SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing RR42_RS28130 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS28130 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 10 hits to proteins with known functional sites (download)

3wkiA Crystal structure of cellobiose 2-epimerase in complex with cellobiitol (see paper)
30% identity, 47% coverage: 52:229/379 of query aligns to 46:238/407 of 3wkiA

query
sites
3wkiA
G
 
G
T
 
P
D
 
D
Q
 
G
Q
 
R
P
 
P
L
 
H
P
 
P
V
 
E
A
 
A
R
 
P
Y
 
R
R
 
G
A
 
A
M
 
I
A
 
L
C
 
N
A
 
A
R
|
R
Q
 
I
L
 
L
Y
 
W
V
 
T
F
 
F
S
 
A
Q
 
A
C
 
A
D
 
Y
G
 
R
T
 
Q
D
 
L
G
 
G
A
 
T
-
 
P
-
 
L
-
 
Y
-
 
R
A
 
E
H
 
M
A
 
A
A
 
E
R
 
R
L
 
A
F
 
Y
A
 
R
S
 
Y
L
 
F
G
 
V
G
 
R
R
 
H
F
 
F
A
 
V
D
 
D
G
 
A
G
 
E
Q
 
H
G
 
G
G
 
G
F
 
V
I
 
Y
Y
 
W
S
 
M
I
 
V
D
 
A
A
 
A
Q
 
D
G
 
G
Q
 
R
P
 
P
L
 
L
D
 
D
T
 
T
T
 
R
K
 
K
D
 
H
L
 
V
Y
|
Y
T
 
A
H
 
Q
A
 
S
F
 
F
V
 
A
V
 
I
F
 
Y
A
 
A
C
 
L
A
 
S
A
 
E
Y
 
W
F
 
H
K
 
R
R
 
A
S
 
T
G
 
G
S
 
G
A
 
E
Q
 
A
A
 
A
R
 
L
A
 
A
L
 
L
L
 
A
D
 
R
G
 
S
A
 
I
T
 
Y
R
 
D
L
 
L
I
 
I
E
 
E
A
 
T
R
 
H
F
 
C
A
 
A
-
 
D
T
 
R
A
 
V
D
 
H
G
 
G
L
 
G
Y
 
Y
H
 
V
A
 
E
A
 
A
L
 
C
A
 
D
Q
 
R
D
 
A
F
 
W
R
 
R
P
 
P
L
 
L
G
 
E
G
 
D
-
 
A
-
 
R
-
 
L
-
x
S
-
 
A
-
 
K
-
x
D
-
 
A
-
 
P
-
 
E
P
 
P
P
 
R
Q
 
S
Q
 
M
N
|
N
P
 
T
I
 
H
M
 
L
H
|
H
L
 
V
T
 
L
E
 
E
A
 
A
Y
 
Y
L
 
A
A
 
N
A
 
L
F
 
Y
E
 
R
V
 
V
T
 
W
G
 
P
E
 
E
R
 
T
F
 
E
Y
 
L
A
 
A
D
 
A
R
 
R
L
 
L
A
 
Q
G
 
A
I
 
L
A
 
I
A
 
E
A
 
L
V
 
F
L
 
L
A
 
R
T
 
A
F
 
I
V
 
Y
D
 
H
P
 
P
A
 
A
T
 
T
G
 
G
C
 
H
I
 
L

Sites not aligning to the query:

3wkhA Crystal structure of cellobiose 2-epimerase in complex with epilactose (see paper)
30% identity, 47% coverage: 52:229/379 of query aligns to 46:238/410 of 3wkhA

query
sites
3wkhA
G
 
G
T
 
P
D
 
D
Q
 
G
Q
 
R
P
 
P
L
 
H
P
 
P
V
 
E
A
 
A
R
 
P
Y
 
R
R
 
G
A
 
A
M
 
I
A
 
L
C
 
N
A
 
A
R
|
R
Q
 
I
L
 
L
Y
 
W
V
 
T
F
 
F
S
 
A
Q
 
A
C
 
A
D
 
Y
G
 
R
T
 
Q
D
 
L
G
 
G
A
 
T
-
 
P
-
 
L
-
 
Y
-
 
R
A
 
E
H
 
M
A
 
A
A
 
E
R
 
R
L
 
A
F
 
Y
A
 
R
S
 
Y
L
 
F
G
 
V
G
 
R
R
 
H
F
 
F
A
 
V
D
 
D
G
 
A
G
 
E
Q
 
H
G
 
G
G
 
G
F
 
V
I
 
Y
Y
 
W
S
 
M
I
 
V
D
 
A
A
 
A
Q
 
D
G
 
G
Q
 
R
P
 
P
L
 
L
D
 
D
T
 
T
T
 
R
K
 
K
D
 
H
L
 
V
Y
|
Y
T
 
A
H
 
Q
A
 
S
F
 
F
V
 
A
V
 
I
F
 
Y
A
 
A
C
 
L
A
 
S
A
 
E
Y
 
W
F
 
H
K
 
R
R
 
A
S
 
T
G
 
G
S
 
G
A
 
E
Q
 
A
A
 
A
R
 
L
A
 
A
L
 
L
L
 
A
D
 
R
G
 
S
A
 
I
T
 
Y
R
 
D
L
 
L
I
 
I
E
 
E
A
 
T
R
 
H
F
 
C
A
 
A
-
 
D
T
 
R
A
 
V
D
 
H
G
 
G
L
 
G
Y
 
Y
H
 
V
A
 
E
A
 
A
L
 
C
A
 
D
Q
 
R
D
 
A
F
 
W
R
 
R
P
 
P
L
 
L
G
 
E
G
 
D
-
 
A
-
 
R
-
 
L
-
x
S
-
 
A
-
 
K
-
x
D
-
 
A
-
 
P
-
 
E
P
 
P
P
 
R
Q
 
S
Q
 
M
N
|
N
P
 
T
I
 
H
M
 
L
H
|
H
L
 
V
T
 
L
E
 
E
A
 
A
Y
 
Y
L
 
A
A
 
N
A
 
L
F
 
Y
E
 
R
V
 
V
T
 
W
G
 
P
E
 
E
R
 
T
F
 
E
Y
 
L
A
 
A
D
 
A
R
 
R
L
 
L
A
 
Q
G
 
A
I
 
L
A
 
I
A
 
E
A
 
L
V
 
F
L
 
L
A
 
R
T
 
A
F
 
I
V
 
Y
D
 
H
P
 
P
A
 
A
T
 
T
G
 
G
C
 
H
I
 
L

Sites not aligning to the query:

3wkgA Crystal structure of cellobiose 2-epimerase in complex with glucosylmannose (see paper)
30% identity, 47% coverage: 52:229/379 of query aligns to 46:238/410 of 3wkgA

query
sites
3wkgA
G
 
G
T
 
P
D
 
D
Q
 
G
Q
 
R
P
 
P
L
 
H
P
 
P
V
 
E
A
 
A
R
 
P
Y
 
R
R
 
G
A
 
A
M
 
I
A
 
L
C
 
N
A
 
A
R
|
R
Q
 
I
L
 
L
Y
 
W
V
 
T
F
 
F
S
 
A
Q
 
A
C
 
A
D
 
Y
G
 
R
T
 
Q
D
 
L
G
 
G
A
 
T
-
 
P
-
 
L
-
 
Y
-
 
R
A
 
E
H
 
M
A
 
A
A
 
E
R
 
R
L
 
A
F
 
Y
A
 
R
S
 
Y
L
 
F
G
 
V
G
 
R
R
 
H
F
 
F
A
 
V
D
 
D
G
 
A
G
 
E
Q
 
H
G
 
G
G
 
G
F
 
V
I
 
Y
Y
 
W
S
 
M
I
 
V
D
 
A
A
 
A
Q
 
D
G
 
G
Q
 
R
P
 
P
L
 
L
D
 
D
T
 
T
T
 
R
K
 
K
D
 
H
L
 
V
Y
|
Y
T
 
A
H
 
Q
A
 
S
F
 
F
V
 
A
V
 
I
F
 
Y
A
 
A
C
 
L
A
 
S
A
 
E
Y
 
W
F
 
H
K
 
R
R
 
A
S
 
T
G
 
G
S
 
G
A
 
E
Q
 
A
A
 
A
R
 
L
A
 
A
L
 
L
L
 
A
D
 
R
G
 
S
A
 
I
T
 
Y
R
 
D
L
 
L
I
 
I
E
 
E
A
 
T
R
 
H
F
 
C
A
 
A
-
 
D
T
 
R
A
 
V
D
 
H
G
 
G
L
 
G
Y
 
Y
H
 
V
A
 
E
A
 
A
L
 
C
A
 
D
Q
 
R
D
 
A
F
 
W
R
 
R
P
 
P
L
 
L
G
 
E
G
 
D
-
 
A
-
 
R
-
 
L
-
x
S
-
 
A
-
 
K
-
x
D
-
 
A
-
 
P
-
 
E
P
 
P
P
 
R
Q
 
S
Q
 
M
N
|
N
P
 
T
I
 
H
M
 
L
H
|
H
L
 
V
T
 
L
E
 
E
A
 
A
Y
 
Y
L
 
A
A
 
N
A
 
L
F
 
Y
E
 
R
V
 
V
T
 
W
G
 
P
E
 
E
R
 
T
F
 
E
Y
 
L
A
 
A
D
 
A
R
 
R
L
 
L
A
 
Q
G
 
A
I
 
L
A
 
I
A
 
E
A
 
L
V
 
F
L
 
L
A
 
R
T
 
A
F
 
I
V
 
Y
D
 
H
P
 
P
A
 
A
T
 
T
G
 
G
C
 
H
I
 
L

Sites not aligning to the query:

P0DKY4 Cellobiose 2-epimerase; CE; EC 5.1.3.11 from Ruminococcus albus (see paper)
26% identity, 76% coverage: 82:368/379 of query aligns to 71:374/389 of P0DKY4

query
sites
P0DKY4
D
 
D
G
 
N
A
 
A
A
 
K
H
 
H
A
 
A
A
 
-
R
 
-
L
 
-
F
 
Y
A
 
E
S
 
F
L
 
I
G
 
K
G
 
N
R
 
N
F
 
C
A
 
I
D
 
D
G
 
Y
G
 
E
Q
 
Y
G
 
G
G
 
G
F
 
V
I
 
Y
Y
 
W
S
 
M
I
 
M
D
 
D
A
 
F
Q
 
E
G
 
G
Q
 
K
P
 
P
L
 
A
D
 
D
T
 
T
T
 
M
K
 
K
D
 
H
L
 
T
Y
 
Y
T
 
N
H
 
I
A
 
A
F
|
F
V
 
A
V
 
I
F
 
Y
A
 
A
C
 
L
A
 
S
A
 
S
Y
 
Y
F
 
Y
K
 
R
R
 
A
S
 
S
G
 
G
S
 
D
A
 
K
Q
 
E
A
 
A
R
 
L
A
 
A
L
 
L
L
 
A
D
 
Y
G
 
R
A
 
P
T
 
F
R
 
E
L
 
D
I
 
I
E
 
E
A
 
K
R
 
N
F
 
T
A
 
L
T
 
Y
A
 
E
D
 
Y
G
 
G
L
 
-
Y
 
Y
H
 
R
A
 
E
A
 
A
L
 
F
A
 
D
Q
 
R
D
 
Q
F
 
W
R
 
R
-
 
L
-
 
V
-
 
D
-
 
N
-
 
E
-
 
A
-
 
L
-
 
S
-
 
E
-
 
N
P
 
G
L
 
L
G
 
K
G
 
A
P
 
D
P
 
K
Q
 
T
Q
 
M
N
 
N
P
 
A
I
 
I
M
 
L
H
 
H
L
 
L
T
 
I
E
 
E
A
 
A
Y
 
Y
L
 
T
A
 
E
A
 
L
F
 
Y
E
 
K
V
 
A
T
 
D
G
 
G
E
 
N
R
 
E
F
 
K
Y
 
V
A
 
A
D
 
D
R
 
R
L
 
L
A
 
K
G
 
F
I
 
Q
A
 
L
A
 
G
A
 
Q
V
 
M
L
 
R
A
 
D
T
 
I
F
 
V
V
 
Y
D
 
T
P
 
P
A
 
D
T
 
T
G
 
N
C
 
A
I
 
-
A
 
-
E
 
-
L
 
L
P
 
K
M
 
V
C
 
F
T
 
F
D
 
D
R
 
T
A
 
A
G
 
F
N
 
N
R
 
L
V
 
V
-
 
G
-
 
D
-
 
I
-
 
H
E
 
S
P
 
Y
G
 
G
H
|
H
Q
 
D
F
 
I
E
|
E
W
 
A
F
 
T
S
x
W
L
 
L
L
 
M
A
 
D
S
 
R
A
 
A
P
 
C
A
 
D
L
 
V
F
 
L
E
 
G
D
 
D
S
 
E
G
 
D
L
 
L
A
 
K
Q
 
K
A
 
Q
L
 
F
A
 
A
R
 
E
A
 
-
F
 
M
G
 
D
F
 
L
A
 
K
M
 
I
Q
 
S
H
 
H
G
 
N
V
 
I
-
 
Q
D
 
D
T
 
I
S
 
A
T
 
L
M
 
E
G
 
D
V
 
G
A
 
A
A
 
L
A
 
N
L
 
N
H
 
E
L
 
R
D
 
D
G
 
K
S
 
N
P
 
E
R
 
I
D
 
D
P
 
K
I
 
T
Q
 
R
R
 
V
I
x
W
W
|
W
A
 
V
Q
 
Q
T
 
A
E
|
E
-
 
A
-
 
V
-
 
V
-
 
G
F
 
F
A
 
I
R
 
N
A
 
A
L
 
Y
A
 
Q
V
 
H
R
 
S
G
 
G
D
 
D
S
 
E
V
 
K
A
 
F
L
 
L
A
 
E
H
 
S
L
 
A
Q
 
K
A
 
S
-
 
V
W
 
W
-
 
E
-
 
N
L
 
I
K
 
K
A
 
E
Y
 
Y
P
 
I
A
 
I
R
 
D
F
 
K
L
 
R
H
 
E
A
 
G
G
 
G
G
 
E
W
 
W
H
 
Y
E
 
S
C
 
E
L
 
V
-
 
T
-
 
F
-
 
D
-
 
H
S
 
T
P
 
P
A
 
H
G
 
D
K
 
Y
V
 
K
E
 
E
R
 
T
A
 
V
E
 
-
M
 
G
P
 
P
S
 
W
T
 
K
T
 
C
P
 
P
Y
 
Y
H
|
H

Sites not aligning to the query:

7d5gA Crystal structure of the csce with ligand to have a insight into the catalytic mechanism
19% identity, 66% coverage: 22:273/379 of query aligns to 10:273/389 of 7d5gA

query
sites
7d5gA
L
 
L
R
 
K
A
 
A
H
 
H
Y
 
L
D
 
E
G
 
E
V
 
K
V
 
I
L
 
I
P
 
P
L
 
F
W
 
W
T
 
Q
G
 
-
P
 
-
G
 
-
W
 
-
N
 
-
A
 
S
T
 
L
M
 
K
Q
 
D
L
 
D
P
 
E
Y
 
F
E
 
G
A
 
G
L
 
Y
S
 
Y
G
 
G
T
 
Y
D
 
M
Q
 
D
Q
 
F
P
 
N
L
 
L
P
 
N
V
 
I
A
 
D
R
 
R
Y
 
K
R
 
A
A
 
Q
M
 
K
A
 
G
C
 
C
-
 
I
-
 
L
-
 
N
A
 
S
R
|
R
Q
 
I
L
 
L
Y
 
W
V
 
F
F
 
F
S
 
S
Q
 
A
C
 
C
D
 
Y
G
 
N
T
 
V
D
 
L
G
 
K
A
 
S
A
 
E
H
 
K
A
 
C
A
 
K
R
 
E
L
 
M
-
 
A
-
 
F
-
 
H
-
 
A
F
 
F
A
 
E
S
 
F
L
 
L
G
 
K
G
 
N
R
 
K
F
 
F
A
 
W
D
 
D
G
 
K
G
 
E
Q
 
Y
G
 
E
G
 
G
F
 
L
I
 
F
Y
 
W
S
 
S
I
 
V
D
 
S
A
 
H
Q
 
K
G
 
G
Q
 
V
P
 
P
L
 
V
D
 
D
T
 
V
T
 
T
K
 
K
D
 
H
L
 
V
Y
|
Y
T
 
V
H
 
Q
A
 
A
F
 
F
V
 
G
V
 
I
F
 
Y
A
 
G
C
 
L
A
 
S
A
 
E
Y
 
Y
F
 
Y
K
 
E
R
 
A
S
 
S
G
 
G
S
 
D
A
 
E
Q
 
E
A
 
A
R
 
L
A
 
H
L
 
M
L
 
A
D
 
K
G
 
R
A
 
L
T
 
F
R
 
E
L
 
I
I
 
L
E
 
E
A
 
T
R
 
K
F
 
C
A
 
K
T
 
R
A
 
E
D
 
N
G
 
G
L
 
-
Y
 
Y
H
 
T
A
 
E
A
 
Q
L
 
F
A
 
E
Q
 
R
D
 
N
F
 
W
R
 
Q
P
 
E
-
 
K
-
 
E
-
 
N
-
 
R
-
 
F
-
 
L
-
 
S
-
x
E
-
 
N
-
 
G
L
 
V
G
 
I
G
 
A
P
 
S
P
 
K
Q
 
T
Q
 
M
N
|
N
P
 
T
I
 
H
M
 
L
H
|
H
L
 
V
T
 
L
E
 
E
A
 
S
Y
 
Y
L
 
T
A
 
N
A
 
L
F
 
Y
E
 
R
V
 
L
T
 
L
G
 
K
E
 
L
R
 
D
F
 
D
Y
 
V
A
 
Y
D
 
E
R
 
A
L
 
L
A
 
E
G
 
W
I
 
I
A
 
V
A
 
R
A
 
L
V
 
F
L
 
V
A
 
D
T
 
K
F
 
I
V
 
Y
D
 
K
P
 
K
A
 
G
T
 
T
G
 
G
C
 
H
I
 
F
A
 
K
E
 
-
L
 
-
P
 
V
M
 
F
C
 
C
T
 
D
D
 
D
R
 
N
A
 
W
G
 
N
N
 
E
R
 
L
V
 
I
E
 
K
P
 
A
-
 
V
-
 
S
-
 
Y
G
 
G
H
|
H
Q
 
D
F
 
I
E
|
E
W
 
A
F
 
S
S
 
W
L
 
L
L
 
L
A
 
D
S
 
Q
A
 
A
P
 
A
A
 
K
L
 
Y
F
 
L
E
 
K
D
 
D
S
 
E
G
 
K
L
 
L
A
 
K
Q
 
E
A
 
E
L
 
V
A
 
E
R
 
K

Sites not aligning to the query:

8wbvA The crystal structure of linear mannose with mutant h247f of the cellobiose 2-epimerase from caldicellulosiruptor saccharolyticus
19% identity, 66% coverage: 22:273/379 of query aligns to 12:275/391 of 8wbvA

query
sites
8wbvA
L
 
L
R
 
K
A
 
A
H
 
H
Y
 
L
D
 
E
G
 
E
V
 
K
V
 
I
L
 
I
P
 
P
L
 
F
W
 
W
T
 
-
G
 
-
P
 
-
G
 
-
W
 
-
N
 
Q
A
 
S
T
 
L
M
 
K
Q
 
D
L
 
D
P
 
E
Y
 
F
E
 
G
A
 
G
L
 
Y
S
 
Y
G
 
G
T
 
Y
D
 
M
Q
 
D
Q
 
F
P
 
N
L
 
L
P
 
N
V
 
I
A
 
D
R
 
R
Y
 
K
R
 
A
A
 
Q
M
 
K
A
 
G
C
 
C
-
 
I
-
 
L
-
 
N
A
 
S
R
|
R
Q
 
I
L
 
L
Y
 
W
V
 
F
F
 
F
S
 
S
Q
 
A
C
 
C
D
 
Y
G
 
N
T
 
V
D
 
L
G
 
K
A
 
S
A
 
E
H
 
K
A
 
C
A
 
K
R
 
E
L
 
M
-
 
A
-
 
F
-
 
H
-
 
A
F
 
F
A
 
E
S
 
F
L
 
L
G
 
K
G
 
N
R
 
K
F
 
F
A
 
W
D
 
D
G
 
K
G
 
E
Q
 
Y
G
 
E
G
 
G
F
 
L
I
 
F
Y
 
W
S
 
S
I
 
V
D
 
S
A
 
H
Q
 
K
G
 
G
Q
 
V
P
 
P
L
 
V
D
 
D
T
 
V
T
 
T
K
 
K
D
 
H
L
 
V
Y
 
Y
T
 
V
H
 
Q
A
 
A
F
 
F
V
 
G
V
 
I
F
 
Y
A
 
G
C
 
L
A
 
S
A
 
E
Y
 
Y
F
 
Y
K
 
E
R
 
A
S
 
S
G
 
G
S
 
D
A
 
E
Q
 
E
A
 
A
R
 
L
A
 
H
L
 
M
L
 
A
D
 
K
G
 
R
A
 
L
T
 
F
R
 
E
L
 
I
I
 
L
E
 
E
A
 
T
R
 
K
F
 
C
A
 
K
T
 
R
A
 
E
D
 
N
G
 
G
L
 
-
Y
 
Y
H
 
T
A
 
E
A
 
Q
L
 
F
A
 
E
Q
 
R
D
 
N
F
 
W
R
 
Q
P
x
E
-
x
K
-
 
E
-
 
N
-
 
R
-
 
F
-
 
L
-
 
S
-
 
E
-
 
N
-
 
G
L
 
V
G
 
I
G
 
A
P
x
S
P
 
K
Q
 
T
Q
 
M
N
|
N
P
 
T
I
 
H
M
 
L
H
 
H
L
 
V
T
 
L
E
 
E
A
 
S
Y
 
Y
L
 
T
A
 
N
A
 
L
F
 
Y
E
 
R
V
 
L
T
 
L
G
 
K
E
 
L
R
 
D
F
 
D
Y
 
V
A
 
Y
D
 
E
R
 
A
L
 
L
A
 
E
G
 
W
I
 
I
A
 
V
A
 
R
A
 
L
V
 
F
L
 
V
A
 
D
T
 
K
F
 
I
V
 
Y
D
 
K
P
 
K
A
 
G
T
 
T
G
 
G
C
 
H
I
 
F
A
 
K
E
 
-
L
 
-
P
 
V
M
 
F
C
 
C
T
 
D
D
|
D
R
 
N
A
 
W
G
 
N
N
 
E
R
 
L
V
 
I
E
 
K
P
 
A
-
 
V
-
 
S
-
 
Y
G
 
G
H
x
F
Q
 
D
F
 
I
E
 
E
W
 
A
F
 
S
S
 
W
L
 
L
L
 
L
A
 
D
S
 
Q
A
 
A
P
 
A
A
 
K
L
 
Y
F
 
L
E
 
K
D
 
D
S
 
E
G
 
K
L
 
L
A
 
K
Q
 
E
A
 
E
L
 
V
A
 
E
R
 
K

Sites not aligning to the query:

8wbuA The crystal structure of circular mannose with mutant h247f of the cellobiose 2-epimerase from caldicellulosiruptor saccharolyticus
19% identity, 66% coverage: 22:273/379 of query aligns to 12:275/391 of 8wbuA

query
sites
8wbuA
L
 
L
R
 
K
A
 
A
H
 
H
Y
 
L
D
 
E
G
 
E
V
 
K
V
 
I
L
 
I
P
 
P
L
 
F
W
 
W
T
 
-
G
 
-
P
 
-
G
 
-
W
 
-
N
 
Q
A
 
S
T
 
L
M
 
K
Q
 
D
L
 
D
P
 
E
Y
 
F
E
 
G
A
 
G
L
 
Y
S
 
Y
G
 
G
T
 
Y
D
 
M
Q
 
D
Q
 
F
P
x
N
L
 
L
P
 
N
V
 
I
A
 
D
R
 
R
Y
 
K
R
 
A
A
 
Q
M
 
K
A
 
G
C
 
C
-
 
I
-
 
L
-
 
N
A
 
S
R
|
R
Q
 
I
L
 
L
Y
 
W
V
 
F
F
 
F
S
 
S
Q
 
A
C
 
C
D
 
Y
G
 
N
T
 
V
D
 
L
G
 
K
A
 
S
A
 
E
H
 
K
A
 
C
A
 
K
R
 
E
L
 
M
-
 
A
-
 
F
-
 
H
-
 
A
F
 
F
A
 
E
S
 
F
L
 
L
G
 
K
G
 
N
R
 
K
F
 
F
A
 
W
D
 
D
G
 
K
G
 
E
Q
 
Y
G
 
E
G
 
G
F
 
L
I
 
F
Y
 
W
S
 
S
I
 
V
D
 
S
A
 
H
Q
 
K
G
 
G
Q
 
V
P
 
P
L
 
V
D
 
D
T
 
V
T
 
T
K
 
K
D
 
H
L
 
V
Y
 
Y
T
 
V
H
 
Q
A
 
A
F
 
F
V
 
G
V
 
I
F
 
Y
A
 
G
C
 
L
A
 
S
A
 
E
Y
 
Y
F
 
Y
K
 
E
R
 
A
S
 
S
G
 
G
S
 
D
A
 
E
Q
 
E
A
 
A
R
 
L
A
 
H
L
 
M
L
 
A
D
 
K
G
 
R
A
 
L
T
 
F
R
 
E
L
 
I
I
 
L
E
 
E
A
 
T
R
 
K
F
 
C
A
 
K
T
 
R
A
 
E
D
 
N
G
 
G
L
 
-
Y
 
Y
H
 
T
A
 
E
A
 
Q
L
 
F
A
 
E
Q
 
R
D
 
N
F
 
W
R
 
Q
P
 
E
-
 
K
-
 
E
-
 
N
-
 
R
-
 
F
-
 
L
-
 
S
-
 
E
-
 
N
-
 
G
L
 
V
G
 
I
G
 
A
P
 
S
P
 
K
Q
 
T
Q
 
M
N
 
N
P
 
T
I
 
H
M
 
L
H
 
H
L
 
V
T
 
L
E
 
E
A
 
S
Y
 
Y
L
 
T
A
 
N
A
 
L
F
 
Y
E
 
R
V
 
L
T
 
L
G
 
K
E
 
L
R
 
D
F
 
D
Y
 
V
A
 
Y
D
 
E
R
 
A
L
 
L
A
 
E
G
 
W
I
 
I
A
 
V
A
 
R
A
 
L
V
 
F
L
 
V
A
 
D
T
 
K
F
 
I
V
 
Y
D
 
K
P
 
K
A
 
G
T
 
T
G
 
G
C
 
H
I
 
F
A
 
K
E
 
-
L
 
-
P
 
V
M
 
F
C
 
C
T
 
D
D
 
D
R
 
N
A
 
W
G
 
N
N
 
E
R
 
L
V
 
I
E
 
K
P
 
A
-
 
V
-
 
S
-
 
Y
G
 
G
H
x
F
Q
 
D
F
 
I
E
 
E
W
 
A
F
 
S
S
 
W
L
 
L
L
 
L
A
 
D
S
 
Q
A
 
A
P
 
A
A
 
K
L
 
Y
F
 
L
E
 
K
D
 
D
S
 
E
G
 
K
L
 
L
A
 
K
Q
 
E
A
 
E
L
 
V
A
 
E
R
 
K

Sites not aligning to the query:

2zblA Functional annotation of salmonella enterica yihs-encoded protein (see paper)
26% identity, 42% coverage: 91:249/379 of query aligns to 79:239/416 of 2zblA

query
sites
2zblA
F
 
I
A
 
K
S
 
A
L
 
M
G
 
N
G
 
G
R
 
A
F
 
L
A
 
R
D
 
D
G
 
K
G
 
K
Q
 
Y
G
 
G
G
 
G
F
 
W
I
 
Y
Y
 
A
S
 
C
I
 
V
D
 
N
A
 
D
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
-
P
 
V
L
 
V
D
 
D
T
 
A
T
 
S
K
 
K
D
 
Q
L
 
G
Y
|
Y
T
 
Q
H
 
H
A
 
F
F
 
F
V
 
A
V
 
L
F
 
L
A
 
G
C
 
A
A
 
A
A
 
S
Y
 
A
F
 
V
K
 
T
R
 
-
S
 
T
G
 
G
S
 
H
A
 
P
Q
 
E
A
 
A
R
 
R
A
 
K
L
 
L
L
 
L
D
 
D
G
 
Y
A
 
T
T
 
I
R
 
E
L
 
V
I
 
I
E
 
E
A
 
K
R
 
Y
F
 
F
A
 
W
T
 
S
A
 
E
D
 
E
G
 
E
L
 
Q
-
 
M
-
 
C
-
 
L
-
 
E
-
 
S
Y
 
W
H
 
D
A
 
E
A
 
A
L
 
F
A
 
S
Q
 
Q
D
 
T
F
 
E
R
 
D
P
 
Y
L
 
R
G
 
G
G
 
G
P
 
-
P
 
-
Q
 
-
Q
 
-
N
|
N
P
 
A
I
 
N
M
 
M
H
|
H
L
 
A
T
 
V
E
 
E
A
 
A
Y
 
F
L
 
L
A
 
I
A
 
V
F
 
Y
E
 
D
V
 
V
T
 
T
G
 
H
E
 
D
R
 
K
F
 
K
Y
 
W
A
 
L
D
 
D
R
 
R
L
 
A
A
 
L
G
 
R
I
 
I
A
 
A
A
 
S
A
 
V
V
 
I
L
 
I
A
 
H
T
 
D
F
 
V
V
 
A
D
 
R
P
 
N
A
 
G
T
 
D
G
 
Y
C
 
R
I
 
V
A
 
N
E
 
E
-
 
H
-
 
F
-
 
D
L
 
S
P
 
Q
M
 
W
C
 
N
T
 
P
D
 
I
R
 
R
A
 
D
G
 
Y
N
 
N
R
 
K
V
 
D
E
 
N
P
 
P
G
 
A
H
 
H
Q
 
R
F
|
F

Sites not aligning to the query:

7ag4D Crystal structure of active site mutant of sq isomerase (yihs-h248a) from salmonella enterica in complex with sulfofructose (sf) (see paper)
26% identity, 42% coverage: 91:249/379 of query aligns to 91:251/425 of 7ag4D

query
sites
7ag4D
F
 
I
A
 
K
S
 
A
L
 
M
G
 
N
G
 
G
R
 
A
F
 
L
A
 
R
D
 
D
G
 
K
G
 
K
Q
 
Y
G
 
G
G
 
G
F
 
W
I
 
Y
Y
 
A
S
 
C
I
 
V
D
 
N
A
 
D
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
-
P
 
V
L
 
V
D
 
D
T
 
A
T
 
S
K
 
K
D
 
Q
L
 
G
Y
|
Y
T
 
Q
H
 
H
A
 
F
F
 
F
V
 
A
V
 
L
F
 
L
A
 
G
C
 
A
A
 
A
A
 
S
Y
 
A
F
 
V
K
 
T
R
 
-
S
 
T
G
 
G
S
 
H
A
 
P
Q
 
E
A
 
A
R
 
R
A
 
K
L
 
L
L
 
L
D
 
D
G
 
Y
A
 
T
T
 
I
R
 
E
L
 
V
I
 
I
E
 
E
A
 
K
R
 
Y
F
 
F
A
 
W
T
 
S
A
 
E
D
 
E
G
 
E
L
 
Q
-
 
M
-
 
C
-
 
L
-
 
E
-
 
S
Y
 
W
H
 
D
A
 
E
A
 
A
L
 
F
A
 
S
Q
 
Q
D
 
T
F
 
E
R
 
D
P
 
Y
L
 
R
G
 
G
G
 
G
P
 
-
P
 
-
Q
 
-
Q
 
-
N
|
N
P
 
A
I
 
N
M
 
M
H
|
H
L
 
A
T
 
V
E
 
E
A
 
A
Y
 
F
L
 
L
A
 
I
A
 
V
F
 
Y
E
 
D
V
 
V
T
 
T
G
 
H
E
 
D
R
 
K
F
 
K
Y
 
W
A
 
L
D
 
D
R
 
R
L
 
A
A
 
L
G
 
R
I
 
I
A
 
A
A
 
S
A
 
V
V
 
I
L
 
I
A
 
H
T
 
D
F
 
V
V
 
A
D
 
R
P
 
N
A
 
G
T
 
D
G
 
Y
C
 
R
I
 
V
A
 
N
E
 
E
-
 
H
-
 
F
-
 
D
L
 
S
P
 
Q
M
 
W
C
 
N
T
 
P
D
 
I
R
 
R
A
 
D
G
 
Y
N
 
N
R
 
K
V
 
D
E
 
N
P
 
P
G
 
A
H
 
H
Q
x
R
F
|
F

Sites not aligning to the query:

P32140 Sulfoquinovose isomerase; SQ isomerase; Sulfoquinovose-sulfofructose isomerase; SQ-SF isomerase; EC 5.3.1.31 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
24% identity, 46% coverage: 91:263/379 of query aligns to 79:264/413 of P32140

query
sites
P32140
F
 
I
A
 
K
S
 
A
L
 
M
G
 
N
G
 
G
R
 
A
F
 
L
A
 
R
D
 
D
G
 
K
G
 
K
Q
 
Y
G
 
G
G
 
G
F
 
W
I
 
Y
Y
 
A
S
 
C
I
 
V
D
 
N
A
 
D
Q
 
E
G
 
G
Q
 
-
P
 
V
L
 
V
D
 
D
T
 
A
T
 
S
K
 
K
D
 
Q
L
 
G
Y
 
Y
T
 
Q
H
 
H
A
 
F
F
 
F
V
 
A
V
 
L
F
 
L
A
 
G
C
 
A
A
 
A
A
 
S
Y
 
A
F
 
V
K
 
T
R
 
-
S
 
T
G
 
G
S
 
H
A
 
P
Q
 
E
A
 
A
R
 
R
A
 
K
L
 
L
L
 
L
D
 
D
G
 
Y
A
 
T
T
 
I
R
 
E
L
 
I
I
 
I
E
 
E
A
 
K
R
 
Y
F
 
F
A
 
W
T
 
S
A
 
E
D
 
E
G
 
E
L
 
Q
-
 
M
-
 
C
-
 
L
-
 
E
-
 
S
Y
 
W
H
 
D
A
 
E
A
 
A
L
 
F
A
 
S
Q
 
K
D
 
T
F
 
E
R
 
E
P
 
Y
L
 
R
G
 
G
G
 
G
P
 
-
P
 
-
Q
 
-
Q
 
-
N
 
N
P
 
A
I
 
N
M
 
M
H
|
H
L
 
A
T
 
V
E
 
E
A
 
A
Y
 
F
L
 
L
A
 
I
A
 
V
F
 
Y
E
 
D
V
 
V
T
 
T
G
 
H
E
 
D
R
 
K
F
 
K
Y
 
W
A
 
L
D
 
D
R
 
R
L
 
A
A
 
I
G
 
R
I
 
V
A
 
A
A
 
S
A
 
V
V
 
I
L
 
I
A
 
H
T
 
D
F
 
V
V
 
A
D
 
R
P
 
N
A
 
N
T
 
H
G
 
Y
C
 
R
I
 
V
A
 
N
E
 
E
-
 
H
-
 
F
-
 
D
-
 
T
-
 
Q
-
 
W
-
 
N
-
 
P
L
 
L
P
 
P
-
 
D
M
 
Y
C
 
N
T
 
K
D
 
D
R
 
N
A
 
P
G
 
A
N
 
H
R
 
R
V
 
F
E
 
R
-
 
A
-
 
F
-
 
G
-
 
G
-
 
T
P
 
P
G
 
G
H
|
H
Q
 
W
F
 
I
E
|
E
W
 
W
F
 
G
S
 
R
L
 
L
L
 
M
A
 
L
S
 
H
A
 
I
P
 
H
A
 
A
L
 
A
F
 
L
E
 
E

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>RR42_RS28130 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS28130
MNVTPPLATAGADPKAASFAALRAHYDGVVLPLWTGPGWNATMQLPYEALSGTDQQPLPV
ARYRAMACARQLYVFSQCDGTDGAAHAARLFASLGGRFADGGQGGFIYSIDAQGQPLDTT
KDLYTHAFVVFACAAYFKRSGSAQARALLDGATRLIEARFATADGLYHAALAQDFRPLGG
PPQQNPIMHLTEAYLAAFEVTGERFYADRLAGIAAAVLATFVDPATGCIAELPMCTDRAG
NRVEPGHQFEWFSLLASAPALFEDSGLAQALARAFGFAMQHGVDTSTMGVAAALHLDGSP
RDPIQRIWAQTEFARALAVRGDSVALAHLQAWLKAYPARFLHAGGWHECLSPAGKVERAE
MPSTTPYHLATAYQALPRD

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory