SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing SM_b21345 FitnessBrowser__Smeli:SM_b21345 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

6hbdA Crystal structure of msmeg_1712 from mycobacterium smegmatis in complex with beta-d-galactofuranose (see paper)
44% identity, 87% coverage: 41:325/327 of query aligns to 5:289/305 of 6hbdA

query
sites
6hbdA
V
 
L
G
 
G
F
 
F
A
 
A
Q
 
Q
T
 
V
E
 
G
S
 
A
N
x
E
N
x
S
P
 
G
W
 
W
R
|
R
I
 
T
A
 
A
Q
 
N
T
 
T
N
 
E
S
 
S
M
 
I
K
 
K
A
 
S
E
 
A
A
 
A
E
 
E
K
 
E
L
 
A
G
 
G
H
 
V
Q
 
N
L
 
L
V
 
K
Y
 
F
T
 
A
D
 
D
A
 
A
A
 
N
G
 
G
S
 
E
A
 
Q
A
 
E
K
 
K
Q
 
Q
V
 
I
A
 
S
D
 
A
V
 
I
N
 
R
S
 
S
M
 
F
I
 
I
A
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
V
I
 
I
F
 
A
L
 
F
A
 
S
P
 
P
R
 
V
E
 
V
E
 
R
K
 
T
P
 
G
L
 
W
I
x
D
P
 
A
A
 
V
V
 
L
M
 
Q
A
 
E
A
 
T
K
 
K
K
 
N
A
 
A
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
I
L
 
L
L
 
T
D
|
D
R
|
R
S
 
A
V
 
V
D
 
D
P
 
-
S
 
-
L
 
-
A
 
T
K
 
Q
A
x
D
G
 
T
E
 
D
D
 
V
Y
 
Y
V
 
K
T
 
T
F
 
F
I
 
I
G
 
G
S
 
A
D
 
D
F
|
F
I
 
I
E
 
E
E
 
E
G
 
G
K
 
R
R
 
R
I
 
A
A
 
G
E
 
Q
W
 
W
L
 
V
V
 
A
K
 
D
-
 
Q
-
 
Y
-
 
A
N
 
S
A
 
A
N
 
T
G
 
G
K
 
P
S
 
V
K
 
N
I
 
I
I
 
V
E
 
Q
L
 
L
E
 
E
G
 
G
T
 
T
T
 
T
G
 
G
S
 
A
S
x
D
P
 
P
A
 
A
N
 
I
D
|
D
R
|
R
K
 
K
K
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
A
E
 
E
T
 
G
I
 
I
K
 
S
A
 
K
A
 
N
G
 
P
G
 
N
F
 
L
E
 
K
I
 
I
V
 
V
A
 
A
S
 
S
Q
 
Q
S
 
T
G
 
G
D
 
D
F
|
F
A
 
T
R
 
R
D
 
S
K
 
G
G
 
G
R
 
K
Q
 
Q
V
 
V
A
 
M
E
 
E
A
 
A
L
 
F
L
 
L
Q
 
K
A
 
S
H
 
T
P
 
P
D
 
Q
A
 
I
D
 
D
I
 
V
V
 
V
Y
 
F
A
 
A
H
 
Q
N
 
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
M
A
 
E
A
 
A
I
 
I
E
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
K
V
 
K
P
 
P
G
 
G
K
 
T
D
 
D
V
 
I
L
 
K
V
 
I
L
 
V
S
 
A
I
 
V
D
|
D
G
 
A
G
 
T
K
 
H
E
 
D
A
 
G
V
 
M
Q
 
Q
A
 
A
V
 
L
I
 
A
D
 
D
G
 
G
K
 
K
I
 
F
A
 
N
A
 
Y
V
 
I
V
 
V
E
|
E
C
 
C
N
 
N
P
 
P
R
 
L
F
 
L
G
 
G
P
 
P
K
 
E
A
 
L
F
 
M
E
 
D
T
 
L
M
 
A
L
 
K
R
 
K
Y
 
V
A
 
A
K
 
A
G
 
G
E
 
E
K
 
P
I
 
V
D
 
P
P
 
E
M
 
R
V
 
V
I
 
V
N
 
T
E
 
P
D
 
D
K
x
E
F
 
A
Y
 
F
D
 
D
S
 
Q
S
 
A
N
 
Q
A
 
A
A
 
K
A
 
A
E
 
A
L
 
L
A
 
P
N
 
N

Sites not aligning to the query:

6hyhA Crystal structure of msmeg_1712 from mycobacterium smegmatis in complex with beta-d-fucofuranose (see paper)
44% identity, 87% coverage: 41:325/327 of query aligns to 4:288/304 of 6hyhA

query
sites
6hyhA
V
 
L
G
 
G
F
 
F
A
 
A
Q
 
Q
T
 
V
E
 
G
S
 
A
N
x
E
N
x
S
P
 
G
W
 
W
R
|
R
I
 
T
A
 
A
Q
 
N
T
 
T
N
 
E
S
 
S
M
 
I
K
 
K
A
 
S
E
 
A
A
 
A
E
 
E
K
 
E
L
 
A
G
 
G
H
 
V
Q
 
N
L
 
L
V
 
K
Y
 
F
T
 
A
D
 
D
A
 
A
A
 
N
G
 
G
S
 
E
A
 
Q
A
 
E
K
 
K
Q
 
Q
V
 
I
A
 
S
D
 
A
V
 
I
N
 
R
S
 
S
M
 
F
I
 
I
A
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
V
I
 
I
F
 
A
L
 
F
A
 
S
P
 
P
R
 
V
E
 
V
E
 
R
K
 
T
P
 
G
L
 
W
I
x
D
P
 
A
A
 
V
V
 
L
M
 
Q
A
 
E
A
 
T
K
 
K
K
 
N
A
 
A
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
I
L
 
L
L
 
T
D
|
D
R
|
R
S
 
A
V
 
V
D
 
D
P
 
-
S
 
-
L
 
-
A
 
T
K
 
Q
A
x
D
G
 
T
E
 
D
D
 
V
Y
 
Y
V
 
K
T
 
T
F
 
F
I
 
I
G
 
G
S
 
A
D
 
D
F
|
F
I
 
I
E
 
E
E
 
E
G
 
G
K
 
R
R
 
R
I
 
A
A
 
G
E
 
Q
W
 
W
L
 
V
V
 
A
K
 
D
-
 
Q
-
 
Y
-
 
A
N
 
S
A
 
A
N
 
T
G
 
G
K
 
P
S
 
V
K
 
N
I
 
I
I
 
V
E
 
Q
L
 
L
E
 
E
G
 
G
T
 
T
T
 
T
G
 
G
S
 
A
S
x
D
P
|
P
A
 
A
N
 
I
D
|
D
R
|
R
K
 
K
K
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
A
E
 
E
T
 
G
I
 
I
K
 
S
A
 
K
A
 
N
G
 
P
G
 
N
F
 
L
E
 
K
I
 
I
V
 
V
A
 
A
S
 
S
Q
 
Q
S
 
T
G
 
G
D
 
D
F
|
F
A
 
T
R
 
R
D
 
S
K
 
G
G
 
G
R
 
K
Q
 
Q
V
 
V
A
 
M
E
 
E
A
 
A
L
 
F
L
 
L
Q
 
K
A
 
S
H
 
T
P
 
P
D
 
Q
A
 
I
D
 
D
I
 
V
V
 
V
Y
 
F
A
 
A
H
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
M
A
 
E
A
 
A
I
 
I
E
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
K
V
 
K
P
 
P
G
 
G
K
 
T
D
 
D
V
 
I
L
 
K
V
 
I
L
 
V
S
 
A
I
 
V
D
|
D
G
 
A
G
 
T
K
 
H
E
 
D
A
 
G
V
 
M
Q
 
Q
A
 
A
V
 
L
I
 
A
D
 
D
G
 
G
K
 
K
I
 
F
A
 
N
A
 
Y
V
 
I
V
 
V
E
|
E
C
 
C
N
 
N
P
 
P
R
 
L
F
 
L
G
 
G
P
 
P
K
 
E
A
 
L
F
 
M
E
 
D
T
 
L
M
 
A
L
 
K
R
 
K
Y
 
V
A
 
A
K
 
A
G
 
G
E
 
E
K
 
P
I
 
V
D
 
P
P
 
E
M
 
R
V
 
V
I
 
V
N
 
T
E
 
P
D
 
D
K
x
E
F
 
A
Y
 
F
D
 
D
S
 
Q
S
 
A
N
 
Q
A
 
A
A
 
K
A
 
A
E
 
A
L
 
L
A
 
P
N
 
N

Sites not aligning to the query:

6hbmA Crystal structure of msmeg_1712 from mycobacterium smegmatis in complex with alpha-l-arabinofuranose (see paper)
44% identity, 87% coverage: 41:325/327 of query aligns to 4:288/304 of 6hbmA

query
sites
6hbmA
V
 
L
G
 
G
F
 
F
A
 
A
Q
 
Q
T
 
V
E
 
G
S
 
A
N
x
E
N
x
S
P
 
G
W
 
W
R
 
R
I
 
T
A
 
A
Q
 
N
T
 
T
N
 
E
S
 
S
M
 
I
K
 
K
A
 
S
E
 
A
A
 
A
E
 
E
K
 
E
L
 
A
G
 
G
H
 
V
Q
 
N
L
 
L
V
 
K
Y
 
F
T
 
A
D
 
D
A
 
A
A
 
N
G
 
G
S
 
E
A
 
Q
A
 
E
K
 
K
Q
 
Q
V
 
I
A
 
S
D
 
A
V
 
I
N
 
R
S
 
S
M
 
F
I
 
I
A
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
V
I
 
I
F
 
A
L
 
F
A
 
S
P
 
P
R
 
V
E
 
V
E
 
R
K
 
T
P
 
G
L
 
W
I
x
D
P
 
A
A
 
V
V
 
L
M
 
Q
A
 
E
A
 
T
K
 
K
K
 
N
A
 
A
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
I
L
 
L
L
 
T
D
|
D
R
|
R
S
 
A
V
 
V
D
 
D
P
 
-
S
 
-
L
 
-
A
 
T
K
 
Q
A
x
D
G
 
T
E
 
D
D
 
V
Y
 
Y
V
 
K
T
 
T
F
 
F
I
 
I
G
 
G
S
 
A
D
 
D
F
 
F
I
 
I
E
 
E
E
 
E
G
 
G
K
 
R
R
 
R
I
 
A
A
 
G
E
 
Q
W
 
W
L
 
V
V
 
A
K
 
D
-
 
Q
-
 
Y
-
 
A
N
 
S
A
 
A
N
 
T
G
 
G
K
 
P
S
 
V
K
 
N
I
 
I
I
 
V
E
 
Q
L
 
L
E
 
E
G
 
G
T
 
T
T
 
T
G
 
G
S
 
A
S
 
D
P
 
P
A
 
A
N
 
I
D
 
D
R
|
R
K
 
K
K
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
A
E
 
E
T
 
G
I
 
I
K
 
S
A
 
K
A
 
N
G
 
P
G
 
N
F
 
L
E
 
K
I
 
I
V
 
V
A
 
A
S
 
S
Q
 
Q
S
 
T
G
 
G
D
 
D
F
 
F
A
 
T
R
 
R
D
 
S
K
 
G
G
 
G
R
 
K
Q
 
Q
V
 
V
A
 
M
E
 
E
A
 
A
L
 
F
L
 
L
Q
 
K
A
 
S
H
 
T
P
 
P
D
 
Q
A
 
I
D
 
D
I
 
V
V
 
V
Y
 
F
A
 
A
H
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
M
A
 
E
A
 
A
I
 
I
E
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
K
V
 
K
P
 
P
G
 
G
K
 
T
D
 
D
V
 
I
L
 
K
V
 
I
L
 
V
S
 
A
I
 
V
D
|
D
G
 
A
G
 
T
K
 
H
E
 
D
A
 
G
V
 
M
Q
 
Q
A
 
A
V
 
L
I
 
A
D
 
D
G
 
G
K
 
K
I
 
F
A
 
N
A
 
Y
V
 
I
V
 
V
E
|
E
C
 
C
N
 
N
P
 
P
R
 
L
F
 
L
G
 
G
P
 
P
K
 
E
A
 
L
F
 
M
E
 
D
T
 
L
M
 
A
L
 
K
R
 
K
Y
 
V
A
 
A
K
 
A
G
 
G
E
 
E
K
 
P
I
 
V
D
 
P
P
 
E
M
 
R
V
 
V
I
 
V
N
 
T
E
 
P
D
 
D
K
x
E
F
 
A
Y
 
F
D
 
D
S
 
Q
S
 
A
N
 
Q
A
 
A
A
 
K
A
 
A
E
 
A
L
 
L
A
 
P
N
 
N

Sites not aligning to the query:

P39325 Galactofuranose-binding protein YtfQ from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
45% identity, 87% coverage: 41:323/327 of query aligns to 26:310/318 of P39325

query
sites
P39325
V
 
V
G
 
G
F
 
F
A
 
S
Q
 
Q
T
 
V
E
 
G
S
 
S
N
x
E
N
x
S
P
x
G
W
|
W
R
|
R
I
 
A
A
 
A
Q
 
E
T
 
T
N
 
N
S
 
V
M
 
A
K
 
K
A
 
S
E
 
E
A
 
A
E
 
E
K
 
K
L
 
R
G
 
G
H
 
I
Q
 
T
L
 
L
V
 
K
Y
 
I
T
 
A
D
 
D
A
 
G
A
 
Q
G
 
Q
S
 
K
A
 
Q
A
 
E
K
 
N
Q
 
Q
V
 
I
A
 
K
D
 
A
V
 
V
N
 
R
S
 
S
M
 
F
I
 
V
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
A
I
 
I
F
 
F
L
 
I
A
 
A
P
 
P
R
 
V
E
 
V
E
 
A
K
 
T
P
 
G
L
 
W
I
 
E
P
 
P
A
 
V
V
 
L
M
 
K
A
 
E
A
 
A
K
 
K
K
 
D
A
 
A
G
 
E
I
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
F
L
 
L
L
 
L
D
|
D
R
|
R
S
 
S
V
 
I
D
 
D
P
 
-
S
 
-
L
 
-
A
 
V
K
 
K
A
 
D
G
 
K
E
 
S
D
 
L
Y
 
Y
V
 
M
T
 
T
F
 
T
I
 
V
G
 
T
S
 
A
D
 
D
F
 
N
I
 
I
E
 
L
E
 
E
G
 
G
K
 
K
R
 
L
I
 
I
A
 
G
E
 
D
W
 
W
L
 
L
V
 
V
K
 
K
N
 
E
A
 
V
N
 
N
G
 
G
K
 
K
-
 
P
S
x
C
K
 
N
I
 
V
I
 
V
E
 
E
L
 
L
E
 
Q
G
 
G
T
 
T
T
 
V
G
 
G
S
 
A
S
 
S
P
 
V
A
 
A
N
 
I
D
 
D
R
|
R
K
 
K
K
 
K
G
 
G
F
 
F
D
 
A
E
 
E
T
 
A
I
 
I
K
 
K
A
 
N
A
 
A
G
 
P
G
 
N
F
 
I
E
 
K
I
 
I
V
 
I
A
 
R
S
 
S
Q
 
Q
S
 
S
G
 
G
D
 
D
F
 
F
A
 
T
R
 
R
D
 
S
K
 
K
G
 
G
R
 
K
Q
 
E
V
 
V
A
 
M
E
 
E
A
 
S
L
 
F
L
 
I
Q
 
K
A
 
A
H
 
E
P
 
N
D
 
N
A
 
G
D
 
K
-
 
N
-
 
I
-
x
C
I
 
M
V
 
V
Y
 
Y
A
 
A
H
 
H
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
Q
A
 
A
I
 
I
E
 
K
A
 
E
A
 
A
G
 
G
K
 
L
V
 
K
P
 
P
G
 
G
K
 
K
D
 
D
V
 
I
L
 
L
V
 
T
L
 
G
S
 
S
I
 
I
D
|
D
G
 
G
G
 
V
K
 
P
E
 
D
A
 
I
V
 
Y
Q
 
K
A
 
A
V
 
M
I
 
M
D
 
D
G
 
G
K
 
E
I
 
A
A
 
N
A
 
A
V
 
S
V
 
V
E
 
E
C
 
L
N
 
T
P
 
P
R
 
N
F
 
M
G
 
A
P
 
G
K
 
P
A
 
A
F
 
F
E
 
D
T
 
A
M
 
L
L
 
E
R
 
K
Y
 
Y
A
 
K
K
 
K
-
 
D
G
 
G
E
 
T
K
 
M
I
 
P
D
 
E
P
 
K
M
 
L
V
 
T
I
 
L
N
 
T
E
 
K
D
 
S
K
 
T
F
 
L
Y
 
Y
D
 
L
S
 
P
S
 
D
N
 
T
A
 
A
A
 
K
A
 
E
E
 
E
L
 
L

Sites not aligning to the query:

2vk2A Crystal structure of a galactofuranose binding protein (see paper)
45% identity, 87% coverage: 41:323/327 of query aligns to 4:288/296 of 2vk2A

query
sites
2vk2A
V
 
V
G
 
G
F
 
F
A
 
S
Q
 
Q
T
 
V
E
 
G
S
 
S
N
x
E
N
x
S
P
 
G
W
 
W
R
|
R
I
 
A
A
 
A
Q
 
E
T
 
T
N
 
N
S
 
V
M
 
A
K
 
K
A
 
S
E
 
E
A
 
A
E
 
E
K
 
K
L
 
R
G
 
G
H
 
I
Q
 
T
L
 
L
V
 
K
Y
 
I
T
 
A
D
 
D
A
 
G
A
 
Q
G
 
Q
S
 
K
A
 
Q
A
 
E
K
 
N
Q
 
Q
V
 
I
A
 
K
D
 
A
V
 
V
N
 
R
S
 
S
M
 
F
I
 
V
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
A
I
 
I
F
 
F
L
 
I
A
 
A
P
 
P
R
 
V
E
 
V
E
 
A
K
 
T
P
 
G
L
 
W
I
 
E
P
 
P
A
 
V
V
 
L
M
 
K
A
 
E
A
 
A
K
 
K
K
 
D
A
 
A
G
 
E
I
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
F
L
 
L
L
 
L
D
|
D
R
|
R
S
 
S
V
 
I
D
 
D
P
 
-
S
 
-
L
 
-
A
 
V
K
 
K
A
 
D
G
 
K
E
 
S
D
 
L
Y
 
Y
V
 
M
T
 
T
F
 
T
I
 
V
G
 
T
S
 
A
D
 
D
F
 
N
I
 
I
E
 
L
E
 
E
G
 
G
K
 
K
R
 
L
I
 
I
A
 
G
E
 
D
W
 
W
L
 
L
V
 
V
K
 
K
N
 
E
A
 
V
N
 
N
G
 
G
K
 
K
-
 
P
S
 
C
K
 
N
I
 
V
I
 
V
E
 
E
L
 
L
E
 
Q
G
 
G
T
 
T
T
 
V
G
 
G
S
 
A
S
 
S
P
 
V
A
 
A
N
 
I
D
 
D
R
|
R
K
 
K
K
 
K
G
 
G
F
 
F
D
 
A
E
 
E
T
 
A
I
 
I
K
 
K
A
 
N
A
 
A
G
 
P
G
 
N
F
 
I
E
 
K
I
 
I
V
 
I
A
 
R
S
 
S
Q
 
Q
S
 
S
G
 
G
D
 
D
F
|
F
A
 
T
R
 
R
D
 
S
K
 
K
G
 
G
R
 
K
Q
 
E
V
 
V
A
 
M
E
 
E
A
 
S
L
 
F
L
 
I
Q
 
K
A
 
A
H
 
E
P
 
N
D
 
N
A
 
G
D
 
K
-
 
N
-
 
I
-
 
C
I
 
M
V
 
V
Y
 
Y
A
 
A
H
 
H
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
Q
A
 
A
I
 
I
E
 
K
A
 
E
A
 
A
G
 
G
K
 
L
V
 
K
P
 
P
G
 
G
K
 
K
D
 
D
V
 
I
L
 
L
V
 
T
L
 
G
S
 
S
I
 
I
D
|
D
G
 
G
G
 
V
K
 
P
E
 
D
A
 
I
V
 
Y
Q
 
K
A
 
A
V
 
M
I
 
M
D
 
D
G
 
G
K
 
E
I
 
A
A
 
N
A
 
A
V
 
S
V
 
V
E
 
E
C
x
L
N
 
T
P
 
P
R
 
N
F
 
M
G
 
A
P
 
G
K
 
P
A
 
A
F
 
F
E
 
D
T
 
A
M
 
L
L
 
E
R
 
K
Y
 
Y
A
 
K
K
 
K
-
 
D
G
 
G
E
 
T
K
 
M
I
 
P
D
 
E
P
 
K
M
 
L
V
 
T
I
 
L
N
 
T
E
 
K
D
 
S
K
 
T
F
 
L
Y
 
Y
D
 
L
S
 
P
S
 
D
N
 
T
A
 
A
A
 
K
A
 
E
E
 
E
L
 
L

5ocpA The periplasmic binding protein component of the arabinose abc transporter from shewanella sp. Ana-3 bound to alpha and beta-l- arabinofuranose
41% identity, 86% coverage: 41:322/327 of query aligns to 3:284/302 of 5ocpA

query
sites
5ocpA
V
 
V
G
 
G
F
 
F
A
 
S
Q
 
Q
T
 
V
E
 
G
S
 
S
N
x
E
N
x
S
P
 
G
W
|
W
R
|
R
I
 
T
A
 
S
Q
 
F
T
 
S
N
 
E
S
 
A
M
 
V
K
 
K
A
 
A
E
 
E
A
 
A
E
 
K
K
 
Q
L
 
R
G
 
G
H
 
I
Q
 
D
L
 
L
V
 
K
Y
 
F
T
 
A
D
 
D
A
 
A
A
 
Q
G
 
Q
S
 
K
A
 
Q
A
 
E
K
 
N
Q
 
Q
V
 
I
A
 
K
D
 
A
V
 
V
N
 
R
S
 
S
M
 
F
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
A
I
 
I
F
 
I
L
 
I
A
 
A
P
 
P
R
 
V
E
 
V
E
 
E
K
 
T
P
 
G
L
 
W
I
 
K
P
 
P
A
 
V
V
 
L
M
 
K
A
 
E
A
 
A
K
 
K
K
 
R
A
 
A
G
 
K
I
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
V
L
 
I
L
 
V
D
|
D
R
|
R
S
 
N
V
 
I
-
 
K
-
 
V
-
 
D
D
 
D
P
 
D
S
 
S
L
 
L
A
 
-
K
 
-
A
 
-
G
 
-
E
 
-
D
 
-
Y
 
F
V
 
L
T
 
T
F
 
R
I
 
I
G
 
A
S
 
S
D
 
D
F
 
F
I
 
S
E
 
E
E
 
E
G
 
G
K
 
R
R
 
K
I
 
I
A
 
G
E
 
Q
W
 
W
L
 
L
V
 
M
K
 
D
N
 
K
A
 
T
N
 
Q
G
 
G
K
 
N
S
 
C
K
 
D
I
 
I
I
 
A
E
 
E
L
 
L
E
 
Q
G
 
G
T
 
T
T
 
V
G
 
G
S
 
A
S
 
T
P
 
A
A
 
A
N
 
I
D
 
D
R
|
R
K
 
A
K
 
A
G
 
G
F
 
F
D
 
N
E
 
Q
T
 
V
I
 
I
K
 
A
A
 
N
A
 
Y
G
 
P
G
 
N
F
 
A
E
 
K
I
 
I
V
 
V
A
 
R
S
 
S
Q
 
Q
S
 
T
G
 
G
D
 
E
F
|
F
A
 
T
R
 
R
D
 
A
K
 
K
G
 
G
R
 
K
Q
 
E
V
 
V
A
 
M
E
 
E
A
 
G
L
 
F
L
 
L
Q
 
K
A
 
A
H
 
Q
P
 
N
D
 
G
A
 
Q
D
 
P
I
 
L
-
 
C
-
 
A
V
 
V
Y
 
W
A
 
S
H
 
H
N
|
N
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
V
A
 
Q
A
 
A
I
 
I
E
 
K
A
 
E
A
 
A
G
 
G
K
 
L
V
 
K
P
 
P
G
 
G
K
 
K
D
 
D
V
 
I
L
 
L
V
 
I
L
 
V
S
 
S
I
 
V
D
|
D
G
 
G
G
 
V
K
 
P
E
 
D
A
 
Y
V
 
F
Q
 
K
A
 
A
V
 
M
I
 
A
D
 
D
G
 
G
K
 
D
I
 
V
A
 
N
A
 
A
V
 
T
V
 
V
E
 
E
C
 
L
N
 
S
P
 
P
R
 
Y
F
 
L
G
 
G
P
 
G
K
 
P
A
 
A
F
 
F
E
 
D
T
 
A
M
 
I
L
 
D
R
 
A
Y
 
Y
A
 
L
K
 
K
G
 
G
E
 
N
K
 
K
I
 
D
D
 
Q
P
 
A
M
 
K
V
 
L
I
 
I
N
 
S
E
 
T
D
 
T
-
 
G
K
 
D
F
 
V
Y
 
F
D
 
T
S
 
Q
S
 
E
N
 
T
A
 
A
A
 
A
A
 
A
E
 
E

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
37% identity, 85% coverage: 41:318/327 of query aligns to 3:272/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
V
 
I
G
 
G
F
 
L
A
 
V
Q
 
I
T
 
S
E
 
T
S
 
L
N
 
N
N
|
N
P
 
P
W
x
F
R
x
F
I
 
V
A
 
T
Q
 
L
T
 
K
N
 
N
S
 
G
M
 
A
K
 
E
A
 
E
E
 
K
A
 
A
E
 
K
K
 
E
L
 
L
G
 
G
H
 
Y
Q
 
K
L
 
I
V
 
I
Y
 
V
T
 
E
D
 
D
A
 
S
A
 
Q
G
 
N
S
 
D
A
 
S
A
 
S
K
 
K
Q
 
E
V
 
L
A
 
S
D
 
N
V
 
V
N
 
E
S
 
D
M
 
L
I
 
I
A
 
Q
Q
 
Q
G
 
K
V
 
V
D
 
D
L
 
V
I
 
L
F
 
L
L
 
I
A
 
N
P
 
P
R
 
V
E
 
D
E
 
S
K
 
D
P
 
A
L
 
V
I
 
V
P
 
T
A
 
A
V
 
I
M
 
K
A
 
E
A
 
A
K
 
N
K
 
S
A
 
K
G
 
N
I
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
I
L
 
T
L
 
I
D
|
D
R
|
R
S
 
S
V
 
A
D
 
N
P
 
-
S
 
-
L
 
-
A
 
-
K
 
-
A
 
-
G
 
G
E
 
G
D
 
D
Y
 
V
V
 
V
T
 
C
F
 
H
I
 
I
G
 
A
S
 
S
D
 
D
F
 
N
I
 
V
E
 
K
E
 
G
G
 
G
K
 
E
R
 
M
I
 
A
A
 
A
E
 
E
W
 
F
L
 
I
V
 
A
K
 
K
N
 
A
A
 
L
N
 
K
G
 
G
K
 
K
S
 
G
K
 
N
I
 
V
I
 
V
E
 
E
L
 
L
E
 
E
G
 
G
T
 
I
T
 
P
G
 
G
S
 
A
S
 
S
P
x
A
A
 
A
N
 
R
D
 
D
R
|
R
K
 
G
K
 
K
G
 
G
F
 
F
D
 
D
E
 
E
T
 
A
I
 
I
K
 
A
A
 
K
A
 
Y
G
 
P
G
 
D
F
 
I
E
 
K
I
 
I
V
 
V
A
 
A
S
 
K
Q
 
Q
S
 
A
G
 
A
D
 
D
F
|
F
A
 
D
R
 
R
D
 
S
K
 
K
G
 
G
R
 
L
Q
 
S
V
 
V
A
 
M
E
 
E
A
 
N
L
 
I
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
H
 
Q
P
 
P
D
 
K
A
 
I
D
 
D
I
 
A
V
 
V
Y
 
F
A
 
A
H
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
K
A
 
A
I
 
I
E
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
N
K
 
R
V
 
-
P
 
-
G
 
-
K
 
Q
D
 
G
V
 
I
L
 
I
V
 
V
L
 
V
S
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
G
G
 
T
K
 
E
E
 
D
A
 
A
V
 
L
Q
 
K
A
 
A
V
 
I
I
 
K
D
 
E
G
 
G
K
 
K
I
 
M
A
 
A
A
 
A
V
 
T
V
 
I
E
 
A
C
x
Q
N
 
Q
P
 
P
R
 
A
F
 
L
-
 
M
G
 
G
P
 
S
K
 
L
A
 
G
F
 
V
E
 
E
T
 
M
M
 
A
L
 
D
R
 
K
Y
 
Y
A
 
L
K
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
K
I
 
I
D
 
P
P
 
N
M
 
F
V
 
I
I
 
P
N
 
A
E
 
E
D
 
L
K
 
K
F
 
L
Y
 
I
D
 
T
S
 
K
S
 
E
N
 
N

1dbpA Identical mutations at corresponding positions in two homologous proteins with non-identical effects (see paper)
40% identity, 78% coverage: 49:303/327 of query aligns to 12:257/271 of 1dbpA

query
sites
1dbpA
N
 
N
N
|
N
P
 
P
W
x
F
R
 
F
I
 
V
A
 
S
Q
 
L
T
 
K
N
 
D
S
 
G
M
 
A
K
 
Q
A
 
K
E
 
E
A
 
A
E
 
D
K
 
K
L
 
L
G
 
G
H
 
Y
Q
 
N
L
 
L
V
 
V
Y
 
V
T
 
L
D
 
D
A
 
S
A
 
Q
G
 
N
S
 
N
A
 
P
A
 
A
K
 
K
Q
 
E
V
 
L
A
 
A
D
 
N
V
 
V
N
 
Q
S
 
D
M
 
L
I
 
T
A
 
V
Q
 
R
G
 
G
V
 
T
D
 
K
L
 
I
I
 
L
F
 
L
L
 
I
A
 
N
P
 
P
R
 
T
E
 
D
E
 
S
K
 
D
P
 
A
L
 
V
I
 
D
P
 
N
A
 
A
V
 
V
M
 
K
A
 
M
A
 
A
K
 
N
K
 
Q
A
 
A
G
 
N
I
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
I
L
 
T
L
 
L
D
|
D
R
|
R
S
 
Q
V
 
-
D
 
-
P
 
-
S
 
-
L
 
-
A
 
A
K
 
T
A
 
K
G
 
G
E
 
E
D
 
-
Y
 
V
V
 
V
T
 
S
F
 
H
I
 
I
G
 
A
S
 
S
D
 
D
F
 
N
I
 
V
E
 
L
E
 
G
G
 
G
K
 
K
R
 
I
I
 
A
A
 
G
E
 
D
W
 
Y
L
 
I
V
 
A
K
 
K
N
 
K
A
 
A
N
 
G
G
 
E
K
 
G
S
 
A
K
 
K
I
 
V
I
 
I
E
 
E
L
 
L
E
 
Q
G
 
G
T
 
I
T
 
A
G
 
G
S
 
T
S
 
S
P
 
A
A
 
A
N
 
R
D
 
E
R
|
R
K
 
G
K
 
E
G
 
G
F
 
F
D
 
Q
E
 
Q
T
 
A
I
 
V
K
 
-
A
 
A
A
 
A
G
 
H
G
 
K
F
 
F
E
 
N
I
 
V
V
 
L
A
 
A
S
 
S
Q
 
Q
S
 
P
G
 
A
D
 
D
F
|
F
A
 
D
R
 
R
D
 
I
K
 
K
G
 
G
R
 
L
Q
 
N
V
 
V
A
 
M
E
 
Q
A
 
N
L
 
L
L
 
L
Q
 
T
A
 
A
H
 
H
P
 
P
D
 
D
A
 
V
D
 
Q
I
 
A
V
 
V
Y
 
F
A
 
A
H
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
A
 
R
A
 
A
I
 
L
E
 
Q
A
 
T
A
 
A
G
 
G
K
 
K
V
 
-
P
 
-
G
 
-
K
 
S
D
 
D
V
 
V
L
 
M
V
 
V
L
 
V
S
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
G
G
 
T
K
 
P
E
 
D
A
 
G
V
 
E
Q
 
K
A
 
A
V
 
V
I
 
N
D
 
D
G
 
G
K
 
K
I
 
L
A
 
A
A
 
A
V
 
T
V
 
I
E
 
A
C
 
Q
N
 
L
P
 
P
-
 
D
R
 
Q
F
 
I
G
 
G
P
 
A
K
 
K
A
 
G
F
 
V
E
 
E
T
 
T
M
 
A
L
 
D
R
 
K
Y
 
V
A
 
L
K
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
K
I
 
V

7e7mC Crystal structure analysis of the streptococcus agalactiae ribose binding protein rbsb
34% identity, 83% coverage: 40:309/327 of query aligns to 10:269/284 of 7e7mC

query
sites
7e7mC
K
 
K
V
 
L
G
 
G
F
 
V
A
 
S
Q
 
I
T
 
S
E
 
T
S
 
T
N
 
N
N
|
N
P
 
P
W
x
Y
R
x
F
I
 
V
A
 
A
Q
 
M
T
 
K
N
 
D
S
 
G
M
 
I
K
 
D
A
 
K
E
 
Y
A
 
A
E
 
S
K
 
N
L
 
K
G
 
K
H
 
I
Q
 
S
L
 
I
V
 
K
Y
 
V
T
 
A
D
 
D
A
 
A
A
 
Q
G
 
D
S
 
D
A
 
A
A
 
A
K
 
R
Q
 
Q
V
 
A
A
 
D
D
 
D
V
 
V
N
 
Q
S
 
N
M
 
F
I
 
I
A
 
S
Q
 
Q
G
 
N
V
 
V
D
 
D
L
 
A
I
 
I
F
 
L
L
 
I
A
 
N
P
 
P
R
 
V
E
 
D
E
 
S
K
 
K
P
 
A
L
 
I
I
 
V
P
 
T
A
 
A
V
 
I
M
 
K
A
 
S
A
 
A
K
 
N
K
 
N
A
 
A
G
 
N
I
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
I
L
 
L
L
 
M
D
|
D
R
|
R
S
 
G
V
 
S
D
 
E
P
 
-
S
 
-
L
 
-
A
 
-
K
 
-
A
 
-
G
 
G
E
 
G
D
 
K
Y
 
V
V
 
L
T
 
T
F
 
T
I
 
V
G
 
A
S
 
S
D
 
D
F
 
N
I
 
V
E
 
A
E
 
A
G
 
G
K
 
K
R
 
M
I
 
A
A
 
A
E
 
D
W
 
Y
L
 
A
V
 
V
K
 
K
N
 
K
A
 
L
N
 
G
G
 
K
K
 
K
S
 
A
K
 
K
I
 
A
I
 
F
E
 
E
L
 
L
E
 
S
G
 
G
T
 
V
T
 
P
G
 
G
S
 
A
S
 
S
P
 
A
A
 
T
N
 
V
D
 
D
R
|
R
K
 
G
K
 
K
G
 
G
F
 
F
D
 
H
E
 
S
T
 
V
I
 
A
K
 
K
A
 
S
A
 
K
G
 
-
G
 
-
F
 
L
E
 
D
I
 
M
V
 
L
A
 
S
S
 
S
Q
 
Q
S
 
S
G
 
A
D
 
N
F
|
F
A
 
D
R
 
R
D
 
A
K
 
K
G
 
A
R
 
L
Q
 
N
V
 
T
A
 
T
E
 
Q
A
 
N
L
 
M
L
 
I
Q
 
Q
A
 
G
H
 
H
P
 
K
D
 
D
A
 
V
D
 
Q
I
 
I
V
 
I
Y
 
F
A
 
A
H
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
A
A
 
Q
A
 
A
I
 
V
E
 
K
A
 
S
A
 
A
G
 
G
K
 
L
V
 
-
P
 
-
G
 
-
K
 
Q
D
 
N
V
 
V
L
 
L
V
 
I
L
 
V
S
 
G
I
 
I
D
|
D
G
 
G
G
 
Q
K
 
P
E
 
D
A
 
A
V
 
H
Q
 
D
A
 
A
V
 
I
I
 
K
D
 
K
G
 
G
K
 
D
I
 
I
A
 
S
A
 
A
V
 
T
V
 
I
E
 
A
C
x
Q
N
 
Q
P
 
P
-
 
A
R
 
K
F
 
M
G
 
G
P
 
E
K
 
I
A
 
A
F
 
I
E
 
Q
T
 
A
M
 
A
L
 
I
R
 
D
Y
 
Y
A
 
Y
K
 
K
G
 
G
E
 
K
K
 
K
I
 
V
D
 
E
P
 
K
M
 
E
V
 
T
I
 
I
N
 
S

4zjpA Structure of an abc-transporter solute binding protein (sbp_ipr025997) from actinobacillus succinogenes (asuc_0197, target efi-511067) with bound beta-d-ribopyranose
36% identity, 79% coverage: 49:307/327 of query aligns to 13:261/270 of 4zjpA

query
sites
4zjpA
N
 
D
N
|
N
P
 
P
W
x
F
R
x
F
I
 
V
A
 
S
Q
 
L
T
 
K
N
 
D
S
 
G
M
 
A
K
 
Q
A
 
K
E
 
K
A
 
A
E
 
T
K
 
E
L
 
L
G
 
G
H
 
Y
Q
 
K
L
 
L
V
 
V
Y
 
V
T
 
L
D
 
D
A
 
S
A
 
Q
G
 
N
S
 
D
A
 
P
A
 
S
K
 
K
Q
 
E
V
 
L
A
 
S
D
 
N
V
 
V
N
 
E
S
 
D
M
 
L
I
 
T
A
 
V
Q
 
R
G
 
G
V
 
A
D
 
K
L
 
V
I
 
L
F
 
L
L
 
I
A
 
N
P
 
P
R
 
T
E
 
D
E
 
S
K
 
A
P
 
A
L
 
V
I
 
S
P
 
N
A
 
A
V
 
V
M
 
A
A
 
I
A
 
A
K
 
N
K
 
R
A
 
N
G
 
K
I
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
I
L
 
T
L
 
L
D
|
D
R
|
R
S
 
G
V
 
-
D
 
-
P
 
-
S
 
-
L
 
-
A
 
A
K
 
A
A
 
K
G
 
G
E
 
E
D
 
-
Y
 
V
V
 
V
T
 
S
F
 
H
I
 
I
G
 
A
S
 
S
D
 
D
F
 
N
I
 
V
E
 
A
E
 
G
G
 
G
K
 
K
R
 
M
I
 
A
A
 
G
E
 
D
W
 
F
L
 
I
V
 
A
K
 
Q
N
 
K
A
 
L
N
 
G
G
 
D
K
 
G
S
 
A
K
 
K
I
 
V
I
 
I
E
 
Q
L
 
L
E
 
E
G
 
G
T
 
L
T
 
A
G
 
G
S
 
T
S
 
S
P
 
A
A
 
A
N
 
R
D
 
E
R
|
R
K
 
G
K
 
E
G
 
G
F
 
F
D
 
K
E
 
Q
T
 
A
I
 
I
K
 
E
A
 
A
A
 
H
G
 
K
G
 
-
F
 
F
E
 
D
I
 
V
V
 
L
A
 
A
S
 
S
Q
 
Q
S
 
P
G
 
A
D
 
D
F
|
F
A
 
D
R
 
R
D
 
T
K
 
K
G
 
G
R
 
L
Q
 
N
V
 
V
A
 
T
E
 
E
A
 
N
L
 
L
L
 
L
Q
 
A
A
 
S
H
 
K
P
 
G
D
 
S
A
 
V
D
 
Q
I
 
A
V
 
I
Y
 
F
A
 
A
H
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
A
 
R
A
 
A
I
 
I
E
 
S
A
 
A
A
 
A
G
 
-
K
 
-
V
 
-
P
 
-
G
 
G
K
 
K
D
 
K
V
 
V
L
 
L
V
 
V
L
 
V
S
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
G
G
 
T
K
 
E
E
 
D
A
 
G
V
 
V
Q
 
K
A
 
A
V
 
V
I
 
K
D
 
S
G
 
G
K
 
K
I
 
L
A
 
A
A
 
A
V
 
T
V
 
V
E
 
A
C
x
Q
N
 
Q
P
 
P
R
 
E
F
 
L
-
 
I
G
 
G
P
 
S
K
 
L
A
 
G
F
 
V
E
 
E
T
 
T
M
 
A
L
 
D
R
 
K
Y
 
I
A
 
L
K
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
K
I
 
V
D
 
D
P
 
A
M
 
K
V
 
I

2fn8A Thermotoga maritima ribose binding protein ribose bound form (see paper)
33% identity, 80% coverage: 49:308/327 of query aligns to 12:271/292 of 2fn8A

query
sites
2fn8A
N
 
N
N
|
N
P
 
P
W
|
W
R
x
F
I
 
V
A
 
V
Q
 
L
T
 
A
N
 
E
S
 
T
M
 
A
K
 
K
A
 
Q
E
 
R
A
 
A
E
 
E
K
 
Q
L
 
L
G
 
G
H
 
Y
Q
 
E
L
 
A
V
 
T
Y
 
I
T
 
F
D
 
D
A
 
S
A
 
Q
G
 
N
S
 
D
A
 
T
A
 
A
K
 
K
Q
 
E
V
 
S
A
 
A
D
 
H
V
 
F
N
 
D
S
 
A
M
 
I
I
 
I
A
 
A
Q
 
A
G
 
G
V
 
Y
D
 
D
L
 
A
I
 
I
F
 
I
L
 
F
A
 
N
P
 
P
R
 
T
E
 
D
E
 
A
K
 
D
P
 
G
L
 
S
I
 
I
P
 
A
A
 
N
V
 
V
M
 
K
A
 
R
A
 
A
K
 
K
K
 
E
A
 
A
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
F
L
 
C
L
 
V
D
|
D
R
|
R
S
 
G
V
 
I
D
 
N
P
 
A
S
 
R
L
 
G
A
 
L
K
 
A
A
 
V
G
 
A
E
 
Q
D
 
I
Y
 
Y
V
 
-
T
 
-
F
 
-
I
 
-
G
 
-
S
 
S
D
 
D
F
 
N
I
 
Y
E
 
Y
E
 
G
G
 
G
K
 
V
R
 
L
I
 
M
A
 
G
E
 
E
W
 
Y
L
 
F
V
 
V
K
 
K
N
 
F
A
 
L
N
 
K
G
 
E
K
 
K
-
 
Y
-
 
P
-
 
D
S
 
A
K
 
K
I
 
E
I
 
I
-
 
P
-
 
Y
-
 
A
E
 
E
L
 
L
E
 
L
G
 
G
T
 
I
T
 
L
G
 
S
S
 
A
S
 
Q
P
 
P
A
 
T
N
 
W
D
 
D
R
|
R
K
 
S
K
 
N
G
 
G
F
 
F
D
 
H
E
 
S
T
 
V
I
 
V
K
 
D
A
 
Q
A
 
Y
G
 
P
G
 
E
F
 
F
E
 
K
I
 
M
V
 
V
A
 
A
S
 
Q
Q
 
Q
S
 
S
G
 
A
D
 
E
F
|
F
A
 
D
R
 
R
D
 
D
K
 
T
G
 
A
R
 
Y
Q
 
K
V
 
V
A
 
T
E
 
E
A
 
Q
L
 
I
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
H
 
H
P
 
P
D
 
E
A
 
I
D
 
K
I
 
A
V
 
I
Y
 
W
A
 
C
H
 
G
N
|
N
D
 
D
E
 
A
M
 
M
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
M
A
 
K
A
 
A
I
 
C
E
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
R
V
 
T
P
 
-
G
 
-
K
 
-
D
 
D
V
 
I
L
 
Y
V
 
I
L
 
F
S
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
G
G
 
A
K
 
E
E
 
D
A
 
V
V
 
I
Q
 
N
A
 
A
V
 
I
I
 
K
D
 
E
G
 
G
K
 
K
-
 
Q
I
 
I
A
 
V
A
 
A
V
 
T
V
 
I
E
 
M
C
x
Q
N
 
F
P
 
P
R
 
K
F
 
L
G
 
M
P
 
A
K
 
R
-
 
L
A
 
A
F
 
V
E
 
E
T
 
W
M
 
A
L
 
D
R
 
Q
Y
 
Y
A
 
L
K
 
R
G
 
G
E
 
E
K
 
R
I
 
S
D
 
F
P
 
P
M
 
E
V
 
I
I
 
V

2x7xA Fructose binding periplasmic domain of hybrid two component system bt1754 (see paper)
31% identity, 78% coverage: 39:292/327 of query aligns to 2:249/301 of 2x7xA

query
sites
2x7xA
Y
 
F
K
 
R
V
 
I
G
 
G
F
 
V
A
 
A
Q
 
Q
T
 
C
E
 
-
S
 
S
N
 
D
N
x
D
P
 
S
W
|
W
R
|
R
I
 
H
A
 
K
Q
 
M
T
 
N
N
 
D
S
 
E
M
 
I
K
 
L
A
 
R
E
 
E
A
 
A
E
 
M
K
 
F
L
 
Y
G
 
N
H
 
G
Q
 
V
L
 
S
V
 
V
Y
 
E
T
 
I
D
 
R
A
 
S
A
 
A
G
 
G
S
 
D
-
 
D
A
 
N
A
 
S
K
 
K
Q
 
Q
V
 
A
A
 
E
D
 
D
V
 
V
N
 
H
S
 
Y
M
 
F
I
 
M
A
 
D
Q
 
E
G
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
L
I
 
L
F
 
I
L
 
I
A
 
S
P
 
A
R
 
N
E
 
E
E
 
A
K
 
A
P
 
P
L
 
M
I
 
T
P
 
P
A
 
I
V
 
V
M
 
E
A
 
E
A
 
A
K
 
Y
K
 
Q
A
 
K
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
I
L
 
L
L
 
V
D
|
D
R
|
R
S
 
K
V
 
I
D
 
-
P
 
-
S
 
-
L
 
-
A
 
-
K
 
-
A
 
L
G
 
S
E
 
D
D
 
K
Y
 
Y
V
 
T
T
 
A
F
 
Y
I
 
I
G
 
G
S
 
A
D
 
D
F
 
N
I
 
Y
E
 
E
E
 
I
G
 
G
K
 
R
R
 
S
I
 
V
A
 
G
E
 
N
W
 
Y
L
 
I
V
 
A
K
 
S
N
 
S
A
 
L
N
 
K
G
 
G
K
 
K
S
 
G
K
 
N
I
 
I
I
 
V
E
 
E
L
 
L
E
 
T
G
 
G
T
 
L
T
 
S
G
 
G
S
 
S
S
 
T
P
|
P
A
 
A
N
 
M
D
 
E
R
|
R
K
 
H
K
 
Q
G
 
G
F
 
F
D
 
M
E
 
A
T
 
A
I
 
I
K
 
S
A
 
K
A
 
F
G
 
P
G
 
D
F
 
I
E
 
K
I
 
L
V
 
I
A
 
D
S
 
K
Q
 
A
S
 
D
G
 
A
D
 
A
F
x
W
A
 
E
R
 
R
D
 
G
K
 
P
G
 
A
R
 
E
Q
 
I
V
 
E
A
 
M
E
 
D
A
 
S
L
 
M
L
 
L
Q
 
R
A
 
R
H
 
H
P
 
P
D
 
K
A
 
I
D
 
D
I
 
A
V
 
V
Y
 
Y
A
 
A
H
 
H
N
|
N
D
 
D
E
x
R
M
 
I
A
 
A
I
 
P
G
 
G
A
 
A
I
 
Y
A
 
Q
A
 
A
I
 
A
E
 
K
A
 
M
A
 
A
G
 
G
K
 
R
V
 
-
P
 
-
G
 
E
K
 
K
D
 
E
V
 
M
L
 
I
V
 
F
L
 
V
S
 
G
I
 
I
D
|
D
-
 
A
-
 
L
-
 
P
G
 
G
G
 
K
K
 
G
E
 
N
A
 
G
V
 
L
Q
 
E
A
 
L
V
 
V
I
 
L
D
 
D
G
 
S
K
 
V
I
 
L
A
 
D
A
 
A
V
 
T
V
 
F
E
 
-
C
 
I
N
 
Y
P
 
P
R
 
T
F
 
N
G
 
G
P
 
D
K
 
K
A
 
V
F
 
L
E
 
Q

4irxA Crystal structure of caulobacter myo-inositol binding protein bound to myo-inositol (see paper)
29% identity, 82% coverage: 49:317/327 of query aligns to 19:291/296 of 4irxA

query
sites
4irxA
N
 
S
N
x
Q
P
 
P
W
x
F
R
 
F
I
 
V
A
 
A
Q
 
M
T
 
R
N
 
R
S
 
E
M
 
L
K
 
E
A
 
D
E
 
E
A
 
A
E
 
A
K
 
K
L
 
L
G
 
G
H
 
V
Q
 
K
L
 
V
V
 
Q
Y
 
V
T
 
L
D
 
D
A
 
A
A
 
Q
G
 
N
S
 
N
A
 
S
A
 
S
K
 
K
Q
 
Q
V
 
I
A
 
S
D
 
D
V
 
L
N
 
Q
S
 
A
M
 
A
I
 
A
A
 
V
Q
 
Q
G
 
G
V
 
A
D
 
K
L
 
V
I
 
V
F
 
I
L
 
V
A
 
A
P
 
P
R
 
T
E
 
D
E
 
S
K
 
K
P
 
A
L
 
L
I
 
A
P
 
G
A
 
A
V
 
A
M
 
D
A
 
D
A
 
L
K
 
V
K
 
E
A
 
Q
G
 
G
I
 
V
P
 
A
V
 
V
I
 
I
L
 
S
L
 
V
D
|
D
R
|
R
S
 
N
V
 
I
D
 
-
P
 
-
S
 
-
L
 
-
A
 
-
K
 
A
A
 
G
G
 
G
E
 
K
D
 
T
Y
 
A
V
 
V
T
 
P
F
 
H
I
 
V
G
 
G
S
 
A
D
 
D
F
 
N
I
 
V
E
 
A
E
 
G
G
 
G
K
 
R
R
 
A
I
 
M
A
 
A
E
 
D
W
 
W
L
 
V
V
 
V
K
 
K
N
 
T
A
 
Y
N
 
P
G
 
A
K
 
G
S
 
A
K
 
R
I
 
V
I
 
V
E
 
V
L
 
I
E
 
T
G
x
N
T
x
D
T
 
P
G
 
G
S
 
S
S
 
S
P
x
S
A
 
S
N
 
I
D
 
E
R
|
R
K
 
V
K
 
K
G
 
G
F
 
V
D
 
H
E
 
D
T
 
G
I
 
L
K
 
A
A
 
A
A
 
G
G
 
G
-
 
P
G
 
A
F
 
F
E
 
K
I
 
I
V
 
V
A
 
T
S
 
E
Q
 
Q
S
 
T
G
 
A
D
 
N
F
x
S
A
 
K
R
 
R
D
 
D
K
 
Q
G
 
A
R
 
L
Q
 
T
V
 
V
A
 
T
E
 
Q
A
 
N
L
 
I
L
 
L
Q
 
T
A
 
S
H
 
M
P
 
R
D
 
D
A
 
T
-
 
P
-
 
P
D
 
D
I
 
V
V
 
I
Y
 
L
A
 
C
H
 
L
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
A
I
 
M
G
 
G
A
 
A
I
 
L
A
 
E
A
 
A
I
 
V
E
 
R
A
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
L
V
 
D
P
 
S
G
 
A
K
 
K
D
 
-
V
 
V
L
 
K
V
 
V
L
 
I
S
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
A
G
 
I
K
 
P
E
 
E
A
 
A
V
 
L
Q
 
A
A
 
R
V
 
I
I
 
K
D
 
A
G
 
G
K
 
E
I
 
M
A
 
V
A
 
A
V
 
T
V
 
V
E
 
E
C
x
Q
N
 
N
P
 
P
R
 
G
F
 
L
G
 
-
P
 
-
K
 
-
A
 
Q
F
 
I
E
 
R
T
 
T
M
 
A
L
 
L
R
 
R
Y
 
Q
A
 
A
-
 
V
-
 
D
-
 
K
-
 
I
-
 
K
-
 
S
-
 
G
-
 
A
-
 
A
-
 
L
K
 
K
G
 
S
E
 
V
K
 
S
I
 
L
D
 
K
P
 
P
M
 
V
V
 
L
I
 
I
N
 
T
E
 
S
D
 
G
K
 
N
F
 
L
Y
 
T
D
 
E
S
 
A
S
 
S

4ry9B Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein veis_2079 from verminephrobacter eiseniae ef01-2, target efi-511009, a complex with d-talitol
29% identity, 85% coverage: 39:315/327 of query aligns to 3:292/297 of 4ry9B

query
sites
4ry9B
Y
 
F
K
 
K
V
 
I
G
 
G
F
 
V
A
 
S
Q
 
M
T
x
K
E
 
T
S
 
L
N
 
S
N
 
A
P
 
P
W
x
Y
R
x
F
I
 
A
A
 
A
Q
 
Q
T
 
M
N
 
E
S
 
A
M
 
A
K
 
K
A
 
A
E
 
R
A
 
G
E
 
K
K
 
E
L
 
L
G
 
G
H
 
Y
Q
 
E
L
 
V
V
 
L
Y
 
A
T
 
T
D
 
D
A
 
A
A
 
Q
G
 
G
S
 
K
A
 
L
A
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
V
 
I
A
 
S
D
 
D
V
 
V
N
 
E
S
 
D
M
 
L
I
 
V
A
 
T
Q
 
R
G
 
G
V
 
V
D
 
K
L
 
L
I
 
L
F
 
I
L
 
I
A
 
N
P
 
P
R
 
A
E
x
D
E
x
S
K
 
E
P
 
G
L
 
L
I
 
V
P
 
N
A
 
A
V
 
V
M
 
N
A
 
N
A
 
A
K
 
S
K
 
A
A
 
N
G
 
G
I
 
V
P
 
K
V
 
V
I
 
V
L
 
V
L
 
I
D
|
D
R
x
S
S
x
T
V
 
L
D
 
N
P
 
P
S
 
R
L
 
-
A
 
-
K
 
-
A
 
-
G
 
-
E
 
A
D
 
N
Y
 
F
V
 
V
T
 
T
F
 
Q
I
 
V
G
 
Q
S
 
S
D
 
S
F
 
N
I
 
S
E
 
I
E
 
N
G
 
G
K
 
A
R
 
L
I
 
V
A
 
G
E
 
H
W
 
W
L
 
V
V
 
I
K
 
E
N
 
E
A
 
V
N
 
G
G
 
N
K
 
K
S
 
S
-
 
L
K
 
K
I
 
I
I
 
A
E
 
L
L
 
L
E
 
S
G
 
G
T
 
E
T
 
K
G
 
G
S
x
N
S
x
P
P
 
V
A
 
G
N
 
Q
D
 
E
R
|
R
K
 
R
K
 
L
G
 
G
F
 
V
D
 
L
E
 
S
T
 
G
I
 
I
K
 
I
A
 
E
A
 
A
-
 
Q
-
 
L
-
 
R
-
 
K
-
 
F
-
 
G
-
 
K
G
 
A
G
 
D
F
 
L
E
 
T
I
 
V
V
 
V
A
 
G
S
 
Q
Q
 
G
S
 
W
G
 
G
D
 
H
F
x
W
A
 
N
R
 
D
D
 
E
K
 
G
G
 
G
R
 
L
Q
 
K
V
 
A
A
 
M
E
 
E
A
 
D
L
 
L
L
 
L
Q
 
V
A
 
A
H
 
N
P
 
K
D
 
D
A
 
I
D
 
N
I
 
M
V
 
V
Y
 
L
A
 
G
H
 
E
N
|
N
D
 
D
E
 
S
M
 
M
A
 
V
I
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
R
A
 
R
A
 
A
I
 
I
E
 
E
A
 
S
A
 
A
G
 
G
K
 
R
V
 
T
P
 
G
G
 
-
K
 
-
D
 
I
V
 
L
L
 
L
V
 
V
L
 
A
S
 
A
I
 
A
D
|
D
G
 
A
G
 
Q
K
 
K
E
 
E
A
 
A
V
 
L
Q
 
A
A
 
L
V
 
I
I
 
K
D
 
Q
G
 
G
K
 
K
I
 
Y
A
 
G
A
 
V
V
 
T
V
 
G
E
 
L
C
 
N
N
 
D
P
 
P
R
 
A
F
 
L
G
 
V
P
 
A
K
 
R
-
 
T
A
 
A
F
 
I
E
 
D
T
 
L
M
 
G
L
 
V
R
 
K
Y
 
V
A
 
V
K
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
V
I
 
K
D
 
D
-
 
V
-
 
P
-
 
K
-
 
Q
-
 
T
-
 
L
-
 
T
-
 
T
P
 
P
M
 
A
V
 
A
I
 
I
-
 
T
-
 
K
-
 
G
N
 
N
E
 
V
D
 
D
K
 
K
F
 
F
Y
 
Y
D
 
N

4ry9A Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein veis_2079 from verminephrobacter eiseniae ef01-2, target efi-511009, a complex with d-talitol
29% identity, 85% coverage: 39:315/327 of query aligns to 3:292/297 of 4ry9A

query
sites
4ry9A
Y
 
F
K
 
K
V
 
I
G
 
G
F
 
V
A
 
S
Q
 
M
T
x
K
E
 
T
S
 
L
N
 
S
N
 
A
P
 
P
W
x
Y
R
x
F
I
 
A
A
 
A
Q
 
Q
T
 
M
N
 
E
S
 
A
M
 
A
K
 
K
A
 
A
E
 
R
A
 
G
E
 
K
K
 
E
L
 
L
G
 
G
H
 
Y
Q
 
E
L
 
V
V
 
L
Y
 
A
T
 
T
D
 
D
A
 
A
A
 
Q
G
 
G
S
 
K
A
 
L
A
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
V
 
I
A
 
S
D
 
D
V
 
V
N
 
E
S
 
D
M
 
L
I
 
V
A
 
T
Q
 
R
G
 
G
V
 
V
D
 
K
L
 
L
I
 
L
F
 
I
L
 
I
A
 
N
P
 
P
R
 
A
E
 
D
E
 
S
K
 
E
P
 
G
L
 
L
I
 
V
P
 
N
A
 
A
V
 
V
M
 
N
A
 
N
A
 
A
K
 
S
K
 
A
A
 
N
G
 
G
I
 
V
P
 
K
V
 
V
I
 
V
L
 
V
L
 
I
D
|
D
R
x
S
S
 
T
V
 
L
D
 
N
P
 
P
S
 
R
L
 
-
A
 
-
K
 
-
A
 
-
G
 
-
E
 
A
D
 
N
Y
 
F
V
 
V
T
 
T
F
 
Q
I
 
V
G
 
Q
S
 
S
D
 
S
F
 
N
I
 
S
E
 
I
E
 
N
G
 
G
K
 
A
R
 
L
I
 
V
A
 
G
E
 
H
W
 
W
L
 
V
V
 
I
K
 
E
N
 
E
A
 
V
N
 
G
G
 
N
K
 
K
S
 
S
-
 
L
K
 
K
I
 
I
I
 
A
E
 
L
L
 
L
E
 
S
G
 
G
T
 
E
T
 
K
G
 
G
S
x
N
S
 
P
P
 
V
A
 
G
N
 
Q
D
 
E
R
|
R
K
 
R
K
 
L
G
 
G
F
 
V
D
 
L
E
 
S
T
 
G
I
 
I
K
 
I
A
 
E
A
 
A
-
 
Q
-
 
L
-
 
R
-
 
K
-
 
F
-
 
G
-
 
K
G
 
A
G
 
D
F
 
L
E
 
T
I
 
V
V
 
V
A
 
G
S
 
Q
Q
 
G
S
 
W
G
 
G
D
 
H
F
x
W
A
 
N
R
 
D
D
 
E
K
 
G
G
 
G
R
 
L
Q
 
K
V
 
A
A
 
M
E
 
E
A
 
D
L
 
L
L
 
L
Q
 
V
A
 
A
H
 
N
P
 
K
D
 
D
A
 
I
D
 
N
I
 
M
V
 
V
Y
 
L
A
 
G
H
 
E
N
|
N
D
 
D
E
 
S
M
 
M
A
 
V
I
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
R
A
 
R
A
 
A
I
 
I
E
 
E
A
 
S
A
 
A
G
 
G
K
 
R
V
 
T
P
 
G
G
 
-
K
 
-
D
 
I
V
 
L
L
 
L
V
 
V
L
 
A
S
 
A
I
 
A
D
|
D
G
 
A
G
 
Q
K
 
K
E
 
E
A
 
A
V
 
L
Q
 
A
A
 
L
V
 
I
I
 
K
D
 
Q
G
 
G
K
 
K
I
 
Y
A
 
G
A
 
V
V
 
T
V
 
G
E
 
L
C
 
N
N
 
D
P
 
P
R
 
A
F
 
L
G
 
V
P
 
A
K
 
R
-
 
T
A
 
A
F
 
I
E
 
D
T
 
L
M
 
G
L
 
V
R
 
K
Y
 
V
A
 
V
K
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
V
I
 
K
D
 
D
-
 
V
-
 
P
-
 
K
-
 
Q
-
 
T
-
 
L
-
 
T
-
 
T
P
 
P
M
 
A
V
 
A
I
 
I
-
 
T
-
 
K
-
 
G
N
 
N
E
 
V
D
 
D
K
 
K
F
 
F
Y
 
Y
D
 
N

4yo7A Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from bacillus halodurans c-125 (bh2323, target efi- 511484) with bound myo-inositol
31% identity, 77% coverage: 58:308/327 of query aligns to 25:270/287 of 4yo7A

query
sites
4yo7A
N
 
D
S
 
A
M
 
M
K
 
K
A
 
E
E
 
E
A
 
A
E
 
A
K
 
N
L
 
Y
-
 
P
G
 
D
H
 
F
Q
 
E
L
 
F
V
 
I
Y
 
F
T
 
S
D
 
D
A
 
A
A
 
Q
G
 
N
S
 
D
A
 
S
A
 
T
K
 
Q
Q
 
Q
V
 
M
A
 
A
D
 
Q
V
 
V
N
 
E
S
 
N
M
 
F
I
 
I
A
 
S
Q
 
R
G
 
N
V
 
V
D
 
D
L
 
A
I
 
I
F
 
I
L
 
V
A
 
N
P
 
P
R
 
V
E
 
D
E
 
T
K
 
T
P
 
S
L
 
A
I
 
V
P
 
D
A
 
I
V
 
V
M
 
N
A
 
M
A
 
V
K
 
N
K
 
D
A
 
A
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
I
I
 
I
L
 
I
L
 
A
D
x
N
R
|
R
S
 
T
V
 
F
D
 
D
P
 
-
S
 
-
L
 
-
A
 
-
K
 
-
A
 
-
G
 
G
E
 
V
D
 
D
Y
 
Q
V
 
A
T
 
T
-
 
A
F
 
F
I
 
V
G
 
G
S
 
S
D
 
E
F
 
S
I
 
I
E
 
Q
E
 
S
G
 
G
K
 
L
R
 
L
I
 
Q
A
 
M
E
 
E
W
 
E
L
 
V
V
 
A
K
 
K
N
 
L
A
 
L
N
 
N
G
 
N
K
 
E
S
 
G
K
 
N
I
 
I
I
 
A
E
 
I
L
 
M
E
 
D
G
 
G
T
 
E
T
 
L
G
 
G
S
 
H
S
 
E
P
 
A
A
 
Q
N
 
I
D
 
M
R
|
R
K
 
T
K
 
E
G
 
G
F
 
N
D
 
K
E
 
Q
T
 
I
I
 
I
K
 
E
A
 
E
A
 
H
G
 
D
G
 
G
F
 
L
E
 
E
I
 
V
V
 
V
A
 
L
S
 
Q
Q
 
G
S
 
T
G
 
A
D
 
K
F
 
F
A
 
D
R
 
R
D
 
S
K
 
E
G
 
G
R
 
M
Q
 
R
V
 
L
A
 
M
E
 
E
A
 
N
L
 
W
L
 
L
Q
 
N
A
 
S
H
 
G
P
 
T
D
 
E
A
 
I
D
 
D
I
 
A
V
 
V
Y
 
V
A
 
A
H
 
N
N
|
N
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
L
A
 
A
I
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
V
G
 
G
K
 
K
V
x
L
P
 
-
G
 
-
K
 
D
D
 
D
V
|
V
L
 
I
V
 
V
L
 
A
S
 
G
I
 
I
D
|
D
G
 
A
G
 
T
K
 
P
E
 
A
A
 
A
V
 
L
Q
 
E
A
 
A
V
 
M
I
 
K
D
 
E
G
 
G
K
 
K
I
 
L
A
 
D
A
 
V
V
 
T
V
 
V
E
 
F
C
x
Q
N
 
D
P
 
A
R
 
K
-
 
G
F
 
Q
G
 
G
P
 
A
K
 
T
A
 
S
F
 
V
E
 
K
T
 
V
M
 
A
L
 
V
R
 
Q
Y
 
A
A
 
A
K
 
N
G
 
G
E
 
E
K
 
D
I
 
V
D
 
E
P
 
D
M
 
A
V
 
M
I
 
I

Sites not aligning to the query:

5dteB Crystal structure of an abc transporter periplasmic solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z(asuc_0081, target efi-511065) with bound d-allose
35% identity, 63% coverage: 79:285/327 of query aligns to 45:249/287 of 5dteB

query
sites
5dteB
S
 
S
A
 
T
A
 
E
K
 
Q
Q
 
L
V
 
V
A
 
G
D
 
L
V
 
V
N
 
E
S
 
N
M
 
M
I
 
I
A
 
A
Q
 
K
G
 
K
V
 
V
D
 
D
L
 
A
I
 
I
F
 
I
L
 
V
A
 
T
P
 
P
R
 
N
E
 
D
E
 
S
K
 
I
P
 
A
L
 
F
I
 
I
P
 
P
A
 
A
V
 
F
M
 
Q
A
 
K
A
 
A
K
 
E
K
 
K
A
 
A
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
I
I
 
I
L
 
D
L
 
L
D
|
D
R
 
V
S
 
R
V
 
L
D
 
D
P
 
A
S
 
K
L
 
A
A
 
A
K
 
E
A
 
A
G
 
A
E
 
G
D
 
L
Y
 
K
V
 
F
T
 
N
F
 
Y
I
 
V
G
 
G
S
 
V
D
 
D
F
 
N
I
 
F
E
 
N
E
 
G
G
 
G
K
 
Y
R
 
L
I
 
E
A
 
A
E
 
K
W
 
N
L
 
L
V
 
A
K
 
E
N
 
A
A
 
I
N
 
G
G
 
K
K
 
K
S
 
G
K
 
N
I
 
V
I
 
A
E
 
I
L
 
L
E
 
E
G
 
G
T
 
I
T
 
P
G
 
G
S
 
V
S
 
D
P
x
N
A
 
G
N
 
E
D
 
Q
R
|
R
K
 
K
K
 
G
G
 
G
F
 
A
D
 
L
E
 
K
T
 
A
I
 
F
K
 
A
A
 
E
A
 
Y
G
 
P
G
 
D
F
 
I
E
 
K
I
 
I
V
 
V
A
 
A
S
 
S
Q
 
Q
S
 
S
G
 
A
D
 
N
F
x
W
A
 
E
R
 
T
D
 
E
K
 
Q
G
 
A
R
 
L
Q
 
N
V
 
V
A
 
T
E
 
T
A
 
N
L
 
I
L
 
L
Q
 
T
A
 
A
H
 
N
P
 
P
D
 
N
A
 
I
D
 
N
I
 
G
V
 
I
Y
 
F
A
 
A
H
 
A
N
 
N
D
 
D
E
 
N
M
 
M
A
 
A
I
 
I
G
 
G
A
 
A
I
 
V
A
 
T
A
 
A
I
 
V
E
 
E
A
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
-
V
 
L
P
 
A
G
 
G
K
 
K
D
 
-
V
 
V
L
 
L
V
 
V
L
 
S
S
 
G
I
 
Y
D
|
D
G
 
G
G
 
I
K
 
P
E
 
L
A
 
A
V
 
I
Q
 
E
A
 
Y
V
 
V
I
 
K
D
 
Q
G
 
G
K
 
K
I
 
M
A
 
Q
A
 
N
V
 
T
V
 
I
E
 
D
C
x
Q
N
 
L
P
 
P
R
 
K

Sites not aligning to the query:

5ibqA Crystal structure of an abc solute binding protein from rhizobium etli cfn 42 (rhe_pf00037,target efi-511357) in complex with alpha-d-apiose
30% identity, 71% coverage: 49:280/327 of query aligns to 13:236/287 of 5ibqA

query
sites
5ibqA
N
 
D
N
|
N
P
 
P
W
x
F
R
 
F
I
 
K
A
 
A
Q
 
E
T
 
A
N
 
V
S
 
G
M
 
A
K
 
E
A
 
A
E
 
K
A
 
A
E
 
K
K
 
E
L
 
L
G
 
G
H
 
Y
Q
 
E
L
 
T
V
 
L
Y
 
V
T
 
M
D
 
T
A
 
H
A
 
D
G
 
D
S
 
D
A
 
A
A
 
N
K
 
K
Q
 
Q
V
 
S
A
 
E
D
 
M
V
 
I
N
 
D
S
 
T
M
 
A
I
 
I
A
 
G
Q
 
R
G
 
G
V
 
A
D
 
K
L
 
A
I
 
I
F
 
I
L
 
L
A
 
D
P
 
N
R
 
A
E
 
G
E
 
A
K
 
D
P
 
A
L
 
S
I
 
V
P
 
A
A
 
A
V
 
V
M
 
K
A
 
K
A
 
A
K
 
K
K
 
D
A
 
A
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
S
I
 
F
L
 
L
L
 
I
D
|
D
R
|
R
S
 
E
V
 
I
D
 
N
P
 
A
S
 
T
L
 
-
A
 
-
K
 
-
A
 
-
G
 
G
E
 
V
D
 
A
Y
 
V
V
 
A
T
 
Q
F
 
I
I
 
V
G
 
S
S
 
N
D
 
N
F
 
Y
I
 
-
E
 
-
E
 
Q
G
 
G
K
 
A
R
 
Q
I
 
L
-
 
G
A
 
A
E
 
Q
W
 
E
L
 
F
V
 
V
K
 
K
N
 
L
A
 
M
N
 
G
G
 
E
K
 
K
S
 
G
K
 
N
I
 
Y
I
 
V
E
 
E
L
 
L
E
 
V
G
 
G
T
 
K
T
 
E
G
 
S
S
x
D
S
 
T
P
x
N
A
 
A
N
 
G
D
 
I
R
|
R
K
 
S
K
 
Q
G
 
G
F
 
Y
D
 
H
E
x
D
T
 
V
I
 
I
K
x
D
A
x
D
A
 
Y
G
 
P
G
 
E
F
 
M
E
 
K
I
 
S
V
 
V
A
 
A
S
 
K
Q
 
Q
S
 
S
G
 
A
D
 
N
F
x
W
A
 
S
R
 
Q
D
 
T
K
 
E
G
 
A
R
 
Y
Q
 
S
V
 
K
A
 
M
E
 
E
A
 
T
L
 
I
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
H
 
N
P
 
P
D
 
D
A
 
I
D
 
K
I
 
G
V
 
V
Y
 
I
A
 
S
H
 
G
N
|
N
D
 
D
E
 
T
M
 
M
A
 
A
I
 
M
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
A
I
 
L
E
 
Q
A
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
R
V
 
-
P
 
-
G
 
-
K
 
K
D
 
D
V
 
V
L
 
I
V
 
V
L
 
V
S
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
G
G
 
S
K
 
N
E
 
D
A
 
V
V
 
R
Q
 
D
A
 
S
V
 
I
I
 
K
D
 
S
G
 
G
K
 
G
I
 
I
A
 
K
A
 
A
V
 
T
V
 
V

4ry0A Crystal structure of ribose transporter solute binding protein rhe_pf00037 from rhizobium etli cfn 42, target efi-511357, in complex with d-ribose
30% identity, 71% coverage: 49:280/327 of query aligns to 13:236/287 of 4ry0A

query
sites
4ry0A
N
 
D
N
|
N
P
 
P
W
 
F
R
x
F
I
 
K
A
 
A
Q
 
E
T
 
A
N
 
V
S
 
G
M
 
A
K
 
E
A
 
A
E
 
K
A
 
A
E
 
K
K
 
E
L
 
L
G
 
G
H
 
Y
Q
 
E
L
 
T
V
 
L
Y
 
V
T
 
M
D
 
T
A
 
H
A
 
D
G
 
D
S
 
D
A
 
A
A
 
N
K
 
K
Q
 
Q
V
 
S
A
 
E
D
 
M
V
 
I
N
 
D
S
 
T
M
 
A
I
 
I
A
 
G
Q
 
R
G
 
G
V
 
A
D
 
K
L
 
A
I
 
I
F
 
I
L
 
L
A
 
D
P
 
N
R
 
A
E
 
G
E
 
A
K
 
D
P
 
A
L
 
S
I
 
V
P
 
A
A
 
A
V
 
V
M
 
K
A
 
K
A
 
A
K
 
K
K
 
D
A
 
A
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
S
I
 
F
L
 
L
L
 
I
D
|
D
R
|
R
S
 
E
V
 
I
D
 
N
P
 
A
S
 
T
L
 
-
A
 
-
K
 
-
A
 
-
G
 
G
E
 
V
D
 
A
Y
 
V
V
 
A
T
 
Q
F
 
I
I
 
V
G
 
S
S
 
N
D
 
N
F
 
Y
I
 
-
E
 
-
E
 
Q
G
 
G
K
 
A
R
 
Q
I
 
L
-
 
G
A
 
A
E
 
Q
W
 
E
L
 
F
V
 
V
K
 
K
N
 
L
A
 
M
N
 
G
G
 
E
K
 
K
S
 
G
K
 
N
I
 
Y
I
 
V
E
 
E
L
 
L
E
 
V
G
 
G
T
 
K
T
 
E
G
 
S
S
x
D
S
 
T
P
 
N
A
 
A
N
 
G
D
 
I
R
|
R
K
 
S
K
 
Q
G
 
G
F
 
Y
D
 
H
E
x
D
T
 
V
I
 
I
K
x
D
A
x
D
A
 
Y
G
 
P
G
 
E
F
 
M
E
 
K
I
 
S
V
 
V
A
 
A
S
 
K
Q
 
Q
S
 
S
G
 
A
D
 
N
F
x
W
A
 
S
R
 
Q
D
 
T
K
 
E
G
 
A
R
 
Y
Q
 
S
V
 
K
A
 
M
E
 
E
A
 
T
L
 
I
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
H
 
N
P
 
P
D
 
D
A
 
I
D
 
K
I
 
G
V
 
V
Y
 
I
A
 
S
H
 
G
N
|
N
D
 
D
E
 
T
M
 
M
A
 
A
I
 
M
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
A
I
 
L
E
 
Q
A
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
R
V
 
-
P
 
-
G
 
-
K
 
K
D
 
D
V
 
V
L
 
I
V
 
V
L
 
V
S
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
G
G
 
S
K
 
N
E
 
D
A
 
V
V
 
R
Q
 
D
A
 
S
V
 
I
I
 
K
D
 
S
G
 
G
K
 
G
I
 
I
A
 
K
A
 
A
V
 
T
V
 
V

Sites not aligning to the query:

1rpjA Crystal structure of d-allose binding protein from escherichia coli (see paper)
30% identity, 79% coverage: 49:306/327 of query aligns to 12:272/288 of 1rpjA

query
sites
1rpjA
N
 
S
N
|
N
P
 
P
W
x
F
R
 
W
I
 
V
A
 
D
Q
 
M
T
 
K
N
 
K
S
 
G
M
 
I
K
 
E
A
 
D
E
 
E
A
 
A
E
 
K
K
 
T
L
 
L
G
 
G
H
 
V
Q
 
S
-
 
V
-
 
D
L
 
I
V
 
F
Y
 
A
T
 
S
D
 
P
A
 
S
A
x
E
G
 
G
S
 
D
A
 
F
A
 
Q
K
 
S
Q
 
Q
V
 
L
A
 
Q
D
 
L
V
 
F
N
 
E
S
 
D
M
 
L
I
 
S
A
 
N
Q
 
K
G
 
N
V
 
Y
D
 
K
L
 
G
I
 
I
F
 
A
L
 
F
A
 
A
P
 
P
R
 
L
E
 
S
E
 
S
K
 
V
P
 
N
L
 
L
I
 
V
P
 
M
A
 
P
V
 
V
M
 
A
A
 
R
A
 
A
K
 
W
K
 
K
A
 
K
G
 
G
I
 
I
P
 
Y
V
 
L
I
 
V
L
 
N
L
 
L
D
|
D
R
 
E
S
 
K
V
 
I
D
 
D
-
 
M
P
 
D
S
 
N
L
 
L
A
 
K
K
 
K
A
 
A
G
 
G
E
 
G
D
 
N
Y
 
V
V
 
E
T
 
A
F
 
F
I
 
V
G
 
T
S
 
T
D
 
D
F
 
N
I
 
V
E
 
A
E
 
V
G
 
G
K
 
A
R
 
K
I
 
G
A
 
A
E
 
S
W
 
F
L
 
I
V
 
I
K
 
D
N
 
K
A
 
L
N
 
G
G
 
A
K
 
E
S
 
G
-
 
G
K
 
E
I
 
V
I
 
A
E
 
I
L
 
I
E
 
E
G
 
G
T
 
K
T
 
A
G
 
G
S
 
N
S
 
A
P
x
S
A
 
G
N
 
E
D
 
A
R
|
R
K
 
R
K
 
N
G
 
G
F
 
A
D
 
T
E
 
E
T
 
A
I
 
F
K
 
K
A
 
K
A
 
A
G
 
S
G
 
Q
F
 
I
E
 
K
I
 
L
V
 
V
A
 
A
S
 
S
Q
 
Q
S
 
P
G
 
A
D
 
D
F
x
W
A
 
D
R
 
R
D
 
I
K
 
K
G
 
A
R
 
L
Q
 
D
V
 
V
A
 
A
E
 
T
A
 
N
L
 
V
L
 
L
Q
 
Q
A
 
R
H
 
N
P
 
P
D
 
N
A
 
I
D
 
K
I
 
A
V
 
I
Y
 
Y
A
 
C
H
 
A
N
|
N
D
 
D
E
 
T
M
 
M
A
 
A
I
 
M
G
 
G
A
 
V
I
 
A
A
 
Q
A
 
A
I
 
V
E
 
A
A
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
V
 
T
P
 
-
G
 
G
K
 
K
D
 
-
V
 
V
L
 
L
V
 
V
L
 
V
S
 
G
I
 
T
D
|
D
G
 
G
G
 
I
K
 
P
E
 
E
A
 
A
V
 
R
Q
 
K
A
 
M
V
 
V
I
 
E
D
 
A
G
 
G
K
 
Q
I
 
M
A
 
T
A
 
A
V
 
T
V
 
V
E
 
A
C
x
Q
N
 
N
P
 
P
-
 
A
R
 
D
F
 
I
G
 
G
P
 
A
K
 
T
A
 
G
F
 
L
E
 
K
T
 
L
M
 
M
L
 
V
R
 
D
Y
 
A
A
 
E
K
 
K
G
 
S
E
 
G
K
 
K
I
 
V
D
 
I
P
 
P
M
 
L

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>SM_b21345 FitnessBrowser__Smeli:SM_b21345
MNRISRRAFMLAATAAGAIAIAGTVAFAELPKLAQKETYKVGFAQTESNNPWRIAQTNSM
KAEAEKLGHQLVYTDAAGSAAKQVADVNSMIAQGVDLIFLAPREEKPLIPAVMAAKKAGI
PVILLDRSVDPSLAKAGEDYVTFIGSDFIEEGKRIAEWLVKNANGKSKIIELEGTTGSSP
ANDRKKGFDETIKAAGGFEIVASQSGDFARDKGRQVAEALLQAHPDADIVYAHNDEMAIG
AIAAIEAAGKVPGKDVLVLSIDGGKEAVQAVIDGKIAAVVECNPRFGPKAFETMLRYAKG
EKIDPMVINEDKFYDSSNAAAELANAY

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory