SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing RR42_RS36370 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS36370 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3na8A Crystal structure of a putative dihydrodipicolinate synthetase from pseudomonas aeruginosa
29% identity, 90% coverage: 5:280/308 of query aligns to 2:273/291 of 3na8A

query
sites
3na8A
A
 
S
I
 
I
H
 
H
W
 
-
S
 
-
G
 
G
V
 
I
F
 
I
P
 
G
A
 
Y
V
 
T
S
 
I
T
 
T
Q
 
P
F
 
F
K
 
A
A
 
A
D
 
D
Y
 
G
S
 
G
L
 
L
D
 
D
I
 
L
E
 
P
A
 
A
T
 
L
H
 
G
K
 
R
V
 
S
M
 
I
C
 
E
N
 
R
L
 
L
V
 
I
A
 
D
D
 
G
G
 
G
V
 
V
C
 
H
G
 
A
L
 
I
V
 
A
V
 
P
C
 
L
G
 
G
T
x
S
V
 
T
G
 
G
E
 
E
N
 
G
T
 
A
S
 
Y
M
 
L
S
 
S
A
 
D
R
 
P
E
 
E
K
 
W
L
 
D
A
 
E
V
 
V
I
 
V
E
 
D
A
 
F
A
 
T
K
 
L
D
 
K
A
 
T
A
 
V
R
 
A
G
 
H
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
T
I
 
I
A
 
V
G
 
S
I
 
V
A
 
S
E
 
D
F
 
L
T
 
T
T
 
T
A
 
A
F
 
K
A
 
T
R
 
V
D
 
R
M
 
R
V
 
A
T
 
Q
E
 
F
A
 
A
A
 
E
R
 
S
A
 
L
G
 
G
V
 
A
D
 
E
G
 
A
V
 
V
M
 
M
V
 
V
M
 
L
P
 
P
A
 
I
L
 
S
V
x
Y
Y
 
W
S
 
K
A
 
L
K
 
N
P
 
E
H
 
A
E
 
E
A
 
V
A
 
F
A
 
Q
H
 
H
F
 
Y
R
 
R
D
 
A
I
 
V
A
 
G
T
 
E
A
 
A
T
 
I
D
 
G
L
 
V
P
 
P
V
 
V
M
 
M
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
N
P
 
P
P
 
G
V
x
T
Y
 
S
R
 
G
S
 
I
D
 
D
I
 
M
T
 
S
P
 
V
D
 
E
I
 
L
L
 
I
V
 
L
S
 
R
L
 
I
A
x
V
-
 
R
D
 
E
C
x
V
E
x
D
N
 
N
I
x
V
V
 
T
C
 
M
F
 
V
K
|
K
D
 
E
S
 
S
S
 
T
G
 
G
D
 
D
T
 
I
R
 
Q
R
 
R
F
 
M
I
 
H
D
 
K
L
 
L
R
 
R
N
 
L
A
 
L
V
 
G
G
 
E
D
 
G
R
 
R
F
 
V
V
 
P
L
 
F
F
 
Y
A
 
N
G
 
G
L
 
C
D
 
N
D
 
P
V
 
L
V
 
A
L
 
L
E
 
E
S
 
A
I
 
F
A
 
V
V
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
K
G
 
G
W
 
W
I
x
C
S
 
S
G
 
A
M
 
A
S
 
P
N
 
N
A
 
L
F
 
I
P
 
P
K
 
T
E
 
L
G
 
N
E
 
G
T
 
Q
L
 
L
F
 
Y
R
 
Q
L
 
A
A
 
V
R
 
L
Q
 
D
R
 
G
R
 
D
F
 
L
D
 
E
E
 
K
A
 
A
L
 
R
A
 
A
L
 
L
Y
 
F
R
 
Y
W
 
R
F
 
Q
M
 
L
P
 
P
L
 
L
L
 
L
H
 
D
L
 
F
D
 
I
A
 
L
R
 
R
P
 
R
D
 
G
L
 
L
V
 
P
Q
 
T
C
 
T
I
 
I
K
 
K
L
 
A
C
 
G
E
 
L
E
 
G
L
 
L
T
 
S
G
 
G
R
 
L
G
 
E
S
 
V
A
 
G
V
 
A
T
 
-
R
 
-
P
 
-
P
 
P
R
 
R
M
 
L
P
 
P
L
 
V
Q
 
Q

4ptnA Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein in complex with magnesium cation coordinated l-glyceraldehyde (see paper)
30% identity, 88% coverage: 8:279/308 of query aligns to 3:280/298 of 4ptnA

query
sites
4ptnA
W
 
F
S
 
T
G
 
G
V
 
I
F
 
I
P
 
P
A
x
P
V
 
V
S
 
S
T
 
T
Q
 
I
F
 
F
K
 
T
A
 
A
D
 
D
Y
 
G
S
 
Q
L
 
L
D
 
D
I
 
K
E
 
P
A
 
G
T
 
T
H
 
A
K
 
A
V
 
L
M
 
I
C
 
D
N
 
D
L
 
L
V
 
I
A
 
K
D
 
A
G
 
G
V
 
V
C
 
D
G
 
G
L
 
L
V
 
F
V
 
F
C
 
L
G
 
G
T
x
S
V
x
G
G
 
G
E
 
E
N
 
F
T
 
S
S
 
Q
M
 
L
S
 
G
A
 
A
R
 
E
E
 
E
K
 
R
L
 
K
A
 
A
V
 
I
I
 
A
E
 
R
A
 
F
A
 
A
K
 
I
D
 
D
A
 
H
A
 
V
R
 
D
G
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
L
A
 
I
G
 
G
I
 
T
A
 
G
E
 
G
F
 
T
T
 
N
T
 
A
A
 
R
F
 
E
A
 
T
R
 
I
D
 
E
M
 
L
V
 
S
T
 
Q
E
 
H
A
 
A
A
 
Q
R
 
Q
A
 
A
G
 
G
V
 
A
D
 
D
G
 
G
V
 
I
M
 
V
V
 
V
M
 
I
P
 
N
A
 
P
L
 
Y
V
x
Y
Y
 
W
S
 
K
A
 
V
K
 
S
P
 
E
H
 
A
E
 
N
A
 
L
A
 
I
A
 
R
H
 
Y
F
 
F
R
 
E
D
 
Q
I
 
V
A
 
A
T
 
D
A
 
S
T
 
V
D
 
T
L
 
L
P
 
P
V
 
V
M
 
M
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
F
P
 
P
P
 
A
V
x
L
Y
 
T
R
 
G
S
 
Q
D
 
D
I
 
L
T
 
T
P
 
P
D
 
A
I
 
L
L
 
V
V
 
K
S
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
C
 
S
-
 
R
E
 
S
N
 
N
I
 
I
V
 
I
C
 
G
F
 
I
K
|
K
-
 
D
-
 
T
-
 
I
D
 
D
S
 
S
S
 
V
G
 
A
D
 
H
T
 
L
R
 
R
R
 
S
F
 
M
I
 
I
D
 
H
L
 
T
R
 
V
N
 
K
A
 
G
V
 
A
G
 
H
D
 
P
R
 
H
F
 
F
V
 
T
L
 
V
F
 
L
A
 
C
G
|
G
L
x
Y
D
 
D
D
 
D
V
 
H
V
 
L
L
 
F
E
 
N
S
 
T
I
 
L
A
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
G
D
 
D
G
 
G
W
 
A
I
|
I
S
 
S
G
x
A
M
 
S
S
 
G
N
 
N
A
 
F
F
 
A
P
 
P
K
 
Q
E
 
V
G
 
S
E
 
V
T
 
N
L
 
L
F
 
L
R
 
K
L
 
A
A
 
W
R
 
R
Q
 
D
R
 
G
R
 
D
F
 
V
D
 
A
E
 
K
A
 
A
L
 
A
A
 
G
L
 
Y
Y
 
H
R
 
Q
W
 
T
F
 
L
M
 
L
-
 
Q
-
 
I
P
 
P
L
 
Q
L
 
M
H
 
Y
L
 
Q
D
 
L
A
 
D
R
 
T
P
 
P
D
 
-
L
 
F
V
 
V
Q
 
N
C
 
V
I
 
I
K
 
K
L
 
E
C
 
A
E
 
I
E
 
V
L
 
L
T
 
C
G
 
G
R
 
R
G
 
P
-
 
V
S
 
S
A
 
T
V
 
H
T
 
V
R
 
L
P
 
P
P
 
P
R
 
A
M
 
S
P
 
P
L
 
L

4onvA Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein in complex with 2- keto-3-deoxy gluconate
30% identity, 88% coverage: 8:279/308 of query aligns to 3:280/298 of 4onvA

query
sites
4onvA
W
 
F
S
 
T
G
 
G
V
 
I
F
 
I
P
 
P
A
x
P
V
 
V
S
 
S
T
 
T
Q
 
I
F
 
F
K
 
T
A
 
A
D
 
D
Y
 
G
S
 
Q
L
 
L
D
 
D
I
 
K
E
 
P
A
 
G
T
 
T
H
 
A
K
 
A
V
 
L
M
 
I
C
 
D
N
 
D
L
 
L
V
 
I
A
 
K
D
 
A
G
 
G
V
 
V
C
 
D
G
 
G
L
 
L
V
x
F
V
 
F
C
 
L
G
|
G
T
x
S
V
 
G
G
 
G
E
 
E
N
 
F
T
 
S
S
 
Q
M
 
L
S
 
G
A
 
A
R
 
E
E
 
E
K
 
R
L
 
K
A
 
A
V
 
I
I
 
A
E
 
R
A
 
F
A
 
A
K
 
I
D
 
D
A
 
H
A
 
V
R
 
D
G
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
L
A
 
I
G
 
G
I
 
T
A
 
G
E
 
G
F
 
T
T
 
N
T
 
A
A
 
R
F
 
E
A
 
T
R
 
I
D
 
E
M
 
L
V
 
S
T
 
Q
E
 
H
A
 
A
A
 
Q
R
 
Q
A
 
A
G
 
G
V
 
A
D
 
D
G
 
G
V
 
I
M
 
V
V
 
V
M
 
I
P
 
N
A
 
P
L
 
Y
V
x
Y
Y
 
W
S
 
K
A
 
V
K
 
S
P
 
E
H
 
A
E
 
N
A
 
L
A
 
I
A
 
R
H
 
Y
F
 
F
R
 
E
D
 
Q
I
 
V
A
 
A
T
 
D
A
 
S
T
 
V
D
 
T
L
 
L
P
 
P
V
 
V
M
 
M
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
F
P
 
P
P
 
A
V
x
L
Y
 
T
R
 
G
S
 
Q
D
 
D
I
 
L
T
 
T
P
 
P
D
 
A
I
 
L
L
 
V
V
 
K
S
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
C
 
S
-
 
R
E
 
S
N
 
N
I
 
I
V
 
I
C
 
G
F
 
I
K
|
K
-
 
D
-
 
T
-
 
I
D
 
D
S
 
S
S
 
V
G
 
A
D
 
H
T
 
L
R
 
R
R
 
S
F
 
M
I
 
I
D
 
H
L
 
T
R
 
V
N
 
K
A
 
G
V
 
A
G
 
H
D
 
P
R
 
H
F
 
F
V
 
T
L
 
V
F
 
L
A
 
C
G
|
G
L
x
Y
D
 
D
D
 
D
V
 
H
V
 
L
L
 
F
E
 
N
S
 
T
I
 
L
A
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
G
D
 
D
G
 
G
W
 
A
I
|
I
S
|
S
G
 
A
M
 
S
S
 
G
N
 
N
A
 
F
F
 
A
P
 
P
K
 
Q
E
 
V
G
 
S
E
 
V
T
 
N
L
 
L
F
 
L
R
 
K
L
 
A
A
 
W
R
 
R
Q
 
D
R
 
G
R
 
D
F
 
V
D
 
A
E
 
K
A
 
A
L
 
A
A
 
G
L
 
Y
Y
 
H
R
 
Q
W
 
T
F
 
L
M
 
L
-
 
Q
-
 
I
P
 
P
L
 
Q
L
 
M
H
 
Y
L
 
Q
D
 
L
A
 
D
R
 
T
P
 
P
D
 
-
L
 
F
V
 
V
Q
 
N
C
 
V
I
 
I
K
 
K
L
 
E
C
 
A
E
 
I
E
 
V
L
 
L
T
 
C
G
 
G
R
 
R
G
 
P
-
 
V
S
 
S
A
 
T
V
 
H
T
 
V
R
 
L
P
 
P
P
 
P
R
 
A
M
 
S
P
 
P
L
 
L

4oe7D Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein, in complex with aldol condensed product of pyruvate and glyoxal
30% identity, 88% coverage: 8:279/308 of query aligns to 3:280/298 of 4oe7D

query
sites
4oe7D
W
 
F
S
 
T
G
 
G
V
 
I
F
 
I
P
 
P
A
x
P
V
 
V
S
 
S
T
 
T
Q
 
I
F
 
F
K
 
T
A
 
A
D
 
D
Y
 
G
S
 
Q
L
 
L
D
 
D
I
 
K
E
 
P
A
 
G
T
 
T
H
 
A
K
 
A
V
 
L
M
 
I
C
 
D
N
 
D
L
 
L
V
 
I
A
 
K
D
 
A
G
 
G
V
 
V
C
 
D
G
 
G
L
 
L
V
 
F
V
 
F
C
 
L
G
|
G
T
x
S
V
x
G
G
 
G
E
 
E
N
 
F
T
 
S
S
 
Q
M
 
L
S
 
G
A
 
A
R
 
E
E
 
E
K
 
R
L
 
K
A
 
A
V
 
I
I
 
A
E
 
R
A
 
F
A
 
A
K
 
I
D
 
D
A
 
H
A
 
V
R
 
D
G
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
L
A
 
I
G
 
G
I
 
T
A
 
G
E
 
G
F
 
T
T
 
N
T
 
A
A
 
R
F
 
E
A
 
T
R
 
I
D
 
E
M
 
L
V
 
S
T
 
Q
E
 
H
A
 
A
A
 
Q
R
 
Q
A
 
A
G
 
G
V
 
A
D
 
D
G
 
G
V
 
I
M
 
V
V
 
V
M
 
I
P
 
N
A
 
P
L
 
Y
V
x
Y
Y
 
W
S
 
K
A
 
V
K
 
S
P
 
E
H
 
A
E
 
N
A
 
L
A
 
I
A
 
R
H
 
Y
F
 
F
R
 
E
D
 
Q
I
 
V
A
 
A
T
 
D
A
 
S
T
 
V
D
 
T
L
 
L
P
 
P
V
 
V
M
 
M
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
x
F
P
 
P
P
 
A
V
x
L
Y
 
T
R
 
G
S
 
Q
D
 
D
I
 
L
T
 
T
P
 
P
D
 
A
I
 
L
L
 
V
V
 
K
S
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
C
 
S
-
 
R
E
 
S
N
 
N
I
 
I
V
 
I
C
 
G
F
 
I
K
|
K
-
 
D
-
x
T
-
 
I
D
 
D
S
 
S
S
 
V
G
 
A
D
 
H
T
 
L
R
 
R
R
 
S
F
 
M
I
 
I
D
 
H
L
 
T
R
 
V
N
 
K
A
 
G
V
 
A
G
 
H
D
 
P
R
 
H
F
 
F
V
 
T
L
 
V
F
 
L
A
 
C
G
|
G
L
 
Y
D
 
D
D
 
D
V
 
H
V
 
L
L
 
F
E
 
N
S
 
T
I
 
L
A
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
G
D
 
D
G
 
G
W
 
A
I
|
I
S
 
S
G
 
A
M
 
S
S
 
G
N
 
N
A
 
F
F
 
A
P
 
P
K
 
Q
E
 
V
G
 
S
E
 
V
T
 
N
L
 
L
F
 
L
R
 
K
L
 
A
A
 
W
R
 
R
Q
 
D
R
 
G
R
 
D
F
 
V
D
 
A
E
 
K
A
 
A
L
 
A
A
 
G
L
 
Y
Y
 
H
R
 
Q
W
 
T
F
 
L
M
 
L
-
 
Q
-
 
I
P
 
P
L
 
Q
L
 
M
H
 
Y
L
 
Q
D
 
L
A
 
D
R
 
T
P
 
P
D
 
-
L
 
F
V
 
V
Q
 
N
C
 
V
I
 
I
K
 
K
L
 
E
C
 
A
E
 
I
E
 
V
L
 
L
T
 
C
G
 
G
R
 
R
G
 
P
-
 
V
S
 
S
A
 
T
V
 
H
T
 
V
R
 
L
P
 
P
P
 
P
R
 
A
M
 
S
P
 
P
L
 
L

4oe7B Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein, in complex with aldol condensed product of pyruvate and glyoxal
30% identity, 88% coverage: 8:279/308 of query aligns to 3:280/298 of 4oe7B

query
sites
4oe7B
W
 
F
S
 
T
G
 
G
V
 
I
F
 
I
P
 
P
A
x
P
V
 
V
S
 
S
T
 
T
Q
 
I
F
 
F
K
 
T
A
 
A
D
 
D
Y
 
G
S
 
Q
L
 
L
D
 
D
I
 
K
E
 
P
A
 
G
T
 
T
H
 
A
K
 
A
V
 
L
M
 
I
C
 
D
N
 
D
L
 
L
V
 
I
A
 
K
D
 
A
G
 
G
V
 
V
C
 
D
G
 
G
L
 
L
V
 
F
V
 
F
C
 
L
G
|
G
T
x
S
V
x
G
G
 
G
E
 
E
N
 
F
T
 
S
S
 
Q
M
 
L
S
 
G
A
 
A
R
 
E
E
 
E
K
 
R
L
 
K
A
 
A
V
 
I
I
 
A
E
 
R
A
 
F
A
 
A
K
 
I
D
 
D
A
 
H
A
 
V
R
 
D
G
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
L
A
 
I
G
 
G
I
 
T
A
 
G
E
 
G
F
 
T
T
 
N
T
 
A
A
 
R
F
 
E
A
 
T
R
 
I
D
 
E
M
 
L
V
 
S
T
 
Q
E
 
H
A
 
A
A
 
Q
R
 
Q
A
 
A
G
 
G
V
 
A
D
 
D
G
 
G
V
 
I
M
 
V
V
 
V
M
 
I
P
 
N
A
 
P
L
 
Y
V
x
Y
Y
 
W
S
 
K
A
 
V
K
 
S
P
 
E
H
 
A
E
 
N
A
 
L
A
 
I
A
 
R
H
 
Y
F
 
F
R
 
E
D
 
Q
I
 
V
A
 
A
T
 
D
A
 
S
T
 
V
D
 
T
L
 
L
P
 
P
V
 
V
M
 
M
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
x
F
P
 
P
P
 
A
V
x
L
Y
 
T
R
 
G
S
 
Q
D
 
D
I
 
L
T
 
T
P
 
P
D
 
A
I
 
L
L
 
V
V
 
K
S
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
C
 
S
-
 
R
E
 
S
N
 
N
I
 
I
V
 
I
C
 
G
F
 
I
K
|
K
-
 
D
-
x
T
-
 
I
D
 
D
S
 
S
S
 
V
G
 
A
D
 
H
T
 
L
R
 
R
R
 
S
F
 
M
I
 
I
D
 
H
L
 
T
R
 
V
N
 
K
A
 
G
V
 
A
G
 
H
D
 
P
R
 
H
F
 
F
V
 
T
L
 
V
F
 
L
A
 
C
G
|
G
L
 
Y
D
 
D
D
 
D
V
 
H
V
 
L
L
 
F
E
 
N
S
 
T
I
 
L
A
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
G
D
 
D
G
 
G
W
 
A
I
|
I
S
 
S
G
 
A
M
 
S
S
 
G
N
 
N
A
 
F
F
 
A
P
 
P
K
 
Q
E
 
V
G
 
S
E
 
V
T
 
N
L
 
L
F
 
L
R
 
K
L
 
A
A
 
W
R
 
R
Q
 
D
R
 
G
R
 
D
F
 
V
D
 
A
E
 
K
A
 
A
L
 
A
A
 
G
L
 
Y
Y
 
H
R
 
Q
W
 
T
F
 
L
M
 
L
-
 
Q
-
 
I
P
 
P
L
 
Q
L
 
M
H
 
Y
L
 
Q
D
 
L
A
 
D
R
 
T
P
 
P
D
 
-
L
 
F
V
 
V
Q
 
N
C
 
V
I
 
I
K
 
K
L
 
E
C
 
A
E
 
I
E
 
V
L
 
L
T
 
C
G
 
G
R
 
R
G
 
P
-
 
V
S
 
S
A
 
T
V
 
H
T
 
V
R
 
L
P
 
P
P
 
P
R
 
A
M
 
S
P
 
P
L
 
L

4oe7A Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein, in complex with aldol condensed product of pyruvate and glyoxal
30% identity, 88% coverage: 8:279/308 of query aligns to 3:280/298 of 4oe7A

query
sites
4oe7A
W
 
F
S
 
T
G
 
G
V
 
I
F
 
I
P
 
P
A
x
P
V
 
V
S
 
S
T
 
T
Q
 
I
F
 
F
K
 
T
A
 
A
D
 
D
Y
 
G
S
 
Q
L
 
L
D
 
D
I
 
K
E
 
P
A
 
G
T
 
T
H
 
A
K
 
A
V
 
L
M
 
I
C
 
D
N
 
D
L
 
L
V
 
I
A
 
K
D
 
A
G
 
G
V
 
V
C
 
D
G
 
G
L
 
L
V
 
F
V
 
F
C
 
L
G
|
G
T
x
S
V
x
G
G
 
G
E
 
E
N
 
F
T
 
S
S
 
Q
M
 
L
S
 
G
A
 
A
R
 
E
E
 
E
K
 
R
L
 
K
A
 
A
V
 
I
I
 
A
E
 
R
A
 
F
A
 
A
K
 
I
D
 
D
A
 
H
A
 
V
R
 
D
G
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
L
A
 
I
G
 
G
I
 
T
A
 
G
E
 
G
F
 
T
T
 
N
T
 
A
A
 
R
F
 
E
A
 
T
R
 
I
D
 
E
M
 
L
V
 
S
T
 
Q
E
 
H
A
 
A
A
 
Q
R
 
Q
A
 
A
G
 
G
V
 
A
D
 
D
G
 
G
V
 
I
M
 
V
V
 
V
M
 
I
P
 
N
A
 
P
L
 
Y
V
x
Y
Y
 
W
S
 
K
A
 
V
K
 
S
P
 
E
H
 
A
E
 
N
A
 
L
A
 
I
A
 
R
H
 
Y
F
 
F
R
 
E
D
 
Q
I
 
V
A
 
A
T
 
D
A
 
S
T
 
V
D
 
T
L
 
L
P
 
P
V
 
V
M
 
M
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
F
P
 
P
P
 
A
V
x
L
Y
 
T
R
 
G
S
 
Q
D
 
D
I
 
L
T
 
T
P
 
P
D
 
A
I
 
L
L
 
V
V
 
K
S
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
C
 
S
-
 
R
E
 
S
N
 
N
I
 
I
V
 
I
C
 
G
F
 
I
K
|
K
-
 
D
-
 
T
-
 
I
D
 
D
S
 
S
S
 
V
G
 
A
D
 
H
T
 
L
R
 
R
R
 
S
F
 
M
I
 
I
D
 
H
L
 
T
R
 
V
N
 
K
A
 
G
V
 
A
G
 
H
D
 
P
R
 
H
F
 
F
V
 
T
L
 
V
F
 
L
A
 
C
G
 
G
L
 
Y
D
 
D
D
 
D
V
 
H
V
 
L
L
 
F
E
 
N
S
 
T
I
 
L
A
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
G
D
 
D
G
 
G
W
 
A
I
|
I
S
 
S
G
 
A
M
 
S
S
 
G
N
 
N
A
 
F
F
 
A
P
 
P
K
 
Q
E
 
V
G
 
S
E
 
V
T
 
N
L
 
L
F
 
L
R
 
K
L
 
A
A
 
W
R
 
R
Q
 
D
R
 
G
R
 
D
F
 
V
D
 
A
E
 
K
A
 
A
L
 
A
A
 
G
L
 
Y
Y
 
H
R
 
Q
W
 
T
F
 
L
M
 
L
-
 
Q
-
 
I
P
 
P
L
 
Q
L
 
M
H
 
Y
L
 
Q
D
 
L
A
 
D
R
 
T
P
 
P
D
 
-
L
 
F
V
 
V
Q
 
N
C
 
V
I
 
I
K
 
K
L
 
E
C
 
A
E
 
I
E
 
V
L
 
L
T
 
C
G
 
G
R
 
R
G
 
P
-
 
V
S
 
S
A
 
T
V
 
H
T
 
V
R
 
L
P
 
P
P
 
P
R
 
A
M
 
S
P
 
P
L
 
L

3nevA Crystal structure of yage, a prophage protein from e. Coli k12 in complex with kdgal (see paper)
30% identity, 88% coverage: 8:279/308 of query aligns to 3:280/298 of 3nevA

query
sites
3nevA
W
 
F
S
 
T
G
 
G
V
 
I
F
 
I
P
 
P
A
x
P
V
 
V
S
 
S
T
 
T
Q
 
I
F
 
F
K
 
T
A
 
A
D
 
D
Y
 
G
S
 
Q
L
 
L
D
 
D
I
 
K
E
 
P
A
 
G
T
 
T
H
 
A
K
 
A
V
 
L
M
 
I
C
 
D
N
 
D
L
 
L
V
 
I
A
 
K
D
 
A
G
 
G
V
 
V
C
 
D
G
 
G
L
 
L
V
 
F
V
 
F
C
 
L
G
|
G
T
x
S
V
x
G
G
 
G
E
 
E
N
 
F
T
 
S
S
 
Q
M
 
L
S
 
G
A
 
A
R
 
E
E
 
E
K
 
R
L
 
K
A
 
A
V
 
I
I
 
A
E
 
R
A
 
F
A
 
A
K
 
I
D
 
D
A
 
H
A
 
V
R
 
D
G
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
L
A
 
I
G
 
G
I
 
T
A
 
G
E
 
G
F
 
T
T
 
N
T
 
A
A
 
R
F
 
E
A
 
T
R
 
I
D
 
E
M
 
L
V
 
S
T
 
Q
E
 
H
A
 
A
A
 
Q
R
 
Q
A
 
A
G
 
G
V
 
A
D
 
D
G
 
G
V
 
I
M
 
V
V
 
V
M
 
I
P
 
N
A
 
P
L
 
Y
V
x
Y
Y
 
W
S
 
K
A
 
V
K
 
S
P
 
E
H
 
A
E
 
N
A
 
L
A
 
I
A
 
R
H
 
Y
F
 
F
R
 
E
D
 
Q
I
 
V
A
 
A
T
 
D
A
 
S
T
 
V
D
 
T
L
 
L
P
 
P
V
 
V
M
 
M
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
x
F
P
 
P
P
 
A
V
x
L
Y
 
T
R
 
G
S
 
Q
D
 
D
I
 
L
T
 
T
P
 
P
D
 
A
I
 
L
L
 
V
V
 
K
S
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
C
 
S
-
 
R
E
 
S
N
 
N
I
 
I
V
 
I
C
 
G
F
 
I
K
|
K
-
 
D
-
x
T
-
 
I
D
 
D
S
 
S
S
 
V
G
 
A
D
 
H
T
 
L
R
 
R
R
 
S
F
 
M
I
 
I
D
 
H
L
 
T
R
 
V
N
 
K
A
 
G
V
 
A
G
 
H
D
 
P
R
 
H
F
 
F
V
 
T
L
 
V
F
 
L
A
 
C
G
|
G
L
 
Y
D
 
D
D
 
D
V
 
H
V
 
L
L
 
F
E
 
N
S
 
T
I
 
L
A
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
G
D
 
D
G
 
G
W
 
A
I
|
I
S
 
S
G
x
A
M
 
S
S
 
G
N
 
N
A
 
F
F
 
A
P
 
P
K
 
Q
E
 
V
G
 
S
E
 
V
T
 
N
L
 
L
F
 
L
R
 
K
L
 
A
A
 
W
R
 
R
Q
 
D
R
 
G
R
 
D
F
 
V
D
 
A
E
 
K
A
 
A
L
 
A
A
 
G
L
 
Y
Y
 
H
R
 
Q
W
 
T
F
 
L
M
 
L
-
 
Q
-
 
I
P
 
P
L
 
Q
L
 
M
H
 
Y
L
 
Q
D
 
L
A
 
D
R
 
T
P
 
P
D
 
-
L
 
F
V
 
V
Q
 
N
C
 
V
I
 
I
K
 
K
L
 
E
C
 
A
E
 
I
E
 
V
L
 
L
T
 
C
G
 
G
R
 
R
G
 
P
-
 
V
S
 
S
A
 
T
V
 
H
T
 
V
R
 
L
P
 
P
P
 
P
R
 
A
M
 
S
P
 
P
L
 
L

5c55A Crystal structure of the y138f mutant of c.Glutamicum n- acetylneuraminic acid lyase in complex with pyruvate
33% identity, 78% coverage: 8:248/308 of query aligns to 2:248/307 of 5c55A

query
sites
5c55A
W
 
F
S
 
T
G
 
G
V
 
V
F
 
I
P
 
P
A
x
P
V
 
V
S
 
M
T
 
T
Q
 
P
F
 
L
K
 
H
A
 
A
D
 
D
Y
 
G
S
 
S
L
 
V
D
 
D
I
 
V
E
 
E
A
 
S
T
 
L
H
 
R
K
 
K
V
 
L
M
 
V
C
 
D
N
 
H
L
 
L
V
 
I
A
 
N
D
 
G
G
 
G
V
 
V
C
 
D
G
 
G
L
 
L
V
 
F
V
 
A
C
 
L
G
 
G
T
x
S
V
x
S
G
 
G
E
 
E
N
 
A
T
 
A
S
 
F
M
 
L
S
 
T
-
 
R
A
 
A
R
 
Q
E
 
R
K
 
K
L
 
L
A
 
A
V
 
L
I
 
T
E
 
T
A
 
I
A
 
I
K
 
E
D
 
H
A
 
T
A
 
A
R
 
-
G
 
G
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
T
A
 
A
G
 
G
I
 
V
A
 
I
E
 
E
F
 
T
T
 
T
T
 
T
A
 
A
F
 
R
A
 
V
R
 
I
D
 
E
M
 
L
V
 
V
T
 
E
E
 
D
A
 
A
A
 
L
R
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
A
D
 
E
G
 
G
V
 
L
M
 
V
V
 
A
M
 
T
P
 
A
A
 
P
L
 
F
V
x
Y
Y
 
T
S
 
R
A
 
T
K
 
H
P
 
D
H
 
V
E
 
E
A
 
I
A
 
E
A
 
E
H
 
H
F
 
F
R
 
R
D
 
K
I
 
I
-
 
H
A
 
A
T
 
A
A
 
A
T
 
P
D
 
E
L
 
L
P
 
P
V
 
L
M
 
F
L
 
A
Y
x
F
N
 
N
N
 
I
P
 
P
P
 
V
V
x
S
Y
 
V
R
 
H
S
 
S
D
 
N
I
 
L
T
 
N
P
 
P
D
 
V
I
 
M
L
 
L
V
 
L
S
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
K
C
 
D
E
 
G
N
 
V
I
 
L
V
 
A
C
 
G
F
 
T
K
|
K
D
 
D
S
 
S
S
 
S
G
 
G
D
 
N
-
 
D
-
 
G
-
 
A
T
 
I
R
 
R
R
 
S
F
 
L
I
 
I
D
 
E
L
 
A
R
 
R
N
 
D
A
 
D
V
 
A
G
 
G
-
 
L
-
 
T
D
 
E
R
 
Q
F
 
F
V
 
K
L
 
I
F
 
L
A
 
T
G
 
G
L
 
S
D
 
E
D
 
T
V
 
T
V
 
V
L
 
D
E
 
F
S
 
A
I
 
Y
A
 
L
V
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
G
W
 
V
I
x
V
S
 
P
G
 
G
M
 
L
S
 
G
N
 
N
A
 
V
F
 
D
P
 
P
K
 
A
E
 
A
G
 
Y
E
 
A
T
 
A
L
 
L
F
 
A
R
 
K
L
 
L
A
 
C
R
 
L
Q
 
D
R
 
G
R
 
K
F
 
W
D
 
A
E
 
E
A
 
A
L
 
A
A
 
A
L
 
L
Y
 
Q
R
 
K
W
 
R
F
 
I
M
 
N
P
 
H
L
 
L
L
 
F
H
 
H
L
 
I

5ktlA Dihydrodipicolinate synthase from the industrial and evolutionarily important cyanobacteria anabaena variabilis. (see paper)
31% identity, 86% coverage: 11:275/308 of query aligns to 8:273/295 of 5ktlA

query
sites
5ktlA
V
 
V
F
 
L
P
 
T
A
 
A
V
 
M
S
 
I
T
 
T
Q
 
P
F
 
F
K
 
K
A
 
A
D
 
D
Y
 
G
S
 
S
L
 
V
D
 
N
I
 
Y
E
 
A
A
 
V
T
 
A
H
 
A
K
 
E
V
 
L
M
 
A
C
 
A
N
 
H
L
 
L
V
 
V
A
 
D
D
 
N
G
 
G
V
 
T
C
 
D
G
 
T
L
 
L
V
 
V
V
 
V
C
 
C
G
 
G
T
|
T
V
 
T
G
 
G
E
 
E
N
x
S
T
 
P
S
 
T
M
x
L
S
 
S
A
 
W
R
 
D
E
 
E
K
x
E
L
 
Y
A
 
N
V
 
L
I
 
F
E
 
V
A
x
E
A
 
V
K
 
L
D
x
Q
A
 
T
A
 
V
R
 
A
G
 
G
R
 
K
V
 
A
P
 
K
V
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
I
 
C
A
 
G
E
 
S
F
 
N
T
 
S
T
 
T
A
 
K
F
 
E
A
 
A
R
 
I
D
 
A
M
 
A
V
 
T
T
 
Q
E
 
K
A
 
A
A
 
A
R
 
K
A
 
I
G
 
G
V
 
V
D
 
H
G
 
G
V
 
T
M
 
L
-
 
Q
V
 
V
M
 
V
P
 
P
A
 
-
L
 
-
V
 
-
Y
 
Y
S
x
Y
A
 
N
K
 
K
P
 
P
H
 
P
E
 
Q
A
 
A
A
 
G
-
 
L
-
 
Y
A
 
Q
H
 
H
F
 
F
R
 
Q
D
 
A
I
 
I
A
 
A
T
 
Q
A
 
A
T
 
C
-
 
P
D
 
D
L
 
L
P
 
P
V
 
L
M
 
L
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
V
P
 
P
P
 
G
V
x
R
Y
 
T
R
 
G
S
 
Q
D
 
N
I
 
L
T
 
S
P
 
P
D
 
E
I
 
T
L
 
V
V
 
V
S
 
R
L
 
L
A
 
A
D
 
E
C
 
I
E
 
D
N
 
N
I
 
I
V
 
I
C
 
G
F
 
V
K
|
K
D
 
E
S
 
A
S
 
S
G
 
G
D
 
N
T
 
L
R
 
D
R
 
Q
F
 
A
I
 
G
D
 
E
L
 
I
R
 
R
N
 
R
A
 
S
V
 
T
G
 
P
D
 
K
R
 
E
F
 
F
V
 
Q
L
 
I
F
 
Y
A
 
A
G
 
G
L
 
D
D
 
D
D
 
S
V
 
L
V
 
T
L
 
L
E
 
P
S
 
L
I
 
L
A
 
A
V
 
I
G
 
G
A
 
A
D
 
K
G
 
G
W
 
V
I
x
V
S
 
S
G
 
V
M
 
A
S
 
S
N
 
H
A
 
L
F
 
V
P
 
G
K
 
N
E
 
Q
G
 
L
E
 
Q
T
 
Q
L
 
M
F
 
I
R
 
Q
L
 
A
A
 
F
R
 
N
Q
 
S
R
 
G
R
 
Q
F
 
V
D
 
T
E
 
V
A
 
A
L
 
S
A
 
D
L
 
I
Y
 
H
R
 
L
W
 
R
F
 
L
M
 
L
P
 
P
L
 
L
-
 
F
-
 
K
-
 
A
L
 
L
H
 
F
L
 
I
D
 
T
A
 
T
R
 
N
P
 
P
D
 
I
L
 
-
V
 
-
Q
 
-
C
 
P
I
 
I
K
 
K
L
 
Q
C
 
A
E
 
L
E
 
K
L
 
L
T
 
Q
G
 
G
R
 
W
G
 
E
S
 
V
A
 
G
V
 
S
T
 
T
R
 
R
P
 
P
P
 
P

2atsA Dihydrodipicolinate synthase co-crystallised with (s)-lysine
31% identity, 79% coverage: 38:279/308 of query aligns to 32:274/292 of 2atsA

query
sites
2atsA
V
 
V
A
 
A
D
 
S
G
 
G
V
 
T
C
 
S
G
 
A
L
 
I
V
 
V
V
 
S
C
 
V
G
 
G
T
|
T
V
 
T
G
 
G
E
 
E
N
 
S
T
x
A
S
 
T
M
x
L
S
 
N
A
x
H
R
 
D
E
 
E
K
x
H
L
 
A
A
 
D
V
 
V
I
 
V
E
 
M
A
 
M
A
 
T
K
 
L
D
 
D
A
 
L
A
 
A
R
 
D
G
 
G
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
I
 
T
A
 
G
E
 
A
F
x
N
T
 
A
T
 
T
A
 
A
F
x
E
A
 
A
R
 
I
D
 
S
M
 
L
V
 
T
T
 
Q
E
 
R
A
 
F
A
 
N
R
 
D
A
 
S
G
 
G
V
 
I
D
 
V
G
 
G
V
 
C
M
 
L
V
 
T
M
 
V
P
 
T
A
 
P
L
 
-
V
 
-
Y
|
Y
S
x
Y
A
 
N
K
 
R
P
 
P
H
 
S
E
 
Q
A
 
E
A
 
G
-
 
L
-
 
Y
A
 
Q
H
 
H
F
 
F
R
 
K
D
 
A
I
 
I
A
 
A
T
 
E
A
 
H
T
 
T
D
 
D
L
 
L
P
 
P
V
 
Q
M
 
I
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
V
P
 
P
P
 
S
V
x
R
Y
 
T
R
 
G
S
 
C
D
 
D
I
 
L
T
 
L
P
 
P
D
 
E
I
 
T
L
 
V
V
 
G
S
 
R
L
 
L
A
 
A
D
 
K
C
 
V
E
 
K
N
 
N
I
 
I
V
 
I
C
 
G
F
 
I
K
|
K
D
 
E
S
 
A
S
 
T
G
 
G
D
 
N
T
 
L
R
 
T
R
 
R
F
 
V
I
 
N
D
 
Q
L
 
I
R
 
K
N
 
E
A
 
L
V
 
V
G
 
S
D
 
D
R
 
D
F
 
F
V
 
V
L
 
L
F
 
L
A
 
S
G
 
G
L
 
D
D
 
D
D
 
A
V
 
S
V
 
A
L
 
L
E
 
D
S
 
F
I
 
M
A
 
Q
V
 
L
G
 
G
A
 
G
D
 
H
G
 
G
W
 
V
I
|
I
S
 
S
G
 
V
M
 
T
S
 
A
N
 
N
A
 
V
F
 
A
P
 
A
K
 
R
E
 
D
G
 
M
E
 
A
T
 
Q
L
 
M
F
 
C
R
 
K
L
 
L
A
 
A
R
 
A
Q
 
E
R
 
G
R
 
H
F
 
F
D
 
A
E
 
E
A
 
A
L
 
R
A
 
V
L
 
I
Y
 
N
R
 
Q
W
 
R
F
 
L
M
 
M
P
 
P
L
 
L
L
 
H
H
 
N
-
 
K
L
 
L
D
 
F
A
 
V
R
 
E
P
 
P
D
 
N
L
 
P
V
 
I
Q
 
P
C
 
V
I
 
K
K
 
W
L
 
A
C
 
C
E
 
K
E
 
E
L
 
L
T
 
G
G
 
L
R
 
V
G
 
A
S
 
T
A
 
D
V
 
T
T
 
L
R
 
R
P
 
L
P
 
P
R
 
M
M
 
T
P
 
P
L
 
I

P0A6L2 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; EC 4.3.3.7 from Escherichia coli (strain K12) (see 7 papers)
31% identity, 79% coverage: 38:279/308 of query aligns to 32:274/292 of P0A6L2

query
sites
P0A6L2
V
 
V
A
 
A
D
 
S
G
 
G
V
 
T
C
 
S
G
 
A
L
 
I
V
 
V
V
 
S
C
 
V
G
 
G
T
|
T
V
x
T
G
 
G
E
 
E
N
 
S
T
 
A
S
 
T
M
 
L
S
 
N
A
 
H
R
 
D
E
 
E
K
 
H
L
 
A
A
 
D
V
 
V
I
 
V
E
 
M
A
 
M
A
 
T
K
 
L
D
 
D
A
 
L
A
 
A
R
 
D
G
 
G
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
I
 
T
A
 
G
E
 
A
F
 
N
T
 
A
T
 
T
A
 
A
F
 
E
A
 
A
R
 
I
D
 
S
M
 
L
V
 
T
T
 
Q
E
 
R
A
 
F
A
 
N
R
 
D
A
 
S
G
 
G
V
 
I
D
 
V
G
 
G
V
 
C
M
 
L
V
 
T
M
 
V
P
 
T
A
 
P
L
 
-
V
 
-
Y
 
Y
S
x
Y
A
 
N
K
 
R
P
 
P
H
 
S
E
 
Q
A
 
E
A
 
G
-
 
L
-
 
Y
A
 
Q
H
 
H
F
 
F
R
 
K
D
 
A
I
 
I
A
 
A
T
 
E
A
 
H
T
 
T
D
 
D
L
 
L
P
 
P
V
 
Q
M
 
I
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
V
P
 
P
P
 
S
V
x
R
Y
 
T
R
 
G
S
 
C
D
 
D
I
 
L
T
 
L
P
 
P
D
 
E
I
 
T
L
 
V
V
 
G
S
 
R
L
 
L
A
 
A
D
 
K
C
 
V
E
 
K
N
 
N
I
 
I
V
 
I
C
 
G
F
 
I
K
|
K
D
 
E
S
 
A
S
 
T
G
 
G
D
 
N
T
 
L
R
 
T
R
 
R
F
 
V
I
 
N
D
 
Q
L
 
I
R
 
K
N
 
E
A
 
L
V
 
V
G
 
S
D
 
D
R
 
D
F
 
F
V
 
V
L
 
L
F
 
L
A
 
S
G
 
G
L
 
D
D
 
D
D
 
A
V
 
S
V
 
A
L
 
L
E
 
D
S
 
F
I
 
M
A
 
Q
V
x
L
G
 
G
A
 
G
D
 
H
G
 
G
W
 
V
I
|
I
S
 
S
G
 
V
M
 
T
S
 
A
N
 
N
A
 
V
F
 
A
P
 
A
K
 
R
E
 
D
G
 
M
E
 
A
T
 
Q
L
 
M
F
 
C
R
 
K
L
 
L
A
 
A
R
 
A
Q
 
E
R
 
G
R
 
H
F
 
F
D
 
A
E
 
E
A
 
A
L
 
R
A
 
V
L
 
I
Y
 
N
R
 
Q
W
 
R
F
 
L
M
 
M
P
 
P
L
 
L
L
 
H
H
 
N
-
 
K
L
 
L
D
 
F
A
 
V
R
 
E
P
 
P
D
 
N
L
 
P
V
 
I
Q
 
P
C
 
V
I
 
K
K
 
W
L
 
A
C
 
C
E
 
K
E
 
E
L
 
L
T
 
G
G
 
L
R
 
V
G
 
A
S
 
T
A
 
D
V
 
T
T
 
L
R
 
R
P
 
L
P
 
P
R
 
M
M
 
T
P
 
P
L
 
I

5t25A Kinetic, spectral and structural characterization of the slow binding inhibitor acetopyruvate with dihydrodipicolinate synthase from escherichia coli.
31% identity, 79% coverage: 38:279/308 of query aligns to 33:275/293 of 5t25A

query
sites
5t25A
V
 
V
A
 
A
D
 
S
G
 
G
V
 
T
C
 
S
G
 
A
L
 
I
V
 
V
V
 
S
C
 
V
G
 
G
T
|
T
V
 
T
G
 
G
E
 
E
N
 
S
T
x
A
S
 
T
M
x
L
S
 
N
A
x
H
R
 
D
E
 
E
K
 
H
L
 
A
A
 
D
V
 
V
I
 
V
E
 
M
A
 
M
A
 
T
K
 
L
D
 
D
A
 
L
A
 
A
R
 
D
G
 
G
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
I
 
T
A
 
G
E
 
A
F
x
N
T
 
A
T
 
T
A
 
A
F
x
E
A
 
A
R
 
I
D
 
S
M
 
L
V
 
T
T
 
Q
E
 
R
A
 
F
A
 
N
R
 
D
A
 
S
G
 
G
V
 
I
D
 
V
G
 
G
V
 
C
M
 
L
V
 
T
M
 
V
P
 
T
A
 
P
L
 
-
V
 
-
Y
|
Y
S
x
Y
A
 
N
K
 
R
P
 
P
H
 
S
E
 
Q
A
 
E
A
 
G
-
 
L
-
 
Y
A
 
Q
H
 
H
F
 
F
R
 
K
D
 
A
I
 
I
A
 
A
T
 
E
A
 
H
T
 
T
D
 
D
L
 
L
P
 
P
V
 
Q
M
 
I
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
V
P
 
P
P
 
S
V
x
R
Y
 
T
R
 
G
S
 
C
D
 
D
I
 
L
T
 
L
P
 
P
D
 
E
I
 
T
L
 
V
V
 
G
S
 
R
L
 
L
A
 
A
D
 
K
C
 
V
E
 
K
N
 
N
I
 
I
V
 
I
C
 
G
F
 
I
K
|
K
D
 
E
S
 
A
S
 
T
G
 
G
D
 
N
T
 
L
R
 
T
R
 
R
F
 
V
I
 
N
D
 
Q
L
 
I
R
 
K
N
 
E
A
 
L
V
 
V
G
 
S
D
 
D
R
 
D
F
 
F
V
 
V
L
 
L
F
 
L
A
 
S
G
 
G
L
 
D
D
 
D
D
 
A
V
 
S
V
 
A
L
 
L
E
 
D
S
 
F
I
 
M
A
 
Q
V
 
L
G
 
G
A
 
G
D
 
H
G
 
G
W
 
V
I
|
I
S
 
S
G
 
V
M
 
T
S
 
A
N
 
N
A
 
V
F
 
A
P
 
A
K
 
R
E
 
D
G
 
M
E
 
A
T
 
Q
L
 
M
F
 
C
R
 
K
L
 
L
A
 
A
R
 
A
Q
 
E
R
 
G
R
 
H
F
 
F
D
 
A
E
 
E
A
 
A
L
 
R
A
 
V
L
 
I
Y
 
N
R
 
Q
W
 
R
F
 
L
M
 
M
P
 
P
L
 
L
L
 
H
H
 
N
-
 
K
L
 
L
D
 
F
A
 
V
R
 
E
P
 
P
D
 
N
L
 
P
V
 
I
Q
 
P
C
 
V
I
 
K
K
 
W
L
 
A
C
 
C
E
 
K
E
 
E
L
 
L
T
 
G
G
 
L
R
 
V
G
 
A
S
 
T
A
 
D
V
 
T
T
 
L
R
 
R
P
 
L
P
 
P
R
 
M
M
 
T
P
 
P
L
 
I

4pfmA Shewanella benthica dhdps with lysine and pyruvate
31% identity, 71% coverage: 9:226/308 of query aligns to 4:217/295 of 4pfmA

query
sites
4pfmA
S
 
N
G
 
G
V
 
S
F
 
I
P
 
V
A
 
A
V
 
L
S
 
I
T
 
T
Q
 
P
F
 
L
K
 
N
A
 
S
D
 
D
Y
 
G
S
 
T
L
 
V
D
 
D
I
 
Y
E
 
T
A
 
S
T
 
L
H
 
E
K
 
K
V
 
L
M
 
V
C
 
E
N
 
Y
L
 
H
V
 
I
A
 
T
D
 
E
G
 
G
V
 
T
C
 
D
G
 
A
L
 
I
V
 
V
V
 
A
C
 
V
G
 
G
T
|
T
V
 
T
G
 
G
E
 
E
N
x
S
T
x
A
S
 
T
M
x
L
S
 
P
A
 
I
R
 
S
E
 
E
K
x
H
L
 
I
A
 
A
V
 
V
I
 
V
E
 
G
A
 
Q
A
 
T
K
 
V
D
 
K
A
 
F
A
 
A
R
 
S
G
 
G
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
G
G
 
G
I
 
N
A
 
G
E
 
A
F
x
N
T
 
A
T
 
T
A
 
A
F
x
E
A
 
A
R
 
I
D
 
E
M
 
L
V
 
T
T
 
K
E
 
A
A
 
Q
A
 
N
R
 
K
A
 
L
G
 
G
V
 
V
D
 
A
G
 
A
V
 
M
M
 
L
V
 
G
M
 
V
P
 
T
A
 
P
L
x
Y
V
x
Y
Y
 
N
S
 
K
A
 
P
K
 
S
P
 
P
H
 
K
E
 
G
A
 
L
A
 
I
A
 
A
H
 
H
F
 
Y
R
 
T
D
 
A
I
 
V
A
 
A
T
 
A
A
 
S
T
 
T
D
 
D
L
 
I
P
 
P
V
 
Q
M
 
I
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
V
P
 
P
P
 
G
V
x
R
Y
 
T
R
 
A
S
 
V
D
 
D
I
 
M
T
 
L
P
 
P
D
 
E
I
 
T
L
 
I
V
 
A
S
 
Q
L
 
L
A
 
V
D
 
E
C
 
V
E
 
P
N
 
N
I
 
I
V
 
I
C
 
G
F
 
V
K
|
K
D
 
D
S
 
A
S
 
T
G
 
G
D
 
D
T
 
V
R
 
A
R
 
R
F
 
V
I
 
K
D
 
Q
L
 
L
R
 
R
N
 
D
A
 
L
V
 
C
G
 
G
D
 
N
R
 
D
F
 
F
V
 
L
L
 
L
F
 
Y
A
 
S
G
 
G
L
 
D
D
 
D
D
 
A
V
 
T
V
 
A
L
 
R
E
 
E
S
 
F
I
 
L
A
 
T
V
 
L
G
 
G
A
 
G
D
 
D
G
 
G
W
 
V
I
|
I
S
 
S
G
 
V
M
 
A
S
 
N
N
 
N
A
 
I
F
 
V
P
 
P
K
 
K
E
 
-
G
 
-
E
 
-
T
 
-
L
 
L
F
 
F
R
 
K
L
 
L

3i7sA Dihydrodipicolinate synthase mutant - k161a - with the substrate pyruvate bound in the active site. (see paper)
31% identity, 79% coverage: 38:279/308 of query aligns to 32:274/292 of 3i7sA

query
sites
3i7sA
V
 
V
A
 
A
D
 
S
G
 
G
V
 
T
C
 
S
G
 
A
L
 
I
V
 
V
V
 
S
C
 
V
G
 
G
T
|
T
V
x
T
G
 
G
E
 
E
N
 
S
T
 
A
S
 
T
M
 
L
S
 
N
A
 
H
R
 
D
E
 
E
K
 
H
L
 
A
A
 
D
V
 
V
I
 
V
E
 
M
A
 
M
A
 
T
K
 
L
D
 
D
A
 
L
A
 
A
R
 
D
G
 
G
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
I
 
T
A
 
G
E
 
A
F
 
N
T
 
A
T
 
T
A
 
A
F
 
E
A
 
A
R
 
I
D
 
S
M
 
L
V
 
T
T
 
Q
E
 
R
A
 
F
A
 
N
R
 
D
A
 
S
G
 
G
V
 
I
D
 
V
G
 
G
V
 
C
M
 
L
V
 
T
M
 
V
P
 
T
A
 
P
L
 
-
V
 
-
Y
 
Y
S
x
Y
A
 
N
K
 
R
P
 
P
H
 
S
E
 
Q
A
 
E
A
 
G
-
 
L
-
 
Y
A
 
Q
H
 
H
F
 
F
R
 
K
D
 
A
I
 
I
A
 
A
T
 
E
A
 
H
T
 
T
D
 
D
L
 
L
P
 
P
V
 
Q
M
 
I
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
V
P
 
P
P
 
S
V
x
R
Y
 
T
R
 
G
S
 
C
D
 
D
I
 
L
T
 
L
P
 
P
D
 
E
I
 
T
L
 
V
V
 
G
S
 
R
L
 
L
A
 
A
D
 
K
C
 
V
E
 
K
N
 
N
I
 
I
V
 
I
C
 
G
F
 
I
K
x
R
D
 
E
S
 
A
S
 
T
G
 
G
D
 
N
T
 
L
R
 
T
R
 
R
F
 
V
I
 
N
D
 
Q
L
 
I
R
 
K
N
 
E
A
 
L
V
 
V
G
 
S
D
 
D
R
 
D
F
 
F
V
 
V
L
 
L
F
 
L
A
 
S
G
 
G
L
 
D
D
 
D
D
 
A
V
 
S
V
 
A
L
 
L
E
 
D
S
 
F
I
 
M
A
 
Q
V
 
L
G
 
G
A
 
G
D
 
H
G
 
G
W
 
V
I
|
I
S
 
S
G
 
V
M
 
T
S
 
A
N
 
N
A
 
V
F
 
A
P
 
A
K
 
R
E
 
D
G
 
M
E
 
A
T
 
Q
L
 
M
F
 
C
R
 
K
L
 
L
A
 
A
R
 
A
Q
 
E
R
 
G
R
 
H
F
 
F
D
 
A
E
 
E
A
 
A
L
 
R
A
 
V
L
 
I
Y
 
N
R
 
Q
W
 
R
F
 
L
M
 
M
P
 
P
L
 
L
L
 
H
H
 
N
-
 
K
L
 
L
D
 
F
A
 
V
R
 
E
P
 
P
D
 
N
L
 
P
V
 
I
Q
 
P
C
 
V
I
 
K
K
 
W
L
 
A
C
 
C
E
 
K
E
 
E
L
 
L
T
 
G
G
 
L
R
 
V
G
 
A
S
 
T
A
 
D
V
 
T
T
 
L
R
 
R
P
 
L
P
 
P
R
 
M
M
 
T
P
 
P
L
 
I

Sites not aligning to the query:

Q07607 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; Protein MosA; EC 4.3.3.7 from Rhizobium meliloti (Ensifer meliloti) (Sinorhizobium meliloti) (see paper)
34% identity, 80% coverage: 8:252/308 of query aligns to 2:249/292 of Q07607

query
sites
Q07607
W
 
F
S
 
E
G
 
G
V
 
S
F
 
I
P
 
T
A
 
A
V
 
L
S
 
V
T
 
T
Q
 
P
F
 
F
K
 
-
A
 
A
D
 
D
Y
 
D
S
 
R
L
 
I
D
 
D
I
 
E
E
 
V
A
 
A
T
 
L
H
 
H
K
 
D
V
 
L
M
 
V
C
 
E
N
 
W
L
 
Q
V
 
I
A
 
E
D
 
E
G
 
G
V
 
S
C
 
F
G
 
G
L
 
L
V
 
V
V
 
P
C
 
C
G
 
G
T
 
T
V
 
T
G
 
G
E
 
E
N
 
S
T
 
P
S
 
T
M
 
L
S
 
S
A
 
K
R
 
S
E
 
E
K
 
H
L
 
E
A
 
Q
V
 
V
I
 
V
E
 
E
A
 
I
A
 
T
K
 
I
D
 
K
A
 
T
A
 
A
R
 
N
G
 
G
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
I
 
A
A
 
G
E
 
S
F
 
N
T
 
S
T
 
T
A
 
A
F
 
E
A
 
A
R
 
I
D
 
A
M
 
F
V
 
V
T
 
R
E
 
H
A
 
A
A
 
Q
R
 
N
A
 
A
G
 
G
V
 
A
D
 
D
G
 
G
V
 
V
M
 
L
V
 
I
M
 
V
P
 
S
A
 
P
L
 
-
V
 
-
Y
 
Y
S
 
Y
A
 
N
K
 
K
P
 
P
H
 
T
E
 
Q
A
 
E
A
 
G
-
 
I
-
 
Y
A
 
Q
H
 
H
F
 
F
R
 
K
D
 
A
I
 
I
A
 
D
T
 
A
A
 
A
T
 
S
D
 
T
L
 
I
P
 
P
V
 
I
M
 
I
L
 
V
Y
 
Y
N
 
N
N
 
I
P
 
P
P
 
G
V
 
R
Y
 
S
R
 
A
S
 
I
D
 
E
I
 
I
T
 
H
P
 
V
D
 
E
I
 
T
L
 
L
V
 
A
S
 
R
L
 
I
-
 
F
A
 
E
D
 
D
C
 
C
E
 
P
N
 
N
I
 
V
V
 
K
C
 
G
F
 
V
K
|
K
D
 
D
S
 
A
S
 
T
G
 
G
D
 
N
T
 
L
R
 
L
R
 
R
F
 
P
I
 
S
D
 
L
L
 
E
R
 
R
N
 
M
A
 
A
V
 
C
G
 
G
D
 
E
R
 
D
F
 
F
V
 
N
L
 
L
F
 
L
A
 
T
G
 
G
L
 
E
D
 
D
D
 
G
V
 
T
V
 
A
L
 
L
E
 
G
S
 
Y
I
 
M
A
 
A
V
 
H
G
 
G
A
 
G
D
 
H
G
 
G
W
 
C
I
 
I
S
 
S
G
 
V
M
 
T
S
 
A
N
 
N
A
 
V
F
 
A
P
 
P
K
 
A
E
 
L
G
 
C
E
 
A
T
 
D
L
 
F
F
 
Q
R
 
Q
L
 
A
A
 
C
R
 
L
Q
 
N
R
 
G
R
 
D
F
 
F
D
 
A
E
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
K
L
 
L
Y
 
Q
R
 
D
W
 
R
F
 
L
M
 
M
P
 
P
L
 
L
-
 
H
-
 
R
-
 
A
L
 
L
H
 
F
L
 
L
D
 
E
A
 
T
R
 
N
P
 
P

4fhaA Structure of dihydrodipicolinate synthase from streptococcus pneumoniae,bound to pyruvate and lysine
28% identity, 91% coverage: 11:291/308 of query aligns to 10:290/307 of 4fhaA

query
sites
4fhaA
V
 
I
F
 
I
P
 
T
A
 
A
V
 
F
S
 
I
T
 
T
Q
 
P
F
 
F
K
 
H
A
 
E
D
 
D
Y
 
G
S
 
S
L
 
I
D
 
N
I
 
F
E
 
D
A
 
A
T
 
I
H
 
P
K
 
A
V
 
L
M
 
I
C
 
E
N
 
H
L
 
L
V
 
L
A
 
A
D
 
H
G
 
H
V
 
T
C
 
D
G
 
G
L
 
I
V
 
L
V
 
L
C
 
A
G
 
G
T
 
T
V
 
T
G
 
A
E
 
E
N
x
S
T
x
P
S
 
T
M
x
L
S
 
T
A
x
H
R
 
D
E
 
E
K
x
E
L
 
L
A
 
E
V
 
L
I
 
F
E
 
A
A
 
A
A
 
V
K
 
Q
D
 
K
A
 
V
A
 
V
R
 
N
G
 
G
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
L
I
 
I
A
 
A
G
 
G
I
 
V
A
 
G
E
 
T
F
 
N
T
 
D
T
 
T
A
 
R
F
 
D
A
 
S
R
 
I
D
 
E
M
 
F
V
 
V
T
 
K
E
 
E
A
 
V
A
 
A
R
 
E
A
 
F
G
 
G
-
 
G
-
 
F
V
 
A
D
 
A
G
 
G
V
 
L
M
 
A
V
 
I
M
 
V
P
 
P
A
 
-
L
 
-
V
 
-
Y
|
Y
S
 
Y
A
 
N
K
 
K
P
 
P
H
 
S
E
 
Q
A
 
E
A
 
G
-
 
M
-
 
Y
A
 
Q
H
 
H
F
 
F
R
 
K
D
 
A
I
 
I
A
 
A
T
 
D
A
 
A
T
 
S
D
 
D
L
 
L
P
 
P
V
 
I
M
 
I
L
 
I
Y
 
Y
N
 
N
N
 
I
P
 
P
P
 
G
V
 
R
Y
 
V
R
 
V
S
 
V
D
 
E
I
 
L
T
 
T
P
 
P
D
 
E
I
 
T
L
 
M
V
 
L
S
 
R
L
 
L
A
 
A
D
 
D
C
 
H
E
 
P
N
 
N
I
 
I
V
 
I
C
 
G
F
 
V
K
 
K
D
 
E
-
 
C
-
 
T
S
 
S
S
 
L
G
 
A
D
 
N
T
 
M
R
 
A
R
 
Y
F
 
L
I
 
I
D
 
E
L
 
H
R
 
K
N
 
P
A
 
-
V
 
-
G
 
-
D
 
E
R
 
E
F
 
F
V
 
L
L
 
I
F
 
Y
A
 
T
G
 
G
L
 
E
D
 
D
D
 
G
V
 
D
V
 
A
L
 
F
E
 
H
S
 
A
I
 
M
A
 
N
V
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
G
W
 
V
I
 
I
S
 
S
G
 
V
M
 
A
S
 
S
N
 
H
A
 
T
F
 
N
P
 
G
K
 
D
E
 
E
G
 
M
E
 
H
T
 
E
L
 
M
F
 
F
R
 
T
L
 
A
A
 
I
R
 
A
Q
 
E
R
 
S
R
 
D
F
 
M
D
 
K
E
 
K
A
 
A
L
 
A
A
 
A
L
 
I
Y
 
Q
R
 
R
W
 
K
F
 
F
M
 
I
P
 
P
L
 
K
L
 
V
H
 
N
-
 
A
L
 
L
D
 
F
A
 
S
R
 
Y
P
 
P
D
 
S
L
 
P
V
 
A
Q
 
P
C
 
-
I
 
V
K
 
K
L
 
A
C
 
I
E
 
L
E
 
N
L
 
Y
T
 
M
G
 
G
R
 
F
G
 
E
S
 
A
A
 
G
V
 
P
T
 
T
R
 
R
P
 
L
P
 
P
R
 
L
M
 
V
P
 
P
L
 
A
Q
 
P
G
 
E
E
 
E
A
 
D
L
 
V
A
 
K
Q
 
R
V
 
I
M
 
I
T
 
K
V
 
V
V
 
V

Q8UGL3 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; EC 4.3.3.7 from Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (Agrobacterium tumefaciens (strain C58)) (see paper)
32% identity, 77% coverage: 8:245/308 of query aligns to 2:240/294 of Q8UGL3

query
sites
Q8UGL3
W
 
F
S
 
K
G
 
G
V
 
S
F
 
I
P
 
P
A
 
A
V
 
L
S
 
I
T
 
T
Q
 
P
F
 
F
K
 
T
A
 
D
D
 
N
Y
 
G
S
 
S
L
 
V
D
 
D
I
 
E
E
 
K
A
 
A
T
 
F
H
 
A
K
 
A
V
 
H
M
 
V
C
 
E
N
 
W
L
 
Q
V
 
I
A
 
A
D
 
E
G
 
G
V
 
S
C
 
N
G
 
G
L
 
L
V
 
V
V
 
P
C
 
V
G
 
G
T
 
T
V
x
T
G
 
G
E
 
E
N
 
S
T
x
P
S
 
T
M
 
L
S
 
S
A
 
H
R
 
D
E
 
E
K
x
H
L
 
K
A
 
R
V
 
V
I
 
V
E
 
E
A
 
L
A
 
C
K
 
I
D
 
E
A
 
V
A
 
A
R
 
A
G
 
K
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
I
 
A
A
 
G
E
 
S
F
x
N
T
 
N
T
 
T
A
 
D
F
x
E
A
 
A
R
 
I
D
 
E
M
 
L
V
 
A
T
 
L
E
 
H
A
 
A
A
 
Q
R
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
A
D
 
D
G
 
A
V
 
L
M
 
L
V
 
V
M
 
V
P
 
T
A
 
P
L
 
-
V
 
-
Y
|
Y
S
 
Y
A
 
N
K
 
K
P
 
P
H
 
T
E
 
Q
A
 
K
A
 
G
-
 
L
-
 
F
A
 
A
H
 
H
F
 
F
R
 
S
D
 
A
I
 
V
A
 
A
T
 
E
A
 
A
T
 
V
D
 
K
L
 
L
P
 
P
V
 
I
M
 
V
L
 
I
Y
 
Y
N
 
N
N
 
I
P
 
P
P
 
P
V
 
R
Y
 
S
R
 
V
S
 
V
D
 
D
I
 
M
T
 
S
P
 
P
D
 
E
I
 
T
L
 
M
V
 
G
S
 
A
L
 
L
A
 
V
D
 
K
C
 
A
-
 
H
E
 
K
N
 
N
I
 
I
V
 
I
C
 
G
F
 
V
K
|
K
D
 
D
S
 
A
S
 
T
G
 
G
D
 
K
T
 
L
R
 
D
R
 
R
F
 
V
I
 
S
D
 
E
L
 
Q
R
 
R
N
 
I
A
 
S
V
 
C
G
 
G
D
 
K
R
 
D
F
 
F
V
 
V
L
 
Q
F
 
L
A
 
S
G
 
G
L
 
E
D
 
D
D
 
G
V
 
T
V
 
A
L
 
L
E
 
G
S
 
F
I
 
N
A
 
A
V
 
H
G
 
G
A
 
G
D
 
V
G
 
G
W
 
C
I
 
I
S
 
S
G
 
V
M
 
T
S
 
A
N
 
N
A
 
V
F
 
A
P
 
P
K
 
R
E
 
L
G
 
C
E
 
S
T
 
E
L
 
F
F
 
Q
R
 
A
L
 
A
A
 
M
R
 
L
Q
 
A
R
 
G
R
 
D
F
 
Y
D
 
A
E
 
K
A
 
A
L
 
L
A
 
E
L
 
Y
Y
 
Q
R
 
D
W
 
R
F
 
L
M
 
M
P
 
P
L
 
L

4dxvA Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii complexed with mg and cl ions at 1.80 a resolution
32% identity, 68% coverage: 9:218/308 of query aligns to 3:212/291 of 4dxvA

query
sites
4dxvA
S
 
Q
G
 
G
V
 
S
F
 
I
P
 
V
A
 
A
V
 
I
S
 
V
T
 
T
Q
 
P
F
 
M
K
 
L
A
 
K
D
 
D
Y
 
G
S
 
G
L
 
V
D
 
D
I
 
W
E
 
K
A
 
S
T
 
L
H
 
E
K
 
K
V
 
L
M
 
V
C
 
E
N
 
W
L
 
H
V
 
I
A
 
E
D
 
Q
G
 
G
V
 
T
C
 
N
G
 
S
L
 
I
V
 
V
V
 
A
C
 
V
G
 
G
T
|
T
V
 
T
G
 
G
E
 
E
N
 
A
T
 
S
S
 
T
M
 
L
S
 
S
A
 
M
R
 
E
E
 
E
K
 
H
L
 
T
A
 
Q
V
 
V
I
 
I
E
 
K
A
 
E
A
 
I
K
 
I
D
 
R
A
 
V
A
 
A
R
 
N
G
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
A
G
 
G
I
 
T
A
 
G
E
 
A
F
 
N
T
 
S
T
 
T
A
 
R
F
 
E
A
 
A
R
 
I
D
 
E
M
 
L
V
 
T
T
 
K
E
 
A
A
 
A
A
 
K
R
 
D
A
 
L
G
 
G
V
 
A
D
 
D
G
 
A
-
 
A
V
 
L
M
 
L
V
 
V
M
x
T
P
 
P
A
 
-
L
 
-
V
 
-
Y
 
Y
S
x
Y
A
 
N
K
 
K
P
 
P
H
 
T
E
 
Q
A
 
E
A
 
G
-
 
L
-
 
Y
A
 
Q
H
 
H
F
 
Y
R
 
K
D
 
A
I
 
I
A
 
A
T
 
E
A
 
A
T
 
V
D
 
E
L
 
L
P
 
P
V
 
L
M
 
I
L
 
L
Y
|
Y
N
|
N
N
x
V
P
|
P
P
 
G
V
x
R
Y
x
T
R
 
G
S
 
V
D
 
D
I
 
L
T
 
S
P
 
N
D
 
D
I
 
T
L
 
A
V
 
V
S
 
R
L
 
L
A
 
A
D
 
E
C
 
I
E
 
P
N
 
N
I
 
I
V
 
V
C
 
G
F
 
I
K
|
K
D
 
D
S
 
A
S
 
T
G
 
G
D
 
D
T
 
V
R
 
P
R
 
R
F
 
G
I
 
K
D
 
A
L
 
L
R
 
I
N
 
D
A
 
A
V
 
L
G
 
N
D
 
G
R
 
K
F
 
M
V
 
A
L
 
V
F
 
Y
A
 
S
G
 
G
L
 
D
D
 
D
D
 
E
V
 
T
V
 
A
L
 
W
E
 
E
S
 
L
I
 
M
A
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
G
W
 
N
I
|
I
S
 
S
G
 
V
M
 
T
S
 
A
N
 
N
A
 
I
F
 
A
P
 
P
K
 
K

3u8gA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with oxalic acid at 1.80 a resolution
32% identity, 68% coverage: 9:218/308 of query aligns to 3:212/291 of 3u8gA

query
sites
3u8gA
S
 
Q
G
 
G
V
 
S
F
 
I
P
 
V
A
|
A
V
 
I
S
 
V
T
 
T
Q
 
P
F
 
M
K
 
L
A
 
K
D
 
D
Y
 
G
S
 
G
L
 
V
D
 
D
I
 
W
E
 
K
A
 
S
T
 
L
H
 
E
K
 
K
V
 
L
M
 
V
C
 
E
N
 
W
L
 
H
V
 
I
A
 
E
D
 
Q
G
 
G
V
 
T
C
 
N
G
 
S
L
 
I
V
 
V
V
 
A
C
 
V
G
|
G
T
|
T
V
x
T
G
 
G
E
 
E
N
 
A
T
 
S
S
 
T
M
 
L
S
 
S
A
 
M
R
 
E
E
 
E
K
 
H
L
 
T
A
 
Q
V
 
V
I
 
I
E
 
K
A
 
E
A
 
I
K
 
I
D
 
R
A
 
V
A
 
A
R
 
N
G
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
A
G
 
G
I
 
T
A
 
G
E
 
A
F
 
N
T
 
S
T
 
T
A
 
R
F
 
E
A
 
A
R
 
I
D
 
E
M
 
L
V
 
T
T
 
K
E
 
A
A
 
A
A
 
K
R
 
D
A
 
L
G
 
G
V
 
A
D
 
D
G
 
A
-
 
A
V
x
L
M
 
L
V
 
V
M
 
T
P
 
P
A
 
-
L
 
-
V
 
-
Y
 
Y
S
x
Y
A
 
N
K
 
K
P
 
P
H
 
T
E
 
Q
A
 
E
A
 
G
-
 
L
-
 
Y
A
 
Q
H
 
H
F
 
Y
R
 
K
D
 
A
I
 
I
A
 
A
T
 
E
A
 
A
T
 
V
D
 
E
L
 
L
P
 
P
V
 
L
M
 
I
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
V
P
 
P
P
 
G
V
x
R
Y
 
T
R
 
G
S
 
V
D
 
D
I
 
L
T
 
S
P
 
N
D
 
D
I
 
T
L
 
A
V
 
V
S
 
R
L
 
L
A
 
A
D
 
E
C
 
I
E
 
P
N
 
N
I
 
I
V
 
V
C
 
G
F
 
I
K
|
K
D
 
D
S
 
A
S
 
T
G
 
G
D
 
D
T
 
V
R
 
P
R
 
R
F
 
G
I
 
K
D
 
A
L
 
L
R
 
I
N
 
D
A
 
A
V
 
L
G
 
N
D
 
G
R
 
K
F
 
M
V
 
A
L
 
V
F
 
Y
A
 
S
G
 
G
L
 
D
D
 
D
D
 
E
V
 
T
V
 
A
L
 
W
E
 
E
S
 
L
I
 
M
A
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
G
W
 
N
I
|
I
S
 
S
G
 
V
M
 
T
S
 
A
N
 
N
A
 
I
F
 
A
P
 
P
K
 
K

3tdfA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with 2-ketobutanoic acid at 1.99 a resolution
32% identity, 68% coverage: 9:218/308 of query aligns to 3:212/291 of 3tdfA

query
sites
3tdfA
S
 
Q
G
 
G
V
 
S
F
 
I
P
 
V
A
|
A
V
 
I
S
 
V
T
 
T
Q
 
P
F
 
M
K
 
L
A
 
K
D
 
D
Y
 
G
S
 
G
L
 
V
D
 
D
I
 
W
E
 
K
A
 
S
T
 
L
H
 
E
K
 
K
V
 
L
M
 
V
C
 
E
N
 
W
L
 
H
V
 
I
A
 
E
D
 
Q
G
 
G
V
 
T
C
 
N
G
 
S
L
 
I
V
 
V
V
 
A
C
 
V
G
 
G
T
|
T
V
x
T
G
 
G
E
 
E
N
 
A
T
 
S
S
 
T
M
 
L
S
 
S
A
 
M
R
 
E
E
 
E
K
 
H
L
 
T
A
 
Q
V
 
V
I
 
I
E
 
K
A
 
E
A
 
I
K
 
I
D
 
R
A
 
V
A
 
A
R
 
N
G
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
A
G
 
G
I
 
T
A
 
G
E
 
A
F
 
N
T
 
S
T
 
T
A
 
R
F
 
E
A
 
A
R
 
I
D
 
E
M
 
L
V
 
T
T
 
K
E
 
A
A
 
A
A
 
K
R
 
D
A
 
L
G
 
G
V
 
A
D
 
D
G
 
A
-
 
A
V
 
L
M
 
L
V
 
V
M
 
T
P
 
P
A
 
-
L
 
-
V
 
-
Y
 
Y
S
x
Y
A
 
N
K
 
K
P
 
P
H
 
T
E
 
Q
A
 
E
A
 
G
-
 
L
-
 
Y
A
 
Q
H
 
H
F
 
Y
R
 
K
D
 
A
I
 
I
A
 
A
T
 
E
A
 
A
T
 
V
D
 
E
L
 
L
P
 
P
V
 
L
M
 
I
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
V
P
 
P
P
 
G
V
x
R
Y
 
T
R
 
G
S
 
V
D
 
D
I
 
L
T
 
S
P
 
N
D
 
D
I
 
T
L
 
A
V
 
V
S
 
R
L
 
L
A
 
A
D
 
E
C
 
I
E
 
P
N
 
N
I
 
I
V
 
V
C
 
G
F
 
I
K
|
K
D
 
D
S
 
A
S
 
T
G
 
G
D
 
D
T
 
V
R
 
P
R
 
R
F
 
G
I
 
K
D
 
A
L
 
L
R
 
I
N
 
D
A
 
A
V
 
L
G
 
N
D
 
G
R
 
K
F
 
M
V
 
A
L
 
V
F
 
Y
A
 
S
G
 
G
L
 
D
D
 
D
D
 
E
V
 
T
V
 
A
L
 
W
E
 
E
S
 
L
I
 
M
A
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
G
W
 
N
I
|
I
S
 
S
G
 
V
M
 
T
S
 
A
N
 
N
A
 
I
F
 
A
P
 
P
K
 
K

Query Sequence

>RR42_RS36370 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS36370
MSRNAIHWSGVFPAVSTQFKADYSLDIEATHKVMCNLVADGVCGLVVCGTVGENTSMSAR
EKLAVIEAAKDAARGRVPVIAGIAEFTTAFARDMVTEAARAGVDGVMVMPALVYSAKPHE
AAAHFRDIATATDLPVMLYNNPPVYRSDITPDILVSLADCENIVCFKDSSGDTRRFIDLR
NAVGDRFVLFAGLDDVVLESIAVGADGWISGMSNAFPKEGETLFRLARQRRFDEALALYR
WFMPLLHLDARPDLVQCIKLCEELTGRGSAVTRPPRMPLQGEALAQVMTVVAQAMATRPA
LPDVGLRA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory