SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing SM_b20432 FitnessBrowser__Smeli:SM_b20432 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3l6bA X-ray crystal structure of human serine racemase in complex with malonate a potent inhibitor (see paper)
36% identity, 93% coverage: 7:315/334 of query aligns to 5:312/322 of 3l6bA

query
sites
3l6bA
V
 
I
T
 
S
I
 
F
D
 
A
D
 
D
I
 
V
E
 
E
V
 
K
A
 
A
A
 
H
R
 
I
R
 
N
I
 
I
S
 
R
G
 
D
R
 
S
V
 
I
L
 
H
T
 
L
T
 
T
P
 
P
L
 
V
A
 
L
M
 
T
S
 
S
G
 
S
S
 
I
L
 
L
S
 
N
E
 
Q
L
 
L
C
 
T
G
 
G
V
 
R
P
 
N
V
 
L
G
 
F
L
 
F
K
 
K
L
 
C
E
 
E
H
 
L
H
 
F
Q
 
Q
T
 
K
T
 
T
G
 
G
S
 
S
F
|
F
K
|
K
L
 
I
R
 
R
G
 
G
A
 
A
T
 
L
N
 
N
A
 
A
V
 
V
L
 
R
S
 
S
L
 
L
S
 
V
A
 
R
G
 
K
D
 
P
R
 
K
A
 
A
L
 
-
G
 
-
V
 
V
I
 
V
A
 
T
A
 
H
S
|
S
T
x
S
G
 
G
N
|
N
H
|
H
G
 
G
R
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
T
H
 
Y
A
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
L
E
 
E
G
 
G
S
 
I
V
 
P
A
 
A
T
 
Y
I
 
I
C
 
V
M
 
V
S
 
P
H
 
Q
L
 
T
V
 
A
P
 
P
V
 
D
N
 
C
K
 
K
V
 
K
S
 
L
E
 
A
I
 
I
R
 
Q
R
 
A
L
 
Y
G
 
G
A
 
A
N
 
S
V
 
I
R
 
-
I
 
V
V
 
Y
G
 
C
N
 
E
S
 
P
Q
 
S
D
 
D
E
 
E
A
 
S
Q
x
R
E
 
E
E
 
N
V
 
V
-
 
A
E
 
K
R
 
R
L
 
V
V
 
T
A
 
E
E
 
E
N
 
T
G
 
E
L
 
G
V
 
I
M
 
M
V
 
V
P
 
H
P
 
P
F
 
N
D
 
Q
H
 
E
R
 
P
A
 
A
I
 
V
V
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
L
 
I
G
 
A
L
 
L
E
 
E
V
 
V
V
 
L
A
 
N
Q
 
Q
M
 
V
P
 
P
D
 
L
V
 
V
A
 
D
M
 
A
V
 
L
L
 
V
V
 
V
P
 
P
V
 
V
S
x
G
G
|
G
G
|
G
G
|
G
L
x
M
A
 
L
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
A
 
I
A
 
T
V
 
V
K
 
K
A
 
A
R
 
L
R
 
K
P
 
P
A
 
S
T
 
V
R
 
K
V
 
V
I
 
Y
G
 
A
L
 
A
T
x
E
M
 
P
E
 
S
R
 
N
G
x
A
A
 
D
A
x
D
M
 
C
K
 
Y
A
 
Q
S
 
S
F
 
K
A
 
L
A
 
K
G
 
G
G
 
K
-
 
L
-
 
M
P
 
P
A
 
N
L
 
L
V
 
Y
D
 
P
E
 
P
Q
 
E
P
 
-
S
 
T
L
 
I
A
 
A
D
 
D
S
x
G
L
x
V
G
 
K
G
 
S
G
 
S
I
 
I
G
 
G
L
 
L
D
 
N
N
 
-
R
 
-
V
 
-
T
 
T
F
 
W
R
 
P
M
 
I
C
 
I
R
 
R
E
 
D
L
 
L
L
 
V
D
 
D
D
 
D
I
 
I
I
 
F
L
 
T
L
 
V
T
 
T
E
 
E
A
 
D
E
 
E
I
 
I
A
 
K
A
 
C
G
 
A
M
 
T
R
 
Q
H
 
L
A
 
V
Y
 
W
A
 
E
E
 
R
E
 
M
R
 
K
E
 
L
I
 
L
V
 
I
E
|
E
G
 
P
A
x
T
G
 
A
A
 
G
V
 
V
G
 
G
I
 
V
S
 
A
A
 
A
L
 
V
L
 
L
A
 
S
G
 
Q
K
 
H
I
 
F
K
 
Q
D
 
T
I
 
V
D
 
S
-
 
P
-
 
E
-
 
V
G
 
K
P
 
N
I
 
I
A
 
C
V
 
I
I
 
V
I
x
L
S
|
S
G
|
G
R
 
G
N
 
N
V
 
V
D
 
D
M
 
L

6zspAAA serine racemase bound to atp and malonate. (see paper)
35% identity, 93% coverage: 7:315/334 of query aligns to 4:309/320 of 6zspAAA

query
sites
6zspAAA
V
 
I
T
 
S
I
 
F
D
 
A
D
 
D
I
 
V
E
 
E
V
 
K
A
 
A
A
 
H
R
 
I
R
 
N
I
 
I
S
 
R
G
 
D
R
 
S
V
 
I
L
 
H
T
 
L
T
 
T
P
 
P
L
 
V
A
 
L
M
 
T
S
|
S
G
x
S
S
x
I
L
 
L
S
 
N
E
 
Q
L
 
L
C
 
T
G
 
G
V
 
R
P
 
N
V
 
L
G
 
F
L
 
F
K
 
K
L
 
C
E
 
E
H
 
L
H
 
F
Q
 
Q
T
x
K
T
|
T
G
 
G
S
 
S
F
 
F
K
|
K
L
 
I
R
 
R
G
 
G
A
 
A
T
 
L
N
 
N
A
 
A
V
 
V
L
 
R
S
 
S
L
 
L
S
 
-
A
 
-
G
 
-
D
 
-
R
 
K
A
 
P
L
 
K
G
 
A
V
 
V
I
 
V
A
 
T
A
 
H
S
|
S
T
x
S
G
 
G
N
|
N
H
|
H
G
 
G
R
x
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
T
H
 
Y
A
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
L
E
 
E
G
 
G
S
 
I
V
 
P
A
 
A
T
 
Y
I
 
I
C
 
V
M
 
V
S
 
P
H
 
Q
L
 
T
V
 
A
P
 
P
V
 
D
N
 
C
K
 
K
V
 
K
S
 
L
E
 
A
I
 
I
R
 
Q
R
 
A
L
x
Y
G
 
G
A
 
A
N
 
S
V
 
I
R
 
-
I
 
V
V
 
Y
G
 
C
N
 
E
S
 
P
Q
 
S
D
 
D
E
 
E
A
 
S
Q
x
R
E
 
E
E
 
N
V
 
V
-
 
A
E
 
K
R
 
R
L
 
V
V
 
T
A
 
E
E
 
E
N
 
T
G
 
E
L
 
G
V
 
I
M
 
M
V
 
V
P
 
H
P
 
P
F
 
N
D
 
Q
H
 
E
R
 
P
A
 
A
I
 
V
V
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
L
 
I
G
 
A
L
 
L
E
 
E
V
 
V
V
 
L
A
 
N
Q
 
Q
M
 
V
P
 
P
D
 
L
V
 
V
A
 
D
M
 
A
V
 
L
L
 
V
V
 
V
P
 
P
V
 
V
S
 
G
G
 
G
G
 
G
G
 
G
L
 
M
A
 
L
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
A
 
I
A
 
T
V
 
V
K
 
K
A
 
A
R
 
L
R
 
K
P
 
P
A
 
S
T
 
V
R
 
K
V
 
V
I
 
Y
G
 
A
L
 
A
T
x
E
M
 
P
E
 
S
R
 
N
G
x
A
A
 
D
A
x
D
M
 
C
K
 
Y
A
 
Q
S
 
S
F
 
K
A
 
L
A
 
K
G
 
G
G
 
K
-
 
L
-
 
M
P
 
P
A
 
N
L
 
L
V
 
Y
D
 
P
E
 
P
Q
 
E
P
 
-
S
 
T
L
 
I
A
 
A
D
 
D
S
x
G
L
 
V
G
 
K
G
x
S
G
 
S
I
 
I
G
 
G
L
 
L
D
 
N
N
 
-
R
 
-
V
 
-
T
 
T
F
 
W
R
 
P
M
 
I
C
 
I
R
 
R
E
 
D
L
 
L
L
 
V
D
 
D
D
 
D
I
 
I
I
 
F
L
 
T
L
 
V
T
 
T
E
 
E
A
 
D
E
 
E
I
 
I
A
 
K
A
 
C
G
 
A
M
 
T
R
 
Q
H
 
L
A
 
V
Y
 
W
A
x
E
E
x
R
E
 
M
R
x
K
E
 
L
I
 
L
V
 
I
E
 
E
G
 
P
A
 
T
G
 
A
A
 
G
V
 
V
G
 
G
I
 
V
S
 
A
A
 
A
L
 
V
L
 
L
A
 
S
G
 
Q
K
 
H
I
 
F
K
 
Q
D
 
T
I
 
V
D
 
S
-
 
P
-
 
E
-
 
V
G
 
K
P
 
N
I
 
I
A
 
C
V
 
I
I
 
V
I
x
L
S
|
S
G
 
G
R
 
G
N
|
N
V
 
V
D
 
D
M
 
L

7nbgDDD structure of human serine racemase in complex with DSiP fragment Z52314092, XChem fragment screen (see paper)
36% identity, 92% coverage: 7:314/334 of query aligns to 4:310/310 of 7nbgDDD

query
sites
7nbgDDD
V
 
I
T
 
S
I
 
F
D
 
A
D
 
D
I
 
V
E
 
E
V
 
K
A
 
A
A
 
H
R
 
I
R
 
N
I
 
I
S
 
R
G
 
D
R
 
S
V
 
I
L
 
H
T
 
L
T
 
T
P
 
P
L
 
V
A
 
L
M
 
T
S
 
S
G
 
S
S
 
I
L
 
L
S
 
N
E
 
Q
L
 
L
C
 
T
G
 
G
V
 
R
P
 
N
V
 
L
G
 
F
L
 
F
K
 
K
L
 
C
E
 
E
H
 
L
H
 
F
Q
 
Q
T
 
K
T
 
T
G
 
G
S
 
S
F
|
F
K
|
K
L
 
I
R
 
R
G
 
G
A
 
A
T
 
L
N
 
N
A
 
A
V
 
V
L
 
R
S
 
S
L
 
L
S
 
V
A
 
R
G
 
K
D
 
P
R
 
K
A
 
A
L
 
-
G
 
-
V
 
V
I
 
V
A
 
T
A
 
H
S
 
S
T
x
S
G
 
G
N
|
N
H
 
H
G
 
G
R
x
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
T
H
 
Y
A
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
L
E
 
E
G
 
G
S
 
I
V
 
P
A
 
A
T
 
Y
I
|
I
C
 
V
M
 
V
S
 
P
H
 
Q
L
 
T
V
 
A
P
 
P
V
 
D
N
 
C
K
 
K
V
 
K
S
 
L
E
 
A
I
 
I
R
 
Q
R
 
A
L
x
Y
G
 
G
A
 
A
N
 
S
V
 
I
R
 
-
I
 
V
V
 
Y
G
 
C
N
 
E
S
 
P
Q
 
S
D
 
D
E
 
E
A
 
S
Q
 
R
E
 
E
E
 
N
V
 
V
-
 
A
E
 
K
R
 
R
L
 
V
V
 
T
A
 
E
E
 
E
N
 
T
G
 
E
L
 
G
V
 
I
M
 
M
V
 
V
P
 
H
P
 
P
F
 
N
D
 
Q
H
 
E
R
 
P
A
 
A
I
 
V
V
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
L
 
I
G
 
A
L
 
L
E
 
E
V
 
V
V
 
L
A
 
N
Q
 
Q
M
 
V
P
 
P
D
 
L
V
 
V
A
 
D
M
 
A
V
 
L
L
 
V
V
 
V
P
 
P
V
 
V
S
x
G
G
|
G
G
|
G
G
|
G
L
x
M
A
 
L
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
A
 
I
A
 
T
V
 
V
K
 
K
A
 
A
R
 
L
R
 
K
P
 
P
A
 
S
T
 
V
R
 
K
V
 
V
I
 
Y
G
 
A
L
 
A
T
x
E
M
 
P
E
 
S
R
 
N
G
x
A
A
 
D
A
x
D
M
 
C
K
 
Y
A
 
Q
S
 
S
F
 
K
A
 
L
A
 
K
G
 
G
G
 
K
-
 
L
-
 
M
P
 
P
A
 
N
L
 
L
V
 
Y
D
 
P
E
 
P
Q
 
E
P
 
-
S
 
T
L
 
I
A
 
A
D
 
D
S
x
G
L
x
V
G
 
K
G
 
S
G
 
S
I
 
I
G
 
G
L
 
L
D
x
N
N
 
-
R
 
-
V
 
-
T
 
T
F
 
W
R
 
P
M
 
I
C
 
I
R
 
R
E
 
D
L
 
L
L
 
V
D
 
D
D
 
D
I
 
I
I
 
F
L
 
T
L
 
V
T
 
T
E
 
E
A
 
D
E
 
E
I
 
I
A
 
K
A
 
C
G
 
A
M
 
T
R
 
Q
H
 
L
A
 
V
Y
 
W
A
 
E
E
 
R
E
 
M
R
 
K
E
 
L
I
 
L
V
 
I
E
|
E
G
 
P
A
x
T
G
 
A
A
 
G
V
 
V
G
 
G
I
 
V
S
 
A
A
 
A
L
 
V
L
 
L
A
 
S
G
 
Q
K
 
H
I
 
F
K
 
Q
D
 
T
I
 
V
D
 
S
-
 
P
-
 
E
-
 
V
G
 
K
P
 
N
I
 
I
A
 
C
V
 
I
I
 
V
I
x
L
S
|
S
G
|
G
R
 
G
N
 
N
V
 
V
D
 
D

Sites not aligning to the query:

7nbfAAA structure of human serine racemase in complex with DSiP fragment Z126932614, XChem fragment screen (see paper)
35% identity, 93% coverage: 7:315/334 of query aligns to 4:316/323 of 7nbfAAA

query
sites
7nbfAAA
V
 
I
T
 
S
I
 
F
D
 
A
D
 
D
I
 
V
E
 
E
V
 
K
A
 
A
A
 
H
R
 
I
R
 
N
I
 
I
S
 
R
G
 
D
R
 
S
V
 
I
L
x
H
T
x
L
T
|
T
P
|
P
L
 
V
A
x
L
M
x
T
S
 
S
G
 
S
S
 
I
L
 
L
S
 
N
E
 
Q
L
 
L
C
 
T
G
 
G
V
 
R
P
 
N
V
 
L
G
 
F
L
 
F
K
 
K
L
 
C
E
 
E
H
 
L
H
x
F
Q
 
Q
T
 
K
T
 
T
G
 
G
S
 
S
F
|
F
K
|
K
L
 
I
R
 
R
G
 
G
A
 
A
T
 
L
N
 
N
A
 
A
V
 
V
L
 
R
S
 
S
L
 
L
-
 
V
-
 
P
-
 
D
S
 
A
A
 
L
G
 
E
D
 
R
R
 
K
A
 
P
L
 
K
G
 
A
V
 
V
I
 
V
A
 
T
A
 
H
S
 
S
T
x
S
G
 
G
N
|
N
H
 
H
G
 
G
R
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
T
H
 
Y
A
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
L
E
 
E
G
 
G
S
 
I
V
 
P
A
 
A
T
 
Y
I
 
I
C
 
V
M
 
V
S
 
P
H
 
Q
L
 
T
V
 
A
P
 
P
V
 
D
N
 
C
K
 
K
V
 
K
S
 
L
E
 
A
I
 
I
R
 
Q
R
 
A
L
 
Y
G
 
G
A
 
A
N
 
S
V
 
I
R
 
-
I
 
V
V
 
Y
G
 
C
N
 
E
S
 
P
Q
 
S
D
 
D
E
 
E
A
 
S
Q
 
R
E
 
E
E
 
N
V
 
V
-
 
A
E
 
K
R
 
R
L
 
V
V
 
T
A
 
E
E
 
E
N
 
T
G
 
E
L
 
G
V
 
I
M
 
M
V
 
V
P
 
H
P
 
P
F
 
N
D
 
Q
H
 
E
R
 
P
A
 
A
I
 
V
V
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
L
 
I
G
 
A
L
 
L
E
 
E
V
 
V
V
 
L
A
 
N
Q
 
Q
M
 
V
P
 
P
D
 
L
V
 
V
A
 
D
M
 
A
V
 
L
L
 
V
V
 
V
P
 
P
V
 
V
S
x
G
G
|
G
G
|
G
G
|
G
L
x
M
A
 
L
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
A
 
I
A
 
T
V
 
V
K
 
K
A
 
A
R
 
L
R
 
K
P
 
P
A
 
S
T
 
V
R
 
K
V
 
V
I
 
Y
G
 
A
L
 
A
T
x
E
M
 
P
E
 
S
R
 
N
G
x
A
A
 
D
A
x
D
M
 
C
K
 
Y
A
 
Q
S
 
S
F
 
K
A
 
L
A
 
K
G
 
G
G
 
K
-
 
L
-
 
M
P
 
P
A
 
N
L
 
L
V
 
Y
D
 
P
E
 
P
Q
 
E
P
 
-
S
 
T
L
 
I
A
 
A
D
 
D
S
x
G
L
x
V
G
 
K
G
 
S
G
 
S
I
 
I
G
 
G
L
 
L
D
x
N
N
 
-
R
 
-
V
 
-
T
 
T
F
 
W
R
 
P
M
 
I
C
 
I
R
 
R
E
 
D
L
 
L
L
 
V
D
 
D
D
 
D
I
 
I
I
 
F
L
 
T
L
 
V
T
 
T
E
 
E
A
 
D
E
 
E
I
 
I
A
 
K
A
 
C
G
 
A
M
 
T
R
 
Q
H
 
L
A
 
V
Y
 
W
A
 
E
E
 
R
E
 
M
R
 
K
E
 
L
I
 
L
V
 
I
E
 
E
G
 
P
A
x
T
G
 
A
A
 
G
V
 
V
G
 
G
I
 
V
S
 
A
A
 
A
L
 
V
L
 
L
A
 
S
G
 
Q
K
 
H
I
 
F
K
 
Q
D
 
T
I
 
V
D
 
S
-
 
P
-
 
E
-
 
V
G
 
K
P
 
N
I
 
I
A
 
C
V
 
I
I
 
V
I
x
L
S
|
S
G
|
G
R
 
G
N
 
N
V
 
V
D
 
D
M
 
L

Sites not aligning to the query:

7nbdAAA structure of human serine racemase in complex with DSiP fragment Z235449082, XChem fragment screen (see paper)
35% identity, 93% coverage: 7:315/334 of query aligns to 4:316/323 of 7nbdAAA

query
sites
7nbdAAA
V
 
I
T
 
S
I
 
F
D
 
A
D
 
D
I
 
V
E
 
E
V
 
K
A
 
A
A
 
H
R
 
I
R
 
N
I
 
I
S
 
R
G
 
D
R
 
S
V
 
I
L
 
H
T
 
L
T
 
T
P
 
P
L
 
V
A
 
L
M
 
T
S
 
S
G
 
S
S
 
I
L
 
L
S
 
N
E
 
Q
L
 
L
C
 
T
G
 
G
V
 
R
P
 
N
V
 
L
G
 
F
L
 
F
K
 
K
L
 
C
E
 
E
H
 
L
H
 
F
Q
 
Q
T
 
K
T
 
T
G
 
G
S
 
S
F
|
F
K
|
K
L
 
I
R
 
R
G
 
G
A
 
A
T
 
L
N
 
N
A
 
A
V
 
V
L
 
R
S
 
S
L
 
L
-
 
V
-
 
P
-
 
D
S
 
A
A
 
L
G
 
E
D
 
R
R
 
K
A
 
P
L
 
K
G
 
A
V
 
V
I
 
V
A
 
T
A
 
H
S
 
S
T
x
S
G
 
G
N
|
N
H
 
H
G
 
G
R
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
T
H
 
Y
A
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
L
E
 
E
G
 
G
S
 
I
V
 
P
A
 
A
T
 
Y
I
 
I
C
 
V
M
 
V
S
 
P
H
 
Q
L
 
T
V
 
A
P
 
P
V
 
D
N
 
C
K
 
K
V
 
K
S
 
L
E
 
A
I
 
I
R
 
Q
R
 
A
L
 
Y
G
 
G
A
 
A
N
 
S
V
 
I
R
 
-
I
 
V
V
 
Y
G
 
C
N
 
E
S
 
P
Q
 
S
D
 
D
E
 
E
A
 
S
Q
 
R
E
 
E
E
 
N
V
 
V
-
 
A
E
 
K
R
 
R
L
 
V
V
 
T
A
 
E
E
 
E
N
 
T
G
 
E
L
 
G
V
 
I
M
 
M
V
 
V
P
 
H
P
 
P
F
 
N
D
 
Q
H
 
E
R
 
P
A
 
A
I
 
V
V
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
L
 
I
G
 
A
L
 
L
E
 
E
V
 
V
V
 
L
A
 
N
Q
 
Q
M
 
V
P
 
P
D
 
L
V
 
V
A
 
D
M
 
A
V
 
L
L
 
V
V
 
V
P
 
P
V
 
V
S
x
G
G
|
G
G
|
G
G
|
G
L
x
M
A
 
L
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
A
 
I
A
 
T
V
 
V
K
 
K
A
 
A
R
 
L
R
 
K
P
 
P
A
 
S
T
 
V
R
 
K
V
 
V
I
 
Y
G
 
A
L
 
A
T
x
E
M
 
P
E
 
S
R
 
N
G
x
A
A
 
D
A
x
D
M
 
C
K
 
Y
A
 
Q
S
 
S
F
 
K
A
 
L
A
 
K
G
 
G
G
 
K
-
 
L
-
 
M
P
 
P
A
 
N
L
 
L
V
 
Y
D
 
P
E
 
P
Q
 
E
P
 
-
S
 
T
L
 
I
A
 
A
D
 
D
S
x
G
L
x
V
G
 
K
G
 
S
G
 
S
I
 
I
G
 
G
L
 
L
D
x
N
N
 
-
R
 
-
V
 
-
T
 
T
F
 
W
R
 
P
M
 
I
C
 
I
R
 
R
E
 
D
L
 
L
L
 
V
D
 
D
D
 
D
I
 
I
I
 
F
L
 
T
L
 
V
T
 
T
E
 
E
A
 
D
E
 
E
I
 
I
A
 
K
A
 
C
G
 
A
M
 
T
R
 
Q
H
 
L
A
 
V
Y
x
W
A
 
E
E
 
R
E
 
M
R
 
K
E
 
L
I
x
L
V
 
I
E
|
E
G
 
P
A
x
T
G
 
A
A
 
G
V
 
V
G
 
G
I
 
V
S
 
A
A
 
A
L
 
V
L
 
L
A
 
S
G
 
Q
K
 
H
I
 
F
K
 
Q
D
 
T
I
 
V
D
 
S
-
 
P
-
 
E
-
 
V
G
 
K
P
 
N
I
 
I
A
 
C
V
 
I
I
 
V
I
x
L
S
|
S
G
|
G
R
 
G
N
 
N
V
|
V
D
 
D
M
x
L

Sites not aligning to the query:

7nbcCCC structure of human serine racemase in complex with DSiP fragment Z2856434779, XChem fragment screen (see paper)
35% identity, 93% coverage: 7:315/334 of query aligns to 4:316/323 of 7nbcCCC

query
sites
7nbcCCC
V
 
I
T
 
S
I
 
F
D
 
A
D
 
D
I
 
V
E
 
E
V
 
K
A
 
A
A
 
H
R
 
I
R
 
N
I
 
I
S
 
R
G
 
D
R
 
S
V
 
I
L
 
H
T
 
L
T
 
T
P
 
P
L
 
V
A
 
L
M
 
T
S
 
S
G
 
S
S
 
I
L
 
L
S
 
N
E
 
Q
L
 
L
C
 
T
G
 
G
V
 
R
P
 
N
V
 
L
G
 
F
L
 
F
K
 
K
L
 
C
E
 
E
H
 
L
H
 
F
Q
 
Q
T
 
K
T
 
T
G
 
G
S
 
S
F
|
F
K
|
K
L
 
I
R
 
R
G
 
G
A
 
A
T
 
L
N
 
N
A
 
A
V
 
V
L
 
R
S
 
S
L
 
L
-
 
V
-
 
P
-
 
D
S
 
A
A
 
L
G
 
E
D
 
R
R
 
K
A
 
P
L
 
K
G
 
A
V
 
V
I
 
V
A
x
T
A
x
H
S
 
S
T
x
S
G
 
G
N
|
N
H
|
H
G
 
G
R
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
T
H
 
Y
A
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
L
E
 
E
G
 
G
S
 
I
V
 
P
A
 
A
T
 
Y
I
 
I
C
 
V
M
 
V
S
 
P
H
 
Q
L
 
T
V
 
A
P
 
P
V
 
D
N
 
C
K
 
K
V
 
K
S
 
L
E
 
A
I
 
I
R
 
Q
R
 
A
L
 
Y
G
 
G
A
 
A
N
 
S
V
 
I
R
 
-
I
 
V
V
 
Y
G
 
C
N
 
E
S
 
P
Q
 
S
D
 
D
E
 
E
A
 
S
Q
 
R
E
 
E
E
 
N
V
 
V
-
 
A
E
 
K
R
 
R
L
 
V
V
 
T
A
 
E
E
 
E
N
 
T
G
 
E
L
 
G
V
 
I
M
 
M
V
|
V
P
x
H
P
|
P
F
 
N
D
 
Q
H
 
E
R
 
P
A
 
A
I
 
V
V
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
L
 
I
G
 
A
L
 
L
E
 
E
V
 
V
V
 
L
A
 
N
Q
 
Q
M
 
V
P
 
P
D
 
L
V
 
V
A
 
D
M
 
A
V
 
L
L
 
V
V
 
V
P
 
P
V
 
V
S
x
G
G
|
G
G
|
G
G
|
G
L
x
M
A
 
L
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
A
 
I
A
 
T
V
 
V
K
 
K
A
 
A
R
 
L
R
 
K
P
 
P
A
 
S
T
 
V
R
 
K
V
 
V
I
 
Y
G
 
A
L
 
A
T
x
E
M
 
P
E
 
S
R
 
N
G
x
A
A
 
D
A
x
D
M
 
C
K
 
Y
A
 
Q
S
 
S
F
 
K
A
 
L
A
 
K
G
 
G
G
 
K
-
 
L
-
 
M
P
 
P
A
 
N
L
 
L
V
 
Y
D
 
P
E
 
P
Q
 
E
P
 
-
S
 
T
L
 
I
A
 
A
D
 
D
S
x
G
L
x
V
G
 
K
G
 
S
G
 
S
I
 
I
G
 
G
L
 
L
D
 
N
N
 
-
R
 
-
V
 
-
T
 
T
F
 
W
R
 
P
M
 
I
C
 
I
R
 
R
E
 
D
L
 
L
L
 
V
D
 
D
D
 
D
I
 
I
I
 
F
L
 
T
L
 
V
T
 
T
E
 
E
A
 
D
E
 
E
I
 
I
A
 
K
A
 
C
G
 
A
M
 
T
R
 
Q
H
 
L
A
 
V
Y
 
W
A
 
E
E
 
R
E
 
M
R
 
K
E
 
L
I
 
L
V
 
I
E
 
E
G
 
P
A
x
T
G
 
A
A
 
G
V
 
V
G
 
G
I
 
V
S
 
A
A
 
A
L
 
V
L
 
L
A
 
S
G
 
Q
K
 
H
I
 
F
K
 
Q
D
 
T
I
 
V
D
 
S
-
 
P
-
 
E
-
 
V
G
 
K
P
 
N
I
 
I
A
 
C
V
 
I
I
 
V
I
x
L
S
|
S
G
|
G
R
 
G
N
 
N
V
 
V
D
 
D
M
 
L

7nbcAAA structure of human serine racemase in complex with DSiP fragment Z2856434779, XChem fragment screen (see paper)
35% identity, 93% coverage: 7:315/334 of query aligns to 4:316/323 of 7nbcAAA

query
sites
7nbcAAA
V
 
I
T
 
S
I
 
F
D
 
A
D
 
D
I
 
V
E
 
E
V
 
K
A
 
A
A
 
H
R
 
I
R
 
N
I
 
I
S
 
R
G
 
D
R
 
S
V
 
I
L
 
H
T
 
L
T
 
T
P
 
P
L
 
V
A
 
L
M
 
T
S
 
S
G
 
S
S
 
I
L
 
L
S
 
N
E
 
Q
L
 
L
C
 
T
G
 
G
V
 
R
P
 
N
V
 
L
G
 
F
L
 
F
K
 
K
L
 
C
E
 
E
H
 
L
H
 
F
Q
 
Q
T
 
K
T
 
T
G
 
G
S
 
S
F
|
F
K
|
K
L
 
I
R
 
R
G
 
G
A
 
A
T
 
L
N
 
N
A
 
A
V
 
V
L
 
R
S
 
S
L
 
L
-
 
V
-
 
P
-
 
D
S
 
A
A
 
L
G
 
E
D
 
R
R
 
K
A
 
P
L
 
K
G
 
A
V
 
V
I
 
V
A
 
T
A
 
H
S
 
S
T
x
S
G
 
G
N
|
N
H
 
H
G
 
G
R
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
T
H
 
Y
A
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
L
E
 
E
G
 
G
S
 
I
V
 
P
A
 
A
T
 
Y
I
 
I
C
 
V
M
 
V
S
 
P
H
 
Q
L
 
T
V
 
A
P
 
P
V
 
D
N
 
C
K
 
K
V
 
K
S
 
L
E
 
A
I
 
I
R
 
Q
R
 
A
L
 
Y
G
 
G
A
 
A
N
 
S
V
 
I
R
 
-
I
 
V
V
 
Y
G
 
C
N
 
E
S
 
P
Q
 
S
D
 
D
E
 
E
A
 
S
Q
 
R
E
 
E
E
 
N
V
 
V
-
 
A
E
 
K
R
 
R
L
 
V
V
 
T
A
 
E
E
 
E
N
 
T
G
 
E
L
 
G
V
 
I
M
 
M
V
 
V
P
 
H
P
 
P
F
 
N
D
 
Q
H
 
E
R
 
P
A
 
A
I
 
V
V
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
L
 
I
G
 
A
L
 
L
E
 
E
V
 
V
V
 
L
A
 
N
Q
 
Q
M
 
V
P
 
P
D
 
L
V
 
V
A
 
D
M
 
A
V
 
L
L
 
V
V
 
V
P
 
P
V
 
V
S
x
G
G
|
G
G
|
G
G
|
G
L
x
M
A
 
L
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
A
 
I
A
 
T
V
 
V
K
 
K
A
 
A
R
 
L
R
 
K
P
 
P
A
 
S
T
 
V
R
 
K
V
 
V
I
 
Y
G
 
A
L
 
A
T
x
E
M
 
P
E
 
S
R
 
N
G
x
A
A
 
D
A
x
D
M
 
C
K
 
Y
A
 
Q
S
 
S
F
 
K
A
 
L
A
 
K
G
 
G
G
 
K
-
 
L
-
 
M
P
 
P
A
 
N
L
 
L
V
 
Y
D
 
P
E
 
P
Q
 
E
P
 
-
S
 
T
L
 
I
A
 
A
D
 
D
S
x
G
L
x
V
G
 
K
G
 
S
G
 
S
I
 
I
G
 
G
L
 
L
D
x
N
N
 
-
R
 
-
V
 
-
T
 
T
F
 
W
R
 
P
M
 
I
C
 
I
R
 
R
E
 
D
L
 
L
L
 
V
D
 
D
D
 
D
I
 
I
I
 
F
L
 
T
L
 
V
T
 
T
E
 
E
A
 
D
E
 
E
I
 
I
A
 
K
A
 
C
G
 
A
M
 
T
R
 
Q
H
 
L
A
 
V
Y
 
W
A
 
E
E
 
R
E
 
M
R
 
K
E
 
L
I
 
L
V
 
I
E
 
E
G
 
P
A
x
T
G
 
A
A
 
G
V
 
V
G
 
G
I
 
V
S
 
A
A
 
A
L
 
V
L
 
L
A
 
S
G
 
Q
K
 
H
I
 
F
K
 
Q
D
 
T
I
 
V
D
 
S
-
 
P
-
 
E
-
 
V
G
 
K
P
 
N
I
 
I
A
 
C
V
 
I
I
 
V
I
x
L
S
|
S
G
|
G
R
 
G
N
 
N
V
 
V
D
 
D
M
 
L

Sites not aligning to the query:

7nbgAAA structure of human serine racemase in complex with DSiP fragment Z52314092, XChem fragment screen (see paper)
35% identity, 93% coverage: 7:315/334 of query aligns to 4:316/322 of 7nbgAAA

query
sites
7nbgAAA
V
 
I
T
 
S
I
 
F
D
 
A
D
 
D
I
 
V
E
 
E
V
 
K
A
 
A
A
 
H
R
 
I
R
 
N
I
 
I
S
 
R
G
 
D
R
 
S
V
 
I
L
 
H
T
 
L
T
 
T
P
 
P
L
 
V
A
 
L
M
 
T
S
 
S
G
 
S
S
 
I
L
 
L
S
 
N
E
 
Q
L
 
L
C
 
T
G
 
G
V
 
R
P
 
N
V
 
L
G
 
F
L
 
F
K
 
K
L
 
C
E
 
E
H
 
L
H
 
F
Q
 
Q
T
 
K
T
 
T
G
 
G
S
 
S
F
|
F
K
|
K
L
 
I
R
 
R
G
 
G
A
 
A
T
 
L
N
 
N
A
 
A
V
 
V
L
 
R
S
 
S
L
 
L
-
 
V
-
 
P
-
 
D
S
 
A
A
 
L
G
 
E
D
 
R
R
 
K
A
 
P
L
 
K
G
 
A
V
 
V
I
 
V
A
 
T
A
 
H
S
 
S
T
x
S
G
 
G
N
|
N
H
 
H
G
|
G
R
x
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
T
H
 
Y
A
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
L
E
 
E
G
 
G
S
 
I
V
 
P
A
 
A
T
 
Y
I
|
I
C
 
V
M
 
V
S
 
P
H
 
Q
L
 
T
V
 
A
P
 
P
V
 
D
N
 
C
K
|
K
V
 
K
S
 
L
E
 
A
I
|
I
R
 
Q
R
 
A
L
x
Y
G
 
G
A
 
A
N
 
S
V
 
I
R
 
-
I
 
V
V
 
Y
G
 
C
N
 
E
S
 
P
Q
 
S
D
 
D
E
 
E
A
 
S
Q
 
R
E
 
E
E
 
N
V
 
V
-
 
A
E
 
K
R
 
R
L
 
V
V
 
T
A
 
E
E
 
E
N
 
T
G
 
E
L
 
G
V
 
I
M
 
M
V
 
V
P
 
H
P
 
P
F
 
N
D
 
Q
H
 
E
R
 
P
A
 
A
I
 
V
V
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
L
 
I
G
 
A
L
 
L
E
 
E
V
 
V
V
 
L
A
 
N
Q
 
Q
M
 
V
P
 
P
D
 
L
V
 
V
A
 
D
M
 
A
V
 
L
L
 
V
V
 
V
P
 
P
V
 
V
S
x
G
G
|
G
G
|
G
G
|
G
L
x
M
A
 
L
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
A
 
I
A
 
T
V
 
V
K
 
K
A
 
A
R
 
L
R
 
K
P
 
P
A
 
S
T
 
V
R
 
K
V
 
V
I
 
Y
G
 
A
L
 
A
T
x
E
M
 
P
E
 
S
R
 
N
G
x
A
A
 
D
A
x
D
M
 
C
K
 
Y
A
 
Q
S
 
S
F
 
K
A
 
L
A
 
K
G
 
G
G
 
K
-
 
L
-
 
M
P
 
P
A
 
N
L
 
L
V
 
Y
D
 
P
E
 
P
Q
 
E
P
 
-
S
 
T
L
 
I
A
 
A
D
 
D
S
x
G
L
x
V
G
 
K
G
 
S
G
 
S
I
 
I
G
 
G
L
 
L
D
 
N
N
 
-
R
 
-
V
 
-
T
 
T
F
 
W
R
 
P
M
 
I
C
 
I
R
 
R
E
 
D
L
 
L
L
 
V
D
 
D
D
 
D
I
 
I
I
 
F
L
 
T
L
 
V
T
 
T
E
 
E
A
 
D
E
 
E
I
 
I
A
 
K
A
 
C
G
 
A
M
 
T
R
 
Q
H
 
L
A
 
V
Y
 
W
A
 
E
E
 
R
E
 
M
R
 
K
E
 
L
I
 
L
V
 
I
E
 
E
G
 
P
A
x
T
G
 
A
A
 
G
V
 
V
G
 
G
I
 
V
S
 
A
A
 
A
L
 
V
L
 
L
A
 
S
G
 
Q
K
 
H
I
 
F
K
 
Q
D
 
T
I
 
V
D
 
S
-
 
P
-
 
E
-
 
V
G
 
K
P
 
N
I
 
I
A
 
C
V
 
I
I
 
V
I
x
L
S
|
S
G
|
G
R
 
G
N
 
N
V
 
V
D
 
D
M
 
L

7nbhAAA structure of human serine racemase in complex with DSiP fragment Z26781964, XChem fragment screen (see paper)
35% identity, 93% coverage: 7:315/334 of query aligns to 4:316/320 of 7nbhAAA

query
sites
7nbhAAA
V
 
I
T
 
S
I
 
F
D
 
A
D
 
D
I
 
V
E
 
E
V
 
K
A
 
A
A
 
H
R
 
I
R
 
N
I
 
I
S
 
R
G
 
D
R
 
S
V
 
I
L
 
H
T
 
L
T
 
T
P
 
P
L
 
V
A
 
L
M
 
T
S
 
S
G
 
S
S
 
I
L
 
L
S
 
N
E
 
Q
L
 
L
C
 
T
G
 
G
V
 
R
P
 
N
V
 
L
G
 
F
L
 
F
K
 
K
L
 
C
E
 
E
H
 
L
H
 
F
Q
 
Q
T
 
K
T
 
T
G
 
G
S
 
S
F
 
F
K
|
K
L
 
I
R
 
R
G
 
G
A
 
A
T
 
L
N
 
N
A
 
A
V
 
V
L
 
R
S
 
S
L
 
L
-
 
V
-
 
P
-
 
D
S
 
A
A
 
L
G
 
E
D
 
R
R
 
K
A
 
P
L
 
K
G
 
A
V
 
V
I
 
V
A
 
T
A
 
H
S
 
S
T
x
S
G
 
G
N
 
N
H
 
H
G
|
G
R
x
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
T
H
 
Y
A
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
L
E
 
E
G
 
G
S
 
I
V
 
P
A
 
A
T
 
Y
I
 
I
C
 
V
M
 
V
S
 
P
H
 
Q
L
 
T
V
 
A
P
 
P
V
 
D
N
 
C
K
|
K
V
 
K
S
 
L
E
 
A
I
|
I
R
 
Q
R
 
A
L
x
Y
G
 
G
A
 
A
N
 
S
V
 
I
R
 
-
I
 
V
V
 
Y
G
 
C
N
 
E
S
 
P
Q
 
S
D
 
D
E
 
E
A
 
S
Q
 
R
E
 
E
E
 
N
V
 
V
-
 
A
E
 
K
R
 
R
L
 
V
V
 
T
A
 
E
E
 
E
N
 
T
G
 
E
L
 
G
V
 
I
M
 
M
V
 
V
P
 
H
P
 
P
F
 
N
D
 
Q
H
 
E
R
 
P
A
 
A
I
 
V
V
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
L
 
I
G
 
A
L
 
L
E
 
E
V
 
V
V
 
L
A
 
N
Q
 
Q
M
 
V
P
 
P
D
 
L
V
 
V
A
 
D
M
 
A
V
 
L
L
 
V
V
 
V
P
 
P
V
 
V
S
 
G
G
 
G
G
 
G
G
 
G
L
 
M
A
 
L
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
A
 
I
A
 
T
V
 
V
K
 
K
A
 
A
R
 
L
R
 
K
P
 
P
A
 
S
T
 
V
R
 
K
V
 
V
I
 
Y
G
 
A
L
 
A
T
x
E
M
 
P
E
 
S
R
 
N
G
x
A
A
 
D
A
x
D
M
 
C
K
 
Y
A
 
Q
S
 
S
F
 
K
A
 
L
A
 
K
G
 
G
G
 
K
-
 
L
-
 
M
P
 
P
A
 
N
L
 
L
V
 
Y
D
 
P
E
 
P
Q
 
E
P
 
-
S
 
T
L
 
I
A
 
A
D
|
D
S
x
G
L
 
V
G
 
K
G
 
S
G
 
S
I
 
I
G
 
G
L
 
L
D
 
N
N
 
-
R
 
-
V
 
-
T
 
T
F
 
W
R
 
P
M
 
I
C
 
I
R
 
R
E
 
D
L
 
L
L
 
V
D
 
D
D
 
D
I
 
I
I
 
F
L
 
T
L
 
V
T
 
T
E
 
E
A
 
D
E
 
E
I
 
I
A
 
K
A
 
C
G
 
A
M
 
T
R
 
Q
H
 
L
A
 
V
Y
 
W
A
 
E
E
 
R
E
 
M
R
 
K
E
 
L
I
 
L
V
 
I
E
 
E
G
x
P
A
 
T
G
 
A
A
 
G
V
 
V
G
 
G
I
 
V
S
 
A
A
 
A
L
 
V
L
 
L
A
 
S
G
 
Q
K
 
H
I
 
F
K
 
Q
D
 
T
I
 
V
D
 
S
-
 
P
-
 
E
-
 
V
G
 
K
P
 
N
I
 
I
A
 
C
V
 
I
I
 
V
I
x
L
S
|
S
G
 
G
R
 
G
N
|
N
V
|
V
D
|
D
M
 
L

Q7XSN8 Serine racemase; D-serine dehydratase; D-serine ammonia-lyase; L-serine dehydratase; L-serine ammonia-lyase; EC 5.1.1.18; EC 4.3.1.18; EC 4.3.1.17 from Oryza sativa subsp. japonica (Rice) (see paper)
34% identity, 92% coverage: 9:315/334 of query aligns to 21:329/339 of Q7XSN8

query
sites
Q7XSN8
I
 
I
D
 
H
D
 
S
I
 
I
E
 
R
V
 
E
A
 
A
A
 
Q
R
 
A
R
 
R
I
 
I
S
 
A
G
 
P
R
 
Y
V
 
V
L
 
H
T
 
K
T
 
T
P
 
P
L
 
V
A
 
L
M
 
S
S
 
S
G
 
T
S
 
S
L
 
I
S
 
D
E
 
A
L
 
I
C
 
V
G
 
G
V
 
K
P
 
Q
V
 
L
G
 
F
L
 
F
K
 
K
L
 
C
E
 
E
H
 
C
H
 
F
Q
 
Q
T
 
K
T
 
A
G
 
G
S
 
A
F
 
F
K
 
K
L
 
I
R
 
R
G
 
G
A
 
A
T
 
S
N
 
N
A
 
S
V
 
I
L
 
F
S
 
A
L
 
L
S
 
D
A
 
D
G
 
D
D
 
E
R
 
A
A
 
S
L
 
K
G
 
G
V
 
V
I
 
V
A
 
T
A
 
H
S
 
S
T
 
S
G
 
G
N
 
N
H
 
H
G
 
A
R
 
A
A
 
A
L
 
V
A
 
A
H
 
L
A
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
L
E
 
R
G
 
G
S
 
I
V
 
P
A
 
A
T
 
Y
I
 
I
C
 
V
M
 
I
S
 
P
H
 
R
L
 
N
V
 
A
P
 
P
V
 
A
N
 
C
K
 
K
V
 
V
S
 
D
E
 
N
I
 
V
R
 
K
R
 
R
L
 
Y
G
 
G
A
 
G
N
 
H
V
 
I
R
 
-
I
 
I
V
 
W
G
 
S
N
 
D
S
 
V
Q
 
S
D
 
I
E
 
E
A
 
S
Q
 
R
E
 
E
E
 
S
V
 
V
-
 
A
E
 
K
R
 
R
L
 
V
V
 
Q
A
 
E
E
 
E
N
 
T
G
 
G
L
 
A
V
 
I
M
 
L
V
 
V
P
 
H
P
 
P
F
 
F
D
 
N
H
 
N
R
 
K
A
 
N
I
 
T
V
 
I
A
 
S
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
L
 
V
G
 
S
L
 
L
E
 
E
V
 
L
V
 
L
A
 
E
Q
 
E
M
 
V
P
 
P
D
 
E
V
 
I
A
 
D
M
 
T
V
 
I
L
 
I
V
 
V
P
 
P
V
 
I
S
 
S
G
 
G
G
 
G
G
 
G
L
 
L
A
 
I
A
 
S
G
 
G
V
 
V
A
 
A
A
 
L
A
 
A
V
 
A
K
 
K
A
 
A
R
 
I
R
 
N
P
 
P
A
 
S
T
 
I
R
 
R
V
 
I
I
 
L
G
 
A
L
 
A
T
x
E
M
 
P
E
 
K
R
 
G
G
 
A
A
 
D
A
x
D
M
 
S
K
 
A
A
 
Q
S
 
S
F
 
K
A
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
K
P
 
I
A
 
I
L
 
T
V
 
L
D
 
P
E
 
S
Q
 
T
P
 
N
S
 
T
L
 
I
A
 
A
D
 
D
S
 
G
L
 
L
G
 
R
G
 
A
G
 
F
I
 
L
G
 
G
L
 
-
D
 
-
N
 
-
R
 
D
V
 
L
T
 
T
F
 
W
R
 
P
M
 
V
C
 
V
R
 
R
E
 
D
L
 
L
L
 
V
D
 
D
D
 
D
I
 
I
I
 
I
L
 
V
L
 
V
T
 
D
E
 
D
A
 
N
E
 
A
I
 
I
A
 
V
A
 
D
G
 
A
M
 
M
R
 
K
H
 
M
A
 
C
Y
 
Y
A
 
E
E
 
M
E
 
L
R
 
K
E
 
V
I
 
A
V
 
V
E
 
E
G
 
P
A
 
S
G
 
G
A
 
A
V
 
I
G
 
G
I
 
L
S
 
A
A
 
A
L
 
A
L
 
L
A
 
S
G
 
D
K
 
E
I
 
F
K
 
K
D
 
Q
I
 
S
-
 
S
-
 
A
-
 
W
-
 
H
-
 
E
D
 
S
G
 
S
P
 
K
I
 
I
A
 
G
V
 
I
I
 
I
I
 
V
S
 
S
G
 
G
R
 
G
N
 
N
V
 
V
D
 
D
M
 
L

2gn2A Crystal structure of tetrameric biodegradative threonine deaminase (tdcb) from salmonella typhimurium in complex with cmp at 2.5a resolution (hexagonal form) (see paper)
36% identity, 94% coverage: 1:315/334 of query aligns to 1:315/326 of 2gn2A

query
sites
2gn2A
M
 
I
S
 
T
V
 
Y
S
 
D
L
 
L
P
 
P
V
 
V
T
 
A
I
 
I
D
 
E
D
 
D
I
 
I
E
 
L
V
 
E
A
 
A
A
 
K
R
 
K
R
 
R
I
 
L
S
 
A
G
 
G
R
 
K
V
 
I
L
 
Y
T
 
K
T
 
T
P
 
G
L
 
M
A
 
P
M
 
R
S
 
S
G
 
N
S
 
Y
L
 
F
S
 
S
E
 
E
L
 
R
C
 
C
G
 
K
V
 
G
P
 
E
V
 
I
G
 
F
L
 
L
K
 
K
L
 
F
E
 
E
H
 
N
H
 
M
Q
 
Q
T
x
R
T
|
T
G
|
G
S
 
S
F
 
F
K
|
K
L
 
I
R
 
R
G
 
G
A
 
A
T
 
F
N
 
N
A
 
K
V
 
L
L
 
S
S
 
S
L
 
L
S
 
T
A
 
E
G
 
A
D
 
E
R
 
K
A
 
R
L
 
K
G
 
G
V
 
V
I
 
V
A
 
A
A
 
C
S
 
S
T
x
A
G
 
G
N
 
N
H
 
H
G
 
A
R
 
Q
A
 
G
L
 
V
A
 
S
H
 
L
A
 
S
A
 
C
K
 
A
A
 
M
E
 
L
G
 
G
S
 
I
V
 
D
A
 
G
T
 
K
I
 
V
C
 
V
M
 
M
S
 
P
H
 
K
L
 
G
V
 
A
P
 
P
V
 
K
N
 
S
K
 
K
V
 
V
S
 
A
E
x
A
I
 
T
R
 
C
R
x
D
L
x
Y
G
 
S
A
 
A
N
 
E
V
 
V
R
 
V
I
 
L
V
 
H
G
 
G
N
 
D
S
 
N
Q
 
F
D
 
N
E
 
D
A
 
T
Q
 
I
E
 
A
E
 
K
V
 
V
E
 
S
R
 
E
L
 
I
V
 
V
A
 
E
E
 
T
N
 
E
G
 
G
L
 
R
V
 
I
M
 
F
V
 
I
P
 
P
P
 
P
F
 
Y
D
 
D
H
 
D
R
 
P
A
 
K
I
 
V
V
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
L
 
I
G
 
G
L
 
L
E
 
E
V
 
I
V
 
M
A
 
E
Q
 
D
M
 
L
P
 
Y
D
 
D
V
 
V
A
 
D
M
 
N
V
 
V
L
 
I
V
 
V
P
 
P
V
 
I
S
 
G
G
 
G
G
 
G
G
 
G
L
 
L
A
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
A
 
I
A
 
A
V
 
I
K
 
K
A
 
S
R
 
I
R
 
N
P
 
P
A
 
T
T
 
I
R
 
K
V
 
V
I
 
I
G
 
G
L
 
V
T
x
Q
M
 
A
E
 
E
R
 
N
G
x
V
A
 
H
A
x
G
M
 
M
K
 
A
A
 
A
S
 
S
F
 
Y
A
 
Y
A
 
T
G
 
G
G
 
E
P
 
I
A
 
T
L
 
T
V
 
H
D
 
R
E
 
T
Q
 
T
P
 
G
S
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
S
 
-
L
 
-
G
|
G
G
 
C
G
 
D
I
 
V
G
 
S
L
 
R
D
 
P
N
 
G
R
 
N
V
 
L
T
 
T
F
 
Y
R
 
E
M
 
I
C
 
V
R
 
R
E
 
E
L
 
L
L
 
V
D
 
D
D
 
D
I
 
I
I
 
V
L
 
L
L
 
V
T
 
S
E
 
E
A
 
D
E
 
E
I
 
I
A
 
R
A
 
N
G
 
S
M
 
M
R
 
I
H
 
A
A
 
L
Y
 
I
A
 
Q
E
 
R
E
 
N
R
 
K
E
 
V
I
 
I
V
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
A
V
 
L
G
 
A
I
 
C
S
 
A
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
S
G
 
G
K
 
K
I
 
L
K
 
D
D
 
S
-
 
H
-
 
I
I
 
Q
D
 
N
G
 
R
P
 
K
I
 
T
A
 
V
V
 
S
I
 
I
I
|
I
S
|
S
G
 
G
R
 
G
N
|
N
V
 
I
D
 
D
M
 
L

A4F2N8 L-threo-3-hydroxyaspartate ammonia-lyase; L-threo-3-hydroxyaspartate dehydratase; L-THA DH; EC 4.3.1.16 from Pseudomonas sp. (see paper)
32% identity, 95% coverage: 8:324/334 of query aligns to 5:319/319 of A4F2N8

query
sites
A4F2N8
T
 
S
I
 
Y
D
 
H
D
 
D
I
 
V
E
 
I
V
 
K
A
 
A
A
 
A
R
 
E
R
 
R
I
 
L
S
 
E
G
 
G
R
 
F
V
 
A
L
 
N
T
 
R
T
 
T
P
 
P
L
 
V
A
 
F
M
 
T
S
 
S
G
 
R
S
 
T
L
 
L
S
 
D
E
 
A
L
 
E
C
 
T
G
 
G
V
 
A
P
 
Q
V
 
V
G
 
F
L
 
I
K
 
K
L
 
C
E
 
E
H
 
N
H
 
L
Q
 
Q
T
 
R
T
 
T
G
 
G
S
 
S
F
 
F
K
|
K
L
 
F
R
 
R
G
 
G
A
 
A
T
 
F
N
 
N
A
 
A
V
 
L
L
 
S
S
 
R
L
 
F
S
 
D
A
 
E
G
 
A
D
 
Q
R
 
R
A
 
K
L
 
A
G
 
G
V
 
V
I
 
V
A
 
A
A
 
F
S
 
S
T
 
S
G
 
G
N
 
N
H
 
H
G
 
A
R
 
Q
A
 
G
L
 
I
A
 
A
H
 
L
A
 
A
A
 
A
K
 
R
A
 
L
E
 
L
G
 
Q
S
 
M
V
 
P
A
 
A
T
 
T
I
 
I
C
 
V
M
 
M
S
 
P
H
 
T
L
 
D
V
 
A
P
 
P
V
 
A
N
 
A
K
 
K
V
 
V
S
 
A
E
 
A
I
 
T
R
 
R
R
 
E
L
 
Y
G
 
G
A
 
A
N
 
T
V
 
V
R
 
-
I
 
V
V
 
F
G
 
Y
N
 
D
S
 
R
Q
 
I
D
 
T
E
 
E
A
 
D
Q
 
R
E
 
E
E
 
Q
V
 
I
E
 
G
R
 
R
L
 
T
V
 
L
A
 
A
E
 
E
-
 
Q
N
 
H
G
 
G
L
 
M
V
 
T
M
 
L
V
 
I
P
 
P
P
 
S
F
 
Y
D
 
D
H
 
H
R
 
P
A
 
D
I
 
V
V
 
L
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
L
 
A
G
 
A
L
 
K
E
 
E
V
 
L
V
 
L
A
 
E
Q
 
F
M
 
T
P
 
G
D
 
P
V
 
L
A
 
D
M
 
A
V
 
L
L
 
F
V
 
V
P
 
G
V
 
L
S
 
G
G
 
G
G
 
G
G
 
G
L
 
M
A
 
L
A
 
S
G
 
G
V
 
T
A
 
A
A
 
L
A
 
A
V
 
T
K
 
R
A
 
A
R
 
L
R
 
S
P
 
P
A
 
D
T
 
C
R
 
L
V
 
L
I
 
Y
G
 
G
L
 
V
T
 
E
M
 
P
E
 
E
R
 
A
G
 
G
A
 
N
A
 
D
M
 
G
K
 
Q
A
 
R
S
 
S
F
 
F
A
 
Q
A
 
T
G
 
G
G
 
S
P
 
I
A
 
V
L
 
H
V
 
I
D
 
D
E
 
T
Q
 
P
P
 
A
S
 
T
L
 
I
A
 
A
D
 
D
S
 
-
L
 
-
G
 
G
G
 
A
G
 
Q
I
 
T
G
 
Q
L
 
H
D
 
L
N
 
G
R
 
N
V
 
H
T
 
T
F
 
F
R
 
P
M
 
I
C
 
I
R
 
R
E
 
E
L
 
N
L
 
V
D
 
N
D
 
D
I
 
I
I
 
L
L
 
T
L
 
V
T
 
S
E
 
D
A
 
A
E
 
E
I
 
L
A
 
V
A
 
E
G
 
S
M
 
M
R
 
R
H
 
F
A
 
F
Y
 
M
A
 
Q
E
 
R
E
 
M
R
 
K
E
 
M
I
 
V
V
 
V
E
 
E
G
 
P
A
 
T
G
 
G
A
 
C
V
 
L
G
 
G
I
 
L
S
 
A
A
 
A
L
 
L
L
 
R
A
 
N
G
 
L
K
 
K
I
 
Q
K
 
Q
D
 
F
I
 
R
D
 
G
G
 
Q
P
 
R
I
 
V
A
 
G
V
 
I
I
 
I
I
 
V
S
 
T
G
 
G
R
 
G
N
 
N
V
 
V
D
 
D
M
 
I
D
 
E
L
 
K
H
 
Y
L
 
A
R
 
S
V
 
L
M
 
L
N
 
K
G
 
G

5cvcA Structure of maize serine racemase (see paper)
34% identity, 92% coverage: 9:315/334 of query aligns to 5:313/329 of 5cvcA

query
sites
5cvcA
I
 
I
D
 
D
D
 
S
I
 
I
E
 
R
V
 
E
A
 
A
A
 
Q
R
 
A
R
 
R
I
 
I
S
 
A
G
 
P
R
 
Y
V
 
V
L
 
H
T
 
R
T
 
T
P
 
P
L
 
V
A
 
M
M
 
S
S
 
S
G
 
T
S
 
S
L
 
I
S
 
D
E
 
A
L
 
M
C
 
V
G
 
G
V
 
K
P
 
K
V
 
L
G
 
F
L
 
F
K
 
K
L
 
C
E
 
E
H
 
C
H
 
F
Q
 
Q
T
 
K
T
 
A
G
 
G
S
 
A
F
|
F
K
|
K
L
 
I
R
 
R
G
 
G
A
 
A
T
 
S
N
 
N
A
 
S
V
 
I
L
 
F
S
 
A
L
 
L
S
 
D
A
 
D
G
 
E
D
 
Q
R
 
V
A
 
S
L
 
K
G
 
G
V
 
V
I
 
V
A
 
T
A
 
H
S
 
S
T
x
S
G
 
G
N
|
N
H
 
H
G
 
A
R
 
A
A
 
A
L
 
V
A
 
A
H
 
L
A
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
L
E
 
R
G
 
G
S
 
I
V
 
P
A
 
A
T
 
H
I
 
I
C
 
V
M
 
I
S
 
P
H
 
R
L
 
N
V
 
A
P
 
P
V
 
A
N
 
S
K
 
K
V
 
V
S
 
E
E
 
N
I
 
V
R
 
K
R
 
C
L
 
Y
G
 
G
A
 
G
N
 
H
V
 
I
R
 
-
I
 
I
V
 
W
G
 
S
N
 
D
S
 
A
Q
 
S
D
 
I
E
 
E
A
 
S
Q
 
R
E
 
E
E
 
Y
V
 
V
-
 
S
E
 
K
R
 
R
L
 
V
V
 
Q
A
 
E
E
 
E
N
 
T
G
 
G
L
 
A
V
 
V
M
 
L
V
 
I
P
 
H
P
 
P
F
 
I
D
 
N
H
 
S
R
 
K
A
 
Y
I
 
T
V
 
I
A
 
S
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
L
 
V
G
 
S
L
 
L
E
 
E
V
 
L
V
 
L
A
 
E
Q
 
Q
M
 
V
P
 
P
D
 
E
V
 
I
A
 
D
M
 
T
V
 
I
L
 
I
V
 
V
P
 
P
V
 
I
S
|
S
G
|
G
G
|
G
G
|
G
L
 
L
A
 
I
A
 
S
G
 
G
V
 
V
A
 
A
A
 
L
A
 
A
V
 
A
K
 
K
A
 
A
R
 
I
R
 
N
P
 
P
A
 
S
T
 
I
R
 
R
V
 
I
I
 
L
G
 
A
L
 
A
T
x
E
M
 
P
E
 
K
R
 
G
G
x
A
A
 
D
A
x
D
M
 
S
K
 
A
A
 
Q
S
 
S
F
 
K
A
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
K
P
 
I
A
 
I
L
 
T
V
 
L
D
 
P
E
 
S
Q
 
T
P
 
N
S
 
T
L
 
I
A
 
A
D
 
D
S
x
G
L
|
L
G
 
R
G
 
A
G
 
F
I
 
L
G
 
G
L
 
-
D
 
-
N
 
-
R
 
D
V
 
L
T
 
T
F
 
W
R
 
P
M
 
V
C
 
V
R
 
R
E
 
D
L
 
L
L
 
V
D
 
D
D
 
D
I
 
V
I
 
I
L
 
V
L
 
V
T
 
D
E
 
D
A
 
T
E
 
A
I
 
I
A
 
V
A
 
D
G
 
A
M
 
M
R
 
K
H
 
M
A
 
C
Y
 
Y
A
 
E
E
 
I
E
 
L
R
 
K
E
 
V
I
 
A
V
 
V
E
|
E
G
 
P
A
 
S
G
 
G
A
 
A
V
 
I
G
 
G
I
 
L
S
 
A
A
 
A
L
 
A
L
 
L
A
 
S
G
 
D
K
 
E
I
 
F
K
 
K
D
 
Q
I
 
S
-
 
S
-
 
A
-
 
W
-
 
H
-
 
E
D
 
S
G
 
S
P
 
K
I
 
I
A
 
G
V
 
I
I
 
I
I
x
V
S
|
S
G
|
G
R
 
G
N
 
N
V
 
V
D
 
D
M
 
L