SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing SMc01256 FitnessBrowser__Smeli:SMc01256 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

4rqoB Crystal structure of l-serine dehydratase from legionella pneumophila (see paper)
52% identity, 100% coverage: 1:466/466 of query aligns to 1:448/448 of 4rqoB

query
sites
4rqoB
M
 
M
F
 
N
L
 
I
S
 
S
V
 
V
F
 
F
D
 
D
V
 
L
F
 
F
K
 
S
I
 
I
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
S
 
S
S
 
S
S
 
S
H
 
H
T
 
T
M
 
V
G
 
G
P
 
P
M
 
M
S
 
L
A
 
A
A
 
A
N
 
N
R
 
A
F
 
F
L
 
L
D
 
Q
L
 
L
I
 
L
-
 
E
-
 
Q
-
 
K
-
 
N
L
 
L
S
 
F
D
 
D
E
 
K
W
 
T
P
 
Q
R
 
R
P
 
-
S
 
-
H
 
-
A
 
-
A
 
-
V
 
-
G
 
-
A
 
-
I
 
V
K
 
K
V
 
V
S
 
E
L
 
L
H
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
A
 
A
H
 
L
T
 
T
G
 
G
I
 
K
G
 
G
H
 
H
G
 
G
T
 
T
G
 
D
R
 
K
A
 
A
V
 
I
I
 
L
L
 
N
G
 
G
L
 
L
M
 
E
G
 
N
E
 
K
R
 
A
P
 
P
D
 
E
L
 
T
V
 
V
E
 
D
P
 
P
D
 
A
G
 
S
M
 
M
D
 
I
G
 
P
I
 
R
I
 
M
E
 
H
Q
 
E
V
 
I
E
 
L
R
 
D
T
 
S
G
 
N
R
 
L
I
 
L
T
 
N
P
 
L
P
 
A
G
 
G
H
 
K
A
 
K
G
 
E
Y
 
I
M
 
P
F
 
F
Q
 
H
P
 
E
K
 
A
T
 
T
D
 
D
L
 
F
V
 
L
F
 
F
D
 
L
K
 
Q
K
 
K
T
 
E
P
 
L
L
 
L
P
 
P
G
 
K
H
 
H
A
 
S
N
 
N
G
 
G
M
 
M
S
 
R
F
 
F
S
 
S
A
 
A
F
 
F
D
 
D
R
 
G
D
 
N
G
 
A
R
 
N
L
 
L
L
 
L
L
 
I
K
 
E
R
 
Q
I
 
V
Y
 
Y
Y
 
Y
S
 
S
I
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
F
 
F
V
 
I
V
 
T
T
 
T
D
 
E
T
 
E
E
 
D
L
 
F
D
 
D
A
 
-
M
 
-
R
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
N
 
N
K
 
P
P
 
P
A
 
-
G
 
-
V
 
-
K
 
-
V
 
-
P
 
P
Y
 
Y
P
 
P
F
 
F
A
 
A
T
 
T
A
 
A
Q
 
T
Q
 
E
M
 
L
L
 
L
D
 
K
M
 
L
A
 
C
A
 
K
R
 
K
S
 
H
G
 
H
L
 
L
T
 
T
I
 
I
A
 
A
Q
 
E
M
 
L
K
 
M
R
 
L
A
 
V
N
 
N
E
 
E
E
 
K
C
 
T
R
 
W
M
 
R
S
 
S
R
 
T
D
 
A
E
 
E
L
 
I
D
 
H
A
 
K
G
 
G
L
 
I
D
 
L
R
 
D
I
 
I
W
 
A
T
 
K
A
 
V
M
 
M
S
 
D
S
 
D
C
 
C
I
 
I
D
 
N
R
 
N
G
 
G
L
 
C
S
 
K
Q
 
H
D
 
D
G
 
G
I
 
V
M
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
L
 
L
K
 
N
V
 
L
R
 
K
R
 
R
R
 
R
A
 
A
R
 
P
A
 
D
I
 
L
H
 
Y
D
 
R
K
 
K
L
 
L
Q
 
I
E
 
E
E
 
Q
-
 
K
-
 
G
W
 
V
R
 
K
S
 
S
N
 
V
K
 
F
T
 
E
N
 
Q
P
 
S
L
 
D
L
 
I
A
 
M
N
 
N
D
 
-
W
 
H
L
 
L
S
 
N
V
 
L
Y
 
Y
A
 
A
M
 
M
A
 
A
V
 
V
N
 
N
E
 
E
E
 
E
N
 
N
A
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
R
 
R
V
 
I
V
 
V
T
 
T
S
 
A
P
 
P
T
 
T
N
 
N
G
 
G
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
I
V
 
I
P
 
P
A
 
A
T
 
V
I
 
L
R
 
K
Y
 
Y
Y
 
C
L
 
Q
H
 
Q
F
 
A
H
 
H
D
 
D
D
 
R
A
 
M
D
 
S
Q
 
N
E
 
E
G
 
D
I
 
I
R
 
Y
D
 
T
Y
 
Y
L
 
F
L
 
L
T
 
T
A
 
A
A
 
A
A
 
A
I
 
I
G
 
G
G
 
I
I
 
L
I
 
Y
K
 
K
H
 
K
N
 
-
A
 
-
S
 
-
I
 
-
S
 
S
G
 
G
A
 
A
E
 
E
V
 
V
G
 
G
C
|
C
Q
 
Q
G
 
G
E
 
E
V
|
V
G
 
G
S
 
V
A
 
A
S
 
S
A
 
S
M
 
M
A
 
A
A
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
T
A
 
A
V
 
V
M
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
T
P
 
I
E
 
E
Q
 
Q
I
 
V
E
 
E
N
 
N
A
 
A
A
 
A
E
 
E
I
 
I
A
 
A
L
 
M
E
 
E
H
 
H
H
 
H
L
 
L
G
 
G
M
 
M
T
 
T
C
|
C
D
 
D
P
 
P
V
 
V
A
 
L
G
 
G
L
 
L
V
 
V
Q
 
Q
V
 
I
P
 
P
C
|
C
I
 
I
E
 
E
R
 
R
N
 
N
A
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
A
V
 
V
K
 
K
A
 
A
V
 
V
T
 
N
A
 
A
A
 
T
S
 
R
L
 
M
A
 
A
L
 
L
K
 
I
G
 
G
D
 
D
G
 
G
K
 
Q
H
 
H
F
 
Q
V
 
I
P
 
S
L
 
L
D
 
D
A
 
K
C
 
V
I
 
I
E
 
K
T
 
T
M
 
M
R
 
K
Q
 
Q
T
 
T
G
 
G
A
 
M
D
 
D
M
 
M
N
 
Q
E
 
S
K
 
I
Y
 
Y
K
 
K
E
 
E
T
 
T
S
 
S
T
 
M
G
 
G
G
 
G
L
 
L
A
 
A
V
 
V
N
 
N
V
 
L
V
 
P
E
 
E
C
|
C

2iafA Crystal structure of a fragment (residues 11 to 161) of l-serine dehydratase from legionella pneumophila
41% identity, 32% coverage: 17:164/466 of query aligns to 1:139/140 of 2iafA

query
sites
2iafA
S
 
S
S
 
S
H
 
H
T
 
T
M
 
V
G
 
G
P
 
P
M
 
M
S
 
L
A
 
A
A
 
A
N
 
N
R
 
A
F
 
F
L
 
L
D
 
Q
L
 
L
I
 
L
-
 
E
-
 
Q
-
 
K
-
 
N
L
 
L
S
 
F
D
 
D
E
 
K
W
 
T
P
 
Q
R
 
R
P
 
-
S
 
-
H
 
-
A
 
-
A
 
-
V
 
-
G
 
-
A
 
-
I
 
V
K
 
K
V
 
V
S
 
E
L
 
L
H
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
A
 
A
H
 
L
T
 
T
G
 
G
I
 
K
G
 
G
H
 
H
G
 
G
T
 
T
G
 
D
R
 
K
A
 
A
V
 
I
I
 
L
L
 
N
G
 
G
L
 
L
M
 
E
G
 
N
E
 
K
R
 
A
P
 
P
D
 
E
L
 
S
V
 
M
E
 
I
P
 
P
D
 
R
G
 
-
M
 
-
D
 
-
G
 
-
I
 
-
I
 
M
E
 
H
Q
 
E
V
 
I
E
x
L
R
x
D
T
 
S
G
x
N
R
 
L
I
 
L
T
 
N
P
 
L
P
 
A
G
 
G
H
 
K
A
 
K
G
 
E
Y
 
I
M
 
P
F
 
F
Q
 
H
P
 
E
K
 
A
T
 
T
D
 
D
L
 
F
V
 
L
F
 
F
D
 
L
K
 
Q
K
 
K
T
 
E
P
 
L
L
 
L
P
 
P
G
 
K
H
 
H
A
 
S
N
 
N
G
 
G
M
 
M
S
 
R
F
 
F
S
 
S
A
 
A
F
 
F
D
 
D
R
 
G
D
 
N
G
 
A
R
 
N
L
 
L
L
 
L
L
 
I
K
 
E
R
 
Q
I
 
V
Y
 
Y
Y
 
Y
S
 
S
I
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
F
 
F
V
 
I
V
 
T
T
 
T
D
 
E
T
 
E
E
 
D
L
 
F
D
 
D

Query Sequence

>SMc01256 FitnessBrowser__Smeli:SMc01256
MFLSVFDVFKIGIGPSSSHTMGPMSAANRFLDLILSDEWPRPSHAAVGAIKVSLHGSLAH
TGIGHGTGRAVILGLMGERPDLVEPDGMDGIIEQVERTGRITPPGHAGYMFQPKTDLVFD
KKTPLPGHANGMSFSAFDRDGRLLLKRIYYSIGGGFVVTDTELDAMRAQKNKPAGVKVPY
PFATAQQMLDMAARSGLTIAQMKRANEECRMSRDELDAGLDRIWTAMSSCIDRGLSQDGI
MPGGLKVRRRARAIHDKLQEEWRSNKTNPLLANDWLSVYAMAVNEENAAGGRVVTSPTNG
AAGVVPATIRYYLHFHDDADQEGIRDYLLTAAAIGGIIKHNASISGAEVGCQGEVGSASA
MAAAGLAAVMGGTPEQIENAAEIALEHHLGMTCDPVAGLVQVPCIERNALGAVKAVTAAS
LALKGDGKHFVPLDACIETMRQTGADMNEKYKETSTGGLAVNVVEC

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory