SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing RR42_RS32060 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS32060 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2buuA Crystal structure of protocatechuate 3,4-dioxygenase from acinetobacter sp. Adp1 mutant r457s in complex with 4-nitrocatechol
44% identity, 99% coverage: 2:192/192 of query aligns to 2:202/202 of 2buuA

query
sites
2buuA
L
 
L
Y
 
K
A
 
E
T
 
T
A
 
P
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
V
 
G
G
 
G
P
|
P
Y
|
Y
L
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
G
L
 
L
-
 
L
-
 
P
-
 
K
-
 
Q
-
 
A
-
 
N
-
 
I
-
 
E
-
 
V
-
 
F
-
 
E
S
 
H
G
 
N
L
 
L
D
 
D
R
 
N
A
 
-
D
 
N
L
 
L
T
 
V
A
 
Q
E
 
D
A
 
N
S
 
T
E
 
Q
L
 
-
T
 
-
G
 
G
E
 
Q
R
 
R
I
 
I
V
 
R
I
 
L
E
 
E
G
 
G
R
 
Q
V
 
V
I
 
F
D
 
D
G
 
G
K
 
L
G
 
G
D
 
L
P
 
P
V
 
L
P
 
R
D
 
D
G
 
V
M
 
L
V
 
I
E
 
E
I
 
I
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
D
P
 
T
A
 
N
G
 
G
R
 
V
Y
|
Y
R
 
-
H
 
-
P
 
P
D
 
S
D
 
Q
A
 
A
R
 
-
D
 
D
G
 
T
A
 
Q
E
 
G
T
 
K
A
 
Q
L
 
V
V
 
D
P
 
P
G
 
N
F
 
F
T
 
L
G
 
G
F
 
W
G
 
G
R
 
R
L
 
-
P
 
-
T
 
T
G
 
G
P
 
A
D
 
D
-
 
F
-
 
G
-
 
T
G
 
G
S
 
F
F
 
W
R
 
S
F
 
F
V
 
N
T
 
T
V
 
I
K
 
K
P
 
P
G
 
G
P
 
A
V
|
V
P
 
P
G
 
G
P
 
R
D
 
K
G
 
G
Q
 
S
P
 
T
Q
|
Q
A
 
A
P
 
P
H
|
H
I
 
I
V
x
S
V
 
L
S
 
I
L
 
I
F
 
F
M
 
A
R
 
R
G
 
G
L
 
I
L
 
N
K
 
I
H
 
G
L
 
L
S
 
H
T
 
T
R
 
R
L
 
V
Y
 
Y
F
 
F
P
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
E
A
 
A
N
 
N
A
 
A
R
 
K
D
 
D
W
 
P
V
 
V
L
 
L
S
 
N
Q
 
S
V
 
I
P
 
E
-
 
W
A
 
A
A
 
T
R
 
R
R
 
R
H
 
Q
T
 
T
L
 
L
V
 
V
A
 
A
Q
 
K
Q
 
R
A
 
E
-
 
E
-
 
R
-
 
D
G
 
G
A
 
E
G
 
V
R
 
V
L
 
Y
Q
 
R
W
 
F
Q
 
D
V
 
I
V
 
R
L
 
I
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
E
D
 
N
E
 
E
T
 
T
V
 
V
F
 
F
F
 
F
D
 
D
I
 
I

2buqA Crystal structure of wild-type protocatechuate 3,4-dioxygenase from acinetobacter sp. Adp1 in complex with catechol (see paper)
44% identity, 99% coverage: 2:192/192 of query aligns to 2:202/202 of 2buqA

query
sites
2buqA
L
 
L
Y
 
K
A
 
E
T
 
T
A
 
P
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
V
 
G
G
 
G
P
|
P
Y
|
Y
L
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
G
L
 
L
-
 
L
-
 
P
-
 
K
-
 
Q
-
 
A
-
 
N
-
 
I
-
 
E
-
 
V
-
 
F
-
 
E
S
 
H
G
 
N
L
 
L
D
 
D
R
 
N
A
 
-
D
 
N
L
 
L
T
 
V
A
 
Q
E
 
D
A
 
N
S
 
T
E
 
Q
L
 
-
T
 
-
G
 
G
E
 
Q
R
 
R
I
 
I
V
 
R
I
 
L
E
 
E
G
 
G
R
 
Q
V
 
V
I
 
F
D
 
D
G
 
G
K
 
L
G
 
G
D
 
L
P
 
P
V
 
L
P
 
R
D
 
D
G
 
V
M
 
L
V
 
I
E
 
E
I
 
I
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
D
P
 
T
A
 
N
G
 
G
R
 
V
Y
|
Y
R
 
-
H
 
-
P
 
P
D
 
S
D
 
Q
A
 
A
R
 
-
D
 
D
G
 
T
A
 
Q
E
 
G
T
 
K
A
 
Q
L
 
V
V
 
D
P
 
P
G
 
N
F
 
F
T
 
L
G
 
G
F
 
W
G
 
G
R
 
R
L
 
-
P
 
-
T
 
T
G
 
G
P
 
A
D
 
D
-
 
F
-
 
G
-
 
T
G
 
G
S
 
F
F
 
W
R
 
S
F
 
F
V
 
N
T
 
T
V
 
I
K
 
K
P
 
P
G
 
G
P
 
A
V
|
V
P
 
P
G
 
G
P
 
R
D
 
K
G
 
G
Q
 
S
P
 
T
Q
|
Q
A
 
A
P
 
P
H
|
H
I
 
I
V
x
S
V
 
L
S
 
I
L
 
I
F
 
F
M
 
A
R
 
R
G
 
G
L
 
I
L
 
N
K
 
I
H
 
G
L
 
L
S
 
H
T
 
T
R
 
R
L
 
V
Y
 
Y
F
 
F
P
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
E
A
 
A
N
 
N
A
 
A
R
 
K
D
 
D
W
 
P
V
 
V
L
 
L
S
 
N
Q
 
S
V
 
I
P
 
E
-
 
W
A
 
A
A
 
T
R
 
R
R
 
R
H
 
Q
T
 
T
L
 
L
V
 
V
A
 
A
Q
 
K
Q
 
R
A
 
E
-
 
E
-
 
R
-
 
D
G
 
G
A
 
E
G
 
V
R
 
V
L
 
Y
Q
 
R
W
 
F
Q
 
D
V
 
I
V
 
R
L
 
I
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
E
D
 
N
E
 
E
T
 
T
V
 
V
F
 
F
F
 
F
D
 
D
I
 
I

4whsC 4-fluorocatechol bound to protocatechuate 3,4-dioxygenase (pseudomonas putida) at ph 8.5 (see paper)
43% identity, 100% coverage: 1:192/192 of query aligns to 4:200/200 of 4whsC

query
sites
4whsC
M
 
L
L
 
L
Y
 
P
A
 
E
T
 
T
A
 
P
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
V
 
A
G
 
G
P
|
P
Y
|
Y
L
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
G
L
 
L
S
 
A
G
 
-
L
 
L
D
 
E
R
 
A
A
 
A
D
 
G
L
 
N
T
 
P
A
 
T
E
 
R
A
 
D
S
 
Q
E
 
E
L
 
I
-
 
W
-
 
N
-
 
R
-
 
L
-
 
A
-
 
K
-
 
P
-
 
D
-
 
A
T
 
P
G
 
G
E
 
E
R
 
H
I
 
I
V
 
L
I
 
L
E
 
L
G
 
G
R
 
Q
V
 
V
I
 
Y
D
 
D
G
 
G
K
 
N
G
 
G
D
 
H
P
 
L
V
 
V
P
 
R
D
 
D
G
 
S
M
 
F
V
 
L
E
 
E
I
 
V
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
D
P
 
A
A
 
N
G
 
G
R
 
E
Y
|
Y
R
 
Q
H
 
-
P
 
-
D
 
-
D
 
D
A
 
A
R
 
Y
D
 
N
G
 
-
A
 
-
E
 
-
T
 
-
A
 
-
L
 
L
V
 
E
P
 
N
G
 
A
F
 
F
T
 
N
G
 
S
F
 
F
G
 
G
R
 
R
L
 
T
P
 
A
T
 
T
G
 
T
P
 
F
D
 
D
-
 
A
G
 
G
S
 
E
F
 
W
R
 
T
F
 
L
V
 
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
P
 
P
G
 
G
P
 
V
V
|
V
P
 
N
G
 
N
P
 
A
D
 
A
G
 
G
Q
 
V
P
 
P
Q
x
M
A
 
A
P
 
P
H
|
H
I
 
I
V
x
N
V
 
I
S
 
S
L
 
L
F
 
F
M
 
A
R
 
R
G
 
G
L
 
I
L
 
N
K
 
I
H
 
H
L
 
L
S
 
H
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
P
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
R
 
K
D
 
C
W
 
P
V
 
V
L
 
L
S
 
N
Q
 
L
V
 
I
P
 
E
A
 
Q
-
 
P
A
 
Q
R
 
R
R
|
R
H
x
E
T
|
T
L
 
L
V
x
I
A
 
A
Q
 
K
Q
 
R
A
 
C
-
 
E
-
 
V
-
 
D
G
 
G
A
 
K
G
 
T
R
 
A
L
 
Y
Q
x
R
W
x
F
Q
x
D
V
 
I
V
 
R
L
 
I
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
E
D
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
V
F
 
F
F
 
F
D
 
D
I
 
F

4whrA Anhydride reaction intermediate trapped in protocatechuate 3,4- dioxygenase (pseudomonas putida) at ph 8.5 (see paper)
43% identity, 100% coverage: 1:192/192 of query aligns to 4:200/200 of 4whrA

query
sites
4whrA
M
 
L
L
 
L
Y
 
P
A
 
E
T
 
T
A
 
P
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
V
 
A
G
|
G
P
|
P
Y
 
Y
L
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
G
L
 
L
S
 
A
G
 
-
L
 
L
D
 
E
R
 
A
A
 
A
D
 
G
L
 
N
T
 
P
A
 
T
E
 
R
A
 
D
S
 
Q
E
 
E
L
 
I
-
 
W
-
 
N
-
 
R
-
 
L
-
 
A
-
 
K
-
 
P
-
 
D
-
 
A
T
 
P
G
 
G
E
 
E
R
 
H
I
 
I
V
 
L
I
 
L
E
 
L
G
 
G
R
 
Q
V
 
V
I
 
Y
D
 
D
G
 
G
K
 
N
G
 
G
D
 
H
P
 
L
V
 
V
P
 
R
D
 
D
G
 
S
M
 
F
V
 
L
E
 
E
I
 
V
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
D
P
 
A
A
 
N
G
 
G
R
 
E
Y
|
Y
R
 
Q
H
 
-
P
 
-
D
 
-
D
 
D
A
 
A
R
 
Y
D
 
N
G
 
-
A
 
-
E
 
-
T
 
-
A
 
-
L
 
L
V
 
E
P
 
N
G
 
A
F
 
F
T
 
N
G
 
S
F
 
F
G
 
G
R
 
R
L
 
T
P
 
A
T
 
T
G
 
T
P
 
F
D
 
D
-
 
A
G
 
G
S
 
E
F
 
W
R
 
T
F
 
L
V
 
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
P
 
P
G
 
G
P
 
V
V
|
V
P
 
N
G
 
N
P
 
A
D
 
A
G
 
G
Q
 
V
P
 
P
Q
x
M
A
 
A
P
 
P
H
|
H
I
 
I
V
x
N
V
 
I
S
 
S
L
 
L
F
 
F
M
 
A
R
 
R
G
 
G
L
 
I
L
 
N
K
 
I
H
 
H
L
 
L
S
 
H
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
P
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
R
 
K
D
 
C
W
 
P
V
 
V
L
 
L
S
 
N
Q
 
L
V
 
I
P
 
E
A
 
Q
-
 
P
A
 
Q
R
 
R
R
|
R
H
x
E
T
 
T
L
 
L
V
 
I
A
 
A
Q
 
K
Q
 
R
A
 
C
-
 
E
-
 
V
-
 
D
G
 
G
A
 
K
G
 
T
R
 
A
L
 
Y
Q
 
R
W
 
F
Q
 
D
V
 
I
V
 
R
L
 
I
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
E
D
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
V
F
 
F
F
 
F
D
 
D
I
 
F

4whqA Alkylperoxo reaction intermediate trapped in protocatechuate 3,4- dioxygenase (pseudomonas putida) at ph 6.5 (see paper)
43% identity, 100% coverage: 1:192/192 of query aligns to 4:200/200 of 4whqA

query
sites
4whqA
M
 
L
L
 
L
Y
 
P
A
 
E
T
 
T
A
 
P
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
V
 
A
G
 
G
P
 
P
Y
 
Y
L
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
G
L
 
L
S
 
A
G
 
-
L
 
L
D
 
E
R
 
A
A
 
A
D
 
G
L
 
N
T
 
P
A
 
T
E
 
R
A
 
D
S
 
Q
E
 
E
L
 
I
-
 
W
-
 
N
-
 
R
-
 
L
-
 
A
-
 
K
-
 
P
-
 
D
-
 
A
T
 
P
G
 
G
E
 
E
R
 
H
I
 
I
V
 
L
I
 
L
E
 
L
G
 
G
R
 
Q
V
 
V
I
 
Y
D
 
D
G
 
G
K
 
N
G
 
G
D
 
H
P
 
L
V
 
V
P
 
R
D
 
D
G
 
S
M
 
F
V
 
L
E
 
E
I
 
V
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
D
P
 
A
A
 
N
G
 
G
R
 
E
Y
|
Y
R
 
Q
H
 
-
P
 
-
D
 
-
D
 
D
A
 
A
R
 
Y
D
 
N
G
 
-
A
 
-
E
 
-
T
 
-
A
 
-
L
 
L
V
 
E
P
 
N
G
 
A
F
 
F
T
 
N
G
 
S
F
 
F
G
 
G
R
 
R
L
 
T
P
 
A
T
 
T
G
 
T
P
 
F
D
 
D
-
 
A
G
 
G
S
 
E
F
 
W
R
 
T
F
 
L
V
 
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
P
 
P
G
 
G
P
 
V
V
|
V
P
 
N
G
 
N
P
 
A
D
 
A
G
 
G
Q
 
V
P
 
P
Q
x
M
A
 
A
P
 
P
H
|
H
I
 
I
V
x
N
V
 
I
S
 
S
L
 
L
F
 
F
M
 
A
R
 
R
G
 
G
L
 
I
L
 
N
K
 
I
H
 
H
L
 
L
S
 
H
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
P
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
R
 
K
D
 
C
W
 
P
V
 
V
L
 
L
S
 
N
Q
 
L
V
 
I
P
 
E
A
 
Q
-
 
P
A
 
Q
R
 
R
R
|
R
H
x
E
T
 
T
L
 
L
V
 
I
A
 
A
Q
 
K
Q
 
R
A
 
C
-
 
E
-
 
V
-
 
D
G
 
G
A
 
K
G
 
T
R
 
A
L
 
Y
Q
 
R
W
 
F
Q
 
D
V
 
I
V
 
R
L
 
I
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
E
D
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
V
F
 
F
F
 
F
D
 
D
I
 
F

4whoA Resting protocatechuate 3,4-dioxygenase (pseudomonas putida) at ph 8.5 (see paper)
43% identity, 100% coverage: 1:192/192 of query aligns to 4:200/200 of 4whoA

query
sites
4whoA
M
 
L
L
 
L
Y
 
P
A
 
E
T
 
T
A
 
P
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
V
 
A
G
 
G
P
 
P
Y
 
Y
L
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
G
L
 
L
S
 
A
G
 
-
L
 
L
D
 
E
R
 
A
A
 
A
D
 
G
L
 
N
T
 
P
A
 
T
E
 
R
A
 
D
S
 
Q
E
 
E
L
 
I
-
 
W
-
 
N
-
 
R
-
 
L
-
 
A
-
 
K
-
 
P
-
 
D
-
 
A
T
 
P
G
 
G
E
 
E
R
 
H
I
 
I
V
 
L
I
 
L
E
 
L
G
 
G
R
 
Q
V
 
V
I
 
Y
D
 
D
G
 
G
K
 
N
G
 
G
D
 
H
P
 
L
V
 
V
P
 
R
D
 
D
G
 
S
M
 
F
V
 
L
E
 
E
I
 
V
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
D
P
 
A
A
 
N
G
 
G
R
 
E
Y
|
Y
R
 
Q
H
 
-
P
 
-
D
 
-
D
 
D
A
 
A
R
 
Y
D
 
N
G
 
-
A
 
-
E
 
-
T
 
-
A
 
-
L
 
L
V
 
E
P
 
N
G
 
A
F
 
F
T
 
N
G
 
S
F
 
F
G
 
G
R
 
R
L
 
T
P
 
A
T
 
T
G
 
T
P
 
F
D
 
D
-
 
A
G
 
G
S
 
E
F
 
W
R
x
T
F
 
L
V
x
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
P
 
P
G
 
G
P
 
V
V
|
V
P
 
N
G
 
N
P
 
A
D
 
A
G
 
G
Q
 
V
P
 
P
Q
x
M
A
 
A
P
 
P
H
|
H
I
 
I
V
x
N
V
 
I
S
 
S
L
 
L
F
 
F
M
 
A
R
 
R
G
 
G
L
 
I
L
 
N
K
 
I
H
 
H
L
 
L
S
 
H
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
P
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
R
 
K
D
 
C
W
 
P
V
 
V
L
 
L
S
 
N
Q
 
L
V
 
I
P
 
E
A
 
Q
-
 
P
A
 
Q
R
 
R
R
 
R
H
 
E
T
 
T
L
 
L
V
 
I
A
 
A
Q
 
K
Q
 
R
A
 
C
-
 
E
-
 
V
-
 
D
G
 
G
A
 
K
G
 
T
R
 
A
L
 
Y
Q
 
R
W
 
F
Q
 
D
V
 
I
V
 
R
L
 
I
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
E
D
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
V
F
 
F
F
 
F
D
 
D
I
 
F

3pcmF Structure of protocatechuate 3,4-dioxygenase complexed with 6- hydroxynicotinic acid n-oxide and cyanide (see paper)
43% identity, 100% coverage: 1:192/192 of query aligns to 4:200/200 of 3pcmF

query
sites
3pcmF
M
 
L
L
 
L
Y
 
P
A
 
E
T
 
T
A
 
P
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
V
 
A
G
 
G
P
|
P
Y
 
Y
L
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
G
L
 
L
S
 
A
G
 
-
L
 
L
D
 
E
R
 
A
A
 
A
D
 
G
L
 
N
T
 
P
A
 
T
E
 
R
A
 
D
S
 
Q
E
 
E
L
 
I
-
 
W
-
 
N
-
 
R
-
 
L
-
 
A
-
 
K
-
 
P
-
 
D
-
 
A
T
 
P
G
 
G
E
 
E
R
 
H
I
 
I
V
 
L
I
 
L
E
 
L
G
 
G
R
 
Q
V
 
V
I
 
Y
D
 
D
G
 
G
K
 
N
G
 
G
D
 
H
P
 
L
V
 
V
P
 
R
D
 
D
G
 
S
M
 
F
V
 
L
E
 
E
I
 
V
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
D
P
 
A
A
 
N
G
 
G
R
 
E
Y
|
Y
R
 
Q
H
 
-
P
 
-
D
 
-
D
 
D
A
 
A
R
 
Y
D
 
N
G
 
-
A
 
-
E
 
-
T
 
-
A
 
-
L
 
L
V
 
E
P
 
N
G
 
A
F
 
F
T
 
N
G
 
S
F
 
F
G
 
G
R
 
R
L
 
T
P
 
A
T
 
T
G
 
T
P
 
F
D
 
D
-
 
A
G
 
G
S
 
E
F
 
W
R
 
T
F
 
L
V
 
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
P
 
P
G
 
G
P
 
V
V
|
V
P
 
N
G
 
N
P
 
A
D
 
A
G
 
G
Q
 
V
P
 
P
Q
 
M
A
 
A
P
 
P
H
 
H
I
 
I
V
 
N
V
 
I
S
 
S
L
 
L
F
 
F
M
 
A
R
|
R
G
 
G
L
 
I
L
 
N
K
 
I
H
 
H
L
 
L
S
 
H
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
P
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
R
 
K
D
 
C
W
 
P
V
 
V
L
 
L
S
 
N
Q
 
L
V
 
I
P
 
E
A
 
Q
-
 
P
A
 
Q
R
 
R
R
 
R
H
 
E
T
 
T
L
 
L
V
 
I
A
 
A
Q
 
K
Q
 
R
A
 
C
-
 
E
-
 
V
-
 
D
G
 
G
A
 
K
G
 
T
R
 
A
L
 
Y
Q
 
R
W
 
F
Q
 
D
V
 
I
V
 
R
L
 
I
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
E
D
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
V
F
 
F
F
 
F
D
 
D
I
 
F

3pclA Structure of protocatechuate 3,4-dioxygenase complexed with 2- hydroxyisonicotinic acid n-oxide and cyanide (see paper)
43% identity, 100% coverage: 1:192/192 of query aligns to 4:200/200 of 3pclA

query
sites
3pclA
M
 
L
L
 
L
Y
 
P
A
 
E
T
 
T
A
 
P
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
V
 
A
G
 
G
P
|
P
Y
 
Y
L
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
G
L
 
L
S
 
A
G
 
-
L
 
L
D
 
E
R
 
A
A
 
A
D
 
G
L
 
N
T
 
P
A
 
T
E
 
R
A
 
D
S
 
Q
E
 
E
L
 
I
-
 
W
-
 
N
-
 
R
-
 
L
-
 
A
-
 
K
-
 
P
-
 
D
-
 
A
T
 
P
G
 
G
E
 
E
R
 
H
I
 
I
V
 
L
I
 
L
E
 
L
G
 
G
R
 
Q
V
 
V
I
 
Y
D
 
D
G
 
G
K
 
N
G
 
G
D
 
H
P
 
L
V
 
V
P
 
R
D
 
D
G
 
S
M
 
F
V
 
L
E
 
E
I
 
V
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
D
P
 
A
A
 
N
G
 
G
R
 
E
Y
|
Y
R
 
Q
H
 
-
P
 
-
D
 
-
D
 
D
A
 
A
R
 
Y
D
 
N
G
 
-
A
 
-
E
 
-
T
 
-
A
 
-
L
 
L
V
 
E
P
 
N
G
 
A
F
 
F
T
 
N
G
 
S
F
 
F
G
 
G
R
 
R
L
 
T
P
 
A
T
 
T
G
 
T
P
 
F
D
 
D
-
 
A
G
 
G
S
 
E
F
 
W
R
 
T
F
 
L
V
 
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
P
 
P
G
 
G
P
 
V
V
|
V
P
 
N
G
 
N
P
 
A
D
 
A
G
 
G
Q
 
V
P
 
P
Q
x
M
A
 
A
P
 
P
H
|
H
I
 
I
V
x
N
V
 
I
S
 
S
L
 
L
F
 
F
M
 
A
R
|
R
G
 
G
L
 
I
L
 
N
K
 
I
H
 
H
L
 
L
S
 
H
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
P
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
R
 
K
D
 
C
W
 
P
V
 
V
L
 
L
S
 
N
Q
 
L
V
 
I
P
 
E
A
 
Q
-
 
P
A
 
Q
R
 
R
R
 
R
H
 
E
T
 
T
L
 
L
V
 
I
A
 
A
Q
 
K
Q
 
R
A
 
C
-
 
E
-
 
V
-
 
D
G
 
G
A
 
K
G
 
T
R
 
A
L
 
Y
Q
 
R
W
 
F
Q
 
D
V
 
I
V
 
R
L
 
I
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
E
D
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
V
F
 
F
F
 
F
D
 
D
I
 
F

3pciA Structure of protocatechuate 3,4-dioxygenase complexed with 3-iodo-4- hydroxybenzoate (see paper)
43% identity, 100% coverage: 1:192/192 of query aligns to 4:200/200 of 3pciA

query
sites
3pciA
M
 
L
L
 
L
Y
 
P
A
 
E
T
 
T
A
 
P
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
V
 
A
G
 
G
P
|
P
Y
|
Y
L
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
G
L
 
L
S
 
A
G
 
-
L
 
L
D
 
E
R
 
A
A
 
A
D
 
G
L
 
N
T
 
P
A
 
T
E
 
R
A
 
D
S
 
Q
E
 
E
L
 
I
-
 
W
-
 
N
-
 
R
-
 
L
-
 
A
-
 
K
-
 
P
-
 
D
-
 
A
T
 
P
G
 
G
E
 
E
R
 
H
I
 
I
V
 
L
I
 
L
E
 
L
G
 
G
R
 
Q
V
 
V
I
 
Y
D
 
D
G
 
G
K
 
N
G
 
G
D
 
H
P
 
L
V
 
V
P
 
R
D
 
D
G
 
S
M
 
F
V
 
L
E
 
E
I
 
V
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
D
P
 
A
A
 
N
G
 
G
R
 
E
Y
|
Y
R
 
Q
H
 
-
P
 
-
D
 
-
D
 
D
A
 
A
R
 
Y
D
 
N
G
 
-
A
 
-
E
 
-
T
 
-
A
 
-
L
 
L
V
 
E
P
 
N
G
 
A
F
 
F
T
 
N
G
 
S
F
 
F
G
 
G
R
 
R
L
 
T
P
 
A
T
 
T
G
 
T
P
 
F
D
 
D
-
 
A
G
 
G
S
 
E
F
 
W
R
 
T
F
 
L
V
 
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
P
 
P
G
 
G
P
 
V
V
|
V
P
 
N
G
 
N
P
 
A
D
 
A
G
 
G
Q
 
V
P
 
P
Q
x
M
A
 
A
P
 
P
H
|
H
I
 
I
V
x
N
V
 
I
S
 
S
L
 
L
F
 
F
M
 
A
R
 
R
G
 
G
L
 
I
L
 
N
K
 
I
H
 
H
L
 
L
S
 
H
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
P
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
R
 
K
D
 
C
W
 
P
V
 
V
L
 
L
S
 
N
Q
 
L
V
 
I
P
 
E
A
 
Q
-
 
P
A
 
Q
R
 
R
R
 
R
H
 
E
T
 
T
L
 
L
V
 
I
A
 
A
Q
 
K
Q
 
R
A
 
C
-
 
E
-
 
V
-
 
D
G
 
G
A
 
K
G
 
T
R
 
A
L
 
Y
Q
 
R
W
 
F
Q
 
D
V
 
I
V
 
R
L
 
I
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
E
D
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
V
F
 
F
F
 
F
D
 
D
I
 
F

3pchA Structure of protocatechuate 3,4-dioxygenase complexed with 3-chloro- 4-hydroxybenzoate (see paper)
43% identity, 100% coverage: 1:192/192 of query aligns to 4:200/200 of 3pchA

query
sites
3pchA
M
 
L
L
 
L
Y
 
P
A
 
E
T
 
T
A
 
P
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
V
 
A
G
|
G
P
|
P
Y
 
Y
L
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
G
L
 
L
S
 
A
G
 
-
L
 
L
D
 
E
R
 
A
A
 
A
D
 
G
L
 
N
T
 
P
A
 
T
E
 
R
A
 
D
S
 
Q
E
 
E
L
 
I
-
 
W
-
 
N
-
 
R
-
 
L
-
 
A
-
 
K
-
 
P
-
 
D
-
 
A
T
 
P
G
 
G
E
 
E
R
 
H
I
 
I
V
 
L
I
 
L
E
 
L
G
 
G
R
 
Q
V
 
V
I
 
Y
D
 
D
G
 
G
K
 
N
G
 
G
D
 
H
P
 
L
V
 
V
P
 
R
D
 
D
G
 
S
M
 
F
V
 
L
E
 
E
I
 
V
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
D
P
 
A
A
 
N
G
 
G
R
 
E
Y
|
Y
R
 
Q
H
 
-
P
 
-
D
 
-
D
 
D
A
 
A
R
 
Y
D
 
N
G
 
-
A
 
-
E
 
-
T
 
-
A
 
-
L
 
L
V
 
E
P
 
N
G
 
A
F
 
F
T
 
N
G
 
S
F
 
F
G
 
G
R
 
R
L
 
T
P
 
A
T
 
T
G
 
T
P
 
F
D
 
D
-
 
A
G
 
G
S
 
E
F
 
W
R
 
T
F
 
L
V
 
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
P
 
P
G
 
G
P
 
V
V
|
V
P
 
N
G
 
N
P
 
A
D
 
A
G
 
G
Q
 
V
P
 
P
Q
x
M
A
 
A
P
 
P
H
|
H
I
 
I
V
x
N
V
 
I
S
 
S
L
 
L
F
 
F
M
 
A
R
|
R
G
 
G
L
 
I
L
 
N
K
 
I
H
 
H
L
 
L
S
 
H
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
P
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
R
 
K
D
 
C
W
 
P
V
 
V
L
 
L
S
 
N
Q
 
L
V
 
I
P
 
E
A
 
Q
-
 
P
A
 
Q
R
 
R
R
 
R
H
 
E
T
 
T
L
 
L
V
 
I
A
 
A
Q
 
K
Q
 
R
A
 
C
-
 
E
-
 
V
-
 
D
G
 
G
A
 
K
G
 
T
R
 
A
L
 
Y
Q
 
R
W
 
F
Q
 
D
V
 
I
V
 
R
L
 
I
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
E
D
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
V
F
 
F
F
 
F
D
 
D
I
 
F

3pcgC Structure of protocatechuate 3,4-dioxygenase complexed with the inhibitor 4-hydroxyphenylacetate (see paper)
43% identity, 100% coverage: 1:192/192 of query aligns to 4:200/200 of 3pcgC

query
sites
3pcgC
M
 
L
L
 
L
Y
 
P
A
 
E
T
 
T
A
 
P
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
V
 
A
G
|
G
P
|
P
Y
 
Y
L
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
G
L
 
L
S
 
A
G
 
-
L
 
L
D
 
E
R
 
A
A
 
A
D
 
G
L
 
N
T
 
P
A
 
T
E
 
R
A
 
D
S
 
Q
E
 
E
L
 
I
-
 
W
-
 
N
-
 
R
-
 
L
-
 
A
-
 
K
-
 
P
-
 
D
-
 
A
T
 
P
G
 
G
E
 
E
R
 
H
I
 
I
V
 
L
I
 
L
E
 
L
G
 
G
R
 
Q
V
 
V
I
 
Y
D
 
D
G
 
G
K
 
N
G
 
G
D
 
H
P
 
L
V
 
V
P
 
R
D
 
D
G
 
S
M
 
F
V
 
L
E
 
E
I
 
V
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
D
P
 
A
A
 
N
G
 
G
R
 
E
Y
|
Y
R
 
Q
H
 
-
P
 
-
D
 
-
D
 
D
A
 
A
R
 
Y
D
 
N
G
 
-
A
 
-
E
 
-
T
 
-
A
 
-
L
 
L
V
 
E
P
 
N
G
 
A
F
 
F
T
 
N
G
 
S
F
 
F
G
 
G
R
 
R
L
 
T
P
 
A
T
 
T
G
 
T
P
 
F
D
 
D
-
 
A
G
 
G
S
 
E
F
 
W
R
 
T
F
 
L
V
 
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
P
 
P
G
 
G
P
 
V
V
|
V
P
 
N
G
 
N
P
 
A
D
 
A
G
 
G
Q
 
V
P
 
P
Q
x
M
A
 
A
P
 
P
H
|
H
I
 
I
V
x
N
V
 
I
S
 
S
L
 
L
F
 
F
M
 
A
R
 
R
G
 
G
L
 
I
L
 
N
K
 
I
H
 
H
L
 
L
S
 
H
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
P
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
R
 
K
D
 
C
W
 
P
V
 
V
L
 
L
S
 
N
Q
 
L
V
 
I
P
 
E
A
 
Q
-
 
P
A
 
Q
R
 
R
R
 
R
H
 
E
T
 
T
L
 
L
V
 
I
A
 
A
Q
 
K
Q
 
R
A
 
C
-
 
E
-
 
V
-
 
D
G
 
G
A
 
K
G
 
T
R
 
A
L
 
Y
Q
 
R
W
 
F
Q
 
D
V
 
I
V
 
R
L
 
I
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
E
D
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
V
F
 
F
F
 
F
D
 
D
I
 
F

3pcfA Structure of protocatechuate 3,4-dioxygenase complexed with 3-fluro-4- hydroxybenzoate (see paper)
43% identity, 100% coverage: 1:192/192 of query aligns to 4:200/200 of 3pcfA

query
sites
3pcfA
M
 
L
L
 
L
Y
 
P
A
 
E
T
 
T
A
 
P
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
V
 
A
G
|
G
P
|
P
Y
 
Y
L
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
G
L
 
L
S
 
A
G
 
-
L
 
L
D
 
E
R
 
A
A
 
A
D
 
G
L
 
N
T
 
P
A
 
T
E
 
R
A
 
D
S
 
Q
E
 
E
L
 
I
-
 
W
-
 
N
-
 
R
-
 
L
-
 
A
-
 
K
-
 
P
-
 
D
-
 
A
T
 
P
G
 
G
E
 
E
R
 
H
I
 
I
V
 
L
I
 
L
E
 
L
G
 
G
R
 
Q
V
 
V
I
 
Y
D
 
D
G
 
G
K
 
N
G
 
G
D
 
H
P
 
L
V
 
V
P
 
R
D
 
D
G
 
S
M
 
F
V
 
L
E
 
E
I
 
V
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
D
P
 
A
A
 
N
G
 
G
R
 
E
Y
|
Y
R
 
Q
H
 
-
P
 
-
D
 
-
D
 
D
A
 
A
R
 
Y
D
 
N
G
 
-
A
 
-
E
 
-
T
 
-
A
 
-
L
 
L
V
 
E
P
 
N
G
 
A
F
 
F
T
 
N
G
 
S
F
 
F
G
 
G
R
 
R
L
 
T
P
 
A
T
 
T
G
 
T
P
 
F
D
 
D
-
 
A
G
 
G
S
 
E
F
 
W
R
 
T
F
 
L
V
 
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
P
 
P
G
 
G
P
 
V
V
|
V
P
 
N
G
 
N
P
 
A
D
 
A
G
 
G
Q
 
V
P
 
P
Q
x
M
A
 
A
P
 
P
H
|
H
I
 
I
V
x
N
V
 
I
S
 
S
L
 
L
F
 
F
M
 
A
R
 
R
G
 
G
L
 
I
L
 
N
K
 
I
H
 
H
L
 
L
S
 
H
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
P
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
R
 
K
D
 
C
W
 
P
V
 
V
L
 
L
S
 
N
Q
 
L
V
 
I
P
 
E
A
 
Q
-
 
P
A
 
Q
R
 
R
R
 
R
H
 
E
T
 
T
L
 
L
V
 
I
A
 
A
Q
 
K
Q
 
R
A
 
C
-
 
E
-
 
V
-
 
D
G
 
G
A
 
K
G
 
T
R
 
A
L
 
Y
Q
 
R
W
 
F
Q
 
D
V
 
I
V
 
R
L
 
I
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
E
D
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
V
F
 
F
F
 
F
D
 
D
I
 
F

3pceC Structure of protocatechuate 3,4-dioxygenase complexed with 3- hydroxyphenylacetate (see paper)
43% identity, 100% coverage: 1:192/192 of query aligns to 4:200/200 of 3pceC

query
sites
3pceC
M
 
L
L
 
L
Y
 
P
A
 
E
T
 
T
A
 
P
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
V
 
A
G
|
G
P
|
P
Y
 
Y
L
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
G
L
 
L
S
 
A
G
 
-
L
 
L
D
 
E
R
 
A
A
 
A
D
 
G
L
 
N
T
 
P
A
 
T
E
 
R
A
 
D
S
 
Q
E
 
E
L
 
I
-
 
W
-
 
N
-
 
R
-
 
L
-
 
A
-
 
K
-
 
P
-
 
D
-
 
A
T
 
P
G
 
G
E
 
E
R
 
H
I
 
I
V
 
L
I
 
L
E
 
L
G
 
G
R
 
Q
V
 
V
I
 
Y
D
 
D
G
 
G
K
 
N
G
 
G
D
 
H
P
 
L
V
 
V
P
 
R
D
 
D
G
 
S
M
 
F
V
 
L
E
 
E
I
 
V
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
D
P
 
A
A
 
N
G
 
G
R
 
E
Y
|
Y
R
 
Q
H
 
-
P
 
-
D
 
-
D
 
D
A
 
A
R
 
Y
D
 
N
G
 
-
A
 
-
E
 
-
T
 
-
A
 
-
L
 
L
V
 
E
P
 
N
G
 
A
F
 
F
T
 
N
G
 
S
F
 
F
G
 
G
R
 
R
L
 
T
P
 
A
T
 
T
G
 
T
P
 
F
D
 
D
-
 
A
G
 
G
S
 
E
F
 
W
R
 
T
F
 
L
V
 
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
P
 
P
G
 
G
P
 
V
V
|
V
P
 
N
G
 
N
P
 
A
D
 
A
G
 
G
Q
 
V
P
 
P
Q
x
M
A
 
A
P
 
P
H
|
H
I
 
I
V
x
N
V
 
I
S
 
S
L
 
L
F
 
F
M
 
A
R
 
R
G
 
G
L
 
I
L
 
N
K
 
I
H
 
H
L
 
L
S
 
H
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
P
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
R
 
K
D
 
C
W
 
P
V
 
V
L
 
L
S
 
N
Q
 
L
V
 
I
P
 
E
A
 
Q
-
 
P
A
 
Q
R
 
R
R
 
R
H
 
E
T
 
T
L
 
L
V
 
I
A
 
A
Q
 
K
Q
 
R
A
 
C
-
 
E
-
 
V
-
 
D
G
 
G
A
 
K
G
 
T
R
 
A
L
 
Y
Q
 
R
W
 
F
Q
 
D
V
 
I
V
 
R
L
 
I
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
E
D
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
V
F
 
F
F
 
F
D
 
D
I
 
F

3pcbF Structure of protocatechuate 3,4-dioxygenase complexed with 3- hydroxybenzoate (see paper)
43% identity, 100% coverage: 1:192/192 of query aligns to 4:200/200 of 3pcbF

query
sites
3pcbF
M
 
L
L
 
L
Y
 
P
A
 
E
T
 
T
A
 
P
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
V
 
A
G
 
G
P
|
P
Y
 
Y
L
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
G
L
 
L
S
 
A
G
 
-
L
 
L
D
 
E
R
 
A
A
 
A
D
 
G
L
 
N
T
 
P
A
 
T
E
 
R
A
 
D
S
 
Q
E
 
E
L
 
I
-
 
W
-
 
N
-
 
R
-
 
L
-
 
A
-
 
K
-
 
P
-
 
D
-
 
A
T
 
P
G
 
G
E
 
E
R
 
H
I
 
I
V
 
L
I
 
L
E
 
L
G
 
G
R
 
Q
V
 
V
I
 
Y
D
 
D
G
 
G
K
 
N
G
 
G
D
 
H
P
 
L
V
 
V
P
 
R
D
 
D
G
 
S
M
 
F
V
 
L
E
 
E
I
 
V
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
D
P
 
A
A
 
N
G
 
G
R
 
E
Y
|
Y
R
 
Q
H
 
-
P
 
-
D
 
-
D
 
D
A
 
A
R
 
Y
D
 
N
G
 
-
A
 
-
E
 
-
T
 
-
A
 
-
L
 
L
V
 
E
P
 
N
G
 
A
F
 
F
T
 
N
G
 
S
F
 
F
G
 
G
R
 
R
L
 
T
P
 
A
T
 
T
G
 
T
P
 
F
D
 
D
-
 
A
G
 
G
S
 
E
F
 
W
R
 
T
F
 
L
V
 
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
P
 
P
G
 
G
P
 
V
V
|
V
P
 
N
G
 
N
P
 
A
D
 
A
G
 
G
Q
 
V
P
 
P
Q
 
M
A
 
A
P
 
P
H
 
H
I
 
I
V
 
N
V
 
I
S
 
S
L
 
L
F
 
F
M
 
A
R
|
R
G
 
G
L
 
I
L
 
N
K
 
I
H
 
H
L
 
L
S
 
H
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
P
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
R
 
K
D
 
C
W
 
P
V
 
V
L
 
L
S
 
N
Q
 
L
V
 
I
P
 
E
A
 
Q
-
 
P
A
 
Q
R
 
R
R
 
R
H
 
E
T
 
T
L
 
L
V
 
I
A
 
A
Q
 
K
Q
 
R
A
 
C
-
 
E
-
 
V
-
 
D
G
 
G
A
 
K
G
 
T
R
 
A
L
 
Y
Q
 
R
W
 
F
Q
 
D
V
 
I
V
 
R
L
 
I
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
E
D
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
V
F
 
F
F
 
F
D
 
D
I
 
F

3mi5A Axial ligand swapping in double mutant maintains intradiol-cleavage chemistry in protocatechuate 3,4-dioxygenase
43% identity, 100% coverage: 1:192/192 of query aligns to 4:200/200 of 3mi5A

query
sites
3mi5A
M
 
L
L
 
L
Y
 
P
A
 
E
T
 
T
A
 
P
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
V
 
A
G
 
G
P
|
P
Y
|
Y
L
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
G
L
 
L
S
 
A
G
 
-
L
 
L
D
 
E
R
 
A
A
 
A
D
 
G
L
 
N
T
 
P
A
 
T
E
 
R
A
 
D
S
 
Q
E
 
E
L
 
I
-
 
W
-
 
N
-
 
R
-
 
L
-
 
A
-
 
K
-
 
P
-
 
D
-
 
A
T
 
P
G
 
G
E
 
E
R
 
H
I
 
I
V
 
L
I
 
L
E
 
L
G
 
G
R
 
Q
V
 
V
I
 
Y
D
 
D
G
 
G
K
 
N
G
 
G
D
 
H
P
 
L
V
 
V
P
 
R
D
 
D
G
 
S
M
 
F
V
 
L
E
 
E
I
 
V
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
D
P
 
A
A
 
N
G
 
G
R
 
E
Y
|
Y
R
 
Q
H
 
-
P
 
-
D
 
-
D
 
D
A
 
A
R
 
Y
D
 
N
G
 
-
A
 
-
E
 
-
T
 
-
A
 
-
L
 
L
V
 
E
P
 
N
G
 
A
F
 
F
T
 
N
G
 
S
F
 
F
G
 
G
R
 
R
L
 
T
P
 
A
T
 
T
G
 
T
P
 
F
D
 
D
-
 
A
G
 
G
S
 
E
F
 
W
R
 
T
F
 
L
V
 
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
P
 
P
G
 
G
P
 
V
V
|
V
P
 
N
G
 
N
P
 
A
D
 
A
G
 
G
Q
 
V
P
 
P
Q
x
M
A
 
A
P
 
P
H
|
H
I
 
I
V
x
N
V
 
I
S
 
S
L
 
L
F
 
F
M
 
A
R
 
R
G
 
G
L
 
I
L
 
N
K
 
I
H
 
H
L
 
L
S
 
H
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
P
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
R
 
K
D
 
C
W
 
P
V
 
V
L
 
L
S
 
N
Q
 
L
V
 
I
P
 
E
A
 
Q
-
 
P
A
 
Q
R
 
R
R
 
R
H
 
E
T
 
T
L
 
L
V
 
I
A
 
A
Q
 
K
Q
 
R
A
 
C
-
 
E
-
 
V
-
 
D
G
 
G
A
 
K
G
 
T
R
 
A
L
 
Y
Q
 
R
W
 
F
Q
 
D
V
 
I
V
 
R
L
 
I
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
E
D
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
V
F
 
F
F
 
F
D
 
D
I
 
F

3mflA Axial ligand swapping in double mutant maintains intradiol-cleavage chemistry in protocatechuate 3,4-dioxygenase
43% identity, 100% coverage: 1:192/192 of query aligns to 4:200/200 of 3mflA

query
sites
3mflA
M
 
L
L
 
L
Y
 
P
A
 
E
T
 
T
A
 
P
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
V
 
A
G
 
G
P
|
P
Y
|
Y
L
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
G
L
 
L
S
 
A
G
 
-
L
 
L
D
 
E
R
 
A
A
 
A
D
 
G
L
 
N
T
 
P
A
 
T
E
 
R
A
 
D
S
 
Q
E
 
E
L
 
I
-
 
W
-
 
N
-
 
R
-
 
L
-
 
A
-
 
K
-
 
P
-
 
D
-
 
A
T
 
P
G
 
G
E
 
E
R
 
H
I
 
I
V
 
L
I
 
L
E
 
L
G
 
G
R
 
Q
V
 
V
I
 
Y
D
 
D
G
 
G
K
 
N
G
 
G
D
 
H
P
 
L
V
 
V
P
 
R
D
 
D
G
 
S
M
 
F
V
 
L
E
 
E
I
 
V
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
D
P
 
A
A
 
N
G
 
G
R
 
E
Y
|
Y
R
 
Q
H
 
-
P
 
-
D
 
-
D
 
D
A
 
A
R
 
Y
D
 
N
G
 
-
A
 
-
E
 
-
T
 
-
A
 
-
L
 
L
V
 
E
P
 
N
G
 
A
F
 
F
T
 
N
G
 
S
F
 
F
G
 
G
R
 
R
L
 
T
P
 
A
T
 
T
G
 
T
P
 
F
D
 
D
-
 
A
G
 
G
S
 
E
F
 
W
R
 
T
F
 
L
V
 
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
P
 
P
G
 
G
P
 
V
V
|
V
P
 
N
G
 
N
P
 
A
D
 
A
G
 
G
Q
 
V
P
 
P
Q
x
M
A
 
A
P
 
P
H
|
H
I
 
I
V
x
N
V
 
I
S
 
S
L
 
L
F
 
F
M
 
A
R
 
R
G
 
G
L
 
I
L
 
N
K
 
I
H
 
H
L
 
L
S
 
H
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
P
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
R
 
K
D
 
C
W
 
P
V
 
V
L
 
L
S
 
N
Q
 
L
V
 
I
P
 
E
A
 
Q
-
 
P
A
 
Q
R
 
R
R
 
R
H
 
E
T
 
T
L
 
L
V
 
I
A
 
A
Q
 
K
Q
 
R
A
 
C
-
 
E
-
 
V
-
 
D
G
 
G
A
 
K
G
 
T
R
 
A
L
 
Y
Q
 
R
W
 
F
Q
 
D
V
 
I
V
 
R
L
 
I
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
E
D
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
V
F
 
F
F
 
F
D
 
D
I
 
F

3lxvB Tyrosine 447 of protocatechuate 3,4-dioxygenase controls efficient progress through catalysis
43% identity, 100% coverage: 1:192/192 of query aligns to 4:200/200 of 3lxvB

query
sites
3lxvB
M
 
L
L
 
L
Y
 
P
A
 
E
T
 
T
A
 
P
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
V
 
A
G
 
G
P
|
P
Y
 
Y
L
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
G
L
 
L
S
 
A
G
 
-
L
 
L
D
 
E
R
 
A
A
 
A
D
 
G
L
 
N
T
 
P
A
 
T
E
 
R
A
 
D
S
 
Q
E
 
E
L
 
I
-
 
W
-
 
N
-
 
R
-
 
L
-
 
A
-
 
K
-
 
P
-
 
D
-
 
A
T
 
P
G
 
G
E
 
E
R
 
H
I
 
I
V
 
L
I
 
L
E
 
L
G
 
G
R
 
Q
V
 
V
I
 
Y
D
 
D
G
 
G
K
 
N
G
 
G
D
 
H
P
 
L
V
 
V
P
 
R
D
 
D
G
 
S
M
 
F
V
 
L
E
 
E
I
 
V
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
D
P
 
A
A
 
N
G
 
G
R
 
E
Y
|
Y
R
 
Q
H
 
-
P
 
-
D
 
-
D
 
D
A
 
A
R
 
Y
D
 
N
G
 
-
A
 
-
E
 
-
T
 
-
A
 
-
L
 
L
V
 
E
P
 
N
G
 
A
F
 
F
T
 
N
G
 
S
F
 
F
G
 
G
R
 
R
L
 
T
P
 
A
T
 
T
G
 
T
P
 
F
D
 
D
-
 
A
G
 
G
S
 
E
F
 
W
R
 
T
F
 
L
V
 
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
P
 
P
G
 
G
P
 
V
V
|
V
P
 
N
G
 
N
P
 
A
D
 
A
G
 
G
Q
 
V
P
 
P
Q
 
M
A
 
A
P
 
P
H
 
H
I
 
I
V
 
N
V
 
I
S
 
S
L
 
L
F
 
F
M
 
A
R
|
R
G
 
G
L
 
I
L
 
N
K
 
I
H
 
H
L
 
L
S
 
H
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
P
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
R
 
K
D
 
C
W
 
P
V
 
V
L
 
L
S
 
N
Q
 
L
V
 
I
P
 
E
A
 
Q
-
 
P
A
 
Q
R
 
R
R
 
R
H
 
E
T
 
T
L
 
L
V
 
I
A
 
A
Q
 
K
Q
 
R
A
 
C
-
 
E
-
 
V
-
 
D
G
 
G
A
 
K
G
 
T
R
 
A
L
 
Y
Q
 
R
W
 
F
Q
 
D
V
 
I
V
 
R
L
 
I
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
E
D
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
V
F
 
F
F
 
F
D
 
D
I
 
F

3lxvA Tyrosine 447 of protocatechuate 3,4-dioxygenase controls efficient progress through catalysis
43% identity, 100% coverage: 1:192/192 of query aligns to 4:200/200 of 3lxvA

query
sites
3lxvA
M
 
L
L
 
L
Y
 
P
A
 
E
T
 
T
A
 
P
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
V
 
A
G
 
G
P
 
P
Y
 
Y
L
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
G
L
 
L
S
 
A
G
 
-
L
 
L
D
 
E
R
 
A
A
 
A
D
 
G
L
 
N
T
 
P
A
 
T
E
 
R
A
 
D
S
 
Q
E
 
E
L
 
I
-
 
W
-
 
N
-
 
R
-
 
L
-
 
A
-
 
K
-
 
P
-
 
D
-
 
A
T
 
P
G
 
G
E
 
E
R
 
H
I
 
I
V
 
L
I
 
L
E
 
L
G
 
G
R
 
Q
V
 
V
I
x
Y
D
 
D
G
 
G
K
 
N
G
 
G
D
 
H
P
 
L
V
 
V
P
 
R
D
 
D
G
 
S
M
 
F
V
 
L
E
 
E
I
 
V
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
D
P
 
A
A
 
N
G
 
G
R
 
E
Y
|
Y
R
 
Q
H
 
-
P
 
-
D
 
-
D
 
D
A
 
A
R
 
Y
D
 
N
G
 
-
A
 
-
E
 
-
T
 
-
A
 
-
L
 
L
V
 
E
P
 
N
G
 
A
F
 
F
T
 
N
G
 
S
F
 
F
G
 
G
R
 
R
L
 
T
P
 
A
T
 
T
G
 
T
P
 
F
D
 
D
-
 
A
G
 
G
S
 
E
F
 
W
R
 
T
F
 
L
V
 
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
P
 
P
G
 
G
P
 
V
V
|
V
P
 
N
G
 
N
P
 
A
D
 
A
G
 
G
Q
 
V
P
 
P
Q
x
M
A
 
A
P
 
P
H
|
H
I
 
I
V
x
N
V
 
I
S
 
S
L
 
L
F
 
F
M
 
A
R
 
R
G
 
G
L
 
I
L
 
N
K
 
I
H
 
H
L
 
L
S
 
H
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
P
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
R
 
K
D
 
C
W
 
P
V
 
V
L
 
L
S
 
N
Q
 
L
V
 
I
P
 
E
A
 
Q
-
 
P
A
 
Q
R
 
R
R
 
R
H
 
E
T
 
T
L
 
L
V
 
I
A
 
A
Q
 
K
Q
 
R
A
 
C
-
 
E
-
 
V
-
 
D
G
 
G
A
 
K
G
 
T
R
 
A
L
 
Y
Q
 
R
W
 
F
Q
 
D
V
 
I
V
x
R
L
 
I
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
E
D
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
V
F
 
F
F
 
F
D
 
D
I
 
F

3pckM Structure of protocatechuate 3,4-dioxygenase complexed with 6- hydroxynicotinic acid n-oxide (see paper)
42% identity, 71% coverage: 5:141/192 of query aligns to 42:177/233 of 3pckM

query
sites
3pckM
T
 
S
A
 
I
S
 
S
Q
 
E
T
 
T
V
 
T
G
 
G
P
 
P
-
 
N
Y
 
F
L
 
S
H
 
H
I
 
L
G
 
G
L
 
F
S
 
G
G
 
A
L
 
H
D
 
D
R
 
H
A
 
-
D
 
D
L
 
L
T
 
L
A
 
L
E
 
N
A
 
F
S
 
G
E
 
L
L
 
P
T
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
I
 
I
V
 
I
I
 
V
E
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
V
I
 
V
D
 
D
G
 
Q
K
 
Y
G
 
G
D
 
K
P
 
P
V
 
V
P
 
P
D
 
N
G
 
T
M
 
L
V
 
V
E
 
E
I
 
M
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
P
 
A
A
 
G
G
 
G
R
 
R
Y
|
Y
R
 
R
H
 
H
P
 
K
D
 
N
D
 
D
A
 
R
R
 
-
D
 
-
G
 
-
A
 
Y
E
 
L
T
 
A
A
 
P
L
 
L
V
 
D
P
 
P
G
 
N
F
 
F
T
 
G
G
 
G
F
 
V
G
 
G
R
 
R
L
 
C
P
 
L
T
 
T
G
 
D
P
 
S
D
 
D
G
 
G
S
 
Y
F
 
Y
R
 
S
F
 
F
V
 
R
T
 
T
V
 
I
K
 
K
P
 
P
G
 
G
P
 
P
V
x
Y
P
 
P
-
x
W
-
 
R
-
 
N
G
 
G
P
 
P
D
 
N
G
 
D
Q
 
W
P
x
R
Q
 
P
A
 
A
P
 
-
H
|
H
I
 
I
V
x
H
V
 
F
S
 
G
L
 
I
F
 
S
M
 
G
R
 
P
G
 
S
L
 
I
L
 
A
K
 
T
H
 
K
L
 
L
S
 
I
T
 
T
R
 
Q
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F

Sites not aligning to the query:

3pcjM Structure of protocatechuate 3,4-dioxygenase complexed with 2- hydroxyisonicotinic acid n-oxide (see paper)
42% identity, 71% coverage: 5:141/192 of query aligns to 42:177/233 of 3pcjM

query
sites
3pcjM
T
 
S
A
 
I
S
 
S
Q
 
E
T
 
T
V
 
T
G
 
G
P
 
P
-
 
N
Y
 
F
L
 
S
H
 
H
I
 
L
G
 
G
L
 
F
S
 
G
G
 
A
L
 
H
D
 
D
R
 
H
A
 
-
D
 
D
L
 
L
T
 
L
A
 
L
E
 
N
A
 
F
S
 
G
E
 
L
L
 
P
T
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
I
 
I
V
 
I
I
 
V
E
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
V
I
 
V
D
 
D
G
 
Q
K
 
Y
G
 
G
D
 
K
P
 
P
V
 
V
P
 
P
D
 
N
G
 
T
M
 
L
V
 
V
E
 
E
I
 
M
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
P
 
A
A
 
G
G
 
G
R
 
R
Y
|
Y
R
 
R
H
 
H
P
 
K
D
 
N
D
 
D
A
 
R
R
 
-
D
 
-
G
 
-
A
 
Y
E
 
L
T
 
A
A
 
P
L
 
L
V
 
D
P
 
P
G
 
N
F
 
F
T
 
G
G
 
G
F
 
V
G
 
G
R
 
R
L
 
C
P
 
L
T
 
T
G
 
D
P
 
S
D
 
D
G
 
G
S
 
Y
F
 
Y
R
 
S
F
 
F
V
 
R
T
 
T
V
 
I
K
 
K
P
 
P
G
 
G
P
 
P
V
x
Y
P
 
P
-
x
W
-
 
R
-
 
N
G
 
G
P
 
P
D
 
N
G
 
D
Q
 
W
P
x
R
Q
 
P
A
 
A
P
 
-
H
|
H
I
 
I
V
x
H
V
 
F
S
 
G
L
 
I
F
 
S
M
 
G
R
 
P
G
 
S
L
 
I
L
 
A
K
 
T
H
 
K
L
 
L
S
 
I
T
 
T
R
 
Q
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>RR42_RS32060 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS32060
MLYATASQTVGPYLHIGLSGLDRADLTAEASELTGERIVIEGRVIDGKGDPVPDGMVEIW
QANPAGRYRHPDDARDGAETALVPGFTGFGRLPTGPDGSFRFVTVKPGPVPGPDGQPQAP
HIVVSLFMRGLLKHLSTRLYFPDEAQANARDWVLSQVPAARRHTLVAQQAGAGRLQWQVV
LQGQDETVFFDI

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory