SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing RR42_RS27210 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS27210 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 4 hits to proteins with known functional sites (download)

3nojA The structure of hmg/cha aldolase from the protocatechuate degradation pathway of pseudomonas putida (see paper)
63% identity, 95% coverage: 4:229/237 of query aligns to 9:234/235 of 3nojA

query
sites
3nojA
I
 
I
A
 
V
Y
 
V
R
 
R
N
 
N
I
 
I
L
 
Q
R
 
R
A
 
A
A
 
E
A
 
L
A
 
D
D
 
S
I
 
I
D
 
D
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
R
A
 
L
G
 
G
V
 
V
A
 
A
T
 
T
V
 
V
H
 
H
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
R
 
N
R
 
R
T
 
K
G
 
G
L
 
L
M
 
L
K
 
S
P
 
S
Y
 
K
M
 
M
R
 
R
P
 
P
V
 
I
Q
 
Q
S
 
Q
R
 
G
A
 
T
A
 
S
M
 
L
A
 
A
G
 
G
S
 
S
A
 
A
V
 
V
T
 
T
V
 
V
L
 
L
M
 
V
H
 
A
P
 
P
G
 
G
D
 
D
N
 
N
W
 
W
M
 
M
I
 
F
H
 
H
V
 
V
A
 
A
V
 
V
E
 
E
M
 
Q
V
 
C
Q
 
R
P
 
P
G
 
G
D
 
D
V
 
V
L
 
L
V
 
V
V
 
V
A
 
S
L
 
P
V
 
S
S
 
S
D
 
P
C
 
C
T
 
T
D
 
D
G
 
G
L
x
Y
F
|
F
G
|
G
D
|
D
L
|
L
L
|
L
A
 
A
T
 
T
S
 
S
L
 
L
K
 
Q
A
 
A
R
 
R
G
 
G
A
 
V
R
 
R
G
 
A
L
 
L
V
 
I
I
 
V
D
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
V
R
|
R
D
|
D
V
 
T
S
 
Q
T
 
T
L
 
L
N
 
R
A
 
D
M
 
M
G
 
G
F
 
F
P
 
A
V
 
V
W
 
W
S
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
I
S
 
N
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
A
 
T
V
 
V
K
 
K
E
 
E
T
 
T
V
 
L
G
 
G
A
 
S
V
 
V
N
 
N
V
 
L
P
 
P
V
 
V
V
 
I
C
 
C
A
 
G
G
 
G
A
 
Q
H
 
L
V
 
I
R
 
N
P
 
P
G
 
G
D
 
D
V
 
I
I
 
V
V
 
V
A
 
A
D
 
D
D
 
D
D
 
D
G
 
G
V
 
V
V
 
V
V
 
V
V
 
V
P
 
R
R
 
R
P
 
D
L
 
E
A
 
C
A
 
E
E
 
S
T
 
T
A
 
L
R
 
V
R
 
A
A
 
A
A
 
A
E
 
E
R
 
R
G
 
A
A
 
G
M
 
L
E
 
E
E
 
E
G
 
E
K
 
K
R
 
R
A
 
L
T
 
R
L
 
L
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
L
D
 
D
M
 
I
Y
 
Y
Q
 
K
M
 
M
R
 
R
E
 
E
A
 
R
L
 
L
A
 
E
A
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
A
 
R
Y
 
Y
A
 
V
E
 
D
Q
 
N
T
 
I
V
 
E
D
 
D

A5W059 4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate aldolase/4-carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate aldolase; HMG/CHA aldolase; Oxaloacetate decarboxylase; OAA decarboxylase; EC 4.1.3.17; EC 4.1.1.112 from Pseudomonas putida (strain ATCC 700007 / DSM 6899 / BCRC 17059 / F1) (see paper)
63% identity, 95% coverage: 4:229/237 of query aligns to 10:235/238 of A5W059

query
sites
A5W059
I
 
I
A
 
V
Y
 
V
R
 
R
N
 
N
I
 
I
L
 
Q
R
 
R
A
 
A
A
 
E
A
 
L
A
 
D
D
 
S
I
 
I
D
 
D
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
R
A
 
L
G
 
G
V
 
V
A
 
A
T
 
T
V
 
V
H
 
H
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
R
 
N
R
 
R
T
 
K
G
 
G
L
 
L
M
 
L
K
 
S
P
 
S
Y
 
K
M
 
M
R
 
R
P
 
P
V
 
I
Q
 
Q
S
 
Q
R
 
G
A
 
T
A
 
S
M
 
L
A
 
A
G
 
G
S
 
S
A
 
A
V
 
V
T
 
T
V
 
V
L
 
L
M
 
V
H
 
A
P
 
P
G
 
G
D
 
D
N
 
N
W
 
W
M
 
M
I
 
F
H
 
H
V
 
V
A
 
A
V
 
V
E
 
E
M
 
Q
V
 
C
Q
 
R
P
 
P
G
 
G
D
 
D
V
 
V
L
 
L
V
 
V
V
 
V
A
 
S
L
 
P
V
 
S
S
 
S
D
 
P
C
 
C
T
 
T
D
 
D
G
 
G
L
 
Y
F
 
F
G
|
G
D
|
D
L
|
L
L
|
L
A
 
A
T
 
T
S
 
S
L
 
L
K
 
Q
A
 
A
R
 
R
G
 
G
A
 
V
R
 
R
G
 
A
L
 
L
V
 
I
I
 
V
D
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
V
R
|
R
D
|
D
V
 
T
S
 
Q
T
 
T
L
 
L
N
 
R
A
 
D
M
 
M
G
 
G
F
 
F
P
 
A
V
 
V
W
 
W
S
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
I
S
 
N
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
A
 
T
V
 
V
K
 
K
E
 
E
T
 
T
V
 
L
G
 
G
A
 
S
V
 
V
N
 
N
V
 
L
P
 
P
V
 
V
V
 
I
C
 
C
A
 
G
G
 
G
A
 
Q
H
 
L
V
 
I
R
 
N
P
 
P
G
 
G
D
 
D
V
 
I
I
 
V
V
 
V
A
 
A
D
 
D
D
 
D
D
 
D
G
 
G
V
 
V
V
 
V
V
 
V
V
 
V
P
 
R
R
 
R
P
 
D
L
 
E
A
 
C
A
 
E
E
 
S
T
 
T
A
 
L
R
 
V
R
 
A
A
 
A
A
 
A
E
 
E
R
 
R
G
 
A
A
 
G
M
 
L
E
 
E
E
 
E
G
 
E
K
 
K
R
 
R
A
 
L
T
 
R
L
 
L
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
L
D
 
D
M
 
I
Y
 
Y
Q
 
K
M
 
M
R
 
R
E
 
E
A
 
R
L
 
L
A
 
E
A
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
A
 
R
Y
 
Y
A
 
V
E
 
D
Q
 
N
T
 
I
V
 
E
D
 
D

3k4iA Crystal structure of uncharacterized protein pspto_3204 from pseudomonas syringae pv. Tomato str. Dc3000
35% identity, 68% coverage: 53:213/237 of query aligns to 49:201/202 of 3k4iA

query
sites
3k4iA
G
 
G
S
 
I
A
 
A
V
 
F
T
 
T
V
 
V
L
 
Q
M
 
Y
H
 
Q
P
 
P
G
 
V
D
 
N
N
 
-
W
 
-
M
 
-
I
 
-
H
 
-
V
 
-
A
 
Y
V
 
I
E
 
D
M
 
Q
V
 
V
Q
 
P
P
 
S
G
 
G
D
 
S
V
 
V
L
 
I
V
 
V
V
 
S
A
 
S
L
 
N
V
 
S
-
 
G
-
 
R
S
 
H
D
 
D
C
 
C
T
 
T
D
 
-
G
 
-
L
 
V
F
 
W
G
 
G
D
|
D
L
 
I
L
 
M
A
 
T
T
 
H
S
 
F
L
 
A
K
 
L
A
 
A
R
 
N
G
 
G
A
 
I
R
 
K
G
 
G
L
 
T
V
 
V
I
 
I
D
 
D
A
 
G
G
 
V
V
 
A
R
 
R
D
|
D
V
 
I
S
 
D
T
 
T
L
 
V
N
 
I
A
 
N
M
 
C
G
 
N
F
 
Y
P
 
P
V
 
L
W
 
F
S
 
S
R
 
R
A
 
G
V
 
R
S
 
F
A
 
M
Q
 
Q
G
 
S
A
 
A
V
 
K
K
 
N
E
 
R
T
 
T
-
 
Q
V
 
L
G
 
K
A
 
A
V
 
V
N
 
Q
V
 
V
P
 
P
V
 
L
V
 
V
C
 
I
A
 
D
G
 
G
A
 
I
H
 
T
V
 
I
R
 
Q
P
 
P
G
 
G
D
 
D
V
 
L
I
 
M
V
 
V
A
 
C
D
 
D
D
 
G
D
 
S
G
 
G
V
 
C
V
 
V
V
 
V
V
 
V
P
 
P
R
 
Q
P
 
Q
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
E
T
 
V
A
 
V
R
 
L
R
 
R
A
 
A
A
 
R
E
 
-
R
 
-
G
 
-
A
 
A
M
 
V
E
 
E
E
 
Q
G
 
T
K
 
E
R
 
R
A
 
R
T
 
I
L
 
I
A
 
E
A
 
A
G
 
I
V
 
S
L
 
S
G
 
G
L
 
S
D
 
T
M
 
L
Y
 
E
Q
 
Q
M
 
A
R
 
R

1nxjA Structure of rv3853 from mycobacterium tuberculosis (see paper)
27% identity, 56% coverage: 42:174/237 of query aligns to 25:156/156 of 1nxjA

query
sites
1nxjA
M
x
F
R
 
R
P
 
Q
V
 
F
Q
 
G
S
 
G
R
 
R
A
 
S
A
 
Q
M
 
F
A
 
A
G
 
G
S
 
P
A
 
I
V
 
S
T
 
T
V
 
V
L
 
R
M
 
C
H
 
F
P
 
Q
G
 
-
D
 
D
N
 
N
W
 
A
M
 
L
I
 
L
H
 
K
V
 
S
A
 
V
V
 
L
E
 
S
M
 
Q
V
 
P
Q
 
S
P
 
A
G
 
G
D
 
G
V
 
V
L
 
L
V
 
V
V
 
I
A
 
D
L
 
G
V
 
A
S
 
G
D
 
S
C
 
L
T
 
H
D
 
T
G
 
A
L
 
L
F
 
V
G
 
G
D
 
D
L
 
V
L
 
I
A
 
A
T
 
E
S
 
L
L
 
A
K
 
R
A
 
S
R
 
T
G
 
G
A
 
W
R
 
T
G
 
G
L
 
L
V
 
I
I
 
V
D
 
H
A
 
G
G
 
A
V
 
V
R
 
R
D
 
D
V
 
A
S
 
A
T
 
A
L
 
L
N
 
R
A
 
G
M
 
I
G
 
D
F
 
I
P
 
G
V
 
I
W
x
K
S
 
A
R
 
L
A
 
G
V
 
T
S
 
N
A
 
P
Q
 
R
G
 
K
A
 
S
V
 
T
K
 
K
E
 
T
T
 
G
V
 
A
G
 
G
A
 
E
V
 
R
N
 
D
V
 
V
P
 
E
V
 
I
V
 
T
C
 
L
A
 
G
G
 
G
A
 
V
H
 
T
V
 
F
R
 
V
P
 
P
G
 
G
D
 
D
V
 
I
I
 
A
V
 
Y
A
 
S
D
 
D
D
|
D
D
 
D
G
 
G
V
 
I
V
 
I
V
 
V
V
 
V

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>RR42_RS27210 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS27210
MKTIAYRNILRAAAADIDALGAAGVATVHEAQRRTGLMKPYMRPVQSRAAMAGSAVTVLM
HPGDNWMIHVAVEMVQPGDVLVVALVSDCTDGLFGDLLATSLKARGARGLVIDAGVRDVS
TLNAMGFPVWSRAVSAQGAVKETVGAVNVPVVCAGAHVRPGDVIVADDDGVVVVPRPLAA
ETARRAAERGAMEEGKRATLAAGVLGLDMYQMREALAAKGLAYAEQTVDWYSGFDEA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory