SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing SMc00711 FitnessBrowser__Smeli:SMc00711 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 8 hits to proteins with known functional sites (download)

4wjiA Crystal structure of cyclohexadienyl dehydrogenase from sinorhizobium meliloti in complex with NADP and tyrosine
100% identity, 95% coverage: 2:294/307 of query aligns to 1:293/293 of 4wjiA

query
sites
4wjiA
A
 
A
Q
 
Q
Q
 
Q
F
 
F
Q
 
Q
T
 
T
I
 
I
A
 
A
L
 
L
I
 
I
G
|
G
I
 
I
G
|
G
L
|
L
I
|
I
G
 
G
S
 
S
S
 
S
I
 
I
A
 
A
R
 
R
D
 
D
I
 
I
R
 
R
E
 
E
K
 
K
Q
 
Q
L
 
L
A
 
A
G
 
G
T
 
T
I
 
I
V
 
V
V
 
V
T
 
T
T
|
T
R
|
R
S
|
S
E
 
E
A
 
A
T
|
T
L
 
L
K
 
K
R
 
R
A
 
A
G
 
G
E
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
L
G
 
G
D
 
D
R
 
R
Y
 
Y
T
 
T
L
 
L
S
 
S
A
 
A
A
 
A
E
 
E
A
 
A
V
 
V
E
 
E
G
 
G
A
 
A
D
 
D
L
 
L
V
 
V
V
 
V
V
 
V
S
|
S
V
|
V
P
|
P
V
 
V
G
 
G
A
|
A
S
 
S
G
 
G
A
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
A
E
 
E
I
 
I
A
 
A
A
 
A
H
 
H
L
 
L
K
 
K
P
 
P
G
 
G
A
 
A
I
 
I
V
 
V
T
 
T
D
 
D
V
|
V
G
 
G
S
|
S
T
 
T
K
 
K
G
 
G
S
 
S
V
 
V
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
M
 
M
A
 
A
P
 
P
H
 
H
L
 
L
P
 
P
K
 
K
D
 
D
V
 
V
H
 
H
F
 
F
V
 
V
P
 
P
G
 
G
H
|
H
P
 
P
I
 
I
A
|
A
G
 
G
T
|
T
E
 
E
H
 
H
S
|
S
G
 
G
P
 
P
D
 
D
A
 
A
G
 
G
F
 
F
A
 
A
G
 
G
L
 
L
F
 
F
R
 
R
G
 
G
R
 
R
W
 
W
C
 
C
I
 
I
L
 
L
T
 
T
P
 
P
P
 
P
A
 
A
G
 
G
T
 
T
D
 
D
E
 
E
E
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
A
R
 
R
L
 
L
R
 
R
L
 
L
F
 
F
W
 
W
E
 
E
T
 
T
L
 
L
G
 
G
S
 
S
M
 
M
V
 
V
D
 
D
E
 
E
M
 
M
D
 
D
P
 
P
K
 
K
H
 
H
H
 
H
D
 
D
K
 
K
V
 
V
L
 
L
A
 
A
I
 
I
V
 
V
S
 
S
H
 
H
L
 
L
P
 
P
H
 
H
I
 
I
I
 
I
A
 
A
Y
 
Y
N
 
N
I
 
I
V
 
V
G
 
G
T
 
T
A
 
A
D
 
D
D
 
D
L
 
L
E
 
E
T
 
T
V
 
V
T
 
T
E
 
E
S
 
S
E
 
E
V
 
V
I
 
I
K
 
K
Y
 
Y
S
 
S
A
 
A
S
 
S
G
 
G
F
 
F
R
 
R
D
 
D
F
 
F
T
 
T
R
|
R
L
 
L
A
 
A
A
 
A
S
 
S
D
 
D
P
 
P
T
 
T
M
|
M
W
 
W
R
 
R
D
 
D
V
 
V
C
 
C
L
 
L
H
 
H
N
 
N
K
 
K
D
 
D
A
 
A
I
 
I
L
 
L
E
 
E
M
 
M
L
 
L
A
 
A
R
 
R
F
 
F
S
 
S
E
 
E
D
 
D
L
 
L
A
 
A
S
 
S
L
 
L
Q
 
Q
R
 
R
A
 
A
I
 
I
R
 
R
W
 
W
G
 
G
D
 
D
G
 
G
D
 
D
K
 
K
L
 
L
F
 
F
D
 
D
L
 
L
F
 
F
T
 
T
R
 
R
T
 
T
R
 
R
A
 
A
I
 
I
R
 
R
R
 
R
S
 
S
I
 
I
V
 
V
Q
 
Q
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D
T
 
T

3ggoA Crystal structure of prephenate dehydrogenase from a. Aeolicus with hpp and nadh (see paper)
35% identity, 92% coverage: 6:287/307 of query aligns to 6:285/285 of 3ggoA

query
sites
3ggoA
Q
 
Q
T
 
N
I
 
V
A
 
L
L
 
I
I
 
V
G
 
G
I
x
V
G
|
G
L
x
F
I
x
M
G
 
G
S
 
G
S
 
S
I
 
F
A
 
A
R
 
K
D
 
S
I
 
L
R
 
R
E
 
R
K
 
S
Q
 
G
L
 
F
A
 
K
G
 
G
T
 
K
I
 
I
V
 
Y
V
 
G
T
 
Y
T
x
D
R
x
I
S
 
N
E
 
P
A
 
E
T
x
S
L
 
I
K
 
S
R
 
K
A
 
A
G
 
V
E
 
D
L
 
L
G
 
G
L
 
I
G
 
I
D
 
D
R
 
E
Y
 
G
T
 
T
L
 
T
S
 
S
A
 
I
A
 
A
E
 
K
A
 
V
V
 
E
E
 
D
-
 
F
G
 
S
A
 
P
D
 
D
L
 
F
V
 
V
V
 
M
V
 
L
S
|
S
V
x
S
P
|
P
V
 
V
G
 
R
A
x
T
S
 
F
G
 
R
A
 
E
V
 
I
A
 
A
A
 
K
E
 
K
I
 
L
A
 
S
A
 
Y
H
 
I
L
 
L
K
 
S
P
 
E
G
 
D
A
 
A
I
 
T
V
 
V
T
 
T
D
 
D
V
x
Q
G
 
G
S
|
S
T
 
V
K
 
K
G
 
G
S
 
K
V
 
L
I
 
V
A
 
Y
Q
 
D
M
 
L
A
 
E
P
 
N
H
 
I
L
 
L
P
 
G
K
 
K
D
 
-
V
 
-
H
 
R
F
 
F
V
 
V
P
 
G
G
 
G
H
 
H
P
 
P
I
 
I
A
|
A
G
 
G
T
 
T
E
 
E
H
 
K
S
 
S
G
|
G
P
 
V
D
 
E
A
 
Y
G
 
S
F
 
L
A
 
D
G
 
N
L
 
L
F
 
Y
R
 
E
G
 
G
R
 
K
W
 
K
C
 
V
I
 
I
L
 
L
T
 
T
P
 
P
P
 
T
A
 
K
G
 
K
T
 
T
D
 
D
E
 
K
E
 
K
A
 
R
V
 
L
A
 
K
R
 
L
L
 
V
R
 
K
L
 
R
F
 
V
W
 
W
E
 
E
T
 
D
L
 
V
G
 
G
S
 
G
M
 
V
V
 
V
D
 
E
E
 
Y
M
 
M
D
 
S
P
 
P
K
 
E
H
 
L
H
 
H
D
 
D
K
 
Y
V
 
V
L
 
F
A
 
G
I
 
V
V
 
V
S
 
S
H
 
H
L
 
L
P
 
P
H
 
H
I
 
A
I
 
V
A
 
A
Y
 
F
N
 
A
I
 
L
V
 
V
G
 
D
T
 
T
A
 
L
D
 
I
D
 
H
L
 
M
E
 
S
T
 
T
V
 
-
T
 
P
E
 
E
S
 
V
E
 
D
V
 
L
I
 
F
K
 
K
Y
 
Y
S
 
P
A
x
G
S
x
G
G
|
G
F
 
F
R
 
K
D
 
D
F
 
F
T
 
T
R
 
R
L
 
I
A
 
A
A
 
K
S
 
S
D
 
D
P
 
P
T
 
I
M
|
M
W
 
W
R
 
R
D
 
D
V
 
I
C
 
F
L
 
L
H
 
E
N
 
N
K
 
K
D
 
E
A
 
N
I
 
V
L
 
M
E
 
K
M
 
A
L
 
I
A
 
E
R
 
G
F
 
F
S
 
E
E
 
K
D
 
S
L
 
L
A
 
N
S
 
H
L
 
L
Q
 
K
R
 
E
A
 
L
I
 
I
R
 
V
W
 
R
G
 
E
D
 
A
G
 
E
D
 
E
K
 
E
L
 
L
F
 
V
D
 
E
L
 
Y
F
 
L
T
 
K
R
 
E
T
 
V
R
 
K
A
 
I
I
 
K
R
 
R
R
 
M
S
 
E
I
 
I

3ggpA Crystal structure of prephenate dehydrogenase from a. Aeolicus in complex with hydroxyphenyl propionate and NAD+ (see paper)
35% identity, 92% coverage: 6:287/307 of query aligns to 6:285/286 of 3ggpA

query
sites
3ggpA
Q
 
Q
T
 
N
I
 
V
A
 
L
L
 
I
I
 
V
G
 
G
I
x
V
G
|
G
L
x
F
I
x
M
G
 
G
S
 
G
S
 
S
I
 
F
A
 
A
R
 
K
D
 
S
I
 
L
R
 
R
E
 
R
K
 
S
Q
 
G
L
 
F
A
 
K
G
 
G
T
 
K
I
 
I
V
 
Y
V
 
G
T
 
Y
T
x
D
R
x
I
S
 
N
E
 
P
A
 
E
T
x
S
L
 
I
K
 
S
R
 
K
A
 
A
G
 
V
E
 
D
L
 
L
G
 
G
L
 
I
G
 
I
D
 
D
R
 
E
Y
 
G
T
 
T
L
 
T
S
 
S
A
 
I
A
 
A
E
 
K
A
 
V
V
 
E
E
 
D
-
 
F
G
 
S
A
 
P
D
 
D
L
 
F
V
 
V
V
 
M
V
 
L
S
|
S
V
x
S
P
|
P
V
 
V
G
 
R
A
x
T
S
 
F
G
 
R
A
 
E
V
 
I
A
 
A
A
 
K
E
 
K
I
 
L
A
 
S
A
 
Y
H
 
I
L
 
L
K
 
S
P
 
E
G
 
D
A
 
A
I
 
T
V
 
V
T
 
T
D
 
D
V
x
Q
G
 
G
S
|
S
T
 
V
K
 
K
G
 
G
S
 
K
V
 
L
I
 
V
A
 
Y
Q
 
D
M
 
L
A
 
E
P
 
N
H
 
I
L
 
L
P
 
G
K
 
K
D
 
-
V
 
-
H
 
R
F
 
F
V
 
V
P
 
G
G
 
G
H
 
H
P
 
P
I
 
I
A
 
A
G
 
G
T
 
T
E
 
E
H
 
K
S
 
S
G
|
G
P
 
V
D
 
E
A
 
Y
G
 
S
F
 
L
A
 
D
G
 
N
L
 
L
F
 
Y
R
 
E
G
 
G
R
 
K
W
 
K
C
 
V
I
 
I
L
 
L
T
 
T
P
 
P
P
 
T
A
 
K
G
 
K
T
 
T
D
 
D
E
 
K
E
 
K
A
 
R
V
 
L
A
 
K
R
 
L
L
 
V
R
 
K
L
 
R
F
 
V
W
 
W
E
 
E
T
 
D
L
 
V
G
 
G
S
 
G
M
 
V
V
 
V
D
 
E
E
 
Y
M
 
M
D
 
S
P
 
P
K
 
E
H
 
L
H
 
H
D
 
D
K
 
Y
V
 
V
L
 
F
A
 
G
I
 
V
V
 
V
S
 
S
H
 
H
L
 
L
P
 
P
H
 
H
I
 
A
I
 
V
A
 
A
Y
 
F
N
 
A
I
 
L
V
 
V
G
 
D
T
 
T
A
 
L
D
 
I
D
 
H
L
 
M
E
 
S
T
 
T
V
 
-
T
 
P
E
 
E
S
 
V
E
 
D
V
 
L
I
 
F
K
 
K
Y
 
Y
S
 
P
A
 
G
S
x
G
G
|
G
F
 
F
R
 
K
D
 
D
F
 
F
T
 
T
R
 
R
L
 
I
A
 
A
A
 
K
S
 
S
D
 
D
P
 
P
T
 
I
M
|
M
W
 
W
R
 
R
D
 
D
V
 
I
C
 
F
L
 
L
H
 
E
N
 
N
K
 
K
D
 
E
A
 
N
I
 
V
L
 
M
E
 
K
M
 
A
L
 
I
A
 
E
R
 
G
F
 
F
S
 
E
E
 
K
D
 
S
L
 
L
A
 
N
S
 
H
L
 
L
Q
 
K
R
 
E
A
 
L
I
 
I
R
 
V
W
 
R
G
 
E
D
 
A
G
 
E
D
 
E
K
 
E
L
 
L
F
 
V
D
 
E
L
 
Y
F
 
L
T
 
K
R
 
E
T
 
V
R
 
K
A
 
I
I
 
K
R
 
R
R
 
M
S
 
E
I
 
I

3gggD The crystal structure of a. Aeolicus prephenate dehydrogenase in complex with tyrosine and NAD+ (see paper)
35% identity, 92% coverage: 6:287/307 of query aligns to 14:293/293 of 3gggD

query
sites
3gggD
Q
 
Q
T
 
N
I
 
V
A
 
L
L
 
I
I
 
V
G
 
G
I
x
V
G
|
G
L
x
F
I
x
M
G
 
G
S
 
G
S
 
S
I
 
F
A
 
A
R
 
K
D
 
S
I
 
L
R
 
R
E
 
R
K
 
S
Q
 
G
L
 
F
A
 
K
G
 
G
T
 
K
I
 
I
V
 
Y
V
 
G
T
 
Y
T
x
D
R
x
I
S
 
N
E
 
P
A
 
E
T
x
S
L
 
I
K
 
S
R
 
K
A
 
A
G
 
V
E
 
D
L
 
L
G
 
G
L
 
I
G
 
I
D
 
D
R
 
E
Y
 
G
T
 
T
L
 
T
S
 
S
A
 
I
A
 
A
E
 
K
A
 
V
V
 
E
E
 
D
-
 
F
G
 
S
A
 
P
D
 
D
L
 
F
V
 
V
V
 
M
V
 
L
S
|
S
V
x
S
P
|
P
V
|
V
G
 
R
A
x
T
S
 
F
G
 
R
A
 
E
V
 
I
A
 
A
A
 
K
E
 
K
I
 
L
A
 
S
A
 
Y
H
 
I
L
 
L
K
 
S
P
 
E
G
 
D
A
 
A
I
 
T
V
 
V
T
 
T
D
 
D
V
x
Q
G
 
G
S
|
S
T
 
V
K
 
K
G
 
G
S
 
K
V
 
L
I
 
V
A
 
Y
Q
 
D
M
 
L
A
 
E
P
 
N
H
 
I
L
 
L
P
 
G
K
 
K
D
 
-
V
 
-
H
 
R
F
 
F
V
 
V
P
 
G
G
 
G
H
 
H
P
 
P
I
 
I
A
 
A
G
|
G
T
|
T
E
 
E
H
 
K
S
 
S
G
 
G
P
 
V
D
 
E
A
 
Y
G
 
S
F
 
L
A
 
D
G
 
N
L
 
L
F
 
Y
R
 
E
G
 
G
R
 
K
W
 
K
C
 
V
I
 
I
L
 
L
T
 
T
P
 
P
P
 
T
A
 
K
G
 
K
T
 
T
D
 
D
E
 
K
E
 
K
A
 
R
V
 
L
A
 
K
R
 
L
L
 
V
R
 
K
L
 
R
F
 
V
W
 
W
E
 
E
T
 
D
L
 
V
G
 
G
S
 
G
M
 
V
V
 
V
D
 
E
E
 
Y
M
 
M
D
 
S
P
 
P
K
 
E
H
 
L
H
 
H
D
 
D
K
 
Y
V
 
V
L
 
F
A
 
G
I
 
V
V
 
V
S
 
S
H
 
H
L
 
L
P
 
P
H
 
H
I
 
A
I
 
V
A
 
A
Y
 
F
N
 
A
I
 
L
V
 
V
G
 
D
T
 
T
A
 
L
D
 
I
D
 
H
L
 
M
E
 
S
T
 
T
V
 
-
T
 
P
E
 
E
S
 
V
E
 
D
V
 
L
I
 
F
K
 
K
Y
 
Y
S
 
P
A
x
G
S
x
G
G
 
G
F
 
F
R
 
K
D
 
D
F
 
F
T
 
T
R
 
R
L
 
I
A
 
A
A
 
K
S
 
S
D
 
D
P
 
P
T
 
I
M
 
M
W
 
W
R
 
R
D
 
D
V
 
I
C
 
F
L
 
L
H
 
E
N
 
N
K
 
K
D
 
E
A
 
N
I
 
V
L
 
M
E
 
K
M
 
A
L
 
I
A
 
E
R
 
G
F
 
F
S
 
E
E
 
K
D
 
S
L
 
L
A
 
N
S
 
H
L
 
L
Q
 
K
R
 
E
A
 
L
I
 
I
R
 
V
W
 
R
G
 
E
D
 
A
G
 
E
D
 
E
K
 
E
L
 
L
F
 
V
D
 
E
L
 
Y
F
 
L
T
 
K
R
 
E
T
 
V
R
 
K
A
 
I
I
 
K
R
 
R
R
 
M
S
 
E
I
 
I

5uyyA Crystal structure of prephenate dehydrogenase tyra from bacillus anthracis in complex with l-tyrosine (see paper)
33% identity, 93% coverage: 1:287/307 of query aligns to 5:290/373 of 5uyyA

query
sites
5uyyA
M
 
M
A
 
R
Q
 
Q
Q
 
M
F
 
R
Q
 
K
T
 
K
I
 
V
A
 
V
L
 
L
I
 
I
G
 
G
I
 
T
G
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
S
 
G
S
 
S
I
 
L
A
 
A
R
 
L
D
 
A
I
 
I
R
 
K
E
 
-
K
 
K
Q
 
D
L
 
H
A
 
D
G
 
V
T
 
T
I
 
I
V
 
T
V
 
G
T
 
Y
T
 
D
R
 
I
S
 
F
E
 
Q
A
 
E
T
 
Q
L
 
V
K
 
E
R
 
R
A
 
A
G
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
H
L
 
V
G
 
V
D
 
D
R
 
E
Y
 
I
T
 
A
L
 
V
S
 
D
A
 
L
A
 
Q
E
 
H
A
 
A
V
 
C
E
 
E
G
 
E
A
 
A
D
 
H
L
 
L
V
 
I
V
 
V
V
 
F
S
 
A
V
 
S
P
 
P
V
 
V
G
 
E
A
 
E
S
 
T
G
 
K
A
 
K
V
 
L
A
 
L
A
 
H
E
 
K
I
 
L
A
 
A
A
 
S
-
 
F
H
 
H
L
 
L
K
 
R
P
 
E
G
 
D
A
 
V
I
 
I
V
 
V
T
 
T
D
 
D
V
 
V
G
 
G
S
 
S
T
 
T
K
 
K
G
 
G
S
 
S
V
 
I
I
 
M
A
 
N
Q
 
E
M
 
A
A
 
E
P
 
A
H
 
L
L
 
F
P
 
S
K
 
K
D
 
E
V
 
I
H
 
S
F
 
F
V
 
I
P
 
G
G
 
G
H
 
H
P
 
P
I
 
M
A
 
A
G
 
G
T
 
S
E
 
H
H
 
K
S
 
T
G
 
G
P
 
V
D
 
E
A
 
S
G
 
A
F
 
K
A
 
A
G
 
H
L
 
L
F
 
F
R
 
E
G
x
N
R
 
A
W
 
F
C
 
Y
I
 
I
L
 
L
T
 
T
P
 
P
P
 
M
A
 
H
G
 
H
T
 
V
D
 
P
E
 
N
E
 
E
A
 
H
V
 
V
A
 
E
R
 
E
L
 
L
R
 
K
L
 
D
F
 
W
W
 
L
E
 
K
T
 
G
L
 
T
G
 
G
S
 
S
M
 
H
V
 
F
D
 
L
E
 
V
M
 
L
D
 
N
P
 
T
K
 
E
H
 
E
H
 
H
D
 
D
K
 
Y
V
 
V
L
 
T
A
 
G
I
 
I
V
 
V
S
 
S
H
 
H
L
 
F
P
 
P
H
 
H
I
 
L
I
 
I
A
 
A
Y
 
A
N
 
G
I
 
L
V
 
V
G
 
K
T
 
Q
A
 
V
D
 
E
D
 
-
L
 
-
E
 
K
T
 
H
V
 
A
T
 
G
E
 
D
S
 
N
E
 
P
V
 
L
I
 
I
-
 
H
K
 
Q
Y
 
L
S
 
A
A
 
A
S
 
G
G
 
G
F
 
F
R
 
K
D
 
D
F
 
I
T
 
T
R
 
R
L
 
I
A
 
A
A
 
S
S
 
S
D
 
S
P
 
P
T
 
K
M
 
M
W
 
W
R
 
S
D
 
D
V
 
I
C
 
V
L
 
K
H
 
Q
N
 
N
K
 
R
D
 
E
A
 
H
I
 
L
L
 
M
E
 
V
M
 
L
L
 
L
A
 
K
R
 
E
F
 
W
S
 
I
E
 
S
D
 
E
L
 
M
A
 
E
S
 
D
L
 
L
Q
 
Y
R
 
D
A
 
T
I
 
V
R
 
S
W
 
S
G
 
G
D
 
D
G
 
A
D
 
G
K
 
E
L
 
I
F
 
Q
D
 
N
L
 
Y
F
 
F
T
 
A
R
 
D
T
 
A
R
 
K
A
 
E
I
 
Y
R
 
R
R
 
D
S
 
S
I
 
L

Sites not aligning to the query:

6u60B Crystal structure of prephenate dehydrogenase tyra from bacillus anthracis in complex with NAD and l-tyrosine (see paper)
32% identity, 92% coverage: 6:287/307 of query aligns to 2:282/365 of 6u60B

query
sites
6u60B
Q
 
K
T
 
K
I
 
V
A
 
V
L
 
L
I
 
I
G
 
G
I
 
T
G
|
G
L
|
L
I
|
I
G
 
G
S
 
G
S
 
S
I
 
L
A
 
A
R
 
L
D
 
A
I
 
I
R
 
K
E
 
-
K
 
K
Q
 
D
L
 
H
A
 
D
G
 
V
T
 
T
I
 
I
V
 
T
V
 
G
T
 
Y
T
x
D
R
x
I
S
 
F
E
 
Q
A
 
E
T
 
Q
L
 
V
K
 
E
R
 
R
A
 
A
G
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
H
L
 
V
G
 
V
D
 
D
R
 
E
Y
 
I
T
 
A
L
 
V
S
 
D
A
 
L
A
 
Q
E
 
H
A
 
A
V
 
C
E
 
E
G
 
E
A
 
A
D
 
H
L
 
L
V
 
I
V
 
V
V
 
F
S
x
A
V
 
S
P
|
P
V
 
V
G
 
E
A
x
E
S
 
T
G
 
K
A
 
K
V
 
L
A
 
L
A
 
H
E
 
K
I
 
L
A
 
A
A
 
S
-
 
F
H
 
H
L
 
L
K
 
R
P
 
E
G
 
D
A
 
V
I
 
I
V
 
V
T
 
T
D
 
D
V
|
V
G
 
G
S
|
S
T
 
T
K
 
K
G
 
G
S
 
S
V
 
I
I
 
M
A
 
N
Q
 
E
M
 
A
A
 
E
P
 
A
H
 
L
L
 
F
P
 
S
K
 
K
D
 
E
V
 
I
H
 
S
F
 
F
V
 
I
P
 
G
G
 
G
H
 
H
P
 
P
I
 
M
A
 
A
G
 
G
T
 
S
E
 
H
H
x
K
S
 
T
G
|
G
P
 
V
D
 
E
A
 
S
G
 
A
F
 
K
A
 
A
G
 
H
L
 
L
F
 
F
R
 
E
G
 
N
R
 
A
W
 
F
C
 
Y
I
 
I
L
 
L
T
 
T
P
 
P
P
 
M
A
 
H
G
 
H
T
 
V
D
 
P
E
 
N
E
 
E
A
 
H
V
 
V
A
 
E
R
 
E
L
 
L
R
 
K
L
 
D
F
 
W
W
 
L
E
 
K
T
 
G
L
 
T
G
 
G
S
 
S
M
 
H
V
 
F
D
 
L
E
 
V
M
 
L
D
 
N
P
 
T
K
 
E
H
 
E
H
 
H
D
 
D
K
 
Y
V
 
V
L
 
T
A
 
G
I
 
I
V
 
V
S
 
S
H
 
H
L
 
F
P
 
P
H
 
H
I
 
L
I
 
I
A
 
A
Y
 
A
N
 
G
I
 
L
V
 
V
G
 
K
T
 
Q
A
 
V
D
 
E
D
 
-
L
 
-
E
 
K
T
 
H
V
 
A
T
 
G
E
 
D
S
 
N
E
 
P
V
 
L
I
 
I
-
 
H
K
 
Q
Y
 
L
S
 
A
A
 
A
S
 
G
G
 
G
F
 
F
R
 
K
D
 
D
F
 
I
T
 
T
R
 
R
L
 
I
A
 
A
A
 
S
S
 
S
D
 
S
P
 
P
T
 
K
M
 
M
W
 
W
R
 
S
D
 
D
V
 
I
C
 
V
L
 
K
H
 
Q
N
 
N
K
 
R
D
 
E
A
 
H
I
 
L
L
 
M
E
 
V
M
 
L
L
 
L
A
 
K
R
 
E
F
 
W
S
 
I
E
 
S
D
 
E
L
 
M
A
 
E
S
 
D
L
 
L
Q
 
Y
R
 
D
A
 
T
I
 
V
R
 
S
W
 
S
G
 
G
D
 
D
G
 
A
D
 
G
K
 
E
L
 
I
F
 
Q
D
 
N
L
 
Y
F
 
F
T
 
A
R
 
D
T
 
A
R
 
K
A
 
E
I
 
Y
R
 
R
R
 
D
S
 
S
I
 
L

Sites not aligning to the query:

3b1fA Crystal structure of prephenate dehydrogenase from streptococcus mutans (see paper)
32% identity, 93% coverage: 2:287/307 of query aligns to 3:285/286 of 3b1fA

query
sites
3b1fA
A
 
A
Q
 
M
Q
 
E
F
 
E
Q
 
K
T
 
T
I
 
I
A
 
Y
L
 
I
I
 
A
G
 
G
I
 
L
G
|
G
L
|
L
I
|
I
G
 
G
S
 
A
S
 
S
I
 
L
A
 
A
R
 
L
D
 
G
I
 
I
R
 
K
E
 
R
K
 
D
Q
 
H
L
 
P
A
 
H
G
 
Y
T
 
K
I
 
I
V
 
V
V
 
G
T
 
Y
T
x
N
R
|
R
S
 
S
E
 
D
A
 
R
T
 
S
L
 
R
K
 
D
R
 
I
A
 
A
G
 
L
E
 
E
L
 
R
G
 
G
L
 
I
G
 
V
D
 
D
R
 
E
Y
 
A
T
 
T
L
 
A
S
 
D
A
 
F
A
 
K
E
 
V
A
 
F
V
 
A
E
 
A
G
 
L
A
 
A
D
 
D
L
 
V
V
 
I
V
 
I
V
 
L
S
 
A
V
 
V
P
|
P
V
 
I
G
 
K
A
x
K
S
 
T
G
 
I
A
 
D
V
 
F
A
 
I
A
 
K
E
 
I
I
 
L
A
 
A
-
 
D
A
 
L
H
 
D
L
 
L
K
 
K
P
 
E
G
 
D
A
 
V
I
 
I
V
 
I
T
 
T
D
 
D
V
x
A
G
 
G
S
|
S
T
 
T
K
 
K
G
 
Y
S
 
E
V
 
I
I
 
V
A
 
R
Q
 
A
M
 
A
A
 
E
P
 
Y
H
 
Y
L
 
L
P
 
K
-
 
D
K
 
K
D
 
P
V
 
V
H
 
Q
F
 
F
V
 
V
P
 
G
G
 
S
H
 
H
P
 
P
I
 
M
A
 
A
G
 
-
T
 
-
E
 
-
H
 
-
S
 
S
G
 
G
P
 
A
D
 
V
A
 
A
G
 
A
F
 
N
A
 
V
G
 
N
L
 
L
F
 
F
R
 
E
G
 
N
R
 
A
W
 
Y
C
 
Y
I
 
I
L
 
F
T
 
S
P
 
P
P
 
S
A
 
C
G
 
L
T
 
T
D
 
K
E
 
P
E
 
N
A
 
T
V
 
I
A
 
P
R
 
A
L
 
L
R
 
Q
L
 
D
F
 
L
W
 
L
E
 
S
T
 
G
L
 
L
G
 
H
S
 
A
M
 
R
V
 
Y
D
 
V
E
 
E
M
 
I
D
 
D
P
 
A
K
 
A
H
 
E
H
 
H
D
 
D
K
 
C
V
 
V
L
 
T
A
 
S
I
 
Q
V
 
I
S
 
S
H
 
H
L
 
F
P
 
P
H
 
H
I
 
I
I
 
I
A
 
A
Y
 
S
N
 
S
I
 
L
V
 
M
G
 
K
T
 
Q
A
 
A
D
 
G
D
 
D
L
 
F
E
 
-
T
 
-
V
 
-
T
 
S
E
 
E
S
 
S
-
 
H
E
 
E
V
 
M
I
 
T
K
 
K
-
 
H
Y
 
F
S
 
A
A
 
A
S
 
G
G
 
G
F
 
F
R
 
R
D
 
D
F
 
M
T
 
T
R
 
R
L
 
I
A
 
A
A
 
E
S
 
S
D
 
E
P
 
P
T
 
G
M
|
M
W
 
W
R
 
T
D
 
S
V
 
I
C
 
L
L
 
L
H
 
T
N
 
N
K
 
Q
D
 
E
A
 
A
I
 
V
L
 
L
E
 
D
M
 
R
L
 
I
A
 
E
R
 
N
F
 
F
S
 
K
E
 
Q
D
 
R
L
 
L
A
 
D
S
 
E
L
 
V
Q
 
S
R
 
N
A
 
L
I
 
I
R
 
K
W
 
A
G
 
R
D
 
D
G
 
E
D
 
N
K
 
A
L
 
I
F
 
W
D
 
A
L
 
F
F
 
F
T
 
N
R
 
Q
T
 
S
R
 
R
A
 
Q
I
 
I
R
 
R
R
 
K
S
 
N
I
 
M

2f1kA Crystal structure of synechocystis arogenate dehydrogenase (see paper)
30% identity, 92% coverage: 8:289/307 of query aligns to 3:279/279 of 2f1kA

query
sites
2f1kA
I
 
I
A
 
G
L
 
V
I
 
V
G
|
G
I
 
L
G
|
G
L
|
L
I
|
I
G
 
G
S
 
A
S
 
S
I
 
L
A
 
A
R
 
G
D
 
D
I
 
L
R
 
R
E
 
R
K
 
R
Q
 
-
L
 
-
A
 
G
G
 
H
T
 
Y
I
 
L
V
 
I
V
 
G
T
 
V
T
x
S
R
|
R
S
x
Q
E
 
Q
A
 
S
T
|
T
L
 
C
K
 
E
R
 
K
A
 
A
G
 
V
E
 
E
L
 
R
G
 
Q
L
 
L
G
 
V
D
 
D
R
 
E
Y
 
A
T
 
G
L
 
Q
S
 
D
A
 
L
A
 
S
E
 
-
A
 
L
V
 
L
E
 
Q
G
 
T
A
 
A
D
 
K
L
 
I
V
 
I
V
 
F
V
 
L
S
 
C
V
x
T
P
|
P
V
 
I
G
 
Q
A
 
L
S
 
I
G
 
L
A
 
P
V
 
T
A
 
L
A
 
E
E
 
K
I
 
L
A
 
I
A
 
P
H
 
H
L
 
L
K
 
S
P
 
P
G
 
T
A
 
A
I
 
I
V
 
V
T
 
T
D
 
D
V
|
V
G
x
A
S
|
S
T
 
V
K
 
K
G
 
-
S
 
T
V
 
A
I
 
I
A
 
A
Q
 
E
M
 
P
A
 
A
P
 
S
H
 
Q
L
 
L
P
 
W
K
 
S
D
 
G
V
 
-
H
 
-
F
 
F
V
 
I
P
 
G
G
 
G
H
 
H
P
 
P
I
 
M
A
 
A
G
|
G
T
|
T
E
 
A
H
 
A
S
x
Q
G
|
G
P
 
I
D
 
D
A
 
G
G
 
A
F
 
E
A
 
E
G
 
N
L
 
L
F
 
F
R
 
V
G
 
N
R
 
A
W
 
P
C
 
Y
I
 
V
L
 
L
T
 
T
P
 
P
P
 
T
A
 
E
G
 
Y
T
 
T
D
 
D
E
 
P
E
 
E
A
 
Q
V
 
L
A
 
A
R
 
C
L
 
L
R
 
R
L
 
S
F
 
V
W
 
L
E
 
E
T
 
P
L
 
L
G
 
G
S
 
V
M
 
K
V
 
I
D
 
Y
E
 
L
M
 
C
D
 
T
P
 
P
K
 
A
H
 
D
H
 
H
D
 
D
K
 
Q
V
 
A
L
 
V
A
 
A
I
 
W
V
 
I
S
 
S
H
 
H
L
 
L
P
 
P
H
 
V
I
 
M
I
 
V
A
 
S
Y
 
A
N
 
A
I
 
L
V
 
I
-
 
Q
-
 
A
-
 
C
-
 
A
G
 
G
T
 
E
A
 
K
D
 
D
-
 
G
D
 
D
L
 
I
E
 
L
T
 
K
V
 
L
T
 
A
E
 
Q
S
 
N
E
 
-
V
 
-
I
 
-
K
 
-
Y
 
L
S
 
A
A
 
S
S
 
S
G
 
G
F
 
F
R
 
R
D
 
D
F
 
T
T
 
S
R
 
R
L
 
V
A
 
G
A
 
G
S
 
G
D
 
N
P
 
P
T
 
E
M
 
L
W
 
G
R
 
T
D
 
M
V
 
M
C
 
A
L
 
T
H
 
Y
N
 
N
K
 
Q
D
 
R
A
 
A
I
 
L
L
 
L
E
 
K
M
 
S
L
 
L
A
 
Q
R
 
D
F
 
Y
S
 
R
E
 
Q
D
 
H
L
 
L
A
 
D
S
 
Q
L
 
L
Q
 
I
R
 
T
A
 
L
I
 
I
R
 
S
W
 
N
G
 
Q
D
 
Q
G
 
W
D
 
P
K
 
E
L
 
L
F
 
H
D
 
R
L
 
L
F
 
L
T
 
Q
R
 
Q
T
 
T
R
 
N
A
 
G
I
 
D
R
 
R
R
 
D
S
 
K
I
 
Y
V
 
V
Q
 
E

Query Sequence

>SMc00711 FitnessBrowser__Smeli:SMc00711
MAQQFQTIALIGIGLIGSSIARDIREKQLAGTIVVTTRSEATLKRAGELGLGDRYTLSAA
EAVEGADLVVVSVPVGASGAVAAEIAAHLKPGAIVTDVGSTKGSVIAQMAPHLPKDVHFV
PGHPIAGTEHSGPDAGFAGLFRGRWCILTPPAGTDEEAVARLRLFWETLGSMVDEMDPKH
HDKVLAIVSHLPHIIAYNIVGTADDLETVTESEVIKYSASGFRDFTRLAASDPTMWRDVC
LHNKDAILEMLARFSEDLASLQRAIRWGDGDKLFDLFTRTRAIRRSIVQAGQDTAMPDFG
RHAMDQK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory