SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing SMa0218 FitnessBrowser__Smeli:SMa0218 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4ru1A Crystal structure of carbohydrate transporter acei_1806 from acidothermus cellulolyticus 11b, target efi-510965, in complex with myo-inositol
30% identity, 88% coverage: 32:308/316 of query aligns to 9:279/288 of 4ru1A

query
sites
4ru1A
M
 
M
I
 
I
I
 
T
Y
x
H
L
 
Q
D
 
Q
P
 
P
S
 
G
V
x
D
Q
 
T
F
 
F
F
x
W
N
 
D
P
 
I
V
 
I
V
 
R
K
 
K
G
 
G
A
 
A
Q
 
L
D
 
A
A
 
A
A
 
A
A
 
A
Q
 
K
F
 
D
G
 
N
V
 
V
D
 
T
L
 
L
D
 
-
V
 
-
Q
 
K
Y
 
Y
A
 
S
N
 
N
N
 
D
-
 
P
D
 
D
P
 
S
V
 
T
R
 
K
Q
 
E
N
 
A
D
 
V
L
 
L
I
 
I
E
 
Q
S
 
D
A
 
A
T
 
V
A
 
N
S
 
A
G
 
K
V
 
V
D
 
D
G
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
V
A
 
T
I
 
I
S
 
P
S
 
D
S
 
P
D
 
P
A
 
A
F
 
L
D
 
I
E
 
P
S
 
A
I
 
I
C
 
K
A
 
Q
A
 
A
V
 
V
K
 
A
A
 
A
G
 
G
I
 
I
I
 
P
V
 
V
I
 
V
G
 
A
F
 
F
N
|
N
N
 
A
D
 
G
D
 
-
L
 
I
D
 
D
G
 
Q
A
 
W
K
 
K
G
 
E
N
 
S
C
 
G
R
 
A
Q
 
L
A
 
M
Y
 
Y
V
 
F
G
 
G
M
 
Q
D
 
D
E
 
E
L
 
T
A
 
V
S
 
A
G
 
G
Y
 
Q
E
 
A
L
 
A
G
 
G
N
 
A
R
 
R
M
 
A
I
 
T
K
 
S
E
 
E
F
 
-
G
 
G
L
 
F
K
 
K
S
 
H
G
 
V
D
 
L
V
 
C
V
 
V
F
 
L
N
x
Q
P
 
A
R
 
Q
E
 
G
I
 
Q
P
 
V
E
x
Q
A
 
L
S
 
E
F
 
-
A
 
-
V
 
-
A
 
S
R
|
R
G
 
C
G
 
N
G
 
G
I
 
V
E
 
Q
K
 
Q
A
 
-
M
 
-
T
 
T
E
 
F
N
 
K
G
 
G
I
 
Q
K
 
Y
V
 
T
E
 
K
T
 
L
V
 
Y
R
 
V
A
 
N
G
 
G
L
 
A
D
 
D
P
 
Q
A
 
P
E
 
S
A
 
V
Q
 
R
N
 
T
I
 
T
I
 
I
A
 
A
Q
 
A
F
 
K
L
 
L
I
 
K
A
 
Q
N
 
D
P
 
P
N
 
S
V
 
I
K
 
D
A
 
L
L
 
V
F
 
I
G
 
T
T
x
L
G
 
G
S
 
A
V
 
P
T
 
I
S
 
A
T
 
Q
V
 
L
G
 
A
A
 
I
G
 
Q
A
 
A
I
 
V
K
 
K
D
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
S
D
 
N
I
 
A
P
 
K
F
 
I
G
 
A
G
 
T
F
 
F
D
|
D
L
 
F
A
 
N
V
 
T
E
 
Q
I
 
V
V
 
P
N
 
A
A
 
E
V
 
I
E
 
E
S
 
N
G
 
G
A
 
Q
M
 
L
Y
 
Q
A
 
W
T
 
A
M
 
I
D
 
D
Q
|
Q
Q
 
Q
P
 
P
Y
 
Y
L
 
V
Q
 
E
G
 
G
Y
 
Y
Y
 
E
P
 
A
I
 
V
A
 
D
Q
 
S
I
 
L
A
 
W
L
 
L
A
 
Y
K
 
I
K
 
T
Y
 
N
G
 
G
L
 
D
T
 
T
P
 
-
T
 
-
D
 
-
I
 
I
D
 
G
T
 
G
G
 
G
Q
 
E
G
 
A
A
 
V
-
 
K
-
 
T
-
 
G
-
 
P
-
 
F
F
 
F
L
 
V
D
 
D
K
 
K
T
 
S
R
 
N
I
 
V
G
 
A
S
 
A
V
 
V

2h3hA Crystal structure of the liganded form of thermotoga maritima glucose binding protein (see paper)
29% identity, 79% coverage: 42:290/316 of query aligns to 14:260/313 of 2h3hA

query
sites
2h3hA
F
 
Y
F
 
W
N
 
S
P
 
Q
V
 
V
V
 
E
K
 
Q
G
 
G
A
 
V
Q
 
K
D
 
A
A
 
A
A
 
G
A
 
K
Q
 
A
F
 
L
G
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
T
D
 
K
V
 
F
Q
 
F
Y
 
V
A
 
P
N
 
Q
N
 
K
D
 
E
P
 
D
V
 
I
R
 
N
-
 
A
Q
 
Q
N
 
L
D
 
Q
L
 
M
I
 
L
E
 
E
S
 
S
A
 
F
T
 
I
A
 
A
S
 
E
G
 
G
V
 
V
D
 
N
G
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
I
A
 
A
I
 
P
S
 
S
S
 
D
S
 
P
D
 
T
A
 
A
F
 
V
D
 
I
E
 
P
S
 
T
I
 
I
C
 
K
A
 
K
A
 
A
V
 
L
K
 
E
A
 
M
G
 
G
I
 
I
I
 
P
V
 
V
I
 
V
G
 
T
F
 
L
N
x
D
N
 
T
D
 
D
D
 
S
L
 
P
D
 
D
G
 
S
A
 
G
K
 
-
G
 
-
N
 
-
C
 
-
R
 
R
Q
 
Y
A
 
V
Y
 
Y
V
 
I
G
 
G
M
 
T
D
 
D
E
 
N
L
 
Y
A
 
Q
S
 
A
G
 
G
Y
 
Y
E
 
T
L
 
A
G
 
G
N
 
L
R
 
I
M
 
M
I
 
K
K
 
E
E
 
L
F
 
L
G
 
G
L
 
G
K
 
K
S
 
-
G
 
G
D
 
K
V
 
V
V
 
V
F
 
I
N
 
G
P
 
T
R
 
G
E
 
S
I
 
L
P
 
-
E
 
T
A
 
A
S
 
M
F
x
N
A
 
S
V
 
L
A
 
Q
R
|
R
G
 
I
G
 
Q
G
 
G
I
 
F
E
 
K
K
 
D
A
 
A
M
 
I
T
 
K
E
 
D
N
 
S
G
 
E
I
 
I
K
 
E
-
 
I
V
 
V
E
 
D
T
 
I
V
 
L
R
 
N
A
 
D
G
 
E
L
x
E
D
 
D
P
 
G
A
 
A
E
 
R
A
 
A
Q
 
V
N
 
S
I
 
L
I
 
A
A
 
E
Q
 
A
F
 
A
L
 
L
I
 
N
A
 
A
N
 
H
P
 
P
N
 
D
V
 
L
K
 
D
A
 
A
L
 
F
F
 
F
G
 
G
T
 
V
G
x
Y
S
x
A
V
 
Y
T
 
N
S
 
G
T
 
P
V
 
A
G
 
Q
A
 
A
G
 
L
A
 
V
I
 
V
K
 
K
D
 
N
A
 
A
G
 
G
V
 
K
-
 
V
-
 
G
D
 
K
I
 
V
P
 
K
F
 
I
G
 
V
G
 
C
F
 
F
D
|
D
L
 
T
A
 
T
V
 
P
E
 
D
I
 
I
V
 
L
N
 
Q
A
 
Y
V
 
V
E
 
K
S
 
E
G
 
G
A
 
V
M
 
I
Y
 
Q
A
 
A
T
 
T
M
 
M
D
 
G
Q
|
Q
Q
 
R
P
 
P
Y
 
Y
L
 
M
Q
 
M
G
 
G
Y
 
Y
Y
 
L
P
 
S
I
 
V
A
 
T
Q
 
V
I
 
L
A
 
Y
L
 
L
A
 
M
K
 
N
K
 
K
Y
 
I
G
 
G
L
 
V
T
 
Q
P
 
N
T
 
T

Sites not aligning to the query:

3c6qC Apo and ligand-bound form of a thermophilic glucose/xylose binding protein
30% identity, 79% coverage: 42:290/316 of query aligns to 14:260/305 of 3c6qC

query
sites
3c6qC
F
 
Y
F
x
W
N
 
S
P
 
Q
V
 
V
V
 
E
K
 
Q
G
 
G
A
 
V
Q
 
K
D
 
A
A
 
A
A
 
G
A
 
K
Q
 
A
F
 
L
G
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
T
D
 
K
V
 
F
Q
 
F
Y
 
V
A
 
P
N
 
Q
N
 
K
-
 
C
D
 
D
P
 
I
V
 
N
R
 
A
Q
 
Q
N
 
L
D
 
Q
L
 
M
I
 
L
E
 
E
S
 
S
A
 
F
T
 
I
A
 
A
S
 
E
G
 
G
V
 
V
D
 
N
G
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
I
A
 
A
I
 
P
S
 
S
S
 
D
S
 
P
D
 
T
A
 
A
F
 
V
D
 
I
E
 
P
S
 
T
I
 
I
C
 
K
A
 
K
A
 
A
V
 
L
K
 
E
A
 
M
G
 
G
I
 
I
I
 
P
V
 
V
I
 
V
G
 
T
F
 
L
N
x
D
N
 
T
D
 
D
D
 
S
L
 
P
D
 
D
G
 
S
A
 
G
K
 
-
G
 
-
N
 
-
C
 
-
R
 
R
Q
 
Y
A
 
V
Y
 
Y
V
 
I
G
 
G
M
 
T
D
 
D
E
 
N
L
 
Y
A
 
Q
S
 
A
G
 
G
Y
 
Y
E
 
T
L
 
A
G
 
G
N
 
L
R
 
I
M
 
M
I
 
K
K
 
E
E
 
L
F
 
L
G
 
G
L
 
G
K
 
K
S
 
-
G
 
G
D
 
K
V
 
V
V
 
V
F
 
I
N
 
G
P
 
T
R
 
G
E
 
S
I
 
L
P
 
-
E
 
T
A
 
A
S
 
M
F
x
N
A
 
S
V
 
L
A
 
Q
R
|
R
G
 
I
G
 
Q
G
 
G
I
 
F
E
 
K
K
 
D
A
 
A
M
 
I
T
 
K
E
 
D
N
 
S
G
 
E
I
 
I
K
 
E
-
 
I
V
 
V
E
 
D
T
 
I
V
 
L
R
 
N
A
 
D
G
 
C
L
x
E
D
 
D
P
 
G
A
 
A
E
 
R
A
 
A
Q
 
V
N
 
S
I
 
L
I
 
A
A
 
E
Q
 
A
F
 
A
L
 
L
I
 
N
A
 
A
N
 
H
P
 
P
N
 
D
V
 
L
K
 
D
A
 
A
L
 
F
F
 
F
G
 
G
T
 
V
G
x
Y
S
x
A
V
 
Y
T
 
N
S
 
G
T
 
P
V
 
A
G
 
Q
A
 
A
G
 
L
A
 
V
I
 
V
K
 
K
D
 
N
A
 
A
G
 
G
V
 
K
-
 
V
-
 
G
D
 
K
I
 
V
P
 
K
F
 
I
G
 
V
G
 
C
F
 
F
D
|
D
L
 
T
A
 
T
V
 
P
E
 
D
I
 
I
V
 
L
N
 
Q
A
 
Y
V
 
V
E
 
K
S
 
E
G
 
G
A
 
V
M
 
I
Y
 
Q
A
 
A
T
 
T
M
 
M
D
 
G
Q
|
Q
Q
 
R
P
 
P
Y
 
Y
L
 
M
Q
 
M
G
 
G
Y
 
Y
Y
 
L
P
 
S
I
 
V
A
 
T
Q
 
V
I
 
L
A
 
Y
L
 
L
A
 
M
K
 
N
K
 
K
Y
 
I
G
 
G
L
 
V
T
 
Q
P
 
N
T
 
T

Sites not aligning to the query:

5dteB Crystal structure of an abc transporter periplasmic solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z(asuc_0081, target efi-511065) with bound d-allose
30% identity, 79% coverage: 39:287/316 of query aligns to 13:260/287 of 5dteB

query
sites
5dteB
S
 
S
V
x
N
Q
 
E
F
x
Y
F
 
F
N
 
I
P
 
S
V
 
M
V
 
R
K
 
Q
G
 
G
A
 
A
Q
 
E
D
 
E
A
 
T
A
 
A
A
 
K
Q
 
Q
F
 
K
G
 
D
V
 
I
D
 
D
L
 
L
D
 
I
V
 
V
Q
 
Q
Y
 
V
A
 
A
N
 
E
N
 
K
D
 
E
P
 
D
V
 
S
R
 
T
Q
 
E
N
 
Q
-
 
L
-
 
V
D
 
G
L
 
L
I
 
V
E
 
E
S
 
N
A
 
M
T
 
I
A
 
A
S
 
K
G
 
K
V
 
V
D
 
D
G
 
A
I
 
I
A
 
I
V
 
V
A
 
T
I
 
P
S
 
N
S
 
D
S
 
S
D
 
I
A
 
A
F
 
F
D
 
I
E
 
P
S
 
A
I
 
F
C
 
Q
A
 
K
A
 
A
V
 
E
K
 
K
A
 
A
G
 
G
I
 
I
I
 
P
V
 
I
I
 
I
G
 
-
F
 
-
N
 
-
N
 
-
D
 
-
D
 
D
L
 
L
D
|
D
-
 
V
-
 
R
-
 
L
-
 
D
-
 
A
-
 
K
-
 
A
G
 
A
A
 
E
K
 
A
G
 
A
N
 
G
C
 
L
R
 
K
Q
 
F
A
 
N
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
M
 
V
D
 
D
E
 
N
L
 
F
A
 
N
S
 
G
G
 
G
Y
 
Y
E
 
L
L
 
E
G
 
A
N
 
K
R
 
N
M
 
L
I
 
A
K
 
E
E
 
A
F
 
I
G
 
G
L
 
-
K
 
K
S
 
K
G
 
G
D
 
N
V
 
V
V
 
A
F
 
I
N
 
-
P
 
L
R
 
E
E
 
G
I
 
I
P
 
P
E
 
G
A
 
V
S
 
D
F
x
N
A
 
G
V
 
E
A
 
Q
R
|
R
G
 
K
G
 
G
G
 
G
I
 
A
E
 
L
K
 
K
A
 
A
M
 
F
T
 
A
E
 
E
-
 
Y
N
 
P
G
 
D
I
 
I
K
 
K
-
 
I
V
 
V
E
 
A
T
 
S
V
 
Q
R
 
S
A
 
A
G
 
N
L
x
W
D
 
E
P
 
T
A
 
E
E
 
Q
A
 
A
Q
 
L
N
 
N
I
 
V
I
 
T
A
 
T
Q
 
N
F
 
I
L
 
L
I
 
T
A
 
A
N
 
N
P
 
P
N
 
N
V
 
I
K
 
N
A
 
G
L
 
I
F
 
F
G
 
A
T
 
A
G
 
N
S
 
D
V
 
N
T
 
M
S
 
A
T
 
I
V
 
G
G
 
A
A
 
V
G
 
T
A
 
A
I
 
V
K
 
E
D
 
N
A
 
A
G
 
G
V
 
L
-
 
A
-
 
G
D
 
K
I
 
V
P
 
L
F
 
V
G
 
S
G
 
G
F
 
Y
D
|
D
-
 
G
-
 
I
-
 
P
L
 
L
A
 
A
V
 
I
E
 
E
I
 
Y
V
 
-
N
 
-
A
 
-
V
 
V
E
 
K
S
 
Q
G
 
G
A
 
K
M
 
M
Y
 
Q
A
 
N
T
 
T
M
 
I
D
 
D
Q
|
Q
Q
 
-
P
 
-
Y
 
-
L
 
-
Q
 
-
G
 
-
Y
 
-
Y
 
L
P
 
P
I
 
K
A
 
K
Q
 
Q
I
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
A
K
 
I
K
 
E
Y
 
H
G
 
A
L
 
L

Sites not aligning to the query:

4zjpA Structure of an abc-transporter solute binding protein (sbp_ipr025997) from actinobacillus succinogenes (asuc_0197, target efi-511067) with bound beta-d-ribopyranose
28% identity, 73% coverage: 42:272/316 of query aligns to 16:241/270 of 4zjpA

query
sites
4zjpA
F
|
F
F
|
F
N
 
V
P
 
S
V
 
L
V
 
K
K
 
D
G
 
G
A
 
A
Q
 
Q
D
 
K
A
 
K
A
 
A
A
 
T
Q
 
E
F
 
L
G
 
G
V
 
Y
D
 
K
L
 
L
D
 
V
V
 
V
Q
 
L
Y
 
D
A
 
S
N
 
Q
N
 
N
D
 
D
P
 
P
V
 
S
R
 
K
Q
 
E
N
 
L
D
 
S
L
 
N
I
 
V
E
 
E
S
 
D
A
 
L
T
 
T
A
 
V
S
 
R
G
 
G
V
 
A
D
 
K
G
 
V
I
 
L
A
 
L
V
 
I
A
 
N
I
 
P
S
 
T
S
 
D
S
 
S
D
 
A
A
 
A
F
 
V
D
 
S
E
 
N
S
 
A
I
 
V
C
 
A
A
 
I
A
 
A
V
 
N
K
 
R
A
 
N
G
 
K
I
 
I
I
 
P
V
 
V
I
 
I
G
 
T
F
 
L
N
 
-
N
 
-
D
 
-
D
|
D
L
x
R
D
 
G
G
 
A
A
 
A
K
 
K
G
 
G
N
 
E
C
 
V
R
 
V
Q
 
-
A
 
S
Y
 
H
V
 
I
G
 
A
M
 
S
D
 
D
E
 
N
L
 
V
A
 
A
S
 
G
G
 
G
Y
 
K
E
 
M
L
 
A
G
 
G
N
 
D
R
 
F
M
 
I
I
 
A
K
 
Q
E
 
K
F
 
L
G
 
G
L
 
-
K
 
-
S
 
D
G
 
G
D
 
A
V
 
K
V
 
V
F
 
I
N
 
Q
P
 
L
R
 
E
E
 
G
I
 
L
P
 
A
E
 
G
A
 
T
S
 
S
F
 
A
A
 
A
V
 
R
A
 
E
R
|
R
G
 
G
G
 
E
G
 
G
I
 
F
E
 
K
K
 
Q
A
 
A
M
 
I
T
 
E
E
 
A
N
 
H
G
 
K
I
 
F
K
 
D
V
 
V
E
 
L
T
 
A
V
 
S
R
 
Q
-
 
P
A
 
A
G
 
D
L
x
F
D
 
D
P
 
R
A
 
T
E
 
K
A
 
G
Q
 
L
N
 
N
I
 
V
I
 
T
A
 
E
Q
 
N
F
 
L
L
 
L
I
 
A
A
 
S
N
 
K
P
 
G
N
 
S
V
 
V
K
 
Q
A
 
A
L
 
I
F
 
F
G
 
A
T
 
Q
G
x
N
S
 
D
V
 
E
T
 
M
S
 
A
T
 
L
V
 
G
G
 
A
A
 
L
G
 
R
A
 
A
I
 
I
K
 
S
D
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
K
D
 
K
I
 
V
P
 
L
F
 
V
G
 
V
G
 
G
F
 
F
D
|
D
L
 
G
A
 
T
V
 
E
E
 
D
I
 
G
V
 
V
N
 
K
A
 
A
V
 
V
E
 
K
S
 
S
G
 
G
A
 
K
M
 
L
Y
 
A
A
 
A
T
 
T
M
 
V
D
 
A
Q
|
Q
Q
 
Q
P
 
P
Y
 
E
L
 
L
Q
 
I
G
 
G

Sites not aligning to the query:

7x0hA Crystal structure of sugar binding protein cbpa complexed wtih glucose from clostridium thermocellum (see paper)
26% identity, 84% coverage: 32:295/316 of query aligns to 12:273/287 of 7x0hA

query
sites
7x0hA
M
 
M
I
 
V
I
 
T
Y
x
F
L
 
L
D
 
-
P
 
S
S
 
G
V
 
I
Q
 
D
F
 
Y
F
x
W
N
 
K
P
 
Y
V
 
C
V
 
F
K
 
E
G
 
G
A
 
F
Q
 
E
D
 
D
A
 
A
A
 
A
A
 
K
Q
 
A
F
 
I
G
 
G
V
 
V
D
 
T
L
 
A
D
 
K
V
 
Y
Q
 
T
-
 
G
Y
 
Q
A
 
T
N
 
D
N
 
T
D
 
D
P
 
V
V
 
S
R
 
G
Q
 
Q
N
 
V
D
 
A
L
 
V
I
 
L
E
 
E
S
 
Q
A
 
V
T
 
I
A
 
A
S
 
Q
G
 
K
V
 
P
D
 
K
G
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
V
A
 
T
I
 
A
S
 
V
S
 
N
S
 
S
D
 
T
A
 
A
F
 
L
D
 
A
E
 
D
S
 
T
I
 
I
C
 
N
A
 
S
A
 
A
V
 
I
K
 
E
A
 
Q
G
 
G
I
 
I
I
 
S
V
 
V
I
 
V
G
 
C
F
 
F
N
x
D
N
 
S
D
 
D
D
 
-
L
 
-
D
 
-
G
 
-
A
 
S
K
 
P
G
 
T
N
 
S
C
 
N
R
 
R
Q
 
S
A
 
A
Y
 
Y
V
 
L
G
 
G
M
 
T
D
 
G
E
 
N
L
 
Y
A
 
A
S
 
A
G
 
G
Y
 
Q
E
 
K
L
 
A
G
 
A
N
 
E
R
 
F
M
 
L
I
 
V
K
 
P
E
 
L
F
 
V
G
 
N
L
 
Y
K
 
K
S
 
G
G
 
K
D
 
I
V
 
A
V
 
V
F
 
L
N
 
-
P
 
-
R
 
-
E
 
Y
I
 
T
P
 
V
E
 
G
A
 
A
S
 
E
F
x
N
A
 
S
V
 
E
A
 
S
R
|
R
G
 
V
G
 
Q
G
 
G
I
 
F
E
 
E
K
 
D
A
 
W
M
 
C
T
 
K
E
 
Q
N
 
N
G
 
A
I
 
P
K
 
E
V
 
V
E
 
S
T
 
L
V
 
V
R
 
K
-
 
V
-
 
N
-
 
D
A
 
A
G
 
G
L
 
D
D
 
T
P
 
T
A
 
V
E
 
A
A
 
A
Q
 
D
N
 
N
I
 
L
I
 
A
A
 
A
Q
 
A
F
 
-
L
 
L
I
 
Q
A
 
A
N
 
N
P
 
D
N
 
D
V
 
I
K
 
V
A
 
G
L
 
V
F
 
F
G
 
C
T
 
V
G
x
D
S
x
G
V
|
V
T
 
A
S
 
G
T
 
T
V
 
A
G
 
G
A
 
P
G
 
T
A
 
A
I
 
V
K
 
A
D
 
E
A
 
S
G
 
K
V
 
K
D
 
D
I
 
L
P
 
R
F
 
V
G
 
L
G
 
A
F
 
F
D
|
D
L
 
V
A
 
D
V
 
V
E
 
T
I
 
V
V
 
L
N
 
D
A
 
K
V
 
V
E
 
K
S
 
S
G
 
G
A
 
E
M
 
I
Y
 
D
A
 
G
T
 
T
M
 
V
D
 
A
Q
|
Q
Q
 
G
P
 
M
Y
 
Y
L
 
N
Q
 
M
G
 
G
Y
 
Y
Y
 
W
P
 
S
I
 
L
A
 
M
Q
 
M
I
 
L
A
 
-
L
 
Y
A
 
T
K
 
E
K
 
A
Y
 
N
G
 
G
L
 
L
T
 
S
-
 
S
-
 
K
-
 
A
-
 
L
P
 
P
T
 
G
D
 
N
I
 
L
D
 
D
T
 
T
G
 
G

1rpjA Crystal structure of d-allose binding protein from escherichia coli (see paper)
28% identity, 79% coverage: 42:291/316 of query aligns to 15:273/288 of 1rpjA

query
sites
1rpjA
F
|
F
F
 
W
N
 
V
P
 
D
V
 
M
V
 
K
K
 
K
G
 
G
A
 
I
Q
 
E
D
 
D
A
 
E
A
 
A
A
 
K
Q
 
T
F
 
L
G
 
G
V
 
V
D
 
S
L
 
V
D
 
D
V
 
I
-
 
F
-
 
A
Q
 
S
Y
 
P
A
 
S
N
x
E
N
 
G
D
 
D
P
 
F
V
 
Q
R
 
S
Q
 
Q
N
 
L
D
 
Q
L
 
L
I
 
F
E
 
E
S
 
D
A
 
L
T
 
S
A
 
N
S
 
K
G
 
N
V
 
Y
D
 
K
G
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
F
A
 
A
I
 
P
S
 
L
S
 
S
S
 
S
D
 
V
A
 
N
F
 
L
D
 
V
E
 
M
S
 
P
I
 
V
C
 
A
A
 
R
A
 
A
V
 
W
K
 
K
A
 
K
G
 
G
I
 
I
I
 
Y
V
 
L
I
 
V
G
 
N
F
 
L
N
x
D
N
 
E
-
 
K
-
 
I
-
 
D
-
 
M
D
 
D
D
 
N
L
 
L
D
 
K
G
 
K
A
 
A
K
 
G
G
 
G
N
 
N
C
 
V
R
 
-
Q
 
E
A
 
A
Y
 
F
V
 
V
G
 
T
M
 
T
D
 
D
E
 
N
L
 
V
A
 
A
S
 
V
G
 
G
Y
 
A
E
 
K
L
 
G
G
 
A
N
 
S
R
 
F
M
 
I
I
 
I
K
 
D
E
 
K
F
 
L
G
 
G
L
 
A
K
 
E
S
 
G
G
 
G
D
 
E
V
 
V
V
 
A
F
 
I
N
 
I
P
 
E
R
 
G
E
 
K
I
 
A
P
 
G
E
 
N
A
 
A
S
|
S
F
 
G
A
 
E
V
 
A
A
x
R
R
 
R
G
 
N
G
 
G
G
 
A
I
 
T
E
 
E
K
 
A
A
 
F
M
 
K
T
 
K
E
 
A
N
 
S
G
 
Q
I
 
I
K
 
K
-
 
L
V
 
V
E
 
A
T
 
S
V
 
Q
R
 
P
A
 
A
G
 
D
L
x
W
D
 
D
P
 
R
A
 
I
E
 
K
A
 
A
Q
 
L
N
 
D
I
 
V
I
 
A
A
 
T
Q
 
N
F
 
V
L
 
L
I
 
Q
A
 
R
N
 
N
P
 
P
N
 
N
V
 
I
K
 
K
A
 
A
L
 
I
F
 
Y
G
 
C
T
 
A
G
x
N
S
 
D
V
 
T
T
 
M
S
 
A
T
 
M
V
 
G
G
 
V
A
 
A
G
 
Q
A
 
A
I
 
V
K
 
A
D
 
N
A
 
A
G
 
G
V
 
K
-
 
T
-
 
G
D
 
K
I
 
V
P
 
L
F
 
V
G
 
V
G
 
G
F
 
T
D
|
D
L
 
G
A
 
I
V
 
P
E
 
E
I
 
A
V
 
R
N
 
K
A
 
M
V
 
V
E
 
E
S
 
A
G
 
G
A
 
Q
M
 
M
Y
 
T
A
 
A
T
 
T
M
 
V
D
 
A
Q
|
Q
Q
 
N
P
 
P
Y
 
A
L
 
D
Q
 
I
G
 
G
Y
 
A
Y
 
T
P
 
G
I
 
L
A
 
K
Q
 
L
I
 
M
A
 
V
L
 
D
A
 
A
K
 
E
K
 
K
Y
 
S
G
 
G
-
 
K
L
 
V
T
 
I
P
 
P
T
 
L
D
 
D

Sites not aligning to the query:

1gudA Hinge-bending motion of d-allose binding protein from escherichia coli: three open conformations (see paper)
28% identity, 79% coverage: 42:291/316 of query aligns to 15:273/288 of 1gudA

query
sites
1gudA
F
 
F
F
 
W
N
 
V
P
 
D
V
 
M
V
 
K
K
 
K
G
 
G
A
 
I
Q
 
E
D
 
D
A
 
E
A
 
A
A
 
K
Q
 
T
F
 
L
G
 
G
V
 
V
D
 
S
L
 
V
D
|
D
V
 
I
-
 
F
-
 
A
Q
 
S
Y
 
P
A
 
S
N
 
E
N
 
G
D
 
D
P
 
F
V
 
Q
R
 
S
Q
 
Q
N
 
L
D
 
Q
L
 
L
I
 
F
E
 
E
S
 
D
A
 
L
T
 
S
A
 
N
S
 
K
G
 
N
V
 
Y
D
 
K
G
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
F
A
 
A
I
 
P
S
 
L
S
 
S
S
 
S
D
 
V
A
 
N
F
 
L
D
 
V
E
 
M
S
 
P
I
 
V
C
 
A
A
 
R
A
 
A
V
 
W
K
 
K
A
 
K
G
 
G
I
 
I
I
 
Y
V
 
L
I
 
V
G
 
N
F
 
L
N
 
D
N
 
E
-
 
K
-
 
I
-
 
D
-
 
M
D
 
D
D
 
N
L
 
L
D
 
K
G
 
K
A
 
A
K
 
G
G
 
G
N
 
N
C
 
V
R
 
-
Q
 
E
A
 
A
Y
 
F
V
 
V
G
 
T
M
 
T
D
 
D
E
 
N
L
 
V
A
 
A
S
 
V
G
 
G
Y
 
A
E
 
K
L
 
G
G
 
A
N
 
S
R
 
F
M
 
I
I
 
I
K
 
D
E
 
K
F
 
L
G
 
G
L
 
A
K
 
E
S
 
G
G
 
G
D
 
E
V
 
V
V
 
A
F
 
I
N
 
I
P
 
E
R
 
G
E
 
K
I
 
A
P
 
G
E
 
N
A
 
A
S
 
S
F
 
G
A
 
E
V
 
A
A
 
R
R
 
R
G
 
N
G
 
G
G
 
A
I
 
T
E
 
E
K
 
A
A
 
F
M
 
K
T
 
K
E
 
A
N
 
S
G
 
Q
I
 
I
K
 
K
-
 
L
V
 
V
E
 
A
T
 
S
V
 
Q
R
 
P
A
 
A
G
 
D
L
 
W
D
 
D
P
 
R
A
 
I
E
 
K
A
 
A
Q
 
L
N
 
D
I
 
V
I
 
A
A
 
T
Q
 
N
F
 
V
L
 
L
I
 
Q
A
 
R
N
 
N
P
 
P
N
 
N
V
 
I
K
 
K
A
 
A
L
 
I
F
 
Y
G
 
C
T
 
A
G
 
N
S
 
D
V
 
T
T
 
M
S
 
A
T
 
M
V
 
G
G
 
V
A
 
A
G
 
Q
A
 
A
I
 
V
K
 
A
D
 
N
A
 
A
G
 
G
V
 
K
-
 
T
-
 
G
D
 
K
I
 
V
P
 
L
F
 
V
G
 
V
G
 
G
F
 
T
D
 
D
L
 
G
A
 
I
V
 
P
E
 
E
I
 
A
V
 
R
N
 
K
A
 
M
V
 
V
E
 
E
S
 
A
G
 
G
A
 
Q
M
 
M
Y
 
T
A
 
A
T
 
T
M
 
V
D
 
A
Q
 
Q
Q
 
N
P
 
P
Y
 
A
L
 
D
Q
 
I
G
 
G
Y
 
A
Y
 
T
P
 
G
I
 
L
A
 
K
Q
 
L
I
 
M
A
 
V
L
 
D
A
 
A
K
 
E
K
 
K
Y
 
S
G
 
G
-
 
K
L
 
V
T
 
I
P
 
P
T
 
L
D
 
D

Sites not aligning to the query:

1dbpA Identical mutations at corresponding positions in two homologous proteins with non-identical effects (see paper)
28% identity, 72% coverage: 42:268/316 of query aligns to 15:237/271 of 1dbpA

query
sites
1dbpA
F
|
F
F
 
F
N
 
V
P
 
S
V
 
L
V
 
K
K
 
D
G
 
G
A
 
A
Q
 
Q
D
 
K
A
 
E
A
 
A
A
 
D
Q
 
K
F
 
L
G
 
G
V
 
Y
D
 
N
L
 
L
D
 
V
V
 
V
Q
 
L
Y
 
D
A
 
S
N
 
Q
N
 
N
D
 
N
P
 
P
V
 
A
R
 
K
Q
 
E
N
 
L
D
 
A
L
 
N
I
 
V
E
 
Q
S
 
D
A
 
L
T
 
T
A
 
V
S
 
R
G
 
G
V
 
T
D
 
K
G
 
I
I
 
L
A
 
L
V
 
I
A
 
N
I
 
P
S
 
T
S
 
D
S
 
S
D
 
D
A
 
A
F
 
V
D
 
D
E
 
N
S
 
A
I
 
V
C
 
K
A
 
M
A
 
A
V
 
N
K
 
Q
A
 
A
G
 
N
I
 
I
I
 
P
V
 
V
I
 
I
G
 
T
F
 
L
N
 
-
N
 
-
D
 
-
D
|
D
L
x
R
D
 
Q
G
 
A
A
 
T
K
 
K
G
 
G
N
 
E
C
 
V
R
 
V
Q
 
-
A
 
S
Y
 
H
V
 
I
G
 
A
M
 
S
D
 
D
E
 
N
L
 
V
A
 
L
S
 
G
G
 
G
Y
 
K
E
 
I
L
 
A
G
 
G
N
 
D
R
 
Y
M
 
I
I
 
A
K
 
K
E
 
K
F
 
A
G
 
G
L
 
-
K
 
-
S
 
E
G
 
G
D
 
A
V
 
K
V
 
V
F
 
I
N
 
E
P
 
L
R
 
Q
E
 
G
I
 
I
P
 
A
E
 
G
A
 
T
S
 
S
F
 
A
A
 
A
V
 
R
A
 
E
R
|
R
G
 
G
G
 
E
G
 
G
I
 
F
E
 
Q
K
 
Q
A
 
A
M
 
V
T
 
A
E
 
A
N
 
H
G
 
K
I
 
F
K
 
N
V
 
V
E
 
L
T
 
A
V
 
S
R
 
Q
-
 
P
A
 
A
G
 
D
L
x
F
D
 
D
P
 
R
A
 
I
E
 
K
A
 
G
Q
 
L
N
 
N
I
 
V
I
 
M
A
 
Q
Q
 
N
F
 
L
L
 
L
I
 
T
A
 
A
N
 
H
P
 
P
N
 
D
V
 
V
K
 
Q
A
 
A
L
 
V
F
 
F
G
 
A
T
 
Q
G
x
N
S
 
D
V
 
E
T
 
M
S
 
A
T
 
L
V
 
G
G
 
A
A
 
L
G
 
R
A
 
A
I
 
L
K
 
Q
D
 
T
A
 
A
G
 
G
-
 
K
V
 
S
D
 
D
I
 
V
P
 
M
F
 
V
G
 
V
G
 
G
F
 
F
D
|
D
L
 
G
A
 
T
V
 
P
E
 
D
I
 
G
V
 
E
N
 
K
A
 
A
V
 
V
E
 
N
S
 
D
G
 
G
A
 
K
M
 
L
Y
 
A
A
 
A
T
 
T
M
 
I
D
 
A
Q
 
Q
Q
 
L
P
 
P

Sites not aligning to the query:

5hqjA Crystal structure of abc transporter solute binding protein b1g1h7 from burkholderia graminis c4d1m, target efi-511179, in complex with d-arabinose
27% identity, 81% coverage: 39:295/316 of query aligns to 16:275/289 of 5hqjA

query
sites
5hqjA
S
 
A
V
 
V
Q
 
P
F
|
F
F
 
F
N
 
D
P
 
D
V
 
C
V
 
N
K
 
K
G
 
G
A
 
A
Q
 
K
D
 
T
A
 
A
A
 
A
A
 
D
Q
 
K
F
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
K
L
 
Y
D
 
Q
-
 
W
V
 
V
Q
 
V
Y
 
P
A
 
Q
N
 
N
N
 
T
D
 
Q
P
 
G
V
 
S
R
 
T
Q
 
Q
N
 
V
D
 
Q
L
 
I
I
 
I
E
 
E
S
 
D
A
 
L
T
 
I
A
 
S
S
 
R
G
 
H
V
 
V
D
 
D
G
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
I
A
 
S
I
 
V
S
 
N
S
 
E
S
 
P
D
 
K
A
 
S
F
 
V
D
 
E
E
 
S
S
 
V
I
 
M
C
 
K
A
 
R
A
 
A
V
 
E
K
 
Q
A
 
S
G
 
G
I
 
I
I
 
K
V
 
V
I
 
L
G
 
T
F
 
Y
N
x
D
N
 
S
D
 
D
D
 
-
L
 
-
D
 
-
G
 
-
A
 
S
K
 
P
G
 
K
N
 
S
C
 
G
R
 
R
Q
 
S
A
 
M
Y
 
Y
V
 
I
G
 
G
M
 
T
D
 
N
E
 
N
L
 
E
A
 
Q
S
 
A
G
 
G
Y
 
A
E
 
T
L
 
M
G
 
A
N
 
E
R
 
T
M
 
M
I
 
G
K
 
K
E
 
A
F
 
L
G
 
N
L
 
-
K
 
G
S
 
Q
G
 
G
D
 
E
V
 
V
V
 
A
F
 
I
N
 
I
P
 
T
R
 
G
E
 
Q
I
 
L
P
 
G
E
 
A
A
 
V
S
x
N
F
 
L
A
 
N
V
 
-
A
 
E
R
|
R
G
 
I
G
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
K
K
 
K
A
 
G
M
 
L
T
 
A
E
 
K
-
 
Y
N
 
P
G
 
G
I
 
I
K
 
K
-
 
V
V
 
V
E
 
E
T
 
T
V
 
Q
R
 
G
A
 
T
G
 
D
L
 
D
D
 
D
P
 
L
A
 
A
E
 
R
A
 
G
Q
 
V
N
 
S
I
 
V
I
 
V
A
 
E
Q
 
T
F
 
T
L
 
L
I
 
R
A
 
A
N
 
H
P
 
P
N
 
N
V
 
L
K
 
K
A
 
G
L
 
I
F
 
F
G
 
G
T
 
-
G
 
-
S
 
-
V
 
-
T
 
V
S
|
S
T
x
Q
V
 
V
G
 
G
A
 
G
G
 
P
A
 
A
I
 
V
K
 
A
D
 
K
A
 
V
G
 
L
V
 
N
D
 
T
I
 
R
P
 
E
F
 
F
G
 
G
-
 
A
-
 
M
-
 
K
-
 
G
-
 
K
-
 
L
-
 
E
-
 
V
-
 
L
G
 
A
F
 
F
D
|
D
L
 
D
A
 
L
V
 
P
E
 
D
I
 
T
V
 
L
N
 
K
A
 
G
V
 
L
E
 
K
S
 
D
G
 
G
A
 
Y
M
 
I
Y
 
Q
A
 
G
T
 
I
M
 
M
D
 
V
Q
|
Q
Q
 
R
P
 
P
Y
 
V
L
 
T
Q
 
M
G
 
G
Y
 
S
Y
 
L
P
 
A
I
 
V
A
 
D
Q
 
H
-
 
L
I
 
V
A
 
A
L
 
Q
A
 
I
K
 
Q
K
 
G
Y
 
Q
G
 
E
L
 
G
T
 
Q
P
 
P
T
 
K
D
 
D
I
 
I
D
 
D
T
 
T
G
 
G

Sites not aligning to the query:

8wlbA X-ray structure of enterobacter cloacae allose-binding protein in complex with d-psicose (see paper)
28% identity, 72% coverage: 42:268/316 of query aligns to 15:249/288 of 8wlbA

query
sites
8wlbA
F
|
F
F
x
W
N
 
V
P
 
D
V
 
M
V
 
K
K
 
K
G
 
G
A
 
I
Q
 
E
D
 
D
A
 
E
A
 
A
A
 
K
Q
 
T
F
 
L
G
 
G
V
 
V
D
 
S
L
 
V
D
 
D
V
 
I
-
 
F
-
 
A
Q
 
S
Y
 
P
A
 
S
N
 
E
N
 
G
D
 
D
P
 
F
V
 
Q
R
 
S
Q
 
Q
N
 
L
D
 
Q
L
 
L
I
 
F
E
 
E
S
 
D
A
 
L
T
 
S
A
 
N
S
 
K
G
 
K
V
 
Y
D
 
K
G
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
F
A
 
A
I
 
P
S
 
L
S
 
S
S
 
S
D
 
V
A
 
N
F
 
L
D
 
V
E
 
M
S
 
P
I
 
V
C
 
A
A
 
R
A
 
A
V
 
W
K
 
Q
A
 
K
G
 
G
I
 
L
I
 
Y
V
 
L
I
 
V
G
 
N
F
 
L
N
x
D
N
x
E
-
 
K
-
 
I
-
 
D
-
 
M
D
 
D
D
 
N
L
 
L
D
 
K
G
 
K
A
 
A
K
 
G
G
 
G
N
 
N
C
 
V
R
 
-
Q
 
E
A
 
G
Y
 
F
V
 
V
G
 
T
M
 
T
D
 
D
E
 
N
L
 
V
A
 
A
S
 
V
G
 
G
Y
 
A
E
 
K
L
 
G
G
 
A
N
 
D
R
 
F
M
 
I
I
 
I
K
 
N
E
 
K
F
 
L
G
 
G
L
 
A
K
 
E
S
 
G
G
 
G
D
 
E
V
 
V
V
 
A
F
 
I
N
 
I
P
 
E
R
 
G
E
 
K
I
 
A
P
 
G
E
 
N
A
 
A
S
|
S
F
 
G
A
 
E
V
 
A
A
x
R
R
 
R
G
 
N
G
 
G
G
 
A
I
 
T
E
 
E
K
 
A
A
 
F
M
 
K
T
 
K
E
 
A
N
 
N
G
 
Q
I
 
I
K
 
K
-
 
L
V
 
V
E
 
A
T
 
S
V
 
Q
R
 
P
A
 
A
G
 
D
L
 
W
D
 
D
P
 
R
A
 
I
E
 
K
A
 
A
Q
 
L
N
 
D
I
 
V
I
 
A
A
 
T
Q
 
N
F
 
V
L
 
L
I
 
Q
A
 
R
N
 
N
P
 
P
N
 
N
V
 
L
K
 
K
A
 
A
L
 
F
F
 
Y
G
 
C
T
 
A
G
x
N
S
 
D
V
 
T
T
 
M
S
 
A
T
 
M
V
 
G
G
 
V
A
 
A
G
 
Q
A
 
A
I
 
V
K
 
A
D
 
N
A
 
A
G
 
G
V
 
K
-
 
I
-
 
G
D
 
K
I
 
V
P
 
L
F
 
V
G
 
V
G
 
G
F
 
T
D
|
D
L
 
G
A
 
I
V
 
P
E
 
E
I
 
A
V
 
R
N
 
K
A
 
M
V
 
V
E
 
E
S
 
A
G
 
G
A
 
Q
M
 
M
Y
 
T
A
 
A
T
 
T
M
 
V
D
 
A
Q
|
Q
Q
 
N
P
 
P

Sites not aligning to the query:

8wl9A X-ray structure of enterobacter cloacae allose-binding protein in complex with d-ribose (see paper)
28% identity, 72% coverage: 42:268/316 of query aligns to 15:249/288 of 8wl9A

query
sites
8wl9A
F
|
F
F
 
W
N
 
V
P
 
D
V
 
M
V
 
K
K
 
K
G
 
G
A
 
I
Q
 
E
D
 
D
A
 
E
A
 
A
A
 
K
Q
 
T
F
 
L
G
 
G
V
 
V
D
 
S
L
 
V
D
 
D
V
 
I
-
 
F
-
 
A
Q
 
S
Y
 
P
A
 
S
N
 
E
N
 
G
D
 
D
P
 
F
V
 
Q
R
 
S
Q
 
Q
N
 
L
D
 
Q
L
 
L
I
 
F
E
 
E
S
 
D
A
 
L
T
 
S
A
 
N
S
 
K
G
 
K
V
 
Y
D
 
K
G
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
F
A
 
A
I
 
P
S
 
L
S
 
S
S
 
S
D
 
V
A
 
N
F
 
L
D
 
V
E
 
M
S
 
P
I
 
V
C
 
A
A
 
R
A
 
A
V
 
W
K
 
Q
A
 
K
G
 
G
I
 
L
I
 
Y
V
 
L
I
 
V
G
 
N
F
 
L
N
x
D
N
 
E
-
 
K
-
 
I
-
 
D
-
 
M
D
 
D
D
 
N
L
 
L
D
 
K
G
 
K
A
 
A
K
 
G
G
 
G
N
 
N
C
 
V
R
 
-
Q
 
E
A
 
G
Y
 
F
V
 
V
G
 
T
M
 
T
D
 
D
E
 
N
L
 
V
A
 
A
S
 
V
G
 
G
Y
 
A
E
 
K
L
 
G
G
 
A
N
 
D
R
 
F
M
 
I
I
 
I
K
 
N
E
 
K
F
 
L
G
 
G
L
 
A
K
 
E
S
 
G
G
 
G
D
 
E
V
 
V
V
 
A
F
 
I
N
 
I
P
 
E
R
 
G
E
 
K
I
 
A
P
 
G
E
 
N
A
 
A
S
 
S
F
 
G
A
 
E
V
 
A
A
x
R
R
 
R
G
 
N
G
 
G
G
 
A
I
 
T
E
 
E
K
 
A
A
 
F
M
 
K
T
 
K
E
 
A
N
 
N
G
 
Q
I
 
I
K
 
K
-
 
L
V
 
V
E
 
A
T
 
S
V
 
Q
R
 
P
A
 
A
G
 
D
L
x
W
D
 
D
P
 
R
A
 
I
E
 
K
A
 
A
Q
 
L
N
 
D
I
 
V
I
 
A
A
 
T
Q
 
N
F
 
V
L
 
L
I
 
Q
A
 
R
N
 
N
P
 
P
N
 
N
V
 
L
K
 
K
A
 
A
L
 
F
F
 
Y
G
 
C
T
 
A
G
x
N
S
 
D
V
 
T
T
 
M
S
 
A
T
 
M
V
 
G
G
 
V
A
 
A
G
 
Q
A
 
A
I
 
V
K
 
A
D
 
N
A
 
A
G
 
G
V
 
K
-
 
I
-
 
G
D
 
K
I
 
V
P
 
L
F
 
V
G
 
V
G
 
G
F
 
T
D
|
D
L
 
G
A
 
I
V
 
P
E
 
E
I
 
A
V
 
R
N
 
K
A
 
M
V
 
V
E
 
E
S
 
A
G
 
G
A
 
Q
M
 
M
Y
 
T
A
 
A
T
 
T
M
 
V
D
 
A
Q
|
Q
Q
 
N
P
 
P

Sites not aligning to the query:

4irxA Crystal structure of caulobacter myo-inositol binding protein bound to myo-inositol (see paper)
25% identity, 88% coverage: 32:308/316 of query aligns to 12:296/296 of 4irxA

query
sites
4irxA
M
 
V
I
 
V
I
 
S
Y
 
F
L
 
N
D
 
D
P
 
L
S
 
S
V
x
Q
Q
 
P
F
|
F
F
 
F
N
 
V
P
 
A
V
 
M
V
 
R
K
 
R
G
 
E
A
 
L
Q
 
E
D
 
D
A
 
E
A
 
A
A
 
A
Q
 
K
F
 
L
G
 
G
V
 
V
D
 
K
L
 
V
D
 
Q
V
 
V
Q
 
L
Y
 
D
A
 
A
N
 
Q
N
 
N
D
 
N
P
 
S
V
 
S
R
 
K
Q
 
Q
N
 
I
D
 
S
L
 
D
I
 
L
E
 
Q
S
 
A
A
 
A
T
 
A
A
 
V
S
 
Q
G
 
G
V
 
A
D
 
K
G
 
V
I
 
V
A
 
I
V
 
V
A
 
A
I
 
P
S
 
T
S
 
D
S
 
S
D
 
K
A
 
A
F
 
L
D
 
A
E
 
G
S
 
A
I
 
A
C
 
D
A
 
D
A
 
L
V
 
V
K
 
E
A
 
Q
G
 
G
I
 
V
I
 
A
V
 
V
I
 
I
G
 
S
F
 
V
N
 
-
N
 
-
D
 
-
D
|
D
L
x
R
D
 
N
G
 
I
A
 
A
K
 
G
G
 
G
N
 
K
C
 
T
R
 
A
Q
 
V
A
 
P
Y
 
H
V
 
V
G
 
G
M
 
A
D
 
D
E
 
N
L
 
V
A
 
A
S
 
G
G
 
G
Y
 
R
E
 
A
L
 
M
G
 
A
N
 
D
R
 
W
M
 
V
I
 
V
K
 
K
E
 
T
F
 
Y
G
 
P
L
 
A
K
 
G
S
 
A
G
 
R
D
 
V
V
 
V
V
 
V
F
 
I
N
 
T
P
 
-
R
 
-
E
x
N
I
x
D
P
 
P
E
 
G
A
 
S
S
 
S
F
x
S
A
 
S
V
 
I
A
 
E
R
|
R
G
 
V
G
 
K
G
 
G
I
 
V
E
 
H
K
 
D
A
 
G
M
 
L
T
 
A
E
 
A
N
 
G
G
 
G
-
 
P
-
 
A
-
 
F
-
 
K
-
 
I
I
 
V
K
 
T
V
 
E
E
 
Q
T
 
T
V
 
A
R
 
N
A
x
S
G
 
K
L
 
R
D
 
D
P
 
Q
A
 
A
-
 
L
-
 
T
E
 
V
A
 
T
Q
 
Q
N
 
N
I
 
I
I
 
L
A
 
T
Q
 
S
F
 
M
L
 
R
I
 
D
A
 
T
N
 
P
P
 
P
N
 
D
V
 
V
K
 
I
A
 
L
L
 
C
F
 
L
G
x
N
T
 
D
G
 
D
S
 
M
V
 
A
T
 
M
S
 
G
T
 
A
V
 
L
G
 
E
A
 
A
G
 
-
A
 
-
I
 
V
K
 
R
D
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
L
D
 
D
-
 
S
-
 
A
-
 
K
I
 
V
P
 
K
F
 
V
G
 
I
G
 
G
F
 
F
D
|
D
L
 
A
A
 
I
V
 
P
E
 
E
I
 
A
V
 
L
N
 
A
A
 
R
V
 
I
E
 
K
S
 
A
G
 
G
A
 
E
M
 
M
Y
 
V
A
 
A
T
 
T
M
 
V
D
 
E
Q
|
Q
Q
 
N
P
 
P
Y
 
G
L
 
L
Q
 
Q
G
 
I
Y
 
R
Y
 
T
P
 
A
I
 
L
A
 
R
Q
 
Q
I
 
A
-
 
V
-
 
D
-
 
K
-
 
I
-
 
K
-
 
S
-
 
G
A
 
A
L
 
A
A
 
L
K
 
K
K
 
S
Y
 
V
G
 
S
L
 
L
T
 
K
P
 
P
T
 
V
D
 
L
I
 
I
D
 
T
T
 
S
G
 
G
Q
 
N
G
 
-
A
 
-
F
 
L
L
 
T
D
 
E
K
 
A
T
 
S
R
 
R
I
 
I
G
 
G
S
 
E
V
 
M

7e7mC Crystal structure analysis of the streptococcus agalactiae ribose binding protein rbsb
25% identity, 74% coverage: 42:276/316 of query aligns to 22:251/284 of 7e7mC

query
sites
7e7mC
F
x
Y
F
|
F
N
 
V
P
 
A
V
 
M
V
 
K
K
 
D
G
 
G
A
 
I
Q
 
D
D
 
K
A
 
Y
A
 
A
A
 
S
Q
 
N
F
 
K
G
 
K
V
 
I
D
 
S
L
 
I
D
 
K
V
 
V
Q
 
A
Y
 
D
A
 
A
N
 
Q
N
 
D
D
 
D
P
 
A
V
 
A
R
 
R
Q
 
Q
N
 
A
D
 
D
L
 
D
I
 
V
E
 
Q
S
 
N
A
 
F
T
 
I
A
 
S
S
 
Q
G
 
N
V
 
V
D
 
D
G
 
A
I
 
I
A
 
L
V
 
I
A
 
N
I
 
P
S
 
V
S
 
D
S
 
S
D
 
K
A
 
A
F
 
I
D
 
V
E
 
T
S
 
A
I
 
I
C
 
K
A
 
S
A
 
A
V
 
N
K
 
N
A
 
A
G
 
N
I
 
I
I
 
P
V
 
V
I
 
I
G
 
L
F
 
M
N
x
D
N
x
R
D
 
-
D
 
-
L
 
-
D
 
-
G
 
G
A
 
S
K
 
E
G
 
G
N
 
G
C
 
K
R
 
V
Q
 
L
A
 
T
Y
 
T
V
 
V
G
 
A
M
 
S
D
 
D
E
 
N
L
 
V
A
 
A
S
 
A
G
 
G
Y
 
K
E
 
M
L
 
A
G
 
A
N
 
D
R
 
Y
M
 
A
I
 
V
K
 
K
E
 
K
F
 
L
G
 
G
L
 
K
K
 
K
S
 
A
G
 
K
D
 
-
V
 
-
V
 
A
F
 
F
N
 
E
P
 
L
R
 
S
E
 
G
I
 
V
P
 
P
E
 
G
A
 
A
S
 
S
F
 
A
A
 
T
V
 
V
A
 
D
R
|
R
G
 
G
G
 
K
G
 
G
I
 
F
E
 
H
K
 
S
A
 
V
M
 
A
T
 
K
E
 
S
N
 
K
G
 
L
I
 
D
K
 
M
V
 
L
E
 
S
T
 
S
V
 
Q
R
 
S
A
 
A
G
 
N
L
x
F
D
 
D
P
 
R
A
 
A
E
 
K
A
 
A
Q
 
L
N
 
N
I
 
T
I
 
T
A
 
Q
Q
 
N
F
 
M
L
 
I
I
 
Q
A
 
G
N
 
H
P
 
K
N
 
D
V
 
V
K
 
Q
A
 
I
L
 
I
F
 
F
G
 
A
T
 
Q
G
x
N
S
 
D
V
 
E
T
 
M
S
 
A
T
 
L
V
 
G
G
 
A
A
 
A
G
 
Q
A
 
A
I
 
V
K
 
K
D
 
S
A
 
A
G
 
G
V
 
L
-
 
Q
D
 
N
I
 
V
P
 
L
F
 
I
G
 
V
G
 
G
F
 
I
D
|
D
L
 
G
A
 
Q
V
 
P
E
 
D
I
 
A
V
 
H
N
 
D
A
 
A
V
 
I
E
 
K
S
 
K
G
 
G
A
 
D
M
 
I
Y
 
S
A
 
A
T
 
T
M
 
I
D
 
A
Q
|
Q
Q
 
Q
P
 
P
Y
 
A
L
 
K
Q
 
M
G
 
G
Y
 
E
Y
 
I
P
 
A
I
 
I

Sites not aligning to the query:

6guqA Crystal structure of ganp, a glucose-galactose binding protein from geobacillus stearothermophilus, in complex with glucose
26% identity, 76% coverage: 42:280/316 of query aligns to 15:252/278 of 6guqA

query
sites
6guqA
F
x
Y
F
 
W
N
 
R
P
 
L
V
 
V
V
 
E
K
 
K
G
 
G
A
 
A
Q
 
K
D
 
A
A
 
A
A
 
A
A
 
K
Q
 
E
F
 
L
G
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
L
D
 
E
V
 
Y
-
 
I
-
 
G
-
 
P
Q
 
R
Y
 
Q
A
 
A
N
 
N
N
 
I
D
 
D
P
 
-
V
 
-
R
 
E
Q
 
H
N
 
L
D
 
R
L
 
I
I
 
L
E
 
K
S
 
K
A
 
A
T
 
A
A
 
A
S
 
A
G
 
K
V
 
V
D
 
D
G
 
G
I
 
I
A
 
I
V
 
T
A
 
Q
I
 
G
S
 
L
S
 
T
S
 
E
D
 
A
A
 
E
F
 
F
D
 
V
E
 
P
S
 
V
I
 
I
C
 
N
A
 
E
A
 
I
V
 
T
K
 
D
A
 
K
G
 
N
I
 
I
I
 
P
V
 
V
I
 
V
G
 
T
F
 
I
N
x
D
N
 
T
D
 
D
D
 
-
L
 
-
D
 
-
G
 
-
A
 
A
K
 
P
G
 
T
N
 
S
C
 
R
R
 
R
Q
 
V
A
 
A
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
M
 
T
D
 
D
E
 
N
L
 
Y
A
 
Y
S
 
A
G
 
G
Y
 
F
E
 
L
L
 
A
G
 
G
N
 
R
R
 
A
M
 
L
I
 
A
K
 
E
E
 
D
F
 
T
G
 
K
L
 
G
K
 
K
S
 
A
G
 
T
D
 
V
V
 
A
V
 
I
F
 
I
N
 
T
P
 
G
R
 
S
E
 
-
I
 
-
P
 
L
E
 
T
A
 
A
S
 
A
F
x
H
A
 
Q
V
 
Q
A
 
L
R
|
R
G
 
V
G
 
R
G
 
G
I
 
F
E
 
E
K
 
D
A
 
A
M
 
V
-
 
R
T
 
Q
E
 
E
N
 
K
G
 
G
I
 
I
K
 
R
V
 
I
E
 
V
T
 
A
V
 
I
R
 
E
-
 
E
A
 
S
G
 
H
L
x
I
D
 
T
P
 
R
A
 
V
E
 
Q
A
 
A
Q
 
A
N
 
E
I
 
K
I
 
A
A
 
Y
Q
 
T
F
 
I
L
 
L
I
 
K
A
 
K
N
 
H
P
 
P
N
 
D
V
 
V
K
 
N
A
 
A
L
 
F
F
 
Y
G
 
G
T
 
T
G
x
S
S
x
A
V
 
L
T
 
D
S
 
A
T
 
I
V
 
G
G
 
V
A
 
A
G
 
K
A
 
V
I
 
V
K
 
E
D
 
Q
A
 
F
G
 
H
V
 
R
D
 
E
I
 
Q
P
 
K
-
 
T
-
 
Y
F
 
I
G
 
I
G
 
G
F
 
F
D
|
D
L
 
T
A
 
L
V
 
P
E
 
E
I
 
T
V
 
I
N
 
R
A
 
Y
V
 
L
E
 
Q
S
 
K
G
 
G
A
 
T
M
 
I
Y
 
A
A
 
A
T
 
T
M
 
V
D
 
V
Q
|
Q
Q
 
E
P
 
P
Y
 
Y
L
 
E
Q
 
M
G
 
G
Y
 
Y
Y
 
K
P
 
A
I
 
V
A
 
K
Q
 
M
I
 
M
A
 
A

Sites not aligning to the query:

6gt9A Crystal structure of ganp, a glucose-galactose binding protein from geobacillus stearothermophilus, in complex with galactose
26% identity, 76% coverage: 42:280/316 of query aligns to 20:257/283 of 6gt9A

query
sites
6gt9A
F
x
Y
F
x
W
N
 
R
P
 
L
V
 
V
V
 
E
K
 
K
G
 
G
A
 
A
Q
 
K
D
 
A
A
 
A
A
 
A
A
 
K
Q
 
E
F
 
L
G
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
L
D
 
E
V
 
Y
-
 
I
-
 
G
-
 
P
Q
 
R
Y
 
Q
A
 
A
N
 
N
N
 
I
D
 
D
P
 
-
V
 
-
R
 
E
Q
 
H
N
 
L
D
 
R
L
 
I
I
 
L
E
 
K
S
 
K
A
 
A
T
 
A
A
 
A
S
 
A
G
 
K
V
 
V
D
 
D
G
 
G
I
 
I
A
 
I
V
 
T
A
 
Q
I
 
G
S
 
L
S
 
T
S
 
E
D
 
A
A
 
E
F
 
F
D
 
V
E
 
P
S
 
V
I
 
I
C
 
N
A
 
E
A
 
I
V
 
T
K
 
D
A
 
K
G
 
N
I
 
I
I
 
P
V
 
V
I
 
V
G
 
T
F
 
I
N
x
D
N
 
T
D
 
D
D
 
-
L
 
-
D
 
-
G
 
-
A
 
A
K
 
P
G
 
T
N
 
S
C
 
R
R
 
R
Q
 
V
A
 
A
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
M
 
T
D
 
D
E
 
N
L
 
Y
A
 
Y
S
 
A
G
 
G
Y
 
F
E
 
L
L
 
A
G
 
G
N
 
R
R
 
A
M
 
L
I
 
A
K
 
E
E
 
D
F
 
T
G
 
K
L
 
G
K
 
K
S
 
A
G
 
T
D
 
V
V
 
A
V
 
I
F
 
I
N
 
T
P
 
G
R
 
S
E
 
L
I
 
T
P
 
-
E
 
-
A
 
A
S
 
A
F
x
H
A
 
Q
V
 
Q
A
 
L
R
|
R
G
 
V
G
 
R
G
 
G
I
 
F
E
 
E
K
 
D
A
 
A
M
 
V
-
 
R
T
 
Q
E
 
E
N
 
K
G
 
G
I
 
I
K
 
R
V
 
I
E
 
V
T
 
A
V
 
I
R
 
E
-
 
E
A
 
S
G
 
H
L
x
I
D
 
T
P
 
R
A
 
V
E
 
Q
A
 
A
Q
 
A
N
 
E
I
 
K
I
 
A
A
 
Y
Q
 
T
F
 
I
L
 
L
I
 
K
A
 
K
N
 
H
P
 
P
N
 
D
V
 
V
K
 
N
A
 
A
L
 
F
F
 
Y
G
 
G
T
 
T
G
x
S
S
x
A
V
 
L
T
 
D
S
 
A
T
 
I
V
 
G
G
 
V
A
 
A
G
 
K
A
 
V
I
 
V
K
 
E
D
 
Q
A
 
F
G
 
H
V
 
R
D
 
E
I
 
Q
P
 
K
-
 
T
-
 
Y
F
 
I
G
 
I
G
 
G
F
 
F
D
|
D
L
 
T
A
 
L
V
 
P
E
 
E
I
 
T
V
 
I
N
 
R
A
 
Y
V
 
L
E
 
Q
S
 
K
G
 
G
A
 
T
M
 
I
Y
 
A
A
 
A
T
 
T
M
 
V
D
 
V
Q
|
Q
Q
 
E
P
 
P
Y
 
Y
L
 
E
Q
 
M
G
 
G
Y
 
Y
Y
 
K
P
 
A
I
 
V
A
 
K
Q
 
M
I
 
M
A
 
A

Sites not aligning to the query:

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
27% identity, 77% coverage: 42:285/316 of query aligns to 14:251/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
F
|
F
F
|
F
N
 
V
P
 
T
V
 
L
V
 
K
K
 
N
G
 
G
A
 
A
Q
 
E
D
 
E
A
 
K
A
 
A
A
 
K
Q
 
E
F
 
L
G
 
G
V
 
Y
D
 
K
L
 
I
D
 
I
V
 
V
Q
 
E
Y
 
D
A
 
S
N
 
Q
N
 
N
D
 
D
P
 
S
V
 
S
R
 
K
Q
 
E
N
 
L
D
 
S
L
 
N
I
 
V
E
 
E
S
 
D
A
 
L
T
 
I
A
 
Q
S
 
Q
G
 
K
V
 
V
D
 
D
G
 
V
I
 
L
A
 
L
V
 
I
A
 
N
I
 
P
S
 
V
S
 
D
S
 
S
D
 
D
A
 
A
F
 
V
D
 
V
E
 
T
S
 
A
I
 
I
C
 
K
A
 
E
A
 
A
V
 
N
K
 
S
A
 
K
G
 
N
I
 
I
I
 
P
V
 
V
I
 
I
G
 
T
F
 
I
N
x
D
N
x
R
D
 
-
D
 
-
L
 
-
D
 
-
G
 
S
A
 
A
K
 
N
G
 
G
N
 
G
C
 
D
R
 
V
Q
 
V
A
 
C
Y
 
H
V
 
I
G
 
A
M
 
S
D
 
D
E
 
N
L
 
V
A
 
K
S
 
G
G
 
G
Y
 
-
E
 
-
L
 
-
G
 
-
N
 
-
R
 
E
M
 
M
I
 
A
K
 
A
E
 
E
F
 
F
-
 
I
-
 
A
-
 
K
G
 
A
L
 
L
K
 
K
S
 
G
G
 
K
D
 
G
V
 
N
V
 
V
F
 
V
N
 
E
P
 
L
R
 
E
E
 
G
I
 
I
P
 
P
E
 
G
A
 
A
S
 
S
F
x
A
A
 
A
V
 
R
A
 
D
R
|
R
G
 
G
G
 
K
G
 
G
I
 
F
E
 
D
K
 
E
A
 
A
M
 
I
T
 
A
E
 
K
-
 
Y
N
 
P
G
 
D
I
 
I
K
 
K
V
 
I
E
 
V
T
 
A
V
 
K
R
 
Q
A
 
A
G
 
A
-
 
D
L
x
F
D
 
D
P
 
R
A
 
S
E
 
K
A
 
G
Q
 
L
N
 
S
I
 
V
I
 
M
A
 
E
Q
 
N
F
 
I
L
 
L
I
 
Q
A
 
A
N
 
Q
P
 
P
N
 
K
V
 
I
K
 
D
A
 
A
L
 
V
F
 
F
G
 
A
T
 
Q
G
x
N
S
 
D
V
 
E
T
 
M
S
 
A
T
 
L
V
 
G
G
 
A
A
 
I
G
 
K
A
 
A
I
 
I
K
 
E
D
 
A
A
 
A
G
 
N
V
 
R
D
 
Q
-
 
G
I
 
I
P
 
I
F
 
V
G
 
V
G
 
G
F
 
F
D
|
D
L
 
G
A
 
T
V
 
E
E
 
D
I
 
A
V
 
L
N
 
K
A
 
A
V
 
I
E
 
K
S
 
E
G
 
G
A
 
K
M
 
M
Y
 
A
A
 
A
T
 
T
M
 
I
D
 
A
Q
|
Q
Q
 
Q
P
 
P
Y
 
A
L
 
L
Q
 
M
G
 
G
Y
 
S
Y
 
L
P
 
G
I
 
-
A
 
-
Q
 
-
I
 
V
A
 
E
L
 
M
A
 
A
K
 
D
K
 
K
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

5xssA Xylfii molecule (see paper)
27% identity, 64% coverage: 76:276/316 of query aligns to 52:250/274 of 5xssA

query
sites
5xssA
L
 
L
I
 
F
E
 
D
S
 
M
A
 
A
T
 
T
A
 
S
S
 
A
G
 
K
V
 
V
D
 
S
G
 
G
I
 
I
A
 
I
V
 
T
A
 
Y
I
 
V
S
 
Q
S
 
E
S
 
E
D
 
G
A
 
Q
F
 
Y
D
 
K
E
 
K
S
 
K
I
 
I
C
 
N
A
 
S
A
 
A
V
 
M
K
 
E
A
 
K
G
 
G
I
 
I
I
 
P
V
 
V
I
 
V
G
 
T
F
 
I
N
x
D
N
 
S
D
 
D
D
 
E
L
 
E
D
 
D
G
 
S
A
 
N
K
 
-
G
 
-
N
 
-
C
 
-
R
 
R
Q
 
I
A
 
A
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
M
 
T
D
 
D
E
 
N
L
 
V
A
 
L
S
 
A
G
 
G
Y
 
Q
E
 
V
L
 
A
G
 
G
N
 
K
R
 
E
M
 
M
I
 
V
K
 
K
E
 
Q
F
 
I
G
 
G
L
 
T
K
 
-
S
 
S
G
 
G
D
 
N
V
 
V
-
 
A
-
 
I
V
 
V
F
 
M
N
 
G
P
 
G
R
 
K
E
 
N
I
 
V
P
 
K
E
 
N
A
 
Q
S
 
K
F
 
E
A
x
R
V
 
V
A
 
E
R
 
-
G
 
-
G
 
G
G
 
F
I
 
T
E
 
Q
K
 
Y
A
 
I
M
 
K
T
 
S
E
 
N
N
 
S
G
 
N
I
 
L
K
 
K
-
 
I
V
 
V
E
 
D
T
 
T
V
 
D
R
 
S
A
 
S
G
 
D
L
 
A
D
 
M
P
 
L
A
 
L
E
 
E
A
 
A
Q
 
E
N
 
I
I
 
I
I
 
T
A
 
R
Q
 
K
F
 
I
L
 
L
I
 
N
A
 
R
N
 
N
P
 
D
N
 
N
V
 
I
K
 
N
A
 
A
L
 
L
F
 
F
G
 
C
T
 
T
G
x
S
S
x
A
V
 
L
T
 
D
S
 
G
T
 
I
V
 
G
G
 
A
A
 
A
G
 
R
A
 
A
I
 
V
K
 
K
D
 
D
A
 
L
G
 
N
V
 
Y
D
 
K
-
 
D
-
 
R
I
 
V
P
 
K
F
 
I
G
 
I
G
 
C
F
 
F
D
|
D
L
 
D
A
 
L
V
 
D
E
 
D
I
 
T
V
 
L
N
 
S
A
 
N
V
 
I
E
 
R
S
 
N
G
 
G
A
 
L
M
 
V
Y
 
S
A
 
A
T
 
T
M
 
I
D
 
V
Q
|
Q
Q
 
K
P
 
S
Y
 
N
L
 
E
Q
 
M
G
 
G
Y
 
Y
Y
 
R
P
 
A
I
 
V

Sites not aligning to the query:

P0AEE5 D-galactose/methyl-galactoside binding periplasmic protein MglB; D-galactose-binding periplasmic protein; GBP; D-galactose/D-glucose-binding protein; GGBP from Escherichia coli (strain K12) (see 4 papers)
28% identity, 82% coverage: 7:264/316 of query aligns to 4:277/332 of P0AEE5

query
sites
P0AEE5
R
x
K
T
x
V
A
x
L
A
x
T
L
|
L
A
x
S
A
|
A
G
x
V
L
x
M
A
|
A
T
x
S
L
x
M
L
|
L
T
x
F
-
x
G
S
x
A
T
x
A
A
|
A
L
x
H
A
|
A
A
 
A
D
 
D
V
 
T
K
 
R
A
 
I
T
 
G
M
 
V
I
 
T
I
 
I
Y
 
Y
-
 
K
L
 
Y
D
 
D
P
x
D
S
 
N
V
 
-
Q
 
-
F
 
-
F
 
F
N
 
M
P
 
S
V
 
V
V
 
V
K
 
R
G
 
K
A
 
A
-
 
I
-
 
E
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
A
 
K
A
 
A
Q
 
A
F
 
P
G
 
D
V
 
V
D
 
Q
L
 
L
D
 
L
V
 
M
Q
 
N
Y
 
D
A
 
S
N
 
Q
N
 
N
D
 
D
P
 
Q
V
 
S
R
 
K
Q
 
Q
N
 
N
D
 
D
L
 
Q
I
 
I
E
 
D
S
 
V
A
 
L
T
 
L
A
 
A
S
 
K
G
 
G
V
 
V
D
 
K
G
 
A
I
 
L
A
 
A
V
 
I
A
 
N
I
 
L
S
 
V
S
 
D
S
 
P
D
 
A
A
 
A
F
 
A
D
 
G
E
 
T
S
 
V
I
 
I
C
 
E
A
 
K
A
 
A
V
 
R
K
 
G
A
 
Q
G
 
N
I
 
V
I
 
P
V
 
V
I
 
V
G
 
F
F
 
F
N
|
N
N
 
K
D
 
E
D
 
P
L
 
S
D
 
R
G
 
K
A
 
A
K
 
L
G
 
D
N
 
S
C
 
Y
R
 
D
Q
 
K
A
 
A
-
 
Y
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
M
 
T
D
 
D
E
 
S
L
 
K
A
 
E
S
 
S
G
 
G
Y
 
I
E
 
I
L
 
Q
G
 
G
N
 
D
R
 
L
M
 
I
I
 
A
K
 
K
E
 
H
F
 
W
G
 
A
L
 
A
K
 
N
S
 
Q
G
 
G
D
 
W
V
x
D
V
 
L
F
x
N
N
 
K
P
x
D
R
 
G
E
x
Q
I
 
I
-
x
Q
-
 
F
-
 
V
-
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
G
-
 
E
P
 
P
E
 
G
A
x
H
S
 
P
F
x
D
A
 
A
V
 
E
A
 
A
R
|
R
G
 
T
G
 
T
G
 
Y
I
 
V
E
 
I
K
 
K
A
 
E
M
 
L
T
 
N
E
 
D
N
 
K
G
 
G
I
 
I
K
 
K
V
 
T
E
 
E
T
 
Q
V
 
L
R
 
Q
-
 
L
-
 
D
-
 
T
A
 
A
G
 
M
L
 
W
D
 
D
P
 
T
A
 
A
E
 
Q
A
 
A
Q
 
K
N
 
D
I
 
K
I
 
M
A
 
D
Q
 
A
F
 
W
L
 
L
I
 
-
A
 
S
N
 
G
P
 
P
N
 
N
V
 
A
K
 
N
A
 
K
L
 
I
F
x
E
G
 
V
T
 
V
G
 
I
S
 
A
V
 
N
T
x
N
S
 
D
T
 
A
V
 
M
G
 
A
A
 
M
G
 
G
A
 
A
I
 
V
K
 
E
-
 
A
-
 
L
-
 
K
-
 
A
D
 
H
A
 
N
G
 
K
V
 
S
D
 
S
I
 
I
P
 
P
F
 
V
G
 
F
G
 
G
F
 
V
D
|
D
L
 
A
A
 
L
V
 
P
E
 
E
I
 
A
V
 
L
N
 
A
A
 
L
V
 
V
E
 
K
S
 
S
G
 
G
A
 
A
M
 
L
Y
 
A
A
 
G
T
 
T
M
 
V

Sites not aligning to the query:

2qw1A Glucose/galactose binding protein bound to 3-o-methyl d-glucose (see paper)
28% identity, 70% coverage: 43:264/316 of query aligns to 15:253/305 of 2qw1A

query
sites
2qw1A
F
 
F
N
 
M
P
 
S
V
 
V
V
 
V
K
 
R
G
 
K
A
 
A
-
 
I
-
 
E
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
A
 
K
A
 
A
Q
 
A
F
 
P
G
 
D
V
 
V
D
 
Q
L
 
L
D
 
L
V
 
M
Q
 
N
Y
 
D
A
 
S
N
 
Q
N
 
N
D
 
D
P
 
Q
V
 
S
R
 
K
Q
 
Q
N
 
N
D
 
D
L
 
Q
I
 
I
E
 
D
S
 
V
A
 
L
T
 
L
A
 
A
S
 
K
G
 
G
V
 
V
D
 
K
G
 
A
I
 
L
A
 
A
V
 
I
A
 
N
I
 
L
S
 
V
S
 
D
S
 
P
D
 
A
A
 
A
F
 
A
D
 
G
E
 
T
S
 
V
I
 
I
C
 
E
A
 
K
A
 
A
V
 
R
K
 
G
A
 
Q
G
 
N
I
 
V
I
 
P
V
 
V
I
 
V
G
 
F
F
 
F
N
 
N
N
 
K
D
 
E
D
 
P
L
 
S
D
 
R
G
 
K
A
 
A
K
 
L
G
 
D
N
 
S
C
 
Y
R
 
D
Q
 
K
A
 
A
-
 
Y
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
M
 
T
D
 
D
E
 
S
L
 
K
A
 
E
S
 
S
G
 
G
Y
 
I
E
 
I
L
 
Q
G
 
G
N
 
D
R
 
L
M
 
I
I
 
A
K
 
K
E
 
H
F
 
W
G
 
A
L
 
A
K
 
N
S
 
Q
G
 
G
D
 
W
V
x
D
V
 
L
F
x
N
N
 
K
P
x
D
R
 
G
E
x
Q
I
 
I
-
x
Q
-
 
F
-
 
V
-
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
G
-
 
E
P
 
P
E
 
G
A
x
H
S
 
P
F
 
D
A
 
A
V
 
E
A
 
A
R
 
R
G
 
T
G
 
T
G
 
Y
I
 
V
E
 
I
K
 
K
A
 
E
M
 
L
T
 
N
E
 
D
N
 
K
G
 
G
I
 
I
K
 
K
V
 
T
E
 
E
T
 
Q
V
 
L
R
 
Q
-
 
L
-
 
D
-
 
T
A
 
A
G
 
M
L
x
W
D
 
D
P
 
T
A
 
A
E
 
Q
A
 
A
Q
 
K
N
 
D
I
 
K
I
 
M
A
 
D
Q
 
A
F
 
W
L
 
L
I
 
-
A
 
S
N
 
G
P
 
P
N
 
N
V
 
A
K
 
N
A
 
K
L
 
I
F
x
E
G
 
V
T
 
V
G
 
I
S
 
A
V
 
N
T
x
N
S
 
D
T
 
A
V
 
M
G
 
A
A
 
M
G
 
G
A
 
A
I
 
V
K
 
E
-
 
A
-
 
L
-
 
K
-
 
A
D
 
H
A
 
N
G
 
K
V
 
S
D
 
S
I
 
I
P
 
P
F
 
V
G
 
F
G
 
G
F
 
V
D
|
D
L
 
A
A
 
L
V
 
P
E
 
E
I
 
A
V
 
L
N
 
A
A
 
L
V
 
V
E
 
K
S
 
S
G
 
G
A
 
A
M
 
L
Y
 
A
A
 
G
T
 
T
M
 
V

Query Sequence

>SMa0218 FitnessBrowser__Smeli:SMa0218
MKLTRLRTAALAAGLATLLTSTALAADVKATMIIYLDPSVQFFNPVVKGAQDAAAQFGVD
LDVQYANNDPVRQNDLIESATASGVDGIAVAISSSDAFDESICAAVKAGIIVIGFNNDDL
DGAKGNCRQAYVGMDELASGYELGNRMIKEFGLKSGDVVFNPREIPEASFAVARGGGIEK
AMTENGIKVETVRAGLDPAEAQNIIAQFLIANPNVKALFGTGSVTSTVGAGAIKDAGVDI
PFGGFDLAVEIVNAVESGAMYATMDQQPYLQGYYPIAQIALAKKYGLTPTDIDTGQGAFL
DKTRIGSVKPLIGSYR

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory