SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing RR42_RS23490 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS23490 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1krhA X-ray structure of benzoate dioxygenase reductase (see paper)
65% identity, 99% coverage: 3:336/339 of query aligns to 3:337/337 of 1krhA

query
sites
1krhA
Y
 
H
N
 
Q
I
 
V
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
F
 
F
E
 
E
D
 
D
G
 
G
V
 
V
T
 
T
R
 
R
F
 
F
I
 
I
T
 
C
C
 
I
T
 
A
A
 
Q
N
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
L
S
 
S
D
 
D
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
Q
Q
 
Q
I
 
I
N
 
N
I
 
I
P
 
P
L
x
M
D
|
D
C
|
C
R
|
R
D
 
E
G
|
G
A
 
E
C
|
C
G
|
G
T
 
T
C
|
C
R
 
R
G
 
A
L
 
F
C
 
C
E
 
E
S
 
S
G
 
G
E
 
N
Y
 
Y
D
 
D
L
 
M
P
 
P
A
 
E
S
 
D
S
 
N
Y
 
Y
I
 
I
E
 
E
D
 
D
A
 
A
L
 
L
T
 
T
P
 
P
E
 
E
E
 
E
A
 
A
A
 
Q
K
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
L
 
L
A
 
A
C
|
C
Q
 
Q
T
 
C
R
 
R
P
 
P
R
 
T
S
 
S
D
 
D
C
 
A
V
 
V
I
 
F
K
 
Q
V
 
I
P
 
Q
A
 
A
S
 
S
S
 
S
A
 
E
A
 
V
C
 
C
K
 
K
T
 
T
G
 
K
V
 
I
T
 
H
R
 
H
Y
 
F
Q
 
E
G
 
G
K
 
T
L
 
L
A
 
A
A
 
R
V
 
V
D
 
E
K
 
N
L
 
L
S
 
S
D
 
D
S
 
S
T
 
T
I
 
I
G
 
T
F
 
F
S
 
D
I
 
I
D
 
Q
L
 
L
G
 
D
E
 
D
A
 
G
A
 
Q
A
 
P
P
 
D
T
 
I
-
 
H
F
 
F
L
 
L
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
Y
|
Y
V
 
V
N
 
N
V
 
V
D
 
T
I
 
L
P
 
P
G
 
G
T
 
T
G
 
T
L
 
E
T
 
T
R
|
R
S
|
S
Y
|
Y
S
|
S
F
 
F
S
 
S
S
 
S
A
 
Q
P
 
P
G
 
G
A
 
N
A
 
R
R
 
L
T
 
T
S
 
G
F
 
F
V
|
V
V
|
V
R
 
R
N
 
N
V
 
V
P
 
P
N
 
Q
G
|
G
R
x
K
M
|
M
S
|
S
E
 
E
F
 
Y
L
 
L
S
 
S
N
 
V
E
 
Q
A
 
A
L
 
K
P
 
A
G
 
G
Q
 
D
P
 
K
I
 
M
S
 
S
F
 
F
A
 
T
G
 
G
P
 
P
Y
 
F
G
 
G
S
 
S
F
 
F
Y
 
Y
L
 
L
R
 
R
E
 
D
V
 
V
A
 
K
R
 
R
P
 
P
V
 
V
L
 
L
F
 
M
L
 
L
A
 
A
G
 
G
G
 
G
T
|
T
G
 
G
I
 
I
A
 
A
P
 
P
F
 
F
L
 
L
S
 
S
M
 
M
L
 
L
D
 
Q
V
 
V
L
 
L
A
 
E
A
 
Q
N
 
K
G
 
G
S
 
S
P
 
E
H
 
H
P
 
P
I
 
V
R
 
R
L
 
L
V
 
V
Y
 
F
G
 
G
V
 
V
T
 
T
H
 
Q
E
 
D
I
 
C
D
 
D
L
 
L
V
 
V
A
 
A
L
 
L
A
 
E
Q
 
Q
L
 
L
D
 
D
R
 
A
A
 
L
K
 
Q
D
 
Q
Q
 
K
L
 
L
A
 
P
G
 
W
F
 
F
E
 
E
Y
 
Y
R
 
R
T
 
T
C
 
V
V
 
V
L
 
A
D
 
H
P
 
A
V
 
E
S
 
S
N
 
Q
E
 
H
T
 
E
R
 
R
K
 
K
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
T
 
T
Q
 
G
H
 
H
V
 
I
E
 
E
R
 
Y
D
 
D
W
 
W
L
 
L
N
 
N
G
 
G
G
 
G
D
 
E
V
 
V
D
 
D
I
 
V
Y
 
Y
L
 
L
C
|
C
G
 
G
P
 
P
V
 
V
A
 
P
M
 
M
V
 
V
D
 
E
A
 
A
V
 
V
R
 
R
A
 
S
W
 
W
L
 
L
Q
 
D
D
 
T
A
 
Q
G
 
G
V
 
I
T
 
Q
P
 
P
A
 
A
S
 
N
F
 
F
H
 
L
Y
 
F
E
|
E
K
 
K
F
|
F
S
|
S
A
|
A
S
x
N

Q03304 Toluene-4-monooxygenase system, ferredoxin--NAD(+) reductase component; T4MO; Ferredoxin--NAD(+) reductase; Toluene-4-monooxygenase systme, electron transfer component; EC 1.18.1.3 from Pseudomonas mendocina (see paper)
31% identity, 95% coverage: 11:333/339 of query aligns to 7:325/326 of Q03304

query
sites
Q03304
D
 
D
G
 
D
V
 
L
T
 
L
R
 
H
F
 
H
I
 
F
T
 
E
C
 
A
T
 
D
A
 
S
N
 
N
E
 
D
T
 
T
L
 
L
S
 
L
D
 
S
A
 
A
A
 
A
Y
 
L
R
 
R
Q
 
A
Q
 
E
I
 
L
N
 
V
I
 
F
P
 
P
L
 
Y
D
 
E
C
|
C
R
 
N
D
 
S
G
 
G
A
 
G
C
|
C
G
 
G
T
 
A
C
|
C
R
 
K
G
 
I
L
 
E
C
 
L
E
 
L
S
 
E
G
 
G
E
 
E
Y
 
-
D
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
V
S
 
S
S
 
N
Y
 
L
I
 
W
E
 
P
D
 
D
A
 
A
-
 
P
-
 
G
L
 
L
T
 
A
P
 
A
E
 
R
E
 
E
A
 
L
A
 
R
K
 
K
G
 
N
Y
 
R
V
 
F
L
 
L
A
 
A
C
|
C
Q
 
Q
T
 
C
R
 
K
P
 
P
R
 
L
S
 
S
D
 
D
C
 
L
V
 
K
I
 
I
K
 
K
V
 
V
-
 
I
P
 
N
A
 
R
S
 
A
S
 
E
A
 
G
A
 
R
C
 
A
K
 
S
T
 
H
G
 
P
V
 
P
T
 
K
R
 
R
Y
 
F
Q
 
S
G
 
T
K
 
R
L
 
V
A
 
V
A
 
S
V
 
K
D
 
R
K
 
F
L
 
L
S
 
S
D
 
D
S
 
E
T
 
M
I
 
-
G
 
-
F
 
F
S
 
E
I
 
L
D
 
R
L
 
L
G
 
E
E
 
A
A
 
E
A
 
Q
A
 
K
P
 
V
T
 
V
F
 
F
L
 
S
A
 
P
G
 
G
Q
 
Q
Y
 
Y
V
 
F
N
 
M
V
 
V
D
 
D
I
 
V
P
 
P
G
 
E
T
 
L
G
 
G
L
 
-
T
 
T
R
|
R
S
x
A
Y
|
Y
S
|
S
F
 
A
S
 
A
S
 
N
A
 
P
P
 
V
G
 
D
A
 
G
A
 
N
R
 
T
T
 
L
S
 
T
F
 
L
V
x
I
V
|
V
R
x
K
N
 
A
V
 
V
P
 
P
N
 
N
G
 
G
R
x
K
M
x
V
S
|
S
E
 
C
F
 
A
L
 
L
S
 
A
N
 
N
E
 
E
A
 
T
L
 
I
P
 
-
G
 
-
Q
 
E
P
 
T
I
 
L
S
 
Q
F
 
L
A
 
D
G
 
G
P
 
P
Y
 
Y
G
 
G
S
 
L
F
 
S
Y
 
V
L
 
L
R
 
K
E
 
T
V
 
A
A
 
D
R
 
E
-
 
T
P
 
Q
V
 
S
L
 
V
F
 
F
L
 
I
A
 
A
G
 
G
G
 
G
T
 
S
G
 
G
I
 
I
A
 
A
P
 
P
F
 
M
L
 
V
S
 
S
M
 
M
L
 
V
D
 
N
V
 
T
L
 
L
A
 
I
A
 
A
N
 
Q
G
 
G
S
 
Y
P
 
E
H
 
K
P
 
P
I
 
I
R
 
T
L
 
V
V
 
F
Y
 
Y
G
 
G
V
 
S
T
 
R
H
 
L
E
 
E
I
 
A
D
 
E
L
 
L
V
 
E
A
 
A
L
 
A
A
 
E
Q
 
T
L
 
L
D
 
F
R
 
G
A
 
W
K
 
K
D
 
E
Q
 
N
L
 
L
A
 
K
G
 
L
F
 
I
E
 
N
Y
 
V
R
 
S
T
 
S
C
 
S
V
 
V
L
 
V
D
 
G
P
 
N
V
 
S
S
 
E
N
 
K
E
 
K
T
 
Y
R
 
P
K
 
T
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
T
 
H
Q
 
E
H
 
I
V
 
I
E
 
P
R
 
E
D
 
Y
W
 
M
L
 
E
N
 
G
G
 
L
G
 
L
D
 
G
V
 
A
D
 
E
I
 
F
Y
 
Y
L
 
L
C
 
C
G
 
G
P
 
P
V
 
P
A
 
Q
M
 
M
V
 
I
D
 
N
A
 
S
V
 
V
R
 
Q
A
 
K
W
 
L
L
 
L
Q
 
M
D
 
I
A
 
E
G
 
N
V
 
K
T
 
V
P
 
P
-
 
F
A
 
E
S
 
A
F
 
I
H
 
H
Y
 
F
E
 
D
K
 
R
F
 
F

4wqmA Structure of the toluene 4-monooxygenase nadh oxidoreductase t4mof, k270s k271s variant (see paper)
31% identity, 95% coverage: 11:333/339 of query aligns to 7:325/326 of 4wqmA

query
sites
4wqmA
D
 
D
G
 
D
V
 
L
T
 
L
R
 
H
F
 
H
I
 
F
T
 
E
C
 
A
T
 
D
A
 
S
N
 
N
E
 
D
T
 
T
L
 
L
S
 
L
D
 
S
A
 
A
A
 
A
Y
 
L
R
 
R
Q
 
A
Q
 
E
I
 
L
N
 
V
I
 
F
P
 
P
L
x
Y
D
 
E
C
|
C
R
x
N
D
x
S
G
|
G
A
 
G
C
|
C
G
|
G
T
 
A
C
|
C
R
 
K
G
 
I
L
 
E
C
 
L
E
 
L
S
 
E
G
 
G
E
 
E
Y
 
-
D
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
V
S
 
S
S
 
N
Y
 
L
I
x
W
E
 
P
D
 
D
A
 
A
-
 
P
-
 
G
L
 
L
T
 
A
P
 
A
E
 
R
E
 
E
A
 
L
A
 
R
K
 
K
G
 
N
Y
 
R
V
 
F
L
 
L
A
 
A
C
|
C
Q
 
Q
T
 
C
R
 
K
P
 
P
R
 
L
S
 
S
D
 
D
C
 
L
V
 
K
I
 
I
K
 
K
V
 
V
-
 
I
P
 
N
A
 
R
S
 
A
S
 
E
A
 
G
A
 
R
C
 
A
K
 
S
T
 
H
G
 
P
V
 
P
T
 
K
R
 
R
Y
 
F
Q
 
S
G
 
T
K
 
R
L
 
V
A
 
V
A
 
S
V
 
K
D
 
R
K
 
F
L
 
L
S
 
S
D
 
D
S
 
E
T
 
M
I
 
-
G
 
-
F
 
F
S
 
E
I
 
L
D
 
R
L
 
L
G
 
E
E
 
A
A
 
E
A
 
Q
A
 
K
P
 
V
T
 
V
F
 
F
L
 
S
A
 
P
G
 
G
Q
 
Q
Y
|
Y
V
 
F
N
 
M
V
 
V
D
 
D
I
 
V
P
 
P
G
 
E
T
 
L
G
 
G
L
 
-
T
 
T
R
|
R
S
x
A
Y
|
Y
S
|
S
F
 
A
S
 
A
S
 
N
A
 
P
P
 
V
G
 
D
A
 
G
A
 
N
R
 
T
T
 
L
S
 
T
F
 
L
V
x
I
V
|
V
R
 
K
N
 
A
V
 
V
P
 
P
N
 
N
G
|
G
R
x
K
M
x
V
S
|
S
E
 
C
F
 
A
L
 
L
S
 
A
N
 
N
E
 
E
A
 
T
L
 
I
P
 
-
G
 
-
Q
 
E
P
 
T
I
 
L
S
 
Q
F
 
L
A
 
D
G
 
G
P
 
P
Y
 
Y
G
 
G
S
 
L
F
 
S
Y
 
V
L
 
L
R
 
K
E
 
T
V
 
A
A
 
D
R
 
E
-
 
T
P
 
Q
V
 
S
L
 
V
F
 
F
L
 
I
A
 
A
G
 
G
G
 
G
T
x
S
G
 
G
I
 
I
A
 
A
P
 
P
F
 
M
L
 
V
S
 
S
M
 
M
L
 
V
D
 
N
V
 
T
L
 
L
A
 
I
A
 
A
N
 
Q
G
 
G
S
 
Y
P
 
E
H
 
K
P
 
P
I
 
I
R
 
T
L
 
V
V
 
F
Y
 
Y
G
 
G
V
 
S
T
 
R
H
 
L
E
 
E
I
 
A
D
 
E
L
 
L
V
 
E
A
 
A
L
 
A
A
 
E
Q
 
T
L
 
L
D
 
F
R
 
G
A
 
W
K
 
K
D
 
E
Q
 
N
L
 
L
A
 
K
G
 
L
F
 
I
E
 
N
Y
 
V
R
 
S
T
 
S
C
 
S
V
 
V
L
 
V
D
 
G
P
 
N
V
 
S
S
 
E
N
 
S
E
 
S
T
 
Y
R
 
P
K
 
T
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
T
 
H
Q
 
E
H
 
I
V
 
I
E
 
P
R
 
E
D
 
Y
W
 
M
L
 
E
N
 
G
G
 
L
G
 
L
D
 
G
V
 
A
D
 
E
I
 
F
Y
 
Y
L
 
L
C
 
C
G
 
G
P
 
P
V
 
P
A
 
Q
M
 
M
V
 
I
D
 
N
A
 
S
V
 
V
R
 
Q
A
 
K
W
 
L
L
 
L
Q
 
M
D
 
I
A
 
E
G
 
N
V
 
K
T
 
V
P
 
P
-
 
F
A
 
E
S
 
A
F
 
I
H
 
H
Y
 
F
E
 
D
K
 
R
F
|
F

P0DPQ8 Aromatic O-demethylase, reductase subunit; NADH--hemoprotein reductase; EC 1.6.2.- from Amycolatopsis sp. (strain ATCC 39116 / 75iv2) (see paper)
29% identity, 95% coverage: 15:337/339 of query aligns to 10:334/334 of P0DPQ8

query
sites
P0DPQ8
R
 
R
F
 
R
I
 
V
T
 
D
C
 
C
T
 
E
A
 
P
N
 
G
E
 
Q
T
 
T
L
 
L
S
 
L
D
 
E
A
 
A
A
 
F
Y
 
L
R
 
R
Q
 
G
Q
 
G
I
 
V
N
 
W
I
 
M
P
 
P
L
 
N
D
 
S
C
|
C
R
 
N
D
 
Q
G
 
G
A
 
T
C
|
C
G
 
G
T
 
T
C
|
C
R
 
K
G
 
L
L
 
Q
C
 
V
E
 
L
S
 
S
G
 
G
E
 
E
Y
 
V
D
 
D
L
 
H
P
 
G
A
 
G
S
 
A
S
 
P
Y
 
-
I
 
-
E
 
E
D
 
D
A
 
T
L
 
L
T
 
S
P
 
A
E
 
E
E
 
E
A
 
R
A
 
A
K
 
S
G
 
G
Y
 
L
V
 
A
L
 
L
A
 
A
C
|
C
Q
 
Q
T
 
A
R
 
R
P
 
P
R
 
L
S
 
A
D
 
D
C
 
T
V
 
E
I
 
V
K
 
R
V
 
S
P
 
T
A
 
A
S
 
D
S
 
A
A
 
G
A
 
R
C
 
V
K
 
T
T
 
H
G
 
P
V
 
L
T
 
R
R
 
D
Y
 
L
Q
 
T
G
 
A
K
 
T
L
 
V
A
 
L
A
 
E
V
 
V
D
 
A
K
 
D
L
 
I
S
 
A
D
 
R
S
 
D
T
 
T
I
 
R
G
 
R
F
 
V
S
 
L
I
 
L
D
 
G
L
 
L
G
 
A
E
 
E
A
 
P
A
 
L
A
 
A
P
 
-
T
 
-
F
 
F
L
 
E
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
Y
 
Y
V
 
V
N
 
E
V
 
L
D
 
V
I
 
V
P
 
P
G
 
G
T
 
S
G
 
G
L
 
A
T
 
R
R
|
R
S
x
Q
Y
|
Y
S
|
S
F
 
L
S
 
A
S
 
N
A
 
T
P
 
A
G
 
D
A
 
E
A
 
D
R
 
K
T
 
V
-
 
L
S
 
E
F
 
L
V
x
H
V
|
V
R
|
R
N
 
R
V
 
V
P
 
P
N
 
G
G
 
G
R
x
V
M
x
A
S
x
T
E
 
D
-
 
G
F
 
W
L
 
L
S
 
F
N
 
D
E
 
G
A
 
L
L
 
A
P
 
A
G
 
G
Q
 
D
P
 
R
I
 
V
S
 
E
F
 
A
A
 
T
G
 
G
P
 
P
Y
 
L
G
 
G
S
 
D
F
 
F
Y
 
H
L
 
L
-
 
P
-
 
P
-
 
P
-
 
D
R
 
E
E
 
D
V
 
D
A
 
G
R
 
G
P
 
P
V
 
M
L
 
V
F
 
L
L
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
T
|
T
G
 
G
I
 
L
A
 
A
P
 
P
F
 
L
L
 
V
S
 
G
M
 
I
L
 
A
D
 
R
V
 
T
L
 
A
A
 
L
A
 
A
N
 
R
G
 
H
S
 
P
P
 
S
H
 
R
P
 
E
I
 
V
R
 
L
L
 
L
V
 
Y
Y
 
H
G
 
G
V
 
V
T
 
R
H
 
G
E
 
A
I
 
A
D
 
D
L
 
L
V
 
Y
A
 
D
L
 
L
A
 
G
Q
 
R
L
 
F
D
 
A
R
 
E
A
 
I
K
 
A
D
 
E
Q
 
E
L
 
H
A
 
P
G
 
G
F
 
F
E
 
R
Y
 
F
R
 
V
T
 
P
C
 
V
V
 
L
L
 
S
D
 
D
P
 
E
V
 
P
S
 
D
N
 
P
E
 
A
T
 
Y
R
 
R
K
 
G
G
 
G
Y
 
F
V
 
P
T
 
T
Q
 
D
H
 
A
V
 
F
E
 
V
R
 
E
D
 
D
W
 
V
L
 
P
N
 
S
G
 
G
G
 
R
D
 
G
V
 
W
D
 
S
I
 
G
Y
 
W
L
 
L
C
 
C
G
 
G
P
 
P
V
 
P
A
 
A
M
 
M
V
 
V
D
 
E
A
 
A
V
 
G
R
 
V
A
 
K
W
 
A
L
 
F
Q
 
K
D
 
R
A
 
R
G
 
R
V
 
M
T
 
S
P
 
P
A
 
R
S
 
R
F
 
I
H
 
H
Y
 
R
E
 
E
K
 
K
F
|
F
S
 
T
A
 
P
S
 
A
N
x
S

5ogxA Crystal structure of amycolatopsis cytochrome p450 reductase gcob. (see paper)
29% identity, 95% coverage: 15:337/339 of query aligns to 9:333/333 of 5ogxA

query
sites
5ogxA
R
 
R
F
 
R
I
 
V
T
 
D
C
 
C
T
 
E
A
 
P
N
 
G
E
 
Q
T
 
T
L
 
L
S
 
L
D
 
E
A
 
A
A
 
F
Y
 
L
R
 
R
Q
 
G
Q
 
G
I
 
V
N
 
W
I
 
M
P
 
P
L
 
N
D
 
S
C
|
C
R
x
N
D
 
Q
G
|
G
A
 
T
C
|
C
G
|
G
T
 
T
C
|
C
R
 
K
G
 
L
L
 
Q
C
 
V
E
 
L
S
 
S
G
 
G
E
 
E
Y
 
V
D
 
D
L
 
H
P
 
G
A
 
G
S
 
A
S
 
P
Y
 
-
I
 
-
E
 
E
D
 
D
A
 
T
L
 
L
T
 
S
P
 
A
E
 
E
E
 
E
A
 
R
A
 
A
K
 
S
G
 
G
Y
 
L
V
 
A
L
 
L
A
 
A
C
|
C
Q
 
Q
T
 
A
R
 
R
P
 
P
R
 
L
S
 
A
D
 
D
C
 
T
V
 
E
I
 
V
K
 
R
V
 
S
P
 
T
A
 
A
S
 
D
S
 
A
A
 
G
A
 
R
C
 
V
K
 
T
T
 
H
G
 
P
V
 
L
T
 
R
R
 
D
Y
 
L
Q
 
T
G
 
A
K
 
T
L
 
V
A
 
L
A
 
E
V
 
V
D
 
A
K
 
D
L
 
I
S
 
A
D
 
R
S
 
D
T
 
T
I
 
R
G
 
R
F
 
V
S
 
L
I
 
L
D
 
G
L
 
L
G
 
A
E
 
E
A
 
P
A
 
L
A
 
A
P
 
-
T
 
-
F
 
F
L
 
E
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
Y
|
Y
V
 
V
N
 
E
V
 
L
D
 
V
I
 
V
P
 
P
G
 
G
T
 
S
G
 
G
L
 
A
T
 
R
R
|
R
S
x
Q
Y
|
Y
S
|
S
F
 
L
S
 
A
S
 
N
A
 
T
P
 
A
G
 
D
A
 
E
A
 
D
R
 
K
T
 
V
-
 
L
S
 
E
F
 
L
V
x
H
V
|
V
R
 
R
N
 
R
V
|
V
P
 
P
N
 
G
G
|
G
R
x
V
M
x
A
S
x
T
E
 
D
-
 
G
F
 
W
L
 
L
S
 
F
N
 
D
E
 
G
A
 
L
L
 
A
P
 
A
G
 
G
Q
 
D
P
 
R
I
 
V
S
 
E
F
 
A
A
 
T
G
 
G
P
 
P
Y
 
L
G
 
G
S
 
D
F
 
F
Y
 
H
L
 
L
-
 
P
-
 
P
-
 
P
-
 
D
R
 
E
E
 
D
V
 
D
A
 
G
R
 
G
P
 
P
V
 
M
L
 
V
F
 
L
L
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
T
|
T
G
 
G
I
 
L
A
 
A
P
 
P
F
 
L
L
 
V
S
 
G
M
 
I
L
 
A
D
 
R
V
 
T
L
 
A
A
 
L
A
 
A
N
 
R
G
 
H
S
 
P
P
 
S
H
 
R
P
 
E
I
 
V
R
 
L
L
 
L
V
 
Y
Y
 
H
G
 
G
V
 
V
T
 
R
H
 
G
E
 
A
I
 
A
D
 
D
L
 
L
V
 
Y
A
 
D
L
 
L
A
 
G
Q
 
R
L
 
F
D
 
A
R
 
E
A
 
I
K
 
A
D
 
E
Q
 
E
L
 
H
A
 
P
G
 
G
F
 
F
E
 
R
Y
 
F
R
 
V
T
 
P
C
 
V
V
 
L
L
 
S
D
 
D
P
 
E
V
 
P
S
 
D
N
 
P
E
 
A
T
 
Y
R
 
R
K
 
G
G
 
G
Y
 
F
V
 
P
T
 
T
Q
 
D
H
 
A
V
 
F
E
 
V
R
 
E
D
 
D
W
 
V
L
 
P
N
 
S
G
 
G
G
 
R
D
 
G
V
 
W
D
 
S
I
 
G
Y
 
W
L
 
L
C
 
C
G
 
G
P
 
P
V
 
P
A
 
A
M
 
M
V
 
V
D
 
E
A
 
A
V
 
G
R
 
V
A
 
K
W
 
A
L
 
F
Q
 
K
D
 
R
A
 
R
G
 
R
V
 
M
T
 
S
P
 
P
A
 
R
S
 
R
F
 
I
H
 
H
Y
 
R
E
 
E
K
 
K
F
|
F
S
 
T
A
x
P
S
 
A
N
x
S

1tvcA Fad and nadh binding domain of methane monooxygenase reductase from methylococcus capsulatus (bath) (see paper)
32% identity, 69% coverage: 105:339/339 of query aligns to 8:250/250 of 1tvcA

query
sites
1tvcA
V
 
V
T
 
G
R
 
S
Y
 
F
Q
 
E
G
 
A
K
 
E
L
 
V
A
 
V
A
 
G
V
 
L
D
 
N
K
 
W
L
 
V
S
 
S
D
 
S
S
x
N
T
 
T
I
 
V
G
 
Q
F
 
F
S
 
L
I
 
L
-
 
Q
-
 
K
-
 
R
-
 
P
D
 
D
L
 
E
G
 
C
E
 
G
A
 
N
A
 
R
A
 
G
P
 
V
T
 
K
F
 
F
L
 
E
A
 
P
G
 
G
Q
 
Q
Y
x
F
V
 
M
N
 
D
V
 
L
D
 
T
I
 
I
P
 
P
G
 
G
T
 
T
G
 
D
L
 
V
T
 
S
R
|
R
S
|
S
Y
|
Y
S
|
S
F
 
P
S
 
A
S
 
N
A
 
L
P
 
P
G
 
N
-
 
P
A
 
E
A
 
G
R
 
R
T
 
L
S
 
E
F
 
F
V
x
L
V
x
I
R
|
R
N
 
V
V
x
L
P
 
P
N
 
E
G
 
G
R
 
R
M
x
F
S
 
S
E
 
D
F
 
Y
L
 
L
S
 
R
N
 
N
E
 
D
A
 
A
L
 
R
P
 
V
G
 
G
Q
 
Q
P
 
V
I
 
L
S
 
S
F
 
V
A
 
K
G
 
G
P
 
P
Y
 
L
G
 
G
S
 
V
F
 
F
Y
 
G
L
 
L
R
 
K
E
 
E
V
 
R
A
 
G
R
 
M
-
 
A
P
 
P
V
 
R
L
 
Y
F
 
F
L
 
V
A
 
A
G
 
G
G
 
G
T
 
T
G
|
G
I
 
L
A
 
A
P
 
P
F
 
V
L
 
V
S
 
S
M
 
M
L
 
V
D
 
R
V
 
Q
L
 
M
A
 
Q
A
 
E
N
 
W
G
 
T
S
 
A
P
 
P
H
 
N
P
 
E
I
 
T
R
 
R
L
 
I
V
 
Y
Y
 
F
G
 
G
V
 
V
T
x
N
H
 
T
E
 
E
I
 
P
D
x
E
L
 
L
V
 
F
A
 
Y
L
 
I
A
 
D
Q
 
E
L
 
L
D
 
K
R
 
S
A
 
L
K
 
E
D
 
R
Q
 
S
L
 
M
A
 
R
G
 
N
F
 
L
E
 
T
Y
 
V
R
 
K
T
 
A
C
 
C
V
 
V
L
 
W
D
 
H
P
 
P
V
x
S
S
x
G
N
 
D
-
 
W
E
 
E
T
 
G
R
 
E
K
 
Q
G
 
G
Y
 
S
V
 
P
T
 
I
Q
 
D
H
 
A
V
 
L
E
 
R
R
 
E
D
 
D
W
 
-
L
 
L
N
 
E
G
 
S
G
 
S
D
 
D
V
 
A
-
 
N
-
 
P
D
 
D
I
 
I
Y
 
Y
L
|
L
C
 
C
G
 
G
P
 
P
V
 
P
A
 
G
M
 
M
V
 
I
D
 
D
A
 
A
V
 
A
R
 
C
A
 
E
W
 
L
L
 
V
Q
 
R
D
 
S
A
 
R
G
 
G
V
 
I
T
 
P
P
 
G
A
 
E
S
 
Q
F
 
V
H
 
F
Y
 
F
E
|
E
K
 
K
F
|
F
S
x
L
A
 
P
S
 
S
N
 
G
A
 
A
A
 
A

7c3bC Ferredoxin reductase in carbazole 1,9a-dioxygenase (fad apo form) (see paper)
26% identity, 93% coverage: 18:333/339 of query aligns to 18:333/334 of 7c3bC

query
sites
7c3bC
T
 
T
C
 
C
T
 
G
A
 
S
N
 
D
E
 
K
T
 
S
L
 
L
S
 
L
D
 
V
A
 
S
A
 
A
Y
 
L
R
 
A
Q
 
N
Q
 
G
I
 
I
N
 
G
I
 
L
P
 
P
L
x
Y
D
 
E
C
|
C
R
x
A
D
 
S
G
|
G
A
 
G
C
|
C
G
|
G
T
 
V
C
|
C
R
 
K
-
 
F
-
 
E
-
 
L
-
 
L
-
 
E
G
 
G
L
 
T
C
 
V
E
 
Q
S
 
S
G
 
M
E
 
W
Y
 
P
D
 
D
L
 
A
P
 
P
A
 
G
S
 
-
S
 
-
Y
 
-
I
 
-
E
 
-
D
 
-
A
 
-
L
 
L
T
 
S
P
 
S
E
 
R
E
 
D
A
 
R
A
 
E
K
 
K
G
 
G
-
 
N
Y
 
R
V
 
H
L
 
L
A
 
A
C
|
C
Q
 
Q
T
 
C
R
 
I
P
 
A
R
 
L
S
 
S
D
 
D
C
 
L
V
 
R
I
 
I
K
 
K
V
 
V
P
 
A
A
 
V
S
 
Q
S
 
D
A
 
K
A
 
Y
C
 
I
K
 
P
-
 
A
T
 
I
G
 
P
V
 
I
T
 
S
R
 
K
Y
 
M
Q
 
E
G
 
A
K
 
E
L
 
V
A
 
V
A
 
A
V
 
V
D
 
R
K
 
A
L
 
L
S
 
T
D
 
H
S
 
D
T
 
L
I
 
L
G
 
-
F
 
-
S
 
S
I
 
V
D
 
K
L
 
L
G
 
R
E
 
T
A
 
D
A
 
V
A
 
P
P
 
A
T
 
N
F
 
F
L
 
L
A
 
P
G
 
G
Q
 
Q
Y
 
F
V
 
C
N
 
L
V
 
I
D
 
E
-
 
A
-
 
E
-
 
Q
I
 
L
P
 
P
G
 
G
T
 
-
G
 
-
L
 
V
T
 
V
R
 
R
S
 
A
Y
 
Y
S
 
S
F
 
M
S
 
A
S
 
N
A
 
S
P
 
M
G
 
N
A
 
P
-
 
D
A
 
G
R
 
F
T
 
W
S
 
E
F
 
F
V
 
Y
V
 
I
R
 
K
N
 
R
V
 
V
P
 
P
N
 
T
G
 
G
R
 
R
M
 
F
S
 
S
E
 
P
F
 
W
L
 
L
S
 
F
N
 
E
E
 
N
A
 
R
L
 
K
P
 
V
G
 
G
Q
 
A
P
 
R
I
 
L
S
 
F
F
 
L
A
 
T
G
 
G
P
 
P
Y
 
M
G
 
G
S
 
T
F
 
S
Y
 
F
L
 
F
R
 
R
E
 
P
-
 
G
V
 
T
A
 
G
R
 
R
P
 
K
V
 
S
L
 
L
F
 
C
L
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
T
 
A
G
 
G
I
 
L
A
 
S
P
 
Y
F
 
A
L
 
A
S
 
A
M
 
I
L
 
A
D
 
R
V
 
A
L
 
S
A
 
I
A
 
R
N
 
E
G
 
-
S
 
T
P
 
D
H
 
K
P
 
P
I
 
V
R
 
K
L
 
L
V
 
F
Y
 
Y
G
 
G
V
 
S
T
 
R
H
 
T
E
 
P
I
 
R
D
 
D
L
 
A
V
 
V
A
 
R
L
 
W
A
 
I
Q
 
D
L
 
I
D
 
D
R
 
I
A
 
D
K
 
E
D
 
D
Q
 
K
L
 
L
A
 
E
G
 
-
F
 
-
E
 
-
Y
 
-
R
 
-
T
 
-
C
 
-
V
 
V
L
 
V
D
 
Q
P
 
A
V
 
V
S
 
T
N
 
E
E
 
D
T
 
T
R
 
D
K
 
S
-
 
L
-
 
W
-
 
Q
-
 
G
-
 
P
-
 
I
G
 
G
Y
 
F
V
 
I
T
 
H
Q
 
Q
H
 
V
V
 
V
E
 
D
R
 
A
D
 
A
W
 
L
L
 
L
N
 
E
G
 
T
-
 
L
G
 
P
D
 
E
V
 
Y
D
 
E
I
 
I
Y
 
Y
L
 
L
C
 
A
G
 
G
P
 
P
V
 
P
A
 
P
M
 
M
V
 
V
D
 
D
A
 
A
V
 
T
R
 
V
A
 
R
W
 
M
L
 
L
Q
 
L
D
 
G
A
 
K
G
 
G
V
 
V
T
 
P
P
 
R
A
 
D
S
 
Q
F
 
I
H
 
H
Y
 
F
E
 
D
K
 
A
F
 
F

7c3aA Ferredoxin reductase in carbazole 1,9a-dioxygenase (see paper)
26% identity, 93% coverage: 18:333/339 of query aligns to 17:320/321 of 7c3aA

query
sites
7c3aA
T
 
T
C
 
C
T
 
G
A
 
S
N
 
D
E
 
K
T
 
S
L
 
L
S
 
L
D
 
V
A
 
S
A
 
A
Y
 
L
R
 
A
Q
 
N
Q
 
G
I
 
I
N
 
G
I
 
L
P
 
P
L
x
Y
D
 
E
C
|
C
R
x
A
D
x
S
G
|
G
A
 
G
C
|
C
G
|
G
T
 
V
C
|
C
R
 
K
-
 
F
-
 
E
-
 
L
-
 
L
-
 
E
G
 
G
L
 
T
C
 
V
E
 
Q
S
 
S
G
 
M
E
x
W
Y
 
P
D
 
D
L
 
A
P
 
P
A
 
G
S
 
-
S
 
-
Y
 
-
I
 
-
E
 
-
D
 
-
A
 
-
L
 
L
T
 
S
P
 
S
E
 
R
E
 
D
A
 
R
A
 
E
K
 
K
G
 
G
-
 
N
Y
 
R
V
 
H
L
 
L
A
 
A
C
|
C
Q
 
Q
T
 
C
R
 
I
P
 
A
R
 
L
S
 
S
D
 
D
C
 
L
V
 
R
I
 
I
K
 
K
V
 
V
P
 
A
A
 
V
S
 
Q
S
 
D
A
 
K
A
 
Y
C
 
I
K
 
P
-
 
A
T
 
I
G
 
P
V
 
I
T
 
S
R
 
K
Y
 
M
Q
 
E
G
 
A
K
 
E
L
 
V
A
 
V
A
 
A
V
 
V
D
 
R
K
 
A
L
 
L
S
 
T
D
 
H
S
 
D
T
 
L
I
 
L
G
 
-
F
 
-
S
 
S
I
 
V
D
 
K
L
 
L
G
 
R
E
 
T
A
 
D
A
 
V
A
 
P
P
 
A
T
 
N
F
 
F
L
 
L
A
 
P
G
 
G
Q
 
Q
Y
 
F
V
 
C
N
 
L
V
 
I
D
 
E
I
 
A
P
 
E
G
 
Q
T
 
L
-
 
P
G
 
G
L
 
V
T
 
V
R
|
R
S
x
A
Y
|
Y
S
|
S
F
 
M
S
 
A
S
 
N
A
 
S
P
 
M
G
 
N
A
 
P
-
 
D
A
 
G
R
 
F
T
 
W
S
 
E
F
 
F
V
x
Y
V
x
I
R
 
K
N
 
R
V
 
V
P
 
P
N
 
T
G
|
G
R
|
R
M
x
F
S
|
S
E
 
P
F
 
W
L
 
L
S
 
F
N
 
E
E
 
N
A
 
R
L
 
K
P
 
V
G
 
G
Q
 
A
P
 
R
I
 
L
S
 
F
F
 
L
A
 
T
G
 
G
P
 
P
Y
 
M
G
 
G
S
 
T
F
 
S
Y
 
F
L
 
F
R
 
R
E
 
P
-
 
G
V
 
T
A
 
G
R
 
R
P
 
K
V
 
S
L
 
L
F
 
C
L
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
T
x
A
G
 
G
I
 
L
A
 
S
P
 
Y
F
 
A
L
 
A
S
 
A
M
 
I
L
 
A
D
 
R
V
 
A
L
 
S
A
 
I
A
 
R
N
 
E
G
 
-
S
 
T
P
 
D
H
 
K
P
 
P
I
 
V
R
 
K
L
 
L
V
 
F
Y
 
Y
G
 
G
V
 
S
T
 
R
H
 
T
E
 
P
I
 
R
D
 
D
L
 
A
V
 
V
A
 
R
L
 
W
A
 
I
Q
 
D
L
 
I
D
 
D
R
 
I
A
 
D
K
 
E
D
 
D
Q
 
K
L
 
L
A
 
E
G
 
V
F
 
V
E
 
Q
Y
 
A
R
 
V
T
 
T
C
 
F
-
 
I
-
 
H
-
 
Q
V
 
V
L
 
V
D
 
D
P
 
A
V
 
A
S
 
L
N
 
L
E
 
E
T
 
T
R
 
L
K
 
P
G
 
E
Y
 
Y
V
 
-
T
 
-
Q
 
-
H
 
-
V
 
-
E
 
-
R
 
-
D
 
-
W
 
-
L
 
-
N
 
-
G
 
-
G
 
-
D
 
-
V
 
-
D
 
E
I
 
I
Y
 
Y
L
 
L
C
 
A
G
 
G
P
 
P
V
 
P
A
 
P
M
 
M
V
 
V
D
 
D
A
 
A
V
 
T
R
 
V
A
 
R
W
 
M
L
 
L
Q
 
L
D
 
G
A
 
K
G
 
G
V
 
V
T
 
P
P
 
R
A
 
D
S
 
Q
F
 
I
H
 
H
Y
 
F
E
 
D
K
 
A
F
|
F

Sites not aligning to the query:

3ozwA The crystal structure of flavohemoglobin from r. Eutrophus in complex with ketoconazole (see paper)
28% identity, 58% coverage: 136:333/339 of query aligns to 184:396/403 of 3ozwA

query
sites
3ozwA
T
 
N
F
 
F
L
 
E
A
 
P
G
 
G
Q
 
Q
Y
 
Y
-
 
T
-
 
S
V
 
V
N
 
A
V
 
I
D
 
D
I
 
V
P
 
P
G
 
A
T
 
L
G
 
G
L
 
L
-
 
Q
-
 
Q
T
 
I
R
|
R
S
x
Q
Y
|
Y
S
|
S
F
 
L
S
 
S
S
 
D
A
 
M
P
 
P
G
 
N
A
 
G
A
 
R
R
 
S
T
 
Y
S
 
R
F
 
I
V
x
S
V
|
V
R
x
K
N
 
R
-
x
E
-
 
G
-
 
G
-
 
G
-
 
P
V
 
Q
P
|
P
N
 
P
G
|
G
R
x
Y
M
x
V
S
|
S
E
 
N
F
 
L
L
 
L
S
 
H
N
 
D
E
 
H
A
 
V
L
 
N
P
 
V
G
 
G
Q
 
D
P
 
Q
I
 
V
S
 
K
F
 
L
A
 
A
G
 
A
P
 
P
Y
 
Y
G
 
G
S
 
S
F
 
F
Y
 
H
L
 
I
R
 
D
E
 
V
V
 
D
A
 
A
R
 
K
-
 
T
P
 
P
V
 
I
L
 
V
F
 
L
L
 
I
A
 
S
G
 
G
G
 
G
T
x
V
G
 
G
I
 
L
A
x
T
P
 
P
F
 
M
L
 
V
S
 
S
M
 
M
L
 
L
D
 
K
V
 
V
L
 
-
A
 
A
A
 
L
N
 
Q
G
 
A
S
 
P
P
 
P
H
 
R
P
 
Q
I
 
V
R
 
V
L
 
F
V
 
V
Y
 
H
G
 
G
V
 
A
T
 
R
H
 
N
E
 
S
I
 
-
D
 
-
L
 
-
V
 
A
A
 
V
L
 
H
A
 
A
Q
 
M
L
 
R
D
 
D
R
 
R
A
 
L
K
 
R
D
 
E
Q
 
A
L
 
A
A
 
K
G
 
T
F
 
Y
E
 
E
Y
 
N
R
 
L
T
 
D
C
 
L
V
 
F
L
 
V
-
 
F
-
 
Y
-
 
D
D
 
Q
P
 
P
V
 
L
S
 
P
N
 
E
E
 
D
T
 
V
R
 
Q
-
 
G
-
 
R
-
 
D
-
 
Y
-
 
D
-
 
Y
K
 
P
G
 
G
Y
 
L
V
 
V
-
 
D
T
 
V
Q
 
K
H
 
Q
V
 
I
E
 
E
R
 
K
D
 
S
W
 
I
L
 
L
N
 
L
G
 
P
G
 
-
D
 
D
V
 
A
D
 
D
I
 
Y
Y
 
Y
L
 
I
C
 
C
G
 
G
P
 
P
V
 
I
A
 
P
M
 
F
V
 
M
D
 
R
A
 
M
V
 
Q
R
 
H
A
 
D
W
 
A
L
 
L
Q
 
K
D
 
N
A
 
L
G
 
G
V
 
I
T
 
H
P
 
E
A
 
A
S
 
R
F
 
I
H
 
H
Y
 
Y
E
 
E
K
x
V
F
|
F

Sites not aligning to the query:

3ozvA The crystal structure of flavohemoglobin from r. Eutrophus in complex with econazole (see paper)
28% identity, 58% coverage: 136:333/339 of query aligns to 184:396/403 of 3ozvA

query
sites
3ozvA
T
 
N
F
 
F
L
 
E
A
 
P
G
 
G
Q
 
Q
Y
 
Y
-
 
T
-
 
S
V
 
V
N
 
A
V
 
I
D
 
D
I
 
V
P
 
P
G
 
A
T
 
L
G
 
G
L
 
L
-
 
Q
-
 
Q
T
 
I
R
|
R
S
x
Q
Y
|
Y
S
|
S
F
 
L
S
 
S
S
 
D
A
 
M
P
 
P
G
 
N
A
 
G
A
 
R
R
 
S
T
 
Y
S
 
R
F
 
I
V
x
S
V
|
V
R
x
K
N
 
R
-
x
E
-
 
G
-
 
G
-
 
G
-
 
P
V
 
Q
P
|
P
N
 
P
G
|
G
R
x
Y
M
x
V
S
|
S
E
 
N
F
 
L
L
 
L
S
 
H
N
 
D
E
 
H
A
 
V
L
 
N
P
 
V
G
 
G
Q
 
D
P
 
Q
I
 
V
S
 
K
F
 
L
A
 
A
G
 
A
P
 
P
Y
 
Y
G
 
G
S
 
S
F
 
F
Y
 
H
L
 
I
R
 
D
E
 
V
V
 
D
A
 
A
R
 
K
-
 
T
P
 
P
V
 
I
L
 
V
F
 
L
L
 
I
A
 
S
G
 
G
G
 
G
T
x
V
G
 
G
I
 
L
A
x
T
P
 
P
F
 
M
L
 
V
S
 
S
M
 
M
L
 
L
D
 
K
V
 
V
L
 
-
A
 
A
A
 
L
N
 
Q
G
 
A
S
 
P
P
 
P
H
 
R
P
 
Q
I
 
V
R
 
V
L
 
F
V
 
V
Y
 
H
G
 
G
V
 
A
T
 
R
H
 
N
E
 
S
I
 
-
D
 
-
L
 
-
V
 
A
A
 
V
L
 
H
A
 
A
Q
 
M
L
 
R
D
 
D
R
 
R
A
 
L
K
 
R
D
 
E
Q
 
A
L
 
A
A
 
K
G
 
T
F
 
Y
E
 
E
Y
 
N
R
 
L
T
 
D
C
 
L
V
 
F
L
 
V
-
 
F
-
 
Y
-
 
D
D
 
Q
P
 
P
V
 
L
S
 
P
N
 
E
E
 
D
T
 
V
R
 
Q
-
 
G
-
 
R
-
 
D
-
 
Y
-
 
D
-
 
Y
K
 
P
G
 
G
Y
 
L
V
 
V
-
 
D
T
 
V
Q
 
K
H
 
Q
V
 
I
E
 
E
R
 
K
D
 
S
W
 
I
L
 
L
N
 
L
G
 
P
G
 
-
D
 
D
V
 
A
D
 
D
I
 
Y
Y
 
Y
L
 
I
C
 
C
G
 
G
P
 
P
V
 
I
A
 
P
M
 
F
V
 
M
D
 
R
A
 
M
V
 
Q
R
 
H
A
 
D
W
 
A
L
 
L
Q
 
K
D
 
N
A
 
L
G
 
G
V
 
I
T
 
H
P
 
E
A
 
A
S
 
R
F
 
I
H
 
H
Y
 
Y
E
 
E
K
 
V
F
|
F

Sites not aligning to the query:

3ozuA The crystal structure of flavohemoglobin from r. Eutrophus in complex with miconazole (see paper)
28% identity, 58% coverage: 136:333/339 of query aligns to 184:396/403 of 3ozuA

query
sites
3ozuA
T
 
N
F
 
F
L
 
E
A
 
P
G
 
G
Q
 
Q
Y
 
Y
-
 
T
-
 
S
V
 
V
N
 
A
V
 
I
D
 
D
I
 
V
P
 
P
G
 
A
T
 
L
G
 
G
L
 
L
-
 
Q
-
 
Q
T
 
I
R
|
R
S
x
Q
Y
|
Y
S
|
S
F
 
L
S
 
S
S
 
D
A
 
M
P
 
P
G
 
N
A
 
G
A
 
R
R
 
S
T
 
Y
S
 
R
F
 
I
V
x
S
V
|
V
R
x
K
N
 
R
-
x
E
-
 
G
-
 
G
-
 
G
-
 
P
V
 
Q
P
|
P
N
 
P
G
|
G
R
x
Y
M
x
V
S
|
S
E
 
N
F
 
L
L
 
L
S
 
H
N
 
D
E
 
H
A
 
V
L
 
N
P
 
V
G
 
G
Q
 
D
P
 
Q
I
 
V
S
 
K
F
 
L
A
 
A
G
 
A
P
 
P
Y
 
Y
G
 
G
S
 
S
F
 
F
Y
 
H
L
 
I
R
 
D
E
 
V
V
 
D
A
 
A
R
 
K
-
 
T
P
 
P
V
 
I
L
 
V
F
 
L
L
 
I
A
 
S
G
 
G
G
 
G
T
 
V
G
 
G
I
 
L
A
 
T
P
 
P
F
 
M
L
 
V
S
 
S
M
 
M
L
 
L
D
 
K
V
 
V
L
 
-
A
 
A
A
 
L
N
 
Q
G
 
A
S
 
P
P
 
P
H
 
R
P
 
Q
I
 
V
R
 
V
L
 
F
V
 
V
Y
 
H
G
 
G
V
 
A
T
 
R
H
 
N
E
 
S
I
 
-
D
 
-
L
 
-
V
 
A
A
 
V
L
 
H
A
 
A
Q
 
M
L
 
R
D
 
D
R
 
R
A
 
L
K
 
R
D
 
E
Q
 
A
L
 
A
A
 
K
G
 
T
F
 
Y
E
 
E
Y
 
N
R
 
L
T
 
D
C
 
L
V
 
F
L
 
V
-
 
F
-
 
Y
-
 
D
D
 
Q
P
 
P
V
 
L
S
 
P
N
 
E
E
 
D
T
 
V
R
 
Q
-
 
G
-
 
R
-
 
D
-
 
Y
-
 
D
-
 
Y
K
 
P
G
 
G
Y
 
L
V
 
V
-
 
D
T
 
V
Q
 
K
H
 
Q
V
 
I
E
 
E
R
 
K
D
 
S
W
 
I
L
 
L
N
 
L
G
 
P
G
 
-
D
 
D
V
 
A
D
 
D
I
 
Y
Y
 
Y
L
 
I
C
 
C
G
 
G
P
 
P
V
 
I
A
 
P
M
 
F
V
 
M
D
 
R
A
 
M
V
 
Q
R
 
H
A
 
D
W
 
A
L
 
L
Q
 
K
D
 
N
A
 
L
G
 
G
V
 
I
T
 
H
P
 
E
A
 
A
S
 
R
F
 
I
H
 
H
Y
 
Y
E
|
E
K
x
V
F
 
F

Sites not aligning to the query:

P39662 Flavohemoprotein; FHP; Flavohemoglobin; Hemoglobin-like protein; Nitric oxide dioxygenase; NO oxygenase; NOD; EC 1.14.12.17 from Cupriavidus necator (strain ATCC 17699 / DSM 428 / KCTC 22496 / NCIMB 10442 / H16 / Stanier 337) (Ralstonia eutropha) (see paper)
28% identity, 58% coverage: 136:333/339 of query aligns to 184:396/403 of P39662

query
sites
P39662
T
 
N
F
 
F
L
 
E
A
 
P
G
 
G
Q
 
Q
Y
 
Y
-
 
T
-
 
S
V
 
V
N
 
A
V
 
I
D
 
D
I
 
V
P
 
P
G
 
A
T
 
L
G
 
G
L
 
L
-
 
Q
-
 
Q
T
 
I
R
 
R
S
 
Q
Y
 
Y
S
 
S
F
 
L
S
 
S
S
 
D
A
 
M
P
 
P
G
 
N
A
 
G
A
 
R
R
 
S
T
 
Y
S
 
R
F
 
I
V
 
S
V
 
V
R
 
K
N
 
R
-
 
E
-
 
G
-
 
G
-
 
G
-
 
P
V
 
Q
P
 
P
N
 
P
G
 
G
R
 
Y
M
 
V
S
 
S
E
 
N
F
 
L
L
 
L
S
 
H
N
 
D
E
 
H
A
 
V
L
 
N
P
 
V
G
 
G
Q
 
D
P
 
Q
I
 
V
S
 
K
F
 
L
A
 
A
G
 
A
P
 
P
Y
 
Y
G
 
G
S
 
S
F
 
F
Y
 
H
L
 
I
R
 
D
E
 
V
V
 
D
A
 
A
R
 
K
-
 
T
P
 
P
V
 
I
L
 
V
F
 
L
L
 
I
A
 
S
G
 
G
G
 
G
T
 
V
G
 
G
I
 
L
A
 
T
P
 
P
F
 
M
L
 
V
S
 
S
M
 
M
L
 
L
D
 
K
V
 
V
L
 
-
A
 
A
A
 
L
N
 
Q
G
 
A
S
 
P
P
 
P
H
 
R
P
 
Q
I
 
V
R
 
V
L
 
F
V
 
V
Y
 
H
G
 
G
V
 
A
T
 
R
H
 
N
E
 
S
I
 
-
D
 
-
L
 
-
V
 
A
A
 
V
L
 
H
A
 
A
Q
 
M
L
 
R
D
 
D
R
 
R
A
 
L
K
 
R
D
 
E
Q
 
A
L
 
A
A
 
K
G
 
T
F
 
Y
E
 
E
Y
 
N
R
 
L
T
 
D
C
 
L
V
 
F
L
 
V
-
 
F
-
 
Y
-
 
D
D
 
Q
P
 
P
V
 
L
S
 
P
N
 
E
E
 
D
T
 
V
R
 
Q
-
 
G
-
 
R
-
 
D
-
 
Y
-
 
D
-
 
Y
K
 
P
G
 
G
Y
 
L
V
 
V
-
 
D
T
 
V
Q
 
K
H
 
Q
V
 
I
E
 
E
R
 
K
D
 
S
W
 
I
L
 
L
N
 
L
G
 
P
G
 
-
D
 
D
V
 
A
D
 
D
I
 
Y
Y
 
Y
L
 
I
C
 
C
G
 
G
P
 
P
V
 
I
A
 
P
M
 
F
V
 
M
D
 
R
A
 
M
V
 
Q
R
 
H
A
 
D
W
 
A
L
 
L
Q
 
K
D
 
N
A
 
L
G
 
G
V
 
I
T
 
H
P
 
E
A
 
A
S
 
R
F
 
I
H
 
H
Y
 
Y
E
 
E
K
 
V
F
 
F

Sites not aligning to the query:

1cqxA Crystal structure of the flavohemoglobin from alcaligenes eutrophus at 1.75 a resolution (see paper)
28% identity, 58% coverage: 136:333/339 of query aligns to 184:396/403 of 1cqxA

query
sites
1cqxA
T
 
N
F
 
F
L
 
E
A
 
P
G
 
G
Q
 
Q
Y
|
Y
-
 
T
-
 
S
V
 
V
N
 
A
V
 
I
D
 
D
I
 
V
P
 
P
G
 
A
T
 
L
G
 
G
L
 
L
-
 
Q
-
 
Q
T
 
I
R
|
R
S
x
Q
Y
|
Y
S
|
S
F
 
L
S
 
S
S
 
D
A
 
M
P
 
P
G
 
N
A
 
G
A
 
R
R
 
T
T
 
Y
S
 
R
F
 
I
V
x
S
V
 
V
R
 
K
N
 
R
-
x
E
-
 
G
-
 
G
-
 
G
-
 
P
V
x
Q
P
|
P
N
 
P
G
|
G
R
x
Y
M
x
V
S
|
S
E
 
N
F
 
L
L
 
L
S
 
H
N
 
D
E
 
H
A
 
V
L
 
N
P
 
V
G
 
G
Q
 
D
P
 
Q
I
 
V
S
 
K
F
 
L
A
 
A
G
 
A
P
 
P
Y
 
Y
G
 
G
S
 
S
F
 
F
Y
 
H
L
 
I
R
 
D
E
 
V
V
 
D
A
 
A
R
 
K
-
 
T
P
 
P
V
 
I
L
 
V
F
 
L
L
 
I
A
 
S
G
 
G
G
 
G
T
 
V
G
 
G
I
 
L
A
 
T
P
 
P
F
 
M
L
 
V
S
 
S
M
 
M
L
 
L
D
 
K
V
 
V
L
 
-
A
 
A
A
 
L
N
 
Q
G
 
A
S
 
P
P
 
P
H
 
R
P
 
Q
I
 
V
R
 
V
L
 
F
V
 
V
Y
 
H
G
 
G
V
 
A
T
 
R
H
 
N
E
 
S
I
 
-
D
 
-
L
 
-
V
 
A
A
 
V
L
 
H
A
 
A
Q
 
M
L
 
R
D
 
D
R
 
R
A
 
L
K
 
R
D
 
E
Q
 
A
L
 
A
A
 
K
G
 
T
F
 
Y
E
 
E
Y
 
N
R
 
L
T
 
D
C
 
L
V
 
F
L
 
V
-
 
F
-
 
Y
-
 
D
D
 
Q
P
 
P
V
 
L
S
 
P
N
 
E
E
 
D
T
 
V
R
 
Q
-
 
G
-
 
R
-
 
D
-
 
Y
-
 
D
-
 
Y
K
 
P
G
 
G
Y
 
L
V
 
V
-
 
D
T
 
V
Q
 
K
H
 
Q
V
 
I
E
 
E
R
 
K
D
 
S
W
 
I
L
 
L
N
 
L
G
 
P
G
 
-
D
 
D
V
 
A
D
 
D
I
 
Y
Y
 
Y
L
 
I
C
 
C
G
 
G
P
 
P
V
 
I
A
 
P
M
 
F
V
 
M
D
 
R
A
 
M
V
 
Q
R
 
H
A
 
D
W
 
A
L
 
L
Q
 
K
D
 
N
A
 
L
G
 
G
V
 
I
T
 
H
P
 
E
A
 
A
S
 
R
F
 
I
H
 
H
Y
 
Y
E
 
E
K
x
V
F
 
F

Sites not aligning to the query:

7romA Crystal structure of saccharomyces cerevisiae nadh-cytochrome b5 reductase 1 (cbr1) fragment (residues 28-284) bound to fad
31% identity, 54% coverage: 140:322/339 of query aligns to 45:238/255 of 7romA

query
sites
7romA
G
 
G
Q
 
Q
Y
 
H
V
 
I
N
 
V
V
 
I
-
 
K
-
 
A
D
 
N
I
 
I
P
 
N
G
 
G
T
 
K
G
 
D
L
 
I
T
 
T
R
|
R
S
|
S
Y
|
Y
S
x
T
F
 
P
S
 
T
S
 
S
A
 
L
P
 
D
G
 
G
A
 
D
A
 
T
R
 
K
T
 
G
S
 
N
F
 
F
-
 
E
-
 
L
V
x
L
V
|
V
R
 
K
N
 
S
V
x
Y
P
 
P
N
x
T
G
|
G
R
x
N
M
x
V
S
|
S
E
 
K
F
 
M
L
 
I
S
 
G
N
 
-
E
 
E
A
 
L
L
 
K
P
 
I
G
 
G
Q
 
D
P
 
S
I
 
I
S
 
Q
F
 
I
A
 
K
G
 
G
P
 
P
Y
 
R
G
 
G
S
 
N
F
 
Y
Y
 
H
L
 
Y
R
 
E
E
 
R
V
 
N
A
 
C
R
 
R
P
 
S
V
 
H
L
 
L
-
 
G
F
 
M
L
 
I
A
 
A
G
 
G
G
 
G
T
|
T
G
 
G
I
 
I
A
|
A
P
 
P
F
 
M
L
 
Y
S
 
Q
M
 
I
L
 
M
D
 
K
V
 
A
L
 
I
A
 
A
A
 
M
N
 
D
G
 
-
S
 
-
P
 
P
H
 
H
-
 
D
-
 
T
-
 
T
P
 
K
I
 
V
R
 
S
L
 
L
V
 
V
Y
 
F
G
 
G
V
 
N
T
 
V
H
 
H
E
 
E
I
 
E
D
 
D
L
 
I
V
 
L
A
 
L
L
 
K
A
 
K
Q
 
E
L
 
L
D
 
E
R
 
-
A
 
A
K
 
L
D
 
V
Q
 
A
L
 
M
A
 
K
G
 
P
F
 
S
E
 
Q
Y
 
F
R
 
K
T
 
I
C
 
V
V
 
Y
-
 
Y
L
 
L
D
 
D
P
 
S
V
 
P
S
 
D
N
 
R
E
 
E
T
 
D
R
 
W
K
 
T
G
 
G
-
 
G
-
 
V
-
 
G
Y
 
Y
V
 
I
T
 
T
Q
 
K
H
 
D
V
 
V
E
 
I
R
 
K
D
 
E
W
 
H
L
 
L
N
 
P
G
 
A
G
 
A
D
 
T
V
 
M
D
 
D
-
 
N
-
 
V
-
 
Q
I
 
I
Y
 
L
L
 
I
C
 
C
G
 
G
P
 
P
V
 
P
A
 
A
M
 
M
V
 
V
D
 
A
A
 
S
V
 
V
R
 
R
A
 
R
W
 
S
L
 
T
Q
 
V
D
 
D
A
 
L
G
 
G

1iueA Crystal structure analysis of ferredoxin from plasmodium falciparum
40% identity, 27% coverage: 3:93/339 of query aligns to 3:88/98 of 1iueA

query
sites
1iueA
Y
 
Y
N
 
N
I
 
I
A
 
T
L
 
L
Q
 
R
F
 
T
E
 
N
D
 
D
G
 
G
V
 
E
T
 
K
R
 
K
F
 
-
I
 
I
T
 
E
C
 
C
T
 
N
A
 
E
N
 
D
E
 
E
T
 
Y
L
 
I
S
 
L
D
 
D
A
 
A
A
 
S
Y
 
E
R
 
R
Q
 
Q
Q
 
N
I
 
V
N
 
E
I
 
L
P
 
P
L
x
Y
D
 
S
C
|
C
R
|
R
D
 
G
G
|
G
A
 
S
C
|
C
G
 
S
T
 
T
C
|
C
R
 
A
G
 
A
L
 
K
C
 
L
E
 
V
S
 
E
G
 
G
E
 
E
Y
 
V
D
 
D
L
 
N
P
 
D
A
 
D
S
 
Q
S
 
S
Y
 
Y
I
 
L
E
 
D
D
 
E
A
 
-
L
 
-
T
 
-
P
 
-
E
 
E
E
 
Q
A
 
I
A
 
K
K
 
K
G
 
K
Y
 
Y
V
 
I
L
 
L
A
 
L
C
|
C
Q
 
T
T
 
C
R
 
Y
P
 
P
R
 
K
S
 
S
D
 
D
C
 
C
V
 
V
I
 
I
K
 
E

Q8IED5 Ferredoxin, apicoplast from Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (see paper)
40% identity, 27% coverage: 3:93/339 of query aligns to 99:184/194 of Q8IED5

query
sites
Q8IED5
Y
 
Y
N
 
N
I
 
I
A
 
T
L
 
L
Q
 
R
F
 
T
E
 
N
D
 
D
G
 
G
V
 
E
T
 
K
R
 
K
F
 
-
I
 
I
T
 
E
C
 
C
T
 
N
A
 
E
N
 
D
E
 
E
T
 
Y
L
 
I
S
 
L
D
 
D
A
 
A
A
 
S
Y
 
E
R
 
R
Q
 
Q
Q
 
N
I
 
V
N
 
E
I
 
L
P
 
P
L
 
Y
D
 
S
C
|
C
R
 
R
D
 
G
G
 
G
A
 
S
C
|
C
G
 
S
T
 
T
C
|
C
R
 
A
G
 
A
L
 
K
C
 
L
E
 
V
S
 
E
G
 
G
E
 
E
Y
 
V
D
 
D
L
 
N
P
 
D
A
 
D
S
 
Q
S
 
S
Y
 
Y
I
 
L
E
 
D
D
 
E
A
 
-
L
 
-
T
 
-
P
 
-
E
 
E
E
 
Q
A
 
I
A
 
K
K
 
K
G
 
K
Y
 
Y
V
 
I
L
 
L
A
 
L
C
|
C
Q
 
T
T
 
C
R
 
Y
P
 
P
R
 
K
S
 
S
D
 
D
C
 
C
V
 
V
I
 
I
K
 
E

1gvhA The x-ray structure of ferric escherichia coli flavohemoglobin reveals an unespected geometry of the distal heme pocket (see paper)
28% identity, 59% coverage: 133:333/339 of query aligns to 179:390/396 of 1gvhA

query
sites
1gvhA
A
 
A
A
 
V
P
 
A
T
 
E
F
 
Y
L
 
R
A
 
P
G
 
G
Q
 
Q
Y
|
Y
V
 
L
N
 
G
V
 
V
D
 
W
I
 
L
P
 
K
G
 
P
T
 
E
G
 
G
L
 
F
-
 
P
-
 
H
-
 
Q
-
 
E
T
 
I
R
|
R
S
x
Q
Y
|
Y
S
|
S
F
 
L
S
 
T
S
 
R
A
 
K
P
 
P
G
 
D
A
 
G
A
 
K
R
 
G
T
 
Y
S
 
R
F
 
I
V
x
A
V
|
V
R
 
K
N
 
R
V
x
E
P
 
E
N
 
G
G
|
G
R
x
Q
M
x
V
S
|
S
E
 
N
F
 
W
L
 
L
S
 
H
N
 
N
E
 
H
A
 
A
L
 
N
P
 
V
G
 
G
Q
 
D
P
 
V
I
 
V
S
 
K
F
 
L
A
 
V
G
 
A
P
 
P
Y
 
A
G
 
G
S
 
D
F
 
F
Y
 
F
L
 
M
R
 
-
E
 
A
V
 
V
A
 
A
-
 
D
-
 
D
R
 
T
P
 
P
V
 
V
L
 
T
F
 
L
L
 
I
A
 
S
G
 
A
G
 
G
T
x
V
G
 
G
I
 
Q
A
x
T
P
 
P
F
 
M
L
 
L
S
 
A
M
 
M
L
 
L
D
 
D
V
 
T
L
 
L
A
 
A
A
 
K
N
 
A
G
 
G
S
 
H
P
 
T
H
 
A
P
 
Q
I
 
V
R
 
N
L
 
W
V
 
F
Y
 
H
G
 
A
V
 
A
T
 
E
H
 
N
E
 
G
I
 
-
D
 
D
L
 
V
V
 
H
A
 
A
L
 
F
A
 
A
-
 
D
Q
 
E
L
 
V
D
 
K
R
 
E
A
 
L
K
 
G
D
 
Q
Q
 
S
L
 
L
A
 
P
G
 
R
F
 
F
E
 
T
Y
 
A
R
 
H
T
 
T
C
 
W
V
 
Y
L
 
R
D
 
Q
P
 
P
V
 
S
S
 
E
N
 
A
E
 
D
T
 
R
R
 
A
K
 
K
G
 
G
Y
 
Q
V
 
F
T
 
D
Q
 
S
H
 
E
-
 
G
-
 
L
V
 
M
E
 
D
R
 
L
D
 
S
W
 
K
L
 
L
N
 
E
G
 
G
G
 
A
D
 
F
V
 
S
D
 
D
-
 
P
-
 
T
-
 
M
-
 
Q
I
 
F
Y
 
Y
L
 
L
C
 
C
G
 
G
P
 
P
V
 
V
A
 
G
M
 
F
V
 
M
D
 
Q
A
 
F
V
 
T
R
 
A
A
 
K
W
 
Q
L
 
L
Q
 
V
D
 
D
A
 
L
G
 
G
V
 
V
T
 
K
P
 
Q
A
 
E
S
 
N
F
 
I
H
 
H
Y
 
Y
E
|
E
K
 
C
F
|
F

Sites not aligning to the query:

P24232 Flavohemoprotein; Flavohemoglobin; HMP; Hemoglobin-like protein; Nitric oxide dioxygenase; NO oxygenase; NOD; EC 1.14.12.17 from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
28% identity, 59% coverage: 133:333/339 of query aligns to 179:390/396 of P24232

query
sites
P24232
A
 
A
A
 
V
P
 
A
T
 
E
F
 
Y
L
 
R
A
 
P
G
 
G
Q
 
Q
Y
 
Y
V
 
L
N
 
G
V
 
V
D
 
W
I
 
L
P
 
K
G
 
P
T
 
E
G
 
G
L
 
F
-
 
P
-
 
H
-
 
Q
-
 
E
T
 
I
R
 
R
S
 
Q
Y
 
Y
S
 
S
F
 
L
S
 
T
S
 
R
A
 
K
P
 
P
G
 
D
A
 
G
A
 
K
R
 
G
T
 
Y
S
 
R
F
 
I
V
 
A
V
 
V
R
 
K
N
 
R
V
 
E
P
 
E
N
 
G
G
 
G
R
 
Q
M
 
V
S
 
S
E
 
N
F
 
W
L
 
L
S
 
H
N
 
N
E
 
H
A
 
A
L
 
N
P
 
V
G
 
G
Q
 
D
P
 
V
I
 
V
S
 
K
F
 
L
A
 
V
G
 
A
P
 
P
Y
 
A
G
 
G
S
 
D
F
 
F
Y
 
F
L
 
M
R
 
-
E
 
A
V
 
V
A
 
A
-
 
D
-
 
D
R
 
T
P
 
P
V
 
V
L
 
T
F
 
L
L
 
I
A
 
S
G
 
A
G
 
G
T
 
V
G
 
G
I
 
Q
A
 
T
P
 
P
F
 
M
L
 
L
S
 
A
M
 
M
L
 
L
D
 
D
V
 
T
L
 
L
A
 
A
A
 
K
N
 
A
G
 
G
S
 
H
P
 
T
H
 
A
P
 
Q
I
 
V
R
 
N
L
 
W
V
 
F
Y
 
H
G
 
A
V
 
A
T
 
E
H
 
N
E
 
G
I
 
-
D
 
D
L
 
V
V
 
H
A
 
A
L
 
F
A
 
A
-
 
D
Q
 
E
L
 
V
D
 
K
R
 
E
A
 
L
K
 
G
D
 
Q
Q
 
S
L
 
L
A
 
P
G
 
R
F
 
F
E
 
T
Y
 
A
R
 
H
T
 
T
C
 
W
V
 
Y
L
 
R
D
 
Q
P
 
P
V
 
S
S
 
E
N
 
A
E
 
D
T
 
R
R
 
A
K
 
K
G
 
G
Y
 
Q
V
 
F
T
 
D
Q
 
S
H
 
E
-
 
G
-
 
L
V
 
M
E
 
D
R
 
L
D
 
S
W
 
K
L
 
L
N
 
E
G
 
G
G
 
A
D
 
F
V
 
S
D
 
D
-
 
P
-
 
T
-
 
M
-
 
Q
I
 
F
Y
 
Y
L
 
L
C
 
C
G
 
G
P
 
P
V
 
V
A
 
G
M
 
F
V
 
M
D
 
Q
A
 
F
V
 
T
R
 
A
A
 
K
W
 
Q
L
 
L
Q
 
V
D
 
D
A
 
L
G
 
G
V
 
V
T
 
K
P
 
Q
A
 
E
S
 
N
F
 
I
H
 
H
Y
 
Y
E
 
E
K
 
C
F
 
F

Sites not aligning to the query:

7c3bB Ferredoxin reductase in carbazole 1,9a-dioxygenase (fad apo form) (see paper)
25% identity, 93% coverage: 18:333/339 of query aligns to 17:305/306 of 7c3bB

query
sites
7c3bB
T
 
T
C
 
C
T
 
G
A
 
S
N
 
D
E
 
K
T
 
S
L
 
L
S
 
L
D
 
V
A
 
S
A
 
A
Y
 
L
R
 
A
Q
 
N
Q
 
G
I
 
I
N
 
G
I
 
L
P
 
P
L
x
Y
D
 
E
C
|
C
R
x
A
D
 
S
G
|
G
A
 
G
C
|
C
G
|
G
T
 
V
C
|
C
R
 
K
-
 
F
-
 
E
-
 
L
-
 
L
-
 
E
G
 
G
L
 
T
C
 
V
E
 
Q
S
 
S
G
 
M
E
 
W
Y
 
P
D
 
D
L
 
A
P
 
P
A
 
-
S
 
-
S
 
-
Y
 
-
I
 
-
E
 
-
D
 
-
A
 
G
L
 
L
T
 
S
P
 
S
E
 
R
E
 
D
A
 
R
A
 
E
K
 
K
G
 
G
-
 
N
Y
 
R
V
 
H
L
 
L
A
 
A
C
|
C
Q
 
Q
T
 
C
R
 
I
P
 
A
R
 
L
S
 
S
D
 
D
C
 
L
V
 
R
I
 
I
K
 
K
V
 
V
P
 
A
A
 
V
S
 
Q
S
 
D
A
 
K
A
 
Y
C
 
I
-
 
P
K
 
A
T
 
I
G
 
P
V
 
I
T
 
S
R
 
K
Y
 
M
Q
 
E
G
 
A
K
 
E
L
 
V
A
 
V
A
 
A
V
 
V
D
 
R
K
 
A
L
 
L
S
 
T
D
 
H
S
 
D
T
 
L
I
 
L
G
 
-
F
 
-
S
 
S
I
 
V
D
 
K
L
 
L
G
 
R
E
 
T
A
 
D
A
 
V
A
 
P
P
 
A
T
 
N
F
 
F
L
 
L
A
 
P
G
 
G
Q
 
Q
Y
 
F
V
 
C
N
 
L
V
 
I
D
 
E
I
 
A
P
 
E
G
 
Q
T
 
L
-
 
P
G
 
G
L
 
V
T
 
V
R
 
R
S
 
A
Y
 
Y
S
 
S
F
 
M
S
 
A
S
 
N
A
 
S
P
 
M
G
 
N
A
 
P
-
 
D
A
 
G
R
 
F
T
 
W
S
 
E
F
 
F
V
 
Y
V
 
I
R
 
K
N
 
R
V
 
V
P
 
P
N
 
-
G
 
-
R
 
-
M
 
F
S
 
S
E
 
P
F
 
W
L
 
L
S
 
F
N
 
E
E
 
N
A
 
R
L
 
K
P
 
V
G
 
G
Q
 
A
P
 
R
I
 
L
S
 
F
F
 
L
A
 
T
G
 
G
P
 
P
Y
 
M
G
 
G
S
 
T
F
 
S
Y
 
F
L
 
F
R
 
R
E
 
P
-
 
G
V
 
T
A
 
G
R
 
R
P
 
K
V
 
S
L
 
L
F
 
C
L
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
T
 
A
G
 
G
I
 
L
A
 
S
P
 
Y
F
 
A
L
 
A
S
 
A
M
 
I
L
 
A
D
 
R
V
 
A
L
 
S
A
 
I
A
 
R
N
 
E
G
 
T
S
 
D
P
 
-
H
 
-
P
 
-
I
 
V
R
 
K
L
 
L
V
 
F
Y
 
Y
G
 
G
V
 
S
-
 
R
T
 
T
H
 
P
E
 
W
I
 
I
D
 
D
L
 
I
V
 
D
A
 
E
L
 
V
A
 
V
Q
 
Q
L
 
-
D
 
-
R
 
-
A
 
-
K
 
-
D
 
-
Q
 
-
L
 
-
A
 
A
G
 
V
F
 
T
E
 
E
Y
 
F
R
 
I
T
 
H
C
 
Q
V
 
V
L
 
V
D
 
D
P
 
A
V
 
A
S
 
L
N
 
L
E
 
E
T
 
T
R
 
L
K
 
P
G
 
E
Y
 
Y
V
 
-
T
 
-
Q
 
-
H
 
-
V
 
-
E
 
-
R
 
-
D
 
-
W
 
-
L
 
-
N
 
-
G
 
-
G
 
-
D
 
-
V
 
-
D
 
E
I
 
I
Y
 
Y
L
 
L
C
 
A
G
 
G
P
 
P
V
 
P
A
 
P
M
 
M
V
 
V
D
 
D
A
 
A
V
 
T
R
 
V
A
 
R
W
 
M
L
 
L
Q
 
L
D
 
G
A
 
K
G
 
G
V
 
V
T
 
P
P
 
R
A
 
D
S
 
Q
F
 
I
H
 
H
Y
 
F
E
 
D
K
 
A
F
 
F

2r6hC Crystal structure of the domain comprising the NAD binding and the fad binding regions of the nadh:ubiquinone oxidoreductase, na translocating, f subunit from porphyromonas gingivalis
24% identity, 43% coverage: 189:333/339 of query aligns to 136:288/289 of 2r6hC

query
sites
2r6hC
P
 
P
G
 
G
Q
 
D
P
 
K
I
 
V
S
 
M
F
 
M
A
 
S
G
 
G
P
 
P
Y
 
Y
G
 
G
S
 
D
F
 
F
Y
 
H
L
 
I
R
 
Q
E
 
D
V
 
T
A
 
D
R
 
A
P
 
E
V
 
M
L
 
L
F
 
Y
L
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
T
 
A
G
 
G
I
 
M
A
 
A
P
 
P
F
 
L
L
 
R
S
 
A
-
 
Q
M
 
I
L
 
L
D
 
H
V
 
L
L
 
F
A
 
R
A
 
T
N
 
L
G
 
K
S
 
T
P
 
G
H
 
R
P
 
K
I
 
V
R
 
S
L
 
Y
V
 
W
Y
 
Y
G
 
G
V
 
A
T
 
R
H
 
S
E
 
K
I
 
N
D
 
E
L
 
I
V
 
F
A
 
Y
L
 
E
A
 
E
Q
 
D
L
 
F
D
 
R
R
 
E
A
 
I
K
 
E
D
 
R
Q
 
E
L
 
F
A
 
P
G
 
N
F
 
F
E
 
K
Y
 
F
R
 
H
T
 
I
C
 
A
V
 
L
L
 
S
D
 
D
P
 
P
V
 
Q
S
 
P
N
 
E
E
 
D
T
 
N
R
 
W
K
 
T
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
-
 
G
-
 
F
-
 
I
T
 
H
Q
 
Q
H
 
V
V
 
I
E
 
Y
R
 
D
D
 
N
W
 
Y
L
 
L
N
 
K
G
 
D
G
 
H
-
 
D
-
 
A
-
 
P
-
 
E
D
 
D
V
 
I
D
 
E
I
 
Y
Y
 
Y
L
 
M
C
|
C
G
 
G
P
 
P
V
 
G
A
 
P
M
 
M
V
 
A
D
 
N
A
 
A
V
 
V
R
 
K
A
 
G
W
 
M
L
 
L
Q
 
E
D
 
N
A
 
L
G
 
G
V
 
V
T
 
P
P
 
R
A
 
N
S
 
M
F
 
L
H
 
F
Y
 
F
E
 
D
K
 
D
F
|
F

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>RR42_RS23490 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS23490
MEYNIALQFEDGVTRFITCTANETLSDAAYRQQINIPLDCRDGACGTCRGLCESGEYDLP
ASSYIEDALTPEEAAKGYVLACQTRPRSDCVIKVPASSAACKTGVTRYQGKLAAVDKLSD
STIGFSIDLGEAAAPTFLAGQYVNVDIPGTGLTRSYSFSSAPGAARTSFVVRNVPNGRMS
EFLSNEALPGQPISFAGPYGSFYLREVARPVLFLAGGTGIAPFLSMLDVLAANGSPHPIR
LVYGVTHEIDLVALAQLDRAKDQLAGFEYRTCVLDPVSNETRKGYVTQHVERDWLNGGDV
DIYLCGPVAMVDAVRAWLQDAGVTPASFHYEKFSASNAA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory