SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing RR42_RS14430 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS14430 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4jagA Structural determination of the a50t:s279g:s280k:v281k:k282e:h283n variant of citrate synthase from e. Coli complexed with oxaloacetate (see paper)
65% identity, 98% coverage: 4:426/433 of query aligns to 1:419/426 of 4jagA

query
sites
4jagA
S
 
A
D
 
D
V
 
T
K
 
K
A
 
A
T
 
K
L
 
L
S
 
T
F
 
L
S
 
-
D
 
D
G
 
G
S
 
D
P
 
T
S
 
A
V
 
V
E
 
E
L
 
L
P
 
D
I
 
V
Y
 
L
T
 
K
G
 
G
T
 
T
V
 
L
G
 
G
P
 
Q
D
 
D
V
 
V
I
 
I
D
 
D
I
 
I
R
 
R
K
 
T
L
 
L
Y
 
-
G
 
G
Q
 
S
T
 
K
G
 
G
K
 
V
F
 
F
T
 
T
Y
 
F
D
 
D
P
 
P
G
 
G
F
 
F
M
 
T
S
 
S
T
 
T
A
 
T
S
 
S
C
 
C
N
 
E
S
 
S
K
 
K
I
 
I
T
 
T
Y
 
F
I
 
I
D
 
D
G
 
G
D
 
D
K
 
E
G
 
G
E
 
I
L
 
L
L
 
L
Y
 
H
R
 
R
G
 
G
Y
 
F
P
 
P
I
 
I
E
 
D
Q
 
Q
L
 
L
A
 
A
T
 
T
K
 
D
C
 
S
D
 
N
H
 
Y
L
 
L
E
 
E
T
 
V
C
 
C
Y
 
Y
L
 
I
L
 
L
L
 
L
K
 
N
G
 
G
E
 
E
L
 
K
P
 
P
N
 
T
A
 
Q
K
 
E
Q
 
Q
K
 
Y
E
 
D
E
 
E
F
 
F
V
 
K
G
 
T
A
 
T
V
 
V
M
 
T
N
 
R
H
 
H
T
 
T
M
 
M
V
 
I
H
 
H
E
 
E
Q
 
Q
M
 
I
Q
 
T
F
 
R
F
 
L
L
 
F
R
 
H
G
 
A
F
 
F
R
 
R
R
 
R
D
 
D
A
 
S
H
 
H
P
 
P
M
 
M
A
 
A
V
 
V
L
 
M
T
 
C
G
 
G
L
 
I
V
 
T
G
 
G
A
 
A
M
 
L
S
 
A
A
 
A
F
 
F
Y
 
Y
H
 
H
D
 
D
A
 
S
M
 
L
D
 
D
I
 
V
D
 
N
D
 
N
P
 
P
H
 
R
Q
 
H
R
 
R
E
 
E
I
 
I
S
 
A
A
 
A
I
 
F
R
 
R
L
 
L
I
 
L
A
 
S
K
 
K
M
 
M
P
 
P
T
 
T
L
 
M
V
 
A
A
 
A
M
 
M
A
 
C
Y
 
Y
K
 
K
Y
 
Y
N
 
S
I
 
I
G
 
G
Q
 
Q
P
 
P
Y
 
F
I
 
V
Y
 
Y
P
 
P
Q
 
R
N
 
N
D
 
D
L
 
L
S
 
S
Y
 
Y
S
 
A
G
 
G
N
 
N
F
 
F
M
 
L
Q
 
N
M
 
M
M
 
M
F
 
F
S
 
S
T
 
T
P
 
P
C
 
C
A
 
E
P
 
P
Y
 
Y
K
 
E
V
 
V
N
 
N
P
 
P
V
 
I
L
 
L
E
 
E
R
 
R
A
 
A
L
 
M
D
 
D
R
 
R
I
 
I
F
 
L
I
 
I
L
 
L
H
 
H
A
 
A
D
 
D
H
|
H
E
 
E
Q
 
Q
N
|
N
A
 
A
S
 
S
T
 
T
S
 
S
T
 
T
V
 
V
R
 
R
L
 
T
A
 
A
G
 
G
S
 
S
S
 
S
G
 
G
T
 
A
N
 
N
P
 
P
F
 
F
A
 
A
A
 
C
I
 
I
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
C
 
S
L
 
L
W
 
W
G
 
G
P
 
P
A
 
A
H
 
H
G
 
G
G
 
G
A
 
A
N
 
N
E
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
L
K
 
K
M
 
M
L
 
L
E
 
E
E
 
E
I
 
I
G
 
G
S
 
K
V
 
K
D
 
E
N
 
N
I
 
I
T
 
P
E
 
E
F
 
F
I
 
V
K
 
R
Q
 
R
V
 
A
K
 
K
D
 
D
K
 
K
N
 
N
S
 
D
G
 
S
V
 
F
R
 
R
L
 
L
M
 
M
G
 
G
F
 
F
G
 
G
H
 
H
R
|
R
V
 
V
Y
 
Y
K
 
K
N
 
N
Y
 
Y
D
 
D
P
 
P
R
 
R
A
 
A
K
 
T
L
 
V
M
 
M
R
 
R
E
 
E
T
 
T
C
 
C
Y
 
H
E
 
E
V
 
V
L
 
L
N
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
T
H
 
K
N
 
D
D
 
D
P
 
-
L
 
L
F
 
L
K
 
E
L
 
V
A
 
A
M
 
M
E
 
E
L
 
L
E
 
E
K
 
N
I
 
I
A
 
A
L
 
L
E
 
N
D
 
D
E
 
P
Y
 
Y
F
 
F
V
 
I
S
 
E
R
 
K
K
 
K
L
 
L
Y
 
Y
P
 
P
N
 
N
V
 
V
D
|
D
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
G
 
G
I
 
I
V
 
I
Q
 
L
R
 
K
A
 
A
L
 
M
G
 
G
I
 
I
P
 
P
T
 
S
S
 
S
L
 
M
F
 
F
T
 
T
C
 
V
I
 
I
F
 
F
A
 
A
L
 
M
A
 
A
R
|
R
T
 
T
P
 
V
G
 
G
W
 
W
I
 
I
S
 
A
Q
 
H
W
 
W
E
 
S
E
 
E
M
 
M
I
 
H
T
 
S
D
 
D
P
 
G
E
 
-
Y
 
M
K
 
K
I
 
I
G
 
A
R
 
R
P
 
P
R
 
R
Q
 
Q
L
 
L
F
 
Y
N
 
T
G
 
G
A
 
Y
A
 
E
S
 
K
R
 
R
N
 
D

4jaeA Structural determination of the a50t:s279g:s280k:v281k:k282e:h283n variant of citrate synthase from e. Coli complexed with s- carboxymethyl-coa (see paper)
65% identity, 98% coverage: 4:426/433 of query aligns to 1:419/426 of 4jaeA

query
sites
4jaeA
S
 
A
D
 
D
V
 
T
K
 
K
A
 
A
T
 
K
L
 
L
S
 
T
F
 
L
S
 
-
D
 
D
G
 
G
S
 
D
P
 
T
S
 
A
V
 
V
E
 
E
L
 
L
P
 
D
I
 
V
Y
 
L
T
 
K
G
 
G
T
 
T
V
 
L
G
 
G
P
 
Q
D
 
D
V
 
V
I
 
I
D
 
D
I
 
I
R
 
R
K
 
T
L
 
L
Y
 
-
G
 
G
Q
 
S
T
 
K
G
 
G
K
 
V
F
 
F
T
 
T
Y
 
F
D
 
D
P
 
P
G
 
G
F
 
F
M
 
T
S
 
S
T
 
T
A
 
T
S
 
S
C
 
C
N
 
E
S
 
S
K
 
K
I
 
I
T
 
T
Y
 
F
I
 
I
D
 
D
G
 
G
D
 
D
K
 
E
G
 
G
E
 
I
L
 
L
L
 
L
Y
 
H
R
 
R
G
 
G
Y
 
F
P
 
P
I
 
I
E
 
D
Q
 
Q
L
 
L
A
 
A
T
 
T
K
 
D
C
 
S
D
 
N
H
 
Y
L
 
L
E
 
E
T
 
V
C
 
C
Y
 
Y
L
 
I
L
 
L
L
 
L
K
 
N
G
 
G
E
 
E
L
 
K
P
 
P
N
 
T
A
 
Q
K
 
E
Q
 
Q
K
 
Y
E
 
D
E
 
E
F
 
F
V
 
K
G
 
T
A
x
T
V
 
V
M
x
T
N
x
R
H
|
H
T
|
T
M
|
M
V
 
I
H
 
H
E
 
E
Q
 
Q
M
 
I
Q
 
T
F
 
R
F
 
L
L
 
F
R
 
H
G
 
A
F
 
F
R
 
R
R
 
R
D
 
D
A
 
S
H
 
H
P
 
P
M
 
M
A
 
A
V
 
V
L
 
M
T
 
C
G
 
G
L
 
I
V
 
T
G
 
G
A
 
A
M
 
L
S
 
A
A
 
A
F
 
F
Y
 
Y
H
 
H
D
 
D
A
 
S
M
 
L
D
 
D
I
 
V
D
 
N
D
 
N
P
 
P
H
 
R
Q
 
H
R
 
R
E
|
E
I
|
I
S
 
A
A
 
A
I
 
F
R
|
R
L
 
L
I
 
L
A
 
S
K
|
K
M
 
M
P
 
P
T
 
T
L
 
M
V
 
A
A
 
A
M
 
M
A
 
C
Y
 
Y
K
 
K
Y
 
Y
N
 
S
I
 
I
G
 
G
Q
 
Q
P
 
P
Y
 
F
I
 
V
Y
 
Y
P
 
P
Q
 
R
N
|
N
D
 
D
L
 
L
S
 
S
Y
 
Y
S
 
A
G
 
G
N
 
N
F
 
F
M
 
L
Q
 
N
M
 
M
M
 
M
F
 
F
S
 
S
T
 
T
P
 
P
C
 
C
A
 
E
P
 
P
Y
 
Y
K
 
E
V
 
V
N
 
N
P
 
P
V
 
I
L
 
L
E
 
E
R
 
R
A
 
A
L
 
M
D
 
D
R
 
R
I
 
I
F
 
L
I
 
I
L
 
L
H
 
H
A
 
A
D
 
D
H
 
H
E
 
E
Q
 
Q
N
 
N
A
 
A
S
 
S
T
 
T
S
 
S
T
 
T
V
 
V
R
 
R
L
 
T
A
 
A
G
 
G
S
 
S
S
 
S
G
 
G
T
 
A
N
 
N
P
 
P
F
 
F
A
 
A
A
 
C
I
 
I
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
C
 
S
L
 
L
W
 
W
G
 
G
P
 
P
A
 
A
H
 
H
G
 
G
G
 
G
A
 
A
N
 
N
E
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
L
K
 
K
M
 
M
L
 
L
E
 
E
E
 
E
I
 
I
G
 
G
S
 
K
V
 
K
D
 
E
N
 
N
I
 
I
T
 
P
E
 
E
F
 
F
I
 
V
K
 
R
Q
 
R
V
 
A
K
 
K
D
 
D
K
 
K
N
 
N
S
 
D
G
 
S
V
 
F
R
 
R
L
 
L
M
 
M
G
 
G
F
 
F
G
 
G
H
 
H
R
 
R
V
 
V
Y
 
Y
K
 
K
N
 
N
Y
 
Y
D
 
D
P
 
P
R
 
R
A
 
A
K
 
T
L
 
V
M
 
M
R
 
R
E
 
E
T
 
T
C
 
C
Y
 
H
E
 
E
V
 
V
L
 
L
N
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
T
H
 
K
N
 
D
D
 
D
P
 
-
L
 
L
F
 
L
K
 
E
L
 
V
A
 
A
M
 
M
E
 
E
L
 
L
E
 
E
K
 
N
I
 
I
A
 
A
L
 
L
E
 
N
D
 
D
E
 
P
Y
 
Y
F
 
F
V
 
I
S
 
E
R
 
K
K
 
K
L
 
L
Y
 
Y
P
 
P
N
 
N
V
 
V
D
|
D
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
G
 
G
I
 
I
V
 
I
Q
 
L
R
 
K
A
 
A
L
 
M
G
 
G
I
 
I
P
 
P
T
 
S
S
 
S
L
 
M
F
 
F
T
 
T
C
 
V
I
 
I
F
 
F
A
 
A
L
 
M
A
 
A
R
 
R
T
 
T
P
 
V
G
 
G
W
 
W
I
 
I
S
 
A
Q
 
H
W
 
W
E
 
S
E
 
E
M
 
M
I
 
H
T
 
S
D
 
D
P
 
G
E
 
-
Y
 
M
K
 
K
I
 
I
G
 
A
R
 
R
P
 
P
R
 
R
Q
 
Q
L
 
L
F
 
Y
N
 
T
G
 
G
A
 
Y
A
 
E
S
 
K
R
 
R
N
 
D

P0ABH7 Citrate synthase; EC 2.3.3.16 from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
65% identity, 98% coverage: 4:426/433 of query aligns to 2:420/427 of P0ABH7

query
sites
P0ABH7
S
 
A
D
 
D
V
 
T
K
 
K
A
 
A
T
 
K
L
 
L
S
 
T
F
 
L
S
 
-
D
 
N
G
 
G
S
 
D
P
 
T
S
 
A
V
 
V
E
 
E
L
 
L
P
 
D
I
 
V
Y
 
L
T
 
K
G
 
G
T
 
T
V
 
L
G
 
G
P
 
Q
D
 
D
V
 
V
I
 
I
D
 
D
I
 
I
R
 
R
K
 
T
L
 
L
Y
 
-
G
 
G
Q
 
S
T
 
K
G
 
G
K
 
V
F
 
F
T
 
T
Y
 
F
D
 
D
P
 
P
G
 
G
F
 
F
M
 
T
S
 
S
T
 
T
A
 
A
S
 
S
C
 
C
N
 
E
S
 
S
K
 
K
I
 
I
T
 
T
Y
 
F
I
 
I
D
 
D
G
 
G
D
 
D
K
 
E
G
 
G
E
 
I
L
 
L
L
 
L
Y
 
H
R
 
R
G
 
G
Y
 
F
P
 
P
I
 
I
E
 
D
Q
 
Q
L
 
L
A
 
A
T
 
T
K
 
D
C
 
S
D
 
N
H
 
Y
L
 
L
E
 
E
T
 
V
C
 
C
Y
 
Y
L
 
I
L
 
L
L
 
L
K
 
N
G
 
G
E
 
E
L
 
K
P
 
P
N
 
T
A
 
Q
K
 
E
Q
 
Q
K
 
Y
E
 
D
E
 
E
F
 
F
V
 
K
G
 
T
A
 
T
V
 
V
M
 
T
N
 
R
H
 
H
T
 
T
M
 
M
V
 
I
H
 
H
E
 
E
Q
 
Q
M
 
I
Q
 
T
F
 
R
F
 
L
L
 
F
R
 
H
G
 
A
F
 
F
R
 
R
R
 
R
D
 
D
A
 
S
H
 
H
P
 
P
M
 
M
A
 
A
V
 
V
L
 
M
T
 
C
G
 
G
L
 
I
V
 
T
G
 
G
A
 
A
M
 
L
S
 
A
A
 
A
F
 
F
Y
 
Y
H
 
H
D
 
D
A
 
S
M
 
L
D
 
D
I
 
V
D
 
N
D
 
N
P
 
P
H
 
R
Q
 
H
R
 
R
E
 
E
I
 
I
S
 
A
A
 
A
I
 
F
R
 
R
L
 
L
I
 
L
A
 
S
K
 
K
M
 
M
P
 
P
T
 
T
L
 
M
V
 
A
A
 
A
M
 
M
A
 
C
Y
 
Y
K
 
K
Y
 
Y
N
 
S
I
 
I
G
 
G
Q
 
Q
P
 
P
Y
 
F
I
 
V
Y
 
Y
P
 
P
Q
 
R
N
 
N
D
 
D
L
 
L
S
 
S
Y
 
Y
S
 
A
G
 
G
N
 
N
F
 
F
M
 
L
Q
 
N
M
 
M
M
 
M
F
 
F
S
 
S
T
 
T
P
 
P
C
|
C
A
x
E
P
 
P
Y
 
Y
K
 
E
V
 
V
N
 
N
P
 
P
V
 
I
L
 
L
E
 
E
R
 
R
A
 
A
L
 
M
D
 
D
R
 
R
I
 
I
F
 
L
I
 
I
L
 
L
H
 
H
A
 
A
D
 
D
H
 
H
E
 
E
Q
 
Q
N
 
N
A
 
A
S
 
S
T
 
T
S
 
S
T
 
T
V
 
V
R
 
R
L
 
T
A
 
A
G
 
G
S
 
S
S
 
S
G
 
G
T
 
A
N
 
N
P
 
P
F
 
F
A
 
A
A
 
C
I
 
I
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
C
 
S
L
 
L
W
 
W
G
 
G
P
 
P
A
 
A
H
 
H
G
 
G
G
 
G
A
 
A
N
 
N
E
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
L
K
 
K
M
 
M
L
 
L
E
 
E
E
 
E
I
 
I
G
 
S
S
 
S
V
 
V
D
x
K
N
 
H
I
 
I
T
 
P
E
 
E
F
 
F
I
 
V
K
 
R
Q
 
R
V
 
A
K
 
K
D
 
D
K
 
K
N
 
N
S
 
D
G
 
S
V
 
F
R
 
R
L
 
L
M
 
M
G
 
G
F
 
F
G
 
G
H
 
H
R
 
R
V
 
V
Y
 
Y
K
 
K
N
 
N
Y
 
Y
D
 
D
P
 
P
R
 
R
A
 
A
K
 
T
L
 
V
M
 
M
R
 
R
E
 
E
T
 
T
C
 
C
Y
 
H
E
 
E
V
 
V
L
 
L
N
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
T
H
 
K
N
 
D
D
 
D
P
 
-
L
 
L
F
 
L
K
 
E
L
 
V
A
 
A
M
 
M
E
 
E
L
 
L
E
 
E
K
 
N
I
 
I
A
 
A
L
 
L
E
 
N
D
 
D
E
 
P
Y
 
Y
F
 
F
V
 
I
S
 
E
R
 
K
K
 
K
L
 
L
Y
 
Y
P
 
P
N
 
N
V
 
V
D
 
D
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
G
 
G
I
 
I
V
 
I
Q
 
L
R
 
K
A
 
A
L
 
M
G
 
G
I
 
I
P
 
P
T
 
S
S
 
S
L
 
M
F
 
F
T
 
T
C
 
V
I
 
I
F
 
F
A
 
A
L
 
M
A
 
A
R
 
R
T
 
T
P
 
V
G
 
G
W
 
W
I
 
I
S
 
A
Q
 
H
W
 
W
E
 
S
E
 
E
M
 
M
I
 
H
T
 
S
D
 
D
P
 
G
E
 
-
Y
 
M
K
 
K
I
 
I
G
 
A
R
 
R
P
 
P
R
 
R
Q
 
Q
L
 
L
F
 
Y
N
 
T
G
 
G
A
 
Y
A
 
E
S
 
K
R
 
R
N
 
D

2h12B Structure of acetobacter aceti citrate synthase complexed with oxaloacetate and carboxymethyldethia coenzyme a (cmx) (see paper)
65% identity, 98% coverage: 8:433/433 of query aligns to 1:426/426 of 2h12B

query
sites
2h12B
A
 
S
T
 
T
L
 
A
S
 
T
F
 
I
S
 
S
D
 
V
G
 
D
S
 
G
P
 
K
S
 
S
V
 
A
E
 
E
L
 
M
P
 
P
I
 
V
Y
 
L
T
 
S
G
 
G
T
 
T
V
 
L
G
 
G
P
 
P
D
 
D
V
 
V
I
 
I
D
 
D
I
 
I
R
 
R
K
 
K
L
 
L
Y
 
P
G
 
A
Q
 
Q
T
 
L
G
 
G
K
 
V
F
 
F
T
 
T
Y
 
F
D
 
D
P
 
P
G
 
G
F
 
Y
M
 
G
S
 
E
T
 
T
A
 
A
S
 
A
C
 
C
N
 
N
S
 
S
K
 
K
I
 
I
T
 
T
Y
 
F
I
 
I
D
 
D
G
 
G
D
 
D
K
 
K
G
 
G
E
 
V
L
 
L
L
 
L
Y
 
H
R
 
R
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
I
 
I
E
 
A
Q
 
Q
L
 
L
A
 
A
T
 
E
K
 
N
C
 
A
D
 
S
H
 
Y
L
 
E
E
 
E
T
 
V
C
 
I
Y
 
Y
L
 
L
L
 
L
L
 
L
K
 
N
G
 
G
E
 
E
L
 
L
P
 
P
N
 
N
A
 
K
K
 
A
Q
 
Q
K
 
Y
E
 
D
E
 
T
F
 
F
V
 
T
G
 
N
A
 
T
V
 
L
M
 
T
N
 
N
H
 
H
T
 
T
M
 
L
V
 
L
H
 
H
E
 
E
Q
 
Q
M
 
I
Q
 
R
F
 
N
F
 
F
L
 
F
R
 
N
G
 
G
F
 
F
R
 
R
R
 
R
D
 
D
A
 
A
H
 
H
P
 
P
M
 
M
A
 
A
V
 
I
L
 
L
T
 
C
G
 
G
L
 
T
V
 
V
G
 
G
A
 
A
M
 
L
S
 
S
A
 
A
F
 
F
Y
 
Y
H
 
P
D
 
D
A
 
A
M
 
N
D
 
D
I
 
I
D
 
A
D
 
I
P
 
P
H
 
A
Q
 
N
R
 
R
E
 
D
I
 
L
S
 
A
A
 
A
I
 
M
R
 
R
L
 
L
I
 
I
A
 
A
K
 
K
M
 
I
P
 
P
T
 
T
L
 
I
V
 
A
A
 
A
M
 
W
A
 
A
Y
 
Y
K
 
K
Y
 
Y
N
 
T
I
 
Q
G
 
G
Q
 
E
P
 
A
Y
 
F
I
 
I
Y
 
Y
P
 
P
Q
 
R
N
 
N
D
 
D
L
 
L
S
 
N
Y
 
Y
S
 
A
G
 
E
N
 
N
F
 
F
M
 
L
Q
 
S
M
 
M
M
 
M
F
 
F
S
 
A
T
 
R
P
 
M
C
 
S
A
 
E
P
 
P
Y
 
Y
K
 
K
V
 
V
N
 
N
P
 
P
V
 
V
L
 
L
E
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
M
D
 
N
R
 
R
I
 
I
F
 
L
I
 
I
L
 
L
H
 
H
A
 
A
D
 
D
H
|
H
E
 
E
Q
 
Q
N
|
N
A
 
A
S
|
S
T
 
T
S
 
S
T
 
T
V
 
V
R
 
R
L
 
L
A
 
A
G
 
G
S
 
S
S
 
T
G
 
G
T
 
A
N
 
N
P
 
P
F
 
F
A
 
A
A
 
C
I
 
I
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
C
 
A
L
 
L
W
 
W
G
 
G
P
 
P
A
|
A
H
|
H
G
 
G
G
 
G
A
|
A
N
 
N
E
 
E
A
 
A
A
 
V
L
 
L
K
 
K
M
 
M
L
 
L
E
 
A
E
 
R
I
 
I
G
 
G
S
 
K
V
 
K
D
 
E
N
 
N
I
 
I
T
 
P
E
 
A
F
 
F
I
 
I
K
 
A
Q
 
Q
V
 
V
K
 
K
D
 
D
K
 
K
N
 
N
S
 
S
G
 
G
V
 
V
R
x
K
L
|
L
M
 
M
G
|
G
F
|
F
G
|
G
H
|
H
R
|
R
V
 
V
Y
 
Y
K
 
K
N
 
N
Y
 
F
D
 
D
P
 
P
R
|
R
A
 
A
K
 
K
L
 
I
M
 
M
R
 
Q
E
 
Q
T
 
T
C
 
C
Y
 
H
E
 
E
V
 
V
L
 
L
N
 
T
E
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
I
H
 
K
N
 
D
D
 
D
P
 
P
L
 
L
F
 
L
K
 
D
L
 
L
A
 
A
M
 
V
E
 
E
L
 
L
E
 
E
K
 
K
I
 
I
A
 
A
L
 
L
E
 
S
D
 
D
E
 
D
Y
|
Y
F
 
F
V
 
V
S
 
Q
R
|
R
K
 
K
L
|
L
Y
 
Y
P
 
P
N
|
N
V
 
V
D
|
D
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
G
 
G
I
 
I
V
 
I
Q
 
L
R
 
K
A
 
A
L
 
M
G
 
G
I
 
I
P
 
P
T
 
T
S
 
S
L
 
M
F
 
F
T
 
T
C
 
V
I
 
L
F
 
F
A
 
A
L
 
V
A
 
A
R
|
R
T
 
T
P
 
T
G
 
G
W
 
W
I
 
V
S
 
S
Q
 
Q
W
 
W
E
 
K
E
 
E
M
 
M
I
 
I
T
 
E
D
 
E
P
 
P
E
 
G
Y
 
Q
K
 
R
I
 
I
G
 
S
R
 
R
P
 
P
R
 
R
Q
 
Q
L
 
L
F
 
Y
N
 
I
G
 
G
A
 
A
A
 
P
S
 
Q
R
 
R
N
 
D
V
 
Y
P
 
V
D
 
P
M
 
L
G
 
A
T
 
K
R
 
R

1owbA Three dimensional structure analysis of the variant r109l nadh complex of type ii citrate synthase from e. Coli (see paper)
65% identity, 98% coverage: 4:426/433 of query aligns to 1:419/426 of 1owbA

query
sites
1owbA
S
 
A
D
 
D
V
 
T
K
 
K
A
 
A
T
 
K
L
 
L
S
 
T
F
 
L
S
 
-
D
 
N
G
 
G
S
 
D
P
 
T
S
 
A
V
 
V
E
 
E
L
 
L
P
 
D
I
 
V
Y
 
L
T
 
K
G
 
G
T
 
T
V
 
L
G
 
G
P
 
Q
D
 
D
V
 
V
I
 
I
D
 
D
I
 
I
R
 
R
K
 
T
L
 
L
Y
 
-
G
 
G
Q
 
S
T
 
K
G
 
G
K
 
V
F
 
F
T
 
T
Y
 
F
D
 
D
P
 
P
G
 
G
F
 
F
M
 
T
S
 
S
T
 
T
A
 
A
S
 
S
C
 
C
N
 
E
S
 
S
K
 
K
I
 
I
T
 
T
Y
 
F
I
 
I
D
 
D
G
 
G
D
 
D
K
 
E
G
 
G
E
 
I
L
 
L
L
 
L
Y
 
H
R
 
R
G
 
G
Y
 
F
P
 
P
I
 
I
E
 
D
Q
 
Q
L
 
L
A
 
A
T
 
T
K
 
D
C
 
S
D
 
N
H
 
Y
L
 
L
E
 
E
T
 
V
C
 
C
Y
 
Y
L
 
I
L
 
L
L
 
L
K
 
N
G
 
G
E
 
E
L
 
K
P
 
P
N
 
T
A
 
Q
K
 
E
Q
 
Q
K
 
Y
E
 
D
E
 
E
F
 
F
V
 
K
G
 
T
A
 
T
V
 
V
M
x
T
N
x
L
H
|
H
T
|
T
M
|
M
V
 
I
H
|
H
E
 
E
Q
 
Q
M
 
I
Q
 
T
F
 
R
F
 
L
L
 
F
R
 
H
G
 
A
F
 
F
R
 
R
R
 
R
D
 
D
A
 
S
H
 
H
P
 
P
M
 
M
A
 
A
V
 
V
L
 
M
T
 
C
G
 
G
L
 
I
V
 
T
G
 
G
A
 
A
M
 
L
S
 
A
A
 
A
F
 
F
Y
|
Y
H
 
H
D
 
D
A
 
S
M
 
L
D
 
D
I
 
V
D
 
N
D
 
N
P
 
P
H
 
R
Q
 
H
R
 
R
E
 
E
I
|
I
S
 
A
A
 
A
I
x
F
R
|
R
L
 
L
I
 
L
A
 
S
K
|
K
M
 
M
P
 
P
T
 
T
L
 
M
V
 
A
A
 
A
M
 
M
A
 
C
Y
 
Y
K
 
K
Y
 
Y
N
 
S
I
 
I
G
 
G
Q
 
Q
P
 
P
Y
 
F
I
 
V
Y
 
Y
P
 
P
Q
 
R
N
|
N
D
 
D
L
 
L
S
 
S
Y
 
Y
S
 
A
G
 
G
N
 
N
F
 
F
M
 
L
Q
 
N
M
 
M
M
 
M
F
 
F
S
 
S
T
 
T
P
 
P
C
 
C
A
 
E
P
 
P
Y
 
Y
K
 
E
V
 
V
N
 
N
P
 
P
V
 
I
L
 
L
E
 
E
R
 
R
A
 
A
L
 
M
D
 
D
R
 
R
I
 
I
F
 
L
I
 
I
L
 
L
H
 
H
A
 
A
D
 
D
H
 
H
E
 
E
Q
 
Q
N
 
N
A
 
A
S
 
S
T
 
T
S
 
S
T
 
T
V
 
V
R
 
R
L
 
T
A
 
A
G
 
G
S
 
S
S
 
S
G
 
G
T
 
A
N
 
N
P
 
P
F
 
F
A
 
A
A
 
C
I
 
I
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
C
 
S
L
 
L
W
 
W
G
 
G
P
 
P
A
 
A
H
 
H
G
 
G
G
 
G
A
 
A
N
 
N
E
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
L
K
 
K
M
 
M
L
 
L
E
 
E
E
 
E
I
 
I
G
 
S
S
 
S
V
 
V
D
 
K
N
 
H
I
 
I
T
 
P
E
 
E
F
 
F
I
 
F
K
 
R
Q
 
R
V
 
A
K
 
K
D
 
D
K
 
K
N
 
N
S
 
D
G
 
S
V
 
F
R
 
R
L
 
L
M
 
M
G
 
G
F
 
F
G
 
G
H
 
H
R
 
R
V
 
V
Y
 
Y
K
 
K
N
 
N
Y
 
Y
D
 
D
P
 
P
R
 
R
A
 
A
K
 
T
L
 
V
M
 
M
R
 
R
E
 
E
T
 
T
C
 
C
Y
 
H
E
 
E
V
 
V
L
 
L
N
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
T
H
 
K
N
 
D
D
 
D
P
 
-
L
 
L
F
 
L
K
 
E
L
 
V
A
 
A
M
 
M
E
 
E
L
 
L
E
 
E
K
 
N
I
 
I
A
 
A
L
 
L
E
 
N
D
 
D
E
 
P
Y
 
Y
F
 
F
V
 
I
S
 
E
R
 
K
K
 
K
L
 
L
Y
 
Y
P
 
P
N
 
N
V
 
V
D
|
D
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
G
 
G
I
 
I
V
 
I
Q
 
L
R
 
K
A
 
A
L
 
M
G
 
G
I
 
I
P
 
P
T
 
S
S
 
S
L
 
M
F
 
F
T
 
T
C
 
V
I
 
I
F
 
F
A
 
A
L
 
M
A
 
A
R
 
R
T
 
T
P
 
V
G
 
G
W
 
W
I
 
I
S
 
A
Q
 
H
W
 
W
E
 
S
E
 
E
M
 
M
I
 
H
T
 
S
D
 
D
P
 
G
E
 
-
Y
 
M
K
 
K
I
 
I
G
 
A
R
 
R
P
 
P
R
 
R
Q
 
Q
L
 
L
F
 
Y
N
 
T
G
 
G
A
 
Y
A
 
E
S
 
K
R
 
R
N
 
D

1nxgA The f383a variant of type ii citrate synthase complexed with nadh (see paper)
65% identity, 98% coverage: 4:426/433 of query aligns to 1:419/426 of 1nxgA

query
sites
1nxgA
S
 
A
D
 
D
V
 
T
K
 
K
A
 
A
T
 
K
L
 
L
S
 
T
F
 
L
S
 
-
D
 
N
G
 
G
S
 
D
P
 
T
S
 
A
V
 
V
E
 
E
L
 
L
P
 
D
I
 
V
Y
 
L
T
 
K
G
 
G
T
 
T
V
 
L
G
 
G
P
 
Q
D
 
D
V
 
V
I
 
I
D
 
D
I
 
I
R
 
R
K
 
T
L
 
L
Y
 
-
G
 
G
Q
 
S
T
 
K
G
 
G
K
 
V
F
 
F
T
 
T
Y
 
F
D
 
D
P
 
P
G
 
G
F
 
F
M
 
T
S
 
S
T
 
T
A
 
A
S
 
S
C
 
C
N
 
E
S
 
S
K
 
K
I
 
I
T
 
T
Y
 
F
I
 
I
D
 
D
G
 
G
D
 
D
K
 
E
G
 
G
E
 
I
L
 
L
L
 
L
Y
 
H
R
 
R
G
 
G
Y
 
F
P
 
P
I
 
I
E
 
D
Q
 
Q
L
 
L
A
 
A
T
 
T
K
 
D
C
 
S
D
 
N
H
 
Y
L
 
L
E
 
E
T
 
V
C
 
C
Y
 
Y
L
 
I
L
 
L
L
 
L
K
 
N
G
 
G
E
 
E
L
 
K
P
 
P
N
 
T
A
 
Q
K
 
E
Q
 
Q
K
 
Y
E
 
D
E
 
E
F
 
F
V
 
K
G
 
T
A
x
T
V
 
V
M
 
T
N
x
R
H
|
H
T
|
T
M
|
M
V
x
I
H
|
H
E
 
E
Q
 
Q
M
 
I
Q
 
T
F
 
R
F
 
L
L
 
F
R
 
H
G
 
A
F
 
F
R
 
R
R
 
R
D
 
D
A
 
S
H
 
H
P
 
P
M
 
M
A
 
A
V
 
V
L
 
M
T
 
C
G
 
G
L
 
I
V
 
T
G
 
G
A
 
A
M
 
L
S
 
A
A
 
A
F
 
F
Y
|
Y
H
 
H
D
 
D
A
 
S
M
 
L
D
 
D
I
 
V
D
 
N
D
 
N
P
 
P
H
 
R
Q
 
H
R
 
R
E
 
E
I
 
I
S
 
A
A
 
A
I
x
F
R
|
R
L
 
L
I
 
L
A
 
S
K
|
K
M
 
M
P
 
P
T
 
T
L
 
M
V
 
A
A
 
A
M
 
M
A
 
C
Y
 
Y
K
 
K
Y
 
Y
N
 
S
I
 
I
G
 
G
Q
 
Q
P
 
P
Y
 
F
I
 
V
Y
 
Y
P
 
P
Q
 
R
N
 
N
D
 
D
L
 
L
S
 
S
Y
 
Y
S
 
A
G
 
G
N
 
N
F
 
F
M
 
L
Q
 
N
M
 
M
M
 
M
F
 
F
S
 
S
T
 
T
P
 
P
C
 
C
A
 
E
P
 
P
Y
 
Y
K
 
E
V
 
V
N
 
N
P
 
P
V
 
I
L
 
L
E
 
E
R
 
R
A
 
A
L
 
M
D
 
D
R
 
R
I
 
I
F
 
L
I
 
I
L
 
L
H
 
H
A
 
A
D
 
D
H
 
H
E
 
E
Q
 
Q
N
 
N
A
 
A
S
 
S
T
 
T
S
 
S
T
 
T
V
 
V
R
 
R
L
 
T
A
 
A
G
 
G
S
 
S
S
 
S
G
 
G
T
 
A
N
 
N
P
 
P
F
 
F
A
 
A
A
 
C
I
 
I
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
C
 
S
L
 
L
W
 
W
G
 
G
P
 
P
A
 
A
H
 
H
G
 
G
G
 
G
A
 
A
N
 
N
E
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
L
K
 
K
M
 
M
L
 
L
E
 
E
E
 
E
I
 
I
G
 
S
S
 
S
V
 
V
D
 
K
N
 
H
I
 
I
T
 
P
E
 
E
F
 
F
I
 
F
K
 
R
Q
 
R
V
 
A
K
 
K
D
 
D
K
 
K
N
 
N
S
 
D
G
 
S
V
 
F
R
 
R
L
 
L
M
 
M
G
 
G
F
 
F
G
 
G
H
 
H
R
 
R
V
 
V
Y
 
Y
K
 
K
N
 
N
Y
 
Y
D
 
D
P
 
P
R
 
R
A
 
A
K
 
T
L
 
V
M
 
M
R
 
R
E
 
E
T
 
T
C
 
C
Y
 
H
E
 
E
V
 
V
L
 
L
N
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
T
H
 
K
N
 
D
D
 
D
P
 
-
L
 
L
F
 
L
K
 
E
L
 
V
A
 
A
M
 
M
E
 
E
L
 
L
E
 
E
K
 
N
I
 
I
A
 
A
L
 
L
E
 
N
D
 
D
E
 
P
Y
 
Y
F
 
F
V
 
I
S
 
E
R
 
K
K
 
K
L
 
L
Y
 
Y
P
 
P
N
 
N
V
 
V
D
|
D
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
G
 
G
I
 
I
V
 
I
Q
 
L
R
 
K
A
 
A
L
 
M
G
 
G
I
 
I
P
 
P
T
 
S
S
 
S
L
 
M
F
 
F
T
 
T
C
 
V
I
 
I
F
 
A
A
 
A
L
 
M
A
 
A
R
 
R
T
 
T
P
 
V
G
 
G
W
 
W
I
 
I
S
 
A
Q
 
H
W
 
W
E
 
S
E
 
E
M
 
M
I
 
H
T
 
S
D
 
D
P
 
G
E
 
-
Y
 
M
K
 
K
I
 
I
G
 
A
R
 
R
P
 
P
R
 
R
Q
 
Q
L
 
L
F
 
Y
N
 
T
G
 
G
A
 
Y
A
 
E
S
 
K
R
 
R
N
 
D

P9WPD5 Citrate synthase 1; EC 2.3.3.16 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see paper)
52% identity, 100% coverage: 1:433/433 of query aligns to 1:431/431 of P9WPD5

query
sites
P9WPD5
M
 
M
T
 
A
P
 
D
S
 
T
D
 
D
V
 
D
K
 
T
A
 
A
T
 
T
L
 
L
S
 
R
F
 
Y
S
 
P
D
 
G
G
 
G
S
 
E
P
 
-
S
 
-
V
 
I
E
 
D
L
 
L
P
 
Q
I
 
I
Y
 
V
T
 
H
G
 
A
T
 
T
V
 
E
G
 
G
P
 
A
D
 
D
V
 
G
I
 
I
D
 
A
I
 
L
R
 
G
K
 
P
L
 
L
Y
 
L
G
 
A
Q
 
K
T
 
T
G
 
G
K
 
H
F
 
T
T
 
T
Y
 
F
D
 
D
P
 
V
G
 
G
F
 
F
M
 
A
S
 
N
T
 
T
A
 
A
S
 
A
C
 
A
N
 
K
S
 
S
K
 
S
I
 
I
T
 
T
Y
 
Y
I
 
I
D
 
D
G
 
G
D
 
D
K
 
A
G
 
G
E
 
I
L
 
L
L
 
R
Y
 
Y
R
 
R
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
I
 
I
E
 
D
Q
 
Q
L
 
L
A
 
A
T
 
E
K
 
K
C
 
S
D
 
T
H
 
F
L
 
I
E
 
E
T
 
V
C
 
C
Y
 
Y
L
 
L
L
 
L
L
 
I
K
 
Y
G
 
G
E
 
E
L
 
L
P
 
P
N
 
D
A
 
T
K
 
D
Q
 
Q
K
 
L
E
 
A
E
 
Q
F
 
F
V
 
T
G
 
G
A
 
R
V
 
I
M
 
Q
N
 
R
H
 
H
T
 
T
M
 
M
V
 
L
H
 
H
E
 
E
Q
 
D
M
 
L
Q
 
K
F
 
R
F
 
F
L
 
F
R
 
D
G
 
G
F
 
F
R
 
P
R
 
R
D
 
N
A
 
A
H
 
H
P
 
P
M
 
M
A
 
P
V
 
V
L
 
L
T
 
S
G
 
S
L
 
V
V
 
V
G
 
N
A
 
A
M
 
L
S
 
S
A
 
A
F
 
Y
Y
 
Y
H
 
Q
D
 
D
A
 
A
M
 
L
D
 
D
I
 
P
D
 
M
D
 
D
P
 
N
H
 
G
Q
 
Q
R
 
V
E
 
E
I
 
L
S
 
S
A
 
T
I
 
I
R
 
R
L
 
L
I
 
L
A
 
A
K
 
K
M
 
L
P
 
P
T
 
T
L
 
I
V
 
A
A
 
A
M
 
Y
A
 
A
Y
 
Y
K
 
K
Y
 
K
N
 
S
I
 
V
G
 
G
Q
 
Q
P
 
P
Y
 
F
I
 
L
Y
 
Y
P
 
P
Q
 
D
N
 
N
D
 
S
L
 
L
S
 
T
Y
 
L
S
 
V
G
 
E
N
 
N
F
 
F
M
 
L
Q
 
R
M
 
L
M
 
T
F
 
F
S
 
G
T
 
F
P
 
P
C
 
A
A
 
E
P
 
P
Y
 
Y
K
 
Q
V
 
A
N
 
D
P
 
P
V
 
E
L
 
V
E
 
V
R
 
R
A
 
A
L
 
L
D
 
D
R
 
M
I
 
L
F
 
F
I
 
I
L
 
L
H
 
H
A
 
A
D
 
D
H
 
H
E
 
E
Q
 
Q
N
 
N
A
 
C
S
 
S
T
 
T
S
 
S
T
 
T
V
 
V
R
 
R
L
 
L
A
 
V
G
 
G
S
 
S
S
 
S
G
 
R
T
 
A
N
 
N
P
 
L
F
 
F
A
 
T
A
 
S
I
 
I
A
 
S
A
 
G
G
 
G
V
 
I
A
 
N
C
 
A
L
 
L
W
 
W
G
 
G
P
 
P
A
 
L
H
 
H
G
 
G
G
 
G
A
 
A
N
 
N
E
 
Q
A
 
A
A
 
V
L
 
L
K
 
E
M
 
M
L
 
L
E
 
E
E
 
G
I
 
I
-
 
R
G
 
D
S
 
S
V
 
G
D
 
D
N
 
D
I
 
V
T
 
S
E
 
E
F
 
F
I
 
V
K
 
R
Q
 
K
V
 
V
K
 
K
D
 
N
K
 
R
N
 
E
S
 
A
G
 
G
V
 
V
R
 
K
L
 
L
M
 
M
G
 
G
F
 
F
G
 
G
H
 
H
R
 
R
V
 
V
Y
 
Y
K
 
K
N
 
N
Y
 
Y
D
 
D
P
 
P
R
 
R
A
 
A
K
 
R
L
 
I
M
 
V
R
 
K
E
 
E
T
 
Q
C
 
A
Y
 
D
E
x
K
V
 
I
L
 
L
N
 
A
E
 
K
L
 
L
G
 
G
L
 
-
H
 
G
N
 
D
D
 
D
P
 
S
L
 
L
F
 
L
K
 
G
L
 
I
A
 
A
M
 
K
E
 
E
L
 
L
E
 
E
K
 
E
I
 
A
A
 
A
L
 
L
E
 
T
D
 
D
E
 
D
Y
 
Y
F
 
F
V
 
I
S
 
E
R
 
R
K
 
K
L
 
L
Y
 
Y
P
 
P
N
 
N
V
 
V
D
 
D
F
 
F
Y
 
Y
S
 
T
G
 
G
I
 
L
V
 
I
Q
 
Y
R
 
R
A
 
A
L
 
L
G
 
G
I
 
F
P
 
P
T
 
T
S
 
R
L
 
M
F
 
F
T
 
T
C
 
V
I
 
L
F
 
F
A
 
A
L
 
L
A
 
G
R
 
R
T
 
L
P
 
P
G
 
G
W
 
W
I
 
I
S
 
A
Q
 
H
W
 
W
E
 
R
E
 
E
M
 
M
I
 
H
T
 
D
D
 
E
P
 
G
E
 
D
Y
 
S
K
 
K
I
 
I
G
 
G
R
 
R
P
 
P
R
 
R
Q
 
Q
L
 
I
F
 
Y
N
 
T
G
 
G
A
 
Y
A
 
T
S
 
E
R
 
R
N
 
D
V
 
Y
P
 
V
D
 
T
M
 
I
G
 
D
T
 
A
R
 
R

3msuB Crystal structure of citrate synthase from francisella tularensis
52% identity, 97% coverage: 8:426/433 of query aligns to 12:425/426 of 3msuB

query
sites
3msuB
A
 
A
T
 
T
L
 
L
S
 
K
F
 
Y
S
 
A
D
 
D
G
 
K
S
 
N
P
 
I
S
 
E
V
 
I
E
 
E
L
 
L
P
 
P
I
 
V
Y
 
Y
T
 
S
G
 
P
T
 
S
V
 
L
G
 
G
P
 
N
D
 
D
V
 
C
I
 
I
D
 
D
I
 
V
R
 
S
K
 
S
L
 
L
Y
 
V
G
 
-
Q
 
K
T
 
H
G
 
G
K
 
I
F
 
F
T
 
T
Y
 
Y
D
 
D
P
 
P
G
 
G
F
 
F
M
 
M
S
 
S
T
 
T
A
 
A
S
 
A
C
 
C
N
 
E
S
 
S
K
 
K
I
 
I
T
 
T
Y
 
Y
I
 
I
D
 
D
G
 
G
D
 
G
K
 
K
G
 
G
E
 
V
L
 
L
L
 
L
Y
 
H
R
 
R
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
I
 
I
E
 
E
Q
 
E
L
 
W
A
 
T
T
 
Q
K
 
K
C
 
S
D
 
N
H
x
Y
L
x
R
E
 
T
T
 
L
C
|
C
Y
 
Y
L
 
A
L
 
L
L
 
I
K
 
Y
G
 
G
E
 
E
L
 
L
P
 
P
N
 
T
A
 
D
K
 
E
Q
 
Q
K
 
V
E
 
K
E
 
S
F
 
F
V
x
R
G
 
Q
A
 
E
V
 
I
M
 
I
N
 
N
H
 
K
T
 
M
M
 
P
V
 
V
H
 
C
E
 
E
Q
 
H
M
 
V
Q
 
K
F
 
A
F
 
A
L
 
I
R
 
A
G
 
A
F
 
M
R
 
P
R
 
Q
D
 
H
A
 
T
H
 
H
P
 
P
M
 
M
A
 
S
V
 
S
L
 
L
T
 
I
G
 
A
L
 
G
V
 
V
G
 
N
A
 
V
M
 
L
S
 
A
A
 
A
F
 
E
Y
 
H
-
 
I
H
 
H
D
 
N
A
 
G
M
 
-
D
 
-
I
 
-
D
 
Q
D
 
K
P
 
E
H
 
S
Q
 
Q
R
 
D
E
 
E
I
 
V
S
 
-
A
 
A
I
 
K
R
 
N
L
 
I
I
 
V
A
 
A
K
 
K
M
 
I
P
 
A
T
 
T
L
 
I
V
 
A
A
 
A
M
 
M
A
 
A
Y
 
Y
K
 
R
Y
 
H
N
 
N
I
 
H
G
 
G
Q
 
K
P
 
K
Y
 
F
I
 
L
Y
 
E
P
 
P
Q
 
K
N
 
M
D
 
E
L
 
Y
S
 
G
Y
|
Y
S
 
A
G
 
E
N
 
N
F
 
F
M
 
L
Q
 
Y
M
 
M
M
 
M
F
 
F
S
 
A
T
 
D
P
 
D
C
 
-
A
 
E
P
 
S
Y
 
Y
K
 
K
V
 
P
N
 
D
P
 
E
V
 
L
L
 
H
E
 
I
R
 
K
A
 
A
L
 
M
D
 
D
R
 
T
I
 
I
F
 
F
I
 
M
L
 
L
H
 
H
A
 
A
D
 
D
H
 
H
E
 
E
Q
 
Q
N
 
N
A
 
A
S
|
S
T
 
T
S
 
S
T
 
T
V
 
V
R
 
R
L
 
L
A
 
S
G
 
G
S
 
S
S
 
T
G
 
G
T
 
N
N
 
S
P
 
P
F
 
Y
A
 
A
A
 
A
I
 
I
A
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
T
C
 
A
L
 
L
W
 
W
G
 
G
P
 
P
A
 
A
H
|
H
G
 
G
G
 
G
A
 
A
N
 
N
E
 
E
A
 
A
A
 
V
L
 
L
K
 
K
M
 
M
L
 
L
E
 
S
E
 
E
I
 
I
G
 
G
S
 
S
V
 
T
D
 
E
N
 
N
I
 
I
T
 
D
E
 
K
F
 
Y
I
 
I
K
 
A
Q
 
K
V
 
A
K
 
K
D
 
D
K
 
K
N
 
D
S
 
D
G
 
P
V
 
F
R
 
R
L
 
L
M
 
M
G
 
G
F
 
F
G
 
G
H
|
H
R
 
R
V
 
V
Y
 
Y
K
 
K
N
 
N
Y
 
T
D
 
D
P
 
P
R
|
R
A
 
A
K
 
T
L
 
A
M
 
M
R
 
K
E
 
K
T
 
N
C
 
C
Y
 
E
E
 
E
V
 
I
L
 
L
N
 
A
E
 
K
L
 
L
G
 
G
L
 
H
H
 
S
N
 
D
D
 
N
P
 
P
L
 
L
F
 
L
K
 
T
L
 
V
A
 
A
M
 
K
E
 
K
L
 
L
E
 
E
K
 
E
I
 
I
A
 
A
L
 
L
E
 
Q
D
 
D
E
 
E
Y
 
F
F
 
F
V
 
I
S
 
E
R
 
R
K
 
K
L
 
L
Y
 
F
P
 
S
N
 
N
V
 
V
D
|
D
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
G
 
G
I
 
I
V
 
I
Q
 
L
R
 
K
A
 
A
L
 
M
G
 
G
I
 
I
P
 
P
T
 
E
S
 
D
L
 
M
F
 
F
T
 
T
C
 
A
I
 
I
F
 
F
A
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
T
 
T
P
 
S
G
 
G
W
 
W
I
 
I
S
 
S
Q
 
Q
W
 
W
E
 
I
E
 
E
M
 
M
I
 
V
T
 
N
D
 
D
P
 
P
E
 
A
Y
 
Q
K
 
K
I
 
I
G
 
G
R
 
R
P
 
P
R
 
R
Q
 
Q
L
 
L
F
 
Y
N
 
T
G
 
G
A
 
A
A
 
T
S
 
N
R
 
R
N
 
N

3msuA Crystal structure of citrate synthase from francisella tularensis
51% identity, 97% coverage: 8:426/433 of query aligns to 12:414/415 of 3msuA

query
sites
3msuA
A
 
A
T
 
T
L
 
L
S
 
K
F
 
Y
S
 
A
D
 
D
G
 
K
S
 
N
P
 
I
S
 
E
V
 
I
E
 
E
L
 
L
P
 
P
I
 
V
Y
 
Y
T
 
S
G
 
P
T
 
S
V
 
L
G
 
G
P
 
N
D
 
D
V
 
C
I
 
I
D
 
D
I
 
V
R
 
S
K
 
S
L
 
L
Y
 
V
G
 
-
Q
 
K
T
 
H
G
 
G
K
 
I
F
 
F
T
 
T
Y
 
Y
D
 
D
P
 
P
G
 
G
F
 
F
M
 
M
S
 
S
T
 
T
A
 
A
S
 
A
C
 
C
N
 
E
S
 
S
K
 
K
I
 
I
T
 
T
Y
 
Y
I
 
I
D
 
D
G
 
G
D
 
G
K
 
K
G
 
G
E
 
V
L
 
L
L
 
L
Y
 
H
R
 
R
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
I
 
I
E
 
E
Q
 
E
L
 
W
A
 
T
T
 
Q
K
 
K
C
 
S
D
 
N
H
x
Y
L
x
R
E
 
T
T
 
L
C
 
C
Y
 
Y
L
 
A
L
 
L
L
 
I
K
 
Y
G
 
G
E
 
E
L
 
L
P
 
P
N
 
T
A
 
D
K
 
E
Q
 
Q
K
 
V
E
 
K
E
 
S
F
 
F
V
x
R
G
 
Q
A
 
E
V
 
I
M
 
I
N
 
N
H
 
K
T
 
M
M
 
P
V
 
V
H
x
C
E
 
E
Q
x
H
M
 
V
Q
 
K
F
 
A
F
 
A
L
 
I
R
 
A
G
 
A
F
 
M
R
 
P
R
 
Q
D
 
H
A
 
T
H
 
H
P
 
P
M
 
M
A
 
S
V
 
S
L
 
L
T
 
I
G
 
A
L
 
G
V
 
V
G
 
N
A
 
V
M
 
L
S
 
A
A
 
A
F
 
E
Y
 
H
-
 
I
H
 
H
D
 
N
A
 
G
M
 
-
D
 
-
I
 
-
D
 
Q
D
 
K
P
 
E
H
 
S
Q
 
Q
R
 
D
E
 
E
I
 
V
S
 
-
A
 
A
I
 
K
R
 
N
L
 
I
I
 
V
A
 
A
K
 
K
M
 
I
P
 
A
T
 
T
L
 
I
V
 
A
A
 
A
M
 
M
A
 
A
Y
 
Y
K
 
R
Y
 
H
N
 
N
I
 
H
G
 
G
Q
 
K
P
 
K
Y
 
F
I
 
L
Y
 
E
P
 
P
Q
 
K
N
 
M
D
 
E
L
 
Y
S
 
G
Y
|
Y
S
 
A
G
 
E
N
 
N
F
 
F
M
 
L
Q
 
Y
M
 
M
M
 
M
F
 
F
S
 
A
T
 
D
P
 
D
C
 
-
A
 
E
P
 
S
Y
 
Y
K
 
K
V
 
P
N
 
D
P
 
E
V
 
L
L
 
H
E
 
I
R
 
K
A
 
A
L
 
M
D
|
D
R
 
T
I
 
I
F
 
F
I
 
M
L
 
L
H
 
H
A
 
A
D
 
D
H
 
H
E
 
E
Q
 
Q
N
 
N
A
 
A
S
|
S
T
 
T
S
 
S
T
 
T
V
 
V
R
 
R
L
 
L
A
 
S
G
 
G
S
 
S
S
 
T
G
 
G
T
 
N
N
 
S
P
 
P
F
 
Y
A
 
A
A
 
A
I
 
I
A
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
T
C
 
A
L
 
L
W
 
W
G
 
G
P
 
P
A
 
A
H
|
H
G
 
G
G
 
G
A
 
A
N
 
N
E
 
E
A
 
A
A
 
V
L
 
L
K
 
K
M
 
M
L
 
L
E
 
S
E
 
E
I
 
I
G
 
G
S
 
S
V
 
T
D
 
E
N
 
N
I
 
I
T
 
D
E
 
K
F
 
Y
I
 
I
K
 
A
Q
 
K
V
 
A
K
 
K
D
 
D
K
 
K
N
 
-
S
 
-
G
 
-
V
 
-
R
 
-
L
 
L
M
 
M
G
 
G
F
 
F
G
 
G
H
|
H
R
 
R
V
 
V
Y
 
Y
K
 
K
N
 
N
Y
 
T
D
 
D
P
 
P
R
|
R
A
 
A
K
 
T
L
 
A
M
 
M
R
 
K
E
 
K
T
 
N
C
 
C
Y
 
E
E
 
E
V
 
I
L
 
L
N
 
A
E
 
K
L
 
L
G
 
G
L
 
H
H
 
S
N
 
D
D
 
N
P
 
P
L
 
L
F
 
L
K
 
T
L
 
V
A
 
A
M
 
K
E
 
K
L
 
L
E
 
E
K
 
E
I
 
I
A
 
A
L
 
L
E
 
E
D
 
-
E
 
-
Y
 
-
F
 
-
V
 
-
S
 
-
R
 
R
K
 
K
L
 
L
Y
 
F
P
 
S
N
 
N
V
 
V
D
|
D
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
G
 
G
I
 
I
V
 
I
Q
 
L
R
 
K
A
 
A
L
 
M
G
 
G
I
 
I
P
 
P
T
 
E
S
 
D
L
 
M
F
 
F
T
 
T
C
 
A
I
 
I
F
 
F
A
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
T
 
T
P
 
S
G
 
G
W
 
W
I
 
I
S
 
S
Q
 
Q
W
 
W
E
 
I
E
 
E
M
 
M
I
 
V
T
 
N
D
 
D
P
 
P
E
 
A
Y
 
Q
K
 
K
I
 
I
G
 
G
R
 
R
P
 
P
R
 
R
Q
 
Q
L
 
L
F
 
Y
N
 
T
G
 
G
A
 
A
A
 
T
S
 
N
R
 
R
N
 
N

4tvmA Structure of citrate synthase from mycobacterium tuberculosis (see paper)
47% identity, 97% coverage: 8:426/433 of query aligns to 2:376/380 of 4tvmA

query
sites
4tvmA
A
 
A
T
 
T
L
 
L
S
 
R
F
 
Y
S
 
P
D
 
G
G
 
G
S
 
E
P
 
-
S
 
-
V
 
I
E
 
D
L
 
L
P
 
Q
I
 
I
Y
 
V
T
 
H
G
 
A
T
 
T
V
 
E
G
 
G
P
 
A
D
 
D
V
 
G
I
 
I
D
 
A
I
 
L
R
 
G
K
 
P
L
 
L
Y
 
L
G
 
A
Q
 
K
T
 
T
G
 
G
K
 
H
F
 
T
T
 
T
Y
 
F
D
 
D
P
 
V
G
 
G
F
 
F
M
 
A
S
 
N
T
 
T
A
 
A
S
 
A
C
 
A
N
 
K
S
 
S
K
 
S
I
 
I
T
 
T
Y
 
Y
I
 
I
D
 
D
G
 
G
D
 
D
K
 
A
G
 
G
E
 
I
L
 
L
L
 
R
Y
 
Y
R
 
R
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
I
 
I
E
 
D
Q
 
Q
L
 
L
A
 
A
T
 
E
K
 
K
C
 
S
D
 
T
H
 
F
L
 
I
E
 
E
T
 
V
C
 
C
Y
 
Y
L
 
L
L
 
L
L
 
I
K
 
Y
G
 
G
E
 
E
L
 
L
P
 
P
N
 
D
A
 
T
K
 
D
Q
 
Q
K
 
L
E
 
A
E
 
Q
F
 
F
V
 
T
G
 
G
A
 
R
V
 
I
M
 
Q
N
 
R
H
 
H
T
 
T
M
 
M
V
 
L
H
 
H
E
 
E
Q
 
D
M
 
L
Q
 
K
F
 
R
F
 
F
L
 
F
R
 
D
G
 
G
F
 
F
R
 
P
R
 
R
D
 
N
A
 
A
H
 
H
P
 
P
M
 
M
A
 
P
V
 
V
L
 
L
T
 
S
G
 
S
L
 
V
V
 
V
G
 
N
A
 
A
M
 
L
S
 
S
A
 
A
F
 
Y
Y
 
Y
H
 
Q
D
 
D
A
 
A
M
 
L
D
 
D
I
 
P
D
 
M
D
 
D
P
 
N
H
 
G
Q
 
Q
R
 
V
E
 
E
I
 
L
S
 
S
A
 
T
I
 
I
R
 
R
L
 
L
I
 
L
A
 
A
K
 
K
M
 
L
P
 
P
T
 
T
L
 
I
V
 
A
A
 
A
M
 
Y
A
 
A
Y
 
Y
K
 
K
Y
 
K
N
 
S
I
 
V
G
 
G
Q
 
Q
P
 
P
Y
 
F
I
 
L
Y
 
Y
P
 
P
Q
 
D
N
 
N
D
 
S
L
 
L
S
 
T
Y
 
L
S
 
V
G
 
E
N
 
N
F
 
F
M
 
L
Q
 
R
M
 
L
M
 
T
F
 
F
S
 
G
T
 
F
P
 
P
C
 
A
A
 
E
P
 
P
Y
 
Y
K
 
Q
V
 
A
N
 
D
P
 
P
V
 
E
L
 
V
E
 
V
R
 
R
A
 
A
L
 
L
D
 
D
R
 
M
I
 
L
F
 
F
I
 
I
L
 
L
H
 
H
A
 
A
D
 
D
H
|
H
E
 
E
Q
 
Q
N
|
N
A
 
C
S
|
S
T
 
T
S
 
S
T
 
T
V
 
V
R
 
R
L
 
L
A
 
V
G
 
G
S
 
S
S
 
S
G
 
R
T
 
A
N
 
N
P
 
L
F
 
F
A
 
T
A
 
S
I
 
I
A
 
S
A
 
G
G
 
G
V
 
I
A
 
N
C
 
A
L
 
L
W
 
W
G
 
G
P
 
P
A
 
L
H
|
H
G
 
G
G
 
G
A
 
A
N
 
N
E
 
Q
A
 
A
A
 
V
L
 
L
K
 
E
M
 
M
L
 
L
E
 
E
E
 
G
I
 
I
G
 
-
S
 
-
V
 
-
D
 
-
N
 
-
I
 
-
T
 
-
E
 
-
F
 
-
I
 
-
K
 
-
Q
 
-
V
 
-
K
 
R
D
 
D
K
 
S
N
 
-
S
 
-
G
 
-
V
 
-
R
 
-
L
 
-
M
 
-
G
 
-
F
 
-
G
 
G
H
 
D
R
 
D
V
 
V
Y
 
S
K
 
E
N
 
N
Y
 
Y
D
 
D
P
 
P
R
|
R
A
 
A
K
 
R
L
 
I
M
 
V
R
 
K
E
 
E
T
 
Q
C
 
A
Y
 
D
E
 
K
V
 
I
L
 
L
N
 
G
E
 
-
L
 
-
G
 
-
L
 
-
H
 
-
N
 
D
D
 
D
P
 
S
L
 
L
F
 
L
K
 
G
L
 
I
A
 
A
M
 
K
E
 
E
L
 
L
E
 
E
K
 
E
I
 
A
A
 
-
L
 
-
E
 
-
D
 
-
E
 
-
Y
 
-
F
 
-
V
 
-
S
 
-
R
 
-
K
 
-
L
 
-
Y
 
-
P
 
-
N
 
-
V
 
V
D
|
D
F
 
F
Y
 
Y
S
 
T
G
 
G
I
 
L
V
 
I
Q
 
Y
R
 
R
A
 
A
L
 
L
G
 
G
I
 
F
P
 
P
T
 
T
S
 
R
L
 
M
F
 
F
T
 
T
C
 
V
I
 
L
F
|
F
A
 
A
L
 
L
A
 
G
R
|
R
T
 
L
P
 
P
G
 
G
W
 
W
I
 
I
S
 
A
Q
 
H
W
 
W
E
 
R
E
 
E
M
 
M
I
 
H
T
 
D
D
 
E
P
 
G
E
 
D
Y
 
S
K
 
K
I
 
I
G
 
G
R
 
R
P
 
P
R
 
R
Q
 
Q
L
 
I
F
 
Y
N
 
T
G
 
G
A
 
Y
A
 
T
S
 
E
R
 
R
N
 
D

8bp7E Citrate-bound hexamer of synechococcus elongatus citrate synthase (see paper)
38% identity, 89% coverage: 47:433/433 of query aligns to 5:377/379 of 8bp7E

query
sites
8bp7E
Y
 
F
D
 
R
P
 
P
G
 
G
F
 
L
M
 
E
S
 
G
T
 
V
A
 
P
S
 
A
C
 
T
N
 
L
S
 
S
K
 
S
I
 
I
T
 
S
Y
 
F
I
 
V
D
 
D
G
 
G
D
 
Q
K
 
R
G
 
G
E
 
V
L
 
L
L
 
E
Y
 
Y
R
 
R
G
 
G
Y
 
I
P
 
S
I
 
I
E
 
E
Q
 
Q
L
 
L
A
 
A
T
 
Q
K
 
Q
C
 
S
D
 
S
H
 
F
L
 
L
E
 
E
T
 
T
C
 
A
Y
 
Y
L
 
L
L
 
L
L
 
I
K
 
W
G
 
G
E
 
H
L
|
L
P
|
P
N
 
T
A
 
Q
K
 
Q
Q
 
E
K
 
L
E
 
T
E
 
E
F
 
F
V
 
E
G
 
H
A
 
E
V
 
I
M
 
R
N
 
Y
H
 
H
T
 
R
M
 
R
V
 
I
H
 
K
E
 
F
Q
 
R
M
 
I
Q
 
R
F
 
D
F
 
M
L
 
M
R
 
K
G
 
C
F
 
F
R
 
P
R
 
D
D
 
S
A
 
G
H
 
H
P
 
P
M
 
M
A
 
D
V
 
A
L
 
L
T
 
Q
G
 
A
L
 
S
V
 
A
G
 
A
A
 
A
M
 
L
S
 
G
A
 
L
F
 
F
Y
 
Y
H
 
-
D
 
S
A
 
R
M
 
R
D
 
A
I
 
L
D
 
D
D
 
D
P
 
P
H
 
E
Q
 
Y
R
 
I
E
 
R
I
 
A
S
 
A
A
 
V
I
 
V
R
 
R
L
 
L
I
 
L
A
 
A
K
 
K
M
 
I
P
 
P
T
 
T
L
 
M
V
 
V
A
 
A
M
 
A
A
 
F
Y
 
Q
K
 
L
Y
 
I
N
 
R
I
 
K
G
 
G
Q
 
N
P
 
D
Y
 
P
I
 
I
Y
 
Q
P
 
P
Q
 
R
N
 
D
D
 
E
L
 
L
S
 
D
Y
 
Y
S
 
A
G
 
A
N
 
N
F
 
F
M
 
L
Q
 
Y
M
 
M
M
 
L
F
 
-
S
 
-
T
 
T
P
 
E
C
 
R
A
 
E
P
 
P
Y
 
-
K
 
-
V
 
-
N
 
D
P
 
P
V
 
V
L
 
A
E
 
A
R
 
R
A
 
I
L
 
F
D
 
D
R
 
I
I
 
C
F
 
L
I
 
T
L
 
L
H
 
H
A
 
A
D
 
E
H
 
H
E
 
T
Q
 
I
N
 
N
A
 
A
S
 
S
T
 
T
S
 
F
T
 
S
V
 
A
R
 
M
L
 
V
A
 
T
G
 
A
S
 
S
S
 
T
G
 
L
T
 
T
N
 
D
P
 
P
F
 
Y
A
 
A
A
 
V
I
 
V
A
 
A
A
 
S
G
 
A
V
 
V
A
 
G
C
 
T
L
 
L
W
 
A
G
 
G
P
 
P
A
 
L
H
 
H
G
 
G
G
 
G
A
 
A
N
 
N
E
 
E
A
 
E
A
 
V
L
 
L
K
 
D
M
 
M
L
 
L
E
 
E
E
 
A
I
 
I
G
 
G
S
 
S
V
 
V
D
 
E
N
 
N
I
 
V
T
 
E
E
 
P
F
 
Y
I
 
L
K
 
D
Q
 
H
V
 
C
K
 
I
D
 
A
K
 
T
N
 
K
S
 
T
G
 
-
V
 
-
R
 
R
L
 
I
M
 
M
G
 
G
F
 
F
G
 
G
H
 
H
R
 
R
V
 
V
Y
 
Y
K
 
K
N
 
V
Y
 
K
D
 
D
P
 
P
R
 
R
A
 
A
K
 
V
L
 
I
M
 
L
R
 
Q
E
 
N
T
 
L
C
 
A
Y
 
E
E
 
Q
V
 
L
L
 
F
N
 
D
E
 
I
L
 
F
G
 
G
L
 
-
H
 
-
N
 
H
D
 
D
P
 
P
L
 
Y
F
 
Y
K
 
E
L
 
I
A
 
A
M
 
V
E
 
A
L
 
V
E
 
E
K
 
K
I
 
A
A
 
A
L
 
A
E
 
E
D
 
R
E
 
-
Y
 
-
F
 
L
V
 
S
S
 
H
R
 
K
K
 
G
L
 
I
Y
 
Y
P
 
P
N
 
N
V
 
V
D
 
D
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
G
 
G
I
 
L
V
 
V
Q
 
Y
R
 
R
A
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
P
 
P
T
 
S
S
 
D
L
 
L
F
 
F
T
 
T
C
 
P
I
 
V
F
 
F
A
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
T
 
V
P
 
A
G
 
G
W
 
W
I
 
L
S
 
A
Q
 
H
W
 
W
E
 
K
E
 
E
M
 
Q
I
 
L
T
 
N
D
 
-
P
 
-
E
 
E
Y
 
N
K
 
R
I
 
I
G
 
F
R
 
R
P
 
P
R
 
T
Q
 
Q
L
 
I
F
 
Y
N
 
T
G
 
G