SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing SM_b20295 FitnessBrowser__Smeli:SM_b20295 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4magA Crystal structure of the periplasmic sialic acid binding protein from vibrio cholerea (see paper)
46% identity, 92% coverage: 24:319/323 of query aligns to 1:296/307 of 4magA

query
sites
4magA
A
 
A
R
 
T
T
 
T
L
 
L
R
 
K
L
 
M
G
 
G
M
 
M
Q
 
Q
G
 
A
T
 
S
A
 
V
G
 
G
D
 
S
P
 
V
Q
 
E
F
 
Y
E
 
N
G
 
S
V
 
A
T
 
K
E
 
M
A
 
L
A
 
A
R
 
D
I
 
T
I
 
L
K
 
E
E
 
E
K
 
M
S
 
S
G
 
Q
G
 
G
R
 
E
L
 
I
T
 
K
L
 
L
E
 
A
I
 
L
F
 
Y
P
 
P
N
 
S
S
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
T
 
D
F
 
D
T
 
R
E
 
A
M
 
M
M
 
L
E
 
Q
Q
 
Q
V
 
L
T
 
T
L
 
L
G
 
G
E
 
D
L
 
L
D
 
D
F
 
I
T
 
T
L
 
Y
N
 
A
P
 
E
F
 
F
G
 
G
G
 
R
M
 
M
D
 
G
A
 
L
W
 
W
V
 
I
P
 
P
R
 
R
A
 
A
V
 
E
L
 
A
A
 
V
S
 
M
T
 
L
A
 
P
Y
 
Y
V
 
V
V
 
A
G
 
K
D
 
D
F
 
F
D
 
D
H
 
H
L
 
L
Q
 
R
K
 
R
I
 
M
I
 
F
A
 
E
S
 
S
D
 
D
W
 
F
G
 
G
K
 
Q
G
 
G
I
 
V
V
 
R
D
 
D
E
 
E
M
 
M
R
 
L
T
 
Q
E
 
K
H
 
F
K
 
N
W
 
W
R
 
R
M
 
A
V
 
L
D
 
D
S
 
T
W
 
W
Y
 
Y
F
 
N
G
 
G
T
 
T
R
 
R
H
 
E
T
 
T
T
 
T
A
 
S
K
 
N
K
 
R
P
 
P
I
 
L
E
 
N
K
 
S
P
 
I
A
 
E
D
 
D
F
 
F
A
 
K
G
 
G
M
 
L
K
 
K
L
 
L
R
 
R
V
 
V
P
 
P
N
 
N
S
 
A
A
 
K
P
 
Q
L
 
N
L
 
L
T
 
N
W
 
Y
A
 
A
K
 
K
A
 
L
M
 
S
G
 
G
A
 
A
S
 
S
P
 
P
T
 
T
P
 
P
V
 
M
A
 
S
F
 
F
A
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
T
N
 
N
Q
 
A
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
 
N
P
 
P
L
 
L
P
 
P
I
 
T
I
 
I
D
 
K
S
 
T
M
 
M
K
 
K
F
 
F
T
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
S
 
K
H
 
N
V
 
L
S
 
A
L
 
M
T
 
T
G
 
H
H
 
H
L
 
I
V
 
V
Q
 
N
D
 
D
Q
 
Q
V
 
M
I
 
V
L
 
I
M
 
I
S
 
S
E
 
E
D
 
S
T
 
T
W
 
W
N
 
Q
A
 
K
L
 
L
E
 
S
P
 
D
A
 
T
D
 
D
Q
 
K
K
 
D
V
 
I
V
 
I
M
 
Q
E
 
K
A
 
A
F
 
V
E
 
Q
A
 
K
G
 
V
G
 
G
A
 
D
L
 
A
N
 
H
D
 
T
K
 
Q
L
 
T
V
 
V
S
 
K
D
 
T
K
 
Q
E
 
E
A
 
A
N
 
E
L
 
L
V
 
V
S
 
S
D
 
F
F
 
F
R
 
K
E
 
S
R
 
E
G
 
G
I
 
I
T
 
N
V
 
V
V
 
T
E
 
Y
P
 
P
D
 
D
K
 
L
A
 
E
A
 
P
F
 
F
Q
 
R
E
 
E
A
 
A
M
 
M
K
 
Q
P
 
P
V
 
L
Y
 
Y
A
 
K
D
 
E
L
 
F
D
 
D
A
 
S
K
 
N
F
 
I
G
 
G
A
 
Q
D
 
P
T
 
I
V
 
V
K
 
S
T
 
K
L
 
L

Sites not aligning to the query:

7a5qB Crystal structure of vcsiap bound to sialic acid (see paper)
46% identity, 92% coverage: 24:319/323 of query aligns to 1:296/299 of 7a5qB

query
sites
7a5qB
A
 
A
R
 
T
T
 
T
L
 
L
R
 
K
L
 
M
G
 
G
M
 
M
Q
|
Q
G
 
A
T
 
S
A
 
V
G
 
G
D
 
S
P
 
V
Q
 
E
F
 
Y
E
 
N
G
 
S
V
 
A
T
 
K
E
 
M
A
 
L
A
 
A
R
 
D
I
 
T
I
 
L
K
 
E
E
 
E
K
 
M
S
 
S
G
 
Q
G
 
G
R
 
E
L
 
I
T
 
K
L
 
L
E
 
A
I
 
L
F
 
Y
P
 
P
N
 
S
S
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
T
 
D
F
x
D
T
 
R
E
 
A
M
 
M
M
 
L
E
 
Q
Q
 
Q
V
 
L
T
 
T
L
 
L
G
 
G
E
 
D
L
 
L
D
 
D
F
 
I
T
 
T
L
x
Y
N
 
A
P
x
E
F
 
F
G
 
G
G
x
R
M
 
M
D
 
G
A
 
L
W
 
W
V
 
I
P
 
P
R
 
R
A
 
A
V
 
E
L
 
A
A
 
V
S
 
M
T
 
L
A
 
P
Y
 
Y
V
 
V
V
 
A
G
 
K
D
 
D
F
 
F
D
 
D
H
 
H
L
 
L
Q
 
R
K
 
R
I
 
M
I
 
F
A
 
E
S
 
S
D
 
D
W
 
F
G
 
G
K
 
Q
G
 
G
I
 
V
V
 
R
D
 
D
E
 
E
M
 
M
R
 
L
T
 
Q
E
 
K
H
 
F
K
 
N
W
 
W
R
 
R
M
 
A
V
 
L
D
 
D
S
 
T
W
 
W
Y
 
Y
F
 
N
G
 
G
T
 
T
R
|
R
H
 
E
T
 
T
T
 
T
A
 
S
K
 
N
K
x
R
P
 
P
I
 
L
E
 
N
K
 
S
P
 
I
A
 
E
D
 
D
F
 
F
A
 
K
G
 
G
M
 
L
K
 
K
L
 
L
R
|
R
V
 
V
P
 
P
N
 
N
S
 
A
A
 
K
P
 
Q
L
 
N
L
 
L
T
 
N
W
 
Y
A
 
A
K
 
K
A
 
L
M
 
S
G
 
G
A
 
A
S
 
S
P
 
P
T
 
T
P
 
P
V
 
M
A
 
S
F
|
F
A
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
T
N
 
N
Q
 
A
V
 
V
D
|
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
P
 
P
I
 
T
I
 
I
D
 
K
S
 
T
M
 
M
K
 
K
F
 
F
T
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
S
 
K
H
 
N
V
 
L
S
 
A
L
 
M
T
 
T
G
 
H
H
 
H
L
 
I
V
 
V
Q
 
N
D
 
D
Q
 
Q
V
 
M
I
 
V
L
 
I
M
 
I
S
 
S
E
 
E
D
 
S
T
 
T
W
 
W
N
 
Q
A
 
K
L
 
L
E
 
S
P
 
D
A
 
T
D
 
D
Q
 
K
K
 
D
V
 
I
V
 
I
M
 
Q
E
 
K
A
 
A
F
 
V
E
 
Q
A
 
K
G
 
V
G
 
G
A
 
D
L
 
A
N
 
H
D
 
T
K
 
Q
L
 
T
V
 
V
S
 
K
D
 
T
K
 
Q
E
 
E
A
 
A
N
 
E
L
 
L
V
 
V
S
 
S
D
 
F
F
 
F
R
 
K
E
 
S
R
 
E
G
 
G
I
 
I
T
 
N
V
 
V
V
 
T
E
 
Y
P
 
P
D
 
D
K
 
L
A
 
E
A
 
P
F
 
F
Q
 
R
E
 
E
A
 
A
M
 
M
K
 
Q
P
 
P
V
 
L
Y
 
Y
A
 
K
D
 
E
L
 
F
D
 
D
A
 
S
K
 
N
F
 
I
G
 
G
A
 
Q
D
 
P
T
 
I
V
 
V
K
 
S
T
 
K
L
 
L

7a5qA Crystal structure of vcsiap bound to sialic acid (see paper)
46% identity, 92% coverage: 24:319/323 of query aligns to 1:296/299 of 7a5qA

query
sites
7a5qA
A
 
A
R
 
T
T
 
T
L
 
L
R
 
K
L
 
M
G
 
G
M
 
M
Q
|
Q
G
 
A
T
 
S
A
 
V
G
 
G
D
 
S
P
 
V
Q
 
E
F
 
Y
E
 
N
G
 
S
V
 
A
T
 
K
E
 
M
A
 
L
A
 
A
R
 
D
I
 
T
I
 
L
K
 
E
E
 
E
K
 
M
S
 
S
G
 
Q
G
 
G
R
 
E
L
 
I
T
 
K
L
 
L
E
 
A
I
 
L
F
 
Y
P
 
P
N
 
S
S
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
T
 
D
F
x
D
T
 
R
E
 
A
M
 
M
M
 
L
E
 
Q
Q
 
Q
V
 
L
T
 
T
L
 
L
G
 
G
E
 
D
L
 
L
D
 
D
F
 
I
T
 
T
L
x
Y
N
 
A
P
x
E
F
 
F
G
 
G
G
x
R
M
 
M
D
 
G
A
 
L
W
 
W
V
 
I
P
 
P
R
 
R
A
 
A
V
 
E
L
 
A
A
 
V
S
 
M
T
 
L
A
 
P
Y
 
Y
V
 
V
V
 
A
G
 
K
D
 
D
F
 
F
D
 
D
H
 
H
L
 
L
Q
 
R
K
 
R
I
 
M
I
 
F
A
 
E
S
 
S
D
 
D
W
 
F
G
 
G
K
 
Q
G
 
G
I
 
V
V
 
R
D
 
D
E
 
E
M
 
M
R
 
L
T
 
Q
E
 
K
H
 
F
K
 
N
W
 
W
R
 
R
M
 
A
V
 
L
D
 
D
S
 
T
W
 
W
Y
 
Y
F
 
N
G
 
G
T
 
T
R
|
R
H
 
E
T
 
T
T
 
T
A
 
S
K
 
N
K
 
R
P
 
P
I
 
L
E
 
N
K
 
S
P
 
I
A
 
E
D
 
D
F
 
F
A
 
K
G
 
G
M
 
L
K
 
K
L
 
L
R
|
R
V
 
V
P
 
P
N
 
N
S
 
A
A
 
K
P
 
Q
L
 
N
L
 
L
T
 
N
W
 
Y
A
 
A
K
 
K
A
 
L
M
 
S
G
 
G
A
 
A
S
 
S
P
 
P
T
 
T
P
 
P
V
 
M
A
 
S
F
|
F
A
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
T
N
 
N
Q
 
A
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
P
 
P
I
 
T
I
 
I
D
 
K
S
 
T
M
 
M
K
 
K
F
 
F
T
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
S
 
K
H
 
N
V
 
L
S
 
A
L
 
M
T
 
T
G
 
H
H
 
H
L
 
I
V
 
V
Q
 
N
D
 
D
Q
 
Q
V
 
M
I
 
V
L
 
I
M
 
I
S
 
S
E
 
E
D
 
S
T
 
T
W
 
W
N
 
Q
A
 
K
L
 
L
E
 
S
P
 
D
A
 
T
D
 
D
Q
 
K
K
 
D
V
 
I
V
 
I
M
 
Q
E
 
K
A
 
A
F
 
V
E
 
Q
A
 
K
G
 
V
G
 
G
A
 
D
L
 
A
N
 
H
D
 
T
K
 
Q
L
 
T
V
 
V
S
 
K
D
 
T
K
 
Q
E
 
E
A
 
A
N
 
E
L
 
L
V
 
V
S
 
S
D
 
F
F
 
F
R
 
K
E
 
S
R
 
E
G
 
G
I
 
I
T
 
N
V
 
V
V
 
T
E
 
Y
P
 
P
D
 
D
K
 
L
A
 
E
A
 
P
F
 
F
Q
 
R
E
 
E
A
 
A
M
 
M
K
 
Q
P
 
P
V
 
L
Y
 
Y
A
 
K
D
 
E
L
 
F
D
 
D
A
 
S
K
 
N
F
 
I
G
 
G
A
 
Q
D
 
P
T
 
I
V
 
V
K
 
S
T
 
K
L
 
L

7t3eA Structure of the sialic acid bound tripartite atp-independent periplasmic (trap) periplasmic component siap from photobacterium profundum (see paper)
43% identity, 92% coverage: 27:322/323 of query aligns to 5:300/300 of 7t3eA

query
sites
7t3eA
L
 
L
R
 
K
L
 
M
G
 
G
M
 
L
Q
|
Q
G
 
A
T
 
N
A
 
V
G
 
G
D
 
S
P
 
V
Q
 
E
F
 
Y
E
 
D
G
 
S
V
 
A
T
 
K
E
 
I
A
 
L
A
 
S
R
 
D
I
 
K
I
 
I
K
 
S
E
 
E
K
 
L
S
 
S
G
 
D
G
 
G
R
 
E
L
 
M
T
 
K
L
 
L
E
 
L
I
 
L
F
 
Y
P
 
P
N
 
G
S
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
T
 
D
F
x
D
T
 
R
E
 
A
M
 
M
M
 
L
E
 
Q
Q
 
Q
V
 
L
T
 
S
L
 
M
G
 
G
E
 
D
L
 
L
D
 
D
F
 
I
T
 
T
L
x
F
N
 
A
P
x
E
F
 
F
G
 
G
G
x
R
M
 
M
D
 
G
A
 
L
W
 
W
V
 
I
P
 
P
R
 
R
A
 
A
V
 
E
L
 
A
A
 
V
S
 
M
T
 
L
A
 
P
Y
 
Y
V
 
V
V
 
V
G
 
K
D
 
N
F
 
Y
D
 
A
H
 
H
L
 
I
Q
 
Q
K
 
R
I
 
I
I
 
F
A
 
N
S
 
S
D
 
K
W
 
F
G
 
G
K
 
Q
G
 
G
I
 
V
V
 
R
D
 
E
E
 
E
M
 
M
R
 
L
T
 
T
E
 
N
H
 
F
K
 
N
W
 
W
R
 
R
M
 
A
V
 
L
D
 
D
S
 
T
W
 
W
Y
 
Y
F
 
N
G
 
G
T
 
T
R
|
R
H
 
Q
T
 
T
T
 
S
A
 
S
K
 
N
K
 
R
P
 
P
I
 
L
E
 
N
K
 
T
P
 
I
A
 
S
D
 
D
F
 
F
A
 
E
G
 
G
M
 
L
K
 
K
L
 
L
R
|
R
V
 
V
P
 
P
N
 
N
S
 
A
A
 
K
P
 
A
L
 
N
L
 
L
T
 
A
W
 
F
A
 
A
K
 
K
A
 
Y
M
 
A
G
 
G
A
 
A
S
 
S
P
 
P
T
 
T
P
 
P
V
 
M
A
 
V
F
|
F
A
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
T
N
 
N
Q
 
A
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
P
 
P
I
 
T
I
 
F
D
 
N
S
 
T
M
 
M
K
 
K
F
 
F
T
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
S
 
P
H
 
N
V
 
L
S
 
A
L
 
M
T
 
T
G
 
N
H
 
H
L
 
I
V
 
V
Q
 
N
D
 
D
Q
 
Q
V
 
M
I
 
V
L
 
L
M
 
I
S
 
S
E
 
E
D
 
D
T
 
R
W
 
W
N
 
Q
A
 
S
L
 
L
E
 
S
P
 
K
A
 
D
D
 
Q
Q
 
Q
K
 
A
V
 
T
V
 
I
M
 
T
E
 
E
A
 
A
F
 
V
E
 
S
A
 
V
G
 
A
G
 
G
A
 
K
L
 
R
N
 
H
D
 
T
K
 
N
L
 
F
V
 
V
S
 
N
D
 
N
K
 
Q
E
 
E
A
 
K
N
 
E
L
 
L
V
 
I
S
 
T
D
 
F
F
 
F
R
 
K
E
 
A
R
 
E
G
 
G
I
 
V
T
 
N
V
 
I
V
 
T
E
 
Y
P
 
P
D
 
D
K
 
L
A
 
A
A
 
P
F
 
F
Q
 
R
E
 
E
A
 
A
M
 
M
K
 
L
P
 
P
V
 
I
Y
 
Y
A
 
K
D
 
D
L
 
F
D
 
D
A
 
K
K
 
K
F
 
I
G
 
G
A
 
K
D
 
Q
T
 
L
V
 
V
K
 
E
T
 
E
L
 
L
L
 
S
D
 
D
L
 
I

P44542 Sialic acid-binding periplasmic protein SiaP; Extracytoplasmic solute receptor protein SiaP; N-acetylneuraminic-binding protein; Neu5Ac-binding protein from Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) (see 2 papers)
39% identity, 95% coverage: 1:307/323 of query aligns to 2:309/329 of P44542

query
sites
P44542
M
 
M
K
 
K
T
 
L
G
 
T
M
 
K
I
 
L
S
 
F
L
 
L
A
 
A
L
 
T
A
 
A
G
 
I
L
 
S
L
 
L
M
 
G
A
 
V
S
 
S
Q
 
S
A
 
A
M
 
V
A
 
L
Q
 
A
E
 
A
A
 
D
R
 
Y
T
 
D
L
 
L
R
 
K
L
 
F
G
 
G
M
 
M
Q
x
N
G
 
A
T
 
G
A
 
T
G
 
S
D
 
S
P
 
N
Q
 
E
F
 
Y
E
 
K
G
 
A
V
 
A
T
 
E
E
 
M
A
 
F
A
 
A
R
 
K
I
 
E
I
 
V
K
 
K
E
 
E
K
 
K
S
 
S
G
 
Q
G
 
G
R
 
K
L
 
I
T
 
E
L
 
I
E
 
S
I
 
L
F
 
Y
P
 
P
N
 
S
S
 
S
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
T
 
D
F
x
D
T
 
R
E
 
A
M
 
M
M
 
L
E
 
K
Q
 
Q
V
 
L
T
 
K
L
 
D
G
 
G
E
 
S
L
 
L
D
 
D
F
 
F
T
|
T
L
 
F
N
 
A
P
x
E
F
 
S
G
 
A
G
 
R
M
 
F
D
 
Q
A
 
L
W
 
F
V
 
Y
P
 
P
R
 
E
A
 
A
V
 
A
L
 
V
A
 
F
S
 
A
T
 
L
A
 
P
Y
 
Y
V
 
V
V
 
I
G
 
S
D
 
N
F
 
Y
D
 
N
H
 
V
L
 
A
Q
 
Q
K
 
K
-
 
A
I
 
L
I
 
F
A
 
D
S
 
T
D
 
E
W
 
F
G
 
G
K
 
K
G
 
D
I
 
L
V
 
I
D
 
K
E
 
K
M
 
M
R
 
D
T
 
K
E
 
D
H
 
L
K
 
G
W
 
V
R
 
T
M
 
L
V
 
L
D
 
S
S
 
Q
W
 
A
Y
 
Y
F
 
N
G
 
G
T
 
T
R
|
R
H
 
Q
T
 
T
T
 
T
A
 
S
K
 
N
K
 
R
P
 
A
I
 
I
E
 
N
K
 
S
P
 
I
A
 
A
D
 
D
F
 
M
A
 
K
G
 
G
M
 
L
K
 
K
L
 
L
R
|
R
V
 
V
P
 
P
N
 
N
S
 
A
A
 
A
P
 
T
L
 
N
L
 
L
T
 
A
W
 
Y
A
 
A
K
 
K
A
 
Y
M
 
V
G
 
G
A
 
A
S
 
S
P
 
P
T
 
T
P
 
P
V
 
M
A
 
A
F
 
F
A
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
T
N
 
N
Q
 
A
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
P
 
A
I
 
A
I
 
V
D
 
Q
S
 
A
M
 
Q
K
 
K
F
 
F
T
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
S
 
K
H
 
F
V
 
L
S
 
A
L
 
M
T
 
T
G
 
N
H
 
H
L
 
I
V
 
L
Q
 
N
D
 
D
Q
 
Q
V
 
L
I
 
Y
L
 
L
M
 
V
S
 
S
E
 
N
D
 
E
T
 
T
W
 
Y
N
 
K
A
 
E
L
 
L
E
 
P
P
 
E
A
 
D
D
 
L
Q
 
Q
K
 
K
V
 
V
V
 
V
M
 
K
E
 
D
A
 
A
F
 
A
E
 
E
A
 
N
G
 
A
G
 
A
A
 
K
L
 
Y
N
 
H
D
 
T
K
 
K
L
 
L
V
 
F
S
 
V
D
 
D
K
 
G
E
 
E
A
 
K
N
 
D
L
 
L
V
 
V
S
 
T
D
 
F
F
 
F
R
 
E
E
 
K
R
 
Q
G
 
G
I
 
V
T
 
K
V
 
I
V
 
T
E
 
H
P
 
P
D
 
D
K
 
L
A
 
V
A
 
P
F
 
F
Q
 
K
E
 
E
A
 
S
M
 
M
K
 
K
P
 
P
V
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
D
 
E
L
 
F

2cexA Structure of a sialic acid binding protein (siap) in the presence of the sialic acid acid analogue neu5ac2en (see paper)
39% identity, 87% coverage: 27:307/323 of query aligns to 4:285/304 of 2cexA

query
sites
2cexA
L
 
L
R
 
K
L
 
F
G
 
G
M
 
M
Q
 
N
G
 
A
T
 
G
A
 
T
G
 
S
D
 
S
P
 
N
Q
 
E
F
 
Y
E
 
K
G
 
A
V
 
A
T
 
E
E
 
M
A
 
F
A
 
A
R
 
K
I
 
E
I
 
V
K
 
K
E
 
E
K
 
K
S
 
S
G
 
Q
G
 
G
R
 
K
L
 
I
T
 
E
L
 
I
E
 
S
I
 
L
F
 
Y
P
 
P
N
 
S
S
 
S
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
T
 
D
F
 
D
T
 
R
E
 
A
M
 
M
M
 
L
E
 
K
Q
 
Q
V
 
L
T
 
K
L
 
D
G
 
G
E
 
S
L
 
L
D
 
D
F
 
F
T
 
T
L
 
F
N
 
A
P
 
E
F
 
S
G
 
A
G
 
R
M
 
F
D
 
Q
A
 
L
W
 
F
V
 
Y
P
 
P
R
 
E
A
 
A
V
 
A
L
 
V
A
 
F
S
 
A
T
 
L
A
 
P
Y
 
Y
V
 
V
V
 
I
G
 
S
D
 
N
F
 
Y
D
 
N
H
 
V
L
 
A
Q
 
Q
K
 
K
-
 
A
I
 
L
I
 
F
A
 
D
S
 
T
D
 
E
W
 
F
G
 
G
K
 
K
G
 
D
I
 
L
V
 
I
D
 
K
E
 
K
M
 
M
R
 
D
T
 
K
E
 
D
H
 
L
K
 
G
W
 
V
R
 
T
M
 
L
V
 
L
D
 
S
S
 
Q
W
 
A
Y
 
Y
F
 
N
G
 
G
T
 
T
R
 
R
H
 
Q
T
 
T
T
 
T
A
 
S
K
 
N
K
 
R
P
 
A
I
 
I
E
 
N
K
 
S
P
 
I
A
 
A
D
 
D
F
 
M
A
 
K
G
 
G
M
 
L
K
 
K
L
 
L
R
 
R
V
 
V
P
 
P
N
 
N
S
 
A
A
 
A
P
 
T
L
 
N
L
 
L
T
 
A
W
 
Y
A
 
A
K
 
K
A
 
Y
M
 
V
G
 
G
A
 
A
S
 
S
P
 
P
T
 
T
P
 
P
V
 
M
A
 
A
F
 
F
A
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
T
N
 
N
Q
 
A
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
 
N
P
 
P
L
 
L
P
 
A
I
 
A
I
 
V
D
 
Q
S
 
A
M
 
Q
K
 
K
F
 
F
T
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
S
 
K
H
 
F
V
 
L
S
 
A
L
 
M
T
 
T
G
 
N
H
 
H
L
 
I
V
 
L
Q
 
N
D
 
D
Q
 
Q
V
 
L
I
 
Y
L
 
L
M
 
V
S
 
S
E
 
N
D
 
E
T
 
T
W
 
Y
N
 
K
A
 
E
L
 
L
E
 
P
P
 
E
A
 
D
D
 
L
Q
 
Q
K
 
K
V
 
V
V
 
V
M
 
K
E
 
D
A
 
A
F
 
A
E
 
E
A
 
N
G
 
A
G
 
A
A
 
K
L
 
Y
N
 
H
D
 
T
K
 
K
L
 
L
V
 
F
S
 
V
D
 
D
K
 
G
E
 
E
A
 
K
N
 
D
L
 
L
V
 
V
S
 
T
D
 
F
F
 
F
R
 
E
E
 
K
R
 
Q
G
 
G
I
 
V
T
 
K
V
 
I
V
 
T
E
 
H
P
 
P
D
 
D
K
 
L
A
 
V
A
 
P
F
 
F
Q
 
K
E
 
E
A
 
S
M
 
M
K
 
K
P
 
P
V
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
D
 
E
L
 
F

Sites not aligning to the query:

3b50A Structure of h. Influenzae sialic acid binding protein bound to neu5ac. (see paper)
39% identity, 87% coverage: 27:307/323 of query aligns to 5:286/310 of 3b50A

query
sites
3b50A
L
 
L
R
 
K
L
 
F
G
 
G
M
 
M
Q
x
N
G
 
A
T
 
G
A
 
T
G
 
S
D
 
S
P
 
N
Q
 
E
F
 
Y
E
 
K
G
 
A
V
 
A
T
 
E
E
 
M
A
 
F
A
 
A
R
 
K
I
 
E
I
 
V
K
 
K
E
 
E
K
 
K
S
 
S
G
 
Q
G
 
G
R
 
K
L
 
I
T
 
E
L
 
I
E
 
S
I
 
L
F
 
Y
P
 
P
N
 
S
S
 
S
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
T
 
D
F
x
D
T
 
R
E
 
A
M
 
M
M
 
L
E
 
K
Q
 
Q
V
 
L
T
 
K
L
 
D
G
 
G
E
 
S
L
 
L
D
 
D
F
 
F
T
 
T
L
x
F
N
 
A
P
x
E
F
 
S
G
 
A
G
x
R
M
 
F
D
 
Q
A
 
L
W
 
F
V
 
Y
P
 
P
R
 
E
A
 
A
V
 
A
L
 
V
A
 
F
S
 
A
T
 
L
A
 
P
Y
 
Y
V
 
V
V
 
I
G
 
S
D
 
N
F
 
Y
D
 
N
H
 
V
L
 
A
Q
 
Q
K
 
K
-
 
A
I
 
L
I
 
F
A
 
D
S
 
T
D
 
E
W
 
F
G
 
G
K
 
K
G
 
D
I
 
L
V
 
I
D
 
K
E
 
K
M
 
M
R
 
D
T
 
K
E
 
D
H
 
L
K
 
G
W
 
V
R
 
T
M
 
L
V
 
L
D
 
S
S
 
Q
W
 
A
Y
 
Y
F
 
N
G
 
G
T
 
T
R
|
R
H
 
Q
T
 
T
T
 
T
A
 
S
K
 
N
K
 
R
P
 
A
I
 
I
E
 
N
K
 
S
P
 
I
A
 
A
D
 
D
F
 
M
A
 
K
G
 
G
M
 
L
K
 
K
L
 
L
R
|
R
V
 
V
P
 
P
N
 
N
S
 
A
A
 
A
P
 
T
L
 
N
L
 
L
T
 
A
W
 
Y
A
 
A
K
 
K
A
 
Y
M
 
V
G
 
G
A
 
A
S
 
S
P
 
P
T
 
T
P
 
P
V
 
M
A
 
A
F
|
F
A
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
T
N
 
N
Q
 
A
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
P
 
A
I
 
A
I
 
V
D
 
Q
S
 
A
M
 
Q
K
 
K
F
 
F
T
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
S
 
K
H
 
F
V
 
L
S
 
A
L
 
M
T
 
T
G
 
N
H
 
H
L
 
I
V
 
L
Q
 
N
D
 
D
Q
|
Q
V
 
L
I
 
Y
L
 
L
M
 
V
S
 
S
E
 
N
D
 
E
T
 
T
W
 
Y
N
 
K
A
 
E
L
 
L
E
 
P
P
 
E
A
 
D
D
 
L
Q
 
Q
K
 
K
V
 
V
V
 
V
M
 
K
E
 
D
A
 
A
F
 
A
E
 
E
A
 
N
G
 
A
G
 
A
A
 
K
L
 
Y
N
 
H
D
 
T
K
 
K
L
 
L
V
 
F
S
 
V
D
 
D
K
 
G
E
 
E
A
 
K
N
 
D
L
 
L
V
 
V
S
 
T
D
 
F
F
 
F
R
 
E
E
 
K
R
 
Q
G
 
G
I
 
V
T
 
K
V
 
I
V
 
T
E
 
H
P
 
P
D
 
D
K
 
L
A
 
V
A
 
P
F
 
F
Q
 
K
E
 
E
A
 
S
M
 
M
K
 
K
P
 
P
V
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
D
 
E
L
 
F

2cexB Structure of a sialic acid binding protein (siap) in the presence of the sialic acid acid analogue neu5ac2en (see paper)
39% identity, 87% coverage: 27:307/323 of query aligns to 4:285/305 of 2cexB

query
sites
2cexB
L
 
L
R
 
K
L
 
F
G
 
G
M
 
M
Q
x
N
G
 
A
T
 
G
A
 
T
G
 
S
D
 
S
P
 
N
Q
 
E
F
 
Y
E
 
K
G
 
A
V
 
A
T
 
E
E
 
M
A
 
F
A
 
A
R
 
K
I
 
E
I
 
V
K
 
K
E
 
E
K
 
K
S
 
S
G
 
Q
G
 
G
R
 
K
L
 
I
T
 
E
L
 
I
E
 
S
I
 
L
F
 
Y
P
 
P
N
 
S
S
 
S
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
T
 
D
F
 
D
T
 
R
E
 
A
M
 
M
M
 
L
E
 
K
Q
 
Q
V
 
L
T
 
K
L
 
D
G
 
G
E
 
S
L
 
L
D
 
D
F
 
F
T
 
T
L
 
F
N
 
A
P
x
E
F
 
S
G
 
A
G
 
R
M
 
F
D
 
Q
A
 
L
W
 
F
V
 
Y
P
 
P
R
 
E
A
 
A
V
 
A
L
 
V
A
 
F
S
 
A
T
 
L
A
 
P
Y
 
Y
V
 
V
V
 
I
G
 
S
D
 
N
F
 
Y
D
 
N
H
 
V
L
 
A
Q
 
Q
K
 
K
-
 
A
I
 
L
I
 
F
A
 
D
S
 
T
D
 
E
W
 
F
G
 
G
K
 
K
G
 
D
I
 
L
V
 
I
D
 
K
E
 
K
M
 
M
R
 
D
T
 
K
E
 
D
H
 
L
K
 
G
W
 
V
R
 
T
M
 
L
V
 
L
D
 
S
S
 
Q
W
 
A
Y
 
Y
F
 
N
G
 
G
T
 
T
R
 
R
H
 
Q
T
 
T
T
 
T
A
 
S
K
 
N
K
 
R
P
 
A
I
 
I
E
 
N
K
 
S
P
 
I
A
 
A
D
 
D
F
 
M
A
 
K
G
 
G
M
 
L
K
 
K
L
 
L
R
|
R
V
 
V
P
 
P
N
 
N
S
 
A
A
 
A
P
 
T
L
 
N
L
 
L
T
 
A
W
 
Y
A
 
A
K
 
K
A
 
Y
M
 
V
G
 
G
A
 
A
S
 
S
P
 
P
T
 
T
P
 
P
V
 
M
A
 
A
F
|
F
A
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
T
N
 
N
Q
 
A
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
P
 
A
I
 
A
I
 
V
D
 
Q
S
 
A
M
 
Q
K
 
K
F
 
F
T
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
S
 
K
H
 
F
V
 
L
S
 
A
L
 
M
T
 
T
G
 
N
H
 
H
L
 
I
V
 
L
Q
 
N
D
 
D
Q
 
Q
V
 
L
I
 
Y
L
 
L
M
 
V
S
 
S
E
 
N
D
 
E
T
 
T
W
 
Y
N
 
K
A
 
E
L
 
L
E
 
P
P
 
E
A
 
D
D
 
L
Q
 
Q
K
 
K
V
 
V
V
 
V
M
 
K
E
 
D
A
 
A
F
 
A
E
 
E
A
 
N
G
 
A
G
 
A
A
 
K
L
 
Y
N
 
H
D
 
T
K
 
K
L
 
L
V
 
F
S
 
V
D
 
D
K
 
G
E
 
E
A
 
K
N
 
D
L
 
L
V
 
V
S
 
T
D
 
F
F
 
F
R
 
E
E
 
K
R
 
Q
G
 
G
I
 
V
T
 
K
V
 
I
V
 
T
E
 
H
P
 
P
D
 
D
K
 
L
A
 
V
A
 
P
F
 
F
Q
 
K
E
 
E
A
 
S
M
 
M
K
 
K
P
 
P
V
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
D
 
E
L
 
F

Sites not aligning to the query:

2v4cA Structure of sialic acid binding protein (siap) in the presence of kdn (see paper)
39% identity, 87% coverage: 27:307/323 of query aligns to 5:286/309 of 2v4cA

query
sites
2v4cA
L
 
L
R
 
K
L
 
F
G
 
G
M
 
M
Q
 
N
G
 
A
T
 
G
A
 
T
G
 
S
D
 
S
P
 
N
Q
 
E
F
 
Y
E
 
K
G
 
A
V
 
A
T
 
E
E
 
M
A
 
F
A
 
A
R
 
K
I
 
E
I
 
V
K
 
K
E
 
E
K
 
K
S
 
S
G
 
Q
G
 
G
R
 
K
L
 
I
T
 
E
L
 
I
E
 
S
I
 
L
F
 
Y
P
 
P
N
 
S
S
 
S
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
T
 
D
F
x
D
T
 
R
E
 
A
M
 
M
M
 
L
E
 
K
Q
 
Q
V
 
L
T
 
K
L
 
D
G
 
G
E
 
S
L
 
L
D
 
D
F
 
F
T
 
T
L
 
F
N
 
A
P
x
E
F
 
S
G
 
A
G
 
R
M
 
F
D
 
Q
A
 
L
W
 
F
V
 
Y
P
 
P
R
 
E
A
 
A
V
 
A
L
 
V
A
 
F
S
 
A
T
 
L
A
 
P
Y
 
Y
V
 
V
V
 
I
G
 
S
D
 
N
F
 
Y
D
 
N
H
 
V
L
 
A
Q
 
Q
K
 
K
-
 
A
I
 
L
I
 
F
A
 
D
S
 
T
D
 
E
W
 
F
G
 
G
K
 
K
G
 
D
I
 
L
V
 
I
D
 
K
E
 
K
M
 
M
R
 
D
T
 
K
E
 
D
H
 
L
K
 
G
W
 
V
R
 
T
M
 
L
V
 
L
D
 
S
S
 
Q
W
 
A
Y
 
Y
F
 
N
G
 
G
T
 
T
R
|
R
H
 
Q
T
 
T
T
 
T
A
 
S
K
 
N
K
 
R
P
 
A
I
 
I
E
 
N
K
 
S
P
 
I
A
 
A
D
 
D
F
 
M
A
 
K
G
 
G
M
 
L
K
 
K
L
 
L
R
|
R
V
 
V
P
 
P
N
 
N
S
 
A
A
 
A
P
 
T
L
 
N
L
 
L
T
 
A
W
 
Y
A
 
A
K
 
K
A
 
Y
M
 
V
G
 
G
A
 
A
S
 
S
P
 
P
T
 
T
P
 
P
V
 
M
A
 
A
F
|
F
A
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
T
N
 
N
Q
 
A
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
P
 
A
I
 
A
I
 
V
D
 
Q
S
 
A
M
 
Q
K
 
K
F
 
F
T
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
S
 
K
H
 
F
V
 
L
S
 
A
L
 
M
T
 
T
G
 
N
H
 
H
L
 
I
V
 
L
Q
 
N
D
 
D
Q
 
Q
V
 
L
I
 
Y
L
 
L
M
 
V
S
 
S
E
 
N
D
 
E
T
 
T
W
 
Y
N
 
K
A
 
E
L
 
L
E
 
P
P
 
E
A
 
D
D
 
L
Q
 
Q
K
 
K
V
 
V
V
 
V
M
 
K
E
 
D
A
 
A
F
 
A
E
 
E
A
 
N
G
 
A
G
 
A
A
 
K
L
 
Y
N
 
H
D
 
T
K
 
K
L
 
L
V
 
F
S
 
V
D
 
D
K
 
G
E
 
E
A
 
K
N
 
D
L
 
L
V
 
V
S
 
T
D
 
F
F
 
F
R
 
E
E
 
K
R
 
Q
G
 
G
I
 
V
T
 
K
V
 
I
V
 
T
E
 
H
P
 
P
D
 
D
K
 
L
A
 
V
A
 
P
F
 
F
Q
 
K
E
 
E
A
 
S
M
 
M
K
 
K
P
 
P
V
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
D
 
E
L
 
F

2wx9A Crystal structure of the sialic acid binding periplasmic protein siap (see paper)
39% identity, 87% coverage: 27:307/323 of query aligns to 5:286/308 of 2wx9A

query
sites
2wx9A
L
 
L
R
 
K
L
 
F
G
 
G
M
 
M
Q
x
N
G
 
N
T
 
G
A
 
T
G
 
S
D
 
S
P
 
N
Q
 
E
F
 
Y
E
 
K
G
 
A
V
 
A
T
 
E
E
 
M
A
 
F
A
 
A
R
 
K
I
 
E
I
 
V
K
 
K
E
 
E
K
 
K
S
 
S
G
 
Q
G
 
G
R
 
K
L
 
I
T
 
E
L
 
I
E
 
S
I
 
L
F
 
Y
P
 
P
N
 
S
S
 
S
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
T
 
D
F
x
D
T
 
R
E
 
A
M
 
M
M
 
L
E
 
K
Q
 
Q
V
 
L
T
 
K
L
 
D
G
 
G
E
 
S
L
 
L
D
 
D
F
 
F
T
 
T
L
x
F
N
x
A
P
x
E
F
 
S
G
 
A
G
 
R
M
 
F
D
 
Q
A
 
L
W
 
F
V
 
Y
P
 
P
R
 
E
A
 
A
V
 
A
L
 
V
A
 
F
S
 
A
T
 
L
A
 
P
Y
 
Y
V
 
V
V
 
I
G
 
S
D
 
N
F
 
Y
D
 
N
H
 
V
L
 
A
Q
 
Q
K
 
K
-
 
A
I
 
L
I
 
F
A
 
D
S
 
T
D
 
E
W
 
F
G
 
G
K
 
K
G
 
D
I
 
L
V
 
I
D
 
K
E
 
K
M
 
M
R
 
D
T
 
K
E
 
D
H
 
L
K
 
G
W
 
V
R
 
T
M
 
L
V
 
L
D
 
S
S
 
Q
W
 
A
Y
 
Y
F
 
N
G
 
G
T
 
T
R
|
R
H
 
Q
T
 
T
T
 
T
A
 
S
K
 
N
K
 
R
P
 
A
I
 
I
E
 
N
K
 
S
P
 
I
A
 
A
D
 
D
F
 
M
A
 
K
G
 
G
M
 
L
K
 
K
L
 
L
R
|
R
V
 
V
P
 
P
N
 
N
S
 
A
A
 
A
P
 
T
L
 
N
L
 
L
T
 
A
W
 
Y
A
 
A
K
 
K
A
 
Y
M
 
V
G
 
G
A
 
A
S
 
S
P
 
P
T
 
T
P
 
P
V
 
M
A
 
A
F
|
F
A
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
T
N
 
N
Q
 
A
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
P
 
A
I
 
A
I
 
V
D
 
Q
S
 
A
M
 
Q
K
 
K
F
 
F
T
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
S
 
K
H
 
F
V
 
L
S
 
A
L
 
M
T
 
T
G
 
N
H
 
H
L
 
I
V
 
L
Q
 
N
D
 
D
Q
|
Q
V
 
L
I
 
Y
L
 
L
M
 
V
S
 
S
E
 
N
D
 
E
T
 
T
W
 
Y
N
 
K
A
 
E
L
 
L
E
 
P
P
 
E
A
 
D
D
 
L
Q
 
Q
K
 
K
V
 
V
V
 
V
M
 
K
E
 
D
A
 
A
F
 
A
E
 
E
A
 
N
G
 
A
G
 
A
A
 
K
L
 
Y
N
 
H
D
 
T
K
 
K
L
 
L
V
 
F
S
 
V
D
 
D
K
 
G
E
 
E
A
 
K
N
 
D
L
 
L
V
 
V
S
 
T
D
 
F
F
 
F
R
 
E
E
 
K
R
 
Q
G
 
G
I
 
V
T
 
K
V
 
I
V
 
T
E
 
H
P
 
P
D
 
D
K
 
L
A
 
V
A
 
P
F
 
F
Q
 
K
E
 
E
A
 
S
M
 
M
K
 
K
P
 
P
V
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
D
 
E
L
 
F

4mnpA Structure of the sialic acid binding protein from fusobacterium nucleatum subsp. Nucleatum atcc 25586 (see paper)
38% identity, 92% coverage: 26:323/323 of query aligns to 3:304/305 of 4mnpA

query
sites
4mnpA
T
 
N
L
 
L
R
 
K
L
 
M
G
 
G
M
 
M
Q
 
T
G
 
A
T
 
G
A
 
T
G
 
S
D
 
Q
P
 
N
Q
 
E
F
 
Y
E
 
K
G
 
A
V
 
A
T
 
E
E
 
V
A
 
F
A
 
A
R
 
K
I
 
E
I
 
L
K
 
K
E
 
K
K
 
R
S
 
S
G
 
N
G
 
G
R
 
E
L
 
I
T
 
E
L
 
L
E
 
K
I
 
L
F
 
Y
P
 
P
N
 
N
S
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
T
 
K
F
 
D
-
x
D
T
 
L
E
 
A
M
 
M
M
 
M
E
 
Q
Q
 
Q
V
 
L
T
 
E
L
 
G
G
 
G
E
 
A
L
 
L
D
 
D
F
 
F
T
 
T
L
x
F
N
 
A
P
x
E
F
 
T
G
 
G
G
x
R
M
 
F
D
 
S
A
 
T
W
 
F
V
 
F
P
 
P
R
 
E
A
 
A
V
 
E
L
 
V
A
 
F
S
 
T
T
 
L
A
 
P
Y
 
Y
V
 
M
V
 
I
G
 
K
D
 
D
F
 
F
D
 
N
H
 
H
L
 
M
Q
 
K
K
 
K
I
 
A
I
 
V
A
 
N
S
 
T
D
 
K
W
 
F
G
 
G
K
 
K
G
 
D
I
 
L
V
 
F
D
 
K
E
 
K
M
 
V
R
 
H
T
 
D
E
 
K
H
 
K
K
 
G
W
 
M
R
 
T
M
 
V
V
 
L
D
 
A
S
 
Q
W
 
A
Y
 
Y
F
 
N
G
 
G
T
 
T
R
|
R
H
 
Q
T
 
T
T
 
T
A
 
S
K
 
N
K
 
K
P
 
A
I
 
I
E
 
K
K
 
S
P
 
L
A
 
A
D
 
D
F
 
M
A
 
K
G
 
G
M
 
M
K
 
K
L
 
L
R
|
R
V
 
V
P
 
P
N
 
G
S
 
A
A
 
A
P
 
A
L
 
N
L
 
L
T
 
A
W
 
Y
A
 
A
K
 
K
A
 
Y
M
 
T
G
 
E
A
 
A
S
 
A
P
 
P
T
 
T
P
 
P
V
 
M
A
 
A
F
|
F
A
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
T
N
 
N
Q
 
A
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
P
 
S
I
 
T
I
 
I
D
 
K
S
 
A
M
 
Q
K
 
K
F
 
F
T
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
S
 
K
H
 
Y
V
 
L
S
 
A
L
 
M
T
 
T
G
 
N
H
 
H
L
 
I
V
 
L
Q
 
N
D
 
D
Q
 
Q
V
 
L
I
 
Y
L
 
L
M
 
V
S
 
S
E
 
N
D
 
I
T
 
T
W
 
M
N
 
E
A
 
E
L
 
L
E
 
P
P
 
E
A
 
N
D
 
L
Q
 
Q
K
 
K
V
 
V
V
 
V
M
 
K
E
 
E
A
 
S
F
 
A
E
 
E
A
 
V
G
 
A
G
 
A
A
 
E
L
 
Y
N
 
H
D
 
T
K
 
K
L
 
L
V
 
F
S
 
M
D
 
D
K
 
E
E
 
E
A
 
K
N
 
S
L
 
L
V
 
K
S
 
D
D
 
F
F
 
F
R
 
K
E
 
S
R
 
K
G
 
G
I
 
V
T
 
T
V
 
I
V
 
T
E
 
E
P
 
P
D
 
N
K
 
L
A
 
V
A
 
D
F
 
F
Q
 
K
E
 
K
A
 
A
M
 
M
K
 
K
P
 
P
V
 
F
Y
 
Y
A
 
D
D
 
E
L
 
Y
-
 
I
-
 
K
-
 
K
D
 
N
A
 
G
K
 
K
F
 
V
G
 
G
A
 
E
D
 
N
T
 
A
V
 
I
K
 
K
T
 
A
L
 
I
L
 
E
D
 
A
L
 
V
R
 
R

2xwoA Siap r147e mutant in complex with sialylamide (see paper)
39% identity, 87% coverage: 27:307/323 of query aligns to 5:286/308 of 2xwoA

query
sites
2xwoA
L
 
L
R
 
K
L
 
F
G
 
G
M
 
M
Q
x
N
G
 
A
T
 
G
A
 
T
G
 
S
D
 
S
P
 
N
Q
 
E
F
 
Y
E
 
K
G
 
A
V
 
A
T
 
E
E
 
M
A
 
F
A
 
A
R
 
K
I
 
E
I
 
V
K
 
K
E
 
E
K
 
K
S
 
S
G
 
Q
G
 
G
R
 
K
L
 
I
T
 
E
L
 
I
E
 
S
I
 
L
F
 
Y
P
 
P
N
 
S
S
 
S
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
T
 
D
F
x
D
T
 
R
E
 
A
M
 
M
M
 
L
E
 
K
Q
 
Q
V
 
L
T
 
K
L
 
D
G
 
G
E
 
S
L
 
L
D
 
D
F
 
F
T
 
T
L
 
F
N
 
A
P
x
E
F
 
S
G
 
A
G
 
R
M
 
F
D
 
Q
A
 
L
W
 
F
V
 
Y
P
 
P
R
 
E
A
 
A
V
 
A
L
 
V
A
 
F
S
 
A
T
 
L
A
 
P
Y
 
Y
V
 
V
V
 
I
G
 
S
D
 
N
F
 
Y
D
 
N
H
 
V
L
 
A
Q
 
Q
K
 
K
-
 
A
I
 
L
I
 
F
A
 
D
S
 
T
D
 
E
W
 
F
G
 
G
K
 
K
G
 
D
I
 
L
V
 
I
D
 
K
E
 
K
M
 
M
R
 
D
T
 
K
E
 
D
H
 
L
K
 
G
W
 
V
R
 
T
M
 
L
V
 
L
D
 
S
S
 
Q
W
 
A
Y
 
Y
F
 
N
G
 
G
T
 
T
R
|
R
H
 
Q
T
 
T
T
 
T
A
 
S
K
 
N
K
 
R
P
 
A
I
 
I
E
 
N
K
 
S
P
 
I
A
 
A
D
 
D
F
 
M
A
 
K
G
 
G
M
 
L
K
 
K
L
 
L
R
 
E
V
 
V
P
|
P
N
 
N
S
 
A
A
 
A
P
 
T
L
 
N
L
 
L
T
 
A
W
 
Y
A
 
A
K
 
K
A
 
Y
M
 
V
G
 
G
A
 
A
S
 
S
P
 
P
T
 
T
P
 
P
V
 
M
A
 
A
F
|
F
A
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
T
N
 
N
Q
 
A
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
P
 
A
I
 
A
I
 
V
D
 
Q
S
 
A
M
 
Q
K
 
K
F
 
F
T
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
S
 
K
H
 
F
V
 
L
S
 
A
L
 
M
T
 
T
G
 
N
H
 
H
L
 
I
V
 
L
Q
 
N
D
 
D
Q
|
Q
V
 
L
I
 
Y
L
 
L
M
 
V
S
 
S
E
 
N
D
 
E
T
 
T
W
 
Y
N
 
K
A
 
E
L
 
L
E
 
P
P
 
E
A
 
D
D
 
L
Q
 
Q
K
 
K
V
 
V
V
 
V
M
 
K
E
 
D
A
 
A
F
 
A
E
 
E
A
 
N
G
 
A
G
 
A
A
 
K
L
 
Y
N
 
H
D
 
T
K
 
K
L
 
L
V
 
F
S
 
V
D
 
D
K
 
G
E
 
E
A
 
K
N
 
D
L
 
L
V
 
V
S
 
T
D
 
F
F
 
F
R
 
E
E
 
K
R
 
Q
G
 
G
I
 
V
T
 
K
V
 
I
V
 
T
E
 
H
P
 
P
D
 
D
K
 
L
A
 
V
A
 
P
F
 
F
Q
 
K
E
 
E
A
 
S
M
 
M
K
 
K
P
 
P
V
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
D
 
E
L
 
F

4mmpA Structure of sialic acid binding protein from pasturella multocida (see paper)
40% identity, 89% coverage: 27:312/323 of query aligns to 6:292/308 of 4mmpA

query
sites
4mmpA
L
 
L
R
 
K
L
 
F
G
 
G
M
 
M
Q
x
V
G
 
A
T
 
G
A
 
P
G
 
S
D
 
S
P
 
N
Q
 
E
F
 
Y
E
 
K
G
 
A
V
 
V
T
 
E
E
 
F
A
 
F
A
 
A
R
 
K
I
 
E
I
 
V
K
 
K
E
 
E
K
 
K
S
 
S
G
 
N
G
 
G
R
 
K
L
 
I
T
 
D
L
 
V
E
 
A
I
 
I
F
 
F
P
 
P
N
 
S
S
 
S
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
T
 
D
F
x
D
T
 
R
E
 
V
M
 
M
M
 
I
E
 
K
Q
 
Q
V
 
L
T
 
K
L
 
D
G
 
G
E
 
A
L
 
L
D
 
D
F
 
F
T
 
T
L
|
L
N
 
G
P
x
E
F
 
S
G
 
A
G
x
R
M
 
F
D
 
Q
A
 
I
W
 
Y
V
 
F
P
 
P
R
 
E
A
 
A
V
 
E
L
 
V
A
 
F
S
 
A
T
 
L
A
 
P
Y
 
Y
V
 
M
V
 
I
G
 
P
D
 
N
F
 
F
D
 
E
H
 
T
L
 
S
Q
 
K
K
 
K
-
 
A
I
 
L
I
 
L
A
 
D
S
 
T
D
 
K
W
 
F
G
 
G
K
 
Q
G
 
G
I
 
L
V
 
L
D
 
K
E
 
K
M
 
I
R
 
D
T
 
K
E
 
E
H
 
L
K
 
N
W
 
V
R
 
Q
M
 
V
V
 
L
D
 
S
S
 
V
W
 
A
Y
 
Y
F
 
N
G
 
G
T
 
T
R
|
R
H
 
Q
T
 
T
T
 
T
A
 
S
K
 
N
K
 
R
P
 
A
I
 
I
E
 
N
K
 
S
P
 
I
A
 
E
D
 
D
F
 
M
A
 
K
G
 
G
M
 
L
K
 
K
L
 
L
R
|
R
V
 
V
P
 
P
N
 
N
S
 
A
A
 
A
P
 
T
L
 
N
L
 
L
T
 
A
W
 
Y
A
 
A
K
 
K
A
 
Y
M
 
V
G
 
G
A
 
A
S
 
A
P
 
P
T
 
T
P
 
P
V
 
M
A
 
A
F
|
F
A
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
T
N
 
N
Q
 
S
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
P
 
P
I
 
T
I
 
I
D
 
Q
S
 
A
M
 
Q
K
 
K
F
 
F
T
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
S
 
K
H
 
Y
V
 
L
S
 
A
L
 
L
T
 
T
G
 
N
H
 
H
L
 
I
V
 
L
Q
 
N
D
 
D
Q
|
Q
V
 
L
I
 
Y
L
 
L
M
 
I
S
 
S
E
 
N
D
 
D
T
 
T
W
 
L
N
 
A
A
 
D
L
 
L
E
 
P
P
 
E
A
 
D
D
 
L
Q
 
Q
K
 
K
V
 
V
V
 
V
M
 
K
E
 
D
A
 
A
F
 
A
E
 
A
A
 
K
G
 
A
G
 
A
A
 
E
L
 
Y
N
 
H
D
 
T
K
 
K
L
 
L
V
 
F
S
 
V
D
 
D
K
 
G
E
 
E
A
 
N
N
 
S
L
 
L
V
 
V
S
 
E
D
 
F
F
 
F
R
 
K
E
 
S
R
 
Q
G
 
G
I
 
V
T
 
T
V
 
V
V
 
T
E
 
Q
P
 
P
D
 
D
K
 
L
A
 
K
A
 
P
F
 
F
Q
 
K
E
 
A
A
 
A
M
 
L
K
 
T
P
 
P
V
 
Y
Y
 
Y
A
 
D
D
 
E
L
 
Y
D
 
L
A
 
K
K
 
K
F
 
N
G
 
G

4pddA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from polaromonas sp js666 (bpro_0088, target efi-510167) bound to d- erythronate (see paper)
34% identity, 86% coverage: 42:319/323 of query aligns to 19:297/303 of 4pddA

query
sites
4pddA
G
 
G
V
 
A
T
 
T
E
 
T
A
 
F
A
 
C
R
 
D
I
 
E
I
 
V
K
 
E
E
 
K
K
 
G
S
 
T
G
 
Q
G
 
E
R
 
R
L
 
Y
T
 
K
L
 
C
E
 
Q
I
 
H
F
 
F
P
 
P
N
 
S
S
 
S
Q
 
A
L
 
L
G
 
G
T
 
G
F
x
E
T
 
R
E
 
E
M
 
M
M
 
I
E
 
E
Q
 
S
V
 
V
T
 
Q
L
 
L
G
 
G
E
 
T
L
 
Q
D
 
D
F
 
L
T
 
V
L
 
N
N
 
T
P
 
S
F
 
T
G
 
G
G
 
P
M
 
L
D
 
G
A
 
N
W
 
F
V
 
V
P
 
P
R
 
E
A
 
T
V
 
R
L
 
I
A
 
V
S
 
D
T
 
I
A
 
P
Y
 
F
V
 
L
V
 
F
G
 
R
D
 
D
F
 
Y
D
 
E
H
 
H
L
 
A
Q
 
R
K
 
K
I
 
V
I
 
M
A
 
D
S
 
G
D
 
A
W
 
I
G
 
G
K
 
Q
G
 
D
I
 
L
V
 
L
D
 
K
E
 
K
M
 
M
R
 
Q
T
 
A
E
 
-
H
 
-
K
 
K
W
 
G
R
 
L
M
 
I
V
 
G
D
 
L
S
 
A
W
 
W
Y
 
T
-
 
E
F
x
N
G
 
G
T
 
F
R
|
R
H
 
H
-
 
M
T
 
T
T
 
N
A
 
S
K
 
K
K
 
R
P
 
P
I
 
I
E
 
L
K
 
Q
P
 
A
A
 
S
D
 
D
F
 
A
A
 
A
G
 
G
M
 
L
K
 
K
L
 
V
R
|
R
V
 
T
P
x
M
N
 
E
S
 
N
A
 
K
P
 
V
L
 
H
L
 
M
T
 
D
W
 
G
A
 
Y
K
 
K
A
 
T
M
 
F
G
 
G
A
 
L
S
 
L
P
 
P
T
 
T
P
 
P
V
 
M
A
 
A
F
|
F
A
 
P
E
 
E
V
 
L
Y
 
F
L
 
T
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
Q
N
 
G
Q
 
T
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
I
P
 
P
I
 
V
I
 
I
D
 
L
S
 
S
M
 
S
K
 
K
F
 
F
T
 
S
E
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
S
 
K
H
 
H
V
 
L
S
 
S
L
 
L
T
 
T
G
 
G
H
 
H
L
 
V
V
 
Y
Q
 
S
D
 
P
Q
 
A
V
 
V
I
 
L
L
 
I
M
 
L
S
 
S
E
 
S
D
 
R
T
 
V
W
 
W
N
 
D
A
 
K
L
 
L
E
 
S
P
 
E
A
 
A
D
 
D
Q
 
K
K
 
K
V
 
V
V
 
F
M
 
V
E
 
A
A
 
A
F
 
A
E
 
Q
A
 
K
G
 
A
G
 
T
A
 
V
L
 
A
N
 
Q
D
 
R
K
 
K
L
 
R
V
 
V
S
 
N
D
 
D
K
 
D
E
 
E
A
 
A
N
 
N
L
 
G
V
 
I
S
 
T
D
 
Q
F
 
L
R
 
K
E
 
K
R
 
D
G
 
G
I
 
M
T
 
Q
V
 
V
V
 
V
E
 
E
P
 
K
-
 
V
D
 
D
K
 
G
A
 
E
A
 
S
F
 
F
Q
 
R
E
 
K
A
 
A
M
 
V
K
 
A
P
 
P
V
 
A
Y
 
Y
A
 
A
D
 
G
L
 
F
D
 
A
A
 
K
K
 
E
F
 
F
G
 
G
A
 
A
D
 
E
T
 
R
V
 
I
K
 
A
T
 
A
L
 
I

Sites not aligning to the query:

4p9kA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from verminephrobacter eiseniae ef01-2 (veis_3954, target efi-510324) a nephridial symbiont of the earthworm eisenia foetida, bound to d- erythronate with residual density suggestive of superposition with copurified alternative ligand. (see paper)
32% identity, 89% coverage: 26:312/323 of query aligns to 5:292/303 of 4p9kA

query
sites
4p9kA
T
 
T
L
 
M
R
 
R
L
 
I
G
 
N
M
 
I
Q
 
S
G
 
T
T
 
A
A
 
Q
G
 
N
D
 
S
P
 
H
Q
|
Q
F
 
G
E
 
V
G
 
A
V
 
I
T
 
D
E
 
T
A
 
F
A
 
A
R
 
K
I
 
E
I
 
V
K
 
E
E
 
K
K
 
R
S
 
T
G
 
G
G
 
G
R
 
R
L
 
Y
T
 
K
L
 
V
E
 
Q
I
 
T
F
 
F
P
 
Y
N
 
N
S
 
A
Q
 
A
L
 
L
G
 
G
T
 
A
F
x
E
T
 
R
E
 
E
M
 
S
M
 
V
E
 
E
Q
 
A
V
 
V
T
 
Q
L
 
L
G
 
G
E
 
T
L
 
H
D
 
E
F
 
L
T
 
T
L
 
F
N
 
S
P
 
S
F
 
S
G
 
G
G
 
P
M
 
I
D
 
P
A
 
N
W
 
F
V
 
V
P
 
P
R
 
E
A
 
T
V
 
K
L
 
I
A
 
L
S
 
D
T
 
V
A
 
P
Y
 
F
V
 
L
V
 
F
G
 
R
D
 
D
F
 
K
D
 
A
H
 
H
L
 
A
Q
 
R
K
 
A
I
 
V
I
 
L
A
 
D
S
 
G
D
 
P
W
 
I
G
 
G
K
 
Q
G
 
E
I
 
L
V
 
L
D
 
-
E
 
-
M
 
T
R
 
R
T
 
F
E
 
D
H
 
G
K
 
K
W
 
G
R
 
F
M
 
K
V
 
A
D
 
L
S
 
A
W
 
W
Y
 
A
-
 
E
F
x
N
G
 
G
T
 
F
R
|
R
H
 
H
-
 
M
T
 
S
T
 
N
A
 
S
K
 
K
K
 
R
P
 
A
I
 
V
E
 
K
K
 
E
P
 
P
A
 
G
D
 
D
F
 
L
A
 
K
G
 
G
M
 
L
K
 
K
L
 
M
R
|
R
V
 
T
P
x
M
N
 
E
S
 
N
A
 
P
P
 
V
L
 
H
L
 
I
T
 
A
W
 
A
A
 
Y
K
 
K
A
 
G
M
 
F
G
 
G
A
 
I
S
 
V
P
 
T
T
 
T
P
 
P
V
 
M
A
 
A
F
|
F
A
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
F
L
 
T
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
Q
N
 
G
Q
 
T
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
P
 
S
I
 
V
I
 
I
D
 
I
S
 
S
M
 
A
K
 
K
F
 
F
T
 
D
E
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
S
 
K
H
 
H
V
 
L
S
 
T
L
 
L
T
 
T
G
 
G
H
 
H
L
 
V
V
 
Y
Q
 
S
D
 
P
Q
 
A
V
 
L
I
 
F
L
 
L
M
 
M
S
 
N
E
 
K
D
 
A
T
 
L
W
 
F
N
 
D
A
 
K
L
 
L
E
 
P
P
 
A
A
 
A
D
 
D
Q
 
Q
K
 
Q
V
 
A
V
 
F
M
 
I
E
 
D
A
 
A
F
 
A
E
 
R
A
 
Q
G
 
G
G
 
A
A
 
K
L
 
L
N
 
N
D
 
R
K
 
A
L
 
R
V
 
V
S
 
D
D
 
E
K
 
D
E
 
D
A
 
A
N
 
K
L
 
G
V
 
V
S
 
A
D
 
D
F
 
L
R
 
R
E
 
A
R
 
K
G
 
G
I
 
M
T
 
T
V
 
V
V
 
I
E
 
D
P
 
N
-
 
I
D
 
D
K
 
K
A
 
A
A
 
R
F
 
F
Q
 
V
E
 
A
A
 
A
M
 
L
K
 
A
P
 
P
V
 
V
Y
 
N
A
 
A
D
 
Q
L
 
F
D
 
E
A
 
K
K
 
Q
F
 
F
G
 
G

4pakA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from verminephrobacter eiseniae ef01-2 (veis_3954, target efi-510324) a nephridial symbiont of the earthworm eisenia foetida, bound to (r)- pantoic acid (see paper)
32% identity, 89% coverage: 26:312/323 of query aligns to 6:293/304 of 4pakA

query
sites
4pakA
T
 
T
L
 
M
R
 
R
L
 
I
G
 
N
M
 
I
Q
 
S
G
 
T
T
 
A
A
 
Q
G
 
N
D
 
S
P
 
H
Q
|
Q
F
 
G
E
 
V
G
 
A
V
 
I
T
 
D
E
 
T
A
 
F
A
 
A
R
 
K
I
 
E
I
 
V
K
 
E
E
 
K
K
 
R
S
 
T
G
 
G
G
 
G
R
 
R
L
 
Y
T
 
K
L
 
V
E
 
Q
I
 
T
F
 
F
P
 
Y
N
 
N
S
 
A
Q
 
A
L
 
L
G
 
G
T
 
A
F
x
E
T
 
R
E
 
E
M
 
S
M
 
V
E
 
E
Q
 
A
V
 
V
T
 
Q
L
 
L
G
 
G
E
 
T
L
 
H
D
 
E
F
 
L
T
 
T
L
 
F
N
 
S
P
 
S
F
 
S
G
 
G
G
 
P
M
 
I
D
 
P
A
 
N
W
 
F
V
 
V
P
 
P
R
 
E
A
 
T
V
 
K
L
 
I
A
 
L
S
 
D
T
 
V
A
 
P
Y
 
F
V
 
L
V
 
F
G
 
R
D
 
D
F
 
K
D
 
A
H
 
H
L
 
A
Q
 
R
K
 
A
I
 
V
I
 
L
A
 
D
S
 
G
D
 
P
W
 
I
G
 
G
K
 
Q
G
 
E
I
 
L
V
 
L
D
 
-
E
 
-
M
 
T
R
 
R
T
 
F
E
 
D
H
 
G
K
 
K
W
 
G
R
 
F
M
 
K
V
 
A
D
 
L
S
 
A
W
 
W
Y
 
A
-
 
E
F
x
N
G
 
G
T
 
F
R
|
R
H
 
H
-
 
M
T
 
S
T
 
N
A
 
S
K
 
K
K
 
R
P
 
A
I
 
V
E
 
K
K
 
E
P
 
P
A
 
G
D
 
D
F
 
L
A
 
K
G
 
G
M
 
L
K
 
K
L
 
M
R
|
R
V
 
T
P
x
M
N
 
E
S
 
N
A
 
P
P
 
V
L
 
H
L
 
I
T
 
A
W
 
A
A
 
Y
K
 
K
A
 
G
M
 
F
G
 
G
A
 
I
S
 
V
P
 
T
T
 
T
P
 
P
V
 
M
A
 
A
F
|
F
A
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
F
L
 
T
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
Q
N
 
G
Q
 
T
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
P
 
S
I
x
V
I
 
I
D
 
I
S
 
S
M
 
A
K
 
K
F
 
F
T
 
D
E
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
S
 
K
H
 
H
V
 
L
S
 
T
L
 
L
T
 
T
G
 
G
H
 
H
L
 
V
V
 
Y
Q
 
S
D
 
P
Q
 
A
V
 
L
I
 
F
L
 
L
M
 
M
S
 
N
E
 
K
D
 
A
T
 
L
W
 
F
N
 
D
A
 
K
L
 
L
E
 
P
P
 
A
A
 
A
D
 
D
Q
 
Q
K
 
Q
V
 
A
V
 
F
M
 
I
E
 
D
A
 
A
F
 
A
E
 
R
A
 
Q
G
 
G
G
 
A
A
 
K
L
 
L
N
 
N
D
 
R
K
 
A
L
 
R
V
 
V
S
 
D
D
 
E
K
 
D
E
 
D
A
 
A
N
 
K
L
 
G
V
 
V
S
 
A
D
 
D
F
 
L
R
 
R
E
 
A
R
 
K
G
 
G
I
 
M
T
 
T
V
 
V
V
 
I
E
 
D
P
 
N
-
 
I
D
 
D
K
 
K
A
 
A
A
 
R
F
 
F
Q
 
V
E
 
A
A
 
A
M
 
L
K
 
A
P
 
P
V
 
V
Y
 
N
A
 
A
D
 
Q
L
 
F
D
 
E
A
 
K
K
 
Q
F
 
F
G
 
G

4o8mA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein actinobacillus succinogenes 130z, target efi-510004, with bound l- galactonate (see paper)
32% identity, 84% coverage: 36:305/323 of query aligns to 13:282/303 of 4o8mA

query
sites
4o8mA
G
 
G
D
 
E
P
 
P
Q
 
I
F
 
D
E
 
K
G
 
A
V
 
M
T
 
H
E
 
F
A
 
W
A
 
A
R
 
D
I
 
K
I
 
V
K
 
K
E
 
E
K
 
K
S
 
S
G
 
N
G
 
G
R
 
D
L
 
I
T
 
V
L
 
F
E
 
K
I
 
L
F
 
F
P
 
P
N
 
S
S
 
S
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
T
 
S
F
x
E
T
 
T
E
 
E
M
 
V
M
 
L
E
 
E
Q
 
Q
V
 
A
T
 
K
L
 
F
G
 
G
E
 
A
L
 
N
D
 
I
F
 
I
T
 
T
L
x
I
N
x
S
P
 
D
F
 
Y
G
 
G
G
 
A
M
 
L
D
 
M
A
 
D
W
 
I
V
 
V
P
 
P
R
 
D
A
 
L
V
 
G
L
 
V
A
 
I
S
 
N
T
 
A
A
 
P
Y
 
Y
V
 
I
V
 
S
G
 
Q
D
 
S
F
 
F
D
 
E
H
 
K
L
 
K
Q
 
S
K
 
K
I
 
L
I
 
L
A
 
H
S
 
S
D
 
D
W
 
W
G
 
F
K
 
K
G
 
D
I
 
L
V
 
S
D
 
D
E
 
K
M
 
L
R
 
D
T
 
Q
E
 
H
H
 
D
K
 
I
W
 
H
R
 
I
M
 
I
V
 
V
D
 
P
S
 
D
W
 
V
Y
 
I
F
x
Y
G
 
G
T
 
T
R
|
R
H
 
H
T
 
L
T
 
L
A
 
T
K
 
K
K
 
K
P
 
P
I
 
V
E
 
T
K
 
K
P
 
P
A
 
S
D
 
D
F
 
L
A
 
K
G
 
G
M
 
M
K
 
K
L
 
V
R
|
R
V
 
V
P
x
Q
N
 
H
S
 
S
A
 
R
P
 
L
L
 
F
L
 
L
T
 
Q
W
 
T
A
 
I
K
 
N
A
 
A
M
 
M
G
 
G
A
 
G
S
 
V
P
 
P
T
 
T
P
 
P
V
 
M
A
 
S
F
x
L
A
 
S
E
 
D
V
 
V
Y
 
Y
L
 
P
A
 
G
L
 
L
Q
 
S
T
 
E
N
 
G
Q
 
I
V
 
I
D
 
D
G
 
G
Q
 
L
E
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
T
P
 
V
I
 
V
I
 
L
D
 
F
S
 
G
M
 
G
K
 
K
F
 
F
T
 
F
E
 
E
V
 
V
Q
 
A
S
 
K
H
 
N
V
 
L
S
 
N
L
 
L
T
 
T
G
 
A
H
 
H
L
 
T
V
 
K
Q
x
H
D
 
M
Q
x
S
V
 
P
I
 
F
L
 
V
M
 
A
S
 
G
E
 
T
D
 
A
T
 
F
W
 
W
N
 
N
A
 
N
L
 
L
E
 
T
P
 
P
A
 
E
D
 
Q
Q
 
Q
K
 
K
V
 
I
V
 
I
M
 
V
E
 
D
A
 
A
F
 
S
E
 
R
A
 
E
G
 
M
G
 
V
A
 
T
L
 
Y
N
 
G
D
 
G
K
 
G
L
 
L
V
 
I
S
 
E
D
 
Q
K
 
A
E
 
E
A
 
N
N
 
E
L
 
A
V
 
L
S
 
E
D
 
N
F
 
L
R
 
K
E
 
K
R
 
A
G
 
G
I
 
V
T
 
T
V
 
V
V
 
N
E
 
D
P
 
V
D
 
D
K
 
L
A
 
P
A
 
A
F
 
F
Q
 
E
E
 
A
A
 
S
M
 
V
K
 
A
P
 
D
V
 
V
Y
 
I
A
 
S

4x8rA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from rhodobacter sphaeroides (rsph17029_2138, target efi-510205) with bound glucuronate
35% identity, 86% coverage: 26:304/323 of query aligns to 5:284/304 of 4x8rA

query
sites
4x8rA
T
 
T
L
 
L
R
 
R
L
 
S
G
 
S
M
 
D
Q
 
T
G
x
H
T
 
P
A
 
D
G
 
G
D
 
Y
P
 
P
Q
 
T
F
 
V
E
 
E
G
 
G
V
 
V
T
 
K
E
 
F
A
 
M
A
 
A
R
 
E
I
 
R
I
 
A
K
 
K
E
 
E
K
 
L
S
 
S
G
 
N
G
 
G
R
 
R
L
 
I
T
 
C
L
 
I
E
 
E
I
 
V
F
 
F
P
 
P
N
 
S
S
 
S
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
T
 
E
F
x
E
T
 
K
E
 
D
M
 
T
M
 
I
E
 
E
Q
 
Q
V
 
T
T
 
Q
L
 
F
G
 
G
E
 
V
L
 
I
D
 
D
F
 
M
T
 
V
L
x
R
N
 
A
P
 
S
F
 
F
G
 
G
G
 
S
M
 
F
D
 
N
A
 
D
W
 
I
V
 
V
P
 
P
R
 
E
A
 
A
V
 
Q
L
 
L
A
 
L
S
 
S
T
 
L
A
 
P
Y
 
Y
V
 
L
V
 
F
G
 
R
D
 
S
F
 
E
D
 
E
H
 
H
L
 
L
Q
 
H
K
x
N
I
 
V
I
 
M
A
 
D
S
 
G
D
 
P
W
 
I
G
|
G
K
 
D
G
 
E
I
 
L
V
 
A
D
 
K
E
 
A
M
 
F
R
 
-
T
 
-
E
|
E
H
 
A
K
 
K
W
 
D
R
 
L
M
 
I
V
 
A
D
 
V
S
 
A
W
 
Y
Y
 
Y
F
 
D
G
 
G
T
 
G
R
 
S
H
x
R
T
 
S
-
 
F
-
 
Y
T
 
N
A
 
S
K
 
Q
K
 
K
P
 
P
I
 
I
E
 
T
K
 
K
P
 
V
A
 
E
D
 
D
F
 
L
A
 
K
G
 
G
M
 
M
K
 
K
L
 
F
R
|
R
V
 
V
P
x
M
N
 
Q
S
 
S
A
 
D
P
 
V
L
 
F
L
 
V
T
 
D
W
 
M
A
 
M
K
 
S
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
S
 
N
P
 
A
T
 
T
P
 
P
V
 
M
A
 
P
F
x
Y
A
 
G
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
L
 
S
A
 
S
L
 
I
Q
 
Q
T
 
T
N
 
G
Q
 
V
V
 
I
D
 
D
G
 
G
Q
 
A
E
 
E
N
|
N
P
 
N
L
 
W
P
 
P
I
x
S
I
 
Y
D
 
D
S
 
S
M
 
S
K
 
G
F
 
H
T
 
F
E
 
E
V
 
V
Q
 
A
S
 
K
H
 
Y
V
 
Y
S
 
T
L
 
L
T
 
D
G
 
Q
H
 
H
L
 
L
V
 
M
Q
 
V
D
 
P
Q
x
E
V
x
L
I
 
V
L
 
A
M
 
I
S
 
S
E
 
K
D
 
I
T
 
K
W
 
W
N
 
D
A
 
A
L
 
L
E
 
S
P
 
P
A
 
E
D
 
D
Q
 
Q
K
 
Q
V
 
V
V
 
L
M
 
R
E
 
Q
A
 
A
F
 
A
E
 
E
A
 
E
G
 
S
G
 
E
A
 
P
L
 
V
N
 
Q
D
 
R
K
 
K
L
 
L
V
 
W
S
 
A
D
 
E
K
 
Q
E
 
E
A
 
K
N
 
A
L
 
S
V
 
E
S
 
E
D
 
K
F
 
V
R
 
V
E
 
A
R
 
S
G
 
G
I
 
A
T
 
E
V
 
V
V
 
V
-
 
R
E
 
E
P
 
I
D
 
D
K
 
K
A
 
T
A
 
P
F
 
F
Q
 
I
E
 
E
A
 
A
M
 
M
K
 
A
P
 
P
V
 
V
Y
 
Y

Q16BC9 Solute-binding protein RD1_1052 from Roseobacter denitrificans (strain ATCC 33942 / OCh 114) (Erythrobacter sp. (strain OCh 114)) (Roseobacter denitrificans) (see paper)
34% identity, 73% coverage: 56:292/323 of query aligns to 60:295/325 of Q16BC9

query
sites
Q16BC9
G
 
G
R
 
R
L
 
I
T
 
A
L
 
V
E
 
E
I
 
V
F
 
F
P
 
P
N
 
N
S
 
E
Q
 
S
L
 
L
G
 
G
T
 
K
F
x
E
T
 
I
E
 
D
M
 
L
M
 
I
E
 
N
Q
 
G
V
 
M
T
 
Q
L
 
L
G
 
G
E
 
T
L
 
V
D
 
D
F
 
M
T
 
T
L
 
I
N
 
T
P
x
G
F
 
-
G
x
E
G
x
S
M
 
L
D
 
Q
A
 
N
W
 
W
V
 
A
P
 
P
R
 
M
A
 
A
V
 
A
L
 
L
A
 
L
S
 
A
T
 
V
A
 
P
Y
 
Y
V
 
A
V
 
Y
G
 
K
D
 
S
F
 
L
D
 
E
H
 
H
L
 
M
Q
 
D
K
 
E
I
 
V
I
 
A
A
 
S
S
 
G
D
 
E
W
 
I
G
 
G
K
 
E
G
 
Q
I
 
I
V
 
K
D
 
Q
E
 
Q
M
 
I
R
 
I
T
 
E
E
 
K
H
 
A
K
 
Q
W
 
V
R
 
R
M
 
P
V
 
I
D
 
A
S
 
F
W
 
F
Y
 
A
F
x
R
G
|
G
T
x
P
R
|
R
H
 
N
T
 
L
T
 
T
A
 
S
K
 
Q
K
 
R
P
 
P
I
 
I
E
 
T
K
 
S
P
 
P
A
 
A
D
 
D
F
 
L
A
 
D
G
 
G
M
 
M
K
 
K
L
 
M
R
|
R
V
 
V
P
 
P
N
 
N
S
 
V
A
 
P
P
 
L
L
 
F
L
 
V
T
 
D
W
 
V
A
 
W
K
 
S
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
S
 
S
P
 
P
T
 
T
P
 
P
V
 
M
A
 
A
F
 
F
A
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
F
L
 
T
A
 
S
L
 
L
Q
 
Q
T
 
N
N
 
G
Q
 
V
V
 
I
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
P
 
A
I
 
L
I
 
I
D
 
R
S
 
S
M
 
A
K
 
N
F
 
F
T
 
N
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
S
 
G
H
 
Y
V
 
V
S
 
N
L
 
Q
T
 
T
G
 
E
H
 
H
L
 
V
V
 
R
Q
 
S
D
 
W
Q
 
I
V
 
Y
I
 
L
L
 
T
M
 
I
S
 
A
E
 
E
D
 
S
T
 
T
W
 
W
N
 
A
A
 
K
L
 
L
E
 
S
P
 
E
A
 
D
D
 
D
Q
 
Q
K
 
N
V
 
A
V
 
V
M
 
M
E
 
Q
A
 
A
F
 
A
E
 
A
A
 
T
G
 
A
G
 
Q
A
 
E
L
 
Y
N
 
E
D
 
R
K
 
G
L
 
L
V
 
L
S
 
L
D
 
E
K
 
S
E
 
L
A
 
A
N
 
E
L
 
D
V
 
R
S
 
G
D
 
Y
F
 
L
R
 
E
E
 
S
R
 
K
G
 
G
I
 
M
T
 
T
V
 
F
V
 
V
E
 
E
P
 
V
D
 
D

4pcdA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from roseobacter denitrificans och 114 (rd1_1052, target efi-510238) with bound l-galactonate (see paper)
34% identity, 73% coverage: 56:292/323 of query aligns to 36:271/300 of 4pcdA

query
sites
4pcdA
G
 
G
R
 
R
L
 
I
T
 
A
L
 
V
E
 
E
I
 
V
F
 
F
P
 
P
N
 
N
S
 
E
Q
 
S
L
 
L
G
 
G
T
 
K
F
x
E
T
 
I
E
 
D
M
 
L
M
 
I
E
 
N
Q
 
G
V
 
M
T
 
Q
L
 
L
G
 
G
E
 
T
L
 
V
D
 
D
F
 
M
T
 
T
L
 
I
N
 
T
P
x
G
F
 
-
G
x
E
G
x
S
M
 
L
D
 
Q
A
 
N
W
 
W
V
 
A
P
 
P
R
 
M
A
 
A
V
 
A
L
 
L
A
 
L
S
 
A
T
 
V
A
 
P
Y
 
Y
V
 
A
V
 
Y
G
 
K
D
 
S
F
 
L
D
 
E
H
 
H
L
 
M
Q
 
D
K
 
E
I
 
V
I
 
A
A
 
S
S
 
G
D
 
E
W
 
I
G
 
G
K
 
E
G
 
Q
I
 
I
V
 
K
D
 
Q
E
 
Q
M
 
I
R
 
I
T
 
E
E
 
K
H
 
A
K
 
Q
W
 
V
R
 
R
M
 
P
V
 
I
D
 
A
S
 
F
W
 
F
Y
 
A
F
x
R
G
 
G
T
 
P
R
|
R
H
 
N
T
 
L
T
 
T
A
 
S
K
 
Q
K
 
R
P
 
P
I
 
I
E
 
T
K
 
S
P
 
P
A
 
A
D
 
D
F
 
L
A
 
D
G
 
G
M
 
M
K
 
K
L
 
M
R
|
R
V
 
V
P
 
P
N
 
N
S
 
V
A
 
P
P
 
L
L
 
F
L
 
V
T
 
D
W
 
V
A
 
W
K
 
S
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
S
 
S
P
 
P
T
 
T
P
 
P
V
 
M
A
 
A
F
 
F
A
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
F
L
 
T
A
 
S
L
 
L
Q
 
Q
T
 
N
N
 
G
Q
 
V
V
 
I
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
P
 
A
I
x
L
I
 
I
D
 
R
S
 
S
M
 
A
K
 
N
F
 
F
T
 
N
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
S
 
G
H
 
Y
V
 
V
S
 
N
L
 
Q
T
 
T
G
 
E
H
 
H
L
 
V
V
 
R
Q
 
S
D
 
W
Q
 
I
V
 
Y
I
 
L
L
 
T
M
 
I
S
 
A
E
 
E
D
 
S
T
 
T
W
 
W
N
 
A
A
 
K
L
 
L
E
 
S
P
 
E
A
 
D
D
 
D
Q
 
Q
K
 
N
V
 
A
V
 
V
M
 
M
E
 
Q
A
 
A
F
 
A
E
 
A
A
 
T
G
 
A
G
 
Q
A
 
E
L
 
Y
N
 
E
D
 
R
K
 
G
L
 
L
V
 
L
S
 
L
D
 
E
K
 
S
E
 
L
A
 
A
N
 
E
L
 
D
V
 
R
S
 
G
D
 
Y
F
 
L
R
 
E
E
 
S
R
 
K
G
 
G
I
 
M
T
 
T
V
 
F
V
 
V
E
 
E
P
 
V
D
 
D

Query Sequence

>SM_b20295 FitnessBrowser__Smeli:SM_b20295
MKTGMISLALAGLLMASQAMAQEARTLRLGMQGTAGDPQFEGVTEAARIIKEKSGGRLTL
EIFPNSQLGTFTEMMEQVTLGELDFTLNPFGGMDAWVPRAVLASTAYVVGDFDHLQKIIA
SDWGKGIVDEMRTEHKWRMVDSWYFGTRHTTAKKPIEKPADFAGMKLRVPNSAPLLTWAK
AMGASPTPVAFAEVYLALQTNQVDGQENPLPIIDSMKFTEVQSHVSLTGHLVQDQVILMS
EDTWNALEPADQKVVMEAFEAGGALNDKLVSDKEANLVSDFRERGITVVEPDKAAFQEAM
KPVYADLDAKFGADTVKTLLDLR

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory