SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing RR42_RS26435 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS26435 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2qpzA Naphthalene 1,2-dioxygenase rieske ferredoxin (see paper)
50% identity, 96% coverage: 1:101/105 of query aligns to 2:102/103 of 2qpzA

query
sites
2qpzA
M
 
V
A
 
K
W
 
W
T
 
I
K
 
E
I
 
A
A
 
V
T
 
A
T
 
L
G
 
S
Q
 
D
L
 
I
Q
 
L
D
 
E
D
 
G
E
 
D
V
 
V
M
 
L
P
 
G
L
 
V
T
 
T
L
 
V
G
 
E
E
 
G
A
 
K
Q
 
E
L
 
L
A
 
A
L
 
L
Y
 
Y
R
 
E
S
 
V
E
 
E
G
 
G
E
 
E
Y
 
I
F
 
Y
V
 
A
T
 
T
D
 
D
N
 
N
V
 
L
C
|
C
T
 
T
H
|
H
Q
x
G
Y
 
S
A
 
A
L
 
R
L
 
M
S
 
S
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
E
 
E
D
 
G
G
 
R
C
 
E
I
 
I
E
 
E
C
|
C
P
 
P
L
|
L
H
|
H
Q
 
Q
A
x
G
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
V
R
 
C
T
 
T
G
 
G
Q
 
K
A
 
A
M
 
L
C
 
C
A
 
A
P
|
P
A
 
V
T
 
T
Q
 
Q
G
 
N
I
 
I
K
 
K
V
 
T
Y
 
Y
P
 
P
V
 
V
K
 
K
I
 
I
V
 
E
D
 
N
S
 
L
D
 
R
V
 
V
L
 
M
V
 
I
D
 
D
V
 
L

P0A185 Naphthalene 1,2-dioxygenase system, ferredoxin component from Pseudomonas putida (Arthrobacter siderocapsulatus) (see 2 papers)
50% identity, 96% coverage: 1:101/105 of query aligns to 3:103/104 of P0A185

query
sites
P0A185
M
 
V
A
 
K
W
 
W
T
 
I
K
 
E
I
 
A
A
 
V
T
 
A
T
 
L
G
 
S
Q
 
D
L
 
I
Q
 
L
D
 
E
D
 
G
E
 
D
V
 
V
M
 
L
P
 
G
L
 
V
T
 
T
L
 
V
G
 
E
E
 
G
A
 
K
Q
 
E
L
 
L
A
 
A
L
 
L
Y
 
Y
R
 
E
S
 
V
E
 
E
G
 
G
E
 
E
Y
 
I
F
 
Y
V
 
A
T
 
T
D
 
D
N
 
N
V
 
L
C
|
C
T
 
T
H
|
H
Q
 
G
Y
 
S
A
 
A
L
 
R
L
 
M
S
 
S
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
E
 
E
D
 
G
G
 
R
C
 
E
I
 
I
E
 
E
C
|
C
P
 
P
L
 
L
H
|
H
Q
 
Q
A
 
G
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
V
R
 
C
T
 
T
G
 
G
Q
 
K
A
 
A
M
 
L
C
 
C
A
 
A
P
 
P
A
 
V
T
 
T
Q
 
Q
G
 
N
I
 
I
K
 
K
V
 
T
Y
 
Y
P
 
P
V
 
V
K
 
K
I
 
I
V
 
E
D
 
N
S
 
L
D
 
R
V
 
V
L
 
M
V
 
I
D
 
D
V
 
L

Sites not aligning to the query:

5bokA Ferredoxin component of 3-nitrotoluene dioxygenase from diaphorobacter sp. Strain ds2
45% identity, 94% coverage: 3:101/105 of query aligns to 3:101/102 of 5bokA

query
sites
5bokA
W
 
W
T
 
I
K
 
D
I
 
A
A
 
A
T
 
A
T
 
R
G
 
D
Q
 
E
L
 
V
Q
 
P
D
 
E
D
 
G
E
 
D
V
 
V
M
 
I
P
 
G
L
 
I
T
 
N
L
 
I
G
 
V
E
 
G
A
 
K
Q
 
E
L
 
I
A
 
A
L
 
L
Y
 
Y
R
 
E
S
 
V
E
 
A
G
 
G
E
 
E
Y
 
I
F
 
Y
V
 
A
T
 
T
D
 
D
N
 
N
V
 
T
C
|
C
T
 
T
H
|
H
Q
x
G
Y
 
A
A
|
A
L
 
R
L
 
M
S
 
S
D
 
D
G
 
G
Y
 
F
L
 
L
E
 
E
D
 
G
G
 
R
C
 
E
I
 
I
E
 
E
C
|
C
P
 
P
L
|
L
H
|
H
Q
 
Q
A
 
G
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
V
R
 
C
T
 
T
G
 
G
Q
 
K
A
 
A
M
 
L
C
 
C
A
 
T
P
|
P
A
 
L
T
 
T
Q
 
Q
G
 
D
I
 
I
K
 
K
V
 
T
Y
 
Y
P
 
P
V
 
V
K
 
K
I
 
I
V
 
E
D
 
N
S
 
M
D
 
R
V
 
V
L
 
M
V
 
L
D
 
K
V
 
L

1fqtA Crystal structure of the rieske-type ferredoxin associated with biphenyl dioxygenase (see paper)
37% identity, 95% coverage: 1:100/105 of query aligns to 1:101/109 of 1fqtA

query
sites
1fqtA
M
 
M
A
 
K
W
 
F
T
 
T
K
 
R
I
 
V
A
 
C
T
 
D
T
 
R
G
 
R
Q
 
D
L
 
V
Q
 
P
D
 
E
D
 
G
E
 
E
V
 
A
M
 
L
P
 
K
L
 
V
T
 
E
L
 
S
G
 
G
E
 
G
A
 
T
Q
 
S
L
 
V
A
 
A
L
 
I
Y
 
F
R
 
N
S
 
V
E
 
D
G
 
G
E
 
E
Y
 
L
F
 
F
V
 
A
T
 
T
D
 
Q
N
 
D
V
 
R
C
|
C
T
 
T
H
|
H
Q
x
G
Y
 
D
A
 
W
L
 
S
L
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
G
-
 
G
Y
 
Y
L
 
L
E
 
E
D
 
G
G
 
D
C
 
V
I
 
V
E
 
E
C
|
C
P
 
S
L
 
L
H
|
H
Q
 
M
A
x
G
R
 
K
F
 
F
D
 
C
I
 
V
R
 
R
T
 
T
G
 
G
Q
 
K
A
 
V
M
 
K
C
 
S
A
 
P
P
 
P
A
x
P
T
 
C
Q
 
E
G
 
A
I
 
L
K
 
K
V
 
I
Y
 
F
P
 
P
V
 
I
K
 
R
I
 
I
V
 
E
D
 
D
S
 
N
D
 
D
V
 
V
L
 
L
V
 
V
D
 
D

2i7fA Sphingomonas yanoikuyae b1 ferredoxin (see paper)
53% identity, 70% coverage: 27:100/105 of query aligns to 27:100/102 of 2i7fA

query
sites
2i7fA
L
 
L
A
 
A
L
 
V
Y
 
Y
R
 
N
S
 
V
E
 
D
G
 
G
E
 
E
Y
 
V
F
 
F
V
 
V
T
 
T
D
 
D
N
 
N
V
 
L
C
|
C
T
 
T
H
|
H
Q
x
G
Y
 
N
A
 
A
L
 
M
L
 
L
S
 
T
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
L
 
Q
E
 
D
D
 
G
G
 
T
C
 
I
I
 
I
E
 
E
C
|
C
P
 
P
L
x
F
H
|
H
Q
 
G
A
 
G
R
 
S
F
 
F
D
 
D
I
 
I
R
 
A
T
 
T
G
 
G
Q
 
A
A
 
A
M
 
K
C
 
A
A
 
F
P
 
P
A
 
C
T
 
Q
Q
 
I
G
 
P
I
 
I
K
 
K
V
 
T
Y
 
Y
P
 
P
V
 
V
K
 
T
I
 
I
V
 
E
D
 
D
S
 
G
D
 
W
V
 
V
L
 
C
V
 
I
D
 
D

2e4pA Crystal structure of bpha3 (oxidized form) (see paper)
34% identity, 98% coverage: 3:105/105 of query aligns to 2:105/108 of 2e4pA

query
sites
2e4pA
W
 
F
T
 
T
K
 
K
I
x
A
A
 
C
T
 
S
T
 
V
G
 
D
Q
x
E
L
 
V
Q
 
P
D
 
P
D
 
G
E
 
E
V
 
A
M
 
L
P
 
Q
L
 
V
T
 
S
L
 
H
G
 
D
E
 
A
A
 
Q
Q
 
K
L
 
V
A
 
A
L
 
I
Y
 
F
R
 
N
S
 
V
E
 
D
G
 
G
E
 
E
Y
 
F
F
 
F
V
 
A
T
 
T
D
 
Q
N
 
D
V
 
Q
C
|
C
T
 
T
H
|
H
-
x
G
Q
 
E
Y
 
W
A
 
S
L
 
L
L
 
S
S
 
E
D
 
G
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
E
 
D
D
 
G
G
 
D
C
 
V
I
 
V
E
 
E
C
|
C
P
 
S
L
 
L
H
|
H
Q
 
M
A
x
G
R
 
K
F
 
F
D
 
C
I
 
V
R
 
R
T
 
T
G
 
G
Q
 
K
A
 
V
M
 
K
C
 
S
A
 
P
P
 
P
A
 
P
T
 
C
Q
 
E
G
 
P
I
 
L
K
 
K
V
 
V
Y
 
Y
P
 
P
V
 
I
K
 
R
I
 
I
V
 
E
D
 
G
S
 
R
D
 
D
V
 
V
L
 
L
V
 
V
D
 
D
V
 
F
M
 
S
V
 
R
T
 
A
A
 
A

3dqyA Crystal structure of toluene 2,3-dioxygenase ferredoxin (see paper)
37% identity, 94% coverage: 3:101/105 of query aligns to 2:100/106 of 3dqyA

query
sites
3dqyA
W
 
W
T
 
T
K
 
Y
I
 
I
A
 
L
T
 
R
T
 
Q
G
 
G
Q
 
D
L
 
L
Q
 
P
D
 
P
D
 
G
E
 
E
V
 
M
M
 
Q
P
 
R
L
 
Y
T
 
E
L
 
G
G
 
G
E
 
P
A
 
E
Q
 
P
L
 
V
A
 
M
L
 
V
Y
 
C
R
 
N
S
 
V
E
 
D
G
 
G
E
 
E
Y
 
F
F
 
F
V
 
A
T
 
V
D
 
Q
N
 
D
V
 
T
C
|
C
T
 
T
H
|
H
Q
x
G
Y
 
D
A
 
W
L
 
A
L
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
E
 
D
D
 
G
G
 
D
C
 
I
I
 
V
E
 
E
C
|
C
P
 
T
L
 
L
H
|
H
Q
 
F
A
x
G
R
 
K
F
 
F
D
 
C
I
 
V
R
 
R
T
 
T
G
 
G
Q
 
K
A
 
V
M
 
K
C
 
A
A
 
L
P
 
P
A
 
A
T
 
C
Q
 
K
G
 
P
I
 
I
K
 
K
V
 
V
Y
 
F
P
 
P
V
 
I
K
 
K
I
 
V
V
 
E
D
 
G
S
 
D
D
 
E
V
 
V
L
 
H
V
 
V
D
 
D
V
 
L

Q8GI16 Ferredoxin CarAc; Carbazole 1,9a-dioxygenase, ferredoxin component; CARDO from Pseudomonas resinovorans (see 2 papers)
33% identity, 92% coverage: 3:99/105 of query aligns to 5:102/107 of Q8GI16

query
sites
Q8GI16
W
 
W
T
 
L
K
 
K
I
 
V
A
 
C
T
 
A
T
 
A
G
 
S
Q
 
D
L
 
M
Q
 
Q
D
 
P
D
 
G
E
 
T
V
 
I
M
 
R
P
 
R
L
 
V
T
 
N
-
 
R
L
 
V
G
 
G
E
 
A
A
 
A
Q
 
P
L
 
L
A
 
A
L
 
V
Y
 
Y
R
 
R
S
 
V
E
 
G
G
 
D
E
 
Q
Y
 
F
F
 
Y
V
 
A
T
 
T
D
 
E
N
 
D
V
 
T
C
|
C
T
 
T
H
|
H
Q
 
G
Y
 
I
A
 
A
L
 
S
L
 
L
S
 
S
D
 
E
G
 
G
Y
 
T
L
 
L
E
 
D
D
 
G
G
 
D
C
 
V
I
 
I
E
 
E
C
|
C
P
 
P
L
 
F
H
|
H
Q
 
G
A
 
G
R
 
A
F
 
F
D
 
N
I
 
V
R
 
C
T
 
T
G
 
G
Q
 
M
A
 
P
M
 
A
C
 
S
A
 
S
P
 
P
A
 
C
T
 
T
Q
 
V
G
 
P
I
 
L
K
 
G
V
 
V
Y
 
F
P
 
E
V
 
V
K
 
E
I
 
V
V
 
K
D
 
E
S
 
G
D
 
E
V
 
V
L
 
Y
V
 
V

4nbbE Carbazole- and oxygen-bound oxygenase with ile262 replaced by val and ferredoxin complex of carbazole 1,9a-dioxygenase (see paper)
33% identity, 92% coverage: 3:99/105 of query aligns to 4:101/114 of 4nbbE

query
sites
4nbbE
W
 
W
T
 
L
K
 
K
I
 
V
A
 
C
T
 
A
T
 
A
G
 
S
Q
 
D
L
 
M
Q
 
Q
D
 
P
D
 
G
E
 
T
V
 
I
M
 
R
P
 
R
L
 
V
T
 
N
-
 
R
L
 
V
G
 
G
E
 
A
A
 
A
Q
 
P
L
 
L
A
 
A
L
 
V
Y
 
Y
R
 
R
S
 
V
E
 
G
G
 
D
E
 
Q
Y
 
F
F
 
Y
V
 
A
T
 
T
D
 
E
N
 
D
V
 
T
C
|
C
T
 
T
H
|
H
Q
x
G
Y
 
I
A
 
A
L
 
S
L
 
L
S
 
S
D
 
E
G
 
G
Y
 
T
L
 
L
E
 
D
D
 
G
G
 
D
C
 
V
I
 
I
E
 
E
C
|
C
P
 
P
L
x
F
H
|
H
Q
 
G
A
x
G
R
 
A
F
 
F
D
 
N
I
 
V
R
 
C
T
 
T
G
 
G
Q
 
M
A
 
P
M
 
A
C
 
S
A
 
S
P
 
P
A
 
C
T
 
T
Q
 
V
G
 
P
I
 
L
K
 
G
V
 
V
Y
 
F
P
 
E
V
 
V
K
 
E
I
 
V
V
 
K
D
 
E
S
 
G
D
 
E
V
 
V
L
 
Y
V
 
V

P95483 Aminopyrrolnitrin oxygenase PrnD; Arylamine oxygenase; EC 1.14.13.- from Pseudomonas fluorescens (see 2 papers)
33% identity, 76% coverage: 2:81/105 of query aligns to 28:106/363 of P95483

query
sites
P95483
A
 
S
W
 
W
T
 
Y
K
 
V
I
 
A
A
 
M
T
 
R
T
 
S
G
 
N
Q
 
E
L
 
L
Q
 
K
D
 
D
D
 
K
E
 
P
V
 
T
M
 
E
P
 
L
L
 
T
T
 
L
L
 
F
G
 
G
E
 
R
A
 
P
Q
 
C
L
 
V
A
 
A
L
 
W
Y
 
R
R
 
G
S
 
A
E
 
T
G
 
G
E
 
R
Y
 
A
F
 
V
V
 
V
T
 
M
D
 
D
N
 
R
V
 
H
C
|
C
T
 
S
H
 
H
Q
 
L
Y
 
G
A
 
A
L
 
N
L
 
L
S
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
R
L
 
I
E
 
K
D
 
D
G
 
G
C
 
C
I
 
I
E
 
Q
C
|
C
P
 
P
L
 
F
H
 
H
Q
 
H
A
 
W
R
 
R
F
 
Y
D
 
D
I
 
-
R
 
E
T
 
Q
G
 
G
Q
 
Q
A
 
C
M
 
V
C
 
H
A
 
I
P
 
P
A
 
G

Sites not aligning to the query:

3gceA Ferredoxin of carbazole 1,9a-dioxygenase from nocardioides aromaticivorans ic177 (see paper)
30% identity, 90% coverage: 5:99/105 of query aligns to 5:101/104 of 3gceA

query
sites
3gceA
K
 
R
I
 
V
A
 
A
T
 
T
T
 
L
G
 
D
Q
 
Q
L
 
L
Q
 
K
D
 
P
D
 
G
E
 
V
V
 
P
M
 
T
P
 
A
L
 
F
T
 
D
L
 
V
G
 
D
E
 
G
A
 
D
Q
 
E
L
 
V
A
 
M
L
 
V
Y
 
V
R
 
R
S
 
D
E
 
G
G
 
D
E
 
S
Y
 
V
F
 
Y
V
 
A
T
 
I
D
 
S
N
 
N
V
 
L
C
|
C
T
 
S
H
|
H
Q
x
A
Y
 
E
A
 
A
L
 
Y
L
 
L
S
 
D
D
 
M
G
 
G
-
 
V
-
 
F
Y
 
H
L
 
A
E
 
E
D
 
S
G
 
L
C
 
E
I
 
I
E
 
E
C
|
C
P
 
P
L
 
L
H
|
H
Q
 
V
A
x
G
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
V
R
 
R
T
 
T
G
 
G
Q
 
A
A
 
P
M
 
T
C
 
A
A
 
L
P
|
P
A
 
C
T
 
V
Q
 
L
G
 
P
I
 
V
K
 
R
V
 
A
Y
 
Y
P
 
D
V
 
V
K
 
V
I
 
V
V
 
D
D
 
G
S
 
T
D
 
E
V
 
I
L
 
L
V
 
V

Q17938 Cholesterol 7-desaturase; Cholesterol desaturase daf-36; Rieske oxygenase DAF-36/Neverland; DAF-36/NVD; EC 1.14.19.21 from Caenorhabditis elegans (see paper)
31% identity, 79% coverage: 2:84/105 of query aligns to 80:165/428 of Q17938

query
sites
Q17938
A
 
G
W
 
W
T
 
Y
K
 
C
I
 
V
A
 
C
T
 
E
T
 
S
G
 
E
Q
 
K
L
 
L
Q
 
A
D
 
N
D
 
N
E
 
Q
V
 
I
M
 
M
P
 
E
L
 
I
T
 
T
L
 
V
G
 
L
E
 
G
A
 
Q
Q
 
F
L
 
L
A
 
S
L
 
L
Y
 
I
R
 
R
S
 
S
E
 
E
-
 
S
G
 
G
E
 
A
Y
 
V
F
 
Y
V
 
I
T
 
T
D
 
D
N
 
S
V
 
Y
C
|
C
T
 
P
H
 
H
Q
 
I
Y
 
G
A
 
A
L
 
N
L
 
F
S
 
N
D
 
I
G
 
G
-
 
G
-
 
R
Y
 
V
L
 
V
E
 
R
D
 
D
G
 
N
C
 
C
I
 
I
E
 
Q
C
 
C
P
 
P
L
 
F
H
 
H
Q
 
G
A
 
W
R
 
I
F
 
F
D
 
S
I
 
A
R
 
E
T
 
T
G
 
G
Q
 
K
A
 
C
M
 
V
C
 
E
A
 
V
P
 
P
A
 
Y
T
 
D
Q
 
E
G
 
G

Sites not aligning to the query:

6vshC Crystal structure of apo dicamba monooxygenase (see paper)
33% identity, 93% coverage: 2:99/105 of query aligns to 7:108/320 of 6vshC

query
sites
6vshC
A
 
A
W
 
W
T
 
Y
K
 
V
I
 
A
A
 
A
T
 
L
T
 
P
G
 
E
Q
 
E
L
 
L
Q
 
S
D
 
E
D
 
K
E
 
-
V
 
-
M
 
-
P
 
P
L
 
L
-
 
G
-
 
R
T
 
T
L
 
I
G
 
L
E
 
D
A
 
T
Q
 
P
L
 
L
A
 
A
L
 
L
Y
 
Y
R
 
R
S
 
Q
-
 
P
E
 
D
G
 
G
E
 
V
Y
 
V
F
 
A
V
 
A
T
 
L
D
 
L
N
 
D
V
 
I
C
|
C
T
 
P
H
|
H
Q
 
R
Y
 
F
A
 
A
L
 
P
L
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
G
Y
 
I
L
 
L
E
 
V
D
 
N
G
 
G
C
 
H
I
 
L
E
 
Q
C
|
C
P
 
P
L
x
Y
H
|
H
Q
 
G
A
x
L
R
 
E
F
 
F
D
 
D
I
 
-
R
 
-
T
 
-
G
 
G
Q
 
G
A
 
G
M
 
Q
C
 
C
A
 
V
-
 
H
-
 
N
-
 
P
-
 
H
-
 
G
-
 
N
-
 
G
-
 
A
-
 
R
P
 
P
A
 
A
T
 
S
Q
 
L
G
 
N
I
 
V
K
 
R
V
 
S
Y
 
F
P
 
P
V
 
V
K
 
-
I
 
-
V
 
V
D
 
E
S
 
R
D
 
D
V
 
A
L
 
L
V
 
I

3gobA Crystal structure of dicamba monooxygenase with non-heme cobalt and dcsa (see paper)
33% identity, 93% coverage: 2:99/105 of query aligns to 8:109/342 of 3gobA

query
sites
3gobA
A
 
A
W
 
W
T
 
Y
K
 
V
I
 
A
A
 
A
T
 
L
T
 
P
G
 
E
Q
 
E
L
 
L
Q
 
S
D
 
E
D
 
K
E
 
-
V
 
-
M
 
-
P
 
P
L
 
L
-
 
G
-
 
R
T
 
T
L
 
I
G
 
L
E
 
D
A
 
T
Q
 
P
L
 
L
A
 
A
L
 
L
Y
 
Y
R
 
R
S
 
Q
-
 
P
E
 
D
G
 
G
E
 
V
Y
 
V
F
 
A
V
 
A
T
 
L
D
 
L
N
 
D
V
 
I
C
|
C
T
 
P
H
|
H
Q
x
R
Y
 
F
A
 
A
L
 
P
L
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
G
Y
 
I
L
 
L
E
 
V
D
 
N
G
 
G
C
 
H
I
 
L
E
 
Q
C
|
C
P
 
P
L
x
Y
H
|
H
Q
 
G
A
x
L
R
 
E
F
 
F
D
 
D
I
 
-
R
 
-
T
 
-
G
 
G
Q
 
G
A
 
G
M
 
Q
C
 
C
A
 
V
-
 
H
-
 
N
-
 
P
-
 
H
-
 
G
-
 
N
-
 
G
-
 
A
-
 
R
P
 
P
A
 
A
T
 
S
Q
 
L
G
 
N
I
 
V
K
 
R
V
 
S
Y
 
F
P
 
P
V
 
V
K
 
-
I
 
-
V
 
V
D
 
E
S
 
R
D
 
D
V
 
A
L
 
L
V
 
I

Sites not aligning to the query:

3gkeA Crystal structure of dicamba monooxygenase (see paper)
33% identity, 93% coverage: 2:99/105 of query aligns to 7:108/340 of 3gkeA

query
sites
3gkeA
A
 
A
W
 
W
T
 
Y
K
 
V
I
 
A
A
 
A
T
 
L
T
 
P
G
 
E
Q
 
E
L
 
L
Q
 
S
D
 
E
D
 
K
E
 
-
V
 
-
M
 
-
P
 
P
L
 
L
-
 
G
-
 
R
T
 
T
L
 
I
G
 
L
E
 
D
A
 
T
Q
 
P
L
 
L
A
 
A
L
 
L
Y
 
Y
R
 
R
S
 
Q
-
 
P
E
 
D
G
 
G
E
 
V
Y
 
V
F
 
A
V
 
A
T
 
L
D
 
L
N
 
D
V
 
I
C
|
C
T
 
P
H
|
H
Q
x
R
Y
 
F
A
 
A
L
 
P
L
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
G
Y
 
I
L
 
L
E
 
V
D
 
N
G
 
G
C
 
H
I
 
L
E
 
Q
C
|
C
P
 
P
L
x
Y
H
|
H
Q
 
G
A
x
L
R
 
E
F
 
F
D
 
D
I
 
-
R
 
-
T
 
-
G
 
G
Q
 
G
A
 
G
M
 
Q
C
 
C
A
 
V
-
 
H
-
 
N
-
 
P
-
 
H
-
 
G
-
 
N
-
 
G
-
 
A
-
 
R
P
 
P
A
 
A
T
 
S
Q
 
L
G
 
N
I
 
V
K
 
R
V
 
S
Y
 
F
P
 
P
V
 
V
K
 
-
I
 
-
V
 
V
D
 
E
S
 
R
D
 
D
V
 
A
L
 
L
V
 
I

Sites not aligning to the query:

3gb4A Crystal structure of dicamba monooxygenase with non-heme cobalt and dicamba (see paper)
33% identity, 93% coverage: 2:99/105 of query aligns to 7:108/341 of 3gb4A

query
sites
3gb4A
A
 
A
W
 
W
T
 
Y
K
 
V
I
 
A
A
 
A
T
 
L
T
 
P
G
 
E
Q
 
E
L
 
L
Q
 
S
D
 
E
D
 
K
E
 
-
V
 
-
M
 
-
P
 
P
L
 
L
-
 
G
-
 
R
T
 
T
L
 
I
G
 
L
E
 
D
A
 
T
Q
 
P
L
 
L
A
 
A
L
 
L
Y
 
Y
R
 
R
S
 
Q
-
 
P
E
 
D
G
 
G
E
 
V
Y
 
V
F
 
A
V
 
A
T
 
L
D
 
L
N
 
D
V
 
I
C
|
C
T
 
P
H
|
H
Q
x
R
Y
 
F
A
 
A
L
 
P
L
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
G
Y
 
I
L
 
L
E
 
V
D
 
N
G
 
G
C
 
H
I
 
L
E
 
Q
C
|
C
P
 
P
L
x
Y
H
|
H
Q
 
G
A
x
L
R
 
E
F
 
F
D
 
D
I
 
-
R
 
-
T
 
-
G
 
G
Q
 
G
A
 
G
M
 
Q
C
 
C
A
 
V
-
 
H
-
 
N
-
 
P
-
 
H
-
 
G
-
 
N
-
 
G
-
 
A
-
 
R
P
 
P
A
 
A
T
 
S
Q
 
L
G
 
N
I
 
V
K
 
R
V
 
S
Y
 
F
P
 
P
V
 
V
K
 
-
I
 
-
V
 
V
D
 
E
S
 
R
D
 
D
V
 
A
L
 
L
V
 
I

Sites not aligning to the query:

Q5S3I3 Dicamba O-demethylase, oxygenase component; Dicamba monooxygenase; DMO; Three-component Rieske non-heme iron oxygenase system; EC 1.14.15.- from Stenotrophomonas maltophilia (Pseudomonas maltophilia) (Xanthomonas maltophilia) (see 3 papers)
33% identity, 93% coverage: 2:99/105 of query aligns to 7:108/339 of Q5S3I3

query
sites
Q5S3I3
A
 
A
W
 
W
T
 
Y
K
 
V
I
 
A
A
 
A
T
 
L
T
 
P
G
 
E
Q
 
E
L
 
L
Q
 
S
D
 
E
D
 
K
E
 
-
V
 
-
M
 
-
P
 
P
L
 
L
-
 
G
-
 
R
T
 
T
L
 
I
G
 
L
E
 
D
A
 
T
Q
 
P
L
 
L
A
 
A
L
 
L
Y
 
Y
R
 
R
S
 
Q
-
 
P
E
 
D
G
 
G
E
 
V
Y
 
V
F
 
A
V
 
A
T
 
L
D
 
L
N
 
D
V
 
I
C
|
C
T
 
P
H
|
H
Q
 
R
Y
 
F
A
 
A
L
 
P
L
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
G
Y
 
I
L
 
L
E
 
V
D
 
N
G
 
G
C
 
H
I
 
L
E
 
Q
C
|
C
P
 
P
L
 
Y
H
|
H
Q
 
G
A
 
L
R
 
E
F
 
F
D
 
D
I
 
-
R
 
-
T
 
-
G
 
G
Q
 
G
A
 
G
M
 
Q
C
 
C
A
 
V
-
 
H
-
 
N
-
 
P
-
 
H
-
 
G
-
 
N
-
 
G
-
 
A
-
 
R
P
 
P
A
 
A
T
 
S
Q
 
L
G
 
N
I
 
V
K
 
R
V
 
S
Y
 
F
P
 
P
V
 
V
K
 
-
I
 
-
V
 
V
D
 
E
S
 
R
D
 
D
V
 
A
L
 
L
V
 
I

Sites not aligning to the query:

3gkeB Crystal structure of dicamba monooxygenase (see paper)
33% identity, 93% coverage: 2:99/105 of query aligns to 7:108/334 of 3gkeB

query
sites
3gkeB
A
 
A
W
 
W
T
 
Y
K
 
V
I
 
A
A
 
A
T
 
L
T
 
P
G
 
E
Q
 
E
L
 
L
Q
 
S
D
 
E
D
 
K
E
 
-
V
 
-
M
 
-
P
 
P
L
 
L
-
 
G
-
 
R
T
 
T
L
 
I
G
 
L
E
 
D
A
 
T
Q
 
P
L
 
L
A
 
A
L
 
L
Y
 
Y
R
 
R
S
 
Q
-
 
P
E
 
D
G
 
G
E
 
V
Y
 
V
F
 
A
V
 
A
T
 
L
D
 
L
N
 
D
V
 
I
C
|
C
T
 
P
H
|
H
Q
x
R
Y
 
F
A
 
A
L
 
P
L
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
G
Y
 
I
L
 
L
E
 
V
D
 
N
G
 
G
C
 
H
I
 
L
E
 
Q
C
|
C
P
 
P
L
x
Y
H
|
H
Q
 
G
A
x
L
R
 
E
F
 
F
D
 
D
I
 
-
R
 
-
T
 
-
G
 
G
Q
 
G
A
 
G
M
 
Q
C
 
C
A
 
V
-
 
H
-
 
N
-
 
P
-
 
H
-
 
G
-
 
N
-
 
G
-
 
A
-
 
R
P
 
P
A
 
A
T
 
S
Q
 
L
G
 
N
I
 
V
K
 
R
V
 
S
Y
 
F
P
 
P
V
 
V
K
 
-
I
 
-
V
 
V
D
 
E
S
 
R
D
 
D
V
 
A
L
 
L
V
 
I

Sites not aligning to the query:

Q9MBA1 Chlorophyllide a oxygenase, chloroplastic; Chlorophyll a oxygenase; Chlorophyll b synthase; AtCAO; EC 1.14.13.122 from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (see paper)
29% identity, 81% coverage: 3:87/105 of query aligns to 221:305/536 of Q9MBA1

query
sites
Q9MBA1
W
 
W
T
 
Y
K
 
P
I
 
V
A
 
A
T
 
F
T
 
T
G
 
A
Q
 
D
L
 
L
Q
 
K
D
 
H
D
 
D
E
 
T
V
 
M
M
 
V
P
 
P
L
 
I
T
 
E
L
 
C
G
 
F
E
 
E
A
 
Q
Q
 
P
L
 
W
A
 
V
L
 
I
Y
 
F
R
 
R
S
 
G
E
 
E
-
 
D
G
 
G
E
 
K
Y
 
P
F
 
G
V
 
C
T
 
V
D
 
R
N
 
N
V
 
T
C
 
C
T
 
A
H
 
H
Q
 
R
Y
 
A
A
 
C
L
 
P
L
 
L
S
 
D
D
 
L
G
 
G
Y
 
T
L
 
V
E
 
N
D
 
E
G
 
G
C
 
R
I
 
I
E
 
Q
C
 
C
P
 
P
L
 
Y
H
 
H
Q
 
G
A
 
W
R
 
E
F
 
Y
D
 
S
I
 
T
R
 
-
T
 
D
G
 
G
Q
 
E
A
 
C
M
 
K
C
 
K
A
 
M
P
 
P
A
 
S
T
 
T
Q
 
K
G
 
L
I
 
L
K
 
K
V
 
V

Sites not aligning to the query:

8jngA Methanesulfonate monooxygenase ferredoxin subunit of pbs-psii-psi-lhcs from porphyridium purpureum.
25% identity, 70% coverage: 2:75/105 of query aligns to 4:78/147 of 8jngA

query
sites
8jngA
A
 
A
W
 
W
T
 
V
K
 
Q
I
 
L
A
 
L
T
 
P
T
 
T
G
 
S
Q
 
D
L
 
I
Q
 
S
D
 
P
D
 
G
E
 
E
V
 
L
M
 
K
P
 
P
-
 
V
L
 
F
T
 
A
L
 
A
G
 
G
E
 
Q
A
 
S
Q
 
V
L
 
V
A
 
V
L
 
A
Y
 
C
R
 
D
S
 
Y
E
 
D
G
 
G
E
 
Q
Y
 
V
F
 
Y
V
 
A
T
 
S
D
 
A
N
 
N
V
 
I
C
 
C
T
 
P
H
|
H
Q
x
L
Y
 
G
A
x
T
L
 
P
L
 
L
S
 
D
D
 
N
G
 
G
Y
 
S
L
 
V
E
 
G
D
 
D
G
 
G
C
 
N
I
 
I
E
 
V
C
|
C
P
 
A
L
x
Q
H
|
H
Q
 
K
A
x
S
R
 
S
F
 
W
D
 
N
I
 
L
R
 
S
T
 
T
G
 
G
Q
 
E

Query Sequence

>RR42_RS26435 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS26435
MAWTKIATTGQLQDDEVMPLTLGEAQLALYRSEGEYFVTDNVCTHQYALLSDGYLEDGCI
ECPLHQARFDIRTGQAMCAPATQGIKVYPVKIVDSDVLVDVMVTA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory