SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing SMc00035 FitnessBrowser__Smeli:SMc00035 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

8oriD Crystal structure of rhizobium etli l-asparaginase reaiv (orthorhombic) (see paper)
74% identity, 100% coverage: 1:336/336 of query aligns to 7:341/341 of 8oriD

query
sites
8oriD
M
 
M
S
 
T
N
 
N
P
 
P
V
 
V
L
 
T
V
 
V
E
 
E
V
 
V
T
 
T
R
 
R
G
 
G
N
 
L
L
 
L
V
 
V
E
 
E
S
 
S
R
 
R
H
 
H
R
 
R
G
 
G
M
 
A
I
 
V
V
 
A
A
 
V
V
 
V
D
 
D
G
 
G
D
 
D
G
 
G
K
 
K
T
 
L
L
 
F
F
 
F
S
 
S
L
 
L
G
 
G
E
 
D
T
 
I
D
 
D
A
 
T
H
 
A
I
 
V
F
 
F
P
 
P
R
 
R
S
 
S
A
 
A
C
 
C
K
 
K
A
 
A
M
 
M
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
P
 
P
L
 
L
I
 
V
E
 
E
S
 
S
G
 
G
A
 
A
A
 
A
D
 
D
A
 
A
N
 
Y
G
 
G
F
 
F
G
 
G
D
 
D
R
 
K
E
 
E
L
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
A
C
 
C
S
 
A
S
 
S
H
 
H
S
 
N
G
 
G
E
 
E
P
 
E
E
 
E
H
 
H
V
 
V
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
K
 
S
M
 
M
L
 
L
S
 
S
A
 
R
A
 
A
G
 
G
R
 
R
D
 
N
V
 
V
Q
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
E
C
 
C
G
 
G
A
 
A
H
 
H
W
 
W
S
 
S
S
 
M
D
 
N
Q
 
Q
K
 
K
T
 
V
L
 
L
I
 
I
A
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
R
 
R
S
 
S
L
 
L
E
 
D
A
 
A
P
 
P
S
 
T
A
 
A
L
 
L
H
 
H
N
 
N
N
 
N
C
|
C
S
 
S
G
 
G
K
|
K
H
 
H
A
 
A
G
 
G
F
 
F
V
 
I
C
 
C
A
 
A
C
 
C
C
 
C
H
 
H
S
 
R
G
 
D
T
 
I
E
 
D
V
 
P
K
 
K
G
 
G
Y
 
Y
I
 
V
G
 
G
Y
 
Y
D
 
E
H
 
H
P
 
P
I
 
L
Q
 
Q
Q
 
V
E
 
E
I
 
I
R
 
R
G
 
A
V
 
V
M
 
M
A
 
E
E
 
R
L
 
L
T
 
T
G
 
G
A
 
A
V
 
V
L
 
L
D
 
G
R
 
A
D
 
E
N
 
S
C
 
C
G
 
G
V
 
T
D
 
D
G
 
G
C
|
C
S
 
S
I
 
I
P
 
P
T
 
T
Y
 
Y
A
 
A
L
 
M
S
 
P
M
 
L
R
 
R
G
 
N
L
 
L
A
 
A
H
 
H
G
 
G
F
 
F
A
 
A
R
 
R
M
 
M
A
 
A
S
 
T
G
 
G
V
 
T
G
 
G
L
 
L
G
 
E
A
 
P
E
 
L
R
 
R
A
 
A
R
 
K
A
 
A
S
 
S
K
 
R
R
 
R
L
 
L
I
 
I
E
 
E
A
 
A
C
 
C
M
 
M
A
 
A
E
 
E
P
 
P
F
 
F
F
 
Y
V
 
V
A
 
A
G
 
G
T
 
S
K
 
G
R
 
R
A
 
A
C
 
C
T
 
T
R
 
K
L
 
L
M
 
M
K
 
Q
T
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
R
 
R
I
 
I
F
 
F
A
 
V
K
 
K
T
 
T
G
 
G
A
 
A
E
 
E
G
 
G
V
 
V
F
 
F
C
 
C
A
 
A
A
 
A
I
 
I
P
 
P
E
 
E
K
 
K
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
A
 
S
L
 
L
K
 
K
C
 
S
E
 
E
D
 
D
G
 
G
T
 
A
T
 
T
R
 
R
A
 
A
A
 
A
E
 
E
A
 
A
M
 
M
V
 
V
A
 
A
A
 
A
T
 
T
L
 
L
A
 
A
R
 
R
F
 
F
F
 
F
S
 
E
D
 
T
D
 
E
A
 
E
E
 
T
I
 
V
H
 
H
E
 
A
A
 
A
L
 
L
M
 
M
A
 
A
Q
 
F
A
 
A
N
 
A
H
 
M
A
 
P
M
 
M
R
 
R
N
 
N
W
 
W
N
 
N
G
 
G
I
 
I
H
 
H
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
I
R
 
R
V
 
-
V
 
A
T
 
T
E
 
S
A
 
V
F
 
F
A
 
S
A
 
A

7os3AAA L-asparaginase II protein (see paper)
32% identity, 96% coverage: 6:327/336 of query aligns to 11:348/369 of 7os3AAA

query
sites
7os3AAA
L
 
F
V
 
V
E
 
V
V
 
T
T
 
D
R
 
R
G
 
G
N
 
G
L
 
I
V
 
V
E
 
E
S
 
N
R
 
S
H
 
H
R
 
R
G
 
V
M
 
H
I
 
A
V
 
A
A
 
V
V
 
V
D
 
D
G
 
A
D
 
K
G
 
G
K
 
R
T
 
L
L
 
L
F
 
Y
S
 
A
L
 
L
G
 
G
E
 
N
T
 
P
D
 
T
A
 
R
H
 
M
I
 
T
F
 
L
P
 
A
R
 
R
S
 
S
A
 
A
C
 
A
K
 
K
A
 
P
M
 
A
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
P
 
A
L
 
I
I
 
L
E
 
E
S
 
T
G
 
E
A
 
G
A
 
V
D
 
A
A
 
G
N
 
Y
G
 
G
F
 
F
G
 
D
D
 
D
R
 
A
E
 
D
L
 
I
A
 
A
L
 
L
A
 
M
C
 
C
S
 
A
S
 
S
H
 
H
S
 
S
G
 
S
E
 
E
P
 
D
E
 
R
H
 
H
V
 
I
A
 
A
L
 
R
A
 
T
A
 
R
K
 
A
M
 
M
L
 
L
S
 
S
A
 
K
A
 
I
G
 
K
R
 
A
D
 
E
V
 
E
Q
 
A
A
 
D
L
 
L
E
 
R
C
 
C
G
 
G
A
 
G
H
 
H
W
 
P
S
 
S
S
 
L
D
 
S
Q
 
E
K
 
M
T
 
V
L
 
N
I
 
R
A
 
S
Q
 
W
A
 
I
R
 
K
S
 
Q
L
 
D
E
 
F
A
 
I
P
 
P
S
 
T
A
 
A
L
 
V
H
 
C
N
 
S
N
 
N
C
|
C
S
 
S
G
 
G
K
|
K
H
 
H
A
 
V
G
 
G
F
 
M
V
 
L
C
 
A
A
 
G
C
 
A
C
 
R
H
 
A
S
 
I
G
 
G
T
 
A
E
 
G
V
 
T
K
 
D
G
 
G
Y
 
Y
I
 
H
G
 
L
Y
 
P
D
 
D
H
 
H
P
 
P
I
 
M
Q
 
Q
Q
 
G
E
 
R
I
 
V
R
 
K
G
 
R
V
 
T
M
 
V
A
 
A
E
 
E
L
 
L
T
 
C
G
 
D
A
 
L
V
 
D
L
 
A
D
 
G
R
 
D
D
 
V
N
 
E
C
 
W
G
 
G
V
 
T
D
 
D
G
 
G
C
|
C
S
 
N
I
 
L
P
 
P
T
 
T
Y
 
P
A
 
A
L
 
F
S
 
P
M
 
L
R
 
D
G
 
R
L
 
L
A
 
G
H
 
R
G
 
I
F
 
Y
A
 
A
R
 
K
M
 
L
A
 
A
S
 
S
G
 
A
-
 
A
-
 
D
-
 
G
-
 
S
-
 
D
V
 
A
G
 
G
L
 
E
G
 
G
-
 
Q
A
 
S
E
 
T
R
 
R
A
 
C
R
 
A
A
 
A
S
 
L
K
 
A
R
 
H
L
 
I
I
 
F
E
 
R
A
 
A
C
 
M
M
 
A
A
 
R
E
 
H
P
 
P
F
 
E
F
 
M
V
 
V
A
 
A
G
 
G
T
 
E
K
 
G
R
 
R
A
 
Y
C
 
C
T
 
T
R
 
M
L
 
L
M
 
M
K
 
R
T
 
A
A
 
F
P
 
D
G
 
G
R
 
A
I
 
L
F
 
V
A
 
G
K
 
K
T
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
D
G
 
A
V
 
S
F
 
Y
C
 
A
A
 
I
A
 
G
I
 
V
-
 
R
-
 
A
-
 
S
-
 
D
-
 
A
-
 
T
-
 
R
-
 
Q
-
 
L
-
 
G
P
 
T
E
 
D
K
 
G
G
 
A
I
 
L
G
 
G
I
 
I
A
 
S
L
 
V
K
 
K
C
 
I
E
 
E
D
 
D
G
 
G
T
 
N
T
 
L
R
 
E
A
 
M
A
 
L
E
 
Y
A
 
A
M
 
V
V
 
V
A
 
T
A
 
E
T
 
L
L
 
L
A
 
E
R
 
R
F
 
L
F
 
G
S
 
I
D
 
G
D
 
S
A
 
P
E
 
D
I
 
V
H
 
R
E
 
S
A
 
Q
L
 
L
M
 
-
A
 
A
Q
 
S
A
 
F
N
 
H
H
 
H
A
 
P
M
 
Q
R
 
R
-
 
V
N
 
N
W
 
T
N
 
M
G
 
G
I
 
V
H
 
T
V
 
T
G
 
G
D
 
G
V
 
V

Query Sequence

>SMc00035 FitnessBrowser__Smeli:SMc00035
MSNPVLVEVTRGNLVESRHRGMIVAVDGDGKTLFSLGETDAHIFPRSACKAMQALPLIES
GAADANGFGDRELALACSSHSGEPEHVALAAKMLSAAGRDVQALECGAHWSSDQKTLIAQ
ARSLEAPSALHNNCSGKHAGFVCACCHSGTEVKGYIGYDHPIQQEIRGVMAELTGAVLDR
DNCGVDGCSIPTYALSMRGLAHGFARMASGVGLGAERARASKRLIEACMAEPFFVAGTKR
ACTRLMKTAPGRIFAKTGAEGVFCAAIPEKGIGIALKCEDGTTRAAEAMVAATLARFFSD
DAEIHEALMAQANHAMRNWNGIHVGDVRVVTEAFAA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory