SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing RR42_RS20125 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS20125 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

6x9dA Structure of proline utilization a with trans-4-hydroxy-l-proline bound in the l-glutamate-gamma-semialdehyde dehydrogenase active site (see paper)
62% identity, 94% coverage: 81:1333/1333 of query aligns to 4:1218/1218 of 6x9dA

query
sites
6x9dA
P
 
P
F
 
F
L
 
A
E
 
D
F
 
F
A
 
A
Q
 
P
S
 
P
V
 
V
Q
 
R
P
 
P
Q
 
Q
S
 
S
V
 
T
L
 
L
R
 
R
A
 
R
A
 
A
I
 
I
T
 
T
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
R
 
R
P
 
P
E
 
E
S
 
T
E
 
E
C
 
C
V
 
L
P
 
P
V
 
P
L
 
L
L
 
V
E
 
E
Q
 
A
A
 
A
R
 
T
L
 
Q
P
 
S
H
 
K
Q
 
E
Q
 
I
A
 
R
E
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
A
A
 
S
M
 
T
A
 
A
R
 
R
T
 
K
L
 
L
A
 
I
T
 
E
R
 
A
L
 
L
R
 
R
E
 
G
R
 
K
K
 
H
V
 
S
G
 
G
T
 
S
G
 
G
R
 
-
E
 
-
G
 
-
L
 
-
V
 
V
Q
 
E
G
 
G
L
 
L
I
 
V
Q
 
Q
E
 
E
F
 
Y
S
 
S
L
 
L
S
 
S
S
 
S
Q
 
Q
E
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
A
L
 
L
M
 
M
C
 
C
L
 
L
A
 
A
E
 
E
A
 
A
L
 
L
L
 
L
R
 
R
I
 
I
P
 
P
D
 
D
K
 
T
A
 
A
T
 
T
R
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
L
I
 
I
R
 
R
D
 
D
K
 
K
I
 
I
S
 
A
G
 
D
A
 
G
N
 
N
W
 
W
Q
 
K
S
 
S
H
 
H
L
 
L
G
 
-
Q
 
-
S
 
S
P
 
R
S
 
S
V
 
L
F
 
F
V
 
V
N
 
N
A
 
A
A
 
A
T
 
T
W
 
W
G
 
G
L
 
L
L
 
V
F
 
V
T
 
T
G
 
G
K
 
K
L
 
L
V
 
T
A
 
S
T
 
T
H
 
V
T
 
N
E
 
D
A
 
R
G
 
S
L
 
L
S
 
A
K
 
A
A
 
A
L
 
L
T
 
T
R
 
R
I
 
L
I
 
I
G
 
S
K
 
R
G
 
C
G
 
G
E
 
E
P
 
P
L
 
V
I
 
I
R
 
R
K
 
R
G
 
G
V
 
V
D
 
D
M
 
M
A
 
A
M
 
M
R
 
R
L
 
M
M
 
M
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
F
 
F
V
 
V
T
 
T
G
 
G
E
 
E
T
 
T
I
 
I
S
 
R
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
K
N
 
R
A
 
S
R
 
K
K
 
E
Y
 
L
E
 
E
A
 
E
E
 
K
G
 
G
F
 
F
R
 
S
Y
 
Y
S
 
S
Y
 
Y
D
 
D
M
 
M
L
 
L
G
 
G
E
 
E
A
 
A
A
 
A
M
 
T
T
 
T
E
 
A
A
 
A
D
 
D
A
 
A
Q
 
E
R
 
R
Y
 
Y
L
 
Y
A
 
R
S
 
D
Y
 
Y
E
 
E
Q
 
S
A
 
A
I
 
I
N
 
H
A
 
A
I
 
I
G
 
G
Q
 
K
A
 
A
S
 
S
R
 
A
G
 
G
R
 
R
G
 
G
I
 
I
Y
 
Y
E
 
E
G
 
G
P
 
P
G
 
G
I
 
I
S
 
S
I
 
I
K
 
K
L
 
L
S
 
S
A
 
A
L
 
L
H
 
H
P
 
P
R
 
R
Y
 
Y
S
 
S
R
 
R
A
 
A
Q
 
Q
H
 
A
E
 
A
R
 
R
V
 
V
I
 
M
G
 
G
E
 
E
L
 
L
Y
 
L
G
 
P
R
 
R
L
 
V
K
 
K
S
 
A
L
 
L
T
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
R
 
K
Q
 
N
Y
 
Y
D
 
D
I
 
I
G
 
G
I
 
L
N
 
N
I
 
I
D
|
D
A
|
A
E
 
E
E
 
E
A
 
A
D
 
D
R
 
R
L
 
L
E
 
E
I
 
L
S
 
S
L
 
L
D
 
D
L
 
L
L
 
L
E
 
E
R
 
V
L
 
L
C
 
C
F
 
L
E
 
D
P
 
G
E
 
D
L
 
L
A
 
S
G
 
G
W
 
W
N
 
N
G
 
G
I
 
M
G
 
G
F
 
F
V
|
V
V
 
V
Q
|
Q
G
 
A
Y
 
Y
Q
 
G
K
 
K
R
 
R
C
 
C
P
 
P
F
 
F
V
 
V
I
 
L
D
 
D
Y
 
F
L
 
I
I
 
I
D
 
D
L
 
L
A
 
A
R
 
R
R
 
R
S
 
S
R
 
G
H
 
R
R
 
R
L
 
I
M
 
M
I
 
V
R
|
R
L
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
A
|
A
Y
|
Y
W
|
W
D
 
D
S
 
A
E
 
E
I
 
I
K
 
K
R
 
R
A
 
A
Q
 
Q
V
 
L
D
 
D
G
 
G
L
 
L
E
 
A
G
 
D
Y
 
F
P
 
P
V
 
V
Y
x
F
T
|
T
R
|
R
K
|
K
V
 
I
Y
 
H
T
|
T
D
 
D
V
 
V
S
 
S
Y
 
Y
V
 
I
A
 
A
C
 
C
A
 
A
R
 
A
K
 
K
L
 
L
L
 
L
S
 
A
V
 
A
P
 
T
D
 
D
V
 
V
I
 
V
Y
 
F
P
 
P
Q
 
Q
F
 
F
A
|
A
T
|
T
H
|
H
N
|
N
A
 
A
H
 
Q
T
 
T
L
 
L
A
 
A
A
 
A
I
 
I
Y
 
Y
Q
 
H
I
 
M
A
 
A
G
 
G
H
 
K
N
 
D
Y
 
F
Y
 
H
P
 
V
G
 
G
Q
 
K
Y
 
Y
E
 
E
F
 
F
Q
|
Q
C
|
C
L
 
L
H
 
H
G
 
G
M
 
M
G
 
G
E
 
E
P
 
P
L
 
L
Y
 
Y
D
 
E
Q
 
E
V
 
V
V
 
V
G
 
G
P
 
-
L
 
-
A
 
-
D
 
R
G
 
G
K
 
K
F
 
L
N
 
D
R
 
R
P
 
P
C
 
C
R
 
R
I
 
I
Y
 
Y
A
 
A
P
 
P
V
 
V
G
 
G
T
 
T
H
 
H
E
 
E
T
 
T
L
 
L
L
 
L
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
R
L
 
L
L
 
L
E
|
E
N
 
N
G
 
G
A
 
A
N
 
N
T
 
S
S
|
S
F
|
F
V
 
V
N
 
H
R
 
R
I
 
I
A
 
N
D
 
D
D
 
P
T
 
K
I
 
V
S
 
S
L
 
I
D
 
D
E
 
E
L
 
L
V
 
I
A
 
A
D
 
D
P
 
P
V
 
V
A
 
E
V
 
V
V
 
V
E
 
R
Q
 
A
M
 
M
H
 
P
A
 
-
D
 
-
E
 
-
G
 
-
A
 
V
L
 
V
G
 
G
L
 
A
P
 
K
H
 
H
P
 
D
R
 
R
I
 
I
A
 
A
Q
 
L
P
 
P
R
 
A
T
 
E
L
 
L
Y
 
F
G
 
G
E
 
D
S
 
A
R
 
R
A
 
T
N
 
N
S
 
S
A
 
A
G
 
G
I
 
L
D
 
D
L
 
L
S
 
S
N
 
N
E
 
E
H
 
E
R
 
T
L
 
L
A
 
A
S
 
S
L
 
L
S
 
T
S
 
E
A
 
A
L
 
L
L
 
R
A
 
E
G
 
S
T
 
A
S
 
A
E
 
M
A
 
K
V
 
W
S
 
T
A
 
A
V
 
L
P
 
P
L
 
Q
L
 
L
G
 
A
T
 
T
E
 
G
A
 
P
A
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
E
D
 
T
V
 
R
N
 
T
Q
 
-
P
 
-
A
 
-
P
 
-
V
 
V
R
 
L
N
 
N
P
 
P
S
 
G
D
 
D
Q
 
H
R
 
R
D
 
D
V
 
V
V
 
V
G
 
G
H
 
S
V
 
V
T
 
T
E
 
E
A
 
T
S
 
S
M
 
E
A
 
E
E
 
D
V
 
A
E
 
R
A
 
R
A
 
A
L
 
V
Q
 
R
A
 
L
A
 
A
V
 
A
N
 
D
A
 
A
A
 
A
P
 
P
I
 
D
W
 
W
Q
 
A
A
 
A
T
 
V
P
 
P
A
 
P
D
 
S
V
 
E
R
 
R
A
 
A
A
 
A
A
 
C
L
 
L
E
 
D
R
 
R
A
 
A
A
 
A
E
 
E
L
 
L
M
 
M
E
 
Q
A
 
A
Q
 
R
M
 
M
Q
 
P
S
 
T
L
 
L
M
 
L
G
 
G
I
 
L
I
 
I
V
 
I
R
 
R
E
 
E
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
S
F
 
A
S
 
L
N
 
N
A
 
A
I
 
I
A
 
A
E
 
E
V
 
V
R
 
R
E
|
E
A
 
A
V
 
I
D
 
D
F
 
F
L
 
L
R
 
R
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
A
 
E
Q
 
Q
V
 
T
R
 
R
E
 
R
T
 
T
F
 
L
S
 
G
S
 
P
D
 
G
T
 
-
H
 
H
R
 
G
P
 
P
L
 
L
G
 
G
P
 
P
V
 
I
V
 
V
C
 
C
I
|
I
S
|
S
P
|
P
W
|
W
N
|
N
F
|
F
P
 
P
L
 
L
A
 
A
I
|
I
F
 
F
T
 
T
G
 
G
Q
 
Q
V
 
I
A
 
A
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
V
A
 
A
G
 
G
N
 
N
T
 
P
V
 
V
L
 
L
A
 
A
K
|
K
P
 
P
A
|
A
E
|
E
Q
 
E
T
 
T
P
 
P
L
 
L
I
 
I
A
 
A
A
 
A
Q
 
E
A
 
G
V
 
V
R
 
R
L
 
I
L
 
L
R
 
R
E
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
I
P
 
P
A
 
A
G
 
S
A
 
A
V
 
L
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
P
 
P
G
 
G
R
 
D
G
|
G
E
 
R
T
 
-
V
 
V
G
|
G
A
|
A
A
 
A
L
 
L
V
 
V
G
 
A
D
 
A
A
 
A
R
 
E
V
 
T
K
 
A
G
 
G
V
 
V
M
 
M
F
 
F
T
|
T
G
|
G
S
|
S
T
 
T
E
 
E
V
|
V
A
 
A
R
 
R
L
 
L
L
 
I
Q
 
Q
R
 
A
S
 
Q
V
 
L
A
 
A
G
 
D
R
 
R
L
 
L
D
 
S
A
 
P
A
 
A
G
 
G
R
 
R
P
 
P
V
 
I
P
 
P
L
 
L
I
 
I
A
 
A
E
|
E
T
|
T
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
N
 
N
A
 
A
M
 
M
I
 
I
V
 
V
D
 
D
S
 
S
S
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
E
 
E
Q
 
Q
V
 
V
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
V
 
I
N
 
T
S
 
S
A
 
A
F
 
F
D
 
D
S
 
S
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
R
|
R
C
|
C
S
|
S
A
 
A
L
 
L
R
 
R
V
 
V
L
 
L
C
 
C
L
 
L
Q
 
Q
E
 
E
E
 
D
V
 
V
A
 
A
D
 
D
R
 
R
V
 
I
L
 
L
E
 
T
M
 
M
L
 
L
K
 
K
G
 
G
A
 
A
M
 
L
D
 
H
E
 
E
L
 
L
T
 
H
M
 
I
G
 
G
N
 
R
P
 
T
D
 
D
R
 
R
L
 
L
S
 
S
T
 
V
D
 
D
V
 
V
G
 
G
P
 
P
V
 
V
I
 
I
D
 
T
E
 
S
E
 
E
A
 
A
R
 
K
G
 
D
N
 
N
I
 
I
V
 
E
R
 
K
H
 
H
I
 
I
D
 
E
A
 
R
M
 
M
R
 
R
A
 
G
K
 
L
G
 
G
R
 
R
R
 
K
V
 
V
H
 
E
Q
 
Q
A
 
I
D
 
-
P
 
-
N
 
-
G
 
-
A
 
G
L
 
L
S
 
A
A
 
S
A
 
E
C
 
T
R
 
G
N
 
V
G
 
G
T
 
T
F
 
F
V
 
V
S
 
P
P
 
P
T
 
T
L
 
I
I
 
I
E
 
E
L
 
L
D
 
E
S
 
K
I
 
L
E
 
S
E
 
D
L
 
L
Q
 
Q
R
 
R
E
|
E
V
 
V
F
|
F
G
 
G
P
 
P
V
 
V
L
 
L
H
 
H
V
 
V
V
 
I
R
 
R
Y
 
Y
P
 
R
R
 
R
A
 
D
G
 
D
L
 
L
D
 
D
T
 
R
L
 
L
L
 
V
A
 
D
Q
 
D
I
 
V
N
 
N
G
 
A
T
 
T
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
T
 
T
M
 
F
G
 
G
I
 
L
H
 
H
T
 
T
R
 
R
I
 
L
D
 
D
E
 
E
T
 
T
I
 
I
E
 
A
H
 
H
I
 
V
V
 
T
E
 
S
R
 
R
A
 
I
E
 
K
V
 
A
G
 
G
N
 
N
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
N
 
N
R
 
R
N
 
N
I
 
I
V
 
I
G
|
G
A
|
A
V
 
V
V
 
V
G
 
G
V
 
V
Q
 
Q
P
 
P
F
|
F
G
 
G
G
 
G
E
 
R
G
 
G
L
 
L
S
 
S
G
 
G
T
 
T
G
 
G
P
 
P
K
 
K
A
|
A
G
 
G
G
 
G
P
 
P
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
H
 
G
R
 
R
L
 
L
L
 
V
S
 
T
V
 
T
C
 
A
P
 
P
L
 
V
D
 
P
A
 
P
V
 
Q
A
 
H
R
 
S
V
 
S
V
 
V
R
 
-
A
 
-
S
 
-
D
 
-
T
 
-
V
 
-
G
 
-
G
 
-
A
 
-
D
 
-
E
 
H
T
 
T
G
 
D
P
 
P
V
 
V
R
 
-
R
 
-
T
 
-
L
 
-
T
 
-
E
 
-
T
 
-
L
 
L
A
 
L
T
 
D
L
 
F
K
 
A
E
 
K
W
 
W
A
 
L
Q
 
D
R
 
G
E
 
K
S
 
G
A
 
A
A
 
R
L
 
A
P
 
-
G
 
-
L
 
E
V
 
A
A
 
E
A
 
A
C
 
A
E
 
R
R
 
N
F
 
A
A
 
G
A
 
S
A
 
S
S
 
S
A
 
A
A
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
D
V
 
L
T
 
E
L
 
L
P
 
P
G
 
G
P
 
P
T
 
V
G
 
G
E
 
E
R
 
R
N
 
N
T
 
L
Y
 
Y
T
 
T
L
 
L
L
 
H
P
 
A
R
 
R
A
 
G
A
 
R
V
 
I
L
 
L
C
 
L
L
 
V
A
 
P
Q
 
A
Q
 
T
E
 
E
T
 
S
D
 
G
L
 
L
A
 
Y
V
 
H
Q
 
Q
L
 
L
A
 
A
A
 
A
V
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
T
G
 
G
S
 
N
Q
 
S
A
 
V
V
 
A
W
 
I
V
 
D
E
 
A
S
 
A
P
 
S
M
 
G
A
 
L
R
 
Q
A
 
A
L
 
S
F
 
L
A
 
K
R
 
N
L
 
L
P
 
P
K
 
Q
A
 
T
V
 
V
Q
 
G
S
 
L
R
 
R
V
 
V
R
 
S
L
 
W
V
 
S
A
 
K
D
 
D
W
 
W
S
 
A
A
 
A
G
 
-
D
 
D
T
 
G
G
 
P
F
 
F
D
 
A
A
 
G
V
 
A
L
 
L
H
 
V
H
 
E
G
 
G
D
 
D
S
 
A
D
 
E
Q
 
R
L
 
I
R
 
R
A
 
A
V
 
V
C
 
N
E
 
K
Q
 
A
L
 
I
A
 
A
T
 
A
R
 
L
P
 
P
G
 
G
P
 
P
I
 
L
I
 
L
S
 
L
V
 
V
Q
 
Q
G
 
A
L
 
A
A
 
S
H
 
S
G
 
G
E
 
E
-
 
I
-
 
A
-
 
R
-
 
N
P
 
P
N
 
D
I
 
A
A
 
Y
I
 
C
E
 
L
R
 
N
L
 
W
L
 
L
I
 
V
E
 
E
R
 
E
-
 
V
S
 
S
L
 
A
S
 
S
V
 
I
N
 
N
T
 
T
A
 
A
A
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
N
 
N
A
 
A
S
 
S
L
 
L
M
 
M
T
 
A
I
 
I
G
 
G

7mybA Structure of proline utilization a with tetrahydrothiophene-2- carboxylate bound in the proline dehydrogenase active site (see paper)
62% identity, 94% coverage: 81:1333/1333 of query aligns to 4:1217/1217 of 7mybA

query
sites
7mybA
P
 
P
F
 
F
L
 
A
E
 
D
F
 
F
A
 
A
Q
 
P
S
 
P
V
 
V
Q
 
R
P
 
P
Q
 
Q
S
 
S
V
 
T
L
 
L
R
 
R
A
 
R
A
 
A
I
 
I
T
 
T
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
R
 
R
P
 
P
E
 
E
S
 
T
E
 
E
C
 
C
V
 
L
P
 
P
V
 
P
L
 
L
L
 
V
E
 
E
Q
 
A
A
 
A
R
 
T
L
 
Q
P
 
S
H
 
K
Q
 
E
Q
 
I
A
 
R
E
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
A
A
 
S
M
 
T
A
 
A
R
 
R
T
 
K
L
 
L
A
 
I
T
 
E
R
 
A
L
 
L
R
 
R
E
 
G
R
 
K
K
 
H
V
 
S
G
 
G
T
 
S
G
 
G
R
 
-
E
 
-
G
 
-
L
 
-
V
 
V
Q
 
E
G
 
G
L
 
L
I
 
V
Q
 
Q
E
 
E
F
 
Y
S
 
S
L
 
L
S
 
S
S
 
S
Q
 
Q
E
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
A
L
 
L
M
 
M
C
 
C
L
 
L
A
 
A
E
 
E
A
 
A
L
 
L
L
 
L
R
 
R
I
 
I
P
 
P
D
 
D
K
 
T
A
 
A
T
 
T
R
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
L
I
 
I
R
 
R
D
 
D
K
 
K
I
 
I
S
 
A
G
 
D
A
 
G
N
 
N
W
 
W
Q
 
K
S
 
S
H
 
H
L
 
L
G
 
-
Q
 
-
S
 
-
P
 
R
S
 
S
V
 
L
F
 
F
V
 
V
N
 
N
A
 
A
A
 
A
T
 
T
W
 
W
G
 
G
L
 
L
L
 
V
F
 
V
T
 
T
G
 
G
K
 
K
L
 
L
V
 
T
A
 
S
T
 
T
H
 
V
T
 
N
E
 
D
A
 
R
G
 
S
L
 
L
S
 
A
K
 
A
A
 
A
L
 
L
T
 
T
R
 
R
I
 
L
I
 
I
G
 
S
K
 
R
G
 
C
G
 
G
E
 
E
P
 
P
L
 
V
I
 
I
R
 
R
K
 
R
G
 
G
V
 
V
D
 
D
M
 
M
A
 
A
M
 
M
R
 
R
L
 
M
M
 
M
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
F
 
F
V
 
V
T
 
T
G
 
G
E
 
E
T
 
T
I
 
I
S
 
R
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
K
N
 
R
A
 
S
R
 
K
K
 
E
Y
 
L
E
 
E
A
 
E
E
 
K
G
 
G
F
 
F
R
 
S
Y
 
Y
S
 
S
Y
 
Y
D
 
D
M
 
M
L
 
L
G
 
G
E
 
E
A
 
A
A
 
A
M
 
T
T
 
T
E
 
A
A
 
A
D
 
D
A
 
A
Q
 
E
R
 
R
Y
 
Y
L
 
Y
A
 
R
S
 
D
Y
 
Y
E
 
E
Q
 
S
A
 
A
I
 
I
N
 
H
A
 
A
I
 
I
G
 
G
Q
 
K
A
 
A
S
 
S
R
 
A
G
 
G
R
 
R
G
 
G
I
 
I
Y
 
Y
E
 
E
G
 
G
P
 
P
G
 
G
I
 
I
S
 
S
I
 
I
K
|
K
L
 
L
S
 
S
A
 
A
L
 
L
H
 
H
P
 
P
R
 
R
Y
 
Y
S
 
S
R
 
R
A
 
A
Q
 
Q
H
 
A
E
 
A
R
 
R
V
 
V
I
 
M
G
 
G
E
 
E
L
 
L
Y
 
L
G
 
P
R
 
R
L
 
V
K
 
K
S
 
A
L
 
L
T
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
R
 
K
Q
 
N
Y
 
Y
D
 
D
I
 
I
G
 
G
I
 
L
N
 
N
I
 
I
D
|
D
A
|
A
E
 
E
E
 
E
A
 
A
D
 
D
R
 
R
L
 
L
E
 
E
I
 
L
S
 
S
L
 
L
D
 
D
L
 
L
L
 
L
E
 
E
R
 
V
L
 
L
C
 
C
F
 
L
E
 
D
P
 
G
E
 
D
L
 
L
A
 
S
G
 
G
W
 
W
N
 
N
G
 
G
I
 
M
G
 
G
F
 
F
V
|
V
V
 
V
Q
|
Q
G
 
A
Y
 
Y
Q
 
G
K
 
K
R
 
R
C
 
C
P
 
P
F
 
F
V
 
V
I
 
L
D
 
D
Y
 
F
L
 
I
I
 
I
D
 
D
L
 
L
A
 
A
R
 
R
R
 
R
S
 
S
R
 
G
H
 
R
R
 
R
L
 
I
M
 
M
I
 
V
R
|
R
L
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
A
|
A
Y
|
Y
W
|
W
D
 
D
S
 
A
E
 
E
I
 
I
K
 
K
R
 
R
A
 
A
Q
 
Q
V
 
L
D
 
D
G
 
G
L
 
L
E
 
A
G
 
D
Y
 
F
P
 
P
V
 
V
Y
x
F
T
|
T
R
|
R
K
|
K
V
 
I
Y
 
H
T
|
T
D
 
D
V
 
V
S
 
S
Y
 
Y
V
 
I
A
 
A
C
 
C
A
 
A
R
 
A
K
 
K
L
 
L
L
 
L
S
 
A
V
 
A
P
 
T
D
 
D
V
 
V
I
 
V
Y
 
F
P
 
P
Q
 
Q
F
 
F
A
|
A
T
|
T
H
|
H
N
|
N
A
 
A
H
 
Q
T
 
T
L
 
L
A
 
A
A
 
A
I
 
I
Y
 
Y
Q
 
H
I
 
M
A
 
A
G
 
G
H
 
K
N
 
D
Y
 
F
Y
 
H
P
 
V
G
 
G
Q
 
K
Y
 
Y
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
C
|
C
L
|
L
H
 
H
G
 
G
M
 
M
G
 
G
E
 
E
P
 
P
L
 
L
Y
 
Y
D
 
E
Q
 
E
V
 
V
V
 
V
G
 
G
P
 
-
L
 
-
A
 
-
D
 
R
G
 
G
K
 
K
F
 
L
N
 
D
R
 
R
P
 
P
C
 
C
R
 
R
I
 
I
Y
|
Y
A
 
A
P
 
P
V
 
V
G
 
G
T
 
T
H
 
H
E
 
E
T
 
T
L
 
L
L
 
L
A
 
A
Y
|
Y
L
 
L
V
 
V
R
|
R
R
|
R
L
 
L
L
 
L
E
|
E
N
 
N
G
 
G
A
 
A
N
 
N
T
 
S
S
|
S
F
|
F
V
 
V
N
 
H
R
 
R
I
 
I
A
 
N
D
 
D
D
 
P
T
 
K
I
 
V
S
 
S
L
 
I
D
 
D
E
 
E
L
 
L
V
 
I
A
 
A
D
 
D
P
 
P
V
 
V
A
 
E
V
 
V
V
 
V
E
 
R
Q
 
A
M
 
M
H
 
P
A
 
-
D
 
-
E
 
-
G
 
-
A
 
V
L
 
V
G
 
G
L
 
A
P
 
K
H
 
H
P
 
D
R
 
R
I
 
I
A
 
A
Q
 
L
P
 
P
R
 
A
T
 
E
L
 
L
Y
 
F
G
 
G
E
 
D
S
 
A
R
 
R
A
 
T
N
 
N
S
 
S
A
 
A
G
 
G
I
 
L
D
 
D
L
 
L
S
 
S
N
 
N
E
 
E
H
 
E
R
 
T
L
 
L
A
 
A
S
 
S
L
 
L
S
 
T
S
 
E
A
 
A
L
 
L
L
 
R
A
 
E
G
 
S
T
 
A
S
 
A
E
 
M
A
 
K
V
 
W
S
 
T
A
 
A
V
 
L
P
 
P
L
 
Q
L
 
L
G
 
A
T
 
T
E
 
G
A
 
P
A
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
E
D
 
T
V
 
R
N
 
T
Q
 
-
P
 
-
A
 
-
P
 
-
V
 
V
R
 
L
N
 
N
P
 
P
S
 
G
D
 
D
Q
 
H
R
 
R
D
 
D
V
 
V
V
 
V
G
 
G
H
 
S
V
 
V
T
 
T
E
 
E
A
 
T
S
 
S
M
 
E
A
 
E
E
 
D
V
 
A
E
 
R
A
 
R
A
 
A
L
 
V
Q
 
R
A
 
L
A
 
A
V
 
A
N
 
D
A
 
A
A
 
A
P
 
P
I
 
D
W
 
W
Q
 
A
A
 
A
T
 
V
P
 
P
A
 
P
D
 
S
V
 
E
R
 
R
A
 
A
A
 
A
A
 
C
L
 
L
E
 
D
R
 
R
A
 
A
A
 
A
E
 
E
L
 
L
M
 
M
E
 
Q
A
 
A
Q
 
R
M
 
M
Q
 
P
S
 
T
L
 
L
M
 
L
G
 
G
I
 
L
I
 
I
V
 
I
R
 
R
E
 
E
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
S
F
 
A
S
 
L
N
 
N
A
 
A
I
 
I
A
 
A
E
 
E
V
 
V
R
 
R
E
 
E
A
 
A
V
 
I
D
 
D
F
 
F
L
 
L
R
 
R
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
A
 
E
Q
 
Q
V
 
T
R
 
R
E
 
R
T
 
T
F
 
L
S
 
G
S
 
P
D
 
G
T
 
-
H
 
H
R
 
G
P
 
P
L
 
L
G
 
G
P
 
P
V
 
I
V
 
V
C
 
C
I
|
I
S
|
S
P
|
P
W
|
W
N
|
N
F
 
F
P
 
P
L
 
L
A
 
A
I
|
I
F
 
F
T
 
T
G
 
G
Q
 
Q
V
 
I
A
 
A
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
V
A
 
A
G
 
G
N
 
N
T
 
P
V
 
V
L
 
L
A
 
A
K
|
K
P
 
P
A
 
A
E
|
E
Q
 
E
T
 
T
P
 
P
L
 
L
I
 
I
A
 
A
A
 
A
Q
 
E
A
 
G
V
 
V
R
 
R
L
 
I
L
 
L
R
 
R
E
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
I
P
 
P
A
 
A
G
 
S
A
 
A
V
 
L
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
P
 
P
G
 
G
R
 
D
G
|
G
E
 
R
T
 
-
V
 
V
G
|
G
A
 
A
A
 
A
L
 
L
V
 
V
G
 
A
D
 
A
A
 
A
R
 
E
V
 
T
K
 
A
G
 
G
V
 
V
M
 
M
F
 
F
T
|
T
G
|
G
S
|
S
T
 
T
E
 
E
V
|
V
A
 
A
R
 
R
L
 
L
L
x
I
Q
 
Q
R
 
A
S
 
Q
V
 
L
A
 
A
G
 
D
R
 
R
L
 
L
D
 
S
A
 
P
A
 
A
G
 
G
R
 
R
P
 
P
V
 
I
P
 
P
L
 
L
I
 
I
A
 
A
E
|
E
T
|
T
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
N
 
N
A
 
A
M
 
M
I
 
I
V
 
V
D
 
D
S
 
S
S
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
E
 
E
Q
 
Q
V
 
V
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
V
 
I
N
 
T
S
 
S
A
 
A
F
 
F
D
 
D
S
 
S
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
R
 
R
C
|
C
S
 
S
A
 
A
L
 
L
R
 
R
V
 
V
L
 
L
C
 
C
L
 
L
Q
 
Q
E
 
E
E
 
D
V
 
V
A
 
A
D
 
D
R
 
R
V
 
I
L
 
L
E
 
T
M
 
M
L
 
L
K
 
K
G
 
G
A
 
A
M
 
L
D
 
H
E
 
E
L
 
L
T
 
H
M
 
I
G
 
G
N
 
R
P
 
T
D
 
D
R
 
R
L
 
L
S
 
S
T
 
V
D
 
D
V
 
V
G
 
G
P
 
P
V
 
V
I
 
I
D
 
T
E
 
S
E
 
E
A
 
A
R
 
K
G
 
D
N
 
N
I
 
I
V
 
E
R
 
K
H
 
H
I
 
I
D
 
E
A
 
R
M
 
M
R
 
R
A
 
G
K
 
L
G
 
G
R
 
R
R
 
K
V
 
V
H
 
E
Q
 
Q
A
 
I
D
 
-
P
 
-
N
 
-
G
 
-
A
 
G
L
 
L
S
 
A
A
 
S
A
 
E
C
 
T
R
 
G
N
 
V
G
 
G
T
 
T
F
 
F
V
 
V
S
 
P
P
 
P
T
 
T
L
 
I
I
 
I
E
 
E
L
 
L
D
 
E
S
 
K
I
 
L
E
 
S
E
 
D
L
 
L
Q
 
Q
R
 
R
E
|
E
V
 
V
F
|
F
G
 
G
P
 
P
V
 
V
L
 
L
H
 
H
V
 
V
V
 
I
R
 
R
Y
 
Y
P
 
R
R
 
R
A
 
D
G
 
D
L
 
L
D
 
D
T
 
R
L
 
L
L
 
V
A
 
D
Q
 
D
I
 
V
N
 
N
G
 
A
T
 
T
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
T
 
T
M
 
F
G
 
G
I
 
L
H
 
H
T
 
T
R
 
R
I
 
L
D
 
D
E
 
E
T
 
T
I
 
I
E
 
A
H
 
H
I
 
V
V
 
T
E
 
S
R
 
R
A
 
I
E
 
K
V
 
A
G
 
G
N
 
N
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
N
 
N
R
 
R
N
 
N
I
 
I
V
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
V
 
V
G
 
G
V
 
V
Q
 
Q
P
 
P
F
|
F
G
 
G
G
 
G
E
 
R
G
 
G
L
 
L
S
 
S
G
 
G
T
 
T
G
 
G
P
 
P
K
 
K
A
 
A
G
 
G
G
 
G
P
 
P
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
H
 
G
R
 
R
L
 
L
L
 
V
S
 
T
V
 
T
C
 
A
P
 
P
L
 
V
D
 
P
A
 
P
V
 
Q
A
 
H
R
 
S
V
 
S
V
 
V
R
 
-
A
 
-
S
 
-
D
 
-
T
 
-
V
 
-
G
 
-
G
 
-
A
 
-
D
 
-
E
 
H
T
 
T
G
 
D
P
 
P
V
 
V
R
 
-
R
 
-
T
 
-
L
 
-
T
 
-
E
 
-
T
 
-
L
 
L
A
 
L
T
 
D
L
 
F
K
 
A
E
 
K
W
 
W
A
 
L
Q
 
D
R
 
G
E
 
K
S
 
G
A
 
A
A
 
R
L
 
A
P
 
-
G
 
-
L
 
E
V
 
A
A
 
E
A
 
A
C
 
A
E
 
R
R
 
N
F
 
A
A
 
G
A
 
S
A
 
S
S
 
S
A
 
A
A
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
D
V
 
L
T
 
E
L
 
L
P
 
P
G
 
G
P
 
P
T
 
V
G
 
G
E
 
E
R
 
R
N
 
N
T
 
L
Y
 
Y
T
 
T
L
 
L
L
 
H
P
 
A
R
 
R
A
 
G
A
 
R
V
 
I
L
 
L
C
 
L
L
 
V
A
 
P
Q
 
A
Q
 
T
E
 
E
T
 
S
D
 
G
L
 
L
A
 
Y
V
 
H
Q
 
Q
L
 
L
A
 
A
A
 
A
V
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
T
G
 
G
S
 
N
Q
 
S
A
 
V
V
 
A
W
 
I
V
 
D
E
 
A
S
 
A
P
 
S
M
 
G
A
 
L
R
 
Q
A
 
A
L
 
S
F
 
L
A
 
K
R
 
N
L
 
L
P
 
P
K
 
Q
A
 
T
V
 
V
Q
 
G
S
 
L
R
 
R
V
 
V
R
 
S
L
 
W
V
 
S
A
 
K
D
 
D
W
 
W
S
 
A
A
 
A
G
 
-
D
 
D
T
 
G
G
 
P
F
 
F
D
 
A
A
 
G
V
 
A
L
 
L
H
 
V
H
 
E
G
 
G
D
 
D
S
 
A
D
 
E
Q
 
R
L
 
I
R
 
R
A
 
A
V
 
V
C
 
N
E
 
K
Q
 
A
L
 
I
A
 
A
T
 
A
R
 
L
P
 
P
G
 
G
P
 
P
I
 
L
I
 
L
S
 
L
V
 
V
Q
 
Q
G
 
A
L
 
A
A
 
S
H
 
S
G
 
G
E
 
E
-
 
I
-
 
A
-
 
R
-
 
N
P
 
P
N
 
D
I
 
A
A
 
Y
I
 
C
E
 
L
R
 
N
L
 
W
L
 
L
I
 
V
E
 
E
R
 
E
-
 
V
S
 
S
L
 
A
S
 
S
V
 
I
N
 
N
T
 
T
A
 
A
A
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
N
 
N
A
 
A
S
 
S
L
 
L
M
 
M
T
 
A
I
 
I
G
 
G

7myaA Structure of proline utilization a with the fad covalently-modified by 1,3-dithiolane (see paper)
62% identity, 94% coverage: 81:1333/1333 of query aligns to 4:1217/1217 of 7myaA

query
sites
7myaA
P
 
P
F
 
F
L
 
A
E
 
D
F
 
F
A
 
A
Q
 
P
S
 
P
V
 
V
Q
 
R
P
 
P
Q
 
Q
S
 
S
V
 
T
L
 
L
R
 
R
A
 
R
A
 
A
I
 
I
T
 
T
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
R
 
R
P
 
P
E
 
E
S
 
T
E
 
E
C
 
C
V
 
L
P
 
P
V
 
P
L
 
L
L
 
V
E
 
E
Q
 
A
A
 
A
R
 
T
L
 
Q
P
 
S
H
 
K
Q
 
E
Q
 
I
A
 
R
E
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
A
A
 
S
M
 
T
A
 
A
R
 
R
T
 
K
L
 
L
A
 
I
T
 
E
R
 
A
L
 
L
R
 
R
E
 
G
R
 
K
K
 
H
V
 
S
G
 
G
T
 
S
G
 
G
R
 
-
E
 
-
G
 
-
L
 
-
V
 
V
Q
 
E
G
 
G
L
 
L
I
 
V
Q
 
Q
E
 
E
F
 
Y
S
 
S
L
 
L
S
 
S
S
 
S
Q
 
Q
E
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
A
L
 
L
M
 
M
C
 
C
L
 
L
A
 
A
E
 
E
A
 
A
L
 
L
L
 
L
R
 
R
I
 
I
P
 
P
D
 
D
K
 
T
A
 
A
T
 
T
R
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
L
I
 
I
R
 
R
D
 
D
K
 
K
I
 
I
S
 
A
G
 
D
A
 
G
N
 
N
W
 
W
Q
 
K
S
 
S
H
 
H
L
 
L
G
 
-
Q
 
-
S
 
-
P
 
R
S
 
S
V
 
L
F
 
F
V
 
V
N
 
N
A
 
A
A
 
A
T
 
T
W
 
W
G
 
G
L
 
L
L
 
V
F
 
V
T
 
T
G
 
G
K
 
K
L
 
L
V
 
T
A
 
S
T
 
T
H
 
V
T
 
N
E
 
D
A
 
R
G
 
S
L
 
L
S
 
A
K
 
A
A
 
A
L
 
L
T
 
T
R
 
R
I
 
L
I
 
I
G
 
S
K
 
R
G
 
C
G
 
G
E
 
E
P
 
P
L
 
V
I
 
I
R
 
R
K
 
R
G
 
G
V
 
V
D
 
D
M
 
M
A
 
A
M
 
M
R
 
R
L
 
M
M
 
M
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
F
 
F
V
 
V
T
 
T
G
 
G
E
 
E
T
 
T
I
 
I
S
 
R
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
K
N
 
R
A
 
S
R
 
K
K
 
E
Y
 
L
E
 
E
A
 
E
E
 
K
G
 
G
F
 
F
R
 
S
Y
 
Y
S
 
S
Y
 
Y
D
 
D
M
 
M
L
 
L
G
 
G
E
 
E
A
 
A
A
 
A
M
 
T
T
 
T
E
 
A
A
 
A
D
 
D
A
 
A
Q
 
E
R
 
R
Y
 
Y
L
 
Y
A
 
R
S
 
D
Y
 
Y
E
 
E
Q
 
S
A
 
A
I
 
I
N
 
H
A
 
A
I
 
I
G
 
G
Q
 
K
A
 
A
S
 
S
R
 
A
G
 
G
R
 
R
G
 
G
I
 
I
Y
 
Y
E
 
E
G
 
G
P
 
P
G
 
G
I
 
I
S
 
S
I
 
I
K
 
K
L
 
L
S
 
S
A
 
A
L
 
L
H
 
H
P
 
P
R
 
R
Y
 
Y
S
 
S
R
 
R
A
 
A
Q
 
Q
H
 
A
E
 
A
R
 
R
V
 
V
I
 
M
G
 
G
E
 
E
L
 
L
Y
 
L
G
 
P
R
 
R
L
 
V
K
 
K
S
 
A
L
 
L
T
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
R
 
K
Q
 
N
Y
 
Y
D
 
D
I
 
I
G
 
G
I
 
L
N
 
N
I
 
I
D
|
D
A
|
A
E
 
E
E
 
E
A
 
A
D
 
D
R
 
R
L
 
L
E
 
E
I
 
L
S
 
S
L
 
L
D
 
D
L
 
L
L
 
L
E
 
E
R
 
V
L
 
L
C
 
C
F
 
L
E
 
D
P
 
G
E
 
D
L
 
L
A
 
S
G
 
G
W
 
W
N
 
N
G
 
G
I
 
M
G
 
G
F
 
F
V
|
V
V
 
V
Q
|
Q
G
 
A
Y
 
Y
Q
 
G
K
 
K
R
 
R
C
 
C
P
 
P
F
 
F
V
 
V
I
 
L
D
 
D
Y
 
F
L
 
I
I
 
I
D
 
D
L
 
L
A
 
A
R
 
R
R
 
R
S
 
S
R
 
G
H
 
R
R
 
R
L
 
I
M
 
M
I
 
V
R
 
R
L
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
A
|
A
Y
 
Y
W
|
W
D
 
D
S
 
A
E
 
E
I
 
I
K
 
K
R
 
R
A
 
A
Q
 
Q
V
 
L
D
 
D
G
 
G
L
 
L
E
 
A
G
 
D
Y
 
F
P
 
P
V
 
V
Y
x
F
T
|
T
R
|
R
K
|
K
V
 
I
Y
 
H
T
|
T
D
 
D
V
 
V
S
 
S
Y
 
Y
V
 
I
A
 
A
C
 
C
A
 
A
R
 
A
K
 
K
L
 
L
L
 
L
S
 
A
V
 
A
P
 
T
D
 
D
V
 
V
I
 
V
Y
 
F
P
 
P
Q
 
Q
F
 
F
A
|
A
T
|
T
H
|
H
N
|
N
A
 
A
H
 
Q
T
 
T
L
 
L
A
 
A
A
 
A
I
 
I
Y
 
Y
Q
 
H
I
 
M
A
 
A
G
 
G
H
 
K
N
 
D
Y
 
F
Y
 
H
P
 
V
G
 
G
Q
 
K
Y
 
Y
E
 
E
F
 
F
Q
|
Q
C
|
C
L
|
L
H
 
H
G
 
G
M
 
M
G
 
G
E
 
E
P
 
P
L
 
L
Y
 
Y
D
 
E
Q
 
E
V
 
V
V
 
V
G
 
G
P
 
-
L
 
-
A
 
-
D
 
R
G
 
G
K
 
K
F
 
L
N
 
D
R
 
R
P
 
P
C
 
C
R
 
R
I
 
I
Y
|
Y
A
 
A
P
 
P
V
 
V
G
 
G
T
 
T
H
 
H
E
 
E
T
 
T
L
 
L
L
 
L
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
R
L
 
L
L
 
L
E
|
E
N
 
N
G
 
G
A
 
A
N
 
N
T
 
S
S
 
S
F
 
F
V
 
V
N
 
H
R
 
R
I
 
I
A
 
N
D
 
D
D
 
P
T
 
K
I
 
V
S
 
S
L
 
I
D
 
D
E
 
E
L
 
L
V
 
I
A
 
A
D
 
D
P
 
P
V
 
V
A
 
E
V
 
V
V
 
V
E
 
R
Q
 
A
M
 
M
H
 
P
A
 
-
D
 
-
E
 
-
G
 
-
A
 
V
L
 
V
G
 
G
L
 
A
P
 
K
H
 
H
P
 
D
R
 
R
I
 
I
A
 
A
Q
 
L
P
 
P
R
 
A
T
 
E
L
 
L
Y
 
F
G
 
G
E
 
D
S
 
A
R
 
R
A
 
T
N
 
N
S
 
S
A
 
A
G
 
G
I
 
L
D
 
D
L
 
L
S
 
S
N
 
N
E
 
E
H
 
E
R
 
T
L
 
L
A
 
A
S
 
S
L
 
L
S
 
T
S
 
E
A
 
A
L
 
L
L
 
R
A
 
E
G
 
S
T
 
A
S
 
A
E
 
M
A
 
K
V
 
W
S
 
T
A
 
A
V
 
L
P
 
P
L
 
Q
L
 
L
G
 
A
T
 
T
E
 
G
A
 
P
A
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
E
D
 
T
V
 
R
N
 
T
Q
 
-
P
 
-
A
 
-
P
 
-
V
 
V
R
 
L
N
 
N
P
 
P
S
 
G
D
 
D
Q
 
H
R
 
R
D
 
D
V
 
V
V
 
V
G
 
G
H
 
S
V
 
V
T
 
T
E
 
E
A
 
T
S
 
S
M
 
E
A
 
E
E
 
D
V
 
A
E
 
R
A
 
R
A
 
A
L
 
V
Q
 
R
A
 
L
A
 
A
V
 
A
N
 
D
A
 
A
A
 
A
P
 
P
I
 
D
W
 
W
Q
 
A
A
 
A
T
 
V
P
 
P
A
 
P
D
 
S
V
 
E
R
 
R
A
 
A
A
 
A
A
 
C
L
 
L
E
 
D
R
 
R
A
 
A
A
 
A
E
 
E
L
 
L
M
 
M
E
 
Q
A
 
A
Q
 
R
M
 
M
Q
 
P
S
 
T
L
 
L
M
 
L
G
 
G
I
 
L
I
 
I
V
 
I
R
 
R
E
 
E
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
S
F
 
A
S
 
L
N
 
N
A
 
A
I
 
I
A
 
A
E
 
E
V
 
V
R
 
R
E
 
E
A
 
A
V
 
I
D
 
D
F
 
F
L
 
L
R
 
R
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
A
 
E
Q
 
Q
V
 
T
R
 
R
E
 
R
T
 
T
F
 
L
S
 
G
S
 
P
D
 
G
T
 
-
H
 
H
R
 
G
P
 
P
L
 
L
G
 
G
P
 
P
V
 
I
V
 
V
C
 
C
I
|
I
S
|
S
P
|
P
W
|
W
N
|
N
F
 
F
P
 
P
L
 
L
A
 
A
I
|
I
F
 
F
T
 
T
G
 
G
Q
 
Q
V
 
I
A
 
A
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
V
A
 
A
G
 
G
N
 
N
T
 
P
V
 
V
L
 
L
A
 
A
K
|
K
P
 
P
A
|
A
E
|
E
Q
 
E
T
 
T
P
 
P
L
 
L
I
 
I
A
 
A
A
 
A
Q
 
E
A
 
G
V
 
V
R
 
R
L
 
I
L
 
L
R
 
R
E
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
I
P
 
P
A
 
A
G
 
S
A
 
A
V
 
L
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
P
 
P
G
 
G
R
 
D
G
|
G
E
 
R
T
 
-
V
 
V
G
|
G
A
|
A
A
 
A
L
 
L
V
 
V
G
 
A
D
 
A
A
 
A
R
 
E
V
 
T
K
 
A
G
 
G
V
 
V
M
 
M
F
 
F
T
|
T
G
|
G
S
|
S
T
 
T
E
 
E
V
|
V
A
 
A
R
 
R
L
 
L
L
 
I
Q
 
Q
R
 
A
S
 
Q
V
 
L
A
 
A
G
 
D
R
 
R
L
 
L
D
 
S
A
 
P
A
 
A
G
 
G
R
 
R
P
 
P
V
 
I
P
 
P
L
 
L
I
 
I
A
 
A
E
|
E
T
|
T
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
N
 
N
A
 
A
M
 
M
I
 
I
V
 
V
D
 
D
S
 
S
S
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
E
 
E
Q
 
Q
V
 
V
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
V
 
I
N
 
T
S
 
S
A
 
A
F
 
F
D
 
D
S
 
S
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
R
 
R
C
|
C
S
 
S
A
 
A
L
 
L
R
 
R
V
 
V
L
 
L
C
 
C
L
 
L
Q
 
Q
E
 
E
E
 
D
V
 
V
A
 
A
D
 
D
R
 
R
V
 
I
L
 
L
E
 
T
M
 
M
L
 
L
K
 
K
G
 
G
A
 
A
M
 
L
D
 
H
E
 
E
L
 
L
T
 
H
M
 
I
G
 
G
N
 
R
P
 
T
D
 
D
R
 
R
L
 
L
S
 
S
T
 
V
D
 
D
V
 
V
G
 
G
P
 
P
V
 
V
I
 
I
D
 
T
E
 
S
E
 
E
A
 
A
R
 
K
G
 
D
N
 
N
I
 
I
V
 
E
R
 
K
H
 
H
I
 
I
D
 
E
A
 
R
M
 
M
R
 
R
A
 
G
K
 
L
G
 
G
R
 
R
R
 
K
V
 
V
H
 
E
Q
 
Q
A
 
I
D
 
-
P
 
-
N
 
-
G
 
-
A
 
G
L
 
L
S
 
A
A
 
S
A
 
E
C
 
T
R
 
G
N
 
V
G
 
G
T
 
T
F
 
F
V
 
V
S
 
P
P
 
P
T
 
T
L
 
I
I
 
I
E
 
E
L
 
L
D
 
E
S
 
K
I
 
L
E
 
S
E
 
D
L
 
L
Q
 
Q
R
 
R
E
|
E
V
 
V
F
|
F
G
 
G
P
 
P
V
 
V
L
 
L
H
 
H
V
 
V
V
 
I
R
 
R
Y
 
Y
P
 
R
R
 
R
A
 
D
G
 
D
L
 
L
D
 
D
T
 
R
L
 
L
L
 
V
A
 
D
Q
 
D
I
 
V
N
 
N
G
 
A
T
 
T
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
T
 
T
M
 
F
G
 
G
I
 
L
H
 
H
T
 
T
R
 
R
I
 
L
D
 
D
E
 
E
T
 
T
I
 
I
E
 
A
H
 
H
I
 
V
V
 
T
E
 
S
R
 
R
A
 
I
E
 
K
V
 
A
G
 
G
N
 
N
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
N
 
N
R
 
R
N
 
N
I
 
I
V
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
V
 
V
G
 
G
V
 
V
Q
 
Q
P
 
P
F
|
F
G
 
G
G
 
G
E
 
R
G
 
G
L
 
L
S
 
S
G
 
G
T
 
T
G
 
G
P
 
P
K
 
K
A
 
A
G
 
G
G
 
G
P
 
P
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
H
 
G
R
 
R
L
 
L
L
 
V
S
 
T
V
 
T
C
 
A
P
 
P
L
 
V
D
 
P
A
 
P
V
 
Q
A
 
H
R
 
S
V
 
S
V
 
V
R
 
-
A
 
-
S
 
-
D
 
-
T
 
-
V
 
-
G
 
-
G
 
-
A
 
-
D
 
-
E
 
H
T
 
T
G
 
D
P
 
P
V
 
V
R
 
-
R
 
-
T
 
-
L
 
-
T
 
-
E
 
-
T
 
-
L
 
L
A
 
L
T
 
D
L
 
F
K
 
A
E
 
K
W
 
W
A
 
L
Q
 
D
R
 
G
E
 
K
S
 
G
A
 
A
A
 
R
L
 
A
P
 
-
G
 
-
L
 
E
V
 
A
A
 
E
A
 
A
C
 
A
E
 
R
R
 
N
F
 
A
A
 
G
A
 
S
A
 
S
S
 
S
A
 
A
A
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
D
V
 
L
T
 
E
L
 
L
P
 
P
G
 
G
P
 
P
T
 
V
G
 
G
E
 
E
R
 
R
N
 
N
T
 
L
Y
 
Y
T
 
T
L
 
L
L
 
H
P
 
A
R
 
R
A
 
G
A
 
R
V
 
I
L
 
L
C
 
L
L
 
V
A
 
P
Q
 
A
Q
 
T
E
 
E
T
 
S
D
 
G
L
 
L
A
 
Y
V
 
H
Q
 
Q
L
 
L
A
 
A
A
 
A
V
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
T
G
 
G
S
 
N
Q
 
S
A
 
V
V
 
A
W
 
I
V
 
D
E
 
A
S
 
A
P
 
S
M
 
G
A
 
L
R
 
Q
A
 
A
L
 
S
F
 
L
A
 
K
R
 
N
L
 
L
P
 
P
K
 
Q
A
 
T
V
 
V
Q
 
G
S
 
L
R
 
R
V
 
V
R
 
S
L
 
W
V
 
S
A
 
K
D
 
D
W
 
W
S
 
A
A
 
A
G
 
-
D
 
D
T
 
G
G
 
P
F
 
F
D
 
A
A
 
G
V
 
A
L
 
L
H
 
V
H
 
E
G
 
G
D
 
D
S
 
A
D
 
E
Q
 
R
L
 
I
R
 
R
A
 
A
V
 
V
C
 
N
E
 
K
Q
 
A
L
 
I
A
 
A
T
 
A
R
 
L
P
 
P
G
 
G
P
 
P
I
 
L
I
 
L
S
 
L
V
 
V
Q
 
Q
G
 
A
L
 
A
A
 
S
H
 
S
G
 
G
E
 
E
-
 
I
-
 
A
-
 
R
-
 
N
P
 
P
N
 
D
I
 
A
A
 
Y
I
 
C
E
 
L
R
 
N
L
 
W
L
 
L
I
 
V
E
 
E
R
 
E
-
 
V
S
 
S
L
 
A
S
 
S
V
 
I
N
 
N
T
 
T
A
 
A
A
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
N
 
N
A
 
A
S
 
S
L
 
L
M
 
M
T
 
A
I
 
I
G
|
G

7my9A Structure of proline utilization a with 1,3-dithiolane-2-carboxylate bound in the proline dehydrogenase active site (see paper)
62% identity, 94% coverage: 81:1333/1333 of query aligns to 4:1216/1216 of 7my9A

query
sites
7my9A
P
 
P
F
 
F
L
 
A
E
 
D
F
 
F
A
 
A
Q
 
P
S
 
P
V
 
V
Q
 
R
P
 
P
Q
 
Q
S
 
S
V
 
T
L
 
L
R
 
R
A
 
R
A
 
A
I
 
I
T
 
T
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
R
 
R
P
 
P
E
 
E
S
 
T
E
 
E
C
 
C
V
 
L
P
 
P
V
 
P
L
 
L
L
 
V
E
 
E
Q
 
A
A
 
A
R
 
T
L
 
Q
P
 
S
H
 
K
Q
 
E
Q
 
I
A
 
R
E
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
A
A
 
S
M
 
T
A
 
A
R
 
R
T
 
K
L
 
L
A
 
I
T
 
E
R
 
A
L
 
L
R
 
R
E
 
G
R
 
K
K
 
H
V
 
S
G
 
G
T
 
S
G
 
G
R
 
-
E
 
-
G
 
-
L
 
-
V
 
V
Q
 
E
G
 
G
L
 
L
I
 
V
Q
 
Q
E
 
E
F
 
Y
S
 
S
L
 
L
S
 
S
S
 
S
Q
 
Q
E
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
A
L
 
L
M
 
M
C
 
C
L
 
L
A
 
A
E
 
E
A
 
A
L
 
L
L
 
L
R
 
R
I
 
I
P
 
P
D
 
D
K
 
T
A
 
A
T
 
T
R
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
L
I
 
I
R
 
R
D
 
D
K
 
K
I
 
I
S
 
A
G
 
D
A
 
G
N
 
N
W
 
W
Q
 
K
S
 
S
H
 
H
L
 
R
G
 
-
Q
 
-
S
 
-
P
 
-
S
 
S
V
 
L
F
 
F
V
 
V
N
 
N
A
 
A
A
 
A
T
 
T
W
 
W
G
 
G
L
 
L
L
 
V
F
 
V
T
 
T
G
 
G
K
 
K
L
 
L
V
 
T
A
 
S
T
 
T
H
 
V
T
 
N
E
 
D
A
 
R
G
 
S
L
 
L
S
 
A
K
 
A
A
 
A
L
 
L
T
 
T
R
 
R
I
 
L
I
 
I
G
 
S
K
 
R
G
 
C
G
 
G
E
 
E
P
 
P
L
 
V
I
 
I
R
 
R
K
 
R
G
 
G
V
 
V
D
 
D
M
 
M
A
 
A
M
 
M
R
 
R
L
 
M
M
 
M
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
F
 
F
V
 
V
T
 
T
G
 
G
E
 
E
T
 
T
I
 
I
S
 
R
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
K
N
 
R
A
 
S
R
 
K
K
 
E
Y
 
L
E
 
E
A
 
E
E
 
K
G
 
G
F
 
F
R
 
S
Y
 
Y
S
 
S
Y
 
Y
D
 
D
M
 
M
L
 
L
G
 
G
E
 
E
A
 
A
A
 
A
M
 
T
T
 
T
E
 
A
A
 
A
D
 
D
A
 
A
Q
 
E
R
 
R
Y
 
Y
L
 
Y
A
 
R
S
 
D
Y
 
Y
E
 
E
Q
 
S
A
 
A
I
 
I
N
 
H
A
 
A
I
 
I
G
 
G
Q
 
K
A
 
A
S
 
S
R
 
A
G
 
G
R
 
R
G
 
G
I
 
I
Y
 
Y
E
 
E
G
 
G
P
 
P
G
 
G
I
 
I
S
 
S
I
 
I
K
 
K
L
 
L
S
 
S
A
 
A
L
 
L
H
 
H
P
 
P
R
 
R
Y
 
Y
S
 
S
R
 
R
A
 
A
Q
 
Q
H
 
A
E
 
A
R
 
R
V
 
V
I
 
M
G
 
G
E
 
E
L
 
L
Y
 
L
G
 
P
R
 
R
L
 
V
K
 
K
S
 
A
L
 
L
T
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
R
 
K
Q
 
N
Y
 
Y
D
 
D
I
 
I
G
 
G
I
 
L
N
 
N
I
 
I
D
|
D
A
|
A
E
 
E
E
 
E
A
 
A
D
 
D
R
 
R
L
 
L
E
 
E
I
 
L
S
 
S
L
 
L
D
 
D
L
 
L
L
 
L
E
 
E
R
 
V
L
 
L
C
 
C
F
 
L
E
 
D
P
 
G
E
 
D
L
 
L
A
 
S
G
 
G
W
 
W
N
 
N
G
 
G
I
 
M
G
 
G
F
 
F
V
|
V
V
 
V
Q
|
Q
G
 
A
Y
 
Y
Q
 
G
K
 
K
R
 
R
C
 
C
P
 
P
F
 
F
V
 
V
I
 
L
D
 
D
Y
 
F
L
 
I
I
 
I
D
 
D
L
 
L
A
 
A
R
 
R
R
 
R
S
 
S
R
 
G
H
 
R
R
 
R
L
 
I
M
 
M
I
 
V
R
|
R
L
 
L
V
|
V
K
|
K
G
|
G
A
|
A
Y
|
Y
W
|
W
D
 
D
S
 
A
E
 
E
I
 
I
K
 
K
R
 
R
A
 
A
Q
 
Q
V
 
L
D
 
D
G
 
G
L
 
L
E
 
A
G
 
D
Y
 
F
P
 
P
V
 
V
Y
x
F
T
|
T
R
|
R
K
|
K
V
 
I
Y
 
H
T
|
T
D
 
D
V
 
V
S
 
S
Y
 
Y
V
 
I
A
 
A
C
 
C
A
 
A
R
 
A
K
 
K
L
 
L
L
 
L
S
 
A
V
 
A
P
 
T
D
 
D
V
 
V
I
 
V
Y
 
F
P
 
P
Q
 
Q
F
 
F
A
|
A
T
|
T
H
|
H
N
|
N
A
 
A
H
 
Q
T
 
T
L
 
L
A
 
A
A
 
A
I
 
I
Y
 
Y
Q
 
H
I
 
M
A
 
A
G
 
G
H
 
K
N
 
D
Y
 
F
Y
 
H
P
 
V
G
 
G
Q
 
K
Y
 
Y
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
C
|
C
L
|
L
H
 
H
G
 
G
M
 
M
G
 
G
E
 
E
P
 
P
L
 
L
Y
 
Y
D
 
E
Q
 
E
V
 
V
V
 
V
G
 
G
P
 
-
L
 
-
A
 
-
D
 
R
G
 
G
K
 
K
F
 
L
N
 
D
R
 
R
P
 
P
C
 
C
R
 
R
I
 
I
Y
|
Y
A
 
A
P
 
P
V
 
V
G
 
G
T
 
T
H
 
H
E
 
E
T
 
T
L
 
L
L
 
L
A
 
A
Y
|
Y
L
 
L
V
 
V
R
|
R
R
|
R
L
 
L
L
 
L
E
|
E
N
 
N
G
 
G
A
 
A
N
 
N
T
 
S
S
|
S
F
|
F
V
 
V
N
 
H
R
 
R
I
 
I
A
 
N
D
 
D
D
 
P
T
 
K
I
 
V
S
 
S
L
 
I
D
 
D
E
 
E
L
 
L
V
 
I
A
 
A
D
 
D
P
 
P
V
 
V
A
 
E
V
 
V
V
 
V
E
 
R
Q
 
A
M
 
M
H
 
P
A
 
-
D
 
-
E
 
-
G
 
-
A
 
V
L
 
V
G
 
G
L
 
A
P
 
K
H
 
H
P
 
D
R
 
R
I
 
I
A
 
A
Q
 
L
P
 
P
R
 
A
T
 
E
L
 
L
Y
 
F
G
 
G
E
 
D
S
 
A
R
 
R
A
 
T
N
 
N
S
 
S
A
 
A
G
 
G
I
 
L
D
 
D
L
 
L
S
 
S
N
 
N
E
 
E
H
 
E
R
 
T
L
 
L
A
 
A
S
 
S
L
 
L
S
 
T
S
 
E
A
 
A
L
 
L
L
 
R
A
 
E
G
 
S
T
 
A
S
 
A
E
 
M
A
 
K
V
 
W
S
 
T
A
 
A
V
 
L
P
 
P
L
 
Q
L
 
L
G
 
A
T
 
T
E
 
G
A
 
P
A
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
E
D
 
T
V
 
R
N
 
T
Q
 
-
P
 
-
A
 
-
P
 
-
V
 
V
R
 
L
N
 
N
P
 
P
S
 
G
D
 
D
Q
 
H
R
 
R
D
 
D
V
 
V
V
 
V
G
 
G
H
 
S
V
 
V
T
 
T
E
 
E
A
 
T
S
 
S
M
 
E
A
 
E
E
 
D
V
 
A
E
 
R
A
 
R
A
 
A
L
 
V
Q
 
R
A
 
L
A
 
A
V
 
A
N
 
D
A