SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing SMc02173 FitnessBrowser__Smeli:SMc02173 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 5 hits to proteins with known functional sites (download)

4a34I Crystal structure of the fucose mutarotase in complex with l-fucose from streptococcus pneumoniae (see paper)
40% identity, 98% coverage: 2:140/142 of query aligns to 1:139/142 of 4a34I

query
sites
4a34I
L
 
L
K
 
K
G
 
H
I
 
I
S
 
P
P
 
K
I
 
N
L
 
I
S
 
S
P
 
P
E
 
D
L
 
L
L
 
L
S
 
K
T
 
T
L
 
L
R
 
M
A
 
E
M
 
M
G
 
G
H
|
H
G
 
G
D
 
D
E
 
E
I
 
I
A
 
V
L
 
L
V
 
A
D
|
D
G
 
A
N
 
N
Y
|
Y
P
 
P
G
 
S
L
 
A
E
 
S
H
 
C
A
 
A
R
 
N
R
 
K
L
 
L
I
 
I
R
 
R
L
 
C
D
 
D
G
 
G
H
 
V
P
 
N
L
 
I
V
 
P
P
 
E
V
 
L
L
 
L
D
 
D
A
 
S
V
 
I
L
 
L
S
 
Y
I
 
L
L
 
M
P
 
P
I
 
L
D
 
D
D
 
S
F
x
Y
V
 
V
P
 
D
E
 
S
A
 
S
I
 
I
F
 
Q
R
 
F
A
 
M
T
 
N
V
 
V
K
 
V
Q
 
S
D
 
G
R
 
D
D
 
D
-
 
I
-
 
P
A
 
K
L
 
I
D
 
W
P
 
G
V
 
T
H
 
Y
R
 
R
D
 
Q
I
 
M
I
 
I
A
 
E
C
 
G
C
 
-
R
 
-
K
 
H
H
 
G
E
 
T
P
 
D
A
 
L
Q
 
K
P
 
T
V
 
I
V
 
T
P
 
Y
L
 
L
L
 
R
G
 
R
A
 
E
D
 
D
F
 
F
Y
 
Y
Q
 
E
R
 
R
V
 
S
K
 
K
A
 
K
A
 
A
H
 
Y
A
 
A
V
 
I
V
 
V
Q
 
A
T
 
T
S
 
G
E
 
E
P
 
T
R
 
S
L
 
L
Y
|
Y
G
 
A
N
 
N
V
 
I
I
 
I
L
 
L
R
 
K
K
 
K
G
 
G
V
|
V
I
 
V

2wcvB Crystal structure of bacterial fucu (see paper)
38% identity, 98% coverage: 1:139/142 of query aligns to 1:138/140 of 2wcvB

query
sites
2wcvB
M
 
M
L
 
L
K
 
K
G
 
T
I
 
I
S
 
S
P
 
P
I
 
L
L
 
I
S
 
S
P
 
P
E
 
E
L
 
L
L
 
L
S
 
K
T
 
V
L
 
L
R
 
A
A
 
E
M
 
M
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
E
 
E
I
 
I
A
 
I
L
 
F
V
 
S
D
|
D
G
 
A
N
 
H
Y
x
F
P
 
P
G
 
A
L
 
H
E
 
S
H
 
M
A
 
G
R
 
P
R
 
Q
L
 
V
I
 
I
R
 
R
L
 
A
D
 
D
G
 
G
H
 
L
P
 
L
L
 
V
V
 
S
P
 
D
V
 
L
L
 
L
D
 
Q
A
 
A
V
 
I
L
 
I
S
 
P
I
 
L
L
 
F
P
 
E
I
 
L
D
 
D
D
 
S
F
 
Y
V
 
A
P
 
P
E
 
P
A
 
L
I
 
V
F
 
M
R
x
M
A
 
A
T
 
A
V
 
V
K
 
-
Q
 
-
D
 
E
R
 
G
D
 
D
A
 
T
L
 
L
D
 
D
P
 
P
-
 
E
V
 
V
H
 
E
R
 
R
D
 
R
I
 
Y
I
 
R
A
 
N
C
 
A
C
 
L
R
 
S
K
 
L
H
 
Q
E
 
A
P
 
P
A
 
C
Q
 
P
P
 
D
V
 
I
V
 
I
P
 
R
L
 
I
L
 
N
G
 
R
A
 
F
D
 
A
F
 
F
Y
|
Y
Q
 
E
R
 
R
V
 
A
K
 
Q
A
 
K
A
 
A
H
 
F
A
 
A
V
 
I
V
 
V
Q
 
I
T
 
T
S
 
G
E
 
E
P
 
R
R
 
A
L
x
K
Y
|
Y
G
 
G
N
|
N
V
 
I
I
 
L
L
 
L
R
 
K
K
 
K
G
 
G
V
 
V

P0AEN8 L-fucose mutarotase; D-ribose pyranase; Fucose 1-epimerase; Type-2 mutarotase; EC 5.1.3.29; EC 5.4.99.62 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
38% identity, 98% coverage: 1:139/142 of query aligns to 1:138/140 of P0AEN8

query
sites
P0AEN8
M
 
M
L
 
L
K
 
K
G
 
T
I
 
I
S
 
S
P
 
P
I
 
L
L
 
I
S
 
S
P
 
P
E
 
E
L
 
L
L
 
L
S
 
K
T
 
V
L
 
L
R
 
A
A
 
E
M
 
M
G
 
G
H
|
H
G
 
G
D
 
D
E
 
E
I
 
I
A
 
I
L
 
F
V
 
S
D
|
D
G
 
A
N
 
H
Y
 
F
P
 
P
G
 
A
L
 
H
E
 
S
H
 
M
A
 
G
R
 
P
R
 
Q
L
 
V
I
 
I
R
 
R
L
 
A
D
 
D
G
 
G
H
 
L
P
 
L
L
 
V
V
 
S
P
 
D
V
 
L
L
 
L
D
 
Q
A
 
A
V
 
I
L
 
I
S
 
P
I
 
L
L
 
F
P
 
E
I
 
L
D
|
D
D
 
S
F
 
Y
V
 
A
P
 
P
E
 
P
A
 
L
I
 
V
F
 
M
R
x
M
A
 
A
T
 
A
V
 
V
K
 
-
Q
 
-
D
 
E
R
 
G
D
 
D
A
 
T
L
 
L
D
 
D
P
 
P
-
 
E
V
 
V
H
 
E
R
 
R
D
 
R
I
 
Y
I
 
R
A
 
N
C
 
A
C
 
L
R
 
S
K
 
L
H
 
Q
E
 
A
P
 
P
A
 
C
Q
 
P
P
 
D
V
 
I
V
 
I
P
 
R
L
 
I
L
 
N
G
 
R
A
 
F
D
 
A
F
 
F
Y
|
Y
Q
 
E
R
 
R
V
 
A
K
 
Q
A
 
K
A
 
A
H
 
F
A
 
A
V
 
I
V
 
V
Q
 
I
T
 
T
S
 
G
E
 
E
P
 
R
R
 
A
L
 
K
Y
|
Y
G
 
G
N
|
N
V
 
I
I
 
L
L
 
L
R
 
K
K
 
K
G
 
G
V
 
V

2wcuA Crystal structure of mammalian fucu (see paper)
39% identity, 98% coverage: 2:140/142 of query aligns to 4:148/149 of 2wcuA

query
sites
2wcuA
L
 
L
K
 
K
G
 
G
I
 
I
S
 
P
P
 
K
I
 
V
L
 
L
S
 
S
P
 
P
E
 
E
L
 
L
L
 
L
S
 
F
T
 
A
L
 
L
R
 
A
A
 
R
M
 
M
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
E
 
E
I
 
I
A
 
V
L
 
L
V
 
A
D
|
D
G
 
A
N
 
N
Y
x
F
P
 
P
G
 
T
-
 
S
-
 
S
-
 
I
L
 
C
E
 
Q
H
 
C
A
 
G
R
 
P
R
 
V
L
 
E
I
 
I
R
 
R
L
 
A
D
 
D
G
 
G
H
 
L
P
 
D
L
 
I
V
 
P
P
 
Q
V
 
L
L
 
L
D
 
E
A
 
A
V
 
V
L
 
L
S
 
R
I
 
L
L
 
L
P
 
P
I
 
L
D
 
D
D
 
T
F
 
Y
V
 
V
-
 
E
-
 
S
P
 
P
E
 
A
A
 
A
I
 
V
F
x
M
R
 
D
A
 
L
T
 
V
V
 
P
K
 
S
Q
 
D
D
 
K
R
 
E
D
 
K
A
 
G
L
 
L
D
 
Q
-
 
T
P
 
P
V
 
I
H
 
W
R
 
K
D
 
R
I
 
Y
I
 
E
A
 
S
C
 
L
C
 
L
R
 
L
K
 
E
H
 
A
E
 
D
P
 
C
A
 
K
Q
 
K
P
 
T
V
 
L
V
 
M
P
 
K
L
 
L
L
 
E
G
 
R
A
 
F
D
 
E
F
 
F
Y
|
Y
Q
 
E
R
 
R
V
 
A
K
 
K
A
 
K
A
 
A
H
 
F
A
 
A
V
 
V
V
 
V
Q
 
A
T
 
T
S
 
G
E
 
E
P
 
M
R
 
A
L
 
L
Y
|
Y
G
 
G
N
|
N
V
 
I
I
 
I
L
 
L
R
 
K
K
 
K
G
 
G
V
 
T
I
 
L

Q8R2K1 Fucose mutarotase; EC 5.1.3.29 from Mus musculus (Mouse) (see paper)
39% identity, 98% coverage: 2:140/142 of query aligns to 4:148/153 of Q8R2K1

query
sites
Q8R2K1
L
 
L
K
 
K
G
 
G
I
 
I
S
 
P
P
 
K
I
 
V
L
 
L
S
 
S
P
 
P
E
 
E
L
 
L
L
 
L
S
 
F
T
 
A
L
 
L
R
 
A
A
 
R
M
 
M
G
 
G
H
|
H
G
 
G
D
 
D
E
 
E
I
 
I
A
 
V
L
 
L
V
 
A
D
|
D
G
 
A
N
 
N
Y
 
F
P
 
P
G
 
T
-
 
S
-
 
S
-
 
I
L
 
C
E
 
Q
H
 
C
A
 
G
R
 
P
R
 
V
L
 
E
I
 
I
R
 
R
L
 
A
D
 
D
G
 
G
H
 
L
P
 
D
L
 
I
V
 
P
P
 
Q
V
 
L
L
 
L
D
 
E
A
 
A
V
 
V
L
 
L
S
 
R
I
 
L
L
 
L
P
 
P
I
 
L
D
|
D
D
 
T
F
 
Y
V
 
V
-
 
E
-
 
S
P
 
P
E
 
A
A
 
A
I
 
V
F
x
M
R
 
D
A
 
L
T
 
V
V
 
P
K
 
S
Q
 
D
D
 
K
R
 
E
D
 
K
A
 
G
L
 
L
D
 
Q
-
 
T
P
 
P
V
 
I
H
 
W
R
 
K
D
 
R
I
 
Y
I
 
E
A
 
S
C
 
L
C
 
L
R
 
L
K
 
E
H
 
A
E
 
D
P
 
C
A
 
K
Q
 
K
P
 
T
V
 
L
V
 
M
P
 
K
L
 
L
L
 
E
G
 
R
A
 
F
D
 
E
F
 
F
Y
|
Y
Q
 
E
R
 
R
V
 
A
K
 
K
A
 
K
A
 
A
H
 
F
A
 
A
V
 
V
V
 
V
Q
 
A
T
 
T
S
 
G
E
 
E
P
 
M
R
 
A
L
 
L
Y
|
Y
G
 
G
N
|
N
V
 
I
I
 
I
L
 
L
R
 
K
K
 
K
G
 
G
V
 
T
I
 
L

Query Sequence

>SMc02173 FitnessBrowser__Smeli:SMc02173
MLKGISPILSPELLSTLRAMGHGDEIALVDGNYPGLEHARRLIRLDGHPLVPVLDAVLSI
LPIDDFVPEAIFRATVKQDRDALDPVHRDIIACCRKHEPAQPVVPLLGADFYQRVKAAHA
VVQTSEPRLYGNVILRKGVIYP

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory