SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing RR42_RS36645 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS36645 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4x28A Crystal structure of the chse4-chse5 complex from mycobacterium tuberculosis (see paper)
34% identity, 100% coverage: 1:402/402 of query aligns to 1:382/386 of 4x28A

query
sites
4x28A
M
 
M
D
 
R
L
 
I
R
 
S
F
 
Y
S
 
T
A
 
P
A
 
Q
E
 
Q
Q
 
E
A
 
E
F
 
L
R
 
R
E
 
R
E
 
E
V
 
L
R
 
R
S
 
S
F
 
Y
V
 
F
Q
 
-
A
 
A
S
 
T
L
 
L
P
 
M
A
 
T
D
 
P
I
 
E
R
 
R
D
 
R
K
 
E
V
 
A
L
 
L
A
 
S
H
 
S
Q
 
V
R
 
N
V
 
V
E
 
Y
K
 
R
D
 
E
D
 
T
Y
 
I
V
 
A
R
 
Q
W
 
M
H
 
G
R
 
R
I
 
-
L
 
-
H
 
-
A
 
-
R
 
D
G
 
G
W
 
W
G
 
L
A
 
A
P
 
L
T
 
G
W
 
W
P
 
P
K
 
K
E
 
E
W
 
Y
G
 
G
G
 
G
T
 
Q
G
 
G
W
 
R
N
 
S
A
 
A
L
 
M
Q
 
D
R
 
Q
L
 
L
I
 
I
F
 
F
E
 
T
I
 
D
E
 
E
A
 
A
F
 
A
R
 
I
A
 
A
G
 
G
A
 
A
P
 
P
R
 
-
L
 
-
L
 
V
P
 
P
F
 
F
-
 
L
G
 
T
L
 
I
T
 
N
M
 
S
I
 
V
G
 
A
P
 
P
V
 
T
L
 
I
M
 
M
K
 
A
Y
 
Y
A
 
G
S
 
T
Q
 
D
E
 
E
H
 
Q
K
 
K
E
 
R
R
 
F
F
 
F
L
 
L
P
 
P
R
 
R
I
 
I
P
 
A
T
 
A
V
 
G
E
 
D
D
 
L
F
 
H
W
 
F
C
 
S
Q
x
I
G
 
G
Y
|
Y
S
|
S
E
 
E
P
 
P
G
 
G
S
 
A
G
|
G
S
x
T
D
 
D
L
 
L
A
 
A
S
 
N
L
 
L
K
 
R
T
 
T
R
 
T
A
 
A
V
 
V
R
 
R
R
 
D
G
 
G
D
 
D
R
 
D
Y
 
Y
I
 
V
V
 
V
N
 
N
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
T
 
M
W
|
W
T
 
T
T
x
S
M
 
L
A
 
I
H
 
Q
F
 
Y
A
 
A
D
 
D
W
 
Y
I
 
V
F
 
W
C
 
L
L
 
A
V
 
V
R
 
R
T
 
T
D
 
N
S
 
P
E
 
E
S
 
S
-
 
S
-
 
G
-
 
A
K
 
K
P
 
K
Q
 
H
E
 
R
G
 
G
I
 
I
S
 
S
M
 
V
L
 
L
L
 
I
I
 
V
D
 
P
M
 
T
K
 
T
T
 
A
P
 
E
G
 
G
V
 
F
T
 
S
V
 
W
R
 
T
P
 
P
I
 
V
V
 
H
T
 
T
L
 
M
D
 
-
G
 
A
G
 
G
H
 
P
D
 
D
V
 
T
N
 
S
E
 
A
V
 
T
W
 
Y
F
 
Y
E
 
S
D
 
D
V
 
V
E
 
R
V
 
V
P
 
P
A
 
V
G
 
A
N
 
N
L
 
R
L
 
V
G
 
G
E
 
E
E
 
E
N
 
N
R
 
A
G
 
G
W
 
W
T
 
K
Y
 
L
A
 
V
K
 
T
Y
 
N
L
 
Q
L
 
L
G
 
N
H
 
H
E
|
E
R
 
R
T
 
V
G
 
A
I
 
L
A
 
V
G
 
S
I
 
P
G
 
A
H
 
P
C
 
I
N
 
F
R
 
G
E
 
C
L
 
L
R
 
R
Q
 
E
L
 
V
K
 
R
H
 
E
Y
 
W
A
 
A
T
 
Q
Q
 
N
A
 
T
T
 
K
D
 
D
G
 
A
A
 
G
G
 
G
R
 
T
P
 
R
L
 
L
I
 
I
D
 
D
D
 
S
V
 
E
R
 
W
M
 
V
R
 
Q
D
 
L
K
 
N
I
 
L
A
 
A
R
 
R
I
 
V
E
 
H
M
 
A
D
 
K
I
 
A
M
 
E
A
 
V
L
 
L
E
 
K
M
 
L
L
 
I
L
 
N
L
 
W
R
 
E
V
 
L
A
 
A
T
 
S
Q
 
S
D
 
-
A
 
-
G
 
-
R
 
Q
G
 
G
P
 
P
G
 
S
P
 
P
-
 
A
E
 
D
A
 
A
S
 
S
I
 
A
V
 
A
K
 
K
I
 
V
R
 
F
G
 
G
S
 
T
E
 
E
I
 
L
Q
 
A
Q
 
T
D
 
E
L
 
A
A
 
Y
M
 
R
L
 
L
Q
 
L
M
 
M
E
 
E
V
 
V
A
 
L
G
 
G
P
 
T
N
 
A
A
 
A
W
 
T
-
 
L
-
 
R
P
 
Q
Y
 
N
S
 
S
P
 
P
R
 
G
W
 
A
L
 
L
E
 
L
A
 
R
G
 
G
E
 
R
A
 
V
P
 
E
P
 
-
A
 
-
D
 
-
A
 
-
P
 
R
L
 
M
H
 
H
A
 
R
P
 
A
A
 
C
W
 
L
A
 
I
A
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
S
 
-
T
 
-
Y
 
-
F
 
-
D
 
-
M
 
-
R
 
-
K
 
-
T
 
L
S
 
T
I
x
F
Y
 
G
G
|
G
G
 
G
T
|
T
T
 
N
E
|
E
V
|
V
Q
 
Q
K
 
R
N
 
D
I
 
I
I
 
I
S
 
G
K
x
M
M
 
V
I
 
A
L
 
L
G
 
G
F
 
L

I6YCA3 Acyl-CoA dehydrogenase FadE26; ACAD; 3-oxocholest-4-en-26-oyl-CoA dehydrogenase alpha subunit; EC 1.3.99.- from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see paper)
33% identity, 100% coverage: 1:402/402 of query aligns to 1:395/400 of I6YCA3

query
sites
I6YCA3
M
 
M
D
 
R
L
 
I
R
 
S
F
 
Y
S
 
T
A
 
P
A
 
Q
E
 
Q
Q
 
E
A
 
E
F
 
L
R
 
R
E
 
R
E
 
E
V
 
L
R
 
R
S
 
S
F
 
Y
V
 
F
Q
 
A
A
 
T
S
 
L
L
 
M
P
 
T
A
 
P
D
 
E
I
 
R
R
 
R
D
 
E
K
 
A
V
 
L
L
 
S
A
 
S
H
 
V
Q
 
Q
-
 
G
-
 
E
-
 
Y
-
 
G
-
 
V
-
 
G
R
 
N
V
 
V
E
 
Y
K
 
R
D
 
E
D
 
T
Y
 
I
V
 
A
R
 
Q
W
 
M
H
 
G
R
 
R
I
 
-
L
 
-
H
 
-
A
 
-
R
 
D
G
 
G
W
 
W
G
 
L
A
 
A
P
 
L
T
 
G
W
 
W
P
 
P
K
 
K
E
 
E
W
 
Y
G
 
G
G
 
G
T
 
Q
G
 
G
W
 
R
N
 
S
A
 
A
L
 
M
Q
 
D
R
 
Q
L
 
L
I
 
I
F
 
F
E
 
T
I
 
D
E
 
E
A
 
A
F
 
A
R
 
I
A
 
A
G
 
G
A
 
A
P
 
P
R
 
-
L
 
-
L
 
V
P
 
P
F
 
F
-
 
L
G
 
T
L
 
I
T
 
N
M
 
S
I
 
V
G
 
A
P
 
P
V
 
T
L
 
I
M
 
M
K
 
A
Y
 
Y
A
 
G
S
 
T
Q
 
D
E
 
E
H
 
Q
K
 
K
E
 
R
R
 
F
F
 
F
L
 
L
P
 
P
R
 
R
I
 
I
P
 
A
T
 
A
V
 
G
E
 
D
D
 
L
F
 
H
W
 
F
C
 
S
Q
x
I
G
|
G
Y
|
Y
S
|
S
E
 
E
P
 
P
G
 
G
S
 
A
G
 
G
S
x
T
D
 
D
L
 
L
A
 
A
S
 
N
L
 
L
K
 
R
T
 
T
R
 
T
A
 
A
V
 
V
R
 
R
R
 
D
G
 
G
D
 
D
R
 
D
Y
 
Y
I
 
V
V
 
V
N
 
N
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
T
 
M
W
 
W
T
 
T
T
x
S
M
 
L
A
 
I
H
 
Q
F
 
Y
A
 
A
D
 
D
W
 
Y
I
 
V
F
 
W
C
 
L
L
 
A
V
 
V
R
 
R
T
 
T
D
 
N
S
 
P
E
 
E
S
 
S
-
 
S
-
 
G
-
 
A
K
 
K
P
 
K
Q
 
H
E
 
R
G
 
G
I
 
I
S
 
S
M
 
V
L
 
L
L
 
I
I
 
V
D
 
P
M
 
T
K
 
T
T
 
A
P
 
E
G
 
G
V
 
F
T
 
S
V
 
W
R
 
T
P
 
P
I
 
V
V
 
H
T
 
T
L
 
M
D
 
-
G
 
A
G
 
G
H
 
P
D
 
D
V
 
T
N
 
S
E
 
A
V
 
T
W
 
Y
F
 
Y
E
 
S
D
 
D
V
 
V
E
 
R
V
 
V
P
 
P
A
 
V
G
 
A
N
 
N
L
 
R
L
 
V
G
 
G
E
 
E
E
 
E
N
 
N
R
 
A
G
 
G
W
 
W
T
 
K
Y
 
L
A
 
V
K
 
T
Y
 
N
L
 
Q
L
 
L
G
 
N
H
 
H
E
|
E
R
 
R
T
 
V
G
 
A
I
 
L
A
 
V
G
 
S
I
 
P
G
 
A
H
 
P
C
 
I
N
 
F
R
 
G
E
 
C
L
 
L
R
 
R
Q
 
E
L
 
V
K
 
R
H
 
E
Y
 
W
A
 
A
T
 
Q
Q
 
N
A
 
T
T
 
K
D
 
D
G
 
A
A
 
G
G
 
G
R
 
T
P
 
R
L
 
L
I
 
I
D
 
D
D
 
S
V
 
E
R
 
W
M
 
V
R
 
Q
D
 
L
K
 
N
I
 
L
A
 
A
R
 
R
I
 
V
E
 
H
M
 
A
D
 
K
I
 
A
M
 
E
A
 
V
L
 
L
E
 
K
M
 
L
L
 
I
L
 
N
L
 
W
R
 
E
V
 
L
A
 
A
T
 
S
Q
 
S
D
 
Q
A
 
S
G
 
G
-
 
P
-
 
K
-
 
D
R
 
A
G
 
G
P
 
P
G
 
S
P
 
P
-
 
A
E
 
D
A
 
A
S
 
S
I
 
A
V
 
A
K
 
K
I
 
V
R
 
F
G
 
G
S
 
T
E
 
E
I
 
L
Q
 
A
Q
 
T
D
 
E
L
 
A
A
 
Y
M
 
R
L
 
L
Q
 
L
M
 
M
E
 
E
V
 
V
A
 
L
G
 
G
P
 
T
N
 
A
A
 
A
W
 
T
-
 
L
-
 
R
P
 
Q
Y
 
N
S
 
S
P
 
P
R
 
G
W
 
A
L
 
L
E
 
L
A
 
R
G
 
G
E
 
R
A
 
V
P
 
-
P
 
-
A
 
-
D
 
-
A
 
E
P
 
R
L
 
M
H
 
H
A
 
R
P
 
A
A
 
C
W
 
L
A
 
I
A
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
S
 
-
T
 
-
Y
 
-
F
 
-
D
 
-
M
 
-
R
 
-
K
 
-
T
 
L
S
 
T
I
 
F
Y
 
G
G
 
G
G
 
G
T
|
T
T
x
N
E
|
E
V
 
V
Q
 
Q
K
 
R
N
 
D
I
 
I
I
 
I
S
 
G
K
 
M
M
 
V
I
 
A
L
 
L
G
 
G
F
 
L

6wy8B Tcur3481-tcur3483 steroid acad (see paper)
34% identity, 88% coverage: 1:354/402 of query aligns to 1:349/384 of 6wy8B

query
sites
6wy8B
M
 
M
D
 
D
L
 
L
R
 
R
F
 
E
S
 
P
A
 
A
A
 
A
E
 
L
Q
 
S
A
 
E
F
 
L
R
 
R
E
 
A
E
 
E
V
 
L
R
 
R
S
 
A
F
 
Y
V
 
F
Q
 
N
A
 
G
S
 
L
L
 
L
P
 
P
A
 
A
D
 
D
I
 
E
R
 
R
D
 
R
K
 
R
V
 
V
L
 
-
A
 
G
H
 
E
Q
 
Q
R
 
G
V
 
V
E
 
G
K
 
G
D
 
E
D
 
R
Y
 
F
V
 
R
R
 
E
W
 
V
H
 
V
R
 
K
I
 
M
L
 
L
H
 
G
A
 
S
R
 
D
G
 
G
W
 
W
G
 
L
A
 
G
P
 
Y
T
 
G
W
 
W
P
 
P
K
 
K
E
 
E
W
 
Y
G
 
G
G
 
G
T
 
Q
G
 
G
W
 
R
N
 
S
A
 
I
L
 
S
Q
 
E
R
 
Q
L
 
Y
I
 
V
F
 
L
E
 
F
I
 
D
E
 
E
A
 
V
F
 
Q
R
 
R
A
 
A
G
 
G
A
 
L
P
 
P
R
 
-
L
 
-
L
 
F
P
 
P
F
 
F
-
 
V
G
 
T
L
 
V
T
 
N
M
 
T
I
 
V
G
 
G
P
 
P
V
 
T
L
 
L
M
 
M
K
 
K
Y
 
Y
A
 
G
S
 
T
Q
 
E
E
 
E
H
 
Q
K
 
K
E
 
K
R
 
K
F
 
Y
L
 
L
P
 
P
R
 
G
I
 
I
P
 
L
T
 
S
V
 
G
E
 
D
D
 
I
F
 
V
W
 
F
C
 
A
Q
x
I
G
 
G
Y
|
Y
S
x
T
E
 
E
P
 
P
G
 
G
S
 
A
G
|
G
S
x
T
D
 
D
L
 
L
A
 
A
S
 
S
L
 
L
K
 
T
T
 
T
R
 
R
A
 
A
V
 
V
R
 
R
R
 
D
G
 
G
D
 
D
R
 
E
Y
 
F
I
 
V
V
 
I
N
 
D
G
 
G
Q
 
S
K
 
K
T
 
I
W
x
F
T
 
T
T
x
S
M
 
G
A
 
A
H
 
N
F
 
T
A
 
A
D
 
D
W
 
Y
I
 
I
F
 
W
C
 
L
L
 
A
V
 
C
R
 
R
T
 
T
D
 
D
S
 
P
E
 
E
S
 
A
K
 
P
P
 
K
Q
 
H
E
 
K
G
 
G
I
 
I
S
 
S
M
 
I
L
 
I
L
 
I
I
 
V
D
 
P
M
 
T
K
 
D
T
 
A
P
 
E
G
 
G
V
 
F
T
 
S
V
 
W
R
 
S
P
 
P
I
 
I
V
 
Q
T
 
T
L
 
V
D
 
-
G
 
G
G
 
G
H
 
M
D
 
V
V
 
V
N
 
T
E
 
A
V
 
T
W
 
Y
F
 
Y
E
 
S
D
 
G
V
 
V
E
 
R
V
 
V
P
 
P
A
 
V
G
 
S
N
 
E
L
 
V
L
 
V
G
 
G
E
 
E
E
 
I
N
 
N
R
 
G
G
 
G
W
 
W
T
 
K
Y
 
L
A
 
I
K
 
T
Y
 
T
L
 
Q
L
 
L
G
 
N
H
 
H
E
|
E
R
 
R
T
 
I
G
 
G
I
 
L
A
 
A
G
 
A
I
 
L
G
 
G
H
 
-
C
 
-
N
 
G
R
 
R
E
 
M
L
 
I
R
 
R
Q
 
L
L
 
W
K
 
E
H
 
D
Y
 
V
A
 
V
T
 
A
Q
 
W
A
 
A
T
 
R
D
 
D
G
 
N
A
 
G
G
 
-
R
 
-
P
 
-
L
 
V
I
 
L
D
 
E
D
 
Q
V
 
P
R
 
W
M
 
V
R
 
R
D
 
R
K
 
D
I
 
L
A
 
A
R
 
R
I
 
T
E
 
Y
M
 
A
D
 
K
I
 
L
M
 
E
A
 
A
L
 
M
E
 
R
M
 
L
L
 
L
-
 
N
-
 
W
L
 
K
L
 
M
R
 
T
V
 
I
A
 
A
T
 
V
Q
 
E
D
 
N
A
 
D
G
 
-
R
 
E
G
 
L
P
 
T
G
 
G
P
 
A
E
 
D
A
 
A
S
 
G
I
 
A
V
 
T
K
 
K
I
 
A
R
 
Y
G
 
G
S
 
T
E
 
E
I
 
T
Q
 
H
Q
 
I
D
 
D
L
 
V
A
 
Q
M
 
R
L
 
T
Q
 
L
M
 
T
E
 
G
V
 
I
A
 
L
G
 
G
P
 
A
N
 
A
A
 
G
-
 
R
-
 
I
W
 
R
P
 
P
Y
 
E
S
 
S
P
 
P
R
 
G
W
 
A
L
 
V
E
 
L
A
 
A
G
 
G
E
 
Q

Sites not aligning to the query:

P71858 Acyl-CoA dehydrogenase FadE29; ACAD; 3-oxo-23,24-bisnorchol-4-en-22-oyl-CoA dehydrogenase beta subunit; 3-oxo-4-pregnene-20-carboxyl-CoA dehydrogenase beta subunit; EC 1.3.99.- from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see paper)
34% identity, 88% coverage: 1:352/402 of query aligns to 1:353/387 of P71858

query
sites
P71858
M
 
M
D
 
F
L
 
I
R
 
D
F
 
L
S
 
T
A
 
P
A
 
E
E
 
Q
Q
 
R
A
 
Q
F
 
L
R
 
Q
E
 
A
E
 
E
V
 
I
R
 
R
S
 
Q
F
 
Y
V
 
F
Q
 
S
A
 
N
S
 
L
L
 
I
P
 
S
A
 
P
D
 
D
I
 
E
R
 
R
D
 
T
K
 
E
V
 
M
L
 
-
A
 
-
H
 
-
Q
 
-
R
 
-
V
 
-
E
 
E
K
 
K
D
 
D
D
 
R
Y
 
H
V
 
G
R
 
P
W
 
A
H
 
Y
R
 
R
I
 
A
L
 
V
H
 
I
A
 
R
R
 
R
-
 
M
-
 
G
-
 
R
-
 
D
G
 
G
W
 
R
G
 
L
A
 
G
P
 
V
T
 
G
W
 
W
P
 
P
K
 
K
E
 
E
W
 
F
G
 
G
G
 
G
T
 
L
G
 
G
W
 
F
N
 
G
A
 
P
L
 
I
Q
 
E
R
 
Q
L
 
Q
I
 
I
F
 
F
E
 
V
I
 
N
E
 
E
A
 
A
F
 
H
R
 
R
A
 
A
G
 
D
A
 
V
P
 
P
R
 
-
L
 
L
L
 
P
P
 
A
F
 
V
G
 
T
L
 
L
T
 
Q
M
 
T
I
 
V
G
 
G
P
 
P
V
 
T
L
 
L
M
 
Q
K
 
A
Y
 
H
A
 
G
S
 
S
Q
 
E
E
 
L
H
 
Q
K
 
K
E
 
K
R
 
K
F
 
F
L
 
L
P
 
P
R
 
A
I
 
I
P
 
L
T
 
A
V
 
G
E
 
E
D
 
A
F
 
H
W
 
F
C
 
A
Q
 
I
G
 
G
Y
 
Y
S
 
T
E
 
E
P
 
P
G
 
E
S
 
A
G
 
G
S
 
T
D
 
D
L
 
L
A
 
A
S
 
S
L
 
L
K
 
R
T
 
T
R
 
T
A
 
A
V
 
V
R
 
R
R
 
D
G
 
G
D
 
D
R
 
H
Y
 
Y
I
 
I
V
 
V
N
 
N
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
T
 
V
W
 
F
T
 
T
T
 
T
M
 
G
A
 
A
H
 
H
F
 
D
A
 
A
D
 
D
W
 
Y
I
 
I
F
 
W
C
 
L
L
 
A
V
 
C
R
 
R
T
 
T
D
 
D
S
 
P
E
 
N
S
 
A
K
 
A
P
 
K
Q
 
H
E
 
K
G
 
G
I
 
I
S
 
S
M
 
I
L
 
L
L
 
I
I
 
V
D
 
D
M
 
T
K
 
K
T
 
D
P
 
P
G
 
G
V
 
Y
T
 
S
V
 
W
R
 
T
P
 
P
I
 
I
V
 
I
T
 
L
L
 
A
D
 
D
G
 
G
G
 
A
H
 
H
D
 
H
V
 
T
N
 
N
E
 
A
V
 
T
W
 
Y
F
 
Y
E
 
N
D
 
D
V
 
V
E
 
R
V
 
V
P
 
P
A
 
V
G
 
D
N
 
M
L
 
L
L
 
V
G
 
G
E
 
K
E
 
E
N
 
N
R
 
D
G
 
G
W
 
W
T
 
R
Y
 
L
A
 
I
K
 
T
Y
 
T
L
 
Q
L
 
L
G
 
N
H
 
N
E
|
E
R
 
R
T
 
V
G
 
M
I
 
L
A
 
G
G
 
P
I
 
A
G
 
G
H
 
R
C
 
F
N
 
A
R
 
S
E
 
I
L
 
Y
R
 
D
Q
 
R
L
 
V
K
 
H
H
 
A
Y
 
W
A
 
A
T
 
S
Q
 
-
A
 
V
T
 
P
D
 
G
G
 
G
A
 
N
G
 
G
R
 
V
P
 
T
L
 
P
I
 
I
D
 
D
D
 
H
V
 
D
R
 
D
M
 
V
R
 
K
D
 
R
K
 
A
I
 
L
A
 
G
R
 
E
I
 
I
E
 
R
M
 
A
D
 
I
I
 
W
M
 
R
A
 
I
L
 
N
E
 
E
M
 
L
L
 
L
L
 
N
L
 
W
R
 
Q
V
 
V
A
 
A
T
 
S
Q
 
-
D
 
-
A
 
A
G
 
G
R
 
E
G
 
D
P
 
I
G
 
N
-
 
M
P
 
A
E
 
D
A
 
A
S
 
A
I
 
A
V
 
T
K
 
K
I
 
V
R
 
F
G
 
G
S
 
T
E
 
E
I
 
R
Q
 
V
Q
 
Q
D
 
R
L
 
A
A
 
G
M
 
R
L
 
L
Q
 
A
M
 
E
E
 
E
V
 
I
A
 
V
G
 
G
P
 
K
N
 
Y
A
 
G
W
 
N
P
 
P
Y
 
A
S
 
E
P
 
P
-
 
D
-
 
T
-
 
A
-
 
E
-
 
L
-
 
L
R
 
R
W
 
W
L
 
L
E
 
D
A
 
A

6wy9A Tcur3481-tcur3483 steroid acad g363a variant (see paper)
33% identity, 87% coverage: 7:354/402 of query aligns to 3:345/380 of 6wy9A

query
sites
6wy9A
A
 
A
A
 
A
E
 
L
Q
 
S
A
 
E
F
 
L
R
 
R
E
 
A
E
 
E
V
 
L
R
 
R
S
 
A
F
 
Y
V
 
F
Q
 
N
A
 
G
S
 
L
L
 
L
P
 
P
A
 
A
D
 
D
I
 
E
R
 
R
D
 
R
K
 
R
V
 
V
L
 
-
A
 
G
H
 
E
Q
 
Q
R
 
G
V
 
V
E
 
G
K
 
G
D
 
E
D
 
R
Y
 
F
V
 
R
R
 
E
W
 
V
H
 
V
R
 
K
I
 
M
L
 
L
H
 
G
A
 
S
R
 
D
G
 
G
W
 
W
G
 
L
A
 
G
P
 
Y
T
 
G
W
 
W
P
 
P
K
 
K
E
 
E
W
 
Y
G
 
G
G
 
G
T
 
Q
G
 
G
W
 
R
N
 
S
A
 
I
L
 
S
Q
 
E
R
 
Q
L
 
Y
I
 
V
F
 
L
E
 
F
I
 
D
E
 
E
A
 
V
F
 
Q
R
 
R
A
 
A
G
 
G
A
 
L
P
 
P
R
 
-
L
 
-
L
 
F
P
 
P
F
 
F
-
 
V
G
 
T
L
 
V
T
 
N
M
 
T
I
 
V
G
 
G
P
 
P
V
 
T
L
 
L
M
 
M
K
 
K
Y
 
Y
A
 
G
S
 
T
Q
 
E
E
 
E
H
 
Q
K
 
K
E
 
K
R
 
K
F
 
Y
L
 
L
P
 
P
R
 
G
I
 
I
P
 
L
T
 
S
V
 
G
E
 
D
D
 
I
F
 
V
W
 
F
C
 
A
Q
x
I
G
 
G
Y
|
Y
S
x
T
E
 
E
P
 
P
G
 
G
S
 
A
G
|
G
S
x
T
D
 
D
L
 
L
A
 
A
S
 
S
L
 
L
K
 
T
T
 
T
R
 
R
A
 
A
V
 
V
R
 
R
R
 
D
G
 
G
D
 
D
R
 
E
Y
 
F
I
 
V
V
 
I
N
 
D
G
 
G
Q
 
S
K
 
K
T
 
I
W
x
F
T
 
T
T
x
S
M
 
G
A
 
A
H
 
N
F
 
T
A
 
A
D
 
D
W
 
Y
I
 
I
F
 
W
C
 
L
L
 
A
V
 
C
R
 
R
T
 
T
D
 
D
S
 
P
E
 
E
S
 
A
K
 
P
P
 
K
Q
 
H
E
 
K
G
 
G
I
 
I
S
 
S
M
 
I
L
 
I
L
 
I
I
 
V
D
 
P
M
 
T
K
 
D
T
 
A
P
 
E
G
 
G
V
 
F
T
 
S
V
 
W
R
 
S
P
 
P
I
 
I
V
 
Q
T
 
T
L
 
V
D
 
-
G
 
G
G
 
G
H
 
M
D
 
V
V
 
V
N
 
T
E
 
A
V
 
T
W
 
Y
F
 
Y
E
 
S
D
 
G
V
 
V
E
 
R
V
 
V
P
 
P
A
 
V
G
 
S
N
 
E
L
 
V
L
 
V
G
 
G
E
 
E
E
 
I
N
 
N
R
 
G
G
 
G
W
 
W
T
 
K
Y
 
L
A
 
I
K
 
T
Y
 
T
L
 
Q
L
 
L
G
 
N
H
 
H
E
|
E
R
 
R
T
 
I
G
 
G
I
 
L
A
 
A
G
 
A
I
 
L
G
 
G
H
 
-
C
 
-
N
 
G
R
 
R
E
 
M
L
 
I
R
 
R
Q
 
L
L
 
W
K
 
E
H
 
D
Y
 
V
A
 
V
T
 
A
Q
 
W
A
 
A
T
 
R
D
 
D
G
 
N
A
 
G
G
 
-
R
 
-
P
 
-
L
 
V
I
 
L
D
 
E
D
 
Q
V
 
P
R
 
W
M
 
V
R
 
R
D
 
R
K
 
D
I
 
L
A
 
A
R
 
R
I
 
T
E
 
Y
M
 
A
D
 
K
I
 
L
M
 
E
A
 
A
L
 
M
E
 
R
M
 
L
L
 
L
-
 
N
-
 
W
L
 
K
L
 
M
R
 
T
V
 
I
A
 
A
T
 
V
Q
 
E
D
 
N
A
 
D
G
 
-
R
 
E
G
 
L
P
 
T
G
 
G
P
 
A
E
 
D
A
 
A
S
 
G
I
 
A
V
 
T
K
 
K
I
 
A
R
 
Y
G
 
G
S
 
T
E
 
E
I
 
T
Q
 
H
Q
 
I
D
 
D
L
 
V
A
 
Q
M
 
R
L
 
T
Q
 
L
M
 
T
E
 
G
V
 
I
A
 
L
G
 
G
P
 
A
N
 
A
A
 
G
-
 
R
-
 
I
W
 
R
P
 
P
Y
 
E
S
 
S
P
 
P
R
 
G
W
 
A
L
 
V
E
 
L
A
 
A
G
 
G
E
 
Q

Sites not aligning to the query:

P96855 Acyl-CoA dehydrogenase FadE34; ACAD; 3-oxochol-4-en-24-oyl-CoA dehydrogenase; EC 1.3.99.- from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see paper)
32% identity, 87% coverage: 54:402/402 of query aligns to 392:709/711 of P96855

query
sites
P96855
G
 
G
W
 
L
G
 
L
A
 
A
P
 
P
T
 
H
W
 
W
P
 
P
K
 
A
E
 
P
W
 
Y
G
 
G
G
 
R
T
 
G
G
 
A
W
 
S
N
 
P
A
 
A
L
 
E
Q
 
Q
R
 
L
L
 
L
I
 
I
-
 
D
F
 
Q
E
 
E
I
 
L
E
 
A
A
 
A
F
 
A
R
 
K
A
 
V
G
 
E
A
 
R
P
 
P
R
 
D
L
 
L
L
 
-
P
 
-
F
 
-
G
 
-
L
 
-
T
 
-
M
 
V
I
 
I
G
 
G
-
 
W
-
 
W
-
 
A
-
 
A
P
 
P
V
 
T
L
 
I
M
 
L
K
 
E
Y
 
H
A
 
G
S
 
T
Q
 
P
E
 
E
H
 
Q
K
 
I
E
 
E
R
 
R
F
 
F
L
 
V
P
 
P
R
 
A
I
 
T
P
 
M
T
 
R
V
 
G
E
 
E
D
 
F
F
 
L
W
 
W
C
 
C
Q
 
Q
G
 
L
Y
 
F
S
 
S
E
 
E
P
 
P
G
 
G
S
 
A
G
 
G
S
 
S
D
 
D
L
 
L
A
 
A
S
 
S
L
 
L
K
 
R
T
 
T
R
 
K
A
 
A
V
 
V
R
 
R
R
 
A
G
 
D
D
 
G
R
 
G
Y
 
W
I
 
L
V
 
L
N
 
T
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
T
 
V
W
 
W
T
 
T
T
 
S
M
 
A
A
 
A
H
 
H
F
 
K
A
 
A
D
 
R
W
 
W
I
 
G
F
 
V
C
 
C
L
 
L
V
 
A
R
 
R
T
 
T
D
 
D
S
 
P
E
 
D
S
 
A
K
 
P
P
 
K
Q
 
H
E
 
K
G
 
G
I
 
I
S
 
T
M
 
Y
L
 
F
L
 
L
I
 
V
D
 
D
M
 
M
K
 
T
T
 
T
P
 
P
G
 
G
V
 
I
T
 
E
V
 
I
R
 
R
P
 
P
I
 
L
V
 
R
T
 
E
L
 
I
D
 
T
G
 
G
G
 
D
H
 
S
D
 
L
V
 
F
N
 
N
E
 
E
V
 
V
W
 
F
F
 
L
E
 
D
D
 
N
V
 
V
E
 
F
V
 
V
P
 
P
A
 
D
G
 
E
N
 
M
L
 
V
L
 
V
G
 
G
E
 
A
E
 
V
N
 
N
R
 
D
G
 
G
W
 
W
T
 
R
Y
 
L
A
 
A
K
 
R
Y
 
T
L
 
T
L
 
L
G
 
A
H
 
N
E
|
E
R
 
R
T
 
V
G
 
A
I
 
M
A
 
A
-
 
T
-
 
G
-
 
T
G
 
A
I
 
L
G
 
G
H
 
N
C
 
P
N
 
M
R
 
E
E
 
E
L
 
L
R
 
-
Q
 
-
L
 
L
K
 
K
H
 
V
Y
 
L
A
 
G
T
 
D
Q
 
M
A
 
E
T
 
L
D
 
-
G
 
-
A
 
-
G
 
-
R
 
-
P
 
-
L
 
-
I
 
-
D
 
-
D
 
D
V
 
V
R
 
A
M
 
Q
R
 
Q
D
 
D
K
 
R
I
 
L
A
 
G
R
 
R
I
 
L
E
 
I
M
 
L
D
 
L
I
 
A
M
 
Q
A
 
A
L
 
G
E
 
A
M
 
L
L
 
L
L
 
D
L
 
R
R
 
R
V
 
I
A
 
A
-
 
E
T
 
L
Q
 
A
D
 
V
A
 
G
G
 
G
R
 
Q
G
 
D
P
 
P
G
 
G
P
 
A
E
 
Q
A
 
S
S
 
S
I
 
V
V
 
R
K
 
K
I
 
L
R
 
I
G
 
G
S
 
V
E
 
R
I
 
Y
Q
 
R
Q
 
Q
D
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
E
L
 
Y
Q
 
L
M
 
M
E
 
E
V
 
V
A
 
S
G
 
D
P
 
G
N
 
G
A
 
G
W
 
L
P
 
V
Y
 
E
S
 
N
P
 
-
R
 
-
W
 
-
L
 
-
E
 
-
A
 
-
G
 
-
E
 
-
A
 
-
P
 
-
P
 
-
A
 
-
D
 
-
A
 
-
P
 
-
L
 
-
H
 
-
A
 
-
P
 
-
A
 
-
W
 
-
A
 
-
A
 
-
P
 
R
A
 
A
A
 
V
S
 
Y
T
 
D
Y
 
F
F
 
L
D
 
N
M
 
T
R
 
R
K
 
C
T
 
L
S
 
T
I
 
I
Y
 
A
G
 
G
G
 
G
T
 
T
T
 
E
E
 
Q
V
 
I
Q
 
L
K
 
L
N
 
T
I
 
V
I
 
A
S
 
A
K
 
E
M
 
R
I
 
L
L
 
L
G
 
G
F
 
L

Sites not aligning to the query:

2pg0A Crystal structure of acyl-coa dehydrogenase from geobacillus kaustophilus
30% identity, 86% coverage: 54:399/402 of query aligns to 49:378/380 of 2pg0A

query
sites
2pg0A
G
 
G
W
 
F
G
 
L
A
 
C
P
 
P
T
 
W
W
 
V
P
 
D
K
 
E
E
 
K
W
 
Y
G
 
G
G
 
G
T
 
L
G
 
N
W
 
A
N
 
D
A
 
F
L
 
A
Q
 
Y
R
 
S
L
 
V
I
 
V
F
 
I
E
 
N
I
 
E
E
 
E
A
 
L
F
 
E
R
 
K
A
 
V
G
 
G
A
 
S
P
 
S
R
 
-
L
 
L
L
 
V
P
 
G
F
 
I
G
 
G
L
 
L
-
 
H
-
 
N
T
 
D
M
 
I
I
 
V
G
 
T
P
 
P
V
 
Y
L
 
I
M
 
A
K
 
S
Y
 
Y
A
 
G
S
 
T
Q
 
E
E
 
E
H
 
Q
K
 
K
E
 
Q
R
 
K
F
 
W
L
 
L
P
 
P
R
 
K
I
 
C
P
 
V
T
 
T
V
 
G
E
 
E
D
 
L
F
 
I
W
 
T
C
 
A
Q
x
I
G
 
A
Y
x
M
S
x
T
E
 
E
P
 
P
G
 
G
S
 
A
G
|
G
S
|
S
D
 
D
L
 
L
A
 
A
S
 
N
L
 
I
K
 
S
T
 
T
R
 
T
A
 
A
V
 
V
R
 
K
R
 
D
G
 
G
D
 
D
R
 
Y
Y
 
Y
I
 
I
V
 
V
N
 
N
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
T
 
T
W
x
F
T
x
I
T
|
T
M
 
N
A
 
G
H
 
I
F
 
H
A
 
A
D
 
D
W
 
L
I
 
I
F
 
V
C
 
V
L
 
A
V
 
C
R
 
K
T
 
T
D
 
D
S
 
P
E
 
Q
S
 
A
K
 
K
-
 
P
P
 
P
Q
 
H
E
 
R
G
 
G
I
 
I
S
 
S
M
 
L
L
 
L
L
 
V
I
 
V
D
 
E
M
 
R
K
 
D
T
 
T
P
 
P
G
 
G
V
 
F
T
 
T
V
 
R
R
 
G
P
 
R
I
 
K
V
 
L
T
 
E
L
 
K
D
 
V
G
 
G
G
 
L
H
 
H
-
 
A
-
 
Q
D
 
D
V
 
T
N
 
A
E
 
E
V
 
L
W
 
F
F
 
F
E
 
Q
D
 
D
V
 
A
E
 
K
V
 
V
P
 
P
A
 
A
G
 
Y
N
 
N
L
 
L
L
 
L
G
 
G
E
 
E
E
 
E
N
 
G
R
 
K
G
 
G
W
 
F
T
 
Y
Y
 
Y
A
 
L
K
 
M
Y
 
E
L
 
K
L
 
L
G
 
Q
H
 
Q
E
|
E
R
 
R
T
 
L
G
 
V
I
 
V
A
 
A
G
 
I
I
 
A
G
 
A
H
 
Q
C
 
T
N
 
A
R
 
A
E
 
E
L
 
V
-
 
M
-
 
F
R
 
S
Q
 
L
L
 
T
K
 
K
H
 
Q
Y
 
Y
A
 
V
T
 
K
Q
 
Q
A
x
R
T
 
T
D
 
-
G
 
A
A
x
F
G
 
G
R
 
K
P
 
R
L
 
V
I
 
S
D
 
E
D
x
F
V
 
Q
R
 
T
M
 
V
R
 
Q
D
 
F
K
 
R
I
 
L
A
 
A
R
 
E
I
 
M
E
 
A
M
 
T
D
 
E
I
 
I
M
 
A
A
 
L
L
 
G
E
 
R
M
 
T
L
 
F
L
 
V
L
 
D
R
 
R
V
 
V
A
 
I
T
 
E
Q
 
E
D
 
H
-
 
M
A
 
A
G
 
G
R
 
K
G
 
Q
P
 
I
G
 
V
P
 
T
E
 
E
A
 
V
S
 
S
I
 
M
V
 
A
K
 
K
I
 
W
R
 
W
G
 
I
S
 
T
E
 
E
I
 
M
Q
 
A
Q
 
K
D
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
A
L
 
E
Q
 
A
M
 
M
E
x
Q
V
x
L
A
 
H
G
|
G
P
 
-
N
 
-
A
x
G
W
 
Y
P
 
G
Y
 
Y
S
 
M
P
 
E
R
 
E
W
 
Y
L
 
-
E
 
-
A
 
-
G
 
-
E
 
-
A
 
-
P
 
-
P
 
-
A
 
-
D
 
-
A
 
-
P
 
-
L
 
-
H
 
-
A
 
-
P
 
-
A
 
-
W
 
-
A
 
-
A
 
-
P
 
E
A
 
I
A
 
A
S
 
R
T
 
R
Y
 
Y
F
 
R
D
 
D
M
 
I
R
 
P
K
x
V
T
 
S
S
 
A
I
|
I
Y
|
Y
G
x
A
G
 
G
T
|
T
T
 
N
E
|
E
V
x
M
Q
 
M
K
 
K
N
 
T
I
 
I
I
 
I
S
 
A
K
x
R
M
 
Q
I
 
L

P51174 Long-chain specific acyl-CoA dehydrogenase, mitochondrial; LCAD; EC 1.3.8.8 from Mus musculus (Mouse) (see paper)
27% identity, 99% coverage: 5:400/402 of query aligns to 53:427/430 of P51174

query
sites
P51174
F
 
F
S
 
S
A
 
S
A
 
E
E
 
H
Q
 
D
A
 
I
F
 
F
R
 
R
E
 
E
E
 
S
V
 
V
R
 
R
S
 
K
F
 
F
V
 
F
Q
 
Q
A
 
E
S
 
E
L
 
V
P
 
-
A
 
-
D
 
-
I
 
-
R
 
-
D
 
-
K
 
-
V
 
I
L
 
P
A
 
H
H
 
H
Q
 
T
R
 
E
V
 
W
E
 
E
K
 
K
D
 
A
D
 
G
Y
 
E
V
 
V
R
 
S
-
 
R
-
 
E
-
 
V
W
 
W
H
 
E
R
 
K
I
 
A
L
 
-
H
 
G
A
 
K
R
 
Q
G
 
G
W
 
L
G
 
L
A
 
G
P
 
I
T
 
N
W
 
I
P
 
A
K
 
E
E
 
K
W
 
H
G
 
G
G
 
G
T
 
I
G
 
G
W
 
G
N
 
D
A
 
L
L
 
L
Q
 
S
R
 
T
L
 
A
I
 
V
-
 
T
F
 
W
E
 
E
I
 
E
E
 
Q
A
 
A
F
 
Y
R
 
S
A
 
N
G
 
C
A
 
T
P
 
G
R
 
P
L
 
G
L
 
F
P
 
S
F
 
L
G
 
H
L
 
S
T
 
D
M
 
I
I
 
V
G
 
M
P
 
P
V
 
Y
L
 
I
M
 
A
K
 
N
Y
 
Y
A
 
G
S
 
T
Q
 
K
E
 
E
H
 
Q
K
 
I
E
 
E
R
 
K
F
 
F
L
 
I
P
 
P
R
 
Q
I
 
M
P
 
T
T
 
A
V
 
G
E
 
K
D
 
C
F
 
I
W
 
G
C
 
A
Q
 
I
G
 
A
Y
 
M
S
 
T
E
 
E
P
 
P
G
 
G
S
 
A
G
 
G
S
 
S
D
 
D
L
 
L
A
 
Q
S
 
G
L
 
V
K
 
R
T
 
T
R
 
N
A
 
A
V
 
K
R
 
R
R
 
S
G
 
G
D
 
S
R
 
D
Y
 
W
I
 
I
V
 
L
N
 
N
G
 
G
Q
 
S
K
 
K
T
 
V
W
 
F
T
 
I
T
 
T
M
 
N
A
 
G
H
 
W
F
 
L
A
 
S
D
 
D
W
 
L
I
 
V
F
 
I
C
 
V
L
 
V
V
 
A
R
 
V
T
 
T
D
 
N
S
 
R
E
 
E
S
 
A
K
 
R
-
 
S
P
 
P
Q
 
A
E
 
H
G
 
G
I
 
I
S
 
S
M
 
L
L
 
F
L
 
L
I
 
V
D
 
E
M
 
N
K
 
G
T
 
M
P
 
K
G
 
G
-
 
F
V
 
I
T
 
K
V
 
G
R
 
R
P
 
K
I
 
L
V
 
H
T
 
K
L
 
M
D
 
G
-
 
M
G
 
K
G
 
A
H
 
Q
D
 
D
V
 
T
N
 
A
E
 
E
V
 
L
W
 
F
F
 
F
E
 
E
D
 
D
V
 
V
E
 
R
V
 
L
P
 
P
A
 
A
G
 
N
N
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
G
E
 
E
E
 
E
N
 
N
R
 
K
G
 
G
W
 
F
T
 
Y
Y
 
Y
A
 
L
K
 
M
Y
 
Q
L
 
E
L
 
L
G
 
P
H
 
Q
E
 
E
R
 
R
T
 
L
G
 
L
I
 
I
A
 
A
-
 
E
-
 
L
G
 
A
I
 
I
G
 
S
H
 
A
C
 
C
N
 
E
R
 
F
E
 
M
L
 
F
R
 
E
Q
 
E
L
 
T
K
 
R
H
 
N
Y
 
Y
A
 
V
T
 
K
Q
 
Q
A
 
-
T
 
R
D
x
K
G
 
A
A
 
F
G
 
G
R
x
K
P
 
T
L
 
V
I
 
A
D
 
H
D
 
I
V
 
Q
R
 
T
M
 
V
R
 
Q
D
 
H
K
 
K
I
 
L
A
 
A
R
 
E
I
 
L
E
 
K
M
 
T
D
 
H
I
 
I
M
 
C
A
 
V
L
 
T
E
 
R
M
 
A
L
 
F
L
 
V
L
 
D
R
 
S
-
 
C
V
 
L
A
 
Q
T
 
L
Q
 
H
D
 
E
A
 
T
G
 
K
R
 
R
G
 
L
P
 
D
G
 
S
P
 
G
E
 
S
A
 
A
S
 
S
I
 
M
V
 
A
K
 
K
I
 
Y
R
 
W
G
 
A
S
 
S
E
 
E
I
 
L
Q
 
Q
Q
 
N
D
 
S
L
 
V
A
 
A
M
 
Y
L
 
E
Q
 
C
M
 
V
E
 
Q
V
 
L
A
 
H
G
 
G
P
 
-
N
 
-
A
 
G
W
 
W
P
 
G
Y
 
Y
S
 
-
P
 
-
R
 
-
W
 
-
L
 
-
E
 
-
A
 
-
G
 
-
E
 
-
A
 
-
P
 
-
P
 
-
A
 
-
D
 
-
A
 
-
P
 
-
L
 
-
H
 
-
A
 
-
P
 
-
A
 
M
W
 
W
A
 
E
A
 
Y
P
 
P
A
 
I
A
 
A
S
 
K
T
 
A
Y
 
Y
F
 
V
D
 
D
M
 
A
R
 
R
K
 
V
T
 
Q
S
 
P
I
 
I
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
T
 
T
T
 
N
E
 
E
V
 
I
Q
 
M
K
 
K
N
 
E
I
 
L
I
 
I
S
 
A
K
 
R
M
 
Q
I
 
I
L
 
V

Sites not aligning to the query:

1ukwB Crystal structure of medium-chain acyl-coa dehydrogenase from thermus thermophilus hb8
29% identity, 91% coverage: 36:400/402 of query aligns to 29:377/379 of 1ukwB

query
sites
1ukwB
Q
 
Q
R
 
E
V
 
Y
E
 
D
K
 
E
D
 
K
D
 
E
Y
 
E
V
 
V
R
 
P
W
 
W
H
 
P
R
 
V
I
 
I
-
 
E
-
 
K
L
 
L
H
 
H
A
 
E
R
 
V
G
 
G
W
 
L
G
 
L
A
 
N
P
 
A
T
 
I
W
 
I
P
 
P
K
 
E
E
 
E
W
 
Y
G
 
G
G
 
G
T
 
M
G
 
G
W
 
L
N
 
K
A
 
M
L
 
L
Q
 
D
R
 
E
L
 
V
I
 
I
F
 
V
E
 
G
I
 
E
E
 
E
-
 
L
A
 
A
F
 
Y
R
 
A
A
 
C
G
 
M
A
 
G
P
 
I
R
 
Y
L
 
T
L
 
I
P
 
P
F
 
M
G
 
A
L
 
S
T
 
D
M
 
L
-
 
G
I
 
I
G
 
T
P
 
P
V
 
V
L
 
L
M
 
L
K
 
A
Y
 
-
A
 
G
S
 
T
Q
 
E
E
 
E
H
 
Q
K
 
K
E
 
E
R
 
R
F
 
F
L
 
L
P
 
R
R
 
P
I
 
L
P
 
T
T
 
E
V
 
K
E
 
P
D
 
A
F
 
L
W
 
A
C
 
A
Q
x
F
G
 
A
Y
x
L
S
|
S
E
 
E
P
 
P
G
 
G
S
 
N
G
|
G
S
|
S
D
 
D
L
 
A
A
 
A
S
 
A
L
 
L
K
 
K
T
 
T
R
 
R
A
 
A
V
 
I
R
 
R
R
 
Q
G
 
G
D
|
D
R
x
H
Y
 
Y
I
 
V
V
 
L
N
 
N
G
 
G
Q
 
T
K
 
K
T
 
M
W
|
W
T
 
I
T
x
S
M
 
N
A
 
G
H
 
G
F
 
E
A
 
A
D
 
E
W
 
W
I
 
V
F
 
V
C
 
V
L
 
F
V
 
A
R
 
T
T
 
V
D
 
N
S
 
P
E
 
E
S
 
L
K
 
R
P
 
-
Q
 
H
E
 
K
G
 
G
I
 
V
S
 
V
M
 
A
L
 
L
L
 
V
I
 
V
D
 
E
M
 
R
K
 
G
T
 
T
P
 
P
G
 
G
V
 
F
T
 
K
V
 
A
R
 
I
P
 
K
I
 
I
V
 
H
T
 
G
L
x
K
D
 
M
G
 
G
-
 
Q
-
 
R
G
 
A
H
 
S
D
 
G
V
 
T
N
 
Y
E
 
E
V
 
L
W
 
V
F
 
F
E
 
E
D
 
D
V
 
V
E
 
K
V
 
V
P
 
P
A
 
V
G
 
E
N
 
N
L
 
R
L
 
L
G
 
G
E
 
E
E
 
E
N
 
G
R
 
E
G
 
G
W
 
F
T
 
K
Y
 
I
A
 
A
K
 
M
Y
 
Q
L
 
T
L
 
L
G
 
N
H
 
K
E
x
T
R
 
R
T
 
I
G
 
P
I
 
V
A
 
A
G
 
A
-
 
G
-
 
S
I
 
V
G
 
G
H
 
V
C
 
A
N
 
R
R
 
R
E
 
A
L
 
L
R
 
D
Q
 
E
L
 
A
K
 
R
H
 
K
Y
 
Y
A
 
A
T
 
K
Q
 
E
A
 
-
T
 
R
D
 
E
G
 
A
A
 
F
G
 
G
R
 
E
P
 
P
L
 
I
I
 
A
D
 
N
D
 
F
V
 
Q
R
 
A
M
 
I
R
 
Q
D
 
F
K
 
K
I
 
L
A
 
V
R
 
D
I
 
M
E
 
L
M
 
I
D
 
G
I
 
I
M
 
E
A
 
T
L
 
A
E
 
R
M
 
M
L
 
Y
L
 
T
L
 
Y
R
 
Y
V
 
A
A
 
A
-
 
W
T
 
L
Q
 
A
D
 
D
A
 
Q
G
 
G
R
 
L
G
 
P
P
 
H
G
 
A
P
 
H
E
 
A
A
 
S
S
 
A
I
 
I
V
 
A
K
 
K
I
 
A
R
 
Y
G
 
A
S
 
S
E
 
E
I
 
I
Q
 
A
Q
 
F
D
 
E
L
 
A
A
 
A
M
 
N
L
 
Q
Q
 
A
M
 
I
E
 
Q
V
 
I
A
 
H
G
 
G
P
 
-
N
 
-
A
 
G
W
 
Y
P
 
G
Y
 
Y
S
 
V
P
 
R
R
 
E
W
 
F
L
 
-
E
 
-
A
 
-
G
 
-
E
 
-
A
 
-
P
 
-
P
 
-
A
 
-
D
 
-
A
 
-
P
 
-
L
 
-
H
 
-
A
 
-
P
 
-
A
 
-
W
 
-
A
 
-
A
 
-
P
 
P
A
 
V
A
 
E
S
 
K
T
 
L
Y
 
L
F
 
R
D
 
D
M
 
V
R
 
K
K
x
L
T
 
N
S
 
Q
I
 
I
Y
|
Y
G
x
E
G
 
G
T
|
T
T
 
N
E
|
E
V
 
I
Q
 
Q
K
 
R
N
x
L
I
 
I
I
 
I
S
 
A
K
x
R
M
 
H
I
 
I
L
 
L

1ukwA Crystal structure of medium-chain acyl-coa dehydrogenase from thermus thermophilus hb8
29% identity, 91% coverage: 36:400/402 of query aligns to 29:377/379 of 1ukwA

query
sites
1ukwA
Q
 
Q
R
 
E
V
 
Y
E
 
D
K
 
E
D
 
K
D
 
E
Y
 
E
V
 
V
R
 
P
W
 
W
H
 
P
R
 
V
I
 
I
-
 
E
-
 
K
L
 
L
H
 
H
A
 
E
R
 
V
G
 
G
W
 
L
G
 
L
A
 
N
P
 
A
T
 
I
W
 
I
P
 
P
K
 
E
E
 
E
W
 
Y
G
 
G
G
 
G
T
 
M
G
 
G
W
 
L
N
 
K
A
 
M
L
 
L
Q
 
D
R
 
E
L
 
V
I
 
I
F
 
V
E
 
G
I
 
E
E
 
E
-
 
L
A
 
A
F
 
Y
R
 
A
A
 
C
G
 
M
A
 
G
P
 
I
R
 
Y
L
 
T
L
 
I
P
 
P
F
 
M
G
 
A
L
 
S
T
 
D
M
 
L
-
 
G
I
 
I
G
 
T
P
 
P
V
 
V
L
 
L
M
 
L
K
 
A
Y
 
-
A
 
G
S
 
T
Q
 
E
E
 
E
H
 
Q
K
 
K
E
 
E
R
 
R
F
 
F
L
 
L
P
 
R
R
 
P
I
 
L
P
 
T
T
 
E
V
 
K
E
 
P
D
 
A
F
 
L
W
 
A
C
 
A
Q
x
F
G
 
A
Y
x
L
S
|
S
E
 
E
P
 
P
G
 
G
S
 
N
G
|
G
S
|
S
D
 
D
L
 
A
A
 
A
S
 
A
L
 
L
K
 
K
T
 
T
R
 
R
A
 
A
V
 
I
R
 
R
R
 
Q
G
 
G
D
 
D
R
 
H
Y
 
Y
I
 
V
V
 
L
N
 
N
G
 
G
Q
 
T
K
 
K
T
 
M
W
|
W
T
 
I
T
x
S
M
 
N
A
 
G
H
 
G
F
 
E
A
 
A
D
 
E
W
 
W
I
 
V
F
 
V
C
 
V
L
 
F
V
 
A
R
 
T
T
 
V
D
 
N
S
 
P
E
 
E
S
 
L
K
 
R
P
 
-
Q
 
H
E
 
K
G
 
G
I
 
V
S
 
V
M
 
A
L
 
L
L
 
V
I
 
V
D
 
E
M
 
R
K
 
G
T
 
T
P
 
P
G
 
G
V
 
F
T
 
K
V
 
A
R
 
I
P
 
K
I
 
I
V
 
H
T
 
G
L
 
K
D
 
M
G
 
G
-
 
Q
-
 
R
G
 
A
H
 
S
D
 
G
V
 
T
N
 
Y
E
 
E
V
 
L
W
 
V
F
 
F
E
 
E
D
 
D
V
 
V
E
 
K
V
 
V
P
 
P
A
 
V
G
 
E
N
 
N
L
 
R
L
 
L
G
 
G
E
 
E
E
 
E
N
 
G
R
 
E
G
 
G
W
 
F
T
 
K
Y
 
I
A
 
A
K
 
M
Y
 
Q
L
 
T
L
 
L
G
 
N
H
 
K
E
x
T
R
 
R
T
 
I
G
 
P
I
 
V
A
 
A
G
 
A
-
 
G
-
 
S
I
 
V
G
 
G
H
 
V
C
 
A
N
 
R
R
 
R
E
 
A
L
 
L
R
 
D
Q
 
E
L
 
A
K
 
R
H
 
K
Y
 
Y
A
 
A
T
 
K
Q
 
E
A
 
-
T
 
R
D
 
E
G
 
A
A
 
F
G
 
G
R
 
E
P
 
P
L
 
I
I
 
A
D
 
N
D
 
F
V
 
Q
R
 
A
M
 
I
R
 
Q
D
 
F
K
 
K
I
 
L
A
 
V
R
 
D
I
 
M
E
 
L
M
 
I
D
 
G
I
 
I
M
 
E
A
 
T
L
 
A
E
 
R
M
 
M
L
 
Y
L
 
T
L
 
Y
R
 
Y
V
 
A
A
 
A
-
 
W
T
 
L
Q
 
A
D
 
D
A
 
Q
G
 
G
R
 
L
G
 
P
P
 
H
G
 
A
P
 
H
E
 
A
A
 
S
S
 
A
I
 
I
V
 
A
K
 
K
I
 
A
R
 
Y
G
 
A
S
 
S
E
 
E
I
 
I
Q
 
A
Q
 
F
D
 
E
L
 
A
A
 
A
M
 
N
L
 
Q
Q
 
A
M
 
I
E
 
Q
V
 
I
A
 
H
G
 
G
P
 
-
N
 
-
A
 
G
W
 
Y
P
 
G
Y
 
Y
S
 
V
P
 
R
R
 
E
W
 
F
L
 
-
E
 
-
A
 
-
G
 
-
E
 
-
A
 
-
P
 
-
P
 
-
A
 
-
D
 
-
A
 
-
P
 
-
L
 
-
H
 
-
A
 
-
P
 
-
A
 
-
W
 
-
A
 
-
A
 
-
P
 
P
A
 
V
A
 
E
S
 
K
T
 
L
Y
 
L
F
 
R
D
 
D
M
 
V
R
 
K
K
x
L
T
 
N
S
 
Q
I
 
I
Y
|
Y
G
x
E
G
 
G
T
|
T
T
 
N
E
|
E
V
 
I
Q
 
Q
K
 
R
N
x
L
I
 
I
I
 
I
S
 
A
K
x
R
M
 
H
I
 
I
L
 
L

6fahD Molecular basis of the flavin-based electron-bifurcating caffeyl-coa reductase reaction (see paper)
27% identity, 99% coverage: 3:400/402 of query aligns to 1:377/379 of 6fahD

query
sites
6fahD
L
 
M
R
 
Y
F
 
F
S
 
S
A
 
E
A
 
Q
E
 
N
Q
 
K
A
 
M
F
 
I
R
 
R
E
 
K
E
 
L
V
 
A
R
 
R
S
 
D
F
 
F
V
 
A
Q
 
E
A
 
K
S
 
E
L
 
L
P
 
T
A
 
T
D
 
E
I
 
I
R
 
L
D
 
D
K
 
E
V
 
V
L
 
E
A
 
E
H
 
S
Q
 
G
R
 
E
V
 
F
E
 
P
K
 
Q
D
 
E
D
 
I
Y
 
L
V
 
D
R
 
K
W
 
M
H
 
A
R
 
K
I
 
F
L
 
-
H
 
-
A
 
-
R
 
-
G
 
G
W
 
F
G
 
F
A
 
G
P
 
I
T
 
K
W
 
I
P
 
P
K
 
K
E
 
S
W
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
S
G
 
G
W
 
G
N
 
D
A
 
H
L
 
M
Q
 
S
R
 
Y
L
 
V
I
 
I
F
 
C
E
 
M
I
 
E
E
 
E
A
 
F
F
 
A
R
 
R
A
 
V
G
 
S
-
 
G
-
 
V
A
 
A
P
 
S
R
 
V
L
 
Y
L
 
L
P
 
S
F
 
S
G
 
P
L
 
N
T
 
S
M
 
L
I
 
A
G
 
G
P
 
G
V
 
P
L
 
L
M
 
L
K
 
L
Y
 
S
A
 
G
S
 
T
Q
 
E
E
 
E
H
 
Q
K
 
I
E
 
E
R
 
K
F
 
Y
L
 
L
P
 
K
R
 
P
I
 
I
P
 
I
T
 
T
V
 
G
E
 
K
D
 
K
F
 
K
W
 
L
C
 
A
Q
x
F
G
 
A
Y
x
L
S
x
T
E
 
E
P
 
P
G
 
G
S
 
A
G
 
G
S
 
S
D
 
D
L
 
A
A
 
G
S
 
G
L
 
M
K
 
S
T
 
T
R
 
T
A
 
A
V
 
V
R
 
D
R
 
M
G
 
G
D
 
D
R
 
Y
Y
 
Y
I
 
L
V
 
L
N
 
N
G
 
G
Q
x
R
K
 
K
T
 
T
W
x
F
T
 
I
T
|
T
M
 
M
A
 
A
H
 
P
F
 
L
A
 
C
D
 
D
W
 
D
I
 
A
F
 
V
C
 
I
L
 
Y
V
 
A
R
 
K
T
 
T
D
 
D
S
 
M
E
 
-
S
 
S
K
 
K
P
 
G
Q
 
T
E
 
R
G
 
G
I
 
I
S
 
S
M
 
A
L
 
F
L
 
I
I
 
V
D
 
D
M
 
L
K
 
K
T
 
S
P
 
E
G
 
G
V
 
V
T
 
S
V
 
M
R
 
G
P
 
K
I
 
N
V
x
E
T
 
H
L
 
K
D
 
M
G
 
G
-
 
L
-
 
I
G
 
G
H
 
C
D
 
A
V
 
T
N
 
S
E
 
D
V
 
I
W
 
I
F
 
M
E
 
E
D
 
D
V
 
V
E
 
K
V
 
V
P
 
P
A
 
K
G
 
E
N
 
N
L
 
R
L
 
L
G
 
G
E
 
E
E
 
V
N
 
N
R
 
K
G
 
G
W
 
F
T
 
S
Y
 
N
A
 
A
K
 
M
Y
 
K
L
 
T
L
 
L
G
 
D
H
 
V
E
x
G
R
 
R
T
 
L
G
 
G
I
 
V
A
 
A
-
 
S
-
 
Q
G
 
S
I
 
I
G
 
G
H
 
V
C
 
A
N
 
Q
R
 
G
E
 
A
L
 
L
R
 
D
Q
 
E
L
 
A
K
 
I
H
 
K
Y
 
Y
A
 
A
T
 
K
Q
 
E
A
x
R
T
 
K
D
x
Q
G
 
-
A
x
F
G
 
G
R
 
K
P
 
R
L
x
I
I
 
A
D
 
D
D
x
F
V
 
Q
R
 
A
M
 
I
R
 
A
D
 
F
K
 
M
I
 
I
A
 
A
R
 
D
I
 
M
E
 
A
M
 
T
D
 
K
I
 
L
M
 
E
A
 
A
L
 
A
E
 
K
M
 
L
L
 
L
L
 
V
L
 
Y
R
 
N
V
 
A
A
 
A
T
 
S
-
 
L
Q
 
M
D
 
D
A
 
N
G
 
K
R
 
K
G
 
N
P
 
A
G
 
T
P
 
K
E
 
E
A
 
A
S
 
S
I
 
M
V
 
A
K
 
K
I
 
F
R
 
Y
G
 
A
S
 
S
E
 
E
I
 
I
Q
 
C
Q
 
N
D
 
E
L
 
I
A
 
C
M
 
A
L
 
K
Q
 
A
M
 
V
E
x
Q
V
x
I
A
 
H
G
 
G
P
 
-
N
 
-
A
x
G
W
 
Y
P
 
G
Y
 
Y
S
 
I
P
 
K
R
 
E
W
 
Y
L
 
-
E
 
-
A
 
-
G
 
-
E
 
-
A
 
-
P
 
-
P
 
-
A
 
-
D
 
-
A
 
-
P
 
-
L
 
-
H
 
-
A
 
-
P
 
-
A
 
-
W
 
-
A
 
-
A
 
-
P
 
K
A
 
V
A
 
E
S
 
R
T
 
M
Y
 
Y
F
 
R
D
 
D
M
 
C
R
 
R
K
 
V
T
 
F
S
 
T
I
 
I
Y
|
Y
G
 
E
G
 
G
T
|
T
T
 
S
E
x
Q
V
 
V
Q
 
Q
K
 
Q
N
 
M
I
 
V
I
 
I
S
 
S
K
x
G
M
 
M
I
 
L
L
 
L

5ol2F The electron transferring flavoprotein/butyryl-coa dehydrogenase complex from clostridium difficile (see paper)
28% identity, 100% coverage: 1:400/402 of query aligns to 1:377/378 of 5ol2F

query
sites
5ol2F
M
 
M
D
 
D
L
 
L
R
 
N
F
 
-
S
 
S
A
 
K
A
 
K
E
 
Y
Q
 
Q
A
 
M
F
 
L
R
 
K
E
 
E
E
 
L
V
 
Y
R
 
V
S
 
S
F
 
F
V
 
A
Q
 
E
A
 
N
S
 
E
L
 
V
P
 
-
A
 
-
D
 
-
I
 
-
R
 
-
D
 
-
K
 
K
V
 
P
L
 
L
A
 
A
H
 
T
Q
x
E
R
 
L
V
 
D
E
 
E
K
x
E
D
 
E
D
x
R
-
 
F
-
 
P
Y
 
Y
V
 
E
R
 
T
W
 
V
H
 
E
R
 
K
I
 
M
L
 
A
H
 
K
A
 
A
R
 
G
G
 
M
W
 
M
G
 
G
A
 
I
P
 
P
T
 
-
W
 
Y
P
 
P
K
 
K
E
 
E
W
 
Y
G
 
G
G
 
G
T
 
E
G
 
G
W
 
G
N
 
D
A
 
T
L
 
V
Q
 
G
R
 
Y
L
 
I
I
 
M
F
 
A
E
 
V
I
 
E
E
 
E
A
 
L
F
 
S
R
 
R
-
 
V
A
 
C
G
 
G
A
 
T
P
 
T
R
 
G
L
 
V
L
 
I
P
 
L
F
 
S
G
 
A
L
 
H
T
 
T
M
 
S
I
 
L
G
 
G
P
 
S
-
 
W
V
 
P
L
 
I
M
 
Y
K
 
Q
Y
 
Y
A
 
G
S
 
N
Q
 
E
E
 
E
H
 
Q
K
 
K
E
 
Q
R
 
K
F
 
F
L
 
L
P
 
R
R
 
P
I
 
L
P
 
A
T
 
S
V
 
G
E
 
E
D
 
K
F
 
L
W
 
G
C
 
A
Q
x
F
G
 
G
Y
x
L
S
x
T
E
 
E
P
|
P
G
 
N
S
 
A
G
 
G
S
x
T
D
 
D
L
 
A
A
 
S
S
 
G
L
 
Q
K
 
Q
T
 
T
R
 
T
A
 
A
V
 
V
R
 
L
R
 
D
G
 
G
D
 
D
R
 
E
Y
 
Y
I
 
I
V
 
L
N
 
N
G
 
G
Q
 
S
K
 
K
T
 
I
W
x
F
T
x
I
T
|
T
M
 
N
A
 
A
H
 
I
F
 
A
A
 
G
D
 
D
W
 
I
I
 
Y
F
 
V
C
 
V
L
 
M
V
 
A
R
 
M
T
 
T
D
 
D
S
 
-
E
 
K
S
 
S
K
 
K
P
 
G
Q
 
N
E
 
K
G
 
G
I
 
I
S
 
S
M
 
A
L
 
F
L
 
I
I
 
V
D
 
E
M
 
K
K
 
G
T
 
T
P
 
P
G
 
G
V
 
F
T
 
S
-
 
F
-
 
G
V
 
V
R
 
K
P
x
E
I
 
K
V
 
K
T
 
M
L
 
G
D
 
I
G
 
R
G
 
G
H
 
S
D
 
A
V
 
T
N
 
S
E
 
E
V
 
L
W
 
I
F
 
F
E
 
E
D
 
D
V
 
C
E
 
R
V
 
I
P
 
P
A
 
K
G
 
E
N
 
N
L
 
L
L
 
L
G
 
G
E
 
K
E
 
E
N
 
G
R
 
Q
G
 
G
W
 
F
T
 
K
Y
 
I
A
 
A
K
 
M
Y
 
S
L
 
T
L
|
L
G
 
D
H
 
G
E
x
G
R
|
R
T
 
I
G
 
G
I
 
I
A
 
A
-
 
A
-
 
Q
G
 
A
I
 
L
G
 
G
H
 
L
C
 
A
N
 
Q
R
 
G
E
 
A
L
 
L
R
 
D
Q
 
E
L
 
T
K
 
V
H
 
K
Y
 
Y
A
 
V
T
 
K
Q
 
E
A
x
R
T
 
V
D
 
Q
G
 
-
A
x
F
G
 
G
R
 
R
P
 
P
L
|
L
I
 
S
D
 
K
D
x
F
V
 
Q
R
 
N
M
 
T
R
 
Q
D
 
F
K
 
Q
I
 
L
A
 
A
R
 
D
I
 
M
E
 
E
M
 
V
D
 
K
I
 
V
M
 
Q
A
 
A
L
 
A
E
 
R
M
 
H
L
 
L
L
 
V
L
 
Y
R
 
Q
V
 
A
A
 
A
-
 
I
T
 
N
Q
 
K
D
 
D
A
 
L
G
 
G
R
 
K
G
 
P
P
 
Y
G
 
G
P
 
V
E
 
E
A
 
A
S
 
A
I
 
M
V
 
A
K
 
K
I
 
L
R
 
F
G
 
A
S
 
A
E
 
E
I
 
T
Q
 
A
Q
 
M
D
 
E
L
 
V
A
 
T
M
 
T
L
 
K
Q
 
A
M
 
V
E
x
Q
V
x
L
A
 
H
G
|
G
P
 
-
N
 
-
A
x
G
W
 
Y
P
 
G
Y
 
Y
S
 
T
P
 
R
R
 
D
W
 
Y
L
 
-
E
 
-
A
 
-
G
 
-
E
 
-
A
 
-
P
 
-
P
 
-
A
 
-
D
 
-
A
 
-
P
 
-
L
 
-
H
 
-
A
 
-
P
 
-
A
 
-
W
 
-
A
 
-
A
 
-
P
 
P
A
 
V</