SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing SMc02321 FitnessBrowser__Smeli:SMc02321 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 17 hits to proteins with known functional sites (download)

2hcvA Crystal structure of l-rhamnose isomerase from pseudomonas stutzeri with metal ion (see paper)
79% identity, 97% coverage: 5:421/430 of query aligns to 3:418/421 of 2hcvA

query
sites
2hcvA
I
 
I
S
 
A
T
 
Q
S
 
D
V
 
V
L
 
V
D
 
A
A
 
R
E
 
E
N
 
N
A
 
D
S
 
R
R
 
R
R
 
A
D
 
S
A
 
A
L
 
L
T
 
K
R
 
E
D
 
D
Y
 
Y
E
 
E
S
 
A
L
 
L
G
 
G
D
 
A
R
 
N
L
 
L
A
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
I
 
V
D
 
D
I
 
I
D
 
E
A
 
A
V
 
V
K
 
T
A
 
A
K
 
K
V
 
V
A
 
E
A
 
K
Y
 
F
G
 
F
V
 
V
A
 
A
V
 
V
P
 
P
S
 
S
W
 
W
G
 
G
V
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
T
R
 
R
F
 
F
A
 
A
R
 
R
F
 
F
P
 
P
G
 
G
P
 
T
G
 
G
E
 
E
P
 
P
R
 
R
N
 
G
I
 
I
F
 
F
D
 
D
K
 
K
L
 
L
E
 
D
D
 
D
C
 
C
A
 
A
V
 
V
I
 
I
Q
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
T
 
T
R
 
R
A
 
A
T
 
T
P
 
P
A
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
H
 
H
I
 
I
P
 
P
W
 
W
D
 
D
K
 
K
V
 
-
S
 
A
D
 
D
L
 
P
G
 
K
A
 
E
L
 
L
K
 
K
E
 
A
K
 
R
G
 
G
S
 
D
A
 
A
L
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
M
 
M
N
 
N
S
 
S
N
 
N
T
 
T
F
 
F
S
 
S
D
 
D
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
H
 
H
S
 
S
Y
 
Y
K
 
K
F
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
S
 
S
H
 
H
T
 
T
D
 
N
S
 
A
A
 
A
T
 
T
R
 
R
R
 
A
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
E
 
E
H
 
H
N
 
N
L
 
L
E
 
E
C
 
C
V
 
I
E
 
E
I
 
I
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
I
G
 
G
S
 
S
K
 
K
A
 
A
L
 
L
T
 
T
V
 
V
W
 
W
V
 
I
G
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
N
 
N
F
 
F
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
S
 
S
N
 
N
F
 
F
T
 
T
R
 
R
A
 
A
F
 
F
E
 
E
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
S
S
 
A
M
 
M
K
 
A
A
 
E
V
 
I
Y
 
Y
A
 
K
A
 
G
L
 
L
P
 
P
D
 
D
D
 
D
W
 
W
R
 
K
I
 
L
F
 
F
T
 
S
E
|
E
H
 
H
K
 
K
M
 
M
F
 
Y
E
 
E
P
 
P
A
 
A
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
T
 
T
V
 
V
V
 
V
Q
 
Q
D
 
D
W
 
W
G
 
G
T
 
T
N
 
N
Y
 
Y
L
 
L
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
E
 
T
L
 
L
G
 
G
P
 
P
K
 
K
A
 
A
F
 
Q
C
 
C
L
 
L
V
 
V
D
|
D
L
 
L
G
 
G
H
|
H
H
 
H
A
 
A
P
 
P
N
 
N
V
 
T
N
 
N
I
 
I
E
 
E
M
 
M
I
 
I
V
 
V
A
 
A
R
 
R
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
F
 
F
K
 
G
K
 
K
L
 
L
G
 
G
G
 
G
F
 
F
H
|
H
F
 
F
N
 
N
D
 
D
S
 
S
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
D
|
D
D
 
D
D
 
D
L
 
L
D
 
D
T
 
A
G
 
G
S
 
A
I
 
I
D
 
E
P
 
P
Y
 
Y
R
 
R
L
 
L
F
 
F
L
 
L
V
 
V
F
 
F
N
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
V
D
 
D
A
 
A
E
 
E
T
 
A
R
 
R
A
 
G
A
 
V
N
 
K
G
 
G
F
 
F
D
 
H
P
 
P
A
 
A
H
 
H
M
 
M
L
 
I
D
|
D
Q
 
Q
S
 
S
H
 
H
N
 
N
V
 
V
T
 
T
D
 
D
P
 
P
I
 
I
E
 
E
S
 
S
L
 
L
M
 
I
T
 
N
S
 
S
A
 
A
M
 
N
E
 
E
V
 
I
G
 
R
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
I
 
L
V
 
V
D
 
D
R
 
R
K
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
S
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
Q
E
 
E
E
 
D
N
 
N
D
 
D
A
 
A
L
 
L
M
 
M
A
 
A
S
 
T
E
 
E
T
 
T
L
 
L
K
 
K
T
 
R
A
 
A
F
 
Y
R
 
R
T
 
T
D
 
D
V
 
V
E
 
E
P
 
P
I
 
I
L
 
L
A
 
A
T
 
E
A
 
A
R
 
R
L
 
R
E
 
R
N
 
T
D
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
V
A
 
D
P
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
T
Y
 
Y
R
 
R
A
 
A
S
 
S
G
 
G
Y
 
Y
R
 
R
A
 
A
R
 
R
V
 
V
A
 
A
A
 
A
E
 
E
R
 
R
P
 
P
A
 
A

3iudA Cu2+-bound form of pseudomonas stutzeri l-rhamnose isomerase (see paper)
79% identity, 97% coverage: 5:421/430 of query aligns to 3:418/419 of 3iudA

query
sites
3iudA
I
 
I
S
 
A
T
 
Q
S
 
D
V
 
V
L
 
V
D
 
A
A
 
R
E
 
E
N
 
N
A
 
D
S
 
R
R
 
R
R
 
A
D
 
S
A
 
A
L
 
L
T
 
K
R
 
E
D
 
D
Y
 
Y
E
 
E
S
 
A
L
 
L
G
 
G
D
 
A
R
 
N
L
 
L
A
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
I
 
V
D
 
D
I
 
I
D
 
E
A
 
A
V
 
V
K
 
T
A
 
A
K
 
K
V
 
V
A
 
E
A
 
K
Y
 
F
G
 
F
V
 
V
A
 
A
V
 
V
P
 
P
S
 
S
W
 
W
G
 
G
V
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
T
R
 
R
F
 
F
A
 
A
R
 
R
F
 
F
P
 
P
G
 
G
P
 
T
G
 
G
E
 
E
P
 
P
R
 
R
N
 
G
I
 
I
F
 
F
D
 
D
K
 
K
L
 
L
E
 
D
D
 
D
C
 
C
A
 
A
V
 
V
I
 
I
Q
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
T
 
T
R
 
R
A
 
A
T
 
T
P
 
P
A
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
H
 
H
I
 
I
P
 
P
W
 
W
D
 
D
K
 
K
V
 
-
S
 
A
D
 
D
L
 
P
G
 
K
A
 
E
L
 
L
K
 
K
E
 
A
K
 
R
G
 
G
S
 
D
A
 
A
L
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
M
 
M
N
 
N
S
 
S
N
 
N
T
 
T
F
 
F
S
 
S
D
 
D
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
H
 
H
S
 
S
Y
 
Y
K
 
K
F
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
S
 
S
H
 
H
T
 
T
D
 
N
S
 
A
A
 
A
T
 
T
R
 
R
R
 
A
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
E
 
E
H
 
H
N
 
N
L
 
L
E
 
E
C
 
C
V
 
I
E
 
E
I
 
I
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
I
G
 
G
S
 
S
K
 
K
A
 
A
L
 
L
T
 
T
V
 
V
W
 
W
V
 
I
G
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
N
 
N
F
 
F
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
S
 
S
N
 
N
F
 
F
T
 
T
R
 
R
A
 
A
F
 
F
E
 
E
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
S
S
 
A
M
 
M
K
 
A
A
 
E
V
 
I
Y
 
Y
A
 
K
A
 
G
L
 
L
P
 
P
D
 
D
D
 
D
W
 
W
R
 
K
I
 
L
F
 
F
T
 
S
E
|
E
H
 
H
K
 
K
M
 
M
F
 
Y
E
 
E
P
 
P
A
 
A
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
T
 
T
V
 
V
V
 
V
Q
 
Q
D
 
D
W
 
W
G
 
G
T
 
T
N
 
N
Y
 
Y
L
 
L
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
E
 
T
L
 
L
G
 
G
P
 
P
K
 
K
A
 
A
F
 
Q
C
 
C
L
 
L
V
 
V
D
|
D
L
 
L
G
 
G
H
|
H
H
 
H
A
 
A
P
 
P
N
 
N
V
 
T
N
 
N
I
 
I
E
 
E
M
 
M
I
 
I
V
 
V
A
 
A
R
 
R
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
F
 
F
K
 
G
K
 
K
L
 
L
G
 
G
G
 
G
F
 
F
H
|
H
F
 
F
N
 
N
D
 
D
S
 
S
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
D
|
D
D
 
D
D
 
D
L
 
L
D
 
D
T
 
A
G
 
G
S
 
A
I
 
I
D
 
E
P
 
P
Y
 
Y
R
 
R
L
 
L
F
 
F
L
 
L
V
 
V
F
 
F
N
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
V
D
 
D
A
 
A
E
 
E
T
 
A
R
 
R
A
 
G
A
 
V
N
 
K
G
 
G
F
 
F
D
 
H
P
 
P
A
 
A
H
 
H
M
 
M
L
 
I
D
|
D
Q
 
Q
S
 
S
H
 
H
N
 
N
V
 
V
T
 
T
D
 
D
P
 
P
I
 
I
E
 
E
S
 
S
L
 
L
M
 
I
T
 
N
S
 
S
A
 
A
M
 
N
E
 
E
V
 
I
G
 
R
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
I
 
L
V
 
V
D
 
D
R
 
R
K
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
S
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
Q
E
 
E
E
 
D
N
 
N
D
 
D
A
 
A
L
 
L
M
 
M
A
 
A
S
 
T
E
 
E
T
 
T
L
 
L
K
 
K
T
 
R
A
 
A
F
 
Y
R
 
R
T
 
T
D
 
D
V
 
V
E
 
E
P
 
P
I
 
I
L
 
L
A
 
A
T
 
E
A
 
A
R
 
R
L
 
R
E
 
R
N
 
T
D
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
V
A
 
D
P
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
T
Y
 
Y
R
 
R
A
 
A
S
 
S
G
 
G
Y
 
Y
R
 
R
A
 
A
R
 
R
V
 
V
A
 
A
A
 
A
E
 
E
R
 
R
P
 
P
A
 
A

2i57A Crystal structure of l-rhamnose isomerase from pseudomonas stutzeri in complex with d-allose (see paper)
79% identity, 97% coverage: 5:421/430 of query aligns to 3:418/419 of 2i57A

query
sites
2i57A
I
 
I
S
 
A
T
 
Q
S
 
D
V
 
V
L
 
V
D
 
A
A
 
R
E
 
E
N
 
N
A
 
D
S
 
R
R
 
R
R
 
A
D
 
S
A
 
A
L
 
L
T
 
K
R
 
E
D
 
D
Y
 
Y
E
 
E
S
 
A
L
 
L
G
 
G
D
 
A
R
 
N
L
 
L
A
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
I
 
V
D
 
D
I
 
I
D
 
E
A
 
A
V
 
V
K
 
T
A
 
A
K
 
K
V
 
V
A
 
E
A
 
K
Y
 
F
G
 
F
V
 
V
A
 
A
V
 
V
P
 
P
S
 
S
W
|
W
G
 
G
V
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
T
R
 
R
F
 
F
A
 
A
R
 
R
F
 
F
P
 
P
G
 
G
P
 
T
G
 
G
E
 
E
P
 
P
R
 
R
N
 
G
I
 
I
F
 
F
D
 
D
K
 
K
L
 
L
E
 
D
D
 
D
C
 
C
A
 
A
V
 
V
I
 
I
Q
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
T
 
T
R
 
R
A
 
A
T
 
T
P
 
P
A
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
H
 
H
I
 
I
P
 
P
W
 
W
D
 
D
K
 
K
V
 
-
S
 
A
D
 
D
L
 
P
G
 
K
A
 
E
L
 
L
K
 
K
E
 
A
K
 
R
G
 
G
S
 
D
A
 
A
L
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
M
 
M
N
 
N
S
 
S
N
 
N
T
 
T
F
 
F
S
 
S
D
 
D
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
H
 
H
S
 
S
Y
 
Y
K
 
K
F
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
S
 
S
H
 
H
T
 
T
D
 
N
S
 
A
A
 
A
T
 
T
R
 
R
R
 
A
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
E
 
E
H
 
H
N
 
N
L
 
L
E
 
E
C
 
C
V
 
I
E
 
E
I
 
I
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
I
G
 
G
S
 
S
K
 
K
A
 
A
L
 
L
T
 
T
V
 
V
W
|
W
V
 
I
G
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
N
 
N
F
 
F
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
S
 
S
N
 
N
F
 
F
T
 
T
R
 
R
A
 
A
F
 
F
E
 
E
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
S
S
 
A
M
 
M
K
 
A
A
 
E
V
 
I
Y
 
Y
A
 
K
A
 
G
L
 
L
P
 
P
D
 
D
D
 
D
W
 
W
R
 
K
I
 
L
F
 
F
T
 
S
E
|
E
H
 
H
K
|
K
M
 
M
F
 
Y
E
 
E
P
 
P
A
 
A
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
T
 
T
V
 
V
V
 
V
Q
 
Q
D
 
D
W
 
W
G
 
G
T
 
T
N
 
N
Y
 
Y
L
 
L
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
E
 
T
L
 
L
G
 
G
P
 
P
K
 
K
A
 
A
F
 
Q
C
 
C
L
 
L
V
 
V
D
|
D
L
 
L
G
 
G
H
|
H
H
 
H
A
 
A
P
 
P
N
 
N
V
 
T
N
 
N
I
 
I
E
 
E
M
 
M
I
 
I
V
 
V
A
 
A
R
 
R
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
F
 
F
K
 
G
K
 
K
L
 
L
G
 
G
G
 
G
F
 
F
H
|
H
F
 
F
N
 
N
D
 
D
S
 
S
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
D
|
D
D
 
D
D
 
D
L
 
L
D
 
D
T
 
A
G
 
G
S
 
A
I
 
I
D
 
E
P
 
P
Y
 
Y
R
 
R
L
 
L
F
 
F
L
 
L
V
 
V
F
 
F
N
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
V
D
 
D
A
 
A
E
 
E
T
 
A
R
 
R
A
 
G
A
 
V
N
 
K
G
 
G
F
 
F
D
 
H
P
 
P
A
 
A
H
 
H
M
 
M
L
 
I
D
|
D
Q
 
Q
S
 
S
H
 
H
N
 
N
V
 
V
T
 
T
D
 
D
P
 
P
I
 
I
E
 
E
S
 
S
L
 
L
M
 
I
T
 
N
S
 
S
A
 
A
M
 
N
E
 
E
V
 
I
G
 
R
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
I
 
L
V
 
V
D
 
D
R
 
R
K
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
S
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
Q
E
 
E
E
 
D
N
 
N
D
 
D
A
 
A
L
 
L
M
 
M
A
 
A
S
 
T
E
 
E
T
 
T
L
 
L
K
 
K
T
 
R
A
 
A
F
 
Y
R
 
R
T
 
T
D
 
D
V
 
V
E
 
E
P
 
P
I
 
I
L
 
L
A
 
A
T
 
E
A
 
A
R
 
R
L
 
R
E
 
R
N
 
T
D
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
V
A
 
D
P
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
T
Y
 
Y
R
 
R
A
 
A
S
 
S
G
 
G
Y
 
Y
R
 
R
A
 
A
R
 
R
V
 
V
A
 
A
A
 
A
E
 
E
R
 
R
P
 
P
A
 
A

3itoA Crystal structure of pseudomonas stutzeri l-rhamnose isomerase mutant d327n in complex with d-psicose (see paper)
79% identity, 97% coverage: 5:421/430 of query aligns to 3:418/421 of 3itoA

query
sites
3itoA
I
 
I
S
 
A
T
 
Q
S
 
D
V
 
V
L
 
V
D
 
A
A
 
R
E
 
E
N
 
N
A
 
D
S
 
R
R
 
R
R
 
A
D
 
S
A
 
A
L
 
L
T
 
K
R
 
E
D
 
D
Y
 
Y
E
 
E
S
 
A
L
 
L
G
 
G
D
 
A
R
 
N
L
 
L
A
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
I
 
V
D
 
D
I
 
I
D
 
E
A
 
A
V
 
V
K
 
T
A
 
A
K
 
K
V
 
V
A
 
E
A
 
K
Y
 
F
G
 
F
V
 
V
A
 
A
V
 
V
P
 
P
S
 
S
W
|
W
G
 
G
V
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
T
R
 
R
F
 
F
A
 
A
R
 
R
F
 
F
P
 
P
G
 
G
P
 
T
G
 
G
E
 
E
P
 
P
R
 
R
N
 
G
I
 
I
F
 
F
D
 
D
K
 
K
L
 
L
E
 
D
D
 
D
C
 
C
A
 
A
V
 
V
I
 
I
Q
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
T
 
T
R
 
R
A
 
A
T
 
T
P
 
P
A
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
H
 
H
I
 
I
P
 
P
W
 
W
D
 
D
K
 
K
V
 
-
S
 
A
D
 
D
L
 
P
G
 
K
A
 
E
L
 
L
K
 
K
E
 
A
K
 
R
G
 
G
S
 
D
A
 
A
L
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
M
 
M
N
 
N
S
 
S
N
 
N
T
 
T
F
 
F
S
 
S
D
 
D
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
H
 
H
S
 
S
Y
 
Y
K
 
K
F
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
S
 
S
H
 
H
T
 
T
D
 
N
S
 
A
A
 
A
T
 
T
R
 
R
R
 
A
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
E
 
E
H
 
H
N
 
N
L
 
L
E
 
E
C
 
C
V
 
I
E
 
E
I
 
I
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
I
G
 
G
S
 
S
K
 
K
A
 
A
L
 
L
T
 
T
V
 
V
W
|
W
V
 
I
G
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
N
 
N
F
 
F
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
S
 
S
N
 
N
F
 
F
T
 
T
R
 
R
A
 
A
F
 
F
E
 
E
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
S
S
 
A
M
 
M
K
 
A
A
 
E
V
 
I
Y
 
Y
A
 
K
A
 
G
L
 
L
P
 
P
D
 
D
D
 
D
W
 
W
R
 
K
I
 
L
F
 
F
T
 
S
E
|
E
H
 
H
K
|
K
M
 
M
F
 
Y
E
 
E
P
 
P
A
 
A
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
T
 
T
V
 
V
V
 
V
Q
 
Q
D
 
D
W
 
W
G
 
G
T
 
T
N
 
N
Y
 
Y
L
 
L
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
E
 
T
L
 
L
G
 
G
P
 
P
K
 
K
A
 
A
F
 
Q
C
 
C
L
 
L
V
 
V
D
|
D
L
 
L
G
 
G
H
|
H
H
 
H
A
 
A
P
 
P
N
 
N
V
 
T
N
 
N
I
 
I
E
 
E
M
 
M
I
 
I
V
 
V
A
 
A
R
 
R
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
F
 
F
K
 
G
K
 
K
L
 
L
G
 
G
G
 
G
F
 
F
H
|
H
F
 
F
N
 
N
D
 
D
S
 
S
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
D
|
D
D
 
D
D
 
D
L
 
L
D
 
D
T
 
A
G
 
G
S
 
A
I
 
I
D
 
E
P
 
P
Y
 
Y
R
 
R
L
 
L
F
 
F
L
 
L
V
 
V
F
 
F
N
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
V
D
 
D
A
 
A
E
 
E
T
 
A
R
 
R
A
 
G
A
 
V
N
 
K
G
 
G
F
 
F
D
 
H
P
 
P
A
 
A
H
 
H
M
 
M
L
 
I
D
x
N
Q
 
Q
S
 
S
H
 
H
N
 
N
V
 
V
T
 
T
D
 
D
P
 
P
I
 
I
E
 
E
S
 
S
L
 
L
M
 
I
T
 
N
S
 
S
A
 
A
M
 
N
E
 
E
V
 
I
G
 
R
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
I
 
L
V
 
V
D
 
D
R
 
R
K
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
S
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
Q
E
 
E
E
 
D
N
 
N
D
 
D
A
 
A
L
 
L
M
 
M
A
 
A
S
 
T
E
 
E
T
 
T
L
 
L
K
 
K
T
 
R
A
 
A
F
 
Y
R
 
R
T
 
T
D
 
D
V
 
V
E
 
E
P
 
P
I
 
I
L
 
L
A
 
A
T
 
E
A
 
A
R
 
R
L
 
R
E
 
R
N
 
T
D
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
V
A
 
D
P
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
T
Y
 
Y
R
 
R
A
 
A
S
 
S
G
 
G
Y
 
Y
R
 
R
A
 
A
R
 
R
V
 
V
A
 
A
A
 
A
E
 
E
R
 
R
P
 
P
A
 
A

3itlA Crystal structure of pseudomonas stutzeri l-rhamnose isomerase mutant d327n in complex with l-rhamnulose (see paper)
79% identity, 97% coverage: 5:421/430 of query aligns to 3:418/421 of 3itlA

query
sites
3itlA
I
 
I
S
 
A
T
 
Q
S
 
D
V
 
V
L
 
V
D
 
A
A
 
R
E
 
E
N
 
N
A
 
D
S
 
R
R
 
R
R
 
A
D
 
S
A
 
A
L
 
L
T
 
K
R
 
E
D
 
D
Y
 
Y
E
 
E
S
 
A
L
 
L
G
 
G
D
 
A
R
 
N
L
 
L
A
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
I
 
V
D
 
D
I
 
I
D
 
E
A
 
A
V
 
V
K
 
T
A
 
A
K
 
K
V
 
V
A
 
E
A
 
K
Y
 
F
G
 
F
V
 
V
A
 
A
V
 
V
P
 
P
S
 
S
W
 
W
G
 
G
V
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
T
R
 
R
F
 
F
A
 
A
R
 
R
F
 
F
P
 
P
G
 
G
P
 
T
G
 
G
E
 
E
P
 
P
R
 
R
N
 
G
I
 
I
F
 
F
D
 
D
K
 
K
L
 
L
E
 
D
D
 
D
C
 
C
A
 
A
V
 
V
I
 
I
Q
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
T
 
T
R
 
R
A
 
A
T
 
T
P
 
P
A
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
H
 
H
I
 
I
P
 
P
W
 
W
D
 
D
K
 
K
V
 
-
S
 
A
D
 
D
L
 
P
G
 
K
A
 
E
L
 
L
K
 
K
E
 
A
K
 
R
G
 
G
S
 
D
A
 
A
L
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
M
 
M
N
 
N
S
 
S
N
 
N
T
 
T
F
 
F
S
 
S
D
 
D
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
H
 
H
S
 
S
Y
 
Y
K
 
K
F
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
S
 
S
H
 
H
T
 
T
D
 
N
S
 
A
A
 
A
T
 
T
R
 
R
R
 
A
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
E
 
E
H
 
H
N
 
N
L
 
L
E
 
E
C
 
C
V
 
I
E
 
E
I
 
I
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
I
G
 
G
S
 
S
K
 
K
A
 
A
L
 
L
T
 
T
V
 
V
W
|
W
V
 
I
G
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
N
 
N
F
 
F
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
S
 
S
N
 
N
F
 
F
T
 
T
R
 
R
A
 
A
F
 
F
E
 
E
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
S
S
 
A
M
 
M
K
 
A
A
 
E
V
 
I
Y
 
Y
A
 
K
A
 
G
L
 
L
P
 
P
D
 
D
D
 
D
W
 
W
R
 
K
I
 
L
F
 
F
T
 
S
E
|
E
H
 
H
K
|
K
M
 
M
F
 
Y
E
 
E
P
 
P
A
 
A
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
T
 
T
V
 
V
V
 
V
Q
 
Q
D
 
D
W
 
W
G
 
G
T
 
T
N
 
N
Y
 
Y
L
 
L
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
E
 
T
L
 
L
G
 
G
P
 
P
K
 
K
A
 
A
F
 
Q
C
 
C
L
 
L
V
 
V
D
|
D
L
 
L
G
 
G
H
|
H
H
 
H
A
 
A
P
 
P
N
 
N
V
 
T
N
 
N
I
 
I
E
 
E
M
 
M
I
 
I
V
 
V
A
 
A
R
 
R
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
F
 
F
K
 
G
K
 
K
L
 
L
G
 
G
G
 
G
F
 
F
H
|
H
F
 
F
N
 
N
D
 
D
S
 
S
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
D
|
D
D
 
D
D
 
D
L
 
L
D
 
D
T
 
A
G
 
G
S
 
A
I
 
I
D
 
E
P
 
P
Y
 
Y
R
 
R
L
 
L
F
 
F
L
 
L
V
 
V
F
 
F
N
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
V
D
 
D
A
 
A
E
 
E
T
 
A
R
 
R
A
 
G
A
 
V
N
 
K
G
 
G
F
 
F
D
 
H
P
 
P
A
 
A
H
 
H
M
 
M
L
 
I
D
x
N
Q
 
Q
S
 
S
H
 
H
N
 
N
V
 
V
T
 
T
D
 
D
P
 
P
I
 
I
E
 
E
S
 
S
L
 
L
M
 
I
T
 
N
S
 
S
A
 
A
M
 
N
E
 
E
V
 
I
G
 
R
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
I
 
L
V
 
V
D
 
D
R
 
R
K
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
S
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
Q
E
 
E
E
 
D
N
 
N
D
 
D
A
 
A
L
 
L
M
 
M
A
 
A
S
 
T
E
 
E
T
 
T
L
 
L
K
 
K
T
 
R
A
 
A
F
 
Y
R
 
R
T
 
T
D
 
D
V
 
V
E
 
E
P
 
P
I
 
I
L
 
L
A
 
A
T
 
E
A
 
A
R
 
R
L
 
R
E
 
R
N
 
T
D
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
V
A
 
D
P
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
T
Y
 
Y
R
 
R
A
 
A
S
 
S
G
 
G
Y
 
Y
R
 
R
A
 
A
R
 
R
V
 
V
A
 
A
A
 
A
E
 
E
R
 
R
P
 
P
A
 
A

3itvA Crystal structure of pseudomonas stutzeri l-rhamnose isomerase mutant s329k in complex with d-psicose (see paper)
79% identity, 97% coverage: 5:421/430 of query aligns to 3:418/421 of 3itvA

query
sites
3itvA
I
 
I
S
 
A
T
 
Q
S
 
D
V
 
V
L
 
V
D
 
A
A
 
R
E
 
E
N
 
N
A
 
D
S
 
R
R
 
R
R
 
A
D
 
S
A
 
A
L
 
L
T
 
K
R
 
E
D
 
D
Y
 
Y
E
 
E
S
 
A
L
 
L
G
 
G
D
 
A
R
 
N
L
 
L
A
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
I
 
V
D
 
D
I
 
I
D
 
E
A
 
A
V
 
V
K
 
T
A
 
A
K
 
K
V
 
V
A
 
E
A
 
K
Y
 
F
G
 
F
V
 
V
A
 
A
V
 
V
P
 
P
S
 
S
W
|
W
G
 
G
V
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
T
R
 
R
F
 
F
A
 
A
R
 
R
F
 
F
P
 
P
G
 
G
P
 
T
G
 
G
E
 
E
P
 
P
R
 
R
N
 
G
I
 
I
F
 
F
D
 
D
K
 
K
L
 
L
E
 
D
D
 
D
C
 
C
A
 
A
V
 
V
I
 
I
Q
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
T
 
T
R
 
R
A
 
A
T
 
T
P
 
P
A
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
H
 
H
I
 
I
P
 
P
W
 
W
D
 
D
K
 
K
V
 
-
S
 
A
D
 
D
L
 
P
G
 
K
A
 
E
L
 
L
K
 
K
E
 
A
K
 
R
G
 
G
S
 
D
A
 
A
L
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
M
 
M
N
 
N
S
 
S
N
 
N
T
 
T
F
 
F
S
 
S
D
 
D
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
H
 
H
S
 
S
Y
 
Y
K
 
K
F
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
S
 
S
H
 
H
T
 
T
D
 
N
S
 
A
A
 
A
T
 
T
R
 
R
R
 
A
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
E
 
E
H
 
H
N
 
N
L
 
L
E
 
E
C
 
C
V
 
I
E
 
E
I
 
I
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
I
G
 
G
S
 
S
K
 
K
A
 
A
L
 
L
T
 
T
V
 
V
W
|
W
V
 
I
G
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
N
 
N
F
 
F
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
S
 
S
N
 
N
F
 
F
T
 
T
R
 
R
A
 
A
F
 
F
E
 
E
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
S
S
 
A
M
 
M
K
 
A
A
 
E
V
 
I
Y
 
Y
A
 
K
A
 
G
L
 
L
P
 
P
D
 
D
D
 
D
W
 
W
R
 
K
I
 
L
F
 
F
T
 
S
E
|
E
H
 
H
K
|
K
M
 
M
F
 
Y
E
 
E
P
 
P
A
 
A
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
T
 
T
V
 
V
V
 
V
Q
 
Q
D
 
D
W
 
W
G
 
G
T
 
T
N
 
N
Y
 
Y
L
 
L
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
E
 
T
L
 
L
G
 
G
P
 
P
K
 
K
A
 
A
F
 
Q
C
 
C
L
 
L
V
 
V
D
|
D
L
 
L
G
 
G
H
|
H
H
 
H
A
 
A
P
 
P
N
 
N
V
 
T
N
 
N
I
 
I
E
 
E
M
 
M
I
 
I
V
 
V
A
 
A
R
 
R
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
F
 
F
K
 
G
K
 
K
L
 
L
G
 
G
G
 
G
F
 
F
H
|
H
F
 
F
N
 
N
D
 
D
S
 
S
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
D
|
D
D
 
D
D
 
D
L
 
L
D
 
D
T
 
A
G
 
G
S
 
A
I
 
I
D
 
E
P
 
P
Y
 
Y
R
 
R
L
 
L
F
 
F
L
 
L
V
 
V
F
 
F
N
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
V
D
 
D
A
 
A
E
 
E
T
 
A
R
 
R
A
 
G
A
 
V
N
 
K
G
 
G
F
 
F
D
 
H
P
 
P
A
 
A
H
 
H
M
 
M
L
 
I
D
|
D
Q
 
Q
S
x
K
H
 
H
N
 
N
V
 
V
T
 
T
D
 
D
P
 
P
I
 
I
E
 
E
S
 
S
L
 
L
M
 
I
T
 
N
S
 
S
A
 
A
M
 
N
E
 
E
V
 
I
G
 
R
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
I
 
L
V
 
V
D
 
D
R
 
R
K
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
S
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
Q
E
 
E
E
 
D
N
 
N
D
 
D
A
 
A
L
 
L
M
 
M
A
 
A
S
 
T
E
 
E
T
 
T
L
 
L
K
 
K
T
 
R
A
 
A
F
 
Y
R
 
R
T
 
T
D
 
D
V
 
V
E
 
E
P
 
P
I
 
I
L
 
L
A
 
A
T
 
E
A
 
A
R
 
R
L
 
R
E
 
R
N
 
T
D
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
V
A
 
D
P
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
T
Y
 
Y
R
 
R
A
 
A
S
 
S
G
 
G
Y
 
Y
R
 
R
A
 
A
R
 
R
V
 
V
A
 
A
A
 
A
E
 
E
R
 
R
P
 
P
A
 
A

3iuhA Co2+-bound form of pseudomonas stutzeri l-rhamnose isomerase (see paper)
79% identity, 97% coverage: 5:420/430 of query aligns to 3:417/417 of 3iuhA

query
sites
3iuhA
I
 
I
S
 
A
T
 
Q
S
 
D
V
 
V
L
 
V
D
 
A
A
 
R
E
 
E
N
 
N
A
 
D
S
 
R
R
 
R
R
 
A
D
 
S
A
 
A
L
 
L
T
 
K
R
 
E
D
 
D
Y
 
Y
E
 
E
S
 
A
L
 
L
G
 
G
D
 
A
R
 
N
L
 
L
A
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
I
 
V
D
 
D
I
 
I
D
 
E
A
 
A
V
 
V
K
 
T
A
 
A
K
 
K
V
 
V
A
 
E
A
 
K
Y
 
F
G
 
F
V
 
V
A
 
A
V
 
V
P
 
P
S
 
S
W
 
W
G
 
G
V
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
T
R
 
R
F
 
F
A
 
A
R
 
R
F
 
F
P
 
P
G
 
G
P
 
T
G
 
G
E
 
E
P
 
P
R
 
R
N
 
G
I
 
I
F
 
F
D
 
D
K
 
K
L
 
L
E
 
D
D
 
D
C
 
C
A
 
A
V
 
V
I
 
I
Q
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
T
 
T
R
 
R
A
 
A
T
 
T
P
 
P
A
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
H
 
H
I
 
I
P
 
P
W
 
W
D
 
D
K
 
K
V
 
-
S
 
A
D
 
D
L
 
P
G
 
K
A
 
E
L
 
L
K
 
K
E
 
A
K
 
R
G
 
G
S
 
D
A
 
A
L
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
M
 
M
N
 
N
S
 
S
N
 
N
T
 
T
F
 
F
S
 
S
D
 
D
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
H
 
H
S
 
S
Y
 
Y
K
 
K
F
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
S
 
S
H
 
H
T
 
T
D
 
N
S
 
A
A
 
A
T
 
T
R
 
R
R
 
A
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
E
 
E
H
 
H
N
 
N
L
 
L
E
 
E
C
 
C
V
 
I
E
 
E
I
 
I
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
I
G
 
G
S
 
S
K
 
K
A
 
A
L
 
L
T
 
T
V
 
V
W
 
W
V
 
I
G
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
N
 
N
F
 
F
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
S
 
S
N
 
N
F
 
F
T
 
T
R
 
R
A
 
A
F
 
F
E
 
E
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
S
S
 
A
M
 
M
K
 
A
A
 
E
V
 
I
Y
 
Y
A
 
K
A
 
G
L
 
L
P
 
P
D
 
D
D
 
D
W
 
W
R
 
K
I
 
L
F
 
F
T
 
S
E
|
E
H
 
H
K
 
K
M
 
M
F
 
Y
E
 
E
P
 
P
A
 
A
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
T
 
T
V
 
V
V
 
V
Q
 
Q
D
 
D
W
 
W
G
 
G
T
 
T
N
 
N
Y
 
Y
L
 
L
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
E
 
T
L
 
L
G
 
G
P
 
P
K
 
K
A
 
A
F
 
Q
C
 
C
L
 
L
V
 
V
D
|
D
L
 
L
G
 
G
H
|
H
H
 
H
A
 
A
P
 
P
N
 
N
V
 
T
N
 
N
I
 
I
E
 
E
M
 
M
I
 
I
V
 
V
A
 
A
R
 
R
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
F
 
F
K
 
G
K
 
K
L
 
L
G
 
G
G
 
G
F
 
F
H
|
H
F
 
F
N
 
N
D
 
D
S
 
S
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
D
|
D
D
 
D
D
|
D
L
 
L
D
 
D
T
 
A
G
 
G
S
 
A
I
 
I
D
 
E
P
 
P
Y
 
Y
R
 
R
L
 
L
F
 
F
L
 
L
V
 
V
F
 
F
N
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
V
D
 
D
A
 
A
E
 
E
T
 
A
R
 
R
A
 
G
A
 
V
N
 
K
G
 
G
F
 
F
D
 
H
P
 
P
A
 
A
H
 
H
M
 
M
L
 
I
D
|
D
Q
 
Q
S
 
S
H
 
H
N
 
N
V
 
V
T
 
T
D
 
D
P
 
P
I
 
I
E
 
E
S
 
S
L
 
L
M
 
I
T
 
N
S
 
S
A
 
A
M
 
N
E
 
E
V
 
I
G
 
R
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
I
 
L
V
 
V
D
 
D
R
 
R
K
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
S
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
Q
E
 
E
E
 
D
N
 
N
D
 
D
A
 
A
L
 
L
M
 
M
A
 
A
S
 
T
E
 
E
T
 
T
L
 
L
K
 
K
T
 
R
A
 
A
F
 
Y
R
 
R
T
 
T
D
 
D
V
 
V
E
 
E
P
 
P
I
 
I
L
 
L
A
 
A
T
 
E
A
 
A
R
 
R
L
 
R
E
 
R
N
 
T
D
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
V
A
 
D
P
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
T
Y
 
Y
R
 
R
A
 
A
S
 
S
G
 
G
Y
 
Y
R
 
R
A
 
A
R
 
R
V
 
V
A
 
A
A
 
A
E
 
E
R
 
R
P
 
P

4gjjB Crystal structure of pseudomonas stutzeri l-rhamnose isomerase mutant h101n in complex with d-allopyranose (see paper)
79% identity, 97% coverage: 5:421/430 of query aligns to 3:418/421 of 4gjjB

query
sites
4gjjB
I
 
I
S
 
A
T
 
Q
S
 
D
V
 
V
L
 
V
D
 
A
A
 
R
E
 
E
N
 
N
A
 
D
S
 
R
R
 
R
R
 
A
D
 
S
A
 
A
L
 
L
T
 
K
R
 
E
D
 
D
Y
 
Y
E
 
E
S
 
A
L
 
L
G
 
G
D
 
A
R
 
N
L
 
L
A
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
I
 
V
D
 
D
I
 
I
D
 
E
A
 
A
V
 
V
K
 
T
A
 
A
K
 
K
V
 
V
A
 
E
A
 
K
Y
 
F
G
 
F
V
 
V
A
 
A
V
 
V
P
 
P
S
 
S
W
 
W
G
 
G
V
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
T
R
 
R
F
 
F
A
 
A
R
 
R
F
 
F
P
 
P
G
 
G
P
 
T
G
 
G
E
 
E
P
 
P
R
 
R
N
 
G
I
 
I
F
 
F
D
 
D
K
 
K
L
 
L
E
 
D
D
 
D
C
 
C
A
 
A
V
 
V
I
 
I
Q
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
T
 
T
R
 
R
A
 
A
T
 
T
P
 
P
A
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
H
 
N
I
 
I
P
 
P
W
 
W
D
 
D
K
 
K
V
 
-
S
 
A
D
 
D
L
 
P
G
 
K
A
 
E
L
 
L
K
 
K
E
 
A
K
 
R
G
 
G
S
 
D
A
 
A
L
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
M
 
M
N
 
N
S
 
S
N
 
N
T
 
T
F
 
F
S
 
S
D
 
D
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
H
 
H
S
 
S
Y
 
Y
K
 
K
F
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
S
 
S
H
 
H
T
 
T
D
 
N
S
 
A
A
 
A
T
 
T
R
 
R
R
 
A
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
E
 
E
H
 
H
N
 
N
L
 
L
E
 
E
C
 
C
V
 
I
E
 
E
I
 
I
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
I
G
 
G
S
 
S
K
 
K
A
 
A
L
 
L
T
 
T
V
 
V
W
|
W
V
 
I
G
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
N
 
N
F
 
F
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
S
 
S
N
 
N
F
 
F
T
 
T
R
 
R
A
 
A
F
 
F
E
 
E
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
S
S
 
A
M
 
M
K
 
A
A
 
E
V
 
I
Y
 
Y
A
 
K
A
 
G
L
 
L
P
 
P
D
 
D
D
 
D
W
 
W
R
 
K
I
 
L
F
 
F
T
 
S
E
|
E
H
 
H
K
|
K
M
 
M
F
 
Y
E
 
E
P
 
P
A
 
A
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
T
 
T
V
 
V
V
 
V
Q
 
Q
D
 
D
W
 
W
G
 
G
T
 
T
N
 
N
Y
 
Y
L
 
L
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
E
 
T
L
 
L
G
 
G
P
 
P
K
 
K
A
 
A
F
 
Q
C
 
C
L
 
L
V
 
V
D
|
D
L
 
L
G
 
G
H
|
H
H
 
H
A
 
A
P
 
P
N
 
N
V
 
T
N
 
N
I
 
I
E
 
E
M
 
M
I
 
I
V
 
V
A
 
A
R
 
R
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
F
 
F
K
 
G
K
 
K
L
 
L
G
 
G
G
 
G
F
 
F
H
|
H
F
 
F
N
 
N
D
 
D
S
 
S
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
D
|
D
D
 
D
D
|
D
L
 
L
D
 
D
T
 
A
G
 
G
S
 
A
I
 
I
D
 
E
P
 
P
Y
 
Y
R
 
R
L
 
L
F
 
F
L
 
L
V
 
V
F
 
F
N
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
V
D
 
D
A
 
A
E
 
E
T
 
A
R
 
R
A
 
G
A
 
V
N
 
K
G
 
G
F
 
F
D
 
H
P
 
P
A
 
A
H
 
H
M
 
M
L
 
I
D
|
D
Q
 
Q
S
 
S
H
 
H
N
 
N
V
 
V
T
 
T
D
 
D
P
 
P
I
 
I
E
 
E
S
 
S
L
 
L
M
 
I
T
 
N
S
 
S
A
 
A
M
 
N
E
 
E
V
 
I
G
 
R
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
I
 
L
V
 
V
D
 
D
R
 
R
K
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
S
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
Q
E
 
E
E
 
D
N
 
N
D
 
D
A
 
A
L
 
L
M
 
M
A
 
A
S
 
T
E
 
E
T
 
T
L
 
L
K
 
K
T
 
R
A
 
A
F
 
Y
R
 
R
T
 
T
D
 
D
V
 
V
E
 
E
P
 
P
I
 
I
L
 
L
A
 
A
T
 
E
A
 
A
R
 
R
L
 
R
E
 
R
N
 
T
D
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
V
A
 
D
P
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
T
Y
 
Y
R
 
R
A
 
A
S
 
S
G
 
G
Y
 
Y
R
 
R
A
 
A
R
 
R
V
 
V
A
 
A
A
 
A
E
 
E
R
 
R
P
 
P
A
 
A

4gjiB Crystal structure of pseudomonas stutzeri l-rhamnose isomerase mutant h101n in complex with l-rhamnopyranose (see paper)
79% identity, 97% coverage: 5:421/430 of query aligns to 3:418/421 of 4gjiB

query
sites
4gjiB
I
 
I
S
 
A
T
 
Q
S
 
D
V
 
V
L
 
V
D
 
A
A
 
R
E
 
E
N
 
N
A
 
D
S
 
R
R
 
R
R
 
A
D
 
S
A
 
A
L
 
L
T
 
K
R
 
E
D
 
D
Y
 
Y
E
 
E
S
 
A
L
 
L
G
 
G
D
 
A
R
 
N
L
 
L
A
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
I
 
V
D
 
D
I
 
I
D
 
E
A
 
A
V
 
V
K
 
T
A
 
A
K
 
K
V
 
V
A
 
E
A
 
K
Y
 
F
G
 
F
V
 
V
A
 
A
V
 
V
P
 
P
S
 
S
W
|
W
G
 
G
V
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
T
R
 
R
F
 
F
A
 
A
R
 
R
F
 
F
P
 
P
G
 
G
P
 
T
G
 
G
E
 
E
P
 
P
R
 
R
N
 
G
I
 
I
F
 
F
D
 
D
K
 
K
L
 
L
E
x
D
D
 
D
C
 
C
A
 
A
V
 
V
I
 
I
Q
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
T
 
T
R
 
R
A
 
A
T
 
T
P
 
P
A
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
H
 
N
I
 
I
P
 
P
W
 
W
D
 
D
K
 
K
V
 
-
S
 
A
D
 
D
L
 
P
G
 
K
A
 
E
L
 
L
K
 
K
E
 
A
K
 
R
G
 
G
S
 
D
A
 
A
L
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
M
 
M
N
 
N
S
 
S
N
 
N
T
 
T
F
 
F
S
 
S
D
 
D
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
H
 
H
S
 
S
Y
 
Y
K
 
K
F
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
S
 
S
H
 
H
T
 
T
D
 
N
S
 
A
A
 
A
T
 
T
R
 
R
R
 
A
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
E
 
E
H
 
H
N
 
N
L
 
L
E
 
E
C
 
C
V
 
I
E
 
E
I
 
I
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
I
G
 
G
S
 
S
K
 
K
A
 
A
L
 
L
T
 
T
V
 
V
W
|
W
V
 
I
G
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
N
 
N
F
 
F
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
S
 
S
N
 
N
F
 
F
T
 
T
R
 
R
A
 
A
F
 
F
E
 
E
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
S
S
 
A
M
 
M
K
 
A
A
 
E
V
 
I
Y
 
Y
A
 
K
A
 
G
L
 
L
P
 
P
D
 
D
D
 
D
W
 
W
R
 
K
I
 
L
F
 
F
T
 
S
E
|
E
H
 
H
K
|
K
M
 
M
F
 
Y
E
 
E
P
 
P
A
 
A
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
T
 
T
V
 
V
V
 
V
Q
 
Q
D
 
D
W
 
W
G
 
G
T
 
T
N
 
N
Y
 
Y
L
 
L
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
E
 
T
L
 
L
G
 
G
P
 
P
K
 
K
A
 
A
F
 
Q
C
 
C
L
 
L
V
 
V
D
|
D
L
 
L
G
 
G
H
|
H
H
 
H
A
 
A
P
 
P
N
 
N
V
 
T
N
 
N
I
 
I
E
 
E
M
 
M
I
 
I
V
 
V
A
 
A
R
 
R
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
F
 
F
K
 
G
K
 
K
L
 
L
G
 
G
G
 
G
F
 
F
H
|
H
F
 
F
N
 
N
D
 
D
S
 
S
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
D
|
D
D
 
D
D
 
D
L
 
L
D
 
D
T
 
A
G
 
G
S
 
A
I
 
I
D
 
E
P
 
P
Y
 
Y
R
 
R
L
 
L
F
 
F
L
 
L
V
 
V
F
 
F
N
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
V
D
 
D
A
 
A
E
 
E
T
 
A
R
 
R
A
 
G
A
 
V
N
 
K
G
 
G
F
 
F
D
 
H
P
 
P
A
 
A
H
 
H
M
 
M
L
 
I
D
|
D
Q
 
Q
S
|
S
H
 
H
N
 
N
V
 
V
T
 
T
D
 
D
P
 
P
I
 
I
E
 
E
S
 
S
L
 
L
M
 
I
T
 
N
S
 
S
A
 
A
M
 
N
E
 
E
V
 
I
G
 
R
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
I
 
L
V
 
V
D
 
D
R
 
R
K
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
S
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
Q
E
 
E
E
 
D
N
 
N
D
 
D
A
 
A
L
 
L
M
 
M
A
 
A
S
 
T
E
 
E
T
 
T
L
 
L
K
 
K
T
 
R
A
 
A
F
 
Y
R
 
R
T
 
T
D
 
D
V
 
V
E
 
E
P
 
P
I
 
I
L
 
L
A
 
A
T
 
E
A
 
A
R
 
R
L
 
R
E
 
R
N
 
T
D
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
V
A
 
D
P
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
T
Y
 
Y
R
 
R
A
 
A
S
 
S
G
 
G
Y
 
Y
R
 
R
A
 
A
R
|
R
V
 
V
A
 
A
A
 
A
E
|
E
R
 
R
P
 
P
A
 
A

Sites not aligning to the query:

3m0vC Crystal structure of pseudomonas stutzeri l-rhamnose isomerase mutant s329l in complex with l-rhamnose (see paper)
79% identity, 97% coverage: 5:421/430 of query aligns to 4:419/433 of 3m0vC

query
sites
3m0vC
I
 
I
S
 
A
T
 
Q
S
 
D
V
 
V
L
 
V
D
 
A
A
 
R
E
 
E
N
 
N
A
 
D
S
 
R
R
 
R
R
 
A
D
 
S
A
 
A
L
 
L
T
 
K
R
 
E
D
 
D
Y
 
Y
E
 
E
S
 
A
L
 
L
G
 
G
D
 
A
R
 
N
L
 
L
A
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
I
 
V
D
 
D
I
 
I
D
 
E
A
 
A
V
 
V
K
 
T
A
 
A
K
 
K
V
 
V
A
 
E
A
 
K
Y
 
F
G
 
F
V
 
V
A
 
A
V
 
V
P
 
P
S
 
S
W
|
W
G
 
G
V
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
T
R
 
R
F
 
F
A
 
A
R
 
R
F
 
F
P
 
P
G
 
G
P
 
T
G
 
G
E
 
E
P
 
P
R
 
R
N
 
G
I
 
I
F
 
F
D
 
D
K
 
K
L
 
L
E
 
D
D
 
D
C
 
C
A
 
A
V
 
V
I
 
I
Q
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
T
 
T
R
 
R
A
 
A
T
 
T
P
 
P
A
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
H
|
H
I
 
I
P
 
P
W
 
W
D
 
D
K
 
K
V
 
-
S
 
A
D
 
D
L
 
P
G
 
K
A
 
E
L
 
L
K
 
K
E
 
A
K
 
R
G
 
G
S
 
D
A
 
A
L
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
M
 
M
N
 
N
S
 
S
N
 
N
T
 
T
F
 
F
S
 
S
D
 
D
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
H
 
H
S
 
S
Y
 
Y
K
 
K
F
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
S
 
S
H
 
H
T
 
T
D
 
N
S
 
A
A
 
A
T
 
T
R
 
R
R
 
A
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
E
 
E
H
 
H
N
 
N
L
 
L
E
 
E
C
 
C
V
 
I
E
 
E
I
 
I
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
I
G
 
G
S
 
S
K
 
K
A
 
A
L
 
L
T
 
T
V
 
V
W
|
W
V
 
I
G
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
N
 
N
F
 
F
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
S
 
S
N
 
N
F
 
F
T
 
T
R
 
R
A
 
A
F
 
F
E
 
E
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
S
S
 
A
M
 
M
K
 
A
A
 
E
V
 
I
Y
 
Y
A
 
K
A
 
G
L
 
L
P
 
P
D
 
D
D
 
D
W
 
W
R
 
K
I
 
L
F
 
F
T
 
S
E
|
E
H
 
H
K
|
K
M
 
M
F
 
Y
E
 
E
P
 
P
A
 
A
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
T
 
T
V
 
V
V
 
V
Q
 
Q
D
 
D
W
 
W
G
 
G
T
 
T
N
 
N
Y
 
Y
L
 
L
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
E
 
T
L
 
L
G
 
G
P
 
P
K
 
K
A
 
A
F
 
Q
C
 
C
L
 
L
V
 
V
D
|
D
L
 
L
G
 
G
H
|
H
H
 
H
A
 
A
P
 
P
N
 
N
V
 
T
N
 
N
I
 
I
E
 
E
M
 
M
I
 
I
V
 
V
A
 
A
R
 
R
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
F
 
F
K
 
G
K
 
K
L
 
L
G
 
G
G
 
G
F
 
F
H
|
H
F
 
F
N
 
N
D
 
D
S
 
S
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
D
|
D
D
 
D
D
 
D
L
 
L
D
 
D
T
 
A
G
 
G
S
 
A
I
 
I
D
 
E
P
 
P
Y
 
Y
R
 
R
L
 
L
F
 
F
L
 
L
V
 
V
F
 
F
N
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
V
D
 
D
A
 
A
E
 
E
T
 
A
R
 
R
A
 
G
A
 
V
N
 
K
G
 
G
F
 
F
D
 
H
P
 
P
A
 
A
H
 
H
M
 
M
L
 
I
D
|
D
Q
 
Q
S
 
L
H
 
H
N
 
N
V
 
V
T
 
T
D
 
D
P
 
P
I
 
I
E
 
E
S
 
S
L
 
L
M
 
I
T
 
N
S
 
S
A
 
A
M
 
N
E
 
E
V
 
I
G
 
R
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
I
 
L
V
 
V
D
 
D
R
 
R
K
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
S
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
Q
E
 
E
E
 
D
N
 
N
D
 
D
A
 
A
L
 
L
M
 
M
A
 
A
S
 
T
E
 
E
T
 
T
L
 
L
K
 
K
T
 
R
A
 
A
F
 
Y
R
 
R
T
 
T
D
 
D
V
 
V
E
 
E
P
 
P
I
 
I
L
 
L
A
 
A
T
 
E
A
 
A
R
 
R
L
 
R
E
 
R
N
 
T
D
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
V
A
 
D
P
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
T
Y
 
Y
R
 
R
A
 
A
S
 
S
G
 
G
Y
 
Y
R
 
R
A
 
A
R
 
R
V
 
V
A
 
A
A
 
A
E
 
E
R
 
R
P
 
P
A
 
A

3ktcA Crystal structure of putative sugar isomerase (yp_050048.1) from erwinia carotovora atroseptica scri1043 at 1.54 a resolution
25% identity, 57% coverage: 139:385/430 of query aligns to 85:327/330 of 3ktcA

query
sites
3ktcA
H
 
Q
S
 
K
Y
 
W
K
 
S
F
 
R
G
 
G
S
 
A
L
 
F
S
 
T
H
 
N
T
 
P
D
 
D
S
 
P
A
 
A
T
 
A
R
 
R
R
 
A
Q
 
A
A
 
A
I
 
F
E
 
E
H
 
L
N
 
M
L
 
H
E
 
E
C
 
S
V
 
A
E
 
G
I
 
I
G
 
V
K
 
R
A
 
E
L
 
L
G
 
G
S
 
A
K
 
N
A
 
Y
L
 
V
T
 
K
V
 
V
W
 
W
V
 
P
G
 
G
-
 
Q
D
 
D
G
 
G
S
 
W
N
 
D
F
 
Y
P
 
P
G
 
F
Q
 
Q
S
 
V
N
 
S
F
 
H
T
 
K
R
 
N
A
 
L
F
 
W
E
 
K
R
 
L
Y
 
A
L
 
V
D
 
D
S
 
G
M
 
M
K
 
R
A
 
D
V
 
L
Y
 
A
A
 
G
A
 
A
L
 
N
P
 
P
D
 
D
D
 
V
W
 
-
R
 
K
I
 
F
F
 
A
T
 
I
E
|
E
H
 
Y
K
|
K
M
 
P
F
 
R
E
 
E
P
 
P
A
 
R
F
 
V
Y
 
K
S
 
M
T
 
T
V
 
-
V
 
-
Q
 
-
D
 
-
W
 
W
G
 
D
T
 
S
-
 
A
-
 
A
-
 
R
N
 
T
Y
 
L
L
 
L
I
 
G
A
 
I
Q
 
E
E
 
D
L
 
I
G
 
G
-
 
L
P
 
D
K
 
N
A
 
V
F
 
G
C
 
V
L
 
L
V
 
L
D
|
D
L
 
F
G
 
G
H
|
H
-
 
A
-
 
L
-
 
Y
-
 
G
-
 
G
H
 
E
A
 
S
P
 
P
N
 
A
V
 
D
N
 
S
I
 
A
E
 
Q
M
 
L
I
 
I
V
 
I
A
 
D
R
 
R
L
 
-
I
 
-
Q
 
-
F
 
-
K
 
G
K
 
R
L
 
L
G
 
F
G
 
G
F
 
M
H
x
D
F
 
V
N
 
N
D
 
D
S
 
N
K
 
L
Y
 
R
G
 
G
-
 
W
D
|
D
D
 
D
D
|
D
L
 
L
D
 
V
T
 
V
G
 
G
S
 
T
I
 
V
D
 
H
P
 
M
Y
 
T
R
 
E
L
 
I
F
 
F
L
 
E
V
 
F
F
 
F
N
 
Y
E
 
V
L
 
L
V
 
-
D
 
-
A
 
-
E
 
-
T
 
-
R
 
-
A
 
K
A
 
I
N
 
N
G
 
N
F
 
W
D
 
Q
P
 
G
A
 
V
H
 
W
M
 
Q
L
 
L
D
|
D
Q
 
Q
S
 
F
H
 
P
N
 
F
V
 
R
T
 
E
D
 
N
P
 
H
I
 
V
E
 
E
S
 
A
L
 
A
M
 
Q
T
 
L
S
 
S
A
 
I
M
 
R
E
 
F
V
 
L
G
 
K
R
 
H
A
 
I
Y
 
Y
A
 
R
Q
 
A
A
 
L
L
 
D
I
 
K
V
 
L
D
 
D
R
 
I
K
 
P
A
 
A
L
 
L
A
 
Q
G
 
A
Y
 
A
Q
 
Q
E
 
E
E
 
A
N
 
Q
D
 
N
A
 
P
L
 
L
M
 
Q
A
 
A
S
 
Q
E
 
R
T
 
I
L
 
V
K
 
Q
T
 
D
A
 
A
F
 
L
R
 
L
T
 
S
D
 
S
V
 
I

1ximA Arginine residues as stabilizing elements in proteins (see paper)
28% identity, 56% coverage: 141:379/430 of query aligns to 97:343/392 of 1ximA

query
sites
1ximA
Y
 
F
K
 
K
F
 
D
G
 
G
S
 
G
L
 
F
S
 
T
H
 
S
T
 
N
D
 
D
S
 
R
A
 
S
T
 
V
R
 
R
R
 
R
Q
 
Y
A
 
A
I
 
I
E
 
R
H
 
K
N
 
V
L
 
L
E
 
R
C
 
Q
V
 
M
E
 
D
I
 
L
G
 
G
K
 
A
A
 
E
L
 
L
G
 
G
S
 
A
K
 
K
A
 
T
L
 
L
T
 
V
V
 
L
W
|
W
V
 
G
G
 
G
-
 
R
D
 
E
G
 
G
S
 
A
N
 
E
F
 
Y
P
 
D
G
 
S
Q
 
A
S
 
K
N
 
D
F
 
V
T
 
S
R
 
A
A
 
A
F
 
L
E
 
D
R
 
R
Y
 
Y
L
 
R
D
 
E
S
 
A
M
 
L
K
 
N
A
 
-
V
 
L
Y
 
L
A
 
A
A
 
Q
L
 
Y
P
 
S
D
 
E
D
 
D
-
 
R
-
 
G
-
 
Y
-
 
G
W
 
L
R
 
R
I
 
F
F
 
A
T
 
I
E
|
E
H
 
P
K
|
K
M
 
P
F
 
N
E
 
E
P
 
P
A
 
R
F
 
-
Y
 
G
S
 
D
T
 
I
V
 
L
V
 
L
Q
 
P
D
 
T
W
 
A
G
 
G
T
 
H
N
 
A
Y
 
I
L
 
A
I
 
F
A
 
V
Q
 
Q
E
 
E
L
 
L
G
 
E
-
 
R
P
 
P
K
 
E
A
 
L
F
 
F
C
 
G
L
 
I
-
 
N
V
 
P
D
x
E
L
 
T
G
 
G
H
|
H
-
 
E
H
 
Q
A
 
M
P
 
S
N
 
N
V
 
L
N
 
N
I
 
F
E
 
T
M
 
Q
I
 
G
V
 
I
A
 
A
R
 
Q
L
 
A
I
 
L
Q
 
W
F
 
H
K
 
K
K
 
K
L
 
L
G
 
-
G
 
-
F
 
F
H
 
H
F
 
I
N
x
D
-
 
L
D
 
N
S
 
G
K
 
Q
Y
 
H
G
 
G
-
 
P
-
 
K
-
 
F
D
|
D
D
 
Q
D
|
D
L
 
L
D
 
V
T
 
F
G
 
G
S
 
H
I
 
G
D
 
D
P
 
L
Y
 
L
R
 
N
L
 
A
F
 
F
L
 
S
V
 
L
F
 
V
N
 
D
E
 
-
L
 
L
V
 
L
D
 
E
A
 
N
E
 
G
T
 
P
R
 
D
A
 
G
A
 
A
N
 
P
G
 
A
F
 
Y
D
 
D
P
 
G
A
 
P
H
 
R
M
 
H
L
 
F
D
|
D
Q
 
Y
S
 
K
H
 
P
N
 
S
V
 
R
T
 
T
D
 
E
P
 
D
I
 
Y
E
 
D
S
 
G
L
 
V
M
 
W
T
 
E
S
 
S
A
 
A
M
 
K
E
 
A
V
 
N
G
 
I
R
 
R
A
 
M
Y
 
Y
A
 
-
Q
 
-
A
 
L
L
 
L
I
 
L
V
 
K
D
 
E
R
 
R
-
 
A
K
 
K
A
 
A
L
 
F
A
 
R
G
 
A
Y
 
D
Q
 
P
E
 
E
E
 
V
N
 
Q
D
 
E
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
S
 
S
E
 
K
T
 
V
-
 
A
-
 
E
L
 
L
K
 
K
T
 
T

Sites not aligning to the query:

2xinA Protein engineering of xylose (glucose) isomerase from actinoplanes missouriensis. 1. Crystallography and site-directed mutagenesis of metal binding sites (see paper)
28% identity, 56% coverage: 141:379/430 of query aligns to 97:343/392 of 2xinA

query
sites
2xinA
Y
 
F
K
 
K
F
 
D
G
 
G
S
 
G
L
 
F
S
 
T
H
 
S
T
 
N
D
 
D
S
 
R
A
 
S
T
 
V
R
 
R
R
 
R
Q
 
Y
A
 
A
I
 
I
E
 
R
H
 
K
N
 
V
L
 
L
E
 
R
C
 
Q
V
 
M
E
 
D
I
 
L
G
 
G
K
 
A
A
 
E
L
 
L
G
 
G
S
 
A
K
 
K
A
 
T
L
 
L
T
x
V
V
 
L
W
|
W
V
 
G
G
 
G
-
 
R
D
 
E
G
 
G
S
 
A
N
 
E
F
 
Y
P
 
D
G
 
S
Q
 
A
S
 
K
N
 
D
F
 
V
T
 
S
R
 
A
A
 
A
F
 
L
E
 
D
R
 
R
Y
 
Y
L
 
R
D
 
E
S
 
A
M
 
L
K
 
N
A
 
-
V
 
L
Y
 
L
A
 
A
A
 
Q
L
 
Y
P
 
S
D
 
E
D
 
D
-
 
R
-
 
G
-
 
Y
-
 
G
W
 
L
R
 
R
I
 
F
F
 
A
T
 
I
E
|
E
H
 
P
K
|
K
M
 
P
F
 
N
E
 
E
P
 
P
A
 
R
F
 
-
Y
 
G
S
 
D
T
 
I
V
 
L
V
 
L
Q
 
P
D
 
T
W
 
A
G
 
G
T
 
H
N
 
A
Y
 
I
L
 
A
I
 
F
A
 
V
Q
 
Q
E
 
E
L
 
L
G
 
E
-
 
R
P
 
P
K
 
E
A
 
L
F
 
F
C
 
G
L
 
I
-
 
N
V
 
P
D
x
E
L
 
T
G
 
G
H
|
H
-
 
E
H
 
Q
A
 
M
P
 
S
N
 
N
V
 
L
N
 
N
I
 
F
E
 
T
M
 
Q
I
 
G
V
 
I
A
 
A
R
 
Q
L
 
A
I
 
L
Q
 
W
F
 
H
K
 
K
K
 
K
L
 
L
G
 
-
G
 
-
F
 
F
H
 
H
F
 
I
N
x
D
-
 
L
D
 
N
S
 
G
K
 
Q
Y
 
H
G
 
G
-
 
P
-
 
K
-
 
F
D
|
D
D
 
Q
D
|
D
L
 
L
D
 
V
T
 
F
G
 
G
S
 
H
I
 
G
D
 
D
P
 
L
Y
 
L
R
 
N
L
 
A
F
 
F
L
 
S
V
 
L
F
 
V
N
 
D
E
 
-
L
 
L
V
 
L
D
 
E
A
 
N
E
 
G
T
 
P
R
 
D
A
 
G
A
 
A
N
 
P
G
 
A
F
 
Y
D
 
D
P
 
G
A
 
P
H
 
R
M
 
N
L
 
F
D
|
D
Q
 
Y
S
 
K
H
 
P
N
 
S
V
 
R
T
 
T
D
 
E
P
 
D
I
 
Y
E
 
D
S
 
G
L
 
V
M
 
W
T
 
E
S
 
S
A
 
A
M
 
K
E
 
A
V
 
N
G
 
I
R
 
R
A
 
M
Y
 
Y
A
 
-
Q
 
-
A
 
L
L
 
L
I
 
L
V
 
K
D
 
E
R
 
R
-
 
A
K
 
K
A
 
A
L
 
F
A
 
R
G
 
A
Y
 
D
Q
 
P
E
 
E
E
 
V
N
 
Q
D
 
E
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
S
 
S
E
 
K
T
 
V
-
 
A
-
 
E
L
 
L
K
 
K
T
 
T

Sites not aligning to the query:

9ximA Protein engineering of xylose (glucose) isomerase from actinoplanes missouriensis. 1. Crystallography and site-directed mutagenesis of metal binding sites (see paper)
27% identity, 56% coverage: 141:379/430 of query aligns to 97:343/392 of 9ximA

query
sites
9ximA
Y
 
F
K
 
K
F
 
D
G
 
G
S
 
G
L
 
F
S
 
T
H
 
S
T
 
N
D
 
D
S
 
R
A
 
S
T
 
V
R
 
R
R
 
R
Q
 
Y
A
 
A
I
 
I
E
 
R
H
 
K
N
 
V
L
 
L
E
 
R
C
 
Q
V
 
M
E
 
D
I
 
L
G
 
G
K
 
A
A
 
E
L
 
L
G
 
G
S
 
A
K
 
K
A
 
T
L
 
L
T
 
V
V
 
L
W
|
W
V
 
G
G
 
G
-
 
R
D
 
E
G
 
G
S
 
A
N
 
E
F
 
Y
P
 
D
G
 
S
Q
 
A
S
 
K
N
 
D
F
 
V
T
 
S
R
 
A
A
 
A
F
 
L
E
 
D
R
 
R
Y
 
Y
L
 
R
D
 
E
S
 
A
M
 
L
K
 
N
A
 
-
V
 
L
Y
 
L
A
 
A
A
 
Q
L
 
Y
P
 
S
D
 
E
D
 
D
-
 
R
-
 
G
-
 
Y
-
 
G
W
 
L
R
 
R
I
 
F
F
 
A
T
 
I
E
|
E
H
 
P
K
|
K
M
 
P
F
 
N
E
 
Q
P
 
P
A
 
R
F
 
-
Y
 
G
S
 
D
T
 
I
V
 
L
V
 
L
Q
 
P
D
 
T
W
 
A
G
 
G
T
 
H
N
 
A
Y
 
I
L
 
A
I
 
F
A
 
V
Q
 
Q
E
 
E
L
 
L
G
 
E
-
 
R
P
 
P
K
 
E
A
 
L
F
 
F
C
 
G
L
 
I
-
 
N
V
 
P
D
x
E
L
 
T
G
 
G
H
|
H
-
 
E
H
 
Q
A
 
M
P
 
S
N
 
N
V
 
L
N
 
N
I
 
F
E
 
T
M
 
Q
I
 
G
V
 
I
A
 
A
R
 
Q
L
 
A
I
 
L
Q
 
W
F
 
H
K
 
K
K
 
K
L
 
L
G
 
-
G
 
-
F
 
F
H
 
H
F
 
I
N
x
D
-
 
L
D
 
N
S
 
G
K
 
Q
Y
 
H
G
 
G
-
 
P
-
 
K
-
 
F
D
|
D
D
 
Q
D
|
D
L
 
L
D
 
V
T
 
F
G
 
G
S
 
H
I
 
G
D
 
D
P
 
L
Y
 
L
R
 
N
L
 
A
F
 
F
L
 
S
V
 
L
F
 
V
N
 
D
E
 
-
L
 
L
V
 
L
D
 
E
A
 
N
E
 
G
T
 
P
R
 
D
A
 
G
A
 
A
N
 
P
G
 
A
F
 
Y
D
 
D
P
 
G
A
 
P
H
 
R
M
 
H
L
 
F
D
|
D
Q
 
Y
S
 
K
H
 
P
N
 
S
V
 
R
T
 
T
D
 
E
P
 
D
I
 
Y
E
 
D
S
 
G
L
 
V
M
 
W
T
 
E
S
 
S
A
 
A
M
 
K
E
 
A
V
 
N
G
 
I
R
 
R
A
 
M
Y
 
Y
A
 
-
Q
 
-
A
 
L
L
 
L
I
 
L
V
 
K
D
 
E
R
 
R
-
 
A
K
 
K
A
 
A
L
 
F
A
 
R
G
 
A
Y
 
D
Q
 
P
E
 
E
E
 
V
N
 
Q
D
 
E
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
S
 
S
E
 
K
T
 
V
-
 
A
-
 
E
L
 
L
K
 
K
T
 
T

Sites not aligning to the query:

1xinA Protein engineering of xylose (glucose) isomerase from actinoplanes missouriensis. 1. Crystallography and site-directed mutagenesis of metal binding sites (see paper)
27% identity, 56% coverage: 141:379/430 of query aligns to 97:343/392 of 1xinA

query
sites
1xinA
Y
 
F
K
 
K
F
 
D
G
 
G
S
 
G
L
 
F
S
 
T
H
 
S
T
 
N
D
 
D
S
 
R
A
 
S
T
 
V
R
 
R
R
 
R
Q
 
Y
A
 
A
I
 
I
E
 
R
H
 
K
N
 
V
L
 
L
E
 
R
C
 
Q
V
 
M
E
 
D
I
 
L
G
 
G
K
 
A
A
 
E
L
 
L
G
 
G
S
 
A
K
 
K
A
 
T
L
 
L
T
 
V
V
 
L
W
|
W
V
 
G
G
 
G
-
 
R
D
 
E
G
 
G
S
 
A
N
 
E
F
 
Y
P
 
D
G
 
S
Q
 
A
S
 
K
N
 
D
F
 
V
T
 
S
R
 
A
A
 
A
F
 
L
E
 
D
R
 
R
Y
 
Y
L
 
R
D
 
E
S
 
A
M
 
L
K
 
N
A
 
-
V
 
L
Y
 
L
A
 
A
A
 
Q
L
 
Y
P
 
S
D
 
E
D
 
D
-
 
R
-
 
G
-
 
Y
-
 
G
W
 
L
R
 
R
I
 
F
F
 
A
T
 
I
E
|
E
H
 
P
K
|
K
M
 
P
F
 
N
E
 
E
P
 
P
A
 
R
F
 
-
Y
 
G
S
 
D
T
 
I
V
 
L
V
 
L
Q
 
P
D
 
T
W
 
A
G
 
G
T
 
H
N
 
A
Y
 
I
L
 
A
I
 
F
A
 
V
Q
 
Q
E
 
E
L
 
L
G
 
E
-
 
R
P
 
P
K
 
E
A
 
L
F
 
F
C
 
G
L
 
I
-
 
N
V
 
P
D
x
E
L
 
T
G
 
G
H
x
N
-
 
E
H
 
Q
A
 
M
P
 
S
N
 
N
V
 
L
N
 
N
I
 
F
E
 
T
M
 
Q
I
 
G
V
 
I
A
 
A
R
 
Q
L
 
A
I
 
L
Q
 
W
F
 
H
K
 
K
K
 
K
L
 
L
G
 
-
G
 
-
F
 
F
H
 
H
F
 
I
N
x
D
-
 
L
D
 
N
S
 
G
K
 
Q
Y
 
H
G
 
G
-
 
P
-
 
K
-
 
F
D
|
D
D
 
Q
D
|
D
L
 
L
D
 
V
T
 
F
G
 
G
S
 
H
I
 
G
D
 
D
P
 
L
Y
 
L
R
 
N
L
 
A
F
 
F
L
 
S
V
 
L
F
 
V
N
 
D
E
 
-
L
 
L
V
 
L
D
 
E
A
 
N
E
 
G
T
 
P
R
 
D
A
 
G
A
 
A
N
 
P
G
 
A
F
 
Y
D
 
D
P
 
G
A
 
P
H
 
R
M
 
H
L
 
F
D
|
D
Q
 
Y
S
 
K
H
 
P
N
 
S
V
 
R
T
 
T
D
 
E
P
 
D
I
 
Y
E
 
D
S
 
G
L
 
V
M
 
W
T
 
E
S
 
S
A
 
A
M
 
K
E
 
A
V
 
N
G
 
I
R
 
R
A
 
M
Y
 
Y
A
 
-
Q
 
-
A
 
L
L
 
L
I
 
L
V
 
K
D
 
E
R
 
R
-
 
A
K
 
K
A
 
A
L
 
F
A
 
R
G
 
A
Y
 
D
Q
 
P
E
 
E
E
 
V
N
 
Q
D
 
E
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
S
 
S
E
 
K
T
 
V
-
 
A
-
 
E
L
 
L
K
 
K
T
 
T

Sites not aligning to the query:

5xinA Protein engineering of xylose (glucose) isomerase from actinoplanes missouriensis. 1. Crystallography and site-directed mutagenesis of metal binding sites (see paper)
27% identity, 56% coverage: 141:379/430 of query aligns to 97:343/392 of 5xinA

query
sites
5xinA
Y
 
F
K
 
K
F
 
D
G
 
G
S
 
G
L
 
F
S
 
T
H
 
S
T
 
N
D
 
D
S
 
R
A
 
S
T
 
V
R
 
R
R
 
R
Q
 
Y
A
 
A
I
 
I
E
 
R
H
 
K
N
 
V
L
 
L
E
 
R
C
 
Q
V
 
M
E
 
D
I
 
L
G
 
G
K
 
A
A
 
E
L
 
L
G
 
G
S
 
A
K
 
K
A
 
T
L
 
L
T
 
V
V
 
L
W
|
W
V
 
G
G
 
G
-
 
R
D
 
E
G
 
G
S
 
A
N
 
E
F
 
Y
P
 
D
G
 
S
Q
 
A
S
 
K
N
 
D
F
 
V
T
 
S
R
 
A
A
 
A
F
 
L
E
 
D
R
 
R
Y
 
Y
L
 
R
D
 
E
S
 
A
M
 
L
K
 
N
A
 
-
V
 
L
Y
 
L
A
 
A
A
 
Q
L
 
Y
P
 
S
D
 
E
D
 
D
-
 
R
-
 
G
-
 
Y
-
 
G
W
 
L
R
 
R
I
 
F
F
 
A
T
 
I
E
|
E
H
 
P
K
|
K
M
 
P
F
 
N
E
 
E
P
 
P
A
 
R
F
 
-
Y
 
G
S
 
D
T
 
I
V
 
L
V
 
L
Q
 
P
D
 
T
W
 
A
G
 
G
T
 
H
N
 
A
Y
 
I
L
 
A
I
 
F
A
 
V
Q
 
Q
E
 
E
L
 
L
G
 
E
-
 
R
P
 
P
K
 
E
A
 
L
F
 
F
C
 
G
L
 
I
-
 
N
V
 
P
D
x
E
L
 
T
G
 
G
H
|
H
-
 
E
H
 
Q
A
 
M
P
 
S
N
 
N
V
 
L
N
 
N
I
 
F
E
 
T
M
 
Q
I
 
G
V
 
I
A
 
A
R
 
Q
L
 
A
I
 
L
Q
 
W
F
 
H
K
 
K
K
 
K
L
 
L
G
 
-
G
 
-
F
 
F
H
 
H
F
 
I
N
x
D
-
 
L
D
 
N
S
 
G
K
 
Q
Y
 
H
G
 
G
D
 
P
-
 
K
-
 
F
-
x
A
D
 
Q
D
|
D
L
 
L
D
 
V
T
 
F
G
 
G
S
 
H
I
 
G
D
 
D
P
 
L
Y
 
L
R
 
N
L
 
A
F
 
F
L
 
S
V
 
L
F
 
V
N
 
D
E
 
-
L
 
L
V
 
L
D
 
E
A
 
N
E
 
G
T
 
P
R
 
D
A
 
G
A
 
A
N
 
P
G
 
A
F
 
Y
D
 
D
P
 
G
A
 
P
H
 
R
M
 
H
L
 
F
D
|
D
Q
 
Y
S
 
K
H
 
P
N
 
S
V
 
R
T
 
T
D
 
E
P
 
D
I
 
Y
E
 
D
S
 
G
L
 
V
M
 
W
T
 
E
S
 
S
A
 
A
M
 
K
E
 
A
V
 
N
G
 
I
R
 
R
A
 
M
Y
 
Y
A
 
-
Q
 
-
A
 
L
L
 
L
I
 
L
V
 
K
D
 
E
R
 
R
-
 
A
K
 
K
A
 
A
L
 
F
A
 
R
G
 
A
Y
 
D
Q
 
P
E
 
E
E
 
V
N
 
Q
D
 
E
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
S
 
S
E
 
K
T
 
V
-
 
A
-
 
E
L
 
L
K
 
K
T
 
T

Sites not aligning to the query:

3uvaC Crystal structure of l-rhamnose isomerase mutant w38f from bacillus halodurans in complex with mn (see paper)
25% identity, 59% coverage: 115:369/430 of query aligns to 110:355/405 of 3uvaC

query
sites
3uvaC
K
 
K
G
 
R
S
 
H
A
 
G
L
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
D
F
 
F
D
 
-
A
 
-
M
 
-
N
 
N
S
 
P
N
 
T
T
 
L
F
 
F
S
 
S
D
 
H
A
 
E
P
 
K
G
 
A
Q
 
K
A
 
D
H
 
G
S
 
L
Y
 
-
K
 
-
F
 
-
G
 
-
S
 
T
L
 
L
S
 
A
H
 
H
T
 
P
D
 
D
S
 
Q
A
 
A
T
 
I
R
 
R
R
 
Q
Q
 
F
A
 
W
I
 
I
E
 
D
H
 
H
N
 
C
L
 
I
E
 
A
C
 
S
V
 
R
E
 
K
I
 
I
G
 
G
K
 
E
A
 
Y
L
 
F
G
 
G
S
 
K
K
 
E
A
 
L
L
 
E
T
 
T
-
 
P
-
 
C
-
 
L
-
 
T
-
 
N
V
 
I
W
|
W
V
 
I
G
 
P
D
 
D
G
 
G
S
 
Y
N
 
K
F
 
D
P
 
T
G
 
P
Q
 
S
S
 
D
N
 
R
F
 
L
T
 
T
R
 
-
A
 
P
F
 
R
E
 
K
R
 
R
Y
 
L
L
 
K
D
 
E
S
 
S
M
 
L
K
 
D
A
 
Q
V
 
I
Y
 
F
A
 
A
A
 
A
L
 
E
P
 
I
D
 
N
D
 
E
W
 
A
R
 
Y
I
 
N
F
 
L
-
 
D
-
 
A
T
 
V
E
|
E
H
 
S
K
|
K
M
 
L
F
 
F
E
 
G
P
 
I
A
 
G
F
 
S
Y
 
E
S
 
S
T
 
Y
V
 
V
V
 
V
Q
 
G
D
 
-
W
 
-
G
 
S
T
 
H
N
 
E
Y
 
F
L
 
Y
I
 
L
A
 
S
Q
 
Y
E
 
A
L
 
L
G
 
K
P
 
N
K
 
D
A
 
K
F
 
L
C
 
C
L
 
L
V
 
L
D
|
D
L
 
T
G
 
G
H
|
H
H
 
Y
A
 
H
P
 
P
N
 
T
V
 
E
N
 
T
I
 
V
E
 
S
M
 
N
I
 
K
V
 
I
A
 
S
R
 
A
L
 
M
I
 
L
Q
 
L
F
 
F
K
 
H
K
 
D
L
 
K
G
 
L
G
 
A
F
 
L
H
|
H
F
 
V
N
 
S
D
 
R
S
 
P
K
 
V
Y
 
R
G
 
W
D
|
D
D
 
S
D
|
D
L
 
H
D
 
V
T
 
V
G
 
T
S
 
F
I
 
D
D
 
D
P
 
E
Y
 
L
R
 
R
-
 
E
-
 
I
-
 
A
L
 
L
F
 
E
L
 
I
V
 
V
F
 
R
N
 
N
E
 
D
L
 
A
V
 
L
D
 
D
A
 
-
E
 
-
T
 
-
R
 
R
A
 
V
A
 
L
N
 
I
G
 
G
F
 
L
D
|
D
P
 
-
A
 
-
H
 
-
M
 
F
L
 
F
D
 
D
Q
 
A
S
 
S
H
 
I
N
 
N
V
 
-
T
 
-
D
 
-
P
 
R
I
 
I
E
 
A
S
 
A
L
 
W
M
 
T
T
 
I
S
 
G
A
 
T
M
 
R
E
 
N
V
 
V
G
 
I
R
 
K
A
 
A
Y
 
L
A
 
L
Q
 
F
A
 
A
L
 
M
I
 
L
V
 
I
D
 
P
R
 
H
K
 
K
A
 
Q
L
 
L
A
 
K
G
 
E
Y
 
W
Q
 
Q
E
 
E
E
 
T
N
 
G
D
 
D

Query Sequence

>SMc02321 FitnessBrowser__Smeli:SMc02321
MTLMISTSVLDAENASRRDALTRDYESLGDRLARRGIDIDAVKAKVAAYGVAVPSWGVGT
GGTRFARFPGPGEPRNIFDKLEDCAVIQQLTRATPAVSLHIPWDKVSDLGALKEKGSALG
LSFDAMNSNTFSDAPGQAHSYKFGSLSHTDSATRRQAIEHNLECVEIGKALGSKALTVWV
GDGSNFPGQSNFTRAFERYLDSMKAVYAALPDDWRIFTEHKMFEPAFYSTVVQDWGTNYL
IAQELGPKAFCLVDLGHHAPNVNIEMIVARLIQFKKLGGFHFNDSKYGDDDLDTGSIDPY
RLFLVFNELVDAETRAANGFDPAHMLDQSHNVTDPIESLMTSAMEVGRAYAQALIVDRKA
LAGYQEENDALMASETLKTAFRTDVEPILATARLENDGAIAPVAAYRASGYRARVAAERP
AVAGGGGGIV

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory