SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing RR42_RS16670 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS16670 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P00014 Cytochrome c from Macropus giganteus (Eastern gray kangaroo) (see paper)
45% identity, 80% coverage: 21:118/122 of query aligns to 2:99/105 of P00014

query
sites
P00014
G
|
G
D
 
D
A
 
V
Q
 
E
A
 
K
G
 
G
K
 
K
A
 
K
V
 
I
F
 
F
T
 
V
S
 
Q
K
 
K
C
|
C
A
 
A
S
 
Q
C
|
C
H
 
H
S
 
T
V
 
V
G
 
E
P
 
K
S
 
G
A
 
G
R
 
K
A
 
H
A
 
K
F
 
T
G
 
G
P
 
P
Q
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
I
 
I
F
 
F
G
 
G
R
 
R
V
 
K
A
 
T
G
 
G
G
 
Q
T
 
A
T
 
P
D
 
G
Y
 
F
K
 
T
Y
 
Y
S
 
T
P
 
D
E
 
A
M
 
N
K
 
K
K
 
N
S
 
K
G
 
G
I
 
I
V
 
I
W
 
W
S
 
G
E
 
E
K
 
D
T
 
T
L
 
L
S
 
M
A
 
E
F
 
Y
I
 
L
A
 
E
S
 
N
P
 
P
S
 
K
K
 
K
V
 
Y
V
 
I
P
 
P
G
 
G
T
 
T
R
 
K
M
 
M
R
 
I
F
 
F
W
 
A
G
 
G
I
 
I
S
 
K
N
 
K
E
 
K
R
 
G
Q
 
E
I
 
R
A
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
I
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

P00069 Cytochrome c from Guizotia abyssinica (Niger) (Ramtilla)
45% identity, 83% coverage: 20:120/122 of query aligns to 8:108/111 of P00069

query
sites
P00069
A
 
A
G
 
G
D
 
D
A
 
A
Q
 
K
A
 
A
G
 
G
K
 
E
A
 
K
V
 
I
F
 
F
T
 
K
S
 
T
K
 
K
C
 
C
A
 
A
S
 
Z
C
 
C
H
 
H
S
 
T
V
 
V
G
 
Z
P
 
K
S
 
G
A
 
A
R
 
G
A
 
H
A
 
K
F
 
Q
G
 
G
P
 
P
Q
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
I
 
L
F
 
F
G
 
G
R
 
R
V
 
Q
A
 
S
G
 
G
G
 
T
T
 
T
T
 
A
D
 
G
Y
 
Y
K
 
S
Y
 
Y
S
 
S
P
 
A
E
 
A
M
 
N
K
 
K
K
 
N
S
 
K
G
 
A
I
 
V
V
 
A
W
 
W
S
 
Z
E
 
Z
K
 
B
T
 
S
L
 
L
S
 
Y
A
 
D
F
 
Y
I
 
L
A
 
L
S
 
N
P
 
P
S
x
K
K
 
K
V
 
Y
V
 
I
P
 
P
G
 
G
T
 
T
R
 
K
M
 
M
R
 
V
F
 
F
W
 
P
G
 
G
I
 
L
S
x
K
N
 
K
E
 
P
R
 
Z
Q
 
Z
I
 
R
A
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
I
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
H
 
K
A
 
A

Sites not aligning to the query:

P00053 Cytochrome c from Cannabis sativa (Hemp) (Marijuana)
45% identity, 80% coverage: 21:118/122 of query aligns to 9:106/111 of P00053

query
sites
P00053
G
 
G
D
 
B
A
 
S
Q
 
K
A
 
A
G
 
G
K
 
E
A
 
K
V
 
I
F
 
F
T
 
K
S
 
T
K
 
K
C
 
C
A
 
A
S
 
E
C
 
C
H
 
H
S
 
T
V
 
V
G
 
G
P
 
R
S
 
G
A
 
A
R
 
G
A
 
H
A
 
K
F
 
Q
G
 
G
P
 
P
Q
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
I
 
L
F
 
F
G
 
G
R
 
R
V
 
Q
A
 
S
G
 
G
G
 
T
T
 
T
T
 
A
D
 
G
Y
 
Y
K
 
S
Y
 
Y
S
 
S
P
 
A
E
 
A
M
 
N
K
 
K
K
 
N
S
 
M
G
 
A
I
 
V
V
 
T
W
 
W
S
 
Z
E
 
Z
K
 
K
T
 
T
L
 
L
S
 
Y
A
 
D
F
 
Y
I
 
L
A
 
L
S
 
N
P
 
P
S
x
K
K
 
K
V
 
Y
V
 
I
P
 
P
G
 
G
T
 
T
R
 
K
M
 
M
R
 
V
F
 
F
W
 
P
G
 
G
I
 
L
S
x
K
N
 
K
E
 
P
R
 
Z
Q
 
B
I
 
R
A
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
I
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

P00051 Cytochrome c from Cucurbita maxima (Pumpkin) (Winter squash) (see paper)
45% identity, 80% coverage: 21:118/122 of query aligns to 9:106/111 of P00051

query
sites
P00051
G
 
G
D
 
N
A
 
S
Q
 
K
A
 
A
G
 
G
K
 
E
A
 
K
V
 
I
F
 
F
T
 
K
S
 
T
K
 
K
C
 
C
A
 
A
S
 
Q
C
 
C
H
 
H
S
 
T
V
 
V
G
 
D
P
 
K
S
 
G
A
 
A
R
 
G
A
 
H
A
 
K
F
 
Q
G
 
G
P
 
P
Q
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
I
 
L
F
 
F
G
 
G
R
 
R
V
 
Q
A
 
S
G
 
G
G
 
T
T
 
T
T
 
P
D
 
G
Y
 
Y
K
 
S
Y
 
Y
S
 
S
P
 
A
E
 
A
M
 
N
K
 
K
K
 
N
S
 
R
G
 
A
I
 
V
V
 
I
W
 
W
S
 
E
E
 
E
K
 
K
T
 
T
L
 
L
S
 
Y
A
 
D
F
 
Y
I
 
L
A
 
L
S
 
N
P
 
P
S
x
K
K
 
K
V
 
Y
V
 
I
P
 
P
G
 
G
T
 
T
R
 
K
M
 
M
R
 
V
F
 
F
W
 
P
G
 
G
I
 
L
S
x
K
N
 
K
E
 
P
R
 
Q
Q
 
D
I
 
R
A
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
I
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

P99999 Cytochrome c from Homo sapiens (Human) (see 4 papers)
43% identity, 80% coverage: 21:118/122 of query aligns to 2:99/105 of P99999

query
sites
P99999
G
|
G
D
 
D
A
 
V
Q
 
E
A
x
K
G
 
G
K
 
K
A
 
K
V
 
I
F
|
F
T
 
I
S
 
M
K
 
K
C
|
C
A
 
S
S
 
Q
C
|
C
H
|
H
S
 
T
V
 
V
G
 
E
P
 
K
S
 
G
A
 
G
R
 
K
A
 
H
A
 
K
F
 
T
G
 
G
P
 
P
Q
 
N
L
 
L
N
 
H
G
 
G
I
 
L
F
 
F
G
 
G
R
 
R
V
 
K
A
 
T
G
|
G
G
 
Q
T
 
A
T
 
P
D
 
G
Y
 
Y
K
 
S
Y
 
Y
S
 
T
P
 
A
E
 
A
M
 
N
K
 
K
K
 
N
S
 
K
G
 
G
I
 
I
V
 
I
W
 
W
S
 
G
E
 
E
K
 
D
T
 
T
L
 
L
S
 
M
A
 
E
F
 
Y
I
 
L
A
 
E
S
 
N
P
 
P
S
 
K
K
 
K
V
 
Y
V
 
I
P
 
P
G
 
G
T
 
T
R
 
K
M
 
M
R
 
I
F
 
F
W
 
V
G
 
G
I
 
I
S
 
K
N
 
K
E
 
K
R
 
E
Q
 
E
I
 
R
A
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
I
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

P00018 Cytochrome c from Dromaius novaehollandiae (Emu) (see paper)
43% identity, 80% coverage: 21:118/122 of query aligns to 2:99/105 of P00018

query
sites
P00018
G
|
G
D
 
D
A
 
I
Q
 
E
A
 
K
G
 
G
K
 
K
A
 
K
V
 
I
F
 
F
T
 
V
S
 
Q
K
 
K
C
|
C
A
 
S
S
 
Q
C
|
C
H
 
H
S
 
T
V
 
V
G
 
E
P
 
K
S
 
G
A
 
G
R
 
K
A
 
H
A
 
K
F
 
T
G
 
G
P
 
P
Q
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
I
 
L
F
 
F
G
 
G
R
 
R
V
 
K
A
 
T
G
 
G
G
 
Q
T
 
A
T
 
E
D
 
G
Y
 
F
K
 
S
Y
 
Y
S
 
T
P
 
D
E
 
A
M
 
N
K
 
K
K
 
N
S
 
K
G
 
G
I
 
I
V
 
T
W
 
W
S
 
G
E
 
E
K
 
D
T
 
T
L
 
L
S
 
M
A
 
E
F
 
Y
I
 
L
A
 
E
S
 
N
P
 
P
S
 
K
K
 
K
V
 
Y
V
 
I
P
 
P
G
 
G
T
 
T
R
 
K
M
 
M
R
 
I
F
 
F
W
 
A
G
 
G
I
 
I
S
 
K
N
 
K
E
 
K
R
 
S
Q
 
E
I
 
R
A
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
I
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

5dfsA Crystal structure of spider monkey cytochromE C at 1.15 angstrom (see paper)
42% identity, 80% coverage: 21:118/122 of query aligns to 1:98/104 of 5dfsA

query
sites
5dfsA
G
 
G
D
 
D
A
 
V
Q
 
E
A
 
K
G
 
G
K
 
K
A
 
R
V
 
I
F
 
F
T
 
I
S
 
M
K
|
K
C
|
C
A
 
S
S
 
Q
C
|
C
H
|
H
S
 
T
V
 
V
G
 
E
P
 
K
S
 
G
A
 
G
R
 
K
A
 
H
A
 
K
F
 
T
G
|
G
P
|
P
Q
 
N
L
 
L
N
 
H
G
 
G
I
 
L
F
 
F
G
 
G
R
 
R
V
 
K
A
 
T
G
|
G
G
 
Q
T
 
A
T
 
S
D
 
G
Y
 
F
K
 
T
Y
|
Y
S
x
T
P
 
E
E
 
A
M
x
N
K
 
K
K
 
N
S
 
K
G
 
G
I
 
I
V
 
I
W
|
W
S
 
G
E
 
E
K
 
D
T
 
T
L
 
L
S
 
M
A
 
E
F
x
Y
I
x
L
A
 
E
S
 
N
P
 
P
S
 
K
K
 
K
V
 
Y
V
 
I
P
 
P
G
 
G
T
|
T
R
x
K
M
|
M
R
 
I
F
|
F
W
 
V
G
 
G
I
 
I
S
 
K
N
 
K
E
 
K
R
 
E
Q
 
E
I
 
R
A
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
I
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L

P00008 Cytochrome c from Oryctolagus cuniculus (Rabbit) (see paper)
43% identity, 80% coverage: 21:118/122 of query aligns to 2:99/105 of P00008

query
sites
P00008
G
|
G
D
 
D
A
 
V
Q
 
E
A
 
K
G
 
G
K
 
K
A
 
K
V
 
I
F
 
F
T
 
V
S
 
Q
K
 
K
C
|
C
A
 
A
S
 
Q
C
|
C
H
 
H
S
 
T
V
 
V
G
 
E
P
 
K
S
 
G
A
 
G
R
 
K
A
 
H
A
 
K
F
 
T
G
 
G
P
 
P
Q
 
N
L
 
L
N
 
H
G
 
G
I
 
L
F
 
F
G
 
G
R
 
R
V
 
K
A
 
T
G
 
G
G
 
Q
T
 
A
T
 
V
D
 
G
Y
 
F
K
 
S
Y
 
Y
S
 
T
P
 
D
E
 
A
M
 
N
K
 
K
K
 
N
S
 
K
G
 
G
I
 
I
V
 
T
W
 
W
S
 
G
E
 
E
K
 
D
T
 
T
L
 
L
S
 
M
A
 
E
F
 
Y
I
 
L
A
 
E
S
 
N
P
 
P
S
 
K
K
 
K
V
 
Y
V
 
I
P
 
P
G
 
G
T
 
T
R
 
K
M
 
M
R
 
I
F
 
F
W
 
A
G
 
G
I
 
I
S
 
K
N
 
K
E
 
K
R
 
D
Q
 
E
I
 
R
A
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
I
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

P68098 Cytochrome c from Lama guanicoe (Guanaco) (Lama glama guanicoe) (see paper)
43% identity, 80% coverage: 21:118/122 of query aligns to 2:99/105 of P68098

query
sites
P68098
G
|
G
D
 
D
A
 
V
Q
 
E
A
 
K
G
 
G
K
 
K
A
 
K
V
 
I
F
 
F
T
 
V
S
 
Q
K
 
K
C
 
C
A
 
A
S
 
Q
C
 
C
H
 
H
S
 
T
V
 
V
G
 
E
P
 
K
S
 
G
A
 
G
R
 
K
A
 
H
A
 
K
F
 
T
G
 
G
P
 
P
Q
 
N
L
 
L
N
 
H
G
 
G
I
 
L
F
 
F
G
 
G
R
 
R
V
 
K
A
 
T
G
 
G
G
 
Q
T
 
A
T
 
V
D
 
G
Y
 
F
K
 
S
Y
 
Y
S
 
T
P
 
D
E
 
A
M
 
N
K
 
K
K
 
N
S
 
K
G
 
G
I
 
I
V
 
T
W
 
W
S
 
G
E
 
E
K
 
E
T
 
T
L
 
L
S
 
M
A
 
E
F
 
Y
I
 
L
A
 
E
S
 
N
P
 
P
S
 
K
K
 
K
V
 
Y
V
 
I
P
 
P
G
 
G
T
 
T
R
 
K
M
 
M
R
 
I
F
 
F
W
 
A
G
 
G
I
 
I
S
 
K
N
 
K
E
 
K
R
 
G
Q
 
E
I
 
R
A
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
I
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

P68100 Cytochrome c from Eschrichtius robustus (California gray whale) (Eschrichtius gibbosus) (see paper)
43% identity, 80% coverage: 21:118/122 of query aligns to 2:99/105 of P68100

query
sites
P68100
G
|
G
D
 
D
A
 
V
Q
 
E
A
 
K
G
 
G
K
 
K
A
 
K
V
 
I
F
 
F
T
 
V
S
 
Q
K
 
K
C
 
C
A
 
A
S
 
Q
C
 
C
H
 
H
S
 
T
V
 
V
G
 
E
P
 
K
S
 
G
A
 
G
R
 
K
A
 
H
A
 
K
F
 
T
G
 
G
P
 
P
Q
 
N
L
 
L
N
 
H
G
 
G
I
 
L
F
 
F
G
 
G
R
 
R
V
 
K
A
 
T
G
 
G
G
 
Q
T
 
A
T
 
V
D
 
G
Y
 
F
K
 
S
Y
 
Y
S
 
T
P
 
D
E
 
A
M
 
N
K
 
K
K
 
N
S
 
K
G
 
G
I
 
I
V
 
T
W
 
W
S
 
G
E
 
E
K
 
E
T
 
T
L
 
L
S
 
M
A
 
E
F
 
Y
I
 
L
A
 
E
S
 
N
P
 
P
S
 
K
K
 
K
V
 
Y
V
 
I
P
 
P
G
 
G
T
 
T
R
 
K
M
 
M
R
 
I
F
 
F
W
 
A
G
 
G
I
 
I
S
 
K
N
 
K
E
 
K
R
 
G
Q
 
E
I
 
R
A
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
I
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

P68099 Cytochrome c from Camelus dromedarius (Dromedary) (Arabian camel) (see paper)
43% identity, 80% coverage: 21:118/122 of query aligns to 2:99/105 of P68099

query
sites
P68099
G
|
G
D
 
D
A
 
V
Q
 
E
A
 
K
G
 
G
K
 
K
A
 
K
V
 
I
F
 
F
T
 
V
S
 
Q
K
 
K
C
 
C
A
 
A
S
 
Q
C
 
C
H
 
H
S
 
T
V
 
V
G
 
E
P
 
K
S
 
G
A
 
G
R
 
K
A
 
H
A
 
K
F
 
T
G
 
G
P
 
P
Q
 
N
L
 
L
N
 
H
G
 
G
I
 
L
F
 
F
G
 
G
R
 
R
V
 
K
A
 
T
G
 
G
G
 
Q
T
 
A
T
 
V
D
 
G
Y
 
F
K
 
S
Y
 
Y
S
 
T
P
 
D
E
 
A
M
 
N
K
 
K
K
 
N
S
 
K
G
 
G
I
 
I
V
 
T
W
 
W
S
 
G
E
 
E
K
 
E
T
 
T
L
 
L
S
 
M
A
 
E
F
 
Y
I
 
L
A
 
E
S
 
N
P
 
P
S
 
K
K
 
K
V
 
Y
V
 
I
P
 
P
G
 
G
T
 
T
R
 
K
M
 
M
R
 
I
F
 
F
W
 
A
G
 
G
I
 
I
S
 
K
N
 
K
E
 
K
R
 
G
Q
 
E
I
 
R
A
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
I
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

P00022 Cytochrome c from Chelydra serpentina (Snapping turtle) (Testudo serpentina) (see paper)
43% identity, 80% coverage: 21:118/122 of query aligns to 2:99/105 of P00022

query
sites
P00022
G
|
G
D
 
D
A
 
V
Q
 
E
A
 
K
G
 
G
K
 
K
A
 
K
V
 
I
F
 
F
T
 
V
S
 
Q
K
 
K
C
 
C
A
 
A
S
 
Q
C
 
C
H
 
H
S
 
T
V
 
V
G
 
E
P
 
K
S
 
G
A
 
G
R
 
K
A
 
H
A
 
K
F
 
T
G
 
G
P
 
P
Q
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
I
 
L
F
 
I
G
 
G
R
 
R
V
 
K
A
 
T
G
 
G
G
 
Q
T
 
A
T
 
E
D
 
G
Y
 
F
K
 
S
Y
 
Y
S
 
T
P
 
E
E
 
A
M
 
N
K
 
K
K
 
N
S
 
K
G
 
G
I
 
I
V
 
T
W
 
W
S
 
G
E
 
E
K
 
E
T
 
T
L
 
L
S
 
M
A
 
E
F
 
Y
I
 
L
A
 
E
S
 
N
P
 
P
S
 
K
K
 
K
V
 
Y
V
 
I
P
 
P
G
 
G
T
 
T
R
 
K
M
 
M
R
 
I
F
 
F
W
 
A
G
 
G
I
 
I
S
 
K
N
 
K
E
 
K
R
 
A
Q
 
E
I
 
R
A
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
I
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

P00007 Cytochrome c from Hippopotamus amphibius (Hippopotamus) (see paper)
43% identity, 80% coverage: 21:118/122 of query aligns to 2:99/105 of P00007

query
sites
P00007
G
|
G
D
 
D
A
 
V
Q
 
E
A
 
K
G
 
G
K
 
K
A
 
K
V
 
I
F
 
F
T
 
V
S
 
Q
K
 
K
C
 
C
A
 
A
S
 
Q
C
 
C
H
 
H
S
 
T
V
 
V
G
 
E
P
 
K
S
 
G
A
 
G
R
 
K
A
 
H
A
 
K
F
 
T
G
 
G
P
 
P
Q
 
N
L
 
L
N
 
H
G
 
G
I
 
L
F
 
F
G
 
G
R
 
R
V
 
K
A
 
T
G
 
G
G
 
Q
T
 
S
T
 
P
D
 
G
Y
 
F
K
 
S
Y
 
Y
S
 
T
P
 
D
E
 
A
M
 
N
K
 
K
K
 
N
S
 
K
G
 
G
I
 
I
V
 
T
W
 
W
S
 
G
E
 
E
K
 
E
T
 
T
L
 
L
S
 
M
A
 
E
F
 
Y
I
 
L
A
 
E
S
 
N
P
 
P
S
 
K
K
 
K
V
 
Y
V
 
I
P
 
P
G
 
G
T
 
T
R
 
K
M
 
M
R
 
I
F
 
F
W
 
A
G
 
G
I
 
I
S
 
K
N
 
K
E
 
K
R
 
G
Q
 
E
I
 
R
A
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
I
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

P00052 Cytochrome c from Vigna radiata var. radiata (Mung bean) (Phaseolus aureus) (see paper)
44% identity, 80% coverage: 21:118/122 of query aligns to 9:106/111 of P00052

query
sites
P00052
G
 
G
D
 
N
A
 
S
Q
 
K
A
 
S
G
 
G
K
 
E
A
 
K
V
 
I
F
 
F
T
 
K
S
 
T
K
 
K
C
 
C
A
 
A
S
 
Q
C
 
C
H
 
H
S
 
T
V
 
V
G
 
D
P
 
K
S
 
G
A
 
A
R
 
G
A
 
H
A
 
K
F
 
Q
G
 
G
P
 
P
Q
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
I
 
L
F
 
F
G
 
G
R
 
R
V
 
Q
A
 
S
G
 
G
G
 
T
T
 
T
T
 
A
D
 
G
Y
 
Y
K
 
S
Y
 
Y
S
 
S
P
 
T
E
 
A
M
 
N
K
 
K
K
 
N
S
 
M
G
 
A
I
 
V
V
 
I
W
 
W
S
 
E
E
 
E
K
 
K
T
 
T
L
 
L
S
 
Y
A
 
D
F
 
Y
I
 
L
A
 
L
S
 
N
P
 
P
S
x
K
K
 
K
V
 
Y
V
 
I
P
 
P
G
 
G
T
 
T
R
 
K
M
 
M
R
 
V
F
 
F
W
 
P
G
 
G
I
 
L
S
x
K
N
 
K
E
 
P
R
 
Q
Q
 
D
I
 
R
A
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
I
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

P00067 Cytochrome c from Tropaeolum majus (Common nasturtium) (Indian cress) (see paper)
44% identity, 81% coverage: 20:118/122 of query aligns to 8:106/111 of P00067

query
sites
P00067
A
 
A
G
 
G
D
 
D
A
 
N
Q
 
K
A
 
A
G
 
G
K
 
D
A
 
K
V
 
I
F
 
F
T
 
K
S
 
N
K
 
K
C
 
C
A
 
A
S
 
Q
C
 
C
H
 
H
S
 
T
V
 
V
G
 
D
P
 
K
S
 
G
A
 
A
R
 
G
A
 
H
A
 
K
F
 
Q
G
 
G
P
 
P
Q
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
I
 
L
F
 
F
G
 
G
R
 
R
V
 
Q
A
 
S
G
 
G
G
 
T
T
 
T
T
 
A
D
 
G
Y
 
Y
K
 
S
Y
 
Y
S
 
S
P
 
A
E
 
A
M
 
N
K
 
K
K
 
N
S
 
K
G
 
A
I
 
V
V
 
L
W
 
W
S
 
Z
E
 
Z
K
 
A
T
 
T
L
 
L
S
 
Y
A
 
D
F
 
Y
I
 
L
A
 
L
S
 
N
P
 
P
S
x
K
K
 
K
V
 
Y
V
 
I
P
 
P
G
 
G
T
 
T
R
 
K
M
 
M
R
 
V
F
 
F
W
 
P
G
 
G
I
 
L
S
x
K
N
 
K
E
 
P
R
 
Q
Q
 
D
I
 
R
A
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
I
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

P68519 Cytochrome c from Crotalus viridis viridis (Prairie rattlesnake) (see paper)
40% identity, 80% coverage: 21:118/122 of query aligns to 2:99/105 of P68519

query
sites
P68519
G
|
G
D
 
D
A
 
V
Q
 
E
A
 
K
G
 
G
K
 
K
A
 
K
V
 
I
F
 
F
T
 
S
S
 
M
K
 
K
C
 
C
A
 
G
S
 
T
C
 
C
H
 
H
S
 
T
V
 
V
G
 
E
P
 
E
S
 
G
A
 
G
R
 
K
A
 
H
A
 
K
F
 
T
G
 
G
P
 
P
Q
 
N
L
 
L
N
 
H
G
 
G
I
 
L
F
 
F
G
 
G
R
 
R
V
 
K
A
 
T
G
 
G
G
 
Q
T
 
A
T
 
V
D
 
G
Y
 
Y
K
 
S
Y
 
Y
S
 
T
P
 
A
E
 
A
M
 
N
K
 
K
K
 
N
S
 
K
G
 
G
I
 
I
V
 
I
W
 
W
S
 
G
E
 
D
K
 
D
T
 
T
L
 
L
S
 
M
A
 
E
F
 
Y
I
 
L
A
 
E
S
 
N
P
 
P
S
 
K
K
 
K
V
 
Y
V
 
I
P
 
P
G
 
G
T
 
T
R
 
K
M
 
M
R
 
V
F
 
F
W
 
T
G
 
G
I
 
L
S
 
K
N
 
S
E
 
K
R
 
K
Q
 
E
I
 
R
A
 
T
D
 
D
L
 
L
L
 
I
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

P68518 Cytochrome c from Crotalus atrox (Western diamondback rattlesnake) (see paper)
40% identity, 80% coverage: 21:118/122 of query aligns to 2:99/105 of P68518

query
sites
P68518
G
|
G
D
 
D
A
 
V
Q
 
E
A
 
K
G
 
G
K
 
K
A
 
K
V
 
I
F
 
F
T
 
S
S
 
M
K
 
K
C
 
C
A
 
G
S
 
T
C
 
C
H
 
H
S
 
T
V
 
V
G
 
E
P
 
E
S
 
G
A
 
G
R
 
K
A
 
H
A
 
K
F
 
T
G
 
G
P
 
P
Q
 
N
L
 
L
N
 
H
G
 
G
I
 
L
F
 
F
G
 
G
R
 
R
V
 
K
A
 
T
G
 
G
G
 
Q
T
 
A
T
 
V
D
 
G
Y
 
Y
K
 
S
Y
 
Y
S
 
T
P
 
A
E
 
A
M
 
N
K
 
K
K
 
N
S
 
K
G
 
G
I
 
I
V
 
I
W
 
W
S
 
G
E
 
D
K
 
D
T
 
T
L
 
L
S
 
M
A
 
E
F
 
Y
I
 
L
A
 
E
S
 
N
P
 
P
S
 
K
K
 
K
V
 
Y
V
 
I
P
 
P
G
 
G
T
 
T
R
 
K
M
 
M
R
 
V
F
 
F
W
 
T
G
 
G
I
 
L
S
 
K
N
 
S
E
 
K
R
 
K
Q
 
E
I
 
R
A
 
T
D
 
D
L
 
L
L
 
I
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

P68517 Cytochrome c from Crotalus adamanteus (Eastern diamondback rattlesnake) (see paper)
40% identity, 80% coverage: 21:118/122 of query aligns to 2:99/105 of P68517

query
sites
P68517
G
|
G
D
 
D
A
 
V
Q
 
E
A
 
K
G
 
G
K
 
K
A
 
K
V
 
I
F
 
F
T
 
S
S
 
M
K
 
K
C
 
C
A
 
G
S
 
T
C
 
C
H
 
H
S
 
T
V
 
V
G
 
E
P
 
E
S
 
G
A
 
G
R
 
K
A
 
H
A
 
K
F
 
T
G
 
G
P
 
P
Q
 
N
L
 
L
N
 
H
G
 
G
I
 
L
F
 
F
G
 
G
R
 
R
V
 
K
A
 
T
G
 
G
G
 
Q
T
 
A
T
 
V
D
 
G
Y
 
Y
K
 
S
Y
 
Y
S
 
T
P
 
A
E
 
A
M
 
N
K
 
K
K
 
N
S
 
K
G
 
G
I
 
I
V
 
I
W
 
W
S
 
G
E
 
D
K
 
D
T
 
T
L
 
L
S
 
M
A
 
E
F
 
Y
I
 
L
A
 
E
S
 
N
P
 
P
S
 
K
K
 
K
V
 
Y
V
 
I
P
 
P
G
 
G
T
 
T
R
 
K
M
 
M
R
 
V
F
 
F
W
 
T
G
 
G
I
 
L
S
 
K
N
 
S
E
 
K
R
 
K
Q
 
E
I
 
R
A
 
T
D
 
D
L
 
L
L
 
I
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

P62773 Cytochrome c from Brassica oleracea (Wild cabbage) (see paper)
45% identity, 80% coverage: 21:118/122 of query aligns to 9:106/111 of P62773

query
sites
P62773
G
 
G
D
 
N
A
 
S
Q
 
K
A
 
A
G
 
G
K
 
E
A
 
K
V
 
I
F
 
F
T
 
K
S
 
T
K
 
K
C
 
C
A
 
A
S
 
Q
C
 
C
H
 
H
S
 
T
V
 
V
G
 
D
P
 
K
S
 
G
A
 
A
R
 
G
A
 
H
A
 
K
F
 
Q
G
 
G
P
 
P
Q
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
I
 
L
F
 
F
G
 
G
R
 
R
V
 
Q
A
 
S
G
 
G
G
 
T
T
 
T
T
 
A
D
 
G
Y
 
Y
K
 
S
Y
 
Y
S
 
S
P
 
A
E
 
A
M
 
N
K
 
K
K
 
N
S
 
K
G
 
A
I
 
V
V
 
E
W
 
W
S
 
E
E
 
E
K
 
K
T
 
T
L
 
L
S
 
Y
A
 
D
F
 
Y
I
 
L
A
 
L
S
 
N
P
 
P
S
x
K
K
 
K
V
 
Y
V
 
I
P
 
P
G
 
G
T
 
T
R
 
K
M
 
M
R
 
V
F
 
F
W
 
P
G
 
G
I
 
L
S
x
K
N
 
K
E
 
P
R
 
Q
Q
 
D
I
 
R
A
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
I
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

P62772 Cytochrome c from Brassica napus (Rape) (see paper)
45% identity, 80% coverage: 21:118/122 of query aligns to 9:106/111 of P62772

query
sites
P62772
G
 
G
D
 
N
A
 
S
Q
 
K
A
 
A
G
 
G
K
 
E
A
 
K
V
 
I
F
 
F
T
 
K
S
 
T
K
 
K
C
 
C
A
 
A
S
 
Q
C
 
C
H
 
H
S
 
T
V
 
V
G
 
D
P
 
K
S
 
G
A
 
A
R
 
G
A
 
H
A
 
K
F
 
Q
G
 
G
P
 
P
Q
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
I
 
L
F
 
F
G
 
G
R
 
R
V
 
Q
A
 
S
G
 
G
G
 
T
T
 
T
T
 
A
D
 
G
Y
 
Y
K
 
S
Y
 
Y
S
 
S
P
 
A
E
 
A
M
 
N
K
 
K
K
 
N
S
 
K
G
 
A
I
 
V
V
 
E
W
 
W
S
 
E
E
 
E
K
 
K
T
 
T
L
 
L
S
 
Y
A
 
D
F
 
Y
I
 
L
A
 
L
S
 
N
P
 
P
S
x
K
K
 
K
V
 
Y
V
 
I
P
 
P
G
 
G
T
 
T
R
 
K
M
 
M
R
 
V
F
 
F
W
 
P
G
 
G
I
 
L
S
x
K
N
 
K
E
 
P
R
 
Q
Q
 
D
I
 
R
A
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
I
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>RR42_RS16670 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS16670
MKNAALLTLALALHATAQAAGDAQAGKAVFTSKCASCHSVGPSARAAFGPQLNGIFGRVA
GGTTDYKYSPEMKKSGIVWSEKTLSAFIASPSKVVPGTRMRFWGISNERQIADLLAYLHA
YQ

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory