SitesBLAST

SitesBLAST – Find functional sites

SitesBLAST

Comparing RR42_RS26495 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS26495 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1t3qB Crystal structure of quinoline 2-oxidoreductase from pseudomonas putida 86 (see paper)
36% identity, 98% coverage: 1:784/802 of query aligns to 1:782/786 of 1t3qB

query
sites
1t3qB

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binding pterin cytosine dinucleotide: G254 (≠ A250), F255 (= F251), R371 (= R367), S506 (≠ H507), G507 (= G508), Q508 (= Q509), H510 (≠ M511), T513 (= T514), Y545 (= Y547), S547 (= S549), G549 (≠ S551), A550 (≠ L552), C666 (= C668), I670 (≠ V672), I674 (≠ V676), V675 (= V677), Q678 (= Q680), K739 (= K741), G740 (= G742), M741 (= M743), G742 (= G744)

1ffvB Carbon monoxide dehydrogenase from hydrogenophaga pseudoflava (see paper)
33% identity, 96% coverage: 13:784/802 of query aligns to 11:790/797 of 1ffvB

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1ffvB

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1ffuB Carbon monoxide dehydrogenase from hydrogenophaga pseudoflava which lacks the mo-pyranopterin moiety of the molybdenum cofactor (see paper)
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P19913 Carbon monoxide dehydrogenase large chain; CO dehydrogenase subunit L; CO-DH L; EC 1.2.5.3 from Hydrogenophaga pseudoflava (Pseudomonas carboxydoflava) (see paper)
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1n63B Crystal structure of the cu,mo-co dehydrogenase (codh); carbon monoxide reduced state (see paper)
30% identity, 95% coverage: 12:774/802 of query aligns to 15:788/805 of 1n63B

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1n5wB Crystal structure of the cu,mo-co dehydrogenase (codh); oxidized form (see paper)
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binding pterin cytosine dinucleotide: G265 (≠ A250), F266 (= F251), R382 (= R367), Q523 (≠ H507), G524 (= G508), Q525 (= Q509), H527 (≠ M511), T530 (= T514), T562 (= T546), Y563 (= Y547), S565 (= S549), S567 (= S551), T568 (≠ L552), C681 (= C668), I685 (≠ V672), I689 (≠ V676), I690 (≠ V677), Q693 (= Q680), K754 (= K741), G755 (= G742), V756 (≠ M743), E758 (= E745)

1n60B Crystal structure of the cu,mo-co dehydrogenase (codh); cyanide- inactivated form (see paper)
30% identity, 95% coverage: 12:774/802 of query aligns to 13:786/803 of 1n60B

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binding pterin cytosine dinucleotide: G264 (≠ A250), F265 (= F251), R381 (= R367), Q522 (≠ H507), G523 (= G508), Q524 (= Q509), H526 (≠ M511), T529 (= T514), T561 (= T546), Y562 (= Y547), G563 (≠ A548), S564 (= S549), S566 (= S551), T567 (≠ L552), C680 (= C668), I684 (≠ V672), I688 (≠ V676), I689 (≠ V677), Q692 (= Q680), K753 (= K741), G754 (= G742), V755 (≠ M743), E757 (= E745)
binding mo(vi)(=o)(oh)2 cluster: F265 (= F251), G266 (= G252), Y562 (= Y547), G563 (≠ A548), E757 (= E745)

P19919 Carbon monoxide dehydrogenase large chain; CO dehydrogenase subunit L; CO-DH L; EC 1.2.5.3 from Afipia carboxidovorans (strain ATCC 49405 / DSM 1227 / KCTC 32145 / OM5) (Oligotropha carboxidovorans) (see 2 papers)
30% identity, 95% coverage: 12:774/802 of query aligns to 19:792/809 of P19919

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P19919

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C388 (≠ G368) binding
E763 (= E745) binding

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1zxiB

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binding pterin cytosine dinucleotide: G265 (≠ A250), F266 (= F251), R382 (= R367), Q523 (≠ H507), G524 (= G508), Q525 (= Q509), H527 (≠ M511), T530 (= T514), T562 (= T546), Y563 (= Y547), S565 (= S549), S567 (= S551), T568 (≠ L552), C681 (= C668), I685 (≠ V672), I689 (≠ V676), I690 (≠ V677), Q693 (= Q680), K754 (= K741), G755 (= G742), V756 (≠ M743), E758 (= E745)

4zohA Crystal structure of glyceraldehyde oxidoreductase (see paper)
31% identity, 94% coverage: 14:763/802 of query aligns to 3:686/701 of 4zohA

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4zohA

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7dqxD Crystal structure of xanthine dehydrogenase family protein
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7dqxD

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O33819 4-hydroxybenzoyl-CoA reductase subunit alpha; 4-HBCR subunit alpha; EC 1.1.7.1 from Thauera aromatica (see paper)
28% identity, 97% coverage: 14:790/802 of query aligns to 11:768/769 of O33819

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O33819

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SSRVT 522:526 (≠ ASRSL 548:552) binding
VGKALN 650:655 (≠ CGTMVN 668:673) binding
KEAS 722:725 (≠ KGMG 741:744) binding

4usaA Aldehyde oxidoreductase from desulfovibrio gigas (mop), soaked with trans-cinnamaldehyde (see paper)
27% identity, 96% coverage: 15:784/802 of query aligns to 177:905/907 of 4usaA

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sites
4usaA

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binding bicarbonate ion: R460 (≠ A289), A531 (≠ P365), F532 (≠ Y366), Y535 (≠ V369), Q539 (≠ G373)
binding hydrocinnamic acid: I255 (≠ S86), F425 (≠ C255), F494 (≠ W325), L497 (≠ T328), Y535 (≠ V369), L626 (≠ A468)
binding magnesium ion: E899 (≠ R778), E903 (= E782)
binding (molybdopterin-cytosine dinucleotide-s,s)-dioxo-aqua-molybdenum(v): T420 (≠ A250), F421 (= F251), G422 (= G252), R533 (= R367), W650 (≠ V504), H653 (= H507), G654 (= G508), Q655 (= Q509), G656 (= G510), S695 (≠ T546), G696 (≠ Y547), G697 (≠ A548), Q700 (≠ S551), Q701 (≠ L552), C799 (≠ V672), N800 (= N673), T804 (≠ V677), Q807 (= Q680), S865 (≠ K741), G866 (= G742), V867 (≠ M743), G868 (= G744), E869 (= E745)

Sites not aligning to the query:

binding fe2/s2 (inorganic) cluster: 38, 40, 41, 43, 45, 46, 48, 58, 60, 100, 101, 103, 137, 139
binding (molybdopterin-cytosine dinucleotide-s,s)-dioxo-aqua-molybdenum(v): 99, 139

4us9A Aldehyde oxidoreductase from desulfovibrio gigas (mop), soaked with 3- phenylpropionaldehyde (see paper)
27% identity, 96% coverage: 15:784/802 of query aligns to 177:905/907 of 4us9A

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sites
4us9A

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4us8A Aldehyde oxidoreductase from desulfovibrio gigas (mop), soaked with benzaldehyde (see paper)
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Sites not aligning to the query:

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4c7yA Aldehyde oxidoreductase from desulfovibrio gigas (mop), soaked with sodium dithionite and sodium sulfide (see paper)
27% identity, 96% coverage: 15:784/802 of query aligns to 177:905/907 of 4c7yA

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binding bicarbonate ion: R460 (≠ A289), L498 (≠ I329), A531 (≠ P365), Y535 (≠ V369), Q539 (≠ G373)
binding magnesium ion: E899 (≠ R778), E903 (= E782)
binding (molybdopterin-cytosine dinucleotide-s,s)-dioxo-aqua-molybdenum(v): T420 (≠ A250), F421 (= F251), G422 (= G252), R533 (= R367), W650 (≠ V504), H653 (= H507), G654 (= G508), Q655 (= Q509), G656 (= G510), S695 (≠ T546), G696 (≠ Y547), Q700 (≠ S551), Q701 (≠ L552), C799 (≠ V672), N800 (= N673), T804 (≠ V677), Q807 (= Q680), S865 (≠ K741), G866 (= G742), V867 (≠ M743), G868 (= G744), E869 (= E745)
binding hydrogen peroxide: G696 (≠ Y547), G697 (≠ A548), E869 (= E745)

Sites not aligning to the query:

binding fe2/s2 (inorganic) cluster: 40, 41, 43, 45, 46, 48, 58, 60, 100, 101, 103, 137, 139
binding (molybdopterin-cytosine dinucleotide-s,s)-dioxo-aqua-molybdenum(v): 99, 139

3fc4A Ethylene glycol inhibited form of aldehyde oxidoreductase from desulfovibrio gigas (see paper)
27% identity, 96% coverage: 15:784/802 of query aligns to 177:905/907 of 3fc4A

query
sites
3fc4A

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binding 1,2-ethanediol: Y535 (≠ V369), Y622 (= Y463), G696 (≠ Y547), G697 (≠ A548), E869 (= E745)
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binding (molybdopterin-cytosine dinucleotide-s,s)-dioxo-aqua-molybdenum(v): G419 (= G249), T420 (≠ A250), F421 (= F251), G422 (= G252), R533 (= R367), W650 (≠ V504), H653 (= H507), G654 (= G508), Q655 (= Q509), G656 (= G510), S695 (≠ T546), G696 (≠ Y547), Q700 (≠ S551), Q701 (≠ L552), C799 (≠ V672), N800 (= N673), T804 (≠ V677), Q807 (= Q680), S865 (≠ K741), G866 (= G742), V867 (≠ M743), G868 (= G744), E869 (= E745)

Sites not aligning to the query:

binding fe2/s2 (inorganic) cluster: 38, 40, 41, 43, 45, 46, 48, 58, 60, 100, 101, 103, 137, 139
binding (molybdopterin-cytosine dinucleotide-s,s)-dioxo-aqua-molybdenum(v): 99, 139

3fahA Glycerol inhibited form of aldehyde oxidoreductase from desulfovibrio gigas (see paper)
27% identity, 96% coverage: 15:784/802 of query aligns to 177:905/907 of 3fahA

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sites
3fahA

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binding glycerol: P416 (≠ D246), Y535 (≠ V369), Y622 (= Y463), W683 (≠ H534), G696 (≠ Y547), G697 (≠ A548), E869 (= E745), K884 (≠ N760), V889 (= V768), R890 (≠ E769), Y892 (≠ L771)
binding magnesium ion: E899 (≠ R778), E903 (= E782)
binding (molybdopterin-cytosine dinucleotide-s,s)-dioxo-aqua-molybdenum(v): G419 (= G249), T420 (≠ A250), F421 (= F251), G422 (= G252), R533 (= R367), W650 (≠ V504), H653 (= H507), G654 (= G508), Q655 (= Q509), G656 (= G510), S695 (≠ T546), G696 (≠ Y547), Q700 (≠ S551), Q701 (≠ L552), C799 (≠ V672), N800 (= N673), T804 (≠ V677), Q807 (= Q680), S865 (≠ K741), G866 (= G742), V867 (≠ M743), G868 (= G744), E869 (= E745)

Sites not aligning to the query:

binding fe2/s2 (inorganic) cluster: 38, 40, 41, 43, 45, 46, 48, 58, 60, 100, 101, 103, 137, 139
binding (molybdopterin-cytosine dinucleotide-s,s)-dioxo-aqua-molybdenum(v): 99, 139

Query Sequence

>RR42_RS26495 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS26495
MDKDHIENQGGQGVGARVARKEDARHLHGKGRFVADIAMPGLQEVAFLRSPMAHARLLAL
HKPQGLEHAVIGRDDMHGALDIVADSAFPSYQPSAQPPLAAGKVRFVGEPIAMAFAPTRA
QAEDIAERIVAELDELPALTDVDGARQASGTTRVHEHWKNNHFLTLTADKNFDTLSKTAS
VVVSRKIDLARQCMVPMEGKAVLAYWDHQFDQLIVYSATQVPHMIRTVLSHCLGLEQEKV
RVISPDVGGAFGYKCVLQQEELCIAWLAMTYRKPFRFIEDRREHLTAGANSREHHYEVTA
YADARGRLLALDARIAIDGGAYSVWPFTIGLEPGQAIGNLPGPYAFDGYRCITECVATNK
PGFVPYRGVARTGVCFAMELLMDALAREVKREPWEIRCENLVQPESMPYVNVTNKHFDGG
DYPASVRKAAQMIGLAGIRERQRQRLNDPSAGSRYLGVGFGTYTEQSAHGTSVFAAWGTP
VIPGFDSATVRITPDGGLEVRVGVHSHGQGMETTFAQIANEILGIDVSRVKVVHGDTGVT
PFSTGTYASRSLVMSGGAVSRACKALVPRLLKIGAHMLQRPEGEATLAGGSVKAGDAAVP
ISEIANAWYINPQRLPANVDPTGLETTMGYKPSVDTGSFTYSTHAALVEVDTDSGHVEIL
DYVVVEDCGTMVNPMVVEGQTYGGVAQGIGTAMFEEMRYDGNGQPLASTLADYMLPGPTE
IPSIRIHHFETPSPHTEFGAKGMGEGGAIAPPAAIFNAVNDALGSFGVELLETPLTPRKV
LEALARAEQAREPQATPTREAA

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SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory