SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing SMa0216 FitnessBrowser__Smeli:SMa0216 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P04983 Ribose import ATP-binding protein RbsA; EC 7.5.2.7 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
35% identity, 97% coverage: 7:244/246 of query aligns to 4:238/501 of P04983

query
sites
P04983
L
 
L
L
 
L
E
 
Q
L
 
L
H
 
K
N
 
G
I
 
I
S
 
D
K
 
K
S
 
A
F
 
F
G
 
P
A
 
G
L
 
V
T
 
K
A
 
A
L
 
L
R
 
S
N
 
G
L
 
A
S
 
A
F
 
L
H
 
N
I
 
V
G
 
Y
E
 
P
G
 
G
E
 
R
V
 
V
V
 
M
G
 
A
L
 
L
L
 
V
G
 
G
D
 
E
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
|
K
S
 
S
T
 
T
T
 
M
V
 
M
N
 
K
L
 
V
I
 
L
S
 
T
G
 
G
I
 
I
H
 
Y
K
 
T
P
 
R
T
 
D
D
 
A
G
 
G
Y
 
T
L
 
L
S
 
L
V
 
W
D
 
L
G
 
G
K
 
K
K
 
E
T
 
T
T
 
T
F
 
F
S
 
T
C
 
G
R
 
P
S
 
K
D
 
S
S
 
S
A
 
Q
D
 
E
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
G
T
 
I
I
 
I
Y
 
H
Q
 
Q
H
 
E
T
 
L
A
 
N
L
 
L
V
 
I
D
 
P
S
 
Q
L
 
L
S
 
T
I
 
I
T
 
A
R
 
E
N
 
N
I
 
I
F
 
F
M
 
L
G
 
G
R
 
R
E
 
E
L
 
F
T
 
V
D
 
N
R
 
R
F
 
F
G
 
G
F
 
K
L
 
I
R
 
D
Q
 
W
R
 
K
E
 
T
M
 
M
R
 
Y
D
 
A
I
 
E
A
 
A
M
 
D
E
 
K
V
 
L
L
 
L
Q
 
-
N
 
-
A
 
-
V
 
A
H
 
K
I
 
L
S
 
N
G
 
L
I
 
R
D
 
F
S
 
K
P
 
S
D
 
D
T
 
K
L
 
L
V
 
V
G
 
G
N
 
D
L
 
L
S
 
S
G
 
I
G
 
G
Q
 
D
K
 
Q
Q
 
Q
A
 
M
V
 
V
A
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
K
A
 
V
V
 
L
Y
 
S
F
 
F
K
 
E
K
 
S
R
 
K
V
 
V
L
 
I
L
 
I
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
S
 
D
A
 
A
L
 
L
S
 
T
V
 
D
R
 
T
E
 
E
T
 
T
E
 
E
A
 
S
L
 
L
L
 
F
N
 
R
Q
 
V
V
 
I
L
 
R
K
 
E
L
 
L
K
 
K
A
 
S
E
 
Q
N
 
G
V
 
R
S
 
G
S
 
I
V
 
V
L
 
Y
V
 
I
T
 
S
H
 
H
N
 
R
L
 
M
Y
 
K
H
 
E
A
 
I
Y
 
F
Q
 
E
V
 
I
C
 
C
D
 
D
R
 
D
F
 
V
V
 
T
I
 
V
M
 
F
S
 
R
H
 
D
G
 
G
T
 
Q
K
 
F
V
 
I
F
 
A
D
 
E
V
 
R
Q
 
E
K
 
V
A
 
A
D
 
S
T
 
L
T
 
T
I
 
E
S
 
D
Q
 
S
L
 
L
T
 
I
E
 
E
Y
 
M
V
 
M
V
 
V

4ymuJ Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines and atps (see paper)
32% identity, 88% coverage: 10:226/246 of query aligns to 4:215/240 of 4ymuJ

query
sites
4ymuJ
L
 
V
H
 
N
N
 
D
I
 
V
S
 
Y
K
 
K
S
 
N
F
|
F
G
 
G
A
 
S
L
 
L
T
 
E
A
x
V
L
 
L
R
 
K
N
 
G
L
 
V
S
 
T
F
 
L
H
 
K
I
 
V
G
 
N
E
 
K
G
 
G
E
 
E
V
 
V
V
 
V
G
 
V
L
 
I
L
 
I
G
 
G
D
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
T
 
L
V
 
L
N
 
R
L
 
C
I
 
I
S
 
N
G
 
L
I
 
L
H
 
E
K
 
E
P
 
P
T
 
T
D
 
K
G
 
G
Y
 
E
L
 
V
S
 
F
V
 
I
D
 
D
G
 
G
K
 
V
K
 
K
-
 
I
T
 
N
T
 
N
F
 
G
S
 
K
C
 
V
R
 
N
S
 
I
D
 
N
S
 
K
A
 
V
D
 
R
A
 
Q
G
 
K
I
 
V
E
 
G
T
 
M
I
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
H
 
H
T
 
F
A
 
N
L
 
L
V
 
F
D
 
P
S
 
H
L
 
L
S
 
T
I
 
A
T
 
I
R
 
E
N
 
N
I
 
I
F
 
T
M
 
L
G
 
A
R
 
P
E
 
V
L
 
K
T
 
V
D
 
K
R
 
K
F
 
-
G
 
-
F
 
-
L
 
M
R
 
N
Q
 
K
R
 
K
E
 
E
M
 
A
R
 
E
D
 
E
I
 
L
A
 
A
M
 
V
E
 
D
V
 
L
L
 
L
Q
 
-
N
 
-
A
 
-
V
 
A
H
 
K
I
 
V
S
 
G
G
 
L
I
 
L
D
 
D
S
 
K
P
 
K
D
 
D
T
 
Q
L
 
Y
V
 
P
G
 
I
N
 
K
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
A
 
R
V
 
L
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
L
Y
 
A
F
 
M
K
 
Q
K
 
P
R
 
E
V
 
V
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
S
 
D
V
 
P
R
 
E
E
 
M
T
 
V
E
 
K
A
 
E
L
 
V
L
 
L
N
 
N
Q
 
V
V
 
M
L
 
K
K
 
Q
L
 
L
K
 
A
A
 
N
E
 
E
N
 
G
V
 
M
S
 
T
S
 
M
V
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
|
H
N
 
E
L
 
M
Y
 
G
H
 
F
A
 
A
Y
 
R
Q
 
E
V
 
V
C
 
G
D
 
D
R
 
R
F
 
V
V
 
I
I
 
F
M
 
M
S
 
D
H
 
D
G
 
G
T
 
V
K
 
I
V
 
V

1vciA Crystal structure of the atp-binding cassette of multisugar transporter from pyrococcus horikoshii ot3 complexed with atp (see paper)
31% identity, 88% coverage: 8:223/246 of query aligns to 7:205/353 of 1vciA

query
sites
1vciA
L
 
V
E
 
K
L
 
L
H
 
E
N
 
N
I
 
L
S
 
T
K
 
K
S
 
R
F
|
F
G
 
G
A
 
N
L
x
F
T
 
T
A
 
A
L
 
V
R
 
N
N
 
K
L
 
L
S
 
N
F
 
L
H
 
T
I
 
I
G
 
K
E
 
D
G
 
G
E
 
E
V
 
F
V
 
L
G
 
V
L
 
L
L
 
L
G
 
G
D
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
T
 
T
V
 
L
N
 
R
L
 
M
I
 
I
S
 
A
G
 
G
I
 
L
H
 
E
K
 
E
P
 
P
T
 
T
D
 
E
G
 
G
Y
 
R
L
 
I
S
 
Y
V
 
F
D
 
G
G
 
D
K
 
R
K
 
D
T
 
V
T
 
T
F
 
Y
S
 
L
C
 
P
R
 
-
S
 
-
D
 
-
S
 
P
A
 
K
D
 
D
A
 
R
G
 
N
I
 
I
E
 
S
T
 
M
I
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
H
 
H
T
 
M
A
 
T
L
 
V
V
 
Y
D
 
E
S
 
N
L
 
I
S
 
A
I
 
F
T
 
P
R
 
L
N
 
K
I
 
K
F
 
F
M
 
P
G
 
K
R
 
D
E
 
E
L
 
I
T
 
D
D
 
K
R
 
R
F
 
V
G
 
R
F
 
W
L
 
-
R
 
-
Q
 
-
R
 
-
E
 
-
M
 
-
R
 
-
D
 
-
I
 
-
A
 
A
M
 
A
E
 
E
V
 
L
L
 
L
Q
 
Q
N
 
I
A
 
E
V
 
E
H
 
L
I
 
L
S
 
N
G
 
R
I
 
Y
D
 
P
S
 
A
P
 
-
D
 
-
T
 
-
L
 
-
V
 
-
G
 
-
N
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
R
Q
 
Q
A
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
V
A
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
I
Y
 
V
F
 
V
K
 
E
K
 
P
R
 
D
V
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
L
S
 
S
A
 
N
L
 
L
S
 
D
V
 
A
R
 
K
E
 
L
T
 
R
E
 
V
A
 
A
L
 
M
L
 
R
N
 
A
Q
 
E
V
 
I
L
 
K
K
 
K
L
 
L
K
 
Q
A
 
Q
E
 
K
-
 
L
N
 
K
V
 
V
S
 
T
S
 
T
V
 
I
L
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
 
H
N
 
D
L
 
Q
Y
 
V
H
 
E
A
 
A
Y
 
M
Q
 
T
V
 
M
C
 
G
D
 
D
R
 
R
F
 
I
V
 
A
I
 
V
M
 
M
S
 
N
H
 
R
G
 
G

P30750 Methionine import ATP-binding protein MetN; EC 7.4.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
33% identity, 88% coverage: 7:223/246 of query aligns to 1:217/343 of P30750

query
sites
P30750
L
 
M
L
 
I
E
 
K
L
 
L
H
 
S
N
 
N
I
 
I
S
 
T
K
 
K
S
 
V
F
 
F
-
 
H
-
 
Q
-
 
G
-
 
T
G
 
R
A
 
T
L
 
I
T
 
Q
A
 
A
L
 
L
R
 
N
N
 
N
L
 
V
S
 
S
F
 
L
H
 
H
I
 
V
G
 
P
E
 
A
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
V
 
Y
G
 
G
L
 
V
L
 
I
G
 
G
D
 
A
N
x
S
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
T
 
L
V
 
I
N
 
R
L
 
C
I
 
V
S
 
N
G
 
L
I
 
L
H
 
E
K
 
R
P
 
P
T
 
T
D
 
E
G
 
G
Y
 
S
L
 
V
S
 
L
V
 
V
D
 
D
G
 
G
K
 
Q
K
 
E
T
 
L
T
 
T
F
 
T
S
 
L
C
 
S
R
 
E
S
 
S
D
 
E
-
 
L
-
 
T
S
 
K
A
 
A
D
 
R
A
 
R
G
 
Q
I
 
I
E
 
G
T
 
M
I
 
I
Y
 
F
Q
 
Q
H
 
H
T
 
F
A
 
N
L
 
L
V
 
L
D
 
S
S
 
S
L
 
R
S
 
T
I
 
V
T
 
F
R
 
G
N
 
N
I
 
V
F
 
A
M
 
L
G
 
P
R
 
L
E
 
E
L
 
L
T
 
D
D
 
N
R
 
T
F
 
-
G
 
-
F
 
-
L
 
-
R
 
P
Q
 
K
R
 
D
E
 
E
M
 
V
R
 
K
D
 
R
I
 
R
A
 
V
M
 
T
E
 
E
V
 
L
L
 
L
Q
 
S
N
 
-
A
 
-
V
 
-
H
 
-
I
 
L
S
 
V
G
 
G
I
 
L
-
 
G
D
 
D
S
 
K
P
 
H
D
 
D
T
 
S
L
 
Y
V
 
P
G
 
S
N
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
A
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
L
Y
 
A
F
 
S
K
 
N
K
 
P
R
 
K
V
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
|
E
P
 
A
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
S
 
D
V
 
P
R
 
A
E
 
T
T
 
T
E
 
R
A
 
S
L
 
I
L
 
L
N
 
E
Q
 
L
V
 
L
L
 
K
K
 
D
L
 
I
K
 
N
A
 
R
E
 
R
-
 
L
N
 
G
V
 
L
S
 
T
S
 
I
V
 
L
L
 
L
V
 
I
T
 
T
H
 
H
N
 
E
L
 
M
Y
 
D
H
 
V
A
 
V
Y
 
K
Q
 
R
V
 
I
C
 
C
D
 
D
R
 
C
F
 
V
V
 
A
I
 
V
M
 
I
S
 
S
H
 
N
G
 
G

Sites not aligning to the query:

6cvlD Crystal structure of the escherichia coli atpgs-bound metni methionine abc transporter in complex with its metq binding protein (see paper)
33% identity, 89% coverage: 6:223/246 of query aligns to 1:218/344 of 6cvlD

query
sites
6cvlD
N
 
H
L
 
M
L
 
I
E
 
K
L
 
L
H
 
S
N
 
N
I
 
I
S
 
T
K
 
K
S
 
V
F
|
F
G
 
H
-
x
Q
-
 
G
-
 
T
-
 
R
A
 
T
L
x
I
T
 
Q
A
 
A
L
 
L
R
 
N
N
 
N
L
 
V
S
 
S
F
 
L
H
 
H
I
 
V
G
 
P
E
 
A
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
V
 
Y
G
 
G
L
 
V
L
 
I
G
 
G
D
 
A
N
x
S
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
T
 
L
V
 
I
N
 
R
L
 
C
I
 
V
S
 
N
G
 
L
I
 
L
H
 
E
K
 
R
P
 
P
T
 
T
D
 
E
G
 
G
Y
 
S
L
 
V
S
 
L
V
 
V
D
 
D
G
 
G
K
 
Q
K
 
E
T
 
L
T
 
T
F
 
T
S
 
L
C
 
S
R
 
E
S
 
S
D
 
E
-
 
L
-
 
T
S
 
K
A
 
A
D
 
R
A
 
R
G
 
Q
I
 
I
E
 
G
T
 
M
I
 
I
Y
 
F
Q
 
Q
H
 
H
T
 
F
A
 
N
L
 
L
V
 
L
D
 
S
S
 
S
L
 
R
S
 
T
I
 
V
T
 
F
R
 
G
N
 
N
I
 
V
F
 
A
M
 
L
G
 
P
R
 
L
E
 
E
L
 
L
T
 
D
D
 
N
R
 
T
F
 
-
G
 
-
F
 
-
L
 
-
R
 
P
Q
 
K
R
 
D
E
 
E
M
 
V
R
 
K
D
 
R
I
 
R
A
 
V
M
 
T
E
 
E
V
 
L
L
 
L
Q
 
S
N
 
-
A
 
-
V
 
-
H
 
-
I
 
L
S
 
V
G
 
G
I
 
L
-
 
G
D
 
D
S
 
K
P
 
H
D
 
D
T
 
S
L
 
Y
V
 
P
G
 
S
N
|
N
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
|
Q
K
 
K
Q
 
Q
A
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
L
Y
 
A
F
 
S
K
 
N
K
 
P
R
 
K
V
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
S
 
D
V
 
P
R
 
A
E
 
T
T
 
T
E
 
R
A
 
S
L
 
I
L
 
L
N
 
E
Q
 
L
V
 
L
L
 
K
K
 
D
L
 
I
K
 
N
A
 
R
E
 
R
-
 
L
N
 
G
V
 
L
S
 
T
S
 
I
V
 
L
L
 
L
V
 
I
T
 
T
H
|
H
N
 
E
L
 
M
Y
 
D
H
 
V
A
 
V
Y
 
K
Q
 
R
V
 
I
C
 
C
D
 
D
R
 
C
F
 
V
V
 
A
I
 
V
M
 
I
S
 
S
H
 
N
G
 
G

3tuzC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 semet soak crystal form (see paper)
33% identity, 89% coverage: 6:223/246 of query aligns to 1:218/344 of 3tuzC

query
sites
3tuzC
N
 
H
L
 
M
L
 
I
E
 
K
L
 
L
H
 
S
N
 
N
I
 
I
S
 
T
K
 
K
S
 
V
F
|
F
G
 
H
-
x
Q
-
 
G
-
 
T
-
 
R
A
 
T
L
 
I
T
 
Q
A
 
A
L
 
L
R
 
N
N
 
N
L
 
V
S
 
S
F
 
L
H
 
H
I
 
V
G
 
P
E
 
A
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
V
 
Y
G
 
G
L
 
V
L
 
I
G
 
G
D
 
A
N
 
S
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
T
 
L
V
 
I
N
 
R
L
 
C
I
 
V
S
 
N
G
 
L
I
 
L
H
 
E
K
 
R
P
 
P
T
 
T
D
 
E
G
 
G
Y
 
S
L
 
V
S
 
L
V
 
V
D
 
D
G
 
G
K
 
Q
K
 
E
T
 
L
T
 
T
F
 
T
S
 
L
C
 
S
R
 
E
S
 
S
D
 
E
-
 
L
-
 
T
S
 
K
A
 
A
D
 
R
A
 
R
G
 
Q
I
 
I
E
 
G
T
 
M
I
 
I
Y
 
F
Q
 
Q
H
 
H
T
 
F
A
 
N
L
 
L
V
 
L
D
 
S
S
 
S
L
 
R
S
 
T
I
 
V
T
 
F
R
 
G
N
 
N
I
 
V
F
 
A
M
 
L
G
 
P
R
 
L
E
 
E
L
 
L
T
 
D
D
 
N
R
 
T
F
 
-
G
 
-
F
 
-
L
 
-
R
 
P
Q
 
K
R
 
D
E
 
E
M
 
V
R
 
K
D
 
R
I
 
R
A
 
V
M
 
T
E
 
E
V
 
L
L
 
L
Q
 
S
N
 
-
A
 
-
V
 
-
H
 
-
I
 
L
S
 
V
G
 
G
I
 
L
-
 
G
D
 
D
S
 
K
P
 
H
D
 
D
T
 
S
L
 
Y
V
 
P
G
 
S
N
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
A
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
L
Y
 
A
F
 
S
K
 
N
K
 
P
R
 
K
V
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
S
 
D
V
 
P
R
 
A
E
 
T
T
 
T
E
 
R
A
 
S
L
 
I
L
 
L
N
 
E
Q
 
L
V
 
L
L
 
K
K
 
D
L
 
I
K
 
N
A
 
R
E
 
R
-
 
L
N
 
G
V
 
L
S
 
T
S
 
I
V
 
L
L
 
L
V
 
I
T
 
T
H
 
H
N
 
E
L
 
M
Y
 
D
H
 
V
A
 
V
Y
 
K
Q
 
R
V
 
I
C
 
C
D
 
D
R
 
C
F
 
V
V
 
A
I
 
V
M
 
I
S
 
S
H
 
N
G
 
G

Sites not aligning to the query:

3tuiC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 native crystal form (see paper)
33% identity, 89% coverage: 6:223/246 of query aligns to 1:218/344 of 3tuiC

query
sites
3tuiC
N
 
H
L
 
M
L
 
I
E
 
K
L
 
L
H
 
S
N
 
N
I
 
I
S
 
T
K
 
K
S
 
V
F
|
F
G
 
H
-
 
Q
-
 
G
-
 
T
-
 
R
A
 
T
L
 
I
T
 
Q
A
 
A
L
 
L
R
 
N
N
 
N
L
 
V
S
 
S
F
 
L
H
 
H
I
 
V
G
 
P
E
 
A
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
V
 
Y
G
 
G
L
 
V
L
 
I
G
 
G
D
 
A
N
 
S
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
T
 
L
V
 
I
N
 
R
L
 
C
I
 
V
S
 
N
G
 
L
I
 
L
H
 
E
K
 
R
P
 
P
T
 
T
D
 
E
G
 
G
Y
 
S
L
 
V
S
 
L
V
 
V
D
 
D
G
 
G
K
 
Q
K
 
E
T
 
L
T
 
T
F
 
T
S
 
L
C
 
S
R
 
E
S
 
S
D
 
E
-
 
L
-
 
T
S
 
K
A
 
A
D
 
R
A
 
R
G
 
Q
I
 
I
E
 
G
T
 
M
I
 
I
Y
 
F
Q
 
Q
H
 
H
T
 
F
A
 
N
L
 
L
V
 
L
D
 
S
S
 
S
L
 
R
S
 
T
I
 
V
T
 
F
R
 
G
N
 
N
I
 
V
F
 
A
M
 
L
G
 
P
R
 
L
E
 
E
L
 
L
T
 
D
D
 
N
R
 
T
F
 
-
G
 
-
F
 
-
L
 
-
R
 
P
Q
 
K
R
 
D
E
 
E
M
 
V
R
 
K
D
 
R
I
 
R
A
 
V
M
 
T
E
 
E
V
 
L
L
 
L
Q
 
S
N
 
-
A
 
-
V
 
-
H
 
-
I
 
L
S
 
V
G
 
G
I
 
L
-
 
G
D
 
D
S
 
K
P
 
H
D
 
D
T
 
S
L
 
Y
V
 
P
G
 
S
N
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
A
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
L
Y
 
A
F
 
S
K
 
N
K
 
P
R
 
K
V
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
S
 
D
V
 
P
R
 
A
E
 
T
T
 
T
E
 
R
A
 
S
L
 
I
L
 
L
N
 
E
Q
 
L
V
 
L
L
 
K
K
 
D
L
 
I
K
 
N
A
 
R
E
 
R
-
 
L
N
 
G
V
 
L
S
 
T
S
 
I
V
 
L
L
 
L
V
 
I
T
 
T
H
 
H
N
 
E
L
 
M
Y
 
D
H
 
V
A
 
V
Y
 
K
Q
 
R
V
 
I
C
 
C
D
 
D
R
 
C
F
 
V
V
 
A
I
 
V
M
 
I
S
 
S
H
 
N
G
 
G

8wm7D Cryo-em structure of cyanobacterial nitrate/nitrite transporter nrtbcd in complex with signalling protein pii (see paper)
31% identity, 90% coverage: 4:224/246 of query aligns to 1:215/257 of 8wm7D

query
sites
8wm7D
T
 
T
P
 
D
N
 
N
L
 
F
L
 
L
E
 
V
L
 
V
H
 
E
N
 
G
I
 
V
S
 
S
K
 
K
S
 
I
F
x
Y
-
 
P
-
 
T
-
 
P
-
 
E
G
 
G
A
 
P
L
x
Y
T
 
T
A
x
V
L
 
L
R
 
D
N
 
G
L
 
I
S
 
D
F
 
L
H
 
K
I
 
V
G
 
R
E
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
F
V
 
V
G
 
C
L
 
L
L
 
I
G
 
G
D
 
H
N
x
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
T
 
L
V
 
L
N
 
N
L
 
M
I
 
I
S
 
S
G
 
G
I
 
F
H
 
N
K
 
T
P
 
P
T
 
S
D
 
E
G
 
G
Y
 
V
L
 
V
S
 
L
V
 
L
D
 
Q
G
 
D
K
 
K
K
 
P
T
 
I
T
 
T
F
 
-
S
 
-
C
 
-
R
 
-
S
 
-
D
 
-
S
 
-
A
 
-
D
 
E
A
 
P
G
 
G
I
 
P
E
 
D
-
 
R
-
 
M
T
 
M
I
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
H
 
N
T
 
Y
A
 
C
L
 
L
V
 
L
D
 
P
S
 
W
L
 
L
S
 
N
I
 
V
T
 
F
R
 
E
N
 
N
I
 
V
F
 
Y
M
 
L
G
 
A
R
 
V
E
 
D
L
 
A
T
 
V
D
 
-
R
 
-
F
 
F
G
 
P
F
 
N
L
 
K
R
 
P
Q
 
Q
R
 
A
E
 
E
M
 
K
R
 
R
D
 
A
I
 
I
A
 
V
M
 
R
E
 
E
V
 
H
L
 
L
Q
 
-
N
 
-
A
 
-
V
 
A
H
 
M
I
 
V
S
 
G
G
 
L
I
 
T
D
 
E
S
 
A
P
 
A
D
 
E
T
 
K
L
 
K
V
 
P
G
 
S
N
 
Q
L
 
I
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
K
 
K
Q
 
Q
A
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
L
Y
 
S
F
 
I
K
 
R
K
 
P
R
 
Q
V
 
V
L
 
L
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
S
 
G
A
 
A
L
 
L
S
 
D
V
 
A
R
 
I
E
 
T
T
 
K
E
 
E
A
 
E
L
 
L
L
 
Q
N
 
E
Q
 
E
V
 
L
L
 
L
K
 
Q
L
 
I
K
 
W
A
 
S
E
 
D
N
 
H
-
 
Q
V
 
V
S
 
T
S
 
V
V
 
L
L
 
M
V
 
I
T
 
T
H
 
H
N
 
D
L
 
I
Y
 
D
H
 
E
A
 
A
Y
 
L
Q
 
F
V
 
L
C
 
A
D
 
D
R
 
R
F
 
V
V
 
V
I
 
M
M
 
M
S
 
T
H
 
N
G
 
G
T
 
P

3c4jA Abc protein artp in complex with atp-gamma-s
31% identity, 89% coverage: 6:223/246 of query aligns to 2:214/242 of 3c4jA

query
sites
3c4jA
N
 
Q
L
 
M
L
 
I
E
 
D
L
 
V
H
 
H
N
 
Q
I
 
L
S
 
K
K
 
K
S
 
S
F
|
F
G
 
G
A
 
S
L
 
L
T
 
E
A
x
V
L
 
L
R
 
K
N
 
G
L
 
I
S
 
N
F
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
R
E
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
V
V
 
V
G
 
V
L
 
V
L
 
I
G
 
G
D
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
T
 
F
V
 
L
N
 
R
L
 
C
I
 
L
S
 
N
G
 
L
I
 
L
H
 
E
K
 
D
P
 
F
T
 
D
D
 
E
G
 
G
Y
 
E
L
 
I
S
 
I
V
 
I
D
 
D
G
 
G
-
 
I
-
 
N
-
 
L
K
 
K
K
 
A
T
 
K
T
 
D
F
 
T
S
 
N
C
 
L
R
 
N
S
 
K
D
 
V
S
 
R
A
 
E
D
 
E
A
 
V
G
 
G
I
 
M
E
 
-
T
 
-
I
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
H
 
R
T
 
F
A
 
N
L
 
L
V
 
F
D
 
P
S
 
H
L
 
M
S
 
T
I
 
V
T
 
L
R
 
N
N
 
N
I
 
I
F
 
T
M
 
L
G
 
A
R
 
P
E
 
M
L
 
K
T
 
V
D
 
R
R
 
K
F
 
W
G
 
-
F
 
-
L
 
-
R
 
-
Q
 
P
R
 
R
E
 
E
M
 
K
R
 
A
D
 
E
I
 
A
-
 
K
A
 
A
M
 
M
E
 
E
V
 
L
L
 
L
Q
 
D
N
 
K
A
 
-
V
 
-
H
 
-
I
 
V
S
 
G
G
 
L
I
 
K
D
 
D
S
 
K
P
 
A
D
 
H
T
 
A
L
 
Y
V
 
P
G
 
D
N
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
A
Q
 
Q
A
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
L
Y
 
A
F
 
M
K
 
E
K
 
P
R
 
K
V
 
I
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
S
 
D
V
 
P
R
 
E
E
 
M
T
 
V
E
 
G
A
 
E
L
 
V
L
 
L
N
 
S
Q
 
V
V
 
M
L
 
K
K
 
Q
L
 
L
K
 
A
A
 
N
E
 
E
N
 
G
V
 
M
S
 
T
S
 
M
V
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
N
 
E
L
 
M
Y
 
G
H
 
F
A
 
A
Y
 
R
Q
 
E
V
 
V
C
 
G
D
 
D
R
 
R
F
 
V
V
 
L
I
 
F
M
 
M
S
 
D
H
 
G
G
 
G

3c41J Abc protein artp in complex with amp-pnp/mg2+
31% identity, 89% coverage: 6:223/246 of query aligns to 2:214/242 of 3c41J

query
sites
3c41J
N
 
Q
L
 
M
L
 
I
E
 
D
L
 
V
H
 
H
N
 
Q
I
 
L
S
 
K
K
 
K
S
 
S
F
|
F
G
 
G
A
 
S
L
 
L
T
 
E
A
x
V
L
 
L
R
 
K
N
 
G
L
 
I
S
 
N
F
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
R
E
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
V
V
 
V
G
 
V
L
 
V
L
 
I
G
 
G
D
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
T
 
F
V
 
L
N
 
R
L
 
C
I
 
L
S
 
N
G
 
L
I
 
L
H
 
E
K
 
D
P
 
F
T
 
D
D
 
E
G
 
G
Y
 
E
L
 
I
S
 
I
V
 
I
D
 
D
G
 
G
-
 
I
-
 
N
-
 
L
K
 
K
K
 
A
T
 
K
T
 
D
F
 
T
S
 
N
C
 
L
R
 
N
S
 
K
D
 
V
S
 
R
A
 
E
D
 
E
A
 
V
G
 
G
I
 
M
E
 
-
T
 
-
I
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
H
 
R
T
 
F
A
 
N
L
 
L
V
 
F
D
 
P
S
 
H
L
 
M
S
 
T
I
 
V
T
 
L
R
 
N
N
 
N
I
 
I
F
 
T
M
 
L
G
 
A
R
 
P
E
 
M
L
 
K
T
 
V
D
 
R
R
 
K
F
 
W
G
 
-
F
 
-
L
 
-
R
 
-
Q
 
P
R
 
R
E
 
E
M
 
K
R
 
A
D
 
E
I
 
A
-
 
K
A
 
A
M
 
M
E
 
E
V
 
L
L
 
L
Q
 
D
N
 
K
A
 
-
V
 
-
H
 
-
I
 
V
S
 
G
G
 
L
I
 
K
D
 
D
S
 
K
P
 
A
D
 
H
T
 
A
L
 
Y
V
 
P
G
 
D
N
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
A
Q
 
Q
A
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
L
Y
 
A
F
 
M
K
 
E
K
 
P
R
 
K
V
 
I
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
|
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
S
 
D
V
 
P
R
 
E
E
 
M
T
 
V
E
 
G
A
 
E
L
 
V
L
 
L
N
 
S
Q
 
V
V
 
M
L
 
K
K
 
Q
L
 
L
K
 
A
A
 
N
E
 
E
N
 
G
V
 
M
S
 
T
S
 
M
V
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
N
 
E
L
 
M
Y
 
G
H
 
F
A
 
A
Y
 
R
Q
 
E
V
 
V
C
 
G
D
 
D
R
 
R
F
 
V
V
 
L
I
 
F
M
 
M
S
 
D
H
 
G
G
 
G

2olkA Abc protein artp in complex with adp-beta-s
31% identity, 89% coverage: 6:223/246 of query aligns to 2:214/242 of 2olkA

query
sites
2olkA
N
 
Q
L
 
M
L
 
I
E
 
D
L
 
V
H
 
H
N
 
Q
I
 
L
S
 
K
K
 
K
S
 
S
F
|
F
G
 
G
A
 
S
L
 
L
T
 
E
A
x
V
L
 
L
R
 
K
N
 
G
L
 
I
S
 
N
F
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
R
E
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
V
V
 
V
G
 
V
L
 
V
L
 
I
G
 
G
D
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
T
 
F
V
 
L
N
 
R
L
 
C
I
 
L
S
 
N
G
 
L
I
 
L
H
 
E
K
 
D
P
 
F
T
 
D
D
 
E
G
 
G
Y
 
E
L
 
I
S
 
I
V
 
I
D
 
D
G
 
G
-
 
I
-
 
N
-
 
L
K
 
K
K
 
A
T
 
K
T
 
D
F
 
T
S
 
N
C
 
L
R
 
N
S
 
K
D
 
V
S
 
R
A
 
E
D
 
E
A
 
V
G
 
G
I
 
M
E
 
-
T
 
-
I
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
H
 
R
T
 
F
A
 
N
L
 
L
V
 
F
D
 
P
S
 
H
L
 
M
S
 
T
I
 
V
T
 
L
R
 
N
N
 
N
I
 
I
F
 
T
M
 
L
G
 
A
R
 
P
E
 
M
L
 
K
T
 
V
D
 
R
R
 
K
F
 
W
G
 
-
F
 
-
L
 
-
R
 
-
Q
 
P
R
 
R
E
 
E
M
 
K
R
 
A
D
 
E
I
 
A
-
 
K
A
 
A
M
 
M
E
 
E
V
 
L
L
 
L
Q
 
D
N
 
K
A
 
-
V
 
-
H
 
-
I
 
V
S
 
G
G
 
L
I
 
K
D
 
D
S
 
K
P
 
A
D
 
H
T
 
A
L
 
Y
V
 
P
G
 
D
N
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
A
Q
 
Q
A
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
L
Y
 
A
F
 
M
K
 
E
K
 
P
R
 
K
V
 
I
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
S
 
D
V
 
P
R
 
E
E
 
M
T
 
V
E
 
G
A
 
E
L
 
V
L
 
L
N
 
S
Q
 
V
V
 
M
L
 
K
K
 
Q
L
 
L
K
 
A
A
 
N
E
 
E
N
 
G
V
 
M
S
 
T
S
 
M
V
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
N
 
E
L
 
M
Y
 
G
H
 
F
A
 
A
Y
 
R
Q
 
E
V
 
V
C
 
G
D
 
D
R
 
R
F
 
V
V
 
L
I
 
F
M
 
M
S
 
D
H
 
G
G
 
G

2oljA Abc protein artp in complex with adp/mg2+
31% identity, 89% coverage: 6:223/246 of query aligns to 2:214/242 of 2oljA

query
sites
2oljA
N
 
Q
L
 
M
L
 
I
E
 
D
L
 
V
H
 
H
N
 
Q
I
 
L
S
 
K
K
 
K
S
 
S
F
|
F
G
 
G
A
 
S
L
 
L
T
 
E
A
x
V
L
 
L
R
 
K
N
 
G
L
 
I
S
 
N
F
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
R
E
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
V
V
 
V
G
 
V
L
 
V
L
 
I
G
 
G
D
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
T
 
F
V
 
L
N
 
R
L
 
C
I
 
L
S
 
N
G
 
L
I
 
L
H
 
E
K
 
D
P
 
F
T
 
D
D
 
E
G
 
G
Y
 
E
L
 
I
S
 
I
V
 
I
D
 
D
G
 
G
-
 
I
-
 
N
-
 
L
K
 
K
K
 
A
T
 
K
T
 
D
F
 
T
S
 
N
C
 
L
R
 
N
S
 
K
D
 
V
S
 
R
A
 
E
D
 
E
A
 
V
G
 
G
I
 
M
E
 
-
T
 
-
I
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
H
 
R
T
 
F
A
 
N
L
 
L
V
 
F
D
 
P
S
 
H
L
 
M
S
 
T
I
 
V
T
 
L
R
 
N
N
 
N
I
 
I
F
 
T
M
 
L
G
 
A
R
 
P
E
 
M
L
 
K
T
 
V
D
 
R
R
 
K
F
 
W
G
 
-
F
 
-
L
 
-
R
 
-
Q
 
P
R
 
R
E
 
E
M
 
K
R
 
A
D
 
E
I
 
A
-
 
K
A
 
A
M
 
M
E
 
E
V
 
L
L
 
L
Q
 
D
N
 
K
A
 
-
V
 
-
H
 
-
I
 
V
S
 
G
G
 
L
I
 
K
D
 
D
S
 
K
P
 
A
D
 
H
T
 
A
L
 
Y
V
 
P
G
 
D
N
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
A
Q
 
Q
A
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
L
Y
 
A
F
 
M
K
 
E
K
 
P
R
 
K
V
 
I
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
S
 
D
V
 
P
R
 
E
E
 
M
T
 
V
E
 
G
A
 
E
L
 
V
L
 
L
N
 
S
Q
 
V
V
 
M
L
 
K
K
 
Q
L
 
L
K
 
A
A
 
N
E
 
E
N
 
G
V
 
M
S
 
T
S
 
M
V
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
N
 
E
L
 
M
Y
 
G
H
 
F
A
 
A
Y
 
R
Q
 
E
V
 
V
C
 
G
D
 
D
R
 
R
F
 
V
V
 
L
I
 
F
M
 
M
S
 
D
H
 
G
G
 
G

2d62A Crystal structure of multiple sugar binding transport atp-binding protein
30% identity, 88% coverage: 8:223/246 of query aligns to 7:219/375 of 2d62A

query
sites
2d62A
L
 
V
E
 
K
L
 
L
H
 
I
N
 
N
I
 
I
S
 
W
K
 
K
S
 
R
F
 
F
G
 
G
A
 
D
L
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
V
R
 
K
N
 
D
L
 
L
S
 
S
F
 
L
H
 
E
I
 
I
G
 
K
E
 
D
G
 
G
E
 
E
V
 
F
V
 
L
G
 
V
L
 
L
L
 
L
G
 
G
D
 
P
N
 
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
T
 
T
V
 
L
N
 
R
L
 
M
I
 
I
S
 
A
G
 
G
I
 
L
H
 
E
K
 
E
P
 
P
T
 
T
D
 
R
G
 
G
Y
 
Q
L
 
I
S
 
Y
V
 
I
-
 
E
-
 
D
-
 
N
-
 
L
-
 
V
-
 
A
D
 
D
G
 
P
K
 
E
K
 
K
T
 
G
T
 
V
F
 
F
S
 
V
C
 
P
R
 
-
S
 
-
D
 
-
S
 
P
A
 
K
D
 
E
A
 
R
G
 
D
I
 
V
E
 
A
T
 
M
I
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
H
 
S
T
 
Y
A
 
A
L
 
L
V
 
Y
D
 
P
S
 
H
L
 
M
S
 
T
I
 
V
T
 
Y
R
 
D
N
 
N
I
 
I
F
 
A
M
 
F
G
 
P
R
 
L
E
 
K
L
 
-
T
 
-
D
 
-
R
 
-
F
 
-
G
 
-
F
 
-
L
 
L
R
 
R
Q
 
K
R
 
V
E
 
P
M
 
K
R
 
Q
D
 
E
I
 
I
A
 
D
M
 
K
E
 
R
V
 
V
L
 
R
Q
 
E
N
 
V
A
 
A
V
 
E
H
 
M
I
 
L
S
 
G
G
 
L
I
 
T
D
 
E
S
 
L
P
 
L
D
 
N
T
 
R
L
 
K
V
 
P
G
 
R
N
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
R
Q
 
Q
A
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
L
A
 
G
R
 
R
A
 
A
V
 
I
Y
 
I
F
 
R
K
 
R
K
 
P
R
 
K
V
 
V
L
 
F
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
L
S
 
S
A
 
N
L
 
L
S
 
D
V
 
A
R
 
K
E
 
L
T
 
R
E
 
V
A
 
K
L
 
M
L
 
R
N
 
A
Q
 
E
V
 
L
L
 
K
K
 
K
L
 
L
K
 
Q
A
 
R
E
 
Q
-
 
L
N
 
G
V
 
V
S
 
T
S
 
T
V
 
I
L
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
 
H
N
 
D
L
 
Q
Y
 
V
H
 
E
A
 
A
Y
 
M
Q
 
T
V
 
M
C
 
G
D
 
D
R
 
R
F
 
I
V
 
A
I
 
V
M
 
M
S
 
N
H
 
K
G
 
G

5l22B Prtd t1ss abc transporter (see paper)
33% identity, 90% coverage: 18:239/246 of query aligns to 325:539/540 of 5l22B

query
sites
5l22B
G
 
G
A
 
K
L
 
T
T
 
P
A
x
V
L
 
L
R
 
R
N
 
N
L
 
I
S
 
N
F
 
M
H
 
R
I
 
I
G
 
L
E
 
P
G
 
G
E
 
E
V
 
F
V
 
V
G
 
A
L
 
I
L
 
I
G
 
G
D
 
P
N
x
S
G
 
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
x
S
T
 
L
V
 
V
N
 
R
L
 
T
I
 
I
S
 
L
G
 
G
I
 
I
H
 
W
K
 
L
P
 
P
T
 
V
D
 
H
G
 
G
Y
 
T
L
 
V
S
 
E
V
 
I
D
 
D
G
 
G
K
 
A
K
 
D
T
 
L
T
 
K
F
 
Q
S
 
W
C
 
D
R
 
R
S
 
-
D
 
D
S
 
Y
A
 
F
D
 
G
A
 
K
G
 
F
I
 
V
E
 
G
T
 
Y
I
 
L
Y
 
P
Q
|
Q
H
 
D
T
 
I
A
 
E
L
 
L
V
 
F
D
 
E
S
 
G
L
 
-
S
 
T
I
 
V
T
 
A
R
 
E
N
 
N
I
 
I
F
 
-
M
 
-
G
 
-
R
 
-
E
 
-
L
 
-
T
 
-
D
 
A
R
 
R
F
 
F
G
 
G
F
 
E
L
 
L
R
 
D
Q
 
S
R
 
E
E
 
K
M
 
I
R
 
I
D
 
E
I
 
A
A
 
A
M
 
K
E
 
L
V
 
S
L
 
G
Q
 
A
N
 
H
A
 
D
V
 
V
H
 
I
I
 
I
S
 
K
G
 
L
I
 
P
D
 
D
S
 
G
P
 
Y
D
 
D
T
 
T
L
 
Y
V
 
I
G
 
G
-
 
P
-
 
G
-
 
G
-
x
I
N
x
T
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
R
Q
 
Q
A
 
R
V
 
I
A
 
A
I
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
L
Y
 
Y
F
 
G
K
 
N
K
 
P
R
 
R
V
 
I
L
 
V
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
D
S
 
S
A
 
N
L
 
L
S
 
D
V
 
E
R
 
Q
E
 
G
T
 
E
E
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
Y
N
 
N
Q
 
A
V
 
L
L
 
I
K
 
E
L
 
L
K
 
K
A
 
K
E
 
R
N
 
K
V
 
V
S
 
T
S
 
T
V
 
I
L
 
I
V
 
V
T
 
S
H
 
H
N
 
R
L
 
I
Y
 
-
H
 
R
A
 
L
Y
 
L
Q
 
N
V
 
L
C
 
V
D
 
D
R
 
K
F
 
I
V
 
A
I
 
I
M
 
M
S
 
Q
H
 
D
G
 
G
T
 
T
-
 
L
K
 
K
V
 
A
F
 
F
D
 
G
V
 
-
Q
 
-
K
 
K
A
 
A
D
 
D
T
 
I
T
 
I
I
 
I
S
 
Q
Q
 
K
L
 
L

Sites not aligning to the query:

8w9mD Cryo-em structure of the cyanobacterial nitrate transporter nrtbcd in complex with atp (see paper)
30% identity, 89% coverage: 6:224/246 of query aligns to 1:213/256 of 8w9mD

query
sites
8w9mD
N
 
N
L
 
F
L
 
L
E
 
V
L
 
V
H
 
E
N
 
G
I
 
V
S
 
S
K
 
K
S
 
I
F
x
Y
-
 
P
-
 
T
-
 
P
-
 
E
G
 
G
A
 
P
L
 
Y
T
 
T
A
 
V
L
 
L
R
 
D
N
 
G
L
 
I
S
 
D
F
 
L
H
 
K
I
 
V
G
 
R
E
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
F
V
 
V
G
 
C
L
 
L
L
 
I
G
 
G
D
x
H
N
x
S
G
|
G
A
 
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
T
 
L
V
 
L
N
 
N
L
 
M
I
 
I
S
 
S
G
 
G
I
 
F
H
 
N
K
 
T
P
 
P
T
 
S
D
 
E
G
 
G
Y
 
V
L
 
V
S
 
L
V
 
L
D
 
Q
G
 
D
K
 
K
K
 
P
T
 
I
T
 
T
F
 
-
S
 
-
C
 
-
R
 
-
S
 
-
D
 
-
S
 
-
A
 
-
D
 
E
A
 
P
G
 
G
I
 
P
E
 
D
-
 
R
-
 
M
T
 
M
I
 
V
Y
 
F
Q
|
Q
H
 
N
T
 
Y
A
 
C
L
 
L
V
 
L
D
 
P
S
 
W
L
 
L
S
 
N
I
 
V
T
 
F
R
 
E
N
 
N
I
 
V
F
 
Y
M
 
L
G
 
A
R
 
V
E
 
D
L
 
A
T
 
V
D
 
-
R
 
-
F
 
F
G
 
P
F
 
N
L
 
K
R
 
P
Q
 
Q
R
 
A
E
 
E
M
 
K
R
 
R
D
 
A
I
 
I
A
 
V
M
 
R
E
 
E
V
 
H
L
 
L
Q
 
-
N
 
-
A
 
-
V
 
A
H
 
M
I
 
V
S
 
G
G
 
L
I
 
T
D
 
E
S
 
A
P
 
A
D
 
E
T
 
K
L
 
K
V
 
P
G
 
S
N
x
Q
L
 
I
S
|
S
G
 
G
G
|
G
Q
x
M
K
 
K
Q
 
Q
A
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
L
Y
 
S
F
 
I
K
 
R
K
 
P
R
 
Q
V
 
V
L
 
L
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
F
S
 
G
A
 
A
L
 
L
S
 
D
V
 
A
R
 
I
E
 
T
T
 
K
E
 
E
A
 
E
L
 
L
L
 
Q
N
 
E
Q
 
E
V
 
L
L
 
L
K
 
Q
L
 
I
K
 
W
A
 
S
E
 
D
N
 
H
-
 
Q
V
 
V
S
 
T
S
 
V
V
 
L
L
 
M
V
 
I
T
 
T
H
|
H
N
 
D
L
 
I
Y
 
D
H
 
E
A
 
A
Y
 
L
Q
 
F
V
 
L
C
 
A
D
 
D
R
 
R
F
 
V
V
 
V
I
 
M
M
 
M
S
 
T
H
 
N
G
 
G
T
 
P

1g291 Malk (see paper)
29% identity, 88% coverage: 8:224/246 of query aligns to 4:217/372 of 1g291

query
sites
1g291
L
 
V
E
 
R
L
 
L
H
 
V
N
 
D
I
 
V
S
 
W
K
 
K
S
 
V
F
 
F
G
 
G
A
 
E
L
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
V
R
 
R
N
 
E
L
 
M
S
 
S
F
 
L
H
 
E
I
 
V
G
 
K
E
 
D
G
 
G
E
 
E
V
 
F
V
 
M
G
 
I
L
 
L
L
 
L
G
 
G
D
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
T
 
T
V
 
L
N
 
R
L
 
M
I
 
I
S
 
A
G
 
G
I
 
L
H
 
E
K
 
E
P
 
P
T
 
S
D
 
R
G
 
G
Y
 
Q
L
 
I
S
 
Y
V
 
I
-
 
G
-
 
D
-
 
K
-
 
L
-
 
V
-
 
A
D
|
D
G
 
P
K
x
E
K
|
K
T
 
G
T
 
I
F
 
F
S
 
V
C
 
P
R
 
-
S
 
-
D
 
-
S
 
P
A
x
K
D
|
D
A
 
R
G
 
D
I
 
I
E
 
A
T
 
M
I
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
H
 
S
T
 
Y
A
 
A
L
 
L
V
 
Y
D
 
P
S
 
H
L
 
M
S
 
T
I
 
V
T
 
Y
R
 
D
N
 
N
I
 
I
F
 
A
M
 
F
G
 
P
R
 
L
E
 
K
L
 
-
T
 
-
D
 
-
R
 
-
F
 
-
G
 
-
F
 
-
L
 
L
R
 
R
Q
 
K
R
 
V
E
 
P
M
 
R
R
 
Q
D
 
E
I
 
I
A
 
D
M
 
Q
E
 
R
V
 
V
L
 
R
Q
 
E
N
 
V
A
 
A
V
 
E
H
 
L
I
 
L
S
 
G
G
 
L
I
 
T
D
 
E
S
 
L
P
 
L
D
 
N
T
 
R
L
 
K
V
 
P
G
 
R
N
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
R
Q
 
Q
A
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
L
A
 
G
R
 
R
A
 
A
V
 
I
Y
 
V
F
 
R
K
 
K
K
 
P
R
 
Q
V
 
V
L
 
F
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
L
S
 
S
A
 
N
L
 
L
S
 
D
V
 
A
R
 
K
E
 
L
T
 
R
E
 
V
A
 
R
L
 
M
L
 
R
N
 
A
Q
 
E
V
 
L
L
 
K
K
 
K
L
 
L
K
 
Q
A
 
R
E
 
Q
-
 
L
N
 
G
V
 
V
S
 
T
S
 
T
V
 
I
L
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
 
H
N
 
D
L
 
Q
Y
 
V
H
 
E
A
 
A
Y
 
M
Q
 
T
V
 
M
C
 
G
D
 
D
R
 
R
F
 
I
V
 
A
I
 
V
M
 
M
S
 
N
H
 
R
G
 
G
T
 
V

Sites not aligning to the query:

4u00A Crystal structure of ttha1159 in complex with adp (see paper)
29% identity, 89% coverage: 7:226/246 of query aligns to 2:215/241 of 4u00A

query
sites
4u00A
L
 
I
L
 
I
E
 
R
L
 
I
H
 
R
N
 
N
I
 
L
S
 
H
K
 
K
S
 
W
F
|
F
G
 
G
A
 
P
L
 
L
T
 
H
A
x
V
L
 
L
R
 
K
N
 
G
L
 
I
S
 
H
F
 
L
H
 
E
I
 
V
G
 
A
E
 
P
G
 
G
E
 
E
V
 
K
V
 
L
G
 
V
L
 
I
L
 
I
G
 
G
D
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
T
 
L
V
 
I
N
 
R
L
 
T
I
 
I
S
 
N
G
 
R
I
 
L
H
 
E
K
 
D
P
 
F
T
 
Q
D
 
E
G
 
G
Y
 
E
L
 
V
S
 
V
V
 
V
D
 
D
G
 
G
K
 
-
K
 
-
T
 
-
T
 
-
F
 
L
S
 
S
C
 
V
R
 
K
S
 
D
D
 
D
S
 
R
A
 
A
D
 
L
A
 
R
G
 
E
I
 
I
E
 
R
-
 
R
-
 
E
-
 
V
-
 
G
T
 
M
I
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
H
 
Q
T
 
F
A
 
N
L
 
L
V
 
F
D
 
P
S
 
H
L
 
M
S
 
T
I
 
V
T
 
L
R
 
E
N
 
N
I
 
V
F
 
T
M
 
L
G
 
A
R
 
P
E
 
M
L
 
R
T
 
V
D
 
R
R
 
R
F
 
W
G
 
P
F
 
-
L
 
-
R
 
R
Q
 
E
R
 
K
E
 
A
M
 
E
R
 
K
D
 
K
I
 
-
A
 
A
M
 
L
E
 
E
V
 
L
L
 
L
Q
 
E
N
 
R
A
 
-
V
 
-
H
 
-
I
 
V
S
 
G
G
 
I
I
 
L
D
 
D
S
 
Q
P
 
A
D
 
R
T
 
K
L
 
Y
V
 
P
G
 
A
N
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
Q
Q
 
Q
A
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
L
Y
 
A
F
 
M
K
 
E
K
 
P
R
 
K
V
 
I
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
S
 
D
V
 
P
R
 
E
E
 
M
T
 
V
E
 
G
A
 
E
L
 
V
L
 
L
N
 
D
Q
 
V
V
 
M
L
 
R
K
 
D
L
 
L
K
 
A
A
 
Q
E
 
G
N
 
G
V
 
M
S
 
T
S
 
M
V
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
N
 
E
L
 
M
Y
 
G
H
 
F
A
 
A
Y
 
R
Q
 
E
V
 
V
C
 
A
D
 
D
R
 
R
F
 
V
V
 
V
I
 
F
M
 
M
S
 
D
H
 
G
G
 
G
T
 
Q
K
 
I
V
 
V

4yerA Crystal structure of an abc transporter atp-binding protein (tm_1403) from thermotoga maritima msb8 at 2.35 a resolution
29% identity, 89% coverage: 6:223/246 of query aligns to 3:212/285 of 4yerA

query
sites
4yerA
N
 
D
L
 
I
L
 
I
E
 
V
L
 
V
H
 
E
N
 
N
I
 
L
S
 
V
K
 
K
S
 
K
F
|
F
G
 
G
A
 
D
L
x
F
T
 
E
A
 
A
L
 
V
R
 
K
N
 
G
L
 
V
S
 
S
F
 
F
H
 
S
I
 
V
G
 
K
E
 
K
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
F
G
 
A
L
 
F
L
 
L
G
 
G
D
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
T
 
T
V
 
I
N
 
H
L
 
M
I
 
L
S
 
T
G
 
T
I
 
L
H
 
L
K
 
K
P
 
P
T
 
T
D
 
S
G
 
G
Y
 
K
L
 
A
S
 
W
V
 
V
D
 
A
G
 
G
K
 
H
K
 
D
T
 
V
T
 
L
F
 
K
S
 
E
C
 
P
R
 
R
S
 
E
D
 
V
S
 
R
A
 
R
D
 
K
A
 
I
G
 
G
I
 
I
E
 
-
T
 
-
I
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
H
 
D
T
 
Q
A
 
S
L
 
L
V
 
D
D
 
R
S
 
E
L
 
L
S
 
T
I
 
A
T
 
Y
R
 
E
N
 
N
I
 
M
F
 
Y
M
 
I
G
 
H
R
 
G
E
 
K
L
 
I
T
 
-
D
 
-
R
 
-
F
 
Y
G
 
G
F
 
Y
L
 
G
R
 
G
Q
 
E
R
 
K
E
 
-
M
 
-
R
 
-
D
 
-
I
 
L
A
 
K
M
 
K
E
 
R
V
 
I
L
 
L
Q
 
E
N
 
L
A
 
L
V
 
E
H
 
F
I
 
V
S
 
E
G
 
L
I
 
L
D
 
E
S
 
F
P
 
K
D
 
D
T
 
K
L
 
P
V
 
V
G
 
K
N
x
T
L
x
F
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
K
 
A
Q
 
R
A
 
R
V
 
L
A
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
S
V
 
L
Y
 
I
F
 
H
K
 
E
K
 
P
R
 
E
V
 
V
L
 
L
L
 
F
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
S
 
I
A
 
G
L
 
L
S
 
D
V
 
P
R
 
H
E
 
T
T
 
R
E
 
A
A
 
H
L
 
M
L
 
W
N
 
E
Q
 
Y
V
 
I
L
 
S
K
 
K
L
 
M
K
 
K
A
 
K
E
 
E
-
 
H
N
 
N
V
 
M
S
 
T
S
 
I
V
 
F
L
 
L
V
 
T
T
 
T
H
 
H
N
 
Y
L
 
M
Y
 
D
H
 
E
A
 
A
Y
 
E
Q
 
Q
V
 
L
C
 
A
D
 
D
R
 
R
F
 
V
V
 
A
I
 
I
M
 
I
S
 
D
H
 
H
G
 
G

8wm7C Cryo-em structure of cyanobacterial nitrate/nitrite transporter nrtbcd in complex with signalling protein pii (see paper)
29% identity, 94% coverage: 7:238/246 of query aligns to 2:228/658 of 8wm7C

query
sites
8wm7C
L
 
F
L
 
V
E
 
E
L
 
I
H
 
D
N
 
H
I
 
V
S
 
D
K
 
R
S
 
I
F
|
F
-
 
D
-
 
L
-
 
P
-
 
N
-
 
G
G
 
G
A
 
R
L
x
Y
T
 
I
A
 
A
L
 
L
R
 
K
N
 
N
L
 
I
S
 
E
F
 
L
H
 
K
I
 
I
G
 
K
E
 
Q
G
 
G
E
 
E
V
 
F
V
 
V
G
 
S
L
 
L
L
 
I
G
 
G
D
 
H
N
 
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
 
K
S
|
S
T
 
T
T
 
L
V
 
L
N
 
N
L
 
I
I
 
I
S
 
A
G
 
G
I
 
L
H
 
D
K
 
R
P
 
A
T
 
S
D
 
I
G
 
G
Y
 
G
L
 
V
S
 
T
V
 
L
D
 
E
G
 
G
K
 
R
K
 
E
T
 
I
T
 
-
F
 
-
S
 
-
C
 
-
R
 
R
S
 
E
D
 
P
S
 
S
A
 
P
D
 
D
A
 
R
G
 
M
I
 
V
E
 
-
T
 
-
I
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
H
 
N
T
 
Y
A
 
S
L
 
L
V
 
L
D
 
P
S
 
W
L
 
L
S
 
T
I
 
V
T
 
R
R
 
E
N
 
N
I
 
V
F
 
A
M
 
L
G
 
A
R
 
-
E
 
-
L
 
V
T
 
D
D
 
E
R
 
V
F
 
Y
G
 
Q
F
 
G
L
 
K
R
 
S
Q
 
K
R
 
G
E
 
E
M
 
R
R
 
R
D
 
A
I
 
I
A
 
I
M
 
E
E
 
E
V
 
-
L
 
-
Q
 
-
N
 
-
A
 
-
V
 
-
H
 
H
I
 
I
S
 
D
G
 
M
I
 
V
D
 
G
-
 
L
-
 
R
-
 
L
S
 
A
P
 
A
D
 
N
T
 
K
L
 
R
V
 
P
G
 
S
N
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
K
 
K
Q
 
Q
A
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
L
Y
 
A
F
 
T
K
 
R
K
 
P
R
 
K
V
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
S
 
G
A
 
A
L
 
L
S
 
D
V
 
A
R
 
L
E
 
T
T
 
R
E
 
G
A
 
S
L
 
L
L
 
Q
N
 
E
Q
 
Q
V
 
L
L
 
M
K
 
K
L
 
I
K
 
C
A
 
N
E
 
E
N
 
H
-
 
Q
V
 
I
S
 
T
S
 
C
V
 
V
L
 
M
V
 
V
T
 
T
H
 
H
N
 
D
L
 
V
Y
 
D
H
 
E
A
 
A
Y
 
L
Q
 
L
V
 
L
C
 
S
D
 
D
R
 
R
F
 
V
V
 
V
I
 
M
M
 
L
S
 
T
H
 
N
G
 
G
T
 
P
K
 
E
V
 
A
F
 
H
D
 
I
V
 
G
Q
 
Q
K
 
I
A
 
L
D
 
E
T
 
V
T
 
P
I
 
I
S
 
S
Q
 
R

8w9mC Cryo-em structure of the cyanobacterial nitrate transporter nrtbcd in complex with atp (see paper)
29% identity, 94% coverage: 7:238/246 of query aligns to 2:228/256 of 8w9mC

query
sites
8w9mC
L
 
F
L
 
V
E
 
E
L
 
I
H
 
D
N
 
H
I
 
V
S
 
D
K
 
R
S
 
I
F
|
F
-
 
D
-
 
L
-
 
P
-
 
N
-
 
G
G
 
G
A
 
R
L
x
Y
T
 
I
A
 
A
L
 
L
R
 
K
N
 
N
L
 
I
S
 
E
F
 
L
H
 
K
I
 
I
G
 
K
E
 
Q
G
 
G
E
 
E
V
 
F
V
 
V
G
 
S
L
 
L
L
 
I
G
 
G
D
 
H
N
x
S
G
|
G
A
 
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
T
 
L
V
 
L
N
 
N
L
 
I
I
 
I
S
 
A
G
 
G
I
 
L
H
 
D
K
 
R
P
 
A
T
 
S
D
 
I
G
 
G
Y
 
G
L
 
V
S
 
T
V
 
L
D
 
E
G
 
G
K
 
R
K
 
E
T
 
I
T
 
-
F
 
-
S
 
-
C
 
-
R
 
R
S
 
E
D
 
P
S
 
S
A
 
P
D
 
D
A
 
R
G
 
M
I
 
V
E
 
-
T
 
-
I
 
V
Y
 
F
Q
|
Q
H
 
N
T
 
Y
A
 
S
L
 
L
V
 
L
D
 
P
S
 
W
L
 
L
S
 
T
I
 
V
T
 
R
R
 
E
N
 
N
I
 
V
F
 
A
M
 
L
G
 
A
R
 
-
E
 
-
L
 
V
T
 
D
D
 
E
R
 
V
F
 
Y
G
 
Q
F
 
G
L
 
K
R
 
S
Q
 
K
R
 
G
E
 
E
M
 
R
R
 
R
D
 
A
I
 
I
A
 
I
M
 
E
E
 
E
V
 
-
L
 
-
Q
 
-
N
 
-
A
 
-
V
 
-
H
 
H
I
 
I
S
 
D
G
 
M
I
 
V
D
 
G
-
 
L
-
 
R
-
 
L
S
 
A
P
 
A
D
 
N
T
x
K
L
 
R
V
 
P
G
 
S
N
x
E
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
Q
 
M
K
 
K
Q
 
Q
A
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
L
Y
 
A
F
 
T
K
 
R
K
 
P
R
 
K
V
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
F
S
 
G
A
 
A
L
 
L
S
 
D
V
 
A
R
 
L
E
 
T