SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing SM_b21089 SM_b21089 membrane-anchored racemase to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

5yx6A Crystal structure of rv3272 from m. Tuberculosis orthorhombic form (see paper)
36% identity, 66% coverage: 8:241/356 of query aligns to 5:234/360 of 5yx6A

query
sites
5yx6A
P
 
P
L
 
L
S
 
D
G
 
G
L
 
F
V
 
R
V
 
V
V
 
L
D
 
D
M
 
F
S
 
T
Q
 
Q
F
 
N
L
x
V
S
 
A
G
 
G
P
 
P
Y
 
L
C
 
A
S
 
G
L
 
Q
R
 
V
L
 
L
M
 
V
D
 
D
L
 
L
G
 
G
A
 
A
R
 
E
V
 
V
I
 
I
K
 
K
I
 
V
E
 
E
R
 
A
P
 
P
D
 
-
G
 
G
G
 
G
D
 
E
L
 
A
S
 
A
R
 
R
R
 
Q
L
 
I
Y
 
T
L
 
S
S
 
V
D
 
L
T
 
P
E
 
G
I
 
R
G
 
P
G
 
P
D
 
L
S
 
A
T
 
T
I
 
Y
F
 
F
H
 
L
A
 
P
I
 
N
N
 
N
R
 
R
A
 
G
K
 
K
E
 
K
S
 
S
L
 
V
A
 
T
I
 
V
D
 
D
L
 
L
K
 
T
N
 
T
E
 
E
A
 
Q
D
 
A
L
 
K
A
 
Q
A
 
Q
L
 
M
K
 
L
R
 
R
L
 
L
L
 
A
A
 
D
Q
 
T
A
 
A
D
 
D
V
 
V
M
 
V
I
 
L
Q
 
E
N
x
A
F
|
F
R
|
R
P
 
P
G
 
G
V
 
T
I
 
M
E
 
E
R
 
K
L
 
L
G
 
G
L
 
L
D
 
G
Y
 
P
E
 
D
A
 
D
V
 
L
R
 
R
A
 
S
I
 
R
N
 
N
P
 
P
R
 
N
I
 
L
V
 
I
Y
 
Y
A
 
A
S
 
R
I
 
L
S
 
T
G
 
A
Y
 
Y
G
 
G
E
 
G
E
 
N
G
 
G
P
 
P
W
 
H
V
 
G
K
 
S
R
 
R
P
|
P
G
 
G
Q
 
I
D
|
D
L
 
L
L
 
V
A
 
V
Q
 
A
S
 
A
R
 
E
S
 
A
G
 
G
V
 
M
M
 
T
W
 
T
-
 
G
L
 
M
N
 
P
G
 
T
D
 
P
E
 
E
G
 
G
Q
 
K
G
 
P
P
 
Q
-
 
I
V
 
I
P
 
P
F
 
F
G
 
Q
L
 
L
A
 
V
I
 
-
G
 
-
D
|
D
M
 
N
L
 
A
A
 
S
G
 
G
A
 
H
A
 
V
A
 
L
A
 
A
Q
 
Q
G
 
A
I
 
V
L
 
L
A
 
A
A
 
A
L
 
L
V
 
L
R
 
H
R
 
R
G
 
E
I
 
R
S
 
N
G
 
G
N
 
V
G
 
A
S
 
D
L
 
V
V
 
V
E
 
Q
T
 
V
S
 
A
L
 
M
L
 
Y
E
 
D
A
 
V
L
 
A
V
 
V
D
 
G
F
 
L
Q
 
Q
F
 
A
E
 
N
V
 
Q
L
 
L
T
 
M
T
 
M
H
 
H
L
 
L
N
 
N
D
 
-
G
 
-
G
 
-
R
 
R
L
x
T
P
 
Q
K
 
P
R
 
S
S
 
D
A
 
A
F
 
F
R
 
R
S
 
T
A
 
A
H
 
D
A
 
G
Y
 
Y
L
 
I

Sites not aligning to the query:

1pt8A Crystal structure of the yfdw gene product of e. Coli, in complex with oxalate and acetyl-coa (see paper)
32% identity, 67% coverage: 8:246/356 of query aligns to 4:236/416 of 1pt8A

query
sites
1pt8A
P
 
P
L
 
L
S
 
Q
G
 
G
L
 
I
V
 
K
V
 
V
V
 
L
D
 
D
M
 
F
S
 
T
Q
 
G
F
x
V
L
x
Q
S
|
S
G
 
G
P
 
P
Y
 
S
C
 
C
S
 
T
L
 
Q
R
 
M
L
 
L
M
 
A
D
 
W
L
 
F
G
 
G
A
 
A
R
 
D
V
 
V
I
 
I
K
 
K
I
 
I
E
|
E
R
|
R
P
 
P
D
 
G
G
 
V
G
 
G
D
 
D
L
 
V
S
 
T
R
 
R
R
 
H
L
x
Q
Y
x
L
L
 
R
S
 
D
D
 
I
T
 
P
E
 
D
I
 
I
G
 
-
G
 
-
D
 
D
S
 
A
T
 
L
I
 
Y
F
 
F
H
 
T
A
 
M
I
 
L
N
 
N
R
 
S
A
 
N
K
 
K
E
 
R
S
 
S
L
 
I
A
 
E
I
x
L
D
x
N
L
x
T
K
|
K
N
 
T
E
 
A
A
 
E
D
 
G
L
 
K
A
 
E
A
 
V
L
 
M
K
 
E
R
 
K
L
 
L
L
 
I
A
 
R
Q
 
E
A
 
A
D
 
D
V
 
I
M
 
L
I
 
V
Q
 
E
N
|
N
F
|
F
R
x
H
P
 
P
G
 
G
V
x
A
I
 
I
E
 
D
R
 
H
L
 
M
G
 
G
L
 
F
D
 
T
Y
 
W
E
 
E
A
 
H
V
 
I
R
 
Q
A
 
E
I
 
I
N
 
N
P
 
P
R
 
R
I
 
L
V
 
I
Y
 
F
A
 
G
S
 
S
I
|
I
S
 
K
G
 
G
Y
 
F
G
 
D
E
 
E
E
 
C
G
 
S
P
 
P
W
 
Y
V
 
V
K
 
N
R
 
V
P
x
K
G
x
A
Q
x
Y
D
x
E
L
 
N
L
 
V
A
 
A
Q
 
Q
S
 
A
R
 
A
S
 
G
G
 
G
V
 
A
M
 
A
W
 
S
L
 
T
N
 
T
G
 
G
D
 
F
E
 
W
G
 
D
Q
 
G
G
 
P
P
 
P
V
 
L
P
 
V
F
 
S
G
 
A
L
 
A
A
 
A
I
 
L
G
 
G
D
|
D
M
 
S
L
 
N
A
 
T
G
 
G
A
 
M
A
 
H
A
 
L
A
 
L
Q
 
I
G
 
G
I
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
A
L
 
L
V
 
L
R
 
H
R
 
R
G
 
E
I
 
K
S
 
T
G
 
G
N
 
R
G
 
G
S
 
Q
L
 
R
V
 
V
E
 
T
T
 
M
S
 
S
L
x
M
L
 
Q
E
 
D
A
 
A
L
 
V
V
 
L
D
 
N
F
 
-
Q
 
-
F
 
-
E
 
-
V
 
L
L
 
C
T
 
R
T
 
V
H
 
K
L
 
L
N
 
R
D
 
D
G
 
Q
G
 
Q
R
 
R
L
 
L
P
 
D
K
 
K
R
 
L
S
 
G
A
 
Y
F
 
L
R
 
E
S
x
E
A
 
Y
H
 
P
A
 
Q
Y
 
Y
L
 
P
A
 
N
A
 
G
P
 
T
Y
 
F
G
 
G

Sites not aligning to the query:

P69902 Formyl-CoA:oxalate CoA-transferase; FCOCT; Formyl-coenzyme A transferase; Formyl-CoA transferase; EC 2.8.3.16 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
32% identity, 67% coverage: 8:246/356 of query aligns to 4:236/416 of P69902

query
sites
P69902
P
 
P
L
 
L
S
 
Q
G
 
G
L
 
I
V
 
K
V
 
V
V
 
L
D
 
D
M
 
F
S
 
T
Q
 
G
F
 
V
L
 
Q
S
 
S
G
 
G
P
 
P
Y
 
S
C
 
C
S
 
T
L
 
Q
R
 
M
L
 
L
M
 
A
D
 
W
L
 
F
G
 
G
A
 
A
R
 
D
V
 
V
I
 
I
K
 
K
I
 
I
E
 
E
R
|
R
P
 
P
D
 
G
G
 
V
G
 
G
D
 
D
L
 
V
S
 
T
R
 
R
R
 
H
L
 
Q
Y
 
L
L
 
R
S
 
D
D
 
I
T
 
P
E
 
D
I
 
I
G
 
-
G
 
-
D
 
D
S
 
A
T
 
L
I
 
Y
F
 
F
H
 
T
A
 
M
I
 
L
N
 
N
R
 
S
A
 
N
K
 
K
E
 
R
S
 
S
L
 
I
A
 
E
I
 
L
D
 
N
L
 
T
K
 
K
N
 
T
E
 
A
A
 
E
D
 
G
L
 
K
A
 
E
A
 
V
L
 
M
K
 
E
R
 
K
L
 
L
L
 
I
A
 
R
Q
 
E
A
 
A
D
 
D
V
 
I
M
 
L
I
 
V
Q
 
E
N
 
N
F
 
F
R
 
H
P
 
P
G
 
G
V
 
A
I
 
I
E
 
D
R
 
H
L
 
M
G
 
G
L
 
F
D
 
T
Y
 
W
E
 
E
A
 
H
V
 
I
R
 
Q
A
 
E
I
 
I
N
 
N
P
 
P
R
 
R
I
 
L
V
 
I
Y
 
F
A
 
G
S
 
S
I
 
I
S
 
K
G
 
G
Y
 
F
G
 
D
E
 
E
E
 
C
G
 
S
P
 
P
W
 
Y
V
 
V
K
 
N
R
 
V
P
 
K
G
 
A
Q
 
Y
D
 
E
L
 
N
L
 
V
A
 
A
Q
 
Q
S
 
A
R
 
A
S
 
G
G
 
G
V
 
A
M
 
A
W
 
S
L
 
T
N
 
T
G
 
G
D
 
F
E
 
W
G
 
D
Q
 
G
G
 
P
P
 
P
V
 
L
P
 
V
F
 
S
G
 
A
L
 
A
A
 
A
I
 
L
G
 
G
D
 
D
M
 
S
L
 
N
A
 
T
G
 
G
A
 
M
A
 
H
A
 
L
A
 
L
Q
 
I
G
 
G
I
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
A
L
 
L
V
 
L
R
 
H
R
 
R
G
 
E
I
 
K
S
 
T
G
 
G
N
 
R
G
 
G
S
 
Q
L
 
R
V
 
V
E
 
T
T
 
M
S
 
S
L
 
M
L
 
Q
E
 
D
A
 
A
L
 
V
V
 
L
D
 
N
F
 
-
Q
 
-
F
 
-
E
 
-
V
 
L
L
 
C
T
 
R
T
 
V
H
 
K
L
 
L
N
 
R
D
 
D
G
 
Q
G
 
Q
R
 
R
L
 
L
P
 
D
K
 
K
R
 
L
S
 
G
A
 
Y
F
 
L
R
 
E
S
 
E
A
 
Y
H
 
P
A
 
Q
Y
 
Y
L
 
P
A
 
N
A
 
G
P
 
T
Y
 
F
G
 
G

1pt5A Crystal structure of gene yfdw of e. Coli (see paper)
32% identity, 67% coverage: 8:246/356 of query aligns to 3:235/415 of 1pt5A

query
sites
1pt5A
P
 
P
L
 
L
S
 
Q
G
 
G
L
 
I
V
 
K
V
 
V
V
 
L
D
 
D
M
x
F
S
 
T
Q
 
G
F
x
V
L
x
Q
S
|
S
G
 
G
P
 
P
Y
 
S
C
 
C
S
 
T
L
 
Q
R
 
M
L
 
L
M
 
A
D
 
W
L
 
F
G
 
G
A
 
A
R
 
D
V
 
V
I
 
I
K
 
K
I
 
I
E
|
E
R
|
R
P
 
P
D
 
G
G
 
V
G
 
G
D
 
D
L
 
V
S
 
T
R
 
R
R
 
H
L
 
Q
Y
 
L
L
 
R
S
 
D
D
 
I
T
 
P
E
 
D
I
 
I
G
 
-
G
 
-
D
 
D
S
 
A
T
 
L
I
 
Y
F
 
F
H
 
T
A
 
M
I
 
L
N
 
N
R
 
S
A
 
N
K
 
K
E
 
R
S
 
S
L
 
I
A
 
E
I
x
L
D
x
N
L
x
T
K
|
K
N
 
T
E
 
A
A
 
E
D
 
G
L
 
K
A
 
E
A
 
V
L
 
M
K
 
E
R
 
K
L
 
L
L
 
I
A
 
R
Q
 
E
A
 
A
D
 
D
V
 
I
M
 
L
I
 
V
Q
 
E
N
|
N
F
|
F
R
x
H
P
 
P
G
 
G
V
x
A
I
 
I
E
 
D
R
 
H
L
 
M
G
 
G
L
 
F
D
 
T
Y
 
W
E
 
E
A
 
H
V
 
I
R
 
Q
A
 
E
I
 
I
N
 
N
P
 
P
R
 
R
I
 
L
V
 
I
Y
 
F
A
 
G
S
 
S
I
|
I
S
x
K
G
 
G
Y
 
F
G
 
D
E
 
E
E
 
C
G
 
S
P
 
P
W
 
Y
V
 
V
K
 
N
R
 
V
P
x
K
G
x
A
Q
x
Y
D
x
E
L
 
N
L
 
V
A
 
A
Q
 
Q
S
 
A
R
 
A
S
 
G
G
 
G
V
 
A
M
 
A
W
 
S
L
 
T
N
 
T
G
 
G
D
 
F
E
 
W
G
 
D
Q
 
G
G
 
P
P
 
P
V
 
L
P
 
V
F
 
S
G
 
A
L
 
A
A
 
A
I
 
L
G
 
G
D
|
D
M
 
S
L
 
N
A
 
T
G
 
G
A
 
M
A
 
H
A
 
L
A
 
L
Q
 
I
G
 
G
I
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
A
L
 
L
V
 
L
R
 
H
R
 
R
G
 
E
I
 
K
S
 
T
G
 
G
N
 
R
G
 
G
S
 
Q
L
 
R
V
 
V
E
 
T
T
 
M
S
 
S
L
x
M
L
 
Q
E
 
D
A
 
A
L
 
V
V
 
L
D
 
N
F
 
-
Q
 
-
F
 
-
E
 
-
V
 
L
L
 
C
T
 
R
T
 
V
H
 
K
L
 
L
N
 
R
D
 
D
G
 
Q
G
 
Q
R
 
R
L
 
L
P
 
D
K
 
K
R
 
L
S
 
G
A
 
Y
F
 
L
R
 
E
S
 
E
A
 
Y
H
 
P
A
 
Q
Y
 
Y
L
 
P
A
 
N
A
 
G
P
 
T
Y
 
F
G
 
G

Sites not aligning to the query:

1q6yA Hypothetical protein yfdw from e. Coli bound to coenzyme a (see paper)
32% identity, 67% coverage: 8:246/356 of query aligns to 4:236/417 of 1q6yA

query
sites
1q6yA
P
 
P
L
 
L
S
 
Q
G
 
G
L
 
I
V
 
K
V
 
V
V
 
L
D
 
D
M
x
F
S
 
T
Q
 
G
F
x
V
L
x
Q
S
|
S
G
 
G
P
 
P
Y
 
S
C
 
C
S
 
T
L
 
Q
R
 
M
L
 
L
M
 
A
D
 
W
L
 
F
G
 
G
A
 
A
R
 
D
V
 
V
I
 
I
K
 
K
I
 
I
E
|
E
R
|
R
P
 
P
D
 
G
G
 
V
G
 
G
D
 
D
L
 
V
S
 
T
R
 
R
R
 
H
L
 
Q
Y
 
L
L
 
R
S
 
D
D
 
I
T
 
P
E
 
D
I
 
I
G
 
-
G
 
-
D
 
D
S
 
A
T
 
L
I
 
Y
F
 
F
H
 
T
A
 
M
I
 
L
N
 
N
R
 
S
A
 
N
K
 
K
E
 
R
S
 
S
L
 
I
A
 
E
I
x
L
D
x
N
L
x
T
K
|
K
N
 
T
E
 
A
A
 
E
D
 
G
L
 
K
A
 
E
A
 
V
L
 
M
K
 
E
R
 
K
L
 
L
L
 
I
A
 
R
Q
 
E
A
 
A
D
 
D
V
 
I
M
 
L
I
 
V
Q
 
E
N
|
N
F
|
F
R
x
H
P
 
P
G
 
G
V
x
A
I
 
I
E
 
D
R
 
H
L
x
M
G
 
G
L
 
F
D
 
T
Y
 
W
E
 
E
A
 
H
V
 
I
R
 
Q
A
 
E
I
 
I
N
 
N
P
 
P
R
 
R
I
 
L
V
 
I
Y
 
F
A
 
G
S
 
S
I
|
I
S
x
K
G
|
G
Y
 
F
G
 
D
E
 
E
E
 
C
G
 
S
P
 
P
W
 
Y
V
 
V
K
 
N
R
 
V
P
x
K
G
x
A
Q
x
Y
D
x
E
L
 
N
L
 
V
A
 
A
Q
 
Q
S
 
A
R
 
A
S
 
G
G
 
G
V
 
A
M
 
A
W
 
S
L
 
T
N
 
T
G
 
G
D
 
F
E
 
W
G
 
D
Q
 
G
G
 
P
P
 
P
V
 
L
P
 
V
F
 
S
G
 
A
L
 
A
A
 
A
I
 
L
G
 
G
D
|
D
M
 
S
L
 
N
A
 
T
G
 
G
A
 
M
A
 
H
A
 
L
A
 
L
Q
 
I
G
 
G
I
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
A
L
 
L
V
 
L
R
 
H
R
 
R
G
 
E
I
 
K
S
 
T
G
 
G
N
 
R
G
 
G
S
 
Q
L
 
R
V
 
V
E
 
T
T
 
M
S
 
S
L
x
M
L
 
Q
E
 
D
A
 
A
L
 
V
V
 
L
D
 
N
F
 
-
Q
 
-
F
 
-
E
 
-
V
 
L
L
 
C
T
 
R
T
 
V
H
 
K
L
 
L
N
 
R
D
 
D
G
 
Q
G
 
Q
R
 
R
L
 
L
P
 
D
K
 
K
R
 
L
S
 
G
A
 
Y
F
 
L
R
 
E
S
 
E
A
 
Y
H
 
P
A
 
Q
Y
 
Y
L
 
P
A
 
N
A
 
G
P
 
T
Y
 
F
G
 
G

Sites not aligning to the query:

1p5rA Formyl-coa transferase in complex with coenzyme a (see paper)
34% identity, 58% coverage: 8:213/356 of query aligns to 3:206/427 of 1p5rA

query
sites
1p5rA
P
 
P
L
 
L
S
 
D
G
 
G
L
 
I
V
 
N
V
 
V
V
 
L
D
 
D
M
 
F
S
 
T
Q
x
H
F
x
V
L
x
Q
S
x
A
G
 
G
P
 
P
Y
 
A
C
 
C
S
 
T
L
 
Q
R
 
M
L
 
M
M
 
G
D
 
F
L
 
L
G
 
G
A
 
A
R
 
N
V
 
V
I
 
I
K
 
K
I
 
I
E
|
E
R
|
R
P
 
R
D
 
G
G
 
S
G
 
G
D
 
D
L
 
M
S
 
T
R
 
R
R
 
G
L
 
-
Y
 
W
L
 
L
S
 
Q
D
 
D
T
 
K
E
 
P
I
 
-
G
 
N
G
 
V
D
 
D
S
 
S
T
 
L
I
 
Y
F
 
F
H
 
T
A
 
M
I
 
F
N
 
N
R
 
C
A
 
N
K
 
K
E
 
R
S
 
S
L
 
I
A
 
E
I
x
L
D
|
D
L
x
M
K
|
K
N
 
T
E
 
P
A
 
E
D
 
G
L
 
K
A
 
E
A
 
L
L
 
L
K
 
E
R
 
Q
L
 
M
L
 
I
A
 
K
Q
 
K
A
 
A
D
 
D
V
 
V
M
 
M
I
 
V
Q
 
E
N
|
N
F
|
F
R
 
G
P
 
P
G
 
G
V
x
A
I
 
L
E
 
D
R
|
R
L
x
M
G
 
G
L
 
F
D
 
T
Y
 
W
E
 
E
A
 
Y
V
 
I
R
 
Q
A
 
E
I
 
L
N
 
N
P
 
P
R
 
R
I
 
V
V
 
I
Y
 
L
A
 
A
S
 
S
I
x
V
S
 
K
G
 
G
Y
 
Y
G
 
A
E
 
E
E
 
G
G
 
H
P
 
A
W
 
N
V
 
E
K
 
H
R
 
L
P
x
K
G
x
V
Q
x
Y
D
x
E
L
 
N
L
 
V
A
 
A
Q
 
Q
S
 
C
R
 
S
S
 
G
G
 
G
V
 
A
M
 
A
W
 
A
L
 
T
N
 
T
G
 
G
D
 
F
E
 
W
G
 
D
Q
 
G
G
 
P
P
 
P
V
 
T
P
 
V
F
 
S
G
 
G
L
 
A
A
 
A
I
 
L
G
 
G
D
|
D
M
 
S
L
 
N
A
 
S
G
 
G
A
 
M
A
 
H
A
 
L
A
 
M
Q
 
I
G
 
G
I
 
I
L
 
L
A
 
A
A
 
A
L
 
L
V
 
E
R
 
M
R
 
R
G
 
H
I
 
K
S
 
T
G
 
G
N
 
R
G
 
G
S
 
Q
L
 
K
V
 
V
E
 
A
T
 
V
S
 
A
L
x
M
L
 
Q
E
 
D
A
 
A
L
 
V
V
 
L
D
 
N
F
 
L

Sites not aligning to the query:

O06644 Formyl-CoA:oxalate CoA-transferase; FCOCT; Formyl-coenzyme A transferase; EC 2.8.3.16 from Oxalobacter formigenes (see 4 papers)
34% identity, 58% coverage: 8:213/356 of query aligns to 4:207/428 of O06644

query
sites
O06644
P
 
P
L
 
L
S
 
D
G
 
G
L
 
I
V
 
N
V
 
V
V
 
L
D
 
D
M
 
F
S
 
T
Q
 
H
F
 
V
L
x
Q
S
 
A
G
 
G
P
 
P
Y
 
A
C
 
C
S
 
T
L
 
Q
R
 
M
L
 
M
M
 
G
D
 
F
L
 
L
G
 
G
A
 
A
R
 
N
V
 
V
I
 
I
K
 
K
I
 
I
E
 
E
R
|
R
P
 
R
D
 
G
G
 
S
G
 
G
D
 
D
L
 
M
S
 
T
R
 
R
R
 
G
L
 
-
Y
x
W
L
 
L
S
 
Q
D
 
D
T
 
K
E
 
P
I
 
-
G
 
N
G
 
V
D
 
D
S
 
S
T
 
L
I
 
Y
F
 
F
H
 
T
A
 
M
I
 
F
N
 
N
R
 
C
A
 
N
K
 
K
E
 
R
S
 
S
L
 
I
A
 
E
I
 
L
D
 
D
L
 
M
K
 
K
N
 
T
E
 
P
A
 
E
D
 
G
L
 
K
A
 
E
A
 
L
L
 
L
K
 
E
R
 
Q
L
 
M
L
 
I
A
 
K
Q
 
K
A
 
A
D
 
D
V
 
V
M
 
M
I
 
V
Q
 
E
N
 
N
F
 
F
R
 
G
P
 
P
G
 
G
V
 
A
I
 
L
E
 
D
R
|
R
L
 
M
G
 
G
L
 
F
D
 
T
Y
 
W
E
 
E
A
 
Y
V
 
I
R
 
Q
A
 
E
I
 
L
N
 
N
P
 
P
R
 
R
I
 
V
V
 
I
Y
 
L
A
 
A
S
 
S
I
 
V
S
 
K
G
 
G
Y
 
Y
G
 
A
E
 
E
E
 
G
G
 
H
P
 
A
W
 
N
V
 
E
K
 
H
R
 
L
P
 
K
G
 
V
Q
 
Y
D
 
E
L
 
N
L
 
V
A
 
A
Q
 
Q
S
 
C
R
 
S
S
 
G
G
 
G
V
 
A
M
 
A
W
 
A
L
 
T
N
 
T
G
 
G
D
 
F
E
 
W
G
 
D
Q
 
G
G
 
P
P
 
P
V
 
T
P
 
V
F
 
S
G
 
G
L
 
A
A
 
A
I
 
L
G
 
G
D
|
D
M
 
S
L
 
N
A
 
S
G
 
G
A
 
M
A
 
H
A
 
L
A
 
M
Q
 
I
G
 
G
I
 
I
L
 
L
A
 
A
A
 
A
L
 
L
V
 
E
R
 
M
R
 
R
G
 
H
I
 
K
S
 
T
G
 
G
N
 
R
G
 
G
S
 
Q
L
 
K
V
 
V
E
 
A
T
 
V
S
 
A
L
 
M
L
 
Q
E
 
D
A
 
A
L
 
V
V
 
L
D
 
N
F
 
L

Sites not aligning to the query:

2vjkA Formyl-coa transferase with aspartyl-coa thioester intermediate derived from oxalyl-coa (see paper)
34% identity, 58% coverage: 8:213/356 of query aligns to 3:206/427 of 2vjkA

query
sites
2vjkA
P
 
P
L
 
L
S
 
D
G
 
G
L
 
I
V
 
N
V
 
V
V
 
L
D
 
D
M
 
F
S
 
T
Q
x
H
F
x
V
L
x
Q
S
x
A
G
 
G
P
 
P
Y
 
A
C
 
C
S
 
T
L
 
Q
R
 
M
L
 
M
M
 
G
D
 
F
L
 
L
G
 
G
A
 
A
R
 
N
V
 
V
I
 
I
K
 
K
I
 
I
E
|
E
R
|
R
P
 
R
D
 
G
G
 
S
G
 
G
D
 
D
L
 
M
S
 
T
R
 
R
R
 
G
L
 
-
Y
 
W
L
 
L
S
 
Q
D
 
D
T
 
K
E
 
P
I
 
-
G
 
N
G
 
V
D
 
D
S
 
S
T
 
L
I
 
Y
F
 
F
H
 
T
A
 
M
I
 
F
N
 
N
R
 
C
A
 
N
K
 
K
E
 
R
S
 
S
L
 
I
A
 
E
I
x
L
D
|
D
L
x
M
K
|
K
N
 
T
E
 
P
A
 
E
D
 
G
L
 
K
A
 
E
A
 
L
L
 
L
K
 
E
R
 
Q
L
 
M
L
 
I
A
 
K
Q
 
K
A
 
A
D
 
D
V
 
V
M
 
M
I
 
V
Q
 
E
N
|
N
F
|
F
R
x
G
P
 
P
G
 
G
V
x
A
I
 
L
E
 
D
R
|
R
L
x
M
G
 
G
L
 
F
D
 
T
Y
 
W
E
 
E
A
 
Y
V
 
I
R
 
Q
A
 
E
I
 
L
N
 
N
P
 
P
R
 
R
I
 
V
V
 
I
Y
 
L
A
 
A
S
 
S
I
x
V
S
 
K
G
 
G
Y
 
Y
G
 
A
E
 
E
E
 
G
G
 
H
P
 
A
W
 
N
V
 
E
K
 
H
R
 
L
P
x
K
G
x
V
Q
x
Y
D
x
E
L
 
N
L
 
V
A
 
A
Q
 
Q
S
 
C
R
 
S
S
 
G
G
 
G
V
 
A
M
 
A
W
 
A
L
 
T
N
 
T
G
 
G
D
 
F
E
 
W
G
 
D
Q
 
G
G
 
P
P
 
P
V
 
T
P
 
V
F
 
S
G
 
G
L
 
A
A
 
A
I
 
L
G
 
G
D
|
D
M
 
S
L
 
N
A
 
S
G
 
G
A
 
M
A
 
H
A
 
L
A
 
M
Q
 
I
G
 
G
I
 
I
L
 
L
A
 
A
A
 
A
L
 
L
V
 
E
R
 
I
R
 
R
G
 
H
I
 
K
S
 
T
G
 
G
N
 
R
G
 
G
S
 
Q
L
 
K
V
 
V
E
 
A
T
 
V
S
 
A
L
x
M
L
 
Q
E
 
D
A
 
A
L
 
V
V
 
L
D
 
N
F
 
L

Sites not aligning to the query:

2vjoA Formyl-coa transferase mutant variant q17a with aspartyl-coa thioester intermediates and oxalate (see paper)
34% identity, 58% coverage: 8:213/356 of query aligns to 3:206/427 of 2vjoA

query
sites
2vjoA
P
 
P
L
 
L
S
 
D
G
 
G
L
 
I
V
 
N
V
 
V
V
 
L
D
 
D
M
 
F
S
 
T
Q
x
H
F
x
V
L
x
A
S
x
A
G
 
G
P
 
P
Y
 
A
C
 
C
S
 
T
L
 
Q
R
 
M
L
 
M
M
 
G
D
 
F
L
 
L
G
 
G
A
 
A
R
 
N
V
 
V
I
 
I
K
 
K
I
 
I
E
|
E
R
|
R
P
 
R
D
 
G
G
 
S
G
 
G
D
 
D
L
x
M
S
 
T
R
 
R
R
 
G
L
 
-
Y
 
W
L
 
L
S
 
Q
D
 
D
T
 
K
E
 
P
I
 
-
G
 
N
G
 
V
D
 
D
S
 
S
T
 
L
I
 
Y
F
 
F
H
 
T
A
 
M
I
 
F
N
 
N
R
 
C
A
 
N
K
 
K
E
 
R
S
 
S
L
 
I
A
 
E
I
x
L
D
|
D
L
x
M
K
|
K
N
 
T
E
 
P
A
 
E
D
 
G
L
 
K
A
 
E
A
 
L
L
 
L
K
 
E
R
 
Q
L
 
M
L
 
I
A
 
K
Q
 
K
A
 
A
D
 
D
V
 
V
M
 
M
I
 
V
Q
 
E
N
|
N
F
|
F
R
x
G
P
 
P
G
 
G
V
x
A
I
 
L
E
 
D
R
|
R
L
x
M
G
 
G
L
 
F
D
 
T
Y
 
W
E
 
E
A
 
Y
V
 
I
R
 
Q
A
 
E
I
 
L
N
 
N
P
 
P
R
 
R
I
 
V
V
 
I
Y
 
L
A
 
A
S
 
S
I
x
V
S
x
K
G
 
G
Y
 
Y
G
 
A
E
 
E
E
 
G
G
 
H
P
 
A
W
 
N
V
 
E
K
 
H
R
 
L
P
x
K
G
x
V
Q
x
Y
D
x
E
L
 
N
L
 
V
A
 
A
Q
 
Q
S
 
C
R
 
S
S
 
G
G
 
G
V
 
A
M
 
A
W
 
A
L
 
T
N
 
T
G
 
G
D
 
F
E
 
W
G
 
D
Q
 
G
G
 
P
P
 
P
V
 
T
P
 
V
F
 
S
G
 
G
L
 
A
A
 
A
I
 
L
G
 
G
D
|
D
M
 
S
L
 
N
A
 
S
G
 
G
A
 
M
A
 
H
A
 
L
A
 
M
Q
 
I
G
 
G
I
 
I
L
 
L
A
 
A
A
 
A
L
 
L
V
 
E
R
 
I
R
 
R
G
 
H
I
 
K
S
 
T
G
 
G
N
 
R
G
 
G
S
 
Q
L
 
K
V
 
V
E
 
A
T
 
V
S
 
A
L
x
M
L
 
Q
E
 
D
A
 
A
L
 
V
V
 
L
D
 
N
F
 
L

Sites not aligning to the query:

Q9UHK6 Alpha-methylacyl-CoA racemase; 2-methylacyl-CoA racemase; EC 5.1.99.4 from Homo sapiens (Human) (see 5 papers)
28% identity, 92% coverage: 7:334/356 of query aligns to 1:306/382 of Q9UHK6

query
sites
Q9UHK6
L
 
M
P
 
A
L
 
L
S
 
Q
G
 
G
L
 
I
V
 
S
V
 
V
V
|
V
D
 
E
M
 
L
S
 
S
Q
 
G
F
 
L
L
 
A
S
 
P
G
 
G
P
 
P
Y
 
F
C
 
C
S
 
A
L
 
M
R
 
V
L
 
L
M
 
A
D
 
D
L
 
F
G
 
G
A
 
A
R
 
R
V
 
V
I
 
V
K
 
R
I
 
V
E
 
D
R
 
R
P
 
P
D
 
G
G
 
S
G
 
R
-
 
Y
D
 
D
L
 
V
S
 
S
R
 
R
R
 
-
L
 
-
Y
 
-
L
 
-
S
 
-
D
 
-
T
 
-
E
 
-
I
 
-
G
 
-
G
 
-
D
 
-
S
 
-
T
 
-
I
 
-
F
 
-
H
 
-
A
 
-
I
 
L
N
 
G
R
 
R
A
 
G
K
 
K
E
 
R
S
|
S
L
 
L
A
 
V
I
 
L
D
 
D
L
 
L
K
 
K
N
 
Q
E
 
P
A
 
R
D
 
G
L
 
A
A
 
A
A
 
V
L
 
L
K
 
R
R
 
R
L
 
L
L
 
C
A
 
K
Q
 
R
A
 
S
D
 
D
V
 
V
M
 
L
I
 
L
Q
 
E
N
 
P
F
 
F
R
 
R
P
 
R
G
 
G
V
 
V
I
 
M
E
 
E
R
 
K
L
 
L
G
 
Q
L
 
L
D
 
G
Y
 
P
E
 
E
A
 
I
V
 
L
R
 
Q
A
 
R
I
 
E
N
 
N
P
 
P
R
 
R
I
 
L
V
 
I
Y
 
Y
A
 
A
S
 
R
I
x
L
S
 
S
G
 
G
Y
 
F
G
 
G
E
 
Q
E
 
S
G
 
G
P
 
S
W
 
F
V
 
C
K
 
R
R
 
L
P
 
A
G
 
G
Q
 
H
D
 
D
L
 
I
L
 
N
A
 
Y
Q
 
L
S
 
A
R
 
L
S
 
S
G
 
G
V
 
V
M
 
L
W
 
S
L
 
K
N
 
I
G
 
G
D
 
R
E
 
S
G
 
G
Q
 
E
G
 
N
P
 
P
-
 
Y
V
 
A
P
 
P
F
 
L
G
 
N
L
 
L
A
 
L
I
 
A
G
 
D
D
 
F
M
 
A
L
 
G
A
 
G
G
 
G
A
 
L
A
 
M
A
 
C
A
 
A
Q
 
L
G
 
G
I
 
I
L
 
I
A
 
M
A
 
A
L
 
L
V
 
F
R
 
D
R
 
R
G
 
T
I
 
R
S
 
T
G
|
G
N
 
K
G
 
G
S
 
Q
L
 
V
V
 
I
E
 
D
T
 
A
S
 
N
L
 
M
L
 
V
E
 
E
A
 
G
L
 
T
V
 
A
D
 
-
F
 
-
Q
 
-
F
 
-
E
 
-
V
 
Y
L
 
L
T
 
S
T
 
S
H
 
F
L
 
L
N
 
W
D
 
K
G
 
T
G
 
Q
R
 
K
L
|
L
P
 
S
K
 
L
R
 
W
S
 
E
A
 
A
F
 
P
R
 
R
S
 
G
A
 
Q
H
 
N
A
 
M
Y
 
L
L
 
D
-
 
G
A
 
G
A
 
A
P
 
P
-
 
F
Y
 
Y
G
 
T
V
 
T
Y
 
Y
A
 
R
A
 
T
S
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
E
L
 
F
A
 
M
I
 
A
A
 
V
M
 
G
T
 
A
P
 
I
I
 
E
P
 
P
K
 
Q
L
 
F
A
 
Y
D
 
E
L
 
L
-
 
L
-
 
I
-
 
K
-
 
G
-
 
L
-
 
G
L
 
L
E
 
K
I
 
S
D
 
D
E
 
E
L
 
L
A
 
-
P
 
P
Y
 
N
R
 
Q
D
 
M
D
 
S
P
x
M
S
 
D
S
 
D
W
 
W
F
 
P
T
 
E
E
 
M
R
 
K
D
 
K
R
 
K
I
 
F
K
 
A
A
 
D
L
 
V
I
 
F
A
 
A
A
x
E
R
 
K
I
 
T
A
 
K
C
 
A
A
 
E
A
 
-
W
 
-
T
 
-
N
 
-
G
 
-
W
 
-
R
 
-
C
 
-
W
 
W
S
 
C
R
 
Q
P
 
I
T
 
F
S
 
D
G
 
G
A
 
T
R
 
D
A
 
A
C
 
C
S
 
V
T
 
T
G
 
P
T
 
V
N
 
L
S
 
T
W
 
F
R
 
E
A
 
E
M
 
V
V
 
V
S
 
H
R
 
H

Sites not aligning to the query:

1t3zA Formyl-coa tranferase mutant asp169 to ser (see paper)
33% identity, 63% coverage: 8:230/356 of query aligns to 3:219/427 of 1t3zA

query
sites
1t3zA
P
 
P
L
 
L
S
 
D
G
 
G
L
 
I
V
 
N
V
 
V
V
 
L
D
 
D
M
 
F
S
 
T
Q
x
H
F
x
V
L
x
Q
S
x
A
G
 
G
P
 
P
Y
 
A
C
 
C
S
 
T
L
 
Q
R
 
M
L
 
M
M
 
G
D
 
F
L
 
L
G
 
G
A
 
A
R
 
N
V
 
V
I
 
I
K
 
K
I
 
I
E
|
E
R
|
R
P
 
R
D
 
G
G
 
S
G
 
G
D
 
D
L
 
M
S
 
T
R
 
R
R
 
G
L
 
-
Y
 
W
L
 
L
S
 
Q
D
 
D
T
 
K
E
 
P
I
 
-
G
 
N
G
 
V
D
 
D
S
 
S
T
 
L
I
 
Y
F
 
F
H
 
T
A
 
M
I
 
F
N
 
N
R
 
C
A
 
N
K
 
K
E
 
R
S
 
S
L
 
I
A
 
E
I
x
L
D
 
D
L
x
M
K
|
K
N
 
T
E
 
P
A
 
E
D
 
G
L
 
K
A
 
E
A
 
L
L
 
L
K
 
E
R
 
Q
L
 
M
L
 
I
A
 
K
Q
 
K
A
 
A
D
 
D
V
 
V
M
 
M
I
 
V
Q
 
E
N
|
N
F
|
F
R
x
G
P
 
P
G
 
G
V
x
A
I
 
L
E
 
D
R
|
R
L
x
M
G
 
G
L
 
F
D
 
T
Y
 
W
E
 
E
A
 
Y
V
 
I
R
 
Q
A
 
E
I
 
L
N
 
N
P
 
P
R
 
R
I
 
V
V
 
I
Y
 
L
A
 
A
S
 
S
I
x
V
S
 
K
G
 
G
Y
 
Y
G
 
A
E
 
E
E
 
G
G
 
H
P
 
A
W
 
N
V
 
E
K
 
H
R
 
L
P
x
K
G
x
V
Q
x
Y
D
x
E
L
 
N
L
 
V
A
 
A
Q
 
Q
S
 
C
R
 
S
S
 
G
G
 
G
V
 
A
M
 
A
W
 
A
L
 
T
N
 
T
G
 
G
D
 
F
E
 
W
G
 
D
Q
 
G
G
 
P
P
 
P
V
 
T
P
 
V
F
 
S
G
 
G
L
 
A
A
 
A
I
 
L
G
 
G
D
x
S
M
 
S
L
 
N
A
 
S
G
 
G
A
 
M
A
 
H
A
 
L
A
 
M
Q
 
I
G
 
G
I
 
I
L
 
L
A
 
A
A
 
A
L
 
L
V
 
E
R
 
I
R
 
R
G
 
H
I
 
K
S
 
T
G
 
G
N
 
R
G
 
G
S
 
Q
L
 
K
V
 
V
E
 
A
T
 
V
S
 
A
L
x
M
L
 
Q
E
 
D
A
 
A
L
 
V
V
 
L
D
 
N
F
 
-
Q
 
-
F
 
-
E
 
-
V
 
L
L
 
V
T
 
R
T
 
I
H
 
K
L
 
L
N
 
R
D
 
D
G
 
Q
G
 
Q
R
 
R
L
 
L
P
 
E
K
 
R

Sites not aligning to the query:

3ubmB Formyl-coa:oxalate coa-transferase from acetobacter aceti (see paper)
31% identity, 67% coverage: 8:246/356 of query aligns to 4:249/430 of 3ubmB

query
sites
3ubmB
P
 
P
L
 
L
S
 
D
G
 
G
L
 
I
V
 
K
V
 
V
V
 
I
D
 
D
M
x
F
S
 
G
Q
 
G
F
x
V
L
x
Q
S
|
S
G
 
V
P
 
P
Y
 
S
C
 
A
S
 
A
L
 
Q
R
 
L
L
 
L
M
 
A
D
 
W
L
 
Y
G
 
G
A
 
A
R
 
D
V
 
V
I
 
I
K
 
K
I
 
I
E
|
E
R
|
R
P
 
V
D
 
G
G
 
V
G
 
G
D
 
D
L
 
I
S
 
T
R
 
R
R
 
N
L
 
-
Y
 
Q
L
 
L
S
 
R
D
 
D
T
 
I
E
 
P
I
 
-
G
 
D
G
 
A
D
 
D
S
 
A
T
 
L
I
 
Y
F
 
F
H
 
T
A
 
M
I
 
L
N
 
N
R
 
C
A
 
N
K
 
K
E
 
R
S
 
S
L
 
V
A
 
E
I
x
L
D
x
N
L
x
T
K
|
K
N
 
T
E
 
P
A
 
E
D
 
G
L
 
K
A
 
A
A
 
V
L
 
F
K
 
E
R
 
K
L
 
C
L
 
I
A
 
K
Q
 
W
A
 
A
D
 
D
V
 
I
M
 
L
I
 
L
Q
 
E
N
|
N
F
|
F
R
|
R
P
 
P
G
 
G
V
x
A
I
 
M
E
 
E
R
|
R
L
x
M
G
 
G
L
 
F
D
 
T
Y
 
W
E
 
E
A
 
Y
V
 
L
R
 
Q
A
 
Q
I
 
L
N
 
N
P
 
P
R
 
R
I
 
L
V
 
I
Y
 
Y
A
 
G
S
 
T
I
x
V
S
x
K
G
|
G
Y
 
F
G
 
G
E
 
E
E
 
N
G
 
S
P
 
P
W
 
W
V
 
A
K
 
G
R
 
V
P
 
S
G
x
A
Q
 
Y
D
x
E
L
 
N
L
 
V
A
 
A
Q
 
Q
S
 
C
R
 
A
S
 
G
G
 
G
V
 
A
M
 
T
-
 
S
-
 
T
-
 
T
-
 
G
W
 
Y
L
 
W
N
 
N
G
 
G
D
 
A
-
 
P
-
 
L
-
 
V
E
 
D
G
 
G
Q
 
Q
-
 
A
-
 
P
-
 
G
-
 
N
-
 
N
-
 
N
G
 
G
P
 
P
V
 
L
P
 
V
F
 
S
G
 
A
L
 
A
A
 
A
I
 
L
G
 
G
D
|
D
M
 
S
L
 
N
A
 
T
G
 
G
A
 
N
A
 
H
A
 
L
A
 
L
Q
 
I
G
 
G
I
 
V
L
 
L
A
 
A
A
 
A
L
 
L
V
 
F
R
 
G
R
 
R
G
 
E
I
 
R
S
 
T
G
 
G
N
 
K
G
 
G
S
 
Q
L
 
K
V
 
I
E
 
S
T
 
V
S
 
S
L
x
M
L
 
Q
E
 
D
A
 
A
L
 
V
V
 
L
D
 
N
F
 
-
Q
 
-
F
 
-
E
 
-
V
 
L
L
 
C
T
 
R
T
 
V
H
 
K
L
 
L
N
 
R
D
 
D
G
 
Q
G
 
Q
R
 
R
L
 
L
P
 
E
K
 
R
R
 
V
S
 
G
A
 
Y
F
 
L
R
 
E
S
 
E
A
 
Y
H
 
P
A
 
Q
Y
 
Y
L
 
P
A
 
N
A
 
G
P
 
K
Y
 
F
G
 
G

Sites not aligning to the query:

O06543 Alpha-methylacyl-CoA racemase; AMACR; MtMCR; EC 5.1.99.4 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see 3 papers)
36% identity, 56% coverage: 8:208/356 of query aligns to 4:190/360 of O06543

query
sites
O06543
P
 
P
L
 
L
S
 
S
G
 
G
L
 
L
V
 
R
V
 
V
V
 
V
D
 
E
M
 
L
S
 
A
Q
 
G
F
 
I
L
 
G
S
 
P
G
 
G
P
 
P
Y
 
H
C
 
A
S
 
A
L
 
M
R
 
I
L
 
L
M
 
G
D
 
D
L
 
L
G
 
G
A
 
A
R
 
D
V
 
V
I
 
V
K
 
R
I
 
I
E
 
D
R
|
R
P
 
P
D
 
S
G
 
S
G
 
V
D
 
D
L
 
G
S
 
I
R
 
S
R
 
R
L
 
-
Y
 
-
L
 
-
S
 
-
D
 
-
T
 
-
E
 
-
I
 
-
G
 
-
G
 
-
D
 
-
S
 
-
T
 
-
I
 
-
F
 
-
H
 
D
A
 
A
I
 
M
N
 
L
R
|
R
A
 
N
K
 
R
E
 
R
S
x
I
L
 
V
A
 
T
I
x
A
D
|
D
L
|
L
K
|
K
N
 
S
E
 
D
A
 
Q
D
 
G
L
 
L
A
 
E
A
 
L
L
 
A
K
 
L
R
 
K
L
 
L
L
 
I
A
 
A
Q
 
K
A
 
A
D
 
D
V
 
V
M
 
L
I
 
I
Q
x
E
N
x
G
F
x
Y
R
|
R
P
 
P
G
 
G
V
 
V
I
 
T
E
 
E
R
|
R
L
 
L
G
 
G
L
 
L
D
 
G
Y
 
P
E
 
E
A
 
E
V
 
C
R
 
A
A
 
K
I
 
V
N
 
N
P
 
D
R
 
R
I
 
L
V
 
I
Y
 
Y
A
 
A
S
 
R
I
x
M
S
 
T
G
 
G
Y
 
W
G
 
G
E
 
Q
E
 
T
G
 
G
P
 
P
W
 
R
V
 
S
K
 
Q
R
 
Q
P
 
A
G
|
G
Q
x
H
D
|
D
L
x
I
L
x
N
A
x
Y
Q
 
I
S
 
S
R
 
L
S
 
N
G
 
G
V
 
I
M
 
L
W
 
H
L
 
A
N
 
I
G
 
G
D
 
R
E
 
G
G
 
D
Q
 
E
G
 
R
P
 
P
V
 
V
P
 
P
F
 
P
G
 
L
L
 
N
A
 
L
I
 
V
G
 
G
D
|
D
M
 
F
L
 
G
A
 
G
G
 
G
A
 
S
A
 
M
-
 
F
A
 
L
A
 
L
Q
 
V
G
 
G
I
 
I
L
 
L
A
 
A
A
 
A
L
 
L
V
 
W
R
 
E
R
 
R
G
 
Q
I
 
S
S
 
S
G
 
G
N
 
K
G
 
G
S
 
Q
L
 
V
V
 
V
E
 
D
T
 
A
S
 
A
L
 
M
L
 
V
E
x
D

Sites not aligning to the query:

2yimA The enolisation chemistry of a thioester-dependent racemase: the 1.4 a crystal structure of a complex with a planar reaction intermediate analogue (see paper)
36% identity, 56% coverage: 8:208/356 of query aligns to 3:185/355 of 2yimA

query
sites
2yimA
P
 
P
L
 
L
S
 
S
G
 
G
L
 
L
V
 
R
V
 
V
V
 
V
D
 
E
M
 
L
S
 
A
Q
 
G
F
x
I
L
x
G
S
x
P
G
 
G
P
 
P
Y
 
H
C
 
A
S
 
A
L
 
M
R
 
I
L
 
L
M
 
G
D
 
D
L
 
L
G
 
G
A
 
A
R
 
D
V
 
V
I
 
V
K
 
R
I
 
I
E
x
D
R
|
R
P
 
P
D
 
S
G
 
-
G
 
-
D
 
-
L
 
I
S
 
S
R
 
R
R
 
-
L
 
-
Y
 
-
L
 
-
S
 
-
D
 
-
T
 
-
E
 
-
I
 
-
G
 
-
G
 
-
D
 
-
S
 
-
T
 
-
I
 
-
F
 
-
H
 
D
A
 
A
I
 
M
N
 
L
R
 
R
A
 
N
K
 
R
E
 
R
S
 
I
L
 
V
A
 
T
I
x
A
D
|
D
L
|
L
K
|
K
N
 
S
E
 
D
A
 
Q
D
 
G
L
 
L
A
 
E
A
 
L
L
 
A
K
 
L
R
 
K
L
 
L
L
 
I
A
 
A
Q
 
K
A
 
A
D
 
D
V
 
V
M
 
L
I
 
I
Q
 
E
N
x
G
F
x
Y
R
|
R
P
 
P
G
 
G
V
|
V
I
 
T
E
 
E
R
|
R
L
|
L
G
 
G
L
 
L
D
 
G
Y
 
P
E
 
E
A
 
E
V
 
C
R
 
A
A
 
K
I
 
V
N
 
N
P
 
D
R
 
R
I
 
L
V
 
I
Y
 
Y
A
 
A
S
 
R
I
 
M
S
x
T
G
 
G
Y
 
W
G
 
G
E
 
Q
E
 
T
G
 
G
P
 
P
W
 
R
V
 
S
K
 
Q
R
 
Q
P
x
A
G
|
G
Q
x
H
D
|
D
L
 
I
L
 
N
A
x
Y
Q
 
I
S
 
S
R
 
L
S
 
N
G
 
G
V
 
I
M
 
L
W
 
H
L
 
A
N
 
I
G
 
G
D
 
R
E
 
G
G
 
D
Q
 
E
G
 
R
P
 
P
V
 
V
P
 
P
F
 
P
G
 
L
L
x
N
A
 
L
I
 
V
G
 
G
D
|
D
M
 
F
L
 
G
A
 
G
G
 
G
A
 
S
A
 
M
-
 
F
A
 
L
A
 
L
Q
 
V
G
 
G
I
 
I
L
 
L
A
 
A
A
 
A
L
 
L
V
 
W
R
 
E
R
 
R
G
 
Q
I
 
S
S
 
S
G
 
G
N
 
K
G
 
G
S
 
Q
L
 
V
V
 
V
E
 
D
T
 
A
S
 
A
L
x
M
L
 
V
E
 
D

Sites not aligning to the query:

2gd6A The 1,1-proton transfer reaction mechanism by alpha-methylacyl-coa racemase is catalyzed by an aspartate/histidine pair and involves a smooth, methionine-rich surface for binding the fatty acyl moiety (see paper)
36% identity, 56% coverage: 8:208/356 of query aligns to 3:184/354 of 2gd6A

query
sites
2gd6A
P
 
P
L
 
L
S
 
S
G
 
G
L
 
L
V
 
R
V
 
V
V
 
V
D
 
E
M
 
L
S
 
A
Q
 
G
F
x
I
L
x
G
S
x
P
G
 
G
P
 
P
Y
 
H
C
 
A
S
 
A
L
 
M
R
 
I
L
 
L
M
 
G
D
 
D
L
 
L
G
 
G
A
 
A
R
 
D
V
 
V
I
 
V
K
 
R
I
 
I
E
 
D
R
|
R
P
 
P
D
 
-
G
 
-
G
 
-
D
 
-
L
 
I
S
 
S
R
 
R
R
 
-
L
 
-
Y
 
-
L
 
-
S
 
-
D
 
-
T
 
-
E
 
-
I
 
-
G
 
-
G
 
-
D
 
-
S
 
-
T
 
-
I
 
-
F
 
-
H
 
D
A
 
A
I
 
M
N
 
L
R
 
R
A
 
N
K
 
R
E
 
R
S
 
I
L
 
V
A
 
T
I
x
A
D
|
D
L
|
L
K
|
K
N
 
S
E
 
D
A
 
Q
D
 
G
L
 
L
A
 
E
A
 
L
L
 
A
K
 
L
R
 
K
L
 
L
L
 
I
A
 
A
Q
 
K
A
 
A
D
 
D
V
 
V
M
 
L
I
 
I
Q
 
E
N
x
G
F
x
Y
R
|
R
P
 
P
G
 
G
V
|
V
I
 
T
E
 
E
R
|
R
L
|
L
G
 
G
L
 
L
D
 
G
Y
 
P
E
 
E
A
 
E
V
 
C
R
 
A
A
 
K
I
 
V
N
 
N
P
 
D
R
 
R
I
 
L
V
 
I
Y
 
Y
A
 
A
S
 
R
I
 
M
S
 
T
G
 
G
Y
 
W
G
 
G
E
 
Q
E
 
T
G
 
G
P
 
P
W
 
R
V
 
S
K
 
Q
R
 
Q
P
x
A
G
|
G
Q
x
H
D
|
D
L
 
I
L
 
N
A
x
Y
Q
 
I
S
 
S
R
 
L
S
 
N
G
 
G
V
 
I
M
 
L
W
 
H
L
 
A
N
 
I
G
 
G
D
 
R
E
 
G
G
 
D
Q
 
E
G
 
R
P
 
P
V
 
V
P
 
P
F
 
P
G
 
L
L
x
N
A
 
L
I
 
V
G
 
G
D
|
D
M
 
F
L
 
G
A
 
G
G
 
G
A
 
S
A
 
M
-
 
F
A
 
L
A
 
L
Q
 
V
G
 
G
I
 
I
L
 
L
A
 
A
A
 
A
L
 
L
V
 
W
R
 
E
R
 
R
G
 
Q
I
 
S
S
 
S
G
 
G
N
 
K
G
 
G
S
 
Q
L
 
V
V
 
V
E
 
D
T
 
A
S
 
A
L
x
M
L
 
V
E
 
D

Sites not aligning to the query:

2gd2A The 1,1-proton transfer reaction mechanism by alpha-methylacyl-coa racemase is catalyzed by an aspartate/histidine pair and involves a smooth, methionine-rich surface for binding the fatty acyl moiety (see paper)
36% identity, 56% coverage: 8:208/356 of query aligns to 3:184/354 of 2gd2A

query
sites
2gd2A
P
 
P
L
 
L
S
 
S
G
 
G
L
 
L
V
 
R
V
 
V
V
 
V
D
 
E
M
 
L
S
 
A
Q
 
G
F
x
I
L
x
G
S
x
P
G
 
G
P
 
P
Y
 
H
C
 
A
S
 
A
L
 
M
R
 
I
L
 
L
M
 
G
D
 
D
L
 
L
G
 
G
A
 
A
R
 
D
V
 
V
I
 
V
K
 
R
I
 
I
E
x
D
R
|
R
P
 
P
D
 
-
G
 
-
G
 
-
D
 
-
L
 
I
S
 
S
R
 
R
R
 
-
L
 
-
Y
 
-
L
 
-
S
 
-
D
 
-
T
 
-
E
 
-
I
 
-
G
 
-
G
 
-
D
 
-
S
 
-
T
 
-
I
 
-
F
 
-
H
 
D
A
 
A
I
 
M
N
 
L
R
 
R
A
 
N
K
 
R
E
 
R
S
 
I
L
 
V
A
 
T
I
x
A
D
|
D
L
|
L
K
|
K
N
 
S
E
 
D
A
 
Q
D
 
G
L
 
L
A
 
E
A
 
L
L
 
A
K
 
L
R
 
K
L
 
L
L
 
I
A
 
A
Q
 
K
A
 
A
D
 
D
V
 
V
M
 
L
I
 
I
Q
 
E
N
x
G
F
x
Y
R
|
R
P
 
P
G
 
G
V
|
V
I
 
T
E
 
E
R
|
R
L
|
L
G
 
G
L
 
L
D
 
G
Y
 
P
E
 
E
A
 
E
V
 
C
R
 
A
A
 
K
I
 
V
N
 
N
P
 
D
R
 
R
I
 
L
V
 
I
Y
 
Y
A
 
A
S
 
R
I
 
M
S
x
T
G
 
G
Y
 
W
G
 
G
E
 
Q
E
 
T
G
 
G
P
 
P
W
 
R
V
 
S
K
 
Q
R
 
Q
P
x
A
G
|
G
Q
x
H
D
|
D
L
 
I
L
 
N
A
x
Y
Q
 
I
S
 
S
R
 
L
S
 
N
G
 
G
V
 
I
M
 
L
W
 
H
L
 
A
N
 
I
G
 
G
D
 
R
E
 
G
G
 
D
Q
 
E
G
 
R
P
 
P
V
 
V
P
 
P
F
 
P
G
 
L
L
 
N
A
 
L
I
 
V
G
 
G
D
|
D
M
 
F
L
 
G
A
 
G
G
 
G
A
 
S
A
 
M
-
 
F
A
 
L
A
 
L
Q
 
V
G
 
G
I
 
I
L
 
L
A
 
A
A
 
A
L
 
L
V
 
W
R
 
E
R
 
R
G
 
Q
I
 
S
S
 
S
G
 
G
N
 
K
G
 
G
S
 
Q
L
 
V
V
 
V
E
 
D
T
 
A
S
 
A
L
x
M
L
 
V
E
 
D

Sites not aligning to the query:

2gd0A The 1,1-proton transfer reaction mechanism by alpha-methylacyl-coa racemase is catalyzed by an aspartate/histidine pair and involves a smooth, methionine-rich surface for binding the fatty acyl moiety (see paper)
36% identity, 56% coverage: 8:208/356 of query aligns to 3:184/354 of 2gd0A

query
sites
2gd0A
P
 
P
L
 
L
S
 
S
G
 
G
L
 
L
V
 
R
V
 
V
V
 
V
D
 
E
M
 
L
S
 
A
Q
 
G
F
x
I
L
x
G
S
 
P
G
 
G
P
 
P
Y
 
H
C
 
A
S
 
A
L
 
M
R
 
I
L
 
L
M
 
G
D
 
D
L
 
L
G
 
G
A
 
A
R
 
D
V
 
V
I
 
V
K
 
R
I
 
I
E
x
D
R
|
R
P
 
P
D
 
-
G
 
-
G
 
-
D
 
-
L
 
I
S
 
S
R
 
R
R
 
-
L
 
-
Y
 
-
L
 
-
S
 
-
D
 
-
T
 
-
E
 
-
I
 
-
G
 
-
G
 
-
D
 
-
S
 
-
T
 
-
I
 
-
F
 
-
H
x
D
A
 
A
I
 
M
N
 
L
R
 
R
A
 
N
K
 
R
E
 
R
S
 
I
L
 
V
A
 
T
I
x
A
D
|
D
L
|
L
K
|
K
N
 
S
E
 
D
A
 
Q
D
 
G
L
 
L
A
 
E
A
 
L
L
 
A
K
 
L
R
 
K
L
 
L
L
 
I
A
 
A
Q
 
K
A
 
A
D
 
D
V
 
V
M
 
L
I
 
I
Q
 
E
N
x
G
F
x
Y
R
|
R
P
 
P
G
 
G
V
|
V
I
 
T
E
 
E
R
|
R
L
|
L
G
 
G
L
 
L
D
 
G
Y
 
P
E
 
E
A
 
E
V
 
C
R
 
A
A
 
K
I
 
V
N
 
N
P
 
D
R
 
R
I
 
L
V
 
I
Y
 
Y
A
 
A
S
 
R
I
 
M
S
x
T
G
 
G
Y
 
W
G
 
G
E
 
Q
E
 
T
G
 
G
P
 
P
W
 
R
V
 
S
K
 
Q
R
 
Q
P
x
A
G
|
G
Q
x
H
D
|
D
L
 
I
L
 
N
A
x
Y
Q
 
I
S
 
S
R
 
L
S
 
N
G
 
G
V
 
I
M
 
L
W
 
H
L
 
A
N
 
I
G
 
G
D
 
R
E
 
G
G
 
D
Q
 
E
G
 
R
P
 
P
V
 
V
P
 
P
F
 
P
G
 
L
L
x
N
A
 
L
I
 
V
G
 
G
D
|
D
M
 
F
L
 
G
A
 
G
G
 
G
A
 
S
A
 
M
-
 
F
A
 
L
A
 
L
Q
 
V
G
 
G
I
 
I
L
 
L
A
 
A
A
 
A
L
 
L
V
 
W
R
 
E
R
 
R
G
 
Q
I
 
S
S
 
S
G
 
G
N
 
K
G
 
G
S
 
Q
L
 
V
V
 
V
E
 
D
T
 
A
S
 
A
L
x
M
L
 
V
E
 
D

Sites not aligning to the query:

2gciA The 1,1-proton transfer reaction mechanism by alpha-methylacyl-coa racemase is catalyzed by an asparte/histidine pair and involves a smooth, methionine-rich surface for binding the fatty acyl moiety (see paper)
36% identity, 56% coverage: 8:208/356 of query aligns to 3:184/354 of 2gciA

query
sites
2gciA
P
 
P
L
 
L
S
 
S
G
 
G
L
 
L
V
 
R
V
 
V
V
 
V
D
 
E
M
 
L
S
 
A
Q
 
G
F
 
I
L
x
G
S
 
P
G
 
G
P
 
P
Y
 
H
C
 
A
S
 
A
L
 
M
R
 
I
L
 
L
M
 
G
D
 
D
L
 
L
G
 
G
A
 
A
R
 
D
V
 
V
I
 
V
K
 
R
I
 
I
E
x
D
R
|
R
P
 
P
D
 
-
G
 
-
G
 
-
D
 
-
L
 
I
S
 
S
R
 
R
R
 
-
L
 
-
Y
 
-
L
 
-
S
 
-
D
 
-
T
 
-
E
 
-
I
 
-
G
 
-
G
 
-
D
 
-
S
 
-
T
 
-
I
 
-
F
 
-
H
 
D
A
 
A
I
 
M
N
 
L
R
 
R
A
 
N
K
 
R
E
 
R
S
 
I
L
 
V
A
 
T
I
x
A
D
|
D
L
|
L
K
|
K
N
 
S
E
 
D
A
 
Q
D
 
G
L
 
L
A
 
E
A
 
L
L
 
A
K
 
L
R
 
K
L
 
L
L
 
I
A
 
A
Q
 
K
A
 
A
D
 
D
V
 
V
M
 
L
I
 
I
Q
 
E
N
x
G
F
x
Y
R
|
R
P
 
P
G
 
G
V
|
V
I
 
T
E
 
E
R
|
R
L
|
L
G
 
G
L
 
L
D
 
G
Y
 
P
E
 
E
A
 
E
V
 
C
R
 
A
A
 
K
I
 
V
N
 
N
P
 
D
R
 
R
I
 
L
V
 
I
Y
 
Y
A
 
A
S
 
R
I
 
M
S
x
T
G
|
G
Y
 
W
G
 
G
E
 
Q
E
 
T
G
 
G
P
 
P
W
 
R
V
 
S
K
 
Q
R
 
Q
P
x
A
G
|
G
Q
x
H
D
|
D
L
 
I
L
 
N
A
x
Y
Q
 
I
S
 
S
R
 
L
S
 
N
G
 
G
V
 
I
M
 
L
W
 
H
L
 
A
N
 
I
G
 
G
D
 
R
E
 
G
G
 
D
Q
 
E
G
 
R
P
 
P
V
 
V
P
 
P
F
 
P
G
 
L
L
x
N
A
 
L