SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing SMc02357 FitnessBrowser__Smeli:SMc02357 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1g6hA Crystal structure of the adp conformation of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
34% identity, 92% coverage: 15:239/244 of query aligns to 14:254/254 of 1g6hA

query
sites
1g6hA
F
|
F
T
 
G
G
 
E
L
x
F
R
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
H
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
I
S
 
S
V
 
V
A
 
N
A
 
K
G
 
G
E
 
D
V
 
V
V
 
T
G
 
L
L
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
I
 
I
N
 
N
A
 
V
I
 
I
T
 
T
G
 
G
Q
 
F
V
 
L
K
 
K
L
 
A
A
 
D
T
 
E
G
 
G
T
 
R
I
 
V
A
 
Y
A
 
F
G
 
E
D
 
N
T
 
K
T
 
D
L
 
I
S
 
T
G
 
N
L
 
K
S
 
E
P
 
P
R
 
A
E
 
E
I
 
L
A
 
Y
L
 
H
A
 
Y
G
 
G
V
 
I
S
 
V
R
 
R
S
 
T
F
 
F
Q
 
Q
I
 
T
V
 
P
R
 
Q
I
 
P
F
 
L
N
 
K
S
 
E
M
 
M
T
 
T
V
 
V
M
 
L
E
 
E
N
 
N
V
 
L
E
 
L
A
 
I
A
 
G
A
 
E
L
 
I
A
 
C
K
 
P
G
 
G
A
 
E
S
 
S
R
 
P
T
 
L
V
 
N
S
 
S
-
 
L
-
 
F
-
 
Y
-
 
K
-
 
K
-
 
W
-
 
I
-
 
P
-
 
K
-
 
E
-
 
E
-
 
E
-
 
M
A
 
V
E
 
E
R
 
K
A
 
A
K
 
F
G
 
K
L
 
I
L
 
L
A
 
E
E
 
F
L
 
L
G
 
K
L
 
L
T
 
S
A
 
H
K
 
L
A
 
Y
D
 
D
E
 
R
L
 
K
G
 
A
E
 
G
S
 
E
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
Q
K
 
M
R
 
K
R
 
L
V
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
M
A
 
T
E
 
N
P
 
P
R
 
K
F
 
M
L
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
A
 
I
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
A
D
 
P
A
 
G
E
 
L
T
 
A
E
 
H
T
 
D
L
 
I
L
 
F
H
 
N
T
 
H
L
 
V
A
 
L
E
 
E
L
 
L
P
 
-
E
 
K
K
 
A
R
 
K
G
 
G
L
 
I
G
 
T
L
 
F
L
 
L
I
 
I
I
 
I
D
 
E
H
 
H
D
 
R
M
 
L
G
 
D
L
 
I
I
 
V
M
 
L
R
 
N
L
 
Y
C
 
I
H
 
D
R
 
H
L
 
L
H
 
Y
V
 
V
L
 
M
A
 
F
S
 
N
G
 
G
R
 
Q
T
 
I
I
 
I
A
 
A
E
 
E
G
 
G
-
 
R
-
 
G
-
 
E
-
 
E
D
 
E
A
 
I
A
 
K
H
 
N
V
 
V
R
 
L
S
 
S
H
 
D
P
 
P
A
 
K
V
 
V
I
 
V
E
 
E
A
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G
K
 
E

1g9xB Characterization of the twinning structure of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
34% identity, 92% coverage: 15:238/244 of query aligns to 14:253/253 of 1g9xB

query
sites
1g9xB
F
|
F
T
 
G
G
 
E
L
x
F
R
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
H
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
I
S
 
S
V
 
V
A
 
C
A
 
K
G
 
G
E
 
D
V
 
V
V
 
T
G
 
L
L
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
I
 
I
N
 
N
A
 
V
I
 
I
T
 
T
G
 
G
Q
 
F
V
 
L
K
 
K
L
 
A
A
 
D
T
 
E
G
 
G
T
 
R
I
 
V
A
 
Y
A
 
F
G
 
E
D
 
N
T
 
K
T
 
D
L
 
I
S
 
T
G
 
N
L
 
K
S
 
E
P
 
P
R
 
A
E
 
E
I
 
L
A
 
Y
L
 
H
A
 
Y
G
 
G
V
 
I
S
 
V
R
 
R
S
 
T
F
 
F
Q
 
Q
I
 
T
V
 
P
R
 
Q
I
 
P
F
 
L
N
 
K
S
 
E
M
 
M
T
 
T
V
 
V
M
 
L
E
 
E
N
 
N
V
 
L
E
 
L
A
 
I
A
 
G
A
 
E
L
 
I
A
 
N
K
 
P
G
 
G
A
 
E
S
 
S
R
 
P
T
 
L
V
 
N
S
 
S
-
 
L
-
 
F
-
 
Y
-
 
K
-
 
K
-
 
W
-
 
I
-
 
P
-
 
K
-
 
E
-
 
E
-
 
E
-
 
M
A
 
V
E
 
E
R
 
K
A
 
A
K
 
F
G
 
K
L
 
I
L
 
L
A
 
E
E
 
F
L
 
L
G
 
K
L
 
L
T
 
S
A
 
H
K
 
L
A
 
Y
D
 
D
E
 
R
L
 
K
G
 
A
E
 
G
S
 
E
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
Q
K
 
M
R
 
K
R
 
L
V
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
M
A
 
T
E
 
N
P
 
P
R
 
K
F
 
M
L
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
A
 
I
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
A
D
 
P
A
 
G
E
 
L
T
 
A
E
 
H
T
 
D
L
 
I
L
 
F
H
 
N
T
 
H
L
 
V
A
 
L
E
 
E
L
 
L
P
 
-
E
 
K
K
 
A
R
 
K
G
 
G
L
 
I
G
 
T
L
 
F
L
 
L
I
 
I
I
 
I
D
 
E
H
 
H
D
 
R
M
 
L
G
 
D
L
 
I
I
 
V
M
 
L
R
 
N
L
 
Y
C
 
I
H
 
D
R
 
H
L
 
L
H
 
Y
V
 
V
L
 
M
A
 
F
S
 
N
G
 
G
R
 
Q
T
 
I
I
 
I
A
 
A
E
 
E
G
 
G
-
 
R
-
 
G
-
 
E
-
 
E
D
 
E
A
 
I
A
 
K
H
 
N
V
 
V
R
 
L
S
 
S
H
 
D
P
 
P
A
 
K
V
 
V
I
 
V
E
 
E
A
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G

6s8nB Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with lipopolysaccharide (see paper)
36% identity, 96% coverage: 6:239/244 of query aligns to 3:236/238 of 6s8nB

query
sites
6s8nB
L
 
L
A
 
T
V
 
A
N
 
K
D
 
N
V
 
L
S
 
A
V
 
K
E
 
A
F
 
Y
T
 
K
G
 
G
L
 
R
R
 
R
A
 
V
L
 
V
D
 
E
H
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
T
V
 
V
A
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
S
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
L
 
T
I
 
F
N
 
Y
A
 
M
I
 
V
T
 
V
G
 
G
Q
 
I
V
 
V
K
 
P
L
 
R
A
 
D
T
 
A
G
 
G
T
 
N
I
 
I
A
 
I
A
 
I
G
 
D
D
 
D
T
 
D
T
 
D
L
 
I
S
 
S
G
 
L
L
 
L
S
 
P
P
 
L
R
 
H
E
 
A
I
 
R
A
 
A
L
 
R
A
 
R
G
 
G
V
 
I
S
 
G
R
 
Y
S
 
L
F
 
P
Q
 
Q
I
 
E
V
 
A
R
 
S
I
 
I
F
 
F
N
x
R
S
 
R
M
 
L
T
 
S
V
 
V
M
 
Y
E
 
D
N
 
N
V
 
L
E
 
M
A
 
A
A
 
V
-
 
L
A
 
Q
L
 
I
A
 
R
K
 
D
G
 
D
A
 
L
S
 
S
R
 
A
T
 
E
V
 
Q
S
 
R
A
 
E
E
 
D
R
 
R
A
 
A
K
 
N
G
 
E
L
 
L
L
 
M
A
 
E
E
 
E
L
 
F
G
 
H
L
 
I
T
 
E
A
 
H
K
 
L
A
 
R
D
 
D
E
 
S
L
x
M
G
|
G
E
x
Q
S
 
S
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
E
K
 
R
R
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
R
 
K
F
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
A
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
D
D
 
P
A
 
I
E
 
S
T
 
V
E
 
I
T
 
D
L
 
I
L
 
K
H
 
R
T
 
I
L
 
I
A
 
E
E
 
H
L
 
L
P
 
R
E
 
D
K
 
S
R
 
-
G
 
G
L
 
L
G
 
G
L
 
V
L
 
L
I
 
I
I
 
T
D
 
D
H
 
H
D
 
N
M
 
V
G
 
R
L
 
E
I
 
T
M
 
L
R
 
A
L
 
V
C
 
C
H
 
E
R
 
R
L
 
A
H
 
Y
V
 
I
L
 
V
A
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
H
T
 
L
I
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
D
 
T
A
 
P
A
 
T
H
 
E
V
 
I
R
 
L
S
 
Q
H
 
D
P
 
E
A
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
K
 
E

6s8gA Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with amp-pnp (see paper)
36% identity, 96% coverage: 6:239/244 of query aligns to 3:236/238 of 6s8gA

query
sites
6s8gA
L
 
L
A
 
T
V
 
A
N
 
K
D
 
N
V
 
L
S
 
A
V
 
K
E
 
A
F
x
Y
T
 
K
G
 
G
L
x
R
R
 
R
A
 
V
L
 
V
D
 
E
H
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
T
V
 
V
A
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
 
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
I
 
F
N
 
Y
A
 
M
I
 
V
T
 
V
G
 
G
Q
 
I
V
 
V
K
 
P
L
 
R
A
 
D
T
 
A
G
 
G
T
 
N
I
 
I
A
 
I
A
 
I
G
 
D
D
 
D
T
 
D
T
 
D
L
 
I
S
 
S
G
 
L
L
 
L
S
 
P
P
 
L
R
 
H
E
 
A
I
 
R
A
 
A
L
 
R
A
 
R
G
 
G
V
 
I
S
 
G
R
 
Y
S
 
L
F
 
P
Q
|
Q
I
 
E
V
 
A
R
 
S
I
 
I
F
 
F
N
 
R
S
 
R
M
 
L
T
 
S
V
 
V
M
 
Y
E
 
D
N
 
N
V
 
L
E
 
M
A
 
A
A
 
V
-
 
L
A
 
Q
L
 
I
A
 
R
K
 
D
G
 
D
A
 
L
S
 
S
R
 
A
T
 
E
V
 
Q
S
 
R
A
 
E
E
 
D
R
 
R
A
 
A
K
 
N
G
 
E
L
 
L
L
 
M
A
 
E
E
 
E
L
 
F
G
 
H
L
 
I
T
 
E
A
 
H
K
 
L
A
 
R
D
 
D
E
 
S
L
 
M
G
 
G
E
 
Q
S
|
S
L
 
L
S
|
S
Y
 
G
G
 
G
D
x
E
K
 
R
R
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
R
 
K
F
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
A
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
D
D
 
P
A
 
I
E
 
S
T
 
V
E
 
I
T
 
D
L
 
I
L
 
K
H
 
R
T
 
I
L
 
I
A
 
E
E
 
H
L
 
L
P
 
R
E
 
D
K
 
S
R
 
-
G
 
G
L
 
L
G
 
G
L
 
V
L
 
L
I
 
I
I
 
T
D
 
D
H
 
H
D
 
N
M
 
V
G
 
R
L
 
E
I
 
T
M
 
L
R
 
A
L
 
V
C
 
C
H
 
E
R
 
R
L
 
A
H
 
Y
V
 
I
L
 
V
A
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
H
T
 
L
I
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
D
 
T
A
 
P
A
 
T
H
 
E
V
 
I
R
 
L
S
 
Q
H
 
D
P
 
E
A
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
K
 
E

6mhzA Vanadate trapped cryo-em structure of e.Coli lptb2fg transporter (see paper)
36% identity, 95% coverage: 6:238/244 of query aligns to 3:235/235 of 6mhzA

query
sites
6mhzA
L
 
L
A
 
T
V
 
A
N
 
K
D
 
N
V
 
L
S
 
A
V
 
K
E
 
A
F
x
Y
T
 
K
G
 
G
L
 
R
R
 
R
A
 
V
L
 
V
D
 
E
H
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
T
V
 
V
A
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
I
 
F
N
 
Y
A
 
M
I
 
V
T
 
V
G
 
G
Q
 
I
V
 
V
K
 
P
L
 
R
A
 
D
T
 
A
G
 
G
T
 
N
I
 
I
A
 
I
A
 
I
G
 
D
D
 
D
T
 
D
T
 
D
L
 
I
S
 
S
G
 
L
L
 
L
S
 
P
P
 
L
R
 
H
E
 
A
I
 
R
A
 
A
L
 
R
A
 
R
G
 
G
V
 
I
S
 
G
R
 
Y
S
 
L
F
 
P
Q
|
Q
I
 
E
V
 
A
R
 
S
I
 
I
F
 
F
N
 
R
S
 
R
M
 
L
T
 
S
V
 
V
M
 
Y
E
 
D
N
 
N
V
 
L
E
 
M
A
 
A
A
 
V
-
 
L
A
 
Q
L
 
I
A
 
R
K
 
D
G
 
D
A
 
L
S
 
S
R
 
A
T
 
E
V
 
Q
S
 
R
A
 
E
E
 
D
R
 
R
A
 
A
K
 
N
G
 
E
L
 
L
L
 
M
A
 
E
E
 
E
L
 
F
G
 
H
L
 
I
T
 
E
A
 
H
K
 
L
A
 
R
D
 
D
E
 
S
L
 
M
G
 
G
E
 
Q
S
|
S
L
 
L
S
|
S
Y
x
G
G
|
G
D
 
E
K
 
R
R
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
R
 
K
F
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
A
 
F
A
 
A
G
|
G
M
 
V
N
 
D
D
 
P
A
 
I
E
 
S
T
 
V
E
 
I
T
 
D
L
 
I
L
 
K
H
 
R
T
 
I
L
 
I
A
 
E
E
 
H
L
 
L
P
 
R
E
 
D
K
 
S
R
 
-
G
 
G
L
 
L
G
 
G
L
 
V
L
 
L
I
 
I
I
 
T
D
 
D
H
|
H
D
 
N
M
 
V
G
 
R
L
 
E
I
 
T
M
 
L
R
 
A
L
 
V
C
 
C
H
 
E
R
 
R
L
 
A
H
 
Y
V
 
I
L
 
V
A
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
H
T
 
L
I
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
D
 
T
A
 
P
A
 
T
H
 
E
V
 
I
R
 
L
S
 
Q
H
 
D
P
 
E
A
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6mjpA Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
35% identity, 92% coverage: 15:239/244 of query aligns to 12:236/240 of 6mjpA

query
sites
6mjpA
F
 
Y
T
 
K
G
 
K
L
 
R
R
 
K
A
 
V
L
 
V
D
 
S
H
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
Q
V
 
V
A
 
E
A
 
S
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
S
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
L
 
S
I
 
F
N
 
Y
A
 
M
I
 
I
T
 
V
G
 
G
Q
 
L
V
 
V
K
 
A
L
 
R
A
 
D
T
 
E
G
 
G
T
 
T
I
 
I
A
 
T
A
 
I
G
 
D
D
 
D
T
 
N
T
 
D
L
 
I
S
 
S
G
 
I
L
 
L
S
 
P
P
 
M
R
 
H
E
 
S
I
 
R
A
 
S
L
 
R
A
 
M
G
 
G
V
 
I
S
 
G
R
 
Y
S
 
L
F
 
P
Q
 
Q
I
 
E
V
 
A
R
 
S
I
 
I
F
 
F
N
 
R
S
 
K
M
 
L
T
 
S
V
 
V
M
 
E
E
 
D
N
 
N
V
 
I
E
 
M
A
 
A
A
 
V
A
 
L
L
 
Q
A
 
T
K
 
R
G
 
E
A
 
E
-
 
L
S
 
T
R
 
H
T
x
E
V
 
E
S
 
R
A
 
Q
E
x
D
R
 
K
A
 
L
K
 
E
G
 
D
L
 
L
L
 
L
A
 
E
E
 
E
L
 
F
G
 
H
L
 
I
T
 
Q
A
 
H
K
 
I
A
 
R
D
 
K
E
 
S
L
 
A
G
 
G
E
 
M
S
 
A
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
E
K
 
R
R
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
R
 
Q
F
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
A
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
D
D
 
P
A
 
I
E
 
S
T
 
V
E
 
I
T
 
D
L
 
I
L
 
K
H
 
K
T
 
I
L
 
I
A
 
E
E
 
H
L
 
L
P
 
R
E
 
D
K
 
-
R
 
R
G
 
G
L
 
L
G
 
G
L
 
V
L
 
L
I
 
I
I
 
T
D
 
D
H
 
H
D
 
N
M
 
V
G
 
R
L
 
E
I
 
T
M
 
L
R
 
D
L
 
V
C
 
C
H
 
E
R
 
K
L
 
A
H
 
Y
V
 
I
L
 
V
A
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
R
T
 
L
I
 
I
A
 
A
E
 
E
G
 
G
D
 
T
A
 
P
A
 
Q
H
 
D
V
 
V
R
 
L
S
 
N
H
 
N
P
 
E
A
 
Q
V
 
V
I
 
K
E
 
Q
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
K
 
E

6mbnA Lptb e163q in complex with atp (see paper)
35% identity, 96% coverage: 6:239/244 of query aligns to 4:237/241 of 6mbnA

query
sites
6mbnA
L
 
L
A
 
T
V
 
A
N
 
K
D
 
N
V
 
L
S
 
A
V
 
K
E
 
A
F
x
Y
T
 
K
G
 
G
L
x
R
R
 
R
A
x
V
L
 
V
D
 
E
H
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
T
V
 
V
A
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
I
 
F
N
 
Y
A
 
M
I
 
V
T
 
V
G
 
G
Q
 
I
V
 
V
K
 
P
L
 
R
A
 
D
T
 
A
G
 
G
T
 
N
I
 
I
A
 
I
A
 
I
G
 
D
D
 
D
T
 
D
T
 
D
L
 
I
S
 
S
G
 
L
L
 
L
S
 
P
P
 
L
R
 
H
E
 
A
I
 
R
A
 
A
L
 
R
A
 
R
G
 
G
V
 
I
S
 
G
R
 
Y
S
 
L
F
 
P
Q
 
Q
I
 
E
V
 
A
R
 
S
I
 
I
F
 
F
N
 
R
S
 
R
M
 
L
T
 
S
V
 
V
M
 
Y
E
 
D
N
 
N
V
 
L
E
 
M
A
 
A
A
 
V
-
 
L
A
 
Q
L
 
I
A
 
R
K
 
D
G
 
D
A
 
L
S
 
S
R
 
A
T
 
E
V
 
Q
S
 
R
A
 
E
E
 
D
R
 
R
A
 
A
K
 
N
G
 
E
L
 
L
L
 
M
A
 
E
E
 
E
L
 
F
G
 
H
L
 
I
T
 
E
A
 
H
K
 
L
A
 
R
D
 
D
E
 
S
L
 
M
G
 
G
E
 
Q
S
 
S
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
E
K
 
R
R
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
R
 
K
F
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
A
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
D
D
 
P
A
 
I
E
 
S
T
 
V
E
 
I
T
 
D
L
 
I
L
 
K
H
 
R
T
 
I
L
 
I
A
 
E
E
 
H
L
 
L
P
 
R
E
 
D
K
 
S
R
 
-
G
 
G
L
 
L
G
 
G
L
 
V
L
 
L
I
 
I
I
 
T
D
 
D
H
|
H
D
 
N
M
 
V
G
 
R
L
 
E
I
 
T
M
 
L
R
 
A
L
 
V
C
 
C
H
 
E
R
 
R
L
 
A
H
 
Y
V
 
I
L
 
V
A
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
H
T
 
L
I
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
D
 
T
A
 
P
A
 
T
H
 
E
V
 
I
R
 
L
S
 
Q
H
 
D
P
 
E
A
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
K
 
E

6b89A E. Coli lptb in complex with adp and novobiocin (see paper)
36% identity, 95% coverage: 6:237/244 of query aligns to 3:234/234 of 6b89A

query
sites
6b89A
L
 
L
A
 
T
V
 
A
N
 
K
D
 
N
V
 
L
S
 
A
V
 
K
E
 
A
F
x
Y
T
 
K
G
 
G
L
x
R
R
 
R
A
x
V
L
 
V
D
 
E
H
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
T
V
 
V
A
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
I
 
F
N
 
Y
A
 
M
I
 
V
T
 
V
G
 
G
Q
 
I
V
 
V
K
 
P
L
 
R
A
 
D
T
 
A
G
 
G
T
 
N
I
 
I
A
 
I
A
 
I
G
 
D
D
 
D
T
 
D
T
 
D
L
 
I
S
 
S
G
 
L
L
 
L
S
 
P
P
x
L
R
x
H
E
 
A
I
 
R
A
 
A
L
 
R
A
 
R
G
 
G
V
 
I
S
 
G
R
 
Y
S
 
L
F
x
P
Q
|
Q
I
 
E
V
x
A
R
x
S
I
 
I
F
|
F
N
x
R
S
x
R
M
x
L
T
 
S
V
 
V
M
 
Y
E
 
D
N
 
N
V
 
L
E
 
M
A
 
A
A
x
V
-
 
L
A
 
Q
L
 
I
A
 
R
K
 
D
G
 
D
A
 
L
S
 
S
R
 
A
T
 
E
V
 
Q
S
 
R
A
 
E
E
 
D
R
 
R
A
 
A
K
 
N
G
 
E
L
 
L
L
 
M
A
 
E
E
 
E
L
 
F
G
 
H
L
 
I
T
 
E
A
 
H
K
 
L
A
 
R
D
 
D
E
 
S
L
 
M
G
 
G
E
x
Q
S
 
S
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
E
K
 
R
R
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
|
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
R
 
K
F
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
A
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
D
D
 
P
A
 
I
E
 
S
T
 
V
E
 
I
T
 
D
L
 
I
L
 
K
H
 
R
T
 
I
L
 
I
A
 
E
E
 
H
L
 
L
P
 
R
E
 
D
K
 
S
R
 
-
G
 
G
L
 
L
G
 
G
L
 
V
L
 
L
I
 
I
I
 
T
D
 
D
H
 
H
D
 
N
M
 
V
G
 
R
L
 
E
I
 
T
M
 
L
R
 
A
L
 
V
C
 
C
H
 
E
R
 
R
L
 
A
H
 
Y
V
 
I
L
 
V
A
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
H
T
 
L
I
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
D
 
T
A
 
P
A
 
T
H
 
E
V
 
I
R
 
L
S
 
Q
H
 
D
P
 
E
A
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L

4p31A Crystal structure of a selenomethionine derivative of e. Coli lptb in complex with adp-magensium (see paper)
36% identity, 95% coverage: 6:237/244 of query aligns to 3:234/234 of 4p31A

query
sites
4p31A
L
 
L
A
 
T
V
 
A
N
 
K
D
 
N
V
 
L
S
 
A
V
 
K
E
 
A
F
x
Y
T
 
K
G
 
G
L
x
R
R
 
R
A
x
V
L
 
V
D
 
E
H
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
T
V
 
V
A
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
I
 
F
N
 
Y
A
 
M
I
 
V
T
 
V
G
 
G
Q
 
I
V
 
V
K
 
P
L
 
R
A
 
D
T
 
A
G
 
G
T
 
N
I
 
I
A
 
I
A
 
I
G
 
D
D
 
D
T
 
D
T
 
D
L
 
I
S
 
S
G
 
L
L
 
L
S
 
P
P
 
L
R
 
H
E
 
A
I
 
R
A
 
A
L
 
R
A
 
R
G
 
G
V
 
I
S
 
G
R
 
Y
S
 
L
F
 
P
Q
|
Q
I
 
E
V
 
A
R
 
S
I
 
I
F
 
F
N
 
R
S
 
R
M
 
L
T
 
S
V
 
V
M
 
Y
E
 
D
N
 
N
V
 
L
E
 
M
A
 
A
A
 
V
-
 
L
A
 
Q
L
 
I
A
 
R
K
 
D
G
 
D
A
 
L
S
 
S
R
 
A
T
 
E
V
 
Q
S
 
R
A
 
E
E
 
D
R
 
R
A
 
A
K
 
N
G
 
E
L
 
L
L
 
M
A
 
E
E
 
E
L
 
F
G
 
H
L
 
I
T
 
E
A
 
H
K
 
L
A
 
R
D
 
D
E
 
S
L
 
M
G
 
G
E
 
Q
S
 
S
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
E
K
 
R
R
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
R
 
K
F
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
A
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
D
D
 
P
A
 
I
E
 
S
T
 
V
E
 
I
T
 
D
L
 
I
L
 
K
H
 
R
T
 
I
L
 
I
A
 
E
E
 
H
L
 
L
P
 
R
E
 
D
K
 
S
R
 
-
G
 
G
L
 
L
G
 
G
L
 
V
L
 
L
I
 
I
I
 
T
D
 
D
H
 
H
D
 
N
M
 
V
G
 
R
L
 
E
I
 
T
M
 
L
R
 
A
L
 
V
C
 
C
H
 
E
R
 
R
L
 
A
H
 
Y
V
 
I
L
 
V
A
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
H
T
 
L
I
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
D
 
T
A
 
P
A
 
T
H
 
E
V
 
I
R
 
L
S
 
Q
H
 
D
P
 
E
A
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L

6b8bA E. Coli lptb in complex with adp and a novobiocin derivative (see paper)
35% identity, 95% coverage: 6:236/244 of query aligns to 3:233/233 of 6b8bA

query
sites
6b8bA
L
 
L
A
 
T
V
 
A
N
 
K
D
 
N
V
 
L
S
 
A
V
 
K
E
 
A
F
x
Y
T
 
K
G
 
G
L
x
R
R
 
R
A
x
V
L
 
V
D
 
E
H
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
T
V
 
V
A
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
I
 
F
N
 
Y
A
 
M
I
 
V
T
 
V
G
 
G
Q
 
I
V
 
V
K
 
P
L
 
R
A
 
D
T
 
A
G
 
G
T
 
N
I
 
I
A
 
I
A
 
I
G
 
D
D
 
D
T
 
D
T
 
D
L
 
I
S
 
S
G
 
L
L
 
L
S
 
P
P
 
L
R
 
H
E
 
A
I
 
R
A
 
A
L
 
R
A
 
R
G
 
G
V
 
I
S
 
G
R
 
Y
S
 
L
F
 
P
Q
 
Q
I
 
E
V
 
A
R
 
S
I
 
I
F
|
F
N
x
R
S
x
R
M
 
L
T
 
S
V
 
V
M
 
Y
E
 
D
N
 
N
V
 
L
E
 
M
A
 
A
A
 
V
-
 
L
A
 
Q
L
 
I
A
 
R
K
 
D
G
 
D
A
 
L
S
 
S
R
 
A
T
 
E
V
 
Q
S
 
R
A
 
E
E
 
D
R
 
R
A
 
A
K
 
N
G
 
E
L
 
L
L
 
M
A
 
E
E
 
E
L
 
F
G
 
H
L
 
I
T
 
E
A
 
H
K
 
L
A
 
R
D
 
D
E
 
S
L
 
M
G
 
G
E
 
Q
S
 
S
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
E
K
 
R
R
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
R
 
K
F
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
A
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
D
D
 
P
A
 
I
E
 
S
T
 
V
E
 
I
T
 
D
L
 
I
L
 
K
H
 
R
T
 
I
L
 
I
A
 
E
E
 
H
L
 
L
P
 
R
E
 
D
K
 
S
R
 
-
G
 
G
L
 
L
G
 
G
L
 
V
L
 
L
I
 
I
I
 
T
D
 
D
H
 
H
D
 
N
M
 
V
G
 
R
L
 
E
I
 
T
M
 
L
R
 
A
L
 
V
C
 
C
H
 
E
R
 
R
L
 
A
H
 
Y
V
 
I
L
 
V
A
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
H
T
 
L
I
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
D
 
T
A
 
P
A
 
T
H
 
E
V
 
I
R
 
L
S
 
Q
H
 
D
P
 
E
A
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
A
 
V
Y
 
Y

P30750 Methionine import ATP-binding protein MetN; EC 7.4.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
34% identity, 87% coverage: 18:230/244 of query aligns to 18:232/343 of P30750

query
sites
P30750
L
 
I
R
 
Q
A
 
A
L
 
L
D
 
N
H
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
H
V
 
V
A
 
P
A
 
A
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
V
 
Y
G
 
G
L
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
A
N
x
S
G
|
G
S
x
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
I
 
I
N
 
R
A
 
C
I
 
V
T
 
N
G
 
L
Q
 
L
V
 
E
K
 
R
L
 
P
A
 
T
T
 
E
G
 
G
T
 
S
I
 
V
A
 
L
A
 
V
G
 
D
D
 
G
T
 
Q
T
 
E
L
 
L
S
 
T
G
 
T
L
 
L
S
 
S
P
 
E
R
 
S
E
 
E
I
 
L
A
 
T
L
 
K
A
 
A
-
 
R
-
 
R
G
 
Q
V
 
I
S
 
G
R
 
M
S
 
I
F
 
F
Q
 
Q
I
 
H
V
 
F
R
 
N
I
 
L
F
 
L
N
 
S
S
 
S
M
 
R
T
 
T
V
 
V
M
 
F
E
 
G
N
 
N
V
 
V
E
 
A
A
 
L
A
 
P
A
 
L
L
 
E
A
 
L
K
 
D
G
 
N
A
 
T
S
 
P
R
 
K
T
 
D
V
 
E
S
 
V
A
 
K
E
 
R
R
 
R
A
 
V
K
 
T
G
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
S
E
 
L
L
 
V
G
 
G
L
 
L
T
 
G
A
 
D
K
 
K
A
 
H
D
 
D
E
 
S
L
 
Y
G
 
P
E
 
S
S
 
N
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
Q
K
 
K
R
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
S
E
 
N
P
 
P
R
 
K
F
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
|
E
P
 
A
A
 
T
A
 
S
G
 
A
M
 
L
N
 
D
D
 
P
A
 
A
E
 
T
T
 
T
E
 
R
T
 
S
L
 
I
L
 
L
H
 
E
T
 
L
L
 
L
A
 
K
E
 
D
L
 
I
P
 
N
E
 
R
K
 
R
R
 
L
G
 
G
L
 
L
G
 
T
L
 
I
L
 
L
I
 
L
I
 
I
D
 
T
H
 
H
D
 
E
M
 
M
G
 
D
L
 
V
I
 
V
M
 
K
R
 
R
L
 
I
C
 
C
H
 
D
R
 
C
L
 
V
H
 
A
V
 
V
L
 
I
A
 
S
S
 
N
G
 
G
R
 
E
T
 
L
I
 
I
A
 
E
E
 
Q
G
 
D
D
 
T
A
 
V
A
 
S
H
 
E
V
 
V
R
 
F
S
 
S
H
 
H
P
 
P

Sites not aligning to the query:

3tuzC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 semet soak crystal form (see paper)
33% identity, 87% coverage: 18:230/244 of query aligns to 19:233/344 of 3tuzC

query
sites
3tuzC
L
 
I
R
 
Q
A
 
A
L
 
L
D
 
N
H
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
H
V
 
V
A
 
P
A
 
A
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
V
 
Y
G
 
G
L
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
A
N
 
S
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
I
 
I
N
 
R
A
 
C
I
 
V
T
 
N
G
 
L
Q
 
L
V
 
E
K
 
R
L
 
P
A
 
T
T
 
E
G
 
G
T
 
S
I
 
V
A
 
L
A
 
V
G
 
D
D
 
G
T
 
Q
T
 
E
L
 
L
S
 
T
G
 
T
L
 
L
S
 
S
P
 
E
R
 
S
E
 
E
I
 
L
A
 
T
L
 
K
A
 
A
-
 
R
-
 
R
G
 
Q
V
 
I
S
 
G
R
 
M
S
 
I
F
 
F
Q
 
Q
I
 
H
V
 
F
R
 
N
I
 
L
F
 
L
N
 
S
S
 
S
M
 
R
T
 
T
V
 
V
M
 
F
E
 
G
N
 
N
V
 
V
E
 
A
A
 
L
A
 
P
A
 
L
L
 
E
A
 
L
K
 
D
G
 
N
A
 
T
S
 
P
R
 
K
T
 
D
V
 
E
S
 
V
A
 
K
E
 
R
R
 
R
A
 
V
K
 
T
G
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
S
E
 
L
L
 
V
G
 
G
L
 
L
T
 
G
A
 
D
K
 
K
A
 
H
D
 
D
E
 
S
L
 
Y
G
 
P
E
 
S
S
 
N
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
Q
K
 
K
R
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
S
E
 
N
P
 
P
R
 
K
F
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
A
 
T
A
 
S
G
 
A
M
 
L
N
 
D
D
 
P
A
 
A
E
 
T
T
 
T
E
 
R
T
 
S
L
 
I
L
 
L
H
 
E
T
 
L
L
 
L
A
 
K
E
 
D
L
 
I
P
 
N
E
 
R
K
 
R
R
 
L
G
 
G
L
 
L
G
 
T
L
 
I
L
 
L
I
 
L
I
 
I
D
 
T
H
 
H
D
 
E
M
 
M
G
 
D
L
 
V
I
 
V
M
 
K
R
 
R
L
 
I
C
 
C
H
 
D
R
 
C
L
 
V
H
 
A
V
 
V
L
 
I
A
 
S
S
 
N
G
 
G
R
 
E
T
 
L
I
 
I
A
 
E
E
 
Q
G
 
D
D
 
T
A
 
V
A
 
S
H
 
E
V
 
V
R
 
F
S
 
S
H
 
H
P
 
P

Sites not aligning to the query:

3tuiC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 native crystal form (see paper)
33% identity, 87% coverage: 18:230/244 of query aligns to 19:233/344 of 3tuiC

query
sites
3tuiC
L
 
I
R
 
Q
A
 
A
L
 
L
D
 
N
H
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
H
V
 
V
A
 
P
A
 
A
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
V
 
Y
G
 
G
L
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
A
N
 
S
G
|
G
S
x
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
I
 
I
N
 
R
A
 
C
I
 
V
T
 
N
G
 
L
Q
 
L
V
 
E
K
 
R
L
 
P
A
 
T
T
 
E
G
 
G
T
 
S
I
 
V
A
 
L
A
 
V
G
 
D
D
 
G
T
 
Q
T
 
E
L
 
L
S
 
T
G
 
T
L
 
L
S
 
S
P
 
E
R
 
S
E
 
E
I
 
L
A
 
T
L
 
K
A
 
A
-
 
R
-
 
R
G
 
Q
V
 
I
S
 
G
R
 
M
S
 
I
F
 
F
Q
 
Q
I
 
H
V
 
F
R
 
N
I
 
L
F
 
L
N
 
S
S
 
S
M
 
R
T
 
T
V
 
V
M
 
F
E
 
G
N
 
N
V
 
V
E
 
A
A
 
L
A
 
P
A
 
L
L
 
E
A
 
L
K
 
D
G
 
N
A
 
T
S
 
P
R
 
K
T
 
D
V
 
E
S
 
V
A
 
K
E
 
R
R
 
R
A
 
V
K
 
T
G
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
S
E
 
L
L
 
V
G
 
G
L
 
L
T
 
G
A
 
D
K
 
K
A
 
H
D
 
D
E
 
S
L
 
Y
G
 
P
E
 
S
S
 
N
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
Q
K
 
K
R
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
S
E
 
N
P
 
P
R
 
K
F
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
A
 
T
A
 
S
G
 
A
M
 
L
N
 
D
D
 
P
A
 
A
E
 
T
T
 
T
E
 
R
T
 
S
L
 
I
L
 
L
H
 
E
T
 
L
L
 
L
A
 
K
E
 
D
L
 
I
P
 
N
E
 
R
K
 
R
R
 
L
G
 
G
L
 
L
G
 
T
L
 
I
L
 
L
I
 
L
I
 
I
D
 
T
H
 
H
D
 
E
M
 
M
G
 
D
L
 
V
I
 
V
M
 
K
R
 
R
L
 
I
C
 
C
H
 
D
R
 
C
L
 
V
H
 
A
V
 
V
L
 
I
A
 
S
S
 
N
G
 
G
R
 
E
T
 
L
I
 
I
A
 
E
E
 
Q
G
 
D
D
 
T
A
 
V
A
 
S
H
 
E
V
 
V
R
 
F
S
 
S
H
 
H
P
 
P

Sites not aligning to the query:

6cvlD Crystal structure of the escherichia coli atpgs-bound metni methionine abc transporter in complex with its metq binding protein (see paper)
33% identity, 87% coverage: 18:230/244 of query aligns to 19:233/344 of 6cvlD

query
sites
6cvlD
L
x
I
R
 
Q
A
 
A
L
 
L
D
 
N
H
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
H
V
 
V
A
 
P
A
 
A
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
V
 
Y
G
 
G
L
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
A
N
x
S
G
|
G
S
x
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
I
 
I
N
 
R
A
 
C
I
 
V
T
 
N
G
 
L
Q
 
L
V
 
E
K
 
R
L
 
P
A
 
T
T
 
E
G
 
G
T
 
S
I
 
V
A
 
L
A
 
V
G
 
D
D
 
G
T
 
Q
T
 
E
L
 
L
S
 
T
G
 
T
L
 
L
S
 
S
P
 
E
R
 
S
E
 
E
I
 
L
A
 
T
L
 
K
A
 
A
-
 
R
-
 
R
G
 
Q
V
 
I
S
 
G
R
 
M
S
 
I
F
 
F
Q
 
Q
I
 
H
V
 
F
R
 
N
I
 
L
F
 
L
N
 
S
S
 
S
M
 
R
T
 
T
V
 
V
M
 
F
E
 
G
N
 
N
V
 
V
E
 
A
A
 
L
A
 
P
A
 
L
L
 
E
A
 
L
K
 
D
G
 
N
A
 
T
S
 
P
R
 
K
T
 
D
V
 
E
S
 
V
A
 
K
E
 
R
R
 
R
A
 
V
K
 
T
G
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
S
E
 
L
L
 
V
G
 
G
L
 
L
T
 
G
A
 
D
K
 
K
A
 
H
D
 
D
E
 
S
L
 
Y
G
 
P
E
 
S
S
x
N
L
 
L
S
|
S
Y
 
G
G
 
G
D
x
Q
K
 
K
R
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
S
E
 
N
P
 
P
R
 
K
F
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
A
 
T
A
 
S
G
 
A
M
 
L
N
 
D
D
 
P
A
 
A
E
 
T
T
 
T
E
 
R
T
 
S
L
 
I
L
 
L
H
 
E
T
 
L
L
 
L
A
 
K
E
 
D
L
 
I
P
 
N
E
 
R
K
 
R
R
 
L
G
 
G
L
 
L
G
 
T
L
 
I
L
 
L
I
 
L
I
 
I
D
 
T
H
|
H
D
 
E
M
 
M
G
 
D
L
 
V
I
 
V
M
 
K
R
 
R
L
 
I
C
 
C
H
 
D
R
 
C
L
 
V
H
 
A
V
 
V
L
 
I
A
 
S
S
 
N
G
 
G
R
 
E
T
 
L
I
 
I
A
 
E
E
 
Q
G
 
D
D
 
T
A
 
V
A
 
S
H
 
E
V
 
V
R
 
F
S
 
S
H
 
H
P
 
P

Sites not aligning to the query:

P04983 Ribose import ATP-binding protein RbsA; EC 7.5.2.7 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
33% identity, 97% coverage: 3:239/244 of query aligns to 2:240/501 of P04983

query
sites
P04983
E
 
E
T
 
A
R
 
L
L
 
L
A
 
Q
V
 
L
N
 
K
D
 
G
V
 
I
S
 
D
V
 
K
E
 
A
F
 
F
T
 
P
G
 
G
L
 
V
R
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
S
H
 
G
V
 
A
S
 
A
L
 
L
S
 
N
V
 
V
A
 
Y
A
 
P
G
 
G
E
 
R
V
 
V
V
 
M
G
 
A
L
 
L
I
 
V
G
 
G
P
 
E
N
 
N
G
 
G
S
 
A
G
 
G
K
|
K
T
 
S
T
 
T
L
 
M
I
 
M
N
 
K
A
 
V
I
 
L
T
 
T
G
 
G
Q
 
I
V
 
Y
K
 
T
L
 
R
A
 
D
T
 
A
G
 
G
T
 
T
I
 
L
A
 
L
-
 
W
-
 
L
A
 
G
G
 
K
D
 
E
T
 
T
T
 
T
L
 
F
S
 
T
G
 
G
L
 
-
S
 
-
P
 
P
R
 
K
E
 
S
I
 
S
A
 
Q
L
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
I
S
 
G
R
 
I
S
 
I
F
 
H
Q
 
Q
I
 
E
V
 
L
R
 
N
I
 
L
F
 
I
N
 
P
S
 
Q
M
 
L
T
 
T
V
 
I
M
 
A
E
 
E
N
 
N
V
 
I
E
 
F
-
 
L
-
 
G
-
 
R
-
 
E
-
 
F
A
 
V
A
 
N
A
 
R
L
 
F
A
 
G
K
 
K
G
 
I
A
 
D
S
 
W
R
 
K
T
 
T
V
 
M
S
 
Y
A
 
A
E
 
E
R
 
-
A
 
A
K
 
D
G
 
K
L
 
L
L
 
L
A
 
A
E
 
K
L
 
L
G
 
N
L
 
L
T
 
R
A
 
F
K
 
K
A
 
S
D
 
D
E
 
K
L
 
L
G
 
V
E
 
G
S
 
D
L
 
L
S
 
S
Y
 
I
G
 
G
D
 
D
K
 
Q
R
 
Q
R
 
M
V
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
K
A
 
V
L
 
L
A
 
S
A
 
F
E
 
E
P
 
S
R
 
K
F
 
V
L
 
I
L
 
I
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
A
 
T
A
 
D
G
 
A
M
 
L
N
 
T
D
 
D
A
 
T
E
 
E
T
 
T
E
 
E
T
 
S
L
 
L
L
 
F
H
 
R
T
 
V
L
 
I
A
 
R
E
 
E
L
 
L
P
 
-
E
 
K
K
 
S
R
 
Q
G
 
G
L
 
R
G
 
G
L
 
I
L
 
V
I
 
Y
I
 
I
D
 
S
H
 
H
D
 
R
M
 
M
G
 
K
L
 
E
I
 
I
M
 
F
R
 
E
L
 
I
C
 
C
H
 
D
R
 
D
L
 
V
H
 
T
V
 
V
L
 
F
A
 
R
S
 
D
G
 
G
R
 
Q
T
 
F
I
 
I
A
 
A
E
 
E
G
 
R
D
 
E
A
 
V
A
 
A
H
 
S
V
 
L
R
 
-
S
 
T
H
 
E
P
 
D
A
 
S
V
 
L
I
 
I
E
 
E
A
 
M
Y
 
M
L
 
V
G
 
G
K
 
R

4ymuJ Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines and atps (see paper)
31% identity, 91% coverage: 6:226/244 of query aligns to 2:223/240 of 4ymuJ

query
sites
4ymuJ
L
 
I
A
 
F
V
 
V
N
 
N
D
 
D
V
 
V
S
 
Y
V
 
K
E
 
N
F
|
F
T
 
G
G
 
S
L
 
L
R
 
E
A
x
V
L
 
L
D
 
K
H
 
G
V
 
V
S
 
T
L
 
L
S
 
K
V
 
V
A
 
N
A
 
K
G
 
G
E
 
E
V
 
V
V
 
V
G
 
V
L
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
I
 
L
N
 
R
A
 
C
I
 
I
T
 
N
-
 
L
-
 
L
-
 
E
-
 
E
-
 
P
-
 
T
-
 
K
G
 
G
Q
 
E
V
 
V
K
 
F
L
 
I
A
 
D
T
 
G
G
 
V
T
 
K
I
 
I
A
 
N
A
 
N
G
 
G
D
 
K
T
 
V
T
 
N
L
 
I
S
 
N
G
 
K
L
 
V
S
 
R
P
 
Q
R
 
K
E
 
-
I
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
V
 
V
S
 
G
R
 
M
S
 
V
F
 
F
Q
 
Q
I
 
H
V
 
F
R
 
N
I
 
L
F
 
F
N
 
P
S
 
H
M
 
L
T
 
T
V
 
A
M
 
I
E
 
E
N
 
N
V
 
I
E
 
T
A
 
L
A
 
A
A
 
P
L
 
V
-
 
K
A
 
V
K
 
K
G
 
K
A
 
M
S
 
N
R
 
K
T
 
K
V
 
E
S
 
A
A
 
E
E
 
E
R
 
L
A
 
A
K
 
V
G
 
D
L
 
L
L
 
L
A
 
A
E
 
K
L
 
V
G
 
G
L
 
L
T
 
L
A
 
D
K
 
K
A
 
K
D
 
D
E
 
Q
L
 
Y
G
 
P
E
 
I
S
 
K
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
Q
K
 
K
R
 
Q
R
 
R
V
 
L
E
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
M
E
 
Q
P
 
P
R
 
E
F
 
V
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
|
E
P
 
P
A
 
T
A
 
S
G
 
A
M
 
L
N
 
D
D
 
P
A
 
E
E
 
M
T
 
V
E
 
K
T
 
E
L
 
V
L
 
L
H
 
N
T
 
V
L
 
M
A
 
K
E
 
Q
L
 
L
P
 
A
E
 
N
K
 
E
R
 
-
G
 
G
L
 
M
G
 
T
L
 
M
L
 
V
I
 
V
I
 
V
D
 
T
H
|
H
D
 
E
M
 
M
G
 
G
L
 
F
I
 
A
M
 
R
R
 
E
L
 
V
C
 
G
H
 
D
R
 
R
L
 
V
H
 
I
V
 
F
L
 
M
A
 
D
S
 
D
G
 
G
R
 
V
T
 
I
I
 
V
A
 
E
E
 
E
G
 
G
D
 
T
A
 
P
A
 
E
H
 
E
V
 
I

4u00A Crystal structure of ttha1159 in complex with adp (see paper)
30% identity, 92% coverage: 6:230/244 of query aligns to 3:227/241 of 4u00A

query
sites
4u00A
L
 
I
A
 
R
V
 
I
N
 
R
D
 
N
V
 
L
S
 
H
V
 
K
E
 
W
F
|
F
T
 
G
G
 
P
L
 
L
R
 
H
A
x
V
L
 
L
D
 
K
H
 
G
V
 
I
S
 
H
L
 
L
S
 
E
V
 
V
A
 
A
A
 
P
G
 
G
E
 
E
V
 
K
V
 
L
G
 
V
L
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
I
 
I
N
 
R
A
 
T
I
 
I
T
 
N
G
 
-
Q
 
-
V
 
-
K
 
-
L
 
-
A
 
R
T
 
L
G
 
E
T
 
D
I
 
F
A
 
Q
A
 
E
G
 
G
D
 
E
T
 
V
T
 
V
L
 
V
S
 
D
G
 
G
L
 
L
S
 
S
P
 
V
R
 
K
E
 
D
-
 
D
I
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
R
G
 
E
V
 
I
S
 
R
R
 
R
S
 
E
-
 
V
-
 
G
-
 
M
-
 
V
F
 
F
Q
 
Q
I
 
Q
V
 
F
R
 
N
I
 
L
F
 
F
N
 
P
S
 
H
M
 
M
T
 
T
V
 
V
M
 
L
E
 
E
N
 
N
V
 
V
E
 
T
A
 
L
A
 
A
A
 
P
L
 
M
-
 
R
A
 
V
K
 
R
G
 
R
A
 
W
S
 
P
R
 
R
T
 
E
V
 
K
S
 
A
A
 
E
E
 
K
R
 
K
A
 
A
K
 
L
G
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
E
E
 
R
L
 
V
G
 
G
L
 
I
T
 
L
A
 
D
K
 
Q
A
 
A
D
 
R
E
 
K
L
 
Y
G
 
P
E
 
A
S
 
Q
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
Q
K
 
Q
R
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
M
E
 
E
P
 
P
R
 
K
F
 
I
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
A
 
T
A
 
S
G
 
A
M
 
L
N
 
D
D
 
P
A
 
E
E
 
M
T
 
V
E
 
G
T
 
E
L
 
V
L
 
L
H
 
D
T
 
V
L
 
M
A
 
R
E
 
D
L
 
L
P
 
A
E
 
Q
K
 
G
R
 
-
G
 
G
L
 
M
G
 
T
L
 
M
L
 
V
I
 
V
I
 
V
D
 
T
H
 
H
D
 
E
M
 
M
G
 
G
L
 
F
I
 
A
M
 
R
R
 
E
L
 
V
C
 
A
H
 
D
R
 
R
L
 
V
H
 
V
V
 
F
L
 
M
A
 
D
S
 
G
G
 
G
R
 
Q
T
 
I
I
 
V
A
 
E
E
 
E
G
 
G
D
 
R
A
 
P
A
 
E
H
 
E
V
 
I
R
 
F
S
 
T
H
 
R
P
 
P

5x40A Structure of a cbio dimer bound with amppcp (see paper)
36% identity, 93% coverage: 6:233/244 of query aligns to 5:234/280 of 5x40A

query
sites
5x40A
L
 
L
A
 
A
V
 
A
N
 
E
D
 
A
V
 
L
S
 
T
V
 
Y
E
 
A
F
|
F
T
 
P
G
 
G
-
 
G
L
x
V
R
 
K
A
|
A
L
 
L
D
 
D
H
 
D
V
 
L
S
 
S
L
 
L
S
 
A
V
 
V
A
 
P
A
 
K
G
 
G
E
 
E
V
 
S
V
 
L
G
 
A
L
 
I
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
I
 
L
N
 
L
A
 
H
I
 
L
T
 
N
G
 
G
Q
 
T
V
 
L
K
 
R
L
 
P
A
 
Q
T
 
S
G
 
G
T
 
R
I
 
V
A
 
L
A
 
L
G
 
G
D
 
G
T
 
T
T
 
A
L
 
-
S
 
T
G
 
G
L
 
H
S
 
S
P
 
R
R
 
K
E
 
D
I
 
-
A
 
-
L
 
L
A
 
T
G
 
G
V
 
W
S
 
R
R
 
R
S
 
R
F
 
V
Q
 
G
I
 
L
V
 
V
-
 
L
-
x
Q
-
 
D
-
 
A
-
 
D
-
 
D
R
 
Q
I
 
L
F
 
F
N
 
A
S
 
T
M
 
-
T
 
T
V
 
V
M
 
F
E
 
E
N
 
D
V
 
V
E
 
S
A
 
F
A
 
G
A
 
P
L
 
L
A
 
N
K
 
L
G
 
G
A
 
L
S
 
S
R
 
E
T
 
A
V
 
E
S
 
A
A
 
R
E
 
A
R
 
R
A
 
V
K
 
E
G
 
E
L
 
A
L
 
L
A
 
A
E
 
A
L
 
L
G
 
S
L
 
I
T
 
S
A
 
D
K
 
L
A
 
R
D
 
D
E
 
R
L
 
P
G
 
T
E
x
H
S
x
M
L
|
L
S
|
S
Y
 
G
G
|
G
D
x
Q
K
 
K
R
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
G
A
 
A
L
 
V
A
 
A
A
 
M
E
 
R
P
 
P
R
 
E
F
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
x
Q
P
 
P
A
 
T
A
 
A
G
 
G
M
 
L
N
 
D
D
 
L
A
 
A
E
 
G
T
 
T
E
 
E
T
 
Q
L
 
L
L
 
L
H
 
T
T
 
L
L
 
L
A
 
R
E
 
G
L
 
L
P
 
-
E
 
R
K
 
A
R
 
A
G
 
G
L
 
M
G
 
T
L
 
L
L
 
V
I
 
F
I
 
S
D
 
T
H
|
H
D
 
D
M
 
V
G
 
E
L
 
L
I
 
A
M
 
A
R
 
A
L
 
L
C
 
A
H
 
D
R
 
R
L
 
V
H
 
A
V
 
L
L
 
F
A
 
R
S
 
T
G
 
G
R
 
R
T
 
V
I
 
L
A
 
A
E
 
E
G
 
G
D
 
A
A
 
A
A
 
E
H
 
A
V
 
V
R
 
L
S
 
S
H
 
D
P
 
R
A
 
A
V
 
T
I
 
L

3c4jA Abc protein artp in complex with atp-gamma-s
30% identity, 96% coverage: 6:239/244 of query aligns to 4:240/242 of 3c4jA

query
sites
3c4jA
L
 
I
A
 
D
V
 
V
N
 
H
D
 
Q
V
 
L
S
 
K
V
 
K
E
 
S
F
|
F
T
 
G
G
 
S
L
 
L
R
 
E
A
x
V
L
 
L
D
 
K
H
 
G
V
 
I
S
 
N
L
 
V
S
 
H
V
 
I
A
 
R
A
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
V
V
 
V
G
 
V
L
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
F
I
 
L
N
 
R
A
 
C
I
 
L
T
 
N
-
 
L
-
 
L
-
 
E
-
 
D
-
 
F
-
 
D
-
 
E
G
 
G
Q
 
E
V
 
I
K
 
I
L
 
I
A
 
D
T
 
G
G
 
I
T
 
N
I
 
L
A
 
K
A
 
A
G
 
K
D
 
D
T
 
T
T
 
N
L
 
L
S
 
N
G
 
K
L
 
V
S
 
-
P
 
-
R
 
R
E
 
E
I
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
E
V
 
V
S
 
G
R
 
M
S
 
V
F
 
F
Q
 
Q
I
 
R
V
 
F
R
 
N
I
 
L
F
 
F
N
 
P
S
 
H
M
 
M
T
 
T
V
 
V
M
 
L
E
 
N
N
 
N
V
 
I
E
 
T
A
 
L
A
 
A
A
 
P
L
 
M
-
 
K
A
 
V
K
 
R
G
 
K
A
 
W
S
 
P
R
 
R
T
 
E
V
 
K
S
 
A
A
 
E
E
 
A
R
 
K
A
 
A
K
 
M
G
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
D
E
 
K
L
 
V
G
 
G
L
 
L
T
 
K
A
 
D
K
 
K
A
 
A
D
 
H
E
 
A
L
 
Y
G
 
P
E
 
D
S
 
S
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
Q
K
 
A
R
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
M
E
 
E
P
 
P
R
 
K
F
 
I
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
A
 
T
A
 
S
G
 
A
M
 
L
N
 
D
D
 
P
A
 
E
E
 
M
T
 
V
E
 
G
T
 
E
L
 
V
L
 
L
H
 
S
T
 
V
L
 
M
A
 
K
E
 
Q
L
 
L
P
 
A
E
 
N
K
 
E
R
 
-
G
 
G
L
 
M
G
 
T
L
 
M
L
 
V
I
 
V
I
 
V
D
 
T
H
 
H
D
 
E
M
 
M
G
 
G
L
 
F
I
 
A
M
 
R
R
 
E
L
 
V
C
 
G
H
 
D
R
 
R
L
 
V
H
 
L
V
 
F
L
 
M
A
 
D
S
 
G
G
 
G
R
 
Y
T
 
I
I
 
I
A
 
E
E
 
E
G
 
G
D
 
K
A
 
P
A
 
E
H
 
D
V
 
L
R
 
F
S
 
D
H
 
R
P
 
P
A
 
Q
-
 
H
-
 
E
V
 
R
I
 
T
E
 
K
A
 
A
Y
 
F
L
 
L
G
 
S
K
 
K

3c41J Abc protein artp in complex with amp-pnp/mg2+
30% identity, 96% coverage: 6:239/244 of query aligns to 4:240/242 of 3c41J

query
sites
3c41J
L
 
I
A
 
D
V
 
V
N
 
H
D
 
Q