SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing RR42_RS16760 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS16760 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 10 hits to proteins with known functional sites (download)

Q9SS48 Glycerol-3-phosphate dehydrogenase SDP6, mitochondrial; Protein SUGAR-DEPENDENT 6; EC 1.1.5.3 from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (see paper)
34% identity, 97% coverage: 17:559/559 of query aligns to 52:627/629 of Q9SS48

query
sites
Q9SS48
T
 
T
S
 
A
T
 
S
E
 
V
P
 
P
L
 
S
R
 
R
L
 
S
A
 
A
R
 
Q
Q
 
E
A
 
S
Q
 
A
L
 
L
-
 
I
D
 
A
R
 
A
L
 
T
G
 
A
S
 
S
E
 
D
T
 
P
F
 
L
D
 
D
I
 
V
L
 
L
I
 
V
V
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
V
 
A
T
 
T
G
 
G
A
x
S
Y
 
G
A
 
V
A
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
A
S
 
V
L
 
T
R
 
R
G
 
G
Y
 
L
R
 
R
V
 
V
A
 
G
L
 
L
V
 
V
E
 
E
K
 
R
N
 
E
D
 
D
F
 
F
A
 
S
S
 
S
G
 
G
T
 
T
S
 
S
S
 
S
K
 
R
S
 
S
S
 
T
K
 
K
M
 
L
V
 
I
H
 
H
G
 
G
G
 
G
L
 
V
R
 
R
Y
 
Y
I
 
L
E
 
E
Q
 
K
-
 
A
-
 
V
-
 
F
-
 
N
-
 
L
-
 
D
-
 
Y
G
 
G
N
 
Q
L
 
L
G
 
K
L
 
L
V
 
V
R
 
F
H
 
H
S
 
A
L
 
L
L
 
E
E
 
E
R
 
R
Q
 
K
R
 
Q
L
 
L
R
 
I
R
 
E
N
 
N
A
 
A
R
 
P
H
 
H
L
 
L
V
 
C
Q
 
H
R
 
A
L
 
L
P
 
P
F
 
C
L
 
M
F
 
T
P
 
P
V
 
-
M
 
-
E
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
-
V
 
C
F
 
F
D
 
D
K
 
W
R
 
F
L
 
E
S
 
V
K
 
I
A
 
Y
F
 
F
E
 
W
S
 
M
L
 
G
L
 
L
W
 
K
T
 
M
Y
 
Y
D
 
D
L
 
L
A
 
V
G
 
A
G
 
G
W
 
P
R
 
R
E
 
L
G
 
L
I
 
H
L
 
L
H
 
S
Q
 
R
K
 
Y
L
 
Y
T
 
S
K
 
A
A
 
K
E
 
E
V
 
S
L
 
I
S
 
E
H
 
L
C
 
F
P
 
P
T
 
T
F
 
L
-
 
A
-
 
R
-
 
K
-
 
G
N
 
K
E
 
D
E
 
K
N
 
N
L
 
L
L
 
R
G
 
G
G
 
T
F
 
V
M
 
V
Y
 
Y
F
 
Y
D
 
D
A
 
G
R
 
Q
V
 
M
D
 
N
D
 
D
A
 
S
R
 
R
L
 
L
T
 
N
L
 
V
N
 
G
I
 
L
A
 
A
R
 
C
T
 
T
A
 
A
A
 
A
F
 
L
H
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
A
V
 
V
V
 
L
N
 
N
H
 
H
A
 
A
K
 
E
V
 
V
V
 
V
E
 
S
-
 
L
I
 
I
T
 
T
R
 
D
N
 
D
G
 
A
H
 
T
G
 
K
K
 
R
V
 
I
D
 
I
G
 
G
A
 
A
I
 
R
I
 
I
-
 
R
-
 
N
H
 
N
A
 
L
G
 
T
D
 
G
R
 
Q
E
 
E
I
 
F
R
 
N
A
 
S
R
 
Y
A
 
A
G
 
K
V
 
V
V
 
V
V
 
V
M
 
N
A
 
A
T
 
A
G
 
G
V
 
P
W
 
F
L
 
C
R
 
-
D
 
D
W
 
S
T
 
I
G
 
R
R
 
K
K
 
M
K
 
I
G
 
D
E
 
E
E
 
D
K
 
T
T
 
K
L
 
P
H
 
M
I
 
I
R
 
C
P
 
P
A
 
S
K
 
S
G
 
G
V
 
V
H
 
H
V
 
I
A
 
V
I
 
L
P
 
P
W
 
D
L
 
Y
K
 
Y
V
 
S
R
 
P
N
 
E
D
 
G
C
 
M
T
 
G
V
 
L
T
 
I
I
 
V
P
 
P
V
 
K
P
 
T
G
 
K
R
 
D
N
 
G
R
 
R
R
 
V
A
 
V
T
 
F
I
 
M
T
 
L
R
 
P
W
 
W
G
 
L
N
 
G
V
 
R
S
 
T
Y
 
V
L
 
A
G
 
G
T
 
T
T
 
T
D
 
D
E
 
S
D
 
-
Y
 
-
E
 
-
G
 
-
D
 
-
L
 
-
D
 
-
N
 
N
V
 
T
C
 
S
C
 
I
T
 
T
-
 
S
-
 
L
-
 
P
-
 
E
-
 
P
-
 
H
R
 
E
E
 
D
E
 
E
L
 
I
D
 
Q
F
 
F
L
 
I
L
 
L
D
 
D
G
 
A
A
 
I
R
 
S
W
 
D
A
 
Y
L
 
L
K
 
N
T
 
I
D
 
K
L
 
V
Q
 
R
A
 
R
E
 
T
D
 
D
V
 
V
L
 
L
G
 
S
S
 
A
I
 
W
A
 
S
G
 
G
C
 
I
R
 
R
P
 
P
L
 
L
V
 
A
A
 
M
P
 
D
P
 
P
G
 
T
G
 
A
K
 
K
T
 
S
L
 
T
E
 
E
-
 
S
I
 
I
K
 
S
R
 
R
N
 
D
H
 
H
E
 
V
I
 
V
H
 
F
T
 
E
A
 
E
A
 
N
D
 
P
G
 
G
L
 
L
V
 
V
T
 
T
I
 
I
V
 
T
G
 
G
G
 
G
K
 
K
L
 
W
T
 
T
T
 
T
S
 
Y
R
 
R
H
 
S
M
 
M
A
 
A
E
 
E
Q
 
D
T
 
A
I
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
Q
 
I
K
 
K
V
 
S
-
 
G
-
 
Q
L
 
L
G
 
K
Q
 
P
R
 
T
N
 
N
R
 
E
C
 
C
Q
 
V
T
 
T
K
 
Q
S
 
K
A
 
L
Y
 
Q
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
S
A
 
Y
G
 
G
Y
 
W
D
 
E
A
 
P
Q
 
S
A
 
S
I
 
F
-
 
T
-
 
T
-
 
L
-
 
A
-
 
Q
-
 
Q
-
 
Y
-
 
V
-
 
R
-
 
M
-
 
K
-
 
K
-
 
T
-
 
Y
-
 
G
-
 
G
-
 
K
V
 
V
A
 
V
S
 
P
G
 
G
G
 
A
L
 
M
-
 
D
-
 
T
-
 
A
-
 
A
S
 
A
A
 
K
H
 
H
L
 
L
G
 
S
E
 
H
R
 
A
Y
 
Y
G
 
G
T
 
S
E
 
M
A
 
A
R
 
D
F
 
R
V
 
V
S
 
A
D
 
T
I
 
I
L
 
A
Q
 
Q
A
 
E
D
 
E
A
 
G
R
 
-
L
 
L
Q
 
G
A
 
K
P
 
R
I
 
L
V
 
A
E
 
H
G
 
G
L
 
H
P
 
P
Y
 
F
T
 
L
E
|
E
A
 
A
E
 
E
I
 
V
V
 
A
Y
 
Y
A
 
C
A
 
A
R
 
R
H
 
H
E
 
E
L
 
Y
A
 
C
G
 
E
S
 
S
V
 
A
D
 
V
D
 
D
V
 
F
L
 
I
S
 
A
R
 
R
R
 
R
I
 
C
R
 
R
A
 
I
R
 
A
L
 
F
M
 
L
A
 
D
R
 
T
D
 
D
A
 
A
S
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
L
S
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
V
A
 
E
I
 
I
L
 
L
Q
 
A
A
 
S
E
 
E
L
 
H
G
 
K
L
 
W
S
 
D
E
 
K
S
 
S
V
 
R
V
 
Q
A
 
K
Q
 
Q
Q
 
E
V
 
L
N
 
Q
-
 
K
-
 
A
-
 
K
D
 
E
Y
 
F
L
 
L
A
 
E
A
 
T
V
 
F
A
 
K
H
 
S
E
 
S
K
 
K
S
 
N
V
 
A
L
 
Q
L
 
F
G
 
N
D
 
D
A
 
G
Q
 
K

2rgoA Structure of alpha-glycerophosphate oxidase from streptococcus sp.: A template for the mitochondrial alpha-glycerophosphate dehydrogenase (see paper)
29% identity, 94% coverage: 25:549/559 of query aligns to 6:549/557 of 2rgoA

query
sites
2rgoA
A
 
T
R
 
R
Q
 
Q
A
 
D
Q
 
S
L
 
I
D
 
Q
R
 
K
L
 
M
G
 
Q
S
 
Q
E
 
E
T
 
E
F
 
L
D
 
D
I
 
L
L
 
L
I
 
I
V
 
I
G
|
G
G
 
G
G
 
G
V
x
I
T
|
T
G
 
G
A
 
A
Y
 
G
A
 
V
A
 
A
L
 
V
D
 
Q
A
 
A
S
 
A
L
 
A
R
 
S
G
 
G
Y
 
I
R
 
K
V
 
T
A
 
G
L
 
L
V
 
I
E
|
E
K
x
M
N
x
Q
D
 
D
F
 
F
A
 
A
S
 
E
G
 
G
T
|
T
S
|
S
S
 
S
K
 
R
S
 
S
S
 
T
K
 
K
M
 
L
V
 
V
H
 
H
G
 
G
G
 
G
L
 
I
R
 
R
Y
 
Y
I
 
L
E
 
K
Q
 
T
G
 
F
N
 
D
L
 
V
G
 
E
L
 
V
V
 
V
R
 
A
H
 
D
S
 
T
L
 
V
L
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
A
R
 
V
L
 
V
R
 
Q
R
 
G
N
 
I
A
 
A
R
 
P
H
 
H
L
 
I
V
 
P
Q
 
K
R
 
P
L
 
D
P
 
P
F
 
M
L
 
L
F
 
L
P
 
P
V
 
I
M
 
Y
E
 
E
K
 
D
D
 
E
G
 
G
V
 
A
F
 
T
D
 
T
K
 
F
R
 
N
L
 
M
S
 
F
K
 
S
A
 
V
F
 
K
E
 
V
S
 
A
L
 
M
L
 
D
W
 
L
T
 
Y
Y
 
D
D
 
K
L
 
L
A
 
A
G
 
N
G
 
V
W
 
T
R
 
G
E
 
T
G
 
K
I
 
Y
L
 
E
H
 
N
Q
 
Y
K
 
T
L
 
L
T
 
T
K
 
P
A
 
E
E
 
E
V
 
V
L
 
L
S
 
E
H
 
R
C
 
E
P
 
P
T
 
F
F
 
L
N
 
K
E
 
K
E
 
E
N
 
G
L
 
L
L
 
K
G
 
G
G
 
A
F
 
G
M
 
V
Y
 
Y
F
 
L
D
 
D
A
 
F
R
 
R
V
 
N
D
 
N
D
 
D
A
 
A
R
 
R
L
 
L
T
 
V
L
 
I
N
 
D
I
 
N
A
 
I
R
 
K
T
 
K
A
 
A
A
 
A
F
 
E
H
 
D
G
 
G
A
 
A
A
 
Y
V
 
L
V
 
V
N
 
S
H
 
K
A
 
M
K
 
K
V
x
A
V
 
V
E
 
G
I
 
F
T
 
L
R
 
Y
N
 
E
G
 
G
H
 
D
G
 
Q
K
 
I
V
 
V
D
 
G
-
 
V
G
 
K
A
 
A
I
 
R
I
 
D
H
 
L
A
 
L
G
 
T
D
 
D
R
 
E
E
 
V
I
 
I
R
 
E
A
 
I
R
 
K
A
 
A
G
 
K
V
 
L
V
 
V
V
 
I
M
 
N
A
 
T
T
x
S
G
|
G
V
 
P
W
|
W
L
 
V
R
 
D
D
 
K
W
 
V
T
 
R
G
 
N
R
 
L
K
 
N
K
 
F
G
 
T
E
 
R
E
 
P
K
 
V
T
 
S
L
 
P
H
 
K
I
 
M
R
 
R
P
 
P
A
 
T
K
 
K
G
|
G
V
 
I
H
 
H
V
 
L
A
 
V
I
 
V
P
 
D
W
 
A
L
 
K
K
 
K
V
 
-
R
 
-
N
 
-
D
 
-
C
 
-
T
 
-
V
 
-
T
 
-
I
 
L
P
 
P
V
 
V
P
 
P
G
 
Q
R
 
P
N
 
T
R
 
Y
R
 
F
A
 
D
T
 
T
I
 
G
T
 
K
R
 
Q
W
 
D
G
 
G
-
 
R
-
 
M
-
 
V
-
 
F
-
 
A
-
 
I
-
 
P
-
 
R
-
 
E
N
 
N
V
 
K
S
 
T
Y
 
Y
L
 
F
G
 
G
T
 
T
T
 
T
D
 
D
E
 
T
D
 
D
Y
 
Y
E
 
Q
G
 
G
D
 
D
L
 
F
D
 
T
N
 
D
V
 
P
C
 
K
C
 
V
T
 
T
R
 
Q
E
 
E
E
 
D
L
 
V
D
 
D
F
 
Y
L
 
L
L
 
L
D
 
D
-
 
V
-
 
I
G
 
N
A
 
H
R
 
R
W
 
Y
A
 
P
L
 
-
K
 
E
T
 
A
D
 
N
L
 
I
Q
 
T
A
 
L
E
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
E
G
 
A
S
 
S
I
 
W
A
 
A
G
|
G
C
x
L
R
 
R
P
 
P
L
 
L
V
 
L
A
 
I
P
 
G
P
 
N
G
 
S
G
 
G
K
 
S
T
 
D
L
x
Y
E
 
N
-
 
G
-
 
G
-
 
T
I
 
I
K
 
S
R
 
R
N
 
G
H
 
S
E
 
S
I
 
L
H
 
E
T
 
R
A
 
E
A
 
P
D
 
D
G
 
G
L
 
L
V
 
L
T
 
T
I
 
L
V
 
S
G
 
G
G
 
G
K
|
K
L
x
I
T
|
T
T
 
D
S
 
Y
R
 
R
H
 
K
M
 
M
A
 
A
E
 
E
Q
 
G
T
 
A
I
 
L
D
 
R
A
 
L
A
 
I
Q
 
R
K
 
Q
V
 
L
L
 
L
G
 
K
Q
 
E
R
 
E
N
 
Y
R
 
G
C
 
I
Q
 
E
T
 
T
K
 
K
S
 
E
-
 
I
-
 
D
-
 
S
-
 
K
A
 
K
Y
 
Y
L
 
Q
L
 
I
G
 
S
A
 
G
A
 
G
G
 
N
Y
 
F
D
 
D
A
 
P
Q
 
T
A
 
K
I
 
L
-
 
E
-
 
E
-
 
T
-
 
V
-
 
T
-
 
E
V
 
L
A
 
A
S
 
K
G
 
E
G
 
G
L
 
V
S
 
A
A
 
A
H
 
G
L
 
L
G
 
E
E
 
E
R
 
E
Y
 
-
G
 
-
T
 
-
E
 
D
A
 
A
R
 
T
F
 
Y
V
 
I
S
 
A
D
 
D
I
 
F
L
 
Y
Q
 
G
A
 
T
D
 
N
A
 
A
R
 
R
L
 
R
Q
 
I
A
 
F
P
 
E
I
 
L
V
 
A
E
 
K
G
 
E
L
 
A
P
 
P
Y
 
Y
T
 
P
-
 
G
-
 
L
-
 
S
-
 
L
-
 
A
-
 
E
E
 
S
A
 
A
E
 
R
I
 
L
V
 
R
Y
 
Y
A
 
G
A
 
L
R
 
E
H
 
E
E
 
E
L
 
M
A
 
V
G
 
L
S
 
A
V
 
P
D
 
G
D
 
D
V
 
Y
L
 
L
S
 
I
R
 
R
R
 
R
I
 
T
R
 
N
A
 
H
R
 
L
L
 
L
M
 
F
A
 
E
R
 
R
D
 
D
A
 
Q
S
 
L
A
 
D
R
 
E
A
 
I
A
 
K
S
 
Q
R
 
P
V
 
V
G
 
I
A
 
D
I
 
A
L
 
I
Q
 
A
A
 
E
E
 
Y
L
 
F
G
 
G
L
 
W
S
 
T
E
 
E
S
 
E
V
 
E
V
 
K
A
 
A
Q
 
Q
Q
 
Q
V
 
T
N
 
K
D
 
R
Y
 
L
L
 
E
A
 
A
A
 
L
V
 
I
A
 
A
H
 
E

2rgoB Structure of alpha-glycerophosphate oxidase from streptococcus sp.: A template for the mitochondrial alpha-glycerophosphate dehydrogenase (see paper)
30% identity, 94% coverage: 25:549/559 of query aligns to 6:520/530 of 2rgoB

query
sites
2rgoB
A
 
T
R
 
R
Q
 
Q
A
 
D
Q
 
S
L
 
I
D
 
Q
R
 
K
L
 
M
G
 
-
S
 
-
E
 
Q
T
 
E
F
 
L
D
 
D
I
 
L
L
 
L
I
 
I
V
 
I
G
 
G
G
 
G
G
|
G
V
x
I
T
|
T
G
 
G
A
 
A
Y
 
G
A
 
V
A
 
A
L
 
V
D
 
Q
A
 
A
S
 
A
L
 
A
R
 
S
G
 
G
Y
 
I
R
 
K
V
 
T
A
 
G
L
 
L
V
 
I
E
|
E
K
x
M
N
x
Q
D
 
D
F
 
F
A
 
A
S
 
E
G
 
G
T
|
T
S
|
S
S
 
S
K
 
R
S
|
S
S
x
T
K
 
K
M
 
L
V
 
V
H
 
H
G
 
G
G
 
G
L
 
I
R
 
R
Y
 
Y
I
 
L
E
 
K
Q
 
T
G
 
F
N
 
D
L
 
V
G
 
E
L
 
V
V
 
V
R
 
A
H
 
D
S
 
T
L
 
V
L
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
A
R
 
V
L
 
V
R
 
Q
R
 
G
N
 
I
A
 
A
R
 
P
H
 
H
L
 
I
V
 
P
Q
 
K
R
 
P
L
 
D
P
 
P
F
 
M
L
 
L
F
 
L
P
 
P
V
 
I
M
 
Y
E
 
E
K
 
D
D
 
E
G
 
T
V
 
T
F
 
F
D
 
N
K
 
M
R
 
F
L
 
S
S
 
V
K
 
K
A
 
V
F
 
A
E
 
M
S
 
D
L
 
L
L
 
-
W
 
-
T
 
-
Y
 
Y
D
 
D
-
 
K
L
 
L
A
 
A
G
 
N
G
 
V
W
 
T
R
 
G
E
 
T
G
 
K
I
 
Y
L
 
E
H
 
N
Q
 
Y
K
 
T
L
 
L
T
 
T
K
 
P
A
 
E
E
 
E
V
 
V
L
 
L
S
 
E
H
 
R
C
 
E
P
 
P
T
 
F
F
 
L
N
 
K
E
 
K
E
 
E
N
 
G
L
 
L
L
 
K
G
 
G
G
 
A
F
 
G
M
 
V
Y
 
Y
F
 
L
D
 
D
A
 
F
R
 
R
V
 
N
D
 
N
D
 
D
A
 
A
R
 
R
L
 
L
T
 
V
L
 
I
N
 
D
I
 
N
A
 
I
R
 
K
T
 
K
A
 
A
A
 
A
F
 
E
H
 
D
G
 
G
A
 
A
A
 
Y
V
 
L
V
 
V
N
 
S
H
 
K
A
 
M
K
 
K
V
x
A
V
 
V
E
 
G
I
 
F
T
 
L
R
 
Y
N
 
G
G
 
D
H
 
Q
G
 
I
K
 
V
V
 
G
D
 
V
G
 
K
A
 
A
I
 
R
I
 
D
H
 
L
A
 
L
G
 
T
D
 
D
R
 
E
E
 
V
I
 
I
R
 
E
A
 
I
R
 
K
A
 
A
G
 
K
V
 
L
V
 
V
V
 
I
M
 
N
A
 
T
T
x
S
G
|
G
V
 
P
W
|
W
L
 
V
R
 
D
D
 
K
W
 
V
T
 
-
G
 
-
R
 
R
K
 
N
K
 
L
G
 
N
E
 
F
E
 
P
K
 
V
T
 
S
L
 
P
H
 
K
I
 
M
R
 
R
P
 
P
A
 
T
K
 
K
G
 
G
V
 
I
H
 
H
V
 
L
A
 
V
I
 
V
P
 
D
W
 
A
L
 
K
K
 
K
V
 
-
R
 
-
N
 
-
D
 
-
C
 
-
T
 
-
V
 
-
T
 
-
I
 
L
P
 
P
V
 
V
P
 
P
G
 
Q
R
 
P
N
 
T
R
 
Y
R
 
F
A
 
D
T
 
T
I
 
G
T
 
K
R
 
Q
W
 
D
G
 
G
-
 
R
-
 
M
-
 
V
-
 
F
-
 
A
-
 
I
-
 
P
-
 
R
-
 
E
N
 
N
V
 
K
S
 
T
Y
 
Y
L
 
F
G
 
G
T
 
T
T
 
T
D
 
D
E
 
T
D
 
D
Y
 
Y
E
 
Q
G
 
G
D
 
D
L
 
F
D
 
T
N
 
D
V
 
P
C
 
K
C
 
V
T
 
T
R
 
Q
E
 
E
E
 
D
L
 
V
D
 
D
F
 
Y
L
 
L
L
 
L
D
 
D
-
 
V
-
 
I
G
 
N
A
 
H
R
 
R
W
 
Y
A
 
P
L
 
-
K
 
E
T
 
A
D
 
N
L
 
I
Q
 
T
A
 
L
E
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
E
G
 
A
S
 
S
I
 
W
A
 
A
G
 
G
C
x
L
R
|
R
P
 
P
L
 
L
V
 
L
A
 
I
P
 
G
P
 
N
G
 
S
G
 
G
K
 
S
T
 
D
L
x
Y
E
 
N
-
 
G
-
 
G
I
 
I
K
 
S
R
 
R
N
 
G
H
 
S
E
 
S
I
 
L
H
 
E
T
 
R
A
 
E
A
 
P
D
 
D
G
 
G
L
 
L
V
 
L
T
 
T
I
 
L
V
 
S
G
 
G
G
 
G
K
|
K
L
x
I
T
|
T
T
 
D
S
 
Y
R
 
R
H
 
K
M
 
M
A
 
A
E
 
E
Q
 
G
T
 
A
I
 
L
D
 
R
A
 
L
A
 
I
Q
 
R
K
 
Q
V
 
L
L
 
L
G
 
K
Q
 
E
R
 
E
N
 
Y
R
 
G
C
 
I
Q
 
E
T
 
T
K
 
K
S
 
E
-
 
I
-
 
D
-
 
S
-
 
K
A
 
K
Y
 
Y
L
 
Q
L
 
I
G
 
S
A
 
G
A
 
G
G
 
N
Y
 
F
D
 
D
A
 
P
Q
 
T
A
 
K
I
 
E
V
 
D
A
 
A
S
 
T
G
 
-
G
 
-
L
 
-
S
 
-
A
 
-
H
 
Y
L
 
I
G
 
A
E
 
D
R
 
F
Y
 
Y
G
 
G
T
 
T
E
 
N
A
 
A
R
 
R
F
 
R
V
 
I
S
 
F
D
 
E
I
 
-
L
 
-
Q
 
-
A
 
-
D
 
-
A
 
-
R
 
-
L
 
L
Q
 
A
A
 
A
P
 
P
I
 
-
V
 
Y
E
 
P
G
 
G
L
 
L
P
 
S
Y
 
L
T
 
A
E
 
E
-
 
S
A
 
A
E
 
R
I
 
L
V
 
R
Y
 
Y
A
 
G
A
 
L
R
 
E
H
 
E
E
 
E
L
 
M
A
 
V
G
 
L
S
 
A
V
 
P
D
 
G
D
 
D
V
 
Y
L
 
L
S
 
I
R
 
R
R
 
R
I
 
T
R
 
N
A
 
H
R
 
L
L
 
L
M
 
F
A
 
E
R
 
R
D
 
D
A
 
Q
S
 
L
A
 
D
R
 
E
A
 
I
A
 
K
S
 
Q
R
 
P
V
 
V
G
 
I
A
 
D
I
 
A
L
 
I
Q
 
A
A
 
E
E
 
Y
L
 
F
G
 
G
L
 
W
S
 
T
E
 
E
S
 
E
V
 
E
V
 
K
A
 
A
Q
 
Q
Q
 
Q
V
 
T
N
 
K
D
 
R
Y
 
L
L
 
E
A
 
A
A
 
L
V
 
I
A
 
A
H
 
E

3da1A X-ray structure of the glycerol-3-phosphate dehydrogenase from bacillus halodurans complexed with fad. Northeast structural genomics consortium target bhr167.
32% identity, 74% coverage: 26:438/559 of query aligns to 7:363/496 of 3da1A

query
sites
3da1A
R
 
R
Q
 
D
A
 
K
Q
 
C
L
 
I
D
 
G
R
 
E
L
 
M
G
 
S
S
 
E
E
 
K
T
 
Q
F
 
L
D
 
D
I
 
L
L
 
L
I
 
V
V
x
I
G
 
G
G
 
G
G
|
G
V
x
I
T
|
T
G
 
G
A
 
A
Y
 
G
A
 
I
A
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
A
S
 
Q
L
 
V
R
 
R
G
 
G
Y
 
I
R
 
Q
V
 
T
A
 
G
L
 
L
V
 
V
E
|
E
K
x
M
N
 
N
D
 
D
F
 
F
A
 
A
S
 
S
G
|
G
T
 
T
S
|
S
S
 
S
K
 
R
S
|
S
S
x
T
K
 
K
M
x
L
V
 
V
H
|
H
G
 
G
G
 
V
L
 
G
R
 
K
Y
 
-
I
 
-
E
 
-
Q
 
-
G
 
-
N
 
-
L
 
-
G
 
-
L
 
-
V
 
-
R
 
-
H
 
-
S
 
-
L
 
-
L
 
-
E
 
E
R
 
R
Q
 
A
R
 
I
L
 
V
R
 
Y
R
 
E
N
 
N
A
 
A
R
 
P
H
 
H
L
 
V
V
 
T
Q
 
T
R
 
P
L
 
E
P
 
W
F
 
M
L
 
L
F
 
L
P
 
P
V
 
I
M
 
F
E
 
K
K
 
R
D
 
-
G
 
-
V
 
-
F
 
-
D
 
-
K
 
-
R
 
-
L
 
-
S
 
-
K
 
-
A
 
-
F
 
-
E
 
-
S
 
-
L
 
-
L
 
-
W
 
-
T
 
-
Y
 
-
D
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
G
 
-
W
 
-
R
 
-
E
 
-
G
 
-
I
 
-
L
 
-
H
 
-
Q
 
Y
K
 
M
L
 
L
T
 
N
K
 
E
A
 
K
E
 
Q
V
 
T
L
 
L
S
 
E
H
 
K
C
 
E
P
 
P
T
 
L
F
 
L
N
 
R
E
 
K
E
 
E
N
 
N
L
 
L
L
 
K
G
 
G
G
 
G
F
 
G
M
 
I
Y
 
Y
F
 
V
D
 
E
A
 
Y
R
 
R
V
 
T
D
 
D
D
 
D
A
 
A
R
 
R
L
 
L
T
 
T
L
 
L
N
 
E
I
 
I
A
 
M
R
 
K
T
 
E
A
 
A
A
 
V
F
 
A
H
 
R
G
 
G
A
 
A
A
 
V
V
 
A
V
 
L
N
 
N
H
 
Y
A
 
M
K
 
K
V
|
V
V
 
E
E
 
S
I
 
F
T
 
I
R
 
Y
N
 
D
G
 
-
H
 
Q
G
 
G
K
 
K
V
 
V
D
 
V
G
 
G
A
 
V
I
 
V
I
 
-
H
 
-
A
 
A
G
 
K
D
 
D
R
 
R
E
 
L
I
 
T
R
 
D
A
 
T
-
 
T
-
 
H
-
 
T
-
 
I
R
 
Y
A
 
A
G
 
K
V
 
K
V
 
V
V
 
V
M
 
N
A
 
A
T
 
A
G
|
G
V
 
P
W
|
W
-
 
V
-
 
D
-
 
T
L
|
L
R
 
R
D
 
E
W
 
K
T
 
D
G
 
R
R
 
S
K
 
K
K
 
H
G
 
G
E
 
K
E
 
-
K
 
-
T
 
-
L
 
-
H
 
Y
I
 
L
R
 
K
P
 
L
A
 
S
K
 
K
G
|
G
V
 
V
H
 
H
V
 
L
A
 
V
I
 
V
P
 
D
W
 
Q
-
 
S
-
 
R
L
 
F
K
 
P
V
 
L
R
 
R
N
 
Q
D
 
A
C
 
V
T
 
Y
V
 
F
T
 
D
I
 
T
P
 
E
V
 
S
P
 
D
G
 
G
R
 
R
N
 
M
R
 
I
R
 
F
A
 
A
T
 
-
I
 
I
T
 
P
R
 
R
W
 
E
G
 
G
N
 
K
V
 
-
S
 
T
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G
T
|
T
T
 
T
D
 
D
E
 
T
D
 
F
Y
 
Y
E
 
D
G
 
K
D
 
D
L
 
I
D
 
A
N
 
S
V
 
P
C
 
R
C
 
M
T
 
T
R
 
V
E
 
E
E
 
D
L
 
R
D
 
D
F
 
Y
L
 
I
L
 
L
D
 
A
G
 
A
A
 
A
R
 
N
W
 
Y
A
 
M
L
 
F
K
 
P
T
 
S
-
 
L
D
 
R
L
 
L
Q
 
T
A
 
A
E
 
D
D
 
D
V
 
V
L
 
E
G
 
S
S
 
S
I
 
W
A
 
A
G
|
G
C
 
L
R
|
R
P
 
P
L
 
L
V
 
I
A
 
-
P
 
-
P
 
-
G
 
-
G
 
-
K
 
-
T
 
-
L
 
-
E
 
-
I
 
-
K
 
-
R
 
H
N
 
E
H
 
D
E
 
E
I
 
I
H
 
F
T
 
F
A
 
S
A
 
D
D
 
S
G
 
G
L
 
L
V
 
I
T
 
S
I
 
I
V
 
A
G
 
G
G
|
G
K
|
K
L
|
L
T
 
T
T
 
G
S
 
Y
R
 
R
H
 
K
M
 
M
A
 
A
E
 
E
Q
 
R
T
 
T
I
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
V
Q
 
A
K
 
Q
V
 
G
L
 
L
G
 
N
Q
 
V
R
 
N
N
 
E
R
 
P
C
 
C
Q
 
T
T
 
T
K
 
A
S
 
A
A
 
I
Y
 
R
L
 
L
L
 
S
G
 
G
A
 
G
A
 
L
G
 
A
Y
 
E
D
 
G
A
 
A
Q
 
Q
A
 
G
I
 
F

2qcuB Crystal structure of glycerol-3-phosphate dehydrogenase from escherichia coli (see paper)
28% identity, 84% coverage: 63:532/559 of query aligns to 29:500/501 of 2qcuB

query
sites
2qcuB
V
 
V
A
 
L
L
 
M
V
 
L
E
|
E
K
x
A
N
 
Q
D
 
D
F
 
L
A
 
A
S
x
C
G
 
A
T
|
T
S
|
S
S
 
S
K
 
A
S
|
S
S
|
S
K
 
K
M
x
L
V
 
I
H
|
H
G
 
G
G
 
G
L
 
L
R
|
R
Y
|
Y
I
 
L
E
 
E
Q
 
H
G
 
Y
N
 
E
L
 
F
G
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
S
H
 
E
S
 
A
L
 
L
L
 
A
E
 
E
R
 
R
Q
 
E
R
 
V
L
 
L
R
 
L
R
 
K
N
 
M
A
 
A
R
 
P
H
 
H
L
 
I
V
 
A
Q
 
F
R
 
P
L
 
M
P
 
R
F
 
F
L
 
R
F
 
L
P
 
P
-
 
H
-
 
R
-
 
P
-
 
H
-
 
L
-
 
R
-
 
P
-
 
A
V
 
W
M
 
M
E
 
I
K
 
R
D
 
I
G
 
G
V
 
L
F
 
F
D
 
-
K
 
-
R
 
-
L
 
-
S
 
-
K
 
-
A
 
M
F
 
Y
E
 
D
S
 
H
L
 
L
L
 
G
W
 
K
T
 
R
Y
 
T
D
 
S
L
 
L
A
 
P
G
 
G
-
 
S
-
 
T
G
 
G
W
 
L
R
 
R
E
 
F
G
 
G
I
 
A
L
 
-
H
 
-
Q
 
N
K
 
S
L
 
V
T
 
L
K
 
K
A
 
P
E
 
E
V
 
I
L
 
K
S
 
R
H
 
-
C
 
-
P
 
-
T
 
-
F
 
-
N
 
-
E
 
-
E
 
-
N
 
-
L
 
-
L
 
-
G
 
-
G
 
G
F
 
F
M
 
E
Y
 
Y
F
 
S
D
 
D
A
 
C
R
 
W
V
 
V
D
 
D
D
 
D
A
 
A
R
 
R
L
 
L
T
 
V
L
 
L
N
 
A
I
 
N
A
 
A
R
 
Q
T
 
M
A
 
V
A
 
V
F
 
R
H
 
K
G
 
G
A
 
G
A
 
E
V
 
V
V
 
L
N
 
T
H
 
R
A
 
T
K
 
R
V
x
A
V
 
T
E
 
S
I
 
A
T
 
R
R
 
R
-
 
E
N
 
N
G
 
G
H
 
L
G
 
W
K
 
I
V
 
V
D
 
E
G
 
A
A
 
E
I
 
D
I
 
I
H
 
D
A
 
T
G
 
G
D
 
-
R
 
K
E
 
K
I
 
Y
R
 
S
A
 
W
R
 
Q
A
 
A
G
 
R
V
 
G
V
 
L
V
 
V
M
 
N
A
 
A
T
|
T
G
 
G
V
 
P
W
|
W
L
 
V
R
 
K
D
 
Q
W
 
F
T
 
F
G
 
D
R
 
D
K
 
G
K
 
M
G
 
H
E
 
L
E
 
P
K
 
S
T
 
P
L
 
Y
H
 
G
I
 
I
R
 
R
P
 
L
A
 
I
K
 
K
G
|
G
V
 
S
H
 
H
V
 
I
A
 
V
I
 
V
P
 
P
W
 
-
L
 
-
K
 
R
V
 
V
R
 
H
N
 
T
D
 
Q
C
 
K
T
 
Q
V
 
A
T
 
Y
I
 
I
P
 
L
V
 
Q
P
 
N
G
 
E
R
 
D
N
 
K
R
 
R
R
 
I
A
 
V
T
 
F
I
 
V
T
 
I
R
 
P
W
 
W
G
 
M
N
 
D
-
 
E
V
 
F
S
 
S
Y
 
I
L
 
I
G
 
G
T
 
T
T
 
T
D
 
D
E
 
V
D
 
E
Y
 
Y
E
 
K
G
 
G
D
 
D
L
 
P
D
 
K
N
 
A
V
 
V
C
 
K
C
 
I
T
 
E
R
 
E
E
 
S
E
 
E
L
 
I
D
 
N
F
 
Y
L
 
L
L
 
L
D
 
N
G
 
V
A
 
Y
R
 
N
W
 
T
A
 
H
L
 
F
K
 
K
T
 
K
D
 
Q
L
 
L
Q
 
S
A
 
R
E
 
D
D
 
D
V
 
I
L
 
V
G
 
W
S
 
T
I
 
Y
A
 
S
G
 
G
C
 
V
R
|
R
P
 
P
L
 
L
V
 
C
A
 
D
P
 
D
P
 
E
G
 
S
G
 
D
K
 
S
T
 
P
L
 
Q
E
 
A
I
 
I
K
 
T
R
|
R
N
 
D
H
 
Y
-
 
T
-
 
L
E
 
D
I
 
I
H
 
H
-
 
D
-
 
E
T
 
N
A
 
G
A
 
K
D
 
A
G
 
P
L
 
L
V
 
L
T
 
S
I
 
V
V
 
F
G
 
G
G
|
G
K
|
K
L
|
L
T
|
T
T
 
T
S
 
Y
R
 
R
H
 
K
M
 
L
A
 
A
E
 
E
Q
 
H
T
 
A
I
 
L
D
 
E
A
 
K
A
 
L
Q
 
T
K
 
P
V
 
Y
L
 
Y
G
 
Q
Q
 
G
R
 
I
N
 
G
R
 
P
C
 
A
Q
 
W
T
 
T
K
 
K
S
 
E
A
 
S
Y
 
V
L
 
L
L
 
P
G
 
G
A
 
G
A
 
A
-
 
I
-
 
E
-
 
G
-
 
D
-
 
R
-
 
D
G
 
D
Y
 
Y
D
 
A
A
 
A
-
 
R
-
 
L
-
 
R
-
 
R
Q
 
R
A
 
Y
I
 
P
V
 
F
A
 
L
S
 
T
G
 
E
G
 
S
L
 
L
S
 
A
A
 
R
H
 
H
L
 
Y
G
 
A
E
 
R
R
 
T
Y
 
Y
G
 
G
T
 
S
E
 
N
A
 
-
R
 
-
F
 
-
V
 
-
S
 
S
D
 
E
I
 
L
L
 
L
Q
 
L
A
 
G
D
 
N
A
 
A
R
 
G
L
 
T
Q
 
V
A
 
S
P
 
D
I
 
L
V
 
G
E
 
E
-
 
D
-
 
F
G
 
G
L
 
H
P
 
E
Y
 
F
T
 
Y
E
 
E
A
 
A
E
 
E
I
 
L
V
 
K
Y
 
Y
A
 
L
A
 
V
R
 
D
H
 
H
E
 
E
L
 
W
A
 
V
G
 
R
S
 
R
V
 
A
D
 
D
D
 
D
V
 
A
L
 
L
S
 
W
R
 
R
R
 
R
I
 
T
R
 
K
A
 
Q
R
 
G
L
 
M
-
 
W
M
 
L
A
 
N
R
 
A
D
 
D
A
 
Q
S
 
Q
A
 
S
R
 
R
A
 
V
A
 
S
S
 
Q
R
 
W
V
 
L
G
 
V
A
 
E
I
 
Y
L
 
T
Q
 
Q
A
 
Q
E
 
R
L
 
L
G
 
S
L
 
L
S
 
A

Sites not aligning to the query:

2r46A Crystal structure of escherichia coli glycerol-3-phosphate dehydrogenase in complex with 2-phosphopyruvic acid. (see paper)
28% identity, 79% coverage: 63:505/559 of query aligns to 29:472/495 of 2r46A

query
sites
2r46A
V
 
V
A
 
L
L
 
M
V
x
L
E
|
E
K
x
A
N
 
Q
D
 
D
F
 
L
A
 
A
S
 
C
G
 
A
T
|
T
S
|
S
S
 
S
K
x
A
S
|
S
S
|
S
K
 
K
M
x
L
V
 
I
H
 
H
G
 
G
G
 
G
L
 
L
R
|
R
Y
|
Y
I
 
L
E
 
E
Q
 
H
G
 
Y
N
 
E
L
 
F
G
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
S
H
 
E
S
 
A
L
 
L
L
 
A
E
 
E
R
 
R
Q
 
E
R
 
V
L
 
L
R
 
L
R
 
K
N
 
M
A
 
A
R
 
P
H
 
H
L
 
I
V
 
A
Q
 
F
R
 
P
L
 
M
P
 
R
F
 
F
L
 
R
F
 
L
P
 
P
-
 
H
-
 
R
-
 
P
-
 
H
-
 
L
-
 
R
-
 
P
-
 
A
V
 
W
M
 
M
E
 
I
K
 
R
D
 
I
G
 
G
V
 
L
F
 
F
D
 
-
K
 
-
R
 
-
L
 
-
S
 
-
K
 
-
A
 
M
F
 
Y
E
 
D
S
 
H
L
 
L
L
 
G
W
 
K
T
 
R
Y
 
T
D
 
S
L
 
L
A
 
P
G
 
G
-
 
S
-
 
T
G
 
G
W
 
L
R
 
R
E
 
F
G
 
G
I
 
A
L
 
-
H
 
-
Q
 
N
K
 
S
L
 
V
T
 
L
K
 
K
A
 
P
E
 
E
V
 
I
L
 
K
S
 
R
H
 
-
C
 
-
P
 
-
T
 
-
F
 
-
N
 
-
E
 
-
E
 
-
N
 
-
L
 
-
L
 
-
G
 
-
G
 
G
F
 
F
M
 
E
Y
 
Y
F
 
S
D
 
D
A
 
C
R
 
W
V
 
V
D
 
D
D
 
D
A
 
A
R
 
R
L
 
L
T
 
V
L
 
L
N
 
A
I
 
N
A
 
A
R
x
Q
T
 
M
A
 
V
A
 
V
F
 
R
H
 
K
G
 
G
A
 
G
A
 
E
V
 
V
V
 
L
N
 
T
H
 
R
A
 
T
K
 
R
V
x
A
V
 
T
E
 
S
I
 
A
T
 
R
R
 
R
-
 
E
N
 
N
G
 
G
H
 
L
G
 
W
K
 
I
V
 
V
D
 
E
G
 
A
A
 
E
I
 
D
I
 
I
H
 
D
A
 
T
G
 
G
D
 
-
R
 
K
E
 
K
I
 
Y
R
 
S
A
 
W
R
 
Q
A
 
A
G
 
R
V
 
G
V
 
L
V
 
V
M
 
N
A
 
A
T
|
T
G
 
G
V
 
P
W
 
W
L
 
V
R
 
K
D
 
Q
W
 
F
T
 
F
G
 
D
R
 
D
K
 
G
K
 
M
G
 
H
E
 
L
E
 
P
K
 
S
T
 
P
L
 
Y
H
 
G
I
 
I
R
 
R
P
 
L
A
 
I
K
 
K
G
|
G
V
 
S
H
 
H
V
 
I
A
 
V
I
 
V
P
 
P
W
 
-
L
 
-
K
 
R
V
 
V
R
 
H
N
 
T
D
 
Q
C
 
K
T
 
Q
V
 
A
T
 
Y
I
 
I
P
 
L
V
 
Q
P
 
N
G
 
E
R
 
D
N
 
K
R
|
R
R
 
I
A
 
V
T
 
F
I
 
V
T
 
I
R
 
P
W
 
W
G
 
M
N
 
D
-
 
E
V
 
F
S
 
S
Y
 
I
L
 
I
G
 
G
T
|
T
T
 
T
D
|
D
E
 
V
D
 
E
Y
 
Y
E
 
K
G
 
G
D
 
D
L
 
P
D
 
K
N
 
A
V
 
V
C
 
K
C
 
I
T
 
E
R
 
E
E
 
S
E
 
E
L
 
I
D
 
N
F
 
Y
L
 
L
L
 
L
D
 
N
G
 
V
A
 
Y
R
 
N
W
 
T
A
 
H
L
 
F
K
 
K
T
 
K
D
 
Q
L
 
L
Q
 
S
A
 
R
E
 
D
D
 
D
V
 
I
L
 
V
G
 
W
S
 
T
I
 
Y
A
 
S
G
 
G
C
 
V
R
|
R
P
 
P
L
 
L
V
 
C
A
 
D
P
 
D
P
 
E
G
 
S
G
 
D
K
 
S
T
 
P
L
 
Q
E
 
A
I
 
I
K
 
T
R
|
R
N
 
D
H
 
Y
-
 
T
-
 
L
E
 
D
I
 
I
H
 
H
-
 
D
-
 
E
T
 
N
A
 
G
A
 
K
D
 
A
G
 
P
L
 
L
V
 
L
T
 
S
I
 
V
V
 
F
G
 
G
G
|
G
K
|
K
L
|
L
T
|
T
T
 
T
S
 
Y
R
 
R
H
 
K
M
 
L
A
 
A
E
 
E
Q
 
H
T
 
A
I
 
L
D
 
E
A
 
K
A
 
L
Q
 
T
K
 
P
V
 
Y
L
 
Y
G
 
Q
Q
 
G
R
 
I
N
 
G
R
 
P
C
 
A
Q
 
W
T
 
T
K
 
K
S
 
E
A
 
S
Y
 
V
L
 
L
L
 
P
G
 
G
A
 
G
A
 
A
-
 
I
-
 
E
-
 
G
-
 
D
-
 
R
-
 
D
G
 
D
Y
 
Y
D
 
A
A
 
A
-
 
R
-
 
L
-
 
R
-
 
R
Q
 
R
A
 
Y
I
 
P
V
 
F
A
 
L
S
 
T
G
 
E
G
 
S
L
 
L
S
 
A
A
 
R
H
 
H
L
 
Y
G
 
A
E
 
R
R
 
T
Y
 
Y
G
 
G
T
 
S
E
 
N
A
 
-
R
 
-
F
 
-
V
 
-
S
 
S
D
 
E
I
 
L
L
 
L
Q
 
L
A
 
G
D
 
N
A
 
A
R
 
G
L
 
T
Q
 
V
A
 
S
P
 
D
I
 
L
V
 
G
E
 
E
-
 
D
-
 
F
G
 
G
L
 
H
P
 
E
Y
 
F
T
 
Y
E
 
E
A
 
A
E
 
E
I
 
L
V
 
K
Y
 
Y
A
 
L
A
x
V
R
x
D
H
|
H
E
 
E
L
x
W
A
 
V
G
 
R
S
 
R
V
 
A
D
 
D
D
 
D
V
 
A
L
 
L
S
 
W
R
 
R
R
 
R
I
 
T
R
 
K

Sites not aligning to the query:

2r45A Crystal structure of escherichia coli glycerol-3-phosphate dehydrogenase in complex with 2-phospho-d-glyceric acid (see paper)
28% identity, 79% coverage: 63:505/559 of query aligns to 29:472/495 of 2r45A

query
sites
2r45A
V
 
V
A
 
L
L
 
M
V
 
L
E
|
E
K
x
A
N
 
Q
D
 
D
F
 
L
A
 
A
S
x
C
G
x
A
T
|
T
S
|
S
S
 
S
K
x
A
S
|
S
S
|
S
K
 
K
M
x
L
V
 
I
H
 
H
G
 
G
G
 
G
L
 
L
R
|
R
Y
|
Y
I
 
L
E
 
E
Q
 
H
G
 
Y
N
 
E
L
 
F
G
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
S
H
 
E
S
 
A
L
 
L
L
 
A
E
 
E
R
 
R
Q
 
E
R
 
V
L
 
L
R
 
L
R
 
K
N
 
M
A
 
A
R
 
P
H
 
H
L
 
I
V
 
A
Q
 
F
R
 
P
L
 
M
P
 
R
F
 
F
L
 
R
F
 
L
P
 
P
-
 
H
-
 
R
-
 
P
-
 
H
-
 
L
-
 
R
-
 
P
-
 
A
V
 
W
M
 
M
E
 
I
K
 
R
D
 
I
G
 
G
V
 
L
F
 
F
D
 
-
K
 
-
R
 
-
L
 
-
S
 
-
K
 
-
A
 
M
F
 
Y
E
 
D
S
 
H
L
 
L
L
 
G
W
 
K
T
 
R
Y
 
T
D
 
S
L
 
L
A
 
P
G
 
G
-
 
S
-
 
T
G
 
G
W
 
L
R
 
R
E
 
F
G
 
G
I
 
A
L
 
-
H
 
-
Q
 
N
K
 
S
L
 
V
T
 
L
K
 
K
A
 
P
E
 
E
V
 
I
L
 
K
S
 
R
H
 
-
C
 
-
P
 
-
T
 
-
F
 
-
N
 
-
E
 
-
E
 
-
N
 
-
L
 
-
L
 
-
G
 
-
G
 
G
F
 
F
M
 
E
Y
 
Y
F
 
S
D
 
D
A
 
C
R
 
W
V
 
V
D
 
D
D
 
D
A
 
A
R
 
R
L
 
L
T
 
V
L
 
L
N
 
A
I
 
N
A
 
A
R
x
Q
T
 
M
A
 
V
A
x
V
F
 
R
H
 
K
G
 
G
A
 
G
A
 
E
V
 
V
V
 
L
N
 
T
H
 
R
A
 
T
K
 
R
V
x
A
V
 
T
E
 
S
I
 
A
T
 
R
R
 
R
-
 
E
N
 
N
G
 
G
H
 
L
G
 
W
K
 
I
V
 
V
D
 
E
G
 
A
A
 
E
I
 
D
I
 
I
H
 
D
A
 
T
G
 
G
D
 
-
R
 
K
E
 
K
I
 
Y
R
 
S
A
 
W
R
 
Q
A
 
A
G
 
R
V
 
G
V
 
L
V
 
V
M
 
N
A
 
A
T
|
T
G
|
G
V
 
P
W
|
W
L
 
V
R
 
K
D
x
Q
W
 
F
T
 
F
G
 
D
R
 
D
K
 
G
K
 
M
G
 
H
E
 
L
E
 
P
K
 
S
T
 
P
L
 
Y
H
 
G
I
 
I
R
 
R
P
 
L
A
 
I
K
 
K
G
|
G
V
 
S
H
 
H
V
 
I
A
 
V
I
 
V
P
 
P
W
 
-
L
 
-
K
 
R
V
 
V
R
 
H
N
 
T
D
 
Q
C
 
K
T
 
Q
V
 
A
T
 
Y
I
 
I
P
 
L
V
 
Q
P
 
N
G
 
E
R
 
D
N
 
K
R
|
R
R
x
I
A
 
V
T
 
F
I
 
V
T
 
I
R
 
P
W
 
W
G
 
M
N
 
D
-
 
E
V
 
F
S
 
S
Y
 
I
L
 
I
G
 
G
T
|
T
T
 
T
D
 
D
E
 
V
D
 
E
Y
 
Y
E
 
K
G
|
G
D
 
D
L
x
P
D
 
K
N
 
A
V
 
V
C
 
K
C
 
I
T
 
E
R
 
E
E
 
S
E
 
E
L
 
I
D
 
N
F
 
Y
L
 
L
L
 
L
D
 
N
G
 
V
A
 
Y
R
 
N
W
 
T
A
 
H
L
 
F
K
 
K
T
 
K
D
 
Q
L
 
L
Q
 
S
A
 
R
E
 
D
D
 
D
V
 
I
L
x
V
G
 
W
S
 
T
I
 
Y
A
 
S
G
 
G
C
 
V
R
|
R
P
 
P
L
 
L
V
 
C
A
 
D
P
 
D
P
 
E
G
 
S
G
 
D
K
 
S
T
 
P
L
 
Q
E
 
A
I
 
I
K
 
T
R
|
R
N
 
D
H
 
Y
-
 
T
-
 
L
E
 
D
I
 
I
H
 
H
-
 
D
-
 
E
T
 
N
A
 
G
A
 
K
D
 
A
G
 
P
L
 
L
V
 
L
T
 
S
I
 
V
V
 
F
G
 
G
G
|
G
K
|
K
L
|
L
T
|
T
T
 
T
S
 
Y
R
 
R
H
 
K
M
 
L
A
 
A
E
 
E
Q
 
H
T
 
A
I
 
L
D
 
E
A
 
K
A
 
L
Q
 
T
K
 
P
V
 
Y
L
 
Y
G
 
Q
Q
 
G
R
 
I
N
 
G
R
 
P
C
 
A
Q
 
W
T
 
T
K
 
K
S
 
E
A
 
S
Y
 
V
L
 
L
L
 
P
G
 
G
A
 
G
A
 
A
-
 
I
-
 
E
-
 
G
-
 
D
-
 
R
-
 
D
G
 
D
Y
|
Y
D
 
A
A
 
A
-
x
R
-
 
L
-
 
R
-
 
R
Q
x
R
A
 
Y
I
 
P
V
 
F
A
 
L
S
 
T
G
 
E
G
 
S
L
 
L
S
 
A
A
 
R
H
 
H
L
 
Y
G
 
A
E
 
R
R
 
T
Y
 
Y
G
 
G
T
 
S
E
 
N
A
 
-
R
 
-
F
 
-
V
 
-
S
 
S
D
 
E
I
 
L
L
 
L
Q
 
L
A
 
G
D
 
N
A
 
A
R
 
G
L
 
T
Q
 
V
A
 
S
P
 
D
I
 
L
V
 
G
E
 
E
-
 
D
-
 
F
G
 
G
L
 
H
P
 
E
Y
 
F
T
 
Y
E
 
E
A
 
A
E
 
E
I
 
L
V
 
K
Y
 
Y
A
 
L
A
x
V
R
x
D
H
|
H
E
 
E
L
x
W
A
 
V
G
 
R
S
x
R
V
 
A
D
|
D
D
 
D
V
 
A
L
 
L
S
x
W
R
 
R
R
 
R
I
 
T
R
 
K

Sites not aligning to the query:

7cyxA Crystal strcuture of glycine oxidase from bacillus cereus atcc 14579 (see paper)
30% identity, 41% coverage: 38:264/559 of query aligns to 2:223/363 of 7cyxA

query
sites
7cyxA
F
 
Y
D
 
D
I
 
V
L
 
A
I
 
I
V
x
I
G
|
G
G
 
G
G
|
G
V
|
V
T
x
I
G
 
G
A
 
S
Y
 
S
A
 
V
A
 
A
L
 
H
D
 
F
A
 
L
S
 
A
L
 
E
R
 
R
G
 
G
Y
 
H
R
 
K
V
 
V
A
 
A
L
 
I
V
|
V
E
|
E
K
|
K
N
 
Q
D
 
S
F
 
I
A
 
A
S
 
S
G
x
E
T
x
A
S
|
S
S
 
K
K
 
A
S
x
A
S
 
A
K
 
-
M
 
-
V
 
-
H
 
-
G
 
-
G
 
-
L
 
-
R
 
-
Y
 
-
I
 
-
E
 
-
Q
 
-
G
|
G
N
x
L
L
 
L
G
 
G
L
 
V
V
 
A
R
 
Y
H
 
N
S
 
P
L
 
L
L
 
F
E
 
E
R
 
-
Q
 
-
R
 
-
L
 
L
R
 
A
R
 
R
N
 
E
A
 
S
R
 
R
H
 
A
L
 
I
V
 
F
Q
 
P
R
 
Q
L
 
L
P
 
A
F
 
A
L
 
V
F
 
-
P
 
-
V
 
L
M
 
R
E
 
E
K
 
K
D
 
T
G
 
G
V
 
V
F
 
D
D
 
I
K
 
G
R
 
Y
L
 
E
S
 
E
K
 
K
A
 
G
F
 
I
E
 
Y
S
 
R
L
 
I
L
 
A
W
 
Q
T
 
N
Y
 
E
D
 
D
L
 
E
A
 
-
G
 
-
G
 
-
W
 
-
R
 
K
E
 
E
G
 
R
I
 
I
L
 
L
H
 
H
-
 
I
-
 
M
-
 
D
-
 
W
-
 
Q
Q
 
Q
K
 
K
-
 
T
-
 
G
-
 
E
-
 
D
-
 
S
-
 
Y
-
 
F
L
 
L
T
 
T
K
 
G
A
 
D
E
 
H
V
 
V
L
 
R
S
 
E
H
 
K
C
 
E
P
 
P
T
 
Y
F
 
L
N
 
S
E
 
-
E
 
E
N
 
S
L
 
I
L
 
I
G
 
G
G
 
A
F
 
V
M
 
Y
Y
 
Y
-
 
P
F
 
K
D
 
D
A
 
G
R
 
H
V
 
V
D
 
I
D
 
A
A
 
P
R
 
E
L
 
L
T
 
T
L
 
K
N
 
A
I
 
F
A
 
A
R
 
H
T
 
S
A
 
A
A
 
A
F
 
I
H
 
S
G
 
G
A
 
A
A
 
D
V
 
I
V
 
Y
N
 
E
H
 
Q
A
 
T
K
 
E
V
|
V
V
 
F
E
 
D
I
 
I
T
 
-
R
 
R
N
 
I
G
 
E
H
 
N
G
 
N
K
 
K
V
 
V
D
 
T
G
 
G
A
 
V
I
 
I
I
 
T
H
 
S
A
 
E
G
 
G
D
 
I
R
 
V
E
 
T
I
 
C
R
 
E
A
 
K
R
 
-
A
 
-
G
 
-
V
 
-
V
 
V
V
 
V
M
 
I
A
 
A
T
x
G
G
|
G
V
 
S
W
|
W
L
 
S
-
 
T
-
 
K
-
 
L
-
 
L
-
 
S
-
 
Y
-
 
F
-
 
H
R
 
R
D
 
D
W
 
W
-
 
G
T
 
T
G
 
Y
R
 
P
K
 
V
K
 
K
G
 
G
E
 
E

Sites not aligning to the query:

Q9HUH4 Probable FAD-dependent oxidoreductase PA4991; EC 1.-.-.- from Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (see paper)
46% identity, 11% coverage: 37:95/559 of query aligns to 6:64/391 of Q9HUH4

query
sites
Q9HUH4
T
 
S
F
 
T
D
 
D
I
 
I
L
 
L
I
 
I
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
V
 
I
T
x
A
G
 
G
A
 
L
Y
 
W
A
 
-
A
 
-
L
 
L
D
 
N
A
 
A
S
 
R
L
 
L
R
 
R
-
 
R
-
 
A
G
 
G
Y
 
Y
R
 
A
V
 
T
A
 
V
L
 
L
V
 
V
E
|
E
K
 
S
N
 
A
D
 
S
F
 
L
A
 
G
S
 
G
G
 
G
T
x
Q
S
|
S
S
 
V
K
 
K
S
 
S
S
x
Q
K
x
G
M
x
I
V
 
I
H
 
H
G
 
G
G
 
G
L
 
A
R
 
K
Y
 
Y
I
 
A
E
 
L
Q
 
H
G
 
G
N
 
A
L
 
L

Sites not aligning to the query:

5ez7A Crystal structure of the fad dependent oxidoreductase pa4991 from pseudomonas aeruginosa (see paper)
48% identity, 9% coverage: 37:86/559 of query aligns to 6:55/363 of 5ez7A

query
sites
5ez7A
T
 
S
F
 
T
D
 
D
I
 
I
L
 
L
I
 
I
V
|
V
G
|
G
G
 
G
G
|
G
V
x
I
T
 
A
G
 
G
A
 
L
Y
 
W
A
 
-
A
 
-
L
 
L
D
 
N
A
 
A
S
 
R
L
 
L
R
 
R
-
 
R
-
 
A
G
 
G
Y
 
Y
R
 
A
V
 
T
A
 
V
L
 
L
V
 
V
E
|
E
K
x
S
N
 
A
D
 
S
F
 
L
A
 
G
S
 
G
G
 
G
T
x
Q
S
|
S
S
 
V
K
|
K
S
|
S
S
x
Q
K
 
G
M
x
I
V
 
I
H
|
H
G
 
G
G
 
G

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>RR42_RS16760 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS16760
MMVFPSRSPSRDRAGMTSTEPLRLARQAQLDRLGSETFDILIVGGGVTGAYAALDASLRG
YRVALVEKNDFASGTSSKSSKMVHGGLRYIEQGNLGLVRHSLLERQRLRRNARHLVQRLP
FLFPVMEKDGVFDKRLSKAFESLLWTYDLAGGWREGILHQKLTKAEVLSHCPTFNEENLL
GGFMYFDARVDDARLTLNIARTAAFHGAAVVNHAKVVEITRNGHGKVDGAIIHAGDREIR
ARAGVVVMATGVWLRDWTGRKKGEEKTLHIRPAKGVHVAIPWLKVRNDCTVTIPVPGRNR
RATITRWGNVSYLGTTDEDYEGDLDNVCCTREELDFLLDGARWALKTDLQAEDVLGSIAG
CRPLVAPPGGKTLEIKRNHEIHTAADGLVTIVGGKLTTSRHMAEQTIDAAQKVLGQRNRC
QTKSAYLLGAAGYDAQAIVASGGLSAHLGERYGTEARFVSDILQADARLQAPIVEGLPYT
EAEIVYAARHELAGSVDDVLSRRIRARLMARDASARAASRVGAILQAELGLSESVVAQQV
NDYLAAVAHEKSVLLGDAQ

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory