SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing RR42_RS12175 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS12175 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 8 hits to proteins with known functional sites (download)

3cuxA Atomic resolution structures of escherichia coli and bacillis anthracis malate synthase a: comparison with isoform g and implications for structure based drug design (see paper)
55% identity, 98% coverage: 11:526/528 of query aligns to 4:499/501 of 3cuxA

query
sites
3cuxA
I
 
L
T
 
V
G
 
G
E
 
E
I
 
M
L
 
-
P
 
-
A
 
A
Y
 
Y
E
 
N
D
 
E
I
 
I
L
 
L
T
 
T
P
 
P
A
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
S
L
 
F
V
 
L
D
 
K
K
 
E
L
 
L
H
 
H
R
 
E
A
 
N
F
 
F
E
 
N
P
 
E
R
 
R
R
 
R
Q
 
I
E
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
Q
A
 
K
R
 
R
V
 
M
E
 
K
R
 
K
T
 
Q
K
 
Q
R
 
K
L
 
I
D
 
D
A
 
A
G
 
G
E
 
E
L
 
F
P
 
P
D
 
K
F
 
F
L
 
L
P
 
E
Q
 
E
T
 
T
K
 
K
S
 
R
V
 
I
R
 
R
E
 
E
G
 
A
D
 
D
W
 
W
K
 
T
V
 
I
A
 
A
P
 
K
V
 
L
P
 
P
P
 
K
A
 
D
L
 
L
H
 
E
C
 
D
R
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
E
I
 
I
T
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
V
E
 
D
A
 
R
K
 
K
M
 
M
V
 
V
I
 
I
N
 
N
A
 
A
F
 
L
N
 
N
S
 
S
G
 
G
A
 
A
D
 
H
S
 
L
Y
 
F
M
 
M
T
 
A
D
 
D
F
 
F
E
 
E
D
 
D
S
 
S
N
 
N
T
 
S
P
 
P
N
 
T
W
 
W
H
 
E
N
 
N
Q
 
A
L
 
I
Q
 
E
G
 
G
Q
 
Q
V
 
I
N
 
N
L
 
L
K
 
R
A
 
D
A
 
A
V
 
V
R
 
K
R
 
G
T
 
T
L
 
I
T
 
S
-
 
H
L
 
K
D
 
N
S
 
E
N
 
N
G
 
G
K
 
K
H
 
E
Y
 
Y
K
 
R
L
 
L
N
 
N
G
 
S
K
 
K
I
 
T
A
 
A
T
 
V
L
 
L
Q
 
I
V
 
V
R
 
R
P
 
P
R
 
R
G
 
G
W
 
W
H
 
H
L
 
L
D
 
E
E
 
E
K
 
K
H
 
H
V
 
M
T
 
Q
I
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
K
R
 
N
V
 
M
S
 
S
G
 
G
G
 
S
I
 
L
F
 
V
D
 
D
F
 
F
A
 
G
L
 
L
F
 
Y
L
 
F
F
 
F
H
 
H
N
 
N
A
 
A
K
 
K
E
 
A
Q
 
L
I
 
L
A
 
E
R
 
K
G
 
G
A
 
S
G
 
G
P
 
P
F
 
Y
F
 
F
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
K
 
K
M
 
M
E
 
E
S
 
S
H
 
Y
L
 
L
E
 
E
A
 
A
R
 
R
L
 
L
W
 
W
N
 
N
D
 
D
V
 
V
F
 
F
V
 
V
M
 
F
A
 
A
Q
 
Q
N
 
K
E
 
Y
I
 
I
G
 
G
L
 
I
P
 
P
Q
 
N
G
 
G
T
 
T
V
 
I
K
 
K
A
 
A
T
 
T
V
 
V
L
 
L
I
 
L
E
|
E
T
 
T
I
 
I
L
 
H
A
 
A
A
 
S
F
 
F
E
 
E
M
 
M
E
 
D
E
 
E
I
 
I
L
 
L
Y
 
Y
E
 
E
L
 
L
R
 
K
E
 
D
H
 
H
S
 
S
A
 
A
G
 
G
L
 
L
N
 
N
A
 
C
G
 
G
R
 
R
W
 
W
D
|
D
Y
 
Y
I
 
I
F
 
F
S
 
S
C
 
F
I
 
L
K
 
K
K
 
A
F
 
F
K
 
R
V
x
N
D
x
H
K
 
N
N
 
E
F
 
F
C
 
L
L
 
L
A
 
P
D
 
D
R
 
R
A
 
A
K
 
Q
V
 
V
T
 
T
M
 
M
T
 
T
A
 
A
P
 
P
F
 
F
M
 
M
R
 
R
S
 
A
Y
 
Y
A
 
S
L
 
L
L
 
K
L
 
V
L
 
I
K
 
Q
T
 
T
C
 
C
H
 
H
K
 
R
R
 
R
G
 
N
A
 
A
P
 
P
A
 
A
I
 
I
G
 
G
G
 
-
M
 
-
S
 
-
A
 
-
L
 
-
I
 
-
P
 
-
I
 
-
K
 
-
N
 
-
D
 
-
P
 
-
E
 
-
K
 
-
N
 
-
A
 
-
I
 
-
A
 
-
M
 
-
Q
 
E
G
 
K
I
 
V
I
 
R
N
 
A
D
 
D
K
 
K
K
 
E
R
 
R
D
 
E
A
 
A
T
 
L
D
 
D
G
 
G
Y
 
H
D
 
D
G
 
G
G
 
T
W
 
W
V
 
V
A
 
A
H
 
H
P
 
P
G
 
G
L
 
L
V
 
V
E
 
P
P
 
V
A
 
A
M
 
M
K
 
E
E
 
V
F
 
F
V
 
N
A
 
H
V
 
I
L
 
M
G
 
-
D
 
K
K
 
T
P
 
P
N
 
N
Q
 
Q
F
 
I
D
 
F
K
 
R
Q
 
K
R
 
R
D
 
E
D
 
E
V
 
I
N
 
H
V
 
V
A
 
T
A
 
E
K
 
K
D
 
D
L
 
L
L
 
L
D
 
E
F
 
V
Q
 
-
P
 
P
E
 
V
T
 
G
P
 
T
I
 
I
T
 
T
E
 
E
A
 
E
G
 
G
L
 
L
R
 
R
M
 
M
N
 
N
I
 
I
N
 
S
V
 
V
G
 
G
I
 
I
H
 
Q
Y
 
Y
L
 
I
G
 
A
S
 
S
W
 
W
L
 
L
A
 
S
G
 
G
N
 
R
G
 
G
C
 
A
V
 
A
P
 
P
I
 
I
H
 
Y
N
 
N
L
 
L
M
 
M
E
 
E
D
 
D
A
 
A
A
 
A
T
 
T
A
 
A
E
 
E
I
 
I
S
 
S
R
 
R
S
 
A
Q
 
Q
V
 
V
W
 
W
Q
 
Q
W
 
W
I
 
I
R
 
R
S
 
H
P
 
E
K
 
G
G
 
G
K
 
K
L
 
L
E
 
N
D
 
D
G
 
G
R
 
R
K
 
N
V
 
I
T
 
T
A
 
L
E
 
E
M
 
L
V
 
M
R
 
E
A
 
E
L
 
L
I
 
K
P
 
E
E
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
A
K
 
K
V
 
I
K
 
E
A
 
R
F
 
E
V
 
I
G
 
G
G
 
K
D
 
E
T
 
A
T
 
K
T
 
K
-
 
G
-
 
R
Y
 
F
D
 
Q
R
 
E
A
 
A
G
 
T
E
 
T
I
 
L
F
 
F
E
 
T
Q
 
N
M
 
L
S
 
V
T
 
R
S
 
N
E
 
D
D
 
E
F
 
F
A
 
V
E
 
P
F
 
F
L
 
L
T
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
G
Y
 
Y
E
 
E

P30952 Malate synthase 1; EC 2.3.3.9 from Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (Baker's yeast) (see paper)
50% identity, 96% coverage: 21:528/528 of query aligns to 30:541/554 of P30952

query
sites
P30952
D
 
D
I
 
I
L
 
L
T
 
T
P
 
K
A
 
D
A
 
A
L
 
L
A
 
E
L
 
F
V
 
I
D
 
V
K
 
L
L
 
L
H
 
H
R
 
R
A
 
T
F
 
F
E
 
N
P
 
N
R
 
K
R
 
R
Q
 
K
E
 
Q
L
 
L
L
 
L
A
 
E
A
 
N
R
 
R
V
 
Q
E
 
V
R
 
V
T
 
Q
K
 
K
R
 
K
L
 
L
D
 
D
A
 
S
G
 
G
E
 
S
L
 
Y
P
 
H
-
 
L
D
 
D
F
 
F
L
 
L
P
 
P
Q
 
E
T
 
T
K
 
A
S
 
N
V
 
I
R
 
R
-
 
N
E
 
D
G
 
P
D
 
T
W
 
W
K
 
Q
V
 
G
A
 
P
P
 
I
V
 
L
P
 
A
P
 
P
A
 
G
L
 
L
H
 
I
C
 
N
R
 
R
R
 
S
V
 
T
E
 
E
I
 
I
T
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
P
E
 
L
A
 
R
K
 
N
M
 
M
V
 
L
I
 
I
N
 
N
A
 
A
F
 
L
N
 
N
S
 
A
G
 
P
A
 
V
D
 
N
S
 
T
Y
 
Y
M
 
M
T
 
T
D
 
D
F
 
F
E
 
E
D
 
D
S
 
S
N
 
A
T
 
S
P
 
P
N
 
T
W
 
W
H
 
N
N
 
N
Q
 
M
L
 
V
Q
 
Y
G
 
G
Q
 
Q
V
 
V
N
 
N
L
 
L
K
 
Y
A
 
D
A
 
A
V
 
I
R
 
R
R
 
N
T
 
Q
L
 
I
T
 
D
L
 
F
D
 
D
S
 
T
N
 
P
G
 
R
K
 
K
H
 
S
Y
 
Y
K
 
K
L
 
L
N
 
N
G
 
G
K
 
N
I
 
V
A
 
A
-
 
N
-
 
L
-
 
P
T
 
T
L
 
I
Q
 
I
V
 
V
R
 
R
P
 
P
R
 
R
G
 
G
W
 
W
H
 
H
L
 
M
D
 
V
E
 
E
K
 
K
H
 
H
V
 
L
T
 
Y
I
 
V
D
 
D
G
 
D
Q
 
E
R
 
P
V
 
I
S
 
S
G
 
A
G
 
S
I
 
I
F
 
F
D
 
D
F
 
F
A
 
G
L
 
L
F
 
Y
L
 
F
F
 
Y
H
 
H
N
 
N
A
 
A
K
 
K
E
 
E
Q
 
L
I
 
I
A
 
K
R
 
L
G
 
G
A
 
K
G
 
G
P
 
P
F
 
Y
F
 
F
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
K
 
K
M
 
M
E
 
E
S
 
H
H
 
H
L
 
L
E
 
E
A
 
A
R
 
K
L
 
L
W
 
W
N
 
N
D
 
D
V
 
V
F
 
F
V
 
C
M
 
V
A
 
A
Q
 
Q
N
 
D
E
 
Y
I
 
I
G
 
G
L
 
I
P
 
P
Q
 
R
G
 
G
T
 
T
V
 
I
K
 
R
A
 
A
T
 
T
V
 
V
L
 
L
I
 
I
E
 
E
T
 
T
I
 
L
L
 
P
A
 
A
A
 
A
F
 
F
E
 
Q
M
 
M
E
 
E
E
 
E
I
 
I
L
 
I
Y
 
Y
E
 
Q
L
 
L
R
 
R
E
 
Q
H
 
H
S
 
S
A
 
S
G
 
G
L
 
L
N
 
N
A
 
C
G
 
G
R
 
R
W
 
W
D
 
D
Y
 
Y
I
 
I
F
 
F
S
 
S
C
 
T
I
 
I
K
 
K
K
 
R
F
 
L
K
 
R
V
 
N
D
 
D
K
 
P
N
 
N
F
 
H
C
 
I
L
 
L
A
 
P
D
 
N
R
 
R
A
 
N
K
 
Q
V
 
V
T
 
T
M
 
M
T
 
T
A
 
S
P
 
P
F
 
F
M
 
M
R
 
D
S
 
A
Y
 
Y
A
 
V
L
 
K
L
 
R
L
 
L
L
 
I
K
 
N
T
 
T
C
 
C
H
 
H
K
 
R
R
 
R
G
 
G
A
 
V
P
 
H
A
 
A
I
 
M
G
 
G
G
 
G
M
 
M
S
 
A
A
 
A
L
 
Q
I
 
I
P
 
P
I
 
I
K
 
K
N
 
D
D
 
D
P
 
P
E
 
A
K
 
A
N
 
N
A
 
E
I
 
K
A
 
A
M
 
M
Q
 
T
G
 
K
I
 
V
I
 
R
N
 
N
D
 
D
K
 
K
K
 
I
R
 
R
D
 
E
A
 
L
T
 
T
D
 
N
G
 
G
Y
 
H
D
 
D
G
 
G
G
 
S
W
 
W
V
 
V
A
 
A
H
 
H
P
 
P
G
 
A
L
 
L
V
 
A
E
 
-
P
 
P
A
 
I
M
 
C
K
 
N
E
 
E
F
 
V
V
 
F
A
 
I
V
 
N
L
 
M
G
 
G
D
 
-
K
 
T
P
 
P
N
 
N
Q
 
Q
F
 
I
D
 
Y
K
 
F
Q
 
I
R
 
P
D
 
E
D
 
N
V
 
V
N
 
V
V
 
T
A
 
A
A
 
A
K
 
N
D
 
L
L
 
L
L
 
E
D
 
T
F
 
K
Q
 
I
P
 
P
E
 
N
T
 
G
P
 
E
I
 
I
T
 
T
E
 
T
A
 
E
G
 
G
L
 
I
R
 
V
M
 
Q
N
 
N
I
 
L
N
 
D
V
 
I
G
 
G
I
 
L
H
 
Q
Y
 
Y
L
 
M
G
 
E
S
 
A
W
 
W
L
 
L
A
 
R
G
 
G
N
 
S
G
 
G
C
 
C
V
 
V
P
 
P
I
 
I
H
 
N
N
 
N
L
 
L
M
 
M
E
 
E
D
 
D
A
 
A
A
 
A
T
 
T
A
 
A
E
 
E
I
 
V
S
 
S
R
 
R
S
 
C
Q
 
Q
V
 
L
W
 
Y
Q
 
Q
W
 
W
I
 
V
R
 
K
S
 
H
P
 
G
K
 
V
G
 
T
K
 
L
L
 
K
E
 
D
D
 
T
G
 
G
R
 
E
K
 
K
V
 
V
T
 
T
A
 
P
E
 
E
M
 
L
V
 
T
R
 
E
A
 
K
L
 
I
I
 
L
P
 
K
E
 
E
E
 
Q
L
 
V
A
 
E
K
 
R
V
 
L
-
 
S
K
 
K
A
 
A
F
 
S
V
 
P
G
 
L
G
 
G
D
 
D
T
 
K
T
 
N
T
 
K
Y
 
F
D
 
A
R
 
L
A
 
A
G
 
A
E
 
K
I
 
Y
F
 
F
E
 
L
Q
 
P
M
 
E
S
 
I
T
 
R
S
 
G
E
 
E
D
 
K
F
 
F
A
 
S
E
 
E
F
 
F
L
 
L
T
 
T
L
 
T
P
 
L
L
 
L
Y
 
Y
E
 
D
E
 
E
I
 
I

Sites not aligning to the query:

3cv2A Atomic resolution structures of escherichia coli and bacillis anthracis malate synthase a: comparison with isoform g and implications for structure based drug design (see paper)
47% identity, 96% coverage: 20:525/528 of query aligns to 13:520/524 of 3cv2A

query
sites
3cv2A
E
 
K
D
 
Q
I
 
I
L
 
L
T
 
T
P
 
A
A
 
E
A
 
A
L
 
V
A
 
E
L
 
F
V
 
L
D
 
T
K
 
E
L
 
L
H
 
V
R
 
T
A
 
H
F
 
F
E
 
T
P
 
P
R
 
Q
R
 
R
Q
 
N
E
 
K
L
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
A
R
 
R
V
 
I
E
 
Q
R
 
Q
T
 
Q
K
 
Q
R
 
D
L
 
I
D
 
D
A
 
N
G
 
G
E
 
T
L
 
L
P
 
P
D
 
D
F
 
F
L
 
I
P
 
S
Q
 
E
T
 
T
K
 
A
S
 
S
V
 
I
R
 
R
E
 
D
G
 
A
D
 
D
W
 
W
K
 
K
V
 
I
A
 
R
P
 
G
V
 
I
P
 
P
P
 
A
A
 
D
L
 
L
H
 
E
C
 
D
R
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
E
I
 
I
T
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
V
E
 
E
A
 
R
K
|
K
M
|
M
V
 
V
I
 
I
N
|
N
A
|
A
F
 
L
N
 
N
S
 
A
G
 
N
A
 
V
D
 
K
S
 
V
Y
 
F
M
 
M
T
 
A
D
 
D
F
 
F
E
 
E
D
 
D
S
 
S
N
 
L
T
 
A
P
 
P
N
 
D
W
 
W
H
 
N
N
 
K
Q
 
V
L
 
I
Q
 
D
G
 
G
Q
 
Q
V
 
I
N
 
N
L
 
L
K
 
R
A
 
D
A
 
A
V
 
V
R
 
N
R
 
G
T
 
T
L
 
I
T
 
S
L
 
Y
-
 
T
D
 
N
S
 
E
N
 
A
G
 
G
K
 
K
H
 
I
Y
|
Y
K
 
Q
L
 
L
N
 
K
G
 
P
K
 
N
I
 
P
A
 
A
T
 
V
L
 
L
Q
 
I
V
 
C
R
 
R
P
 
V
R
 
R
G
 
G
W
 
L
H
 
H
L
 
L
D
 
P
E
 
E
K
 
K
H
 
H
V
 
V
T
 
T
I
 
W
D
 
R
G
 
G
Q
 
E
R
 
A
V
 
I
S
 
P
G
 
G
G
 
S
I
 
L
F
 
F
D
 
D
F
 
F
A
 
A
L
 
L
F
 
Y
L
 
F
F
 
F
H
 
H
N
 
N
A
 
Y
K
 
Q
E
 
A
Q
 
L
I
 
L
A
 
A
R
 
K
G
 
G
A
 
S
G
 
G
P
 
P
F
 
Y
F
 
F
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
K
 
K
M
 
T
E
 
Q
S
 
S
H
 
W
L
 
Q
E
 
E
A
 
A
R
 
A
L
 
W
W
 
W
N
 
S
D
 
E
V
 
V
F
 
F
V
 
S
M
 
Y
A
 
A
Q
 
E
N
 
D
E
 
R
I
 
F
G
 
N
L
 
L
P
 
P
Q
 
R
G
 
G
T
 
T
V
 
I
K
 
K
A
 
A
T
 
T
V
 
L
L
 
L
I
 
I
E
|
E
T
 
T
I
 
L
L
 
P
A
 
A
A
 
V
F
 
F
E
 
Q
M
 
M
E
 
D
E
 
E
I
 
I
L
 
L
Y
 
H
E
 
A
L
 
L
R
 
R
E
 
D
H
 
H
S
 
I
A
 
V
G
 
G
L
 
L
N
 
N
A
 
C
G
|
G
R
 
R
W
|
W
D
|
D
Y
 
Y
I
 
I
F
 
F
S
 
S
C
 
Y
I
 
I
K
 
K
K
 
T
F
 
L
K
 
K
V
 
N
D
 
Y
K
 
P
N
 
D
F
 
R
C
 
V
L
 
L
A
 
P
D
 
D
R
 
R
A
 
Q
K
 
A
V
 
V
T
 
T
M
 
M
T
 
D
A
 
K
P
 
P
F
 
F
M
 
L
R
 
N
S
 
A
Y
 
Y
A
 
S
L
 
R
L
 
L
L
 
L
L
 
I
K
 
K
T
 
T
C
 
C
H
 
H
K
 
K
R
 
R
G
 
G
A
 
A
P
 
F
A
 
A
I
 
M
G
 
G
G
 
G
M
 
M
S
 
A
A
 
A
L
 
F
I
 
I
P
 
P
I
 
S
K
 
K
N
 
-
D
 
D
P
 
E
E
 
E
K
 
H
N
 
N
A
 
N
I
 
Q
A
 
V
M
 
L
Q
 
N
G
 
K
I
 
V
I
 
K
N
 
A
D
 
D
K
 
K
K
 
S
R
 
L
D
 
E
A
 
A
T
 
N
D
 
N
G
 
G
Y
 
H
D
 
D
G
 
G
G
 
T
W
|
W
V
 
I
A
|
A
H
|
H
P
|
P
G
 
G
L
 
L
V
 
A
E
 
D
P
 
T
A
 
A
M
 
M
K
 
A
E
 
V
F
 
F
V
 
N
A
 
D
V
 
I
L
 
L
G
 
G
D
 
S
K
 
R
P
 
K
N
 
N
Q
 
Q
F
 
L
D
 
E
K
 
V
Q
 
M
R
 
R
D
 
E
D
 
Q
V
 
D
N
 
A
V
 
P
A
 
I
A
 
T
K
 
A
D
 
D
L
 
Q
L
 
L
D
 
L
F
 
A
Q
 
P
P
 
C
E
 
D
T
 
G
P
 
E
I
 
R
T
 
T
E
 
E
A
 
E
G
 
G
L
 
M
R
 
R
M
 
A
N
 
N
I
 
I
N
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
V
H
 
Q
Y
 
Y
L
 
I
G
 
E
S
 
A
W
 
W
L
 
I
A
 
S
G
 
G
N
 
N
G
 
G
C
 
C
V
 
V
P
 
P
I
 
I
H
 
Y
N
 
G
L
 
L
M
 
M
E
 
E
D
 
D
A
 
A
A
 
A
T
 
T
A
 
A
E
 
E
I
 
I
S
 
S
R
 
R
S
 
T
Q
 
S
V
 
I
W
 
W
Q
 
Q
W
 
W
I
 
I
R
 
H
S
 
H
P
 
Q
K
 
K
G
 
-
K
 
T
L
 
L
E
 
S
D
 
N
G
 
G
R
 
K
K
 
P
V
 
V
T
 
T
A
 
K
E
 
A
M
 
L
V
 
F
R
 
R
A
 
Q
L
 
M
I
 
L
P
 
G
E
 
E
E
 
E
L
 
M
A
 
K
K
 
V
V
 
I
K
 
A
A
 
S
F
 
E
V
 
L
G
 
G
G
 
E
D
 
E
T
 
R
T
 
F
T
 
S
-
 
Q
-
 
G
-
 
R
Y
 
F
D
 
D
R
 
D
A
 
A
G
 
A
E
 
R
I
 
L
F
 
M
E
 
E
Q
 
Q
M
 
I
S
 
T
T
 
T
S
 
S
E
 
D
D
 
E
F
 
L
A
 
I
E
 
D
F
 
F
L
 
L
T
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
G
Y
 
Y

3cv1A Atomic resolution structures of escherichia coli and bacillis anthracis malate synthase a: comparison with isoform g and implications for structure based drug design (see paper)
47% identity, 96% coverage: 20:525/528 of query aligns to 18:525/529 of 3cv1A

query
sites
3cv1A
E
 
K
D
 
Q
I
 
I
L
 
L
T
 
T
P
 
A
A
 
E
A
 
A
L
 
V
A
 
E
L
 
F
V
 
L
D
 
T
K
 
E
L
 
L
H
 
V
R
 
T
A
 
H
F
 
F
E
 
T
P
 
P
R
 
Q
R
 
R
Q
 
N
E
 
K
L
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
A
R
 
R
V
 
I
E
x
Q
R
 
Q
T
 
Q
K
x
Q
R
 
D
L
 
I
D
 
D
A
 
N
G
 
G
E
 
T
L
 
L
P
 
P
D
 
D
F
 
F
L
 
I
P
 
S
Q
 
E
T
 
T
K
 
A
S
 
S
V
 
I
R
 
R
E
 
D
G
 
A
D
 
D
W
 
W
K
 
K
V
 
I
A
 
R
P
 
G
V
 
I
P
 
P
P
 
A
A
 
D
L
 
L
H
 
E
C
 
D
R
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
E
I
 
I
T
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
V
E
 
E
A
 
R
K
 
K
M
 
M
V
 
V
I
 
I
N
 
N
A
 
A
F
 
L
N
 
N
S
 
A
G
 
N
A
 
V
D
 
K
S
 
V
Y
 
F
M
 
M
T
 
A
D
 
D
F
 
F
E
 
E
D
 
D
S
 
S
N
 
L
T
 
A
P
 
P
N
 
D
W
 
W
H
 
N
N
 
K
Q
 
V
L
 
I
Q
 
D
G
 
G
Q
 
Q
V
 
I
N
 
N
L
 
L
K
 
R
A
 
D
A
 
A
V
 
V
R
 
N
R
 
G
T
 
T
L
 
I
T
 
S
L
 
Y
-
 
T
D
 
N
S
 
E
N
 
A
G
 
G
K
 
K
H
 
I
Y
 
Y
K
 
Q
L
 
L
N
 
K
G
 
P
K
 
N
I
 
P
A
 
A
T
 
V
L
 
L
Q
 
I
V
 
C
R
 
R
P
 
V
R
 
R
G
 
G
W
 
L
H
 
H
L
 
L
D
 
P
E
 
E
K
 
K
H
 
H
V
 
V
T
 
T
I
 
W
D
 
R
G
 
G
Q
 
E
R
 
A
V
 
I
S
 
P
G
 
G
G
 
S
I
 
L
F
 
F
D
 
D
F
 
F
A
 
A
L
 
L
F
 
Y
L
 
F
F
 
F
H
 
H
N
 
N
A
 
Y
K
 
Q
E
 
A
Q
 
L
I
 
L
A
 
A
R
 
K
G
 
G
A
 
S
G
 
G
P
 
P
F
 
Y
F
 
F
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
K
 
K
M
 
T
E
 
Q
S
 
S
H
 
W
L
 
Q
E
 
E
A
 
A
R
 
A
L
 
W
W
 
W
N
 
S
D
 
E
V
 
V
F
 
F
V
 
S
M
 
Y
A
 
A
Q
 
E
N
 
D
E
 
R
I
 
F
G
 
N
L
 
L
P
 
P
Q
 
R
G
 
G
T
 
T
V
 
I
K
 
K
A
 
A
T
 
T
V
 
L
L
 
L
I
 
I
E
|
E
T
 
T
I
 
L
L
 
P
A
 
A
A
 
V
F
 
F
E
 
Q
M
 
M
E
 
D
E
 
E
I
 
I
L
 
L
Y
 
H
E
 
A
L
 
L
R
 
R
E
 
D
H
 
H
S
 
I
A
 
V
G
 
G
L
 
L
N
 
N
A
 
C
G
 
G
R
 
R
W
 
W
D
|
D
Y
 
Y
I
 
I
F
 
F
S
 
S
C
 
Y
I
 
I
K
 
K
K
 
T
F
 
L
K
 
K
V
 
N
D
 
Y
K
 
P
N
 
D
F
 
R
C
 
V
L
 
L
A
 
P
D
 
D
R
 
R
A
 
Q
K
 
A
V
 
V
T
 
T
M
 
M
T
 
D
A
 
K
P
 
P
F
 
F
M
 
L
R
 
N
S
 
A
Y
 
Y
A
 
S
L
 
R
L
 
L
L
 
L
L
 
I
K
 
K
T
 
T
C
 
C
H
 
H
K
 
K
R
 
R
G
 
G
A
 
A
P
 
F
A
 
A
I
 
M
G
 
G
G
 
G
M
 
M
S
 
A
A
 
A
L
 
F
I
 
I
P
 
P
I
 
S
K
 
K
N
 
-
D
 
D
P
 
E
E
 
E
K
 
H
N
 
N
A
 
N
I
 
Q
A
 
V
M
 
L
Q
 
N
G
 
K
I
 
V
I
 
K
N
 
A
D
 
D
K
 
K
K
 
S
R
 
L
D
 
E
A
 
A
T
 
N
D
 
N
G
 
G
Y
 
H
D
 
D
G
 
G
G
 
T
W
 
W
V
 
I
A
 
A
H
 
H
P
 
P
G
 
G
L
 
L
V
 
A
E
 
D
P
 
T
A
 
A
M
 
M
K
 
A
E
 
V
F
 
F
V
 
N
A
 
D
V
 
I
L
 
L
G
 
G
D
 
S
K
 
R
P
 
K
N
 
N
Q
 
Q
F
 
L
D
 
E
K
 
V
Q
 
M
R
 
R
D
 
E
D
 
Q
V
 
D
N
 
A
V
 
P
A
 
I
A
 
T
K
 
A
D
 
D
L
 
Q
L
 
L
D
 
L
F
 
A
Q
 
P
P
 
C
E
 
D
T
 
G
P
 
E
I
 
R
T
 
T
E
 
E
A
 
E
G
 
G
L
 
M
R
 
R
M
 
A
N
 
N
I
 
I
N
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
V
H
 
Q
Y
 
Y
L
 
I
G
 
E
S
 
A
W
 
W
L
 
I
A
 
S
G
 
G
N
 
N
G
 
G
C
 
C
V
 
V
P
 
P
I
 
I
H
 
Y
N
 
G
L
 
L
M
 
M
E
 
E
D
 
D
A
 
A
A
 
A
T
 
T
A
 
A
E
 
E
I
 
I
S
 
S
R
 
R
S
 
T
Q
 
S
V
 
I
W
 
W
Q
 
Q
W
 
W
I
 
I
R
 
H
S
 
H
P
 
Q
K
 
K
G
 
-
K
 
T
L
 
L
E
 
S
D
 
N
G
 
G
R
 
K
K
 
P
V
 
V
T
 
T
A
 
K
E
 
A
M
 
L
V
 
F
R
 
R
A
 
Q
L
 
M
I
 
L
P
 
G
E
 
E
E
 
E
L
 
M
A
 
K
K
 
V
V
 
I
K
 
A
A
 
S
F
 
E
V
 
L
G
 
G
G
 
E
D
 
E
T
 
R
T
 
F
T
 
S
-
 
Q
-
 
G
-
 
R
Y
 
F
D
 
D
R
 
D
A
 
A
G
 
A
E
 
R
I
 
L
F
 
M
E
 
E
Q
 
Q
M
 
I
S
 
T
T
 
T
S
 
S
E
 
D
D
 
E
F
 
L
A
 
I
E
 
D
F
 
F
L
 
L
T
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
G
Y
 
Y

3cuzA Atomic resolution structures of escherichia coli and bacillis anthracis malate synthase a: comparison with isoform g and implications for structure based drug design (see paper)
47% identity, 96% coverage: 20:525/528 of query aligns to 18:525/529 of 3cuzA

query
sites
3cuzA
E
 
K
D
 
Q
I
 
I
L
 
L
T
 
T
P
 
A
A
 
E
A
 
A
L
 
V
A
 
E
L
 
F
V
 
L
D
 
T
K
 
E
L
 
L
H
 
V
R
 
T
A
 
H
F
 
F
E
 
T
P
 
P
R
 
Q
R
 
R
Q
 
N
E
 
K
L
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
A
R
 
R
V
 
I
E
 
Q
R
 
Q
T
 
Q
K
 
Q
R
 
D
L
 
I
D
 
D
A
 
N
G
 
G
E
 
T
L
 
L
P
 
P
D
 
D
F
 
F
L
 
I
P
 
S
Q
 
E
T
 
T
K
 
A
S
 
S
V
 
I
R
 
R
E
 
D
G
 
A
D
 
D
W
 
W
K
 
K
V
 
I
A
 
R
P
 
G
V
 
I
P
 
P
P
 
A
A
 
D
L
 
L
H
 
E
C
 
D
R
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
E
I
 
I
T
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
V
E
 
E
A
 
R
K
 
K
M
 
M
V
 
V
I
 
I
N
 
N
A
 
A
F
 
L
N
 
N
S
 
A
G
 
N
A
 
V
D
 
K
S
 
V
Y
 
F
M
 
M
T
 
A
D
 
D
F
 
F
E
 
E
D
 
D
S
 
S
N
 
L
T
 
A
P
 
P
N
 
D
W
 
W
H
 
N
N
 
K
Q
 
V
L
 
I
Q
 
D
G
 
G
Q
 
Q
V
 
I
N
 
N
L
 
L
K
 
R
A
 
D
A
 
A
V
 
V
R
 
N
R
 
G
T
 
T
L
 
I
T
 
S
L
 
Y
-
 
T
D
 
N
S
 
E
N
 
A
G
 
G
K
 
K
H
 
I
Y
 
Y
K
 
Q
L
 
L
N
 
K
G
 
P
K
 
N
I
 
P
A
 
A
T
 
V
L
 
L
Q
 
I
V
 
C
R
 
R
P
 
V
R
 
R
G
 
G
W
 
L
H
 
H
L
 
L
D
 
P
E
 
E
K
 
K
H
 
H
V
 
V
T
 
T
I
 
W
D
 
R
G
 
G
Q
 
E
R
 
A
V
 
I
S
 
P
G
 
G
G
 
S
I
 
L
F
 
F
D
 
D
F
 
F
A
 
A
L
 
L
F
 
Y
L
 
F
F
 
F
H
 
H
N
 
N
A
 
Y
K
 
Q
E
 
A
Q
 
L
I
 
L
A
 
A
R
 
K
G
 
G
A
 
S
G
 
G
P
 
P
F
 
Y
F
 
F
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
K
 
K
M
 
T
E
 
Q
S
 
S
H
 
W
L
 
Q
E
 
E
A
 
A
R
 
A
L
 
W
W
 
W
N
 
S
D
 
E
V
 
V
F
 
F
V
 
S
M
 
Y
A
 
A
Q
 
E
N
 
D
E
 
R
I
 
F
G
 
N
L
 
L
P
 
P
Q
 
R
G
 
G
T
 
T
V
 
I
K
 
K
A
 
A
T
 
T
V
 
L
L
 
L
I
 
I
E
|
E
T
 
T
I
 
L
L
 
P
A
 
A
A
 
V
F
 
F
E
 
Q
M
 
M
E
 
D
E
 
E
I
 
I
L
 
L
Y
 
H
E
 
A
L
 
L
R
 
R
E
 
D
H
 
H
S
 
I
A
 
V
G
 
G
L
 
L
N
 
N
A
 
C
G
 
G
R
 
R
W
 
W
D
|
D
Y
 
Y
I
 
I
F
 
F
S
 
S
C
 
Y
I
 
I
K
 
K
K
 
T
F
 
L
K
 
K
V
 
N
D
 
Y
K
 
P
N
 
D
F
 
R
C
 
V
L
 
L
A
 
P
D
 
D
R
 
R
A
 
Q
K
 
A
V
 
V
T
 
T
M
 
M
T
 
D
A
 
K
P
 
P
F
 
F
M
 
L
R
 
N
S
 
A
Y
 
Y
A
 
S
L
 
R
L
 
L
L
 
L
L
 
I
K
 
K
T
 
T
C
 
C
H
 
H
K
 
K
R
 
R
G
 
G
A
 
A
P
 
F
A
 
A
I
 
M
G
 
G
G
 
G
M
 
M
S
 
A
A
 
A
L
 
F
I
 
I
P
 
P
I
 
S
K
 
K
N
 
-
D
 
D
P
 
E
E
 
E
K
 
H
N
 
N
A
 
N
I
 
Q
A
 
V
M
 
L
Q
 
N
G
 
K
I
 
V
I
 
K
N
 
A
D
 
D
K
 
K
K
 
S
R
 
L
D
 
E
A
 
A
T
 
N
D
 
N
G
 
G
Y
 
H
D
 
D
G
 
G
G
 
T
W
 
W
V
 
I
A
 
A
H
 
H
P
 
P
G
 
G
L
 
L
V
 
A
E
 
D
P
 
T
A
 
A
M
 
M
K
 
A
E
 
V
F
 
F
V
 
N
A
 
D
V
 
I
L
 
L
G
 
G
D
 
S
K
 
R
P
 
K
N
 
N
Q
 
Q
F
 
L
D
 
E
K
 
V
Q
 
M
R
 
R
D
 
E
D
 
Q
V
 
D
N
 
A
V
 
P
A
 
I
A
 
T
K
 
A
D
 
D
L
 
Q
L
 
L
D
 
L
F
 
A
Q
 
P
P
 
C
E
 
D
T
 
G
P
 
E
I
 
R
T
 
T
E
 
E
A
 
E
G
 
G
L
 
M
R
 
R
M
 
A
N
 
N
I
 
I
N
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
V
H
 
Q
Y
 
Y
L
 
I
G
 
E
S
 
A
W
 
W
L
 
I
A
 
S
G
 
G
N
 
N
G
 
G
C
 
C
V
 
V
P
 
P
I
 
I
H
 
Y
N
 
G
L
 
L
M
 
M
E
 
E
D
 
D
A
 
A
A
 
A
T
 
T
A
 
A
E
 
E
I
 
I
S
 
S
R
 
R
S
 
T
Q
 
S
V
 
I
W
 
W
Q
 
Q
W
 
W
I
 
I
R
 
H
S
 
H
P
 
Q
K
 
K
G
 
-
K
 
T
L
 
L
E
 
S
D
 
N
G
 
G
R
 
K
K
 
P
V
 
V
T
 
T
A
 
K
E
 
A
M
 
L
V
 
F
R
 
R
A
 
Q
L
 
M
I
 
L
P
 
G
E
 
E
E
 
E
L
 
M
A
 
K
K
 
V
V
 
I
K
 
A
A
 
S
F
 
E
V
 
L
G
 
G
G
 
E
D
 
E
T
 
R
T
 
F
T
 
S
-
 
Q
-
 
G
-
 
R
Y
 
F
D
 
D
R
 
D
A
 
A
G
 
A
E
 
R
I
 
L
F
 
M
E
 
E
Q
 
Q
M
 
I
S
 
T
T
 
T
S
 
S
E
 
D
D
 
E
F
 
L
A
 
I
E
 
D
F
 
F
L
 
L
T
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
G
Y
 
Y

1p7tA Structure of escherichia coli malate synthase g:pyruvate:acetyl- coenzyme a abortive ternary complex at 1.95 angstrom resolution (see paper)
24% identity, 69% coverage: 128:489/528 of query aligns to 283:650/706 of 1p7tA

query
sites
1p7tA
L
 
M
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
T
V
 
L
N
 
Q
L
 
E
K
 
K
A
 
M
A
 
Q
V
 
I
R
 
V
R
|
R
T
 
K
L
 
L
T
 
N
L
 
D
D
 
D
-
 
R
-
 
H
-
 
Y
-
 
T
-
 
A
S
 
A
N
 
D
G
 
G
K
 
S
H
 
E
Y
 
I
K
 
S
L
 
L
N
 
H
G
 
G
K
 
R
I
 
-
A
 
S
T
 
L
L
 
L
Q
 
F
V
 
I
R
|
R
P
 
N
R
 
V
G
 
G
W
 
-
H
 
H
L
 
L
D
 
M
E
 
T
K
 
I
H
 
P
V
 
V
T
 
I
I
 
W
D
 
D
-
 
S
-
 
E
G
 
G
Q
 
N
R
 
E
V
 
I
S
 
P
G
 
E
G
 
G
I
 
I
F
 
L
D
 
D
F
 
G
-
 
V
-
 
M
-
 
T
-
 
G
A
 
A
L
 
I
F
 
A
L
 
L
F
 
Y
H
 
D
N
 
L
A
 
K
K
 
V
E
 
Q
Q
 
K
I
 
N
A
 
S
R
 
R
G
 
T
A
 
G
G
 
S
P
 
V
F
 
Y
F
 
I
Y
 
V
L
 
K
P
 
P
K
 
K
M
 
M
E
 
H
S
 
G
H
 
P
L
 
Q
E
 
E
A
 
V
R
 
A
L
 
F
W
 
A
N
 
N
D
 
K
V
 
L
F
 
F
V
 
T
M
 
R
A
 
I
Q
 
E
N
 
T
E
 
M
I
 
L
G
 
G
L
 
M
P
 
A
Q
 
P
G
 
N
T
 
T
V
 
L
K
 
K
A
 
M
T
 
G
V
 
I
L
 
M
I
 
D
E
|
E
T
 
E
I
 
R
L
 
R
A
 
T
A
 
S
F
 
L
E
 
N
M
 
L
E
 
R
E
 
S
I
 
C
L
 
I
Y
 
A
E
 
Q
L
 
A
R
 
R
E
 
N
H
 
R
S
 
V
A
 
A
G
 
F
L
 
I
N
 
N
A
 
T
G
|
G
R
 
F
W
x
L
D
|
D
Y
 
R
I
 
T
F
 
G
S
 
D
C
 
E
I
 
M
K
 
H
K
 
S
F
 
V
K
 
M
V
 
E
D
 
A
K
 
G
N
 
P
F
 
M
C
 
L
L
 
R
A
 
K
D
 
N
R
 
Q
A
 
M
K
 
K
V
 
S
T
 
T
M
 
-
T
 
-
A
 
-
P
 
P
F
 
W
M
 
I
R
 
K
S
 
A
Y
 
Y
A
 
E
-
 
R
-
 
N
-
 
N
L
 
V
L
 
L
L
 
S
L
 
G
K
 
L
T
 
F
C
 
C
H
 
G
K
 
L
R
 
R
G
 
G
A
 
K
P
 
A
A
 
Q
I
 
I
G
 
G
-
 
K
G
 
G
M
|
M
S
 
W
A
 
A
L
 
M
I
 
P
P
 
D
I
 
L
K
 
-
N
 
-
D
 
-
P
 
-
E
 
-
K
 
-
N
 
-
A
 
-
I
 
-
A
 
-
M
 
M
Q
 
A
G
 
D
I
 
M
I
 
Y
N
 
S
D
 
Q
K
 
K
K
 
G
R
 
D
D
 
Q
A
 
L
T
 
R
D
 
A
G
 
G
Y
 
A
D
 
N
G
 
T
G
 
A
W
|
W
V
 
V
A
x
P
H
 
S
P
|
P
G
 
T
L
 
A
V
 
A
E
 
T
P
 
L
A
 
H
M
 
A
K
 
L
E
 
H
F
 
Y
V
 
H
A
 
Q
V
 
T
L
 
-
G
 
N
D
 
V
K
 
Q
P
 
S
N
 
V
Q
 
Q
F
 
A
D
 
N
K
 
I
Q
 
A
R
 
Q
D
 
T
D
 
E
V
 
F
N
 
N
V
 
A
A
 
E
A
 
F
K
 
E
D
 
P
L
 
L
L
 
L
D
 
D
F
 
D
Q
 
L
P
 
L
E
 
T
T
 
I
P
 
P
I
 
V
T
 
A
E
 
E
A
 
N
G
 
A
-
 
N
-
 
W
-
 
S
-
 
A
-
 
Q
-
 
E
-
 
I
-
 
Q
-
 
Q
-
 
E
L
 
L
R
 
D
M
 
N
N
 
N
I
 
V
N
 
Q
V
 
G
G
 
I
I
 
L
H
 
G
Y
 
Y
L
 
V
G
 
V
S
 
R
W
 
W
L
 
V
-
 
E
A
 
Q
G
 
G
N
 
I
G
 
G
C
|
C
-
 
S
-
 
K
V
 
V
P
 
P
-
 
D
I
 
I
H
 
H
N
 
N
-
 
V
-
 
A
L
 
L
M
|
M
E
 
E
D
|
D
A
 
R
A
 
A
T
 
T
A
 
L
E
 
R
I
 
I
S
 
S
R
 
S
S
 
Q
Q
 
H
V
 
I
W
 
A
Q
 
N
W
 
W
I
 
L
R
 
R
S
 
-
P
 
-
K
 
H
G
 
G
K
 
I
L
 
L
E
 
-
D
 
-
G
 
-
R
 
-
K
 
-
V
 
-
T
 
T
A
 
K
E
 
E
M
 
Q
V
 
V
R
 
Q
A
 
A
L
 
S
I
 
L
P
 
-
E
 
E
E
 
N
L
 
M
A
 
A
K
 
K
V
 
V

Sites not aligning to the query:

1d8cA Malate synthase g complexed with magnesium and glyoxylate (see paper)
24% identity, 69% coverage: 128:489/528 of query aligns to 292:653/709 of 1d8cA

query
sites
1d8cA
L
 
M
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
T
V
 
L
N
 
Q
L
 
R
K
 
K
A
 
L
A
 
N
V
 
D
R
 
D
R
 
R
T
 
H
L
 
Y
T
 
T
L
 
A
D
 
-
S
 
A
N
 
D
G
 
G
K
 
S
H
 
E
Y
 
I
K
 
S
L
 
L
N
 
H
G
 
G
K
 
R
I
 
-
A
 
S
T
 
L
L
 
L
Q
 
F
V
 
I
R
|
R
P
 
N
R
 
V
G
 
G
W
 
-
H
 
H
L
 
L
D
 
M
E
 
T
K
 
I
H
 
P
V
 
V
T
 
I
I
 
W
D
 
D
-
 
S
-
 
E
G
 
G
Q
 
N
R
 
E
V
 
I
S
 
P
G
 
E
G
 
G
I
 
I
F
 
L
D
 
D
F
 
G
-
 
V
-
 
M
-
 
T
-
 
G
A
 
A
L
 
I
F
 
A
L
 
L
F
 
Y
H
 
D
N
 
L
A
 
K
K
 
V
E
 
Q
Q
 
K
I
 
N
A
 
S
R
 
R
G
 
T
A
 
G
G
 
S
P
 
V
F
 
Y
F
 
I
Y
 
V
L
 
K
P
 
P
K
 
K
M
 
M
E
 
H
S
 
G
H
 
P
L
 
Q
E
 
E
A
 
V
R
 
A
L
 
F
W
 
A
N
 
N
D
 
K
V
 
L
F
 
F
V
 
T
M
 
R
A
 
I
Q
 
E
N
 
T
E
 
M
I
 
L
G
 
G
L
 
M
P
 
A
Q
 
P
G
 
N
T
 
T
V
 
L
K
 
K
A
 
M
T
 
G
V
 
I
L
x
M
I
 
D
E
|
E
T
 
E
I
 
R
L
 
R
A
 
T
A
 
S
F
 
L
E
 
N
M
 
L
E
 
R
E
 
S
I
 
C
L
 
I
Y
 
A
E
 
Q
L
 
A
R
 
R
E
 
N
H
 
R
S
 
V
A
 
A
G
 
F
L
 
I
N
 
N
A
 
T
G
|
G
R
 
F
W
x
L
D
|
D
Y
 
R
I
 
T
F
 
G
S
 
D
C
 
E
I
 
M
K
x
H
K
 
S
F
 
V
K
 
M
V
 
E
D
 
A
K
 
G
N
 
P
F
 
M
C
 
L
L
 
R
A
 
K
D
 
N
R
 
Q
A
 
M
K
 
K
V
 
S
T
 
T
M
 
-
T
 
-
A
 
-
P
 
P
F
 
W
M
 
I
R
 
K
S
 
A
Y
 
Y
A
 
E
-
 
R
-
 
N
-
 
N
L
 
V
L
 
L
L
 
S
L
 
G
K
 
L
T
 
F
C
 
C
H
 
G
K
 
L
R
 
R
G
 
G
A
 
K
P
 
A
A
 
Q
I
 
I
G
 
G
-
 
K
G
 
G
M
 
M
S
 
W
A
 
A
L
 
M
I
 
P
P
 
D
I
 
L
K
 
-
N
 
-
D
 
-
P
 
-
E
 
-
K
 
-
N
 
-
A
 
-
I
 
-
A
 
-
M
 
M
Q
 
A
G
 
D
I
 
M
I
 
Y
N
 
S
D
 
Q
K
 
K
K
 
G
R
 
D
D
 
Q
A
 
L
T
 
R
D
 
A
G
 
G
Y
 
A
D
 
N
G
 
T
G
 
A
W
 
W
V
 
V
A
 
P
H
 
S
P
 
P
G
 
T
L
 
A
V
 
A
E
 
T
P
 
L
A
 
H
M
 
A
K
 
L
E
 
H
F
 
Y
V
 
H
A
 
Q
V
 
T
L
 
-
G
 
N
D
 
V
K
 
Q
P
 
S
N
 
V
Q
 
Q
F
 
A
D
 
N
K
 
I
Q
 
A
R
 
Q
D
 
T
D
 
E
V
 
F
N
 
N
V
 
A
A
 
E
A
 
F
K
 
E
D
 
P
L
 
L
L
 
L
D
 
D
F
 
D
Q
 
L
P
 
L
E
 
T
T
 
I
P
 
P
I
 
V
T
 
A
E
 
E
A
 
N
G
 
A
-
 
N
-
 
W
-
 
S
-
 
A
-
 
Q
-
 
E
-
 
I
-
 
Q
-
 
Q
-
 
E
L
 
L
R
 
D
M
 
N
N
 
N
I
 
V
N
 
Q
V
 
G
G
 
I
I
 
L
H
 
G
Y
 
Y
L
 
V
G
 
V
S
 
R
W
 
W
L
 
V
-
 
E
A
 
Q
G
 
G
N
 
I
G
 
G
C
 
C
-
 
S
-
 
K
V
 
V
P
 
P
-
 
D
I
 
I
H
 
H
N
 
N
-
 
V
-
 
A
L
 
L
M
 
M
E
 
E
D
|
D
A
 
R
A
 
A
T
 
T
A
 
L
E
 
R
I
 
I
S
 
S
R
 
S
S
 
Q
Q
 
H
V
 
I
W
 
A
Q
 
N
W
 
W
I
 
L
R
 
R
S
 
-
P
 
-
K
 
H
G
 
G
K
 
I
L
 
L
E
 
-
D
 
-
G
 
-
R
 
-
K
 
-
V
 
-
T
 
T
A
 
K
E
 
E
M
 
Q
V
 
V
R
 
Q
A
 
A
L
 
S
I
 
L
P
 
-
E
 
E
E
 
N
L
 
M
A
 
A
K
 
K
V
 
V

Sites not aligning to the query:

P37330 Malate synthase G; MSG; EC 2.3.3.9 from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
24% identity, 65% coverage: 146:489/528 of query aligns to 322:666/723 of P37330

query
sites
P37330
S
 
A
N
 
D
G
 
G
K
 
S
H
 
E
Y
 
I
K
 
S
L
 
L
N
 
H
G
 
G
K
 
R
I
 
-
A
 
S
T
 
L
L
 
L
Q
 
F
V
 
I
R
|
R
P
 
N
R
 
V
G
 
G
W
 
-
H
 
H
L
 
L
D
 
M
E
 
T
K
 
I
H
 
P
V
 
V
T
 
I
I
 
W
D
 
D
-
 
S
-
 
E
G
 
G
Q
 
N
R
 
E
V
 
I
S
 
P
G
 
E
G
 
G
I
 
I
F
 
L
D
 
D
F
 
G
-
 
V
-
 
M
-
 
T
-
 
G
A
 
A
L
 
I
F
 
A
L
 
L
F
 
Y
H
 
D
N
 
L
A
 
K
K
 
V
E
 
Q
Q
 
K
I
 
N
A
 
S
R
 
R
G
 
T
A
 
G
G
 
S
P
 
V
F
 
Y
F
 
I
Y
 
V
L
 
K
P
 
P
K
 
K
M
 
M
E
 
H
S
 
G
H
 
P
L
 
Q
E
 
E
A
 
V
R
 
A
L
 
F
W
 
A
N
 
N
D
 
K
V
 
L
F
 
F
V
 
T
M
 
R
A
 
I
Q
 
E
N
 
T
E
 
M
I
 
L
G
 
G
L
 
M
P
 
A
Q
 
P
G
 
N
T
 
T
V
 
L
K
 
K
A
 
M
T
 
G
V
 
I
L
 
M
I
 
D
E
 
E
T
 
E
I
 
R
L
 
R
A
 
T
A
 
S
F
 
L
E
 
N
M
 
L
E
 
R
E
 
S
I
 
C
L
 
I
Y
 
A
E
 
Q
L
 
A
R
 
R
E
 
N
H
 
R
S
 
V
A
 
A
G
 
F
L
 
I
N
 
N
A
 
T
G
 
G
R
 
F
W
 
L
D
 
D
Y
 
R
I
 
T
F
 
G
S
 
D
C
 
E
I
 
M
K
 
H
K
 
S
F
 
V
K
 
M
V
 
E
D
 
A
K
 
G
N
 
P
F
 
M
C
 
L
L
 
R
A
 
K
D
 
N
R
 
Q
A
 
M
K
 
K
V
 
S
T
 
T
M
 
-
T
 
-
A
 
-
P
 
P
F
 
W
M
 
I
R
 
K
S
 
A
Y
 
Y
A
 
E
-
 
R
-
 
N
-
 
N
L
 
V
L
 
L
L
 
S
L
 
G
K
 
L
T
 
F
C
 
C
H
 
G
K
 
L
R
 
R
G
 
G
A
 
K
P
 
A
A
 
Q
I
 
I
G
 
G
-
 
K
G
 
G
M
 
M
S
 
W
A
 
A
L
 
M
I
 
P
P
 
D
I
 
L
K
 
-
N
 
-
D
 
-
P
 
-
E
 
-
K
 
-
N
 
-
A
 
-
I
 
-
A
 
-
M
 
M
Q
 
A
G
 
D
I
 
M
I
 
Y
N
 
S
D
 
Q
K
 
K
K
 
G
R
 
D
D
 
Q
A
 
L
T
 
R
D
 
A
G
 
G
Y
 
A
D
 
N
G
 
T
G
 
A
W
 
W
V
 
V
A
 
P
H
 
S
P
 
P
G
 
T
L
 
A
V
 
A
E
 
T
P
 
L
A
 
H
M
 
A
K
 
L
E
 
H
F
 
Y
V
 
H
A
 
Q
V
 
T
L
 
-
G
 
N
D
 
V
K
 
Q
P
 
S
N
 
V
Q
 
Q
F
 
A
D
 
N
K
 
I
Q
 
A
R
 
Q
D
 
T
D
 
E
V
 
F
N
 
N
V
 
A
A
 
E
A
 
F
K
 
E
D
 
P
L
 
L
L
 
L
D
 
D
F
 
D
Q
 
L
P
 
L
E
 
T
T
 
I
P
 
P
I
 
V
T
 
A
E
 
E
A
 
N
G
 
A
-
 
N
-
 
W
-
 
S
-
 
A
-
 
Q
-
 
E
-
 
I
-
 
Q
-
 
Q
-
 
E
L
 
L
R
 
D
M
 
N
N
 
N
I
 
V
N
 
Q
V
 
G
G
 
I
I
 
L
H
 
G
Y
 
Y
L
 
V
G
 
V
S
 
R
W
 
W
L
 
V
-
 
E
A
 
Q
G
 
G
N
 
I
G
 
G
C
|
C
-
 
S
-
 
K
V
 
V
P
 
P
-
 
D
I
 
I
H
 
H
N
 
N
-
 
V
-
 
A
L
 
L
M
 
M
E
 
E
D
|
D
A
 
R
A
 
A
T
 
T
A
 
L
E
 
R
I
 
I
S
 
S
R
 
S
S
 
Q
Q
 
H
V
 
I
W
 
A
Q
 
N
W
 
W
I
 
L
R
 
R
S
 
-
P
 
-
K
 
H
G
 
G
K
 
I
L
 
L
E
 
-
D
 
-
G
 
-
R
 
-
K
 
-
V
 
-
T
 
T
A
 
K
E
 
E
M
 
Q
V
 
V
R
 
Q
A
 
A
L
 
S
I
 
L
P
 
-
E
 
E
E
 
N
L
 
M
A
 
A
K
 
K
V
 
V

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>RR42_RS12175 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS12175
MAITLPAGMKITGEILPAYEDILTPAALALVDKLHRAFEPRRQELLAARVERTKRLDAGE
LPDFLPQTKSVREGDWKVAPVPPALHCRRVEITGPVEAKMVINAFNSGADSYMTDFEDSN
TPNWHNQLQGQVNLKAAVRRTLTLDSNGKHYKLNGKIATLQVRPRGWHLDEKHVTIDGQR
VSGGIFDFALFLFHNAKEQIARGAGPFFYLPKMESHLEARLWNDVFVMAQNEIGLPQGTV
KATVLIETILAAFEMEEILYELREHSAGLNAGRWDYIFSCIKKFKVDKNFCLADRAKVTM
TAPFMRSYALLLLKTCHKRGAPAIGGMSALIPIKNDPEKNAIAMQGIINDKKRDATDGYD
GGWVAHPGLVEPAMKEFVAVLGDKPNQFDKQRDDVNVAAKDLLDFQPETPITEAGLRMNI
NVGIHYLGSWLAGNGCVPIHNLMEDAATAEISRSQVWQWIRSPKGKLEDGRKVTAEMVRA
LIPEELAKVKAFVGGDTTTYDRAGEIFEQMSTSEDFAEFLTLPLYEEI

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory