SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing SM_b20396 FitnessBrowser__Smeli:SM_b20396 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 13 hits to proteins with known functional sites (download)

P77324 Aldehyde oxidoreductase FAD-binding subunit PaoB; EC 1.2.99.6 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
52% identity, 99% coverage: 1:323/327 of query aligns to 1:313/318 of P77324

query
sites
P77324
M
 
M
K
 
K
S
 
A
F
 
F
A
 
T
Y
 
Y
A
 
E
R
 
R
A
 
V
A
 
N
D
 
T
L
 
P
E
 
A
A
 
E
A
 
A
V
 
A
K
 
L
L
 
S
L
 
A
S
 
Q
K
 
R
T
 
V
P
 
P
N
 
G
A
 
A
K
|
K
L
x
F
L
x
I
G
x
A
G
|
G
G
|
G
T
|
T
N
|
N
L
|
L
V
 
L
D
 
D
L
 
L
M
 
M
R
 
K
E
 
L
N
 
E
I
 
I
E
 
E
Q
 
T
P
 
P
D
 
T
A
 
H
L
 
L
V
 
I
D
 
D
V
 
V
T
 
N
G
 
G
L
 
L
P
 
G
L
 
L
D
 
D
R
 
K
I
 
I
E
 
E
E
 
V
R
 
T
P
 
D
D
 
A
G
 
G
G
 
G
L
 
L
V
 
R
I
 
I
G
 
G
A
 
A
T
 
L
V
 
V
R
 
R
N
 
N
T
 
T
A
 
D
V
 
L
A
 
A
G
 
A
H
 
H
P
 
E
V
 
R
V
 
V
R
 
R
D
 
R
R
 
D
Y
 
Y
P
 
A
L
 
V
L
 
L
A
 
S
Q
 
R
A
 
A
I
 
L
V
 
L
F
 
A
G
 
G
A
 
A
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
I
 
L
R
 
R
N
 
N
M
 
Q
A
 
A
T
|
T
V
 
T
A
 
A
G
 
G
N
 
N
L
 
L
M
 
L
Q
 
Q
R
 
R
T
 
T
R
 
R
C
|
C
L
 
P
Y
 
Y
F
 
F
Y
 
Y
D
 
D
H
 
T
A
 
N
A
 
Q
R
 
P
C
|
C
N
 
N
K
 
K
R
 
R
A
 
L
P
 
P
G
 
G
A
 
S
G
 
G
C
|
C
D
 
A
A
 
A
I
 
L
G
 
E
G
 
G
F
 
F
N
 
S
R
 
R
M
 
Q
H
 
H
A
 
A
I
 
V
L
 
V
G
 
G
A
 
V
S
 
S
D
 
E
S
 
A
C
|
C
I
 
I
A
 
A
T
 
T
H
 
H
P
 
P
S
 
S
D
|
D
M
 
M
C
 
A
V
 
V
A
 
A
L
 
M
A
 
R
A
 
L
L
 
L
D
 
D
A
 
A
K
 
V
V
 
V
N
 
E
V
 
T
I
 
I
G
 
T
P
 
P
S
 
E
G
 
G
-
 
K
A
 
T
R
 
R
T
 
S
I
 
I
A
 
T
F
 
L
E
 
A
E
 
D
F
 
F
H
 
Y
R
 
H
L
 
P
P
 
P
E
 
G
D
 
K
T
 
T
P
 
P
D
 
H
I
 
I
E
 
E
T
 
T
D
 
A
L
 
L
Q
 
L
P
 
P
G
 
G
E
 
E
L
 
L
I
|
I
T
 
V
G
 
A
I
 
V
E
 
T
I
 
L
P
 
P
P
 
P
L
 
-
G
 
P
F
 
L
A
 
G
R
 
G
R
 
K
S
 
H
L
 
I
Y
 
Y
R
 
R
K
|
K
V
 
V
R
 
R
D
 
D
R
 
R
A
 
A
S
 
S
Y
 
Y
A
 
A
F
 
F
A
 
A
L
 
L
V
 
V
S
 
S
V
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
I
L
 
I
E
 
Q
V
 
P
D
 
D
S
 
G
G
 
S
K
 
G
V
 
-
R
 
-
N
 
-
V
 
-
R
 
R
L
 
V
A
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
G
V
 
V
A
 
A
H
 
H
K
 
K
P
 
P
W
 
W
R
 
R
A
 
I
T
 
E
E
 
A
A
 
A
E
 
D
R
 
A
V
 
Q
L
 
L
A
 
S
-
 
Q
G
 
G
A
 
A
N
 
Q
A
 
A
G
 
V
A
 
Y
E
 
D
S
 
T
F
 
L
R
 
-
Q
 
-
A
 
-
A
 
-
E
 
-
A
 
-
E
 
-
L
 
F
A
 
A
P
 
S
A
 
A
R
 
H
G
 
P
L
 
T
A
 
A
H
 
E
N
 
N
E
 
T
F
 
F
K
 
K
I
 
L
E
 
L
L
 
L
A
 
A
K
 
K
R
 
R
T
 
T
I
 
L
V
 
A
G
 
S
V
 
V
L
 
L
G
 
A
E
 
E

5g5gB Escherichia coli periplasmic aldehyde oxidase (see paper)
52% identity, 99% coverage: 1:323/327 of query aligns to 1:313/316 of 5g5gB

query
sites
5g5gB
M
 
M
K
 
K
S
 
A
F
 
F
A
 
T
Y
 
Y
A
 
E
R
 
R
A
 
V
A
 
N
D
 
T
L
 
P
E
 
A
A
 
E
A
 
A
V
 
A
K
 
L
L
 
S
L
 
A
S
 
Q
K
 
R
T
 
V
P
 
P
N
 
G
A
 
A
K
|
K
L
x
F
L
x
I
G
x
A
G
|
G
G
|
G
T
|
T
N
|
N
L
|
L
V
 
L
D
 
D
L
 
L
M
 
M
R
 
K
E
 
L
N
 
E
I
 
I
E
 
E
Q
 
T
P
 
P
D
 
T
A
 
H
L
 
L
V
 
I
D
 
D
V
 
V
T
 
N
G
 
G
L
 
L
P
 
G
L
 
L
D
 
D
R
 
K
I
 
I
E
 
E
E
 
V
R
 
T
P
 
D
D
 
A
G
 
G
G
 
G
L
 
L
V
 
R
I
 
I
G
 
G
A
 
A
T
 
L
V
 
V
R
 
R
N
 
N
T
 
T
A
 
D
V
 
L
A
 
A
G
 
A
H
 
H
P
 
E
V
 
R
V
 
V
R
 
R
D
 
R
R
 
D
Y
 
Y
P
 
A
L
 
V
L
 
L
A
 
S
Q
 
R
A
 
A
I
 
L
V
 
L
F
 
A
G
|
G
A
|
A
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
I
x
L
R
 
R
N
 
N
M
 
Q
A
|
A
T
|
T
V
 
T
A
|
A
G
|
G
N
|
N
L
 
L
M
x
L
Q
|
Q
R
 
R
T
 
T
R
|
R
C
|
C
L
 
P
Y
 
Y
F
|
F
Y
 
Y
D
 
D
H
 
T
A
 
N
A
 
Q
R
 
P
C
|
C
N
|
N
K
|
K
R
 
R
A
 
L
P
 
P
G
 
G
A
 
S
G
 
G
C
|
C
D
x
A
A
|
A
I
 
L
G
 
E
G
 
G
F
 
F
N
 
S
R
 
R
M
 
Q
H
|
H
A
 
A
I
 
V
L
 
V
G
 
G
A
 
V
S
 
S
D
 
E
S
 
A
C
|
C
I
|
I
A
|
A
T
 
T
H
 
H
P
|
P
S
|
S
D
|
D
M
 
M
C
 
A
V
 
V
A
 
A
L
 
M
A
 
R
A
 
L
L
 
L
D
 
D
A
 
A
K
 
V
V
 
V
N
 
E
V
 
T
I
 
I
G
 
T
P
 
P
S
 
E
G
 
G
-
 
K
A
 
T
R
 
R
T
 
S
I
 
I
A
 
T
F
 
L
E
 
A
E
 
D
F
 
F
H
 
Y
R
 
H
L
 
P
P
 
P
E
 
G
D
 
K
T
 
T
P
 
P
D
 
H
I
 
I
E
 
E
T
 
T
D
 
A
L
 
L
Q
 
L
P
 
P
G
 
G
E
 
E
L
|
L
I
|
I
T
 
V
G
 
A
I
 
V
E
 
T
I
 
L
P
 
P
P
 
P
L
 
-
G
 
P
F
 
L
A
 
G
R
 
G
R
 
K
S
 
H
L
 
I
Y
 
Y
R
 
R
K
|
K
V
 
V
R
 
R
D
 
D
R
 
R
A
 
A
S
 
S
Y
|
Y
A
|
A
F
|
F
A
 
A
L
 
L
V
 
V
S
 
S
V
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
I
L
 
I
E
 
Q
V
 
P
D
 
D
S
 
G
G
 
S
K
 
G
V
 
-
R
 
-
N
 
-
V
 
-
R
 
R
L
 
V
A
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
G
V
 
V
A
 
A
H
 
H
K
 
K
P
 
P
W
 
W
R
 
R
A
 
I
T
 
E
E
 
A
A
 
A
E
 
D
R
 
A
V
 
Q
L
 
L
A
 
S
-
 
Q
G
 
G
A
 
A
N
 
Q
A
 
A
G
 
V
A
 
Y
E
 
D
S
 
T
F
 
L
R
 
-
Q
 
-
A
 
-
A
 
-
E
 
-
A
 
-
E
 
-
L
 
F
A
 
A
P
 
S
A
 
A
R
 
H
G
 
P
L
 
T
A
 
A
H
 
E
N
 
N
E
 
T
F
 
F
K
 
K
I
 
L
E
 
L
L
 
L
A
 
A
K
 
K
R
 
R
T
 
T
I
 
L
V
 
A
G
 
S
V
 
V
L
 
L
G
 
A
E
 
E

5y6qB Crystal structure of an aldehyde oxidase from methylobacillus sp. Ky4400 (see paper)
44% identity, 99% coverage: 1:325/327 of query aligns to 1:330/330 of 5y6qB

query
sites
5y6qB
M
 
M
K
 
N
S
 
P
F
 
F
A
 
H
Y
 
W
-
 
K
-
 
V
A
 
A
R
 
Q
A
 
S
A
 
A
D
 
S
L
 
E
E
 
A
A
 
A
A
 
A
V
 
L
K
 
K
L
 
Q
L
 
Q
S
 
S
K
 
-
T
 
-
P
 
-
N
 
G
A
 
S
K
x
Q
L
x
I
L
|
L
G
x
A
G
|
G
G
|
G
T
|
T
N
x
T
L
x
Q
V
 
L
D
 
D
L
 
L
M
 
M
R
 
K
E
 
C
N
 
G
I
 
V
E
 
F
Q
 
N
P
 
P
D
 
P
A
 
Q
L
 
L
V
 
I
D
 
G
V
x
I
T
 
N
G
 
G
L
 
L
P
 
S
L
 
E
D
 
L
R
 
R
I
 
S
E
 
L
E
 
S
R
 
F
P
 
D
D
 
N
G
 
D
G
 
K
L
 
I
V
 
S
I
 
A
G
 
G
A
 
A
T
 
L
V
 
I
R
 
T
N
x
M
T
 
S
A
 
Q
V
 
L
A
 
A
G
 
D
H
 
H
P
 
P
V
 
D
V
 
C
R
 
Q
D
 
Q
R
 
H
Y
 
A
P
 
P
L
 
A
L
 
I
A
 
Y
Q
 
G
A
 
S
I
 
L
V
 
W
F
 
Q
G
x
A
A
|
A
S
 
S
G
 
P
Q
 
Q
I
|
I
R
 
R
N
 
N
M
 
M
A
|
A
T
|
T
V
 
L
A
 
G
G
|
G
N
|
N
L
 
L
M
x
R
Q
|
Q
R
|
R
T
 
T
R
 
R
C
|
C
L
 
A
Y
 
Y
F
x
Y
Y
 
R
D
 
D
H
 
P
A
 
A
-
 
T
-
 
F
A
 
S
R
 
A
C
|
C
N
|
N
K
|
K
R
 
R
A
 
N
P
 
P
G
 
G
A
 
S
G
 
G
C
|
C
D
x
A
A
|
A
I
 
R
G
 
Q
G
 
G
F
 
V
N
 
N
R
 
S
M
 
N
H
|
H
A
 
A
I
 
I
L
 
L
G
 
G
A
 
A
S
 
S
D
 
D
S
|
S
C
|
C
I
|
I
A
|
A
T
 
V
H
 
Y
P
 
P
S
x
G
D
|
D
M
 
L
C
 
A
V
 
V
A
 
A
L
 
L
A
 
V
A
 
A
L
 
F
D
 
D
A
 
A
K
 
V
V
 
V
N
 
I
V
 
V
I
 
Q
G
 
N
P
 
P
S
 
Q
G
 
G
-
 
E
A
 
T
R
 
R
T
 
R
I
 
I
A
 
A
F
 
I
E
 
D
E
 
D
F
 
F
H
 
F
R
 
L
L
 
L
P
 
P
E
 
G
D
 
E
T
 
T
P
 
P
D
 
D
I
 
Q
E
 
E
T
 
H
D
 
D
L
 
L
Q
 
R
P
 
D
G
 
D
E
 
E
L
x
I
I
|
I
T
 
V
G
 
A
I
 
I
E
 
E
I
 
V
P
 
P
P
 
Q
L
 
T
G
 
A
F
 
S
A
 
L
R
 
Q
R
 
R
S
 
S
L
 
H
Y
 
Y
R
 
L
K
|
K
V
 
V
R
 
R
D
 
D
R
 
R
A
 
S
S
 
S
Y
|
Y
A
x
E
F
|
F
A
 
A
L
 
A
V
 
A
S
 
S
V
 
A
A
 
A
A
 
A
A
 
G
L
 
F
E
 
T
V
 
L
D
 
E
S
 
N
G
 
G
K
 
V
V
 
M
R
 
R
N
 
Q
V
 
V
R
 
H
L
 
I
A
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
G
V
 
V
A
 
A
H
 
T
K
 
K
P
 
P
W
 
W
R
 
R
A
 
A
T
 
T
E
 
R
A
 
V
E
 
E
R
 
Q
V
 
A
L
 
L
A
 
E
G
 
G
A
 
Q
N
 
P
A
 
F
G
 
N
A
 
E
E
 
E
S
 
T
F
 
V
R
 
F
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
E
A
 
L
E
 
I
L
 
N
A
 
Q
P
 
E
A
 
T
R
 
Q
G
 
A
L
 
L
A
 
E
H
 
H
N
 
N
E
 
A
F
 
Y
K
 
K
I
 
V
E
 
K
L
 
L
A
 
A
K
 
P
R
 
R
T
 
V
I
 
I
V
 
A
G
 
R
V
 
A
L
 
L
-
 
M
-
 
A
-
 
A
G
 
G
E
 
E
L
 
I
A
 
A

O33820 4-hydroxybenzoyl-CoA reductase subunit beta; 4-HBCR subunit beta; EC 1.1.7.1 from Thauera aromatica (see paper)
37% identity, 82% coverage: 1:269/327 of query aligns to 4:263/324 of O33820

query
sites
O33820
M
 
L
K
 
T
S
 
D
F
 
F
A
 
R
Y
 
T
A
 
H
R
 
R
A
 
P
A
 
A
D
 
T
L
 
L
E
 
A
A
 
D
A
 
A
V
 
V
K
 
N
L
 
A
L
 
L
S
 
A
K
 
A
T
 
E
P
 
A
N
 
T
A
 
L
K
x
P
L
|
L
L
 
-
G
|
G
G
x
A
G
|
G
T
|
T
N
x
D
L
|
L
V
 
L
D
 
P
L
 
N
M
 
L
R
 
R
E
 
R
N
 
G
I
 
L
E
 
G
Q
 
H
P
 
P
D
 
A
A
 
A
L
 
L
V
 
V
D
 
D
V
 
L
T
 
T
G
 
G
L
 
I
P
 
D
-
 
G
L
 
L
D
 
A
R
 
T
I
 
I
E
 
S
E
 
T
R
 
L
P
 
A
D
 
D
G
 
G
G
 
S
L
 
L
V
 
R
I
 
I
G
 
G
A
 
A
T
 
G
V
 
A
R
 
T
N
 
L
T
 
E
A
 
A
V
 
I
A
 
A
G
 
E
H
 
H
P
 
D
V
 
A
V
 
I
R
 
R
D
 
T
R
 
T
Y
 
W
P
 
P
L
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
I
 
A
V
 
E
F
 
S
G
 
V
A
 
A
S
 
G
G
 
P
Q
 
T
I
 
H
R
 
R
N
 
A
M
 
A
A
 
A
T
|
T
V
 
L
A
 
G
G
 
G
N
|
N
L
 
L
M
 
C
Q
|
Q
R
 
D
T
 
T
R
 
R
C
 
C
L
 
T
Y
 
-
F
 
F
Y
 
Y
D
 
N
H
 
Q
A
 
S
A
 
E
R
 
W
C
 
W
N
 
-
K
 
-
R
 
R
A
 
S
P
 
G
G
 
N
A
 
G
G
 
Y
C
 
C
D
 
L
A
 
K
I
 
Y
G
 
K
G
 
G
F
 
-
N
 
D
R
 
K
M
 
C
H
 
H
A
 
V
I
 
I
L
 
V
G
 
-
A
 
K
S
 
S
D
 
D
S
 
R
C
 
C
I
 
Y
A
 
A
T
 
T
H
 
Y
P
 
H
S
 
G
D
|
D
M
 
V
C
 
A
V
 
P
A
 
A
L
 
L
A
 
M
A
 
V
L
 
L
D
 
D
A
 
A
K
 
R
V
 
A
N
 
E
V
 
I
I
 
V
G
 
G
P
 
P
S
 
A
G
 
G
A
 
K
R
 
R
T
 
T
I
 
V
A
 
P
F
 
V
E
 
A
E
 
Q
F
 
L
H
 
F
R
 
R
L
 
-
P
 
-
E
 
-
D
 
E
T
 
S
P
 
G
D
 
A
I
 
E
E
 
H
T
 
L
D
 
T
L
 
L
Q
 
E
P
 
K
G
 
G
E
 
E
L
 
L
I
 
L
T
 
A
G
 
A
I
 
I
E
 
E
I
 
V
P
 
P
P
 
P
L
 
T
G
 
G
F
 
-
A
 
A
R
 
W
R
 
S
S
 
A
L
 
A
Y
 
Y
R
 
S
K
|
K
V
 
V
R
 
R
D
 
I
R
 
R
A
 
D
S
 
A
Y
 
V
A
 
D
F
 
F
A
 
P
L
 
L
V
 
A
S
 
G
V
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
A
L
 
L
E
 
Q
V
 
R
D
 
D
S
 
G
G
 
D
K
 
R
V
 
I
R
 
A
N
 
G
V
 
L
R
 
R
L
 
V
A
 
A
L
 
I
G
 
T
G
 
G
V
 
S
A
 
N
H
 
S
K
 
A
P
 
P

1rm6B Structure of 4-hydroxybenzoyl-coa reductase from thauera aromatica (see paper)
37% identity, 82% coverage: 1:269/327 of query aligns to 4:263/323 of 1rm6B

query
sites
1rm6B
M
 
L
K
 
T
S
 
D
F
 
F
A
 
R
Y
 
T
A
 
H
R
 
R
A
 
P
A
 
A
D
 
T
L
 
L
E
 
A
A
 
D
A
 
A
V
 
V
K
 
N
L
 
A
L
 
L
S
 
A
K
 
A
T
 
E
P
 
A
N
 
T
A
 
L
K
x
P
L
|
L
L
 
-
G
|
G
G
x
A
G
|
G
T
|
T
N
x
D
L
|
L
V
 
L
D
 
P
L
 
N
M
 
L
R
 
R
E
 
R
N
 
G
I
 
L
E
 
G
Q
 
H
P
 
P
D
 
A
A
 
A
L
 
L
V
 
V
D
 
D
V
x
L
T
 
T
G
 
G
L
 
I
P
 
D
-
 
G
L
 
L
D
 
A
R
 
T
I
 
I
E
 
S
E
 
T
R
 
L
P
 
A
D
 
D
G
 
G
G
 
S
L
 
L
V
 
R
I
 
I
G
 
G
A
 
A
T
 
G
V
 
A
R
 
T
N
 
L
T
 
E
A
 
A
V
 
I
A
 
A
G
 
E
H
 
H
P
 
D
V
 
A
V
 
I
R
 
R
D
 
T
R
 
T
Y
 
W
P
 
P
L
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
I
 
A
V
 
E
F
 
S
G
x
V
A
|
A
S
 
G
G
 
P
Q
 
T
I
x
H
R
 
R
N
 
A
M
 
A
A
|
A
T
|
T
V
 
L
A
x
G
G
|
G
N
|
N
L
 
L
M
x
C
Q
|
Q
R
 
D
T
 
T
R
 
R
C
|
C
L
 
T
Y
 
-
F
|
F
Y
 
Y
D
 
N
H
 
Q
A
 
S
A
 
E
R
 
W
C
 
W
N
 
-
K
 
-
R
 
R
A
 
S
P
 
G
G
 
N
A
 
G
G
 
Y
C
|
C
D
x
L
A
x
K
I
 
Y
G
 
K
G
 
G
F
 
-
N
 
D
R
 
K
M
x
C
H
|
H
A
x
V
I
 
I
L
 
V
G
 
-
A
 
K
S
 
S
D
 
D
S
 
R
C
|
C
I
x
Y
A
|
A
T
 
T
H
 
Y
P
x
H
S
x
G
D
|
D
M
 
V
C
 
A
V
 
P
A
 
A
L
 
L
A
 
M
A
 
V
L
 
L
D
 
D
A
 
A
K
 
R
V
 
A
N
 
E
V
 
I
I
 
V
G
 
G
P
 
P
S
 
A
G
 
G
A
 
K
R
 
R
T
 
T
I
 
V
A
 
P
F
 
V
E
 
A
E
 
Q
F
 
L
H
 
F
R
 
R
L
 
-
P
 
-
E
 
-
D
 
E
T
 
S
P
 
G
D
 
A
I
 
E
E
 
H
T
 
L
D
 
T
L
 
L
Q
 
E
P
 
K
G
 
G
E
 
E
L
|
L
I
x
L
T
 
A
G
 
A
I
 
I
E
 
E
I
 
V
P
 
P
P
 
P
L
 
T
G
 
G
F
 
-
A
 
A
R
 
W
R
 
S
S
 
A
L
 
A
Y
 
Y
R
 
S
K
|
K
V
 
V
R
 
R
D
 
I
R
 
R
A
 
D
S
 
A
Y
x
V
A
x
D
F
|
F
A
x
P
L
 
L
V
 
A
S
 
G
V
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
A
L
 
L
E
 
Q
V
 
R
D
 
D
S
 
G
G
 
D
K
 
R
V
 
I
R
 
A
N
 
G
V
 
L
R
 
R
L
 
V
A
 
A
L
 
I
G
 
T
G
 
G
V
 
S
A
 
N
H
 
S
K
 
A
P
 
P

1n5wC Crystal structure of the cu,mo-co dehydrogenase (codh); oxidized form (see paper)
29% identity, 95% coverage: 3:313/327 of query aligns to 5:271/287 of 1n5wC

query
sites
1n5wC
S
 
S
F
 
F
A
 
D
Y
 
Y
A
 
H
R
 
R
A
 
P
A
 
K
D
 
S
L
 
I
E
 
A
A
 
D
A
 
A
V
 
V
K
 
A
L
 
L
L
 
L
S
 
T
K
 
K
T
 
L
-
 
G
P
 
E
N
 
D
A
 
A
K
 
R
L
 
P
L
 
L
G
 
A
G
 
G
G
 
G
T
x
H
N
 
S
L
 
L
V
 
I
D
 
P
L
 
I
M
 
M
R
 
K
E
 
T
N
 
R
I
 
L
E
 
A
Q
 
T
P
 
P
D
 
E
A
 
H
L
 
L
V
 
V
D
 
D
V
 
L
T
 
R
G
 
D
L
 
I
P
 
G
L
 
-
D
 
D
R
 
L
I
 
V
E
 
G
E
 
I
R
 
R
P
 
E
D
 
E
G
 
G
-
 
T
G
 
D
L
 
V
V
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
A
T
 
M
V
 
T
R
 
T
N
 
Q
T
 
H
A
 
A
V
 
L
A
 
I
G
 
G
H
 
S
P
 
D
V
 
F
V
 
L
R
 
A
D
 
A
R
 
K
Y
 
L
P
 
P
L
 
I
L
 
I
A
 
R
Q
 
E
A
 
T
I
 
S
V
 
L
F
 
L
G
x
I
A
|
A
S
 
D
G
 
P
Q
 
Q
I
|
I
R
 
R
N
 
Y
M
 
M
A
 
G
T
 
T
V
 
I
A
 
G
G
 
G
N
|
N
L
 
-
M
 
-
Q
 
-
R
 
-
T
 
-
R
 
-
C
 
-
L
 
-
Y
 
-
F
 
-
Y
 
-
D
 
-
H
 
-
A
 
A
A
 
A
R
 
N
C
 
G
N
 
D
K
 
-
R
 
-
A
 
-
P
 
P
G
 
G
A
 
-
G
 
-
C
 
-
D
 
-
A
 
-
I
 
-
G
 
-
G
 
-
F
 
-
N
 
-
R
 
-
M
 
-
H
 
-
A
 
-
I
 
-
L
 
-
G
 
-
A
 
-
S
 
-
D
 
-
S
 
-
C
 
-
I
 
-
A
 
-
T
 
-
H
 
-
P
 
-
S
x
N
D
|
D
M
 
M
C
 
P
V
 
A
A
 
L
L
 
M
A
 
Q
A
 
C
L
 
L
D
 
G
A
 
A
K
 
A
V
 
Y
N
 
E
V
 
L
I
 
T
G
 
G
P
 
P
S
 
E
G
 
G
A
 
A
R
 
R
T
 
I
I
 
V
A
 
A
F
 
A
E
 
R
E
 
D
F
 
Y
H
 
Y
R
 
Q
L
 
-
P
 
-
E
 
-
D
 
-
T
 
-
P
 
G
D
 
A
I
 
Y
E
 
F
T
 
T
D
 
A
L
 
I
Q
 
E
P
 
P
G
 
G
E
 
E
L
 
L
I
 
L
T
 
T
G
 
A
I
 
I
E
 
R
I
 
I
-
 
P
-
 
V
P
 
P
P
 
P
L
 
T
-
 
G
-
 
H
G
 
G
F
 
Y
A
 
A
R
 
Y
R
 
E
S
x
K
L
 
L
Y
 
K
R
 
R
K
 
K
V
 
I
R
x
G
D
|
D
R
x
Y
A
 
A
S
 
T
Y
 
A
A
 
A
F
 
A
A
 
A
L
 
V
V
 
V
S
 
-
V
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
L
E
 
T
V
 
M
D
 
S
S
 
G
G
 
G
K
 
K
V
 
C
R
 
V
N
 
T
V
 
A
R
 
S
L
 
I
A
 
G
L
 
L
G
 
T
G
 
N
V
 
V
A
 
A
H
 
N
K
 
T
P
 
P
W
 
L
R
 
W
A
 
A
T
 
E
E
 
E
A
 
A
E
 
G
R
 
K
V
 
V
L
 
L
A
 
V
G
 
G
A
 
T
N
 
A
A
 
L
G
 
D
A
 
K
E
 
P
S
 
A
F
 
L
R
 
D
Q
 
K
A
 
A
-
 
V
-
 
A
-
 
L
A
 
A
E
 
E
A
 
A
E
 
I
L
 
T
A
 
A
P
 
P
A
 
A
R
 
S
-
 
D
G
 
G
L
 
R
A
 
G
H
 
P
N
 
A
E
 
E
F
 
Y
K
 
R
I
 
T
E
 
K
L
 
M
A
 
A

P19920 Carbon monoxide dehydrogenase medium chain; CO dehydrogenase subunit M; CO-DH M; EC 1.2.5.3 from Afipia carboxidovorans (strain ATCC 49405 / DSM 1227 / KCTC 32145 / OM5) (Oligotropha carboxidovorans) (see 2 papers)
29% identity, 95% coverage: 3:313/327 of query aligns to 5:271/288 of P19920

query
sites
P19920
S
 
S
F
 
F
A
 
D
Y
 
Y
A
 
H
R
 
R
A
 
P
A
 
K
D
 
S
L
 
I
E
 
A
A
 
D
A
 
A
V
 
V
K
 
A
L
 
L
L
 
L
S
 
T
K
 
K
T
 
L
-
 
G
P
 
E
N
 
D
A
 
A
K
 
R
L
 
P
L
 
L
G
x
A
G
|
G
G
|
G
T
x
H
N
x
S
L
 
L
V
 
I
D
 
P
L
 
I
M
 
M
R
 
K
E
 
T
N
 
R
I
 
L
E
 
A
Q
 
T
P
 
P
D
 
E
A
 
H
L
 
L
V
 
V
D
 
D
V
 
L
T
 
R
G
 
D
L
 
I
P
 
G
L
 
-
D
 
D
R
 
L
I
 
V
E
 
G
E
 
I
R
 
R
P
 
E
D
 
E
G
 
G
-
 
T
G
 
D
L
 
V
V
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
A
T
 
M
V
 
T
R
 
T
N
 
Q
T
 
H
A
 
A
V
 
L
A
 
I
G
 
G
H
 
S
P
 
D
V
 
F
V
 
L
R
 
A
D
 
A
R
 
K
Y
 
L
P
 
P
L
 
I
L
 
I
A
 
R
Q
 
E
A
 
T
I
 
S
V
 
L
F
 
L
G
 
I
A
 
A
S
 
D
G
 
P
Q
 
Q
I
 
I
R
 
R
N
 
Y
M
 
M
A
 
G
T
|
T
V
x
I
A
x
G
G
|
G
N
|
N
L
 
-
M
 
-
Q
 
-
R
 
-
T
 
-
R
 
-
C
 
-
L
 
-
Y
 
-
F
 
-
Y
 
-
D
 
-
H
 
-
A
 
A
A
 
A
R
 
N
C
 
G
N
 
D
K
 
-
R
 
-
A
 
-
P
 
P
G
 
G
A
 
-
G
 
-
C
 
-
D
 
-
A
 
-
I
 
-
G
 
-
G
 
-
F
 
-
N
 
-
R
 
-
M
 
-
H
 
-
A
 
-
I
 
-
L
 
-
G
 
-
A
 
-
S
 
-
D
 
-
S
 
-
C
 
-
I
 
-
A
 
-
T
 
-
H
 
-
P
 
-
S
 
N
D
 
D
M
 
M
C
 
P
V
 
A
A
 
L
L
 
M
A
 
Q
A
 
C
L
 
L
D
 
G
A
 
A
K
 
A
V
 
Y
N
 
E
V
 
L
I
 
T
G
 
G
P
 
P
S
 
E
G
 
G
A
 
A
R
 
R
T
 
I
I
 
V
A
 
A
F
 
A
E
 
R
E
 
D
F
 
Y
H
 
Y
R
 
Q
L
 
-
P
 
-
E
 
-
D
 
-
T
 
-
P
 
G
D
 
A
I
 
Y
E
 
F
T
 
T
D
 
A
L
 
I
Q
 
E
P
 
P
G
 
G
E
 
E
L
 
L
I
 
L
T
 
T
G
 
A
I
 
I
E
 
R
I
 
I
-
 
P
-
 
V
P
 
P
P
 
P
L
 
T
-
 
G
-
 
H
G
 
G
F
 
Y
A
 
A
R
 
Y
R
 
E
S
 
K
L
 
L
Y
 
K
R
 
R
K
 
K
V
 
I
R
 
G
D
 
D
R
 
Y
A
 
A
S
 
T
Y
 
A
A
 
A
F
 
A
A
 
A
L
 
V
V
 
V
S
 
-
V
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
L
E
 
T
V
 
M
D
 
S
S
 
G
G
 
G
K
 
K
V
 
C
R
 
V
N
 
T
V
 
A
R
 
S
L
 
I
A
 
G
L
 
L
G
 
T
G
 
N
V
 
V
A
 
A
H
 
N
K
 
T
P
 
P
W
 
L
R
 
W
A
 
A
T
 
E
E
 
E
A
 
A
E
 
G
R
 
K
V
 
V
L
 
L
A
 
V
G
 
G
A
 
T
N
 
A
A
 
L
G
 
D
A
 
K
E
 
P
S
 
A
F
 
L
R
 
D
Q
 
K
A
 
A
-
 
V
-
 
A
-
 
L
A
 
A
E
 
E
A
 
A
E
 
I
L
 
T
A
 
A
P
 
P
A
 
A
R
 
S
-
 
D
G
 
G
L
 
R
A
 
G
H
 
P
N
 
A
E
 
E
F
 
Y
K
 
R
I
 
T
E
 
K
L
 
M
A
 
A

4zohB Crystal structure of glyceraldehyde oxidoreductase (see paper)
27% identity, 97% coverage: 4:321/327 of query aligns to 6:273/274 of 4zohB

query
sites
4zohB
F
 
F
A
 
G
Y
 
Y
A
 
V
R
 
I
A
 
P
A
 
D
D
 
N
L
 
L
E
 
N
A
 
E
A
 
A
V
 
L
K
 
E
L
 
F
L
 
L
S
 
E
K
 
E
T
 
H
P
 
Q
N
 
D
A
 
A
K
x
R
L
x
P
L
|
L
G
x
A
G
|
G
G
|
G
T
x
H
N
x
S
L
|
L
V
 
I
D
 
P
L
 
M
M
 
L
R
 
K
E
 
L
N
 
R
I
 
L
E
 
I
Q
 
R
P
 
P
D
 
S
A
 
Y
L
 
I
V
 
V
D
 
E
V
x
I
T
 
R
G
 
R
L
 
F
P
 
S
-
 
N
L
 
L
D
 
S
R
 
Y
I
 
I
E
 
T
E
 
K
R
 
-
P
 
-
D
 
D
G
 
G
G
 
N
L
 
L
V
 
Y
-
 
K
I
 
I
G
 
G
A
 
A
T
 
L
V
 
T
R
 
T
N
x
H
T
 
Y
A
 
N
V
 
I
A
 
S
G
 
K
H
 
S
P
 
S
V
 
I
V
 
-
R
 
-
D
 
-
R
 
-
Y
 
-
P
 
P
L
 
L
L
 
L
A
 
S
Q
 
E
A
 
T
I
 
A
V
 
S
F
 
N
G
x
I
A
x
G
S
 
D
G
 
P
Q
 
Q
I
x
V
R
 
R
N
 
N
M
 
M
A
x
G
T
|
T
V
 
I
A
x
G
G
|
G
N
x
S
L
 
I
M
x
S
Q
x
H
R
 
L
T
 
D
R
 
-
C
 
-
L
 
-
Y
 
-
F
 
-
Y
 
-
D
 
-
H
 
-
A
 
-
A
 
-
R
 
-
C
 
-
N
 
-
K
 
-
R
 
-
A
 
-
P
 
P
G
 
S
A
|
A
G
 
-
C
 
-
D
 
-
A
 
-
I
 
-
G
 
-
G
 
-
F
 
-
N
 
-
R
 
-
M
 
-
H
 
-
A
 
-
I
 
-
L
 
-
G
 
-
A
 
-
S
 
-
D
 
-
S
 
-
C
 
-
I
 
-
A
 
-
T
 
-
H
 
-
P
 
-
S
 
-
D
|
D
M
 
Y
C
 
P
V
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
I
A
 
A
L
 
M
D
 
D
A
 
A
K
 
K
V
 
V
N
 
K
V
 
I
I
 
T
G
 
S
P
 
R
S
 
K
G
 
G
A
 
D
R
 
R
T
 
V
I
 
V
A
 
N
F
 
F
E
 
K
E
 
S
F
 
F
H
 
A
R
 
K
L
 
-
P
 
-
E
 
-
D
 
-
T
 
-
P
 
-
D
 
D
I
 
M
E
 
F
T
 
T
-
 
P
D
 
D
L
|
L
Q
 
N
P
 
P
G
 
G
E
 
E
L
|
L
I
x
V
T
 
T
G
 
E
I
 
I
E
 
Q
I
 
V
P
 
P
P
 
T
L
 
F
G
 
E
F
 
G
A
 
Y
R
 
K
R
 
F
S
 
S
L
 
-
Y
 
Y
R
 
Q
K
|
K
V
 
L
R
 
E
D
 
R
R
 
R
A
 
A
S
x
G
Y
 
-
A
x
D
F
|
F
A
 
A
L
 
I
V
 
V
S
 
G
V
 
V
A
 
A
A
 
L
A
 
L
L
 
L
E
 
K
V
 
L
D
 
S
S
 
G
G
 
D
K
 
V
V
 
I
R
 
E
N
 
D
V
 
V
R
 
R
L
 
I
A
 
G
L
 
L
G
 
T
G
 
A
V
 
V
A
 
N
H
 
N
K
 
V
P
 
A
W
 
V
R
 
R
A
 
A
T
 
K
E
 
G
A
 
A
E
 
E
R
 
E
V
 
E
L
 
L
A
 
L
G
 
G
A
 
K
N
 
R
A
 
L
G
 
N
A
 
D
E
 
E
S
 
I
F
 
I
R
 
E
Q
 
K
A
 
A
A
 
A
E
 
T
A
 
R
E
 
A
L
 
M
A
 
E
-
 
S
-
 
A
-
 
N
P
 
P
A
 
T
R
 
S
G
 
G
L
 
S
A
 
A
H
 
E
N
x
Y
E
 
K
F
 
K
K
 
K
I
 
M
-
 
V
-
 
K
E
 
V
L
 
L
A
 
T
K
 
K
R
 
R
T
 
A
I
 
I
V
 
I
G
 
T
V
 
A
L
 
L

7dqxE Crystal structure of xanthine dehydrogenase family protein
25% identity, 85% coverage: 3:279/327 of query aligns to 5:234/293 of 7dqxE

query
sites
7dqxE
S
 
S
F
 
F
A
 
D
Y
 
Y
A
 
V
R
 
V
A
 
A
A
 
D
D
 
S
L
 
V
E
 
E
A
 
H
A
 
A
V
 
L
K
 
R
L
 
L
L
 
L
S
 
A
K
 
D
T
 
G
-
 
G
P
 
D
N
 
D
A
 
A
K
|
K
L
x
I
L
x
I
G
x
A
G
|
G
G
|
G
T
x
Q
N
x
S
L
|
L
V
 
V
D
 
P
L
 
L
M
 
L
R
 
N
E
 
F
N
 
R
I
 
M
E
 
S
Q
 
R
P
 
P
D
 
S
A
 
L
L
 
L
V
 
V
D
 
D
V
 
I
T
 
N
G
 
R
L
 
V
P
 
P
L
 
G
D
 
L
R
 
A
I
 
N
E
 
I
E
 
R
R
 
K
P
 
S
D
 
D
G
 
Q
G
 
T
L
 
I
V
 
A
I
 
I
G
 
G
A
 
A
T
 
L
V
 
T
R
 
R
N
x
H
T
 
A
A
 
K
V
 
L
A
 
T
G
 
T
H
 
S
P
 
K
V
 
T
V
 
I
R
 
S
D
 
Q
R
 
N
Y
 
L
P
 
P
L
 
I
L
 
L
A
 
S
Q
 
E
A
 
A
I
 
A
V
 
A
F
 
W
G
x
I
A
|
A
S
 
H
G
 
P
Q
 
Q
I
|
I
R
 
R
N
 
N
M
 
R
A
x
G
T
|
T
V
 
I
A
x
G
G
|
G
N
x
S
L
 
L
M
 
-
Q
 
-
R
 
-
T
 
-
R
 
-
C
 
-
L
 
-
Y
 
-
F
 
-
Y
 
-
D
 
-
H
 
-
A
 
-
A
 
-
R
 
-
C
 
-
N
 
-
K
 
-
R
 
-
A
 
-
P
 
-
G
 
-
A
|
A
G
 
H
C
 
A
D
 
D
A
 
A
I
 
-
G
 
-
G
 
-
F
 
-
N
 
-
R
 
-
M
 
-
H
 
-
A
 
-
I
 
-
L
 
-
G
 
-
A
 
-
S
 
-
D
 
-
S
 
-
C
 
-
I
 
-
A
 
-
T
 
-
H
 
-
P
x
A
S
x
A
D
x
E
M
 
L
C
 
P
V
 
V
A
 
V
L
 
L
A
 
L
A
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
A
K
 
Y
V
 
V
N
 
T
V
 
A
I
 
Q
G
 
S
P
 
L
S
 
Q
G
 
G
A
 
E
R
 
R
T
 
K
I
 
I
A
 
P
F
 
L
E
 
K
E
 
E
F
 
L
H
 
L
R
 
-
L
 
-
P
 
-
E
 
-
D
 
-
T
 
V
P
 
S
D
 
H
I
 
F
E
 
V
T
 
S
D
 
S
L
 
I
Q
 
L
P
 
P
G
 
G
E
 
E
L
|
L
I
|
I
T
 
V
G
 
E
I
 
V
E
 
N
I
 
V
P
 
P
P
 
Q
L
 
L
G
 
P
F
 
H
A
 
G
R
 
S
R
 
G
S
 
A
L
 
A
Y
 
F
R
 
D
K
 
E
V
 
F
-
 
S
R
 
R
D
 
R
R
 
H
A
 
G
S
 
D
Y
|
Y
A
 
A
F
 
I
A
 
G
L
 
G
V
 
A
S
 
A
V
 
S
A
 
L
A
 
V
A
 
T
L
 
L
E
 
D
V
 
-
D
 
E
S
 
Q
G
 
G
K
 
K
V
 
C
R
 
S
N
 
R
V
 
A
R
 
R
L
 
I
A
 
T
L
 
V
G
 
L
G
 
G
V
 
G
A
 
G
H
 
S
K
 
T
P
 
A
W
 
I
R
 
R
A
 
C
T
 
Q
E
 
E
A
 
A
E
 
E
R
 
N
V
 
I
L
 
L

1ffuC Carbon monoxide dehydrogenase from hydrogenophaga pseudoflava which lacks the mo-pyranopterin moiety of the molybdenum cofactor (see paper)
27% identity, 80% coverage: 4:266/327 of query aligns to 6:220/287 of 1ffuC

query
sites
1ffuC
F
 
F
A
 
E
Y
 
Y
A
 
H
R
 
A
A
 
P
A
 
K
D
 
S
L
 
V
E
 
G
A
 
E
A
 
A
V
 
V
K
 
A
L
 
L
L
 
L
S
 
G
K
 
Q
T
 
L
-
 
G
P
 
S
N
 
D
A
 
A
K
|
K
L
|
L
L
|
L
G
x
A
G
|
G
G
|
G
T
x
H
N
x
S
L
|
L
V
 
L
D
 
P
L
 
M
M
 
M
R
 
K
E
 
L
N
 
R
I
 
F
E
 
A
Q
 
Q
P
 
P
D
 
E
A
 
H
L
 
L
V
 
I
D
 
D
V
x
I
T
 
N
G
 
R
L
 
I
P
 
P
L
 
E
D
 
L
R
 
R
I
 
G
E
 
I
E
 
R
R
 
E
P
 
E
D
 
G
G
 
S
G
 
T
L
 
V
V
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
A
T
 
M
V
 
T
R
 
V
N
 
E
T
 
N
A
 
D
V
 
L
A
 
I
G
 
S
H
 
S
P
 
P
V
 
I
V
 
V
R
 
Q
D
 
A
R
 
R
Y
 
L
P
 
P
L
 
L
L
 
L
A
 
A
Q
 
E
A
 
A
I
 
A
V
 
K
F
 
L
G
x
I
A
|
A
S
 
D
G
 
P
Q
 
Q
I
x
V
R
 
R
N
 
N
M
 
R
A
x
G
T
|
T
V
 
I
A
 
G
G
|
G
N
x
D
L
 
I
M
x
A
Q
 
-
R
 
-
T
 
-
R
 
-
C
 
-
L
 
-
Y
 
-
F
 
-
Y
 
-
D
 
-
H
|
H
A
 
G
A
 
D
R
 
P
C
 
G
N
|
N
K
x
D
R
 
-
A
 
-
P
 
-
G
 
-
A
 
-
G
 
-
C
 
-
D
 
-
A
 
-
I
 
-
G
 
-
G
 
-
F
 
-
N
 
-
R
 
-
M
 
-
H
 
-
A
 
-
I
 
-
L
 
-
G
 
-
A
 
-
S
 
-
D
 
-
S
 
-
C
 
-
I
 
-
A
 
-
T
 
-
H
 
H
P
 
P
S
 
-
D
 
-
M
 
-
C
 
-
V
 
-
A
 
A
L
 
L
A
 
S
-
 
I
A
 
A
L
 
V
D
 
E
A
 
A
K
 
H
V
 
F
N
 
V
V
 
L
I
 
E
G
 
G
P
 
P
S
 
N
G
 
G
A
 
R
R
 
R
T
 
T
I
 
V
A
 
P
F
 
A
E
 
D
E
 
G
F
 
F
H
 
F
R
 
-
L
 
-
P
 
-
E
 
-
D
 
-
T
 
L
P
 
G
D
 
T
I
 
Y
E
 
M
T
 
T
D
 
L
L
|
L
Q
 
E
P
 
E
G
 
N
E
 
E
L
x
V
I
x
M
T
 
V
G
 
E
I
 
I
E
 
R
I
 
V
P
 
P
P
 
A
L
 
F
-
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
T
G
 
G
F
 
W
A
 
A
R
 
Y
R
 
E
S
x
K
L
 
L
Y
 
K
R
 
R
K
 
K
V
 
T
R
x
G
D
|
D
R
x
W
A
 
A
S
 
T
Y
 
A
A
 
G
F
 
C
A
 
A
L
 
V
V
 
V
S
 
-
V
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
M
E
 
R
V
 
K
D
 
S
S
 
G
G
 
G
K
 
T
V
 
V
R
 
S
N
 
H
V
 
I
R
 
R
L
 
I
A
 
A
L
 
L
G
 
T
G
 
N
V
 
V
A
 
A

1t3qC Crystal structure of quinoline 2-oxidoreductase from pseudomonas putida 86 (see paper)
24% identity, 85% coverage: 3:281/327 of query aligns to 5:232/285 of 1t3qC

query
sites
1t3qC
S
 
A
F
 
F
A
 
S
Y
 
Y
A
 
R
R
 
A
A
 
P
A
 
A
D
 
S
L
 
L
E
 
Q
A
 
E
A
 
V
V
 
I
K
 
Q
L
 
V
L
 
L
S
 
A
K
 
D
T
 
D
P
 
P
N
 
D
A
 
A
K
 
R
L
x
I
L
x
I
G
x
A
G
|
G
G
|
G
T
x
Q
N
x
S
L
|
L
V
 
L
D
 
P
L
 
L
M
 
L
R
 
A
E
 
F
N
 
R
I
 
L
E
 
V
Q
 
Y
P
 
P
D
 
S
A
 
C
L
 
L
V
 
V
D
 
D
V
x
L
T
 
R
G
 
N
L
 
V
P
 
S
L
 
E
D
 
L
R
 
F
I
 
E
E
 
I
E
 
S
R
 
Q
P
 
S
D
 
A
G
 
G
G
 
I
L
 
L
V
 
S
I
 
V
G
 
G
A
 
A
T
 
M
V
 
V
R
 
T
N
x
H
T
 
F
A
 
R
V
 
N
A
 
K
G
 
T
H
 
D
P
 
P
V
 
T
V
 
V
R
 
A
D
 
K
R
 
C
Y
 
V
P
 
P
L
 
I
L
 
L
A
 
P
Q
 
K
A
 
V
I
 
L
V
 
A
F
 
H
G
x
V
A
|
A
S
 
H
G
 
Q
Q
 
A
I
x
V
R
 
R
N
 
N
M
 
R
A
x
G
T
|
T
V
 
L
A
x
G
G
|
G
N
x
S
L
 
L
M
 
-
Q
 
-
R
 
-
T
 
-
R
 
-
C
 
-
L
 
-
Y
 
-
F
 
-
Y
 
-
D
 
-
H
 
-
A
 
-
A
 
-
R
 
-
C
 
-
N
 
-
K
 
-
R
 
-
A
 
-
P
 
-
G
 
-
A
 
-
G
 
-
C
 
-
D
 
-
A
 
-
I
 
-
G
 
-
G
 
-
F
 
-
N
 
-
R
 
-
M
x
A
H
|
H
A
 
A
I
 
D
L
 
A
G
 
G
A
|
A
S
 
-
D
 
-
S
 
-
C
 
-
I
 
-
A
 
-
T
 
-
H
 
-
P
 
-
S
 
-
D
x
E
M
 
M
C
 
P
V
 
F
A
 
L
L
 
M
A
 
A
A
 
T
L
 
L
D
 
G
A
 
A
K
 
T
V
 
M
N
 
Y
V
 
I
I
 
A
G
 
S
P
 
S
S
 
A
G
 
G
A
 
V
R
 
R
T
 
S
I
 
V
A
 
S
F
 
A
E
 
T
E
 
D
F
 
F
H
 
M
R
 
K
L
 
-
P
 
-
E
 
-
D
 
-
T
 
-
P
 
G
D
 
H
I
 
Y
E
 
F
T
 
T
D
 
D
L
|
L
Q
 
E
P
 
A
G
 
G
E
 
E
L
x
V
I
x
L
T
 
V
G
 
R
I
 
V
E
 
E
-
 
I
-
 
P
I
 
I
P
 
P
P
 
A
L
 
L
G
 
H
F
 
W
A
 
E
R
 
F
R
 
D
S
 
E
L
 
Y
Y
 
A
R
 
R
K
 
R
V
 
K
R
 
G
D
 
D
R
 
-
A
 
-
S
 
-
Y
 
-
A
 
-
F
x
Y
A
 
A
L
 
L
V
 
V
S
 
M
V
 
A
A
 
A
A
 
A
A
 
G
L
 
L
E
 
S
V
 
M
D
 
Q
S
 
G
G
 
G
K
 
R
V
 
C
R
 
V
N
 
A
V
 
A
R
 
R
L
 
I
A
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
A
V
 
V
A
 
E
H
 
E
K
 
R
P
 
A
W
 
H
R
 
Q
A
 
A
T
 
I
E
 
R
A
 
A
E
 
N
R
 
D
V
 
F
L
 
L
A
 
V
G
 
G

Q0QLF4 Nicotinate dehydrogenase FAD-subunit; NDH; Nicotinic acid hydroxylase FAD-subunit; NAH; EC 1.17.1.5 from Eubacterium barkeri (Clostridium barkeri) (see paper)
25% identity, 100% coverage: 1:327/327 of query aligns to 1:293/296 of Q0QLF4

query
sites
Q0QLF4
M
 
M
K
 
K
S
 
D
F
 
F
A
 
E
Y
 
F
A
 
F
R
 
A
A
 
P
A
 
K
D
 
T
L
 
L
E
 
E
A
 
E
A
 
A
V
 
K
K
 
G
L
 
L
L
 
L
S
 
H
K
 
Q
T
 
Y
P
 
K
N
 
D
A
 
V
-
 
P
-
 
P
K
 
A
L
x
I
L
x
I
G
x
A
G
|
G
G
|
G
T
|
T
N
x
D
L
|
L
V
 
V
D
 
I
L
 
E
M
 
I
R
 
N
E
 
D
N
 
R
I
 
W
E
 
E
Q
 
K
P
 
P
D
 
D
A
 
V
L
 
V
V
 
I
D
 
D
V
 
I
T
 
K
G
 
K
L
 
L
P
 
K
-
 
E
-
 
L
-
 
E
L
 
Y
D
 
I
R
 
R
I
 
V
E
 
E
E
 
E
R
 
N
P
 
T
D
 
-
G
 
-
G
 
-
L
 
I
V
 
H
I
 
I
G
 
G
A
 
A
T
 
L
V
 
S
R
 
T
N
 
F
T
 
T
A
 
Q
V
 
I
A
 
E
G
 
N
H
 
H
P
 
P
V
 
F
V
 
I
R
 
R
D
 
S
R
 
H
Y
 
V
P
 
R
L
 
A
L
 
L
A
 
Y
Q
 
K
A
 
A
I
 
A
V
 
S
F
 
Q
G
 
V
A
x
G
S
 
S
G
 
P
Q
 
Q
I
 
I
R
 
R
N
 
N
M
 
L
A
 
G
T
|
T
V
x
I
A
x
G
G
|
G
N
|
N
L
 
L
M
 
-
Q
 
-
R
 
-
T
 
-
R
 
-
C
 
-
L
 
-
Y
 
-
F
 
-
Y
 
-
D
 
-
H
 
-
A
 
-
A
 
-
R
 
-
C
 
-
N
 
-
K
 
-
R
 
-
A
 
-
P
 
-
G
 
-
A
 
-
G
 
-
C
 
-
D
 
-
A
 
-
I
 
-
G
 
-
G
 
-
F
 
-
N
 
-
R
 
-
M
 
-
H
 
-
A
 
-
I
 
-
L
 
-
G
 
-
A
 
-
S
 
S
D
 
T
S
 
S
C
 
S
I
 
V
A
 
A
T
 
-
H
 
-
P
 
-
S
 
G
D
|
D
M
 
G
C
 
V
V
 
S
A
 
A
L
 
M
A
 
T
A
 
T
L
 
L
D
 
D
A
 
A
K
 
T
V
 
V
N
 
V
V
 
L
I
 
E
G
 
S
P
 
V
S
 
R
G
 
G
A
 
T
R
 
R
T
 
Q
I
 
M
A
 
K
F
 
L
E
 
T
E
 
D
F
 
F
H
 
-
R
 
-
L
 
F
P
 
D
E
 
G
D
 
E
T
 
G
P
 
F
D
 
K
I
 
R
E
x
R
T
 
N
D
 
A
L
 
L
Q
 
E
P
 
A
G
 
D
E
 
E
L
 
I
I
x
M
T
 
T
G
 
E
I
 
V
E
 
I
I
 
I
P
 
D
P
 
R
L
 
P
G
 
D
F
 
A
A
 
H
R
 
S
R
 
A
S
 
S
L
 
A
Y
 
F
R
 
Y
K
|
K
V
 
L
R
 
A
D
 
K
R
 
R
A
 
K
S
 
S
Y
 
L
A
 
A
F
 
I
A
 
S
L
 
V
V
 
I
S
 
G
V
 
G
A
 
G
A
 
M
A
 
A
L
 
V
E
 
K
V
 
V
D
 
D
S
 
D
G
 
A
K
 
G
V
 
V
R
 
C
N
 
T
V
 
W
R
 
A
L
 
S
A
 
M
L
 
R
G
 
G
G
 
G
-
 
C
V
 
I
A
 
G
H
 
R
K
 
Y
P
 
P
W
 
L
R
 
H
A
 
F
T
 
K
E
 
Q
A
 
A
E
 
E
R
 
E
V
 
M
L
 
L
A
 
V
G
 
G
A
 
A
N
 
P
A
 
L
G
 
T
A
 
M
E
 
E
S
 
T
F
 
M
R
 
E
-
 
A
-
 
T
-
 
L
-
 
P
-
 
I
-
 
L
Q
 
H
A
 
D
A
 
T
E
 
V
A
 
Y
E
 
D
L
 
M
A
 
A
P
 
R
A
 
A
R
 
R
G
 
P
-
 
S
-
 
V
L
 
L
A
 
Y
H
 
K
N
 
K
E
 
E
F
 
S
K
 
V
I
 
Q
E
 
G
L
 
V
A
 
F
K
 
K
R
 
K
T
 
L
I
 
F
V
 
V
G
 
D
V
 
I
L
 
L
G
 
D
E
 
Q
L
 
L
A
 
E
G
 
G
G
 
G

3hrdG Crystal structure of nicotinate dehydrogenase (see paper)
25% identity, 88% coverage: 1:289/327 of query aligns to 1:247/292 of 3hrdG

query
sites
3hrdG
M
 
M
K
 
K
S
 
D
F
 
F
A
 
E
Y
 
F
A
 
F
R
 
A
A
 
P
A
 
K
D
 
T
L
 
L
E
 
E
A
 
E
A
 
A
V
 
K
K
 
G
L
 
L
L
 
L
S
 
H
K
 
Q
T
 
Y
P
 
K
N
 
D
A
 
V
-
 
P
-
 
P
K
 
A
L
x
I
L
x
I
G
x
A
G
|
G
G
|
G
T
|
T
N
x
D
L
|
L
V
 
V
D
 
I
L
 
E
M
 
I
R
 
N
E
 
D
N
 
R
I
 
W
E
 
E
Q
 
K
P
 
P
D
 
D
A
 
V
L
 
V
V
 
I
D
 
D
V
x
I
T
 
K
G
 
K
L
 
L
P
 
K
-
 
E
-
 
L
-
 
E
L
 
Y
D
 
I
R
 
R
I
 
V
E
 
E
E
 
E
R
 
N
P
 
T
D
 
-
G
 
-
G
 
-
L
 
I
V
 
H
I
 
I
G
 
G
A
 
A
T
 
L
V
 
S
R
 
T
N
x
F
T
 
T
A
 
Q
V
 
I
A
 
E
G
 
N
H
 
H
P
 
P
V
 
F
V
 
I
R
 
R
D
 
S
R
 
H
Y
 
V
P
 
R
L
 
A
L
 
L
A
 
Y
Q
 
K
A
 
A
I
 
A
V
 
S
F
 
Q
G
x
V
A
x
G
S
 
S
G
 
P
Q
 
Q
I
|
I
R
 
R
N
 
N
M
 
L
A
x
G
T
|
T
V
 
I
A
x
G
G
|
G
N
|
N
L
 
L
M
 
-
Q
 
-
R
 
-
T
 
-
R
 
-
C
 
-
L
 
-
Y
 
-
F
 
-
Y
 
-
D
 
-
H
 
-
A
 
-
A
 
-
R
 
-
C
 
-
N
 
-
K
 
-
R
 
-
A
 
-
P
 
-
G
 
-
A
 
-
G
 
-
C
 
-
D
 
-
A
 
-
I
 
-
G
 
-
G
 
-
F
 
-
N
 
-
R
 
-
M
 
-
H
 
-
A
 
-
I
 
-
L
 
-
G
 
-
A
 
-
S
|
S
D
x
T
S
 
S
C
 
S
I
 
V
A
 
A
T
 
-
H
 
-
P
 
-
S
x
G
D
|
D
M
 
G
C
 
V
V
 
S
A
 
A
L
 
M
A
 
T
A
 
T
L
 
L
D
 
D
A
 
A
K
 
T
V
 
V
N
 
V
V
 
L
I
 
E
G
 
S
P
 
V
S
 
R
G
 
G
A
 
T
R
 
R
T
 
Q
I
 
M
A
 
K
F
 
L
E
 
T
E
 
D
F
 
F
H
 
-
R
 
-
L
 
F
P
 
D
E
 
G
D
 
E
T
 
G
P
 
F
D
 
K
I
 
R
E
x
R
T
 
N
D
 
A
L
|
L
Q
 
E
P
 
A
G
 
D
E
 
E
L
x
I
I
x
M
T
 
T
G
 
E
I
 
V
E
 
I
I
 
I
P
 
D
P
 
R
L
 
P
G
 
D
F
 
A
A
 
H
R
 
S
R
 
A
S
 
S
L
 
A
Y
 
F
R
 
Y
K
|
K
V
 
L
R
 
A
D
 
K
R
 
R
A
 
K
S
 
S
Y
 
L
A
 
A
F
 
I
A
 
S
L
 
V
V
 
I
S
 
G
V
 
G
A
 
G
A
 
M
A
 
A
L
 
V
E
 
K
V
 
V
D
 
D
S
 
D
G
 
A
K
 
G
V
 
V
R
 
C
N
 
T
V
 
W
R
 
A
L
 
S
A
 
M
L
 
R
G
 
G
G
 
G
-
 
C
V
 
I
A
 
G
H
 
R
K
 
Y
P
 
P
W
 
L
R
 
H
A
 
F
T
 
K
E
 
Q
A
 
A
E
 
E
R
 
E
V
 
M
L
 
L
A
 
V
G
 
G
A
 
A
N
 
P
A
 
L
G
 
T
A
 
M
E
 
E
S
 
T
F
 
M

Query Sequence

>SM_b20396 FitnessBrowser__Smeli:SM_b20396
MKSFAYARAADLEAAVKLLSKTPNAKLLGGGTNLVDLMRENIEQPDALVDVTGLPLDRIE
ERPDGGLVIGATVRNTAVAGHPVVRDRYPLLAQAIVFGASGQIRNMATVAGNLMQRTRCL
YFYDHAARCNKRAPGAGCDAIGGFNRMHAILGASDSCIATHPSDMCVALAALDAKVNVIG
PSGARTIAFEEFHRLPEDTPDIETDLQPGELITGIEIPPLGFARRSLYRKVRDRASYAFA
LVSVAAALEVDSGKVRNVRLALGGVAHKPWRATEAERVLAGANAGAESFRQAAEAELAPA
RGLAHNEFKIELAKRTIVGVLGELAGG

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory