SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing RR42_RS27720 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS27720 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 10 hits to proteins with known functional sites (download)

Q9R0W2 Solute carrier family 22 member 2; Organic cation transporter 2; rOCT2 from Rattus norvegicus (Rat) (see paper)
27% identity, 25% coverage: 81:189/440 of query aligns to 162:262/555 of Q9R0W2

query
sites
Q9R0W2
L
 
I
G
 
G
G
 
A
V
 
M
L
 
M
F
 
I
G
 
G
H
 
Y
L
 
L
G
 
A
D
 
D
K
 
R
L
 
F
G
 
G
R
 
R
R
 
K
F
 
F
V
 
C
L
 
L
V
 
L
A
 
V
T
 
T
L
 
I
I
 
L
L
 
I
M
 
N
G
 
A
V
 
I
A
 
S
T
 
G
G
 
A
L
 
L
M
 
M
G
 
A
V
 
I
L
 
S
P
 
P
T
 
N
Y
 
Y
M
 
-
S
 
A
W
 
W
G
 
-
I
 
-
W
 
-
S
 
-
P
 
-
I
 
-
L
 
-
L
 
M
V
 
L
A
 
V
L
 
F
R
 
R
F
 
F
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
A
 
L
A
 
V
I
 
S
G
 
K
G
 
A
E
 
G
W
 
W
-
 
L
A
 
I
G
 
G
A
 
Y
V
 
I
L
 
L
L
 
I
S
 
T
M
 
E
E
 
F
H
 
V
G
 
G
E
 
L
Q
 
G
H
 
Y
Q
 
R
R
 
R
G
 
M
R
 
V
N
 
G
A
 
I
S
 
C
F
 
Y
T
 
-
Q
 
Q
V
 
I
G
 
A
P
 
F
S
 
T
C
 
V
G
 
G
T
 
L
L
 
L
L
 
I
G
 
L
T
 
A
G
 
G
F
 
V
I
 
A
A
 
Y
V
 
V
V
 
I
S
 
P
L
 
N
W
 
W

Sites not aligning to the query:

Q9Y7Q9 Probable metabolite transporter C2H8.02 from Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (Fission yeast) (see paper)
25% identity, 36% coverage: 81:238/440 of query aligns to 98:262/583 of Q9Y7Q9

query
sites
Q9Y7Q9
L
 
M
G
 
G
G
 
Q
V
 
L
L
 
L
F
 
F
G
 
G
H
 
F
L
 
L
G
 
G
D
 
D
K
 
F
L
 
F
G
 
G
R
 
R
R
 
K
F
 
F
V
 
V
L
 
Y
V
 
G
A
 
K
T
 
E
L
 
M
I
 
M
L
 
V
M
 
V
G
 
I
V
 
I
A
 
A
T
 
T
G
 
I
L
 
L
M
 
I
G
 
I
V
 
C
L
 
L
P
 
P
T
 
D
Y
 
R
M
 
I
S
 
P
W
 
T
G
 
P
I
 
T
W
 
A
S
 
K
P
 
M
I
 
M
L
 
W
L
 
L
V
 
F
A
 
A
L
 
F
R
 
R
F
 
V
L
 
M
Q
 
L
G
 
G
A
 
I
A
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
E
 
D
W
 
Y
A
 
P
G
 
M
A
 
S
V
 
A
L
 
S
L
 
I
S
 
T
M
 
S
E
 
E
H
 
Q
G
 
S
E
 
L
Q
 
I
H
 
N
Q
 
R
R
 
R
G
 
G
R
 
A
N
 
L
A
 
L
S
 
A
F
 
W
T
 
I
Q
 
F
V
 
S
G
 
N
P
 
Q
S
 
G
C
 
W
G
 
G
T
 
T
L
 
L
L
 
A
G
 
G
T
 
C
-
 
V
G
 
A
F
 
T
I
 
L
A
 
I
V
 
I
V
 
L
S
 
A
L
 
C
W
 
F
L
 
E
S
 
K
P
 
P
-
 
L
E
 
N
D
 
D
F
 
R
Q
 
G
A
 
E
W
 
Y
G
 
T
-
 
K
-
 
L
-
 
N
-
 
G
-
 
V
W
 
W
R
 
R
V
 
I
P
 
Q
F
 
F
L
 
G
S
 
I
S
 
A
V
 
L
L
 
F
L
 
P
V
 
A
L
 
V
F
 
I
G
 
V
L
 
L
W
 
I
L
 
P
R
 
R
K
 
L
G
 
R
V
 
M
E
 
Q
E
 
E
T
 
S
P
 
E
L
 
Q
F
 
F
K
 
K
E
 
N
M
 
S
E
 
K
A
 
N
R
 
M
K
 
K
S
 
S
T
 
P
A
 
G
K
 
E

Sites not aligning to the query:

Q4U2R8 Solute carrier family 22 member 6; Organic anion transporter 1; hOAT1; PAH transporter; hPAHT; Renal organic anion transporter 1; hROAT1 from Homo sapiens (Human) (see 6 papers)
24% identity, 85% coverage: 67:438/440 of query aligns to 136:512/563 of Q4U2R8

query
sites
Q4U2R8
L
 
L
A
 
A
F
 
Q
S
 
S
T
 
L
Y
 
Y
A
 
M
V
 
V
G
 
G
Y
 
V
V
 
L
S
 
-
R
 
-
P
 
-
L
 
L
G
 
G
G
 
A
V
 
M
L
 
V
F
 
F
G
 
G
H
 
Y
L
 
L
G
 
A
D
 
D
K
 
R
L
 
L
G
 
G
R
 
R
R
 
R
F
 
K
V
 
V
L
 
L
V
 
I
A
 
L
T
 
N
L
 
Y
I
 
L
L
 
Q
M
 
T
G
 
A
V
 
V
A
 
S
T
 
G
G
 
T
L
 
C
M
 
A
G
 
A
V
 
F
L
 
A
P
 
P
T
 
N
Y
 
F
M
 
-
S
 
-
W
 
-
G
 
-
I
 
-
W
 
-
S
 
-
P
 
P
I
 
I
L
 
-
L
 
Y
V
 
C
A
 
A
L
 
F
R
 
R
F
 
L
L
 
L
Q
 
S
G
 
G
A
 
M
A
 
A
I
 
L
G
 
A
G
 
G
E
 
I
W
 
S
A
 
L
G
 
N
A
 
C
V
 
M
L
 
T
L
 
L
S
 
N
M
 
V
E
 
E
H
 
W
G
 
M
E
 
P
Q
 
I
H
 
H
Q
 
T
R
 
R
G
 
A
R
 
C
N
 
V
A
 
G
S
 
T
F
 
L
T
 
I
Q
 
G
V
 
Y
G
 
V
P
x
Y
S
 
S
C
 
L
G
 
G
T
 
Q
L
 
F
L
 
L
G
 
L
T
 
A
G
 
G
F
 
V
I
 
A
A
 
Y
V
 
A
V
 
V
S
 
P
L
 
H
W
 
W
L
 
R
S
 
H
P
 
L
E
 
Q
D
 
L
F
 
L
Q
 
V
A
 
S
W
 
A
G
 
P
W
 
F
R
 
F
V
 
A
P
 
F
F
 
F
L
 
I
S
 
Y
S
 
S
V
 
W
L
 
F
L
 
F
V
 
I
L
 
E
F
 
S
G
 
A
L
 
R
W
 
W
L
 
H
R
 
S
K
 
S
G
 
S
V
 
G
E
 
R
E
 
L
T
 
D
P
 
L
L
 
T
F
 
L
K
 
R
E
 
A
M
 
L
E
 
Q
-
 
R
-
 
V
-
 
A
-
 
R
-
 
I
-
 
N
-
 
G
A
 
K
R
 
R
K
 
E
S
 
E
T
 
G
A
 
A
K
 
K
T
 
L
P
 
S
I
 
M
K
 
E
E
 
V
V
 
L
F
 
R
V
 
A
D
 
S
H
 
L
W
 
Q
R
 
K
R
 
E
L
 
L
L
 
T
V
 
M
A
 
G
G
 
K
G
 
G
V
 
Q
R
 
A
I
 
S
G
 
A
S
 
M
D
 
E
V
 
L
L
 
L
-
 
R
-
 
C
-
 
P
-
 
T
-
 
L
-
 
R
Y
 
H
A
 
L
L
 
F
V
 
L
V
 
C
V
 
L
F
 
S
T
 
M
L
 
L
T
 
W
Y
 
F
V
 
A
T
 
T
S
 
S
V
 
F
L
 
A
H
 
Y
L
 
Y
S
 
G
-
 
L
-
 
V
-
 
M
-
 
D
-
 
L
R
 
Q
P
 
G
L
 
F
A
 
G
L
 
V
S
 
S
A
 
I
T
 
Y
M
 
L
I
 
I
G
 
Q
A
 
V
A
 
I
C
 
F
N
 
G
A
 
A
I
 
V
A
 
D
V
 
L
P
 
P
-
 
A
-
 
K
L
 
L
F
 
V
G
 
G
S
 
F
L
 
L
S
 
V
-
 
I
D
 
N
K
 
S
L
 
L
G
 
G
R
 
R
R
 
R
P
 
P
V
 
A
Y
 
Q
I
 
M
A
 
A
G
 
A
A
 
L
V
 
L
L
 
L
A
 
A
V
 
G
V
 
I
W
 
-
A
 
C
F
 
I
V
 
L
F
 
L
F
 
N
R
 
G
L
 
V
M
 
I
D
 
P
S
 
Q
A
 
D
Q
 
Q
P
 
S
L
 
I
Q
 
V
I
 
R
C
 
T
A
 
S
A
 
L
V
 
A
V
 
V
V
 
L
G
 
G
L
x
K
I
 
G
I
 
C
H
 
L
A
 
A
M
 
A
M
 
S
Y
x
F
G
 
N
P
 
C
Q
 
I
A
 
F
A
 
L
F
 
Y
V
 
T
T
 
G
E
 
E
Q
 
L
F
 
Y
P
 
P
T
 
T
R
 
M
V
 
I
R
 
R
Y
 
Q
A
 
T
G
 
G
S
 
M
S
 
G
L
 
M
A
 
G
Y
 
S
T
 
T
L
 
M
A
 
A
G
 
R
I
 
-
V
 
V
G
 
G
G
 
S
G
 
I
F
 
V
A
 
S
P
 
P
L
 
L
I
 
V
-
 
S
-
 
M
I
 
T
A
 
A
S
 
E
L
 
L
Y
 
Y
K
 
P
S
 
S
Y
 
-
G
 
-
S
 
-
T
 
-
L
 
M
A
 
P
I
 
L
S
 
F
L
 
I
Y
 
Y
V
 
G
S
 
A
A
 
V
A
 
P
V
 
V
A
 
A
L
 
A
T
 
S
L
 
A
V
 
V
A
 
T
L
 
V
L
 
L
V
 
L
A
 
P
R
 
-
E
 
E
T
 
T
A
 
L
N
 
G
K
 
Q
P
 
P
L
 
L

Sites not aligning to the query:

8fvzA Pipt y150a
27% identity, 36% coverage: 24:180/440 of query aligns to 4:156/433 of 8fvzA

query
sites
8fvzA
R
 
K
L
 
L
A
 
V
A
 
L
A
 
L
S
 
A
T
 
G
I
 
V
G
 
G
T
 
F
T
 
F
L
 
L
E
 
D
W
 
A
Y
 
Y
D
 
D
F
 
L
T
 
F
V
 
I
Y
 
I
N
 
N
L
 
Q
M
 
V
A
 
A
A
 
P
L
 
M
V
 
L
F
 
-
N
 
A
A
 
Q
V
 
V
F
 
Y
F
 
F
P
 
P
S
 
K
F
 
T
D
 
G
-
 
L
P
 
P
L
 
A
T
 
Q
G
 
R
T
 
Q
I
 
D
L
 
L
A
 
M
F
 
K
S
 
A
T
 
A
Y
 
A
A
 
N
V
 
I
G
 
G
Y
 
C
V
 
V
S
 
-
R
 
-
P
 
-
L
 
V
G
 
G
G
 
Q
V
 
V
L
 
M
F
 
F
G
 
G
H
 
V
L
 
L
G
 
G
D
 
D
K
 
S
L
 
F
G
 
G
R
 
R
R
 
K
F
 
F
V
 
V
L
 
Y
V
 
G
A
 
K
T
 
E
L
 
L
I
 
I
L
 
L
M
 
I
G
 
I
V
 
V
A
 
A
T
 
T
G
 
I
L
 
F
M
 
Q
G
 
M
V
 
S
L
 
A
P
 
P
T
 
S
Y
 
H
-
 
W
-
 
D
-
 
G
-
 
N
-
 
R
-
 
V
M
 
L
S
 
T
W
 
W
G
 
-
I
 
-
W
 
-
S
 
-
P
 
-
I
 
-
L
 
-
L
 
I
V
 
T
A
 
I
L
 
C
R
 
R
F
 
V
L
 
F
Q
 
L
G
 
G
A
 
I
A
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
E
 
D
W
 
A
A
 
P
G
 
M
A
 
S
V
 
A
L
 
T
L
 
V
S
 
V
M
 
S
E
 
D
H
 
R
G
 
A
E
 
N
Q
 
I
H
 
H
Q
 
R
R
 
R
G
 
G
R
 
T
N
 
L
A
 
L
S
 
C
F
 
F
T
 
I
Q
x
F
V
 
A
G
 
N
P
 
Q
S
 
G
C
 
W
G
 
G
T
 
S
L
 
F
L
 
V
G
 
G
T
 
S

Sites not aligning to the query:

4gc0A The structure of the mfs (major facilitator superfamily) proton:xylose symporter xyle bound to 6-bromo-6-deoxy-d-glucose (see paper)
24% identity, 70% coverage: 81:387/440 of query aligns to 66:409/475 of 4gc0A

query
sites
4gc0A
L
 
I
G
 
G
G
 
G
V
 
A
L
 
L
F
 
G
G
 
G
H
 
Y
L
 
C
G
 
S
D
 
N
K
 
R
L
 
F
G
 
G
R
 
R
R
 
R
F
 
D
V
 
S
L
 
L
V
 
K
A
 
I
T
 
A
L
 
A
I
 
V
L
 
L
M
 
F
G
 
F
V
 
I
A
 
S
T
 
-
G
 
-
L
 
-
M
 
-
G
 
G
V
 
V
L
 
G
P
 
S
T
 
A
Y
 
W
M
 
P
S
 
E
W
 
L
G
 
G
I
 
F
W
 
T
S
 
S
-
 
I
-
 
N
-
 
P
-
 
D
-
 
N
-
 
T
-
 
V
P
 
P
I
 
V
L
 
Y
L
 
L
-
 
A
-
 
G
-
 
Y
-
 
V
-
 
P
-
 
E
-
 
F
V
 
V
A
 
I
L
 
Y
R
 
R
F
 
I
L
 
I
Q
 
G
G
 
G
A
 
I
A
 
G
I
 
V
G
 
G
G
 
L
E
 
A
W
 
S
A
 
M
G
 
L
A
 
S
V
 
P
L
 
M
L
 
Y
S
 
I
M
 
A
E
 
E
H
 
L
G
 
A
E
 
P
Q
 
A
H
 
H
Q
 
I
R
 
R
G
 
G
R
 
K
N
 
L
A
 
V
S
 
S
F
 
F
T
 
N
Q
|
Q
V
 
F
G
 
A
P
 
I
S
 
I
C
 
F
G
 
G
T
 
Q
L
 
L
L
 
L
G
 
-
T
 
-
G
 
-
F
 
-
I
 
V
A
 
Y
V
 
C
V
 
V
S
 
N
L
 
Y
W
 
F
L
 
I
S
 
A
P
 
R
E
 
S
D
 
G
F
 
D
Q
 
A
A
 
S
W
 
W
-
 
L
-
 
N
-
 
T
-
 
D
G
 
G
W
 
W
R
 
R
V
 
Y
P
 
M
F
 
F
L
 
A
S
 
S
S
 
E
V
 
C
L
 
I
L
 
P
V
 
A
L
 
L
F
 
L
G
 
F
L
 
L
W
 
M
L
 
L
R
 
L
K
 
Y
G
 
T
V
 
V
E
 
P
E
 
E
T
 
S
P
 
P
L
 
R
F
 
W
K
 
L
E
 
M
M
 
S
E
 
R
A
 
G
R
 
K
K
 
Q
S
 
E
T
 
Q
A
 
A
K
 
E
T
 
G
P
 
I
I
 
L
K
 
R
E
 
K
V
 
I
F
 
M
-
 
G
-
 
N
-
 
T
-
 
L
-
 
A
-
 
T
-
 
Q
-
 
A
-
 
V
-
 
Q
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
H
-
 
S
V
 
L
D
 
D
H
 
H
W
 
G
R
 
R
-
 
K
-
 
T
-
 
G
-
 
G
R
 
R
L
 
L
L
 
L
V
 
M
A
 
F
G
 
G
G
 
V
V
 
G
R
 
V
I
 
I
G
 
V
S
 
I
D
 
G
V
 
V
L
 
M
Y
 
L
A
 
S
L
 
I
-
 
F
-
x
Q
-
 
Q
-
 
F
-
 
V
-
 
G
-
 
I
-
x
N
V
 
V
V
 
V
V
x
L
F
 
Y
T
 
Y
L
 
A
T
 
P
Y
 
E
V
 
V
T
 
F
S
 
K
V
 
T
L
 
L
H
 
G
L
 
A
S
 
S
R
 
T
P
 
D
L
 
I
A
 
A
L
 
L
S
 
L
A
 
Q
T
 
T
M
 
I
I
 
I
G
 
V
A
 
G
A
 
V
C
 
I
N
 
N
A
 
L
I
 
T
A
 
F
V
 
T
P
 
V
L
 
L
F
 
A
G
 
I
S
 
M
L
 
T
S
 
V
D
 
D
K
 
K
L
 
F
G
 
G
R
 
R
R
 
K
P
 
P
V
 
L
Y
 
Q
I
 
I
A
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
L
L
 
G
A
 
M
V
 
A
V
 
I
W
 
G
A
 
M
F
 
F
V
 
S
F
 
L
F
 
G
R
 
T
L
 
A
M
 
F
D
 
Y
S
 
T
A
 
Q
Q
 
A
P
 
P
-
 
G
L
 
I
Q
 
V
I
 
A
C
 
L
A
 
L
A
 
S
V
 
M
V
 
L
V
 
F
G
 
Y
L
 
V
I
 
A
I
 
A
H
 
F
A
 
A
M
 
M
M
 
S
Y
 
W
G
 
G
P
 
P
Q
 
V
A
 
C
-
x
W
A
 
V
F
 
L
V
 
L
T
 
S
E
 
E
Q
 
I
F
 
F
P
 
P
T
 
N
R
 
A
V
 
I
R
 
R
Y
 
-
A
 
-
G
 
G
S
 
K
S
 
A
L
 
L
A
 
A
Y
 
I
T
 
A
L
 
V
A
 
A

4gbzA The structure of the mfs (major facilitator superfamily) proton:xylose symporter xyle bound to d-glucose (see paper)
24% identity, 70% coverage: 81:387/440 of query aligns to 66:409/475 of 4gbzA

query
sites
4gbzA
L
 
I
G
 
G
G
 
G
V
 
A
L
 
L
F
 
G
G
 
G
H
 
Y
L
 
C
G
 
S
D
 
N
K
 
R
L
 
F
G
 
G
R
 
R
R
 
R
F
 
D
V
 
S
L
 
L
V
 
K
A
 
I
T
 
A
L
 
A
I
 
V
L
 
L
M
 
F
G
 
F
V
 
I
A
 
S
T
 
-
G
 
-
L
 
-
M
 
-
G
 
G
V
 
V
L
 
G
P
 
S
T
 
A
Y
 
W
M
 
P
S
 
E
W
 
L
G
 
G
I
 
F
W
 
T
S
 
S
-
 
I
-
 
N
-
 
P
-
 
D
-
 
N
-
 
T
-
 
V
P
 
P
I
 
V
L
 
Y
L
 
L
-
 
A
-
 
G
-
 
Y
-
 
V
-
 
P
-
 
E
-
 
F
V
 
V
A
 
I
L
 
Y
R
 
R
F
 
I
L
 
I
Q
 
G
G
 
G
A
 
I
A
 
G
I
 
V
G
 
G
G
 
L
E
 
A
W
 
S
A
 
M
G
 
L
A
 
S
V
 
P
L
 
M
L
 
Y
S
 
I
M
 
A
E
 
E
H
 
L
G
 
A
E
 
P
Q
 
A
H
 
H
Q
 
I
R
 
R
G
 
G
R
 
K
N
 
L
A
 
V
S
 
S
F
 
F
T
 
N
Q
|
Q
V
 
F
G
 
A
P
 
I
S
 
I
C
 
F
G
 
G
T
 
Q
L
 
L
L
 
L
G
 
-
T
 
-
G
 
-
F
 
-
I
 
V
A
 
Y
V
 
C
V
 
V
S
 
N
L
 
Y
W
 
F
L
 
I
S
 
A
P
 
R
E
 
S
D
 
G
F
 
D
Q
 
A
A
 
S
W
 
W
-
 
L
-
 
N
-
 
T
-
 
D
G
 
G
W
 
W
R
 
R
V
 
Y
P
 
M
F
 
F
L
 
A
S
 
S
S
 
E
V
 
C
L
 
I
L
 
P
V
 
A
L
 
L
F
 
L
G
 
F
L
 
L
W
 
M
L
 
L
R
 
L
K
 
Y
G
 
T
V
 
V
E
 
P
E
 
E
T
 
S
P
 
P
L
 
R
F
 
W
K
 
L
E
 
M
M
 
S
E
 
R
A
 
G
R
 
K
K
 
Q
S
 
E
T
 
Q
A
 
A
K
 
E
T
 
G
P
 
I
I
 
L
K
 
R
E
 
K
V
 
I
F
 
M
-
 
G
-
 
N
-
 
T
-
 
L
-
 
A
-
 
T
-
 
Q
-
 
A
-
 
V
-
 
Q
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
H
-
 
S
V
 
L
D
 
D
H
 
H
W
 
G
R
 
R
-
 
K
-
 
T
-
 
G
-
 
G
R
 
R
L
 
L
L
 
L
V
 
M
A
 
F
G
 
G
G
 
V
V
 
G
R
 
V
I
 
I
G
 
V
S
 
I
D
 
G
V
 
V
L
 
M
Y
 
L
A
 
S
L
 
I
-
 
F
-
x
Q
-
 
Q
-
 
F
-
 
V
-
 
G
-
 
I
-
x
N
V
 
V
V
 
V
V
 
L
F
 
Y
T
 
Y
L
 
A
T
 
P
Y
 
E
V
 
V
T
 
F
S
 
K
V
 
T
L
 
L
H
 
G
L
 
A
S
 
S
R
 
T
P
 
D
L
 
I
A
 
A
L
 
L
S
 
L
A
 
Q
T
 
T
M
 
I
I
 
I
G
 
V
A
 
G
A
 
V
C
 
I
N
 
N
A
 
L
I
 
T
A
 
F
V
 
T
P
 
V
L
 
L
F
 
A
G
 
I
S
 
M
L
 
T
S
 
V
D
 
D
K
 
K
L
 
F
G
 
G
R
 
R
R
 
K
P
 
P
V
 
L
Y
 
Q
I
 
I
A
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
L
L
 
G
A
 
M
V
 
A
V
 
I
W
 
G
A
 
M
F
 
F
V
 
S
F
 
L
F
 
G
R
 
T
L
 
A
M
 
F
D
 
Y
S
 
T
A
 
Q
Q
 
A
P
 
P
-
 
G
L
 
I
Q
 
V
I
 
A
C
 
L
A
 
L
A
 
S
V
 
M
V
 
L
V
 
F
G
 
Y
L
 
V
I
 
A
I
 
A
H
 
F
A
 
A
M
 
M
M
 
S
Y
 
W
G
 
G
P
 
P
Q
 
V
A
 
C
-
x
W
A
 
V
F
 
L
V
 
L
T
 
S
E
 
E
Q
 
I
F
 
F
P
 
P
T
 
N
R
 
A
V
 
I
R
 
R
Y
 
-
A
 
-
G
 
G
S
 
K
S
 
A
L
 
L
A
 
A
Y
 
I
T
 
A
L
 
V
A
 
A

4gbyA The structure of the mfs (major facilitator superfamily) proton:xylose symporter xyle bound to d-xylose (see paper)
24% identity, 70% coverage: 81:387/440 of query aligns to 66:409/475 of 4gbyA

query
sites
4gbyA
L
 
I
G
 
G
G
 
G
V
 
A
L
 
L
F
 
G
G
 
G
H
 
Y
L
 
C
G
 
S
D
 
N
K
 
R
L
 
F
G
 
G
R
 
R
R
 
R
F
 
D
V
 
S
L
 
L
V
 
K
A
 
I
T
 
A
L
 
A
I
 
V
L
 
L
M
 
F
G
 
F
V
 
I
A
 
S
T
 
-
G
 
-
L
 
-
M
 
-
G
 
G
V
 
V
L
 
G
P
 
S
T
 
A
Y
 
W
M
 
P
S
 
E
W
 
L
G
 
G
I
 
F
W
 
T
S
 
S
-
 
I
-
 
N
-
 
P
-
 
D
-
 
N
-
 
T
-
 
V
P
 
P
I
 
V
L
 
Y
L
 
L
-
 
A
-
 
G
-
 
Y
-
 
V
-
 
P
-
 
E
-
 
F
V
 
V
A
 
I
L
 
Y
R
 
R
F
 
I
L
 
I
Q
 
G
G
 
G
A
 
I
A
 
G
I
 
V
G
 
G
G
 
L
E
 
A
W
 
S
A
 
M
G
 
L
A
 
S
V
 
P
L
 
M
L
 
Y
S
 
I
M
 
A
E
 
E
H
 
L
G
 
A
E
 
P
Q
 
A
H
 
H
Q
 
I
R
 
R
G
 
G
R
 
K
N
 
L
A
 
V
S
 
S
F
 
F
T
 
N
Q
|
Q
V
 
F
G
 
A
P
 
I
S
 
I
C
 
F
G
 
G
T
 
Q
L
 
L
L
 
L
G
 
-
T
 
-
G
 
-
F
 
-
I
 
V
A
 
Y
V
 
C
V
 
V
S
 
N
L
 
Y
W
 
F
L
 
I
S
 
A
P
 
R
E
 
S
D
 
G
F
 
D
Q
 
A
A
 
S
W
 
W
-
 
L
-
 
N
-
 
T
-
 
D
G
 
G
W
 
W
R
 
R
V
 
Y
P
 
M
F
 
F
L
 
A
S
 
S
S
 
E
V
 
C
L
 
I
L
 
P
V
 
A
L
 
L
F
 
L
G
 
F
L
 
L
W
 
M
L
 
L
R
 
L
K
 
Y
G
 
T
V
 
V
E
 
P
E
 
E
T
 
S
P
 
P
L
 
R
F
 
W
K
 
L
E
 
M
M
 
S
E
 
R
A
 
G
R
 
K
K
 
Q
S
 
E
T
 
Q
A
 
A
K
 
E
T
 
G
P
 
I
I
 
L
K
 
R
E
 
K
V
 
I
F
 
M
-
 
G
-
 
N
-
 
T
-
 
L
-
 
A
-
 
T
-
 
Q
-
 
A
-
 
V
-
 
Q
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
H
-
 
S
V
 
L
D
 
D
H
 
H
W
 
G
R
 
R
-
 
K
-
 
T
-
 
G
-
 
G
R
 
R
L
 
L
L
 
L
V
 
M
A
 
F
G
 
G
G
 
V
V
 
G
R
 
V
I
 
I
G
 
V
S
 
I
D
 
G
V
 
V
L
 
M
Y
 
L
A
 
S
L
 
I
-
 
F
-
x
Q
-
 
Q
-
 
F
-
 
V
-
 
G
-
 
I
-
x
N
V
 
V
V
 
V
V
 
L
F
 
Y
T
 
Y
L
 
A
T
 
P
Y
 
E
V
 
V
T
 
F
S
 
K
V
 
T
L
 
L
H
 
G
L
 
A
S
 
S
R
 
T
P
 
D
L
 
I
A
 
A
L
 
L
S
 
L
A
 
Q
T
 
T
M
 
I
I
 
I
G
 
V
A
 
G
A
 
V
C
 
I
N
 
N
A
 
L
I
 
T
A
 
F
V
 
T
P
 
V
L
 
L
F
 
A
G
 
I
S
 
M
L
 
T
S
 
V
D
 
D
K
 
K
L
 
F
G
 
G
R
 
R
R
 
K
P
 
P
V
 
L
Y
 
Q
I
 
I
A
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
L
L
 
G
A
 
M
V
 
A
V
 
I
W
 
G
A
 
M
F
 
F
V
 
S
F
 
L
F
 
G
R
 
T
L
 
A
M
 
F
D
 
Y
S
 
T
A
 
Q
Q
 
A
P
 
P
-
 
G
L
 
I
Q
 
V
I
 
A
C
 
L
A
 
L
A
 
S
V
 
M
V
 
L
V
 
F
G
 
Y
L
 
V
I
 
A
I
 
A
H
 
F
A
 
A
M
 
M
M
 
S
Y
 
W
G
 
G
P
 
P
Q
 
V
A
 
C
-
x
W
A
 
V
F
 
L
V
 
L
T
 
S
E
 
E
Q
 
I
F
 
F
P
 
P
T
 
N
R
 
A
V
 
I
R
 
R
Y
 
-
A
 
-
G
 
G
S
 
K
S
 
A
L
 
L
A
 
A
Y
 
I
T
 
A
L
 
V
A
 
A

Q9VCA2 Organic cation transporter protein from Drosophila melanogaster (Fruit fly) (see paper)
25% identity, 72% coverage: 81:398/440 of query aligns to 143:474/548 of Q9VCA2

query
sites
Q9VCA2
L
 
L
G
 
G
G
 
S
V
 
L
L
 
I
F
 
F
G
 
G
H
 
Q
L
 
M
G
 
S
D
 
D
K
 
K
L
 
L
G
 
G
R
 
R
R
 
K
F
 
P
V
 
T
L
 
F
V
 
F
A
 
A
T
 
S
L
 
L
I
 
V
L
 
L
M
 
Q
G
 
L
V
 
I
A
 
F
T
 
G
G
 
V
L
 
L
M
 
A
G
 
A
V
 
V
L
 
A
P
 
P
T
 
E
Y
 
Y
M
 
F
S
 
S
W
 
Y
G
 
T
I
 
I
W
 
-
S
 
-
P
 
-
I
 
-
L
 
-
L
 
-
V
 
-
A
 
-
L
 
S
R
 
R
F
 
M
L
 
I
Q
 
V
G
 
G
A
 
A
A
 
T
I
 
T
G
 
S
G
 
G
E
 
V
W
 
F
A
 
L
G
 
V
A
 
A
V
 
Y
L
 
V
L
 
I
S
 
A
M
 
L
E
 
E
H
 
M
G
 
V
E
 
G
Q
 
S
H
 
S
Q
 
Y
R
 
R
G
 
L
R
 
F
N
 
A
A
 
G
S
 
V
F
 
A
T
 
M
Q
 
Q
V
 
M
G
 
F
P
 
F
S
 
S
C
 
V
G
 
G
T
 
F
L
 
M
L
 
L
G
 
T
T
 
A
G
 
G
F
 
F
I
 
A
A
 
Y
V
 
F
V
 
I
S
 
H
L
 
D
W
 
W
-
 
R
-
 
W
-
 
L
-
 
Q
-
 
I
-
 
A
-
 
I
-
 
T
L
 
L
S
 
P
P
 
G
E
 
L
D
 
L
F
 
F
Q
 
L
A
 
C
W
 
Y
G
 
Y
W
 
W
R
 
I
V
 
I
P
 
P
F
 
E
L
 
S
S
 
A
S
 
R
V
 
W
L
 
L
L
 
L
-
 
M
-
 
K
-
 
G
-
 
R
-
 
K
-
 
D
-
 
E
-
 
A
-
 
F
V
 
V
L
 
I
F
 
I
G
 
E
L
 
K
W
 
A
L
 
A
R
 
K
K
 
E
G
 
N
V
 
K
E
 
V
E
 
E
T
 
V
P
 
P
-
 
N
-
 
E
-
 
I
-
 
Y
-
 
E
-
 
Q
L
 
L
F
 
V
K
 
D
E
 
E
M
 
V
E
 
A
A
 
E
R
 
K
K
 
K
S
 
K
T
 
Q
-
 
D
-
 
E
-
 
M
-
 
A
A
 
A
K
 
S
T
 
Q
P
 
P
I
 
A
K
 
A
E
 
T
V
 
V
F
 
F
-
 
D
-
 
L
-
 
L
-
 
R
V
 
Y
D
 
P
H
 
N
W
 
L
R
 
R
R
 
R
-
 
K
-
 
T
L
 
L
L
 
L
V
 
I
A
 
F
G
 
F
G
 
D
V
 
W
R
 
F
I
 
V
G
 
N
S
 
S
D
 
G
V
 
V
L
 
Y
Y
 
Y
A
 
G
L
 
-
V
 
-
V
 
-
V
 
-
F
 
-
T
 
-
L
 
L
T
 
S
Y
 
W
V
 
N
T
 
T
S
 
N
V
 
N
L
 
L
H
 
G
L
 
G
S
 
N
R
 
Q
P
 
-
L
 
-
A
 
-
L
 
L
S
 
V
A
 
N
T
 
F
M
 
M
I
 
I
G
 
S
A
 
G
A
 
A
C
 
V
N
 
E
A
 
I
I
 
P
A
 
G
V
 
Y
P
 
T
L
 
L
F
 
L
G
 
L
S
 
F
L
 
T
S
 
L
D
 
N
K
 
R
L
 
W
G
 
G
R
 
R
R
 
R
P
 
S
V
 
I
Y
 
-
I
 
L
A
 
C
G
 
G
A
 
T
V
 
M
L
 
M
A
 
V
V
 
A
V
 
G
W
 
I
A
 
S
F
 
L
V
 
L
F
 
A
F
 
T
R
 
I
L
 
F
M
 
V
D
 
P
S
 
S
A
 
D
Q
 
M
P
 
N
L
 
W
Q
 
L
I
 
I
C
 
V
A
 
A
A
 
C
V
 
A
V
 
M
V
 
I
G
 
G
L
 
K
I
 
L
I
 
A
H
 
I
A
 
T
M
 
S
M
 
S
Y
 
Y
G
 
G
P
 
T
Q
 
I
A
 
Y
A
 
I
F
 
F
V
 
S
T
 
A
E
 
E
Q
 
Q
F
 
F
P
 
P
T
 
T
R
 
V
V
 
V
R
 
R
Y
 
N
A
 
V
G
 
G
S
 
L
S
 
G
L
 
-
A
 
A
Y
 
S
T
 
S
L
 
M
A
 
V
G
 
A
I
 
R
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
I
F
 
L
A
 
A
P
 
P
L
 
Y
I
 
L

Sites not aligning to the query:

P0AGF4 D-xylose-proton symporter; D-xylose transporter from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
24% identity, 70% coverage: 81:387/440 of query aligns to 70:413/491 of P0AGF4

query
sites
P0AGF4
L
 
I
G
 
G
G
 
G
V
 
A
L
 
L
F
 
G
G
 
G
H
 
Y
L
 
C
G
 
S
D
 
N
K
 
R
L
 
F
G
|
G
R
 
R
R
 
R
F
 
D
V
 
S
L
 
L
V
 
K
A
 
I
T
 
A
L
 
A
I
 
V
L
 
L
M
 
F
G
 
F
V
 
I
A
 
S
T
 
-
G
 
-
L
 
-
M
 
-
G
 
G
V
 
V
L
 
G
P
 
S
T
 
A
Y
 
W
M
 
P
S
 
E
W
 
L
G
 
G
I
 
F
W
 
T
S
 
S
-
 
I
-
 
N
-
 
P
-
 
D
-
 
N
-
 
T
-
 
V
P
 
P
I
 
V
L
 
Y
L
 
L
-
 
A
-
 
G
-
 
Y
-
 
V
-
 
P
-
 
E
-
 
F
V
 
V
A
 
I
L
 
Y
R
|
R
F
 
I
L
 
I
Q
 
G
G
 
G
A
 
I
A
 
G
I
 
V
G
 
G
G
 
L
E
 
A
W
 
S
A
 
M
G
 
L
A
 
S
V
 
P
L
 
M
L
 
Y
S
 
I
M
 
A
E
|
E
H
 
L
G
 
A
E
 
P
Q
 
A
H
 
H
Q
 
I
R
|
R
G
 
G
R
 
K
N
 
L
A
 
V
S
 
S
F
 
F
T
 
N
Q
|
Q
V
 
F
G
 
A
P
 
I
S
 
I
C
 
F
G
 
G
T
 
Q
L
 
L
L
 
L
G
 
-
T
 
-
G
 
-
F
 
-
I
 
V
A
 
Y
V
 
C
V
 
V
S
 
N
L
 
Y
W
 
F
L
 
I
S
 
A
P
 
R
E
 
S
D
 
G
F
 
D
Q
 
A
A
 
S
W
 
W
-
 
L
-
 
N
-
 
T
-
 
D
G
 
G
W
 
W
R
 
R
V
 
Y
P
 
M
F
 
F
L
 
A
S
 
S
S
 
E
V
 
C
L
 
I
L
 
P
V
 
A
L
 
L
F
 
L
G
 
F
L
 
L
W
 
M
L
 
L
R
 
L
K
 
Y
G
 
T
V
 
V
E
 
P
E
 
E
T
 
S
P
 
P
L
 
R
F
 
W
K
 
L
E
 
M
M
 
S
E
 
R
A
 
G
R
 
K
K
 
Q
S
 
E
T
 
Q
A
 
A
K
 
E
T
 
G
P
 
I
I
 
L
K
 
R
E
 
K
V
 
I
F
 
M
-
 
G
-
 
N
-
 
T
-
 
L
-
 
A
-
 
T
-
 
Q
-
 
A
-
 
V
-
 
Q
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
H
-
 
S
V
 
L
D
 
D
H
 
H
W
 
G
R
 
R
-
 
K
-
 
T
-
 
G
-
 
G
R
 
R
L
 
L
L
 
L
V
 
M
A
 
F
G
 
G
G
 
V
V
 
G
R
 
V
I
 
I
G
 
V
S
 
I
D
 
G
V
 
V
L
 
M
Y
 
L
A
 
S
L
 
I
-
 
F
-
x
Q
-
x
Q
-
 
F
-
 
V
-
 
G
-
 
I
-
x
N
V
 
V
V
 
V
V
 
L
F
x
Y
T
 
Y
L
 
A
T
 
P
Y
 
E
V
 
V
T
 
F
S
 
K
V
 
T
L
 
L
H
 
G
L
 
A
S
 
S
R
 
T
P
 
D
L
 
I
A
 
A
L
 
L
S
 
L
A
 
Q
T
 
T
M
 
I
I
 
I
G
 
V
A
 
G
A
 
V
C
 
I
N
|
N
A
 
L
I
 
T
A
 
F
V
 
T
P
 
V
L
 
L
F
 
A
G
 
I
S
 
M
L
 
T
S
 
V
D
 
D
K
 
K
L
 
F
G
|
G
R
|
R
R
 
K
P
 
P
V
 
L
Y
 
Q
I
 
I
A
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
L
L
 
G
A
 
M
V
 
A
V
 
I
W
 
G
A
 
M
F
 
F
V
 
S
F
 
L
F
 
G
R
 
T
L
 
A
M
 
F
D
 
Y
S
 
T
A
 
Q
Q
 
A
P
 
P
-
 
G
L
 
I
Q
 
V
I
 
A
C
 
L
A
 
L
A
 
S
V
 
M
V
 
L
V
 
F
G
 
Y
L
 
V
I
 
A
I
 
A
H
 
F
A
 
A
M
 
M
M
 
S
Y
 
W
G
 
G
P
 
P
Q
 
V
A
 
C
-
x
W
A
 
V
F
 
L
V
 
L
T
 
S
E
|
E
Q
 
I
F
 
F
P
 
P
T
 
N
R
 
A
V
 
I
R
|
R
Y
 
-
A
 
-
G
 
G
S
 
K
S
 
A
L
 
L
A
 
A
Y
 
I
T
 
A
L
 
V
A
 
A

Sites not aligning to the query:

8sc2A Human oct1 bound to diltiazem in inward-open conformation (see paper)
24% identity, 49% coverage: 83:298/440 of query aligns to 140:356/453 of 8sc2A

query
sites
8sc2A
G
 
G
V
 
F
L
 
L
F
 
F
G
 
G
H
 
S
L
 
L
G
 
G
-
 
V
-
 
G
-
 
Y
-
 
F
-
 
A
D
 
D
K
 
R
L
 
F
G
 
G
R
 
R
R
 
K
F
 
L
V
 
C
L
 
L
V
 
L
A
 
G
T
 
T
L
 
V
I
 
L
L
 
V
M
 
N
G
 
A
V
 
V
A
 
S
T
 
G
G
 
V
L
 
L
M
 
M
G
 
A
V
 
F
L
 
S
P
 
P
T
 
N
Y
 
Y
M
 
M
S
 
S
W
 
-
G
 
-
I
 
-
W
 
-
S
 
-
P
 
-
I
 
-
L
 
-
L
 
M
V
 
L
A
 
L
L
 
F
R
 
R
F
 
L
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
A
 
L
A
 
V
I
 
S
G
 
K
G
 
G
E
 
N
W
|
W
A
 
M
G
 
A
A
 
G
V
 
Y
L
 
T
L
 
L
S
 
I
M
 
T
E
 
E
H
 
F
G
 
V
E
 
G
Q
 
S
H
 
G
Q
 
S
R
 
R
G
 
R
R
 
T
N
 
V
A
 
A
S
 
I
F
 
M
T
 
Y
Q
|
Q
V
 
M
G
 
A
P
x
F
S
 
T
C
 
V
G
 
G
T
 
L
L
 
V
L
 
A
G
 
L
T
 
T
G
 
G
-
 
L
-
 
A
-
 
Y
-
 
A
-
 
L
-
 
P
-
 
H
-
 
W
-
 
R
-
 
W
-
 
L
-
 
Q
-
 
L
-
 
A
-
 
V
-
 
S
-
 
L
-
 
P
-
 
T
F
 
F
I
 
L
A
 
F
V
 
L
V
 
L
S
 
Y
L
 
Y
W
 
W
L
 
C
S
 
V
P
 
P
E
 
E
D
 
S
F
 
P
Q
 
R
A
 
S
W
 
P
G
 
S
-
 
F
-
 
A
-
 
D
-
 
L
W
 
F
R
 
R
V
 
T
P
 
P
F
 
R
L
 
L
S
 
R
S
 
K
V
 
R
L
 
T
L
 
F
V
 
I
L
 
L
F
 
M
G
 
Y
L
 
L
W
|
W
L
 
F
R
 
T
K
 
D
G
x
S
V
 
V
E
 
L
E
 
Y
T
 
Q
P
 
G
L
 
L
F
 
I
K
 
L
E
 
H
M
 
M
E
 
G
A
 
A
R
 
T
K
 
S
S
 
G
T
 
-
A
 
-
K
 
-
T
 
-
P
 
-
I
 
-
K
 
-
E
 
N
V
 
L
F
 
Y
V
 
L
D
 
D
H
 
F
W
 
L
R
 
Y
R
 
S
L
 
A
L
 
L
V
 
V
A
 
-
G
 
-
G
 
-
V
 
-
R
 
-
I
 
-
G
 
-
S
 
-
D
 
E
V
 
I
L
 
P
Y
 
G
A
 
A
L
 
F
V
 
I
V
 
A
V
 
L
F
 
I
T
 
T
L
 
I
T
 
D
Y
 
R
V
 
V
T
 
G
S
 
R
V
 
I
L
 
-
H
 
-
L
 
-
S
 
-
R
 
Y
P
 
P
L
 
M
A
 
A
L
 
M
S
 
S
A
 
N
T
 
L
M
 
L
I
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
A
C
 
C

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>RR42_RS27720 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS27720
MSTARSAAGTLDAATHAAKPGMGRLAAASTIGTTLEWYDFTVYNLMAALVFNAVFFPSFD
PLTGTILAFSTYAVGYVSRPLGGVLFGHLGDKLGRRFVLVATLILMGVATGLMGVLPTYM
SWGIWSPILLVALRFLQGAAIGGEWAGAVLLSMEHGEQHQRGRNASFTQVGPSCGTLLGT
GFIAVVSLWLSPEDFQAWGWRVPFLSSVLLVLFGLWLRKGVEETPLFKEMEARKSTAKTP
IKEVFVDHWRRLLVAGGVRIGSDVLYALVVVFTLTYVTSVLHLSRPLALSATMIGAACNA
IAVPLFGSLSDKLGRRPVYIAGAVLAVVWAFVFFRLMDSAQPLQICAAVVVGLIIHAMMY
GPQAAFVTEQFPTRVRYAGSSLAYTLAGIVGGGFAPLIIASLYKSYGSTLAISLYVSAAV
ALTLVALLVARETANKPLES

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory