SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing SM_b20349 FitnessBrowser__Smeli:SM_b20349 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

5ibqA Crystal structure of an abc solute binding protein from rhizobium etli cfn 42 (rhe_pf00037,target efi-511357) in complex with alpha-d-apiose
87% identity, 91% coverage: 27:311/313 of query aligns to 2:286/287 of 5ibqA

query
sites
5ibqA
A
 
A
D
 
D
L
 
L
I
 
I
A
 
A
I
 
I
I
 
I
T
 
T
P
 
P
S
 
A
H
 
H
D
 
D
N
|
N
P
 
P
F
|
F
F
 
F
K
 
K
A
 
A
E
 
E
A
 
A
V
 
V
G
 
G
A
 
A
E
 
E
A
 
A
K
 
K
A
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
E
 
E
T
 
T
L
 
L
V
 
V
L
 
M
V
 
T
H
 
H
D
 
D
D
 
D
D
 
D
A
 
A
N
 
N
K
 
K
Q
 
Q
S
 
S
Q
 
E
L
 
M
I
 
I
D
 
D
T
 
T
A
 
A
I
 
I
G
 
G
R
 
R
G
 
G
A
 
A
K
 
K
A
 
A
I
 
I
I
 
I
L
 
L
D
 
D
N
 
N
A
 
A
G
 
G
S
 
A
E
 
D
A
 
A
S
 
S
I
 
V
A
 
A
A
 
A
V
 
V
Q
 
K
K
 
K
A
 
A
K
 
K
D
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
I
P
 
P
S
 
S
F
 
F
L
 
L
I
 
I
D
|
D
R
|
R
E
 
E
I
 
I
N
 
N
A
 
A
T
 
T
G
 
G
V
 
V
A
 
A
V
 
V
S
 
A
Q
 
Q
I
 
I
V
 
V
S
 
S
N
 
N
N
 
N
Y
 
Y
Q
 
Q
G
 
G
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
E
 
E
F
 
F
V
 
V
K
 
K
L
 
L
M
 
M
G
 
G
E
 
E
S
 
K
G
 
G
N
 
N
Y
 
Y
V
 
V
E
 
E
L
 
L
L
 
V
G
 
G
R
 
K
E
 
E
A
 
S
D
|
D
L
 
T
N
|
N
A
 
A
G
 
G
I
 
I
R
|
R
S
 
S
K
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
H
 
H
D
|
D
V
 
V
I
 
I
D
|
D
E
x
D
Y
 
Y
P
 
P
E
 
E
M
 
M
K
 
K
M
 
S
V
 
V
A
 
A
Q
 
K
Q
 
Q
S
 
S
A
 
A
N
 
N
W
|
W
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
E
 
E
G
 
A
Y
 
Y
S
 
S
K
 
K
M
 
M
E
 
E
T
 
T
I
 
I
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
P
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
G
 
G
V
 
V
I
 
I
S
 
S
G
 
G
N
|
N
D
 
D
T
 
T
M
 
M
A
 
A
M
 
M
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
G
 
G
R
 
R
K
 
K
D
 
D
V
 
V
I
 
I
V
 
V
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
|
D
G
 
G
S
 
S
N
 
N
D
 
D
V
 
V
R
 
R
D
 
D
S
 
S
I
 
I
K
 
K
S
 
S
G
 
G
G
 
G
I
 
I
K
 
K
A
 
A
T
 
T
V
 
V
L
 
L
Q
 
Q
P
 
P
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
Q
 
Q
M
 
L
A
 
A
V
 
V
Q
 
E
Q
 
Q
A
 
A
H
 
D
E
 
A
Y
 
Y
I
 
I
T
 
K
T
 
N
G
 
K
K
 
T
A
 
T
P
 
P
A
 
K
E
 
E
E
 
E
K
 
K
Q
 
Q
L
 
L
M
 
M
D
 
D
C
 
C
V
 
V
L
 
L
I
 
I
N
 
N
S
 
A
E
 
D
N
 
N
A
 
A
D
 
G
Q
 
K
L
 
L
E
 
E
T
 
T
F
 
F
A
 
A
L
 
L

4ry0A Crystal structure of ribose transporter solute binding protein rhe_pf00037 from rhizobium etli cfn 42, target efi-511357, in complex with d-ribose
87% identity, 91% coverage: 27:311/313 of query aligns to 2:286/287 of 4ry0A

query
sites
4ry0A
A
 
A
D
 
D
L
 
L
I
 
I
A
 
A
I
 
I
I
 
I
T
 
T
P
 
P
S
 
A
H
 
H
D
 
D
N
|
N
P
 
P
F
 
F
F
|
F
K
 
K
A
 
A
E
 
E
A
 
A
V
 
V
G
 
G
A
 
A
E
 
E
A
 
A
K
 
K
A
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
E
 
E
T
 
T
L
 
L
V
 
V
L
 
M
V
 
T
H
 
H
D
 
D
D
 
D
D
 
D
A
 
A
N
 
N
K
 
K
Q
 
Q
S
 
S
Q
 
E
L
 
M
I
 
I
D
 
D
T
 
T
A
 
A
I
 
I
G
 
G
R
 
R
G
 
G
A
 
A
K
 
K
A
 
A
I
 
I
I
 
I
L
 
L
D
 
D
N
 
N
A
 
A
G
 
G
S
 
A
E
 
D
A
 
A
S
 
S
I
 
V
A
 
A
A
 
A
V
 
V
Q
 
K
K
 
K
A
 
A
K
 
K
D
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
I
P
 
P
S
 
S
F
 
F
L
 
L
I
 
I
D
|
D
R
|
R
E
 
E
I
 
I
N
 
N
A
 
A
T
 
T
G
 
G
V
 
V
A
 
A
V
 
V
S
 
A
Q
 
Q
I
 
I
V
 
V
S
 
S
N
 
N
N
 
N
Y
 
Y
Q
 
Q
G
 
G
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
E
 
E
F
 
F
V
 
V
K
 
K
L
 
L
M
 
M
G
 
G
E
 
E
S
 
K
G
 
G
N
 
N
Y
 
Y
V
 
V
E
 
E
L
 
L
L
 
V
G
 
G
R
 
K
E
 
E
A
 
S
D
|
D
L
 
T
N
 
N
A
 
A
G
 
G
I
 
I
R
|
R
S
 
S
K
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
H
 
H
D
|
D
V
 
V
I
 
I
D
|
D
E
x
D
Y
 
Y
P
 
P
E
 
E
M
 
M
K
 
K
M
 
S
V
 
V
A
 
A
Q
 
K
Q
 
Q
S
 
S
A
 
A
N
 
N
W
|
W
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
E
 
E
G
 
A
Y
 
Y
S
 
S
K
 
K
M
 
M
E
 
E
T
 
T
I
 
I
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
P
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
G
 
G
V
 
V
I
 
I
S
 
S
G
 
G
N
|
N
D
 
D
T
 
T
M
 
M
A
 
A
M
 
M
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
G
 
G
R
 
R
K
 
K
D
 
D
V
 
V
I
 
I
V
 
V
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
|
D
G
 
G
S
 
S
N
 
N
D
 
D
V
 
V
R
 
R
D
 
D
S
 
S
I
 
I
K
 
K
S
 
S
G
 
G
G
 
G
I
 
I
K
 
K
A
 
A
T
 
T
V
 
V
L
 
L
Q
|
Q
P
 
P
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
Q
 
Q
M
 
L
A
 
A
V
 
V
Q
 
E
Q
 
Q
A
 
A
H
 
D
E
 
A
Y
 
Y
I
 
I
T
 
K
T
 
N
G
 
K
K
 
T
A
 
T
P
 
P
A
 
K
E
 
E
E
 
E
K
 
K
Q
 
Q
L
 
L
M
 
M
D
 
D
C
 
C
V
 
V
L
 
L
I
 
I
N
 
N
S
 
A
E
 
D
N
 
N
A
 
A
D
 
G
Q
 
K
L
 
L
E
 
E
T
 
T
F
 
F
A
 
A
L
 
L

2fn8A Thermotoga maritima ribose binding protein ribose bound form (see paper)
41% identity, 89% coverage: 30:309/313 of query aligns to 4:289/292 of 2fn8A

query
sites
2fn8A
I
 
M
A
 
A
I
 
I
I
 
V
T
 
I
P
 
S
S
 
T
H
 
L
D
 
N
N
|
N
P
 
P
F
x
W
F
|
F
K
 
V
A
 
V
E
 
L
A
 
A
V
 
E
G
 
T
A
 
A
E
 
K
A
 
Q
K
 
R
A
 
A
K
 
E
E
 
Q
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
E
 
E
T
 
A
L
 
T
V
 
I
L
 
F
V
 
D
H
 
S
D
 
Q
D
 
N
D
 
D
A
 
T
N
 
A
K
 
K
Q
 
E
S
 
S
Q
 
A
L
 
H
I
 
F
D
 
D
T
 
A
A
 
I
I
 
I
G
 
A
R
 
A
G
 
G
A
 
Y
K
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
L
 
F
D
 
N
N
 
P
A
 
T
G
 
D
S
 
A
E
 
D
A
 
G
S
 
S
I
 
I
A
 
A
A
 
N
V
 
V
Q
 
K
K
 
R
A
 
A
K
 
K
D
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
I
P
 
P
S
 
V
F
 
F
L
 
C
I
 
V
D
|
D
R
|
R
E
 
G
I
 
I
N
 
N
A
 
A
T
 
R
G
 
G
V
 
L
A
 
A
V
 
V
S
 
A
Q
 
Q
I
 
I
V
 
Y
S
 
S
N
 
D
N
 
N
Y
 
Y
Q
 
Y
G
 
G
A
 
G
Q
 
V
L
 
L
G
 
M
A
 
G
E
 
E
E
 
Y
F
 
F
V
 
V
K
 
K
L
 
F
M
 
L
G
 
K
E
 
E
S
 
K
G
 
Y
N
 
P
-
 
D
-
 
A
-
 
K
-
 
E
-
 
I
-
 
P
Y
 
Y
V
 
A
E
 
E
L
 
L
L
 
L
G
 
G
R
 
I
E
 
L
A
 
S
D
 
A
L
 
Q
N
 
P
A
 
T
G
 
W
I
 
D
R
|
R
S
 
S
K
 
N
G
 
G
Y
 
F
H
 
H
D
 
S
V
 
V
I
 
V
D
 
D
E
 
Q
Y
 
Y
P
 
P
E
 
E
M
 
F
K
 
K
M
 
M
V
 
V
A
 
A
Q
 
Q
Q
 
Q
S
 
S
A
 
A
N
 
E
W
x
F
S
 
D
Q
 
R
T
 
D
E
 
T
G
 
A
Y
 
Y
S
 
K
K
 
V
M
 
T
E
 
E
T
 
Q
I
 
I
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
N
 
H
P
 
P
D
 
E
I
 
I
K
 
K
G
 
A
V
 
I
I
 
W
S
 
C
G
 
G
N
|
N
D
 
D
T
 
A
M
 
M
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
M
A
 
K
A
 
A
L
 
C
Q
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
G
R
 
R
K
 
T
D
 
D
V
 
I
I
 
Y
V
 
I
V
 
F
G
 
G
F
 
F
D
|
D
G
 
G
S
 
A
N
 
E
D
 
D
V
 
V
R
 
I
D
 
N
S
 
A
I
 
I
K
 
K
S
 
E
G
 
G
G
 
K
-
 
Q
I
 
I
K
 
V
A
 
A
T
 
T
V
 
I
L
 
M
Q
|
Q
P
 
F
A
 
P
Y
 
K
A
 
L
Q
 
M
A
 
A
Q
 
R
M
 
L
A
 
A
V
 
V
Q
 
E
Q
 
W
A
 
A
H
 
D
E
 
Q
Y
 
Y
I
 
L
T
 
-
T
 
R
G
 
G
K
 
E
A
 
R
P
 
S
A
 
F
E
 
P
E
 
E
K
 
I
Q
 
V
L
 
P
M
 
V
D
 
T
C
 
V
V
 
E
L
 
L
I
 
V
N
 
T
S
 
R
E
 
E
N
 
N
A
 
I
D
 
D
Q
 
K
L
 
Y
E
 
T
T
 
A
F
 
Y

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
37% identity, 82% coverage: 30:286/313 of query aligns to 3:258/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
I
 
I
A
 
G
I
 
L
I
 
V
T
 
I
P
 
S
S
 
T
H
 
L
D
 
N
N
|
N
P
 
P
F
|
F
F
|
F
K
 
V
A
 
T
E
 
L
A
 
K
V
 
N
G
 
G
A
 
A
E
 
E
A
 
E
K
 
K
A
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
E
 
K
T
 
I
L
 
I
V
 
V
L
 
E
V
 
D
H
 
S
D
 
Q
D
 
N
D
 
D
A
 
S
N
 
S
K
 
K
Q
 
E
S
 
L
Q
 
S
L
 
N
I
 
V
D
 
E
T
 
D
A
 
L
I
 
I
G
 
Q
R
 
Q
G
 
K
A
 
V
K
 
D
A
 
V
I
 
L
I
 
L
L
 
I
D
 
N
N
 
P
A
 
V
G
 
D
S
 
S
E
 
D
A
 
A
S
 
V
I
 
V
A
 
T
A
 
A
V
 
I
Q
 
K
K
 
E
A
 
A
K
 
N
D
 
S
A
 
K
G
 
N
V
 
I
P
 
P
S
 
V
F
 
I
L
 
T
I
 
I
D
|
D
R
|
R
E
 
S
I
 
A
N
 
N
A
 
G
T
 
-
G
 
G
V
 
D
A
 
V
V
 
V
S
 
C
Q
 
H
I
 
I
V
 
A
S
 
S
N
 
D
N
 
N
Y
 
V
Q
 
K
G
 
G
A
 
G
Q
 
E
L
 
M
G
 
A
A
 
A
E
 
E
E
 
F
F
 
I
V
 
A
K
 
K
L
 
A
M
 
L
G
 
K
E
 
G
S
 
K
G
 
G
N
 
N
Y
 
V
V
 
V
E
 
E
L
 
L
L
 
E
G
 
G
R
 
I
E
 
P
A
 
G
D
 
A
L
 
S
N
x
A
A
 
A
G
 
R
I
 
D
R
|
R
S
 
G
K
 
K
G
 
G
Y
 
F
H
 
D
D
 
E
V
 
A
I
 
I
D
 
A
E
 
K
Y
 
Y
P
 
P
E
 
D
M
 
I
K
 
K
M
 
I
V
 
V
A
 
A
Q
 
K
Q
 
Q
S
 
A
A
 
A
N
 
D
W
x
F
S
 
D
Q
 
R
T
 
S
E
 
K
G
 
G
Y
 
L
S
 
S
K
 
V
M
 
M
E
 
E
T
 
N
I
 
I
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
N
 
Q
P
 
P
D
 
K
I
 
I
K
 
D
G
 
A
V
 
V
I
 
F
S
 
A
G
 
Q
N
|
N
D
 
D
T
 
E
M
 
M
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
K
A
 
A
L
 
I
Q
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
N
R
 
R
K
 
Q
D
 
G
V
 
I
I
 
I
V
 
V
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
|
D
G
 
G
S
 
T
N
 
E
D
 
D
V
 
A
R
 
L
D
 
K
S
 
A
I
 
I
K
 
K
S
 
E
G
 
G
G
 
K
I
 
M
K
 
A
A
 
A
T
 
T
V
 
I
L
 
A
Q
|
Q
P
 
Q
A
 
P
Y
 
A
A
 
L
Q
 
M
A
 
G
Q
 
S
M
 
L
A
 
G
V
 
V
Q
 
E
Q
 
M
A
 
A
H
 
D
E
 
K
Y
 
Y
I
 
L
T
 
K
T
 
G
G
 
E
K
 
K
A
 
I
P
 
P

1dbpA Identical mutations at corresponding positions in two homologous proteins with non-identical effects (see paper)
33% identity, 75% coverage: 28:263/313 of query aligns to 2:235/271 of 1dbpA

query
sites
1dbpA
D
 
D
L
 
T
I
 
I
A
 
A
I
 
L
I
 
V
T
 
V
P
 
S
S
 
T
H
 
L
D
 
N
N
|
N
P
 
P
F
|
F
F
 
F
K
 
V
A
 
S
E
 
L
A
 
K
V
 
D
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
A
 
K
K
 
E
A
 
A
K
 
D
E
 
K
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
E
 
N
T
 
L
L
 
V
V
 
V
L
 
L
V
 
D
H
 
S
D
 
Q
D
 
N
D
 
N
A
 
P
N
 
A
K
 
K
Q
 
E
S
 
L
Q
 
A
L
 
N
I
 
V
D
 
Q
T
 
D
A
 
L
I
 
T
G
 
V
R
 
R
G
 
G
A
 
T
K
 
K
A
 
I
I
 
L
I
 
L
L
 
I
D
 
N
N
 
P
A
 
T
G
 
D
S
 
S
E
 
D
A
 
A
S
 
V
I
 
D
A
 
N
A
 
A
V
 
V
Q
 
K
K
 
M
A
 
A
K
 
N
D
 
Q
A
 
A
G
 
N
V
 
I
P
 
P
S
 
V
F
 
I
L
 
T
I
 
L
D
|
D
R
|
R
E
 
Q
I
 
A
N
 
-
A
 
T
T
 
K
G
 
G
V
 
E
A
 
V
V
 
V
S
 
S
Q
 
H
I
 
I
V
 
A
S
 
S
N
 
D
N
 
N
Y
 
V
Q
 
L
G
 
G
A
 
G
Q
 
K
L
 
I
G
 
A
A
 
G
E
 
D
E
 
Y
F
 
I
V
 
A
K
 
K
L
 
K
M
 
A
G
 
G
E
 
E
S
 
G
G
 
A
N
 
K
Y
 
V
V
 
I
E
 
E
L
 
L
L
 
Q
G
 
G
R
 
I
E
 
A
A
 
G
D
 
T
L
 
S
N
 
A
A
 
A
G
 
R
I
 
E
R
|
R
S
 
G
K
 
E
G
 
G
Y
 
F
H
 
Q
D
 
Q
V
 
A
I
 
V
D
 
A
E
 
A
Y
 
H
P
 
-
E
 
K
M
 
F
K
 
N
M
 
V
V
 
L
A
 
A
Q
 
S
Q
 
Q
S
 
P
A
 
A
N
 
D
W
x
F
S
 
D
Q
 
R
T
 
I
E
 
K
G
 
G
Y
 
L
S
 
N
K
 
V
M
 
M
E
 
Q
T
 
N
I
 
L
L
 
L
Q
 
T
A
 
A
N
 
H
P
 
P
D
 
D
I
 
V
K
 
Q
G
 
A
V
 
V
I
 
F
S
 
A
G
 
Q
N
|
N
D
 
D
T
 
E
M
 
M
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
A
 
R
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
A
 
T
A
 
A
G
 
G
R
 
K
K
 
S
D
 
D
V
 
V
I
 
M
V
 
V
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
|
D
G
 
G
S
 
T
N
 
P
D
 
D
V
 
G
R
 
E
D
 
K
S
 
A
I
 
V
K
 
N
S
 
D
G
 
G
G
 
K
I
 
L
K
 
A
A
 
A
T
 
T
V
 
I
L
 
A
Q
 
Q

4zjpA Structure of an abc-transporter solute binding protein (sbp_ipr025997) from actinobacillus succinogenes (asuc_0197, target efi-511067) with bound beta-d-ribopyranose
32% identity, 83% coverage: 30:288/313 of query aligns to 5:260/270 of 4zjpA

query
sites
4zjpA
I
 
I
A
 
A
I
 
L
I
 
T
T
 
V
P
 
S
S
 
T
H
 
L
D
 
D
N
|
N
P
 
P
F
|
F
F
|
F
K
 
V
A
 
S
E
 
L
A
 
K
V
 
D
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
A
 
K
K
 
K
A
 
A
K
 
T
E
 
E
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
E
 
K
T
 
L
L
 
V
V
 
V
L
 
L
V
 
D
H
 
S
D
 
Q
D
 
N
D
 
D
A
 
P
N
 
S
K
 
K
Q
 
E
S
 
L
Q
 
S
L
 
N
I
 
V
D
 
E
T
 
D
A
 
L
I
 
T
G
 
V
R
 
R
G
 
G
A
 
A
K
 
K
A
 
V
I
 
L
I
 
L
L
 
I
D
 
N
N
 
P
A
 
T
G
 
D
S
 
S
E
 
A
A
 
A
S
 
V
I
 
S
A
 
N
A
 
A
V
 
V
Q
 
A
K
 
I
A
 
A
K
 
N
D
 
R
A
 
N
G
 
K
V
 
I
P
 
P
S
 
V
F
 
I
L
 
T
I
 
L
D
|
D
R
|
R
E
 
G
I
 
A
N
 
-
A
 
A
T
 
K
G
 
G
V
 
E
A
 
V
V
 
V
S
 
S
Q
 
H
I
 
I
V
 
A
S
 
S
N
 
D
N
 
N
Y
 
V
Q
 
A
G
 
G
A
 
G
Q
 
K
L
 
M
G
 
A
A
 
G
E
 
D
E
 
F
F
 
I
V
 
A
K
 
Q
L
 
K
M
 
L
G
 
G
E
 
D
S
 
G
G
 
A
N
 
K
Y
 
V
V
 
I
E
 
Q
L
 
L
L
 
E
G
 
G
R
 
L
E
 
A
A
 
G
D
 
T
L
 
S
N
 
A
A
 
A
G
 
R
I
 
E
R
|
R
S
 
G
K
 
E
G
 
G
Y
 
F
H
 
K
D
 
Q
V
 
A
I
 
I
D
 
E
E
 
A
Y
 
H
P
 
-
E
 
K
M
 
F
K
 
D
M
 
V
V
 
L
A
 
A
Q
 
S
Q
 
Q
S
 
P
A
 
A
N
 
D
W
x
F
S
 
D
Q
 
R
T
 
T
E
 
K
G
 
G
Y
 
L
S
 
N
K
 
V
M
 
T
E
 
E
T
 
N
I
 
L
L
 
L
Q
 
A
A
 
S
N
 
K
P
 
G
D
 
S
I
 
V
K
 
Q
G
 
A
V
 
I
I
 
F
S
 
A
G
 
Q
N
|
N
D
 
D
T
 
E
M
 
M
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
A
 
R
A
 
A
L
 
I
Q
 
S
A
 
A
A
 
A
G
 
G
R
 
K
K
 
K
D
 
-
V
 
V
I
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
|
D
G
 
G
S
 
T
N
 
E
D
 
D
V
 
G
R
 
V
D
 
K
S
 
A
I
 
V
K
 
K
S
 
S
G
 
G
G
 
K
I
 
L
K
 
A
A
 
A
T
 
T
V
 
V
L
 
A
Q
|
Q
P
 
Q
A
 
P
Y
 
E
A
 
L
Q
 
I
A
 
G
Q
 
S
M
 
L
A
 
G
V
 
V
Q
 
E
Q
 
T
A
 
A
H
 
D
E
 
K
Y
 
I
I
 
L
T
 
K
T
 
G
G
 
E
K
 
K
A
 
V
P
 
D
A
 
A
E
 
K

5dteB Crystal structure of an abc transporter periplasmic solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z(asuc_0081, target efi-511065) with bound d-allose
31% identity, 82% coverage: 30:287/313 of query aligns to 5:270/287 of 5dteB

query
sites
5dteB
I
 
I
A
 
A
I
 
L
I
 
L
T
 
M
P
x
K
S
 
T
H
 
L
D
 
S
N
|
N
P
 
E
F
x
Y
F
 
F
K
 
I
A
 
S
E
 
M
A
 
R
V
 
Q
G
 
G
A
 
A
E
 
E
A
 
E
K
 
T
A
 
A
K
 
K
E
 
Q
L
 
K
G
 
D
Y
 
I
E
 
D
T
 
L
L
 
I
V
 
V
L
 
Q
V
 
V
-
 
A
-
 
E
H
 
K
D
 
E
D
 
D
D
 
S
A
 
T
N
 
E
K
 
Q
Q
 
L
S
 
V
Q
 
G
L
 
L
I
 
V
D
 
E
T
 
N
A
 
M
I
 
I
G
 
A
R
 
K
G
 
K
A
 
V
K
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
L
 
V
D
 
T
N
 
P
A
 
N
G
 
D
S
 
S
E
 
I
A
 
A
S
 
F
I
 
I
A
 
P
A
 
A
V
 
F
Q
 
Q
K
 
K
A
 
A
K
 
E
D
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
I
P
 
P
S
 
I
F
 
I
L
 
D
I
 
L
D
|
D
R
 
V
E
 
R
I
 
L
N
 
D
A
 
A
T
 
K
-
 
A
-
 
A
-
 
E
-
 
A
-
 
A
G
 
G
V
 
L
A
 
K
V
 
F
S
 
N
Q
 
Y
I
 
V
V
 
G
S
 
V
N
 
D
N
 
N
Y
 
F
Q
 
N
G
 
G
A
 
G
Q
 
Y
L
 
L
G
 
E
A
 
A
E
 
K
E
 
N
F
 
L
V
 
A
K
 
E
L
 
A
M
 
I
G
 
G
E
 
K
S
 
K
G
 
G
N
 
N
Y
 
V
V
 
A
E
 
I
L
 
L
L
 
E
G
 
G
R
 
I
E
 
P
A
 
G
D
 
V
L
 
D
N
|
N
A
 
G
G
 
E
I
 
Q
R
|
R
S
 
K
K
 
G
G
 
G
Y
 
A
H
 
L
D
 
K
V
 
A
I
 
F
D
 
A
E
 
E
Y
 
Y
P
 
P
E
 
D
M
 
I
K
 
K
M
 
I
V
 
V
A
 
A
Q
 
S
Q
 
Q
S
 
S
A
 
A
N
 
N
W
|
W
S
 
E
Q
 
T
T
 
E
E
 
Q
G
 
A
Y
 
L
S
 
N
K
 
V
M
 
T
E
 
T
T
 
N
I
 
I
L
 
L
Q
 
T
A
 
A
N
 
N
P
 
P
D
 
N
I
 
I
K
 
N
G
 
G
V
 
I
I
 
F
S
 
A
G
 
A
N
 
N
D
 
D
T
 
N
M
 
M
A
 
A
M
 
I
G
 
G
A
 
A
I
 
V
A
 
T
A
 
A
L
 
V
Q
 
E
A
 
N
A
 
A
G
 
G
R
 
L
K
 
A
-
 
G
D
 
K
V
 
V
I
 
L
V
 
V
V
 
S
G
 
G
F
 
Y
D
|
D
G
 
G
S
 
I
N
 
P
D
 
L
V
 
A
R
 
I
D
 
E
S
 
Y
I
 
V
K
 
K
S
 
Q
G
 
G
G
 
K
I
 
M
K
 
Q
A
 
N
T
 
T
V
 
I
L
 
D
Q
|
Q
P
 
L
A
 
P
Y
 
K
A
 
K
Q
 
Q
A
 
V
Q
 
A
M
 
I
A
 
A
V
 
I
Q
 
E
Q
 
H
A
 
A
H
 
L
E
 
K
Y
 
Q
I
 
I
T
 
N
T
 
K
G
 
Q
K
 
E
A
 
I
P
 
P
A
 
S

7e7mC Crystal structure analysis of the streptococcus agalactiae ribose binding protein rbsb
28% identity, 89% coverage: 26:305/313 of query aligns to 6:281/284 of 7e7mC

query
sites
7e7mC
A
 
A
A
 
K
D
 
D
L
 
L
-
 
K
I
 
L
A
 
G
I
 
V
I
 
S
T
 
I
P
 
S
S
 
T
H
 
T
D
 
N
N
|
N
P
 
P
F
x
Y
F
|
F
K
 
V
A
 
A
E
 
M
A
 
K
V
 
D
G
 
G
A
 
I
E
 
D
A
 
K
K
 
Y
A
 
A
K
 
S
E
 
N
L
 
K
G
 
K
Y
 
I
E
 
S
T
 
I
L
 
K
V
 
V
L
 
A
V
 
D
H
 
A
D
 
Q
D
 
D
D
 
D
A
 
A
N
 
A
K
 
R
Q
 
Q
S
 
A
Q
 
D
L
 
D
I
 
V
D
 
Q
T
 
N
A
 
F
I
 
I
G
 
S
R
 
Q
G
 
N
A
 
V
K
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
L
L
 
I
D
 
N
N
 
P
A
 
V
G
 
D
S
 
S
E
 
K
A
 
A
S
 
I
I
 
V
A
 
T
A
 
A
V
 
I
Q
 
K
K
 
S
A
 
A
K
 
N
D
 
N
A
 
A
G
 
N
V
 
I
P
 
P
S
 
V
F
 
I
L
 
L
I
 
M
D
|
D
R
|
R
E
 
G
I
 
-
N
 
S
A
 
E
T
 
G
G
 
G
V
 
K
A
 
V
V
 
L
S
 
T
Q
 
T
I
 
V
V
 
A
S
 
S
N
 
D
N
 
N
Y
 
V
Q
 
A
G
 
A
A
 
G
Q
 
K
L
 
M
G
 
A
A
 
A
E
 
D
E
 
Y
F
 
A
V
 
V
K
 
K
L
 
K
M
 
L
G
 
G
E
 
K
S
 
K
G
 
A
N
 
K
Y
 
A
V
 
F
E
 
E
L
 
L
L
 
S
G
 
G
R
 
V
E
 
P
A
 
G
D
 
A
L
 
S
N
 
A
A
 
T
G
 
V
I
 
D
R
|
R
S
 
G
K
 
K
G
 
G
Y
 
F
H
 
H
D
 
S
V
 
V
I
 
A
D
 
K
E
 
S
Y
 
-
P
 
-
E
 
K
M
 
L
K
 
D
M
 
M
V
 
L
A
 
S
Q
 
S
Q
 
Q
S
 
S
A
 
A
N
 
N
W
x
F
S
 
D
Q
 
R
T
 
A
E
 
K
G
 
A
Y
 
L
S
 
N
K
 
T
M
 
T
E
 
Q
T
 
N
I
 
M
L
 
I
Q
 
Q
A
 
G
N
 
H
P
 
K
D
 
D
I
 
V
K
 
Q
G
 
I
V
 
I
I
 
F
S
 
A
G
 
Q
N
|
N
D
 
D
T
 
E
M
 
M
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
A
A
 
Q
A
 
A
L
 
V
Q
 
K
A
 
S
A
 
A
G
 
G
R
 
L
K
 
Q
D
 
N
V
 
V
I
 
L
V
 
I
V
 
V
G
 
G
F
 
I
D
|
D
G
 
G
S
 
Q
N
 
P
D
 
D
V
 
A
R
 
H
D
 
D
S
 
A
I
 
I
K
 
K
S
 
K
G
 
G
G
 
D
I
 
I
K
 
S
A
 
A
T
 
T
V
 
I
L
 
A
Q
|
Q
P
 
Q
A
 
P
Y
 
A
A
 
K
Q
 
M
A
 
G
Q
 
E
M
 
I
A
 
A
V
 
I
Q
 
Q
Q
 
A
A
 
A
H
 
I
E
 
D
Y
 
Y
I
 
Y
T
 
K
T
 
G
G
 
K
K
 
K
A
 
-
P
 
-
A
 
V
E
 
E
E
 
K
K
 
E
Q
 
T
L
 
I
M
 
S
D
 
P
C
 
I
V
 
Y
L
 
L
I
 
V
N
 
T
S
 
K
E
 
D
N
 
N
A
 
V
D
 
E
Q
 
K

4yo7A Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from bacillus halodurans c-125 (bh2323, target efi- 511484) with bound myo-inositol
29% identity, 77% coverage: 67:307/313 of query aligns to 46:284/287 of 4yo7A

query
sites
4yo7A
D
 
N
D
 
D
A
 
S
N
 
T
K
 
Q
Q
 
Q
S
 
M
Q
 
A
L
 
Q
I
 
V
D
 
E
T
 
N
A
 
F
I
 
I
G
 
S
R
 
R
G
 
N
A
 
V
K
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
L
 
V
D
 
N
N
 
P
A
 
V
G
 
D
S
 
T
E
 
T
A
 
S
S
 
A
I
 
V
A
 
D
A
 
I
V
 
V
Q
 
N
K
 
M
A
 
V
K
 
N
D
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
I
P
 
P
S
 
I
F
 
I
L
 
I
I
 
A
D
x
N
R
|
R
E
 
T
I
 
F
N
 
D
A
 
G
T
 
V
G
 
D
V
 
Q
A
 
A
V
 
T
S
 
A
Q
 
F
I
 
V
V
 
G
S
 
S
N
 
E
N
 
S
Y
 
I
Q
 
Q
G
 
S
A
 
G
Q
 
L
L
 
L
G
 
Q
A
 
M
E
 
E
E
 
E
F
 
V
V
 
A
K
 
K
L
 
L
M
 
L
G
 
N
E
 
N
S
 
E
G
 
G
N
 
N
Y
 
I
V
 
A
E
 
I
L
 
M
-
 
D
-
 
G
-
 
E
L
 
L
G
 
G
R
 
H
E
 
E
A
 
A
D
 
Q
L
 
I
N
 
-
A
 
-
G
 
-
I
 
M
R
|
R
S
 
T
K
 
E
G
 
G
Y
 
N
H
 
K
D
 
Q
V
 
I
I
 
I
D
 
E
E
 
E
Y
 
H
P
 
D
E
 
G
M
 
L
K
 
E
M
 
V
V
 
V
A
 
L
Q
 
Q
Q
 
G
S
 
T
A
 
A
N
 
K
W
 
F
S
 
D
Q
 
R
T
 
S
E
 
E
G
 
G
Y
 
M
S
 
R
K
 
L
M
 
M
E
 
E
T
 
N
I
 
W
L
 
L
Q
 
N
A
 
S
N
 
G
P
 
T
D
 
E
I
 
I
K
 
D
G
 
A
V
 
V
I
 
V
S
 
A
G
 
N
N
|
N
D
 
D
T
 
E
M
 
M
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
L
A
 
A
L
 
L
Q
 
E
A
 
A
A
 
V
G
 
G
R
 
K
-
x
L
K
 
D
D
 
D
V
|
V
I
 
I
V
 
V
V
 
A
G
 
G
F
 
I
D
|
D
G
 
A
S
 
T
N
 
P
D
 
A
V
 
A
R
 
L
D
 
E
S
 
A
I
 
M
K
 
K
S
 
E
G
 
G
G
 
K
I
 
L
K
 
D
A
 
V
T
 
T
V
 
V
L
 
F
Q
|
Q
P
 
D
A
 
A
Y
 
K
A
 
G
Q
 
Q
A
 
G
Q
 
A
M
 
T
A
 
S
V
 
V
Q
 
K
Q
 
V
A
 
A
H
 
-
E
 
-
Y
 
-
I
 
V
T
 
Q
T
 
A
G
 
A
K
 
N
A
 
G
P
 
E
A
 
D
E
 
V
E
 
E
K
 
D
Q
 
A
L
 
M
M
 
I
D
 
P
C
 
Y
V
 
E
L
 
L
I
 
V
N
 
T
S
 
P
E
 
E
N
 
N
A
 
V
D
 
E
Q
 
E
L
 
Y
E
 
E

Sites not aligning to the query:

A0QYB5 D-threitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
31% identity, 82% coverage: 6:263/313 of query aligns to 2:269/349 of A0QYB5

query
sites
A0QYB5
R
 
R
M
 
L
T
 
G
I
 
T
T
 
T
A
 
A
F
 
F
A
 
A
-
 
I
-
 
A
-
 
S
-
 
A
-
 
T
-
 
A
-
 
L
-
 
G
-
 
L
A
 
G
V
 
L
L
 
T
A
 
A
A
 
C
S
 
G
S
 
A
A
 
G
V
 
D
P
 
P
A
 
A
Y
 
A
A
 
N
A
 
S
D
 
D
L
 
T
I
 
T
A
 
R
I
 
I
I
 
G
T
 
V
P
 
T
S
 
V
H
x
Y
D
 
D
-
 
M
N
 
S
P
 
S
F
 
F
F
 
I
K
 
T
A
 
A
E
 
G
A
 
K
V
 
E
G
 
G
A
 
M
E
 
D
A
 
A
K
 
Y
A
 
A
K
 
K
E
 
D
L
 
N
G
 
N
Y
 
I
E
 
E
T
 
L
L
 
I
V
 
W
L
 
N
V
 
S
H
 
A
D
 
N
D
 
L
D
 
D
A
 
V
N
 
S
K
 
T
Q
 
Q
S
 
A
Q
 
S
L
 
Q
I
 
V
D
 
D
T
 
S
A
 
M
I
 
I
G
 
N
R
 
Q
G
 
G
A
 
V
K
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
L
 
V
D
 
V
N
 
P
A
 
V
G
 
Q
S
 
A
E
 
D
A
 
S
S
 
L
I
 
A
A
 
P
A
 
Q
V
 
V
Q
 
A
K
 
S
A
 
A
K
 
K
D
 
A
A
 
K
G
 
G
V
 
I
P
 
P
S
 
L
F
 
V
L
 
P
I
 
V
D
x
N
R
 
A
E
 
A
I
 
L
N
 
D
A
 
-
T
 
-
G
 
-
V
 
-
A
 
-
V
 
-
S
 
S
Q
 
K
I
 
D
V
 
I
S
 
A
N
 
G
N
 
N
Y
 
V
Q
 
Q
G
 
P
A
 
D
Q
 
D
L
 
V
-
 
A
-
 
A
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
E
 
E
F
 
M
V
 
Q
K
 
M
L
 
M
-
 
A
-
 
D
-
 
R
M
 
L
G
 
G
E
 
G
S
 
K
G
 
G
N
 
N
Y
 
I
V
 
V
E
 
I
L
 
L
-
 
Q
-
 
G
-
 
P
L
 
L
G
 
G
R
 
Q
E
 
S
A
 
G
D
 
E
L
 
L
N
 
D
A
 
-
G
 
-
I
 
-
R
|
R
S
 
S
K
 
K
G
 
G
Y
 
I
H
 
E
D
 
Q
V
 
V
I
 
L
D
 
A
E
 
K
Y
 
Y
P
 
P
E
 
D
M
 
I
K
 
K
M
 
V
V
 
L
A
 
A
Q
 
K
Q
 
D
S
 
T
A
 
A
N
 
N
W
 
W
S
 
K
Q
 
R
T
 
D
E
 
E
G
 
A
Y
 
V
S
 
N
K
 
K
M
 
M
E
 
K
T
 
N
I
 
W
L
 
I
Q
 
S
A
 
G
-
 
F
N
 
G
P
 
P
D
 
Q
I
 
I
K
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
V
S
 
A
G
 
Q
N
|
N
D
 
D
T
 
D
M
 
M
A
 
G
M
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
A
 
Q
A
 
A
L
 
L
Q
 
K
A
 
E
A
 
S
G
 
G
R
 
R
K
 
T
D
 
G
V
 
V
I
 
P
V
 
I
V
 
V
G
 
G
F
 
I
D
|
D
G
 
G
S
 
I
N
 
E
D
 
D
V
 
G
R
 
L
D
 
N
S
 
A
I
 
V
K
 
K
S
 
S
G
 
G
G
 
D
I
 
F
K
 
I
A
 
G
T
 
T
V
 
S
L
 
L
Q
|
Q

4rsmA Crystal structure of carbohydrate transporter msmeg_3599 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510970, in complex with d-threitol (see paper)
32% identity, 71% coverage: 41:263/313 of query aligns to 15:237/315 of 4rsmA

query
sites
4rsmA
F
 
F
F
 
I
K
 
T
A
 
A
E
 
G
A
 
K
V
 
E
G
 
G
A
 
M
E
 
D
A
 
A
K
 
Y
A
 
A
K
 
K
E
 
D
L
 
N
G
 
N
Y
 
I
E
 
E
T
 
L
L
 
I
V
 
W
L
 
N
V
 
S
H
 
A
D
 
N
D
 
L
D
 
D
A
 
V
N
 
S
K
 
T
Q
 
Q
S
 
A
Q
 
S
L
 
Q
I
 
V
D
 
D
T
 
S
A
 
M
I
 
I
G
 
N
R
 
Q
G
 
G
A
 
V
K
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
L
 
V
D
 
V
N
 
P
A
 
V
G
 
Q
S
 
A
E
 
D
A
 
S
S
 
L
I
 
A
A
 
P
A
 
Q
V
 
V
Q
 
A
K
 
S
A
 
A
K
 
K
D
 
A
A
 
K
G
 
G
V
 
I
P
 
P
S
 
L
F
 
V
L
 
P
I
 
V
D
x
N
R
 
A
E
 
A
I
 
L
N
 
D
A
 
-
T
 
-
G
 
-
V
 
-
A
 
-
V
 
-
S
 
S
Q
 
K
I
 
D
V
 
I
S
 
A
N
 
G
N
 
N
Y
 
V
Q
 
Q
G
 
P
A
 
D
Q
 
D
L
 
V
-
 
A
-
 
A
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
E
 
E
F
 
M
V
 
Q
K
 
M
L
 
M
-
 
A
-
 
D
-
 
R
M
 
L
G
 
G
E
 
G
S
 
K
G
 
G
N
 
N
Y
 
I
V
 
V
E
 
I
L
 
L
-
 
Q
-
 
G
-
 
P
L
 
L
G
 
G
R
 
Q
E
 
S
A
 
G
D
 
E
L
 
L
N
 
D
A
 
-
G
 
-
I
 
-
R
|
R
S
 
S
K
 
K
G
 
G
Y
 
I
H
 
E
D
 
Q
V
 
V
I
 
L
D
 
A
E
 
K
Y
 
Y
P
 
P
E
 
D
M
 
I
K
 
K
M
 
V
V
 
L
A
 
A
Q
 
K
Q
 
D
S
 
T
A
 
A
N
 
N
W
|
W
S
 
K
Q
 
R
T
 
D
E
 
E
G
 
A
Y
 
V
S
 
N
K
 
K
M
 
M
E
 
K
T
 
N
I
 
W
L
 
I
Q
 
S
A
 
G
-
 
F
N
 
G
P
 
P
D
 
Q
I
 
I
K
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
V
S
 
A
G
 
Q
N
|
N
D
 
D
T
 
D
M
 
M
A
 
G
M
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
A
 
Q
A
 
A
L
 
L
Q
 
K
A
 
E
A
 
S
G
 
G
R
 
R
K
 
T
D
 
G
V
 
V
I
 
P
V
 
I
V
 
V
G
 
G
F
 
I
D
|
D
G
 
G
S
 
I
N
 
E
D
 
D
V
 
G
R
 
L
D
 
N
S
 
A
I
 
V
K
 
K
S
 
S
G
 
G
G
 
D
I
 
F
K
 
I
A
 
G
T
 
T
V
 
S
L
 
L
Q
|
Q

Sites not aligning to the query:

A0QYB3 Xylitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
31% identity, 71% coverage: 41:263/313 of query aligns to 47:269/349 of A0QYB3

query
sites
A0QYB3
F
 
F
F
 
I
K
 
T
A
 
E
E
 
G
A
 
K
V
 
E
G
 
G
A
 
M
E
 
D
A
 
T
K
 
Y
A
 
A
K
 
K
E
 
A
L
 
N
G
 
N
Y
 
I
E
 
E
T
 
L
L
 
V
V
 
W
L
 
N
V
 
S
H
 
A
D
 
N
D
 
N
D
 
D
A
 
V
N
 
S
K
 
T
Q
 
Q
S
 
A
Q
 
S
L
 
Q
I
 
V
D
 
D
T
 
S
A
 
L
I
 
I
G
 
N
R
 
Q
G
 
G
A
 
V
K
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
L
 
V
D
 
V
N
 
P
A
 
V
G
 
Q
S
 
A
E
 
D
A
 
S
S
 
L
I
 
G
A
 
P
A
 
Q
V
 
V
Q
 
A
K
 
S
A
 
A
K
 
K
D
 
S
A
 
K
G
 
G
V
 
I
P
 
P
S
 
L
F
 
L
L
 
A
I
 
V
D
x
N
R
 
A
E
 
A
I
 
L
N
 
E
A
 
T
T
 
P
G
 
D
V
 
L
A
 
A
V
 
-
S
 
-
Q
 
-
I
 
-
V
 
-
S
 
-
N
 
G
N
 
N
Y
 
V
Q
 
Q
G
 
P
A
 
D
Q
 
D
L
 
V
-
 
A
-
 
A
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
E
 
E
F
 
M
V
 
Q
K
 
M
L
 
M
-
 
A
-
 
D
-
 
R
M
 
L
G
 
G
E
 
G
S
 
K
G
 
G
N
 
N
Y
 
I
V
 
V
E
 
I
L
 
L
-
 
Q
-
 
G
-
 
P
L
 
L
G
 
G
R
 
G
E
 
S
A
 
G
D
 
E
L
 
I
N
 
N
A
 
-
G
 
-
I
 
-
R
|
R
S
 
G
K
 
K
G
 
G
Y
 
I
H
 
D
D
 
Q
V
 
V
I
 
L
D
 
A
E
 
K
Y
 
Y
P
 
P
E
 
D
M
 
I
K
 
K
M
 
V
V
 
L
A
 
A
Q
 
K
Q
 
D
S
 
T
A
 
A
N
 
N
W
 
W
S
 
K
Q
 
R
T
 
D
E
 
E
G
 
A
Y
 
V
S
 
N
K
 
K
M
 
M
E
 
K
T
 
N
I
 
W
L
 
I
Q
 
S
A
 
S
-
 
F
N
 
G
P
 
P
D
 
Q
I
 
I
K
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
V
S
 
A
G
 
Q
N
|
N
D
 
D
T
 
D
M
 
M
A
 
G
M
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
A
 
Q
A
 
A
L
 
L
Q
 
K
A
 
E
A
 
A
G
 
G
R
 
R
K
 
T
D
 
G
V
 
V
I
 
P
V
 
I
V
 
V
G
 
G
F
 
I
D
|
D
G
 
G
S
 
I
N
 
E
D
 
D
V
 
G
R
 
L
D
 
N
S
 
A
I
 
V
K
 
K
S
 
S
G
 
G
G
 
D
I
 
F
K
 
I
A
 
G
T
 
T
V
 
S
L
 
L
Q
|
Q

Sites not aligning to the query:

4rs3A Crystal structure of carbohydrate transporter a0qyb3 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510969, in complex with xylitol (see paper)
31% identity, 71% coverage: 41:263/313 of query aligns to 14:236/315 of 4rs3A

query
sites
4rs3A
F
 
F
F
 
I
K
 
T
A
x
E
E
 
G
A
 
K
V
 
E
G
 
G
A
 
M
E
 
D
A
 
T
K
 
Y
A
 
A
K
 
K
E
 
A
L
 
N
G
 
N
Y
 
I
E
 
E
T
 
L
L
 
V
V
 
W
L
 
N
V
 
S
H
 
A
D
 
N
D
 
N
D
 
D
A
 
V
N
 
S
K
 
T
Q
 
Q
S
 
A
Q
 
S
L
 
Q
I
 
V
D
 
D
T
 
S
A
 
L
I
 
I
G
 
N
R
 
Q
G
 
G
A
 
V
K
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
L
 
V
D
 
V
N
 
P
A
 
V
G
 
Q
S
 
A
E
 
D
A
 
S
S
 
L
I
 
G
A
 
P
A
 
Q
V
 
V
Q
 
A
K
 
S
A
 
A
K
 
K
D
 
S
A
 
K
G
 
G
V
 
I
P
 
P
S
 
L
F
 
L
L
 
A
I
 
V
D
x
N
R
 
A
E
 
A
I
 
L
N
 
E
A
 
T
T
 
P
G
 
D
V
 
L
A
 
A
V
 
-
S
 
-
Q
 
-
I
 
-
V
 
-
S
 
-
N
 
G
N
 
N
Y
 
V
Q
 
Q
G
 
P
A
 
D
Q
 
D
L
 
V
-
 
A
-
 
A
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
E
 
E
F
 
M
V
 
Q
K
 
M
L
 
M
-
 
A
-
 
D
-
 
R
M
 
L
G
 
G
E
 
G
S
 
K
G
 
G
N
 
N
Y
 
I
V
 
V
E
 
I
L
 
L
-
 
Q
-
 
G
-
 
P
L
 
L
G
 
G
R
 
G
E
 
S
A
 
G
D
 
E
L
 
I
N
 
N
A
 
-
G
 
-
I
 
-
R
|
R
S
 
G
K
 
K
G
 
G
Y
 
I
H
 
D
D
 
Q
V
 
V
I
 
L
D
 
A
E
 
K
Y
 
Y
P
 
P
E
 
D
M
 
I
K
 
K
M
 
V
V
 
L
A
 
A
Q
 
K
Q
 
D
S
 
T
A
 
A
N
 
N
W
|
W
S
 
K
Q
 
R
T
 
D
E
 
E
G
 
A
Y
 
V
S
 
N
K
 
K
M
 
M
E
 
K
T
 
N
I
 
W
L
 
I
Q
 
S
A
 
S
-
 
F
N
 
G
P
 
P
D
 
Q
I
 
I
K
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
V
S
 
A
G
 
Q
N
|
N
D
 
D
T
 
D
M
 
M
A
 
G
M
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
A
 
Q
A
 
A
L
 
L
Q
 
K
A
 
E
A
 
A
G
 
G
R
 
R
K
 
T
D
 
G
V
 
V
I
 
P
V
 
I
V
 
V
G
 
G
F
 
I
D
|
D
G
 
G
S
 
I
N
x
E
D
 
D
V
 
G
R
 
L
D
 
N
S
 
A
I
 
V
K
 
K
S
 
S
G
 
G
G
 
D
I
 
F
K
 
I
A
 
G
T
 
T
V
 
S
L
 
L
Q
|
Q

Sites not aligning to the query:

5hkoA Crystal structure of abc transporter solute binding protein msmeg_3598 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510969, in complex with l-sorbitol
31% identity, 71% coverage: 41:263/313 of query aligns to 14:236/314 of 5hkoA

query
sites
5hkoA
F
 
F
F
 
I
K
 
T
A
x
E
E
 
G
A
 
K
V
 
E
G
 
G
A
 
M
E
 
D
A
 
T
K
 
Y
A
 
A
K
 
K
E
 
A
L
 
N
G
 
N
Y
 
I
E
 
E
T
 
L
L
 
V
V
 
W
L
 
N
V
 
S
H
 
A
D
 
N
D
 
N
D
|
D
A
 
V
N
x
S
K
 
T
Q
 
Q
S
 
A
Q
 
S
L
 
Q
I
 
V
D
 
D
T
 
S
A
 
L
I
 
I
G
 
N
R
 
Q
G
 
G
A
 
V
K
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
L
 
V
D
 
V
N
 
P
A
 
V
G
 
Q
S
 
A
E
 
D
A
 
S
S
 
L
I
 
G
A
 
P
A
 
Q
V
 
V
Q
 
A
K
 
S
A
 
A
K
 
K
D
 
S
A
 
K
G
 
G
V
 
I
P
 
P
S
 
L
F
 
L
L
 
A
I
 
V
D
x
N
R
x
A
E
 
A
I
 
L
N
 
E
A
 
T
T
 
P
G
 
D
V
 
L
A
 
A
V
 
-
S
 
-
Q
 
-
I
 
-
V
 
-
S
 
-
N
 
G
N
 
N
Y
 
V
Q
 
Q
G
 
P
A
 
D
Q
 
D
L
 
V
-
 
A
-
 
A
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
E
 
E
F
 
M
V
 
Q
K
 
M
L
 
M
-
 
A
-
 
D
-
 
R
M
 
L
G
 
G
E
 
G
S
 
K
G
 
G
N
 
N
Y
 
I
V
 
V
E
 
I
L
 
L
-
 
Q
-
 
G
-
 
P
L
 
L
G
 
G
R
 
G
E
 
S
A
 
G
D
 
E
L
 
I
N
 
N
A
 
-
G
 
-
I
 
-
R
|
R
S
 
G
K
 
K
G
 
G
Y
 
I
H
 
D
D
 
Q
V
 
V
I
 
L
D
 
A
E
 
K
Y
 
Y
P
 
P
E
 
D
M
 
I
K
 
K
M
 
V
V
 
L
A
 
A
Q
 
K
Q
 
D
S
 
T
A
 
A
N
 
N
W
|
W
S
 
K
Q
 
R
T
 
D
E
 
E
G
 
A
Y
 
V
S
 
N
K
 
K
M
 
M
E
 
K
T
 
N
I
 
W
L
 
I
Q
 
S
A
 
S
-
 
F
N
 
G
P
 
P
D
 
Q
I
 
I
K
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
V
S
 
A
G
 
Q
N
|
N
D
 
D
T
 
D
M
 
M
A
 
G
M
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
A
 
Q
A
 
A
L
 
L
Q
 
K
A
 
E
A
 
A
G
 
G
R
 
R
K
 
T
D
 
G
V
 
V
I
 
P
V
 
I
V
 
V
G
 
G
F
 
I
D
|
D
G
 
G
S
 
I
N
x
E
D
 
D
V
 
G
R
 
L
D
 
N
S
 
A
I
 
V
K
 
K
S
 
S
G
 
G
G
 
D
I
 
F
K
 
I
A
 
G
T
 
T
V
 
S
L
 
L
Q
|
Q

Sites not aligning to the query:

4rxmB Crystal structure of periplasmic abc transporter solute binding protein a7jw62 from mannheimia haemolytica phl213, target efi-511105, in complex with myo-inositol
31% identity, 77% coverage: 28:267/313 of query aligns to 3:246/288 of 4rxmB

query
sites
4rxmB
D
 
E
L
 
L
I
 
V
A
 
V
I
 
F
I
 
S
T
 
L
P
 
P
S
 
N
H
 
L
D
 
S
N
 
S
P
 
P
F
 
F
-
x
E
F
 
V
K
 
Q
A
 
L
E
 
Q
A
 
K
V
 
V
G
 
A
A
 
V
E
 
E
A
 
T
K
 
-
A
 
S
K
 
K
E
 
K
L
 
L
G
 
E
Y
 
I
E
 
K
T
 
L
L
 
Q
V
 
V
L
 
L
V
 
D
H
 
G
D
 
Q
D
 
S
D
 
S
A
 
S
N
 
T
K
 
K
Q
 
Q
S
 
A
Q
 
S
L
 
D
I
 
L
D
 
E
T
 
N
A
 
A
I
 
I
G
 
T
R
 
R
G
 
G
A
 
A
K
 
K
A
 
G
I
 
I
I
 
I
L
 
I
D
 
S
N
 
P
A
 
N
G
 
D
S
 
V
E
 
N
A
 
A
S
 
I
I
 
S
A
 
G
A
 
A
V
 
V
Q
 
E
K
 
E
A
 
I
K
 
I
D
 
K
A
 
E
G
 
K
V
 
I
P
 
P
S
 
A
F
 
A
L
 
T
I
 
L
D
|
D
R
|
R
E
 
K
I
 
V
N
 
E
A
 
S
T
 
S
G
 
K
V
 
-
A
 
P
V
 
V
S
 
P
Q
 
H
I
 
F
V
 
G
S
 
A
N
 
N
N
 
N
Y
 
Y
Q
 
T
G
 
G
A
 
G
Q
 
Q
L
 
E
G
 
V
A
 
A
E
 
K
E
 
A
F
 
-
V
 
V
K
 
K
L
 
A
M
 
K
G
 
Y
E
 
P
S
 
N
G
 
G
N
 
A
Y
 
K
V
 
I
E
 
I
L
 
L
L
 
L
G
 
T
R
 
G
E
 
Q
A
 
P
D
 
G
L
 
S
N
 
T
A
x
S
G
 
N
I
 
I
-
 
E
R
|
R
S
 
T
K
 
K
G
 
G
Y
 
I
H
 
R
D
 
D
V
 
E
I
 
L
-
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
G
D
 
D
E
 
K
Y
 
Y
P
 
-
E
 
-
M
 
-
K
 
K
M
 
I
V
 
V
A
 
V
Q
 
D
Q
 
Q
S
 
T
A
 
G
N
 
N
W
|
W
S
 
L
Q
 
R
T
 
S
E
 
E
G
 
G
Y
 
L
S
 
R
K
 
I
M
 
I
E
 
E
T
 
S
I
 
V
-
 
L
-
 
P
-
 
T
L
|
L
Q
x
K
A
x
E
N
 
K
P
 
P
D
 
E
I
 
V
K
 
-
G
 
-
V
 
I
I
 
I
S
 
S
G
 
A
N
|
N
D
 
D
T
 
D
M
 
M
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
E
A
 
A
L
 
L
Q
 
R
A
 
S
A
 
Q
G
 
G
R
 
L
K
 
K
-
 
A
-
 
G
D
 
D
V
 
I
I
 
L
V
 
V
V
 
T
G
 
G
F
 
F
D
|
D
G
 
S
S
 
T
N
 
P
D
 
E
V
 
A
R
 
L
D
 
A
S
 
R
I
 
V
K
 
K
S
 
D
G
 
G
G
 
W
I
 
L
K
 
Y
A
 
L
T
 
T
V
 
A
L
 
D
Q
|
Q
-
 
R
P
 
P
A
 
S
Y
 
F
A
 
A

4rxmA Crystal structure of periplasmic abc transporter solute binding protein a7jw62 from mannheimia haemolytica phl213, target efi-511105, in complex with myo-inositol
31% identity, 77% coverage: 28:267/313 of query aligns to 5:248/291 of 4rxmA

query
sites
4rxmA
D
 
E
L
 
L
I
 
V
A
 
V
I
 
F
I
 
S
T
 
L
P
 
P
S
 
N
H
 
L
D
 
S
N
 
S
P
 
P
F
 
F
-
x
E
F
 
V
K
 
Q
A
 
L
E
 
Q
A
 
K
V
 
V
G
 
A
A
 
V
E
 
E
A
 
T
K
 
-
A
 
S
K
 
K
E
 
K
L
 
L
G
x
E
Y
x
I
E
 
K
T
 
L
L
 
Q
V
 
V
L
 
L
V
 
D
H
 
G
D
 
Q
D
 
S
D
 
S
A
 
S
N
 
T
K
 
K
Q
 
Q
S
 
A
Q
 
S
L
 
D
I
 
L
D
 
E
T
 
N
A
 
A
I
 
I
G
 
T
R
 
R
G
 
G
A
 
A
K
 
K
A
 
G
I
 
I
I
 
I
L
 
I
D
 
S
N
 
P
A
 
N
G
 
D
S
 
V
E
 
N
A
 
A
S
 
I
I
 
S
A
 
G
A
 
A
V
 
V
Q
 
E
K
 
E
A
 
I
K
 
I
D
 
K
A
 
E
G
 
K
V
 
I
P
 
P
S
 
A
F
 
A
L
 
T
I
 
L
D
|
D
R
|
R
E
 
K
I
 
V
N
 
E
A
 
S
T
 
S
G
 
K
V
 
-
A
 
P
V
 
V
S
 
P
Q
 
H
I
 
F
V
 
G
S
 
A
N
 
N
N
 
N
Y
 
Y
Q
 
T
G
 
G
A
 
G
Q
 
Q
L
 
E
G
 
V
A
 
A
E
 
K
E
 
A
F
 
-
V
 
V
K
 
K
L
 
A
M
 
K
G
 
Y
E
 
P
S
 
N
G
 
G
N
 
A
Y
 
K
V
 
I
E
 
I
L
 
L
L
 
L
G
 
T
R
 
G
E
 
Q
A
 
P
D
 
G
L
 
S
N
 
T
A
x
S
G
 
N
I
 
I
-
 
E
R
|
R
S
 
T
K
 
K
G
 
G
Y
 
I
H
 
R
D
 
D
V
 
E
I
 
L
-
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
G
D
 
D
E
 
K
Y
 
Y
P
 
-
E
 
-
M
 
-
K
 
K
M
 
I
V
 
V
A
 
V
Q
 
D
Q
 
Q
S
 
T
A
 
G
N
 
N
W
|
W
S
 
L
Q
 
R
T
 
S
E
 
E
G
 
G
Y
 
L
S
 
R
K
 
I
M
 
I
E
 
E
T
 
S
I
 
V
-
 
L
-
 
P
-
 
T
L
 
L
Q
 
K
A
 
E
N
 
K
P
 
P
D
 
E
I
 
V
K
 
-
G
 
-
V
 
I
I
 
I
S
 
S
G
 
A
N
|
N
D
 
D
T
 
D
M
 
M
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
E
A
 
A
L
 
L
Q
 
R
A
 
S
A
 
Q
G
 
G
R
 
L
K
 
K
-
 
A
-
 
G
D
 
D
V
 
I
I
 
L
V
 
V
V
 
T
G
 
G
F
 
F
D
|
D
G
 
S
S
 
T
N
 
P
D
 
E
V
 
A
R
 
L
D
 
A
S
 
R
I
 
V
K
 
K
S
 
D
G
 
G
G
 
W
I
 
L
K
 
Y
A
 
L
T
 
T
V
 
A
L
 
D
Q
|
Q
-
 
R
P
 
P
A
 
S
Y
 
F
A
 
A

Sites not aligning to the query:

4ry9B Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein veis_2079 from verminephrobacter eiseniae ef01-2, target efi-511009, a complex with d-talitol
32% identity, 64% coverage: 40:240/313 of query aligns to 15:223/297 of 4ry9B

query
sites
4ry9B
P
 
P
F
x
Y
F
|
F
K
 
A
A
 
A
E
 
Q
A
 
M
V
 
E
G
 
A
A
 
A
E
 
K
A
 
A
K
 
R
A
 
G
K
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
E
 
E
T
 
V
L
 
L
V
 
A
L
 
T
V
 
D
H
 
A
D
 
Q
D
 
G
D
 
K
A
 
L
N
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
S
 
I
Q
 
S
L
 
D
I
 
V
D
 
E
T
 
D
A
 
L
I
 
V
G
 
T
R
 
R
G
 
G
A
 
V
K
 
K
A
 
L
I
 
L
I
 
I
L
 
I
D
 
N
N
 
P
A
 
A
G
x
D
S
|
S
E
 
E
A
 
G
S
 
L
I
 
V
A
 
N
A
 
A
V
 
V
Q
 
N
K
 
N
A
 
A
K
 
S
D
 
A
A
 
N
G
 
G
V
 
V
P
 
K
S
 
V
F
 
V
L
 
V
I
 
I
D
|
D
R
x
S
E
x
T
I
 
L
N
 
N
A
 
P
T
 
R
G
 
A
V
 
N
A
 
F
V
 
V
S
 
T
Q
 
Q
I
 
V
-
 
Q
V
 
S
S
 
S
N
 
N
N
 
S
Y
 
I
Q
 
N
G
 
G
A
 
A
Q
 
L
L
 
V
G
 
G
-
 
H
-
 
W
-
 
V
-
 
I
-
 
E
-
 
E
-
 
V
-
 
G
-
 
N
-
 
K
A
 
S
E
 
L
E
 
K
F
 
I
V
 
A
K
 
L
L
 
L
M
 
S
G
 
G
E
 
E
S
 
K
G
 
G
N
|
N
Y
x
P
V
 
V
E
 
-
L
 
-
L
 
-
G
 
G
R
 
Q
E
 
E
A
x
R
D
 
R
L
 
L
N
 
-
A
 
-
G
 
G
I
 
V
R
 
L
S
 
S
K
 
G
G
 
I
Y
 
I
H
 
E
D
 
A
V
 
Q
I
 
L
D
 
R
E
 
K
Y
 
F
-
 
G
-
 
K
P
 
A
E
 
D
M
 
L
K
 
T
M
 
V
V
 
V
A
 
G
Q
 
Q
Q
 
G
S
 
W
A
 
G
N
 
H
W
|
W
S
 
N
Q
 
D
T
 
E
E
 
G
G
 
G
Y
 
L
S
 
K
K
 
A
M
 
M
E
 
E
T
 
D
I
 
L
L
 
L
Q
 
V
A
 
A
N
 
N
P
 
K
D
 
D
I
 
I
K
 
N
G
 
M
V
 
V
I
 
L
S
 
G
G
 
E
N
|
N
D
 
D
T
 
S
M
 
M
A
 
V
M
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
R
A
 
R
A
 
A
L
 
I
Q
 
E
A
 
S
A
 
A
G
 
G
R
 
R
K
 
T
D
 
G
V
 
I
I
 
L
V
 
L
V
 
V

Sites not aligning to the query:

4ry9A Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein veis_2079 from verminephrobacter eiseniae ef01-2, target efi-511009, a complex with d-talitol
32% identity, 64% coverage: 40:240/313 of query aligns to 15:223/297 of 4ry9A

query
sites
4ry9A
P
 
P
F
x
Y
F
|
F
K
 
A
A
 
A
E
 
Q
A
 
M
V
 
E
G
 
A
A
 
A
E
 
K
A
 
A
K
 
R
A
 
G
K
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
E
 
E
T
 
V
L
 
L
V
 
A
L
 
T
V
 
D
H
 
A
D
 
Q
D
 
G
D
 
K
A
 
L
N
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
S
 
I
Q
 
S
L
 
D
I
 
V
D
 
E
T
 
D
A
 
L
I
 
V
G
 
T
R
 
R
G
 
G
A
 
V
K
 
K
A
 
L
I
 
L
I
 
I
L
 
I
D
 
N
N
 
P
A
 
A
G
 
D
S
 
S
E
 
E
A
 
G
S
 
L
I
 
V
A
 
N
A
 
A
V
 
V
Q
 
N
K
 
N
A
 
A
K
 
S
D
 
A
A
 
N
G
 
G
V
 
V
P
 
K
S
 
V
F
 
V
L
 
V
I
 
I
D
|
D
R
x
S
E
 
T
I
 
L
N
 
N
A
 
P
T
 
R
G
 
A
V
 
N
A
 
F
V
 
V
S
 
T
Q
 
Q
I
 
V
-
 
Q
V
 
S
S
 
S
N
 
N
N
 
S
Y
 
I
Q
 
N
G
 
G
A
 
A
Q
 
L
L
 
V
G
 
G
-
 
H
-
 
W
-
 
V
-
 
I
-
 
E
-
 
E
-
 
V
-
 
G
-
 
N
-
 
K
A
 
S
E
 
L
E
 
K
F
 
I
V
 
A
K
 
L
L
 
L
M
 
S
G
 
G
E
 
E
S
 
K
G
 
G
N
|
N
Y
 
P
V
 
V
E
 
-
L
 
-
L
 
-
G
 
G
R
 
Q
E
 
E
A
x
R
D
 
R
L
 
L
N
 
-
A
 
-
G
 
G
I
 
V
R
 
L
S
 
S
K
 
G
G
 
I
Y
 
I
H
 
E
D
 
A
V
 
Q
I
 
L
D
 
R
E
 
K
Y
 
F
-
 
G
-
 
K
P
 
A
E
 
D
M
 
L
K
 
T
M
 
V
V
 
V
A
 
G
Q
 
Q
Q
 
G
S
 
W
A
 
G
N
 
H
W
|
W
S
 
N
Q
 
D
T
 
E
E
 
G
G
 
G
Y
 
L
S
 
K
K
 
A
M
 
M
E
 
E
T
 
D
I
 
L
L
 
L
Q
 
V
A
 
A
N
 
N
P
 
K
D
 
D
I
 
I
K
 
N
G
 
M
V
 
V
I
 
L
S
 
G
G
 
E
N
|
N
D
 
D
T
 
S
M
 
M
A
 
V
M
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
R
A
 
R
A
 
A
L
 
I
Q
 
E
A
 
S
A
 
A
G
 
G
R
 
R
K
 
T
D
 
G
V
 
I
I
 
L
V
 
L
V
 
V

Sites not aligning to the query:

1rpjA Crystal structure of d-allose binding protein from escherichia coli (see paper)
27% identity, 86% coverage: 31:298/313 of query aligns to 5:286/288 of 1rpjA

query
sites
1rpjA
A
 
A
I
 
V
I
 
V
T
 
L
P
x
K
S
 
T
H
 
L
D
 
S
N
|
N
P
 
P
F
|
F
F
 
W
K
 
V
A
 
D
E
 
M
A
 
K
V
 
K
G
 
G
A
 
I
E
 
E
A
 
D
K
 
E
A
 
A
K
 
K
E
 
T
L
 
L
G
 
G
Y
 
V
E
 
S
T
 
V
L
 
D
V
 
I
L
 
F
V
 
A
H
 
S
D
 
P
D
 
S
D
x
E
A
 
G
N
 
D
K
 
F
Q
 
Q
S
 
S
Q
 
Q
L
 
L
-
 
Q
-
 
L
I
 
F
D
 
E
T
 
D
A
 
L
I
 
S
G
 
N
R
 
K
G
 
N
A
 
Y
K
 
K
A
 
G
I
 
I
I
 
A
L
 
F
D
 
A
N
 
P
A
 
L
G
 
S
S
 
S
E
 
V
A
 
N
S
 
L
I
 
V
A
 
M
A
 
P
V
 
V
Q
 
A
K
 
R
A
 
A
K
 
W
D
 
K
A
 
K
G
 
G
V
 
I
P
 
Y
S
 
L
F
 
V
L
 
N
I
 
L
D
|
D
R
 
E
E
 
K
I
 
I
N
 
D
-
 
M
-
 
D
-
 
N
-
 
L
-
 
K
-
 
K
A
 
A
T
 
G
G
 
G
V
 
N
A
 
V
V
 
E
S
 
A
Q
 
F
I
 
V
V
 
T
S
 
T
N
 
D
N
 
N
Y
 
V
Q
 
A
G
 
V
A
 
G
Q
 
A
L
 
K
G
 
G
A
 
A
E
 
S
E
 
F
F
 
I
V
 
I
K
 
D
L
 
K
M
 
L
G
 
G
E
 
A
S
 
E
G
 
G
N
 
G
Y
 
E
V
 
V
E
 
A
L
 
I
L
 
I
-
 
E
G
 
G
R
 
K
E
 
A
A
 
G
D
 
N
L
 
A
N
x
S
A
 
G
G
 
E
I
 
A
R
|
R
S
 
R
K
 
N
G
 
G
Y
 
A
H
 
T
D
 
E
V
 
A
I
 
F
D
 
K
E
 
K
Y
 
A
P
 
S
E
 
Q
M
 
I
K
 
K
M
 
L
V
 
V
A
 
A
Q
 
S
Q
 
Q
S
 
P
A
 
A
N
 
D
W
|
W
S
 
D
Q
 
R
T
 
I
E
 
K
G
 
A
Y
 
L
S
 
D
K
 
V
M
 
A
E
 
T
T
 
N
I
 
V
L
 
L
Q
 
Q
A
 
R
N
 
N
P
 
P
D
 
N
I
 
I
K
 
K
G
 
A
V
 
I
I
 
Y
S
 
C
G
 
A
N
|
N
D
 
D
T
 
T
M
 
M
A
 
A
M
 
M
G
 
G
A
 
V
I
 
A
A
 
Q
A
 
A
L
 
V
Q
 
A
A
 
N
A
 
A
G
 
G
R
 
K
K
 
T
-
 
G
D
 
K
V
 
V
I
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
F
 
T
D
|
D
G
 
G
S
 
I
N
 
P
D
 
E
V
 
A
R
 
R
D
 
K
S
 
M
I
 
V
K
 
E
S
 
A
G
 
G
G
 
Q
I
 
M
K
 
T
A
 
A
T
 
T
V
 
V
L
 
A
Q
|
Q
-
 
N
P
 
P
A
 
A
Y
 
D
A
 
I
Q
 
G
A
 
A
-
 
T
-
 
G
-
 
L
-
 
K
-
 
L
Q
 
M
M
 
V
A
 
D
V
 
A
Q
 
E
Q
 
K
A
 
S
H
 
G
E
 
K
Y
 
V
I
 
I
T
 
P
T
 
L
G
 
D
K
 
K
A
 
A
P
 
P
A
 
-
E
 
-
E
 
E
K
 
F
Q
 
K
L
 
L
M
 
V
D
 
D
C
 
S
V
 
I
L
 
L
I
 
V

1gudA Hinge-bending motion of d-allose binding protein from escherichia coli: three open conformations (see paper)
27% identity, 86% coverage: 31:298/313 of query aligns to 5:286/288 of 1gudA

query
sites
1gudA
A
 
A
I
 
V
I
 
V
T
 
L
P
 
K
S
 
T
H
 
L
D
 
S
N
 
N
P
 
P
F
 
F
F
 
W
K
 
V
A
 
D
E
 
M
A
 
K
V
 
K
G
 
G
A
 
I
E
 
E
A
 
D
K
 
E
A
 
A
K
 
K
E
 
T
L
 
L
G
 
G
Y
 
V
E
 
S
T
 
V
L
x
D
V
 
I
L
 
F
V
 
A
H
 
S
D
 
P
D
 
S
D
 
E
A
 
G
N
 
D
K
 
F
Q
 
Q
S
 
S
Q
 
Q
L
 
L
-
 
Q
-
 
L
I
 
F
D
 
E
T
 
D
A
 
L
I
 
S
G
 
N
R
 
K
G
 
N
A
 
Y
K
 
K
A
 
G
I
 
I
I
 
A
L
 
F
D
 
A
N
 
P
A
 
L
G
 
S
S
 
S
E
 
V
A
 
N
S
 
L
I
 
V
A
 
M
A
 
P
V
 
V
Q
 
A
K
 
R
A
 
A
K
 
W
D
 
K
A
 
K
G
 
G
V
 
I
P
 
Y
S
 
L
F
 
V
L
 
N
I
 
L
D
 
D
R
 
E
E
 
K
I
 
I
N
 
D
-
 
M
-
 
D
-
 
N
-
 
L
-
 
K
-
 
K
A
 
A
T
 
G
G
 
G
V
 
N
A
 
V
V
 
E
S
 
A
Q
 
F
I
 
V
V
 
T
S
 
T
N
 
D
N
 
N
Y
 
V
Q
 
A
G
 
V
A
 
G
Q
 
A
L
 
K
G
 
G
A
 
A
E
 
S
E
 
F
F
 
I
V
 
I
K
 
D
L
 
K
M
 
L
G
 
G
E
 
A
S
 
E
G
 
G
N
 
G
Y
 
E
V
 
V
E
 
A
L
 
I
L
 
I
-
 
E
G
 
G
R
 
K
E
 
A
A
 
G
D
 
N
L
 
A
N
 
S
A
 
G
G
 
E
I
 
A
R
 
R
S
 
R
K
 
N
G
 
G
Y
 
A
H
 
T
D
 
E
V
 
A
I
 
F
D
 
K
E
 
K
Y
 
A
P
 
S
E
 
Q
M
 
I
K
 
K
M
 
L
V
 
V
A
 
A
Q
 
S
Q
 
Q
S
 
P
A
 
A
N
 
D
W
 
W
S
 
D
Q
 
R
T
 
I
E
 
K
G
 
A
Y
 
L
S
 
D
K
 
V
M
 
A
E
 
T
T
 
N
I
 
V
L
 
L
Q
 
Q
A
 
R
N
 
N
P
 
P
D
 
N
I
 
I
K
 
K
G
 
A
V
 
I
I
 
Y
S
 
C
G
 
A
N
 
N
D
 
D
T
 
T
M
 
M
A
 
A
M
 
M
G
 
G
A
 
V
I
 
A
A
 
Q
A
 
A
L
 
V
Q
 
A
A
 
N
A
 
A
G
 
G
R
 
K
K
 
T
-
 
G
D
 
K
V
 
V
I
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
F
 
T
D
 
D
G
 
G
S
 
I
N
 
P
D
 
E
V
 
A
R
 
R
D
 
K
S
 
M
I
 
V
K
 
E
S
 
A
G
 
G
G
 
Q
I
 
M
K
 
T
A
 
A
T
 
T
V
 
V
L
 
A
Q
 
Q
-
 
N
P
 
P
A
 
A
Y
 
D
A
 
I
Q
 
G
A
 
A
-
 
T
-
 
G
-
 
L
-
 
K
-
 
L
Q
 
M
M
 
V
A
 
D
V
 
A
Q
 
E
Q
 
K
A
 
S
H
 
G
E
 
K
Y
 
V
I
 
I
T
 
P
T
 
L
G
 
D
K
 
K
A
 
A
P
 
P
A
 
-
E
 
-
E
 
E
K
 
F
Q
 
K
L
 
L
M
 
V
D
 
D
C
 
S
V
 
I
L
 
L
I
 
V

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>SM_b20349 FitnessBrowser__Smeli:SM_b20349
MKLTRRMTITAFAAVLAASSAVPAYAADLIAIITPSHDNPFFKAEAVGAEAKAKELGYET
LVLVHDDDANKQSQLIDTAIGRGAKAIILDNAGSEASIAAVQKAKDAGVPSFLIDREINA
TGVAVSQIVSNNYQGAQLGAEEFVKLMGESGNYVELLGREADLNAGIRSKGYHDVIDEYP
EMKMVAQQSANWSQTEGYSKMETILQANPDIKGVISGNDTMAMGAIAALQAAGRKDVIVV
GFDGSNDVRDSIKSGGIKATVLQPAYAQAQMAVQQAHEYITTGKAPAEEKQLMDCVLINS
ENADQLETFALAD

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory