SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing RR42_RS33075 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS33075 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3lbcD D-sialic acid aldolase complexed with l-arabinose
29% identity, 81% coverage: 5:258/313 of query aligns to 4:250/296 of 3lbcD

query
sites
3lbcD
N
 
N
F
 
L
H
 
R
G
 
G
I
 
V
I
 
M
P
 
A
A
 
A
I
 
L
A
 
L
V
 
T
P
 
P
F
 
F
N
 
D
A
 
Q
D
 
Q
Y
 
Q
S
 
A
I
 
L
N
 
D
E
 
K
P
 
A
E
 
S
L
 
L
R
 
R
R
 
R
F
 
L
A
 
V
R
 
Q
W
 
F
L
 
-
G
 
N
G
 
I
Q
 
Q
A
 
Q
G
 
G
V
 
I
T
 
D
A
 
G
L
 
L
M
 
Y
T
 
V
N
 
G
G
 
G
H
x
S
T
 
T
G
 
G
E
 
E
V
 
A
F
 
F
S
 
V
L
 
Q
T
 
S
P
 
L
R
 
S
E
 
E
R
 
R
A
 
E
Q
 
Q
V
 
V
T
 
L
R
 
E
I
 
I
T
 
V
A
 
A
D
 
E
A
 
E
T
 
A
Q
 
K
G
 
G
I
 
K
C
 
I
P
 
K
V
 
L
I
 
I
S
 
A
S
 
H
V
 
V
V
 
G
C
 
C
E
 
V
G
 
S
I
 
T
N
 
A
D
 
E
A
 
S
V
 
Q
E
 
Q
Q
 
L
A
 
A
G
 
A
W
 
S
A
 
A
K
 
K
E
 
R
A
 
Y
G
 
G
A
 
F
A
 
D
G
 
A
L
 
V
D
 
S
I
 
A
M
 
V
P
 
T
P
 
P
H
 
F
H
x
Y
W
 
Y
L
 
-
R
 
P
F
 
F
G
 
S
F
 
F
K
 
E
P
 
-
E
 
E
H
 
H
C
 
C
L
 
D
D
 
H
Y
 
Y
F
 
R
N
 
A
A
 
I
I
 
I
G
 
D
K
 
S
A
 
A
S
 
D
G
 
G
L
 
L
P
 
P
L
 
M
V
 
V
V
 
V
H
x
Y
I
 
N
Y
 
I
P
 
P
A
 
A
W
x
L
T
 
S
R
 
G
G
 
V
S
 
K
Y
 
L
S
 
T
S
 
L
E
 
D
L
 
Q
L
 
I
A
 
N
E
 
T
L
 
L
A
 
V
K
 
T
L
 
L
P
 
P
Y
 
G
V
 
V
K
 
G
A
 
A
F
 
L
K
|
K
M
 
Q
G
 
T
E
 
S
R
 
G
E
x
D
M
 
L
N
x
Y
K
 
Q
Y
 
-
A
 
-
R
 
-
D
 
-
I
 
M
K
 
E
E
 
Q
I
 
I
R
 
R
A
 
R
A
 
E
D
 
H
P
 
P
T
 
D
K
 
L
V
 
V
L
 
L
M
 
Y
T
 
N
C
 
G
H
 
Y
D
 
D
E
 
E
Y
 
I
L
 
F
L
 
A
S
 
S
S
 
G
M
 
L
V
 
L
Q
 
A
G
 
G
I
 
A
D
 
D
G
 
G
A
 
G
L
x
I
V
 
G
G
 
S
F
 
T
A
 
Y
S
 
N
L
 
I
I
 
M
P
 
G
G
 
W
L
 
R
I
 
Y
N
 
Q
D
 
G
L
 
I
L
 
V
K
 
K
A
 
A
V
 
L
K
 
K
A
 
E
G
 
G
D
 
D
L
 
I
H
 
Q
E
 
T
A
 
A
M
 
Q
R
 
K
V
 
L
Q
 
Q
A
 
T
L
 
E
I
 
C
N
 
N
P
 
K
L
 
V
K
 
I
D
 
D
A
 
L
V
 
L
Y
 
I
G
 
K
A
 
T
G
 
G

8u8wA Crystal structure of n-acetylneuraminate lyase (nana) from klebsiella aerogenes (pyruvate and halides bound)
29% identity, 81% coverage: 5:258/313 of query aligns to 5:251/297 of 8u8wA

query
sites
8u8wA
N
 
H
F
 
L
H
 
R
G
 
G
I
 
V
I
 
M
P
 
P
A
|
A
I
 
L
A
 
L
V
 
T
P
 
P
F
 
F
N
 
D
A
 
A
D
 
Q
Y
 
Q
S
 
N
I
 
I
N
 
D
E
 
R
P
 
A
E
 
S
L
 
L
R
 
R
R
 
R
F
 
L
A
 
V
R
 
R
W
 
F
L
 
-
G
 
N
G
 
I
Q
 
E
A
 
Q
G
 
G
V
 
V
T
 
D
A
 
G
L
 
V
M
 
Y
T
 
V
N
 
G
G
|
G
H
x
S
T
|
T
G
 
G
E
 
E
V
 
A
F
 
F
S
 
V
L
 
Q
T
 
S
P
 
L
R
 
S
E
 
E
R
 
R
A
 
E
Q
 
E
V
 
V
T
 
L
R
 
E
I
 
I
T
 
V
A
 
A
D
 
E
A
 
E
T
 
A
Q
 
K
G
 
G
I
 
K
C
 
I
P
 
T
V
 
L
I
 
I
S
 
A
S
 
H
V
 
V
V
 
G
C
 
C
E
 
V
G
 
S
I
 
T
N
 
A
D
 
E
A
 
S
V
 
Q
E
 
Q
Q
 
L
A
 
A
G
 
A
W
 
A
A
 
A
K
 
K
E
 
R
A
 
Y
G
 
G
A
 
F
A
 
D
G
 
A
L
 
V
D
 
S
I
 
A
M
 
V
P
 
T
P
 
P
H
 
F
H
 
Y
W
 
Y
L
 
-
R
 
P
F
 
F
G
 
S
F
 
F
K
 
E
P
 
-
E
 
E
H
 
H
C
 
C
L
 
D
D
 
H
Y
 
Y
F
 
R
N
 
A
A
 
I
I
 
I
G
 
D
K
 
S
A
 
A
S
 
D
G
 
G
L
 
I
P
 
P
L
 
M
V
 
V
V
 
V
H
x
Y
I
 
N
Y
 
I
P
 
P
A
 
A
W
 
L
T
 
S
R
 
G
G
 
V
S
 
K
Y
 
L
S
 
T
S
 
L
E
 
E
L
 
Q
L
 
I
A
 
N
E
 
Q
L
 
L
A
 
V
K
 
T
L
 
L
P
 
P
Y
 
G
V
 
V
K
 
G
A
 
A
F
 
L
K
|
K
M
 
Q
G
 
T
E
 
S
R
 
G
E
 
D
M
 
L
N
 
Y
K
 
Q
Y
 
-
A
 
-
R
 
-
D
 
-
I
 
M
K
 
E
E
 
Q
I
 
I
R
 
R
A
 
R
A
 
A
D
 
H
P
 
P
T
 
E
K
 
L
V
 
V
L
 
L
M
 
Y
T
 
N
C
 
G
H
 
Y
D
 
D
E
 
E
Y
 
I
L
 
F
L
 
A
S
 
S
S
 
G
M
 
L
V
 
L
Q
 
A
G
 
G
I
 
A
D
 
D
G
 
G
A
 
G
L
 
I
V
 
G
G
 
S
F
 
T
A
 
Y
S
 
N
L
 
I
I
 
M
P
 
A
G
 
W
L
 
R
I
 
Y
N
 
L
D
 
G
L
 
I
L
 
V
K
 
Q
A
 
A
V
 
L
K
 
K
A
 
E
G
 
G
D
 
D
L
 
T
H
 
A
E
 
K
A
 
A
M
 
Q
R
 
Q
V
 
L
Q
 
Q
A
 
H
L
 
E
I
 
C
N
 
N
P
 
K
L
 
V
K
 
I
D
 
D
A
 
L
V
 
L
Y
 
V
G
 
K
A
 
V
G
 
G

1fdzA N-acetylneuraminate lyase in complex with pyruvate via borohydride reduction (see paper)
29% identity, 81% coverage: 5:258/313 of query aligns to 1:247/292 of 1fdzA

query
sites
1fdzA
N
 
N
F
 
L
H
 
R
G
 
G
I
 
V
I
 
M
P
 
A
A
 
A
I
 
L
A
 
L
V
 
T
P
 
P
F
 
F
N
 
D
A
 
Q
D
 
Q
Y
 
Q
S
 
A
I
 
L
N
 
D
E
 
K
P
 
A
E
 
S
L
 
L
R
 
R
R
 
R
F
 
L
A
 
V
R
 
Q
W
 
F
L
 
-
G
 
N
G
 
I
Q
 
Q
A
 
Q
G
 
G
V
 
I
T
 
D
A
 
G
L
 
L
M
x
Y
T
 
V
N
 
G
G
|
G
H
x
S
T
|
T
G
 
G
E
 
E
V
 
A
F
 
F
S
 
V
L
 
Q
T
 
S
P
 
L
R
 
S
E
 
E
R
 
R
A
 
E
Q
 
Q
V
 
V
T
 
L
R
 
E
I
 
I
T
 
V
A
 
A
D
 
E
A
 
E
T
 
G
Q
 
K
G
 
G
I
 
K
C
 
I
P
 
K
V
 
L
I
 
I
S
 
A
S
 
H
V
 
V
V
 
G
C
 
C
E
 
V
G
 
T
I
 
T
N
 
A
D
 
E
A
 
S
V
 
Q
E
 
Q
Q
 
L
A
 
A
G
 
A
W
 
S
A
 
A
K
 
K
E
 
R
A
 
Y
G
 
G
A
 
F
A
 
D
G
 
A
L
 
V
D
 
S
I
 
A
M
 
V
P
 
T
P
 
P
H
 
F
H
x
Y
W
 
Y
L
 
-
R
 
P
F
 
F
G
 
S
F
 
F
K
 
E
P
 
-
E
 
E
H
 
H
C
 
C
L
 
D
D
 
H
Y
 
Y
F
 
R
N
 
A
A
 
I
I
 
I
G
 
D
K
 
S
A
 
A
S
 
D
G
 
G
L
 
L
P
 
P
L
 
M
V
 
V
V
 
V
H
x
Y
I
 
N
Y
 
I
P
 
P
A
 
A
W
x
L
T
 
S
R
 
G
G
 
V
S
 
K
Y
 
L
S
 
T
S
 
L
E
 
D
L
 
Q
L
 
I
A
 
N
E
 
T
L
 
L
A
 
V
K
 
T
L
 
L
P
 
P
Y
 
G
V
 
V
K
 
G
A
 
A
F
 
L
K
|
K
M
 
Q
G
 
T
E
 
S
R
 
G
E
 
D
M
 
L
N
 
Y
K
 
Q
Y
 
-
A
 
-
R
 
-
D
 
-
I
 
M
K
 
E
E
 
Q
I
 
I
R
 
R
A
 
R
A
 
E
D
 
H
P
 
P
T
 
D
K
 
L
V
 
V
L
 
L
M
 
Y
T
 
N
C
 
G
H
 
Y
D
 
D
E
 
E
Y
 
I
L
 
F
L
 
A
S
 
S
S
 
G
M
 
L
V
 
L
Q
 
A
G
 
G
I
 
A
D
 
D
G
 
G
A
 
G
L
x
I
V
 
G
G
 
S
F
 
T
A
 
Y
S
 
N
L
 
I
I
 
M
P
 
G
G
 
W
L
 
R
I
 
Y
N
 
Q
D
 
G
L
 
I
L
 
V
K
 
K
A
 
A
V
 
L
K
 
K
A
 
E
G
 
G
D
 
D
L
 
I
H
 
Q
E
 
T
A
 
A
M
 
Q
R
 
K
V
 
L
Q
 
Q
A
 
T
L
 
E
I
 
C
N
 
N
P
 
K
L
 
V
K
 
I
D
 
D
A
 
L
V
 
L
Y
 
I
G
 
K
A
 
T
G
 
G

1fdyA N-acetylneuraminate lyase in complex with hydroxypyruvate (see paper)
29% identity, 81% coverage: 5:258/313 of query aligns to 1:247/292 of 1fdyA

query
sites
1fdyA
N
 
N
F
 
L
H
 
R
G
 
G
I
 
V
I
 
M
P
 
A
A
 
A
I
 
L
A
 
L
V
 
T
P
 
P
F
 
F
N
 
D
A
 
Q
D
 
Q
Y
 
Q
S
 
A
I
 
L
N
 
D
E
 
K
P
 
A
E
 
S
L
 
L
R
 
R
R
 
R
F
 
L
A
 
V
R
 
Q
W
 
F
L
 
-
G
 
N
G
 
I
Q
 
Q
A
 
Q
G
 
G
V
 
I
T
 
D
A
 
G
L
 
L
M
x
Y
T
 
V
N
 
G
G
|
G
H
x
S
T
|
T
G
 
G
E
 
E
V
 
A
F
 
F
S
 
V
L
 
Q
T
 
S
P
 
L
R
 
S
E
 
E
R
 
R
A
 
E
Q
 
Q
V
 
V
T
 
L
R
 
E
I
 
I
T
 
V
A
 
A
D
 
E
A
 
E
T
 
G
Q
 
K
G
 
G
I
 
K
C
 
I
P
 
K
V
 
L
I
 
I
S
 
A
S
 
H
V
 
V
V
 
G
C
 
C
E
 
V
G
 
T
I
 
T
N
 
A
D
 
E
A
 
S
V
 
Q
E
 
Q
Q
 
L
A
 
A
G
 
A
W
 
S
A
 
A
K
 
K
E
 
R
A
 
Y
G
 
G
A
 
F
A
 
D
G
 
A
L
 
V
D
 
S
I
 
A
M
 
V
P
 
T
P
 
P
H
 
F
H
x
Y
W
 
Y
L
 
-
R
 
P
F
 
F
G
 
S
F
 
F
K
 
E
P
 
-
E
 
E
H
 
H
C
 
C
L
 
D
D
 
H
Y
 
Y
F
 
R
N
 
A
A
 
I
I
 
I
G
 
D
K
 
S
A
 
A
S
 
D
G
 
G
L
 
L
P
 
P
L
 
M
V
 
V
V
 
V
H
x
Y
I
 
N
Y
 
I
P
 
P
A
 
A
W
x
L
T
 
S
R
 
G
G
 
V
S
 
K
Y
 
L
S
 
T
S
 
L
E
 
D
L
 
Q
L
 
I
A
 
N
E
 
T
L
 
L
A
 
V
K
 
T
L
 
L
P
 
P
Y
 
G
V
 
V
K
 
G
A
 
A
F
 
L
K
|
K
M
 
Q
G
 
T
E
 
S
R
 
G
E
 
D
M
 
L
N
 
Y
K
 
Q
Y
 
-
A
 
-
R
 
-
D
 
-
I
 
M
K
 
E
E
 
Q
I
 
I
R
 
R
A
 
R
A
 
E
D
 
H
P
 
P
T
 
D
K
 
L
V
 
V
L
 
L
M
 
Y
T
 
N
C
 
G
H
 
Y
D
 
D
E
 
E
Y
 
I
L
 
F
L
 
A
S
 
S
S
 
G
M
 
L
V
 
L
Q
 
A
G
 
G
I
 
A
D
 
D
G
 
G
A
 
G
L
x
I
V
 
G
G
 
S
F
 
T
A
 
Y
S
 
N
L
 
I
I
 
M
P
 
G
G
 
W
L
 
R
I
 
Y
N
 
Q
D
 
G
L
 
I
L
 
V
K
 
K
A
 
A
V
 
L
K
 
K
A
 
E
G
 
G
D
 
D
L
 
I
H
 
Q
E
 
T
A
 
A
M
 
Q
R
 
K
V
 
L
Q
 
Q
A
 
T
L
 
E
I
 
C
N
 
N
P
 
K
L
 
V
K
 
I
D
 
D
A
 
L
V
 
L
Y
 
I
G
 
K
A
 
T
G
 
G

4bwlA Structure of the y137a mutant of e. Coli n-acetylneuraminic acid lyase in complex with pyruvate, n-acetyl-d-mannosamine and n- acetylneuraminic acid (see paper)
29% identity, 81% coverage: 5:258/313 of query aligns to 6:252/299 of 4bwlA

query
sites
4bwlA
N
 
N
F
 
L
H
 
R
G
 
G
I
 
V
I
 
M
P
 
A
A
 
A
I
 
L
A
 
L
V
 
T
P
 
P
F
 
F
N
 
D
A
 
Q
D
 
Q
Y
 
Q
S
 
A
I
 
L
N
 
D
E
 
K
P
 
A
E
 
S
L
 
L
R
 
R
R
 
R
F
 
L
A
 
V
R
 
Q
W
 
F
L
 
-
G
 
N
G
 
I
Q
 
Q
A
 
Q
G
 
G
V
 
I
T
 
D
A
 
G
L
 
L
M
 
Y
T
 
V
N
 
G
G
 
G
H
x
S
T
|
T
G
 
G
E
 
E
V
 
A
F
 
F
S
 
V
L
 
Q
T
 
S
P
 
L
R
 
S
E
 
E
R
 
R
A
 
E
Q
 
Q
V
 
V
T
 
L
R
 
E
I
 
I
T
 
V
A
 
A
D
 
E
A
 
E
T
 
A
Q
 
K
G
 
G
I
 
K
C
 
I
P
 
K
V
 
L
I
 
I
S
 
A
S
 
H
V
 
V
V
 
G
C
 
C
E
 
V
G
 
S
I
 
T
N
 
A
D
 
E
A
 
S
V
 
Q
E
 
Q
Q
 
L
A
 
A
G
 
A
W
 
S
A
 
A
K
 
K
E
 
R
A
 
Y
G
 
G
A
 
F
A
 
D
G
 
A
L
 
V
D
 
S
I
 
A
M
 
V
P
 
T
P
 
P
H
 
F
H
x
Y
W
 
Y
L
 
-
R
 
P
F
 
F
G
 
S
F
 
F
K
 
E
P
 
-
E
 
E
H
 
H
C
 
C
L
 
D
D
 
H
Y
 
Y
F
 
R
N
 
A
A
 
I
I
 
I
G
 
D
K
 
S
A
 
A
S
 
D
G
 
G
L
 
L
P
 
P
L
 
M
V
 
V
V
 
V
H
x
A
I
 
N
Y
 
I
P
 
P
A
 
A
W
x
L
T
 
S
R
 
G
G
 
V
S
 
K
Y
 
L
S
 
T
S
 
L
E
 
D
L
 
Q
L
 
I
A
 
N
E
 
T
L
 
L
A
 
V
K
 
T
L
 
L
P
 
P
Y
 
G
V
 
V
K
 
G
A
 
A
F
 
L
K
|
K
M
 
Q
G
x
T
E
 
S
R
 
G
E
 
D
M
 
L
N
 
Y
K
 
Q
Y
 
-
A
 
-
R
 
-
D
 
-
I
 
M
K
 
E
E
 
Q
I
 
I
R
 
R
A
 
R
A
 
E
D
 
H
P
 
P
T
 
D
K
 
L
V
 
V
L
 
L
M
 
Y
T
 
N
C
x
G
H
x
Y
D
|
D
E
|
E
Y
 
I
L
 
F
L
 
A
S
 
S
S
 
G
M
 
L
V
 
L
Q
 
A
G
 
G
I
 
A
D
 
D
G
 
G
A
 
G
L
x
I
V
 
G
G
x
S
F
 
T
A
 
Y
S
 
N
L
 
I
I
 
M
P
 
G
G
 
W
L
 
R
I
 
Y
N
 
Q
D
 
G
L
 
I
L
 
V
K
 
K
A
 
A
V
 
L
K
 
K
A
 
E
G
 
G
D
 
D
L
 
I
H
 
Q
E
 
T
A
 
A
M
 
Q
R
 
K
V
 
L
Q
 
Q
A
 
T
L
 
E
I
 
C
N
 
N
P
 
K
L
 
V
K
 
I
D
 
D
A
 
L
V
 
L
Y
 
I
G
 
K
A
 
T
G
 
G

Sites not aligning to the query:

4bwlC Structure of the y137a mutant of e. Coli n-acetylneuraminic acid lyase in complex with pyruvate, n-acetyl-d-mannosamine and n- acetylneuraminic acid (see paper)
29% identity, 81% coverage: 5:258/313 of query aligns to 4:250/296 of 4bwlC

query
sites
4bwlC
N
 
N
F
 
L
H
 
R
G
 
G
I
 
V
I
 
M
P
 
A
A
 
A
I
 
L
A
 
L
V
 
T
P
 
P
F
 
F
N
 
D
A
 
Q
D
 
Q
Y
 
Q
S
 
A
I
 
L
N
 
D
E
 
K
P
 
A
E
 
S
L
 
L
R
 
R
R
 
R
F
 
L
A
 
V
R
 
Q
W
 
F
L
 
-
G
 
N
G
 
I
Q
 
Q
A
 
Q
G
 
G
V
 
I
T
 
D
A
 
G
L
 
L
M
 
Y
T
 
V
N
 
G
G
 
G
H
x
S
T
 
T
G
 
G
E
 
E
V
 
A
F
 
F
S
 
V
L
 
Q
T
 
S
P
 
L
R
 
S
E
 
E
R
 
R
A
 
E
Q
 
Q
V
 
V
T
 
L
R
 
E
I
 
I
T
 
V
A
 
A
D
 
E
A
 
E
T
 
A
Q
 
K
G
 
G
I
 
K
C
 
I
P
 
K
V
 
L
I
 
I
S
 
A
S
 
H
V
 
V
V
 
G
C
 
C
E
 
V
G
 
S
I
 
T
N
 
A
D
 
E
A
 
S
V
 
Q
E
 
Q
Q
 
L
A
 
A
G
 
A
W
 
S
A
 
A
K
 
K
E
 
R
A
 
Y
G
 
G
A
 
F
A
 
D
G
 
A
L
 
V
D
 
S
I
 
A
M
 
V
P
 
T
P
 
P
H
 
F
H
x
Y
W
 
Y
L
 
-
R
 
P
F
 
F
G
 
S
F
 
F
K
 
E
P
 
-
E
 
E
H
 
H
C
 
C
L
 
D
D
 
H
Y
 
Y
F
 
R
N
 
A
A
 
I
I
 
I
G
 
D
K
 
S
A
 
A
S
 
D
G
 
G
L
 
L
P
 
P
L
 
M
V
 
V
V
 
V
H
x
A
I
 
N
Y
x
I
P
 
P
A
 
A
W
x
L
T
 
S
R
 
G
G
 
V
S
 
K
Y
 
L
S
 
T
S
 
L
E
 
D
L
 
Q
L
 
I
A
 
N
E
 
T
L
 
L
A
 
V
K
 
T
L
 
L
P
 
P
Y
 
G
V
 
V
K
 
G
A
 
A
F
 
L
K
|
K
M
 
Q
G
x
T
E
 
S
R
 
G
E
 
D
M
 
L
N
 
Y
K
 
Q
Y
 
-
A
 
-
R
 
-
D
 
-
I
 
M
K
 
E
E
 
Q
I
 
I
R
 
R
A
 
R
A
 
E
D
 
H
P
 
P
T
 
D
K
 
L
V
 
V
L
 
L
M
 
Y
T
 
N
C
x
G
H
 
Y
D
|
D
E
|
E
Y
 
I
L
 
F
L
 
A
S
 
S
S
 
G
M
 
L
V
 
L
Q
 
A
G
 
G
I
 
A
D
 
D
G
 
G
A
 
G
L
x
I
V
 
G
G
x
S
F
 
T
A
 
Y
S
 
N
L
 
I
I
 
M
P
 
G
G
 
W
L
 
R
I
 
Y
N
 
Q
D
 
G
L
 
I
L
 
V
K
 
K
A
 
A
V
 
L
K
 
K
A
 
E
G
 
G
D
 
D
L
 
I
H
 
Q
E
 
T
A
 
A
M
 
Q
R
 
K
V
 
L
Q
 
Q
A
 
T
L
 
E
I
 
C
N
 
N
P
 
K
L
 
V
K
 
I
D
 
D
A
 
L
V
 
L
Y
 
I
G
 
K
A
 
T
G
 
G

Sites not aligning to the query:

2wpbA Crystal structure of the e192n mutant of e. Coli n-acetylneuraminic acid lyase in complex with pyruvate and the inhibitor (2r,3r)-2,3,4- trihydroxy-n,n-dipropylbutanamide in space group p21 crystal form i (see paper)
28% identity, 81% coverage: 5:258/313 of query aligns to 9:255/302 of 2wpbA

query
sites
2wpbA
N
 
N
F
 
L
H
 
R
G
 
G
I
 
V
I
 
M
P
 
A
A
 
A
I
 
L
A
 
L
V
 
T
P
 
P
F
 
F
N
 
D
A
 
Q
D
 
Q
Y
 
Q
S
 
A
I
 
L
N
 
D
E
 
K
P
 
A
E
 
S
L
 
L
R
 
R
R
 
R
F
 
L
A
 
V
R
 
Q
W
 
F
L
 
-
G
 
N
G
 
I
Q
 
Q
A
 
Q
G
 
G
V
 
I
T
 
D
A
 
G
L
 
L
M
 
Y
T
 
V
N
 
G
G
 
G
H
x
S
T
 
T
G
 
G
E
 
E
V
 
A
F
 
F
S
 
V
L
 
Q
T
 
S
P
 
L
R
 
S
E
 
E
R
 
R
A
 
E
Q
 
Q
V
 
V
T
 
L
R
 
E
I
 
I
T
 
V
A
 
A
D
 
E
A
 
E
T
 
A
Q
 
K
G
 
G
I
 
K
C
 
I
P
 
K
V
 
L
I
 
I
S
 
A
S
 
H
V
 
V
V
 
G
C
 
C
E
 
V
G
 
S
I
 
T
N
 
A
D
 
E
A
 
S
V
 
Q
E
 
Q
Q
 
L
A
 
A
G
 
A
W
 
S
A
 
A
K
 
K
E
 
R
A
 
Y
G
 
G
A
 
F
A
 
D
G
 
A
L
 
V
D
 
S
I
 
A
M
 
V
P
 
T
P
 
P
H
 
F
H
x
Y
W
 
Y
L
 
-
R
 
P
F
 
F
G
 
S
F
 
F
K
 
E
P
 
-
E
 
E
H
 
H
C
 
C
L
 
D
D
 
H
Y
 
Y
F
 
R
N
 
A
A
 
I
I
 
I
G
 
D
K
 
S
A
 
A
S
 
D
G
 
G
L
 
L
P
 
P
L
 
M
V
 
V
V
 
V
H
x
Y
I
 
N
Y
 
I
P
 
P
A
 
A
W
x
L
T
 
S
R
 
G
G
 
V
S
 
K
Y
 
L
S
 
T
S
 
L
E
 
D
L
 
Q
L
 
I
A
 
N
E
 
T
L
 
L
A
 
V
K
 
T
L
 
L
P
 
P
Y
 
G
V
 
V
K
 
G
A
 
A
F
 
L
K
|
K
M
 
Q
G
 
T
E
 
S
R
 
G
E
 
D
M
 
L
N
 
Y
K
 
Q
Y
 
-
A
 
-
R
 
-
D
 
-
I
 
M
K
 
E
E
 
Q
I
 
I
R
 
R
A
 
R
A
 
E
D
 
H
P
 
P
T
 
D
K
 
L
V
 
V
L
 
L
M
 
Y
T
 
N
C
x
G
H
x
Y
D
|
D
E
x
N
Y
 
I
L
 
F
L
 
A
S
 
S
S
 
G
M
 
L
V
 
L
Q
 
A
G
 
G
I
 
A
D
 
D
G
 
G
A
 
G
L
x
I
V
 
G
G
x
S
F
 
T
A
 
Y
S
 
N
L
 
I
I
 
M
P
 
G
G
 
W
L
 
R
I
 
Y
N
 
Q
D
 
G
L
 
I
L
 
V
K
 
K
A
 
A
V
 
L
K
 
K
A
 
E
G
 
G
D
 
D
L
 
I
H
 
Q
E
 
T
A
 
A
M
 
Q
R
 
K
V
 
L
Q
 
Q
A
 
T
L
 
E
I
 
C
N
 
N
P
 
K
L
 
V
K
 
I
D
 
D
A
 
L
V
 
L
Y
 
I
G
 
K
A
 
T
G
 
G

4imfA Crystal structure of pasteurella multocida n-acetyl-d-neuraminic acid lyase k164 mutant complexed with n-acetylneuraminic acid (see paper)
28% identity, 96% coverage: 5:303/313 of query aligns to 2:287/292 of 4imfA

query
sites
4imfA
N
 
N
F
 
L
H
 
K
G
 
G
I
 
I
I
 
F
P
 
S
A
|
A
I
 
L
A
 
L
V
 
V
P
 
S
F
 
F
N
 
N
A
 
A
D
 
D
Y
 
G
S
 
S
I
 
I
N
 
N
E
 
E
P
 
K
E
 
G
L
 
L
R
 
R
R
 
Q
F
 
I
A
 
V
R
 
R
W
 
Y
L
 
N
G
 
I
G
 
D
Q
 
K
A
 
M
G
 
K
V
 
V
T
 
D
A
 
G
L
 
L
M
 
Y
T
 
V
N
 
G
G
|
G
H
x
S
T
|
T
G
 
G
E
 
E
V
 
N
F
 
F
S
 
M
L
 
L
T
 
S
P
 
T
R
 
E
E
 
E
R
 
K
A
 
K
Q
 
E
V
 
I
T
 
F
R
 
R
I
 
I
T
 
A
A
 
K
D
 
D
A
 
E
T
 
A
Q
 
K
G
 
D
I
 
E
C
 
I
P
 
A
V
 
L
I
 
I
S
 
A
S
 
Q
V
 
V
V
 
G
C
 
S
E
 
V
G
 
N
I
 
L
N
 
Q
D
 
E
A
 
A
V
 
I
E
 
E
Q
 
L
A
 
G
G
 
K
W
 
Y
A
 
A
K
 
T
E
 
E
A
 
L
G
 
G
A
 
Y
A
 
D
G
 
S
L
 
L
D
 
S
I
 
A
M
 
V
P
 
T
P
 
P
H
 
F
H
x
Y
W
 
Y
L
 
-
R
 
K
F
 
F
G
 
S
F
 
F
K
 
-
P
 
P
E
 
E
H
 
-
C
 
I
L
 
K
D
 
H
Y
 
Y
F
 
Y
N
 
D
A
 
S
I
 
I
G
 
I
K
 
E
A
 
A
S
 
T
G
 
G
L
 
N
P
 
Y
L
 
M
V
 
I
V
 
V
H
x
Y
I
 
S
Y
 
I
P
 
P
A
 
F
W
x
L
T
 
T
R
 
G
G
 
V
S
 
N
Y
 
I
S
 
G
S
 
V
E
 
E
L
 
Q
L
 
F
A
 
G
E
 
E
L
 
L
A
 
Y
K
 
K
L
 
N
P
 
P
Y
 
K
V
 
V
-
 
L
-
 
G
K
 
V
A
|
A
F
 
F
K
x
T
M
 
A
G
 
G
E
 
D
R
 
F
E
 
Y
M
 
L
N
 
-
K
 
-
Y
 
-
A
 
-
R
 
-
D
 
-
I
 
L
K
 
E
E
 
R
I
 
L
R
 
K
A
 
K
A
 
A
D
 
Y
P
 
P
T
 
N
K
 
H
V
 
L
L
 
I
M
 
W
T
 
A
C
x
G
H
 
F
D
|
D
E
|
E
Y
 
M
L
 
M
L
 
L
S
 
P
S
 
A
M
 
A
V
 
S
Q
 
L
G
 
G
I
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
A
L
 
-
V
x
I
G
|
G
F
x
S
A
 
T
S
 
F
L
 
N
I
 
V
P
 
N
G
 
G
L
 
V
-
 
R
I
 
A
N
 
R
D
 
Q
L
 
I
L
 
F
K
 
E
A
 
L
V
 
T
K
 
Q
A
 
A
G
 
G
D
 
K
L
 
L
H
 
K
E
 
E
A
 
A
M
 
L
R
 
E
V
 
I
Q
 
Q
A
 
H
L
 
V
I
 
T
N
 
N
P
 
D
L
 
L
K
 
I
D
 
E
A
 
G
V
 
I
Y
 
L
G
 
A
A
 
N
G
 
G
E
 
-
P
 
-
T
 
-
G
 
-
E
 
-
A
 
L
H
x
Y
G
 
L
R
 
T
M
 
I
K
 
K
A
 
E
A
 
L
M
 
L
A
 
K
L
 
L
A
 
D
G
 
G
I
 
V
L
 
-
R
 
E
D
 
A
G
 
G
T
 
Y
V
 
C
R
 
R
P
 
E
P
 
P
T
 
M
H
 
T
A
 
K
P
 
E
S
 
L
A
 
S
A
 
S
E
 
E
L
 
K
A
 
V
A
 
A
I
 
F
R
 
A
A
 
K
A
 
E
L
 
L
E
 
K

4imgA Crystal structure of pasteurella multocida n-acetyl-d-neuraminic acid lyase k164 mutant complexed with n-glycolylneuraminic acid (see paper)
28% identity, 96% coverage: 5:303/313 of query aligns to 3:288/293 of 4imgA

query
sites
4imgA
N
 
N
F
 
L
H
 
K
G
 
G
I
 
I
I
 
F
P
 
S
A
|
A
I
 
L
A
 
L
V
 
V
P
 
S
F
 
F
N
 
N
A
 
A
D
 
D
Y
 
G
S
 
S
I
 
I
N
 
N
E
 
E
P
 
K
E
 
G
L
 
L
R
 
R
R
 
Q
F
 
I
A
 
V
R
 
R
W
 
Y
L
 
N
G
 
I
G
 
D
Q
 
K
A
 
M
G
 
K
V
 
V
T
 
D
A
 
G
L
 
L
M
 
Y
T
 
V
N
 
G
G
|
G
H
x
S
T
|
T
G
 
G
E
 
E
V
 
N
F
 
F
S
 
M
L
 
L
T
 
S
P
 
T
R
 
E
E
 
E
R
 
K
A
 
K
Q
 
E
V
 
I
T
 
F
R
 
R
I
 
I
T
 
A
A
 
K
D
 
D
A
 
E
T
 
A
Q
 
K
G
 
D
I
 
E
C
 
I
P
 
A
V
 
L
I
 
I
S
 
A
S
 
Q
V
 
V
V
 
G
C
 
S
E
 
V
G
 
N
I
 
L
N
 
Q
D
 
E
A
 
A
V
 
I
E
 
E
Q
 
L
A
 
G
G
 
K
W
 
Y
A
 
A
K
 
T
E
 
E
A
 
L
G
 
G
A
 
Y
A
 
D
G
 
S
L
 
L
D
 
S
I
 
A
M
 
V
P
 
T
P
 
P
H
 
F
H
x
Y
W
 
Y
L
 
-
R
 
K
F
 
F
G
 
S
F
 
F
K
 
-
P
 
P
E
 
E
H
 
-
C
 
I
L
 
K
D
 
H
Y
 
Y
F
 
Y
N
 
D
A
 
S
I
 
I
G
 
I
K
 
E
A
 
A
S
 
T
G
 
G
L
 
N
P
 
Y
L
 
M
V
 
I
V
 
V
H
x
Y
I
 
S
Y
 
I
P
 
P
A
x
F
W
x
L
T
 
T
R
 
G
G
 
V
S
 
N
Y
 
I
S
 
G
S
 
V
E
 
E
L
 
Q
L
 
F
A
 
G
E
 
E
L
 
L
A
 
Y
K
 
K
L
 
N
P
 
P
Y
 
K
V
 
V
-
 
L
-
 
G
K
 
V
A
|
A
F
 
F
K
x
T
M
 
A
G
 
G
E
 
D
R
 
F
E
 
Y
M
 
L
N
 
-
K
 
-
Y
 
-
A
 
-
R
 
-
D
 
-
I
 
L
K
 
E
E
 
R
I
 
L
R
 
K
A
 
K
A
 
A
D
 
Y
P
 
P
T
 
N
K
 
H
V
 
L
L
 
I
M
 
W
T
 
A
C
x
G
H
x
F
D
|
D
E
|
E
Y
 
M
L
 
M
L
 
L
S
 
P
S
 
A
M
 
A
V
 
S
Q
 
L
G
 
G
I
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
A
L
 
-
V
x
I
G
|
G
F
x
S
A
 
T
S
 
F
L
 
N
I
 
V
P
 
N
G
 
G
L
 
V
-
 
R
I
 
A
N
 
R
D
 
Q
L
 
I
L
 
F
K
 
E
A
 
L
V
 
T
K
 
Q
A
 
A
G
 
G
D
 
K
L
 
L
H
 
K
E
 
E
A
 
A
M
 
L
R
 
E
V
 
I
Q
 
Q
A
 
H
L
 
V
I
 
T
N
 
N
P
 
D
L
 
L
K
 
I
D
 
E
A
 
G
V
 
I
Y
 
L
G
 
A
A
 
N
G
 
G
E
 
-
P
 
-
T
 
-
G
 
-
E
 
-
A
 
L
H
x
Y
G
 
L
R
 
T
M
 
I
K
 
K
A
 
E
A
 
L
M
 
L
A
 
K
L
 
L
A
 
D
G
 
G
I
 
V
L
 
-
R
 
E
D
 
A
G
 
G
T
 
Y
V
 
C
R
 
R
P
 
E
P
 
P
T
 
M
H
 
T
A
 
K
P
 
E
S
 
L
A
 
S
A
 
S
E
 
E
L
 
K
A
 
V
A
 
A
I
 
F
R
 
A
A
 
K
A
 
E
L
 
L
E
 
K

1f7bA Crystal structure analysis of n-acetylneuraminate lyase from haemophilus influenzae: crystal form ii in complex with 4-oxo-sialic acid (see paper)
28% identity, 94% coverage: 5:297/313 of query aligns to 3:282/293 of 1f7bA

query
sites
1f7bA
N
 
D
F
 
L
H
 
K
G
 
G
I
 
I
I
 
F
P
 
S
A
|
A
I
 
L
A
 
L
V
 
V
P
 
S
F
 
F
N
 
N
A
 
E
D
 
D
Y
 
G
S
 
T
I
 
I
N
 
N
E
 
E
P
 
K
E
 
G
L
 
L
R
 
R
R
 
Q
F
 
I
A
 
I
R
 
R
W
 
H
L
 
N
G
 
I
G
 
D
Q
 
K
A
 
M
G
 
K
V
 
V
T
 
D
A
 
G
L
 
L
M
 
Y
T
 
V
N
 
G
G
|
G
H
x
S
T
|
T
G
 
G
E
 
E
V
 
N
F
 
F
S
 
M
L
 
L
T
 
S
P
 
T
R
 
E
E
 
E
R
 
K
A
 
K
Q
 
E
V
 
I
T
 
F
R
 
R
I
 
I
T
 
A
A
 
K
D
 
D
A
 
E
T
 
A
Q
 
K
G
 
D
I
 
Q
C
 
I
P
 
A
V
 
L
I
 
I
S
 
A
S
 
Q
V
 
V
V
 
G
C
 
S
E
 
V
G
 
N
I
 
L
N
 
K
D
 
E
A
 
A
V
 
V
E
 
E
Q
 
L
A
 
G
G
 
K
W
 
Y
A
 
A
K
 
T
E
 
E
A
 
L
G
 
G
A
 
Y
A
 
D
G
 
C
L
 
L
D
 
S
I
 
A
M
 
V
P
 
T
P
 
P
H
 
F
H
x
Y
W
 
Y
L
 
-
R
 
K
F
 
F
G
 
S
F
 
F
K
 
-
P
 
P
E
 
E
H
 
-
C
 
I
L
 
K
D
 
H
Y
 
Y
F
 
Y
N
 
D
A
 
T
I
 
I
G
 
I
K
 
A
A
 
E
S
 
T
G
 
G
L
 
S
P
 
N
L
 
M
V
 
I
V
 
V
H
x
Y
I
 
S
Y
 
I
P
 
P
A
 
F
W
x
L
T
 
T
R
 
G
G
 
V
S
 
N
Y
 
M
S
 
G
S
 
I
E
 
E
L
 
Q
L
 
F
A
 
G
E
 
E
L
 
L
A
 
Y
K
 
K
L
 
N
P
 
P
Y
 
K
V
 
V
K
 
L
A
 
G
F
 
V
K
|
K
M
 
F
G
 
T
E
 
A
R
 
G
E
 
D
M
 
F
N
 
Y
K
 
L
Y
 
L
A
 
E
R
 
R
D
 
-
I
 
-
K
 
-
E
 
-
I
 
L
R
 
K
A
 
K
A
 
A
D
 
Y
P
 
P
T
 
N
K
 
H
V
 
L
L
 
I
M
 
W
T
 
A
C
x
G
H
 
F
D
|
D
E
|
E
Y
 
M
L
 
M
L
 
L
S
 
P
S
 
A
M
 
A
V
 
S
Q
 
L
G
 
G
I
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
A
L
 
-
V
x
I
G
|
G
F
x
S
A
 
T
S
 
F
L
 
N
I
 
V
P
 
N
G
 
G
L
 
V
-
 
R
I
 
A
N
 
R
D
 
Q
L
 
I
L
 
F
K
 
E
A
 
L
V
 
T
K
 
K
A
 
A
G
 
G
D
 
K
L
 
L
H
 
K
E
 
E
A
 
A
M
 
L
R
 
E
V
 
I
Q
 
Q
A
 
H
L
 
V
I
 
T
N
 
N
P
 
D
L
 
L
K
 
I
D
 
E
A
 
G
V
 
I
Y
 
L
G
 
A
A
 
N
G
 
G
E
 
-
P
 
-
T
 
-
G
 
-
E
 
-
A
 
L
H
 
Y
G
 
L
R
 
T
M
 
I
K
 
K
A
 
E
A
 
L
M
 
L
A
 
K
L
 
L
A
 
E
G
 
G
I
 
V
L
 
-
R
 
D
D
 
A
G
 
G
T
 
Y
V
 
C
R
 
R
P
 
E
P
 
P
T
 
M
H
 
T
A
 
S
P
 
K
S
 
A
A
 
T
A
 
A
E
 
E
L
 
Q
A
 
V
A
 
A

1f74A Crystal structure analysis of n-acetylneuraminate lyase from haemophilus influenzae: crystal form ii complexed with 4-deoxy-sialic acid (see paper)
28% identity, 94% coverage: 5:297/313 of query aligns to 3:282/293 of 1f74A

query
sites
1f74A
N
 
D
F
 
L
H
 
K
G
 
G
I
 
I
I
 
F
P
 
S
A
|
A
I
 
L
A
 
L
V
 
V
P
 
S
F
 
F
N
 
N
A
 
E
D
 
D
Y
 
G
S
 
T
I
 
I
N
 
N
E
 
E
P
 
K
E
 
G
L
 
L
R
 
R
R
 
Q
F
 
I
A
 
I
R
 
R
W
 
H
L
 
N
G
 
I
G
 
D
Q
 
K
A
 
M
G
 
K
V
 
V
T
 
D
A
 
G
L
 
L
M
 
Y
T
 
V
N
 
G
G
 
G
H
x
S
T
|
T
G
 
G
E
 
E
V
 
N
F
 
F
S
 
M
L
 
L
T
 
S
P
 
T
R
 
E
E
 
E
R
 
K
A
 
K
Q
 
E
V
 
I
T
 
F
R
 
R
I
 
I
T
 
A
A
 
K
D
 
D
A
 
E
T
 
A
Q
 
K
G
 
D
I
 
Q
C
 
I
P
 
A
V
 
L
I
 
I
S
 
A
S
 
Q
V
 
V
V
 
G
C
 
S
E
 
V
G
 
N
I
 
L
N
 
K
D
 
E
A
 
A
V
 
V
E
 
E
Q
 
L
A
 
G
G
 
K
W
 
Y
A
 
A
K
 
T
E
 
E
A
 
L
G
 
G
A
 
Y
A
 
D
G
 
C
L
 
L
D
 
S
I
 
A
M
 
V
P
 
T
P
 
P
H
 
F
H
x
Y
W
 
Y
L
 
-
R
 
K
F
 
F
G
 
S
F
 
F
K
 
-
P
 
P
E
 
E
H
 
-
C
 
I
L
 
K
D
 
H
Y
 
Y
F
 
Y
N
 
D
A
 
T
I
 
I
G
 
I
K
 
A
A
 
E
S
 
T
G
 
G
L
 
S
P
 
N
L
 
M
V
 
I
V
 
V
H
x
Y
I
 
S
Y
 
I
P
 
P
A
 
F
W
x
L
T
 
T
R
 
G
G
 
V
S
 
N
Y
 
M
S
 
G
S
 
I
E
 
E
L
 
Q
L
 
F
A
 
G
E
 
E
L
 
L
A
 
Y
K
 
K
L
 
N
P
 
P
Y
 
K
V
 
V
K
 
L
A
 
G
F
 
V
K
|
K
M
 
F
G
 
T
E
 
A
R
 
G
E
 
D
M
 
F
N
 
Y
K
 
L
Y
 
L
A
 
E
R
 
R
D
 
-
I
 
-
K
 
-
E
 
-
I
 
L
R
 
K
A
 
K
A
 
A
D
 
Y
P
 
P
T
 
N
K
 
H
V
 
L
L
 
I
M
 
W
T
 
A
C
 
G
H
x
F
D
|
D
E
|
E
Y
 
M
L
 
M
L
 
L
S
 
P
S
 
A
M
 
A
V
 
S
Q
 
L
G
 
G
I
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
A
L
 
-
V
x
I
G
|
G
F
x
S
A
 
T
S
 
F
L
 
N
I
 
V
P
 
N
G
 
G
L
 
V
-
 
R
I
 
A
N
 
R
D
 
Q
L
 
I
L
 
F
K
 
E
A
 
L
V
 
T
K
 
K
A
 
A
G
 
G
D
 
K
L
 
L
H
 
K
E
 
E
A
 
A
M
 
L
R
 
E
V
 
I
Q
 
Q
A
 
H
L
 
V
I
 
T
N
 
N
P
 
D
L
 
L
K
 
I
D
 
E
A
 
G
V
 
I
Y
 
L
G
 
A
A
 
N
G
 
G
E
 
-
P
 
-
T
 
-
G
 
-
E
 
-
A
 
L
H
 
Y
G
 
L
R
 
T
M
 
I
K
 
K
A
 
E
A
 
L
M
 
L
A
 
K
L
 
L
A
 
E
G
 
G
I
 
V
L
 
-
R
 
D
D
 
A
G
 
G
T
 
Y
V
 
C
R
 
R
P
 
E
P
 
P
T
 
M
H
 
T
A
 
S
P
 
K
S
 
A
A
 
T
A
 
A
E
 
E
L
 
Q
A
 
V
A
 
A

1f73A Crystal structure analysis of n-acetylneuraminate lyase from haemophilus influenzae: crystal form iii in complex with sialic acid alditol (see paper)
28% identity, 94% coverage: 5:297/313 of query aligns to 3:277/288 of 1f73A

query
sites
1f73A
N
 
D
F
 
L
H
 
K
G
 
G
I
 
I
I
 
F
P
 
S
A
|
A
I
 
L
A
 
L
V
 
V
P
 
S
F
 
F
N
 
N
A
 
E
D
 
D
Y
 
G
S
 
T
I
 
I
N
 
N
E
 
E
P
 
K
E
 
G
L
 
L
R
 
R
R
 
Q
F
 
I
A
 
I
R
 
R
W
 
H
L
 
N
G
 
I
G
 
D
Q
 
K
A
 
M
G
 
K
V
 
V
T
 
D
A
 
G
L
 
L
M
 
Y
T
 
V
N
 
G
G
|
G
H
x
S
T
|
T
G
 
G
E
 
E
V
 
N
F
 
F
S
 
M
L
 
L
T
 
S
P
 
T
R
 
E
E
 
E
R
 
K
A
 
K
Q
 
E
V
 
I
T
 
F
R
 
R
I
 
I
T
 
A
A
 
K
D
 
D
A
 
E
T
 
A
Q
 
K
G
 
D
I
 
Q
C
 
I
P
 
A
V
 
L
I
 
I
S
 
A
S
 
Q
V
 
V
V
 
G
C
 
S
E
 
V
G
 
N
I
 
L
N
 
K
D
 
E
A
 
A
V
 
V
E
 
E
Q
 
L
A
 
G
G
 
K
W
 
Y
A
 
A
K
 
T
E
 
E
A
 
L
G
 
G
A
 
Y
A
 
D
G
 
C
L
 
L
D
 
S
I
 
A
M
 
V
P
 
T
P
 
P
H
 
F
H
x
Y
W
 
Y
L
 
-
R
 
K
F
 
F
G
 
S
F
 
F
K
 
-
P
 
P
E
 
E
H
 
-
C
 
I
L
 
K
D
 
H
Y
 
Y
F
 
Y
N
 
D
A
 
T
I
 
I
G
 
I
K
 
A
A
 
E
S
 
T
G
 
G
L
 
S
P
 
N
L
 
M
V
 
I
V
 
V
H
x
Y
I
 
S
Y
 
I
P
 
P
A
 
-
W
 
-
T
 
-
R
 
-
G
 
-
S
 
N
Y
 
M
S
 
G
S
 
I
E
 
E
L
 
Q
L
 
F
A
 
G
E
 
E
L
 
L
A
 
Y
K
 
K
L
 
N
P
 
P
Y
 
K
V
 
V
K
 
L
A
 
G
F
 
V
K
|
K
M
 
F
G
 
T
E
 
A
R
 
G
E
 
D
M
 
F
N
 
Y
K
 
L
Y
 
L
A
 
E
R
 
R
D
 
-
I
 
-
K
 
-
E
 
-
I
 
L
R
 
K
A
 
K
A
 
A
D
 
Y
P
 
P
T
 
N
K
 
H
V
 
L
L
 
I
M
 
W
T
 
A
C
x
G
H
 
F
D
|
D
E
|
E
Y
 
M
L
 
M
L
 
L
S
 
P
S
 
A
M
 
A
V
 
S
Q
 
L
G
 
G
I
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
A
L
 
-
V
x
I
G
|
G
F
x
S
A
 
T
S
 
F
L
 
N
I
 
V
P
 
N
G
 
G
L
 
V
-
 
R
I
 
A
N
 
R
D
 
Q
L
 
I
L
 
F
K
 
E
A
 
L
V
 
T
K
 
K
A
 
A
G
 
G
D
 
K
L
 
L
H
 
K
E
 
E
A
 
A
M
 
L
R
 
E
V
 
I
Q
 
Q
A
 
H
L
 
V
I
 
T
N
 
N
P
 
D
L
 
L
K
 
I
D
 
E
A
 
G
V
 
I
Y
 
L
G
 
A
A
 
N
G
 
G
E
 
-
P
 
-
T
 
-
G
 
-
E
 
-
A
 
L
H
 
Y
G
 
L
R
 
T
M
 
I
K
 
K
A
 
E
A
 
L
M
 
L
A
 
K
L
 
L
A
 
E
G
 
G
I
 
V
L
 
-
R
 
D
D
 
A
G
 
G
T
 
Y
V
 
C
R
 
R
P
 
E
P
 
P
T
 
M
H
 
T
A
 
S
P
 
K
S
 
A
A
 
T
A
 
A
E
 
E
L
 
Q
A
 
V
A
 
A

1f7bC Crystal structure analysis of n-acetylneuraminate lyase from haemophilus influenzae: crystal form ii in complex with 4-oxo-sialic acid (see paper)
28% identity, 94% coverage: 5:297/313 of query aligns to 3:274/285 of 1f7bC

query
sites
1f7bC
N
 
D
F
 
L
H
 
K
G
 
G
I
 
I
I
 
F
P
 
S
A
 
A
I
 
L
A
 
L
V
 
V
P
 
S
F
 
F
N
 
N
A
 
E
D
 
D
Y
 
G
S
 
T
I
 
I
N
 
N
E
 
E
P
 
K
E
 
G
L
 
L
R
 
R
R
 
Q
F
 
I
A
 
I
R
 
R
W
 
H
L
 
N
G
 
I
G
 
D
Q
 
K
A
 
M
G
 
K
V
 
V
T
 
D
A
 
G
L
 
L
M
x
Y
T
 
V
N
 
G
G
|
G
H
x
S
T
|
T
G
 
G
E
 
E
V
 
N
F
 
F
S
 
M
L
 
L
T
 
S
P
 
T
R
 
E
E
 
E
R
 
K
A
 
K
Q
 
E
V
 
I
T
 
F
R
 
R
I
 
I
T
 
A
A
 
K
D
 
D
A
 
E
T
 
A
Q
 
K
G
 
D
I
 
Q
C
 
I
P
 
A
V
 
L
I
 
I
S
 
A
S
 
Q
V
 
V
V
 
G
C
 
S
E
 
V
G
 
N
I
 
L
N
 
K
D
 
E
A
 
A
V
 
V
E
 
E
Q
 
L
A
 
G
G
 
K
W
 
Y
A
 
A
K
 
T
E
 
E
A
 
L
G
 
G
A
 
Y
A
 
D
G
 
C
L
 
L
D
 
S
I
 
A
M
 
V
P
 
T
P
 
P
H
 
F
H
x
Y
W
 
Y
L
 
-
R
 
K
F
 
F
G
 
S
F
 
F
K
 
-
P
 
P
E
 
E
H
 
-
C
 
I
L
 
K
D
 
H
Y
 
Y
F
 
Y
N
 
D
A
 
T
I
 
I
G
 
I
K
 
A
A
 
E
S
 
T
G
 
G
L
 
S
P
 
N
L
 
M
V
 
I
V
 
V
H
 
Y
I
 
-
Y
 
-
P
 
-
A
 
-
W
 
-
T
 
-
R
 
-
G
 
-
S
 
S
Y
 
M
S
 
G
S
 
I
E
 
E
L
 
Q
L
 
F
A
 
G
E
 
E
L
 
L
A
 
Y
K
 
K
L
 
N
P
 
P
Y
 
K
V
 
V
K
 
L
A
 
G
F
 
V
K
|
K
M
 
F
G
 
T
E
 
A
R
 
G
E
 
D
M
 
F
N
 
Y
K
 
L
Y
 
L
A
 
E
R
 
R
D
 
-
I
 
-
K
 
-
E
 
-
I
 
L
R
 
K
A
 
K
A
 
A
D
 
Y
P
 
P
T
 
N
K
 
H
V
 
L
L
 
I
M
 
W
T
 
A
C
x
G
H
x
F
D
|
D
E
|
E
Y
 
M
L
 
M
L
 
L
S
 
P
S
 
A
M
 
A
V
 
S
Q
 
L
G
 
G
I
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
A
L
 
-
V
 
I
G
|
G
F
x
S
A
 
T
S
 
F
L
 
N
I
 
V
P
 
N
G
 
G
L
 
V
-
 
R
I
 
A
N
 
R
D
 
Q
L
 
I
L
 
F
K
 
E
A
 
L
V
 
T
K
 
K
A
 
A
G
 
G
D
 
K
L
 
L
H
 
K
E
 
E
A
 
A
M
 
L
R
 
E
V
 
I
Q
 
Q
A
 
H
L
 
V
I
 
T
N
 
N
P
 
D
L
 
L
K
 
I
D
 
E
A
 
G
V
 
I
Y
 
L
G
 
A
A
 
N
G
 
G
E
 
-
P
 
-
T
 
-
G
 
-
E
 
-
A
x
L
H
 
Y
G
 
L
R
 
T
M
 
I
K
 
K
A
 
E
A
 
L
M
 
L
A
 
K
L
 
L
A
 
E
G
 
G
I
 
V
L
 
-
R
 
D
D
 
A
G
 
G
T
 
Y
V
 
C
R
 
R
P
 
E
P
 
P
T
 
M
H
 
T
A
 
S
P
 
K
S
 
A
A
 
T
A
 
A
E
 
E
L
 
Q
A
 
V
A
 
A

Q07607 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; Protein MosA; EC 4.3.3.7 from Rhizobium meliloti (Ensifer meliloti) (Sinorhizobium meliloti) (see paper)
31% identity, 96% coverage: 6:307/313 of query aligns to 2:290/292 of Q07607

query
sites
Q07607
F
 
F
H
 
E
G
 
G
I
 
S
I
 
I
P
 
T
A
 
A
I
 
L
A
 
V
V
 
T
P
 
P
F
 
F
N
 
-
A
 
A
D
 
D
Y
 
D
S
 
R
I
 
I
N
 
D
E
 
E
P
 
V
E
 
A
L
 
L
R
 
H
R
 
D
F
 
L
A
 
V
R
 
E
W
 
W
L
 
-
G
 
Q
G
 
I
Q
 
E
A
 
E
G
 
G
V
 
S
T
 
F
A
 
G
L
 
L
M
 
V
T
 
P
N
 
C
G
 
G
H
 
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
V
 
S
F
 
P
S
 
T
L
 
L
T
 
S
P
 
K
R
 
S
E
 
E
R
 
H
A
 
E
Q
 
Q
V
 
V
T
 
V
R
 
E
I
 
I
T
 
T
A
 
I
D
 
K
A
 
T
T
 
A
Q
 
N
G
 
G
I
 
R
C
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
I
S
 
A
S
 
G
V
 
A
V
 
G
C
 
S
E
 
N
G
 
S
I
 
T
N
 
A
D
 
E
A
 
A
V
 
I
E
 
A
Q
 
F
A
 
V
G
 
R
W
 
H
A
 
A
K
 
Q
E
 
N
A
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
G
L
 
V
D
 
L
I
 
I
M
 
V
P
 
S
P
 
P
H
 
Y
H
 
Y
W
 
N
L
 
-
R
 
-
F
 
-
G
 
-
F
 
-
K
 
K
P
 
P
-
 
T
-
 
Q
E
 
E
H
 
G
C
 
I
L
 
Y
D
 
Q
Y
 
H
F
 
F
N
 
K
A
 
A
I
 
I
G
 
D
K
 
A
A
 
A
S
 
S
G
 
T
L
 
I
P
 
P
L
 
I
V
 
I
V
 
V
H
 
Y
I
 
N
Y
 
I
P
 
P
A
 
G
W
 
R
T
 
S
R
 
A
G
 
I
S
 
E
Y
 
I
S
 
H
S
 
V
E
 
E
L
 
T
L
 
L
A
 
A
E
 
R
L
 
I
A
 
F
K
 
E
-
 
D
L
 
C
P
 
P
Y
 
N
V
 
V
K
 
K
A
 
G
F
 
V
K
|
K
M
 
-
G
 
-
E
 
-
R
 
D
E
 
A
M
 
T
N
 
G
K
 
N
Y
 
L
A
 
L
R
 
R
D
 
P
I
 
S
K
 
L
E
 
E
I
 
R
R
 
M
A
 
A
A
 
C
D
 
G
P
 
E
T
 
D
K
 
F
V
 
N
L
 
L
M
 
L
T
 
T
C
 
G
H
 
E
D
 
D
E
 
G
Y
 
T
L
 
A
L
 
L
S
 
G
S
 
Y
M
 
M
V
 
A
Q
 
H
G
 
G
I
 
G
D
 
H
G
 
G
A
 
C
L
 
I
V
 
S
G
 
V
F
 
T
A
 
A
S
 
N
L
 
V
I
 
A
P
 
P
G
 
A
L
 
L
I
 
C
N
 
A
D
 
D
L
 
F
L
 
Q
K
 
Q
A
 
A
V
 
C
K
 
L
A
 
N
G
 
G
D
 
D
L
 
F
H
 
A
E
 
A
A
 
A
M
 
L
R
 
K
V
 
L
Q
 
Q
A
 
D
L
 
R
I
 
L
N
 
M
P
 
P
L
 
L
K
 
H
D
 
R
A
 
A
V
 
L
Y
 
F
G
 
L
A
 
E
G
 
T
E
 
N
P
 
P
T
 
A
G
 
G
E
 
-
A
 
-
H
 
-
G
 
-
R
 
-
M
 
A
K
 
K
A
 
Y
A
 
A
M
 
L
A
 
Q
L
 
R
A
 
L
G
 
G
I
 
R
L
 
M
R
 
R
D
 
-
G
 
G
T
 
D
V
 
L
R
 
R
P
 
L
P
 
P
-
 
L
-
 
V
T
 
T
H
 
I
A
 
S
P
 
P
S
 
S
A
 
F
A
 
Q
E
 
E
L
 
-
A
 
-
A
 
E
I
 
I
R
 
D
A
 
D
A
 
A
L
 
M
E
 
R
H
 
H
A
 
A
G
 
G
V
 
I

Q9S4K9 N-acetylneuraminate lyase; NAL; Neu5Ac lyase; N-acetylneuraminate pyruvate-lyase; N-acetylneuraminic acid aldolase; Sialate lyase; Sialic acid aldolase; Sialic acid lyase; EC 4.1.3.3 from Clostridium perfringens (strain 13 / Type A) (see paper)
28% identity, 78% coverage: 8:250/313 of query aligns to 3:238/288 of Q9S4K9

query
sites
Q9S4K9
G
 
G
I
 
I
I
 
Y
P
 
S
A
 
A
I
 
L
A
 
L
V
 
V
P
 
S
F
 
F
N
 
D
A
 
K
D
 
D
Y
 
G
S
 
N
I
 
I
N
 
N
E
 
E
P
 
K
E
 
G
L
 
L
R
 
R
R
 
E
F
 
I
A
 
I
R
 
R
W
 
H
L
 
N
G
 
I
G
 
D
Q
 
V
A
 
C
G
 
K
V
 
I
T
 
D
A
 
G
L
 
L
M
 
Y
T
 
V
N
 
G
G
 
G
H
 
S
T
 
T
G
 
G
E
 
E
V
 
N
F
 
F
S
 
M
L
 
L
T
 
S
P
 
T
R
 
D
E
 
E
R
 
K
A
 
K
Q
 
R
V
 
I
T
 
F
R
 
E
I
 
I
T
 
A
A
 
M
D
 
D
A
 
E
T
 
A
Q
 
K
G
 
G
I
 
Q
C
 
V
P
 
K
V
 
L
I
 
I
S
 
A
S
 
Q
V
 
V
V
 
G
C
 
S
E
 
V
G
 
N
I
 
L
N
 
K
D
 
E
A
 
A
V
 
V
E
 
E
Q
 
L
A
 
A
G
 
K
W
 
F
A
 
T
K
 
T
E
 
D
A
 
L
G
 
G
A
 
Y
A
 
D
G
 
A
L
 
I
D
 
S
I
 
A
M
 
V
P
 
T
P
 
P
H
 
F
H
 
Y
W
 
Y
L
 
-
R
 
K
F
 
F
G
 
D
F
 
F
K
 
N
P
 
E
-
 
I
E
 
K
H
 
H
C
 
-
L
 
-
D
 
-
Y
 
Y
F
 
Y
N
 
E
A
 
T
I
 
I
G
 
I
K
 
N
A
 
S
S
 
V
G
 
D
L
 
N
P
 
K
L
 
L
V
 
I
V
 
I
H
x
Y
I
 
S
Y
 
I
P
 
P
A
 
F
W
 
L
T
 
T
R
 
G
G
 
V
S
 
N
Y
 
M
S
 
S
S
 
I
E
 
E
L
 
Q
L
 
F
A
 
A
E
 
E
L
 
L
A
 
F
K
 
E
L
 
N
P
 
D
Y
 
K
V
 
I
K
 
I
A
 
G
F
 
V
K
|
K
M
 
F
G
 
T
E
 
A
R
 
A
E
 
D
M
 
F
N
 
Y
K
 
L
Y
 
L
A
 
E
R
 
R
D
 
-
I
 
-
K
 
-
E
 
-
I
 
M
R
 
R
A
 
K
A
 
A
D
 
F
P
 
P
T
 
D
K
 
K
V
 
L
L
 
I
M
 
F
T
 
A
C
 
G
H
 
F
D
|
D
E
|
E
Y
 
M
L
 
M
L
 
L
S
 
P
S
 
A
M
 
T
V
 
V
Q
 
L
G
 
G
I
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
A
L
 
-
V
 
I
G
 
G
F
 
S
A
 
T
S
 
F
L
 
N
I
 
V
P
 
N
G
 
G
L
 
V
-
 
R
I
 
A
N
 
R
D
 
Q
L
 
I
L
 
F
K
 
E
A
 
A
V
 
A
K
 
Q
A
 
K
G
 
G
D
 
D
L
 
I
H
 
E
E
 
T
A
 
A
M
 
L
R
 
E
V
 
V
Q
 
Q
A
 
H
L
 
V
I
 
T
N
 
N
P
 
D
L
 
L

Q2G160 N-acetylneuraminate lyase; NAL; Neu5Ac lyase; N-acetylneuraminate pyruvate-lyase; N-acetylneuraminic acid aldolase; Sialate lyase; Sialic acid aldolase; Sialic acid lyase; EC 4.1.3.3 from Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (see paper)
24% identity, 81% coverage: 5:258/313 of query aligns to 4:250/293 of Q2G160

query
sites
Q2G160
N
 
D
F
 
L
H
 
K
G
 
G
I
 
L
I
 
Y
P
 
A
A
 
A
I
 
L
A
 
L
V
 
V
P
 
P
F
 
F
N
 
D
A
 
E
D
 
N
Y
 
G
S
 
Q
I
 
V
N
 
N
E
 
E
P
 
Q
E
 
G
L
 
L
R
 
K
R
 
Q
F
 
I
A
 
A
R
 
Q
W
 
N
L
 
A
G
 
I
G
 
E
Q
 
T
A
 
E
G
 
E
V
 
L
T
 
D
A
 
G
L
 
L
M
 
Y
T
 
V
N
 
N
G
 
G
H
x
S
T
x
S
G
 
G
E
 
E
V
 
N
F
 
F
S
 
L
L
 
L
T
 
N
P
 
T
R
 
E
E
 
Q
R
 
K
A
 
K
Q
 
Q
V
 
V
T
 
F
R
 
K
I
 
V
T
 
A
A
 
K
D
 
E
A
 
A
T
 
V
Q
 
G
G
 
D
I
 
K
C
 
V
P
 
K
V
 
L
I
 
I
S
 
A
S
 
Q
V
 
V
V
 
G
C
 
S
E
 
L
G
 
D
I
 
L
N
 
N
D
 
E
A
 
A
V
 
I
E
 
E
Q
 
L
A
 
G
G
 
K
W
 
Y
A
 
A
K
 
T
E
 
E
A
 
L
G
 
G
A
 
Y
A
 
D
G
 
A
L
 
L
D
 
S
I
 
A
M
 
V
P
 
T
P
 
P
H
 
F
H
 
Y
W
 
Y
L
 
-
R
 
-
F
 
-
G
 
P
F
 
F
K
 
T
P
 
F
E
 
E
H
 
E
C
 
I
L
 
R
D
 
D
Y
 
Y
F
 
Y
N
 
F
A
 
D
I
 
I
G
 
I
K
 
E
A
 
A
S
 
T
G
 
Q
L
 
N
P
 
N
L
 
M
V
 
I
V
 
I
H
 
Y
I
 
A
Y
 
I
P
 
P
A
 
D
W
 
L
T
 
T
R
 
G
G
 
V
S
 
N
Y
 
I
S
 
S
S
 
I
E
 
E
L
 
Q
L
 
F
A
 
S
E
 
E
L
 
L
A
 
F
K
 
N
L
 
H
P
 
E
Y
 
K
V
 
I
K
 
V
A
 
G
F
 
V
K
|
K
M
 
Y
G
 
T
E
 
A
R
 
P
E
 
N
M
 
F
N
 
F
K
 
L
Y
 
L
A
 
E
R
 
R
D
 
-
I
 
-
K
 
-
E
 
-
I
 
I
R
 
R
A
 
K
A
 
A
D
 
F
P
 
P
T
 
D
K
 
K
V
 
L
L
 
I
M
 
L
T
 
S
C
 
G
H
 
F
D
 
D
E
 
E
Y
 
M
L
 
L
L
 
V
S
 
Q
S
 
A
M
 
T
V
 
I
Q
 
S
G
 
G
I
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
A
L
 
I
V
 
G
G
 
S
F
 
T
A
 
Y
S
 
N
L
 
V
I
 
N
P
 
G
G
 
R
L
 
R
I
 
A
N
 
R
D
 
K
L
 
I
L
 
F
K
 
D
A
 
L
V
 
A
K
 
R
A
 
Q
G
 
G
D
 
Q
L
 
I
H
 
Q
E
 
E
A
 
A
M
 
Y
R
 
Q
V
 
L
Q
 
Q
A
 
H
L
 
D
I
 
S
N
 
N
P
 
D
L
 
I
K
 
I
D
 
E
A
 
T
V
 
V
Y
 
L
G
 
S
A
 
M
G
 
G

4ptnA Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein in complex with magnesium cation coordinated l-glyceraldehyde (see paper)
25% identity, 75% coverage: 6:240/313 of query aligns to 3:234/298 of 4ptnA

query
sites
4ptnA
F
 
F
H
 
T
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
x
P
I
 
V
A
 
S
V
 
T
P
 
I
F
 
F
N
 
T
A
 
A
D
 
D
Y
 
G
S
 
Q
I
 
L
N
 
D
E
 
K
P
 
P
E
 
G
L
 
T
R
 
A
R
 
A
F
 
L
A
 
I
R
 
D
W
 
D
L
 
L
G
 
I
G
 
-
Q
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
V
T
 
D
A
 
G
L
 
L
M
 
F
T
 
F
N
 
L
G
 
G
H
x
S
T
x
G
G
 
G
E
 
E
V
 
F
F
 
S
S
 
Q
L
 
L
T
 
G
P
 
A
R
 
E
E
 
E
R
 
R
A
 
K
Q
 
A
V
 
I
T
 
A
R
 
R
I
 
F
T
 
A
A
 
I
D
 
D
A
 
H
T
 
V
Q
 
D
G
 
R
I
 
R
C
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
L
S
 
I
S
 
G
V
 
T
V
 
G
C
 
G
E
 
T
G
 
N
I
 
A
N
 
R
D
 
E
A
 
T
V
 
I
E
 
E
Q
 
L
A
 
S
G
 
Q
W
 
H
A
 
A
K
 
Q
E
 
Q
A
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
G
L
 
I
D
 
V
I
 
V
M
 
I
P
 
N
P
 
P
H
 
Y
H
x
Y
W
 
W
L
 
-
R
 
-
F
 
-
G
 
K
F
 
V
K
 
S
P
 
E
E
 
A
H
 
N
C
 
L
L
 
I
D
 
R
Y
 
Y
F
 
F
N
 
E
A
 
Q
I
 
V
G
 
A
K
 
D
A
 
S
S
 
V
G
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
V
V
 
M
V
 
L
H
x
Y
I
 
N
Y
 
F
P
 
P
A
 
A
W
x
L
T
 
T
R
 
G
G
 
Q
S
 
D
Y
 
L
S
 
T
S
 
P
E
 
A
L
 
L
L
 
V
A
 
K
E
 
T
L
 
L
A
 
A
-
 
D
K
 
S
L
 
R
P
 
S
Y
 
N
V
 
I
K
 
I
A
 
G
F
 
I
K
|
K
M
 
D
G
 
T
E
 
I
R
 
D
E
 
S
M
 
V
N
 
A
K
 
H
Y
 
L
A
 
R
R
 
S
D
 
M
I
 
I
K
 
H
E
 
T
I
 
V
R
 
K
A
 
G
A
 
A
D
 
H
P
 
P
T
 
H
K
 
F
V
 
T
L
 
V
M
 
L
T
 
C
C
x
G
H
x
Y
D
 
D
E
 
D
Y
 
H
L
 
L
L
 
F
S
 
N
S
 
T
M
 
L
V
 
L
Q
 
L
G
 
G
I
 
G
D
 
D
G
 
G
A
 
A
L
x
I
V
 
S
G
x
A
F
 
S
A
 
G
S
 
N
L
 
F
I
 
A
P
 
P
G
 
Q
L
 
V
I
 
S
N
 
V
D
 
N
L
 
L
L
 
L
K
 
K
A
 
A
V
 
W
K
 
R
A
 
D
G
 
G
D
 
D
L
 
V
H
 
A
E
 
K
A
 
A

4onvA Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein in complex with 2- keto-3-deoxy gluconate
25% identity, 75% coverage: 6:240/313 of query aligns to 3:234/298 of 4onvA

query
sites
4onvA
F
 
F
H
 
T
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
x
P
I
 
V
A
 
S
V
 
T
P
 
I
F
 
F
N
 
T
A
 
A
D
 
D
Y
 
G
S
 
Q
I
 
L
N
 
D
E
 
K
P
 
P
E
 
G
L
 
T
R
 
A
R
 
A
F
 
L
A
 
I
R
 
D
W
 
D
L
 
L
G
 
I
G
 
-
Q
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
V
T
 
D
A
 
G
L
 
L
M
x
F
T
 
F
N
 
L
G
|
G
H
x
S
T
 
G
G
 
G
E
 
E
V
 
F
F
 
S
S
 
Q
L
 
L
T
 
G
P
 
A
R
 
E
E
 
E
R
 
R
A
 
K
Q
 
A
V
 
I
T
 
A
R
 
R
I
 
F
T
 
A
A
 
I
D
 
D
A
 
H
T
 
V
Q
 
D
G
 
R
I
 
R
C
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
L
S
 
I
S
 
G
V
 
T
V
 
G
C
 
G
E
 
T
G
 
N
I
 
A
N
 
R
D
 
E
A
 
T
V
 
I
E
 
E
Q
 
L
A
 
S
G
 
Q
W
 
H
A
 
A
K
 
Q
E
 
Q
A
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
G
L
 
I
D
 
V
I
 
V
M
 
I
P
 
N
P
 
P
H
 
Y
H
x
Y
W
 
W
L
 
-
R
 
-
F
 
-
G
 
K
F
 
V
K
 
S
P
 
E
E
 
A
H
 
N
C
 
L
L
 
I
D
 
R
Y
 
Y
F
 
F
N
 
E
A
 
Q
I
 
V
G
 
A
K
 
D
A
 
S
S
 
V
G
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
V
V
 
M
V
 
L
H
x
Y
I
 
N
Y
 
F
P
 
P
A
 
A
W
x
L
T
 
T
R
 
G
G
 
Q
S
 
D
Y
 
L
S
 
T
S
 
P
E
 
A
L
 
L
L
 
V
A
 
K
E
 
T
L
 
L
A
 
A
-
 
D
K
 
S
L
 
R
P
 
S
Y
 
N
V
 
I
K
 
I
A
 
G
F
 
I
K
|
K
M
 
D
G
 
T
E
 
I
R
 
D
E
 
S
M
 
V
N
 
A
K
 
H
Y
 
L
A
 
R
R
 
S
D
 
M
I
 
I
K
 
H
E
 
T
I
 
V
R
 
K
A
 
G
A
 
A
D
 
H
P
 
P
T
 
H
K
 
F
V
 
T
L
 
V
M
 
L
T
 
C
C
x
G
H
x
Y
D
 
D
E
 
D
Y
 
H
L
 
L
L
 
F
S
 
N
S
 
T
M
 
L
V
 
L
Q
 
L
G
 
G
I
 
G
D
 
D
G
 
G
A
 
A
L
x
I
V
x
S
G
 
A
F
 
S
A
 
G
S
 
N
L
 
F
I
 
A
P
 
P
G
 
Q
L
 
V
I
 
S
N
 
V
D
 
N
L
 
L
L
 
L
K
 
K
A
 
A
V
 
W
K
 
R
A
 
D
G
 
G
D
 
D
L
 
V
H
 
A
E
 
K
A
 
A

4oe7D Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein, in complex with aldol condensed product of pyruvate and glyoxal
25% identity, 75% coverage: 6:240/313 of query aligns to 3:234/298 of 4oe7D

query
sites
4oe7D
F
 
F
H
 
T
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
x
P
I
 
V
A
 
S
V
 
T
P
 
I
F
 
F
N
 
T
A
 
A
D
 
D
Y
 
G
S
 
Q
I
 
L
N
 
D
E
 
K
P
 
P
E
 
G
L
 
T
R
 
A
R
 
A
F
 
L
A
 
I
R
 
D
W
 
D
L
 
L
G
 
I
G
 
-
Q
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
V
T
 
D
A
 
G
L
 
L
M
 
F
T
 
F
N
 
L
G
|
G
H
x
S
T
x
G
G
 
G
E
 
E
V
 
F
F
 
S
S
 
Q
L
 
L
T
 
G
P
 
A
R
 
E
E
 
E
R
 
R
A
 
K
Q
 
A
V
 
I
T
 
A
R
 
R
I
 
F
T
 
A
A
 
I
D
 
D
A
 
H
T
 
V
Q
 
D
G
 
R
I
 
R
C
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
L
S
 
I
S
 
G
V
 
T
V
 
G
C
 
G
E
 
T
G
 
N
I
 
A
N
 
R
D
 
E
A
 
T
V
 
I
E
 
E
Q
 
L
A
 
S
G
 
Q
W
 
H
A
 
A
K
 
Q
E
 
Q
A
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
G
L
 
I
D
 
V
I
 
V
M
 
I
P
 
N
P
 
P
H
 
Y
H
x
Y
W
 
W
L
 
-
R
 
-
F
 
-
G
 
K
F
 
V
K
 
S
P
 
E
E
 
A
H
 
N
C
 
L
L
 
I
D
 
R
Y
 
Y
F
 
F
N
 
E
A
 
Q
I
 
V
G
 
A
K
 
D
A
 
S
S
 
V
G
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
V
V
 
M
V
 
L
H
x
Y
I
 
N
Y
x
F
P
 
P
A
 
A
W
x
L
T
 
T
R
 
G
G
 
Q
S
 
D
Y
 
L
S
 
T
S
 
P
E
 
A
L
 
L
L
 
V
A
 
K
E
 
T
L
 
L
A
 
A
-
 
D
K
 
S
L
 
R
P
 
S
Y
 
N
V
 
I
K
 
I
A
 
G
F
 
I
K
|
K
M
 
D
G
x
T
E
 
I
R
 
D
E
 
S
M
 
V
N
 
A
K
 
H
Y
 
L
A
 
R
R
 
S
D
 
M
I
 
I
K
 
H
E
 
T
I
 
V
R
 
K
A
 
G
A
 
A
D
 
H
P
 
P
T
 
H
K
 
F
V
 
T
L
 
V
M
 
L
T
 
C
C
x
G
H
 
Y
D
 
D
E
 
D
Y
 
H
L
 
L
L
 
F
S
 
N
S
 
T
M
 
L
V
 
L
Q
 
L
G
 
G
I
 
G
D
 
D
G
 
G
A
 
A
L
x
I
V
 
S
G
 
A
F
 
S
A
 
G
S
 
N
L
 
F
I
 
A
P
 
P
G
 
Q
L
 
V
I
 
S
N
 
V
D
 
N
L
 
L
L
 
L
K
 
K
A
 
A
V
 
W
K
 
R
A
 
D
G
 
G
D
 
D
L
 
V
H
 
A
E
 
K
A
 
A

4oe7B Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein, in complex with aldol condensed product of pyruvate and glyoxal
25% identity, 75% coverage: 6:240/313 of query aligns to 3:234/298 of 4oe7B

query
sites
4oe7B
F
 
F
H
 
T
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
x
P
I
 
V
A
 
S
V
 
T
P
 
I
F
 
F
N
 
T
A
 
A
D
 
D
Y
 
G
S
 
Q
I
 
L
N
 
D
E
 
K
P
 
P
E
 
G
L
 
T
R
 
A
R
 
A
F
 
L
A
 
I
R
 
D
W
 
D
L
 
L
G
 
I
G
 
-
Q
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
V
T
 
D
A
 
G
L
 
L
M
 
F
T
 
F
N
 
L
G
|
G
H
x
S
T
x
G
G
 
G
E
 
E
V
 
F
F
 
S
S
 
Q
L
 
L
T
 
G
P
 
A
R
 
E
E
 
E
R
 
R
A
 
K
Q
 
A
V
 
I
T
 
A
R
 
R
I
 
F
T
 
A
A
 
I
D
 
D
A
 
H
T
 
V
Q
 
D
G
 
R
I
 
R
C
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
L
S
 
I
S
 
G
V
 
T
V
 
G
C
 
G
E
 
T
G
 
N
I
 
A
N
 
R
D
 
E
A
 
T
V
 
I
E
 
E
Q
 
L
A
 
S
G
 
Q
W
 
H
A
 
A
K
 
Q
E
 
Q
A
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
G
L
 
I
D
 
V
I
 
V
M
 
I
P
 
N
P
 
P
H
 
Y
H
x
Y
W
 
W
L
 
-
R
 
-
F
 
-
G
 
K
F
 
V
K
 
S
P
 
E
E
 
A
H
 
N
C
 
L
L
 
I
D
 
R
Y
 
Y
F
 
F
N
 
E
A
 
Q
I
 
V
G
 
A
K
 
D
A
 
S
S
 
V
G
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
V
V
 
M
V
 
L
H
x
Y
I
 
N
Y
x
F
P
 
P
A
 
A
W
x
L
T
 
T
R
 
G
G
 
Q
S
 
D
Y
 
L
S
 
T
S
 
P
E
 
A
L
 
L
L
 
V
A
 
K
E
 
T
L
 
L
A
 
A
-
 
D
K
 
S
L
 
R
P
 
S
Y
 
N
V
 
I
K
 
I
A
 
G
F
 
I
K
|
K
M
 
D
G
x
T
E
 
I
R
 
D
E
 
S
M
 
V
N
 
A
K
 
H
Y
 
L
A
 
R
R
 
S
D
 
M
I
 
I
K
 
H
E
 
T
I
 
V
R
 
K
A
 
G
A
 
A
D
 
H
P
 
P
T
 
H
K
 
F
V
 
T
L
 
V
M
 
L
T
 
C
C
x
G
H
 
Y
D
 
D
E
 
D
Y
 
H
L
 
L
L
 
F
S
 
N
S
 
T
M
 
L
V
 
L
Q
 
L
G
 
G
I
 
G
D
 
D
G
 
G
A
 
A
L
x
I
V
 
S
G
 
A
F
 
S
A
 
G
S
 
N
L
 
F
I
 
A
P
 
P
G
 
Q
L
 
V
I
 
S
N
 
V
D
 
N
L
 
L
L
 
L
K
 
K
A
 
A
V
 
W
K
 
R
A
 
D
G
 
G
D
 
D
L
 
V
H
 
A
E
 
K
A
 
A

Query Sequence

>RR42_RS33075 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS33075
MPDINFHGIIPAIAVPFNADYSINEPELRRFARWLGGQAGVTALMTNGHTGEVFSLTPRE
RAQVTRITADATQGICPVISSVVCEGINDAVEQAGWAKEAGAAGLDIMPPHHWLRFGFKP
EHCLDYFNAIGKASGLPLVVHIYPAWTRGSYSSELLAELAKLPYVKAFKMGEREMNKYAR
DIKEIRAADPTKVLMTCHDEYLLSSMVQGIDGALVGFASLIPGLINDLLKAVKAGDLHEA
MRVQALINPLKDAVYGAGEPTGEAHGRMKAAMALAGILRDGTVRPPTHAPSAAELAAIRA
ALEHAGVTRQVAA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory