SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing RR42_RS34615 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS34615 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 5 hits to proteins with known functional sites (download)

3nojA The structure of hmg/cha aldolase from the protocatechuate degradation pathway of pseudomonas putida (see paper)
36% identity, 89% coverage: 25:230/232 of query aligns to 20:226/235 of 3nojA

query
sites
3nojA
D
 
D
I
 
S
V
 
I
A
 
D
A
 
A
F
 
L
R
 
G
E
 
R
M
 
L
P
 
G
V
 
V
A
 
A
A
 
T
I
 
V
G
 
H
D
 
E
A
 
A
M
 
Q
S
 
N
R
 
R
N
 
K
I
 
-
G
 
-
T
 
-
I
 
-
G
 
G
L
 
L
R
 
L
P
 
S
Y
 
S
H
 
K
S
 
M
R
 
R
P
 
P
-
 
I
-
 
Q
-
 
Q
D
 
G
T
 
T
V
 
S
L
 
L
C
 
A
G
 
G
P
 
S
A
 
A
V
 
V
T
 
T
V
 
V
R
 
L
V
 
V
R
 
A
P
 
P
G
 
G
D
 
D
N
 
N
L
 
W
M
 
M
I
 
F
H
 
H
K
 
V
A
 
A
L
 
V
M
 
E
M
 
Q
V
 
C
R
 
R
P
 
P
G
 
G
D
 
D
V
 
V
L
 
L
V
 
V
I
 
V
D
 
S
G
 
P
G
 
S
G
 
S
D
 
P
I
 
C
T
 
T
Q
 
D
A
 
G
L
x
Y
V
x
F
G
|
G
G
x
D
L
|
L
M
x
L
R
 
A
T
 
T
T
 
S
C
 
L
V
 
Q
A
 
A
R
 
R
Q
 
G
L
 
V
G
 
R
G
 
A
L
 
L
V
 
I
I
 
V
D
 
D
G
 
A
A
 
G
V
 
V
R
|
R
D
|
D
V
 
T
L
 
Q
E
 
T
W
 
L
A
 
R
E
 
D
D
 
M
G
 
G
M
 
F
P
 
A
I
 
V
F
 
W
A
 
A
R
 
R
G
 
A
H
 
I
T
 
N
H
 
A
R
 
Q
G
 
G
P
 
T
S
 
V
K
 
K
D
 
E
G
 
T
P
 
L
G
 
G
E
 
S
V
 
V
N
 
N
V
 
L
P
 
P
V
 
V
S
 
I
C
 
C
A
 
G
G
 
G
M
 
Q
A
 
L
V
 
I
M
 
N
P
 
P
G
 
G
D
 
D
L
 
I
I
 
V
V
 
V
G
 
A
D
 
D
A
 
D
D
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
V
A
 
V
V
 
V
P
 
R
A
 
R
A
 
D
E
 
E
A
 
C
A
 
E
D
 
S
L
 
T
L
 
L
-
 
V
-
 
A
Q
 
A
R
 
A
T
 
E
R
 
R
A
 
A
H
 
G
L
 
L
R
 
E
K
 
E
E
 
E
A
 
K
K
 
R
I
 
L
R
 
R
A
 
L
D
 
A
N
 
A
A
 
G
A
 
E
G
 
L
T
 
G
S
 
L
D
 
D
P
 
I
E
 
Y
R
 
K
F
 
M
D
 
R
A
 
E
A
 
R
L
 
L
R
 
E
A
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L

A5W059 4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate aldolase/4-carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate aldolase; HMG/CHA aldolase; Oxaloacetate decarboxylase; OAA decarboxylase; EC 4.1.3.17; EC 4.1.1.112 from Pseudomonas putida (strain ATCC 700007 / DSM 6899 / BCRC 17059 / F1) (see paper)
36% identity, 89% coverage: 25:230/232 of query aligns to 21:227/238 of A5W059

query
sites
A5W059
D
 
D
I
 
S
V
 
I
A
 
D
A
 
A
F
 
L
R
 
G
E
 
R
M
 
L
P
 
G
V
 
V
A
 
A
A
 
T
I
 
V
G
 
H
D
 
E
A
 
A
M
 
Q
S
 
N
R
 
R
N
 
K
I
 
-
G
 
-
T
 
-
I
 
-
G
 
G
L
 
L
R
 
L
P
 
S
Y
 
S
H
 
K
S
 
M
R
 
R
P
 
P
-
 
I
-
 
Q
-
 
Q
D
 
G
T
 
T
V
 
S
L
 
L
C
 
A
G
 
G
P
 
S
A
 
A
V
 
V
T
 
T
V
 
V
R
 
L
V
 
V
R
 
A
P
 
P
G
 
G
D
 
D
N
 
N
L
 
W
M
 
M
I
 
F
H
 
H
K
 
V
A
 
A
L
 
V
M
 
E
M
 
Q
V
 
C
R
 
R
P
 
P
G
 
G
D
 
D
V
 
V
L
 
L
V
 
V
I
 
V
D
 
S
G
 
P
G
 
S
G
 
S
D
 
P
I
 
C
T
 
T
Q
 
D
A
 
G
L
 
Y
V
 
F
G
|
G
G
x
D
L
|
L
M
x
L
R
 
A
T
 
T
T
 
S
C
 
L
V
 
Q
A
 
A
R
 
R
Q
 
G
L
 
V
G
 
R
G
 
A
L
 
L
V
 
I
I
 
V
D
 
D
G
 
A
A
 
G
V
 
V
R
|
R
D
|
D
V
 
T
L
 
Q
E
 
T
W
 
L
A
 
R
E
 
D
D
 
M
G
 
G
M
 
F
P
 
A
I
 
V
F
 
W
A
 
A
R
 
R
G
 
A
H
 
I
T
 
N
H
 
A
R
 
Q
G
 
G
P
 
T
S
 
V
K
 
K
D
 
E
G
 
T
P
 
L
G
 
G
E
 
S
V
 
V
N
 
N
V
 
L
P
 
P
V
 
V
S
 
I
C
 
C
A
 
G
G
 
G
M
 
Q
A
 
L
V
 
I
M
 
N
P
 
P
G
 
G
D
 
D
L
 
I
I
 
V
V
 
V
G
 
A
D
 
D
A
 
D
D
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
V
A
 
V
V
 
V
P
 
R
A
 
R
A
 
D
E
 
E
A
 
C
A
 
E
D
 
S
L
 
T
L
 
L
-
 
V
-
 
A
Q
 
A
R
 
A
T
 
E
R
 
R
A
 
A
H
 
G
L
 
L
R
 
E
K
 
E
E
 
E
A
 
K
K
 
R
I
 
L
R
 
R
A
 
L
D
 
A
N
 
A
A
 
G
A
 
E
G
 
L
T
 
G
S
 
L
D
 
D
P
 
I
E
 
Y
R
 
K
F
 
M
D
 
R
A
 
E
A
 
R
L
 
L
R
 
E
A
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L

1nxjA Structure of rv3853 from mycobacterium tuberculosis (see paper)
32% identity, 68% coverage: 29:185/232 of query aligns to 3:156/156 of 1nxjA

query
sites
1nxjA
A
 
S
F
 
F
R
 
R
E
 
-
M
 
-
P
 
P
V
 
T
A
 
A
A
 
D
I
 
L
G
 
V
D
 
D
A
 
D
M
 
I
S
 
G
R
 
P
N
 
D
I
 
V
G
 
R
T
 
S
I
 
C
G
 
D
L
 
L
R
x
Q
P
x
F
Y
 
R
H
 
Q
S
 
F
R
 
G
P
 
G
D
 
R
T
 
S
V
 
Q
L
 
F
C
 
A
G
 
G
P
 
P
A
 
I
V
 
S
T
 
T
V
 
V
R
 
R
V
 
C
R
 
F
P
 
Q
G
 
-
D
 
D
N
 
N
L
 
A
M
 
L
I
 
L
H
 
K
K
 
S
A
 
V
L
 
L
M
 
S
M
 
Q
V
 
P
R
 
S
P
 
A
G
 
G
D
 
G
V
 
V
L
 
L
V
 
V
I
 
I
D
 
D
G
 
G
G
 
A
G
 
G
D
 
S
I
 
L
T
 
H
Q
 
T
A
 
A
L
 
L
V
 
V
G
 
G
G
 
D
L
 
V
M
 
I
R
 
A
T
 
E
T
 
L
C
 
A
V
 
R
A
 
S
R
 
T
Q
 
G
L
 
W
G
 
T
G
 
G
L
 
L
V
 
I
I
 
V
D
 
H
G
 
G
A
 
A
V
 
V
R
 
R
D
 
D
V
 
A
L
 
A
E
 
A
W
 
L
A
 
R
E
 
G
D
 
I
G
 
D
M
 
I
P
 
G
I
 
I
F
x
K
A
 
A
R
 
L
G
 
G
H
 
T
T
 
N
H
 
P
R
 
R
G
 
K
P
 
S
S
 
T
K
 
K
D
 
T
G
 
G
P
 
A
G
 
G
E
 
E
V
 
R
N
 
D
V
 
V
P
 
E
V
 
I
S
 
T
C
 
L
A
 
G
G
 
G
M
 
V
A
 
T
V
 
F
M
 
V
P
 
P
G
 
G
D
 
D
L
 
I
I
 
A
V
 
Y
G
 
S
D
 
D
A
x
D
D
 
D
G
 
G
V
 
I
I
 
I
A
 
V
V
 
V

3k4iA Crystal structure of uncharacterized protein pspto_3204 from pseudomonas syringae pv. Tomato str. Dc3000
29% identity, 69% coverage: 58:216/232 of query aligns to 43:196/202 of 3k4iA

query
sites
3k4iA
P
 
P
D
 
G
T
 
T
V
 
R
L
 
C
C
 
V
G
 
G
P
 
I
A
 
A
V
 
F
T
 
T
V
 
V
R
 
Q
V
 
Y
R
 
Q
P
 
P
G
 
V
D
 
N
N
 
-
L
 
-
M
 
-
I
 
-
H
 
-
K
 
-
A
 
Y
L
 
I
M
 
D
M
 
Q
V
 
V
R
 
P
P
 
S
G
 
G
D
 
S
V
 
V
L
 
I
V
 
V
I
 
S
D
 
S
G
 
N
G
 
S
G
 
G
D
 
R
I
 
H
T
 
D
Q
 
C
A
 
T
L
 
V
V
 
W
G
 
G
G
x
D
L
 
I
M
 
M
R
 
T
T
 
H
T
 
F
C
 
A
V
 
L
A
 
A
R
 
N
Q
 
G
L
 
I
G
 
K
G
 
G
L
 
T
V
 
V
I
 
I
D
 
D
G
 
G
A
 
V
V
 
A
R
 
R
D
|
D
V
 
I
L
 
D
E
 
T
W
 
V
A
 
I
E
 
N
D
 
C
G
 
N
M
 
Y
P
 
P
I
 
L
F
 
F
A
 
S
R
 
R
G
 
G
-
 
R
H
 
F
T
 
M
H
 
Q
R
 
S
G
 
A
P
 
K
S
 
N
K
 
R
D
 
T
G
 
Q
P
 
L
G
 
K
E
 
A
V
 
V
N
 
Q
V
 
V
P
 
P
V
 
L
S
 
V
C
 
I
A
 
D
G
 
G
M
 
I
A
 
T
V
 
I
M
 
Q
P
 
P
G
 
G
D
 
D
L
 
L
I
 
M
V
 
V
G
 
C
D
 
D
A
 
G
D
 
S
G
 
G
V
 
C
I
 
V
A
 
V
V
 
V
P
 
P
A
 
Q
A
 
Q
E
 
L
A
 
A
A
 
A
D
 
E
L
 
V
L
 
V
Q
 
L
R
 
R
T
 
A
R
 
R
A
 
A
H
 
V
L
 
E
R
 
Q
K
 
T
E
 
E
A
 
R
K
 
R
I
 
I
R
 
I
A
 
E
D
 
A
N
 
I
A
 
S
A
 
S
G
 
G
T
 
S
S
 
T

2yjvC Crystal structure of e. Coli regulator of ribonuclease activity a (rraa) bound to fragment of dead-box protein rhlb (see paper)
35% identity, 52% coverage: 64:183/232 of query aligns to 33:151/158 of 2yjvC

query
sites
2yjvC
G
 
G
P
 
Q
A
 
I
V
 
I
T
 
T
V
 
V
R
 
K
V
 
C
R
 
F
P
 
E
G
 
-
D
 
D
N
 
N
L
 
G
M
x
L
I
 
L
H
 
Y
K
 
D
A
 
L
L
 
L
M
 
E
M
 
Q
V
 
N
R
 
G
P
 
R
G
 
G
D
 
R
V
 
V
L
 
L
V
 
V
I
 
V
D
 
D
G
 
G
G
 
G
G
 
G
D
 
S
I
 
V
T
 
R
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
V
G
 
D
G
 
A
L
 
E
M
 
L
R
 
A
T
 
R
T
 
L
C
 
A
V
 
V
A
 
Q
R
 
N
Q
 
E
L
 
W
G
 
E
G
 
G
L
 
L
V
 
V
I
 
I
D
 
Y
G
 
G
A
 
A
V
 
V
R
 
R
D
 
Q
V
 
V
L
 
D
E
 
D
W
 
L
A
 
E
E
 
E
D
 
L
G
 
D
M
 
I
P
 
G
I
 
I
F
 
Q
A
 
A
R
 
M
G
 
A
H
 
A
T
 
I
H
 
P
R
 
V
G
 
G
P
 
A
S
 
A
K
 
G
D
 
E
G
 
G
P
 
I
G
|
G
E
|
E
V
x
S
N
x
D
V
 
V
P
 
R
V
 
V
S
 
N
C
 
F
A
 
G
G
 
G
M
 
V
A
 
T
V
 
F
M
x
F
P
x
S
G
 
G
D
 
D
L
 
H
I
 
L
V
 
Y
G
 
A
D
 
D
A
 
N
D
 
T
G
 
G
V
 
I
I
 
I

Query Sequence

>RR42_RS34615 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS34615
MSNEATQAWPAGYRINPCAAGPAPDIVAAFREMPVAAIGDAMSRNIGTIGLRPYHSRPDT
VLCGPAVTVRVRPGDNLMIHKALMMVRPGDVLVIDGGGDITQALVGGLMRTTCVARQLGG
LVIDGAVRDVLEWAEDGMPIFARGHTHRGPSKDGPGEVNVPVSCAGMAVMPGDLIVGDAD
GVIAVPAAEAADLLQRTRAHLRKEAKIRADNAAGTSDPERFDAALRAKGLPV

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory