SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing RR42_RS26820 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS26820 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2ia4B Crystal structure of novel amino acid binding protein from shigella flexneri
55% identity, 94% coverage: 17:290/291 of query aligns to 4:277/278 of 2ia4B

query
sites
2ia4B
A
 
A
A
 
A
S
 
G
P
 
S
T
 
T
L
 
L
A
 
D
R
 
K
I
 
I
K
 
A
E
 
K
S
 
N
G
 
G
T
 
V
I
 
I
T
 
V
I
 
V
G
 
G
H
 
H
R
|
R
T
 
E
T
 
S
S
 
S
I
 
V
P
 
P
F
 
F
S
 
S
Y
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
S
 
N
N
 
Q
Q
 
Q
K
 
K
V
 
V
I
 
V
G
 
G
Y
 
Y
S
 
S
Q
 
Q
D
 
D
I
 
Y
C
 
S
D
 
N
K
 
A
V
 
I
V
 
V
A
 
E
E
 
A
V
 
V
K
 
K
K
 
K
Q
 
K
A
 
L
G
 
N
L
 
K
S
 
P
R
 
D
L
 
L
D
 
Q
V
 
V
R
 
K
M
 
L
V
 
I
P
 
P
V
 
I
T
 
T
S
|
S
Q
 
Q
N
 
N
R
|
R
I
 
I
S
 
P
L
 
L
V
 
L
Q
 
Q
N
 
N
G
 
G
T
 
T
V
 
F
D
 
D
L
 
F
E
 
E
C
 
C
G
 
G
V
x
S
T
|
T
T
|
T
N
 
N
L
 
N
K
 
V
A
 
E
R
|
R
Q
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
V
 
A
A
 
A
F
 
F
S
 
S
T
 
D
T
 
T
F
 
I
F
 
F
V
 
V
A
 
V
G
 
G
T
 
T
R
 
R
L
 
L
L
 
L
V
 
T
K
 
K
R
 
K
G
 
G
G
 
G
P
 
D
V
 
I
H
 
K
D
 
D
F
 
F
P
 
A
D
 
D
L
 
L
S
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
A
V
 
V
V
 
V
T
 
V
N
 
T
A
 
S
G
 
G
T
|
T
T
|
T
S
 
S
E
 
E
R
 
V
I
 
L
L
 
L
R
 
N
K
 
K
L
 
L
N
 
N
D
 
E
D
 
E
K
 
Q
K
 
K
A
 
M
N
 
N
I
 
M
T
 
R
I
 
I
Q
 
I
S
 
S
A
 
A
K
 
K
D
 
D
Y
x
H
G
 
G
E
 
D
S
 
S
F
 
F
L
 
R
I
 
T
L
 
L
Q
 
E
S
 
S
G
 
G
R
 
R
V
 
A
S
 
V
A
 
A
F
 
F
M
 
M
M
|
M
D
|
D
D
 
D
V
 
A
L
 
L
L
 
L
S
 
A
G
 
G
A
 
E
K
 
R
T
 
A
L
 
K
A
 
A
P
 
K
N
 
K
P
 
P
A
 
D
Q
 
N
W
 
W
E
 
D
V
 
I
V
 
V
G
 
G
T
 
K
P
 
P
Q
 
Q
S
 
S
F
 
Q
E
 
E
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
F
 
C
M
 
M
M
 
L
R
 
R
K
 
K
D
 
D
D
 
D
P
 
P
E
 
Q
F
 
F
K
 
K
K
 
K
L
 
L
V
 
M
D
 
D
G
 
D
V
 
T
I
 
I
T
 
A
G
 
Q
L
 
V
M
 
Q
K
 
T
S
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
A
K
 
E
G
 
K
L
 
W
Y
 
F
D
 
D
K
 
K
W
 
W
F
 
F
S
 
K
K
 
N
P
 
P
V
 
I
P
 
P
P
 
P
K
 
K
N
 
N
I
 
L
N
 
N
F
 
M
E
 
N
F
 
F
P
 
E
M
 
L
S
 
S
A
 
D
A
 
E
V
 
M
K
 
K
K
 
A
A
 
L
Y
 
F
D
 
K
Q
 
E
P
 
P
S
 
N
D
 
D
E
 
K
A
 
A
F
 
L

2vhaA Debp (see paper)
55% identity, 94% coverage: 17:290/291 of query aligns to 3:276/276 of 2vhaA

query
sites
2vhaA
A
 
A
A
 
A
S
 
G
P
 
S
T
 
T
L
 
L
A
 
D
R
 
K
I
 
I
K
 
A
E
 
K
S
 
N
G
 
G
T
 
V
I
 
I
T
 
V
I
 
V
G
 
G
H
 
H
R
|
R
T
 
E
T
 
S
S
 
S
I
 
V
P
 
P
F
 
F
S
 
S
Y
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
S
 
N
N
 
Q
Q
 
Q
K
 
K
V
 
V
I
 
V
G
 
G
Y
 
Y
S
 
S
Q
 
Q
D
 
D
I
 
Y
C
 
S
D
 
N
K
 
A
V
 
I
V
 
V
A
 
E
E
 
A
V
 
V
K
 
K
K
 
K
Q
 
K
A
 
L
G
 
N
L
 
K
S
 
P
R
 
D
L
 
L
D
 
Q
V
 
V
R
 
K
M
 
L
V
 
I
P
 
P
V
 
I
T
 
T
S
|
S
Q
 
Q
N
 
N
R
|
R
I
 
I
S
 
P
L
 
L
V
 
L
Q
 
Q
N
 
N
G
 
G
T
 
T
V
 
F
D
 
D
L
 
F
E
 
E
C
 
C
G
 
G
V
x
S
T
|
T
T
|
T
N
 
N
L
 
N
K
 
V
A
 
E
R
|
R
Q
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
V
 
A
A
 
A
F
 
F
S
 
S
T
 
D
T
 
T
F
 
I
F
 
F
V
 
V
A
 
V
G
 
G
T
 
T
R
 
R
L
 
L
L
 
L
V
 
T
K
 
K
R
 
K
G
 
G
G
 
G
P
 
D
V
 
I
H
 
K
D
 
D
F
 
F
P
 
A
D
 
D
L
 
L
S
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
A
V
 
V
V
 
V
T
 
V
N
 
T
A
 
S
G
 
G
T
|
T
T
|
T
S
 
S
E
 
E
R
 
V
I
 
L
L
 
L
R
 
N
K
 
K
L
 
L
N
 
N
D
 
E
D
 
E
K
 
Q
K
 
K
A
 
M
N
 
N
I
 
M
T
 
R
I
 
I
Q
 
I
S
 
S
A
 
A
K
 
K
D
 
D
Y
x
H
G
 
G
E
 
D
S
 
S
F
 
F
L
 
R
I
 
T
L
 
L
Q
 
E
S
 
S
G
 
G
R
 
R
V
 
A
S
 
V
A
 
A
F
 
F
M
 
M
M
|
M
D
|
D
D
 
D
V
 
A
L
 
L
L
 
L
S
 
A
G
 
G
A
 
E
K
 
R
T
 
A
L
 
K
A
 
A
P
 
K
N
 
K
P
 
P
A
 
D
Q
 
N
W
 
W
E
 
D
V
 
I
V
 
V
G
 
G
T
 
K
P
 
P
Q
 
Q
S
 
S
F
 
Q
E
 
E
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
F
 
C
M
 
M
M
 
L
R
 
R
K
 
K
D
 
D
D
 
D
P
 
P
E
 
Q
F
 
F
K
 
K
K
 
K
L
 
L
V
 
M
D
 
D
G
 
D
V
 
T
I
 
I
T
 
A
G
 
Q
L
 
V
M
 
Q
K
 
T
S
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
A
K
 
E
G
 
K
L
 
W
Y
 
F
D
 
D
K
 
K
W
 
W
F
 
F
S
 
K
K
 
N
P
 
P
V
 
I
P
 
P
P
 
P
K
 
K
N
 
N
I
 
L
N
 
N
F
 
M
E
 
N
F
 
F
P
 
E
M
 
L
S
 
S
A
 
D
A
 
E
V
 
M
K
 
K
K
 
A
A
 
L
Y
 
F
D
 
K
Q
 
E
P
 
P
S
 
N
D
 
D
E
 
K
A
 
A
F
 
L

8ovoA X-ray structure of the sf-iglusnfr-s72a in complex with l-aspartate
56% identity, 85% coverage: 17:263/291 of query aligns to 1:247/503 of 8ovoA

query
sites
8ovoA
A
 
A
A
 
A
S
 
G
P
 
S
T
 
T
L
 
L
A
 
D
R
 
K
I
 
I
K
 
A
E
 
K
S
 
N
G
 
G
T
 
V
I
 
I
T
 
V
I
 
V
G
 
G
H
 
H
R
|
R
T
 
E
T
 
S
S
 
S
I
 
V
P
 
P
F
 
F
S
 
S
Y
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
S
 
N
N
 
Q
Q
 
Q
K
 
K
V
 
V
I
 
V
G
 
G
Y
 
Y
S
 
S
Q
 
Q
D
 
D
I
 
Y
C
 
S
D
 
N
K
 
A
V
 
I
V
 
V
A
 
E
E
 
A
V
 
V
K
 
K
K
 
K
Q
 
K
A
 
L
G
 
N
L
 
K
S
 
P
R
 
D
L
 
L
D
 
Q
V
 
V
R
 
K
M
 
L
V
 
I
P
 
P
V
 
I
T
 
T
S
 
A
Q
 
Q
N
 
N
R
|
R
I
 
I
S
 
P
L
 
L
V
 
L
Q
 
Q
N
 
N
G
 
G
T
 
T
V
 
F
D
 
D
L
 
F
E
 
E
C
 
C
G
 
G
V
x
S
T
 
T
T
|
T
N
 
N
L
 
N
K
 
V
A
 
E
R
|
R
Q
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
V
 
A
A
 
A
F
 
F
S
 
S
T
 
D
T
 
T
F
 
I
F
 
F
V
 
V
A
 
V
G
 
G
T
 
T
R
 
R
L
 
L
L
 
L
V
 
T
K
 
K
R
 
K
G
 
G
G
 
G
P
 
D
V
 
I
H
 
K
D
 
D
F
 
F
P
 
A
D
 
N
L
 
L
S
 
K
G
 
D
K
 
K
T
 
A
V
 
V
V
 
V
T
 
V
N
 
T
A
 
S
G
 
G
T
|
T
T
|
T
S
 
S
E
 
E
R
 
V
I
 
L
L
 
L
R
 
N
K
 
K
L
 
L
N
 
N
D
 
E
D
 
E
K
 
Q
K
 
K
A
 
M
N
 
N
I
 
M
T
 
R
I
 
I
Q
 
I
S
 
S
A
 
A
K
 
K
D
 
D
Y
x
H
G
 
G
E
 
D
S
 
S
F
 
F
L
 
R
I
 
T
L
 
L
Q
 
E
S
 
S
G
 
G
R
 
R
V
 
A
S
 
V
A
 
A
F
 
F
M
 
M
M
 
M
D
|
D
D
 
D
V
 
V
L
 
L
L
 
L
S
 
A
G
 
G
A
 
E
K
 
R
T
 
A
L
 
K
A
 
A
P
 
K
N
 
K
P
 
P
A
 
D
Q
 
N
W
 
W
E
 
E
V
 
I
V
 
V
G
 
G
T
 
K
P
 
P
Q
 
Q
S
 
S
F
 
Q
E
 
E
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
F
 
C
M
 
M
M
 
L
R
 
R
K
 
K
D
 
D
D
 
D
P
 
P
E
 
Q
F
 
F
K
 
K
K
 
K
L
 
L
V
 
M
D
 
D
G
 
D
V
 
T
I
 
I
T
 
A
G
 
Q
L
 
V
M
 
Q
K
 
T
S
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
A
K
 
E
G
 
K
L
 
W
Y
 
F
D
 
D
K
 
K
W
 
W
F
 
F
S
 
K
K
 
N
P
 
P
V
 
I

4zv1A An ancestral arginine-binding protein bound to arginine (see paper)
31% identity, 79% coverage: 29:259/291 of query aligns to 4:225/226 of 4zv1A

query
sites
4zv1A
G
 
G
T
 
T
I
 
L
T
 
R
I
 
V
G
 
G
H
 
T
R
x
E
T
 
A
T
 
T
S
x
F
I
 
P
P
 
P
F
 
F
S
 
G
Y
 
F
Y
 
K
D
 
D
S
 
E
N
 
N
Q
 
G
K
 
K
V
 
L
I
 
V
G
 
G
Y
 
F
S
 
D
Q
 
I
D
 
D
I
 
L
C
 
A
D
 
-
K
 
K
V
 
A
V
 
I
A
 
A
E
 
-
V
 
-
K
 
-
K
 
K
Q
 
K
A
 
L
G
 
G
L
 
V
S
 
K
R
 
-
L
 
-
D
 
-
V
 
V
R
 
E
M
 
F
V
 
K
P
 
P
V
 
M
T
 
D
S
x
F
Q
 
D
N
 
G
R
 
I
I
 
I
S
 
P
L
 
A
V
 
L
Q
 
Q
N
 
S
G
 
G
T
 
K
V
 
I
D
 
D
L
 
V
E
 
V
C
 
I
G
x
A
V
x
G
T
x
M
T
|
T
N
 
I
L
 
T
K
 
E
A
 
E
R
|
R
Q
 
K
Q
 
K
Q
 
Q
V
 
V
A
 
D
F
 
F
S
 
S
T
 
D
T
 
P
F
 
Y
F
 
F
V
 
E
A
 
A
G
 
G
T
 
Q
R
 
A
L
 
I
L
 
V
V
 
V
K
 
K
R
 
K
G
 
G
G
 
N
-
 
D
P
 
S
V
 
I
H
 
K
D
 
S
F
 
L
P
 
E
D
 
D
L
 
L
S
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
K
V
 
V
V
 
G
T
 
V
N
x
Q
A
 
L
G
 
G
T
x
S
T
|
T
S
 
S
E
 
E
R
 
Q
I
 
H
L
 
V
R
 
K
K
 
K
L
 
V
N
 
A
D
 
K
D
 
D
K
 
-
K
 
-
A
 
A
N
 
G
I
 
V
T
 
K
I
 
V
Q
 
K
S
 
K
A
 
F
K
 
D
D
 
N
Y
 
F
G
 
S
E
 
E
S
 
A
F
 
F
L
 
Q
I
 
E
L
 
L
Q
 
K
S
 
S
G
 
G
R
 
R
V
 
V
S
 
D
A
 
A
F
 
V
M
 
V
M
 
T
D
|
D
D
 
N
V
 
A
L
 
V
L
 
A
S
 
L
G
 
A
A
 
Y
K
 
V
T
 
K
L
 
Q
A
 
N
P
 
P
N
 
N
P
 
-
A
 
A
Q
 
G
W
 
V
E
 
K
V
 
I
V
 
V
G
 
G
T
 
E
P
 
T
Q
 
F
S
 
S
F
 
G
E
 
E
A
 
P
Y
 
Y
G
 
G
F
 
I
M
 
A
M
 
V
R
 
R
K
 
K
D
 
G
D
 
N
P
 
S
E
 
E
F
 
L
K
 
L
K
 
E
L
 
K
V
 
I
D
 
N
G
 
K
V
 
A
I
 
L
T
 
E
G
 
E
L
 
M
M
 
K
K
 
K
S
 
D
G
 
G
E
 
T
I
 
Y
K
 
D
G
 
K
L
 
I
Y
 
Y
D
 
E
K
 
K
W
 
W
F
 
F

4zv2A An ancestral arginine-binding protein bound to glutamine (see paper)
30% identity, 80% coverage: 29:261/291 of query aligns to 4:225/225 of 4zv2A

query
sites
4zv2A
G
 
G
T
 
T
I
 
L
T
 
R
I
 
V
G
 
G
H
 
T
R
x
E
T
 
A
T
 
T
S
x
F
I
 
P
P
 
P
F
 
F
S
 
G
Y
 
F
Y
 
K
D
 
D
S
 
E
N
 
N
Q
 
G
K
 
K
V
 
L
I
 
V
G
 
G
Y
 
F
S
 
D
Q
 
I
D
 
D
I
 
L
C
 
A
D
 
-
K
 
K
V
 
A
V
 
I
A
 
A
E
 
-
V
 
-
K
 
-
K
 
K
Q
 
K
A
 
L
G
 
G
L
 
V
S
 
K
R
 
-
L
 
-
D
 
-
V
 
V
R
 
E
M
 
F
V
 
K
P
 
P
V
 
M
T
 
D
S
x
F
Q
 
D
N
 
G
R
 
I
I
 
I
S
 
P
L
 
A
V
 
L
Q
 
Q
N
 
S
G
 
G
T
 
K
V
 
I
D
 
D
L
 
V
E
 
V
C
 
I
G
 
A
V
x
G
T
x
M
T
|
T
N
 
I
L
 
T
K
 
E
A
 
E
R
|
R
Q
 
K
Q
 
K
Q
 
Q
V
 
V
A
 
D
F
 
F
S
 
S
T
 
D
T
 
P
F
 
Y
F
 
F
V
 
E
A
 
A
G
 
G
T
 
Q
R
 
A
L
 
I
L
 
V
V
 
V
K
 
K
R
 
K
G
 
G
G
 
N
-
 
D
P
 
S
V
 
I
H
 
K
D
 
S
F
 
L
P
 
E
D
 
D
L
 
L
S
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
K
V
 
V
V
 
G
T
 
V
N
 
Q
A
 
L
G
 
G
T
x
S
T
|
T
S
 
S
E
 
E
R
 
Q
I
 
H
L
 
V
R
 
K
K
 
K
L
 
V
N
 
-
D
 
-
D
 
-
K
 
-
K
 
A
A
 
A
N
 
G
I
 
V
T
 
K
I
 
V
Q
 
K
S
 
K
A
 
F
K
 
D
D
 
N
Y
 
F
G
 
S
E
 
E
S
 
A
F
 
F
L
 
Q
I
 
E
L
 
L
Q
 
K
S
 
S
G
 
G
R
 
R
V
 
V
S
 
D
A
 
A
F
 
V
M
 
V
M
 
T
D
|
D
D
 
N
V
 
A
L
 
V
L
 
A
S
 
L
G
 
A
A
 
Y
K
 
V
T
 
K
L
 
Q
A
 
N
P
 
P
N
 
N
P
 
-
A
 
A
Q
 
G
W
 
V
E
 
K
V
 
I
V
 
V
G
 
G
T
 
E
P
 
T
Q
 
F
S
 
S
F
 
G
E
 
E
A
 
P
Y
 
Y
G
 
G
F
 
I
M
 
A
M
 
V
R
 
R
K
 
K
D
 
G
D
 
N
P
 
S
E
 
E
F
 
L
K
 
L
K
 
E
L
 
K
V
 
I
D
 
N
G
 
K
V
 
A
I
 
L
T
 
E
G
 
E
L
 
M
M
 
K
K
 
K
S
 
D
G
 
G
E
 
T
I
 
Y
K
 
D
G
 
K
L
 
I
Y
 
Y
D
 
E
K
 
K
W
 
W
F
 
F
S
 
G
K
 
E

5eyfB Crystal structure of solute-binding protein from enterococcus faecium with bound glutamate
30% identity, 86% coverage: 17:266/291 of query aligns to 1:241/243 of 5eyfB

query
sites
5eyfB
A
 
A
A
 
N
S
 
E
P
 
D
T
 
I
L
 
L
A
 
E
R
 
R
I
 
S
K
 
K
E
 
S
S
 
T
G
 
N
T
 
E
I
 
I
T
 
I
I
 
W
G
 
G
H
 
V
R
 
K
T
 
Y
T
 
D
S
 
T
I
 
R
P
 
L
F
 
F
S
 
G
Y
 
M
Y
 
M
D
 
D
S
 
I
N
 
E
Q
 
S
K
 
R
V
 
T
I
 
V
-
 
Q
G
 
G
Y
 
F
S
 
D
Q
 
V
D
 
D
I
 
I
C
 
A
D
 
K
K
 
A
V
 
I
V
 
T
A
 
K
E
 
K
V
 
I
K
 
L
K
 
G
Q
 
D
A
 
N
G
 
G
L
 
K
S
 
T
R
 
E
L
 
F
D
 
-
V
 
-
R
 
-
M
 
-
V
 
V
P
 
E
V
 
V
T
 
T
S
|
S
Q
 
K
N
 
T
R
|
R
I
 
I
S
 
P
L
 
L
V
 
L
Q
 
K
N
 
N
G
 
G
T
 
N
V
 
I
D
 
D
L
 
A
E
 
I
C
 
I
G
 
A
V
x
T
T
x
M
T
|
T
N
 
I
L
 
T
K
 
D
A
 
E
R
|
R
Q
 
K
Q
 
K
Q
 
Q
V
 
V
A
 
D
F
 
F
S
 
S
T
 
D
T
 
V
F
 
Y
F
 
F
V
 
D
A
 
A
G
 
G
T
 
Q
R
 
A
L
 
L
L
 
L
V
 
V
K
 
K
R
 
K
G
 
G
G
 
S
P
 
Q
V
 
I
H
 
K
D
 
S
F
 
V
P
 
D
D
 
D
L
 
L
S
 
N
G
 
A
K
 
S
-
 
T
T
 
T
V
 
V
V
 
L
T
 
A
N
 
V
A
 
K
G
 
G
T
x
S
T
|
T
S
 
S
E
 
A
R
 
A
I
 
N
L
 
I
R
 
R
K
 
Q
L
 
H
N
 
A
D
 
P
D
 
D
K
 
A
K
 
K
A
 
-
N
 
-
I
 
-
T
 
-
I
 
I
Q
 
L
S
 
E
A
 
L
K
 
E
D
 
N
Y
|
Y
G
 
A
E
 
E
S
 
A
F
 
F
L
 
T
I
 
A
L
 
L
Q
 
Q
S
 
S
G
 
G
R
 
Q
V
 
G
S
 
D
A
 
A
F
 
M
M
 
T
M
 
T
D
|
D
D
 
N
V
 
A
L
 
I
L
 
L
S
 
L
G
 
G
A
 
-
K
 
-
T
 
-
L
 
I
A
 
A
P
 
D
N
 
E
P
 
N
A
 
P
Q
 
E
W
 
Y
E
 
E
V
 
L
V
 
V
G
 
G
T
 
G
P
 
T
Q
 
F
S
 
T
F
 
N
E
 
E
A
 
P
Y
 
Y
G
 
G
F
 
I
M
 
A
M
 
I
R
 
N
K
 
K
D
 
G
D
 
Q
P
 
E
E
 
N
F
 
F
K
 
L
K
 
K
L
 
A
V
 
V
D
 
N
G
 
Q
V
 
A
I
 
L
T
 
E
G
 
E
L
 
M
M
 
H
K
 
A
S
 
D
G
 
G
E
 
T
I
 
Y
K
 
D
G
 
K
L
 
I
Y
 
Y
D
 
Q
K
 
K
W
 
W
F
 
F
S
 
P
K
 
N
P
 
E
V
 
T
P
 
E
P
 
G
K
 
K

5t0wA Crystal structure of the ancestral amino acid-binding protein anccdt- 1, a precursor of cyclohexadienyl dehydratase
29% identity, 82% coverage: 21:259/291 of query aligns to 2:228/229 of 5t0wA

query
sites
5t0wA
T
 
T
L
 
L
A
 
D
R
 
E
I
 
I
K
 
M
E
 
K
S
 
R
G
 
G
T
 
T
I
 
L
T
 
R
I
 
V
G
 
G
H
 
T
R
x
D
T
 
A
T
 
D
S
x
Y
I
 
K
P
 
P
F
 
F
S
 
S
Y
 
F
Y
 
K
D
 
D
S
 
K
N
 
N
Q
 
G
K
 
Q
V
 
Y
I
 
T
G
 
G
Y
 
F
S
 
D
Q
 
I
D
 
D
I
 
L
C
 
A
D
 
K
K
 
A
V
 
L
V
 
A
A
 
K
E
 
E
V
 
L
K
 
G
K
 
-
Q
 
-
A
 
-
G
 
-
L
 
-
S
 
-
R
 
-
L
 
V
D
 
K
V
 
V
R
 
E
M
 
F
V
 
V
P
 
P
V
 
T
T
 
T
S
x
W
Q
 
D
N
 
G
R
 
I
I
 
I
S
 
P
L
 
A
V
 
L
Q
 
Q
N
 
T
G
 
G
T
 
K
V
 
F
D
 
D
L
 
I
E
 
V
C
 
M
G
x
S
V
x
G
T
x
M
T
|
T
N
 
I
L
 
T
K
 
P
A
 
E
R
|
R
Q
 
K
Q
 
K
Q
 
K
V
 
V
A
 
D
F
 
F
S
 
S
T
 
D
T
 
P
F
 
Y
F
 
M
V
 
T
A
 
A
G
 
G
T
 
Q
R
 
T
L
 
I
L
 
L
V
 
V
K
 
K
R
 
K
-
 
D
-
 
N
G
 
A
G
 
D
P
 
K
V
 
I
H
 
K
D
 
S
F
 
F
P
 
E
D
 
D
L
 
L
S
 
N
G
 
K
K
 
P
-
 
D
-
 
V
T
 
K
V
 
V
V
 
A
T
 
V
N
x
Q
A
 
L
G
 
G
T
|
T
T
|
T
S
 
S
E
 
E
R
 
Q
I
 
A
L
 
A
R
 
K
K
 
E
L
 
F
N
 
L
D
 
P
D
 
K
K
 
A
K
 
K
A
 
-
N
 
-
I
 
-
T
 
-
I
 
I
Q
 
R
S
 
T
A
 
F
K
 
E
D
 
N
Y
 
N
G
 
A
E
 
E
S
 
A
F
 
F
L
 
Q
I
 
E
L
 
V
Q
 
V
S
 
S
G
 
G
R
 
R
V
 
A
S
 
D
A
 
A
F
 
M
M
 
V
M
 
T
D
|
D
D
 
S
V
 
P
L
 
V
L
 
A
S
 
A
G
 
Y
A
 
Y
K
 
A
T
 
K
L
 
L
A
 
A
P
 
V
N
 
-
P
 
-
A
 
-
Q
 
-
W
 
-
E
 
V
V
 
V
V
 
V
G
 
D
T
 
E
P
 
P
Q
 
F
S
 
T
F
 
H
E
 
E
A
 
P
Y
 
L
G
 
G
F
 
F
M
 
A
M
 
I
R
 
R
K
 
K
D
 
G
D
 
D
P
 
P
E
 
E
F
 
L
K
 
L
K
 
N
L
 
W
V
 
V
D
 
N
G
 
N
V
 
W
I
 
L
T
 
K
G
 
Q
L
 
M
M
 
K
K
 
K
S
 
D
G
 
G
E
 
T
I
 
Y
K
 
D
G
 
K
L
 
L
Y
 
Y
D
 
E
K
 
K
W
 
W
F
 
F

6svfA Crystal structure of the p235gk mutant of argbp from t. Maritima (see paper)
27% identity, 81% coverage: 25:261/291 of query aligns to 6:229/229 of 6svfA

query
sites
6svfA
I
 
I
K
 
K
E
 
S
S
 
R
G
 
G
T
 
Y
I
 
L
T
 
L
I
 
V
G
 
G
H
 
L
R
 
S
T
 
A
T
 
D
S
x
F
I
 
P
P
 
P
F
 
F
S
 
E
Y
 
F
Y
 
V
D
 
D
S
 
E
N
 
N
Q
 
G
K
 
N
V
 
I
I
 
V
G
 
G
Y
 
F
S
 
D
Q
 
V
D
 
D
I
 
L
C
 
A
D
 
-
K
 
-
V
 
-
V
 
-
A
 
K
E
 
E
V
 
I
K
 
A
K
 
R
Q
 
R
A
 
L
G
 
G
L
 
V
S
 
-
R
 
-
L
 
-
D
 
E
V
 
L
R
 
K
M
 
I
V
 
V
P
 
D
V
 
M
T
 
T
S
x
F
Q
 
D
N
 
G
R
 
L
I
 
I
S
 
P
L
 
S
V
 
L
Q
 
L
N
 
T
G
 
K
T
 
K
V
 
I
D
 
D
L
 
V
E
 
I
C
 
I
G
x
S
V
x
G
T
x
M
T
|
T
N
 
I
L
 
T
K
 
E
A
 
E
R
|
R
Q
 
K
Q
 
K
Q
 
V
V
 
V
A
 
A
F
 
F
S
 
S
T
 
D
T
 
P
F
 
Y
F
 
F
V
 
D
A
 
A
G
 
G
T
 
Q
R
 
V
L
 
I
L
 
V
V
 
V
K
 
R
R
 
K
G
 
D
G
 
S
P
 
D
V
 
F
H
 
R
-
 
P
-
 
K
D
 
T
F
 
Y
P
 
E
D
 
D
L
 
L
S
 
V
G
 
G
K
 
K
T
 
T
V
 
V
V
 
A
T
 
V
N
x
Q
A
 
I
G
 
G
T
|
T
T
|
T
S
 
G
E
 
D
R
 
I
I
 
E
L
 
V
R
 
S
K
 
K
L
 
Y
N
 
D
D
 
-
D
 
-
K
 
-
K
 
-
A
 
-
N
 
G
I
 
I
T
 
K
I
 
V
Q
 
V
S
 
R
A
 
F
K
 
D
D
 
K
Y
 
F
G
 
T
E
 
D
S
 
A
F
 
F
L
 
L
I
 
E
L
 
L
Q
 
K
S
 
R
G
 
G
R
 
R
V
 
A
S
 
D
A
 
A
F
 
V
M
 
V
M
 
L
D
|
D
D
 
S
V
 
A
L
 
-
L
 
-
S
 
T
G
 
A
A
 
R
K
 
A
T
 
F
L
 
V
A
 
A
P
 
K
N
 
N
P
 
P
A
 
D
Q
 
L
W
 
V
E
 
I
V
 
S
V
 
S
G
 
G
T
 
V
P
 
L
Q
 
S
S
 
S
F
 
-
E
 
E
A
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
F
 
I
M
 
A
M
 
V
R
 
R
K
 
K
D
 
E
D
 
D
P
 
T
E
 
D
F
 
L
K
 
L
K
 
E
L
 
F
V
 
I
D
 
N
G
 
S
V
 
V
I
 
L
T
 
R
G
 
E
L
 
L
M
 
K
K
 
K
S
 
S
G
 
G
E
 
K
I
 
Y
K
 
D
G
 
V
L
 
L
Y
 
I
D
 
E
K
 
K
W
 
W
F
 
F
S
 
S
K
 
E

6h2tA Glnh bound to glu, mycobacterium tuberculosis (see paper)
26% identity, 87% coverage: 13:265/291 of query aligns to 36:282/288 of 6h2tA

query
sites
6h2tA
A
 
A
S
 
T
D
 
K
V
 
A
A
 
E
A
 
A
S
 
D
P
 
A
T
 
A
L
 
V
A
 
A
R
 
D
I
 
I
K
 
R
E
 
A
S
 
R
G
 
G
T
 
R
I
 
L
T
 
I
I
 
V
G
 
G
H
 
L
R
 
D
T
 
I
T
 
G
S
 
S
I
 
N
P
 
L
F
 
F
S
 
S
Y
 
F
Y
 
R
D
 
D
S
 
P
-
 
I
N
 
T
Q
 
G
K
 
E
V
 
I
I
 
T
G
 
G
Y
 
F
S
 
D
Q
 
V
D
 
D
I
 
I
C
 
A
D
 
G
K
 
E
V
 
V
V
 
A
A
 
R
E
 
D
V
 
I
K
 
F
K
 
G
Q
 
V
A
 
P
G
 
-
L
 
-
S
 
S
R
 
H
L
 
V
D
 
E
V
 
Y
R
 
R
M
 
I
V
 
L
P
 
-
V
 
-
T
 
S
S
 
A
Q
 
A
N
 
E
R
|
R
I
 
V
S
 
T
L
 
A
V
 
L
Q
 
Q
N
 
K
G
 
S
T
 
Q
V
 
V
D
 
D
L
 
I
E
 
V
C
 
V
G
 
K
V
x
T
T
 
M
T
x
S
N
 
I
L
 
T
K
 
C
A
 
E
R
|
R
Q
 
R
Q
 
K
Q
 
L
V
 
V
A
 
N
F
 
F
S
 
S
T
 
T
T
 
V
F
 
Y
F
 
L
V
 
D
A
 
A
G
 
N
T
 
Q
R
 
R
L
 
I
L
 
L
V
 
A
K
 
P
R
 
R
G
 
D
G
 
S
P
 
P
V
 
I
H
 
T
D
 
K
F
 
V
P
 
S
D
 
D
L
 
L
S
 
S
G
 
G
K
 
K
T
 
R
V
 
V
V
 
C
T
 
V
N
 
A
A
 
R
G
 
G
T
|
T
T
|
T
S
 
S
E
 
L
R
 
R
I
 
R
L
 
I
R
 
R
K
 
E
L
 
I
N
 
A
D
 
P
D
 
P
K
 
P
K
 
-
A
 
-
N
 
-
I
 
-
T
 
V
I
 
I
Q
 
V
S
 
S
A
 
V
K
 
V
D
 
N
Y
x
W
G
 
A
E
 
D
S
 
C
F
 
L
L
 
V
I
 
A
L
 
L
Q
 
Q
S
 
Q
G
 
R
R
 
E
V
 
I
S
 
D
A
 
A
F
 
V
M
 
S
M
 
T
D
|
D
D
 
D
V
 
T
L
 
I
L
 
L
S
 
A
G
 
G
A
 
-
K
 
-
T
 
-
L
 
L
A
 
V
P
 
E
N
 
E
P
 
D
A
 
P
Q
 
Y
W
 
L
E
 
H
V
 
I
V
 
V
G
 
G
T
 
P
P
 
D
Q
 
M
S
 
A
F
 
D
E
 
Q
A
 
P
Y
 
Y
G
 
G
F
 
V
M
 
G
M
 
I
R
 
N
K
 
L
D
 
D
D
 
N
P
 
T
E
 
G
F
 
L
K
 
V
K
 
R
L
 
F
V
 
V
D
 
N
G
 
G
V
 
T
I
 
L
T
 
E
G
 
R
L
 
I
M
 
R
K
 
N
S
 
D
G
 
G
E
 
T
I
 
W
K
 
N
G
 
T
L
 
L
Y
 
Y
D
 
R
K
 
K
W
 
W
F
 
L
S
 
T
-
 
V
-
 
L
-
 
G
-
 
P
K
 
A
P
 
P
V
 
A
P
 
P
P
 
P

6h20A Glnh bound to asn, mycobacterium tuberculosis (see paper)
26% identity, 87% coverage: 13:265/291 of query aligns to 35:281/287 of 6h20A

query
sites
6h20A
A
 
A
S
 
T
D
 
K
V
 
A
A
 
E
A
 
A
S
 
D
P
 
A
T
 
A
L
 
V
A
 
A
R
 
D
I
 
I
K
 
R
E
 
A
S
 
R
G
 
G
T
 
R
I
 
L
T
 
I
I
 
V
G
 
G
H
 
L
R
 
D
T
 
I
T
 
G
S
 
S
I
 
N
P
 
L
F
 
F
S
 
S
Y
 
F
Y
 
R
D
 
D
S
 
P
-
 
I
N
 
T
Q
 
G
K
 
E
V
 
I
I
 
T
G
 
G
Y
 
F
S
 
D
Q
 
V
D
 
D
I
 
I
C
 
A
D
 
G
K
 
E
V
 
V
V
 
A
A
 
R
E
 
D
V
 
I
K
 
F
K
 
G
Q
 
V
A
 
P
G
 
-
L
 
-
S
 
S
R
 
H
L
 
V
D
 
E
V
 
Y
R
 
R
M
 
I
V
 
L
P
 
-
V
 
-
T
 
S
S
 
A
Q
 
A
N
 
E
R
|
R
I
 
V
S
 
T
L
 
A
V
 
L
Q
 
Q
N
 
K
G
 
S
T
 
Q
V
 
V
D
 
D
L
 
I
E
 
V
C
 
V
G
 
K
V
x
T
T
 
M
T
x
S
N
 
I
L
 
T
K
 
C
A
 
E
R
|
R
Q
 
R
Q
 
K
Q
 
L
V
 
V
A
 
N
F
 
F
S
 
S
T
 
T
T
 
V
F
 
Y
F
 
L
V
 
D
A
 
A
G
 
N
T
 
Q
R
 
R
L
 
I
L
 
L
V
 
A
K
 
P
R
 
R
G
 
D
G
 
S
P
 
P
V
 
I
H
 
T
D
 
K
F
 
V
P
 
S
D
 
D
L
 
L
S
 
S
G
 
G
K
 
K
T
 
R
V
 
V
V
 
C
T
 
V
N
 
A
A
 
R
G
 
G
T
|
T
T
|
T
S
 
S
E
 
L
R
 
R
I
 
R
L
 
I
R
 
R
K
 
E
L
 
I
N
 
A
D
 
P
D
 
P
K
 
P
K
 
-
A
 
-
N
 
-
I
 
-
T
 
V
I
 
I
Q
 
V
S
 
S
A
 
V
K
 
V
D
 
N
Y
x
W
G
 
A
E
 
D
S
 
C
F
 
L
L
 
V
I
 
A
L
 
L
Q
 
Q
S
 
Q
G
 
R
R
 
E
V
 
I
S
 
D
A
 
A
F
 
V
M
 
S
M
 
T
D
|
D
D
 
D
V
 
T
L
 
I
L
 
L
S
 
A
G
 
G
A
 
-
K
 
-
T
 
-
L
 
L
A
 
V
P
 
E
N
 
E
P
 
D
A
 
P
Q
 
Y
W
 
L
E
 
H
V
 
I
V
 
V
G
 
G
T
 
P
P
 
D
Q
 
M
S
 
A
F
 
D
E
 
Q
A
 
P
Y
 
Y
G
 
G
F
 
V
M
 
G
M
 
I
R
 
N
K
 
L
D
 
D
D
 
N
P
 
T
E
 
G
F
 
L
K
 
V
K
 
R
L
 
F
V
 
V
D
 
N
G
 
G
V
 
T
I
 
L
T
 
E
G
 
R
L
 
I
M
 
R
K
 
N
S
 
D
G
 
G
E
 
T
I
 
W
K
 
N
G
 
T
L
 
L
Y
 
Y
D
 
R
K
 
K
W
 
W
F
 
L
S
 
T
-
 
V
-
 
L
-
 
G
-
 
P
K
 
A
P
 
P
V
 
A
P
 
P
P
 
P

6h1uA Glnh bound to asp, mycobacterium tuberculosis (see paper)
26% identity, 87% coverage: 13:265/291 of query aligns to 35:281/287 of 6h1uA

query
sites
6h1uA
A
 
A
S
 
T
D
 
K
V
 
A
A
 
E
A
 
A
S
 
D
P
 
A
T
 
A
L
 
V
A
 
A
R
 
D
I
 
I
K
 
R
E
 
A
S
 
R
G
 
G
T
 
R
I
 
L
T
 
I
I
 
V
G
 
G
H
 
L
R
 
D
T
 
I
T
 
G
S
 
S
I
 
N
P
 
L
F
 
F
S
 
S
Y
 
F
Y
 
R
D
 
D
S
 
P
-
 
I
N
 
T
Q
 
G
K
 
E
V
 
I
I
 
T
G
 
G
Y
 
F
S
 
D
Q
 
V
D
 
D
I
 
I
C
 
A
D
 
G
K
 
E
V
 
V
V
 
A
A
 
R
E
 
D
V
 
I
K
 
F
K
 
G
Q
 
V
A
 
P
G
 
-
L
 
-
S
 
S
R
 
H
L
 
V
D
 
E
V
 
Y
R
 
R
M
 
I
V
 
L
P
 
-
V
 
-
T
 
S
S
 
A
Q
 
A
N
 
E
R
|
R
I
 
V
S
 
T
L
 
A
V
 
L
Q
 
Q
N
 
K
G
 
S
T
 
Q
V
 
V
D
 
D
L
 
I
E
 
V
C
 
V
G
 
K
V
x
T
T
 
M
T
x
S
N
 
I
L
 
T
K
 
C
A
 
E
R
|
R
Q
 
R
Q
 
K
Q
 
L
V
 
V
A
 
N
F
 
F
S
 
S
T
 
T
T
 
V
F
 
Y
F
 
L
V
 
D
A
 
A
G
 
N
T
 
Q
R
 
R
L
 
I
L
 
L
V
 
A
K
 
P
R
 
R
G
 
D
G
 
S
P
 
P
V
 
I
H
 
T
D
 
K
F
 
V
P
 
S
D
 
D
L
 
L
S
 
S
G
 
G
K
 
K
T
 
R
V
 
V
V
 
C
T
 
V
N
 
A
A
 
R
G
 
G
T
|
T
T
|
T
S
 
S
E
 
L
R
 
R
I
 
R
L
 
I
R
 
R
K
 
E
L
 
I
N
 
A
D
 
P
D
 
P
K
 
P
K
 
-
A
 
-
N
 
-
I
 
-
T
 
V
I
 
I
Q
 
V
S
 
S
A
 
V
K
 
V
D
 
N
Y
x
W
G
 
A
E
 
D
S
 
C
F
 
L
L
 
V
I
 
A
L
 
L
Q
 
Q
S
 
Q
G
 
R
R
 
E
V
 
I
S
 
D
A
 
A
F
 
V
M
 
S
M
 
T
D
|
D
D
 
D
V
 
T
L
x
I
L
 
L
S
 
A
G
 
G
A
 
-
K
 
-
T
 
-
L
 
L
A
 
V
P
 
E
N
 
E
P
 
D
A
 
P
Q
 
Y
W
 
L
E
 
H
V
 
I
V
 
V
G
 
G
T
 
P
P
 
D
Q
 
M
S
 
A
F
 
D
E
 
Q
A
 
P
Y
 
Y
G
 
G
F
 
V
M
 
G
M
 
I
R
 
N
K
 
L
D
 
D
D
 
N
P
 
T
E
 
G
F
 
L
K
 
V
K
 
R
L
 
F
V
 
V
D
 
N
G
 
G
V
 
T
I
 
L
T
 
E
G
 
R
L
 
I
M
 
R
K
 
N
S
 
D
G
 
G
E
 
T
I
 
W
K
 
N
G
 
T
L
 
L
Y
 
Y
D
 
R
K
 
K
W
 
W
F
 
L
S
 
T
-
 
V
-
 
L
-
 
G
-
 
P
K
 
A
P
 
P
V
 
A
P
 
P
P
 
P

2yjpA Crystal structure of the solute receptors for l-cysteine of neisseria gonorrhoeae (see paper)
28% identity, 81% coverage: 21:257/291 of query aligns to 3:229/247 of 2yjpA

query
sites
2yjpA
T
 
T
L
 
V
A
 
A
R
 
A
I
 
I
K
 
K
E
 
E
S
 
K
G
 
G
T
 
V
I
 
I
T
 
R
I
 
I
G
 
G
H
 
V
R
x
F
T
 
G
T
 
D
S
x
K
I
 
P
P
 
P
F
 
F
S
 
G
Y
 
Y
Y
 
V
D
 
D
S
 
A
N
 
N
Q
 
G
K
 
K
V
 
N
I
 
Q
G
 
G
Y
 
F
S
 
D
Q
 
V
D
 
E
I
 
I
C
 
A
D
 
K
K
 
D
V
 
L
V
 
A
A
 
K
E
 
D
V
 
L
K
 
-
K
 
-
Q
 
-
A
 
-
G
 
-
L
 
L
S
 
G
R
 
S
L
 
P
D
 
D
-
 
K
V
 
V
R
 
E
M
 
F
V
 
V
P
 
L
V
 
T
T
x
E
S
 
A
Q
 
A
N
 
N
R
|
R
I
 
V
S
 
E
L
 
Y
V
 
V
Q
 
R
N
 
S
G
 
G
T
 
K
V
 
V
D
 
D
L
 
L
E
 
I
C
 
L
G
 
A
V
x
N
T
x
F
T
|
T
N
 
Q
L
 
T
K
 
P
A
 
E
R
|
R
Q
 
A
Q
 
E
Q
 
A
V
 
V
A
 
D
F
 
F
S
 
A
T
 
D
T
 
P
F
 
Y
F
 
M
V
 
K
A
 
V
G
 
A
T
 
L
R
 
G
L
 
V
L
 
V
V
 
S
K
 
P
R
 
K
G
 
N
G
 
K
P
 
P
V
 
I
H
 
T
D
 
D
F
 
M
P
 
A
D
 
Q
L
 
L
S
 
K
G
 
D
K
 
Q
T
 
T
V
 
L
V
 
L
T
 
V
N
 
N
A
 
K
G
 
G
T
|
T
T
|
T
S
 
A
E
 
D
R
 
A
I
 
F
L
 
F
R
 
T
K
 
K
L
 
S
N
x
H
D
 
P
D
x
E
K
 
V
K
 
K
A
 
L
N
 
L
I
 
K
T
 
F
I
x
D
Q
 
Q
S
 
N
A
 
T
K
 
-
D
 
-
Y
 
-
G
 
-
E
 
E
S
 
T
F
 
F
L
 
D
I
 
A
L
 
L
Q
 
K
S
 
D
G
 
G
R
 
R
V
 
G
S
 
V
A
 
A
F
 
L
M
 
A
M
x
H
D
|
D
D
 
N
V
 
A
L
 
L
L
 
L
S
 
W
G
 
A
A
 
W
K
 
A
T
 
K
L
 
E
A
 
N
P
 
P
N
 
N
P
 
-
A
 
-
Q
 
-
W
 
F
E
 
E
V
 
V
-
 
A
V
 
I
G
 
G
T
 
N
P
 
L
Q
 
G
S
 
P
F
 
A
E
 
E
A
 
F
Y
 
I
G
 
A
F
 
P
M
 
A
M
 
V
R
 
Q
K
 
K
D
 
G
D
 
N
P
 
A
E
 
D
F
 
L
K
 
L
K
 
N
L
 
W
V
 
V
D
 
N
G
 
G
V
 
E
I
 
I
T
 
A
G
 
A
L
 
M
M
 
K
K
 
K
S
 
D
G
 
G
E
 
R
I
 
L
K
 
K
G
 
A
L
 
A
Y
 
Y
D
 
E
K
 
K

2q2cA Crystal structures of the arginine-, lysine-, histidine-binding protein artj from the thermophilic bacterium geobacillus stearothermophilus (see paper)
29% identity, 79% coverage: 31:261/291 of query aligns to 3:222/231 of 2q2cA

query
sites
2q2cA
I
 
V
T
 
V
I
 
V
G
 
G
H
 
T
R
 
D
T
 
A
T
 
A
S
x
F
I
 
A
P
 
P
F
 
F
S
 
E
Y
 
Y
Y
 
M
D
 
Q
S
 
K
N
 
G
Q
 
-
K
 
K
V
 
I
I
 
V
G
 
G
Y
 
F
S
 
D
Q
 
V
D
 
D
I
 
L
C
 
L
D
 
D
K
 
A
V
 
V
V
 
M
A
 
-
E
 
-
V
 
-
K
 
-
K
 
K
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
L
S
 
-
R
 
-
L
 
-
D
 
D
V
 
Y
R
 
E
M
 
L
V
 
K
P
 
N
V
 
I
T
 
G
S
x
W
Q
 
D
N
 
P
R
 
L
I
 
F
S
 
A
L
 
S
V
 
L
Q
 
Q
N
 
S
G
 
K
T
 
E
V
 
V
D
 
D
L
 
M
E
 
G
C
 
I
G
x
S
V
x
G
T
x
I
T
|
T
N
 
I
L
 
T
K
 
D
A
 
E
R
|
R
Q
 
K
Q
 
Q
Q
 
S
V
 
Y
A
 
D
F
 
F
S
 
S
T
 
D
T
 
P
F
 
Y
F
 
F
V
 
E
A
 
A
G
 
T
T
 
Q
R
 
V
L
 
I
L
 
L
V
 
V
K
 
K
R
 
Q
G
 
G
G
 
S
P
 
P
V
 
V
H
 
K
D
 
N
F
 
A
P
 
L
D
 
D
L
 
L
S
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
T
V
 
I
-
 
G
V
 
V
T
x
Q
N
 
N
A
 
A
G
x
T
T
|
T
-
 
G
-
 
Q
-
 
E
T
 
A
S
 
A
E
 
E
R
 
K
I
 
L
L
 
F
R
 
G
K
 
K
L
 
G
N
 
P
D
 
H
D
 
I
K
 
K
K
 
K
A
 
F
N
 
E
I
 
T
T
 
T
I
 
V
Q
 
V
S
 
-
A
 
-
K
 
-
D
 
-
Y
 
-
G
 
-
E
 
-
S
 
A
F
 
I
L
 
M
I
 
E
L
 
L
Q
 
L
S
 
N
G
 
G
R
 
G
V
 
V
S
 
D
A
 
A
F
 
V
M
 
I
M
 
T
D
|
D
D
 
N
V
 
A
L
 
V
L
 
A
S
 
N
G
 
E
A
 
Y
K
 
V
T
 
K
L
 
N
A
 
N
P
 
P
N
 
N
P
 
-
A
 
K
Q
 
K
W
 
L
E
 
Q
V
 
V
V
 
I
G
 
E
T
 
D
P
 
P
Q
 
K
S
 
N
F
 
F
-
 
A
-
 
S
E
 
E
A
 
Y
Y
 
Y
G
 
G
F
 
M
M
 
I
M
 
F
R
 
P
K
 
K
D
 
N
D
 
S
P
 
-
E
 
E
F
 
L
K
 
K
K
 
A
L
 
K
V
 
V
D
 
D
G
 
E
V
 
A
I
 
L
T
 
K
G
 
N
L
 
V
M
 
I
K
 
N
S
 
S
G
 
G
E
 
K
I
 
Y
K
 
T
G
 
E
L
 
I
Y
 
Y
D
 
K
K
 
K
W
 
W
F
 
F
S
 
G
K
 
K

2y7iA Structural basis for high arginine specificity in salmonella typhimurium periplasmic binding protein stm4351. (see paper)
26% identity, 79% coverage: 30:260/291 of query aligns to 7:228/228 of 2y7iA

query
sites
2y7iA
T
 
T
I
 
L
T
x
H
I
 
F
G
 
G
H
 
T
R
 
S
T
 
A
T
 
T
S
x
Y
I
 
A
P
 
P
F
 
Y
S
x
E
Y
 
F
Y
 
V
D
|
D
S
 
A
N
x
D
Q
 
N
K
 
K
V
 
I
I
 
V
G
 
G
Y
 
F
S
 
D
Q
 
I
D
 
D
I
 
V
C
 
A
D
 
N
K
 
A
V
 
V
V
 
C
A
 
K
E
 
E
V
 
M
K
 
Q
K
 
A
Q
 
E
A
 
C
G
 
S
L
 
F
S
 
T
R
 
N
L
 
Q
D
 
S
V
x
F
-
x
D
R
 
S
M
 
L
V
 
I
P
 
P
V
 
S
T
 
L
S
 
R
Q
 
F
N
 
K
R
 
K
I
 
F
S
x
D
L
 
A
V
 
V
Q
 
I
N
x
A
G
|
G
T
 
-
V
 
M
D
|
D
L
 
M
E
 
-
C
 
-
G
 
-
V
 
-
T
 
-
T
 
-
N
 
-
L
 
T
K
 
P
A
 
K
R
|
R
Q
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
V
 
V
A
 
S
F
 
F
S
 
S
T
 
Q
T
 
P
F
 
Y
F
 
Y
V
 
E
A
 
G
G
 
L
T
 
S
R
 
A
L
 
V
L
 
V
V
 
V
K
 
T
R
 
R
G
 
K
G
 
G
P
 
A
V
 
Y
H
 
H
D
 
T
F
 
F
P
 
A
D
 
D
L
 
L
S
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
K
V
 
V
V
 
G
T
 
L
N
x
E
A
 
N
G
 
G
T
|
T
T
|
T
S
 
H
E
 
Q
R
 
R
I
 
Y
L
 
L
R
 
Q
K
 
-
L
 
-
N
 
-
D
 
-
D
 
D
K
 
K
K
 
Q
A
 
Q
N
 
A
I
 
I
T
 
T
I
 
P
Q
 
V
S
 
A
A
 
Y
K
x
D
D
 
S
Y
 
Y
G
 
L
E
 
N
S
 
A
F
 
F
L
 
T
I
 
D
L
 
L
Q
 
K
S
 
N
G
 
N
R
 
R
V
 
L
S
 
E
A
 
G
F
 
-
M
 
V
M
 
F
D
 
G
D
|
D
V
 
V
L
 
A
L
 
A
S
 
I
G
 
G
A
 
-
K
 
K
T
 
W
L
 
L
A
 
K
P
 
N
N
 
N
P
 
P
A
 
D
Q
 
Y
W
 
A
-
 
I
-
 
M
-
 
D
E
 
E
V
 
R
V
 
A
G
 
S
T
 
D
P
 
P
Q
 
D
S
 
Y
F
 
Y
-
 
G
E
 
K
A
 
G
Y
 
L
G
 
G
F
 
I
M
 
A
M
 
V
R
 
R
K
 
K
D
 
D
D
 
N
P
 
D
E
 
A
F
 
L
K
 
L
K
 
Q
L
 
E
V
 
I
D
 
N
G
 
A
V
 
A
I
 
L
T
 
D
G
 
K
L
 
V
M
 
K
K
 
A
S
 
S
G
 
P
E
 
E
I
 
Y
K
 
A
G
 
Q
L
 
M
Y
 
Q
D
 
E
K
 
K
W
 
W
F
 
F
S
 
T

2pvuA Crystal structures of the arginine-, lysine-, histidine-binding protein artj from the thermophilic bacterium geobacillus stearothermophilus (see paper)
29% identity, 79% coverage: 31:261/291 of query aligns to 7:226/235 of 2pvuA

query
sites
2pvuA
I
 
V
T
 
V
I
 
V
G
 
G
H
 
T
R
 
D
T
 
A
T
 
A
S
x
F
I
 
A
P
 
P
F
 
F
S
 
E
Y
 
Y
Y
 
M
D
 
Q
S
 
K
N
 
G
Q
 
-
K
 
K
V
 
I
I
 
V
G
 
G
Y
 
F
S
 
D
Q
 
V
D
 
D
I
 
L
C
 
L
D
 
D
K
 
A
V
 
V
V
 
M
A
 
-
E
 
-
V
 
-
K
 
-
K
 
K
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
L
S
 
-
R
 
-
L
 
-
D
 
D
V
 
Y
R
 
E
M
 
L
V
 
K
P
 
N
V
 
I
T
 
G
S
x
W
Q
 
D
N
 
P
R
 
L
I
 
F
S
 
A
L
 
S
V
 
L
Q
 
Q
N
 
S
G
 
K
T
 
E
V
 
V
D
 
D
L
 
M
E
 
G
C
 
I
G
 
S
V
x
G
T
x
I
T
|
T
N
 
I
L
 
T
K
 
D
A
 
E
R
|
R
Q
 
K
Q
 
Q
Q
 
S
V
 
Y
A
 
D
F
 
F
S
 
S
T
 
D
T
 
P
F
 
Y
F
 
F
V
 
E
A
 
A
G
 
T
T
 
Q
R
 
V
L
 
I
L
 
L
V
 
V
K
 
K
R
 
Q
G
 
G
G
 
S
P
 
P
V
 
V
H
 
K
D
 
N
F
 
A
P
 
L
D
 
D
L
 
L
S
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
T
V
 
I
-
 
G
V
 
V
T
x
Q
N
 
N
A
 
A
G
x
T
T
|
T
-
 
G
-
 
Q
-
 
E
T
 
A
S
 
A
E
 
E
R
 
K
I
 
L
L
 
F
R
 
G
K
 
K
L
 
G
N
 
P
D
 
H
D
 
I
K
 
K
K
 
K
A
 
F
N
 
E
I
 
T
T
 
T
I
 
V
Q
 
V
S
 
-
A
 
-
K
 
-
D
 
-
Y
 
-
G
 
-
E
 
-
S
 
A
F
 
I
L
 
M
I
 
E
L
 
L
Q
 
L
S
 
N
G
 
G
R
 
G
V
 
V
S
 
D
A
 
A
F
 
V
M
 
I
M
 
T
D
|
D
D
 
N
V
 
A
L
 
V
L
 
A
S
 
N
G
 
E
A
 
Y
K
 
V
T
 
K
L
 
N
A
 
N
P
 
P
N
 
N
P
 
-
A
 
K
Q
 
K
W
 
L
E
 
Q
V
 
V
V
 
I
G
 
E
T
 
D
P
 
P
Q
 
K
S
 
N
F
 
F
-
 
A
-
 
S
E
 
E
A
 
Y
Y
 
Y
G
 
G
F
 
M
M
 
I
M
 
F
R
 
P
K
 
K
D
 
N
D
 
S
P
 
-
E
 
E
F
 
L
K
 
K
K
 
A
L
 
K
V
 
V
D
 
D
G
 
E
V
 
A
I
 
L
T
 
K
G
 
N
L
 
V
M
 
I
K
 
N
S
 
S
G
 
G
E
 
K
I
 
Y
K
 
T
G
 
E
L
 
I
Y
 
Y
D
 
K
K
 
K
W
 
W
F
 
F
S
 
G
K
 
K

2q2aA Crystal structures of the arginine-, lysine-, histidine-binding protein artj from the thermophilic bacterium geobacillus stearothermophilus (see paper)
29% identity, 79% coverage: 31:261/291 of query aligns to 13:232/241 of 2q2aA

query
sites
2q2aA
I
 
V
T
 
V
I
 
V
G
 
G
H
 
T
R
x
D
T
 
A
T
 
A
S
x
F
I
 
A
P
 
P
F
 
F
S
 
E
Y
 
Y
Y
 
M
D
 
Q
S
 
K
N
 
G
Q
 
-
K
 
K
V
 
I
I
 
V
G
 
G
Y
 
F
S
 
D
Q
 
V
D
 
D
I
 
L
C
 
L
D
 
D
K
 
A
V
 
V
V
 
M
A
 
-
E
 
-
V
 
-
K
 
-
K
 
K
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
L
S
 
-
R
 
-
L
 
-
D
 
D
V
 
Y
R
 
E
M
 
L
V
 
K
P
 
N
V
 
I
T
 
G
S
x
W
Q
 
D
N
 
P
R
 
L
I
 
F
S
 
A
L
 
S
V
 
L
Q
 
Q
N
 
S
G
 
K
T
 
E
V
 
V
D
 
D
L
 
M
E
 
G
C
 
I
G
x
S
V
x
G
T
x
I
T
|
T
N
 
I
L
 
T
K
 
D
A
 
E
R
|
R
Q
 
K
Q
 
Q
Q
 
S
V
 
Y
A
 
D
F
 
F
S
 
S
T
 
D
T
 
P
F
 
Y
F
 
F
V
 
E
A
 
A
G
 
T
T
 
Q
R
 
V
L
 
I
L
 
L
V
 
V
K
 
K
R
 
Q
G
 
G
G
 
S
P
 
P
V
 
V
H
 
K
D
 
N
F
 
A
P
 
L
D
 
D
L
 
L
S
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
T
V
 
I
-
 
G
V
 
V
T
x
Q
N
 
N
A
 
A
G
x
T
T
|
T
-
 
G
-
 
Q
-
 
E
T
 
A
S
 
A
E
 
E
R
 
K
I
 
L
L
 
F
R
 
G
K
 
K
L
 
G
N
 
P
D
 
H
D
 
I
K
 
K
K
 
K
A
 
F
N
 
E
I
 
T
T
 
T
I
 
V
Q
 
V
S
 
-
A
 
-
K
 
-
D
 
-
Y
 
-
G
 
-
E
 
-
S
 
A
F
 
I
L
 
M
I
 
E
L
 
L
Q
 
L
S
 
N
G
 
G
R
 
G
V
 
V
S
 
D
A
 
A
F
 
V
M
 
I
M
 
T
D
|
D
D
 
N
V
 
A
L
 
V
L
 
A
S
 
N
G
 
E
A
 
Y
K
 
V
T
 
K
L
 
N
A
 
N
P
 
P
N
 
N
P
 
-
A
 
K
Q
 
K
W
 
L
E
 
Q
V
 
V
V
 
I
G
 
E
T
 
D
P
 
P
Q
 
K
S
 
N
F
 
F
-
 
A
-
 
S
E
 
E
A
 
Y
Y
 
Y
G
 
G
F
 
M
M
 
I
M
 
F
R
 
P
K
 
K
D
 
-
D
 
N
P
 
S
E
 
E
F
 
L
K
 
K
K
 
A
L
 
K
V
 
V
D
 
D
G
 
E
V
 
A
I
 
L
T
 
K
G
 
N
L
 
V
M
 
I
K
 
N
S
 
S
G
 
G
E
 
K
I
 
Y
K
 
T
G
 
E
L
 
I
Y
 
Y
D
 
K
K
 
K
W
 
W
F
 
F
S
 
G
K
 
K

4g4pA Crystal structure of glutamine-binding protein from enterococcus faecalis at 1.5 a (see paper)
27% identity, 79% coverage: 27:257/291 of query aligns to 12:228/235 of 4g4pA

query
sites
4g4pA
E
 
E
S
 
G
G
 
K
T
 
K
I
 
Y
T
 
T
I
 
I
G
 
G
H
 
T
R
 
D
T
 
L
T
 
T
S
x
F
I
 
A
P
 
P
F
 
F
S
 
E
Y
 
F
Y
 
Q
D
 
D
S
 
S
N
 
K
Q
 
G
K
 
K
V
 
Y
I
 
I
G
 
G
Y
 
I
S
 
D
Q
 
V
D
 
D
I
 
L
C
 
L
D
 
D
K
 
A
V
 
I
V
 
A
A
 
K
E
 
D
V
 
-
K
 
-
K
 
-
Q
 
-
A
 
-
G
 
-
L
 
-
S
 
Q
R
 
D
L
 
F
D
 
E
V
 
V
R
 
D
M
 
L
V
 
K
P
 
P
V
 
L
T
 
G
S
x
F
Q
 
D
N
 
S
R
 
A
I
 
V
S
 
Q
L
 
A
V
 
I
Q
 
Q
N
 
S
G
 
K
T
 
Q
V
 
I
D
 
D
L
 
G
E
 
M
C
 
I
G
x
A
V
x
G
T
x
M
T
x
S
N
 
I
L
 
T
K
 
D
A
 
E
R
|
R
Q
 
K
Q
 
K
Q
 
S
V
 
F
A
 
D
F
 
F
S
 
S
T
 
D
T
 
P
F
 
Y
F
 
F
V
 
D
A
 
S
G
 
G
T
 
L
R
 
Q
L
 
L
L
 
A
V
 
V
K
 
K
R
 
K
G
 
G
G
 
N
-
 
D
P
 
K
V
 
I
H
 
K
D
 
S
F
 
Y
P
 
D
D
 
D
L
 
L
S
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
T
V
 
V
V
 
A
T
 
A
N
x
K
A
 
V
G
 
G
T
|
T
T
x
E
S
 
S
E
 
A
R
 
N
I
 
F
L
 
L
R
 
E
K
 
K
L
 
-
N
 
-
D
 
N
D
 
K
K
 
E
K
 
K
A
 
Y
N
 
D
I
 
Y
T
 
T
I
 
I
Q
 
K
S
 
N
A
 
F
K
 
D
D
 
D
Y
 
A
G
 
T
E
 
G
S
 
L
F
 
Y
L
 
K
I
 
A
L
 
L
Q
 
E
S
 
N
G
 
G
R
 
E
V
 
A
S
 
D
A
 
A
F
 
I
M
 
V
M
 
D
D
|
D
D
 
Y
V
 
P
L
 
V
L
 
L
S
 
G
G
 
Y
A
 
A
K
 
-
T
 
-
L
 
-
A
 
V
P
 
K
N
 
N
P
 
G
A
 
Q
Q
 
K
W
 
L
E
 
Q
V
 
L
V
 
V
G
 
G
T
 
D
P
 
K
Q
 
E
S
 
T
F
 
G
E
 
S
A
 
S
Y
 
Y
G
 
G
F
 
F
M
 
A
M
 
V
R
 
K
K
 
K
-
 
G
D
 
Q
D
 
N
P
 
P
E
 
E
F
 
L
K
 
I
K
 
K
L
 
K
V
 
F
D
 
N
G
 
A
V
 
G
I
 
L
T
 
K
G
 
N
L
 
L
M
 
K
K
 
D
S
 
N
G
 
-
E
 
-
I
 
-
K
 
-
G
 
G
L
 
T
Y
 
Y
D
 
D
K
 
K

4ymxA Crystal structure of the substrate binding protein of an amino acid abc transporter (see paper)
23% identity, 80% coverage: 29:261/291 of query aligns to 1:224/224 of 4ymxA

query
sites
4ymxA
G
 
G
T
 
V
I
 
I
T
 
V
I
 
M
G
 
G
H
 
T
R
x
S
T
 
A
T
x
D
S
x
F
I
 
P
P
 
P
F
 
F
S
 
E
Y
 
F
Y
 
H
D
 
K
-
 
V
-
 
E
-
 
G
S
 
G
N
 
K
Q
 
D
K
 
E
V
 
I
I
 
V
G
 
G
Y
 
F
S
 
D
Q
 
I
D
 
D
I
 
I
C
 
A
D
 
N
K
 
A
V
 
I
V
 
A
A
 
K
E
 
K
V
 
L
K
 
G
K
 
V
Q
 
K
A
 
L
G
 
E
L
 
I
S
 
K
R
 
D
L
 
M
D
 
D
V
x
F
R
 
K
-
 
G
M
 
L
V
 
I
P
 
P
V
 
A
T
 
-
S
 
-
Q
 
-
N
 
-
R
 
-
I
 
-
S
 
-
L
 
-
V
 
L
Q
 
Q
N
 
A
G
 
G
T
 
R
V
 
V
D
 
D
L
 
M
E
 
V
C
 
I
G
x
A
V
x
G
T
x
M
T
|
T
N
 
P
L
 
T
K
 
A
A
 
E
R
|
R
Q
 
K
Q
 
K
Q
 
S
V
 
V
A
 
D
F
 
F
S
 
S
T
 
D
T
 
L
F
 
Y
F
 
Y
V
 
D
A
 
S
G
 
R
T
 
Q
R
 
V
L
 
V
L
 
V
V
 
V
K
 
K
R
 
N
G
 
D
G
 
S
P
 
P
V
 
I
H
 
S
D
 
K
F
 
F
P
 
D
D
 
D
L
 
L
S
 
K
G
 
V
K
 
K
T
 
T
V
 
I
V
 
A
T
 
V
N
x
Q
A
 
I
G
 
G
T
|
T
T
|
T
S
 
S
E
 
E
R
 
E
I
 
A
L
 
A
R
 
K
K
 
K
L
 
I
N
 
-
D
 
-
D
 
-
K
 
-
K
 
-
A
 
P
N
 
N
I
 
V
T
 
K
I
 
L
Q
 
K
S
 
Q
A
 
L
K
 
N
D
 
R
Y
 
V
G
 
S
E
 
D
S
 
E
F
 
F
L
 
M
I
 
D
L
 
L
Q
 
Q
S
 
N
G
 
G
R
 
R
V
 
C
S
 
D
A
 
A
F
 
I
M
 
V
M
 
V
D
x
E
D
 
D
V
 
T
L
 
V
L
 
-
S
 
-
G
 
-
A
 
A
K
 
K
T
 
A
L
 
Y
A
 
L
P
 
K
N
 
E
P
 
Y
A
 
K
Q
 
D
W
 
M
E
 
K
V
 
I
V
 
L
G
 
Y
T
 
M
P
 
D
Q
 
E
-
 
I
-
 
N
-
 
N
S
 
V
F
 
E
E
 
N
A
 
G
Y
 
S
G
 
A
F
 
V
M
 
A
M
 
V
R
 
A
K
 
K
D
 
G
D
 
N
P
 
K
E
 
S
F
 
L
K
 
L
K
 
D
L
 
V
V
 
V
D
 
N
G
 
E
V
 
V
I
 
I
T
 
K
G
 
E
L
 
L
M
 
K
K
 
Q
S
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
Y
K
 
D
G
 
K
L
 
L
Y
 
V
D
 
D
K
 
K
W
 
W
F
 
F
S
 
K
K
 
Q

P02911 Lysine/arginine/ornithine-binding periplasmic protein; LAO-binding protein from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 4 papers)
26% identity, 89% coverage: 2:259/291 of query aligns to 8:253/260 of P02911

query
sites
P02911
L
 
L
G
 
S
A
 
L
T
 
L
L
 
I
G
 
G
M
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
T
Q
 
A
A
 
A
S
 
S
D
 
-
V
 
Y
A
 
A
A
 
A
S
 
L
P
 
P
T
 
Q
L
 
-
A
 
-
R
 
-
I
 
-
K
 
-
E
 
-
S
 
-
G
 
-
T
 
T
I
 
V
T
 
R
I
 
I
G
 
G
H
 
T
R
x
D
T
 
T
T
 
T
S
x
Y
I
 
A
P
 
P
F
 
F
S
 
S
Y
 
S
Y
 
K
D
 
D
S
 
A
N
 
K
Q
 
G
K
 
E
V
 
F
I
 
I
G
 
G
Y
 
F
S
x
D
Q
 
I
D
 
D
I
 
L
C
 
G
D
 
N
K
 
E
V
 
M
V
x
C
A
 
-
E
 
-
V
 
-
K
 
-
K
 
-
Q
 
-
A
 
-
G
 
-
L
 
-
S
 
K
R
 
R
L
 
M
D
 
Q
V
 
V
R
 
K
M
x
C
V
 
T
P
 
W
V
 
V
T
 
A
S
 
S
Q
 
D
-
x
F
-
 
D
N
 
A
R
 
L
I
 
I
S
 
P
L
 
S
V
 
L
Q
 
K
N
 
A
G
 
K
T
 
K
V
 
I
D
 
D
L
 
A
E
 
I
C
 
I
G
x
S
V
x
S
T
 
L
T
x
S
N
 
I
L
 
T
K
 
D
A
 
K
R
|
R
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
E
V
 
I
A
 
A
F
 
F
S
 
S
T
 
D
T
 
K
F
 
L
F
 
Y
V
 
A
A
 
A
G
 
D
T
 
S
R
 
R
L
 
L
L
 
I
V
 
A
K
 
A
R
 
K
G
 
G
G
 
S
P
 
P
V
 
I
H
 
Q
-
 
P
D
 
T
F
 
L
P
 
E
D
 
S
L
 
L
S
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
H
V
 
V
V
 
G
T
 
V
N
x
L
A
 
Q
G
 
G
T
 
S
T
|
T
S
 
Q
E
 
E
R
 
A
I
 
Y
L
 
A
R
 
N
K
 
D
L
 
N
N
 
W
D
 
R
D
 
T
K
 
K
K
 
G
A
 
V
N
 
D
I
 
V
T
 
V
I
 
A
Q
 
Y
S
 
A
A
 
N
K
 
Q
D
 
D
Y
 
L
G
 
-
E
 
-
S
 
I
F
 
Y
L
 
S
I
 
D
L
 
L
Q
 
T
S
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
L
S
 
D
A
 
A
F
 
A
M
 
L
M
 
Q
D
|
D
D
 
E
V
 
V
L
 
A
L
 
A
S
 
S
G
 
E
A
 
G
K
 
F
T
 
L
L
 
K
A
 
Q
P
 
P
N
 
A
P
 
G
A
 
K
Q
 
E
W
 
Y
E
 
A
V
 
F
V
 
A
G
 
G
T
 
P
P
 
S
Q
 
V
S
 
K
F
 
D
E
 
K
A
 
K
Y
 
Y
-
 
F
-
 
G
-
 
D
-
 
G
-
 
T
G
 
G
F
 
V
M
 
G
M
 
L
R
 
R
K
 
K
D
 
D
D
 
D
P
 
T
E
 
E
F
 
L
K
 
K
K
 
A
L
 
A
V
 
F
D
 
D
G
 
K
V
 
A
I
 
L
T
 
T
G
 
E
L
 
L
M
 
R
K
 
Q
S
 
D
G
 
G
E
 
T
I
 
Y
K
 
D
G
 
K
L
 
M
Y
 
A
D
 
K
K
 
K
W
 
Y
F
 
F

4i62A 1.05 angstrom crystal structure of an amino acid abc transporter substrate-binding protein abpa from streptococcus pneumoniae canada mdr_19a bound to l-arginine
24% identity, 81% coverage: 25:259/291 of query aligns to 4:231/237 of 4i62A

query
sites
4i62A
I
 
I
K
 
K
E
 
S
S
 
K
G
 
G
T
 
K
I
 
L
T
 
V
I
 
V
G
 
A
H
 
L
R
x
N
T
 
P
T
 
D
S
x
F
I
 
A
P
 
P
F
 
F
S
 
E
Y
 
Y
-
 
Q
-
 
K
-
 
V
Y
 
V
D
 
D
S
 
G
N
 
K
Q
 
N
K
 
Q
V
 
I
I
 
V
G
 
G
Y
 
S
S
 
D
Q
 
I
D
 
E
I
 
L
C
 
A
D
 
K
K
 
A
V
 
I
V
 
A
A
 
T
E
 
E
V
 
L
K
 
-
K
 
-
Q
 
-
A
 
-
G
 
-
L
 
-
S
 
-
R
 
G
L
 
V
D
 
E
V
 
L
R
 
E
M
 
L
V
 
S
P
 
P
V
 
M
T
 
S
S
x
F
Q
 
D
N
 
N
R
 
V
I
 
L
S
 
A
L
 
S
V
 
V
Q
 
Q
N
 
S
G
 
G
T
 
K
V
 
A
D
 
D
L
 
L
E
 
A
C
 
I
G
x
S
V
x
G
T
x
V
T
x
S
N
 
K
L
 
T
K
 
D
A
 
E
R
|
R
Q
 
S
Q
 
K
Q
 
V
V
 
F
A
 
D
F
 
F
S
 
S
T
 
T
T
 
P
F
 
Y
F
 
Y
V
 
T
A
 
A
G
 
K
T
 
N
R
 
K
L
 
L
L
 
I
V
 
V
K
 
K
R
 
K
G
 
S
-
 
D
-
 
L
G
 
A
P
 
T
V
 
Y
H
 
Q
D
 
S
F
 
V
P
 
N
D
 
D
L
 
L
S
 
A
G
 
Q
K
 
K
T
 
K
V
 
V
V
 
G
T
 
A
N
x
Q
A
 
K
G
 
G
T
x
S
T
x
I
S
x
Q
E
 
E
R
 
T
I
 
M
L
 
A
R
 
K
K
 
D
L
 
L
N
 
-
D
 
-
D
 
-
K
 
-
K
 
L
A
 
Q
N
 
N
I
 
S
T
 
S
I
 
L
Q
 
V
S
 
S
A
 
L
K
 
P
D
 
K
Y
 
N
G
 
G
E
 
N
S
 
L
F
 
I
L
 
T
I
 
D
L
 
L
Q
 
K
S
 
S
G
 
G
R
 
Q
V
 
V
S
 
D
A
 
A
F
 
V
M
 
I
M
 
F
D
x
E
D
 
E
V
 
P
L
 
V
L
 
A
S
 
K
G
 
G
A
 
F
K
 
V
T
 
E
L
 
N
A
 
N
P
 
P
N
 
D
P
 
L
A
 
A
Q
 
I
W
 
A
E
 
D
V
 
L
V
 
N
G
 
F
T
 
E
P
 
K
Q
 
Q
S
 
D
F
 
-
E
 
D
A
 
S
Y
 
Y
G
 
A
F
 
V
M
 
A
M
 
M
R
 
K
K
 
K
D
 
D
D
 
S
P
 
K
E
 
E
F
 
L
K
 
K
K
 
E
L
 
A
V
 
V
D
 
D
G
 
K
V
 
T
I
 
I
T
 
Q
G
 
K
L
 
L
M
 
K
K
 
E
S
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
L
K
 
D
G
 
K
L
 
L
Y
 
I
D
 
E
K
 
D
W
 
A
F
 
F

Query Sequence

>RR42_RS26820 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS26820
MLGATLGMGAVQASDVAASPTLARIKESGTITIGHRTTSIPFSYYDSNQKVIGYSQDICD
KVVAEVKKQAGLSRLDVRMVPVTSQNRISLVQNGTVDLECGVTTNLKARQQQVAFSTTFF
VAGTRLLVKRGGPVHDFPDLSGKTVVTNAGTTSERILRKLNDDKKANITIQSAKDYGESF
LILQSGRVSAFMMDDVLLSGAKTLAPNPAQWEVVGTPQSFEAYGFMMRKDDPEFKKLVDG
VITGLMKSGEIKGLYDKWFSKPVPPKNINFEFPMSAAVKKAYDQPSDEAFE

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory