
 
A
A
 
C
I
 
V
E
 
A
Q
 
E
L
 
M
G
 
G
A
 
E
N
 
A
A
 
A
R
 
H
G
 
A
I
 
V
A
 
V
V
 
I
V
 
I
R
 
D
Q
 
A
D
 
T
V
 
T
A
 
T
D
 
E
V
 
K
E
 
D
L
 
M
Q
 
E
S
 
K
L
 
L
H
 
T
R
 
A
A
 
A
G
 
G
I
 
T
R
 
V
G
 
G
V
 
A
R
 
R
Y
 
I
M
 
M
M
 
D
L
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
L
 
A
L
 
V
P
 
N
W
 
L
D
 
S
N
 
E
L
 
L
E
 
D
T
 
A
L
 
V
A
 
D
A
 
E
R
 
R
V
 
A
A
 
H
P
 
A
L
 
A
G
 
D
W
 
W
N
 
M
I
 
V
N
 
A
L
 
V
Q
 
Q
L
 
F
D
 
D
G
 
G
R
 
N
E
 
G
L
 
L
P
 
L
H
 
D
R
 
H
E
 
L
A
 
P
T
 
R
L
 
L
G
 
Q
K
 
K
L
 
I
P
 
R
G
 
S
R
 
R
L
 
W
V
 
V
I
 
F
D
 
D
H
 
H
I
 
H
G
 
G
K
 
K
F
 
F
L
 
F
G
 
K
P
 
G
V
 
I
T
 
R
V
 
T
Q
 
D
D
 
G
E
 
P
A
 
E
F
 
M
L
 
A
S
 
A
L
 
L
R
 
L
R
 
K
L
 
L
L
 
I
E
 
D
Q
 
R
G
 
G
H
 
N
C
 
L
W
 
W
I
 
F
K
 
K
L
 
F
S
 
A
A
 
G
P
 
V
Y
 
Y
E
 
E
S
 
S
A
 
S
R
 
R
K
 
K
G
 
S
P
 
W
P
 
P
G
 
-
Y
 
Y
E
 
A
D
 
D
A
 
V
A
 
A
G
 
A
L
 
F
A
 
S
R
 
R
T
 
V
L
 
I
A
 
A
R
 
A
D
 
H
Y
 
A
P
 
P
E
 
E
R
 
R
C
 
I
L
 
V
W
 
W
A
 
G
S
 
T
N
|
N
W
 
W
P
 
P
H
 
H
L
 
N
N
 
S
I
 
V
N
 
R
P
 
E
C
 
T
-
 
A
-
 
A
-
 
Y
P
 
P
G
 
D
D
 
D
K
 
A
D
 
R
L
 
L
L
 
A
D
 
E
W
 
L
A
 
T
F
 
L
D
 
G
C
 
W
M
 
L
E
 
P
T
 
D
E
 
E
A
 
A
V
 
A
K
 
R
H
 
H
R
 
R
V
 
A
L
 
L
V
 
V
A
 
E
N
 
N
P
 
P
A
 
E
E
 
A
V
 
L
Y
 
F

O87170 2-pyrone-4,6-dicarboxylate hydrolase; PDC hydrolase; 2-pyrone-4,6-dicarboxylate lactonase; EC 3.1.1.57 from Sphingobium sp. (strain NBRC 103272 / SYK-6) (see paper)
33% identity, 95% coverage: 10:271/276 of query aligns to 23:288/293 of O87170

query
sites
O87170
P
 
P
D
 
G
A
 
A
C
 
I
D
 
D
C
 
A
H
|
H
I
x
C
H
|
H
V
 
V
F
 
F
D
 
G
D
 
P
A
 
M
-
 
A
-
 
Q
Y
 
F
P
 
P
L
 
F
A
 
S
P
 
P
T
 
K
A
 
A
T
 
K
S
x
Y
T
 
L
P
 
P
P
 
R
P
 
D
A
 
A
P
 
G
A
 
P
A
 
D
C
 
M
Y
 
L
Q
 
F
E
 
A
V
 
L
Q
 
R
A
 
D
T
 
H
L
 
L
G
 
G
L
 
F
S
 
A
R
 
R
A
 
N
V
 
V
V
 
I
V
 
V
Q
 
Q
P
 
A
T
x
S
G
 
C
Y
 
H
G
 
G
F
 
T
D
 
D
N
 
N
R
 
A
C
 
A
T
 
T
L
 
L
A
 
D
A
 
A
I
 
I
E
 
A
Q
 
R
L
 
A
G
 
Q
A
 
G
N
 
K
A
 
A
R
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
V
V
 
V
R
 
D
Q
 
P
D
 
A
V
 
I
A
 
D
D
 
E
V
 
A
E
 
E
L
 
L
Q
 
A
S
 
A
L
 
L
H
 
H
R
 
E
A
 
G
G
 
G
I
 
M
R
 
R
G
 
G
V
 
I
R
|
R
Y
 
F
M
 
N
M
 
F
L
 
L
P
 
K
G
x
R
G
 
L
L
 
V
-
 
D
-
 
D
L
 
A
P
 
P
W
 
K
D
 
D
N
 
K
L
 
F
E
 
L
T
 
E
L
 
V
A
 
A
A
 
G
R
 
R
V
 
L
A
 
-
P
 
P
L
 
A
G
 
G
W
 
W
N
 
H
I
 
V
N
 
V
L
 
I
Q
x
Y
L
 
F
D
 
E
G
 
A
R
 
D
E
 
I
L
 
L
P
 
E
H
 
E
R
 
L
E
 
R
A
 
P
T
 
F
L
 
M
G
 
D
K
 
A
L
 
I
P
 
P
G
 
V
R
 
P
L
 
I
V
 
V
I
 
I
D
 
D
H
|
H
I
 
M
G
 
G
K
 
R
-
 
P
-
 
D
-
 
V
F
 
R
L
 
Q
G
 
G
P
 
P
V
 
D
T
 
G
V
 
A
Q
 
D
D
 
M
E
 
K
A
 
A
F
 
F
L
 
-
S
 
-
L
 
-
R
 
R
R
 
R
L
 
L
L
 
L
E
 
D
-
 
S
Q
 
R
G
 
E
H
 
D
C
 
I
W
 
W
I
 
F
K
 
K
L
 
A
S
 
T
A
 
C
P
 
P
Y
 
D
E
 
R
S
 
L
A
 
D
R
 
P
K
 
A
G
 
G
P
 
P
P
 
P
G
 
-
Y
 
W
E
 
D
D
 
D
A
 
F
A
 
A
G
 
R
L
 
S
A
 
V
R
 
A
T
 
P
L
 
L
A
 
V
R
 
A
D
 
D
Y
 
Y
P
 
A
E
 
D
R
 
R
C
 
V
L
 
I
W
 
W
A
 
G
S
 
T
N
x
D
W
 
W
P
 
P
H
 
H
L
 
P
N
|
N
I
 
M
-
 
Q
N
 
D
P
 
A
C
 
I
P
 
P
G
 
D
D
 
D
K
 
G
D
 
L
L
 
V
L
 
V
D
 
D
W
 
M
A
 
I
F
 
P
D
 
R
C
 
I
M
 
A
E
 
P
T
 
T
E
 
P
A
 
E
V
 
L
K
 
Q
H
 
H
R
 
K
V
 
M
L
 
L
V
 
V
A
 
T
N
 
N
P
 
P
A
 
M
E
 
R
V
 
L
Y
 
Y

4di8A Crystal structure of the d248a mutant of 2-pyrone-4,6-dicarboxylic acid hydrolase from sphingomonas paucimobilis complexed with substrate at ph 8.5 (see paper)
33% identity, 95% coverage: 10:271/276 of query aligns to 24:289/294 of 4di8A

query
sites
4di8A
P
 
P
D
 
G
A
 
A
C
 
I
D
 
D
C
 
A
H
|
H
I
 
C
H
|
H
V
 
V
F
 
F
D
 
G
D
 
P
A
 
M
-
 
A
-
 
Q
Y
 
F
P
 
P
L
 
F
A
 
S
P
 
P
T
 
K
A
 
A
T
 
K
S
x
Y
T
 
L
P
 
P
P
 
R
P
 
D
A
 
A
P
 
G
A
 
P
A
 
D
C
 
M
Y
 
L
Q
 
F
E
 
A
V
 
L
Q
 
R
A
 
D
T
 
H
L
 
L
G
 
G
L
 
F
S
 
A
R
 
R
A
 
N
V
 
V
V
 
I
V
 
V
Q
 
Q
P
x
A
T
x
S
G
 
C
Y
 
H
G
 
G
F
 
T
D
 
D
N
 
N
R
 
A
C
 
A
T
 
T
L
 
L
A
 
D
A
 
A
I
 
I
E
 
A
Q
 
R
L
 
A
G
 
Q
A
 
G
N
 
K
A
 
A
R
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
V
V
 
V
R
 
D
Q
 
P
D
 
A
V
 
I
A
 
D
D
 
E
V
 
A
E
 
E
L
 
L
Q
 
A
S
 
A
L
 
L
H
 
H
R
 
E
A
 
G
G
 
G
I
 
M
R
 
R
G
 
G
V
 
I
R
|
R
Y
 
F
M
 
N
M
 
F
L
 
L
P
 
K
G
x
R
G
x
L
L
 
V
-
 
D
-
 
D
L
 
A
P
 
P
W
 
K
D
 
D
N
 
K
L
 
F
E
 
L
T
 
E
L
 
V
A
 
A
A
 
G
R
 
R
V
 
L
A
 
-
P
 
P
L
 
A
G
 
G
W
 
W
N
 
H
I
 
V
N
 
V
L
 
I
Q
x
Y
L
 
F
D
 
E
G
 
A
R
 
D
E
 
I
L
 
L
P
 
E
H
 
E
R
 
L
E
 
R
A
 
P
T
 
F
L
 
M
G
 
D
K
 
A
L
 
I
P
 
P
G
 
V
R
 
P
L
 
I
V
 
V
I
 
I
D
 
D
H
|
H
I
 
M
G
 
G
K
 
R
-
 
P
-
 
D
-
 
V
F
 
R
L
 
Q
G
 
G
P
 
P
V
 
D
T
 
G
V
 
A
Q
 
D
D
 
M
E
 
K
A
 
A
F
 
F
L
 
-
S
 
-
L
 
-
R
 
R
R
 
R
L
 
L
L
 
L
E
 
D
-
 
S
Q
 
R
G
 
E
H
 
D
C
 
I
W
 
W
I
 
F
K
 
K
L
 
A
S
 
T
A
 
C
P
 
P
Y
 
D
E
x
R
S
 
L
A
 
D
R
 
P
K
 
A
G
 
G
P
 
P
P
 
P
G
 
-
Y
 
W
E
 
D
D
 
D
A
 
F
A
 
A
G
 
R
L
 
S
A
 
V
R
 
A
T
 
P
L
 
L
A
 
V
R
 
A
D
 
D
Y
 
Y
P
 
A
E
 
D
R
 
R
C
 
V
L
 
I
W
 
W
A
 
G
S
 
T
N
x
A
W
 
W
P
 
P
H
 
H
L
 
P
N
|
N
I
 
M
-
 
Q
N
 
D
P
 
A
C
 
I
P
 
P
G
 
D
D
 
D
K
 
G
D
 
L
L
 
V
L
 
V
D
 
D
W
 
M
A
 
I
F
 
P
D
 
R
C
 
I
M
 
A
E
 
P
T
 
T
E
 
P
A
 
E
V
 
L
K
 
Q
H
 
H
R
 
K
V
 
M
L
 
L
V
 
V
A
 
T
N
 
N
P
 
P
A
 
M
E
 
R
V
 
L
Y
 
Y

Query Sequence

>RR42_RS10620 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS10620
MQKHATLAYPDACDCHIHVFDDAYPLAPTATSTPPPAPAACYQEVQATLGLSRAVVVQPT
GYGFDNRCTLAAIEQLGANARGIAVVRQDVADVELQSLHRAGIRGVRYMMLPGGLLPWDN
LETLAARVAPLGWNINLQLDGRELPHREATLGKLPGRLVIDHIGKFLGPVTVQDEAFLSL
RRLLEQGHCWIKLSAPYESARKGPPGYEDAAGLARTLARDYPERCLWASNWPHLNINPCP
GDKDLLDWAFDCMETEAVKHRVLVANPAEVYGFPAA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory