SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing RR42_RS37395 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS37395 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

1sz2B Crystal structure of e. Coli glucokinase in complex with glucose (see paper)
41% identity, 92% coverage: 7:324/345 of query aligns to 5:318/320 of 1sz2B

query
sites
1sz2B
L
 
L
L
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
G
 
G
G
 
G
T
 
T
N
 
N
V
 
A
R
 
R
F
 
L
A
 
A
L
 
L
-
 
C
E
 
D
T
 
I
A
 
A
P
 
S
Q
 
G
R
 
E
I
 
I
G
 
S
P
 
Q
V
 
A
T
 
K
A
 
T
L
 
Y
K
 
S
V
 
G
A
 
L
D
 
D
F
 
Y
P
 
P
S
 
S
L
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
V
V
 
I
Q
 
R
H
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
-
G
 
-
L
 
-
P
 
E
P
 
E
G
 
H
S
 
K
A
 
V
R
 
E
P
 
V
R
 
K
H
 
D
A
 
G
A
 
C
I
 
I
G
 
A
L
 
I
A
 
A
N
x
C
P
|
P
V
 
I
T
 
T
G
 
G
D
 
D
R
 
W
V
 
V
K
 
A
L
 
M
T
 
T
N
 
N
H
 
H
A
 
T
W
 
W
A
 
A
F
 
F
S
 
S
I
 
I
S
 
A
Q
 
E
M
 
M
Q
 
K
R
 
K
S
 
N
L
 
L
G
 
G
L
 
F
D
 
S
L
 
H
L
 
L
L
 
E
A
 
I
I
 
I
N
|
N
D
|
D
F
 
F
T
 
T
A
 
A
L
 
V
A
 
S
L
 
M
G
 
A
L
 
I
P
 
P
H
 
M
L
 
L
G
 
K
A
 
K
H
 
E
D
 
H
L
 
L
T
 
I
L
 
Q
L
 
F
R
 
G
Q
 
G
G
 
A
V
 
E
A
 
P
V
 
V
T
 
E
G
 
G
A
 
K
P
 
P
L
 
I
A
 
A
L
 
V
V
 
Y
G
 
G
P
 
A
G
 
G
T
 
T
G
 
G
L
|
L
G
|
G
V
 
V
S
 
A
G
 
H
L
 
L
V
 
V
P
 
H
A
 
V
R
 
D
S
 
K
G
 
-
P
 
R
A
 
W
V
 
V
A
 
S
L
 
L
A
 
P
G
 
G
E
|
E
G
 
G
G
 
G
H
|
H
I
 
V
E
 
D
L
 
F
M
 
A
P
 
P
Q
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
E
E
 
E
W
 
A
T
 
I
A
 
I
W
 
L
R
 
E
A
 
I
A
 
L
Q
 
R
Q
 
A
A
 
E
F
 
I
G
 
G
R
 
H
V
 
V
S
 
S
A
 
A
E
|
E
R
 
R
L
 
V
L
 
L
S
 
S
G
 
G
M
 
P
G
 
G
L
 
L
-
 
V
S
 
N
L
 
L
T
 
Y
H
 
R
A
 
A
A
 
I
L
 
V
H
 
K
A
 
A
E
 
D
T
 
N
G
 
R
T
 
L
P
 
P
L
 
-
A
 
-
R
 
E
Q
 
N
L
 
L
E
 
K
P
 
P
A
 
K
E
 
D
V
 
I
T
 
T
E
 
E
G
 
R
A
 
A
I
 
L
H
 
A
R
 
D
H
 
S
D
 
C
P
 
T
L
 
D
C
 
C
E
 
R
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
S
V
 
L
F
 
F
C
 
C
G
 
V
L
 
I
L
 
M
G
 
G
S
 
R
V
 
F
A
 
G
A
 
G
D
 
N
I
 
L
A
 
A
L
 
L
V
 
N
L
 
L
G
 
G
A
 
T
R
 
F
G
 
G
G
 
G
V
 
V
Y
 
F
L
 
I
G
 
A
G
 
G
G
 
G
I
 
I
V
 
V
P
 
P
R
 
R
F
 
F
V
 
L
P
 
E
A
 
F
L
 
F
R
 
K
N
 
A
S
 
S
A
 
G
F
 
F
N
 
R
A
 
A
R
 
A
F
 
F
T
 
E
A
 
D
K
 
K
G
 
G
R
 
R
L
 
F
S
 
K
A
 
E
Y
 
Y
L
 
V
E
 
H
S
 
D
L
 
I
P
 
P
V
 
V
Y
 
Y
V
 
L
I
 
I
N
 
V
A
 
H
Q
 
D
Y
 
N
P
 
P
A
 
G
L
 
L
P
 
L
G
 
G
L
 
S
A
 
G
Q
 
A
A
 
H
L
 
L
E
 
R
E
 
Q
A
 
T
I
 
L
T
 
G
H
 
H

6da0A Crystal structure of glucokinase (nfhk) from naegleria fowleri (see paper)
24% identity, 82% coverage: 4:286/345 of query aligns to 25:327/378 of 6da0A

query
sites
6da0A
F
 
F
P
 
Q
R
 
Y
L
 
I
L
 
V
G
 
G
-
 
V
D
 
D
V
 
V
G
|
G
G
 
A
T
|
T
N
|
N
V
 
T
R
 
R
F
 
I
A
 
A
L
 
I
-
 
Q
-
 
F
-
 
I
-
 
I
-
 
N
-
 
E
-
 
D
-
 
Q
-
 
D
-
 
D
E
 
E
T
 
V
A
 
F
P
 
M
Q
 
T
R
 
K
I
 
F
G
 
P
P
 
C
V
 
N
T
 
T
A
 
S
L
 
T
K
 
H
V
 
L
A
 
A
D
 
N
F
 
Y
P
 
-
S
 
-
L
 
L
E
 
A
A
 
A
A
 
Y
V
 
G
Q
 
K
H
 
A
Y
 
M
L
 
V
G
 
K
G
 
A
L
 
V
P
 
G
P
 
K
G
 
G
S
 
S
A
 
A
R
 
A
P
 
-
R
 
-
H
 
-
A
 
G
A
 
S
I
 
I
G
 
A
L
 
L
A
 
A
N
x
G
P
 
P
V
 
V
T
 
T
G
 
G
D
 
D
R
 
K
V
 
V
K
 
R
L
 
I
T
|
T
N
 
N
-
 
Y
-
 
K
-
 
E
H
 
H
A
 
D
W
 
Q
A
 
E
F
 
F
S
 
F
I
 
Y
S
 
S
Q
 
Q
M
 
L
Q
 
P
R
 
D
S
 
T
L
 
L
-
 
F
-
 
P
-
 
A
G
 
S
L
 
K
D
 
N
L
 
T
L
 
F
L
 
L
A
 
-
I
 
-
N
|
N
D
|
D
F
 
L
T
 
E
A
 
A
L
 
S
A
 
C
L
 
Y
G
 
G
L
 
I
P
 
I
H
 
N
L
 
V
G
 
G
A
 
T
-
 
N
-
 
N
-
 
R
-
 
L
H
 
H
D
 
E
L
 
F
T
 
F
L
 
C
-
 
P
-
 
I
-
 
D
-
 
A
-
 
L
-
 
N
-
 
N
-
 
Y
-
 
A
L
 
T
R
 
S
Q
 
Q
G
 
T
V
 
V
A
 
R
V
 
L
T
 
S
G
 
D
-
 
T
A
 
S
P
 
E
L
 
Y
A
 
A
L
 
V
V
 
L
G
 
A
P
 
M
G
|
G
T
|
T
G
|
G
L
|
L
G
|
G
V
 
T
S
 
G
G
 
L
L
 
I
V
 
V
P
 
G
A
 
S
R
 
A
S
 
G
G
 
G
P
 
K
A
 
F
V
 
N
A
 
V
L
 
I
A
 
P
G
 
L
E
|
E
G
 
A
G
 
G
H
|
H
I
 
V
E
 
H
L
 
I
M
 
A
P
 
T
-
 
P
-
 
G
-
 
V
-
 
N
-
 
S
-
 
E
-
 
H
-
 
F
Q
 
K
T
 
E
E
 
E
D
 
R
E
 
E
W
 
R
T
 
I
A
 
E
W
 
F
R
 
-
A
 
L
A
 
S
Q
 
Q
Q
 
K
A
 
I
F
 
Y
G
 
G
R
 
G
-
 
A
-
 
Y
-
 
P
V
 
I
S
 
E
A
 
Y
E
|
E
R
 
D
L
 
I
L
 
C
S
 
S
G
|
G
M
 
R
G
 
G
L
 
L
S
 
E
L
 
F
T
 
C
H
 
Y
A
 
E
A
 
-
L
 
-
H
 
F
A
 
E
E
 
I
T
 
R
G
 
N
T
 
D
P
 
P
L
 
N
A
 
A
R
 
V
Q
 
R
L
 
K
E
 
T
P
x
A
A
 
S
E
 
Q
V
 
I
T
x
A
E
 
E
G
 
S
A
 
-
I
 
-
H
 
Y
R
 
S
H
 
T
D
 
D
P
 
T
L
 
Y
C
 
A
E
 
R
R
 
Q
A
 
A
L
 
M
A
 
I
V
 
T
F
 
H
C
 
Y
G
 
R
L
 
Y
L
 
L
G
 
M
S
 
K
V
 
A
A
 
A
A
 
Q
D
 
N
I
 
I
A
 
A
L
 
V
V
 
L
L
 
I
G
 
P
A
 
T
R
 
C
G
 
R
G
 
G
V
 
V
Y
 
F
L
 
F
G
 
A
G
 
G
G
 
D
I
 
-
V
 
-
P
 
-
R
 
-
F
 
-
V
 
-
P
 
-
A
 
-
L
 
-
R
 
-
N
|
N
S
 
Q
A
 
V
F
 
F
N
|
N
A
 
E
R
 
D
F
 
F

Query Sequence

>RR42_RS37395 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS37395
MRRFPRLLGDVGGTNVRFALETAPQRIGPVTALKVADFPSLEAAVQHYLGGLPPGSARPR
HAAIGLANPVTGDRVKLTNHAWAFSISQMQRSLGLDLLLAINDFTALALGLPHLGAHDLT
LLRQGVAVTGAPLALVGPGTGLGVSGLVPARSGPAVALAGEGGHIELMPQTEDEWTAWRA
AQQAFGRVSAERLLSGMGLSLTHAALHAETGTPLARQLEPAEVTEGAIHRHDPLCERALA
VFCGLLGSVAADIALVLGARGGVYLGGGIVPRFVPALRNSAFNARFTAKGRLSAYLESLP
VYVINAQYPALPGLAQALEEAITHGAGGDAGGAGRANPRNQPNPA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory