SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing RR42_RS34600 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS34600 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 13 hits to proteins with known functional sites (download)

3b59A Crystal structure of the mn(ii)-bound glyoxalase from novosphingobium aromaticivorans
30% identity, 70% coverage: 80:298/312 of query aligns to 75:276/301 of 3b59A

query
sites
3b59A
D
 
D
F
 
V
E
 
D
G
 
A
I
 
L
R
 
R
R
 
A
K
 
S
L
 
V
L
 
E
A
 
A
A
 
A
N
 
G
V
 
C
T
 
K
F
 
V
A
 
A
S
 
S
G
 
E
A
 
P
A
 
A
H
 
V
A
 
L
T
 
A
A
 
T
E
 
P
G
 
G
-
 
G
-
 
G
-
 
Y
-
 
G
L
 
F
W
 
R
F
 
F
L
 
F
D
 
S
A
 
P
D
 
D
G
 
G
N
 
L
L
 
L
I
 
F
Q
 
E
V
 
V
K
 
-
I
 
-
G
 
-
P
 
-
K
 
-
T
 
S
S
 
S
P
 
D
S
 
V
A
 
A
K
 
K
N
 
G
P
 
A
L
 
K
K
 
R
D
 
D
I
 
L
H
 
-
G
 
-
P
 
-
A
 
A
D
 
R
M
 
W
R
 
E
G
 
G
A
 
V
A
 
-
F
 
-
R
 
-
D
 
-
Q
 
-
V
 
-
G
 
-
K
 
-
V
 
-
R
 
-
P
 
P
R
 
V
R
 
K
L
 
I
S
 
S
H
|
H
V
 
I
L
 
V
L
 
L
F
 
H
T
 
S
P
 
P
D
 
N
V
 
H
S
 
Q
R
 
D
A
 
M
V
 
V
S
 
K
F
 
F
Y
 
F
N
 
T
D
 
D
T
 
V
L
 
L
G
 
G
L
 
F
R
 
K
L
 
V
S
 
S
D
 
D
R
 
W
S
 
L
G
 
G
D
 
D
G
 
F
I
 
M
A
 
C
F
 
F
L
 
L
H
 
R
A
 
C
P
 
-
H
 
-
G
 
N
C
 
S
D
 
A
H
 
H
H
|
H
L
 
R
L
 
I
A
 
A
F
 
I
A
 
L
K
 
P
S
 
G
S
 
P
A
 
P
R
 
-
G
 
C
W
 
L
H
 
N
H
|
H
A
 
V
A
 
A
W
 
Y
D
 
D
V
 
M
A
 
L
S
 
S
V
 
V
D
 
D
E
 
D
V
 
M
G
 
M
Q
 
R
G
 
G
A
 
A
G
 
H
Q
 
R
M
 
L
A
 
K
V
 
V
A
 
K
G
 
G
Y
 
I
K
 
D
E
 
I
G
 
G
W
 
W
G
 
G
T
 
P
G
 
G
R
 
R
H
|
H
V
 
T
L
 
A
G
 
G
S
 
N
N
 
N
F
 
T
F
 
F
H
 
S
Y
|
Y
V
 
F
R
 
V
D
 
T
P
 
P
W
 
G
G
 
G
S
 
F
F
 
V
C
 
T
E
|
E
Y
 
Y
S
 
T
A
 
S
D
 
E
I
 
L
D
 
E
Y
 
E
I
 
V
S
 
D
A
 
F
G
 
D
H
 
T
A
 
H
W
 
Q
P
 
Y
A
 
K
G
 
V
D
 
H
Y
 
V
P
 
P
P
 
A
E
 
P
D
 
M
S
 
V
L
 
M
Y
 
D
Q
 
Q
W
 
W
G
 
G

6l3wA Crystal structure of bphc, a halotolerant catechol dioxygenase (see paper)
25% identity, 78% coverage: 63:306/312 of query aligns to 56:295/298 of 6l3wA

query
sites
6l3wA
P
 
P
G
 
G
E
 
E
R
 
K
K
 
N
A
 
D
L
 
I
A
 
G
Y
 
Y
L
 
I
S
 
G
F
 
W
N
 
Q
C
 
-
F
 
L
A
 
T
G
 
G
D
 
E
F
 
K
E
 
E
G
 
A
I
 
-
R
 
-
R
 
R
K
 
E
L
 
L
-
 
G
-
 
D
-
 
V
-
 
I
-
 
A
-
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
P
L
 
V
A
 
I
A
 
T
N
 
R
V
 
A
T
 
T
F
 
P
A
 
E
S
 
E
G
 
A
A
 
A
A
 
E
H
 
R
A
 
C
T
 
V
A
 
A
E
 
G
G
 
Y
L
 
Y
W
 
W
F
 
F
L
 
I
D
 
D
A
 
P
D
 
V
G
 
G
N
 
F
L
 
R
I
 
H
Q
 
E
V
 
L
K
 
S
I
 
W
G
 
G
P
 
Q
K
 
Y
T
 
V
S
 
T
P
 
P
S
 
N
A
 
S
K
 
F
N
 
Q
P
 
P
L
 
G
K
 
W
D
 
P
I
 
M
H
 
S
G
 
G
P
 
-
A
 
-
D
 
-
M
 
-
R
 
-
G
 
-
A
 
-
A
 
-
F
 
-
R
 
-
D
 
-
Q
 
-
V
 
-
G
 
F
K
 
K
V
 
T
R
 
G
P
 
E
R
 
Q
R
 
G
L
 
L
S
 
G
H
|
H
V
 
I
L
 
V
L
 
L
F
 
L
T
 
V
P
 
P
D
 
D
V
 
L
S
 
P
R
 
V
A
 
A
V
 
D
S
 
K
F
 
F
Y
 
Y
N
 
R
D
 
E
T
 
V
L
 
M
G
 
G
L
 
F
R
 
H
L
 
Q
S
 
S
D
 
D
R
 
C
S
 
I
G
 
R
D
 
D
G
 
G
I
 
S
A
 
R
F
 
A
L
 
L
H
 
H
A
 
F
P
 
Y
H
 
H
G
 
-
C
 
C
D
 
N
-
 
G
-
 
R
H
 
H
H
|
H
L
 
S
L
 
L
A
 
A
F
 
I
A
 
G
K
 
S
-
 
P
-
 
G
S
 
P
S
 
G
A
 
V
R
 
R
G
 
G
W
 
A
H
 
H
H
|
H
A
 
I
A
 
M
W
 
L
D
 
E
V
 
V
A
 
N
S
 
S
V
 
I
D
 
H
E
 
D
V
 
V
G
 
G
Q
 
K
G
 
A
A
 
V
G
 
D
Q
 
R
M
 
C
A
 
E
V
 
L
A
 
L
G
 
D
Y
 
V
K
 
P
E
 
V
G
 
S
W
 
K
G
 
S
T
 
I
G
 
G
R
 
C
H
 
H
V
 
T
L
 
N
G
 
D
S
 
R
N
 
M
F
 
V
F
 
S
H
 
T
Y
 
Y
V
 
I
R
 
F
D
 
S
P
 
P
W
 
S
G
 
V
S
 
L
F
 
R
C
 
V
E
|
E
Y
 
Y
-
 
G
-
 
F
-
 
G
S
 
G
A
 
V
D
 
E
I
 
I
D
 
D
Y
 
D
I
 
L
S
 
-
A
 
-
G
 
-
H
 
-
A
 
-
W
 
W
P
 
E
A
 
P
G
 
K
D
 
T
Y
 
Y
P
 
-
P
 
-
E
 
-
D
 
S
S
 
R
L
 
T
Y
 
S
Q
 
I
W
 
W
G
 
G
-
 
H
-
 
K
-
 
E
-
 
L
-
 
R
P
 
P
D
 
D
V
 
L
P
 
P
P
 
P
Y
 
A
F
 
M
I
 
I

3hpvA Crystal structure analysis of the 2,3-dioxygenase lapb from pseudomonas sp. Kl28 (see paper)
26% identity, 44% coverage: 154:290/312 of query aligns to 146:280/297 of 3hpvA

query
sites
3hpvA
V
 
I
R
 
A
P
 
P
R
 
I
R
 
Q
L
 
L
S
 
D
H
|
H
V
 
C
L
 
L
L
 
L
F
 
Y
T
 
G
P
 
P
D
 
N
V
 
I
S
 
A
R
 
E
A
 
V
V
 
Q
S
 
K
F
 
I
Y
 
F
N
 
T
D
 
E
T
 
V
L
 
L
G
 
G
L
 
F
R
 
Y
L
 
L
S
 
V
D
 
E
R
 
R
-
 
V
-
 
L
S
 
S
G
 
P
D
 
D
G
 
G
I
 
D
A
 
S
F
 
D
L
 
M
H
 
G
A
 
I
P
 
W
H
 
L
G
 
S
C
 
C
D
 
S
H
 
H
-
 
K
-
 
V
H
|
H
L
 
D
L
 
I
A
 
A
F
 
F
A
 
V
K
 
E
S
 
Y
S
 
P
A
 
E
R
 
K
G
 
G
-
 
K
W
 
L
H
 
H
H
|
H
A
 
C
A
 
S
W
 
F
D
 
L
V
 
L
A
 
E
S
 
S
V
 
W
D
 
E
E
 
Q
V
 
V
G
 
L
Q
 
R
G
 
A
A
 
G
G
 
D
Q
 
I
M
 
M
A
 
S
V
 
M
A
 
N
G
 
E
Y
 
V
K
 
N
E
 
V
G
 
D
W
 
I
G
 
G
T
 
P
G
 
T
R
 
R
H
|
H
V
 
G
L
 
V
G
 
T
S
 
R
N
 
G
F
 
C
F
 
T
H
 
I
Y
|
Y
V
 
A
R
 
W
D
 
D
P
 
P
W
 
S
G
 
G
S
 
N
F
 
R
C
 
F
E
|
E
Y
 
-
S
 
-
A
 
-
D
 
-
I
 
-
D
 
T
Y
 
F
I
 
M
S
 
G
A
 
G
G
 
Y
H
 
H
A
 
P
W
 
Y
P
 
P
A
 
-
G
 
-
D
 
D
Y
 
Y
P
 
E
P
 
P

3hq0B Crystal structure analysis of the 2,3-dioxygenase lapb from pseudomonas in complex with a product (see paper)
26% identity, 44% coverage: 154:290/312 of query aligns to 146:280/288 of 3hq0B

query
sites
3hq0B
V
 
I
R
 
A
P
 
P
R
 
I
R
 
Q
L
 
L
S
 
D
H
|
H
V
 
C
L
|
L
L
 
L
F
 
Y
T
 
G
P
 
P
D
 
N
V
 
I
S
 
A
R
 
E
A
 
V
V
 
Q
S
 
K
F
 
I
Y
 
F
N
 
T
D
 
E
T
 
V
L
 
L
G
 
G
L
 
F
R
 
Y
L
 
L
S
 
V
D
 
E
R
 
R
-
 
V
-
 
L
S
 
S
G
 
P
D
 
D
G
 
G
I
 
D
A
 
S
F
 
D
L
 
M
H
 
G
A
 
I
P
x
W
H
 
L
G
 
S
C
 
C
D
 
S
H
 
H
-
 
K
-
 
V
H
|
H
L
 
D
L
 
I
A
 
A
F
 
F
A
 
V
K
 
E
S
 
Y
S
 
P
A
 
E
R
 
K
G
 
G
-
 
K
W
 
L
H
|
H
H
|
H
A
 
C
A
x
S
W
 
F
D
 
L
V
 
L
A
 
E
S
 
S
V
 
W
D
 
E
E
 
Q
V
 
V
G
 
L
Q
 
R
G
 
A
A
 
G
G
 
D
Q
 
I
M
 
M
A
 
S
V
 
M
A
 
N
G
 
E
Y
 
V
K
 
N
E
 
V
G
 
D
W
 
I
G
 
G
T
 
P
G
 
T
R
 
R
H
|
H
V
 
G
L
x
V
G
x
T
S
 
R
N
 
G
F
 
C
F
 
T
H
 
I
Y
|
Y
V
 
A
R
 
W
D
 
D
P
 
P
W
 
S
G
 
G
S
 
N
F
 
R
C
 
F
E
|
E
Y
 
-
S
 
-
A
 
-
D
 
-
I
 
-
D
 
T
Y
 
F
I
 
M
S
 
G
A
 
G
G
 
Y
H
 
H
A
 
P
W
 
Y
P
 
P
A
 
-
G
 
-
D
 
D
Y
 
Y
P
 
E
P
 
P

3hpyA Crystal structure analysis of the 2,3-dioxygenase lapb from pseudomonas in the complex with 4-methylcatechol (see paper)
26% identity, 44% coverage: 154:290/312 of query aligns to 146:280/288 of 3hpyA

query
sites
3hpyA
V
 
I
R
 
A
P
 
P
R
 
I
R
 
Q
L
 
L
S
 
D
H
|
H
V
 
C
L
 
L
L
 
L
F
 
Y
T
 
G
P
 
P
D
 
N
V
 
I
S
 
A
R
 
E
A
 
V
V
 
Q
S
 
K
F
 
I
Y
 
F
N
 
T
D
 
E
T
 
V
L
 
L
G
 
G
L
 
F
R
 
Y
L
 
L
S
 
V
D
 
E
R
 
R
-
 
V
-
 
L
S
 
S
G
 
P
D
 
D
G
 
G
I
 
D
A
 
S
F
 
D
L
 
M
H
 
G
A
 
I
P
x
W
H
 
L
G
 
S
C
 
C
D
 
S
H
 
H
-
 
K
-
 
V
H
|
H
L
 
D
L
 
I
A
 
A
F
 
F
A
 
V
K
 
E
S
 
Y
S
 
P
A
 
E
R
 
K
G
 
G
-
 
K
W
 
L
H
 
H
H
|
H
A
 
C
A
x
S
W
 
F
D
 
L
V
 
L
A
 
E
S
 
S
V
 
W
D
 
E
E
 
Q
V
 
V
G
 
L
Q
 
R
G
 
A
A
 
G
G
 
D
Q
 
I
M
 
M
A
 
S
V
 
M
A
 
N
G
 
E
Y
 
V
K
 
N
E
 
V
G
 
D
W
 
I
G
 
G
T
 
P
G
 
T
R
 
R
H
|
H
V
 
G
L
x
V
G
x
T
S
 
R
N
 
G
F
 
C
F
 
T
H
 
I
Y
|
Y
V
 
A
R
 
W
D
 
D
P
 
P
W
 
S
G
 
G
S
 
N
F
 
R
C
 
F
E
|
E
Y
 
-
S
 
-
A
 
-
D
 
-
I
 
-
D
 
T
Y
 
F
I
 
M
S
 
G
A
 
G
G
 
Y
H
 
H
A
 
P
W
 
Y
P
 
P
A
 
-
G
 
-
D
 
D
Y
 
Y
P
 
E
P
 
P

2zi8A Crystal structure of the hsac extradiol dioxygenase from m. Tuberculosis in complex with 3,4-dihydroxy-9,10-seconandrost-1,3, 5(10)-triene-9,17-dione (dhsa) (see paper)
25% identity, 68% coverage: 63:273/312 of query aligns to 55:270/299 of 2zi8A

query
sites
2zi8A
P
 
P
G
 
G
E
 
E
R
 
H
K
 
D
A
 
R
L
 
L
A
 
L
Y
 
E
L
 
A
S
 
G
F
 
W
N
 
E
C
 
C
F
 
A
A
 
N
G
 
A
D
 
E
-
 
G
F
 
L
E
 
Q
G
 
E
I
 
I
R
 
R
R
 
N
K
 
R
L
 
L
L
 
D
A
 
L
A
 
E
N
 
G
V
 
T
T
 
P
F
 
Y
A
 
K
S
 
E
G
 
A
A
 
T
A
 
A
H
 
A
A
 
E
T
 
L
A
 
A
-
 
D
-
 
R
-
 
R
-
 
V
-
 
D
E
 
E
G
 
M
L
 
I
W
 
R
F
 
F
L
 
A
D
 
D
A
 
P
D
 
S
G
 
G
N
 
N
L
 
C
I
 
L
Q
 
E
V
 
V
K
 
F
I
 
H
G
 
G
P
 
T
K
 
A
T
 
L
S
 
E
P
 
H
S
 
-
A
 
-
K
 
-
N
 
-
P
 
-
L
 
-
K
 
R
D
 
R
I
 
V
H
 
V
G
 
S
P
 
P
A
 
Y
D
 
G
M
 
H
R
 
R
G
 
F
A
 
V
A
 
T
F
 
G
R
 
E
D
 
Q
Q
 
G
V
 
M
G
 
G
K
 
-
V
 
-
R
 
-
P
 
-
R
 
-
R
 
-
L
 
-
S
 
-
H
|
H
V
 
V
L
 
V
L
 
L
F
 
S
T
 
T
P
 
R
D
 
D
V
 
D
S
 
A
R
 
E
A
 
A
V
 
L
S
 
H
F
 
F
Y
 
Y
N
 
R
D
 
D
T
 
V
L
 
L
G
 
G
L
 
F
R
 
R
L
 
L
S
 
R
D
 
D
-
 
S
-
 
M
-
 
R
-
 
L
-
 
P
-
 
P
-
 
Q
-
 
M
-
 
V
-
 
G
R
 
R
S
 
P
G
 
A
D
 
D
G
 
G
I
 
P
A
 
P
F
 
A
L
 
W
H
 
L
A
 
R
P
x
F
H
 
F
G
 
G
C
 
C
D
 
N
-
 
P
-
 
R
H
 
H
H
|
H
L
 
S
L
 
L
A
 
A
F
 
F
A
 
L
-
 
P
K
 
M
S
 
P
S
 
T
A
 
S
R
 
S
G
 
G
W
 
I
H
x
V
H
|
H
A
 
L
A
 
M
W
 
V
D
 
E
V
 
V
A
 
E
S
 
Q
V
 
A
D
 
D
E
 
D
V
 
V
G
 
G
Q
 
L
G
 
C
A
 
L
G
 
D
Q
 
R
M
 
A
A
 
L
V
 
R
A
 
R
G
 
K
Y
 
V
K
 
P
E
 
M
G
 
S
W
 
A
G
 
T
T
 
L
G
 
G
R
 
R
H
|
H
V
 
V
L
x
N
G
 
D
S
 
L
N
 
M
F
 
L
F
 
S
H
 
F
Y
|
Y
V
 
M
R
 
K
D
 
T
P
 
P
W
 
G
G
 
G
S
 
F
F
 
D
C
 
I
E
|
E
Y
 
F
S
 
G
A
 
C
D
 
E

Sites not aligning to the query:

P9WNW7 Iron-dependent extradiol dioxygenase; EC 1.13.11.25 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see paper)
25% identity, 68% coverage: 63:273/312 of query aligns to 55:270/300 of P9WNW7

query
sites
P9WNW7
P
 
P
G
 
G
E
 
E
R
 
H
K
 
D
A
 
R
L
 
L
A
 
L
Y
 
E
L
 
A
S
 
G
F
 
W
N
 
E
C
 
C
F
 
A
A
 
N
G
 
A
D
 
E
-
 
G
F
 
L
E
 
Q
G
 
E
I
 
I
R
 
R
R
 
N
K
 
R
L
 
L
L
 
D
A
 
L
A
 
E
N
 
G
V
 
T
T
 
P
F
 
Y
A
 
K
S
 
E
G
 
A
A
 
T
A
 
A
H
 
A
A
 
E
T
 
L
A
 
A
-
 
D
-
 
R
-
 
R
-
 
V
-
 
D
E
 
E
G
 
M
L
 
I
W
 
R
F
 
F
L
 
A
D
 
D
A
 
P
D
 
S
G
 
G
N
 
N
L
 
C
I
 
L
Q
 
E
V
 
V
K
 
F
I
 
H
G
 
G
P
 
T
K
 
A
T
 
L
S
 
E
P
 
H
S
 
-
A
 
-
K
 
-
N
 
-
P
 
-
L
 
-
K
 
R
D
 
R
I
 
V
H
 
V
G
 
S
P
 
P
A
 
Y
D
 
G
M
 
H
R
 
R
G
 
F
A
 
V
A
 
T
F
 
G
R
 
E
D
 
Q
Q
 
G
V
 
M
G
 
G
K
 
-
V
 
-
R
 
-
P
 
-
R
 
-
R
 
-
L
 
-
S
 
-
H
 
H
V
 
V
L
 
V
L
 
L
F
 
S
T
 
T
P
 
R
D
 
D
V
 
D
S
 
A
R
 
E
A
 
A
V
 
L
S
 
H
F
 
F
Y
 
Y
N
 
R
D
 
D
T
 
V
L
 
L
G
 
G
L
 
F
R
 
R
L
 
L
S
 
R
D
 
D
-
 
S
-
 
M
-
 
R
-
 
L
-
 
P
-
 
P
-
 
Q
-
 
M
-
 
V
-
 
G
R
 
R
S
 
P
G
 
A
D
 
D
G
 
G
I
 
P
A
 
P
F
 
A
L
 
W
H
 
L
A
 
R
P
 
F
H
 
F
G
 
G
C
 
C
D
 
N
-
 
P
-
 
R
H
 
H
H
|
H
L
 
S
L
 
L
A
 
A
F
 
F
A
 
L
-
 
P
K
 
M
S
 
P
S
 
T
A
 
S
R
 
S
G
 
G
W
 
I
H
 
V
H
|
H
A
 
L
A
 
M
W
 
V
D
 
E
V
 
V
A
 
E
S
 
Q
V
 
A
D
 
D
E
 
D
V
 
V
G
 
G
Q
 
L
G
 
C
A
 
L
G
 
D
Q
 
R
M
 
A
A
 
L
V
 
R
A
 
R
G
 
K
Y
 
V
K
 
P
E
 
M
G
 
S
W
 
A
G
 
T
T
 
L
G
 
G
R
 
R
H
 
H
V
 
V
L
 
N
G
x
D
S
 
L
N
 
M
F
 
L
F
 
S
H
 
F
Y
|
Y
V
 
M
R
 
K
D
 
T
P
 
P
W
 
G
G
 
G
S
 
F
F
 
D
C
 
I
E
 
E
Y
 
F
S
 
G
A
 
C
D
 
E

1lkdA Crystal structure of 2,3-dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase (dhbd) complexed with 2',6'-dicl dihydroxybiphenyl (dhb) (see paper)
32% identity, 36% coverage: 159:270/312 of query aligns to 143:260/287 of 1lkdA

query
sites
1lkdA
L
 
L
S
 
G
H
|
H
V
 
F
L
x
V
L
 
R
F
 
C
T
 
V
P
 
P
D
 
D
V
 
S
S
 
D
R
 
K
A
 
A
V
 
L
S
 
A
F
 
F
Y
 
Y
N
 
T
D
 
D
T
 
V
L
 
L
G
 
G
L
 
F
R
x
Q
L
 
L
S
 
S
D
 
D
-
 
V
-
 
I
-
 
D
-
x
M
R
 
K
S
 
M
G
 
G
D
 
P
G
 
D
I
 
V
A
 
T
-
 
V
-
 
P
-
 
A
-
 
Y
F
|
F
L
 
L
H
|
H
A
 
C
P
 
N
H
 
E
G
 
-
C
 
-
D
 
R
H
 
H
H
|
H
L
 
T
L
 
L
A
 
A
F
 
I
A
 
A
K
 
A
S
x
F
S
 
P
A
x
L
-
x
P
R
x
K
G
 
R
W
 
I
H
 
H
H
|
H
A
 
F
A
 
M
W
 
L
D
 
E
V
 
V
A
 
A
S
 
S
V
 
L
D
 
D
E
 
D
V
 
V
G
 
G
Q
 
F
G
 
A
A
 
F
G
 
D
Q
 
R
M
 
V
A
 
D
V
 
A
A
 
D
G
 
G
Y
 
L
K
 
I
E
 
T
G
 
S
W
 
-
G
 
T
T
 
L
G
 
G
R
 
R
H
|
H
V
 
T
L
x
N
G
 
D
S
 
H
N
 
M
F
 
V
F
 
S
H
 
F
Y
|
Y
V
 
A
R
 
S
D
 
T
P
 
P
W
x
S
G
|
G
S
 
V
F
x
E
C
 
V
E
|
E
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

1lgtA Crystal structure of 2,3-dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase (dhbd) complexed with 2'-cl dihydroxybiphenyl (dhb) (see paper)
32% identity, 36% coverage: 159:270/312 of query aligns to 143:260/287 of 1lgtA

query
sites
1lgtA
L
 
L
S
 
G
H
|
H
V
 
F
L
x
V
L
 
R
F
 
C
T
 
V
P
 
P
D
 
D
V
 
S
S
 
D
R
 
K
A
 
A
V
 
L
S
 
A
F
 
F
Y
 
Y
N
 
T
D
 
D
T
 
V
L
 
L
G
 
G
L
 
F
R
x
Q
L
 
L
S
 
S
D
 
D
-
 
V
-
 
I
-
 
D
-
x
M
R
 
K
S
 
M
G
 
G
D
 
P
G
 
D
I
 
V
A
 
T
-
 
V
-
 
P
-
 
A
-
 
Y
F
|
F
L
 
L
H
|
H
A
 
C
P
 
N
H
 
E
G
 
-
C
 
-
D
 
R
H
 
H
H
|
H
L
 
T
L
 
L
A
 
A
F
 
I
A
 
A
K
 
A
S
x
F
S
 
P
A
x
L
-
x
P
R
x
K
G
 
R
W
 
I
H
 
H
H
|
H
A
 
F
A
 
M
W
 
L
D
 
E
V
 
V
A
 
A
S
 
S
V
 
L
D
 
D
E
 
D
V
 
V
G
 
G
Q
 
F
G
 
A
A
 
F
G
 
D
Q
 
R
M
 
V
A
 
D
V
 
A
A
 
D
G
 
G
Y
 
L
K
 
I
E
 
T
G
 
S
W
 
-
G
 
T
T
 
L
G
 
G
R
 
R
H
|
H
V
 
T
L
x
N
G
 
D
S
 
H
N
 
M
F
 
V
F
 
S
H
 
F
Y
|
Y
V
 
A
R
 
S
D
 
T
P
 
P
W
 
S
G
|
G
S
 
V
F
x
E
C
 
V
E
|
E
Y
 
Y

1hanA Crystal structure of the biphenyl-cleaving extradiol dioxygenase from a pcb-degrading pseudomonad (see paper)
32% identity, 36% coverage: 159:270/312 of query aligns to 143:260/287 of 1hanA

query
sites
1hanA
L
 
L
S
 
G
H
|
H
V
 
F
L
 
V
L
 
R
F
 
C
T
 
V
P
 
P
D
 
D
V
 
S
S
 
D
R
 
K
A
 
A
V
 
L
S
 
A
F
 
F
Y
 
Y
N
 
T
D
 
D
T
 
V
L
 
L
G
 
G
L
 
F
R
x
Q
L
 
L
S
 
S
D
 
D
-
 
V
-
 
I
-
 
D
-
 
M
R
 
K
S
 
M
G
 
G
D
 
P
G
 
D
I
 
V
A
 
T
-
 
V
-
 
P
-
 
A
-
 
Y
F
 
F
L
 
L
H
|
H
A
 
C
P
 
N
H
 
E
G
 
-
C
 
-
D
 
R
H
 
H
H
 
H
L
 
T
L
 
L
A
 
A
F
 
I
A
 
A
K
 
A
S
 
F
S
 
P
A
 
L
-
 
P
R
 
K
G
 
R
W
 
I
H
 
H
H
|
H
A
 
F
A
 
M
W
 
L
D
 
E
V
 
V
A
 
A
S
 
S
V
 
L
D
 
D
E
 
D
V
 
V
G
 
G
Q
 
F
G
 
A
A
 
F
G
 
D
Q
 
R
M
 
V
A
 
D
V
 
A
A
 
D
G
 
G
Y
 
L
K
 
I
E
 
T
G
 
S
W
 
-
G
 
T
T
 
L
G
 
G
R
 
R
H
 
H
V
 
T
L
 
N
G
 
D
S
 
H
N
 
M
F
 
V
F
 
S
H
 
F
Y
 
Y
V
 
A
R
 
S
D
 
T
P
 
P
W
 
S
G
 
G
S
 
V
F
 
E
C
 
V
E
|
E
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

1knfA Crystal structure of 2,3-dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase complexed with 3-methyl catechol under anaerobic condition (see paper)
33% identity, 36% coverage: 159:270/312 of query aligns to 143:260/288 of 1knfA

query
sites
1knfA
L
 
L
S
 
G
H
|
H
V
 
F
L
 
V
L
 
R
F
 
C
T
 
V
P
 
P
D
 
D
V
 
S
S
 
D
R
 
K
A
 
A
V
 
L
S
 
A
F
 
F
Y
 
Y
N
 
T
D
 
D
T
 
V
L
 
L
G
 
G
L
 
F
R
x
Q
L
 
L
S
 
S
D
 
D
-
 
V
-
 
I
-
 
D
-
 
M
R
 
K
S
 
M
G
 
G
D
 
P
G
 
D
I
 
V
A
 
T
-
 
V
-
 
P
-
 
A
-
 
Y
F
|
F
L
 
L
H
|
H
A
 
-
P
 
-
H
 
-
G
 
-
C
 
C
D
 
N
-
 
E
-
 
R
H
 
H
H
 
H
L
 
T
L
 
L
A
 
A
F
 
I
A
 
A
K
 
A
S
 
F
S
 
P
A
 
L
-
 
P
R
 
K
G
 
R
W
 
I
H
 
H
H
|
H
A
 
F
A
 
M
W
 
L
D
 
E
V
 
V
A
 
A
S
 
S
V
 
L
D
 
D
E
 
D
V
 
V
G
 
G
Q
 
F
G
 
A
A
 
F
G
 
D
Q
 
R
M
 
V
A
 
D
V
 
A
A
 
D
G
 
G
Y
 
L
K
 
I
E
 
T
G
 
S
W
 
-
G
 
T
T
 
L
G
 
G
R
 
R
H
|
H
V
 
T
L
x
N
G
 
D
S
 
H
N
 
M
F
 
V
F
 
S
H
 
F
Y
|
Y
V
 
A
R
 
S
D
 
T
P
 
P
W
 
S
G
 
G
S
 
V
F
 
E
C
 
V
E
|
E
Y
 
Y

1kndA Crystal structure of 2,3-dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase complexed with catechol under anaerobic condition (see paper)
33% identity, 36% coverage: 159:270/312 of query aligns to 143:260/288 of 1kndA

query
sites
1kndA
L
 
L
S
 
G
H
|
H
V
 
F
L
 
V
L
 
R
F
 
C
T
 
V
P
 
P
D
 
D
V
 
S
S
 
D
R
 
K
A
 
A
V
 
L
S
 
A
F
 
F
Y
 
Y
N
 
T
D
 
D
T
 
V
L
 
L
G
 
G
L
 
F
R
x
Q
L
 
L
S
 
S
D
 
D
-
 
V
-
 
I
-
 
D
-
 
M
R
 
K
S
 
M
G
 
G
D
 
P
G
 
D
I
 
V
A
 
T
-
 
V
-
 
P
-
 
A
-
 
Y
F
|
F
L
 
L
H
|
H
A
 
-
P
 
-
H
 
-
G
 
-
C
 
C
D
 
N
-
 
E
-
 
R
H
 
H
H
|
H
L
 
T
L
 
L
A
 
A
F
 
I
A
 
A
K
 
A
S
 
F
S
 
P
A
 
L
-
 
P
R
 
K
G
 
R
W
 
I
H
 
H
H
|
H
A
 
F
A
 
M
W
 
L
D
 
E
V
 
V
A
 
A
S
 
S
V
 
L
D
 
D
E
 
D
V
 
V
G
 
G
Q
 
F
G
 
A
A
 
F
G
 
D
Q
 
R
M
 
V
A
 
D
V
 
A
A
 
D
G
 
G
Y
 
L
K
 
I
E
 
T
G
 
S
W
 
-
G
 
T
T
 
L
G
 
G
R
 
R
H
|
H
V
 
T
L
x
N
G
 
D
S
 
H
N
 
M
F
 
V
F
 
S
H
 
F
Y
|
Y
V
 
A
R
 
S
D
 
T
P
 
P
W
 
S
G
 
G
S
 
V
F
 
E
C
 
V
E
|
E
Y
 
Y

1kmyA Crystal structure of 2,3-dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase complexed with 2,3-dihydroxybiphenyl under anaerobic condition (see paper)
33% identity, 36% coverage: 159:270/312 of query aligns to 143:260/288 of 1kmyA

query
sites
1kmyA
L
 
L
S
 
G
H
|
H
V
 
F
L
 
V
L
 
R
F
 
C
T
 
V
P
 
P
D
 
D
V
 
S
S
 
D
R
 
K
A
 
A
V
 
L
S
 
A
F
 
F
Y
 
Y
N
 
T
D
 
D
T
 
V
L
 
L
G
 
G
L
 
F
R
 
Q
L
 
L
S
 
S
D
 
D
-
 
V
-
 
I
-
 
D
-
 
M
R
 
K
S
 
M
G
 
G
D
 
P
G
 
D
I
 
V
A
 
T
-
 
V
-
 
P
-
 
A
-
 
Y
F
|
F
L
 
L
H
 
H
A
 
-
P
 
-
H
 
-
G
 
-
C
 
C
D
 
N
-
 
E
-
 
R
H
 
H
H
|
H
L
 
T
L
 
L
A
 
A
F
 
I
A
 
A
K
 
A
S
 
F
S
 
P
A
 
L
-
 
P
R
 
K
G
 
R
W
 
I
H
 
H
H
|
H
A
 
F
A
 
M
W
 
L
D
 
E
V
 
V
A
 
A
S
 
S
V
 
L
D
 
D
E
 
D
V
 
V
G
 
G
Q
 
F
G
 
A
A
 
F
G
 
D
Q
 
R
M
 
V
A
 
D
V
 
A
A
 
D
G
 
G
Y
 
L
K
 
I
E
 
T
G
 
S
W
 
-
G
 
T
T
 
L
G
 
G
R
 
R
H
|
H
V
 
T
L
x
N
G
 
D
S
 
H
N
 
M
F
 
V
F
 
S
H
 
F
Y
|
Y
V
 
A
R
 
S
D
 
T
P
 
P
W
 
S
G
 
G
S
 
V
F
 
E
C
 
V
E
|
E
Y
 
Y

Query Sequence

>RR42_RS34600 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS34600
MEDNNEAREREPAVHSLDHYALTVPDLSAAEHFLGAFGLTVVRQDDTLEVLAQDGWVWAR
YFPGERKALAYLSFNCFAGDFEGIRRKLLAANVTFASGAAHATAEGLWFLDADGNLIQVK
IGPKTSPSAKNPLKDIHGPADMRGAAFRDQVGKVRPRRLSHVLLFTPDVSRAVSFYNDTL
GLRLSDRSGDGIAFLHAPHGCDHHLLAFAKSSARGWHHAAWDVASVDEVGQGAGQMAVAG
YKEGWGTGRHVLGSNFFHYVRDPWGSFCEYSADIDYISAGHAWPAGDYPPEDSLYQWGPD
VPPYFIHNTEAE

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory